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Criação e visualização de domínios dinâmicos em ambientes de gerenciamento de redes / Definition and visualization of dynamic domains in network management environments

Ceccon, Márcio Bartz January 2003 (has links)
No contexto do gerenciamento de redes de computadores, domínios são recursos utilizados para agrupar objetos gerenciáveis. Os mapas de rede utilizados pelos sistemas de gerenciamento são exemplos bastante comuns do uso de domínios. Domínios são importantes porque as ações de gerenciamento podem ser aplicadas a todos os objetos gerenciáveis membros de um domínio ao mesmo tempo, não sendo necessário, então, repetir a mesma ação em cada objeto gerenciável, um a um. Domínios que necessitam ser rapidamente criados, utilizados e descartados são referenciados nesta dissertação de mestrado como domínios dinâmicos. Atualmente, na maioria dos sistemas de gerenciamento de redes não existem facilidades disponíveis para suportar o conceito desse tipo de domínios. Em relação aos aspectos de visualização, a apresentação visual de domínios deve ser realizada de forma adequada, visto que, atualmente, as GUIs estão presentes na maioria dos sistemas de gerenciamento. Entretanto, os processos de visualização de domínios utilizados pelos sistemas de gerenciamento atuais apresentam limitações em relação à configuração de características visuais dos domínios apresentados. Essas características são estáticas, não permitindo ao usuário, dessa forma, escolher como deseja visualizar um determinado domínio. Nesta dissertação de mestrado são apresentados a definição e o desenvolvimento de duas novas linguagens que têm por objetivo aperfeiçoar a criação e a visualização de domínios dinâmicos. A primeira linguagem é baseada em um modelo de informação do ambiente gerenciado e é utilizada para criar, de forma automatizada, novos domínios dinâmicos. Tal modelo de informação é formado por classes, atributos e relacionamentos entre as classes. A segunda linguagem, por sua vez, é usada para configurar características visuais dos domínios dinâmicos criados por meio da primeira linguagem. Esta dissertação apresenta, também, um protótipo desenvolvido para suportar as linguagens de criação e visualização de domínios dinâmicos criadas. A partir desse protótipo, é possível criar domínios dinâmicos relacionados a informações da rede de computadores utilizada, bem como personalizar a visualização dos domínios dinâmicos criados. Além disso, o protótipo possibilita, também, a obtenção de algumas informações dos membros dos domínios dinâmicos criados. O protótipo é baseado na Web e foi desenvolvido utilizando-se as tecnologias PRECCX, PHP, MySQL e SNMP. Como será visto ao final, as linguagens definidas e o protótipo desenvolvido mostram que o suporte a domínios dinâmicos objetivado pode ser efetivo e melhorar, sensivelmente, os processos de gerenciamento de redes. A integração da implementação desenvolvida junto ao ambiente QAME, por exemplo, permite atualmente que os administradores possam selecionar, através das linguagens, os equipamentos de uma rede com QoS que precisam ser configurados através do processo de aplicação de políticas original do QAME. / In the computer networks management context, domains are facilities used to group managed objects. The network maps presented in the management systems are the most common examples of the use of domains. Domains are important because the management actions can be applied to all managed objects that are members of a domain at the same time, not being necessary, then, to repeat the same action in each managed object one by one. Domains that need to be quickly created, used and discarded are referenced in this work as dynamic domains. Currently, in the majority of the available network management systems there are no proper facilities to support this type of domains. Concerning the visualization aspects, the domains visual presentation must be carried through of adjusted form, since, currently, the GUIs are present in the majority of the management systems. However, the domains visualization processes used by the current management systems present limitations related to the visual features configuration of the presented domains. These features are static, not allowing the user, this way, to choose how he or she desires to visualize one determined domain. This work presents the definition and the development of two new languages whose goals is to enhance the creation and the visualization of dynamic domains. The first language is based on a managed environment information model and is used to create, forming an automated fashion, new dynamic domains. Such information model is formed by classes, attributes and relationships between the classes. The second language, on its turn, is used to configure visual features of the dynamic domains created by the first language. This work also presents a prototype developed to support the defined dynamic domains creation and visualization languages. With this prototype it is possible to create dynamic domains based on the information of the computer network used, as well as customizing the visualization of the dynamic domains created. Moreover, the prototype makes possible the attainment of some members information of the dynamic domains created. The prototype is based on the Web and was developed using technologies as PRECCX, PHP, MySQL and SNMP. As will be seen in the end, the defined languages and the developed prototype shows that the desired dynamic domains support can be effective and improve, significantly, the network management processes. The integration of the implementation developed together to the QAME environment, for example, allows currently that the administrators can select, through the languages, the QoS network devices that need to be configured through the original policies application process of the QAME.
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Identificação de domínios em proteínas com redes complexas / Protein domain identification with complex networks.

Luiz Carlos Büttner Mostaço-Guidolin 20 January 2011 (has links)
A utilização de redes complexas para a descriçãoi de diversos sistemas naturais e artificias,compreendidos nas mais diversas áreas do conhecimento humano, tem se mostrado uma abordagem poderosa para a redução da complexidade inerente a tais sistemas. Em muitos casos, tal complexidade resulta do número de componentes envolvidos e de suas intrincadas relações. Uma forma de reduzir a complexidade associada a tais sistemas, consiste em identificar e agrupar componentes que possuam características similares. Sendo assim, desenvolvemos nesta tese métodos de identificação de comunidades em redes complexas. Tais métodos se baseiam na ideia de que comunidades surgem quando grupos de vértices possuem um número mais elevado de conexões entre os vértices do mesmo grupo do que com vértices externos à este grupo. Além disso, utilizamos a função modularidade como função objetivo e como forma de avaliação e comparação dos resultados obtidos nesta tese com resultados previamente reportados na literatura. Uma vez estabelecido um método de identificação de comunidades, utilizamos a abordagem de redes complexas para a determinação de domínios estruturais de proteínas. Para tal, criamos redes de contato entre os aminoácidos de uma proteí?na buscando representar apenas as ligações relevantes do ponto de vista topológico. Por meio destas representações, aplicamos os métodos de identificação de comunidades desenvolvidos nesta tese, no intuito de identificar domínios estruturais de cadeias proteicas. Por fim, desenvolvemos um método específico para a identificação de domínios em proteínas com dois domínios sequencias, concluindo desta forma, os objetivos propostos nesta tese. / The use of complex networks for the representation of various natural and artificial sys- tems in the most diverse fields of human knowledge, has proven to be a powerful approach for the reduction of the complexity in the study of such systems. In many cases, this complexity emerges from the number of components of the system and from the intricate relationship between them. A reduction in this complexity is made possible by the iden- tification and grouping of the components of the system with similar characteristics. In this way, we developed in this thesis, methods for community identification in complex networks. Such methods are based on the notion that communities arise when groups of vertices are more densely connected with vertices of their same group, than with ver- tices belonging to other groups in the network. Moreover, the modularity function has been used as an objective function, and as a score for the evaluation and comparison of the results obtained in this thesis with the results reported in the literature of complex networks. Upon the establishment of a method for community detection, we used the framework of complex networks to the determination of structural protein domains. The- refore, we have created contact networks of amino acids of protein chains, focusing on the representation of only the most relevant interactions between them, from a topological point of view. We have applied to these networks the methods for community identi- fication developed in this thesis, aiming to identify the structural domains of proteins. Finally, we have developed a specific method for the identification of protein domains in protein chains with two sequential domains, concluding in this way, the objectives proposed in this thesis.
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Eliciação e comunicação de requisitos em domínios disjuntos: estudo de caso para a área médica. / Requirements elicitation and comunication of different domain: study of case of medical area.

Ricardo Alexandro de Andrade Queiroz 08 February 2007 (has links)
A Engenharia de Requisitos (ER) vem sendo reconhecida como uma área de pesquisa de extrema relevância para o desenvolvimento de sistemas ou artefatos. As maiores causas de falhas ocorridas em projetos são oriundas do processo de aquisição e tradução dos objetivos, necessidades ou restrições estabelecidas pelos clientes e/ou usuários. Estes erros podem aumentar de forma exponencial em projetos que se propõem a desenvolver sistemas ou artefatos que estejam diretamente associados à área cirúrgica, devido a diferença do domínio de conhecimento e o vocabulário entre as mencionadas áreas. Desta forma, verifica-se a importância científica para desenvolver modelos ou métodos que minimizem o problema apresentado. Ajudar na análise e definição, de maneira apurada e precisa, junto ao especialista da área médica, em relação aos movimentos executados em um procedimento minimamente invasivo e auxiliar a área de projetos de engenharia a desenvolver esse tipo de sistema. Este trabalho de dissertação apresenta o desenvolvimento de um modelo de conduta para o processo de eliciação e comunicação de requisitos no cenário em que o desenvolvedor e o especialista pertencem a diferentes domínios, técnicas e linguagens próprias. É também realizada a aplicação prática do modelo, em uma cirurgia minimamente invasiva, em específico à cirurgia da catarata. A aplicação prática foi realizada com o total apoio do Hospital Santa Luzia e do Instituto da Catarata, UNIFESP. / In recent years, the requirements engineering process has become known as a research with extreme relevance for system development. The major failures in projects are caused by the translation requirements, i.e. the task of communicating with customers and users to determine what their requirements are. These mistakes can rise exponentially in system development projects that are directly associated with the area of surgery, because of the difference of knowledge domain and the vocabulary between the mentioned areas (engineering and medicine). In this way rises the scientific importance for models development or methods that minimize the problem presented above. Helping analyzing and defining, in a fine and accurate way, a long with a specialist from the medical area, relating the movements executed in the minimally invasive process and help the area of engineering design develop this type of system. Considering this, we propose in this dissertation the development of a model that show elicitation process and a communication of requirements in a scenario in which the developer and stackholder pretence a different types of domain, techniques and proper languages. The model is also practices in a minimally invasive surgery, especially in cataract surgery. It was practiced with the full support of Santa Luzia Hospital, and the Institute of Cataract, UNIFESP.
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Criação e visualização de domínios dinâmicos em ambientes de gerenciamento de redes / Definition and visualization of dynamic domains in network management environments

Ceccon, Márcio Bartz January 2003 (has links)
No contexto do gerenciamento de redes de computadores, domínios são recursos utilizados para agrupar objetos gerenciáveis. Os mapas de rede utilizados pelos sistemas de gerenciamento são exemplos bastante comuns do uso de domínios. Domínios são importantes porque as ações de gerenciamento podem ser aplicadas a todos os objetos gerenciáveis membros de um domínio ao mesmo tempo, não sendo necessário, então, repetir a mesma ação em cada objeto gerenciável, um a um. Domínios que necessitam ser rapidamente criados, utilizados e descartados são referenciados nesta dissertação de mestrado como domínios dinâmicos. Atualmente, na maioria dos sistemas de gerenciamento de redes não existem facilidades disponíveis para suportar o conceito desse tipo de domínios. Em relação aos aspectos de visualização, a apresentação visual de domínios deve ser realizada de forma adequada, visto que, atualmente, as GUIs estão presentes na maioria dos sistemas de gerenciamento. Entretanto, os processos de visualização de domínios utilizados pelos sistemas de gerenciamento atuais apresentam limitações em relação à configuração de características visuais dos domínios apresentados. Essas características são estáticas, não permitindo ao usuário, dessa forma, escolher como deseja visualizar um determinado domínio. Nesta dissertação de mestrado são apresentados a definição e o desenvolvimento de duas novas linguagens que têm por objetivo aperfeiçoar a criação e a visualização de domínios dinâmicos. A primeira linguagem é baseada em um modelo de informação do ambiente gerenciado e é utilizada para criar, de forma automatizada, novos domínios dinâmicos. Tal modelo de informação é formado por classes, atributos e relacionamentos entre as classes. A segunda linguagem, por sua vez, é usada para configurar características visuais dos domínios dinâmicos criados por meio da primeira linguagem. Esta dissertação apresenta, também, um protótipo desenvolvido para suportar as linguagens de criação e visualização de domínios dinâmicos criadas. A partir desse protótipo, é possível criar domínios dinâmicos relacionados a informações da rede de computadores utilizada, bem como personalizar a visualização dos domínios dinâmicos criados. Além disso, o protótipo possibilita, também, a obtenção de algumas informações dos membros dos domínios dinâmicos criados. O protótipo é baseado na Web e foi desenvolvido utilizando-se as tecnologias PRECCX, PHP, MySQL e SNMP. Como será visto ao final, as linguagens definidas e o protótipo desenvolvido mostram que o suporte a domínios dinâmicos objetivado pode ser efetivo e melhorar, sensivelmente, os processos de gerenciamento de redes. A integração da implementação desenvolvida junto ao ambiente QAME, por exemplo, permite atualmente que os administradores possam selecionar, através das linguagens, os equipamentos de uma rede com QoS que precisam ser configurados através do processo de aplicação de políticas original do QAME. / In the computer networks management context, domains are facilities used to group managed objects. The network maps presented in the management systems are the most common examples of the use of domains. Domains are important because the management actions can be applied to all managed objects that are members of a domain at the same time, not being necessary, then, to repeat the same action in each managed object one by one. Domains that need to be quickly created, used and discarded are referenced in this work as dynamic domains. Currently, in the majority of the available network management systems there are no proper facilities to support this type of domains. Concerning the visualization aspects, the domains visual presentation must be carried through of adjusted form, since, currently, the GUIs are present in the majority of the management systems. However, the domains visualization processes used by the current management systems present limitations related to the visual features configuration of the presented domains. These features are static, not allowing the user, this way, to choose how he or she desires to visualize one determined domain. This work presents the definition and the development of two new languages whose goals is to enhance the creation and the visualization of dynamic domains. The first language is based on a managed environment information model and is used to create, forming an automated fashion, new dynamic domains. Such information model is formed by classes, attributes and relationships between the classes. The second language, on its turn, is used to configure visual features of the dynamic domains created by the first language. This work also presents a prototype developed to support the defined dynamic domains creation and visualization languages. With this prototype it is possible to create dynamic domains based on the information of the computer network used, as well as customizing the visualization of the dynamic domains created. Moreover, the prototype makes possible the attainment of some members information of the dynamic domains created. The prototype is based on the Web and was developed using technologies as PRECCX, PHP, MySQL and SNMP. As will be seen in the end, the defined languages and the developed prototype shows that the desired dynamic domains support can be effective and improve, significantly, the network management processes. The integration of the implementation developed together to the QAME environment, for example, allows currently that the administrators can select, through the languages, the QoS network devices that need to be configured through the original policies application process of the QAME.
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Resolução de equações de Navier-Stokes em domínio não limitados através do método de Galerkin

Knackfuss, Rosenei Felippe January 1999 (has links)
Neste trabalho, apresenta-se o resultado da existência de soluções fracas em domínios não-limitados para as equações de Navier-Stokes, desde que a fronteira satisfaça uma certa condição de regularidade que é necessária para a obtenção de estimativas em domínios não-limitados semelhantes à desigualdade de Poincaré em domínios limitados. Apresenta-se o desenvolvimento detalhado do método de Galerkin para as equações de Navier-Stokes em domínios não-limitados com cálculo explícito de várias constantes e com forças externas não nulas. Apresenta-se dois teoremas fundamentais: um fornecendo condições para existência de soluções do problema estacionário e o outro fornecendo condições para existência de soluções do problema não-estacionário. / In the work it is presented results of existence of weak solutions in unbounded doroains for the Navier-Stokes equations. The roain condition to obtain similar results as those for bounded doroains; for e."'Carople the Poincaré inequality; is a certain condition of regularity at the boundary of the doroain. It is presented the detailed developroent of the Galerkin roethod for the t.he Navier-Stokes equations in unbounded doroains ~vith the explicit calculat ions of many constants and ''rith non null externai forces. It is presented two basic theorern: one presenting condition for the existence of solutions for the stationary problem and the other presenting conditions for existence of solution for the non stationary problem.
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COEFICIENTE DE FUJITA PARA PROBLEMAS PARAB OLICOS N~AO LINEARES EM DOM INIOS EXTERIORES COM A CONDIC ~AO DE NEUMANN NA FRONTEIRA

Limeira, Renata de Farias 31 January 2012 (has links)
Submitted by Etelvina Domingos (etelvina.domingos@ufpe.br) on 2015-03-06T18:43:00Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) tese-Renata-nova-versao.pdf: 536169 bytes, checksum: 1fea674508d3d11f7dea8c8c7cacccb8 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-06T18:43:00Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) tese-Renata-nova-versao.pdf: 536169 bytes, checksum: 1fea674508d3d11f7dea8c8c7cacccb8 (MD5) Previous issue date: 201 / CNPq / Obtemos uma estimativa para a fun c~ao de Green associada ao problema de valores iniciais e de fronteira associado a equa c~ao do calor em dom nios com fronteira Lipschitz compacta e condi c~ao de Neumann homog^enea na fronteira. Esta estimativa viabiliza o estudo de dois problemas parab olicos de valor inicial em dom nios exteriores com a condi c~ao de Neumann homog^enea na fronteira. O primeiro deles consiste de um sistema acoplado e o segundo trata-se da equa c~ao do calor n~ao linear com n~ao linearidade n~ao local no tempo. Estabelecemos a exist^encia de solu c~oes locais, globais e de solu c~oes n~ao globais para estes problemas, bem como determinamos o expoente cr tico de Fujita para ambos.
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Clock Synchronization in Computer Networks with Quality of Service

de Castro Callado, Arthur January 2003 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T15:58:39Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4665_1.pdf: 1244503 bytes, checksum: 9601c55f303bf34b27c25d55062533b9 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2003 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O Network Time Protocol (NTP) é um protocolo para sincronização de relógios de computadores em rede que tem quase duas décadas de existência e está em contínua evolução. Com algoritmos robustos para tratamento de fase e freqüência, com um bom disciplinador de relógio local e tendo implementações para as mais diversas plataformas e sistemas operacionais de computadores e equipamentos de rede, o NTP tornou-se um padrão de fato. Entretanto, esse protocolo ainda tem problemas que precisam ser solucionados para ser operacionalmente eficaz, pois seu desempenho depende de boas condições de rede para a troca das informações de sincronização, sofrendo bastante em caso de congestionamento. Devido a esses problemas, em vários países (incluindo o Brasil) esse protocolo é considerado inadequado para prover informação de horário de forma confiável, fazendo com que registros de hora em sistemas que o utilizam não tenham valor legal. Além disso, muitas aplicações necessitam de um sistema de controle de relógios confiável para funcionar corretamente (por exemplo, sistemas bancários e servidores de bancos de dados distribuídos). Isso obriga muitas empresas a utilizar sistemas legados tradicionais e mais caros para poder funcionar de forma correta e legal. Com o advento da Qualidade de Serviço em redes de computadores, esse problema pode ser abordado elegantemente e resolvido. Várias arquiteturas de Qualidade de Serviço foram propostas, mas a arquitetura de Serviços Diferenciados (DiffServ), devido a sua facilidade de implementação e ao fato de ter sido a mais estudada e implementada experimentalmente, mostrou-se a mais forte candidata à implantação mundial e no menor prazo. Essa arquitetura adequou-se bem ao problema de sincronização de relógios, embora a solução não seja trivial. Essa dissertação sugere um arcabouço para lidar com a sincronização de relógios através do NTP em domínios DiffServ com ou sem corretores de banda. Tendo-se Serviços Bem Definidos (Well Defined Services WDS) e baseado na idéia de que as aplicações devem conhecer o tipo de tratamento necessário ao seu tráfego, esse arcabouço consiste na adoção de políticas para o tratamento de tráfego NTP nos equipamentos de rede e na adoção de uma política para a marcação de pacotes por parte da aplicação. A proposta é validada com um estudo de caso feito com medição real do desempenho da aplicação sobre um ambiente de rede emulado
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Análise das seqüências do gene ompA de Chlamydia trachomatis isoladas do trato genital de mulheres inférteis e gestantes em Manaus – Amazonas.

Freitas, Norma Suely de Lima 28 August 2012 (has links)
Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-07-08T20:15:35Z No. of bitstreams: 1 Tese - Norma Suely de Lima Freitas.pdf: 8476174 bytes, checksum: b8e0fdb20a7b419aea33bc83321484fa (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-09T13:56:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Norma Suely de Lima Freitas.pdf: 8476174 bytes, checksum: b8e0fdb20a7b419aea33bc83321484fa (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-09T13:54:31Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Norma Suely de Lima Freitas.pdf: 8476174 bytes, checksum: b8e0fdb20a7b419aea33bc83321484fa (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-09T14:05:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Norma Suely de Lima Freitas.pdf: 8476174 bytes, checksum: b8e0fdb20a7b419aea33bc83321484fa (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-09T14:05:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - Norma Suely de Lima Freitas.pdf: 8476174 bytes, checksum: b8e0fdb20a7b419aea33bc83321484fa (MD5) Previous issue date: 2012-08-28 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Despite the high prevalence and the risks associated with Chlamydia trachomatis in Brazil and other countries, little is known about the distribution of genotypes in Brazil and the biological variability of this important transmitting agent of sexually transmitted diseases (STDs). The absence of an inquiry routine for C. trachomatis and effective treatments can cause serious complications and consequences for individuals as pelvic inflammatory disease, infertility, ectopic pregnancy and neonatal infections. Currently, C. trachomatis presents 19 serotypes A-C associated with trachoma, D-K responsible for urogenital infections and L1, L2 and L3, agents responsible for lymphogranuloma venereum syndrome. The MOMP, which is recognized as the immunodominant antigen encoded by the ompA gene displays a large area of nucleotide variation of four variable domains (VDI to VDIV). Studies suggest that mutations occur frequently among genotypes and that these mutations may indicate differences between the immunogenic MOMP genotypes of C. trachomatis. The present work aims to identify the genotypes from samples positive by PCR for C. trachomatis in women diagnosed with infertility and with pregnant women in the city of Manaus, Amazonas - Brazil, in addition to sequence and analyze the ompA gene. The study population consisted of 96 infertile women and 53 pregnant women. Genotyping was performed by the technique of Polymerase Chain Reaction (PCR) from the ompA gene sequence and the following genotypes were identified in pregnant women: D [50.0%], E [25.0%] and F [12.5%] and I [12.5%]. In infertile women genotypes were identified: E [16.7%] F [16,7%] and K [66,7%]. The frequency of genotype K and D found in this study are considered high (66,7%) and (50,0%) and for phylogenetic analysis, we found that the genotypes analyzed shares the same ancestor. It is suggested that these variations in the sequences of genotypes identified arise from point mutations, or possibly by VD recombination in MOMP. The VDII region showed to be the most variable in the sequences analyzed. / Apesar da alta prevalência e dos riscos associados à Chlamydia trachomatis no Brasil e outros países do mundo, pouco se conhece sobre a distribuição dos genótipos no Brasil e a variabilidade biológica deste importante agente transmissor de doenças sexualmente transmissíveis (DST). A ausência de uma investigação rotineira para C. trachomatis e tratamentos efetivos pode originar sérias complicações e conseqüências para os indivíduos como doença inflamatória pélvica, infertilidade, gravidez ectópica e infecções neonatais. Atualmente, a C. trachomatis apresenta 19 sorotipos: A-C associados ao tracoma, D-K responsáveis por infecções urogenitais e L1, L2 e L3, agentes responsáveis pela síndrome do linfogranuloma venéreo. A MOMP, reconhecida como o antígeno imunodominante codificado pelo o gene ompA, exibe uma extensa área de variação nucleotídica sendo por sua vez, conferido por quatro domínios variáveis (VDI a VDIV). Estudos sugerem que as mutações ocorrem frequentemente entre os genótipos e que essas mutações podem indicar diferenças imunogênicas entre as MOMP de genótipos de C. trachomatis. O presente trabalho tem por objetivo identificar os genótipos a partir de amostras positivas por PCR para C. trachomatis de mulheres com diagnóstico de infertilidade e em gestantes na cidade de Manaus, Amazonas – Brasil, além de sequenciar e analisar o gene ompA. A população de estudo consistiu de 96 mulheres inférteis e 53 mulheres gestantes. A genotipagem foi feita pela a técnica de Reação em Cadeia de Polimerase (PCR) a partir da seqüência do gene ompA e os seguintes genótipos foram identificados em gestantes: D [50,0%]; E [25,0%]; F [12,5%] e I [12,5%]. Em mulheres inférteis os genótipos identificados foram: E [16,7%], F [16,7,%] e K [66,7%]. A freqüência de genótipo K e D encontrada neste estudo são consideradas elevadas (66,7%) e (50,0%) e quanto à análise filogenética, verificamos que os genótipos analisados compartilham do mesmo ancestral. Sugere-se que as variações encontradas nas sequências dos genótipos identificados surgem dos pontos de mutação ou possivelmente pela recombinação dos VD na MOMP. A região VDII foi que mais apresentou variações nas seqüências analisadas.
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Aspectos prosódicos do português de Guiné-Bissau: a entoação do contorno neutro / Prosodic aspects of Portuguese of Guinea-Bissau: neutral contour intonation

Vinícius Gonçalves dos Santos 03 February 2015 (has links)
Este trabalho trata da descrição e da análise do fraseamento entoacional do contorno de sentenças declarativas neutras do português falado na Guiné-Bissau (PGB), no que se refere, especificamente, à investigação da relação entre atribuição de eventos tonais ao contorno entoacional e formação de domínios prosódicos. Além disso, faz-se a comparação dos resultados obtidos para o fraseamento entoacional dos dados do PGB com os resultados obtidos para o fraseamento entoacional já descritos em trabalhos anteriores para o português brasileiro (PB) e para o português europeu (PE). Os corpora utilizados para o desenvolvimento deste estudo derivam de dois tipos de discurso (sentenças de leitura e de fala espontânea). A descrição e a análise do fraseamento entoacional das sentenças declarativas neutras contidas nesses corpora é desenvolvido à luz da abordagem Autossegmental e Métrica da fonologia entoacional (PIERREHUMBERT, 1980; BECKMAN; PIERREHUMBERT, 1986; LADD, 1996, 2008; entre outros) e da Fonologia Prosódica (SELKIRK, 1984, 1986, 2000; NESPOR; VOGEL, 1986, 2007; entre outros) e com base em estudos prévios desenvolvidos nesses mesmos quadros teóricos e aplicados ao PB (CUNHA 2000; FROTA; VIGÁRIO 2000; TENANI 2002; FERNANDES, 2007a, 2007b; SERRA 2009; entre outros) e ao PE (GRØNNUM; VIANA, 1999; FROTA, 2000, 2002a, 2002b, 2003; VIGÁRIO, 2003; VIGÁRIO; FROTA, 2003; CRUZ, 2013; entre outros). Os resultados alcançados nesta dissertação revelam características entoacionais do PGB que são similares às encontradas nas demais variedades de português: (i) a frequente atribuição de acentos tonais a palavras fonológicas do contorno entoacional (característica também encontrada no contorno entoacional do PB); (ii) a associação obrigatória de um acento tonal à palavra fonológica cabeça do último sintagma fonológico do sintagma entoacional, seguido por um tom de fronteira associado à fronteira direita desse sintagma (assim como no PB e no PE); (iii) a correspondência do padrão do contorno nuclear do sintagma entoacional das declarativas neutras do PGB com os padrões do contorno nuclear desse mesmo sintagma das sentenças declarativas neutras do PB e das variedades do PE; (iv) a possibilidade de associação de acentos frasais a fronteiras de sintagmas fonológicos (evento tonal que é encontrado associado a sintagmas fonológicos desse mesmo tipo de sentenças em uma das variedades centro-meridionais do PE); e (v) a ocorrência de eventos tonais adicionais H associados a sílabas pretônicas de palavras fonológicas longas do contorno entoacional (semelhante aos tons adicionais encontrados associados a palavras fonológicas também longas no PB). / In this study, we investigate the intonation of neutral declarative sentences of Portuguese of Guinea-Bissau (GBP), with regarding to the investigation of the relation between tonal events assignment and prosodic domains formation. In addition, we compare the results obtained for the analysis of GBP data with the intonational patterns of neutral sentences described on previous works for Brazilian Portuguese (BP) and European Portuguese (EP). For this research, a corpus of two different speech styles (read sentences and spontaneous speech sentences) was used. For the description and analysis of intonational of neutral declarative sentences in this corpus we followed the Autosegmental Metrical aproach within the intonational phonology framework (PIERREHUMBERT, 1980; BECKMAN; PIERREHUMBERT, 1986; LADD, 1996, 2008; among others), the Prosodic Phonology framework (SELKIRK, 1984, 1986, 2000; NESPOR; VOGEL 1986, 2007; among others) and previous studies conducted on those theoretical frameworks and applied to BP (CUNHA; 2000; FROTA; VIGÁRIO, 2000; TENANI 2002; FERNANDES, 2007a, 2007b; SERRA 2009; among others) and EP (GRØNNUM; VIANA, 1999; FROTA, 2000, 2002a, 2002b, 2003; VIGÁRIO, 2003; FROTA; VIGÁRIO, 2003; CRUZ, 2013; among others). The results achieved in this work show that the intonation properties of GBP are similar to those found in the other varieties of Portuguese already studied. These properties are as follow: (i) frequent association of pitch accents with Phonological Words of intonation contour (tonal characteristic also found in BP); (ii) a pitch accent is obligatorily associated with the Phonological Word head of the last Phonological Phrase of a Intonation Phrase, followed by a boundary tone associated with the right edge of that Intonation Phrase (as in BP and EP); (iii) there is a matching in the nuclear contour of GPB neutral declarative sentences with the nuclear contour of BP and varieties of EP neutral declarative sentences; (iv) the possibility of phrasal accents to be associated with phonological phrases boundaries (the same possibility is found for one of the center-southern varieties of EP); and (v) the possibility of H tones to be associated with pretonic syllables of long Prosodic Words (as in BP).
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O padrão entoacional das sentenças interrogativas da variedade paulista do português brasileiro / The intonational pattern of interrogative sentences of the Paulista variety of Brazilian Portuguese

Carolina Carbonari Rosignoli 26 June 2017 (has links)
Este trabalho trata da descrição e da análise do contorno entoacional total de sentenças interrogativas globais e parciais, neutras e não-neutras, da variedade paulista do português brasileiro (PB). Investigamos a relação entre a associação de eventos tonais ao contorno entoacional dessas sentenças e a formação de domínios prosódicos. Nosso objetivo é identificar padrões entoacionais que codifiquem prosodicamente o significado pragmático dos diferentes tipos de sentenças interrogativas do PB. Partimos da hipótese de que o contorno entoacional total tem papel fundamental na codificação de significados pragmáticos, além do contorno nuclear. Em nosso trabalho, utilizamo-nos de corpora de fala controlada obtida em tarefa de leitura de sentenças interrogativas antecedidas por contextos propícios à produção de diferentes tipos frásicos interrogativos e de fala semicontrolada obtida em tarefa de leitura de mapa em dupla. A descrição e a análise prosódica das sentenças interrogativas de nossos corpora foram feitas à luz da visão integrada entre a abordagem Autossegmental e Métrica da Fonologia Entoacional (Pierrehumbert 1980; Pierrehumbert & Beckman 1988; Ladd 1996, 2008; Jun 2005/2014; entre outros) e a Fonologia Prosódica (Selkirk 1984, 1986, 2000; Nespor & Vogel 1986, 2007). Levamos em conta, para o desenvolvimento das análises desta investigação, os trabalhos desenvolvidos nesse mesmo quadro teórico e aplicados ao português (Frota & Vigário 2000; Tenani 2002; Fernandes 2007a, 2007b, Serra 2009, Toneli 2014; e, mais especificamente para sentenças interrogativas, Moraes 2008, Truckenbrodt, Sandalo & Abaurre 2009, Castelo 2011, 2016 e Frota et. al. 2015a). Os resultados obtidos a partir de nossa investigação revelam que (i) de maneira geral, o contorno nuclear das sentenças interrogativas da variedade paulista do PB tem um padrão ascendente-descendente; (ii) o contorno entoacional total tem papel importante na codificação do significado pragmático da interrogação; (iii) há características prosódicas especiais associadas ao contorno entoacional total que correspondem a significados pragmáticos específicos, como, por exemplo: (a) a marcação prosódica de foco e ênfase que varia a depender do significado pragmático associado à marcação de foco e ênfase nos diferentes tipos frásicos; (b) a associação de downstep ao contorno nuclear de sentenças interrogativas neutras; (c) a associação de upstep marcando o elemento enfático em sentenças interrogativas antiexpectativa; (d) o rebaixamento da gama de variação tonal no trecho do contorno entoacional correspondente à primeira palavra prosódica e o contorno nuclear em sentenças interrogativas retóricas; (e) as diferenças quanto à densidade tonal em sentenças interrogativas neutras e não-neutras; entre outras características prosódicas especiais associadas a significados pragmáticos específicos. Tais resultados revelam o cumprimento dos objetivos da pesquisa e confirmam nossa hipótese inicial de trabalho. / This study aims to describe the intonational contour of global and partial, neutral and non-neutral interrogative sentences of the Paulista variety of Brazilian Portuguese (BP). We investigate the relation between tonal events assignment and the formation of prosodic domains. Our goal is to find intonational patterns that codigy pragmatic meaning of different clause types of BP interrogative sentences. Our hypothesis is that the total contour has a fundamental role in codifying pragmatic meaning, besides the nuclear contour. In our work, the corpora analyzed includes controlled speech data obtained in a reading task that exposed interrogative sentences along with context to elicit the production of interrogatives with different pragmatic meanings and semicontrolled speech data recorded in a map task. The description and the prosodic analysis of the intonational phrasing of the interrogative sentences of our corpora were developed according to an integrated view of the Autossegmental Metrical approach within the framework of Intonational Phonology (Pierrehumbert 1980; Pierrehumbert & Beckman 1988; Ladd 1996, 2008; Jun 2005/2014; entre outros) and the Prosodic Phonology framework (Selkirk 1984, 1986, 2000; Nespor & Vogel 1986, 2007). Our analysis take into account previous works developed in this same framework and applied to Portuguese (Frota & Vigário 2000; Tenani 2002; Fernandes 2007a, 2007b, Serra 2009, Toneli 2014; and, more specifically regarding interrogative sentences, Moraes 2008, Truckenbrodt, Sandalo & Abaurre 2009, Castelo 2011, 2016 e Frota et. al. 2015a). The results achieved through this investigation reveal that (i) in general, the nuclear contour of interrogative sentences of the Paulista variety of BP show a rising-falling pattern; (ii) the total contour plays an important role in conveying pragmatic meaning of questions; (iii) there are special prosodic characteristics assigned to the total contour that correspond to specific pragmatic meaning, such as: (a) focus and emphasis marking that varies depending on the pragmatic meaning associated with different phrase types; (b) downstep association to the nuclear contour in neutral interrogative sentences; (c) upstep association to the emphatic element in counter expectation sentences; (d) lower tessiture of the range of variation in the portion of the intonational contour corresponding to the first prosodic word and the nuclear contour in rhetoric questions; (e) differences in tonal density between neutral and non-neutral sentences; among other prosodic characteristics associated with specific pragmatic meaning. These results confirm lead us to achieve our objectives and confirm our main hypothesis.

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