Cette étude se place dans le contexte des maladies infectieuses émergentes maintenant reconnues comme une menace majeure de la biodiversité. Engendrant un taux de mortalité atteignant 95 %, les épidémies à virus Ebola ayant affecté les populations de gorilles de plaine de l'Ouest (Gorilla gorilla gorilla) conduisirent à la classification de ce taxon comme " En danger critique d'extinction ". Cette étude s'intéresse aux capacités de récupération de ses populations. Grâce à des données uniques d'observation en phase pré- et post-épidémique, nous avons évalué l'impact de l'épidémie sur la structure et la dynamique sociale d'une population et estimé son potentiel de récupération au cours des six ans qui ont suivi. Nos résultats de démographie et de dynamique, couplés à des approches statistique et de modélisation démographique détaillée au niveau des classes d'âge et de sexe, et intégrant l'immigration, nous ont permis de mettre en évidence 1) un impact délétère sur le potentiel reproducteur, du fait de l'organisation sociale du gorille ; 2) les atouts de la flexibilité et de l'organisation sociale dans la récupération de la structure de la population ; 3) le rôle de l'immigration pour la récupération à long-terme des effectifs. La mise en évidence de caractéristiques structurelles typiques d'une population affectée par Ebola nous a permis de montrer qu'une population voisine étudiée était indemne. Ceci met en évidence l'impact hétérogène des épidémies au niveau régional, induisant probablement un certain degré de fragmentation des populations. Ce nouvel élément permet de discuter les hypothèses d'émergence et de propagation du virus, et pose la question de l'impact de la fragmentation de la population sur sa dynamique globale et sur la récupération des populations locales affectées. Nos résultats suggèrent une faible résilience des populations de gorilles de plaine face à Ebola et la menace de ce virus pour la persistance des populations. Cependant, une meilleure connaissance du potentiel de flux d'individus au niveau régional et le développement de modèles démographiques prenant en compte cette dimension permettrait de mieux préciser cette résilience.

Les variations climatiques du Dernier Maximum Glaciaire ont fortement affecté la distribution des espèces dans les régions tempérées. Dans les régions tropicales, Haffer (1969) a émis l'hypothèse que la forte diversité spécifique des Néotropiques était liée aux variations climatiques du Quaternaire qui auraient fragmenté le couvert forestier en quelques zones "refuges" provoquant une diversification des espèces par spéciation allopatrique. Un tel effet du climat en Amérique du Sud reste cependant aujourd'hui toujours âprement débattu. Cette thèse a pour objectif de tester par des méthodes génétiques les attendus de la théorie des refuges en Guyane en retraçant l'histoire démographique d'Astrocaryum sciophilum, palmier inféodé aux forêts tropicales humides. L'utilisation de marqueurs microsatellites nucléaires et de séquences chloroplastiques nous a permis d'infirmer l'existence des zones refuges proposées par de Granville (1982) et par Tardy (1998). Bien que mettant en évidence une fragmentation de la forêt tropicale humide, la distribution de la diversité génétique ne laisse pas supposer l'existence de zones refuges en Guyane. Nous avons également montré l'absence de forêt tropicale humide sur la bande littorale antérieurement à 129 000 ans BP, ainsi qu'une recolonisation de proche en proche du littoral depuis le Nord-Ouest jusqu'à Kaw, antérieure au Dernier Maximum Glaciaire. Enfin, pour reconstruire l'histoire démographique d'A. sciophilum à une échelle spatiale très fine, nous avons utilisé la méthode d'inférence bayésienne MSVAR basée sur la théorie de la coalescence, qui permet de détecter et dater des changements de taille de population. Nous avons d'abord testé par simulation la performance de la méthode. L'application de MSVAR à notre jeu de données microsatellites a ensuite permis de mettre en évidence l'existence d'une diminution de taille des populations d'A. sciophilum quasi-généralisée en Guyane, à l'exception des populations de la région littorale située entre Sinnamary et Cayenne, également probablement liés à des évènements antérieurs au Quaternaire récent. Ce travail a ainsi permis de proposer de nouvelles hypothèses quant à l'impact des variations climatiques du Quaternaire ancien (antérieur à la dernière période glaciaire) qui semblent avoir eu des répercussions plus importantes sur la végétation que les variations « récentes » du dernier maximum glaciaire. Des études complémentaires seront nécessaires pour déterminer l'importance relative des différents évènements du Quaternaire dans la répartition des espèces forestières du Bouclier Guyanais et du Bassin Amazonien.

Depuis l'entrée en vigueur de la loi n° 68-5 du 3 janvier 1968 portant réforme du droit des incapables, la sous-population des majeurs protégés s'est fortement modifiée, aussi bien au niveau de son effectif qu'au niveau de sa structure. Toutefois, par manque de données statistiques, cette sous-population est de nos jours encore méconnue. Afin d'améliorer la connaissance de la sous-population des majeurs protégés nous avons réalisé une analyse démographique de sa dynamique. L'objectif était de combler un certain nombre de lacunes concernant d'une part le stock de majeurs sous tutelle, curatelle ou sauvegarde de justice (effectif, répartition par sexe et par âge...) et d'autre part les caractéristiques des ouvertures, des fins et des changements de régime de protection (fréquence, décomposition des flux...). Ce travail de recherche mené grâce à une approche multi-sources, a permis de distinguer ce qui dans les évolutions observées, tenait à la modification des comportements de mise sous protection et ce qui tenait aux changements de composition de la population française du point de vue de l'âge et de l'état de santé. Il a conduit à mettre en évidence la liaison forte, mais en transformation, entre type de mesure de protection et caractéristiques des majeurs bénéficiaires. Enfin, ce travail de recherche pourra servir de base pour appréhender ultérieurement le devenir de la sous-population des majeurs protégés dans un contexte de modification législative.

De nombreuses espèces de rongeurs montrent des variations cycliques de leurs densités. Ces cycles ont un rôle important dans l'émergence de zoonoses en augmentant les contacts entre l'Homme et l'animal. Cette thèse s'inscrit dans le domaine de l'écologie de la santé qui étudie les interactions entre santé humaine, santé animale et dynamique des écosystèmes. Dans ce cadre, j'ai étudié la communauté de parasites d'une communauté de rongeurs à dynamique cyclique afin d'identifier les réservoirs d'agents de zoonoses et les parasites potentiellement impliqués dans les cycles de cette communauté. Je me suis intéressée à trois espèces de campagnols et à deux espèces de mulots en Franche-Comté. Les résultats et les suivis épizootiologiques réalisés permettent d'inférer les facteurs de risques biotiques et abiotiques associés à l'émergence de ces zoonoses.<br />Trois agents de zoonoses sont présents : deux hantavirus (virus Puumala et Tula) et le virus Cowpox. La dispersion et le comportement social des rongeurs sont importants pour la transmission de ces virus spécifiques (hantavirus) et non spécifique (virus Cowpox). Ces virus sont majoritairement trouvés en milieu forestier. Les communautés de parasites détectées en forêt et en prairie sont différentes. Les infestations par des helminthes sont plus nombreuses en prairie qu'en forêt. Une étude immunogénétique montre l'existence d'allèles de susceptibilité et de résistance aux agents de zoonoses étudiés. Des helminthes ou des acariens pourraient aussi intervenir dans l'infection par ces virus. Un de ces helminthes pourrait être impliqué dans la dynamique de ses hôtes. Mes travaux expérimentaux et de modélisation montrent l'impact du nématode non spécifique Trichuris arvicolae sur la reproduction du campagnol des champs et son rôle régulateur pour les populations d'arvicolinés. <br />Cette thèse contribue à montrer l'importance de la biodiversité et de l'écologie des communautés pour évaluer et gérer les risques pour l'Homme vis-à-vis de zoonoses.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Vécue comme l’une des plus grandes crises qu’a connue notre génération, la propagation du virus du SIDA est une urgence mondiale sans précédent, notamment en Afrique sub-saharienne où vivent la grande majorité des individus séropositifs. Dans un contexte où aucun vaccin n’existe encore et où les traitements sont onéreux et peu accessibles, les campagnes d’information sur le virus et l’acquisition de connaissances sur les méthodes de prévention, notamment à travers les programmes scolaires, sont cruciaux. La scolarisation est souvent vue comme la solution pour enrayer la propagation du virus et plusieurs études effectuées en Afrique sub-saharienne ont effectivement montré que les individus scolarisés étaient souvent les mieux renseignés sur le VIH/SIDA et son mode de propagation. Au Cameroun, pourtant, la partie de la population qui est la plus touchée par la séropositivité est aussi la plus instruite. C’est sur cet apparent paradoxe que se penche la présente étude. Cette recherche explore les différents facteurs qui sous tendent la relation positive entre le niveau d’instruction et la séropositivité au Cameroun en analysant les données de l’Enquête Démographique et de Santé (EDS) de 2004. Les résultats des analyses bivariées montrent que plus le niveau d’instruction des hommes et des femmes camerounais augmente, mieux ces derniers sont informés sur le VIH et ses modes de transmission. Malgré cet avantage au niveau des connaissances, l’analyse confirme un lien positif entre le niveau d’instruction et la séropositivé fort et statistiquement significatif parmi les femmes camerounaises, mais non significatif chez les hommes. Les résultats des analyses logistiques hiérarchiques suggèrent que c’est une combinaison de facteurs qui explique pourquoi les femmes les plus scolarisées sont aussi les plus touchées par le VIH/SIDA. Le fait qu’elles aient un profil sociodémographique différent (qu’elles soient plus jeunes et plus riches notamment), et qu’elles soient plus urbaines que leurs consœurs moins scolarisées, mais surtout qu’elles aient un temps d’exposition au risque hors union plus long et un nombre de partenaires plus élevés exposent davantage les femmes les plus scolarisées au virus. / Considered the biggest crisis known to our generation, the propagation of the AIDS virus is an unprecedented worldwide emergency, notably in sub-Saharan Africa where the majority of HIV-positive individuals live. In a context where no vaccine exists and where treatments are expensive and difficult to access, information campaigns about the virus and the acquisition of knowledge on prevention, notably through school programs, are essential. Schooling is often seen as the solution to eradicate the propagation of the virus, and studies held in sub-Saharan Africa have actually shown that highest educated individuals are more informed about HIV/AIDS and about its transmission. However, in Cameroon, the most affected part of the population is also the most educated one. This study investigates this apparent paradox. Using the 2004 data from the Demographic and Health Surveys (DHS), this research explores the multiple factors explaining the positive relation between the education level and seropositivity in Cameroon. Result from the bivariate analysis show that the level of knowledge about HIV and its transmission increases with the education level of men and women. In spite of this knowledge advantage, the analysis show a strong, positive and statistically significant link between the education level and seropositivity of women, but this link is not significant with men. The results of the hierarchical logistical analysis suggest that a combination of factor explains why the most educated women are more affected by HIV/AIDS. The fact that those women have a different sociodemographic profile (they are younger and wealthier), and that they live in more urban areas than their less educated counterparts, and especially the fact that they have a longer exposition time to HIV before engaging in a union, as well as an a higher number of sexual partners, increases their exposure to the virus.

Ce projet vise à comprendre comment la structure génétique intra-spécifique d'espèces végétales tropicales emblématiques et de l’espèce humaine a été affectée par les variations spatio-temporelles de l’environnement actuel et passé. Nous avons développé une approche d’inférence génétique basée sur la théorie de la coalescence pour évaluer l’influence potentielle des changements climatiques passés sur l’évolution de la distribution géographique et de la diversité génétique neutre et/ou adaptative d’Amborella trichopoda Baill. en Nouvelle-Calédonie (espèce-sœur des angiospermes, données NGS et microsatellites), de Coffea canephora Pierre ex A. Froehn en Afrique tropicale (caféier Robusta, données NGS) et de populations européenne et africaine (Luhya, Kenya) d’humains anatomiquement modernes (données NGS issues du Projet 1000 Génomes). Nos travaux suggèrent que les fluctuations climatiques du Pleistocène tardif ont joué un rôle majeur sur l’évolution de la diversité génétique des espèces étudiées de milieux tropicaux et tempérés, avec une empreinte remarquable du Dernier Maximum Glaciaire (DMG, 21 000 ans avant le présent). Les contractions démographiques associées à la glaciation planétaire ont vraisemblablement conduit à la divergence entre les lignées génétiques d’Amborella et participé à l’accumulation des différences génétiques entre les lignées de C. canephora. Nos résultats suggèrent que les événements de glaciation planétaire ont probablement entraîné une différenciation génétique idiosyncratique dans les forêts tropicales humides mais l’intensité de cette réponse semble avoir varié entre espèces. Nous avons également identifié de nombreux événements passés de sélection dans les génomes de la population humaine européenne qui ont été vraisemblablement provoquées par les conditions environnementales au cours du DMG. Les adaptations phénotypiques associées ont probablement assuré le maintien de l’expansion démographique en dépit des pressions de sélection nouvelles auxquelles les populations étaient confrontées au cours du dernier âge glaciaire en Europe. / This project aims at understanding how the structure of the intra-specific genetic diversity in emblematic tropical plant species and in the human species was shaped by the spatiotemporal variation of current and past environments. We developed a genetic inference approach based on the coalescent theory to assess the potential impact of past climatic change onto the evolution of the geographic range and of the neutral and/or adaptive genetic diversity in Amborella trichopoda Baill. in New Caledonia (sister-species of all extant angiosperms, NGS and microsatellite datasets), in Coffea canephora Pierre ex A. Froehn in tropical Africa (Robusta coffee, NGS dataset) and in North-Western European and African (Luhya, Kenya) human populations (NGS dataset 1000 Genomes Project). We found that the climatic fluctuations of the Late Pleistocene influenced the evolution of genetic diversity in these species distributed in temperate and tropical environments. The environmental conditions during the Last Glacial Maximum (LGM, 21.000 years before present) appear as an important factor. The demographic contraction associated with the last global glaciation influenced the divergence between Amborella genetic lineages and contributed to the accumulation of genetic differences between C. canephora lineages. Our results suggest that global glaciation events likely drove idiosyncratic genetic differentiation in tropical rain forests but the intensity of this response varied between species. We also identified multiple events of selection in the genomes of the European human population which were likely triggered by the environmental conditions during the LGM. The associated phenotypic adaptations probably allowed the paleo-populations to maintain their demographic expansion despite the new kinds of selective pressure they faced during the last glacial age in Europe.

L’objectif de ce projet est de réaliser l’étude d’écologie moléculaire, non pas d’une espèce isolée, mais d’un groupe fonctionnel. Dans l’écosystème forestier africain, certaines espèces sont caractéristiques de la forêt, d’autres de la savane, et ont connu des phases d’expansion et de régression au cours des changements climatiques du quaternaire. Leur génome a-t-il enregistré un signal commun de l’histoire démographique qui en a résulté ? J’ai travaillé sur 9 espèces du genre Zaprionus (Drosophilidae). J’ai obtenu pour six d’entre elles un jeu de données complet comprenant deux échantillonnages populationnels N=20 (15 dans un cas) pour 10 gènes nucléaires et un gène mitochondrial. J’ai cherché la trace d’expansions démographiques en utilisant le DT de Tajima, le FS de Fu, la distribution mismatch. Avec les horloges moléculaires disponibles, l’histoire démographique de chaque espèce a été explorée par des méthodes bayésiennes sous BEAST (ADN mitochondrial) ou dans un modèle avec recombinaison utilisant FastSimCoal (ADN nucléaire). Cinq espèces d’affinités forestières présentent la signature d’une expansion de population. C’est le cas de Z. aff. proximus, Z. davidi, Z. sepsoides, Z. taronus et Z. vittiger. Une sixième espèce, Z. indianus, semble avoir une histoire démographique plus complexe ce qui serait compatible avec son écologie savanicole. Les délais imposés par la lourdeur des outils numériques disponibles ont limité à ce stade l’exploitation complète de ces données. En conclusion, le génome de toutes les espèces, de savane ou de forêt, porte la signature des changements climatiques passés. Ceci valide les prémisses de notre approche d’une "génomique des écosystèmes". / The aim of this project was to carry out a molecular ecology study, not only on a single species, but on a whole functional group. In the africain forest ecosystem, some species are typical of the forest while others are typical of the savanna, and have undergone stages of expansion and regression during Quaternary climate changes. Do their genomes share a common signature of the ensuing demographic history? I worked on nine species from the Zaprionus genus (Drosophilidae). For six species, I was able to gather a complete dataset including two population samples of N=20 (15 in one case) for 10 nuclear genes and one mitochondrial gene. I investigated the signature of population expansion by using Tajima’s DT, Fu’s FS, and the mismatch distribution. The demographic history of each species was investigated using Bayesian methods including BEAST (for mtDNA) and a recombination model using FastSimCoal (for nuclear DNA), with available molecular clocks. Five forest-dwelling species show the signature of a population expansion: Z. aff. proximus, Z. davidi, Z. sepsoides, Z. taronus et Z. vittiger. A sixth species, Z. indianus, shows a more complex history in agreement with its dependence on savanna. The completion of the analysis of the whole dataset was precluded by the time-consuming numerical procedures involved. To conclude, the genome of all of these species – either form savanna of from the forest – shows the signature of past climatic changes, thus validating an "ecosystem genomics" approach.

L'accroissement de plus en plus rapide de la population mondiale pousse un grand nombre de chercheurs à s'interroger sur les limites de la croissance. Dans le même ordre d'idée, cette recherche vise à comprendre la dynamique entourant l'économie et la démographie. Une analyse exhaustive des différents écrits d'économistes permet d'approfondir la connaissance sur ce sujet précis de même qu'à répondre à une question en particulier: Quelles politiques doivent être mises en place pour améliorer le sort des affamés? Thomas Robert Malthus est l'un des premiers à avoir remis en question l'efficacité d'un accroissement de la population. Sa critique de certains des thèmes clés du courant mercantilisme marque ainsi le commencement d'une analyse privilégiant le bonheur individuel sur celui de la nation. Après s'être penché sur les différentes propositions développées par Malthus dans ses Essais sur le principe de population, il s'avère possible d'examiner l'influence qu'il a eue sur deux autres économistes, soit John Maynard Keynes et Karl Gunnar Myrdal. La présente étude analyse ainsi les idées de Keynes et de Myrdal quant à la relation économie-démographie. Bien que Keynes et Myrdal aient modifié au fil du temps leur vision quant à un accroissement démographique, il n'en demeure pas moins qu'ils conservèrent un argumentaire basé sur les théories malthusiennes. Après avoir examiné les différentes politiques démographiques proposées par ces économistes, une dernière section permet de prendre conscience des développements récents dans l'économie de la population. De plus, les politiques proposées par Malthus, Myrdal et Keynes sont analysées dans une perspective contemporaine où l'Inde et la Chine occupent une place prépondérante. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : John Maynard Keynes, Thomas Robert Malthus, néo-malthusianisme, Karl Gunnar Myrdal, population, redistribution des revenus

L'objectif général de l'étude est d'examiner, à titre exploratoire, les effets d'interaction entre la relation parent-enfant et des caractéristiques personnelles, familiales et socio-dérnographiques du jeune (âge, sexe, position dans la fratrie, compétence sociale, psychopathologie parentale, structure familiale, soutien social, revenu, etc.) dans leur pouvoir de prédiction des troubles intériorisés des jeunes adolescents. À notre connaissance, très peu d'études ont examiné les effets d'interaction entre la relation parent-adolescent et d'autres variables associées dans la prédiction des troubles intériorisés à l'adolescence, et ce, à partir d'un échantillon populationnel représentatif. L'échantillon de la présente étude est un sous-échantillon de l'Enquête québécoise sur la santé mentale des jeunes (EQSMJ, 1992, n=2400) et comporte 825 jeunes de 12 à 14 ans. Les troubles mentaux intériorisés considérés ici regroupent: (1) la phobie simple + difficulté d'adaptation, (2) l'angoisse de séparation (3) l'hyperanxiété / l'anxiété généralisée, (5) la dépression majeure / dysthymie. La définition des troubles mentaux s'appuie sur la classification proposée dans la troisième édition révisée du Manuel diagnostique et statistique des troubles mentaux (DSM-III-R) de l'Association Américaine de Psychiatrie (APA, 1987). Pour déterminer s'il y a présence ou non d'un trouble mental, on s'appuie sur les réponses fournies par deux informateurs indépendants: le parent et le jeune adolescent lui-même. Les catégories de caractéristiques (variables associées) incluses sont: individuelles, familiales et sociodémographiques. Deux modèles de régression logistiques sont construits. La variable dépendante est la présence d'au moins un trouble mental intériorisé (Modèle 1: selon l'informateur adolescent; Modèle 2: selon l'informateur parent). Les variables indépendantes sont des caractéristiques individuelles, familiales, et sociodémographiques, ainsi que les interactions de ces variables avec la relation parent-adolescent. Les résultats du Modèle 1 (au moins un trouble mental intériorisé selon le jeune) révèlent des effets d'interaction entre des composantes de la relation parent-enfant et les variables suivantes: la structure familiale, la position dans la fratIie et le revenu familial. Le Modèle 1 démontre également des effets principaux pour le sexe, la scolarité de la mère et les comportements punitifs du père. Les résultats du Modèle 2 (présence d'au moins un trouble mental intériorisé selon l'informateur parent) appuient l'hypothèse que la relation parent-enfant interagit avec les variables suivantes: l'âge, le sexe, la compétence sociale du jeune adolescent et, finalement, la scolarité de la mère dans la prédiction des troubles mentaux intériorisés. Le modèle 2 démontre également des effets principaux pour la position dans la fratrie, la psychopathologie parentale et les comportements punitifs du père. Les résultats indiquent que les comportements punitifs du père sont directement associés (effet principal) à la présence d'un trouble intériorisé chez le jeune adolescent, tant dans le Modèle 1 que le Modèle 2. Les autres composantes de la relation parent-enfant qui ont été évaluées interagissent avec les variables associées aux troubles intériorisés. Par exemple, les filles sont non seulement plus à risque de présenter un trouble intériorisé, mais ce risque augmente lorsqu'elles perçoivent un manque de soins de la part de leur mère. Le fait d'analyser les variables associées aux troubles intériorisés en tenant compte de l'informateur apporte beaucoup de richesse aux résultats. Les variables associées varient selon l'informateur et, sans l'informateur adolescent, les résultats auraient été moins révélateurs. Des recherches futures, avec des devis différents de celui de notre étude, seront nécessaires pour approfondir la compréhension de l'étiologie des troubles mentaux intériorisés chez les jeunes adolescents et, plus spécifiquement, du rôle de la relation parent-enfant dans l'émergence de ces troubles. Plusieurs implications pour la pratique clinique découlent de l'étude. Il faudrait sensibiliser les parents d'adolescents des effets potentiellement négatifs associés à une fréquence élevée de comportements punitifs, de même que leur recommander de viser à un équilibre concernant les comportements de soins (ex. : soutien, encouragements) et ceux visant le soutien de l'autonomie de leur jeune adolescent. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Épidémiologie, Troubles mentaux intériorisés, Adolescents (12-14 ans), Relation parent-enfant, Variables associées, Effets d'interaction, DSM-III-R.