Les méthodes de criblage virtuel sont largement utilisées dans le processus de conception de médicaments afin de réduire le nombre de composés à tester expérimentalement. Cependant, les résultats obtenus par criblage virtuel ne sont que des prédictions et leur fiabilité n'est pas garantie. L'évaluation de ces méthodes est donc essentielle pour guider le bioinformaticien dans le choix de l'outil et du protocol adaptés dans les conditions de son expérience. Dans une première étude, nous avons développé une nouvelle métrique pour l'analyse des résultats de criblage : la Courbe de Prédictivité. Cette métrique permet une analyse fine de la pertinence des scores d'affinité pour la détection de composés actifs et complète les métriques existantes, permettant une meilleure compréhension des résultats de criblage. Lors de notre projet suivant, nous avons souhaité faciliter ce processus d'analyse en intégrant l'ensemble des métriques de criblage virtuel dans un outil web interactif : Screening Explorer. Une seconde partie de ma thèse a consisté en la recherche de nouveaux inhibiteurs du VIH (Virus de l’Immunodéficience Humaine). L'équipe génomique de notre laboratoire a identifié plusieurs gènes dont l'expression influence le développement du SIDA, révèlant ainsi de potentielles cibles thérapeutiques. Une étude bibliographique a permis d'identifier plusieurs composés inhibiteurs de ces cibles. La société Peptinov, associée à notre laboratoire, va prochainement estimer le potentiel thérapeutique de ces composés dans des essais in vitro (i) d'infection par le VIH, (ii) de prolifération virale et (iii) de réactivation virale. / Virtual screening methods are widely used in drug discovery processes in order to reduce the number of compounds to test experimentally. However, virtual screening results are only predictions and their reliability is not guaranteed. Evaluating these methods is crucial to guide the bioinformatician in the choice of the right tool and protocol according to the conditions of his experiment. In a first study, we developed a new metric to analyze the results of virtual screening: the Predictiveness Curve. This metric allows to finely analyze the relevance of binding scores for the detection of active compounds and complete existing metrics, allowing a better comprehension of screening results. In a following project, we facilitated the analysis process by integrating all of the virtuel screening metrics in an interactive tool: Screening Explorer. The second part of my thesis consisted in the research of novel HIV inhibitors. The genomic team of our laboratory identified several genes whose expression influence the development of AIDS, therefore revealing potential therapeutic targets. A bibliographic study allowed to identify compounds that can inhibit those targets. The company Peptinov, associated to our laboratory, is currently estimating the therapeutic potential of the compounds in vitro in assays of (i) HIV infection, (ii) viral proliferation and (iii) viral reactivation.

Le recours à l'arbitrage par les opérateurs du commerce international a une finalité très importante, qui est celle de l'indemnisation appropriée et efficiente du préjudice. En vue d'évaluer celle-ci, notre étude adopte une recherche juridique détaillée en matière de réparation pour aboutir à un résultat satisfaisant concernant le principe le plus adapté en tant que cadre commun de l'opération d'évaluation de l'indemnisation du préjudice par les arbitres internationaux, en mettant notamment la lumière sur l'arbitrage CIRDI et CCI. À cette fin, il était nécessaire de suivre une analyse juridique tant sur les règles fondamentales que contingentes de l'indemnisation dans le souci d'avoir une perspective entière du processus de l'évaluation du quantum du préjudice. Un passage transversal était ainsi inéluctable sur les règles juridiques relatives à la réparation en droit privé français ainsi qu'en système juridique de Common Law. Au demeurant, un examen sur la codification de ces règles a été suivi dans le cadre des instruments internationaux de droit uniforme. Toutes ces réglementations ont inspiré le droit de l'arbitrage et ont servi comme des sources de celui-ci en matière de la réparation. Ces développements nous ont conduits à percevoir que l'indemnisation doit être adéquate en prenant en compte non seulement les préjudices subis, conformément au principe général de l'indemnisation intégrale, mais aussi tous les intérêts lésés. Sachant que certains préjudices ne sont pas mathématiquement évaluables, une indemnisation arbitraire s'impose dans ce cas. Un nouveau concept d' « indemnisation adéquate» du préjudice pourrait alors dans l'avenir s'imposer dans le droit de l'arbitrage international. / Recourse to arbitration on the part of international business operators has a very important aim, which is the appropriate and efficient indemnisation of prejudice. ln order to evaluate this, our study adopts a detailed legal study of reparations to arrive at a satisfactory result concerning the most appropriate principle to be applied at a common framework as a mode of evaluation of the indemnisation of prejudice in international arbitration, focusing the spotlight on ICC and ICSID arbitration. To this end, it is necessary to follow a legal analysis of bath the fundamental and contingent rules of indemnisation in order to gain a complete perspective on the process of the evaluation of the quantum of prejudice. Thus an inevitably recurring feature throughout the thesis was the legal rules of compensation in French private law in addition to the common law legal system. Furthermore, a review of these rules' codification has been followed in the context of international uniform law instruments. Ali these regulations have inspired the arbitration law and served as its sources in reparation matters. These developments have led us to perceive that compensation must be adequate taking into account not only the damages suffered, in accordance with the general principle of full compensation, but also all the interests affected in the knowledge that certain harms are not mathematically evaluable, entailing the necessity in these cases of an arbitrary compensation. Therefore, a new concept of « adequate compensation » for the damage could impose itself in the future in the law of international arbitration.

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Lors de la conception de médicaments, le criblage in silico est de plus en plus utilisé et lesméthodes disponibles nécessitent d'être évaluées. L'évaluation de 8 méthodes a mis enévidence l'efficacité des méthodes de criblage in silico et des problèmes de construction de labanque d'évaluation de référence (DUD), la conformation choisie pour les sites de liaisonn'étant pas toujours adaptée à tous les actifs. La puissance informatique actuelle le permettant,plusieurs structures expérimentales ont été choisies pour tenter de mimer la flexibilité dessites de liaison. Un autre problème a été mis en évidence : les métriques d'évaluation desméthodes souffrent de biais. De nouvelles métriques ont donc été proposées, telles queBEDROC et RIE. Une autre alternative est proposée ici, mesurant la capacité prédictive d'uneméthode en actifs. Enfin, une petite molécule active sur le TNFα in vitro et in vivo sur souris aété identifiée par un protocole de criblage in silico. Ainsi, malgré le besoin d'amélioration desméthodes, le criblage in silico peut être d'un important soutien à l'identification de nouvellesmolécules a visée thérapeutique. / Since the introduction of virtual screening in the drug discovery process, the number ofvirtual screening methods has been increasing and available methods have to be evaluated.In this work, eight virtual screening methods were evaluated in the DUD database, showingadequate efficiency. This also revealed some shortcomings of the DUD database as thebinding site conformation used in the DUD was not relevant for all the actives.As computational power now permits to address this issue, classical docking runs have beenperformed on several X-ray structures, used to represent the binding site flexibility. This alsorevealed that evaluation metrics show some biases. New evaluation metrics have thus beenproposed, e.g. BEDROC and RIE. An alternative method was also proposed usingpredictiveness curves, based on compound activity probabilityFinally, a virtual screening procedure has been applied to TNFa. A small molecule inhibitor,showing in vitro and in vivo activity in mice, has been identified. This demonstrated the valueof virtual screening for the drug discovery process, although virtual screening methods needto be improved.

Le criblage virtuel est largement employé pour la recherche de nouveaux médicaments.La sélection de structures pour les méthodes de criblage virtuel basées sur la structure reste problématique. Nous avons montré que les propriétés physico-chimiques du site de liaison, critères simples et peu coûteux en temps de calcul, pouvaient être utilisées pour guider celle-ci.L’évaluation des méthodes de criblage virtuel, critique pour vérifier leur fiabilité, repose sur la qualité de banques d’évaluation. Nous avons construit la NRLiSt BDB, n’incluant que des données vérifiées manuellement et prenant en compte le profil pharmacologique des ligands. Une étude à l’aide du logiciel Surflex-Dock montre qu’elle devrait devenir la base de données de référence, pour l’évaluation des méthodes de criblage virtuel et pour rechercher de nouveaux ligands des récepteurs nucléaires. L’application d’un protocole hiérarchique de criblage in silico/in vitro, a permis d’identifier de nouveaux composés inhibiteurs de l’IL-6, potentiellement utilisables dans le traitement de la polyarthrite rhumatoïde. Les résultats in vitro devront être confirmés par des tests in vivo. / Virtual screening is widely used in drug discovery processes.Structure selection in structure-based virtual screening methods is still problematic. We showed that simple and “low cost” binding site physico-chemical properties could be used to guide structure selection.The evaluation of virtual screening methods, necessary to ensure their reliability, relies on benchmarking databases quality. We created the NRLiSt BDB, gathering only manually curated data and taking into account ligands pharmacological profiles. A study using Surflex-Dock showed that the NRLiSt BDB should become the reference, both for the evaluation of virtual screening methods and for the identification of new ligands of the nuclear receptors.The use of a in silico/invitro hierarchical approach screening allowed to identify new IL-6 inhibitors, that could be used in rheumatoid arthritis treatment. In vitro results should be confirmed in vivo.

Ce travail de thèse traite du caractère plus ou moins irréaliste des perceptions que l'élève a de ses compétences scolaires ou de ce qu'il est convenu d'appeler aujourd'hui le biais d'évaluation de sa compétence scolaire. Deux objectifs principaux structurent ce travail. Le premier vise à vérifier si le type de comparaison sociale auquel l'élève se livre est lié au développement d'un biais négatif d'évaluation de sa compétence scolaire. Pour ce faire, nous avons réalisé 6 études auprès d'élèves francophones de primaire scolarisés en France et au Québec. Dans la lignée des travaux de Buunk et Ybema (1997) et de Buunk et al. (2005), nous avons d'abord testé l'hypothèse selon laquelle les élèves pouvaient interpréter positivement et négativement les comparaisons sociales en classe indépendamment de leur direction. Fort de ces éléments, nous avons vérifié ensuite que l'interprétation positive de la comparaison sociale (identification ascendante et différenciation descendante) est liée positivement au biais d'évaluation de sa compétence alors que l'interprétation négative (identification descendante et différenciation ascendante) lui est négativement reliée. Enfin, une mesure plus fine de la comparaison sociale en classe nous a permis d'explorer si le type de comparaison choisie par l'élève impliquait des effets d'assimilation ou de contraste sur leur biais d'évaluation, selon que l'élève s'identifiait plus ou moins fortement à son camarade de comparaison. Les six études menées dans cette première partie apportent globalement un soutien empirique à nos hypothèses. Le second objectif s'est attaché à étudier l'évolution de ce biais au fil du temps et à vérifier si ces modes d'évolution pouvaient être liés au bien-être psychologique du sujet à moyen terme. Dans cette optique, nous avons conduit des analyses de trajectoires pour décrire l'évolution du phénomène au fil du temps (Nagin, 2005). Cette méthode nous a permis de distinguer des patrons d'évolution distincts mettant en lumière le caractère plus ou moins stable du phénomène. Enfin, la mise en relation de ces trajectoires avec des indicateurs de bien-être et de fonctionnement scolaire révèle que sous-estimer ses compétences constitue un risque d'adaptation psychosociale et scolaire pour les élèves. / This thesis is dealing with the more or less unrealistic nature of pupils owns' perception of scholarship competence, often referred as biases in academic selfevaluation. There are two main goals in undertaking this work. The first aims to verify if there is a link between the type of social comparison in which the pupil is engaged and the presence of a negative bias of academic self-evaluation. To do so, we carried out six studies among French-speaking pupils in primary schools in France and Quebec. In line with Buunk and Ybema's (1997) and Buunk et al.'s (2005) studies, we first tested the hypothesis that regardless of the direction of social comparisons in school, the pupils can interpret them positively and negatively. Then, we examined whether a positive interpretation of social comparison (upward identification and downward contrast) is positively linked to a positive bias in academic self-evaluation and a negative interpretation (downward identification and upward contrast) is positively linked to a negative bias. Finally, a deeper assessment of social comparison in school enabled us to explore whether the type of comparison the pupil choose involved assimilation or contrast effects on their self-evaluation biases, according to the strength of pupils' identification with the target of comparison. The six above mentioned studies gave empirical support to our hypotheses. The second goal of this doctoral project was twofold: (1) to examine the temporal trajectories of changes in self-evaluation bias over a three-year period and (2) to verify whether there was a relationship between children's membership to a given trajectory and their psychosocial adjustment at the last year of the study. Using a group-based approach using a multinomial modeling strategy to analyze the changes in self-evaluation bias across time (Nagin, 2005) allowed us to identify distinct trajectories that highlighted the more or less stable trend of the phenomena. Finally, examination of the relationship between children's membership to trajectories and various indicators of well-being suggests that underestimation of one's own school competence is a risk factor of developing psychosocial and academic maladjustment.

Les attributs environnementaux, de plus en plus présents sur les produits de consommation, sont des attributs de croyance, renvoyant à un bien non marchand (i.e. la protection de l'environnement) et à des valeurs morales, ce qui les rend difficiles à évaluer par les consommateurs. Ce travail doctoral s'intéresse précisément à la manière dont les consommateurs utilisent un attribut environnemental (certifié ou non certifié) dans leur évaluation de produit. Cette problématique de recherche est abordée selon trois questions de recherche. La première s'intéresse à l'effet du nombre d'attributs (1 vs. 2) sur le poids associé à l'attribut environnemental. Cette question renvoie à l'étude d'un biais appelé effet d'inclusion qui est caractérisé par une insensibilité au nombre d'attributs. La deuxième question étudie le biais lié au mode d'évaluation sur le poids associé à un attribut environnemental. Les effets de deux critères du mode d'évaluation sont étudiés : le mode de réponse (monétaire vs. non monétaire) et le mode de présentation (jointe vs. séparée). La troisième prolonge l'étude du mode d'évaluation et de son effet sur le poids de l'attribut environnemental en étudiant la validité prédictive du mode d'évaluation pour estimer les préférences des consommateurs. Ces biais liés au contexte d'évaluation sont étudiés, montrés et discutés au moyen de cinq expérimentations et pour différents attributs environnementaux et stimuli. La validité prédictive du mode d'évaluation met en évidence l'intérêt d'utiliser le mode « consentement à payer ». D'un point de vue théorique, cette recherche montre l'intérêt de prendre en compte l'effet d'inclusion et le biais lié au mode d'évaluation pour des personnes intéressées par l'évaluation d'attributs environnementaux et montre également la limite potentielle à l'ajout d'un attribut environnemental sur un produit de consommation. D'un point de vue méthodologique, ce travail doctoral propose une approche permettant de comparer les poids obtenus entre les modes d'évaluation. Cette recherche suggère aux chefs de produits de prendre en compte ces caractéristiques contextuelles pour améliorer la précision de l'estimation des préférences des consommateurs pour un produit comportant un attribut environnemental. Ainsi, la valeur associée à un attribut environnemental varie lorsque cet attribut est seul sur le produit ou en présence d'un autre attribut. De même, le mode d'évaluation « consentement à payer » semble mieux prédire les préférences réelles pour un attribut environnemental que le mode d'évaluation « choix entre deux options ». / Environmental attributes are increasingly being included in consumption products. Because environmental attributes are credence attributes, they refer to a public good (i.e. environmental protection), and they reference moral values, they are difficult for consumers to assess. This doctoral research specifically focuses on how consumers use an environmental attribute (certified or uncertified) in product evaluation. This core question is addressed through three research questions. The first deals with the effect of attribute number (1 vs. 2) on the weight given to environmental attributes. This study focuses on a counterintuitive effect named the embedding effect, characterized by insensitivity to the number of environmental attributes present. The second question concerns the effect of the method of value measurement on the weight given to an environmental attribute. The effects of two criteria are studied: response mode (pricing vs. non pricing) and evaluation mode (joint vs. separate). The third and last question extends the study of evaluation measure and its effect on the weight of an environmental attribute by testing the predictive validity of the evaluation measure on consumer preferences. These research questions are investigated with five experiments that employ various environmental attributes and stimuli. From a theoretical perspective, this research shows the importance of considering the embedding effect and evaluation measurement bias for people interested in environmental attributes evaluation. It also underlines the potential limit of adding an environmental attribute to a consumption product. In terms of utility measurement, the thesis shows, counterintuitively, that willingness to pay is a better measure of environmental values than is choice. From a methodological standpoint, this doctoral thesis proposes an approach to enable attribute weight comparisons across measures. This research suggests to product managers that they need to be aware of these contextual factors when assessing and predicting consumer preferences for a product with an environmental attribute. If the environmental attribute in the finished product will be alone versus in conjunction with another environmental attribute, for example, affects attribute utility. Likewise, willingness to pay appears to be a better predictor of actual preference for environmental attribute than is choice.

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Cette thèse est centrée sur l'évaluation des capacités de lecture et reliées à la lecture des collégiens normo-lecteurs français. Le premier objectif est d'identifier les capacités engagées dans la compréhension écrite. Dans les premiers grades (6 et 7), les capacités de compréhension écrite sont surtout expliquées par celles de compréhension orale, de conscience morphologique et de lecture de mots irréguliers, mais pas par la lecture de pseudomots, quelle que soit la mesure (précision ou temps). Ce dernier résultat se retrouve dans les grades supérieurs (8 et 9) dans lesquels la lecture de mots irréguliers n'a plus d'incidence sur la compréhension écrite. Le second objectif est d'élaborer un outil diagnostique des capacités de lecture, et des capacités reliées, chez les collégiens (6 à 9). L'examen des capacités d'identifications des mots écrits montre que les effets de régularité et de lexicalité sont significatifs, quelle que soit la mesure, et le niveau scolaire. Les effets de longueur varient selon la lexicalité: quel que soit le niveau scolaire, les pseudomots longs sont lus moins précisément et moins rapidement que les courts alors que les mots irréguliers longs ne sont jamais pénalisés. Le niveau de lecture (mesuré à l'aide d'un test Français de référence) est déterminé surtout par les capacités de lecture de pseudomots, et également par celles de conscience phonémique mais uniquement lorsque les temps sont pris en compte. La construction cohérente de l'outil est vérifiée à l'aide d'une classification hiérarchique de variables. L'ensemble des résultats souligne l'importance de considérer pour toutes évaluations les temps de traitement en plus de la précision. / The aim of this thesis was to evaluate the reading and reading-related skills of French middle school students (Grades 6 to 9). The first objective was to identify the capacity involved in reading comprehension at the middle school level. In the first grades (Grades 6 and 7), the results show that reading comprehension skills are largely predicted by listening comprehension, morphological awareness, and irregular word reading, but not pseudoword reading skills, whatever the measure (accuracy or time). This latter result is found in the higher grades (Grades 8 and 9) in which irregular word reading has no impact on reading comprehension, again regardless of the measure. The second objective was to develop a diagnostic evaluation tool for word-level reading and reading-related skills in middle school students. The examination of word-level reading skills at middle school showed significant effects of both regularity and lexicality, whatever the measure and independently of grade. The effect of length depends on lexicality: long pseudowords are read less accurately and more slowly than short ones, whereas long irregular words are read as well as short ones. Reading level (assessed by a French "gold standard" test) is mainly predicted by pseudoword reading skills, and also by phonemic awareness, for response times. The consistent structure (validity) of the tool is verified using a new statistical method: hierarchical classification of variables. The overall results underline the importance of considering response times in addition to accuracy in all assessments.

Ce mémoire contribue à la thématique de l'évaluation des interfaces utilisateur. Il se base sur deux contributions pour l'évaluation de ces interfaces. La première consiste en un Framework se basant sur trois différentes techniques d'évaluation (le mouchard électronique, le questionnaire et l'inspection des règles ergonomiques). La seconde consiste en deux ensembles de composants graphiques pour la composition d'interfaces graphiques avec les environnements de développement intégral du type WYSIWYG. Le premier ensemble vise à inspecter la présentation statique de l'interface lors de la conception de cette dernière. Cette inspection s'effectue localement par le composant graphique lui-même par rapport à un ensemble de règles ergonomiques. Le second ensemble consiste à l'évaluation de l'interface utilisateur en analysant l'interaction entre l'utilisateur et l'interface. Cet ensemble de composants opère avec un mouchard dédié à cet usage. Une évaluation de ces deux contributions ainsi que des perspectives de recherche concluront ce présent mémoire. / This thesis report is a contribution to the user interface evaluation theme. Our thesis is based mainly on two contributions for user interface evaluation. The first one consists of a Framework dedicated for user interface evaluation. It is based on three evaluation techniques (the electronic informer, the questionnaire and the ergonomic inspection). The second consists of two sets of graphical controls for composing the user interface using WYSIWYG integrated development environment. The thirst set is intended to inspect the user interface static display during the design phase. This inspection is elaborated by the control itself according to ergonomic guidelines. The second set consists in evaluating user interfaces by analyzing the interaction between the user and the interface. This set of controls operates with an electronic informer dedicated to user interface evaluation. An evaluation of these two contributions as well as research perspectives concludes this present report.