L'objectif de ce travail est de développer la partie clinique de la banque de données du gène DMD, afin d'étudier l'histoire naturelle des dystrophinopathies et les corrélations génotype–phénotype, et de faciliter la sélection des patients pour les futurs essais thérapeutiques. La méthodologie créée pour le gène DMD peut être généralisée et utilisée pour d'autres banques de données dédiées à des maladies génétiques. La collecte de 70 000 données cliniques chez 600 patients avec un suivi longitudinal moyen de 12 ans permet de décrire l'histoire naturelle des dystrophies musculaires de Duchenne et de Becker et des formes symptomatiques chez les femmes. Nous avons pu préciser l'hétérogénéité phénotypique sur le plan moteur, orthopédique et respiratoire (forme sévère et forme intermédiaire de la dystrophie musculaire de Duchenne), sur le plan cardiaque (absence de corrélation entre les atteintes motrice et cardiaque, variabilité de l'atteinte cardiaque), et sur le plan cérébral (atteinte intellectuelle chez les patients avec dystrophie musculaire de Becker, troubles psychologiques des dystrophinopathies). L'utilisation de cet outil par les cliniciens et les généticiens devrait faciliter le travail de recherche clinique et la réalisation des futurs essais cliniques. Ceci nécessite maintenant de développer l'accessibilité de la banque de données et d'envisager sa pérennisation. / The objective of this work is to develop the clinical part of the French dystrophinopathy data-base, in order to study the natural history and the genotype-phenotype correlations, and to facilitate the selection of the patients for the future therapeutic trials. The methodology developed for the DMD gene can be generalized and used for the other databases dedicated to genetic diseases. The collection of 70 000 clinical data for 600 patients with an average lon-gitudinal follow-up of 12 years allows to clarify the natural history of the muscular dystrophies of Duchenne and Becker and in symptomatic females. We were able to specify the pheno-typic heterogeneity of the motor, orthopaedic and respiratory involvements (severe form and intermediary form of the Duchenne muscular dystrophy), of the cardiac disorder (absence of correlation between motor and cardiac involvements, variability of the cardiomyopathy), and of the brain function (mental deficiency in the patients with Becker muscular dystrophy, psychological disorders in dystrophinopathies). The use of this tool by the clinicians and the ge-neticists should facilitate their clinical research work and the realization of the future clinical trials. This requires now to develop the accessibility of the database and to ensure its continued existence.

L’objectif principal de ce travail de thèse est de développer un modèle thermodynamique de type équation d’état cubique, permettant de prédire avec un maximum de précision les propriétés thermodynamiques des corps purs (des comportements de phases aux propriétés énergétiques - enthalpie, capacité calorifique - en incluant les propriétés volumiques) et des mélanges (équilibres de phases dans les régions sub- et supercritiques, points critiques, propriétés énergétiques, densités …), y compris les plus complexes. Concernant les corps purs tout d’abord : en nous appuyant sur la connaissance acquise par les études publiées pendant près d’un siècle et demi sur les équations d’état cubiques, nous avons identifié deux leviers pour accroître la précision de ces modèles. Le premier concerne la sélection d’une fonction α optimale (cette fonction est une quantité clef apparaissant dans le terme attractif du modèle) dont le bon paramétrage permet de représenter précisément les propriétés à saturation des corps purs, telles que la pression de saturation, l’enthalpie de vaporisation et la capacité calorifique du liquide à saturation. Afin que la fonction α puisse être extrapolée au domaine des hautes températures, nous avons défini les contraintes mathématiques que celle-ci doit respecter. Le second levier est le paramètre de translation volumique, paramètre clef pour la bonne représentation des densités liquides. Ces réflexions et les études associées sont à la base du développement des modèles tc-RK et tc-PR, utilisant une fonction α extrapolable à haute température ainsi qu’un paramètre de translation volumique, garantissant une précision jusqu’alors inégalée des propriétés sub- et supercritiques des corps purs prédites par des équations d’état cubiques. Afin d’étendre les modèles tc-RK et tc-PR aux mélanges, il a été nécessaire de développer des règles de mélange appropriées pour deux paramètres de l’équation d’état des mélanges : le covolume et le paramètre attractif. Des règles de mélanges récemment proposées qui combinent équation d’état et modèle de coefficient d’activité ont été adoptées. Les valeurs optimales des paramètres universels de ces règles de mélange ont été identifiées dans le cadre de cette thèse. Une règle de mélange linéaire pour le paramètre de translation volumique du mélange a été sélectionnée ; il a été prouvé que cette règle de mélange garantit l’invariance des propriétés d’équilibre de phases et des propriétés énergétiques entre les modèles translatés et non translatés. Afin de définir le modèle de coefficient d’activité optimal à intégrer dans la nouvelle règle de mélange, une base de données de 200 systèmes binaires a été développée. Ces systèmes binaires ont été sélectionnés afin d’être représentatifs des différents types d’interactions qui peuvent exister dans les mélanges non électrolytiques. La base de données accorde une place significative aux systèmes dits associés, qui sont certainement parmi les plus difficiles à modéliser par une équation d’état. In fine, cette thèse pose toutes les bases du développement d’une équation d’état cubique des mélanges. Le choix du modèle de coefficient d’activité optimal, la détermination des paramètres d’interactions binaires des 200 systèmes de la base de données et leur prédiction constituent des suites possibles de ce travail / The main objective of this thesis work is to develop a cubic equation of state thermodynamic model able to accurately predict the thermodynamic properties of pure compounds (from phase equilibrium data to energetic properties – enthalpy, heat capacity – and volume properties) and mixtures (phase equilibria in sub- and supercritical regions, critical points, energetic properties, densities…), including the most complex ones. Starting with pure compounds: relying on the knowledge collected all through the years from Van der Waals seminal work about cubic equations of state, we identified two levers to increase cubic-model accuracy. First is the selection of the optimal α function (this function is a key quantity involved in the model attractive term) the proper parameterization of which entails an accurate representation of pure-compound saturation properties such as saturation pressure, enthalpy of vaporization, saturated-liquid heat capacity. In order to safely extrapolate an α functions to the high temperature domain, we defined the mathematical constraints that it should satisfy. The second lever is the volume translation parameter, a key parameter for an accurate description of liquid densities. These studies led to the development of the tc-PR and tc-RK models, using an α function that correctly extrapolates to the high temperature domain so as a volume translation parameter, ensuring the most accurate estimations of pure-compound sub- and supercritical property from a cubic equation of state. In order to extend the tc-PR and tc-RK models to mixtures, it was necessary to develop adequate mixing rules for both equation of state parameters: the covolume and the attractive parameter. Recently proposed mixing rules combining an equation of state and an activity coefficient model have been retained. Optimal values of the mixing rules universal parameters have been identified in the framework of this thesis. A linear mixing rule for the volume translation parameter has been selected; it has been proven that this mixing rule does not change the phase equilibrium and energetic properties when switching from a translated to an untranslated model. In order to define the optimal activity coefficient model to include in the new mixing rule, a 200 binary-system database has been developed. These binary systems have been selected to be representative of the different kinds of interactions that can exist in non-electrolytic mixtures. The database includes in particular systems containing associating compounds, which are certainly among the most difficult ones to model with an equation of state. In fine, this thesis sets all the bases for the development of a cubic equation of state for mixtures. The selection of the optimal activity-coefficient model, the estimation of binary interaction parameters for the 200 binary systems from the database and their prediction are possible continuations of this work

Les banques de données recueillant systématiquement des données-cibles sur leur clientèle permettent de décrire celle-ci, ses besoins et de répondre à plusieurs questions de recherche clinique. Un projet pilote pour déterminer la faisabilité d’un tel système a lieu à la Clinique universitaire de psychologie de l’Université de Montréal (CUP). Sous un angle qualitatif inductif inspiré de la phénoménologie descriptive de Husserl, la présente étude vise à décrire les répercussions potentielles et les impressions des cliniciens quant à l’implantation de cette procédure. Des entretiens individuels semi-directifs ont été effectués en télépratique avec 14 cliniciens volontaires en utilisant un canevas d’entrevue. Des considérations concernant cinq thèmes centraux ont émergées des analyses : les obstacles à l’implantation, les impacts potentiels sur la thérapie, certaines recommandations pour améliorer la participation, l’utilité perçue et une attitude d’ouverture. La consultation des cliniciens s’avère une caractéristique essentielle dans l’élaboration de l’implantation. Les implications cliniques et des pistes d’amélioration sont discutées. / Databases that systematically collect key data on their clientele make it possible to describe who consults, their needs and allow to answer several clinical research questions. A pilot project to determine the feasibility of such a data-collecting procedure is taking place at the University of Montreal’s Psychology Clinic (CUP). Using a qualitative inductive approach inspired by Husserl's descriptive phenomenology, the study aims to describe the potential impact and clinicians’ impressions of the implementation of this procedure. Semi-structured individual interviews were conducted with 14 volunteer clinicians using an interview outline. Five central themes emerged from the analyses: barriers to implementation, potential impacts on therapy, recommendations for improving participation, perceived usefulness, and an open attitude. Consultations with clinicians was an essential feature in the development of the implementation. Clinical implications and avenues for improvement are discussed.

Objectif : Étudier le risque d’hémorragies intracrâniennes et d’infarctus du myocarde chez les patients vivant avec le VIH. Méthode : J’ai réalisé deux études de cohorte au sein de la banque de données de la Régie de l’assurance maladie du Québec. J’ai défini la cohorte des patients VIH-positifs, y ai étudié l’incidence d’hémorragies intracrâniennes et d’infarctus du myocarde, et l’ai comparée à une cohorte VIH-négative de même âge et de même sexe. J’ai étudié l’association entre ces évènements et l’exposition aux antirétroviraux au moyen d’études cas-témoin nichées dans la cohorte des patients VIH-positifs. Résultats : Le VIH est associé à un risque plus élevé d’hémorragies intracrâniennes, particulièrement au stade SIDA. Les patients VIH-positif sont également plus à risque de subir un infarctus du myocarde, et certains antirétroviraux sont associés à un risque plus grand. Conclusion : Les banques de données médico-administratives représentent un moyen valable d’étudier les comorbidités non-infectieuses chez les patients atteints du VIH. / Objective: To study the risk of intracranial hemorrhage, acute myocardial infarction and their determinants in HIV-infected patients. Methods: I conducted two matched cohort studies within the database of the Régie de l’assurance maladie du Québec. I identified the cohort of HIV-infected patients and compared the incidence of intracranial hemorrhage and myocardial infarction with that in an age and sex matched cohort of HIV-negative patients. To study the association between these events and exposure to antiretrovirals, I conducted two matched case-control studies nested in the HIV-positive cohort. Results: HIV-infected patients had increased risk of developing intracranial hemorrhage, particularly if they had AIDS. They were also at greater risk of suffering from myocardial infarction. Exposure to some antiretroviral drugs was associated with greater risk of myocardial infarction. Conclusion: Administrative health data can be used to study the non-infectious complications of HIV infection, but validation studies are needed to evaluate data quality.

Objectif : Étudier le risque d’hémorragies intracrâniennes et d’infarctus du myocarde chez les patients vivant avec le VIH. Méthode : J’ai réalisé deux études de cohorte au sein de la banque de données de la Régie de l’assurance maladie du Québec. J’ai défini la cohorte des patients VIH-positifs, y ai étudié l’incidence d’hémorragies intracrâniennes et d’infarctus du myocarde, et l’ai comparée à une cohorte VIH-négative de même âge et de même sexe. J’ai étudié l’association entre ces évènements et l’exposition aux antirétroviraux au moyen d’études cas-témoin nichées dans la cohorte des patients VIH-positifs. Résultats : Le VIH est associé à un risque plus élevé d’hémorragies intracrâniennes, particulièrement au stade SIDA. Les patients VIH-positif sont également plus à risque de subir un infarctus du myocarde, et certains antirétroviraux sont associés à un risque plus grand. Conclusion : Les banques de données médico-administratives représentent un moyen valable d’étudier les comorbidités non-infectieuses chez les patients atteints du VIH. / Objective: To study the risk of intracranial hemorrhage, acute myocardial infarction and their determinants in HIV-infected patients. Methods: I conducted two matched cohort studies within the database of the Régie de l’assurance maladie du Québec. I identified the cohort of HIV-infected patients and compared the incidence of intracranial hemorrhage and myocardial infarction with that in an age and sex matched cohort of HIV-negative patients. To study the association between these events and exposure to antiretrovirals, I conducted two matched case-control studies nested in the HIV-positive cohort. Results: HIV-infected patients had increased risk of developing intracranial hemorrhage, particularly if they had AIDS. They were also at greater risk of suffering from myocardial infarction. Exposure to some antiretroviral drugs was associated with greater risk of myocardial infarction. Conclusion: Administrative health data can be used to study the non-infectious complications of HIV infection, but validation studies are needed to evaluate data quality.

Le criblage virtuel est utilisé dans la recherche de médicaments et la construction de modèle de prédiction de toxicité. L’application d’un protocole de criblage est précédée par une étape d’évaluation sur une banque de données de référence. La composition des banques d’évaluation est un point critique ; celles-ci opposent généralement des molécules actives à des molécules supposées inactives, faute de publication des données d’inactivité. Les molécules inactives sont néanmoins porteuses d’information. Nous avons donc créé la banque NR-DBIND composée uniquement de molécules actives et inactives expérimentalement validées et dédiées aux récepteurs nucléaires. L’exploitation de la NR-DBIND nous a permis d’étudier l’importance des molécules inactives dans l’évaluation de modèles de docking et dans la construction de modèles de pharmacophores. L’application de protocoles de criblage a permis d’élucider des modes de liaison potentiels de petites molécules sur FXR, NRP-1 et TNF⍺. / Virtual screening is widely used in early stages of drug discovery and to build toxicity prediction models. Commonly used protocols include an evaluation of the performances of different tools on benchmarking databases before applying them for prospective studies. The content of benchmarking tools is a critical point; most benchmarking databases oppose active data to putative inactive due to the scarcity of published inactive data in the literature. Nonetheless, experimentally validated inactive data also bring information. Therefore, we constructed the NR-DBIND, a database dedicated to nuclear receptors that contains solely experimentally validated active and inactive data. The importance of the integration of inactive data in docking and pharmacophore models construction was evaluated using the NR-DBIND data. Virtual screening protocols were used to resolve the potential binding mode of small molecules on FXR, NRP-1 et TNF⍺.

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Au cours des dernières années, le développement des connaissances au niveau de l’étiologie de la maladie ainsi que l’arrivée de nouveaux médicaments et de lignes directrices guidant la pratique clinique sont susceptibles d’avoir entraîné une meilleure gestion de la polyarthrite rhumatoïde (PAR) et de l’ostéoporose, une comorbidité fréquente chez ces patients. Dans cette thèse, trois questions de recherche sont étudiées à l’aide des banques de données administratives québécoises (RAMQ, MED-ÉCHO). Une première étude documente l’utilisation des médicaments pour la PAR au Québec. À ce jour, il s’agit de la seule étude canadienne à rapporter les tendances d’utilisation des DMARD (disease-modifying antirheumatic drug) biologiques depuis leur introduction dans la pratique clinique. Au cours de la période à l’étude (2002-2008), l’utilisation de DMARD (synthétiques et biologiques) a augmenté légèrement dans la population atteinte de PAR (1,9%, 95% CI : 1,1 - 2,8). Cependant, malgré la présence de recommandations cliniques soulignant l’importance de commencer un traitement rapidement, et la couverture de ces traitements par le régime général d’assurance médicaments, les résultats démontrent une initiation sous-optimale des DMARD chez les patients nouvellement diagnostiqués (probabilité d’initiation à 12 mois : 38,5%). L’initiation de DMARD était beaucoup plus fréquente lorsqu’un rhumatologue était impliqué dans la provision des soins (OR : 4,31, 95% CI : 3,73 - 4,97). Concernant les DMARD biologiques, le facteur le plus fortement associé avec leur initiation était l’année calendrier. Chez les sujets diagnostiqués en 2002, 1,2 sur 1 000 ont initié un DMARD biologique moins d’un an après leur diagnostic. Pour ceux qui ont été diagnostiqués en 2007, le taux était de 13 sur 1 000. Les résultats démontrent que si la gestion pharmacologique de la PAR s’est améliorée au cours de la période à l’étude, elle demeure tout de même sous-optimale. Assurer un meilleur accès aux rhumatologues pourrait, semble-t-il, être une stratégie efficace pour améliorer la qualité des soins chez les patients atteints de PAR. Dans une deuxième étude, l’association entre l’utilisation des DMARD biologiques et le risque de fractures ostéoporotiques non vertébrales chez des patients PAR âgés de 50 ans et plus a été rapportée. Puisque l’inflammation chronique résultant de la PAR interfère avec le remodelage osseux et que les DMARD biologiques, en plus de leur effet anti-inflammatoire et immunosuppresseur, sont des modulateurs de l’activité cellulaire des ostéoclastes et des ostéoblastes pouvant possiblement mener à la prévention des pertes de densité minérale osseuse (DMO), il était attendu que leur utilisation réduirait le risque de fracture. Une étude de cas-témoin intra-cohorte a été conduite. Bien qu’aucune réduction du risque de fracture suivant l’utilisation de DMARD biologiques n’ait pu être démontrée (OR : 1,03, 95% CI : 0,42 - 2,53), l’étude établit le taux d’incidence de fractures ostéoporotiques non vertébrales dans une population canadienne atteinte de PAR (11/1 000 personnes - années) et souligne le rôle d’importants facteurs de risque. La prévalence élevée de l’ostéoporose dans la population atteinte de PAR justifie que l’on accorde plus d’attention à la prévention des fractures. Finalement, une troisième étude explore l’impact de la dissémination massive, en 2002, des lignes directrices du traitement de l’ostéoporose au Canada sur la gestion pharmacologique de l’ostéoporose et sur les taux d’incidence de fractures ostéoporotiques non vertébrales chez une population de patients PAR âgés de 50 ans et plus entre 1998 et 2008. Étant donné la disponibilité des traitements efficaces pour l’ostéoporose depuis le milieu des années 1990 et l’évolution des lignes directrices de traitement, une réduction du taux de fractures était attendue. Quelques études canadiennes ont démontré une réduction des fractures suivant une utilisation étendue des médicaments contre l’ostéoporose et de l’ostéodensitométrie dans une population générale, mais aucune ne s’est attardée plus particulièrement sur une population adulte atteinte de PAR. Dans cette étude observationnelle utilisant une approche de série chronologique, aucune réduction du taux de fracture après 2002 (période suivant la dissémination des lignes directrices) n’a pu être démontrée. Cependant, l’utilisation des médicaments pour l’ostéoporose, le passage d’ostéodensitométrie, ainsi que la provision de soins pour l’ostéoporose en post-fracture ont augmenté. Cette étude démontre que malgré des années de disponibilité de traitements efficaces et d’investissement dans le développement et la promotion de lignes directrices de traitement, l’effet bénéfique au niveau de la réduction des fractures ne s’est toujours pas concrétisé dans la population atteinte de PAR, au cours de la période à l’étude. Ces travaux sont les premiers à examiner, à l’aide d’une banque de données administratives, des sujets atteints de PAR sur une période s’étalant sur 11 ans, permettant non seulement l’étude des changements de pratique clinique suivant l’apparition de nouveaux traitements ou bien de nouvelles lignes directrices, mais également de leur impact sur la santé. De plus, via l’étude des déterminants de traitement, les résultats offrent des pistes de solution afin de combler l’écart entre la pratique observée et les recommandations cliniques. Enfin, les résultats de ces études bonifient la littérature concernant la qualité des soins pharmacologiques chez les patients PAR et de la prévention des fractures. / Over the past two decades, progresses in the understanding of disease etiology, the arrival of new drugs, and the development of clinical practice guidelines may have led to a better pharmacological management of rheumatoid arthritis (RA) and osteoporosis, a common comorbidity. In this thesis, three research questions were investigated using well characterized administrative databases (RAMQ and MED-ECHO). A first study documented RA drug use in the province of Quebec. To this date, this is the only Canadian study to report on patterns of biologic DMARD use since their introduction in clinical practice. Over our study time horizon (2002-2008), the use of any DMARDs (synthetic and biologic) slightly increased in the overall RA population (1.9%, 95% CI: 1.1-2.8). However, despite clinical practice guidelines stressing the importance of early treatment, and the reimbursement of treatments by the Quebec drug plan, the results demonstrated suboptimal DMARD initiation in newly diagnosed RA (probability at 12 months: 38.5%), though DMARD initiation increased when rheumatologists were overseeing care (OR: 4.31, 95%CI: 3.73-4.97). For biologic DMARDs, the strongest predictor of initiation was the calendar year of study entry. Of subjects newly diagnosed in 2002, 1.2 in 1000 had a biologic initiated within one year, while for those newly diagnosed in 2007, it was 13.0 in 1000. The results showed that the pharmacological management of RA is improving over time, but remains below expectations. Ensuring better access to rheumatologists should be an area of focus in order to enhance the quality of RA care. A second study reported on biologic DMARD use and the risk of non-vertebral osteoporotic fractures in RA patients aged ≥50 years. Because chronic inflammation in RA interferes with bone remodeling and biologic DMARDs, in addition to their anti-inflammatory and immunosuppressive effects, are modulators of the cellular activity of osteoblasts and osteoclasts possibly leading to the preservation of bone mineral density (BMD), it was believed that their use may reduce the risk of fractures. A nested-case control study was conducted. Although a reduction in the risk of fractures subsequent to biologic DMARD use could not be demonstrated (OR: 1.03, 95% CI: 0.42-2.53), the study established the incidence rate of non-vertebral osteoporotic fractures in a Canadian RA population (11/1000 person-years) and highlighted some important risk factors. The high prevalence of osteoporosis in the RA population justifies that more attention be paid to preventing fractures. Finally, a third study investigated the impact of the 2002 Canadian osteoporosis guidelines on the pharmacological management of osteoporosis and on the rates of non-vertebral osteoporotic fractures in a RA population aged ≥50 years between 1998 and 2008. With the availability of effective osteoporosis treatments since the mid 90s, and the evolving clinical practice guidelines, a reduction in the rate of fractures was expected. Some Canadian studies have shown reductions in the rate of fractures following broader use of osteoporosis drugs and BMD testing in a general adult population, but none have specifically investigated the impact in RA. In this observational study using a time series approach, no reduction in the rate of fractures after 2002 (post guidelines dissemination) could be demonstrated. However, the use of osteoporosis drugs, BMD testing, and provision of post fracture osteoporosis care improved. This study demonstrated that years of availability of effective preventive measures and investments in the development and promotion of clinical practice guidelines have not yet translated into further reduction in the rate of fractures in our RA population over our study time horizon. This body of work is the first to examine, using healthcare administrative data, subjects with RA over a period of 11 years, allowing not only to study the changes in clinical practice following the introduction of new treatments and guidelines, but also to capture the impact on health. In addition, by studying predictors of treatment, the results provide good insights in terms of solutions to fill the gap between the observed clinical practice and guideline recommendations. Finally, the results of these studies substantiate the literature regarding the quality of RA care and the prevention of fractures.

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal