Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Patologia Molecular, 2015. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2015-11-03T14:18:27Z No. of bitstreams: 1 2015_PatriciaAlvesSilva.pdf: 1963450 bytes, checksum: 252f173b1b9d8c60126eea7dac7dc38c (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2015-12-30T11:53:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_PatriciaAlvesSilva.pdf: 1963450 bytes, checksum: 252f173b1b9d8c60126eea7dac7dc38c (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-30T11:53:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_PatriciaAlvesSilva.pdf: 1963450 bytes, checksum: 252f173b1b9d8c60126eea7dac7dc38c (MD5) / O crescente número de casos de infecções fúngicas sistêmicas tem sido motivo de grande preocupação em âmbito mundial. As opções terapêuticas disponíveis atualmente são limitadas, dividida em quatro grupos: os Polienos (anfotericina B), Fluoropirimidinas (flucitosina), Azólicos (cetoconazol, fluconazol, itraconazol, posaconazol e voriconazol) e Equinocandinas (caspofungina, micafungina e anidulafungina. Além disso, vem sendo observado há algum tempo o surgimento de resistência aos agentes antifúngicos como Anfotericina B e derivados azólicos, surgindo à necessidade do desenvolvimento de novos antifúngicos. Atualmente, a pesquisa e o desenvolvimento de drogas consomem muito tempo e apresentam altos riscos. O planejamento baseado na estrutura e no mecanismo de ação tem se mostrado uma estratégia eficiente e menos dispendiosa para desenvolvimento de novos fármacos. Neste contexto, em resultados preliminares obtidos pelo grupo, por meio de análise in silico, foram identificados quatro possíveis genes-alvos, que estão presentes em sete fungos patogênicos humanos relevantes e ausentes no genoma humano. Entre estes genes-alvo está o kre2 ou Mnt1, que codifica uma proteína de aproximadamente 49 kDa, a α - 1,2 manosiltransferase. Esta é uma proteína importante para viabilidade celular e virulência do patógeno no interior do hospedeiro. Além da seleção dos dez genes candidatos, nosso grupo identificou por métodos in silico de modelagem molecular e screening virtual, 17 compostos de baixa massa molecular (small molecules) que potencialmente têm capacidade de inibir a enzima α - 1,2- manosiltransferase (KRE2) de P. lutzii. Das 17 moléculas selecionadas, uma se destacou nos testes de susceptibilidade contra fungos de importância médica e foi denominada de molécula 3. Com testes de inibição in vitro promissores surgiu-se a necessidade de avaliar se de fato esta molécula é capaz de inibir especificamente o alvo molecular KRE2 de P. lutzii. Os resultados alcançados neste trabalho apontam para o sucesso na obtenção desta proteína no sistema de expressão heteróloga em Pichia pastoris. Uma vez que este sistema realiza glicosilação de proteínas, possibilita o dobramento correto da enzima alvo, e fornece as condições necessárias para continuidade dos experimentos. Quantidades razoáveis da proteína foram produzidas heterologamente, o que possibilitou a realização dos ensaios para determinação dos parâmetros cinéticos e testes de inibição enzimática usando a molécula 3 contra o alvo KRE2 de P. lutzii. Utilizando substrato marcado com [14C] nas reações, foi determinado o Km aparente de KRE2 de P. lutzii que atingiu 3,7 pM, demonstrando alta afinidade da enzima pelo substrato em relação aos dados descritos na literatura. De forma semelhante, os testes de inibição enzimática utilizaram o isótopo radioativo e a molécula 3 foi usada contra as enzimas KRE2 de P. lutzii e MNT1 de Cândida albicans. Os resultados obtidos para KRE2 de P. lutzii demonstram que na presença da molécula inibidora, foi observada uma redução da atividade enzimática de até 60%. No entanto, a redução da atividade enzimática de MNT1 de Cândida albicans ficou em 20%. Faz-se necessário destacar que a molécula 3 apresenta problemas de solubilidade e que novos ensaios de susceptibilidade contra espécies de Cândida spp. utilizando Pluronic F-127 associados a molécula 3 foram realizados pelo nosso grupo e os resultados foram promissores. Desta forma, o melhoramento da solubilidade da molécula 3 representa um avanço nos testes de inibição in vitro, o que aumenta a expectativa de um MIC90 melhor para os outros fungos de importância médica. Os resultados apresentados neste trabalho representam um avanço na validação da molécula 3 como inibidor de KRE2 de P. lutzii, o que poderá contribuir com dados relevantes para o desenvolvimento de novas drogas para o tratamento de micoses de relevância mundial. / The occurrence of growth of systemic infections has been the cause of great concern worldwide. The therapeutic options currently available are limited, and are divided into four groups, Polyenes (amphotericin B), fluoropyrimidines (flucitosine), Azoles (ketoconazole, fluconazole, itraconazole, posaconazole and voriconazole) and Echinocandins (caspofungin, micafungin and anidulafungin. Furthermore, this is observed of resistance to antifungal agents such as amphotericin B and azoles, leading to the need of development of new antifungal agents. Currently, the research and drug development, consume much time and it have high risks. The planning based on structure and mechanism of action has proven to be an efficient and less expensive strategy for development of new drugs. In this context, in preliminar results obtained by the group using in silico analysis identified four possible target genes which are present in seven relevant human pathogenic fungi and absent in the human genome. Among these target genes Kre2 or Mnt1 is responsible to encode a protein of approximately 49 kDa, the α - 1,2 mannosyltransferase. This is an important protein for cell viability and virulence of the pathogen within the host. Besides the selection of ten candidate genes, our group identified using in silico methods of molecular modeling and virtual screening 17 compounds of low molecular weight (small molecules) that potentially have the ability to inhibit the enzyme α - 1,2 mannosyltransferase (KRE2) of P. lutzii. Of the 17 molecules selected, one highlighted out in susceptibility tests against fungi of medical importance and was called molecule 3. With in vitro inhibition tests promising, the need to evaluate if in fact this molecule is able to specifically inhibit the molecular target KRE2 of P. lutzii emerged. The results obtained in this study point to the success in getting this protein in heterologous expression system in Pichia pastoris. Once this system performs glycosylation of proteins, it allows the correct folding of the target enzyme, favoring the necessary conditions to continue the experiments. Reasonable amounts of protein were produced heterologously, allowing the tests to determine the kinetic parameters and enzyme inhibition tests using the molecule 3 against the target KRE2 P. lutzii. Using labeled substrate [14C] in the reactions, apparent Km of KRE2 of P. lutzii was determined, which reached 3.7 pM, demonstrating the high affinity of the enzyme for the substrate in comparison to data in the literature. Similarly, the enzymatic inhibition tests used the radioactive isotope and the molecule 3 was used against enzymes KRE2 of P. lutzii and MNT1 of Candida albicans. The results obtained for KRE2 of P. lutzii demonstrated that in the presence of the inhibitor molecule, was observed a reduction in the enzymatic activity by 60%. However, reduction of the enzymatic activity of MNT1 of Candida albicans was 20%. It is necessary to point out that the molecule 3 shows solubility issues, additional susceptibility testing against species of Candida spp. using Pluronic F-127 linked to molecule3 were carried out by our group with promising results. Thus, the improvement of the solubility of the molecule 3 represented an advance in vitro inhibition tests, which increases the expectation of better MIC90 for other fungi of medical importance. The results presented in this work represents an advancement in the validation of the molecule 3 as an inhibitor of KRE2 of P. lutzii, which may contribute to important data for the development of new drugs for the treatment of fungal infections of global relevance.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2017. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2017-03-13T19:56:49Z No. of bitstreams: 1 2016_RodrigoTheodoroRocha.pdf: 3894776 bytes, checksum: 1c81a5970509cf6762b3a7714e52434c (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-03-28T16:39:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_RodrigoTheodoroRocha.pdf: 3894776 bytes, checksum: 1c81a5970509cf6762b3a7714e52434c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-28T16:39:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_RodrigoTheodoroRocha.pdf: 3894776 bytes, checksum: 1c81a5970509cf6762b3a7714e52434c (MD5) / Metabólitos secundários (MS) são moléculas heterogêneas de baixo peso molecular e, alternativamente aos metabólitos primários, não estão diretamente envolvidas no crescimento do organismo que as produz. Entre os microrganismos produtores de MS destacam-se os fungos filamentosos do gênero Aspergillus, abrangendo diversas espécies com estilos de vida variados e produzindo inúmeros compostos de importância para os homens, animais e plantas. A espécie A. terreus é produtora de diversos MS, entre eles destaca-se a lovastatina, fármaco da classe das estatinas, que são mundialmente utilizadas para a redução dos níveis de colesterol. Visando a bioprospecção de cepas de A. terreus produtoras de lovastatina utilizamos a genômica comparativa para detalhar a estrutura e variabilidade dos genes responsáveis por sua biossíntese. Oito cepas de A. terreus isoladas no Brasil foram submetidas a sequenciamento de segunda geração utilizando a plataforma Illumina. Os dados resultantes foram mapeamentos contra o genoma de referência da espécie (cepa NIH 2624) e observou-se uma conservação de 86% de todo genoma entre as cepas. No entanto, grandes regiões com tamanho maior que 10 kb apresentaram cobertura anômala, e posteriormente verificou-se que se tratava de variantes estruturais (grandes indels) nos genomas das cepas, inclusive no agrupamento gênico de biossíntese (BCG) de lovastatina. As variantes estruturais dentro deste loco foram validadas experimentalmente via ensaios de PCR e a ausência de genes essenciais à biossíntese da lovastatina explica o fenótipo não produtor em algumas cepas. A observação variabilidade genômica entre as cepas motivou o desenvolvimento de uma nova metodologia para detecção de BCGs em geral. Esta baseia-se na estrutura de grafos de Bruijn coloridos e pode ser aplicada diretamente nos dados brutos de sequenciamento, sem necessitar montagens genômicas de alta qualidade. Com esta abordagem foi possível identificar os limites gênicos dos agrupamentos de biossíntese dos metabólitos acetilaranotina, terretonina e outros. As análises de genômica comparativa neste estudo apontam as relevantes diferenças na composição gênica de indivíduos da mesma espécie, as quais podem ser correlacionadas com fenótipos de interesse biotecnológico. Ademais, ressaltam a complexa história evolutiva dos fungos e a plasticidade de seus genomas. Assim como acontece em muitos procariotos, os genomas dos fungos filamentosos devem ser representados por um pan-genoma. / Secondary metabolites (SM) are a heterogeneous class of low molecular weight compounds not directly involved in the growth of the producing organism. Among the SM producing microorganisms stands out the genus Aspergillus, a diverse group of filamentous fungi of medical and biotechnological relevance. The species A. terreus is known to produce several metabolites, noticeably lovastatin, belonging to the statins class with worldwide application as cholesterol lowering drugs. Aiming at the bioprospection of lovastatin producing strains we employed a comparative genomics study to pinpoint the structure and variability of the genes involved in its biosynthesis. Eight A. terreus strains, isolated in different locations, were sequenced by second generation genome sequencing platform Illumina. The resulting reads were mapped against the reference genome of A. terreus (strain NIH 2624) unveiling a 86% genome-wide conservation between the strains. However, large blocks spanning over 10 kb showed anomalous mapping coverage depth, and further analyses showed that these were structural variants (large indels) occurring in the genome of the strains. Strikingly, some strains exhibited structural variations in the lovastatin biosynthetic gene cluster (BCG), further validated by PCR assays, which offers a plausible explanation for the non-producing phenotype observed in some strains. The observation of strain-specific genome variation prompted the development of a new BCG detection methodology based on colored de Bruijn graphs and directly applied to raw sequencing data without the necessity of a high quality reference genome. This approach uncovered the presence and the gene boundaries of several BCGs in our study, such as the biosynthetic clusters for the metabolites acetilranotin, terretonin and others. The comparative genomic analyses in this study highlight the gene composition differences among individuals of the same species and the correlation with biotechnological relevant phenotypes. Moreover, underlies the complex fungal evolutive pathways and the plasticity of microbial genomes.

Este trabalho consiste em um estudo comparativo entre a Sonata n. 1 para piano e sua transcrição intitulada Divertimento para cordas de Edino Krieger. Estas obras integram o segundo período de criação do compositor, marcado pela tendência neoclássica e utilização de temas de caráter brasileiro. Ao comparar os esquemas formais das duas obras e investigar as adaptações idiomáticas ocorridas no processo de transcrição, são traçados paralelos entre a escrita pianística do compositor e elementos idiomáticos dos instrumentos de cordas.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Agronegócios, 2018. / Submitted by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-08-06T21:10:09Z No. of bitstreams: 1 2018_AndersonJorgeDib.pdf: 1395019 bytes, checksum: 0748798c1941e2f1d94ee56ceda22ee6 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-08-08T19:51:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2018_AndersonJorgeDib.pdf: 1395019 bytes, checksum: 0748798c1941e2f1d94ee56ceda22ee6 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-08T19:51:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2018_AndersonJorgeDib.pdf: 1395019 bytes, checksum: 0748798c1941e2f1d94ee56ceda22ee6 (MD5) Previous issue date: 2018-08-06 / Com a crescente competição no mundo dos negócios, cada vez mais globalizado e levando-se em conta as constantes mudanças no padrão de consumo, a formação de parcerias estratégicas entre compradores e fornecedores, tornou-se uma importante alternativa estratégica. Neste contexto complexo, as organizações buscam obter vantagens competitivas a fim de conquistar mercados internacionais. Embora haja na literatura uma ampla gama de estudos para o setor industrial sobre os estágios da formação de parcerias estratégicas, como são desenvolvidas, tipos, características, fatores de sucesso da parceria, motivos para se formar parcerias estratégicas e seus benefícios, a temática ainda é pouco explorada no contexto do agronegócio. Falta, portanto, uma melhor compreensão sobre quais fatores de sucesso estariam presentes na parceria entre exportadores e produtores agrícolas de cafés especiais. Neste sentido, esse estudo busca conciliar as preconizações sobre os fatores de sucesso em parcerias estratégicas entre compradores e fornecedores no contexto agrícola. Com base no modelo conceitual desenvolvido por Monczka et al. (1998) este trabalho abordará quais são os fatores de sucesso da parceria entre exportadores e produtores agrícolas de cafés especiais da região da Mantiqueira de Minas em quatro dimensões: (i) atributos da parceria; (ii) comportamento de comunicação; (iii) técnicas de resolução de conflitos; e, (iv) processo de seleção de produtos e fornecedores focados na estratégia de cadeia de suprimentos. Para tanto, serão utilizados, respectivamente, métodos de pesquisa quantitativos para produtores agrícolas (questionários) e qualitativos (entrevistas) para os exportadores. Como resultado dessa pesquisa, buscar-se-á evidenciar como as parcerias bem-sucedidas do agronegócio do café especial brasileiro estão relacionadas com cada um dos fatores constantes das quatro dimensões acima elencadas. As implicações do resultado desse estudo podem auxiliar na tomada de decisões estratégicas gerenciais e discussões no desenvolvimento e manutenção da relação de parceria colaborativa entre compradores e fornecedores do agronegócio. / With the increasing competition in the business world, increasingly globalized and taking into account the constant changes in the consumption pattern, the formation of strategic partnership between buyers and suppliers, has become an important alternative strategy. In this complex context organizations seek to obtain competitive advantages in order to conquer international markets. Although there is in the literature for the industrial sector a wide range of studies on the stages of the formation of strategic partnerships, how they are developed, types, characteristics, success factors of the partnership, reasons for forming strategic partnerships and their benefits, the theme is still little explored in the context of agribusiness. It is therefore lacking a better understanding of what success factors would be present in the strategic partnership between exporters and agricultural producers of specialty coffees. In this sense, this study seeks to reconcile the recommendations about the success factors in strategic partnerships between buyers and suppliers in the agricultural context. Based on the conceptual model developed by Monczka et al. (1998) this work will address what are the success factors of the partnership between exporters and agricultural producers of specialty coffees in the region of Mantiqueira de Minas in four dimensions: (i) attributes of partnership; (ii) communication behavior; (iii) conflict resolution techniques; and (iv) selection process of products and suppliers focused on the supply chain strategy. Quantitative research methods for agricultural producers (questionnaires) and qualitative (interviews) for exporters will be used respectively. As a result of this research, it will seek to demonstrate how successful partnerships of the Brazilian special coffee agribusiness are related to each of the factors in the four dimensions listed above. The implications of the outcome of this study can assist in strategic management decisions and discussions in the development and maintenance of the collaborative partnership relationship between buyers and suppliers of agribusiness.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Economia, Administração e Contabilidade, Programa de Pós-Graduação em Administração, 2012. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-09-17T10:20:22Z No. of bitstreams: 1 2012_MarioRibeirodaCunhaFilho.pdf: 1374836 bytes, checksum: de5a8029c148be0c6369bff696ec78ca (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-09-17T10:20:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_MarioRibeirodaCunhaFilho.pdf: 1374836 bytes, checksum: de5a8029c148be0c6369bff696ec78ca (MD5) / Made available in DSpace on 2012-09-17T10:20:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_MarioRibeirodaCunhaFilho.pdf: 1374836 bytes, checksum: de5a8029c148be0c6369bff696ec78ca (MD5) / O setor de serviços tem cada vez mais ocupado papel de destaque nas economias contemporâneas. Entre as empresas que possuem atuação fortemente apoiada no desenvolvimento e prestação de serviços, destacam-se os bancos, que desempenham papel preponderante no desenvolvimento dos países, como agentes que propiciam o encontro entre tomadores de recursos e investidores nos diversos sistemas econômicos. O sistema bancário brasileiro vem sofrendo mudanças, a partir dos primeiros movimentos rumo à estabilização da economia, os quais tiveram início no ano de 1994. Desde então, o setor tem experimentado aumento nos níveis de concorrência, em que pese certa concentração verificada no período, com a redução do número de bancos. Nesse contexto, o objetivo deste trabalho foi o de analisar a relação entre o Desenvolvimento de Novos Serviços (DNS) em instituições bancárias no Brasil e a geração de vantagens competitivas sustentáveis para as empresas. Como referencial teórico foram utilizados estudos sobre DNS, a Visão Baseada em Recursos (VBR) e o modelo VRIO. A pesquisa consistiu em analisar oito casos de DNS em quatro bancos que atuam no Brasil. Foram realizadas entrevistas semiestruturadas com os respectivos gestores dos novos serviços. A conclusão foi a de que há convergência entre os processos de DNS avaliados e os indicadores de sucesso descritos pela literatura e que é possível que processos de DNS bem-sucedidos propiciem a aquisição de vantagens competitivas sustentáveis no setor bancário. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The service sector has increasingly taken a prominent role in contemporary economies. Among the companies whose activities are strongly supported in services stand out banks, which play key role in countries’ development, as agents that provide the encounter between borrowers and investors in different economic systems. The Brazilian banking system has undergone changes, from the first movement towards stabilizing the economy, which began in 1994. Since then, the sector has experienced increased levels of competition, despite some concentration observed in the period, reducing the number of banks. In this context, the objective of this study was to analyze the relationship between the New Service Development (NSD) in Brazilian banking institutions and the generation of sustainable competitive advantages for companies. NSD, the Resource Based View of The Firm (RBV) and the VRIO model were used as theoretical background studies. The research consisted of analyzing eight DNS cases in four banks operating in Brazil. Semi-structured interviews were conducted with the new services’ managers. The conclusion was that there is convergence between the evaluated NSD processes and the success indicators described in the literature, and also that it is possible that NSD successful processes lead to the acquisition of sustainable competitive advantages in the banking sector.

RESUMO O objetivo deste estudo foi comparar a citotoxicidade in vitro dos solventes utilizados em terapia de retratamento endodôntico: óleo de casca de laranja, eucaliptol, xilol, clorofórmio e halotano através da avaliação da citotoxicidade de cada solvente em diferentes concentrações finais e condições de contato com as células de fibroblastos de linhagem NIH 3T3. O experimento foi dividido em 4 etapas: etapa 1- os solventes foram misturados em meio de cultura (DMEM) nas concentrações finais de 0, 5, 10, 25, 50 e 100% e depositados sobre a cultura de células para o tempo de 5 minutos; etapa 2-os solventes foram misturados em meio de cultura nas concentrações finais de 0, 10 e 25% e depositados sobre a cultura de células para os tempos de 10 e 15 minutos; etapa 3a- os solventes foram depositados sobre as células de fibroblastos (contato direto) e acrescido de meio de cultura; etapa 3b-onde os fibroblastos receberam o meio de cultura e sobre este depositado os solventes testes (contato indireto) nas concentrações finais de 0, 5 e 10% para o tempo de 5 minutos; etapa 4- os solventes foram previamente solubilizados com o álcool absoluto na proporção de 1:1 e depois misturados ao meio de cultura na concentração final de 5% para o tempo de 5 minutos. A avaliação foi realizada pela contagem celular através de método de exclusão de células coradas pelo azul Trypan. Os resultados obtidos nos permitiram concluir que todos os solventes testados são citotóxicos in vitro, sendo que o óleo de laranja foi o menos tóxico, ao permitir alguma viabilidade celular. Observou-se ainda que o preparo prévio dos solventes influenciou no percentual de células viáveis. / SUMMARY The aim of this study was to compare in vitro solvents used in endodontic retreatment therapy: orange oil, eucalyptol, xylene, chloroform and halothane through cytotoxicity evaluation of each solvent in different final concentration and contact conditions to NIH 3T3 fibroblasts cells lines. The experiment was divided in four stages: stage 1- the solvents were mixed in culture medium (DMEM) in final concentrations of 0, 5, 10, 25, 50 and 100% placed on the cells in culture for periods of 5 minutes; stage 2- the solvents were mixed in culture medium in finals concentrations of 0, 10 and 25% placed on the cells in culture for periods of 10 and 15 minutes; stage 3a- the solvents were placed on the fibroblasts cells (direct contact) and added culture medium; stage 3b- the fibroblasts cells get first culture medium and after that solvents were placed (indirect contact), in bouth the finals concentrations were 0, 5 and 10% for periods of 5 minutes; stage 4- solvents were previously solubilized in absolut alcohol in 1:1 proportion and mixed in culture medium in 5% final concentration for periods of 5 minutes. The evaluation were achieved by cellular counting through dyed exclusion method-Trypan blue. The results showed that all solvents were toxic in vitro, and orange oil was less toxic and it allowed some cellular viability. And we could observe that a previous solvents preparation influenced in the viable cells percentage.

O advento do sequenciamento de nova geração (NGS - Next Generation Sequencing) nos últimos anos proporcionou um aumento expressivo no número de projetos genômicos. De maneira simplificada, as máquinas sequenciadoras geram como resultado fragmentos de DNA que são utilizados por programas montadores de genoma. Esses programas tentam juntar os fragmentos de DNA de modo a obter a representação completa da sequência genômica (por exemplo um cromossomo) da espécie sendo sequenciada. Em alguns casos o processo de montagem pode ser executado com maior facilidade para organismos com genomas de tamanhos pequenos (por exemplo bactérias com genoma em torno de 5Mpb), através de pipelines que automatizam a maior parte da tarefa. Um cenário mais complicado surge quando a espécie possui genoma com grande comprimento (acima de 1Gpb) e elementos repetidos, como no caso de alguns eucariotos. Nesses casos o resultado da montagem é geralmente composto por milhares de fragmentos (chamados de contigs), uma ordem de magnitude muito superior ao número de cromossomos estimado para um organismo (comumente da ordem de dois dígitos), dando origem a uma montagem altamente fragmentada. Uma atividade comum nesses projetos é a comparação da montagem com a de outro genoma como forma de validação e também para identificação de regiões conservadas entre os organismos. Embora o problema de alinhamento par-a-par de genomas grandes seja bem contornado por abordagens existentes, o alinhamento múltiplo (AM) de genomas grandes em estado fragmentado ainda é uma tarefa de difícil resolução, por demandar alto custo computacional e grande quantidade de tempo. Este trabalho consiste em uma metologia para fazer alinhamento múltiplo de genomas grandes de eucariotos com montagens altamente fragmentadas. Nossa implementação, baseada em alinhamento estrela, se mostrou capaz de fazer AM de grupos de montagens com diversos níveis de fragmentação. O maior deles, um conjunto de 5 genomas de répteis, levou 14 horas de processamento para fornecer um mapa de regiões conservadas entre as espécies. O algoritmo foi implementado em um software que batizamos de FROG (FRagment Overlap multiple Genome alignment), de código aberto e disponível sob licença GPLv3. / The advent of Next Generation Sequencing (NGS) in recent years has led to an expressive increase in the number of genomic projects. In a simplified way, sequencing machines generate DNA fragments that are used by genome assembler software. These programs try to merge the DNA fragments to obtain the complete representation of the genomic sequence (for example a chromosome) of the species being sequenced. In some cases the assembling process can be performed more easily for organisms with small-sized genomes (e.g. bacteria with a genome length of approximately 5Mpb) through pipelines that automate most of the task. A trickier scenario arises when the species has a very large genome (above 1Gbp) and complex elements, as in the case of some eukaryotes. In those cases the result of the assembly is usually composed of thousands of fragments (called contigs), an order of magnitude much higher than the number of chromosomes estimated for an organism (usually in the order two digits), giving rise to a highly fragmented assembly. A common activity in these projects is the comparison of the assembly with that of another genome as a form of validation and also to identify common elements between organisms. Although the problem of pairwise alignment of large genomes is well circumvented by existing approaches, multiple alignment of large genomes with highly fragmented assemblies remains a difficult task due to its time and computational requirements. This work consists of a methodology for doing multiple alignment of large eukaryotic genomes with highly fragmented assemblies, a problem that few solutions are able to cope with. Our star alignment-based implementation, was able to accomplish a MSA of groups of assemblies with different levels of fragmentation. The largest of them, a set of 5 reptilian genomes where the B. jararaca assembly (800,000 contigs, N50 of 3.1Kbp) was used as anchor, took 14 hours of execution time to provide a map of conserved regions among the participating species. The algorithm was implemented in a software named FROG (FRagment Overlap multiple Genome alignment), available under the General Public License v3 (GPLv3) terms.

Este trabalho consiste em um estudo comparativo entre a Sonata n. 1 para piano e sua transcrição intitulada Divertimento para cordas de Edino Krieger. Estas obras integram o segundo período de criação do compositor, marcado pela tendência neoclássica e utilização de temas de caráter brasileiro. Ao comparar os esquemas formais das duas obras e investigar as adaptações idiomáticas ocorridas no processo de transcrição, são traçados paralelos entre a escrita pianística do compositor e elementos idiomáticos dos instrumentos de cordas.

FundaÃÃo de Amparo à Pesquisa do Estado do Cearà / RÃSUMà Ce travail fait une analyse comparative concernant lâemploi des pronoms tu / vous, on /nous et des verbes assister et aller (demandant ou non la prÃposition) dans le langage parlà à Fortaleza, oà nous avons cherchà à identifier les faits (linguistiques et/ou extralinguistiques) qui influent aux choix lexicales et syntactiques du peuple de Fortaleza et observer les variables linguistiques qui se prÃsentent en tant que cas de norme (dâemploi majeur) et cas dâusage (dâemploi mineur). Pour ce, nous avons seletionnà 24 informants: 14 du PORCUFORT â Portugais Oral Culte de Fortaleza (Code C1) et 10 du corpus  Le langage parlà à Fortaleza â Dialogues entre Informants et Documentateurs â matÃriaux dâÃtude  (Code C2), vu que ceux du 1er corpus sont de niveau supÃrieur complet, oà leur Ãge varie de 25 à 67 ans, et ceux du 2Ãme corpus sont du premier ou du second degrà complet et/ou incomplet, oà leur Ãge varie de 14 à 39 ans. LâinterprÃtation des rÃsultats a dÃmontrà que la priorità dâune variante lexicale et dâune variante syntactique, au dÃtriment dâautre(s), a lieu selon le contexte socio-interactionnel / pragmatique, spÃcialement en ce qui concerne la rÃalisation de lâinterview de chaque corpus (selon le type dâacte de parole), la  motivation tÃmatique  et le rÃle jouà aussi bien par le documentateur que par lâinformant dans le processus interactif; et non pas par rapport à ce qui est dÃterminà par la tradition grammaticale, en tant que  bon usage  ou  usage correct  de la langue. Ainsi, en ce qui concerne les variantes lexicales et syntactiques, respectivement, se prÃsentent comme cas de norme: vous / on (ayant tous le verbe à la 3Ãme personne du singulier); le verbe assister + objet direct et aller sans complÃment de lieu, au dÃtriment des  formes usuelles  selon la tradition grammatical; tu (verbe à la 2Ãme personne du singulier); nous (verbe à la 1Ãre personne du pluriel); le verbe assister + objet indirect et aller + à ou POUR + complÃment de lieu. De ce fait, ces derniÃres, aussi que les formes verbales: assister, avec ommision du complÃment verbal ; aller + complÃment de lieu (sans prÃposition) et aller + EN + complÃment de lieu, paraissent en tant que cas dâusage dans le langage parlà à Fortaleza. Mots-clefs: parler de Fortaleza, analyse comparative, cas de norme, cas dâusage. / RESUMO Este trabalho apresenta uma anÃlise comparativa quanto ao emprego dos pronomes tu/vocÃ, a gente/nÃs e dos verbos assistir e ir (regidos ou nÃo de preposiÃÃo) na linguagem falada em Fortaleza, em que procuramos identificar os fatores (lingÃÃsticos e/ou extralingÃÃsticos) que influenciam as escolhas lexicais e sintÃticas feitas pelos fortalezenses e examinar quais variÃveis lingÃÃsticas se configuram como casos de norma (de emprego majoritÃrio) e casos de uso (de emprego minoritÃrio). Para tanto, selecionamos 24 sujeitos: 14 do PORCUFORT â PortuguÃs Oral Culto de Fortaleza (CÃdigo C1) e 10 do corpus âA linguagem falada em Fortaleza â DiÃlogos entre Informantes e Documentadores â materiais para estudoâ (CÃdigo C2), sendo que os do primeiro corpus possuem nÃvel superior completo, com faixa etÃria que varia de 25 a 67 anos; e os do segundo corpus, 1 ou 2 Grau (in)completo, com faixa etÃria que varia de 14 a 39 anos. Pela interpretaÃÃo dos resultados, concluÃmos que a priorizaÃÃo de uma variÃvel lexical e de uma sintÃtica em detrimento de outra(s) se faz de acordo com o contexto sÃcio-interacional /pragmÃtico, em especial devido à maneira como a entrevista se dà em cada corpus (ao tipo de registro), a uma âmotivaÃÃo temÃticaâ e ao papel desempenhado tanto pelo documentador quanto pelo informante no processo interativo; e nÃo de acordo com o que à prescrito pela tradiÃÃo gramatical como âbom usoâ ou âuso corretoâ da lÃngua. Assim, concernente Ãs variantes lexicais e sintÃticas, respectivamente, configuram-se como casos de norma: vocà / a gente (ambos com verbo na 3 pessoa do singular); assistir+objeto direto e ir, com omissÃo do complemento de lugar, em detrimento das âformas padronizadasâ pela tradiÃÃo gramatical: tu (com verbo na 2 pessoa do singular); nÃs (com verbo na 1 pessoa do plural); assistir+objeto indireto e ir+A ou PARA+complemento de lugar. Por conseguinte, estas, juntamente com as formas verbais: assistir, com omissÃo do complemento verbal; ir+complemento de lugar (sem preposiÃÃo) e ir+EM+complemento de lugar, sÃo tidas como casos de uso na linguagem falada em Fortaleza. Palavras-chave: falar de Fortaleza; anÃlise comparativa; casos de norma; casos de uso.

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:02:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo897_1.pdf: 8640800 bytes, checksum: a7ee3c6274f9d3c9d3a9f5fa7142d92d (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / A evolução dos mecanismos de virulência bacteriana está diretamente relacionada com a aquisição dos elementos transponíveis. A compreensão desses fenômenos teve grande avanço com a produção de sequências completas de genomas. Atualmente, sete sequências completas de cepas de Yersinia pestis são conhecidas. Nossas análises dessas sequências revelaram novos aspectos sobre a evolução da ilha de alta patogenicidade (HPI), onde estão as sequências que codificam o sideróforo yersiniabactina (Ybt). As evidências de ciclos adaptativos, mesmo na ausência de genomas intermediários, proporcionaram informações de que a HPI das yersínias foi herdada monofileticamente, podendo a Vibrionaceae ser sua família ancestral. A metodologia foi baseada nas análises das sequências vizinhas às HPIs, assinaturas seletivas dos genes do operon ybt e seus homólogos e frequências do uso de códons dos genomas hospedeiros, que revelaram novos aspectos da evolução desta ilha genômica. Os padrões e as diferenças de conteúdos de GC e das substituições sinônimas e não sinônimas indicam que os genes ybt e seus genomas hospedeiros passaram por diferentes pressões seletivas. Assim, grupos ancestrais diferentes encontraram formas distintas de preservar suas HPIs. Observamos que as sequências vizinhas das HPIs são reguladas por quorum sensing, indicando uma rede geral de regulação que envolve os genes ybt. A análise da organização cromossômica das sete cepas representativas de diferentes regiões do mundo revelou também uma dinâmica de rearranjos que poderia justificar o reconhecimento de novas variantes de Y. pestis até recentemente considerada uma espécie muito homogênea