Se desarrolló un protocolo adecuado para la obtención de tubérculos in-vitro de Oxalis tuberosa "oca". Las plantas estuvieron inicialmente en el medio de Micropropagación M-10 (Medio básico MS suplementado con vitaminas, myo-inositol, pantetonato de calcio, AG3, ANA y BAP). Después de 5 a 6 semanas se les sustituyó por medios inductores de la tuberización (Medio básico White y Medio básico White-diluido 13 veces suplementados con 8% de sucrosa, vitaminas, myo-inositol y diferentes concentraciones de BAP y CCC) y se incubaron en oscuridad. También se trabajó cortando las puntas al momento de inducir la tuberización. Las diferentes accesiones de Oxalis tuberosa tuvieron comportamientos diferentes ante un mismo medio de cultivo, pudiendo sin embargo encontrarse una tuberización mas uniforme entre 0.1 y 0.25 ppm de BAP suplementados con 200 ppm de CCC pudiendo estar el medio White diluido o no dependiendo de la accesión. Finalmente el corte de puntas resultó ser un buen sistema mecánico para la inducción de la tuberización por permitir un mayor número y peso en los tubérculos. / An adequate protocol was developed to obtain in vitro microtubers of Oxalis tuberosa "oca". At first the plantlets were grown in the micropopagation medium M-10 (MS medium containing vitamins, myo-inositol, pantothenic acid, GA, NAA and BAP). After 5 – 6 weeks the propagation medium was changed by the tuber induction media tested (White medium and 13 times diluted White medium containing both 8 % sucrose, vitamins, myo-inositol and several concentrations of BAP and CCC) and maintained in continuous darkness. It was also tested tuberization response when the apical buds were cutted. Different accessions of Oxalis tuberosa have had different behaviors for the same culture medium. The more uniform response was found in the medium containning BAP between 0.1 and 0.25 ppm supplied with CCC 200 ppm. Depending on the accession The White basic medium can be diluted or not. Finally, the buds excision resulted a good mechanic system to induce the tuberization, giving us higher weight and number of microtubers.

Se determinó la actividad antifúngica in vitro de los extractos metanólicos, etanólicos e hidroalcohólicos de Hypericum laricifolium (partes aéreas), Ilex guayusa Loes (hojas), Juglans neotropica Diels (corteza), Piper lineatum (hojas), Piper spp. (hojas), Psidium guajava (hojas), Cassia reticulata Wild (planta entera) y Terminalia catappa (hojas); recolectadas en los departamentos de Amazonas y Cajamarca. La actividad antifúngica se evaluó mediante el método de difusión en agar frente a Candida albicans ATCC 10231, Aspergillus niger ATCC 16404 y Microsporum canis cepa clínica y la Concentración Mínima Inhibitoria (CMI) por el método de microdilución colorimétrico, utilizando como controles ketoconazol y fluconazol. Todos los extractos presentaron actividad antifúngica importante frente a C. albicans y M. canis, y ninguno tuvo actividad frente a A. niger. Las condiciones de laboratorio para determinar la concentración mínima inhibitoria (CMI) de C. albicans mediante el método de microdilución colorimétrico fueron: temperatura de incubación de 37°C, tiempo de incubación de 24 h, inóculo final 0,5-2,5 x 103 ufc/mL y 0,05 mg de resazurina por pozo; y, para M. canis fueron temperatura de incubación de 37°C, tiempo de incubación de 4 días, inóculo final de 1,2 – 6 x 104 ufc/mL y 0,05 mg de resazurina por pozo. Mediante microdilución se determinó que 19 (79%), 18 (75%) y 24 (100 %) de los extractos investigados presentaron CMIs ≤ 1000 µg/mL, frente a Candida albicans ATCC 10231, Candida albicans cepa clínica y Microsporum canis, respectivamente. Los extractos con la mayor actividad antifúngica fueron los de Juglans neotropica Diels, Psidium guajava y Terminalia catappa; con CMIs < 100 µg/mL. El método de microdilución colorimétrico usando resazurina demostró ser útil para el screening antifúngico de extractos de plantas. Palabras clave: Actividad antifúngica, plantas medicinales, Amazonas, microdilución colorimétrica, concentración mínima inhibitoria, Candida albicans ATCC 10231, Microsporum canis, Aspergillus niger ATCC 16440. / I was determinated the in vitro antifungal activity of ethanolic, methanolic and hydro alcoholic extracts of Hypericum laricifolium (aerial parts), Ilex guayusa loes (leaves), Juglans neotropica Diels (bark), Piper spp. (leaves), Piper lineatum (leaves), Psidium guajava (leaves), Cassia reticulata Wild (whole plant) and Terminalia catappa (leaves); colected in the departments of Amazonas and Cajamarca. The antifungal activity was evaluated by the agar diffusion method against Candida albicans ATCC 10231, Aspergillus niger ATCC 16404, and the dermatophyte Microsporum canis clinical strain and the Minimun Inhibitory Concentration (CMI) by the microdilution colorimetric method, using as controls ketoconazole and fluconazole. All of extracts showed antifungal activity against C. albicans and M. canis and no activity against Aspergillus niger. The laboratory conditions to determine the Minimun Inhibitory Concentration (CMI) of Candida albicans through the colorimetric microdilution method were: incubation temperature of 37°C, time of incubation of 24 h, final inoculums 0,5-2,5 x 103 cfu/mL and 0,05 mg de resazurin per well; and, for Microsporum canis were: incubation temperature of 37°C, time of incubation of 4 days, final inoculums 1,2-6 x 104 cfu/mL and 0,05 mg de resazurin per well. For microdilution were determinited that 19 (79%), 18 (75%) y 24 (100%) of extracts investigated, showed MICs ≤ 1000 µg/mL, against Candida albicans ATCC 10231, Candida albicans clinic strain and Microsporum canis respectively. The extracts with the best antifungal activity were those Juglans neotropica Diels, Psidium guajava and Terminalia catappa; with MICs < 100 µg/mL. The colorimetric microdilution method using resazurin proved useful for screening antifungal plant extracts. Key words: Antifungal activity, medicinal plants, Amazonas, colorimetric microdilution, Minimal Inhibitory Concentration, Candida albicans ATCC 10231, Microsporum canis, Aspergillus niger ATCC 16404.

Título de Ingeniero en Biotecnología Molecular. / La epitranscriptomica es considerada una nueva rama de las ciencias biológicas que tiene como finalidad comprender la regulación de la expresión génica mediada por modificaciones químicas en el ARN. La N6-metiladenosina o m6A, es la modificación interna más abundante descrita en los ARNm. Los miembros de la familia de proteínas YTH han sido descritos como los principales encargados de reconocer la m6A presente en los ARNm y de ejecutar su función. Así, estas proteínas son conocidas como “lectoras” de m6A. En la familia de proteínas YTH existen 5 proteínas de las cuales 4 son citoplasmáticas, (YTHDF1, YTHDF2, YTHDF3 e YTHDC2) y una nuclear (YTHDC1). Mientras las proteínas citoplásmicas han sido asociadas con la regulación de la estabilidad, traducción o degradación de los ARNm que poseen m6A, el quinto miembro es nuclear y está involucrada con los procesos de corte y empalme alternativo y la exportación nuclear de ARNm metilados. Debido a que en los últimos años se ha descrito la presencia de m6A en ARNm virales, como es el caso de VIH-1, es que ha surgido el estudio de la epitranscriptómica viral, campo donde es necesario investigar las funciones de las proteínas involucradas. En este contexto, existen datos controversiales en donde se ha reportado que YTHDF1, YTHDF2 e YTHDF3 promueven la expresión génica de VIH-1 mediante el aumento de ARNm viral en las células infectadas e inhiben las etapas tempranas de la infección al inducir la degradación del genoma viral. Sin embargo, aún se desconoce si YTHDC1 o YTHDC2 regulan alguna etapa de la replicación de VIH-1. En este trabajo se planteó determinar la localización y proximidad entre las proteínas lectoras de m6A y el ARNm de VIH-1 a través de hibridación in situ acoplada al ensayo xiii de ligación proximal (ISH-PLA), de las cuales se obtuvo como resultado que YTHDC1 e YTHDF1 interactúan con el ARNm de VIH-1 en la periferia nuclear y región citoplasmática, respectivamente. Mientras que en el caso de YTHDF2 e YTHDF3, las interacciones observadas, no nos permitieron determinar la localización exacta de estas, mediante ISH-PLA. Una vez determinado esto, se escogió la proteína YTHDC1 como objeto de estudio. Se determinó el efecto de la sobreexpresión de esta lectora de m6A en la expresión génica viral analizando los niveles de la poliproteína Gag mediante Western blot y del ARN genómico mediante RT-qPCR. Aunque no se obtuvo consistencia en los resultados obtenidos, estos sugieren que YTHDC1 posiblemente promueve la exportación nuclear del ARN genómico de VIH-1. / The epitranscriptome is consider a new Branch of biology sciences that aims to understand the regulation of gene expression by chemical modifications on the RNA. The N6-methyladenosine or m6A, it is the most abundant inter modification described on the mRNA. The members of YTH proteins family have been described as the main responsible for recognizing m6A present on the mRNA and execute its function. So, these proteins are known as “readers” of m6A. In the YTH protein family exist 5 proteins of which 4 are cytoplasmic, (YTHDF1, YTHDF2, YTHDF3 e YTHDC2) and one nuclear (YTHDC1). Meanwhile cytoplasmic proteins have been associated with the stability regulation, translation or degradation of mRNA that m6A possesses, the fifth member is nuclear and is involved in the alternative splicing and the methylated mRNA nuclear export. xiv Because the presence of m6A on viral mRNA has been described in recent years, as in the case of HIV-1, the study of viral epitranscriptome has arisen, a field where it is necessary to investigate the functions of proteins involved. In this context, there are controversial data in where it has been reported that YTHDF1, YTHDF2 and YTHDF3 promote HIV-1 genetic expression by increasing viral mRNA in the infected cells and inhibit the early stage of infection by inducing the degradation of viral genome. However, it is still unknow if YTHDC1 or YTHDC2 regulate any stage of HIV-1 replication. In this work planned to determine the location and proximity among m6A reading proteins and HIV-1 mRNA by in situ hybridization coupled to the proximal ligation assay (ISH-PLA), from which YTHDC1 was obtained as a result and YTHDF1 interact with HIV-1 mRNA in the nuclear periphery and cytoplasmic region, respectively. While in the case of YTHDF2 and YTHDF3, the observed interactions did not allow us to determine the exact location of these, through ISH-PLA. Once it was determined, the YTHDC1 protein was chosen as the object of study. The effect of overexpression of this m6A reader in viral genetic expression was determined by analyzing the Gag polyprotein and genomic RNA by Western blot and RT-qPCR. Although no consistency was obtained in the results obtained, these suggest that YTHDC1 possibility promote the nuclear export of HIV-1 genomic RNA.

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El objetivo de la presente investigación fue diagnosticar e identificar las prioridades de líneas de Investigación y Desarrollo (I+D) en biotecnología para el proyecto de innovación “Laboratorio de Fabricación Digital (Fab Lab) en el Amazonas”, de la Asociación Fab Lab del Perú, para lo cual se trabajó con un grupo de 19 investigadores, especialistas en biotecnología, de diversas instituciones que incluyeron universidades nacionales, tanto públicas como privadas, centros de investigación no universitaria, institutos públicos de investigación y empresas. Luego, mediante un proceso de evaluación cualitativa, a través de entrevistas y una encuesta de priorización, se definieron las prioridades de investigación, que servirán para la toma de decisiones y más adelante para la identificación de proyectos y estrategias específicas en las líneas de I+D elegidas. La metodología utilizada tuvo un alcance exploratorio, y se basó en identificación, diagnóstico y priorización de las líneas de I+D identificadas a través de dos criterios: el criterio de capacidad para la innovación (que a su vez incluyó subcriterios de capacidad para el desarrollo tecnológico) y el criterio de importancia, enfocado en evaluar la importancia de cada una de las líneas para abordar los desafíos del proyecto que son: conservación de la biodiversidad, desarrollo de una industria sostenible y seguridad alimentaria. El enfoque metodológico es del tipo cualitativo y utiliza una estrategia de investigación- acción. Como resultados finales de la tesis se desarrolló la identificación y el diagnóstico de las líneas de I+D a partir de las capacidades para el desarrollo tecnológico y se priorizaron las 5 líneas de acción inmediata: 1) secuenciación y código de barras para especies de plantas en la Amazonía, 2) bioinformática en la detección de genes con interés económico, 3) mejoramiento genético y de bioprocesos de interés industrial, 4) mejoramiento genético para resistencia a infestaciones o enfermedades en cultivos agropecuarios y 5) desarrollo de vacunas contra enfermedades frecuentes en la Amazonía. / Tesis

El objetivo de este estudio fue obtener lactobacilos nativos productores de exopolisacàridos de interés biotecnológico, que tengan una potencial utilidad en las diferentes industrias como bioespesantes naturales mejorando así las propiedades reológicas de los productos. Para lograr este objetivo se tomaron 30 muestras de alimentos fermentados y de fuentes naturales nativas obteniéndose 15 aislados productores de exopolisacáridos (EPS), luego se seleciono 5 aislados que produjeron la mayor cantidad de EPS. A los aislados seleccionados se les sometió a crecer a diferentes parámetros fisicoquímicos como: temperatura, pH y fuente de carbono, encontrándose que en algunos casos las condiciones óptimas de producción diferían de las de crecimiento. Asimismo los aislados fueron identificados por los métodos fenotípicos y bioquímicos tradicionales y por la prueba molecular denominada reacción en cadena de la polimerasa usando cebadores específicos para el espaciador intergénico entre los genes ribosómicos 16S y 23S. Del estudio se obtuvo que la cepa Q5-3 identificada como Lactobacillus plantarum, produjo 1.535 g/L de EPS y presento la mejor producción de EPS con glucosa a pH 5.5 y 30°C. La obtención de una cepa de Lactobacillus plantarum productora de EPS es un aporte valioso ya que le da un valor agregado a las distintas propiedades ya conocidas de este microorganismo tan utilizado en la industria alimentaria. -- Palabras clave: Bacterias Ácido Lácticas, lactobacilos, espaciador intergénico16S-23S, exopolisacárido. / -- The purpose of the present study was to obtain some original lactobacillus from Perú which had be producers of exopolysaccharide of biotechnology importance with a potential utility to industry as natural biothikeners, improving the rheological properties of the products. To achive this purpose, 30 samples were taken from fermented foods and native nature source, obtaining 15 isolated producers of exopolysaccharide (EPS). Then, 5 isolated were selected because they produced the higher quantity of EPS. All isolated selected were grown to several condition such as temperature, pH and source of carbone. It was found that in some cases the optimus condition of production was different from growth. The isolated were identified by biochemistry and phenotypic traditional methods. In addition, molecular tools as PCR (polimerase chain reaction) were also used to identify the isolated. It was found that the Q5-3 strain, identifying as Lactobacillus plantarum, produced 1.535 g/L of EPS. This strain had the best production of EPS (with glucose) as pH 5.5 and 30°C. The discovery of the Lactobacillus plantarum producer strain of EPS is an important contribution because it provides an addition value to this well-known microorganism. -- Key words: lactic acid bacteria, lactobacilli, intergenic spacer 16S-23S, exopolysaccharides. / Tesis

Las trágicas consecuencias del impacto de los maremotos motivan las investigaciones en este campo. En el presente trabajo se estudia la influencia de la aceleración de Coriolis en la propagación de un maremoto. La fuerza “aparente“de Coriolis surge en los cuerpos en movimiento respecto a la Tierra considerada como un sistema de referencia no inercial. En el estudio de la influencia del término de Coriolis sobre la propagación de las ondas de maremoto, se emplea el modelo numérico TUNAMI, el cual considera las ecuaciones de propagación de ondas en coordenadas esféricas sin incluir el término de Coriolis. Este término se ha implementado mediante una subrutina en los códigos de programación del modelo numérico. La versión resultante del modelo se verifica para el escenario del maremoto de Chile del 27 de febrero del 2010, ocurrido a las 06:34 UTC. El cual impactó mente la costa central de Chile. Severamente la costa central de Chile. Los resultados muestran que la influencia de la aceleración de Coriolis es mayor en zonas de bajas profundidades que en batimetrías profundas. / Tesis

El presente trabajo se realizó con el objetivo de inmovilizar la lipasa sobre el quitosano por medio de un enlace covalente usando la base de Schiff como unión entre la enzima, glutaraldehído y quitosano. El quitosano es un derivado de la quitina, ambos presentan múltiples áreas de aplicación. El quitosano se ha obtenido en el laboratorio a partir de la cubierta de “cangrejo” Cancer setosus por el método químico, siendo modificado en el proceso de desacetilación usando la autoclave. El quitosano obtenido presenta un alto grado de desacetilación 67,06 determinado por espectroscopía infrarroja y bajo porcentaje de proteína 0,5445 % determinado por el método de Bradford, siendo el soporte para la inmovilización de la lipasa con un rendimiento del proceso de inmovilización de 49,55 % y el rendimiento de reciclado de la enzima inmovilizada fue de 79,40 %, según el modelo basado en la generación de ácido oleico a partir de la hidrólisis del aceite de oliva. Palabras claves: Quitosano, autoclave, lipasa inmovilizada, espectroscopía infrarroja, actividad específica enzimática, ácido oleico. / Tesis

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Manifiesta que las haloarqueas son microorganismos extremadamente halófilos pertenecientes a la famila Halobacteriaceae del dominio Archaea. Se han descrito 33 géneros diferentes cuyos miembros son halófilos especializados teniendo toda su maquinaria celular adaptada a salinidades elevadas y con diferentes capacidades metabólicas, siendo productores de carotenoides, biopolímeros, enzimas y bacteriorodopsina. Con el objetivo de aislar y caracterizar haloarqueas productoras de carotenoides de ambientes salinos peruanos, se tomaron muestras de agua y sales de salineras localizadas en Huacho, Lima y Maras, Cusco. Además, se recogieron muestras de los Pantanos de Villa, Lima. Primero, se enriquecieron las muestras con el caldo de cultivo SW al 20 % de NaCl adicionado de extracto de levadura 0,2 % y se incubaron a 37 °C por 5 días. Luego, 50 uL de cada enriquecimiento fueron sembrados por separado en placas con el medio SW con la misma composición del caldo de enriquecimiento pero con agar 2 % e incubados a 37°C por 7 días. Cuarenta y dos aislados purificados fueron distribuidos en 8 grupos (I al VIII) en base a los patrones de restricción obtenidos por la digestión doble de sus genes ribosómicos 16S con las enzimas Rsa I y Hinf I. El análisis de las secuencias parciales de los genes ribosómicos 16S usando cebadores específicos para el dominio Archaea mostraron que las 8 cepas estaban asociadas filogenéticamente con géneros de la familia Halobacteriaceae; Haloferax (grupo I, 99% de similitud), Haloarcula (grupos II al V, 91 a 97 % de similitud), Halogeometricum (grupos V y VI, 90 a 93 % de similitud) y Halorubrum (grupo VIII, 99 % de similitud). Además, permitió identificar categóricamente a 6 cepas (99 % de similitud); 03 como Haloarcula (MO1S4A, M02S4A y HE02), la cepa M02S9A como Haloferax y HE03 como Halorubrum. Por otro lado, las pruebas fenotípicas realizadas revelaron que las 8 cepas presentaban rasgos característicos de las haloarqueas como el elevado requerimiento salino para el crecimiento (NaCl 5 – 15 %) y la suceptibilidad a la novobiocina y a la bacitracina. Además, las cepas de Haloarcula fueron capaces de hidrolizar almidón o gelatina; mientras que las cepas de Haloferax y Halorubrum hidrolizaron almidón. Estas actividades hidrolíticas fueron realizadas en altas concentraciones salinas (NaCl 10-20%); por lo tanto, las haloarqueas nativas caracterizadas o sus enzimas podrían ser usadas en procesos industriales realizados bajo tales condiciones extremas. / Tesis

Seminario de Título entregado a la Universidad de Chile en cumplimiento parcial de los requisitos para optar al Título de Ingeniero en Biotecnología Molecular. / El cerezo (Prunus avium) y el durazno (Prunus persica) corresponden a cultivos de exportación de alta rentabilidad para Chile. Dentro de los diversos factores comerciales asociados al fruto, se encuentran parámetros fisiológicos como el tamaño del fruto, sólidos solubles y tiempo de maduración, algunos de los cuales se conocen como índices de maduración. Estos, son regulados en diversas especies por reguladores del crecimiento de plantas, entre los cuáles se encuentra citoquinina, una fitohormona involucrada en los procesos de división y diferenciación celular. Con el objetivo de estudiar los factores moleculares de cereza y durazno involucrados en la respuesta a citoquinina, en este trabajo se realizaron análisis cuyo objetivo es determinar si en frutos de cereza y durazno los “Top 25 de genes inducidos por citoquinina”, que son fuertemente inducidos por citoquinina en la planta modelo Arabidopsis, mantienen este patrón de expresión frente al tratamiento exógeno de citoquinina. Mediante BLAST bidireccionales, se identificaron 12 y 13 posibles ortólogos de este conjunto de genes en el genoma de Prunus avium y Prunus persica respectivamente, donde 11 de ellos se comparten entre ambas especies. De estos 11 posibles genes ortólogos analizados en la plataforma INTERPROSCAN, todos presentaron los dominios proteicos característicos de las proteínas codificadas por estos genes de Arabidopsis. Además, análisis a nivel genómico de estos posibles ortólogos mostraron que, algunos de estos genes conservan su estructura genómica, mientras que otros divergen entre las especies. Dentro del mismo análisis, se observó que todos los 11 genes presentan elementos en cis de respuesta a citoquinina a lo largo de sus loci. Adicionalmente, algunos presentanelementos en cis de respuesta a giberelina y ácido abscísico, sugiriendo que podrían estar regulados por más de una fitohormona. De estos 11 genes, la localización genética de cinco de ellos se encuentra dentro de algún QTL previamente descrito y localizado en el mapa TxE, mientras que tres de ellos están dentro de un QTL de Ripening, sugiriendo que estos genes podrían estar relacionados con este proceso. Los niveles de transcrito de siete de estos posibles ortólogos fueron medidos mediante RT-qPCR, mostrando que la expresión es inducida por la aplicación exógena de citoquinina en cereza y durazno, y lo hacen en una manera especie específica. Los resultados sugieren que estos genes estarían bajo los mecanismos moleculares por los cuáles la fitohormona citoquinina ejerce su regulación. / In Chile, Sweet cherry (Prunus avium) and Peach (Prunus persica) are high yield export crops. Among the diverse commercial factors associated with these fruits, physiological parameters such as fruit size, soluble solids and the ripening time, some of which are known as indicators for the ripening. These have been described to be regulated in various species by plant growth regulators such as cytokinin. With the aim of studying the molecular factors associated with cytokinin response of sweet cherry and peach, the present study focused on performing analyses to identify if the “Top 25 cytokinin induced genes”, which are strongly modulated by the phytohormones cytokinin in the model plant Arabidopsis thaliana, are conserved in sweet cherry and peach fruits. Using a bidirectional BLAST, 12 and 13, putative orthologous of this set of genes were identified in the Prunus avium and Prunus persica genomes, respectively, 11 of which are conserved between both species. Of these 11 putative orthologous genes analyzed in the INTERPROSCAN platform, they all presented the protein domains characteristic of the proteins encoded by Arabidopsis genes. Additionally, analysis of these putative orthologous at the genomic level revealed that, some of these genes are conserved in the genomic structure, while others diverge between the species. Within the same analysis, these 11 genes have cis-regulatory elements to cytokinin throughout their loci. Additionally, some have gibberellin and abscisic acid responsive cis-regulatory elements, suggesting that they could be regulated by more than one phytohormone. Of these 11 genes, five of them are located in a QTL previously described and positioned on the TxE map, while three of them are in a Ripening QTL, suggesting that these genes could be related to the ripening process. The transcript levels of seven of these putative orthologous were measured by RT-qPCR, showing that the expression is induced by exogenous application of cytokinin in sweet cherry and peach, and they do so in a species-specific manner. The results suggest that these genes are candidate genes possibly responsible for the underlying molecular mechanisms by which the phytohormone cytokinin exerts its regulation. / Los recursos materiales y el financiamiento fueron proporcionados por el Laboratorio de Genética Molecular Vegetal del Instituto de Nutrición y Tecnología en Alimentos (INTA) bajo el Proyecto FONDECYT #1171016 y bajo el Proyecto ENLACE, VID Universidad de Chile ENL006/2016.