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Emprego da maceração a frio na extração e estabilização de compostos fenólicos em vinhos de Syrah cultivada em ciclo de outubro-inverno / Influence of cold maceration technique on extraction and stabilization of phenolic compounds in Syrah wines from grapevines cultivated in autumnwinter cycle

Dal'Osto, Marite Carlin 16 April 2012 (has links)
Na busca por vinhos tintos de grande cor, aroma, corpo e identidade, enólogos forçam a extração dos compostos fenólicos durante a maceração. Nesta etapa, que ocorre durante a fermentação do mosto, estes compostos são extraídos da casca e sementes e modificados em sua estrutura à formas mais estáveis ao longo do tempo. Fatores como sistema de encubagem e remontagem do mosto, tempo de contato entre o mosto e as partes sólidas da baga, e a temperatura são críticos neste processo. A alteração do ciclo da videira para colheita no período de inverno na região sudeste do Brasil permitiu avanço na maturação fenólica das bagas. As uvas colhidas neste período apresentam potencial para a elaboração de vinhos de guarda, entretanto faltam estudos para estabelecer as melhores técnicas de vinificação para este novo ciclo de produção. Este trabalho teve como objetivo avaliar o emprego de baixas temperaturas na extração e estabilidade de antocianinas, taninos e do precursor de aroma acetato de isoamila. Uvas da variedade Syrah colhidas no inverno foram submetidas a vinificação com maceração pré-fermentativa a frio (5 - 8°C) e posterior fermentação alcoólica na presença das cascas a baixa temperatura (15 °C), e também pelo método tradicional (maceração e fermentação alcoólica entre 20 e 23°C). Teores de polifenóis totais, antocianinas, intensidade e tonalidade de cor, compostos fenólicos, flavanóis, índice de pigmentos polimerizados e acetato de isoamila foram avaliados durante a maceração e nas etapas de fermentação malolática, engarrafamento e envelhecimento em garrafa. Os vinhos com 14 meses de envelhecimento foram submetidos a um painel sensorial. O método de maceração tradicional permitiu maior extração de antocianinas e, consequentemente, maior intensidade de cor. Entretanto, o emprego do frio preservou os tons azuis (OD 620%) durante o envelhecimento, o que indica menor oxidação do vinho. A concentração de compostos fenólicos também foi maior na maceração tradicional. O vinho submetido ao frio apresentou maior índice de pigmentos polimerizados e maior preservação de tons vermelhos e compostos fenólicos totais durante o envelhecimento, além de menores teores de acetato de isoamila. Não houve diferença estatística entre os descritores apresentados na análise sensorial; entretanto, a média do parâmetro de preferência global foi maior no método tradicional. Os resultados indicam potencial de preservação dos compostos fenólicos pelo uso do tratamento a frio, entretanto outras técnicas devem ser avaliadas para melhorar a extração desses compostos em uvas colhidas no inverno. / In an attempt to elaborate red wines of great color, aroma, body and identity, winemakers overextract phenolic compounds at maceration. At this step, which occurs during must fermentation, grape solids are extracted from skins and seeds and their structure are modified to more stable forms over time. Factors such as types of maceration, pumping-over, maceration time and temperature are critical in this red winemaking step. The modification of grapevine cycle in the southeastern region of Brazil to harvest grapes in the winter season has improved phenolic ripeness of the berries. Grapes harvested at this period have potential to ageing, however there are few studies to establish the best winemaking techniques for these berries. This study aimed to evaluate the use of low temperature in the extraction and stability of anthocyanins, tannins and flavor precursor isoamyl acetate. Syrah grapes harvested in winter season were processed with pre-fermentative cold maceration (5 - 8 °C) and then allowed to start alcoholic fermentation in the presence of pomace at low temperature (15 °C), and also processed by the conventional method (maceration and alcoholic fermentation between 20 and 23°C). Total polyphenols, anthocyanins, intensity and color hue, phenolic compounds, flavanols, polymerized pigments index and isoamyl acetate were evaluated during maceration, malolactic fermentation, bottling and bottle ageing steps. Wines aged in bottles for 14 months were subjected to a sensory panel. The conventional method allowed more anthocyanins extraction and consequently resulted in wines with more color intensity. However, the use of cold temperatures preserved the blue component (OD 620%) during ageing, which indicates less wine oxidation. The concentration of phenolic compounds was also higher in wines from the conventional method. Cold macerated wines showed higher polymerized pigments index and preservation of the red component of color and total phenolic compounds during ageing, and lower levels of isoamyl acetate. There was no statistical difference among sensory descriptors presented in the sensorial analysis; however, the parameter of overall preference was higher scored for the conventional method. Results showed potential for phenolic compounds stabilization by the use of cold treatment, but other techniques should be evaluated to improve the extraction of these compounds in grapes harvested in winter season.
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Construção de biossensor para detecção de compostos BTEX baseado em fosfatase alcalina sob regulação xylR/Pu e avaliação de sua regulação metabólica. / Construction of a biosensor for BTEX compounds detection based on alkaline phosphatase in regulation xylR/Pu and evaluation of its metabolic regulation.

Baceti, André Andrade 21 June 2011 (has links)
Este projeto teve como objetivo a construção de biosensores para a detecção de compostos monoaromáticos do grupo BTEX a partir dos componentes da via de degradação de compostos monoaromáticos codificada no plasmídeo TOL de Pseudomonas putida, mais precisamente: o promotor Pu e a proteína reguladora XylR, que ativa o promotor Pu após a ligação ao efetor monoaromático. Um objetivo secundário foi a verificação da existência de sequências reguladoras desconhecidas a montante do promotor Pu, construindo três variantes com fragmentos de Pu que se estendem por diferentes comprimentos a montante do promotor (Pu202 pb, Pu396 pb e Pu802 pb), cuja existência foi sugerida em trabalho anterior do laboratório. O promotor Pu foi ligado ao gene indicador para fosfatase alcalina isolado de E. coli. Todos os componentes das três variantes de biossensores foram clonados com sucesso. A construção de um dos plasmídeos de biossensoramento com a variante mais curta de Pu (Pu202) foi concluída. / Monoaromatic compounds are mainly responsible for the contamination of areas, this is because they are components of gas and the fuel stations most of accidents sites. Such compounds are highly toxic and, in between non-polar compounds, present high solubility and vapor pressure which assists them in dispersion at groundwaters and soil. This work aim to develop a biosensor based on alkaline phosphatase indicator gene under the regulation of the Pu promoter and its regulatory protein, XylR, that is activated by monoaromatic. Moreover, this work will continue a previous project of the research group that indicated a possible regulatory region not described for Pu, that hypothesis will be tested by producing different plasmids biosensors with varying sizes of Pu (202 bp, 396 bp and 802 bp). All biosensor fragments were purified and cloned on pGem T Easy and biosensor with Pu 202 pb was produced. Next goals are finishing others biosensors assemble and perform induction tests.
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Análise estrutural e funcional do genoma de Xanthomonas axonopodis pv. citri / Structural and functional analyses of Xanthomonas axonopodis pv. citri genome

Moreira, Leandro Marcio 11 October 2006 (has links)
O cancro cítrico é uma doença que afeta diversas espécies de Citrus, cujo agente causal é Xanthomonas axonopodis pv citri (XAC). O genoma desta fitobactéria consiste de um cromossomo de ~5 Mpb e dois plasmídeos, que juntos codificam 4313 CDS (seqüências codificadoras), das quais 2710 apresentam similaridade com proteínas conhecidas. Neste trabalho realizamos uma análise comparativa detalhada do genoma de XAC com genomas de três fitopatógenos, Xanthomonas campestris campestris, Xylella fastidiosa 9a5c e Xylella fastidiosa temecula. Com esta análise identificamos genes espécie e gênero-específicos, potencialmente relevantes para adaptação aos seus respectivos nichos ou hospedeiros, além de ilhas de inserção e deleção genômica putativas. Também identificamos vias metabólicas relacionadas com osmoproteção/osmorregulação e com degradação de compostos aromáticos em XAC, que possivelmente são determinantes na eficácia de sua interação com o hospedeiro. Analisamos o nível de expressão de 9 CDS após crescimento de XAC em diferentes concentrações de glicose e verificamos que este açúcar modula positivamente a expressão de CDS relacionadas à síntese de goma e ao sistema de osmoproteção. Além disso, descrevemos a construção de microarranjos de DNA representando 2760 CDS de XAC, constituindo-se uma nova ferramenta para estudos de genômica comparativa e expressão gênica deste fitopatógeno. / Xanthomonas axonopodis pv citri (XAC) is the bacterial pathogen that causes citrus canker disease in several species of Citrus plants. XAC genome consists of a main cromosome of ~5 Mpb and two plasmids that together encode 4313 CDS (coding sequences). Approximately 63% of the CDS have assigned biological functions. In this work, we present a detailed genomic comparison between the genomes of XAC and of three other phytopathogens, X. campestris campestris, Xylella fastidiosa 9a5c and X. fastidiosa Temecula. Based on this analysis, we identified species and genus-specific genes that might be relevant for adaptation to their niches and hosts. We mapped putative insertion/deletion regions in the XAC genome possibly related to gene gains and losses during the divergence of the four bacterial lineages. We have identified the metabolic pathways related to osmoprotection/osmoregulation and aromatic compound degradation important for XAC efficient host colonization and interaction. Expression levels of 9 CDS were analyzed after XAC growth under different glucose concentrations revealing that this sugar upregulates the expression of CDS related to gum synthesis and to osmoregulation. In addition, we describe here the construction of a DNA microarray representing 2760 CDS of XAC as a new tool for comparative genomic and gene expression studies in this phytopathogen.
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Aroma-producing yeasts associated with cocoa beans fermentation: starter culture selection for flavor modulation of chocolate

Alvarez, Jonatan Peregrino 22 March 2017 (has links)
Chocolate is one of the most important products for the food industry, being of economic interest all over the world. The cocoa quality depends directly on the post-harvest processing, being the cocoa-pulp fermentation a crucial step for chocolate quality development. The aim of this work was to study the diversity of aroma-producing yeasts associated with cocoa beans fermentation and to select suitable yeast starter culture to cocoa flavor modulation. A total of 39 cocoa-derived yeast isolates were screened for their capacity to produce volatile aroma compounds in a cocoa pulp simulation medium. The seven highest aroma-producing yeasts were identified by ITS-rRNA gene sequencing as belonging to Pichia kudriavzevii, in spite of exhibiting different metabolic profiles. A computer-assisted analysis of rep-PCR genomic fingerprints of Pichia kudriavzevii strains clearly differentiated the upper aroma-forming yeast strains (G1 group; P. kudriavzevii LPB06 and P. kudriavzevii LPB07) from the other strains (G2 group). This demonstrates the potential of rep-PCR technique as a promising genotypic tool for rapid and reliable speciation of aromatic yeast strains. In the second stage of this study, two strains with superior aroma production, namely P. kudriavzevii LPB06 and P. kudriavzevii LPB07, were used in cocoa beans fermentation at laboratory scale. They were able to establish an accelerated fermentation process with efficient yeast growth, sugars consumption and ethanol formation compared to the spontaneous process. The resulting cocoa beans were analyzed by diverse chemical analysis methods, including SPME-GC/MS, FTIR spectroscopy and metal and colorimetric analysis. All together, the results indicated that inoculated fermentations generated cocoa beans with better color development and richer aroma composition, suggesting that cocoa-associated yeast diversity at strain level can be exploited for flavor modulation of cocoa beans. / Atualmente, o chocolate é um dos produtos mais importantes para a indústria de alimentos, sendo de interesse econômico em todo o mundo. A qualidade do cacau depende diretamente do processamento pós-colheita, sendo a fermentação da polpa um passo crucial para o desenvolvimento da qualidade do chocolate. O objetivo deste trabalho foi estudar a diversidade de leveduras aromáticas associadas à fermentação de cacau e selecionar uma cultura iniciadora com potencial para modular o flavor de chocolate. Um total de 39 leveduras foram isoladas e caracterizadas quanto à formação de compostos aromáticos. As sete melhores produtoras foram identificadas através do sequenciamento do gene ITS-rRNA como Pichia kudriavzevii, apesar de apresentarem diferentes perfis metabólicos. Análise de impressões digitais (fingerprints) dos isolados pela técnica de rep-PCR claramente distinguiu as cepas com maior produção de compostos aromáticos, demonstrando o potencial desta técnica como uma ferramenta para rápida e confiável seleção de leveduras. Na segunda etapa deste estudo, duas cepas com superior formação de aroma (P. kudriavzevii LPB06 e P. kudriavzevii LPB07) foram testadas como culturas iniciadoras para fermentações de cacau em escala laboratorial. Estas duas cepas foram capazes de estabelecer um acelerado processo fermentativo, com eficiente consumo de açúcares e formação de etanol, em comparação ao método natural. As amêndoas de cacau resultantes destes processos foram analisadas por diferentes métodos químicos, incluindo SPME-GC/MS, espectroscopia FTIR e análises de metal e calorimetria. Os resultados indicaram que as fermentações inoculadas desenvolveram amêndoas de cacau com melhor cor e composição de aroma, sugerindo que a diversidade de levedura em fermentações de cacau pode ser explorada para a modulação do flavor de chocolate.
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Redes neurais artificiais e softness químico para classificação de grupos de moléculas : aplicação em aminoácidos.

Rene Felipe Keidel Spada 15 March 2011 (has links)
Nesse trabalho os 20 aminoácidos foram classificados, a fim de investigar possíveis aplicações em dispositivos. Como critério de classificação foi utilizada uma propriedade molecular denominada softness químico. A classificação foi feita por uma rede neural artificial denominada Mapa Auto-Organizável. Esse estudo permitiu identificar similaridades entre diferentes grupos químicos presentes em aminoácidos. Os aminoácidos que apresentam grupos hidroxílicos (OH) foram classificados como similares aos aminoácidos alifáticos, que apresentam apenas carbono e hidrogênio em suas cadeias laterais. O aminoácido histidina, que apresenta uma estrutura cíclica do tipo imidazol (C3H4N2), foi classificado como similar aos aminoácidos aromáticos fenilalanina, triptofano e tirosina, que apresentam um anel do tipo fenil (C6H5) em suas estruturas. Por esse motivo foi investigada a relação entre softness e aromaticidade. Este conceito ainda não possui uma definição formal, pois ele se relaciona com diversas propriedades físicas e químicas, por esse fato não pode ser medido experimentalmente ou calculado teoricamente. Nesse trabalho mostra-se o softness como candidato para explicar este conceito, pois se relaciona com diferentes critérios de aromaticidade.
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Estudo e desenvolvimento de argamassa elastomérica com base uretânica.

José Eduardo Salgueiro Lima 00 December 2001 (has links)
O presente trabalho tem por objetivo estudar e desenvolver uma argamassa polimérica de características elastoméricas utilizada na fabricação dos chamados "lábios poliméricos" para juntas de dilatação elásticas. Esta argamassa é formada por um pré-polímero de uretano, cargas minerais, pigmento, solvente e agente de cura amínico. Com intuito de estudar esta argamassa, foram realizados ensaios mecânicos como: resistência à tração, alongamento, compressão e dureza, de modo a se compararem os resultados obtidos aos de uma argamassa elastomérica similar. Também são estudadas as propriedades dinâmico-mecânicas do elastômero e da argamassa pela Análise Térmica Dinâmico-Mecânica (DMTA). Estes ensaios têm por objetivo comprovar que a amina aromática líquida, ETHACURE 300, utilizada como agente de cura neste trabalho pode substituir, a amina aromática MOCA, que é a mais utilizada mundialmente na obtenção de elastômeros de alto desempenho, mas que, no entanto, é sólida à temperatura ambiente, o que a torna inadequada para trabalhos em campo, além de ser agente cancerígeno. Devido aos diversos problemas com adesão apresentados pelo concreto, um outro objetivo deste trabalho é comprovar o aumento da adesão ao concreto através de aditivos com base em compostos organo-silânicos. Para compreender melhor a atuação destes aditivos os mecanismos de adesão da argamassa elastomérica ao concreto, também foram estudados. A argamassa elastomérica, alvo deste estudo, demonstra apresentar flexibilidade, alongamento, baixa perda por abrasão e cura no mínimo duas vezes mais rápida em relação à argamassa epoxídica, utilizadas para o mesmo fim. Este trabalho também demonstra que o ETHACURE 300 pode substituir o MOCA, pois apresenta propriedades mecânicas e dinâmico-mecânicas (DMTA) similares. Por outro lado, verifica-se o aumento da adesão da argamassa ao concreto, em até 94 %, com o uso de aditivos promotores de adesão com base em compostos organo-silânicos.
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Mecanismo de supressão da fluorescência de antraceno e derivados por N,N-dimetilanilina, trifenilfosfina e tris-(pentafluorofenil)-fosfina / Fluorescence quenching of antracene and derivatives by N,N dimethylanyline, triphenylphosphine and tris-(pentafluorophenyl)-phosphine

Maria Eunice Ribeiro Marcondes 11 June 1976 (has links)
Foram medidas as constantes de velocidade, Kq, para a supressão da fluorescência de antraceno e dez dos seus derivados (substituídos nas posições 9- ou 9,10-) por N,N-dimetilanilina, trifenilfosfina e tris-(pentafluorofenil)-fosfina. Para os dois primeiros supressores, Kq foi relacionada com os potenciais de redução e energias singlete dos antracenos, de acordo com os tratamentos de Weller, Evans e Hammond. A supressão dos antracenos deficientes de eletrons é mais eficiente que a dos derivados ricos em eletrons e ocorre por transferência de carga para ambos os supressores. A supressão dos antracenos ricos em eletrons ocorre por um processo que parece depender da natureza do supressor e do solvente. Embora a transferência de carga possa ser um fator contribuinte na formação desses exciplexes, outras interações, como a ressonância de excitação, podem ser ainda mais importantes. Para supressão por tris-(pentafluorofenil)-fosfina, kq foi relacionada com os potenciais de oxidação e as energias singlete dos antracenos e foram desenvolvidos os mesmos tratamentos. Foi verificado que ocorre uma inversão na direção da transferência de carga e os antracenos ricos em eletrons são mais eficientemente suprimidos. Excetuando-se antraceno e seus derivados metílicos, que mostram um comportamento característico, a supressao dos demais antracenos parece ocorrer por um único mecanismo, onde as interações de transferência de carga são predominantes. Emissões dos exciplexes, deslocadas para o vermelho, só foram observadas com dimetilanilina como supressor. A supressão dos antracenos pelas fosfinas parece envolver a formação de exciplexes não emissivos. / N,N-Dimethylaniline, triphenylphosphine and tris-(pentafluorophenyl)-phosphine were employed as quenchers of the fluorescence of anthracene and ten of its derivatives substituted in the 9- or 9,10-positions. The quenching rate constants, kq, for the first two quenchers were correlated with reduction potentials and singlet excitation energies of the anthracenes according to the treatments of Weller, Evans and Hammond. The singlets of the electron-poor anthracenes were quenched more efficiently than those of electron-rich anthracenes by both of quenchers in a process which is found to occur by a charge-transfer mechanism. Singlets of the electron-rich anthracenes are quenched in processes wich appear to depend on the nature of the quencher and the solvent. Although charge-transfer is probably a contributing factor in this case, other interactions such as excitation resonance may be of greater importance. The rate constants for the quenching by tris-(pentafluorophenyl)-phosphine were correlated with oxidation potentials and singlet excitation energies of the anthracenes using the three treatments mentioned above. An inversion in the direction of charge transfer was noted, with the electron-rich anthracenes being quenched more efficiently than the-electron-poor ones. Although antharacene and its methyl derivatives exhibited unique behavior, both electron-rich and electron-poor anthracenes appear to be quenched by the same mechanism, with charge transfer being the most important interaction. Red-shifted exciplex emissions were observed only with N,N-dimethylaniline as quencher. The quenching by the phosphines is thought to occur via the formation of non-emissive exciplexes.
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Mecanismo de supressão da fluorescência de antraceno e derivados por N,N-dimetilanilina, trifenilfosfina e tris-(pentafluorofenil)-fosfina / Fluorescence quenching of antracene and derivatives by N,N dimethylanyline, triphenylphosphine and tris-(pentafluorophenyl)-phosphine

Marcondes, Maria Eunice Ribeiro 11 June 1976 (has links)
Foram medidas as constantes de velocidade, Kq, para a supressão da fluorescência de antraceno e dez dos seus derivados (substituídos nas posições 9- ou 9,10-) por N,N-dimetilanilina, trifenilfosfina e tris-(pentafluorofenil)-fosfina. Para os dois primeiros supressores, Kq foi relacionada com os potenciais de redução e energias singlete dos antracenos, de acordo com os tratamentos de Weller, Evans e Hammond. A supressão dos antracenos deficientes de eletrons é mais eficiente que a dos derivados ricos em eletrons e ocorre por transferência de carga para ambos os supressores. A supressão dos antracenos ricos em eletrons ocorre por um processo que parece depender da natureza do supressor e do solvente. Embora a transferência de carga possa ser um fator contribuinte na formação desses exciplexes, outras interações, como a ressonância de excitação, podem ser ainda mais importantes. Para supressão por tris-(pentafluorofenil)-fosfina, kq foi relacionada com os potenciais de oxidação e as energias singlete dos antracenos e foram desenvolvidos os mesmos tratamentos. Foi verificado que ocorre uma inversão na direção da transferência de carga e os antracenos ricos em eletrons são mais eficientemente suprimidos. Excetuando-se antraceno e seus derivados metílicos, que mostram um comportamento característico, a supressao dos demais antracenos parece ocorrer por um único mecanismo, onde as interações de transferência de carga são predominantes. Emissões dos exciplexes, deslocadas para o vermelho, só foram observadas com dimetilanilina como supressor. A supressão dos antracenos pelas fosfinas parece envolver a formação de exciplexes não emissivos. / N,N-Dimethylaniline, triphenylphosphine and tris-(pentafluorophenyl)-phosphine were employed as quenchers of the fluorescence of anthracene and ten of its derivatives substituted in the 9- or 9,10-positions. The quenching rate constants, kq, for the first two quenchers were correlated with reduction potentials and singlet excitation energies of the anthracenes according to the treatments of Weller, Evans and Hammond. The singlets of the electron-poor anthracenes were quenched more efficiently than those of electron-rich anthracenes by both of quenchers in a process which is found to occur by a charge-transfer mechanism. Singlets of the electron-rich anthracenes are quenched in processes wich appear to depend on the nature of the quencher and the solvent. Although charge-transfer is probably a contributing factor in this case, other interactions such as excitation resonance may be of greater importance. The rate constants for the quenching by tris-(pentafluorophenyl)-phosphine were correlated with oxidation potentials and singlet excitation energies of the anthracenes using the three treatments mentioned above. An inversion in the direction of charge transfer was noted, with the electron-rich anthracenes being quenched more efficiently than the-electron-poor ones. Although antharacene and its methyl derivatives exhibited unique behavior, both electron-rich and electron-poor anthracenes appear to be quenched by the same mechanism, with charge transfer being the most important interaction. Red-shifted exciplex emissions were observed only with N,N-dimethylaniline as quencher. The quenching by the phosphines is thought to occur via the formation of non-emissive exciplexes.
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Construção de biossensor para detecção de compostos BTEX baseado em fosfatase alcalina sob regulação xylR/Pu e avaliação de sua regulação metabólica. / Construction of a biosensor for BTEX compounds detection based on alkaline phosphatase in regulation xylR/Pu and evaluation of its metabolic regulation.

André Andrade Baceti 21 June 2011 (has links)
Este projeto teve como objetivo a construção de biosensores para a detecção de compostos monoaromáticos do grupo BTEX a partir dos componentes da via de degradação de compostos monoaromáticos codificada no plasmídeo TOL de Pseudomonas putida, mais precisamente: o promotor Pu e a proteína reguladora XylR, que ativa o promotor Pu após a ligação ao efetor monoaromático. Um objetivo secundário foi a verificação da existência de sequências reguladoras desconhecidas a montante do promotor Pu, construindo três variantes com fragmentos de Pu que se estendem por diferentes comprimentos a montante do promotor (Pu202 pb, Pu396 pb e Pu802 pb), cuja existência foi sugerida em trabalho anterior do laboratório. O promotor Pu foi ligado ao gene indicador para fosfatase alcalina isolado de E. coli. Todos os componentes das três variantes de biossensores foram clonados com sucesso. A construção de um dos plasmídeos de biossensoramento com a variante mais curta de Pu (Pu202) foi concluída. / Monoaromatic compounds are mainly responsible for the contamination of areas, this is because they are components of gas and the fuel stations most of accidents sites. Such compounds are highly toxic and, in between non-polar compounds, present high solubility and vapor pressure which assists them in dispersion at groundwaters and soil. This work aim to develop a biosensor based on alkaline phosphatase indicator gene under the regulation of the Pu promoter and its regulatory protein, XylR, that is activated by monoaromatic. Moreover, this work will continue a previous project of the research group that indicated a possible regulatory region not described for Pu, that hypothesis will be tested by producing different plasmids biosensors with varying sizes of Pu (202 bp, 396 bp and 802 bp). All biosensor fragments were purified and cloned on pGem T Easy and biosensor with Pu 202 pb was produced. Next goals are finishing others biosensors assemble and perform induction tests.
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Análise estrutural e funcional do genoma de Xanthomonas axonopodis pv. citri / Structural and functional analyses of Xanthomonas axonopodis pv. citri genome

Leandro Marcio Moreira 11 October 2006 (has links)
O cancro cítrico é uma doença que afeta diversas espécies de Citrus, cujo agente causal é Xanthomonas axonopodis pv citri (XAC). O genoma desta fitobactéria consiste de um cromossomo de ~5 Mpb e dois plasmídeos, que juntos codificam 4313 CDS (seqüências codificadoras), das quais 2710 apresentam similaridade com proteínas conhecidas. Neste trabalho realizamos uma análise comparativa detalhada do genoma de XAC com genomas de três fitopatógenos, Xanthomonas campestris campestris, Xylella fastidiosa 9a5c e Xylella fastidiosa temecula. Com esta análise identificamos genes espécie e gênero-específicos, potencialmente relevantes para adaptação aos seus respectivos nichos ou hospedeiros, além de ilhas de inserção e deleção genômica putativas. Também identificamos vias metabólicas relacionadas com osmoproteção/osmorregulação e com degradação de compostos aromáticos em XAC, que possivelmente são determinantes na eficácia de sua interação com o hospedeiro. Analisamos o nível de expressão de 9 CDS após crescimento de XAC em diferentes concentrações de glicose e verificamos que este açúcar modula positivamente a expressão de CDS relacionadas à síntese de goma e ao sistema de osmoproteção. Além disso, descrevemos a construção de microarranjos de DNA representando 2760 CDS de XAC, constituindo-se uma nova ferramenta para estudos de genômica comparativa e expressão gênica deste fitopatógeno. / Xanthomonas axonopodis pv citri (XAC) is the bacterial pathogen that causes citrus canker disease in several species of Citrus plants. XAC genome consists of a main cromosome of ~5 Mpb and two plasmids that together encode 4313 CDS (coding sequences). Approximately 63% of the CDS have assigned biological functions. In this work, we present a detailed genomic comparison between the genomes of XAC and of three other phytopathogens, X. campestris campestris, Xylella fastidiosa 9a5c and X. fastidiosa Temecula. Based on this analysis, we identified species and genus-specific genes that might be relevant for adaptation to their niches and hosts. We mapped putative insertion/deletion regions in the XAC genome possibly related to gene gains and losses during the divergence of the four bacterial lineages. We have identified the metabolic pathways related to osmoprotection/osmoregulation and aromatic compound degradation important for XAC efficient host colonization and interaction. Expression levels of 9 CDS were analyzed after XAC growth under different glucose concentrations revealing that this sugar upregulates the expression of CDS related to gum synthesis and to osmoregulation. In addition, we describe here the construction of a DNA microarray representing 2760 CDS of XAC as a new tool for comparative genomic and gene expression studies in this phytopathogen.

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