Esta dissertação apresenta um estudo comparativo de diferentes métodos computacionais de segmentação estrutural musical, onde o principal objetivo é delimitar fronteiras de seções musicais em um sinal de áudio, e rotulá-las, i.e. agrupar as seções encontradas que correspondem a uma mesma parte musical. São apresentadas novas propostas para segmentação estrutural nãosupervisionada, incluindo métodos para processamento em tempo real, alcançando resultados com taxas de erro inferiores a 12%. O método utilizado compreende um estudo dos descritores sonoros e meios de modelá-los temporalmente, uma exposição das técnicas computacionais de segmentação estrutural e novos métodos de avaliação dos resultados que penalizam tanto a incorreta detecção das fronteiras quanto o número incorreto de rótulos encontrados. O desempenho de cada técnica computacional é calculado utilizando diferentes conjuntos de descritores sonoros e os resultados são apresentados e analisados tanto quantitativa quanto qualitativamente. / A comparative study of different music structural segmentation methods is presented, where the goal is to delimit the borders of musical sections and label them, i.e. group the sections that correspond to the same musical part. Novel proposals for unsupervised segmentation are presented, including methods for real-time segmentation, achieving expressive results, with error ratio less then 12%. Our method consists of a study of sound descriptors, an exposition of the computational techniques for structural segmentation and the description of the evaluation methods utilized, which penalize both incorrect boundary detection and incorrect number of labels. The performance of each technique is calculated using different sound descriptor sets and the results are presented and analysed both from quantitative and qualitative points-of-view.

Este trabalho teve como objetivo a realização de estudos de Relações Quantitativas Tridimensionais Estrutura-Atividade, QSAR 3D, com identificação de alvos potenciais para compostos 5-nitro-heterocíclicos com estruturas azometínica ou oxadiazolínica com bioatividade dual, antifúngica e anti-T. cruzi, visando à identificação de novos compostos que possam ser aproveitados como possíveis candidatos a fármaco ou como compostos-líderes para novos estudos de modificação molecular. Os compostos estudados pertencem a quatro séries intimamente relacionadas, a saber: Série AzoO: 5-nitro-2-furfurilideno benzidrazidas 4-substituídas; Série AzoS: 5-nitro-2-tiofilideno benzidrazidas 4-substituídas; Série OxaO: 3-acetil-oxadiazolina 2,5-furfurilideno benzidrazidas 4-substituídas e Série OxaS: 3-acetil-oxadiazolina 2,5-tiofilideno benzidrazidas 4-substituídas. A utilização de forma integrada de ferramentas pertencentes às áreas de química farmacêutica, quimioinformática e bioinformática permite a caracterização de cavidades catalíticas de proteínas e a identificação das propriedades físico-químicas consideradas essenciais para a interação adequada entre ligante e biomacromolécula-alvo. Por outro lado, permitem também a identificação de alvos a partir da comparação de estruturas químicas, com as propriedades físico-químicas associadas, entre ligantes conhecidos e possíveis alvos; este procedimento de comparação de perfis moleculares, conhecido como virtual profiling, parte do princípio de que moléculas semelhantes a ligantes conhecidos de proteínas têm o potencial de interagir com essa mesma proteína, onde o grau de semelhança é determinado não somente pela estrutura química, mas também pela distribuição de características físico-químicas. As ferramentas utilizadas em estudos in silico incluem também análise de descritores topológicos que permitem a caracterização de propriedades físico-químicas considerando sua distribuição espacial em relação à estrutura química de uma dada molécula. O uso destes descritores permite a determinação do grau de semelhança entre moléculas ou partes de moléculas (fragmentos moleculares), e encontra-se na base das metodologias de triagem e de caracterização de sítios catalíticos de proteínas. Dentro da proposta de trabalho foram realizados estudos envolvendo virtual profiling, análise de fragmentos moleculares com base em descritores físico-químicos capazes de caracterizar superfícies de proteínas e ligantes, caracterização de cavidade catalítica de possível alvo e docking dos compostos a alvos putativos. Foi também realizada a determinação de atividade antifúngica e análise de resultados de QSAR 3D, levando finalmente à construção de uma hipótese quanto ao possível alvo biológico para os compostos azometínicos e oxadiazolínicos. O procedimento de virtual profiling apontou como possíveis alvos as enzimas CYP19A (aromatase), CYP3A4, CYP3A5 e CYP3A7. Embora estas enzimas não estejam diretamente envolvidas com as atividades biológicas testadas para os compostos até o momento, existem estudos que demonstram a interação de compostos azólicos de ação antifúngica, cujo alvo é CYP51 (14α-desmetilase), também com CYP19A e CYP3A4. Em conjunto com a análise da caracterização das propriedades físico-químicas com uso de descritores topológicos e a própria dualidade da atividade biológica, concluiu-se que seria possível a interação dos compostos das séries estudadas com CYP51, sendo esta enzima alvo não somente de antifúngicos azólicos, como também de compostos com ação anti-T. cruzi. A caracterização da cavidade catalítica de CYP51, tanto em termos de descritores de propriedades físico-químicas como de características estereoquímicas, associada ao estudos de QSAR 3D, confirmaram a possibilidade de interação da série oxadiazolínica com a CYP51, em orientação semelhante à dos antifúngicos azólicos. A série azometínica, que apresenta a mesma atividade dual da série oxadiazolínica, embora com potências diferentes, não possui conformação adequada para a interação da forma proposta. Existem, no entanto, dados que indicam a possibilidade de interação de compostos no sítio catalítico da enzima de forma diferente em relação a compostos oxadiazolínicos e antifúngicos azólicos. / This study had as objective the study of Tridimensional Quantitative Structure-Activity Relationships, 3D QSAR, and the identification of potential targets for 5-nitro-heterocyclic compounds with azomethynic or oxadiazolynic structures presenting dual antifungal and anti-T. cruzi bioactivity, aiming the discovery of new compounds to be used as possible drug candidates or lead compounds. The studied compounds belong to four closely related series: AzoO series: 4-substituted 5-nitro-2-furfurylidene benzhydrazides; AzoS Series: 4-substituted 5-nitro-2-thiophylidene benzhydrazides; OxaO Series: 4-substituted 3-acetyl-oxadiazolyne 2,5-furfurylidene benzhydrazides; and OxaS Series: 4-substituted 3-acetyl-oxadiazolyne 2,5-thiophilydene benzhydrazides. The integrated use of tools belonging to the areas of medicinal chemistry, chemoinformatics, and bioinformatics allow for the characterization of catalytic cavities of proteins and the identification of physicochemical properties considered essential for the adequate interaction between ligand and target biomacromolecule. In addition to this, they also make possible the identification of targets through the comparison of chemical structures, with their associated physicochemical properties, of known ligands and their possible targets; this approach, known as virtual profiling, is based on the principle that molecules similar to known ligands of proteins can potentially interact with this same protein, with the similarity degree being determined not only by chemical structure but also through the distribution of physicochemical characteristics. The tools used in studies in silico also include the analysis of topological descriptors that can be used to analyse physicochemical characteristics considering their spacial distribution in relation to the chemical structure of a given molecule. The use of these descriptors makes possible the determination of the similarity degree between molecules or part of molecules (molecular fragments), and is the basis for methodologies of screening and characterization of the catalytic sites or proteins. Considering the proposed objective, studies were carried involving virtual profiling, analysis of molecular fragments based on physicochemical descriptors able to characterize the surface of ligands and proteins, characterization of the catalytic site of a possible target, and docking of the compounds to putative targets. The antifungal activity of compounds was determined and 3D QSAR results analysed, leading to the formulation of a hypothesis for the possible biological target for the azomethynic and oxadiazolynic compounds. Virtual profiling results pointed as possible targets the P450 enzymes CYP19A (aromatase), CYP3A4, CYP3A5, and CYP3A7. Although these enzymes are not directly involved with the currently tested biological activities for these compounds, there are studies reporting the interaction of azole antifungal compounds, whose target is CYP51 (14α-demethylase), with CYP19A and CYP3A4. Taken together with the analysis of physicochemical characteristics based on topological descriptors, and considering the duality of determined biological activities, it was concluded that the interaction of the studied compounds with CYP51 was possible since this enzyme is the target nor only for azole antifungals, but also for anti-T. cruzi compounds. Characterization studies of CYP51 catalytic cavity considering not only physicochemical properties descriptors but also stereochemical characteristics, associated to the results of 3D QSAR, confirmed the possibility of interaction of compounds from the oxadiazolynic series with CYP51, in an orientation similar to azole antifungals. The azomethynic series, that also presents the same dual biological activity though with different potency, does not present an adequate conformation for the ineraction proposed for the oxadiazolynic series; however, there are reports indicating the possibility of interaction of compounds in the catalytic site of the enzyme in a different way from that of antifungal azoles and the proposed interaction of oxadiazolynic compounds.

Este trabalho teve como objetivo a realização de estudos de Relações Quantitativas Tridimensionais Estrutura-Atividade, QSAR 3D, com identificação de alvos potenciais para compostos 5-nitro-heterocíclicos com estruturas azometínica ou oxadiazolínica com bioatividade dual, antifúngica e anti-T. cruzi, visando à identificação de novos compostos que possam ser aproveitados como possíveis candidatos a fármaco ou como compostos-líderes para novos estudos de modificação molecular. Os compostos estudados pertencem a quatro séries intimamente relacionadas, a saber: Série AzoO: 5-nitro-2-furfurilideno benzidrazidas 4-substituídas; Série AzoS: 5-nitro-2-tiofilideno benzidrazidas 4-substituídas; Série OxaO: 3-acetil-oxadiazolina 2,5-furfurilideno benzidrazidas 4-substituídas e Série OxaS: 3-acetil-oxadiazolina 2,5-tiofilideno benzidrazidas 4-substituídas. A utilização de forma integrada de ferramentas pertencentes às áreas de química farmacêutica, quimioinformática e bioinformática permite a caracterização de cavidades catalíticas de proteínas e a identificação das propriedades físico-químicas consideradas essenciais para a interação adequada entre ligante e biomacromolécula-alvo. Por outro lado, permitem também a identificação de alvos a partir da comparação de estruturas químicas, com as propriedades físico-químicas associadas, entre ligantes conhecidos e possíveis alvos; este procedimento de comparação de perfis moleculares, conhecido como virtual profiling, parte do princípio de que moléculas semelhantes a ligantes conhecidos de proteínas têm o potencial de interagir com essa mesma proteína, onde o grau de semelhança é determinado não somente pela estrutura química, mas também pela distribuição de características físico-químicas. As ferramentas utilizadas em estudos in silico incluem também análise de descritores topológicos que permitem a caracterização de propriedades físico-químicas considerando sua distribuição espacial em relação à estrutura química de uma dada molécula. O uso destes descritores permite a determinação do grau de semelhança entre moléculas ou partes de moléculas (fragmentos moleculares), e encontra-se na base das metodologias de triagem e de caracterização de sítios catalíticos de proteínas. Dentro da proposta de trabalho foram realizados estudos envolvendo virtual profiling, análise de fragmentos moleculares com base em descritores físico-químicos capazes de caracterizar superfícies de proteínas e ligantes, caracterização de cavidade catalítica de possível alvo e docking dos compostos a alvos putativos. Foi também realizada a determinação de atividade antifúngica e análise de resultados de QSAR 3D, levando finalmente à construção de uma hipótese quanto ao possível alvo biológico para os compostos azometínicos e oxadiazolínicos. O procedimento de virtual profiling apontou como possíveis alvos as enzimas CYP19A (aromatase), CYP3A4, CYP3A5 e CYP3A7. Embora estas enzimas não estejam diretamente envolvidas com as atividades biológicas testadas para os compostos até o momento, existem estudos que demonstram a interação de compostos azólicos de ação antifúngica, cujo alvo é CYP51 (14α-desmetilase), também com CYP19A e CYP3A4. Em conjunto com a análise da caracterização das propriedades físico-químicas com uso de descritores topológicos e a própria dualidade da atividade biológica, concluiu-se que seria possível a interação dos compostos das séries estudadas com CYP51, sendo esta enzima alvo não somente de antifúngicos azólicos, como também de compostos com ação anti-T. cruzi. A caracterização da cavidade catalítica de CYP51, tanto em termos de descritores de propriedades físico-químicas como de características estereoquímicas, associada ao estudos de QSAR 3D, confirmaram a possibilidade de interação da série oxadiazolínica com a CYP51, em orientação semelhante à dos antifúngicos azólicos. A série azometínica, que apresenta a mesma atividade dual da série oxadiazolínica, embora com potências diferentes, não possui conformação adequada para a interação da forma proposta. Existem, no entanto, dados que indicam a possibilidade de interação de compostos no sítio catalítico da enzima de forma diferente em relação a compostos oxadiazolínicos e antifúngicos azólicos. / This study had as objective the study of Tridimensional Quantitative Structure-Activity Relationships, 3D QSAR, and the identification of potential targets for 5-nitro-heterocyclic compounds with azomethynic or oxadiazolynic structures presenting dual antifungal and anti-T. cruzi bioactivity, aiming the discovery of new compounds to be used as possible drug candidates or lead compounds. The studied compounds belong to four closely related series: AzoO series: 4-substituted 5-nitro-2-furfurylidene benzhydrazides; AzoS Series: 4-substituted 5-nitro-2-thiophylidene benzhydrazides; OxaO Series: 4-substituted 3-acetyl-oxadiazolyne 2,5-furfurylidene benzhydrazides; and OxaS Series: 4-substituted 3-acetyl-oxadiazolyne 2,5-thiophilydene benzhydrazides. The integrated use of tools belonging to the areas of medicinal chemistry, chemoinformatics, and bioinformatics allow for the characterization of catalytic cavities of proteins and the identification of physicochemical properties considered essential for the adequate interaction between ligand and target biomacromolecule. In addition to this, they also make possible the identification of targets through the comparison of chemical structures, with their associated physicochemical properties, of known ligands and their possible targets; this approach, known as virtual profiling, is based on the principle that molecules similar to known ligands of proteins can potentially interact with this same protein, with the similarity degree being determined not only by chemical structure but also through the distribution of physicochemical characteristics. The tools used in studies in silico also include the analysis of topological descriptors that can be used to analyse physicochemical characteristics considering their spacial distribution in relation to the chemical structure of a given molecule. The use of these descriptors makes possible the determination of the similarity degree between molecules or part of molecules (molecular fragments), and is the basis for methodologies of screening and characterization of the catalytic sites or proteins. Considering the proposed objective, studies were carried involving virtual profiling, analysis of molecular fragments based on physicochemical descriptors able to characterize the surface of ligands and proteins, characterization of the catalytic site of a possible target, and docking of the compounds to putative targets. The antifungal activity of compounds was determined and 3D QSAR results analysed, leading to the formulation of a hypothesis for the possible biological target for the azomethynic and oxadiazolynic compounds. Virtual profiling results pointed as possible targets the P450 enzymes CYP19A (aromatase), CYP3A4, CYP3A5, and CYP3A7. Although these enzymes are not directly involved with the currently tested biological activities for these compounds, there are studies reporting the interaction of azole antifungal compounds, whose target is CYP51 (14α-demethylase), with CYP19A and CYP3A4. Taken together with the analysis of physicochemical characteristics based on topological descriptors, and considering the duality of determined biological activities, it was concluded that the interaction of the studied compounds with CYP51 was possible since this enzyme is the target nor only for azole antifungals, but also for anti-T. cruzi compounds. Characterization studies of CYP51 catalytic cavity considering not only physicochemical properties descriptors but also stereochemical characteristics, associated to the results of 3D QSAR, confirmed the possibility of interaction of compounds from the oxadiazolynic series with CYP51, in an orientation similar to azole antifungals. The azomethynic series, that also presents the same dual biological activity though with different potency, does not present an adequate conformation for the ineraction proposed for the oxadiazolynic series; however, there are reports indicating the possibility of interaction of compounds in the catalytic site of the enzyme in a different way from that of antifungal azoles and the proposed interaction of oxadiazolynic compounds.

It's search metasynthesis type, in order to know, describe and analyze the academic literature in the Mental health and work area in the context of Brazilian postgraduate. Developed in five phases: Exploration, Refining, Crossing, Description and Analysis. With the first takes place cataloging of all the documents present in the files of theses and dissertations of the Coordination of Improvement of Higher Education Personnel - CAPES and the Virtual Health Library - Psychology - BVS-PSI from 10 search descriptors considered representative area in the literature. In the second phase, it is found among the documents found in the previous phase, which are related to the area, by reading the title, abstract and keywords of these. In the third phase is carried out a comparative analysis in order to eliminate duplicate documents. The fourth phase describes all documents according to type: thesis or dissertation; the historical ranking; area of knowledge; geographical disposition and institutional origin. In the last phase analyzes the contents of the descriptor located 16 theses Mental health and work, the most representative among those used in the previous phases. This phase identifies the following categories: history, social demands, public policy, epistemology, method and theory. The results indicate that mental health and work has its largest production, 84% under the master; in 1989 was located first thesis; between the years 2000 to 2012 88% of the documents were produced; predominance of studies related to psychology, 56% occurs; the southeast region has 46% of production; São Paulo accounts for 30%; production is 46 IES, being USP, UFRJ, UFRGS, UNB and the UFMG that most produce. There is even those produced studies respond to historically situated social demands; the relationship with the public policies is a challenge in view of the finding that the state should protect the work also has become precarious; the field of Occupational Health underlies the area; distinct methodological strategies and theoretical frameworks are used in studies. It is concluded that the adoption of an ethnographic approach as a method and an integrative approach as theoretical framework, the results achieved can convert into practical action in favor of labor, the fundamental premise of the area, given its epistemological assumptions. In this context, the researcher is involved turning their efforts to politically coherent performance with the field of Occupational Health. / Trata-se de pesquisa do tipo metassíntese, com vistas a conhecer, descrever e analisar a produção acadêmica da área da Saúde mental e trabalho no contexto da Pós-graduação brasileira. Desenvolve-se em cinco fases: Exploração, Refinamento, Cruzamento, Descrição e Análise. Com a primeira realiza-se a catalogação de todos os documentos presentes no banco de teses e dissertações da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) e da Biblioteca Virtual em Saúde – Psicologia (BVS-PSI) a partir de 10 descritores de busca considerados representativos da área na literatura especializada. Na segunda fase, verifica-se, dentre os documentos localizados na fase anterior, quais guardam relação com a área, por meio da leitura do título, resumo e palavras-chave destes. Na terceira fase realiza-se uma análise comparativa a fim de eliminar duplicidade de documentos. A quarta fase descreve todos os documentos quanto ao tipo: tese ou dissertação; a seriação histórica; a área do conhecimento; a disposição geográfica e a procedência institucional. Na última fase analisa-se o conteúdo de 16 teses localizadas pelo descritor Saúde mental e trabalho, o mais representativo dentre os utilizados nas fases anteriores. Essa fase identifica as seguintes categorias: história, demandas sociais, políticas públicas, epistemologia, método e teoria. Os resultados indicam que a Saúde mental e trabalho tem sua maior produção, 84%, no âmbito do mestrado; no ano de 1989 foi localizada a primeira tese; entre os anos de 2000 a 2012 foram produzidos 88% dos documentos; ocorre predominância de estudos ligados à Psicologia, 56%; a região sudeste concentra 46% da produção; São Paulo, responde por 30%; encontra-se produção em 46 IES, sendo USP, UFRJ, UFRGS, UNB e UFMG as que mais produzem.Verifica-se ainda que os estudos produzidos respondem a demandas sociais historicamente situadas; a relação com as políticas públicas constitui um desafio tendo em vista a constatação de que o Estado, que deveria proteger o trabalho, também o tem tornado precário; o campo da Saúde do Trabalhador fundamenta a área; são utilizadas distintas estratégias metodológicas e referenciais teóricos nas pesquisas realizadas. Conclui-se que, a adoção de uma abordagem etnográfica enquanto método e de uma abordagem integradora enquanto referencial teórico, pode converter os resultados alcançados em ações práticas em favor do trabalho, premissa fundamental da área, tendo em vista seus pressupostos epistemológicos. Nesse contexto, o pesquisador é implicado politicamente voltando seus esforços para uma atuação coerente com o campo da Saúde do Trabalhador.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005-11-22Bitstream added on 2014-06-13T18:55:07Z : No. of bitstreams: 1 boccato_vrc_me_mar.pdf: 1974835 bytes, checksum: ee9ca76b2ff4678b7bb5f69f6b6cae50 (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A linguagem documentária, instrumento mediador da informação documentária entre o Sistema de Informação e o usuário, tem papel fundamental no acesso à informação, proporcionando a satisfação na recuperação da informação e, conseqüentemente, a geração do conhecimento científico que contribui para desenvolvimento da ciência brasileira e para o bem-estar da sociedade. Quando a linguagem documentária não oferece compatibilidade com a linguagem de busca do usuário, compromete a qualidade da pesquisa realizada e a credibilidade do Sistema de Informação quanto à sua eficácia na recuperação da informação documentária e satisfação do usuário. Dessa maneira, a proposição é avaliar, por meio da observação do usuário, a linguagem documentária DeCS - Descritores em Ciências da Saúde, utilizada para a recuperação da informação no sistema LILACS (Literatura Latino-Americana e do Caribe em Ciências da Saúde), com o intuito de obter indicadores para delinear as estratégias de aprimoramento da linguagem na área de Fonoaudiologia. Para avaliação dessa linguagem empregou-se a técnica do protocolo verbal ou pensar alto (thinking aloud), tendo como sujeitos pesquisadores do Departamento de Fonoaudiologia da Faculdade de Odontologia de Bauru da Universidade de São Paulo - FOB-USP. A aplicação dessa técnica foi realizada no próprio ambiente de trabalho dos sujeitos, tendo sido verificado, anteriormente, o conhecimento de cada um deles no acesso ao sistema LILACS, bem como na utilização da linguagem DeCS. A partir de então, foram selecionados quatro sujeitos representantes das quatro especialidades formadoras da área de Fonoaudiologia: Linguagem, Voz, Motricidade Oral e Audiologia, e observados, com protocolo verbal, na tarefa de realizar a recuperação de informações, no campo de descritor de assunto da interface de busca da base de dados LILACS... . / The Indexing language, a mediator tool of the indexing information between the information system and the user, plays a crucial role in the access to information, providing a satisfaction in information retrieval and, thus, the generation of scientific knowledge which adds to the welfare of society. Hen the indexing language is not compatible with the userþs search language, it jeopardizes the quality of the research performed and the credibility of the information system as to its efficacy in retrieving indexing information and the userþs satisfaction. Therefore, the proposition is to assess, by observing the user, the DeCS - Health Sciences Descriptors indexing language, utilized for the retrieval of information in the LILACS system (LILACS - Latin American and Caribbean Health Sciences), aiming at obtaining indicators to outline strategies to improve the language in the field of Speech- Language Pathology and Audiology. The verbal protocol technique (thinking aloud) was utilized to evaluate this language, having as subjects, researchers of the Speech-Language Pathology and Audiology Department at the Dental School - University of São Paulo - FOB-USP, at Bauru, SP. This technique has been applied in the subjectsþ own working environment, being their knowledge on the access to LILACS system as well as the use of DeCS language previously verified. Then, four subjects representing the four forming specialties in the area of Speech-Language Pathology and Audiology, i.e., Language, Voice, Oral Motricity and Audiology were selected and observed, with the verbal protocol, in the task of performing information retrieval, in the field of subject descriptor of the search interface of LILACS database... (Complete abstract, click electronic address below).

Submitted by Aelson Maciera (aelsoncm@terra.com.br) on 2017-09-13T18:11:26Z No. of bitstreams: 1 DissACC.pdf: 1668214 bytes, checksum: 82bf6ff6918613ce74cc691a951a22b0 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (bco.producao.intelectual@gmail.com) on 2018-01-25T17:53:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissACC.pdf: 1668214 bytes, checksum: 82bf6ff6918613ce74cc691a951a22b0 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (bco.producao.intelectual@gmail.com) on 2018-01-25T17:54:04Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissACC.pdf: 1668214 bytes, checksum: 82bf6ff6918613ce74cc691a951a22b0 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-25T18:00:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissACC.pdf: 1668214 bytes, checksum: 82bf6ff6918613ce74cc691a951a22b0 (MD5) Previous issue date: 2017-04-18 / Não recebi financiamento / One of the ways to recover images in a database is through similarity queries. Using characteristics extracted from these images, such as color, shape or texture, this work seeks to identify similarities to a central query element. However, the results may be very similar to each other, which is not always the expected result. In addition to the redundancy in the results, the problem of the ’semantic gap’, which is a divergence in the evaluation of similarity between images performed by the computer considering its numerical representation (low level characteristics) and the human perception about the image (high level characteristics). In order to improve the quality of the results, we sought to minimize the issue of redundancy and the ’semantic gap’ through the use of more than one descriptor in queries for similarity. We sought to explore the inclusion of diversity using one descriptor to treat similarity and another descriptor to treat diversity, more generally a metric space for similarity and another for diversity. For the implementation of the query by similarity was used the consultation to several neighbors closer. Considering that the descriptors may be distinct and one of them may have greater numerical representativeness, it was necessary to do the normalization, considering the methods of normalization by the greater distance and normalization by the greater approximate distance with balancing by the intrinsic dimension. An exhaustive search algorithm was used to perform the tests. The experiments were carried out in a classified database. To evaluate the semantic quality of the results, a measure was proposed that evaluates the inclusion of diversity considering the diversity present in the query only considering the similarity and the maximum diversity that can be included. A comparison was made between the result obtained and the considered ideal, which refers to the value of l defined by the user himself. By comparing the results obtained with the results obtained in the queries for a single descriptor, the evaluation of the included diversity followed the trend of l, which allows to say that normalization and balancing is necessary. In addition, it is intended in the future to study new ways of normalizing. / Uma das formas para se recuperar imagens em banco de dados, é através de consultas por similaridade. Utilizando características extraídas dessas imagens, como cor, forma ou textura, busca-se identificar semelhanças a um elemento central de consulta. No entanto, os resultados nas consultas podem ser muito semelhantes entre si, o que nem sempre é o resultado esperado. Além da redundância nos resultados, deve-se destacar o problema do ‘gap semântico’, que é a divergência na avaliação da similaridade entre imagens realizada pelo computador considerando a sua representação numérica (características de baixo nível) e a percepção humana sobre a imagem (características de alto nível). Com o objetivo de melhorar a qualidade dos resultados nas consultas buscou-se minimizar a questão da redundância e do ‘gap semântico’ através da utilização de mais de um descritor nas consultas por similaridade. Buscou-se explorar a inclusão de diversidade utilizando-se um descritor para tratar a similaridade e outro descritor para tratar a diversidade, mais genericamente, um espaço métrico para similaridade e outro para a diversidade. Para a implementação da consulta por similaridade utilizou-se a consulta aos vizinhos diversos mais próximos. Considerando-se que os descritores utilizados podem ser distintos e que um deles possa ter maior representatividade numérica do que o outro, foi necessário fazer a normalização, sendo considerados os métodos da normalização pela maior distância e normalização pela maior distancia aproximada com balanceamento pela dimensão intrínseca. Para a realização dos testes utilizou-se um algoritmo de busca exaustiva. Os experimentos foram realizados em uma base de dados classificada. Para avaliar a qualidade semântica dos resultados foi proposta uma medida que avalia a inclusão de diversidade considerando a diversidade presente na consulta apenas considerando a similaridade e a diversidade máxima que pode ser incluída. Foi feita uma comparação entre o resultado obtido e o considerado ideal, que refere-se ao valor de l definido pelo próprio usuário. Comparando-se os resultados alcançados com os resultados obtidos nas consultas para um único descritor, a avaliação da diversidade incluída acompanhou a tendência de l, o que permite dizer que a normalização e balanceamento é necessário. Além disso, pretende-se futuramente estudar novas formas de normalizar.

Submitted by Maike Costa (maiksebas@gmail.com) on 2017-09-13T11:59:49Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 7758959 bytes, checksum: db745d41b196978192ebc789e25f442b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-13T11:59:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 7758959 bytes, checksum: db745d41b196978192ebc789e25f442b (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / The use of plants for medicinal purposes is one of the oldest forms of medical practice of mankind, emphasizing the alkaloids because they present rich structural and pharmacological properties extensive variety. The drug design is aided by computer based strategies based on linkers or target. When developing new compounds, the structure-based techniques, such as docking, can be applied to study of certain receptor and its corresponding ligand, evaluating bindingprotein interactions. Whereas in the ligand-based methods, a database of known ligands is used, looking for ways to evaluate parameters (molecular descriptors) that can assist in the development of compounds with higher power. This study aimed to perform in silico studies to investigate drug-target interactions with alkaloids derived from natural products and their analogues with relevant pharmacological activity. Different molecular descriptors and methodologies were used in the studies developed. In chapter 2, the interaction of alkaloid bisindolic caulerpine (CLP) was evaluated with the enzyme involved in Alzheimer's disease (AD) monoamine oxidase B (MAO-B), and a database with 109 analogs. It was possible to observe a chemical parameter of inhibition of PLC analogues where the replacement of the radicals must be asymmetric with different polarity. The studies based on the linker and the structure associated with the classification drug-like chemical skeleton suggest that the PLC has potential use in the treatment of AD. In chapter 3, 8 alkaloids isolated Cissampelos sympodialis and 101 derivatives, had their inhibitory potential against enzyme (BACE, GSK-3β and MAO-A) involved in degenerative diseases assessed by in silico methods. consensual analysis showed affinity alkaloids bisbenzilisoquinolinics by BACE, incluindos the roraimine natural alkaloids and simpodialine-β-N-oxide, supporting interest in investigating this skeleton as an antagonist of this enzyme. In Chapter 4 we evaluated the multi-target potential of 148 aphorphinics alkaloids Annonaceae against Leishmania donovani. Six were selected enzymes of this neglected disease for theoretical study, which was associated with experimental four alkaloids available data and integrating the bank, which had pIC50 value inferior to 5.26. The xyloguyelline alkaloid was named as a potential multi-agent target, demonstrating activity against 5 of 6 enzymes evaluated, likely to activity of over 60%. fragment descriptors were used to create model-based binder in a parallel approach with molecular docking to predict the cytotoxic and against topoisomerase II activity azaphenantrene alkaloids in chapter 5. The cytotoxic activity of this skeleton alkaloids are well described in the literature, molecules having activity against several tumor cell lines. The IMB 6 analog and 23 IMB showed interesting activity and selectivity, with MolDock energy similar to liriodenine composed characterized by potent anti-tumor action, but with high toxicity. Important structural information is provided by spectroscopy nuclear magnetic resonance (NMR), and Chapter 6 aimed to discuss the importance of this technique for generating molecular descriptors. Studies that applied successfully in drug design NMR descriptors assisted by computer are described and several QSAR and QSPR having as support data chemical shifts. / A utilização de plantas com fins medicinais é uma das mais antigas formas de prática medicinal da humanidade, enfatizando os alcaloides, por apresentarem rica variedade estrutural e extensa propriedade farmacológica. O desenho de drogas auxiliado pelo computador é fundamentado em estratégias baseadas nos ligantes ou no alvo. No desenvolvimento de novos compostos, técnicas baseadas na estrutura, como o docking, podem ser aplicadas no estudo de um determinado receptor e seu respectivo ligante, avaliando as interações ligante-proteína. Ao passo que nos métodos baseados no ligante, um banco de ligantes conhecidos é utilizado, buscando modos de avaliar parâmetros (descritores moleculares) que possam auxiliar no desenvolvimento de compostos com maior potência. Este estudo teve como objetivo realizar estudos in silico para investigar interações fármaco-alvo com alcaloides oriundos de produtos naturais, e respectivos análogos, com relevante atividade farmacológica. Diferentes descritores moleculares e metodologias foram utilizadas nos estudos desenvolvidos. No capítulo 2, foi avaliado a interação do alcaloide bisindolico caulerpina (CLP) com a enzima envolvida na doença de Alzheimer (DA) monoamina oxidase B (MAO-B), além de um banco com 109 análogos. Foi possível observar um parâmetro químico de inibição dos análogos da CLP, onde a substituição dos radicais deve ser assimétrica com polaridade distinta. Os estudos dos baseados no ligante e na estrutura, associado à classificação drug-like, sugerem que o esqueleto químico da CLP tem potencial uso no tratamento da DA. No capítulo 3, 8 alcaloides isolados de Cissampelos sympodialis e 101 derivados, tiveram seu potencial inibitório contra enzimas (BACE, GSK-3β e MAO-A) envolvidas em doenças degenerativas avaliado por metodologias in silico. Análise consensual demonstrou afinidade de alcaloides bisbenzilisoquinolínicos pela BACE, incluindos os alcaloides naturais roraimina e simpodialina- β-N-oxide, suportando interesse em investigar este esqueleto como antagonista desta enzima. No capítulo 4 foi avaliado o potencial multi-target de 148 alcaloides aporfinicos de Annonaceae contra Leishmania donovani. Foram utilizadas seis enzimas desta doença negligenciada para o estudo teórico, que foi associado com dados experimentais de quatro alcaloides disponíveis e que integram o banco, que apresentaram valor pIC50 inferior a 5.26. O alcaloide xyloguyellina foi apontado como potencial agente multitarget, demonstrando atividade contra 5 das 6 enzimas avaliadas, com probabilidade de atividade superior a 60%. Descritores de fragmento foram utilizados para criar modelo baseado no ligante em uma abordagem paralela com docking molecular, para predizer a atividade citotóxica e contra topoisomerase II de azafenantreno alcaloides, no capítulo 5. A atividade citotóxica deste esqueleto de alcaloides está bem descrita na literatura, com diversas moléculas apresentando atividade contra linhagens de células tumorais. Os análogos IMB 6 e IMB 23 apresentaram interessante atividade e com seletividade, apresentando energia MolDock similar à liriodenina, composto caracterizado por potente ação antitumoral, porém com elevada toxicidade. Importantes informações estruturais são fornecidas pela espectroscopia de ressonância magnética nuclear (RMN), sendo o capítulo 6 destinado a discorrer sobre a importância desta técnica para geração de descritores moleculares. Estudos que aplicaram com sucesso descritores RMN em design de drogas assistida pelo computador encontram-se descritos, além de diversos estudos de QSAR e QSPR tendo como amparo dados de deslocamentos químicos.

Made available in DSpace on 2016-12-23T14:37:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sara Coser Morra.pdf: 1157047 bytes, checksum: ca26cc99cfaca69da596f91375dc0dcb (MD5) Previous issue date: 2012-07-12 / A goiabeira (Psidium guajava L.) é uma das fruteiras de maior importância econômica da família Myrtaceae. O Brasil é um dos maiores produtores de goiaba do mundo, sendo esta uma cultura potencial em expansão e rentabilidade. A polinização cruzada da espécie e a existência de pomares heterogêneos de propagação seminal resultam em variabilidade, permitindo a seleção de genótipos para o melhoramento da cultura. O objetivo deste trabalho foi estudar a diversidade genética em genótipos de P. guajava selecionados em pomar de origem seminal e cultivares por características morfológicas e químicas de qualidade de fruto, também associar dados de conteúdo de DNA nuclear (2C), cariótipo, morfológicos e de marcadores moleculares microssatélites. Verificou-se a existência de divergência entre as Cortibel com relação às características de fruto, com genótipos apresentando performance superior e genótipos com desempenho semelhante à cultivares, potenciais para uso em hibridações ou como cultivares. As análises cariotípica e de conteúdo de DNA nuclear (2C) mostraram que os genótipos possuem um genoma estável, pequeno e diplóide e características cariotípicas relacionadas a grupos ancestrais de angiospermas. O dendrograma UPGMA baseado em dados morfológicos e SSR evidenciaram diversidade entre os genótipos, com melhor discriminação pelos dados de SSR. Como a maioria dos genótipos mostraram similaridade morfológica para as características de frutos, aliada a dissimilaridade molecular, estes se mostraram interessantes para o uso em hibridações em programas de melhoramento. O conjunto de dados gerados contribuiu para expandir o conhecimento sobre o genoma e a diversidade genética em P. guajava. Também é importante na estruturação de programas de melhoramento para a cultura, além de contribuir para estudos evolutivos / Guava (Psidium guajava L.) is one of the most economically important fruit crop from Myrtaceae family. Brazil is one of the largest producers of guava in the world, which is a potential crop in growth and profitability. Cross-pollination of the species and the existence of heterogeneous seminal propagation orchards result in variability, allowing the selection of genotypes for crop improvement. The aim of this study was to evaluate genetic diversity between P. guajava L genotypes selected from seminal origin orchard and cultivars, by morphological and fruit quality chemical characteristics, also associate data from nuclear 2C-value, karyotypic, morphological and simple sequence repeat (SSR) marker. There were divergences between Cortibel selections by fruit characteristics, with genotypes showing superior and similar performance when compared with cultivated genotypes, potential for use in hibridation and as cultivars. Karyotype and nuclear 2C-value analyses showed that all genotypes have a stable and very small diploid genome (2n = 2X = 22; 2C = 0.95 pg), and karyotypic characteristics related to ancestral angiosperm groups. UPGMA dendrogram based on morphological and SSR data evidenced diversity among the genotypes, with better discrimination by SSR data. Since most genotypes showed morphological similarity for fruit characteristics, combined with molecular dissimilarity, the use of these genotypes in hybridation breeding programs could be of interest. The obtained data set contributed to expand the knowledge about genome and genetic diversity of P. guajava. Also are important to structure crop improvement programs and contribute to evolutionary approaches

Orientador: Ricardo da Silva Torres / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-13T11:00:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Penatti_OtavioAugustoBizetto_M.pdf: 2250748 bytes, checksum: 57d5b2f9120a8eae69ee9881d363e9ce (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: A crescente quantidade de imagens geradas e disponibilizadas atualmente tem eito aumentar a necessidade de criação de sistemas de busca para este tipo de informação. Um método promissor para a realização da busca de imagens e a busca por conteúdo. Este tipo de abordagem considera o conteúdo visual das imagens, como cor, textura e forma de objetos, para indexação e recuperação. A busca de imagens por conteúdo tem como componente principal o descritor de imagens. O descritor de imagens é responsável por extrair propriedades visuais das imagens e armazená-las em vetores de características. Dados dois vetores de características, o descritor compara-os e retorna um valor de distancia. Este valor quantifica a diferença entre as imagens representadas pelos vetores. Em um sistema de busca de imagens por conteúdo, a distancia calculada pelo descritor de imagens é usada para ordenar as imagens da base em relação a uma determinada imagem de consulta. Esta dissertação realiza um estudo comparativo de descritores de imagens considerando a Web como cenário de uso. Este cenário apresenta uma quantidade muito grande de imagens e de conteúdo bastante heterogêneo. O estudo comparativo realizado nesta dissertação é feito em duas abordagens. A primeira delas considera a complexidade assinto tica dos algoritmos de extração de vetores de características e das funções de distancia dos descritores, os tamanhos dos vetores de características gerados pelos descritores e o ambiente no qual cada descritor foi validado originalmente. A segunda abordagem compara os descritores em experimentos práticos em quatro bases de imagens diferentes. Os descritores são avaliados segundo tempo de extração, tempo para cálculos de distancia, requisitos de armazenamento e eficácia. São comparados descritores de cor, textura e forma. Os experimentos são realizados com cada tipo de descritor independentemente e, baseado nestes resultados, um conjunto de descritores é avaliado em uma base com mais de 230 mil imagens heterogêneas, que reflete o conteúdo encontrado na Web. A avaliação de eficácia dos descritores na base de imagens heterogêneas é realizada por meio de experimentos com usuários reais. Esta dissertação também apresenta uma ferramenta para a realização automatizada de testes comparativos entre descritores de imagens. / Abstract: The growth in size of image collections and the worldwide availability of these collections has increased the demand for image retrieval systems. A promising approach to address this demand is to retrieve images based on image content (Content-Based Image Retrieval). This approach considers the image visual properties, like color, texture and shape of objects, for indexing and retrieval. The main component of a content-based image retrieval system is the image descriptor. The image descriptor is responsible for encoding image properties into feature vectors. Given two feature vectors, the descriptor compares them and computes a distance value. This value quantifies the difference between the images represented by their vectors. In a content-based image retrieval system, these distance values are used to rank database images with respect to their distance to a given query image. This dissertation presents a comparative study of image descriptors considering the Web as the environment of use. This environment presents a huge amount of images with heterogeneous content. The comparative study was conducted by taking into account two approaches. The first approach considers the asymptotic complexity of feature vectors extraction algorithms and distance functions, the size of the feature vectors generated by the descriptors and the environment where each descriptor was validated. The second approach compares the descriptors in practical experiments using four different image databases. The evaluation considers the time required for features extraction, the time for computing distance values, the storage requirements and the effectiveness of each descriptor. Color, texture, and shape descriptors were compared. The experiments were performed with each kind of descriptor independently and, based on these results, a set of descriptors was evaluated in an image database containing more than 230 thousand heterogeneous images, reflecting the content existent in the Web. The evaluation of descriptors effectiveness in the heterogeneous database was made by experiments using real users. This dissertation also presents a tool for executing experiments aiming to evaluate image descriptors. / Mestrado / Sistemas de Informação / Mestre em Ciência da Computação

Esta dissertação apresenta um estudo comparativo de diferentes métodos computacionais de segmentação estrutural musical, onde o principal objetivo é delimitar fronteiras de seções musicais em um sinal de áudio, e rotulá-las, i.e. agrupar as seções encontradas que correspondem a uma mesma parte musical. São apresentadas novas propostas para segmentação estrutural nãosupervisionada, incluindo métodos para processamento em tempo real, alcançando resultados com taxas de erro inferiores a 12%. O método utilizado compreende um estudo dos descritores sonoros e meios de modelá-los temporalmente, uma exposição das técnicas computacionais de segmentação estrutural e novos métodos de avaliação dos resultados que penalizam tanto a incorreta detecção das fronteiras quanto o número incorreto de rótulos encontrados. O desempenho de cada técnica computacional é calculado utilizando diferentes conjuntos de descritores sonoros e os resultados são apresentados e analisados tanto quantitativa quanto qualitativamente. / A comparative study of different music structural segmentation methods is presented, where the goal is to delimit the borders of musical sections and label them, i.e. group the sections that correspond to the same musical part. Novel proposals for unsupervised segmentation are presented, including methods for real-time segmentation, achieving expressive results, with error ratio less then 12%. Our method consists of a study of sound descriptors, an exposition of the computational techniques for structural segmentation and the description of the evaluation methods utilized, which penalize both incorrect boundary detection and incorrect number of labels. The performance of each technique is calculated using different sound descriptor sets and the results are presented and analysed both from quantitative and qualitative points-of-view.