Notre objet est une communauté de 300 à 400 passionnés-collectionneurs de vieux ordinateurs et de vieux jeux vidéo des années 1970-90, autrement appelés « vieilles machines », dispersés dans toute la France ainsi qu’en Belgique et en Suisse. Cette communauté est organisée en premier lieu par des forums sur internet bien qu’émanant d’associations locales. Ces forums servent à l’échange d’informations et de matériel de collection entre passionnés. Un système de valeur riche et complexe organise les relations sociales autours de l’amour et de l’utilisation des vieilles machines, d’une volonté de partage du savoir et du rejet de la spéculation. Le partage est au cœur de l’imaginaire et des pratiques de cette communauté. Il n’est pourtant pas la règle dans les économies qui l’entourent (eBay, brocantes, sites d’enchères divers). Or à l’époque des fondateurs de la communauté vers 1998, les passionnés pouvaient alors s’approvisionner gratuitement ou presque. Ils ont donc ressenti la mise en place d’un marché extérieur comme une forme d’expropriation. Ils ont donc réorganisé les règles de vie et d’échange au sein de la communauté pour contrecarrer la hausse des prix interne que générait la hausse sur le marché extérieur. Ils ont à la fois promu la notion d’échange mutuellement profitable contre l’idée de profit, organisé un système de tabou sur les prix réel des objets, tirant parti du statut de prescripteurs. Ils ont ainsi réussi à créer une niche économique, un marché à bas prix, à l’accès fermement contrôlé mais au sein duquel, une fois intégré, après avoir construit une situation par une « carrière » chacun peut profiter d’un système d’entraide généralisée. / This work is about a community of 300 to 400 hobbyist-collectors of micro-computers and video-games from the 70’s to the 90’s which they call “vieilles machines”. They are scattered all over France, Belgium and Switzerland. This community communicates through online forums although they belong to local offline associations. These forums are mainly used to exchange objects and information among collectors. A rich and complex system of value and representations organizes the social relationships. The main points are: the love of the “vieilles machines”, the will to use them, sharing knowledge and rejection of speculation. Sharing is the very basis of the social imaginary of the community. Sharing isn’t however the rule in neighboring economic systems (eBay, garage sales other online auction websites). Yet, during the first time of the community around 1998, when these objects were only obsolescent technical rubbishes, the community members could collect for free or very few money. Thus they felt as if they have been stolen when an outside market developed and prices increased. As a reaction, they changed social norms and exchange rules inside the community in order to temper the internal increase of the prices caused by outside market’s increase. They both promoted the idea of mutually satisfactory exchange and organized a taboo on the object’s real price using the position of major online opinion leaders on their subjects. They managed to create a niche economy, a low price market in which one cannot integrate easily but in which when fully integrated, after building one’s position through a “career” one can beneficiate from an extend system of generosity and mutual aid.

Nous avons étudié les réponses biologiques des individus, populations et communautés d'invertébrés de rivières à la contamination des sédiments par les métaux lourds. Nous avons examiné les malformations du mentum des larves de Chironomus riparius (Insecta-Diptera) pour évaluer l'effet toxique de la contamination d'un cours d'eau, Le Genna (Italie Centrale). L'aire d'étude est soumise à une activité zootechnique intense qui accroit la pollution métallique de la rivière, notamment par le cuivre, le zinc, le cadmium, le chrome et le nickel. La fréquence des malformations larvaires (56%) a été directement liée aux contaminations, ce qui montre quel es malformations du mentum constituent un proxy pertinent des effets toxiques sur les écosystèmes. Nous avons également analysé, dans une aire industrielle d'Italie Centrale, la bioaccumulation de métaux lourds dans les tissus de Procambarus clarkii (Crustacea-Decapoda), une écrevisse allochtone utilisée comme bioindicateur de la santé écologique des eaux douces. L'hépatopancréas, tissus de détoxification, a montré les concentrations de métaux les plus élevées, en comparaison aux muscles abdominaux (tissus non détoxifiant). Ce ratio de concentration entre les deux types de tissus représente un marqueur pertinent du niveau de stress bio-écologique. Le rapport décroit comme suit : Cd (11,7) > Cu (5,5) > Pb (3,6) > Cr (1,5) > Zn (1,0), Ni (1,0). La comparaison des bioaccumulations avec un site de référence non impacté confirme quel es métaux qui s'accumulent de façon significative dans l'hépatopancréas sont le cadmium et le cuivre. A l'échelle des communautés, nous avons étudié les relations entre combinaison de traits fonctionnels des invertébrés et conditions environnementales (24 variables physico-chimiques) à l'échelle du réseau hydrogaphique (bassin du Nestore, Italie Centrale). Les stations de bonne qualité physico-chimique ont montré une plus forte variabilité dans la composition en traits fonctionnels que dans les conditions physico-chimiques. Un résultat inverse a été observé aux sites pollués, où les traits biologiques sont peu diversifiés et stables dans l'espace et dans le temps, en relation avec la chute de diversité taxonomique liée aux perturbations anthropiques. Enfin, les traits fonctionnels se sont avérés plus efficaces quel es analyses physico chimiques pour détecter des changements de fonctionnement écologique lors que les concentrations en polluants sont faibles. Les cartes auto-organisatrices de Kohonen (SOM, réseaux de neurones) ont permis de modéliser plus en détailla distribution spatio-temporelle des divers taxons en relation avec la variabilité environnementale naturelle et le niveau de pollution chimique (nutriments et métaux lourds). Nous avons enfin développé et validé un indice multimétrique basé sur les communautés d'invertébrés, pour évaluer la santé écologique des cours d'eau d'Italie Centrale en terme d'écart à la référence. Sur 71 métriques biologiques testées, nous n'avons retenues que celles qui présent le meilleurs compromis en terme d'efficacité de discrimination, de faible spécificité et de faible redondance, et montrant une grande stabilité en conditions de référence. Ces métriques, qui renseignent sur la diversité, l'abondance, le rôle fonctionnel et la tolérance des organismes sont : l'indice de Margalef, le score "Biological Monitoring Water Pollution", le nombre de familles et la richesse relative des déchiqueteurs. Cet indice, qui satisfait les pré requis de la Directive Cadre sur l'Eau de l'Union Européenne, répond de façon significative à la pollution des eaux douces et à la contamination des sédiments par les métaux lourds. / We studied the biological responses of individuals, populations and invertebrate communities to river sediment contamination by heavy metals. We examined the deformities of the mentum of Chironomus riparius larvae (Insecta, Diptera) to assess toxic effect of contamination of streams, the Genna (Central Italy). The study area is subjected to intense livestock activity that increases the metal pollution of the river, including copper, zinc, cadmium, chromium and nickel. The frequency of larval malformations (56%) was directly related to contamination, which shows that malformations of the mentum form a relevant proxy of toxic effects upon ecosystems. We also analyzed, in an industrial area of Central Italy, the bioaccumulation of heavy metals in the tissues of Procambarus clarkii (Crustacea-Decapoda), a non-native crayfish used as a bio-indicator of the ecological health of freshwaters. The hepatopancreas, a detoxifying tissue, showed the highest metal concentrations compared to the abdominal muscles (non detoxifying tissue). This concentration ratio between the two types of tissues is a relevant marker of bio-ecological stress. The ratio decreased as follows: Cd (11.7) > Cu (5.5) > Pb (3.6) > Cr (1,5) > Zn (1.0), Ni (1.0). Comparison of bioaccumulations with a non-impacted reference site confirms that those metals that significantly accumulate in the hepatopancreas are cadmium and copper. At the community level, we studied the relationships between the combination of invertebrate functional traits and environmental conditions (24 physical-chemical variables) across the stream system (Nestore Basin, Central Italy). Stations with a good physical-chemical status showed higher variability in their composition of functional traits than in their physical-chemical variables. An opposite trend was observed in the polluted sites, where biological traits are poorly diversified and stable in space and in time, in relation to the decrease in taxonomic diversity linked to human disturbance. Finally, functional traits have proven more effective than physical-chemical analyzes in detecting changes in ecological functioning of streams when contaminant concentrations are low. The self-organizing map algorithm (SOM neural networks) was used to further model the spatial and temporal distribution of the various taxa in relation to the natural environmental variability and the level of chemical pollution (nutrients and heavy metals). Finally we have developed and validated a multimetric index based on invertebrate communities, to assess the ecological health of rivers of Central Italy in terms of deviation from a reference state. Out of 71 tested biological metrics, we retained those metrics that showed the best compromise in terms of discrimination efficiency, low specificity and low redundancy, and higher stability under reference conditions. These metrics, which provide information on the diversity, abundance, functional role and tolerance of organisms are: the Margalef index, the "Biological Monitoring Water Pollution" score, the number of families and the relative richness of shredders. This index, which complies with the prerequisites of the Water Framework Directive of the European Union responds significantly to freshwater pollution and sediment contamination by heavy metals.

Les communautés sont des groupes de nœuds (sommets) qui partagent probablement des propriétés communes et/ou jouent des rôles similaires dans le graphe. Ils peuvent extraire des structures spécifiques des réseaux complexes, et par conséquent la détection de ces communautés a été étudiée dans de nombreux domaines où les systèmes sont souvent représentés sous forme de graphes. La détection de communautés est en fait un problème de classification (ou clustering) sur les graphes, et l'information disponible dans ce problème est souvent sous la forme de similitudes ou de différences (entre les nœuds). Nous commençons par une situation de base où les nœuds dans le graphe sont regroupés selon leurs similarités et proposons une nouvelle approche de clustering enc-partition nommée algorithme Median Evidential C-Means (MECM). Cette approche étend la méthode de classification par médiane dans le cadre de la théorie des fonctions de croyance. En outre, une détection de communautés fondée sur l'approche MECM est également présentée. L'approche proposée permet de fournir des partitions crédales selon des similarités avec seulement des données connues. La mesure de dissimilarité pourrait être ni symétrique et même ne comporter aucune exigences de métriques.Elle est simplement intuitive. Ainsi, elle élargit la portée d'applications des partitions crédales. Afin de saisir les divers aspects des structures de communautés, nous pouvons avoir besoin de plusieurs nœuds plutôt qu'un seul pour représenter un prototype représentant un groupe d'individus. Motivée par cette idée, une approche de détection de communautés fondée sur le Similarity-based Multiple Prototype (SMP) est proposée.Les valeurs de centralité sont utilisées comme critère pour sélectionner plusieurs nœuds(prototypes) pour caractériser chaque communauté, et les poids des prototypes sont considérés pour décrire le degré de représentativité des objets liés à leur propre communauté. Ensuite, la similarité entre chaque nœud et les communautés est définie. Les nœuds sont divisés pour former des communautés selon leurs similarités. Les partitions nettes et floues peuvent être obtenues par l'approche SMP. Ensuite, nous étendons l'approche SMP au cadre des fonctions de croyance pour obtenir des partitions crédales de sorte que l'on puisse obtenir une meilleure compréhension de la structure des données. Les poids du prototype sont incorporés dans la fonction d’objectif de la communauté. La composition de masse et les poids des prototypes ont pu être mis à jour alternativement pendant le processus d'optimisation. Dans ce cas,chaque groupe peut être décrit en utilisant de multiples prototypes pondérés. Comme nous allons le montrer, les poids des prototypes peuvent également nous fournir des informations utiles pour l'analyse des données. la règle de mise à jour et le critère de propagation du LPA sont étendus aux fonctions de croyance. Une nouvelle approche de détection de communautés, appelée Semisupervised Evidential Label Propagation (SELP) est proposée comme une version améliorée de la méthode LPA conventionnelle. L'un des avantages de l'approche SELP est quelle permet de tenir compte de la connaissance préalable disponible sur les étiquettes des communautés de certains individus. Ceci est tr` es courant dans la pratique réelle. Dans la méthode SELP, les nœuds sont divisés en deux partis. Certains contiennent des nœuds labellisés et les autres des nœuds non labellisés. Les labels sont propagés depuis les nœuds labellisés à ceux non labellisés, étape par étape en utilisant la règle crédibiliste de propagation de labels proposée. Les performances des approches proposées sont évaluées en utilisant les graphes de référence des ensembles de données et des graphes générés. Nos résultats expérimentaux illustrent l'efficacité des algorithmes de classification proposés et des méthodes de détection de communautés. / Communities are groups of nodes (vertices) which probably share common properties and/or play similar roles within the graph. They can extract specific structures from complex networks, and consequently community detection has attracted considerable attention crossing many areas where systems are often represented as graphs. We consider in this work to represent graphs as relational data, and propose models for the corresponding relational data clustering. Four approaches are brought forward to handle the community detection problem under different scenarios. We start with a basic situation where nodes in the graph are clustered based on the dissimilarities and propose a new c-partition clustering approach named Median Evidential C-Means (MECM) algorithm. This approach extends the median clustering methods in the framework of belief function theory. Moreover, a community detection scheme based on MECM is presented. The proposed approach could provide credal partitions for data sets with only known dissimilarities. The dissimilarity measure could be neither symmetric nor fulfilling any metric requirements. It is only required to be of intuitive meaning. Thus it expands application scope of credal partitions. In order to capture various aspects of the community structures, we may need more members rather than one to be referred as the prototypes of an individual group. Motivated by this idea, a Similarity-based Multiple Prototype (SMP) community detection approach is proposed. The centrality values are used as the criterion to select multiple prototypes to characterize each community. The prototype weights are derived to describe the degree of representativeness of objects for their own communities. Then the similarity between each node and community is defined, and the nodes are partitioned into divided communities according to these similarities. Crisp and fuzzy partitions could be obtained by the application of SMP. Following, we extend SMP in the framework of belief functions to get credal partitions so that we can gain a better understanding of the data structure. The prototype weights are incorporate into the objective function of evidential clustering. The mass membership and the prototype weights could be updated alternatively during the optimization process. In this case, each cluster could be described using multiple weighted prototypes. As we will show, the prototype weights could also provide us some useful information for structure analysis of the data sets. Lastly, the original update rule and propagation criterion of LPA are extended in the framework of belief functions. A new community detection approach, called Semi-supervised Evidential Label Propagation (SELP), is proposed as an enhanced version of the conventional LPA. One of the advantages of SELP is that it could take use of the available prior knowledge about the community labels of some individuals. This is very common in real practice. In SELP, the nodes are divided into two parts. One contains the labeled nodes, and the other includes the unlabeled ones. The community labels are propagated from the labeled nodes to the unlabeled ones step by step according to the proposed evidential label propagation rule. The performance of the proposed approaches is evaluated using benchmark graph data sets and generated graphs. Our experimental results illustrate the effectiveness of the proposed clustering algorithms and community detection approaches.

Les interventions humaines de plus en plus fréquentes et persistantes dans les écosystèmes d'une part, et l'intensification des systèmes de cultures d'autre part qui s'accompagne pour partie de méthodes radicales pour combattre les bio-agresseurs des cultures, nous posent de multiples questions au sujet des risques écologiques liés aux changements des milieux, dont les perturbations induites sur les communautés d'organismes vivants. Les nématodes phytoparasites (NPP), vers ronds microscopiques telluriques qui occasionnent des pertes de production végétale importantes, sont partout présents en communautés. Ces nématodes répondent rapidement aux forçages extérieurs (e.g. anthropiques et environnementaux) par des modifications de la structure de leurs communautés. Par ce travail de thèse, nous cherchons à mieux comprendre l'effet des facteurs impliqués dans l'assemblage des espèces de NPP en communautés associées à l'olivier méditerranéen et à déterminer la réponse de ces communautés aux forçages imposés par la domestication de l'olivier, par l'intensification de sa culture et par différents facteurs environnementaux. L'étude a été réalisée au Maroc dans toutes les régions oléicoles (vergers traditionnels à faible densité et vergers à haute-densité), dans les zones refuge d'olivier sauvage (oléastre) et sur olivier féral. Les facteurs pédoclimatiques qui caractérisent les sites d'échantillonnage ont également été pris en considération. L'analyse de la nématofaune a révélé d'une grande diversité spécifique, de nombreuses espèces étant décrites pour la première fois sur olivier, et une nouvelle espèce (Meloidogyne spartelensis) ayant été découverte. La diversité, la composition taxonomique, trophique et fonctionnelle, la dominance des taxons, les patrons de communautés sont fortement affectés par les différents forçages pris en compte. Le gradient d'anthropisation croissante (sauvage vs féral vs cultivé traditionnel vs cultivé haute-densité) est la variable qui impacte le plus la diversité par réduction de la richesse spécifique et l'augmentation de l'abondance en NPP. L'étude a également porté une attention particulière sur la diversité des nématodes à galles des racines du genre Meloidogyne, un des principaux ravageurs de l'olivier. Elle a indiqué la dispersion de M. javanica dans les vergers et sur olivier féral, alors que d'autres espèces (M. arenaria, M. hapla et M. spartelensis) sont confinées dans les zones refuge des oléastres. Afin d'analyser la diversité génétique, des marqueurs morphologiques et moléculaires ont dévoilé d'une diversité importante entre et au sein des différentes populations de Meloidogyne. Les études diligentées dans le cadre de cette thèse confirment que la diversité et la structure des communautés de NPP pourraient être des indicateurs pertinents pour évaluer la santé des sols dans les agro et écosystèmes, en corrélant diversité et pathogénicité des communautés. Elles soulignent donc l'importance de la diversité parasitaire comme variable prioritaire à prendre en compte pour inspirer des stratégies de gestion des parasites basées sur le concept de résilience de la diversité (même s'il s'agit de parasites), pour une gestion durable des communautés de NPP et la préservation des milieux. / Human activities increasingly frequent and persistent in ecosystems on one hand, and cropping system intensification on the other hand partly with radical methods to control pests and diseases of crops, raise questions about the ecological risks related to biotop changes, including disturbances of living organism communities. Plant-parasitic nematodes (PPN), microscopic round soil-borne worms that cause significant losses of crop production, are everywhere present in communities. They respond quickly to external forces (e.g. human and environmental) by changing the structure of their communities. In this thesis, we seek to better understand the effect of the factors involved in the assemblage of PPN species in communities associated with the Mediterranean olive tree and to determine the response of these communities to forces imposed by olive domestication, by crop intensification and by various environmental factors. The study was conducted in all olive-growing regions in Morocco (traditional low density and high density orchards), in refugia areas for wild olive (oleaster) and on feral olive trees. The soil and climatic factors that characterize the sampling sites were also considered. The analysis of the nematofauna revealed a wide species diversity, many species being described for the first time on olive tree, and a new species (Meloidogyne spartelensis) have been discovered. The diversity, the species / trophic / functional structure of the communities, the dominance of the taxa, and the community patterns are strongly affected by the various forces considered. The increasing anthropogenic gradient (wild vs feral vs traditional cultivation vs high-density cultivation) is the variable that mostly impacts the diversity by reducing the species richness and increasing the abundance of PPN. A particular attention was attributed in this study to the diversity of root-knot nematodes Meloidogyne, a major pest of the olive tree. It revealed that M. javanica is widespread in orchards and olive feral, while other species (M. arenaria, M. hapla and M. spartelensis) are confined in oleaster refuge areas. In order to analyse the genetic diversity, morphological and molecular markers have revealed a significant diversity between and within different Meloidogyne populations. These thesis studies confirm that both the diversity and the structure of the PPN communities could be relevant indicators to assess soil health in agro and ecosystems, by correlating diversity and pathogenicity of communities. They therefore emphasize the importance of parasite diversity as a main variable to consider for inspiring pest control strategies based on the concept of diversity resilience (even if it concerns parasites) for sustainable management of PPN communities and for environment preservation.

La dispersion est un processus clé dans les dynamiques de populations. Chez les organismes à dispersion passive, dont les plantes, la dispersion de la banque de graines fait appel à un vecteur biotique ou abiotique. En particulier, la zoochorie influence les patrons spatiaux de distribution et de diversité des plantes à travers une interaction entre les traits écologiques du vecteur animal et de la plante transportée. Ma thèse vise à étudier l’effet de cette interaction sur la composition taxonomique et fonctionnelle des communautés floristiques. Je me concentre sur trois questions principales : (1) Comment les traits écologiques des plantes et des vecteurs influencent-ils le processus de dispersion endozoochore? ; (2) La zoochorie constitue-t-elle un filtre d’assemblage sur les traits fonctionnels des plantes dispersées? ; (3) La zoochorie imprime-t-elle un signal sur les patrons spatiaux de diversité? J’adopte à cet effet une approche expérimentale, en me concentrant sur la flore d’Europe de l’Ouest et sur les trois ongulés sauvages les plus communs dans cette région : le cerf (Cervus elaphus), le chevreuil (Capreolus capreolus) et le sanglier (Sus scrofa). Je montre que l’interaction entre les traits des plantes et des vecteurs influe sur les durées de rétention des graines, qui influencent les distances de dispersion. L’endozoochorie modifie la composition de l’assemblage d’espèces dispersé par rapport à la flore régionale en imposant un filtre fonction de l’habitat dans lequel se nourrit le vecteur animal, mais indépendant des traits morphologiques des graines. A échelle des communautés, l’effet de la zoochorie est cependant réduit relativement aux autres processus abiotiques et biotiques tels que les filtres liés à l’habitat ou l’herbivorie. Compte tenu de ces résultats, je propose de prendre en compte l’influence de la dispersion dans les modèles prédictifs de distributions des plantes, afin d’améliorer notre compréhension des dynamiques d’aires et leur prédiction en lien avec les scénarios de changements climatiques. Il apparaît en particulier nécessaire de mieux quantifier la contribution de la dispersion zoochore aux patrons de diversité et de composition des communautés végétales, relativement aux autres processus qui résultent d’interactions plantes-animaux et aux autres modes de dispersion des graines. / Dispersal is a key process shaping population dynamics. In passive dispersers like plants, the dispersal of the seed bank relies on biotic or abiotic vectors. Among the wide range of passive dispersal, zoochory influences spatial plant diversity and distribution patterns through an interaction between the ecological traits of dispersed plants and their animal vectors. In this work, I investigate the outcomes of this interaction on the taxonomic and functional composition of plant communities. I address three main questions: (1) How do the ecological traits of dispersed plants and their vectors influence the dynamics of endozoochorous dispersal? ; (2) Does zoochory affect the functional traits of dispersed species as a community assembly filter? ; (3) What is the imprint of zoochory on spatial patterns of plant diversity? I frame my work within an experimental approach focused on the West-European flora and on the three most common wild ungulates in this area: red deer (Cervus elaphus), roe deer (Capreolus capreolus) and wild boar (Sus scrofa). I show that interactions between plant and vector traits influence dispersal distances by modulating seed retention times. Endozoochory modifies the composition of dispersed plant assemblages as compared with that of the regional pool by filtering species according to the feeding habitats of the vectors. At a community level, zoochory has a limited influence relative to other abiotic or biotic processes including habitat and herbivory. On the basis of these results, I suggest to include dispersal in predictive models of plant distributions to improve our understanding of range dynamics and their prediction especially within the framework of current global changes. My results further suggest that the contribution of zoochorie to plant diversity and community composition patterns needs to be better quantified and compared with other plant-animal interactions and other dispersal modes.

Le développement des plantes est conditionné par leurs interactions avec le microbiote racinaire, dont le fonctionnement repose sur des fonctions élémentaires partagées par plusieurs taxons, au sein de groupes fonctionnels. Certains de ces groupes incluent des PGPR (Plant Growth-Promoting Rhizobacteria), qui stimulent la croissance des plantes grâce à différentes fonctions phytobénéfiques. L'inoculation d'une PGPR peut avoir un impact sur la physiologie de la plante et sur les autres partenaires microbiens de la racine. D'ailleurs, une PGPR inoculée peut modifier la structure génétique du microbiote racinaire global, sans que l'on sache comment cet impact se concrétise au niveau de groupes fonctionnels particuliers. L'hypothèse de cette thèse est que les PGPR inoculées peuvent modifier la structure de communautés microbiennes fonctionnelles importantes pour le développement de la plante. Ces travaux ont évalué l'impact de l'inoculation de la PGPR Azospirillum lipoferum CRT1 sur la taille et/ou la diversité des diazotrophes, des producteurs d'1-aminocyclopropane-1-carboxylate (ACC) désaminase et des producteurs de 2,4-diacétylphloroglucinol (ainsi que de la communauté bactérienne totale) dans la rhizosphère du maïs cultivé en champ sous différents intrants azotés. Nos travaux ont montré que diazotrophes et producteurs d'ACC désaminase pouvaient être co-sélectionnés dans la rhizosphère du maïs, et que l'inoculation modifiait la composition taxonomique de ces groupes fonctionnels. En conclusion, l'inoculation de PGPR module la sélection rhizosphérique de taxons telluriques portant des fonctions phytobénéfiques, ce qui pourrait contribuer aux effets phytobénéfiques observés / Plant development is influenced by interactions established with root microbiota. Microbiota functioning relies on individual functions carried out by functional groups, which often contain multiple microbial taxa. Some of these groups include plant growth-promoting rhizobacteria (PGPR), which stimulate plant growth thanks to several plant-beneficial functions. PGPR inoculation may impact plant physiology and microbial partners of roots, and inoculated PGPR can modify the genetic structure of the root microbiota. However, it is not known how this impact materializes at the level of particular microbial functional groups. The hypothesis of this thesis is that inoculated PGPR will also modify the structure/composition of microbial functional groups important for plant development. This work assessed the impact of inoculation with the PGPR Azospirillum lipoferum CRT1 on the size and/or diversity of diazotrophs, 1-aminocyclopropane-1-carboxylate (ACC) deaminase producers and 2,4-diacetylphloroglucinol producers (as well as the total bacterial community) colonizing the maize rhizosphere in three fields and under different nitrogen fertilization regimes. Our work showed that diazotrophs and ACC deaminase producers could be co-selected in maize rhizosphere and that PGPR inoculation modified the taxonomic composition of functional groups. To conclude, PGPR inoculation modulates rhizospheric selection of microbial members of functional groups important for plant growth, which may mediate some of the plant-beneficial effects of PGPR inoculants

Dans un contexte général de dégradation de nombreux écosystèmes aquatiques, les travaux de ma thèse se sont intéressés à la problématique des proliférations de cyanobactéries benthiques potentiellement toxiques qui peuvent former des biofilms épais sur le fond de certaines rivières. Alors que les proliférations de cyanobactéries planctoniques ont fait l’objet de nombreuses études, notamment en raison de leurs effets néfastes sur les écosystèmes et des limitations de leurs usages qu’elles provoquent, seul un nombre très restreint de travaux s’est intéressé aux proliférations de cyanobactéries benthiques. Partant de ce constat, les données acquises au cours de cette thèse se sont inscrits à la fois dans une démarche fondamentale d’acquisition de connaissances sur la composition microbienne et l’écologie des biofilms périphytiques, avec un regard particulier sur les proliférations de cyanobactéries benthiques en rivières, et dans une démarche plus appliquée sur les stratégies et outils pour la surveillance des biofilms à cyanobactéries dans les rivières afin de répondre à une demande des Agences de l’Eau et des gestionnaires de milieux aquatiques. Ces travaux ont reposé sur des prélèvements de biofilms dans deux rivières françaises, le Tarn et la Loue, et dans neuf rivières néo-zélandaises. Les communautés microbiennes au sein des biofilms ont été caractérisées par des approches de séquençage à haut débit ciblant un fragment du gène de la petite sous-unité de l’ARN ribosomal 16S et 18S. Des données environnementales permettant de décrire le contexte dans lequel les biofilms se sont développés ont été également acquises. Les résultats principaux permettant une amélioration des connaissances sur les communautés microbiennes et l’écologie des biofilms de rivières se rapportent à la mise en évidence (i) de l’importance fondamentale de certains facteurs comme la température de l’eau sur les variations temporelles de l’ensemble des communautés périphytiques et de la nécessité de prendre en compte les contextes hydrologique et géologique des stations de prélèvements pour comprendre ces variations, (ii) par l’analyse des corrélations entre les OTU dominantes des communautés phototrophes et hétérotrophes, d’interactions positives entre certaines de ces OTU, par exemple dans le cadre du recyclage de la matière organique ou d’interactions négatives, par exemple dans le cas des compétitions pour l’accès à la lumière entre bactéries et micro-algues phototrophes et (iii) d’une structuration géographique des communautés bactériennes associées aux biofilms à cyanobactéries qui semble plus s’expliquer par le contexte environnemental local des biofilms que par leur éloignement par la distance. Concernant les données acquises lors de cette thèse pour améliorer la surveillance et la gestion des risques liés aux proliférations de cyanobactéries benthiques, nos travaux ont permis de montrer les limites d’un nouvel outil (sonde spectrofluorimétrique) pour la détection et la quantification des cyanobactéries benthiques et de proposer des stratégies d’échantillonnage pour évaluer l’importance des biofilms à cyanobactéries en rivières. Finalement, nos résultats suggèrent que la prévention des risques liés aux cyanobactéries benthiques potentiellement toxiques devrait essentiellement reposer sur l’information des usagers. / In a general context of aquatic ecosystems degradation, my thesis focuses on the issue of potentially toxic benthic cyanobacterial proliferations that can form thick biofilms fixed on the riverbed of certain rivers. While planktonic cyanobacterial blooms have been the subject of numerous studies, mainly due to their detrimental effects on the ecosystems, only a limited number of works have focused on benthic cyanobacteria. Therefore, the thesis involves a fundamental approach for knowledge acquisition on biofilms biodiversity and ecology, with an interest on benthic cyanobacterial proliferations, and an applied approach concerning strategies and tools for their monitoring on rivers in order to meet a request from water agencies and aquatic environmental managers.The main results of the thesis highlight (i) the importance of the hydrogeological context of sampling stations and water temperature on the temporal variations of periphytic communities, (ii) by OTU correlation analysis, positive interactions on the framework of organic matter recycling, and negative interactions in the case of light access competition, and (iii) a geographical structure of cyanobacterial-associated bacterial communities that seems to be mostly explained by local environmental context rather than distance. Concerning surveillance, we showed the limitations of a new spectrofluorometric tool for the quantification of benthic cyanobacteria and we propose sampling strategies to evaluate the importance of cyanobacterial biofilms in rivers.

Dans le contexte des réseaux complexes, cette thèse s’inscrit dans deux axes : (1) Méthodologiede la détection de communautés et (2) Evaluation de la qualité des algorithmes de détection de communautés. Dans le premier axe, nous nous intéressons en particulier aux approches fondées sur les Leaders (sommets autour desquels s’agrègent les communautés). Premièrement, nous proposons un enrichissement de la méthodologie LICOD qui permet d’évaluer les différentes stratégies des algorithmes fondés sur les leaders, en intégrant différentes mesures dans toutes les étapes de l’algorithme. Deuxièmement, nous proposons une extension de LICOD, appelée it-LICOD. Cette extension introduit une étape d’auto-validation de l’ensemble des leaders. Les résultats expérimentaux de it-LICOD sur les réseaux réels et artificiels sont bons par rapport à LICOD et compétitifs par rapport aux autres méthodes. Troisièmement, nous proposons une mesure de centralité semi-locale, appelée TopoCent, pour remédier au problème de la non-pertinence des mesures locales et de la complexité de calcul élevée des mesures globales. Nous montrons expérimentalement que LICOD est souvent plus performant avec TopoCent qu’avec les autres mesures de centralité. Dans le deuxième axe, nous proposons deux méthodes orientées-tâche, CLE et PLE, afin d’évaluer les algorithmes de détection de communautés. Nous supposons que la qualité de la solution des algorithmes peut être estimée en les confrontant à d’autres tâches que la détection de communautés en elle-même. Dans la méthode CLE nous utilisons comme tâche la classification non-supervisée et les algorithmes sont évalués sur des graphes générés à partir des jeux de données numériques. On bénéficie dans ce cas de la disponibilité de la vérité de terrain (les regroupements) de plusieurs jeux de données numériques. En ce qui concerne la méthode PLE, la qualité des algorithmes est mesurée par rapport à leurs contributions dans une tâche de prévision de liens. L’expérimentation des méthodes CLE et PLE donne de nouveaux éclairages sur les performances des algorithmes de détection de communautés / In this thesis we focus, on one hand, on community detection in complex networks, and on the other hand, on the evaluation of community detection algorithms. In the first axis, we are particularly interested in Leaders driven community detection algorithms. First, we propose an enrichment of LICOD : a framework for building different leaders-driven algorithms. We instantiate different implementations of the provided hotspots. Second, we propose an extension of LICOD, we call it-LICOD. This extension introduces a self-validation step of all identified leaders. Experimental results of it-LICOD on real and artificial networks show that it outperform the initial LICOD approach. Obtained results are also competitive with those of other state-of-the art methods. Thirdly, we propose a semi-local centrality measure, called TopoCent, that address the problem of the irrelevance of local measures and high computational complexity of globalmeasures. We experimentally show that LICOD is often more efficient with TopoCent than with the other classical centrality measures. In the second axis, we propose two task-based community evaluation methods : CLE and PLE. We examine he hypothesis that the quality of community detection algorithms can be estimated by comparing obtained results in the context of other relevent tasks. The CLE approach, we use a data clustering task as a reference. The PLE method apply a link prediction task. We show that the experimentation of CLE and PLE methods gives new insights into the performance of community detection algorithms.

Les plateformes de co-innovation sont des dispositifs en ligne que les entreprises ont commencé à développer au milieu de la décennie 2000, dans le sillage du Web 2.0, afin d’intégrer les consommateurs au processus d’innovation. Présentées comme de nouveaux espaces ouverts et collaboratifs, entièrement dédiés à la coopération avec les internautes, ces démarches participatives suscitent l’engouement des gestionnaires et des cabinets de conseil spécialisés dans l’innovation. Pourtant, rares sont les études portant sur la co-innovation qui aient consacré une enquête de terrain aux dispositifs mis en place et aux formes de collaborations qu’ils accueillent. La sociologie, en particulier, s’est notablement désintéressée — au profit des sciences de gestion — des initiatives de co-innovation impliquant de grandes entreprises et a fait porter l’essentiel de ses analyses sur des cas d’innovation ascendante, sur le mouvement du logiciel libre ou sur de petites structures de nature entrepreneuriale. Cette thèse, en prenant pour objet six plateformes mises en place par des très grandes entreprises françaises et étasunienne dans les secteurs des télécommunications, du transport de voyageurs et du matériel informatique, vise à combler ce manque.Au-delà de cette ambition qui tente de restituer la légitimité d’un objet de recherche au sein d’un champ disciplinaire, cette thèse tisse une réflexion autour de trois problèmes fondamentaux : pourquoi et comment les entreprises associent-elles les usagers à leur processus d’innovation ? Pourquoi et comment les usagers collaborent-ils, le plus souvent de façon bénévole ? De quelles nouvelles formes de collaboration, voire de relation, entre l’individu et l’entreprise ces dispositifs sociotechniques sont-ils porteurs ?Nous apportons des réponses à ces questions en mobilisant les outils combinés de la théorie du cadre de référence de Flichy, de la théorie des régimes d’engagement développée par Thévenot et poursuivie par Auray, et enfin des concepts standards de l’analyse de réseaux. Sur le plan empirique, cette thèse s’appuie sur une enquête de terrain menée depuis 2010 auprès des acteurs de ces plateformes, au cours de laquelle nous avons adopté une méthode quali-quantitative articulant 44 entretiens semi-directifs auprès des acteurs des plateformes (usagers mais aussi responsables de plateformes, chefs de produits, community managers), observations en ligne et analyse de réseaux des collaborations qui se nouent autour des dispositifs. / Innovation platforms are online disposistifs that companies have started to develop in the middle of the 2000s, in the wake of the Web 2.0, in order to incorporate customers to the innovation process. Presented as new open and collaborative spaces, entirely dedicated to the cooperation with Internet users, these participative processes arouse the enthusiasm of managers and consulting firms specialized in innovation. Yet, there are only few studies dealing with co-innovation that have dedicated a field survey to the dispositifs that have been set up and to the collaborations they host. Sociology, in particular, has had little interest — in favour of management sciences — in co-innovation processes involving big companies, and has focussed the most of its analyzes on cases of bottom-up innovation, free software movement and start-up economy.This thesis, by choosing as field survey six platforms built by very large companies from several business sectors (telecommunications, passenger transport and computer equipment), aims to fill this gap.Beyond this ambition that tries to restore the legitimacy of a research topic within a research area, this thesis weaves a reflection on three fundamental problems : why and how do companies associate users to their innovation process ? Why and how do users collaborate with them, most of the time on a volunteer basis ? What new forms of collaboration, nay of relationships, between the individual and the company this sociotechnical dispositifs do carry ?We provide answers to these questions by mobilizing the combined tools of Flichy’s theory of reference frame, Thevenot’s theory —continued by Auray — of engagement regimes, and finally the standard concepts of social network analysis (SNA). Empirically, this thesis is based on a field survey conducted since 2010 among the actors of these platforms, in which we have adopted a quali-quantitative method hinging 44 semi-structured interviews with platforms actors (users but also platforms managers, product managers, community managers, etc), online observations and online collaborations network analysis.

Influence des interactions entre espèces végétales sur les relations plantes-pollinisateurs: cas de la compétition induite par la présence d'espèces anémophiles sur l'attractivité aux pollinisateurs d'espèces entomophiles Les traits d'attractivité aux pollinisateurs (fleurs et récompenses associées) d'espèces végétales entomophiles peuvent être sensibles aux variations de ressources dans le milieu (azote, phosphore). Puisque la compétition entre plantes peut modifier la disponibilité et la quantité de ces ressources, nous nous sommes intéressés à son effet sur les traits d'attractivité aux pollinisateurs, via la présence d'espèces végétales anémophiles. Nous avons démontré que la présence d'une espèce anémophile compétitive réduisait la production totale de fleurs, la vitrine florale et la quantité totale de sucre allouée au nectar chez une espèce entomophile. Cette diminution est d'autant plus forte que l'espèce anémophile est compétitive. En étudiant les visites de pollinisateurs sur une espèce entomophile en compétition avec une espèce anémophile, nous avons pu observer une diminution du nombre de visites, en relation avec une diminution de la production totale de fleurs et de la vitrine florale. Ainsi, bien que n'interagissant pas directement avec les pollinisateurs, les espèces anémophiles peuvent moduler les interactions plantes-pollinisateurs via des relations de compétition. Cette thèse soulève de nouvelles perspectives pour l'étude des réseaux plantes-pollinisateurs, qui se focalisent généralement sur les plantes entomophiles, en les ouvrants à l'ensemble de la communauté végétale. / Attractiveness traits of insect-pollinated plants to pollinators (i.e. flowers and associated rewards) can be sensitive to variations of resources (e.g. nitrogen, phosphorous). As competition between plants can modify resource availability, we studied its effect on insect-pollinated plants and their floral traits involved in attractiveness to pollinators, especially in presence of wind-pollinated plants. We showed that the presence of a competitive wind-pollinated species could reduce total flower production, floral display size and total sucrose allocated to nectar of insect-pollinated species. Especially, the stronger the competitor, the stronger is the effect on floral traits. The study of wild pollinators’ visits on an insect-pollinated plant in competition with a wind-pollinated plant revealed a decrease in the number of visits associated to the decrease of floral display size and total flower production. Therefore, even though they do not interact directly with pollinators, wind-pollinated plant species can modulate plant-pollinator interactions through competitive interactions. This thesis raises new perspectives for the study of plant-pollinator networks, which are generally focused on insect-pollinated plants, by opening them up to the whole plant community.