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Proteomic analysis of clathrin-coated vesicles and functional characterization of the mammalian DnaJ domain-containing protein receptor-mediated endocytosis 8Girard, Martine January 2008 (has links)
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Implication du trafic des endosomes de recyclage et de la dynamique de l'actine dans la communication inter-organelle au cours de la mort cellulaire programmée : la protéine E4orf4 de l'adénovirus comme modèle d'étudeLandry, Marie-Claude 17 April 2018 (has links)
Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2010-2011 / Les mécanismes de mort cellulaire programmée (MCP), dont l'apoptose est le mieux caractérisé, assurent l'élimination des cellules qui sont potentiellement dangereuses pour l'organisme. Or, l'acquisition de lésions génétiques touchant des régulateurs clefs de l'apoptose contribue à la transformation cellulaire et à la résistance face à plusieurs thérapies anticancéreuses. Les travaux présentés dans cette thèse visent une meilleure compréhension des mécanismes alternatifs de MCP qui opèrent sélectivement dans les cellules cancéreuses. La protéine E4orf4 de 1'adenovirus humain active un tel mécanisme de MCP qui est indépendant des caspases et insensible à la surexpression de BCL-2. Au début de mon doctorat, les données indiquaient que l'activité toxique de E4orf4 reposait sur une modulation de l'activité des kinases de la famille Src (Src family kinases, SFKs) menant à des changements de la dynamique de l'actine régulés par les Rho GTPases. Notamment, il était établi que Cdc42 était activé par E4orf4 et stimulait la polymérisation de l'actine au niveau des endosomes de recyclage (ERs). En se basant sur ces données, l'objectif de cette thèse était d'étudier l'impact des changements de l'actine régulés par Cdc42 sur le trafic des ERs et les conséquences sur la dynamique des organelles impliquées dans la signalisation de la MCP. Mes résultats ont mis en évidence une voie de signalisation dépendante des SFKs Src et Yes, de Cdc42 et de Rabl la qui stimule le transport rétrograde des ERs au Golgi et inhibe le recyclage de cargos à la membrane plasmique. Une telle mobilisation des ERs au Golgi est associée à des changements de la dynamique du Golgi, lesquels sont requis pour la progression du signal de mort cellulaire et mènent à une fragmentation du Golgi. Ce processus a également été impliqué dans la mort cellulaire induite par la staurosporine en présence d'inhibiteurs de caspases, suggérant un rôle conservé dans les mécanismes alternatifs de mort cellulaire. Mes travaux ont aussi suggéré que les changements observés dans le transport endosomal et la dynamique du Golgi influence la dynamique des mitochondries en inhibant la fusion mitochondriale, laquelle est normalement requise pour le métabolisme énergétique et la survie cellulaire. En somme, mes travaux ont identifié une nouvelle voie de signalisation qui est activée en réponse au stress et qui est impliquée dans la communication inter-organelle via la mobilisation des ERs vers diverses organelles.
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Étude comparative de combinaisons de peptides pour la livraison de protéines dans les cellules de mammifèresLepetit-Stoffaes, Jean-Pascal 18 April 2019 (has links)
Encore aujourd'hui, l’expression de protéines recombinantes dans les cellules de mammifères se fait principalement par transfection d’acides nucléiques codant pour cette protéine. Or, une alternative, la livraison directe de protéines, suscite un intérêt grandissant depuis près de trente ans, avec la découverte de séquences peptidiques ayant la capacité de pénétrer les cellules et de déstabiliser les membranes. Ainsi, des stratégies de livraison de protéines employant ces peptides se sont détachées des systèmes synthétiques tels que les polymères et les lipides cationiques. Parmi ces peptides, on retrouve notamment, d’une part, les peptides de pénétration cellulaire (Cell Penetrating Peptides - CPP) qui sont capables d’amener une protéine liée dans la cellule par endocytose, mais peinent à franchir la barrière endosomale ; d'autre part, des peptides de fuite des endosomes (Endosomal Leakage Domains - ELD), permettant de déjouer ce goulot d’étranglement de la livraison. Cette thèse s'intéresse principalement à l’étude de la livraison de protéines via la combinaison de CPP et d’ELD. Une avenue d'intérêt qui a été identifiée consiste à co-incuber les cellules avec différentes combinaisons d'un mélange de ces peptides avec la protéine à livrer, sans liaison covalente. Ainsi, les peptides CPP-ELDs ont permis de livrer la protéine fluorescente GFP seule, mais aussi la GFP fusionnée à un domaine d’importation nucléaire qui a pu rejoindre le noyau de divers types cellulaires. En particulier, le peptide 6His-CM18-PTD4 a été particulièrement investigué pour la livraison de diverses protéines d’intérêt. 6His-CM18-PTD4 a permis la livraison du facteur de transcription HoxB4 ainsi que des nucléases Cas9 et Cpf1 pour réaliser leur fonction d’édition génomique. Les propriétés et mécanismes de livraison des CPP-ELDs ont été étudiés. Ainsi, des mécanismes d’endocytose et de translocation directe vers le cytoplasme ont été identifiés et étudiés. La répartition entre ces voies d’entrée cellulaire peut varier suivant la nature du peptide CPP-ELD ou de divers facteurs de livraison tels que sa concentration. Globalement, les mécanismes de livraison ont été étudiés par l’emploi de la protéine GFP et d’autres sondes fluorescentes (calcéine, FITC-dextranes). Les CPP-ELDs sont capables de livrer des molécules de petite taille (600 Da) jusqu’à des poids moléculaires importants (250 kDa). Cette capacité à livrer de grandes protéines a été validée par l’entrée cellulaire des nucléases Cas9 et Cpf1, ainsi que d’anticorps. L’analyse de la composition ainsi que des structures secondaires supposées a permis d’identifier des critères nécessaires pour l’efficacité de livraison dans les cellules de mammifères pour des applications de recherche et thérapeutiques. / The expression of proteins in mammalian cells is still today mostly done by transfection of nucleic acids coding for the protein. An alternative, the direct delivery of proteins, has roused a growing interest for the past thirty years, since the discovery of peptide sequences with the capacity to penetrate the cells and destabilize the membranes. Thereby, strategies of protein delivery associating these peptides to the cargo protein differentiate from synthetic systems like cationic polymers and lipids. Among these peptides are found Cell Penetrating Peptides (CPP), which are able to bring a linked protein to the cell by endocytosis, but lack to cross the endosomal barrier. We also find peptides, which permit the endosomal escape of a cargo, the Endosomal Leakage Domains (ELD), in order to evade this bottleneck. This thesis is interested in the study of protein delivery, by means of the combination of CPP and ELD. An identified way of interest consists in co-incubating the mammalian cells with different combinations of a mix of these peptides with the protein to be delivered, without covalent link. Thereby, the CPP-ELDs permitted the delivery of the GFP fluorescent protein alone, as well as the GFP in fusion with a nuclear localization domain, which was found in the nuclei of several cellular types. In particular, the 6His-CM18-PTD4 peptide has been notably investigated for the delivery of various proteins. It enabled the delivery of the HoxB4 transcription factor, as well as the Cas9 and Cpf1 nucleases to realize their genome editing function. The properties and mechanisms of CPP-ELDs have been studied. Therefore, the endocytosis mechanism and the direct translocation to the cytoplasm have been identified and studied. The balance between these cellular pathways can vary depending on the nature of the CPP and the ELD, and on the delivery factors such as the peptide concentration. Overall, the delivery mechanisms have been studied by using GFP protein, and other fluorescent probes (calcein and FITC-Dextrans). The CPP-ELDs are able to deliver small size molecules (600 Da) to molecules with high molecular weight (250 kDa). The capacity to deliver big proteins has been confirmed by the cellular entry of the Cas9 and Cpf1 nucleases, but also with antibodies. The analysis of the biochemical properties and assumed secondary structures allowed identifying several criteria required for the efficient delivery in mammalian cells, for discovery and therapeutic applications.
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Le rétromère : une nouvelle cible des kinases Src dans le transport polarisé et l'invasion tumoraleJetté, Alexandra 23 April 2018 (has links)
Tableau d'honneur de la Faculté des études supérieures et postdorales, 2015-2016 / Src régule le remodelage du cytosquelette d’actine et les propriétés invasives des cellules. Une régulation spatio-temporelle du transport endosomal polarisé est nécessaire pour ces fonctions et le rétromère, un substrat de Src, est un élément crucial de ce trafic. Nous avons postulé que le rétromère pourrait moduler le transport requis pour le remodelage cellulaire et la migration induits par Src. Nous montrons qu’une perte de fonction du rétromère dans des cellules épithéliales exprimant v-Src mène à la formation d’invadosomes désorganisés et anormalement stables, mais toujours aptes à dégrader la matrice extracellulaire. Dans un modèle de cellules cancéreuses, une perte de fonction du rétromère diminue la migration en affectant la polarisation et la directionalité des cellules, mais augmente la migration trans-endothéliale. Nos résultats suggèrent un rôle pour le rétromère en aval de Src dans le remodelage de l’actine, la polarité, la migration cellulaire et l’invasion, possiblement par la phosphorylation du rétromère. / Src-family kinases (Src) modulate actin cytoskeleton remodeling and tumor cell invasive properties. Directional endosomal trafficking needs to be regulated in time and space to support these processes, but little is known on the mechanisms involved. The retromer, a Src kinase target, is emerging as a key player of endosomal recycling. We postulated that the retromer could modulate the polarized trafficking of endosomes required to support Src-induced cell remodeling and migration. We show that retromer loss of function caused the assembly of disorganized, more stable invadosomes in epithelial cells expressing v-Src, which were nevertheless able to degrade extracellular matrix. In a cancer cell model, inhibition of retromer function reduced cell migration by affecting polarization and directionality of cells, but promoted transendothelial cancer cell migration. The results thus suggest the existence of a phosphorylation-regulated function for the retromer downstream of Src in actin remodeling, cell polarity, cell migration and invasion.
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Interaction de Tau avec la petite GTPase Rab5Morisse, Grégoire M. 07 1900 (has links)
La protéine Tau joue un rôle essentiel dans les neurones, notamment par ses
interactions avec les éléments du cytosquelette. Des études récentes ont également montré
que Tau était impliquée dans la motilité des organelles le long des microtubules axonaux.
Dans ce mémoire de Maîtrise, nous avons démontré par recouvrement sur gel une
nouvelle interaction in vitro pour Tau avec la petite GTPase Rab5, qui est impliquée dans
l’endocytose précoce. De plus, nous avons montré que Tau et Rab5 immuno-précipitaient
sur une même population de vésicules in vivo. La sur-expression de Tau dans des neurones
primaires de l’hippocampe nous a permis de montrer que Tau et Rab5 avaient une
distribution similaire dans l’axone des neurones, suggérant un rôle de Tau dans l’ancrage
des endosomes précoces sur les microtubules. Par contre, à la différence de ce qui a pu être
observé dans certaines études, la sur-expression de Tau n’a pas inhibé le transport axonal
des endosomes précoces. Enfin, nous avons montré que Tau interagissait préférentiellement
avec la Rab5 active liée au GTP et des résultats préliminaires nous laissent penser que Tau
serait un effecteur ou une GAP pour Rab5.
Dans les tauopathies, la Tau devient hyperphosphorylée, décroche des microtubules
axonaux et forme des agrégats dans le corps cellulaire du neurone. Ces modifications
biochimiques et de localisation de la protéine Tau pourraient être la source d’une perte
d’interaction de la Tau avec Rab5 et être responsable de certaines atteintes neurologiques
observées dans les tauopathies. / Tau protein plays an essential role in neurons, in particular in its interactions with
cytoskeletal elements. Recent studies have shown that Tau was also regulating organelles
motility along axonal microtubules.
In this work, using far-western blot, we have shown a new in vitro interaction for
Tau with the small GTPase Rab5, a protein implicated in early endocytosis. Furthermore,
we have shown that Tau and Rab5 were immuno-precipited on a same pool of vesicles in
vivo. Over-expression of Tau in primary hippocampal neurons have shown that Tau and
Rab5 have a similar distribution in axons, suggesting that Tau plays a role as an anchor
protein for early endosomes onto microtubules. In contrast to what has been shown earlier
in other studies, Tau did not blocked axonal transport of early endosomes. Finally, we have
shown that Tau was interacting preferentially with the active form of Rab5 bound to GTP
and preliminary results suggest that Tau would be an effector or a GAP for Rab5.
In tauopathies, Tau become hyperphosphorylated, loose its affinity with axonal
microtubules and form aggregates in the cell body of the neuron. This biochemicals
modifications and relocalisation of Tau protein might be responsible for a loss of
interaction between Tau and Rab5 and consequently of some of the neuropathological
symptoms observed in tauopathies.
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Interaction de Tau avec la petite GTPase Rab5Morisse, Grégoire M. 07 1900 (has links)
La protéine Tau joue un rôle essentiel dans les neurones, notamment par ses
interactions avec les éléments du cytosquelette. Des études récentes ont également montré
que Tau était impliquée dans la motilité des organelles le long des microtubules axonaux.
Dans ce mémoire de Maîtrise, nous avons démontré par recouvrement sur gel une
nouvelle interaction in vitro pour Tau avec la petite GTPase Rab5, qui est impliquée dans
l’endocytose précoce. De plus, nous avons montré que Tau et Rab5 immuno-précipitaient
sur une même population de vésicules in vivo. La sur-expression de Tau dans des neurones
primaires de l’hippocampe nous a permis de montrer que Tau et Rab5 avaient une
distribution similaire dans l’axone des neurones, suggérant un rôle de Tau dans l’ancrage
des endosomes précoces sur les microtubules. Par contre, à la différence de ce qui a pu être
observé dans certaines études, la sur-expression de Tau n’a pas inhibé le transport axonal
des endosomes précoces. Enfin, nous avons montré que Tau interagissait préférentiellement
avec la Rab5 active liée au GTP et des résultats préliminaires nous laissent penser que Tau
serait un effecteur ou une GAP pour Rab5.
Dans les tauopathies, la Tau devient hyperphosphorylée, décroche des microtubules
axonaux et forme des agrégats dans le corps cellulaire du neurone. Ces modifications
biochimiques et de localisation de la protéine Tau pourraient être la source d’une perte
d’interaction de la Tau avec Rab5 et être responsable de certaines atteintes neurologiques
observées dans les tauopathies. / Tau protein plays an essential role in neurons, in particular in its interactions with
cytoskeletal elements. Recent studies have shown that Tau was also regulating organelles
motility along axonal microtubules.
In this work, using far-western blot, we have shown a new in vitro interaction for
Tau with the small GTPase Rab5, a protein implicated in early endocytosis. Furthermore,
we have shown that Tau and Rab5 were immuno-precipited on a same pool of vesicles in
vivo. Over-expression of Tau in primary hippocampal neurons have shown that Tau and
Rab5 have a similar distribution in axons, suggesting that Tau plays a role as an anchor
protein for early endosomes onto microtubules. In contrast to what has been shown earlier
in other studies, Tau did not blocked axonal transport of early endosomes. Finally, we have
shown that Tau was interacting preferentially with the active form of Rab5 bound to GTP
and preliminary results suggest that Tau would be an effector or a GAP for Rab5.
In tauopathies, Tau become hyperphosphorylated, loose its affinity with axonal
microtubules and form aggregates in the cell body of the neuron. This biochemicals
modifications and relocalisation of Tau protein might be responsible for a loss of
interaction between Tau and Rab5 and consequently of some of the neuropathological
symptoms observed in tauopathies.
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Identification de protéines SNARE de l'exocytose des endosomes de recyclage dans les dendrites neuronales / Identification of the SNARE proteins involved in the postsynaptic membrane traffickingKrapivkina, Julia 29 November 2016 (has links)
Le trafic membranaire est un processus universel qui est essentiel pour la fonction neuronale dans un large spectre de fonctions. De la croissance neuronale et le développement morphologique à la libération des neurotransmetteurs et la plasticité synaptique, il prend en charge l'activité neuronale et donne d'innombrables questions qui animent la recherche sur la neurobiologie d'aujourd'hui. Notamment, l’exocytose des endosomes de recyclage (ER) dans les compartiments somatodendritiques participe à la transmission synaptique et à la potentialisation synaptique à long terme (PLT). Cependant la machine moléculaire sous-tendant l’exocytose des ER reste encore méconnue. Afin d’identifier les protéines SNAREs vésiculaires (v-SNARE) impliquées dans les différentes formes d’exocytose des ER postsynaptiques, nous avons d'abord imagé les protéines VAMP neuronales fusionnées avec la pHluorine, une GFP mutée sensible au pH dans les neurones de l’hippocampe en culture. Nous avons constaté que seulement VAMP2 et VAMP4, mais pas VAMP7, rapportaient des événements d’exocytose somatodendritique dans les neurones matures. Après avoir identifié ces deux protéines candidates, nous avons utilisé la combinaison de différentes techniques de régulation négative chronique ou aiguë pour désactiver leur fonction et observer les conséquences sur l’exocytose des ER, la transmission synaptique basale ou la PLT. Nos résultats suggèrent que VAMP2 est impliqué dans une forme d’exocytose régulée importante pour la PLT, mais pas l’exocytose constitutive des récepteurs AMPA, qui stabilise la transmission basale. VAMP4 est nécessaire pour l'exocytose constitutive d'une grande partie des endosomes, mais l'implication fonctionnelle de ces endosomes doit encore être explorée, car la régulation négative de VAMP4 ne modifie pas la transmission basale. / Membrane trafficking is a universal process that is essential for neuronal function in a wide spectrum of applications. From neuronal growth and morphological development to neurotransmitter release and synaptic plasticity, it supports neuronal activity and gives countless questions that drive today’s neurobiology research. Notably, the trafficking of recycling endosomes (REs) in somatodendritic compartments participates in synaptic transmission and plasticity, such as long-term synaptic potentiation (LTP). However, the fusion machinery mediating RE exocytosis is still unclear. To identify the vesicular SNAREs (v-SNAREs) involved in different forms of postsynaptic RE exocytosis, we first imaged neuronal VAMP proteins fused with pH-sensitive pHluorin in cultured hippocampal neurons, and found that only VAMP2 and VAMP4, but not VAMP7, underwent somatodendritic exocytosis in mature neurons. After identifying these two candidate proteins, we used a combination of different downregulation techniques to chronically or acutely deactivate their function and observe consequences on REs exocytosis, basal synaptic transmission and LTP. Our results suggest that VAMP2 is involved in activity-regulated exocytosis important for LTP, but not constitutive postsynaptic AMPARs exocytosis, supporting basal transmission. VAMP4 is required for constitutive exocytosis of at least a large proportion of REs, but the functional implication of these endosomes still need to be explored, as VAMP4 downregulation did not alter basal synaptic transmission.
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Caractérisation du rôle de BAD-LAMP comme chaperonne des "Toll like receptors" au sein des cellules dendritiques plasmacytoïdes humaines / Characterization of the role of BAD-LAMP as a chaperone of "Toll like receptors" in human plasmacytoid dendritic cellsCombes, Alexis 07 October 2016 (has links)
Les cellules dendritiques plasmacytoïdes humaines (pDCs) ont été montrées comme les principales cellules productrices d'interférons de type I (IFN) suivant une stimulation de leurs récepteurs TLRs intracellulaires. Après activation, les pDCs contrôlent la localisation subcellulaire de ces TLRs menant à une production séquentielle de cytokines. Une première vague d’IFN due la voie IRF dans les endosomes précoces, suivi de la production des cytokines pro-inflammatoires due à la voie NfκB dans les endosomes tardifs. BAD-LAMP/LAMP5, membre de la famille des protéines LAMP, spécifique du cerveau chez la souris est également exprimée par les pDCs humaines. Nous révélons ici le rôle de BAD-LAMP dans la régulation du transport de TLR9 dans les pDCs. Suite à une stimulation par CpG, BAD-LAMP et TLR9 atteignent des endosomes spécialisés dans la signalisation IRF VAMP3+. Le blocage de BAD-LAMP altère le transport intracellulaire de TLR9 par sa rétention dans les endosomes VAMP3+. Alors que l’expression ectopique de BAD-LAMP accélère le transport de TLR9 dans les lysosomes LAMP1+. La rétention dans les compartiments VAMP3+ impact directement la signalisation TLR9, en augmentant la production IFN et en diminuant celle du TNFα. De plus, nous avons démontré que BAD-LAMP est régulée négativement par l’IFN. A l’inverse, les pDCs traitées avec des surnageants tumoraux ainsi que les pDCs infiltrant les tumeurs mammaires présentent à la fois un défaut dans la production d'IFN et un maintien de l’expression de BAD-LAMP. BAD-LAMP est donc un régulateur essentiel du transport de TLR9 dans les pDCs humaines qui traduit l’efficacité de la signalisation TLR9 dans des conditions pathologiques. / Human plasmacytoïd dendritic cells (pDCs) have been shown to be the principal producer of type-I interferons (IFNs) following intracellular TLRs stimulation. Upon activation, pDCs tightly control TLRs sub-cellular localization in specialized endosomes, leading to sequential programs of cytokines production: a first rapid wave of type-I IFN, due to IRF signalling from early endosomes, followed by pro-inflammatory cytokines production, dependent on NfκB signalling from late endosomal compartments. BAD-LAMP/LAMP5, an atypical member of the LAMP protein family, is brain specific in mice. In Human, BAD-LAMP is also expressed in pDCs. We reveal here a novel step of TLR regulation mediated by BAD-LAMP, that controls TLR9 access to, and signalling from, specialized subsets of endosomes in human pDCs. Upon CpG stimulation, BAD-LAMP and TLR9 follow a common endocytic sorting step, in order to reach early, IRF-signalling, VAMP3+ endosomes. BAD-LAMP silencing alters TLR9 traffic and promotes its retention in VAMP3+ endosomes, while ectopic BAD-LAMP expression triggers accelerated TLR9 transport to LAMP1+ lysosomes. Retention in VAMP3+ endosomes impacts directly on TLR9 signalling by increasing IFN production and decreasing TNFα. Importantly, we found that BAD-LAMP expression is down-regulated by IFN exposure. Conversely, pDCs treated with tumour supernatants or pDCs infiltrating human breast tumors, present both sustained BAD-LAMP expression, and defect in IFN production. BAD-LAMP is therefore an essential regulator of TLR9 transport in human pDCs and a marker of TLR9 signalling efficiency under pathological conditions.
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A protease of the subtilase family negatively regulates plant defence through its interaction with the Arabidopsis transcription factor AtMYB30 / Une protéase de la famille des subtilases régule négativement les réactions de défense à travers son interaction avec le facteur de transcription d’Arabidopsis AtMYB30Buscaill, Pierre 12 February 2016 (has links)
Les réactions de défense végétales sont souvent associées au développement de la réponse hypersensible (HR), une forme de mort cellulaire programmée qui confine l'agent pathogène au niveau du site d'infection. La frontière nette de la HR suggère l'existence de mécanismes efficaces qui contrôlent la frontière entre mort cellulaire et survie. Le facteur de transcription d'Arabidopsis AtMYB30 régule positivement la HR et les réponses de défense de la plante en augmentant la synthèse des acides gras à très longue chaîne (VLCFA) après infection bactérienne. L'activité d’AtMYB30 est étroitement contrôlée à l'intérieur des cellules végétales par des interactions protéine-protéine et des modifications post-traductionnelles. Au cours de mes travaux de thèse, nous avons identifié une protéase de la famille des subtilases (AtSBT5.2) en tant que partenaire protéique d’AtMYB30. Chose intéressante, nous avons montré que le transcrit d’AtSBT5.2 est épissée de façon alternative, conduisant à la production de deux produits de gènes distincts codant soit pour une isoforme sécrétée [AtSBT5.2 (a)] soit une isoforme intracellulaire [AtSBT5.2 (b)]. L'interaction spécifique d’AtMYB30 avec AtSBT5.2(b), mais pas avec AtSBT5.2(a), conduit à une rétention d’AtMYB30 à l'extérieur du noyau au sein de petites vésicules intracellulaires. Des plantes d’Arabidopsis mutantes atsbt5.2, ne montrant ni expression d’AtSBT5.2(a) ni d’AtSBT5.2(b), présentent des réactions de défense et de HR accrues. Ce phénotype étant abolie dans un fond génétique mutant atmyb30, AtSBT5.2 est donc un régulateur négatif de la résistance aux maladies induites par AtMYB30. Fait important, la surexpression de l’isoforme AtSBT5.2(b), mais pas celle de l’isoforme AtSBT5.2(a), dans le fond mutant atsbt5.2 rétablit les phénotypes présentés par les plantes mutantes atsbt5.2, ce qui suggère qu’AtSBT5.2(b) réprime spécifiquement la réponse de défense induite par AtMYB30. / Plants defence responses are often associated with the development of the so-called hypersensitive response (HR), a form of PCD that confines the pathogen to the infection site. The sharp boundary of the HR suggests the existence of efficient mechanisms that control cell death and survival. The Arabidopsis transcription factor AtMYB30 positively regulates plant defence and HR responses by enhancing the synthesis of sphingolipid-containing Very Long Chain Fatty Acids (VLCFA) after bacterial infection. The activity of AtMYB30 is tightly controlled inside plant cells through protein-protein interactions and post-translational modifications. During my PhD, we identified a protease of the subtilase family (AtSBT5.2) as a AtMYB30-interacting partner. Interestingly, we have shown that the AtSBT5.2 transcript is alternatively spliced, leading to the production of two distinct gene products that encode either a secreted [AtSBT5.2(a)] or an intracellular [AtSBT5.2(b)] protein. The specific interaction between AtMYB30 and AtSBT5.2(b), but not AtSBT5.2(a), leads to AtMYB30 specific retention outside of the nucleus in small intracellular vesicles. atsbt5.2 Arabidopsis mutant plants, in which both AtSBT5.2(a) and AtSBT5.2(b) expression was abolished, displayed enhanced HR and defence responses. The fact that this phenotype is abolished in an atmyb30 mutant background suggests that AtSBT5.2 is a negative regulator of AtMYB30-mediated disease resistance. Importantly, overexpression of the AtSBT5.2(b), but not the AtSBT5.2(a), isoform in the atsbt5.2 mutant background reverts the phenotypes displayed by atsbt5.2 mutant plants, suggesting that AtSBT5.2(b) specifically represses AtMYB30-mediated defence.
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Biologie cellulaire des endosomes IRAP+ dans les cellules dendritiques / Cell biology of IRAP+ endosomes in dendritic cellsBabdor, Joël 20 October 2014 (has links)
Par leur activité permanente à l’état basal et en situation infectieuse, les cellules dendritiques (DC) de l’organisme orchestrent la tolérance du soi et l’élimination du non-soi, en façonnant les réponses immunes. Ce rôle immunologique complexe des DC repose en grande partie sur des mécanismes de biologie cellulaire spécifiques, qui font l’objet d’un effort considérable de caractérisation. Le travail réalisé au cours de cette thèse met en lumière une sous-population endosomale jouant un rôle clé dans les processus cellulaires de modulation de l’immunité par les DC : les endosomes IRAP+ (insulin responsive aminopeptidase). Etudiée dans différents contextes biologiques depuis 1930, IRAP s’est récemment révélée être impliquée dans l’apprêtement endo-phagosomal des antigènes exogènes par les DC, en vue de leur présentation croisée aux lymphocytes T (Saveanu et al., 2009; Weimershaus et al., 2012). Cette découverte a attiré notre attention sur les endosomes IRAP+/RAB14+ peu étudiés dans les DC. Ce travail étudie la place des endosomes IRAP dans la biologie cellulaire des DC ainsi que le rôle de ces endosomes dans les fonctions biologiques des DC. Nous avons étudié l’influence des endosomes IRAP sur les autres compartiments cellulaires et démontré leur implication dans un système endolysosomal de régulation de la réponse inflammatoire aux pathogènes. Nous avons également étudié l’impact de IRAP sur les processus de maturation des phagosomes et montré leur influence sur les processus subséquent d’élimination des pathogènes et de présentation croisée. Les endosomes IRAP+ sont donc mis en jeu dans la modulation de la maturation phagosomale et de l’inflammation, mais également dans l’optimisation de la présentation des antigènes aux lymphocytes T ; trois processus qui reposent sur une régulation fine de la compartimentation intracellulaire. L’ensemble des résultats de cette thèse définit les endosomes IRAP+ comme un des acteurs majeurs de la « régulation compartimentée » des processus cellulaires des DC, au cœur de la machinerie qui régit les équilibres de l’immunité. / Dendritic cells (DC) are central in immune system. They are permanently active in the organism at steady state and during infection, where they orchestrate tolerance against self and immunity against non-self, such a complex immunological role relies on specific cell biology mechanisms. These mechanisms are currently extensively studied. This work sheds light on a new endosomal compartment playing a crucial role in immunity modulation: IRAP (insulin responsive aminopeptidase)-containing endosomes. Studied in various contexts since 1930, IRAP was recently revealed to be required for exogenous antigen processing in endophagosomal compartment of DC and subsequent cell surface presentation to T lymphocytes (Saveanu et al., 2009; Weimershaus et al., 2012). This discovery prompted us to study IRAP+ endosomes that are poorly described in DC. This work studies IRAP-containing endosomes in DC compartments and questions their specific contribution in DC biological functions. We therefore investigated IRAP-containing endosomes relationship to other cellular compartments and demonstrated their requirement in an endolysosomal regulation system controlling pathogen related inflammation. We also studied the implication of IRAP-containing endosomes on phagosomes maturation and showed their influence on pathogen killing and cross presentation. IRAP-containing endosomes are required for several cellular functions that all rely on cellular compartmentalization. This work proposes IRAP-containing endosomes as a major actor of a “compartmental regulation” of DC functions, participating to fine tuning of immune balance.
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