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Correlação entre capacidade ectonucleotidásica de isolados de Lactobacillus e a produção de citocinas por células dendríticas.

Pereira, Hellem Crhistina Damazo January 2014 (has links)
Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia. Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Pró-Reitoria de Pesquisa de Pós Graduação, Universidade Federal de Ouro Preto. / Submitted by giuliana silveira (giulianagphoto@gmail.com) on 2016-03-22T17:27:01Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO_CorrelçaoCapacidadeEctonucleotidásica.pdf: 1915336 bytes, checksum: 791ba29f673a9a0f4566d6f2432bc73b (MD5) / Approved for entry into archive by Gracilene Carvalho (gracilene@sisbin.ufop.br) on 2016-04-05T14:05:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO_CorrelçaoCapacidadeEctonucleotidásica.pdf: 1915336 bytes, checksum: 791ba29f673a9a0f4566d6f2432bc73b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-05T14:05:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO_CorrelçaoCapacidadeEctonucleotidásica.pdf: 1915336 bytes, checksum: 791ba29f673a9a0f4566d6f2432bc73b (MD5) Previous issue date: 2014 / Probióticos são microrganismos vivos que, quando administrados de forma adequada, agregam benefícios à saúde do hospedeiro. Várias espécies do gênero Lactobacillus apresentam efeito probiótico comprovado e são importantes moduladoras do sistema imune intestinal. Os probióticos estimulam as células dendríticas (DCs) a produzirem citocinas que diferenciam as células T em Th1, Th2, Th17 ou Treg. As ectonucleotidases são enzimas capazes de hidrolisar nucleotídeos di e trifosfatados. Essas ectoenzimas são importantes para a modulação da resposta imune intestinal devido à hidrólise de ATP, que quando aumentada no meio extracelular é considerada uma molécula inflamatória. Por outro lado o acúmulo de adenosina, através da hidrólise de ATP em AMP, pela 5’-nucleotidase, estimula a resposta anti-inflamatória. O objetivo do trabalho foi relacionar a atividade ectonucleotidásica de diferentes linhagens de Lactobacillus com a capacidade de ativação de DCs e a produção de citocinas. Os Lactobacillus foram incubados com ATP, ADP ou AMP e os níveis de hidrólise foram avaliados através da liberação de fosfato inorgânico (Pi). Demonstrouse que os lactobacilos hidrolisam ATP diferentemente, dependendo da linhagem, sendo que Lactobacillus mali L.11 e Lactobacillus acidophilus L.36 apresentaram maior capacidade de hidrólise de ATP. Não foi observado hidrólise significativa de ADP e AMP. Ao agruparmos as linhagens com e sem atividade, foi possível verificar o aumento significativo da atividade de L. mali L.11 e L. acidophilus L.36 quando comparado às linhagens que apresentaram pouca atividade ectonucleotidasica. Além disso, as DCs foram estimuladas com os lactobacilos, por 20 horas e os resultados dessa estimulação demonstrou que as linhagens não alteraram. Além disso, as DCs foram estimuladas com Lactobacillus, por 20 horas e não demonstrou alteraração na expressão de CD40, CD86 e MHCII. Por fim observou-se a produção de citocinas após a estimulação por 20 horas. Houve um aumento de IL-6, TNF- α e IL-10 em relação às DCs não estimuladas. De maneira interessante, IL-12 teve a produção aumentada quando da estimulação de DC com L. mali L.10, que também mostrou baixa capacidade de hidrolisar ATP. Curiosamente, L. mali L.11 e L. acidophilus L.36 mostraram uma diminuição significativa da produção de IL-12, o que pode está relacionado com a alta capacidade de hidrólise dessas cepas. Conclui-se então que Lactobacillus possuem capacidade ectonucleotidásica diferenciada e que a hidrólise de ATP pode ser relacionada com a produção de citocinas por DCs e, consequentemente, com a diferenciação de linfócitos T durante a resposta imune intestinal. __________________________________________________________________________________________________________________________ / ABSTRACT : Probiotics are live microorganisms which, when administered properly, add health benefits to the host. Several species of the genus Lactobacillus have proven probiotic effect and are important modulators of the intestinal immune system. Probiotics stimulate dendritic cells (DCs) to produce cytokines that T cells differentiate into Th1, Th2, Treg and Th17. The ectonucleotidases are enzymes that hydrolyze nucleotide diand triphosphates. These ectoenzymes are important for the modulation of intestinal immune response due to ATP hydrolysis, which when raised in the extracellular medium is considered an inflammatory molecule. On the other hand, the accumulation of adenosine by hydrolysis of ATP to AMP by 5'-nucleotidase, stimulates antiinflammatory response. The objective was to relate the ectonucleotidásica activity of different strains of Lactobacillus with the ability of DCs activation and cytokine production. Lactobacilli were incubated with ATP, ADP or AMP and hydrolysis levels were assessed by the release of inorganic phosphate (Pi). It has been shown that lactobacilli hydrolyze ATP differently, depending on the strain, and Lactobacillus acidophilus and Lactobacillus mali L.11 L.36 showed greater capacity for ATP hydrolysis. No significant hydrolysis of ADP and AMP was observed. When we group the strains with and without activity, we observed a significant increase in activity of L. acidophilus and L. mali L.11 L.36 compared to strains that showed little ectonucleotidasica activity. Furthermore, DCs were stimulated with lactobacilli for 20 hours and the results of stimulation showed that the strains do not change. Furthermore, DCs were stimulated with Lactobacillus for 20 hours and showed no alteraração expression of CD40, CD86 and MHCII. Finally the observed production of cytokines after stimulation for 20 hours. There was an increase in IL-6, TNF-α and IL- 10 compared to non-stimulated DCs. Interestingly, IL-12 production was increased when the stimulation of DC with L. mali l.10, which showed poor ability to hydrolyze ATP. Interestingly, L. acidophilus and L. mali L.11 L.36 showed a significant decrease of IL-12, which can associated with high hydrolysis capability of these strains. It is concluded that Lactobacillus ectonucleotidásica have different capabilities and the hydrolysis of ATP may be related cytokine production by DCs and therefore with the differentiation of T lymphocytes in the intestinal immune response. Keywords: Probiotics,
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Caracterização molecular de transportadores ABC e análise dos níveis intracelulares de antimônio em populações de Leishmaniaspp. do Novo Mundo sensíveis e resistentes ao antimonial trivalente

Moreira, Douglas de Souza January 2012 (has links)
Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2013-12-13T18:17:24Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Douglas de Souza Moreira.pdf: 7794967 bytes, checksum: 2d88472031668d7a41792b1f3ad4546e (MD5) / Made available in DSpace on 2013-12-13T18:17:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação Douglas de Souza Moreira.pdf: 7794967 bytes, checksum: 2d88472031668d7a41792b1f3ad4546e (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas René Rachou / Transportadores ABC (ATP-binding cassette) abrangem proteínas transmembrana, que utilizam a energia resultante da hidrólise de ATP, para transportar uma variedade de moléculas através de membranas biológicas, incluindo drogas quimioterapêuticas. Alguns membros dessa superfamília ABC estão associados com quimioresistência através da superexpressão de proteínas de resistência a múltiplas drogas (multidrug resistance associated protein – MRP). Uma dessas proteínas é a Pgp (P-glicoproteína), que está relacionada à resistência através da extrusão de compostos tóxicos da célula. O gene MRPA, um transportador da subfamília ABCC, está envolvido na resistência pelo sequestro do conjugado metal-tiol em vesículas próximas da bolsa flagelar da Leishmania. Neste estudo, formas promastigotas de populações sensíveis e resistentes ao antimonial trivalente (SbIII) de quatro espécies de Leishmania, L. (V.) guyanensis, L. (L.) amazonensis, L. (V.) braziliensise L. (L.) infantum chagasi, foram analisadas quanto: a localização cromossômica, presença de amplificação extracromossomal e análise da amplificação do gene MRPA; níveis de mRNA dos genes MRPA e MRP; expressão da proteína Pgp e determinação do nível intracelular de SbIII. Ensaios de PFGE indicaram a associação de amplificação cromossomal e extracromossomal do gene MRPA com o fenótipo de resistência à droga nas espécies de Leishmania estudadas. Os resultados obtidos através dee lise alcalina dos parasitos mostraram a presença de amplificação extracromossomal apenas na amostra resistente de L. (V.) braziliensis. Análises de Southern blot com as endonucleases BamHI e HindIII indicaram a presença de polimorfismos na sequência do gene MRPA em algumas amostras de Leishmania analisadas. Adicionalmente, foi observada amplificação desse gene nas populações de Leishmania resistentes ao SbIII. Ensaios de PCR quantitativo em tempo real mostraram aumento dos níveis de mRNA do gene MRPA nas populações resistentes de L. (L.) amazonensis e L. (V.) braziliensis, comparado com seus respectivos pares sensíveis. Os níveis de mRNA do gene MRP estão aumentados em todas as populações de Leishmania resistentes ao SbIII analisadas neste estudo. Os resultados de Western blot revelaram que a proteína Pgp está mais expressa nas populações resistentes de L. (V.) guyanensis eL. (L.) amazonensis. Os dados obtidos de quantificação dos níveis intracellulares de SbIII por espectrometria de absorção atômica em forno de grafite mostraram uma redução no acúmulo de SbIII, nas populações resistentes de L. (V.) guyanensis,L. (L.) amazonensise L. (V.) braziliensis, quando comparadas às respectivas populações sensíveis. Nossos resultados indicam que os mecanismos de resistência ao antimônio são diferentes entre as espécies de Leishmania analisadas. / ATP-binding cassette (ABC) transporters comprise transmembrane proteins that use energy from ATP hydrolysis to transport a variety of molecules across biological membranes, including chemotherapeutic drugs. Some members of this ABC superfamily are associated with chemoresistance by overexpression of multidrug resistance associated proteins (MRP). One of these proteins is the Pgp (P-glycoprotein), which is associated with resistance by extruding toxic compounds outside the cell. The MRPA gene, a transporter of ABCC subfamily, is involved in the resistance by sequestering metal-thiol conjugate in vesicles close to the flagellar pocket of Leishmaniaparasite. In this study, promastigote forms of susceptible and trivalent antimony (SbIII)-resistant populations of four Leishmaniaspecies, L. (V.) guyanensis, L. (L.) amazonensis, L. (V.) braziliensis and L. (L.) infantum chagasi, were analyzed for: chromosomal location, presence of extrachromosomal amplification and analysis of amplification of the MRPA gene; the mRNA levels of MRPA and MRP genes; Pgp protein expression and determination of intracellular SbIII level. PFGE analysis indicated the association of chromosomal and extrachromosomal amplification ofMRPA gene with SbIII-resistance phenotype in Leishmania species studied. The results obtained by alkaline lysis of these Leishmanias amples showed the presence of extrachromosomal amplification only in the SbIII-resistant L. (V.) braziliensis population. Southern blot analysis with the endonucleases BamHI and HindIII indicated the presence of polymorphisms in the sequence of MRPA gene in some Leishmania samples analyzed. Additionally, we observed amplification of thisgene in all SbIII-resistant Leishmania populations analyzed. Real-time quantitative RT-PCR assays showed increased levels of mRNA MRPA gene in SbIII-resistant populations of L. (L.) amazonensis and L. (V.) braziliensis compared to their respective susceptible counterparts. The levels of mRNA MRP gene are increased in all SbIII-resistant Leishmania populations analyzed in this study. Western blot analysis revealed that Pgp protein is more expressed in SbIII-resistant L. (V.) guyanensisand L. (L.) amazonensispopulations. The intracellular level of SbIII quantified by graphite furnace atomic absorption spectrometry showed a reduction in the accumulation of Sb in SbIII-resistant L. (V.) guyanensis, L. (L.) amazonensisand L. (V.) braziliensis populations when compared to their respective susceptible populations. Our results indicate that the mechanisms of antimony-resistance are different between species of Leishmania analyzed.
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Análise da resistência antimicrobiana em cepas de Pseudomonas aeruginosa isoladas em Unidades de Tratamento Intensivo em Manaus

Dini, Vanda Santana Queiroz 04 October 2016 (has links)
Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-03-14T11:15:18Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Vanda S. Q. Dini.pdf: 3327102 bytes, checksum: 159dd47f2d164189acf76615ebf5f409 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-03-14T11:15:34Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Vanda S. Q. Dini.pdf: 3327102 bytes, checksum: 159dd47f2d164189acf76615ebf5f409 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-03-14T11:15:51Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Vanda S. Q. Dini.pdf: 3327102 bytes, checksum: 159dd47f2d164189acf76615ebf5f409 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-14T11:15:51Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Vanda S. Q. Dini.pdf: 3327102 bytes, checksum: 159dd47f2d164189acf76615ebf5f409 (MD5) Previous issue date: 2016-10-04 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Introduction: Pseudomonas aeruginosa resistant to multiple antibiotics (MDR , multi-drugresistance and PDR , pan-drug-resistance ) is a frequent etiologic agent of nosocomial infections, mainly affecting immunocompromised patients, such as those admitted to the Intensive Care Unit (ICU). Objectives: (1) Detect P. aeruginosa resistant to multiple antimicrobials in patients, professionals and hospital environment; (2) Identify genetic factors that confer antibiotic resistance such as integrons, gene cassettes and genes encoding enzymes β-lactamases; and (3) Detect clonal groups among isolates MDR/PDR. Methods: Samples were collected samples from patients, professionals and structures in ICUs of Hospitals 28 de Agosto (HPS28), Francisca Mendes (HUFM) e João Lúcio Pereira Machado (HPSJL), which were isolated and identified strains of P. aeruginosa by classical and molecular microbiological methods (amplification and sequencing of the 16S rRNA gene); The antimicrobial resistance profile was determined by disk diffusion technique; The research groups was determined by clonal genetic similarity among isolates MDR/PDR by PFGE; The detection of genes that encode resistance (integrons, gene cassettes and β-lactamases enzymes) was performed by PCR and confirmed by RFLP and/or genetic sequencing. Results: The phenotypes MDR and PDR were detected, respectively, 13.3 % and 1.2 % of the isolates. In 32 (38.5%) were detected class integrons 1. Of these, three (3.6%) were also positive for integrons class intengrons 2. The presence of the isolates showed statistical correlation (P<0.05) with significant phenotypic resistance to the tested drugs. A high frequency of integrons contained no genetic cassette or carried only genes that encode resistance to aminoglycosides streptomycin and spectinomycin and trimethoprim. The β- lactamase showed the production of enzyme KPC -2 study (66,7%), VIM (8.3%) and OXA - 50 (100%) P. aeruginosa isolates MDR/PDR. Two clonal groups were detected among MDR/PDR isolates, indicating clonal intra and inter-hospital. Conclusion: The isolation of P. aeruginosa from hospitals studied shows that these pathogens, which can cause severe nosocomial infections, in particular MDR and PDR strains are spreading in a hospital environment. Moreover, it appears that the presence of genetic elements such as integrons, gene cassettes and genes encoding β-lactamases are correlated to the resistance fenótops these isolates and therefore potential genetic mechanisms that confer antimicrobial resistance. Nevertheless, further studies are needed to assess the contribution of other molecular mechanisms and the selective pressure exerted by antimicrobial agents that contribute to the development of these phenotypes. / Introdução: Pseudomonas aeruginosa resistente a múltiplos antimicrobianos (MDR, multidrug- resistance e PDR, pan-drug-resistance) é um agente etiológico frequente em infecções hospitalares, acometendo principalmente pacientes imunossuprimidos, tal como os internados em Unidade de Tratamento Intensivo (UTI). Objetivos: (1) Detectar P. aeruginosa resistente a múltiplos antimicrobianos em pacientes, profissionais e estruturas hospitalares; (2) identificar fatores genéticos que conferem resistência antimicrobiana, tais como integrons, cassetes gênicos e genes codificadores de enzimas β-lactamases; e (3) Detectar grupos clonais entre os isolados MDR/PDR. Metodologia: Foram realizadas coletas de amostras de pacientes, profissionais e estruturas de UTIs dos Hospitais 28 de Agosto (HPS28), Francisca Mendes (HUFM) e João Lúcio Pereira Machado (HPSJL), dos quais foram isoladas e identificadas cepas de P. aeruginosa por metodologia microbiológica clássica e molecular (amplificação e sequenciamento do gene 16s rRNA); O perfil de resistência aos antimicrobianos foi determinado pela técnica de disco-difusão; A pesquisa de grupos clonais foi determinada por similaridade genética entre os isolados MDR/PDR por PFGE; A detecção de genes que codificam resistência (integrons, cassetes gênicos e enzimas β-lactamases) foi realizada por PCR e confirmadas por RFLP e/ou sequenciamento genético. Resultados: Os fenótipos MDRs e PDR foram detectados em, respectivamente, 13,3% e 1,2% dos isolados estudados. Em 32 (38,5%) foram detectados integrons de classe 1. Destes, três (3,6%) também foram positivos para integrons de classe 2. A presença de intengrons nos isolados estudados demonstra correlação estatística (P<0,05) significativas com os fenótipos de resistência aos fármacos testados. Uma alta frequência de integrons não continha cassete gênico ou apenas carregava genes que codificavam resistência aos aminoglicosídeos estreptomicina e espectinomicina e ao trimetropin. A pesquisa de β-lactamases revelou a produção de enzimas KPC-2 (66,7%), VIM (8,3%) e OXA-50 (100%) por isolados de P. aeruginosa MDR/PDR. Dois grupos clonais foram detectados entre os isolados MDR/PDR estudados, indicando disseminação clonal inter e intrahospitalares. Conclusão: O isolamento de P. aeruginosa a partir dos hospitais estudados evidencia que esses patógenos, capazes de causar graves infecções nosocomiais, em especial, cepas MDR e PDR, estão se disseminando em ambiente hospitalar. Além disso, constata-se que a presença de elementos genéticos como integrons, cassetes gênicos e genes codificadores de β-lactamases estão correlacionadas aos fenótops de resistência nesses isolados, sendo, portanto, mecanismos genéticos potenciais capazes de conferir resistência antimicrobiana. Apesar disso, estudos futuros são necessários para avaliar a contribuição de outros mecanismos moleculares e a pressão seletiva exercida pelos antimicrobianos que contribuem para o desenvolvimento destes fenótipos.
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Transporte de pilocarpina em suspensões celulares de Pilocarpu microphyllus / Transport of pilocarpine in cell suspension culture of Pilocarpus

Andreazza, Nathalia Luiza, 1984- 12 August 2018 (has links)
Orientador: Paulo Mazzafera / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Insituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-12T18:35:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Andreazza_NathaliaLuiza_M.pdf: 3988387 bytes, checksum: 14f12a095b5cbb5989b090f57b961f01 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: A pilocarpina é um alcalóide imidazólico, que possui como única fonte natural spécies do gênero Pilocarpus. Este alcalóide é utilizado no tratamento de glaucoma e xerostomia. O elevado custo de folhas de Pilocarpus microphyllus no mercado internacional e conseqüente extrativismo predatório resultaram na sua inclusão na lista de espécies em extinção do IBAMA. Na busca de fontes alternativas do alcalóide conseguiu-se demonstrar que suspensões celulares desta espécie podem ser um modelo para produção e estudo da biossíntese e do transporte de pilocarpina, uma vez que produz os mesmos alcalóides encontrados nas folhas. A extração de pilocarpina a partir do meio de cultura poderá minimizar a quantidade de solventes altamente poluentes utilizados na extração deste alcalóide a partir das células, assim como, reduzir a contaminação por outros constituintes celulares. Neste contexto o presente trabalho teve como objetivo inicial determinar o local e limite de acúmulo intracelular de pilocarpina e verificar se o fornecimento externo de altas doses do alcalóide causaria toxidez às células produtoras e não produtoras de pilocarpina. Em seguida, caracterizar a absorção do alcalóide pelas células submetidas a diferentes valores de pH do meio de cultura e também identificar o mecanismo de transporte do alcalóide nas suspensões procurando definir qual é a proteína de membrana responsável pelo transporte de pilocarpina entre células e meio de cultura através do uso de inibidores de transportadores da família das ATPases e ATP-binding cassete proteins (ABC). Os testes histoquímicos e o ensaio de fracionamento celular, apesar de não conclusivos, indicaram o acúmulo de pilocarpina no vacúolo, ainda que a fração correspondente a essa organela venha misturada com o conteúdo do citoplasma. As informações sobre a localização subcelular em adição aos dados de toxicidade mostraram que pilocarpina apresenta forte citotoxicidade a cultura de plantas que não apresentam sua via de biossíntese. Culturas de P. microphyllus produtoras de pilocarpina apresentaram uma clara tolerância às altas doses do alcalóide (crescimento semelhante ao controle), mesmo que não produzindo o alcalóide em altas quantidades. Isto sugere a existência de um mecanismo de detoxificação espécifico-específico nas células aqui estudadas, que evitam a toxicidade de seus alcalóides (pilocarpina e pilosina) armazenando-os no vacúolo. Nos ensaios de absorção do alcalóide em diferentes valores de pH, observou-se que quanto maior o pH, menor a absorção do alcalóide. Nos ensaios com os inibidores de proteínas transportadoras de membrana verificou-se que as menores taxas de inibição na absorção e liberação provocadas por inibidores específicos de ATPases, a bafilomicina e pelo NH4Cl, não descartam a participação destas proteínas, mas podem indicam uma menor participação, visto que a inibição provocada pela azida sódica, também um inibidor de ATPases, foi muito intensa. Contudo, os resultados de absorção e liberação de pilocarpina mostraram intensa inibição na presença dos inibidores de ABCs o que aponta para um transporte de pilocarpina mediado por esta família de proteínas, tanto para fora como para dentro da célula. Por fim, os ensaios de cinética apontam para uma inibição do tipo competitiva gerada pelos dois inibidores utilizados, sendo que os menores valores da Constante de Inibição (Ki), encontrados para a nifedipina indicam que este composto possue uma ação inibitória mais intensa que o vanadato de sódio. / Abstract: Leaves of species from Pilocarpus genus are the only known source of pilocarpine, an imidazole alkaloid, which has been used for the treatment of glaucoma and xerostomy. Because the leaves of jaborandi are collected from plants living in the wild and the high price of pilocarpine in the international market, jaborandi was included in the endangered species list of IBAMA. Looking for alternative sources of this alkaloid, it has been shown that cell suspension cultures of Pilocarpus microphyllus can be a model to study the production of pilocarpine as well as a model to study its biosynthesis and metabolism, as it produces the same alkaloids that are found in leaves. Previous studies showed that high concentrations of nitrogen and the medium pH resulted in higher production and release of pilocarpine to the medium culture. Therefore, the objective of this study was to define the cell intracellular accumulation of pilocarpine and verify if exogenous by supplied pilocarpine to jaborandi cell suspensions is toxic to the cells. Moreover, the absorption of pilocarpine by cells treated with exogenous by supplied pilocarpine at different medium pH, as well as, the alkaloid transport mechanism through the cell membrane, using inhibitors of the protein families ATPases and ATP-Binding Cassette, were studied. The histochemical tests and the cell fractionation assays showed the accumulation of pilocarpine in the vacuole. This, together with the results of experiments that showed that pilocarpine was not toxic to jaborandi cells, suggests that vacuolar transport may be one of the mechanisms for the detoxification of pilocarpine in this species. In the absorption assays with different medium pH, the higher the pH, the lower absorption of pilocarpine by the cells. Bafilomicin and NH4Cl, which are ATPase inhibitors, were the least effective inhibitors among all the inhibitors tested for absorption and release of pilocarpine. This result does not discard the participation of these proteins in the process but indicate that they are less important, in view of the fact that inhibition by sodium azide which affects both ABC and ATPases, was very effective. The results on absorption and release of pilocarpine by the jaborandi cells showed strong inhibition by specific ABC inhibitors, which indicates an important participation of this protein family in the transport of the alkaloid through the cell membranes. Kinetics assays showed that inhibition was a reversible competitive type in the presence of nifedipine and sodium vanadate. The lowest Inhibition Constant (Ki) was observed for nifepidine. / Mestrado / Mestre em Biologia Vegetal
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Estudos estruturais e funcionais das enzimas SsuD e SsuE do sistema de transporte do tipo ABC de alcano sulfonatos e da proteína ligadora periplasmática PbP da bactéria Xanthomonas axonopodis pv.citri / Structural and funcional studies of the enzymes SsuD and SsuE from the alkanesulphonate ABC transporter and the periplasmic binding protein (PbP) from Xanthomonas axopodis pv.citri

Pegos, Vanessa Rodrigues, 1987- 17 August 2018 (has links)
Orientador: Andréa Balan Fernandes / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-17T16:02:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pegos_VanessaRodrigues_M.pdf: 19133775 bytes, checksum: abcda42c9097c7e59ea61175934c2304 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: A captação de sulfato em Escherichia coli é dependente do transportador do tipo ABC (do inglês, ATP Binding Cassete), SbpCysAWD, pertencente a um regulon que envolve 26 genes. Na ausência de sulfato, a bactéria induz a expressão de dois outros transportadores ABC, o de proteínas do sistema de transporte de alcanosulfonatos (SsuABCDE) e de sulfonatos alifáticos (TauABCDE), que são responsáveis pela captação, incorporação e oxidação destes compostos a sulfito e aldeído. Embora não comprovado funcionalmente, Xanthomonas axonopodis pv. citri apresenta todos os genes envolvidos neste regulon e, neste trabalho, dando continuidade à caracterização do transportador SsuABCDE, foi realizada pela primeira vez, a caracterização estrutural e funcional das enzimas SsuD e SsuE. Análises bioquímicas associadas às análises de bioinformática e modelagem molecular, revelaram que as enzimas SsuD e SsuE constituem um sistema de dois componentes, no qual a SsuD seria a óxido-redutase responsável pela oxidação do NAD(P)H, seguida da redução da FMN. A proteína foi expressa e purificada a partir de células de E. coli com massa molecular de 39 kDa, e se organiza na forma de um octâmero, conforme demonstrado por experimentos de espalhamento de raios X a baixo ângulo e ultra-centrifugação. O modelo da estrutura tridimensional da SsuD revela uma proteína com enovelamento barril-TIM, com conservação de resíduos que permitem a oligomerização e a interação com NAD(P)H, mas não com flavina. Ensaios enzimáticos mostraram que a SsuD liga NADP(Pbp) com alta afinidade (0,21 µM) e é capaz de oxidá-lo conforme os parâmetros cinéticos de Km: 0.1877 µM -1; Kcat: 7,192 s-1; Vmáx: 0.7911 µM/min; Kcat/Km: 3,8 x 107 m-1S-1. Ainda, foram obtidos cristais da SsuD em diferentes condições as quais estão em fase de refinamento. As análises de bioinformática da SsuE sugerem que ela seja a óxido-redutase do sistema. O trabalho ainda mostra a caracterização da proteína Pbp de X. axonopodis, do suposto sistema de transporte de fosfonatos. A Pbp foi expressa com massa molecular de 33 kDa, e as análises espectroscópicas revelaram alterações conformacionais na estrutura secundária na presença de fosfonatos e fosfato, bem como aumentada estabilidade térmica na presença de espermidina, usada nos ensaios de cristalização. Cristais foram obtidos em diferentes condições e devem ser usados para os testes de difração. Os resultados apresentados neste trabalho revelam dados de proteínas e sistemas de X. axonopodis ainda não estudados e serão importantes para direcionar futuros estudos sobre a função destas na bactéria, tanto em condições laboratoriais, como em testes in vivo, durante infecção na planta / Abstract: Sulfur uptake in Escherichia coli is dependent of the ABC transporter SbpCysAWD (ATP Binding Cassete), which belongs to a regulon with 26 genes. In the sulfate absence, the bacteria induces the expression of two other ABC transporters, for alkanesulfonates (SsuABCDE) and aliphatic sulfonates (TauABCDE), which are responsible for the uptake and oxidation of these compounds to sulfite and aldehyde. Although its functionality has been not showed, Xanthomonas axonopodis pv. citri has all the genes involved in this regulon, including the alkanesulfonate transporter and enzymes. In order to continue the characterization of this transport, this work shows for the first time, the structural and functional characterization of the proteins SsuD and SsuE. Biochemical analyses associated to the bioinformatics and molecular modeling tools revealed that the SsuD and SsuE form a two-components system, where SsuD is the oxidoreductase responsible for the NAD(P)H oxidation followed by the FMN reduction. The protein was expressed and purified from E. coli cells with a molecular mass of the 39 kDa and it is organized in a octamer, such was demonstrated by the small angle scattering X-ray and ultracentrifugation assays. The tri-dimensional model of SsuD reveals a TIM barrel folding and conservation of residues that allow the oligomerization and NADP interaction. Enzymatic assays showed a high affinity binding of SsuD and NADP (0,21 µM) and that the protein was able to obtain the cinetic parameters, such as Km: 0.1877µM -1; Kcat: 7,192 s-1; Vmáx: 0.7911 µM/min; Kcat/Km: 3,8x 10-7 m 1S-1. Indeed, SsuD crystals were obtained in different conditions. The work still shows the charactrization of the Pbp protein, from X. axonopodis, believed to be the fosfonate/fosfate binding protein. Pbp was expressed with a molecular mass of 33 kDa, and spectroscopic analyses revealed conformational changes at the secondary structure content in presence of fosfonates, as well as an increased thermal stability in presence of spermidine, which was used for the crystallization trials. Crystals were obtained but still not tested. All results presented in this work can bring some light to the strategies that X. axonopodis uses for growth and infection and they will direct our studies for laboratorial and in vivo analyses / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestre em Genética e Biologia Molecular
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Glicação avançada em macrófagos diminui o conteúdo dos receptores de HDL - ABCA-1 e ABCG-1- e induz acúmulo intracelular de 7 -cetocolesterol / Advanced Glycation in macrophages decreases the content of the HDL receptor ABCA-1 and ABCG-1 - and induces intracellular accumulation of 7-ketocholesterol

Iborra, Rodrigo Tallada 08 December 2011 (has links)
Produtos de glicação avançada (AGE) alteram o metabolismo de lípides e, em especial, o efluxo de colesterol de macrófagos, por meio da redução dos receptores ABCA-1 e ABCG-1. Isto prejudica o transporte reverso de colesterol, sistema que favorece o fluxo de colesterol de macrófagos arteriais ao fígado, permitindo sua excreção na bile e eliminação fecal. Óxidos de colesterol modulam favoravelmente a homeostase lipídica em macrófagos e favorecem o transporte reverso de colesterol, embora o acúmulo de 7-cetocolesterol, 7-hidroxicolesterol e 7-hidroxicolesterol associe-se à aterogênese e morte celular. Neste estudo, avaliou-se o efeito do tratamento com glicolaldeído (GAD; oxoaldeído que induz rápida geração intracelular de AGE), em macrófagos sobrecarregados com LDL oxidada e incubados com HDL ou HDL e indutor de LXR (T0901317) sobre: 1) a distribuição seletiva de óxidos de colesterol e o conteúdo total de esteróis intracelulares e 2) o conteúdo de ABCA-1 e ABCG-1. Colesterol total e os diversos subtipos de óxidos de colesterol foram determinados por cromatografia a gás acoplada à espectrômetro de massa. O conteúdo dos receptores de HDL (ABCA-1 e ABCG-1) foi avaliado por imunoblot. Em macrófagos controles (C), a adição de HDL ou HDL + T0901317 promoveu redução no conteúdo de esteróis totais (colesterol + óxidos de colesterol), colesterol e 7-cetocolesterol. No entanto, isto não foi observado em macrófagos GAD. Nas diversas condições experimentais, não houve diferença no conteúdo intracelular dos outros subtipos de óxidos de colesterol, em células C e GAD. Macrófagos GAD apresentaram menor conteúdo de ABCA-1 (45%), quando comparados aos macrófagos C, mesmo após adição de HDL ou HDL + T0901317. O conteúdo de ABCG-1 foi 36,6% menor em macrófagos GAD, na presença de HDL, em comparação às células C. Em conclusão, em macrófagos sobrecarregados com LDL oxidada, o tratamento com glicolaldeído diminui a exportação celular de colesterol e 7-cetocolesterol, mediada pela HDL. Isto é decorrente do menor conteúdo dos receptores ABCA-1 e ABCG-1 em macrófagos tratados com glicolaldeído, e pode contribuir para o desenvolvimento de aterosclerose no diabete melito / Advanced glycation end products (AGE) alter lipid metabolism and reduce the macrophage expression of ABCA-1 and ABCG-1 which impairs the reverse cholesterol transport, a system that drives cholesterol from arterial wall macrophages to the liver, allowing its excretion into the bile and feces. Oxysterols favors lipid homeostasis in macrophages and drive the reverse cholesterol transport, although the accumulation of 7-ketocholesterol, 7- hydroxycholesterol and 7- hydroxycholesterol is related to atherogenesis and cell death. We evaluated the effect of glycolaldehyde treatment (GAD; oxoaldehyde that induces a fast formation of intracellular AGE) in macrophages overloaded with oxidized LDL and incubated with HDL alone or HDL plus LXR agonist (T0901317) in: 1) the intracellular content of oxysterols and total sterols and 2) the contents of ABCA-1 and ABCG-1. Total cholesterol and oxysterol subspecies were determined by gas chromatography/mass spectrometry and HDL receptors content by immunoblot. In control macrophages (C), incubation with HDL or HDL + T0901317 reduced the intracellular content of total sterols (total cholesterol + oxysterols), cholesterol and 7-ketocholesterol, which was not observed in GAD macrophages. In all experimental conditions no changes were found in the intracellular content of other oxysterol subspecies comparing C and GAD macrophages. GAD macrophages presented a 45% reduction in ABCA-1 protein level as compared to C cells, even after the addition of HDL or HDL + T0901317. The content of ABCG-1 was 36.6% reduced in GAD macrophages in the presence of HDL as compared to C macrophages. In conclusion, in macrophages overloaded with oxidized LDL, glycolaldehyde treatment reduces the HDL-mediated cholesterol and 7-ketocholesterol efflux which is ascribed to the reduction in ABCA-1 and ABCG-1 protein level. This may contribute to atherosclerosis in diabetes mellitus
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Glicação avançada em macrófagos diminui o conteúdo dos receptores de HDL - ABCA-1 e ABCG-1- e induz acúmulo intracelular de 7 -cetocolesterol / Advanced Glycation in macrophages decreases the content of the HDL receptor ABCA-1 and ABCG-1 - and induces intracellular accumulation of 7-ketocholesterol

Rodrigo Tallada Iborra 08 December 2011 (has links)
Produtos de glicação avançada (AGE) alteram o metabolismo de lípides e, em especial, o efluxo de colesterol de macrófagos, por meio da redução dos receptores ABCA-1 e ABCG-1. Isto prejudica o transporte reverso de colesterol, sistema que favorece o fluxo de colesterol de macrófagos arteriais ao fígado, permitindo sua excreção na bile e eliminação fecal. Óxidos de colesterol modulam favoravelmente a homeostase lipídica em macrófagos e favorecem o transporte reverso de colesterol, embora o acúmulo de 7-cetocolesterol, 7-hidroxicolesterol e 7-hidroxicolesterol associe-se à aterogênese e morte celular. Neste estudo, avaliou-se o efeito do tratamento com glicolaldeído (GAD; oxoaldeído que induz rápida geração intracelular de AGE), em macrófagos sobrecarregados com LDL oxidada e incubados com HDL ou HDL e indutor de LXR (T0901317) sobre: 1) a distribuição seletiva de óxidos de colesterol e o conteúdo total de esteróis intracelulares e 2) o conteúdo de ABCA-1 e ABCG-1. Colesterol total e os diversos subtipos de óxidos de colesterol foram determinados por cromatografia a gás acoplada à espectrômetro de massa. O conteúdo dos receptores de HDL (ABCA-1 e ABCG-1) foi avaliado por imunoblot. Em macrófagos controles (C), a adição de HDL ou HDL + T0901317 promoveu redução no conteúdo de esteróis totais (colesterol + óxidos de colesterol), colesterol e 7-cetocolesterol. No entanto, isto não foi observado em macrófagos GAD. Nas diversas condições experimentais, não houve diferença no conteúdo intracelular dos outros subtipos de óxidos de colesterol, em células C e GAD. Macrófagos GAD apresentaram menor conteúdo de ABCA-1 (45%), quando comparados aos macrófagos C, mesmo após adição de HDL ou HDL + T0901317. O conteúdo de ABCG-1 foi 36,6% menor em macrófagos GAD, na presença de HDL, em comparação às células C. Em conclusão, em macrófagos sobrecarregados com LDL oxidada, o tratamento com glicolaldeído diminui a exportação celular de colesterol e 7-cetocolesterol, mediada pela HDL. Isto é decorrente do menor conteúdo dos receptores ABCA-1 e ABCG-1 em macrófagos tratados com glicolaldeído, e pode contribuir para o desenvolvimento de aterosclerose no diabete melito / Advanced glycation end products (AGE) alter lipid metabolism and reduce the macrophage expression of ABCA-1 and ABCG-1 which impairs the reverse cholesterol transport, a system that drives cholesterol from arterial wall macrophages to the liver, allowing its excretion into the bile and feces. Oxysterols favors lipid homeostasis in macrophages and drive the reverse cholesterol transport, although the accumulation of 7-ketocholesterol, 7- hydroxycholesterol and 7- hydroxycholesterol is related to atherogenesis and cell death. We evaluated the effect of glycolaldehyde treatment (GAD; oxoaldehyde that induces a fast formation of intracellular AGE) in macrophages overloaded with oxidized LDL and incubated with HDL alone or HDL plus LXR agonist (T0901317) in: 1) the intracellular content of oxysterols and total sterols and 2) the contents of ABCA-1 and ABCG-1. Total cholesterol and oxysterol subspecies were determined by gas chromatography/mass spectrometry and HDL receptors content by immunoblot. In control macrophages (C), incubation with HDL or HDL + T0901317 reduced the intracellular content of total sterols (total cholesterol + oxysterols), cholesterol and 7-ketocholesterol, which was not observed in GAD macrophages. In all experimental conditions no changes were found in the intracellular content of other oxysterol subspecies comparing C and GAD macrophages. GAD macrophages presented a 45% reduction in ABCA-1 protein level as compared to C cells, even after the addition of HDL or HDL + T0901317. The content of ABCG-1 was 36.6% reduced in GAD macrophages in the presence of HDL as compared to C macrophages. In conclusion, in macrophages overloaded with oxidized LDL, glycolaldehyde treatment reduces the HDL-mediated cholesterol and 7-ketocholesterol efflux which is ascribed to the reduction in ABCA-1 and ABCG-1 protein level. This may contribute to atherosclerosis in diabetes mellitus
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Determinação de polimorfismos dos genes ABCC2 e ABCG2 como fator preditivo de resposta ao tratamento com cisplatina em pacientes com carcinoma epidermóide de cabeça e pescoço / Determination of ABCC2 and ABCG2 polymorphisms as predictive factor at response to cisplatin treatment in patients with head and neck squamous cell carcinoma

Cadima, Bruno Ferencz Papp 08 September 2010 (has links)
Os transportadores da família ABC são proteínas transmembrânicas envolvidas com o tráfego de substâncias endógenas e exógenas do meio intracelular para o extracelular, sendo alvos de estudo na resistência celular a agentes quimioterápicos. O ABCC2 é um transportador transmembrânico que exporta ativamente fármacos aniônicos conjugados e facilita o transporte de agentes anticâncer. O ABCG2 é outro transportador transmembrânico que tem influência na farmacocinética e farmacodinâmica de certos xenobióticos e substratos endógenos; além disso, acredita-se que este gene contribui para a resistência a várias drogas. Por esses motivos identificamos por sequenciamento ou PCR-RFLP os polimorfismos dos genes ABCC2 (Val417Ile, Ser789Phe e Ala1450Thr) e ABCG2 (Val12Met, Gly126stop códon, Gly141Lys) em 90 pacientes portadores de carcinoma epidermóide de cabeça e pescoço (HNSCC) e tentamos correlacionar a presença do polimorfismo com resposta a tratamento que incluiu cisplatina em todos os pacientes. Não encontramos nenhuma correlação entre a presença de polimorfismo para Val12Met, Gly141Lys e Val417Ile, determinados em 68 pacientes tratados exclusivamente com cisplatina e radioterapia, e a resposta ao tratamento. As curvas de sobrevida, determinadas por Kaplan-Meier, considerando polimórfico os pacientes que continham pelo menos um dos alelos alterados e selvagem os que não tivessem nenhum deles, mostraram que os pacientes selvagens para o polimorfismo Val12Met tiveram tendência a uma pior sobrevida (sobrevida mediana de 18,7 meses) em relação aos pacientes polimórficos (sobrevida mediana não atingida; P=0,089 Teste de log-rank), já os pacientes selvagens para o polimorfismo Gly141Lys tiveram tendência a uma pior sobrevida (sobrevida mediana de 15,8 meses) em relação aos pacientes polimórficos (sobrevida mediana de 25,6 meses; P = 0,16 Teste de logrank). Não observamos correlação entre os outros polimorfismos e sobrevida. Quanto ao GLY126stop, somente um paciente foi identificado como polimórfico. Conclusões: No nosso estudo, a freqüência do polimorfismo Val12Met de 10% está próxima dos 18% descrito na população normal (Kobayashi 2004). Nosso trabalho foi o primeiro a correlacionar estes polimorfismos com resposta ao tratamento em pacientes com carcinoma epidermóide de cabeça e pescoço e indica que Val12Met e Gly141Lys e o gene ABCG2 como um todo são candidatos a um estudo maior / ATP binding cassette (ABC) transporters form one of the largest transmembrane protein families. These proteins use cellular ATP to drive the transport of various substrates across cell membranes including many exogenous and endogenous compounds, which includes drugs used in cancer treatment. ABCC2 is an ATP binding cassette transporter which accepts a diverse range of substrates, including glutathione, glucuronide, and sulfate conjugates of many metabolites and xenobiotics. ABCG2 is a member of the ATP binding cassette (ABC) transporters whose function is to pump out of the cell a wide variety of endogenous and exogenous compounds. Widely expressed in stem cells, ABCG2 is also recognized as a universal marker of stem cells. For these reasons we had identified the following polymorphisms of ABCC2 gene: -Val417Ile, Ser789Phe and Ala1450Thr- and of ABCG2 gene as well: -Val12Met, Gly126stop códon, Gly141Lys in 88 patients with head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC). Methodology included PCR - RFLP and direct sequencing. Survival analysis was done using Kaplan-Meier curves and response measured by RECIST criteria. Comparisons were done between polymorphic patients in which at least one polymorphism was present as opposed to the patients without the polymorphism. Correlation with response to treatment was studied for Val12Met, Gly141Lys e Val417Il in 68 patients exclusively treated with concomitant cisplatin and radiotherapy and no correlation was found between these markers and treatment response. Patients without the Val12Met presented a trend towards shorter survival (median survival 18.7 months) as compared to polymorphic patients (median survival not reached, long rank p= 0.089). Although statistical significance was not reached, patients wild type for Gly141Lys polymorphism (median survival 15.8 months) had shorter survival than polymorphic patients (25.6 months, p=0.16). We did not observe any other correlation between other polymorphisms and survival. With respect to Gly126stop, only one patient was identified as polymorphic and survival analysis was not possible. As far as we know this is the first study to try to correlate these polymorphisms with treatment response and survival in HNSCC patients. Although we were unable to draw any definitive conclusions, our results indicate that Val12Met and Gly141Lys deserve to be further studied in the future.
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Determinação de polimorfismos dos genes ABCC2 e ABCG2 como fator preditivo de resposta ao tratamento com cisplatina em pacientes com carcinoma epidermóide de cabeça e pescoço / Determination of ABCC2 and ABCG2 polymorphisms as predictive factor at response to cisplatin treatment in patients with head and neck squamous cell carcinoma

Bruno Ferencz Papp Cadima 08 September 2010 (has links)
Os transportadores da família ABC são proteínas transmembrânicas envolvidas com o tráfego de substâncias endógenas e exógenas do meio intracelular para o extracelular, sendo alvos de estudo na resistência celular a agentes quimioterápicos. O ABCC2 é um transportador transmembrânico que exporta ativamente fármacos aniônicos conjugados e facilita o transporte de agentes anticâncer. O ABCG2 é outro transportador transmembrânico que tem influência na farmacocinética e farmacodinâmica de certos xenobióticos e substratos endógenos; além disso, acredita-se que este gene contribui para a resistência a várias drogas. Por esses motivos identificamos por sequenciamento ou PCR-RFLP os polimorfismos dos genes ABCC2 (Val417Ile, Ser789Phe e Ala1450Thr) e ABCG2 (Val12Met, Gly126stop códon, Gly141Lys) em 90 pacientes portadores de carcinoma epidermóide de cabeça e pescoço (HNSCC) e tentamos correlacionar a presença do polimorfismo com resposta a tratamento que incluiu cisplatina em todos os pacientes. Não encontramos nenhuma correlação entre a presença de polimorfismo para Val12Met, Gly141Lys e Val417Ile, determinados em 68 pacientes tratados exclusivamente com cisplatina e radioterapia, e a resposta ao tratamento. As curvas de sobrevida, determinadas por Kaplan-Meier, considerando polimórfico os pacientes que continham pelo menos um dos alelos alterados e selvagem os que não tivessem nenhum deles, mostraram que os pacientes selvagens para o polimorfismo Val12Met tiveram tendência a uma pior sobrevida (sobrevida mediana de 18,7 meses) em relação aos pacientes polimórficos (sobrevida mediana não atingida; P=0,089 Teste de log-rank), já os pacientes selvagens para o polimorfismo Gly141Lys tiveram tendência a uma pior sobrevida (sobrevida mediana de 15,8 meses) em relação aos pacientes polimórficos (sobrevida mediana de 25,6 meses; P = 0,16 Teste de logrank). Não observamos correlação entre os outros polimorfismos e sobrevida. Quanto ao GLY126stop, somente um paciente foi identificado como polimórfico. Conclusões: No nosso estudo, a freqüência do polimorfismo Val12Met de 10% está próxima dos 18% descrito na população normal (Kobayashi 2004). Nosso trabalho foi o primeiro a correlacionar estes polimorfismos com resposta ao tratamento em pacientes com carcinoma epidermóide de cabeça e pescoço e indica que Val12Met e Gly141Lys e o gene ABCG2 como um todo são candidatos a um estudo maior / ATP binding cassette (ABC) transporters form one of the largest transmembrane protein families. These proteins use cellular ATP to drive the transport of various substrates across cell membranes including many exogenous and endogenous compounds, which includes drugs used in cancer treatment. ABCC2 is an ATP binding cassette transporter which accepts a diverse range of substrates, including glutathione, glucuronide, and sulfate conjugates of many metabolites and xenobiotics. ABCG2 is a member of the ATP binding cassette (ABC) transporters whose function is to pump out of the cell a wide variety of endogenous and exogenous compounds. Widely expressed in stem cells, ABCG2 is also recognized as a universal marker of stem cells. For these reasons we had identified the following polymorphisms of ABCC2 gene: -Val417Ile, Ser789Phe and Ala1450Thr- and of ABCG2 gene as well: -Val12Met, Gly126stop códon, Gly141Lys in 88 patients with head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC). Methodology included PCR - RFLP and direct sequencing. Survival analysis was done using Kaplan-Meier curves and response measured by RECIST criteria. Comparisons were done between polymorphic patients in which at least one polymorphism was present as opposed to the patients without the polymorphism. Correlation with response to treatment was studied for Val12Met, Gly141Lys e Val417Il in 68 patients exclusively treated with concomitant cisplatin and radiotherapy and no correlation was found between these markers and treatment response. Patients without the Val12Met presented a trend towards shorter survival (median survival 18.7 months) as compared to polymorphic patients (median survival not reached, long rank p= 0.089). Although statistical significance was not reached, patients wild type for Gly141Lys polymorphism (median survival 15.8 months) had shorter survival than polymorphic patients (25.6 months, p=0.16). We did not observe any other correlation between other polymorphisms and survival. With respect to Gly126stop, only one patient was identified as polymorphic and survival analysis was not possible. As far as we know this is the first study to try to correlate these polymorphisms with treatment response and survival in HNSCC patients. Although we were unable to draw any definitive conclusions, our results indicate that Val12Met and Gly141Lys deserve to be further studied in the future.
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Caracteriza??o funcional de dois cDNAs hom?logos ? ciclofilina e ? prote?na reprimida por auxina (ARP) identificados em bibliotecas subtrativas a para flora??o em tomateiro

Estevam, Renata Kaline Souza 09 September 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2014-12-17T14:03:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RenataKSE_DISSERT.pdf: 1992793 bytes, checksum: 77e111c6a7208973429d97e0cf1a51eb (MD5) Previous issue date: 2011-09-09 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / Flowering is a fundamental process in the life cycle for plant. This process is marked by vegetative to reproductive apical meristem conversion, due to interactions between several factors, both internal and external to plant. Therefore, eight subtractive libraries were constructed using apical meristem induced or not induced for two contrasting species: Solanum lycopersicum cv. Micro-Tom and Solanum pimpinellifolium. Several cDNAs were identified and among these, were selected two cDNAs: one homologous cDNA to cyclophilin (LeCYP1) and the other to Auxin repressed protein (ARP). It has observed that LeCYP1 and ARP genes are important in the developmental process to plants. In silico analysis, were used several databases with the exclusion criterion E-value <1.0x10-15. As a result, conservation was observed for proteins analyzed by means of multiple alignments and the presence of functional domains. Then, overexpression cassettes were constructed for the ARP cDNA in sense and antisense orientations. For this step, it was used the CaMV35S promoter. The cDNA orientation (sense or antisense) in relation to the promoter was determined by restriction enzymes and sequencing. Then, this cassette was transferred to binary vector pZP211 and these cassettes were transferred into Agrobacterium tumefaciens LBA4404. S. lycopersicum cv. Micro-Tom (MT) and MT-Rg1 plants were transformed. In addition, seedlings were subjected to hormone treatments using a synthetic auxin (&#61537;- naphthalene acetic acid) and cyclosporin A (cyclophilin inhibitor) treatments and it was found that the hormone treatment there were changes in development of lateral roots pattern, probably related to decreases in auxin signaling caused by reduction of LeCYP1 in MT-dgt plants while cyclosporin A treatments, there was a slight delay in flowering in cv. MT plants. Furthermore, assay with real-time PCR (RT-qPCR) were done for expression level analysis from LeCYP1 and ARP in order to functionally characterize these sequences in tomato plants. / A flora??o ? fundamental no ciclo de vida de uma planta. Este processo ? marcado pela convers?o do meristema apical vegetativo em reprodutivo, devido a intera??es entre diversos fatores, tanto internos quanto externos ? planta. Diante disso, foram constru?das oito bibliotecas subtrativa utilizando ?pices meristem?ticos induzidos e n?o induzidos para a flora??o de duas esp?cies de tomateiro: Solanum lycopersicum cv Micro-Tom e S. pimpinellifolium. In?meros cDNAs foram identificados e dentre estes, foram selecionados o cDNA hom?logo a ciclofilina (LeCYP1) e a Prote?na Reprimida por Auxina (ARP) para a caracteriza??o in silico e funcional em esp?cie de tomateiro. Tem sido observado em outros sistemas vegetais que os genes LeCYP1 e ARP s?o importantes no processo de desenvolvimento da planta. Na an?lise in silico, foram utilizados diversos bancos de dados, tendo como crit?rio de exclus?o o E-value <1.0x10-15. Uma conserva??o para as prote?nas analisadas foi observada por meio dos alinhamentos m?ltiplos e a presen?a de dom?nios funcionais. Em seguida, foram realizadas constru??es de cassetes de superexpress?o para o cDNA hom?logo ? ARP em orienta??o senso e antissenso. Para esta etapa, foi utilizado o promotor forte CaMV35S presente no vetor intermedi?rio pBC (Stratagene). A orienta??o do cDNA (senso ou antissenso) em rela??o ao promotor foi determinada por meio de enzimas de restri??o e sequenciamento dos potenciais clones. Em seguida, este cassete foi transferido para o vetor bin?rio pZP211 e os clones obtidos foram confirmados pelo padr?o de restri??o utilizando diferentes enzimas. Subsequentemente, estes cassetes foram transferidos para a Agrobacterium tumefaciens LBA4404 e posteriormente transformado em plantas de S. lycopersicum cv. Micro-Tom (MT) e MT-Rg1. Em adi??o, pl?ntulas foram submetidas a tratamentos hormonais utilizando uma auxina sint?tica (?cido &#61537;-naftaleno ac?tico) e com ciclosporina A (inibidor de ciclofilina) e foi constatado que no tratamento hormonal houve altera??es no padr?o de desenvolvimento das ra?zes laterais, provavelmente relacionada ao d?ficit na sinaliza??o da auxina ocasionada pela redu??o de LeCYP1 em plantas MT-dgt, enquanto que no tratamento com ciclosporina A, ocorreu um atraso no florescimento de plantas cv MT. Al?m disso, ensaios de PCR em tempo real (RT-qPCR) foram efetuados para an?lise de express?o dos cDNAs hom?logos a LeCYP1 e ARP de modo a caracterizarmos funcionalmente estas sequ?ncias em plantas de tomateiro.

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