Polyketide products are useful compounds to research and industry but can be difficult to access due to their richness in stereogenic centers. Type I polyketide synthases offer unique engineering opportunities to access natural stereocontrol and resultant complex compounds. The development of a controlled in vitro platform based around type I polyketide synthases is described. It has been used to produce a small library of polyketide fragments on an unprecedented and synthetically-relevant scale and explore polyketide synthase enzymology. / text

Alors que 30% du génome code pour des protéines membranaires, moins de 3% des structures protéiques dans la Protein Data Bank correspondent à ces protéines. En raison de leur nature hydrophobe, les protéines membranaires sont en effet très difficiles à produire dans des systèmes d'expression classique en cellules, notamment en bactéries. L'étude structurale des protéines membranaires du virus de l'hépatite C (VHC) sous forme entière et native a donc été pendant longtemps entravée. Le VHC est un virus à ARN positif dont le complexe de réplication est basé sur un réarrangement spécifique des membranes induit par l'action concertée de plusieurs protéines non structurales du virus dont NS2, NS4B et NS5A. La structure tridimensionnelle et le rôle de ces protéines dans la réplication virale sont encore mal connus. Pour surmonter les limitations qui empêchent leurs études structurales et fonctionnelles, un système d'expression acellulaire à base d'extrait de germe de blé a été développé avec succès, permettant la production des protéines NS2, NS4B et NS5A entières directement sous une forme solubilisée en présence de détergent. Ces protéines membranaires sont produites et purifiées par chromatographie d'affinité dans des quantités de l'ordre du milligramme. Des analyses par filtration sur gel indiquent que les échantillons obtenus sont homogènes. De plus, des analyses structurales par dichroïsme circulaire montrent que les protéines produites dans ce système sont bien repliées. Leur reconstitution dans des lipides est en cours d'optimisation. Le but ultime est en effet de déterminer leur structure par RMN du solide dans un environnement lipidique mimant l'environnement natif / While 30% of the genome encodes for membrane proteins, less than 3% of protein structures in the Protein Data Bank correspond to such proteins. Due to their hydrophobic nature, membrane proteins are indeed notoriously difficult to express in classical cell-based protein expression systems. The structural study of the membrane proteins of hepatitis C virus (HCV) in their full-length and native form has therefore been for long time hampered. HCV is a positive-strand RNA virus building its replication complex on a specific membrane rearrangement (membranous web), which serves as a scaffold for the HCV replicase, and is induced by the concerted action of several HCV non-structural proteins including NS2, NS4B and NSSA. The knowledge of the three- dimensional structure of these proteins and their role in virus replication is still limited. To overcome the limitations that prevent the structural and functional studies of these proteins, a wheat germ cell-free protein expression system has been developed. A production protocol was designed which allows us to directly obtain membrane proteins in a soluble form by adding detergent during the in vitro protein synthesis. A large number of mainly viral proteins were successfully expressed, and full protocols were developed for the full-length NS2, NS4B and NSSA proteins. These membrane proteins were produced and purified by affinity chromatography using a Strep-tag II in the milligram range. These protein samples are homogenous, as shown by gel filtration analysis. Moreover, structural analyses by circular dichroism showed that the proteins produced in the wheat germ cell-free system are well folded. Reconstitution of these proteins in lipids is currently under optimization. The ultimate goal is to determine their structure by solid-state NMR in a native-like membrane lipids environment

The ever-growing demand of wireless traffic poses a challenge for current cellular networks. Each new generation must find new ways to boost the network capacity and spectral efficiency (SE) per device. A pillar of 5G is massive multiple-input-multiple-output (MIMO) technology. Through utilizing a large number of antennas at each transmitting node, massive MIMO has the ability to multiplex several user equipments (UEs) on the same time-frequency resources via spatial multiplexing. Looking beyond 5G, cell-free massive MIMO has attracted a lot of attention for its ability to utilize spatial macro diversity and higher resilience to interference. The cell-free architecture is based on a large number of distributed access points (APs) jointly serving the UEs within a coverage area without creating artificial cell boundaries. It provides a promising solution that is focused on delivering uniform service quality throughout the mobile network. The main challenges of the cell-free network architecture lie in the computational complexity for signal processing and the huge fronthaul requirements for information exchange among the APs. In this thesis, we tackle some of the inherent problems of the cell-free network architecture by providing distributed solutions to the power allocation and mobility management problems. We then introduce a new method for characterizing unknown interference in wireless networks. For the problem of power allocation, a distributed learning-based solution that provides a good trade-off between SE performance and applicability for implementation in large-scale networks is developed with reduced fronthaul requirements and computational complexity. The problem is divided in a way that enables each AP (or group of APs) to separately decide on the power coefficients to the UEs based on the locally available information at the AP without exchanging information with the other APs, however, still attempting to achieve a network wide optimization objective.  Regarding mobility management, a handover procedure is devised for updating the serving sets of APs and assigned pilot to each UE in a dynamic scenario considering UE mobility. The algorithm is tailored to reduce the required number of handovers per UE and changes in pilot assignment. Numerical results show that our proposed solution identifies the essential refinements since it can deliver comparable SE to the case when the AP-UE association is completely redone. Finally, we developed a new technique based on a Bayesian approach to model the distribution of the unknown interference arising from scheduling variations in neighbouring cells. The method is shown to provide accurate modelling for the unknown interference power and an effective tool for robust rate allocation in the uplink with a guaranteed target outage performance. / Den ständigt växande efterfrågan på trådlös datatrafik är en stor utmaning för dagens mobilnät. Varje ny nätgeneration måste hitta nya sätt att öka den totala kapaciteten och spektraleffektiviteten (SE) per uppkopplad enhet. En pelare i 5G är massiv-MIMO-teknik (multiple-input-multiple-output). Genom att använda ett stort antal antenner på varje mobilmast har massiv MIMO förmågan att kommunicera med flera användarutrustningar (eng. user equipment, UE) på samma tid/frekvensresurser via så kallad rumslig multiplexing. Om man ser bortom 5G-tekniken så har cellfri massiv-MIMO väckt stort intresse tack vare sin förmåga att utnyttja rumslig makrodiversitet för att förbättra täckningen och uppnå högre motståndskraft mot störningar. Den cellfria arkitekturen bygger på att ha ett stort antal distribuerade accesspunkter (AP) som gemensamt serverar UE:erna inom ett täckningsområde utan att dela upp området konstgjorda celler. Detta är en lovande lösning som är fokuserad på att leverera enhetliga datahastigheter i hela mobilnätet. De största forskningsutmaningarna med den cellfria nätverksarkitekturen ligger i beräkningskomplexiteten för signalbehandling och de enorma kraven på fronthaul-kablarna som möjliggör informationsutbyte mellan AP:erna. I den här avhandlingen löser vi några av de grundläggande utmaningarna med den cellfria nätverksarkitekturen genom att tillhandahålla distribuerade algoritmlösningar på problem relaterade till signaleffektreglering och mobilitetshantering. Vi introducerar sedan en ny metod för att karakterisera okända störningar i trådlösa nätverk. När det gäller signaleffektreglering så utvecklas en distribuerad inlärnings-baserad metod som ger en bra avvägning mellan SE-prestanda och tillämpbarhet för implementering i storskaliga cellfria nätverk med reducerade fronthaulkrav och lägre beräkningskomplexitet. Lösningen är uppdelat på ett sätt som gör det möjligt för varje AP (eller grupp av AP) att separat besluta om effektkoefficienterna relaterade till varje UE baserat på den lokalt tillgängliga informationen vid AP:n utan att utbyta information med de andra AP:erna, men ändå försöka uppnå ett nätverksomfattande optimeringsmål. När det gäller mobilitetshantering utformas en överlämningsprocedur som dynamiskt uppdaterar vilken uppsättning av AP:er som servar en viss UE och vilken pilotsekvens som används när den rör sig över täckningsområdet. Algoritmen är skräddarsydd för att minska antalet överlämningar per UE och förändringar i pilottilldelningen. Numeriska resultat visar att vår föreslagna lösning identifierar de väsentliga förfiningarna eftersom den kan leverera jämförbar SE som när AP-UE-associationen görs om helt och hållet. Slutligen utvecklade vi en ny Bayesiansk metod för att modellera den statistiska fördelningen av de okända störningarna som uppstår på grund av schemaläggningsvariationer i närliggande celler. Metoden har visat sig ge en korrekt modell av den okända störningseffekten och är ett effektivt verktyg för robust SE-allokering i upplänken med en garanterad maximal avbrottsnivå. / <p>QC 20230503</p>