Les maladies à prions sont des maladies neurodégénératives et transmissibles. Elles sont à l'origine de formes infectieuses comme la maladie de Creutzfeldt-Jakob iatrogène secondaire à un traitement par hormone de croissance d'origine humaine (MCJ post-hGH). La compréhension des facteurs gouvernant la physiopathologie de ces formes demeure parcellaire. Notre objectif a été de les étudier en analysant la cohorte des patients français exposés à l'hGH. Les analyses épidémiologiques, ont montré, à partir de données quantifiées, pour la première fois chez l'homme, une relation entre la dose d'exposition et le risque de développer la maladie d'une part et la durée de la période d'incubation d'autre part. La modélisation de la période d'incubation, a permis d'estimer que 95% des cas sont déjà apparus et d'évaluer l'influence du polymorphisme au codon 129 du gène codant la protéine prion sur la période d'incubation. L'étude descriptive a montré des similarités clinico-pathologiques entre tous les cas de maladies à prion humaines par contamination périphérique laissant supposer un rôle important de la voie d'exposition. Les expériences de transmission à la souris transgénique devraient permettre de valider les hypothèses que nous avons émises sur l'identité des souches présentes dans les lots contaminés. Ce travail a donc permis de mieux caractériser les facteurs impliqués dans la transmission des maladies à prions chez l'homme et de fournir un cadre méthodologique et des informations qui pourraient être utiles pour évaluer le risque de transmission potentielle des autres protéinopathies du système nerveux central pour lesquelles un mécanisme " prion like " a été proposé. / Prion diseases are fatal and transmissible neurodegenerative disorders. Infectious forms include iatrogenic Creutzfeldt-Jakob disease after human cadaver-sourced growth hormone treatment (hGH-iCJD). Our understanding of the factors governing the pathophysiology of infection, upon exposure to an exogenous prion, remains very limited in humans. The aim of this study was to better understand these phenomena using data from the French cohort of patients who were exposed to this at risk treatment. Using Cox hazards model, we provided the first epidemiological evidence of a relationship between dose of exposure and disease occurrence on one hand and incubation time on the other hand. Incubation period modelling by Weibull distribution estimated that 95% of the cases have already occurred. In a descriptive study, we showed that clinical and neuropathological features resembled other forms of infectious prion diseases after a peripheral contamination supporting a major role of the route of exposure. We also performed experimental transmission to transgenic mice expressing human PrP to test our hypotheses about the infecting prion strain that were transmitted to French hGH-iCJD patients. To conclude, we identified factors implicated in human prion transmission and provided a methodological frame and useful information that could help to evaluate the transmission risk associated with other brain proteinopathies such as Alzheimer and Parkinson’s diseases for which a prion-like mechanism has been proposed.

Contexte : Les phtalates et les phénols sont des perturbateurs endocriniens. Les données concernant leurs effets sur la croissance fœtale et durant l'enfance sont limitées et suggèrent un effet dépendant du sexe de certains phénols sur le poids de naissance. Une des limites de ces études est l'estimation de l'exposition, basée sur la mesure de leurs concentrations dans un petit nombre d'échantillons d'urine maternelle. En raison de la faible persistance de ces composés chimiques dans l'organisme, les concentrations urinaires varient dans le temps. Les concentrations dosées dans d'autres matrices comme le liquide amniotique pourraient être pertinentes pour estimer l'exposition fœtale.Objectifs : Les objectifs de la thèse étaient : 1) d'étudier les impacts potentiels de l'exposition prénatale aux phénols et aux phtalates sur la croissance du fœtus et de l'enfant ; 2) de caractériser la variabilité des concentrations urinaires de phénols au long de la grossesse et de comparer les concentrations de phénols dosées dans le liquide amniotique et l'urine maternelle recueillis le même jour ; 3) de caractériser le biais et l'impact sur la puissance statistique de l'utilisation d'un faible nombre d'échantillons urinaires pour estimer les expositions. Méthodes : Les associations entre les phénols, les phtalates et la croissance ont été étudiées parmi un sous-effectif de la cohorte mère-enfant EDEN ayant accouché de garçons (n =520). La croissance fœtale a été estimée à l'aide d'échographies réalisées pendant la grossesse et de mesures à la naissance. La croissance postnatale a été modélisée à partir de mesures répétées normalisées, réalisées entre la naissance et 3 ans. Les biomarqueurs d'exposition aux phtalates et phénols ont été dosés dans les urines maternelles recueillies une fois pendant la grossesse. La variabilité des concentrations urinaires de phénols et la correspondance avec les concentrations mesurées dans le liquide amniotique ont été étudiées chez 71 femmes enceintes recevant une amniocentèse au centre médical Mount Sinaï (NY, États-Unis). Un échantillon d'urine maternelle a été recueilli le jour de l'amniocentèse, et à deux autres reprises pendant la grossesse. L'étude concernant les biais est basée sur des données simulées. Résultats : Les concentrations de triclosan étaient négativement associées à tous les paramètres de croissance mesurés à la troisième échographie (p ≤ 0,16) et avec la périmètre crânien à la naissance (β = - 1,4 mm, IC 95%; -2.8; 0.0). Les parabènes étaient associés positivement avec le poids à la naissance (p < 0,05). Le méthyle et propyle parabènes étaient aussi positivement associés au poids et à la circonférence abdominale à 3 ans (p-valeurs comprises entre 0,02 et 0,14). En ce qui concerne la variabilité des concentrations urinaires pendant la grossesse, les coefficients de corrélation intra-classe (ICC) variaient entre 0,48 et 0,62 pour l'ensemble des phénols sauf le bisphénol A (ICC = 0,11). Seuls la benzophénone-3 et le propyle parabène ont été détectés dans au moins 50 % des échantillons de liquide amniotique. Pour ces composés les concentrations dosées dans l'urine maternelle et le liquide amniotique, recueillis le même jour, étaient positivement associés. Dans le cadre d'une simulation, nous avons estimé que 5 échantillons d’urine étaient nécessaires pour estimer correctement l’exposition aux produits chimiques ayant un ICC de 0,6, tandis que pour des produits chimiques avec un ICC de 0,15, environ 25 échantillons étaient nécessaires.Conclusion : Un seul échantillon d'urine était disponible pour évaluer les expositions des femmes de la cohorte EDEN et nos résultats peuvent être affectés d'un biais résultant d'erreurs de classification des expositions, notamment pour le bisphenol A pour lequel nous avons observé une variabilité importante des concentrations. Néanmoins, notre étude suggérait un effet de l'exposition prénatale à certains phénols sur la croissance pré- et post-natale. / Background: Phthalates and phenols belong to the family of short half-life endocrine disruptors. Data regarding their effects on fetal and early post-natal growth in Human are sparse and suggest a sex-specific effect of some phenols on birth weight. One of the limitations of these studies is exposure assessment usually based on the measurement of their concentrations in a small number of maternal urine samples collected during pregnancy. Because of their low persistence in the organisms and the likely episodic nature of the exposures, urinary concentrations of these chemicals are likely to vary. Chemical concentrations measured in alternative matrix, such as amniotic fluid, might be a relevant dosimeter of fetal exposure.Objectives: Objectives of the thesis were: to study the potential effects of prenatal exposures to phenols and phthalates on pre- and early post-natal growth; to characterize variability in maternal urine concentrations of phenols throughout pregnancy and to compare phenol concentrations in amniotic fluid to those measured in maternal urine collected same day; to characterize the impact of increasing the number of measurements to estimate exposure on bias and statistical power of epidemiological studies.Methods: Associations between phenols, phthalates and growth were studied among a subsample of pregnant women of the French EDEN cohort delivered boys (n =520). We measured fetal growth with ultrasound (three times during pregnancy) and birth measurements. We used standardized measures acquired between birth and 3 years of age to model postnatal growth. We measured biomarkers of phthalates and phenols in maternal urines collected once during pregnancy: 191 women were assessed in 2008 and 410 other women in 2012 (ntot = 601). Variability in phenol urine concentrations and relationship between concentrations measured in amniotic fluid and maternal urine collected on the same day were studied among 71 pregnant women presenting for an amniocentesis at the Mount Sinai Medical Center (NY, USA). Maternal urine was collected at the time of the amniocentesis appointment, and on two subsequent occasions. Urine and amniotic fluid were analyzed for nine phenols.The study aiming at characterizing bias was based on simulated data. Results: Among the subsample of 191 pregnant women from the EDEN cohort, we observed a negative association between dichlorophenols and birth weight and a positive association between benzophenone-3 and birth weight. The associations with dichlorophenols were not replicated in the larger subsample of the EDEN cohort (n = 520). Triclosan concentration was negatively associated with all of the growth parameters measured at the third ultrasound examination (p ≤ 0.16) and with head circumference measured at birth (β = - 1.4 mm, 95% CI; -2.8; 0.0). All of the parabens were positively associated with weight at birth (p < 0.05). These associations remained in childhood for methyl- and propyl-parabens. Regarding the variability in phenol urinary concentrations during pregnancy, the intraclass correlation coefficients (ICC) ranged between 0.48 and 0.62 for all phenols except bisphenol A (ICC = 0.11). Only benzophenone-3 and propylparaben were detectable in at least half of the amniotic fluid samples; for these phenols, concentrations in maternal urine and amniotic fluid were positively associated. In a simulation study, we estimated that 5 samples will be needed to correctly estimate exposure to chemicals with ICC of 0.6, while for chemicals with ICC of 0.15 around 25 samples would be needed.Conclusion: We only had spot urine sample to assess exposure in the EDEN cohort and findings may be affected by exposure misclassification, especially for bisphenol A for which we observed high variability in urine concentrations. Nevertheless, our study lends support to a potential effect of prenatal exposure to some phenols on pre- and early post-natal growth.

Les objectifs de cette thèse étaient d’étudier les tendances du risque de second cancer primitif (SPC) selon l’année de diagnostic d’un premier cancer des voies aéro-digestives supérieures (VADS) dans le Bas-Rhin, de produire les premières estimations de l’incidence des SPC à l’échelle nationale en France et d’estimer la survie des patients atteints d’un cancer des VADS selon la présence d’antécédents de cancer. Ce travail a montré que : 1) L’excès de risque de SPC des VADS et de l’œsophage a diminué de 53% entre 1975 et 2006 dans le Bas-Rhin, mais que le risque de SPC du poumon est resté stable ; 2) Le risque de SPC en France est augmenté de 36% chez les patients atteints de cancer par rapport à la population générale ; 3) La survie des hommes atteints d’un cancer des VADS était fortement associée à la présence d’antécédents de cancer. Des perspectives se dégagent de ce travail en termes de recherche épidémiologique, de recherche clinique et de politiques de santé publique. / The objectives of this PhD thesis were: to study the trends of the risk of second primary cancer (SPC) among patients with a head and neck (HNSCC) cancer in Bas-Rhin, to provide first nationwide estimates of the risk of SPC in France and to assess the survival of patients with a HNSCC depending on their history of cancer. This work showed that : 1) The excess risk of SPC of head and neck and esophagus sites decreased by 53% over three decades among patients with a HNSCC, and that the excess risk of SPC of the lung did not change significantly. 2) The risk of SPC among cancer survivors in France was increased by 36% compared to the general population. 3) History of cancer was strongly associated with survival among HNSCC patients. Several epidemiological and clinical research perspectives can be established based on this work. These results also present an interest in a public health perspective in the framework of the third cancer plan.

Cette thèse concerne la modélisation des dynamiques de maladies foliaires de cultures pérennes tropicales à différentes échelles spatiales. Cette approche de modélisation est appliquée à la cercosporiose noire du bananier. Il s’agit d’explorer et de déterminer les paramètres environnementaux et de résistance de l’hôte ayant une influence significative sur la dynamique spatiotemporelle de la maladie et d’apporter des éléments associés au contrôle de la cercosporiose noire.Deux modèles ont été développés dans le cadre de cette thèse. La dynamique épidémiologique au niveau de la plante est décrite par un modèle mécaniste décomposé en un modèle de croissance de la plante et un module épidémiologique décrivant le cycle épidémique du pathogène. L’architecture du bananier est prise en compte par le biais de compartiments foliaires positionnés dans l’espace. Le modèle a été validé par un jeu de données indépendant. Les expérimentations numériques et l’analyse de sensibilité du modèle réalisées par les méthodes de Morris et de e-FAST ont permis de mieux comprendre le fonctionnement épidémique de cette maladie et d’identifier les paramètres influant le plus la dynamique épidémique en particulier la vitesse d’extension des lésions, la durée d’incubation et l’efficacité d’infection .L’approche bayésienne a permis de prendre en compte l’information a priori disponible pour ces trois paramètres sur lesquels a porté l’inférence statistique. L’analyse de sensibilité du modèle a également permis d’identifier l’influence de deux paramètres liés à la croissance de la plante : le nombre de feuilles sur une plante et le rythme d’émission foliaire Un modèle de dynamique spatio-temporelle de la cercosporiose noire a été développé à l’échelle d’un territoire à partir d’enquêtes effectuées enMartinique pendant la période d’invasion de cette maladie de septembre 2010 à mai 2012. Les données récoltées étant censurées, l’inférence des paramètres du modèle a été réalisée dans un cadre bayésien en utilisant un algorithme d’augmentation de données. Le modèle et l’inférence développés permettent de reconstruire la dynamique spatio-temporelle de l’invasion et de prédire la fin d’invasion sur le territoire.Les deux modèles de dynamiques spatio-temporelles développés à deux échelles spatiales différentes ont permis d’acquérir des informations importantes pour construire des outils de conception de méthode de contrôle de la cercosporiose noire des bananiers. / This thesis concerns the modeling of the dynamics of foliar diseases of tropical tree crops at different spatial scales. This modeling approach is applied to black Sigatoka of banana. It is to explore and determine the environmental parameters and host resistance has a significant influence on the spatiotemporal dynamics of the disease and to provide elements associated with the control of Sigatoka noire.Deux models were developed as part of this thesis. The epidemiological dynamics at the plant is described by a mechanistic model decomposed into a growth model of the plant and an epidemiological unit describing the pathogen epidemic cycle. The architecture of the banana is taken into account through foliar compartments positioned in space. The model was validated by an independent data set. Numerical experiments and model sensitivity analysis performed by the methods of Morris and e-FAST enabled to better understand the functioning of this epidemic disease and identify the parameters affecting the most dynamic epidemic especially speed extension of the lesions, the incubation period and efficiency of Bayesian .L'approche infection allowed to take into account prior information available for these three parameters that were the statistical inference. The model sensitivity analysis also identified the influence of two parameters related to plant growth: the number of leaves on a plant and rate of leaf emission A dynamic model of space-time Black Sigatoka has been developed at the scale of a territory from surveys enMartinique during the period of invasion of the disease from September 2010 to May 2012. The data collected being censored, inference of model parameters has was performed in a Bayesian framework, using a data augmentation algorithm. The model developed and inference possible to reconstruct the spatiotemporal dynamics of the invasion and predict the end of the invasion territoire.Les two spatio-temporal dynamics models developed at two different spatial scales has been gained important information for build tools design method of control of black Sigatoka of banana.

Ce travail a analysé tous les cas de HFMD déclarés à Hai Phong pendant l’épidémie de 2011 et 2012 qui a été la plus importante au Vietnam et la première enregistrée dans le nord du pays. Hai Phong a connu la plus forte incidence au Nord Vietnam. C’était donc un bon modèle pour étudier la dynamique de cette maladie sans interférence et reliquats de précédentes épidémies ou de patients immunoadaptés.La première section est consacrée à une revue de la littérature sur EV-A71 et les entérovirus. La seconde section est divisée en trois chapitres, chacun abordant un aspect spécifique du projet.Le premier chapitre aborde la dynamique de la maladie et le rôle des directives officielles pour la gestion de l’épidémie de 2011-2012. Outre les éléments de base, cette étude apporte des résultats sur l’influence des directives HFMD durant l’épidémie, ce qui n’avait pas encore été fait. La publication des directives a conduit à un accroissement du score de sévérité et d’une réduction du délai entre le premier pic de fièvre et l’admission. Cet effet est associé à un accroissement de la sensibilisation qui a conduit à déclarer la plupart des patients avec des symptômes sévères pour assurer de meilleurs traitements et suivis. Le travail décrit dans ce chapitre a aussi démontré que trois vagues avec des caractéristiques différentes et causées par trois virus différents s’étaient succédées. La vague 1 et la vague 3 ont été causées respectivement par EV-A71 et par une combinaison de CV-A6 et CV-A16 alors que la vague 2 a été causée par un virus inconnu. Ce travail est aussi une analyse intégrative incluant une analyse spatiotemporelle. La maladie semble s’être étendue vers l’est en suivant les rivières pour atteindre les des zones plus peuplées à partir desquelles elle s’est répandue par les routes secondaires locales. Etant donné l’âge moyen des patients, environ 2 ans, la source de contamination doit être cherchée chez les adultes asymptomatiques contaminés lors de leurs activités professionnelles et des mobilités locales.Le deuxième chapitre aborde la phylogénie et la distribution spatiotemporelle de EV-A71 dans le nord du Vietnam et apporte un éclairage sur l’évolution et la dynamique de cet entérovirus. La protéine de capside VP1 a été ciblée. La première conclusion de ce chapitre est que l’épidémie de 2011 et 2012 n’a pas été causée par une souche exogène mais par des souches d’EV-A71 déjà présentes au Nord Vietnam. Ceci indique qu’elles peuvent se maintenir à faible niveau, asymptomatique, en stase génomique et avec une structuration géographique. La cause de l’épidémie devrait donc être recherchée dans le tissu socio-économique plutôt que dans une émergence extérieure. Une autre conclusion de ce chapitre est la corrélation observée ente les groupes de variants I/V et phylogénie, pathogénicité et groupe ethnique. Les profils des mutations I/V aux positions 249, 262 et 284 sur la protéine VP1 pourraient jouer un rôle dans la pathogénicité, ce qui est appuyé par la corrélation entre variants I/V et sévérité/ethnicité.Le dernier chapitre aborde la modélisation mathématique d’une maladie multiphases telle que HFMD. Il est essentiel de détecter aussi tôt que possible une nouvelle vague associée à un nouvel agent. Grace à la grande taille de la cohorte disponible pour ce travail (environ 9000 patients), nous avons pu développer un système d’équations différentielles apportant une forte correspondance avec les données observées. Le modèle a confirmé l’existence de trois vagues en 2011-2012, ayant des niveaux de virulence différents. Il permet aussi de caractériser chaque vague, de détecter l’apparition d’une nouvelle vague et d’associer des groupes patients à un tableau clinique.En conclusion, ce travail de thèse a permis de souligner plusieurs éléments clés à aborder de façon coordonnée afin de faciliter une surveillance efficace de l’HFMD au Vietnam. / This work analyzed all HFMD cases reported in Hai Phong in 2011 and 2012 outbreak which was the largest to have ever occurred in Vietnam and the first recorded in the northern part of the country. Hai Phong city experienced the highest HFMD incidence in North Vietnam. It was thus a good model for investigating the dynamic of the disease without interference and potential remains from previous outbreaks or patient immunological adaptation.The first section is dedicated to a review of the literature on EV-A71 and enteroviruses. The second section is divided in three chapters, each one addressing a specific issue of the project.The first chapter addresses the dynamic of the disease and the role of official guidelines in the handling of the 2011-2012 epidemic. Beside basic epidemiological features, the study also provides findings relating to the influence of HFMD guidelines during the outbreak period that has never been described before. The guideline release led to a significant increase of the severity score and reduced delay between onset and admission. This effect is linked to an increased awareness leading to patients being mostly declared with severe symptoms in order to ensure a better treatment and surveillance. The work presented in this chapter also demonstrated that three waves occurred with different characteristics and caused by three different viruses. Wave 1 and wave 3 were caused by EV-A71 and a combination of CV-A6 and CV-A16, respectively while Wave 2 was caused by an unknown virus. This work is also an integrative analysis including a spatiotemporal analysis. The disease seems to have expanded following the eastbound river system to reach densely populated settlements from where it secondarily expanded through local roads. Owing to the average age of the patients, around 2, the source of contamination must be sought for within asymptomatic adults being contaminated during their occupational activities and in local movements.The second chapter addresses the phylogeny and spatiotemporal distribution of EV-A71 in North Vietnam and provides an insight on the evolution and dynamic of the EV-A71 enterovirus. The VP1 capsid protein was used as target. The first conclusion of this chapter is that the 2011-2012 outbreak was not caused by an incoming strain but by EV-A71 strains which were already present in North Vietnam. This indicates that they can remain in a low level, asymptomatic state, in genomic stasis and with a geographic structuration. The cause for outbreaks should thus be sought for in the socio-economic patterns rather than in exogenous emergence. Another outcome of this chapter is the observed correlation between I/V variant groups and phylogeny, pathogenicity and ethnicity. The I/V pattern at positions 249, 262 and 284 on the VP1 protein might play a role in pathogenicity. The observed correlation of the I/V variant populations with severity and ethnicity strengthen this hypothesis.The last chapter addresses the mathematical modelling of a multiphase disease such as HFMD. It is essential to detect as soon as possible the emergence of new wave, associated to a novel agent. Owing to the large size of the cohort available for this work (ca. 9000 patients), we have been able to develop a differential equation model providing a very high fit with the observed data. The model confirmed that three waves were present in 2011-2012 with differing virulence. It also allows to characterize each wave, detect the start of a new one and associate groups of patients with specific patterns of symptoms.As a conclusion, this PhD work as underlined some key issues to be addressed in a coordinated way in order help developing an efficient surveillance and monitoring system for HFMD in Vietnam.

Les patients de réanimation sont des patients à très haut risque de survenue de candidoses invasives associées à une importante mortalité. Les espèces du genre Candida sont retrouvées en troisième position des agents infectieux les plus fréquemment isolés au cours des septicémies. Le diagnostic reste difficile en raison d’une clinique aspécifique et d’une sensibilité médiocre des hémocultures. Des scores prédictifs, des biomarqueurs ou encore des PCR ont été développés de manière à améliorer le diagnostic et l’identification des patients à risque. Dans ce travail, la première partie présente les données de l’évolution de l’écologie fongique, des candidoses invasives, des prescriptions d’antifongiques et des sensibilités aux antifongiques sur une période de dix ans dans un service de réanimation. Au cours de cette période, les changements observés dans la prescription d’antifongiques n’ont pas entrainé de modifications significatives de l’écologie fongique ni d’apparition de résistances. Dans une deuxième partie, nous présentons les résultats d’une étude prospective observationnelle bicentrique réalisée chez 435 patients non neutropéniques de réanimation. L’analyse de plusieurs variables (facteurs de risque de candidose invasive, colonisation à Candida sp., dosages d’antigène mannane et d’anticorps anti-mannane) a permis l’élaboration d’un score prédictif de survenue de candidose invasive. Finalement, la dernière partie du travail présente la mise au point de PCR Candida en temps réel dans le sang ainsi qu’une évaluation de la technologie de digital PCR. / Patients in intensive care units (ICU) are at very high risk of invasive candidiasis associated with high mortality rate. Candida species are the third cause of septicemia. Clinical signs lack of specificity and blood cultures lack of sensitivity, and therefore the diagnosis remains a challenge. In order to improve the identification of patients with invasive candidiasis, predictive rules, biomarkers and PCR have been developed. The first part of this work describes the evolution over a ten years period in one ICU in Candida species distribution, susceptibility to antifungal drugs and consumption of antifungal agents. Changes in antifungal drug consumption were observed but they were not associated with significant changes in fungal ecology or with the emergence of resistant species. In a second part, we present a prospective, observational and bicentric study performed in 435 non-neutropenic patients in ICU. Several variables (risk factors of invasive candidiasis, Candida colonization, mannan antigen and anti-mannan antibodies) were analyzed and a predictive score of invasive candidiasis has been developed. Finally, the last part presents the development of Candida real-time PCR in blood, as well as the evaluation of a digital PCR.

Les Accidents Vasculaires Cérébraux (AVC) sont un groupe de maladies à morbi-mortalité élevée, classés parmi les causes les plus communes de décès et de handicap acquis dans le monde. Ainsi, leur épidémiologie jouerait un rôle crucial dans la diminution de leur impact sur la population. Les pays en voie de développement sont aujourd'hui les plus responsables de l'augmentation de la fréquence de la maladie, vu que la sensibilisation des gens et l'amélioration de la prise en charge dans les pays développés a permis de contrôler à un certain degré l'incidence et la mortalité de la maladie dans ces pays. Au Liban, un pays en voie de développement du Moyen Orient, les études épidémiologiques concernant les AVC sont relativement rares, malgré que nécessaires. En effet, le pays confronte le problème de vieillissement de sa population et des taux très élevés de tabagisme, et à un moindre degré d'obésité, hypertension et diabète, comparés aux autres pays. Dans ce contexte, il fallait initier ce travail qui surligne les grands titres de l'épidémiologie des AVC au Liban. Deux études ont été conduites, l'une communautaire transversale pour estimer la prévalence des AVC et la deuxième hospitalière rétrospective pour évaluer d'une part la prévalence des sous-types et leur association aux facteurs de risque et, d'une autre part, la prise en charge précoce de la maladie. Malgré que les résultats obtenus soient peu généralisables, on pourrait dire que la prévalence estimée (5‰ [95% CI= 3.3-6.6‰]) serait liée à l'incidence élevée de la maladie (notamment des athéroscléroses des gros vaisseaux) plutôt qu'à une meilleure prise en charge des AVC en phase aiguë. Des campagnes de sensibilisation des gens au risque et symptômes des AVC surtout parmi les fumeurs aideraient à limiter l'incidence et la sévérité de la maladie. De plus, l'implantation d'unités neurovasculaires diminuerait le taux de mortalité à court terme et les handicaps à long terme. / Stroke is a group of cerebrovascular diseases with high morbidity and mortality rates, classified among the most common causes of death and acquired disability worldwide. Thus, assessing its epidemiology may play a crucial role in reducing its impact on the population. Stroke late burden is attributable to developing countries mainly, as people in developed countries have a better access to optimal care and an increased awareness of stroke symtpoms and risk factors. However, in less developed countries, where population confronts the huge impact of urbanization and globalization with a great increase in the prevalence of cardiovascular risk factors, the incidence of stroke remains high. Lebanon, a developing country of the Middle East region, lacks epidemiological data on stroke burden. Moreover, he confronts the aging problem and very high rates of smoking, and to a lesser degree of obesity, hypertension and diabetes, compared to other countries. In this context, it was necessary to initiate this work to highlight some features of the disease epidemiology in the country. Two studies were conducted, the first one was a community-based cross-sectional study to assess stroke prevalence in the country, whereas the second one was a retrospective hospital-based study to assess stroke prevalence by subtypes and associations with risk factors, and to evaluate stroke acute management in hospitals. Despite that the obtained results were not generalizable, we could state the following: The estimated prevalence of stroke (5 ‰ [95% CI= 3.3-6.6‰]) may be linked to a high incidence of the disease (especially large artery atherosclerosis) rather than a better acute stroke care. Awareness campaigns on stroke risk and symptoms especially among smokers would help limit the incidence and severity of the disease, while the establishment of stroke units may reduce short-term mortality and long term disabilities.

Les migrants, en particulier ceux originaires d'Afrique sub-Saharienne, représentent une part importante des personnes infectées par le VIH en France. Bien que le dépistage et la prise en charge soient de plus en plus précoces en France, un sur-risque de diagnostic tardif et d'initiation retardée du traitement est rapporté chez les migrants, particulièrement chez les hommes, par rapport aux autres personnes infectées par le VIH. Les objectifs de ce travail de thèse étaient d'étudier le délai d'initiation du traitement antirétroviral puissant en dehors de l'urgence thérapeutique (CD4>200/µL et pas de statut clinique définissant le SIDA) et d'évaluer l'efficacité biologique et clinique après initiation du traitement, selon l'origine géographique, le sexe et le groupe de transmission à VIH. Pour ce faire, les données issues de la base de données hospitalière française sur l'infection à VIH (FHDH ANRS CO4) ont été utilisées. Par rapport aux hommes nés en France ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH non migrants), seuls les hommes migrants originaires d'Afrique sub-Saharienne et des Antilles non Françaises avec des CD4>350/µL à l'entrée dans le soin ont une probabilité plus faible de démarrer le traitement ARV. Les délais nécessaires à l'obtention d'une couverture de santé une fois entré dans le soin ne suffisent pas à expliquer cette différence. Après initiation du traitement antirétroviral, quel que soit le stade d'avancement de la maladie et malgré la prise en compte des caractéristiques démographiques, biologiques, cliniques et thérapeutiques à l'initiation du traitement, comparé aux HSH non migrants, les migrants ont une probabilité plus faible de remonter leurs CD4. En revanche, les hommes hétérosexuels quelle que soit leur origine géographique, ont une probabilité plus élevée de moins bonne réponse virologique et d’avoir un premier évènement clinique. Un rôle majeur du niveau de CD4, du statut clinique et de l’âge à l’initiation du traitement est observé. Ces différences pourraient également être influencées par des facteurs socio-économiques, des facteurs de risques comportementaux ou le mode de vie, pour lesquels nous n’avons pas d’information dans la FHDH. Les évènements ne définissant pas le SIDA sont responsables d’une grande morbidité, avec la survenue de beaucoup d’évènements infectieux notamment. Cependant une fois entrés dans le soin et traités, hormis pour les risques d’infections ne définissant pas le SIDA plus élevés chez les migrants hétérosexuels par rapport aux non migrants hétérosexuels, il n’y a pas de différence de risque de comorbidités entre migrants et non migrants chez les hommes hétérosexuels et chez les femmes hétérosexuelles. / Migrants, mainly from sub-Saharan Africa (SSA), represent an important part of people living with HIV in France. Despite early screening and access to care have both increased in France, an excess risk of late diagnosis and delayed treatment initiation is reported among migrants, particularly in men, compared with other HIV-infected individuals. The objectives of this thesis were to study time between entry into care and combined antiretroviral therapy (cART) initiation, excluding late access to care, and to evaluate biological and clinical outcome after cART initiation, according to geographic origin, sex and transmission group. Data from the French Hospital Database on HIV (FHDH ANRS CO4) were used. Compared with French native men who have sex with men (MSM), only men originating from SSA and non-French West Indies with CD4>350/µL at entry into care are more likely to begin cART later. Administrative delays in obtaining healthcare coverage do not appear to be the only one responsible. After cART initiation, whatever the CD4 cell count at cART initiation, and after taking into account demographic, immunovirological, clinical and therapeutic characteristics at cART initiation, compared with French native MSM, migrants have a lower likelihood of CD4 cell recovery. However, heterosexual men, whatever the geographic origin, are more likely to have worse virological and clinical outcomes. Older age, a lower CD4 cell count and pre-existing AIDS status at cART initiation had the biggest impact on outcomes of cART but socio-economic level, and lifestyle or behavioral risk factors which are not available in the FHDH could also influence outcomes of cART. Non-AIDS defining events are responsible for a higher morbidity, with a higher incidence of severe infections. After entry into care and cART initiation, except for the risk of non-AIDS infections in heterosexual migrants than in heterosexual nonmigrants, there is no difference of comorbidities between migrants and non migrants among heterosexual men and heterosexual women.

L’objectif principal de la thèse était d’étudier les effets de l’alimentation et de l’obésité sur l’asthme et son évolution, en prenant en compte des facteurs de médiations spécifiques.La première partie de la thèse visait à étudier le rôle de l’alimentation dans l'asthme, en prenant en compte l’indice de masse corporelle (IMC) comme un médiateur potentiel, et en évaluant l’effet modificateur du tabac dans ces associations. Ce travail a d’abord porté sur le rôle de la consommation de charcuterie, récemment classée cancérogène. Parmi 971 adultes de l’étude des facteurs génétiques et environnementaux de l’asthme (EGEA), nous avons montré qu’une consommation élevée de charcuterie (au moins 4 fois par semaine) était associée de façon directe à l’aggravation des symptômes de l’asthme, et que seulement 14% de l’association entre la consommation de charcuterie et l’asthme était expliqué par l’IMC (effet indirect). Ce travail a ensuite porté sur le rôle de la qualité globale de l’alimentation, évaluée par le score alimentaire Alternate Healthy Eating Index 2010. Parmi 969 participants d’EGEA, nous avons montré qu’une alimentation de qualité était associée de façon directe à une amélioration des symptômes de l’asthme chez les non-fumeurs. L’effet indirect lié à l’IMC n’était pas significatif. La deuxième partie de la thèse visait à mieux comprendre l'association entre l'obésité et l'activité de l’asthme, en prenant en compte la leptine, une adipokine pro-inflammatoire, comme un médiateur potentiel. Parmi 331 adultes d’EGEA avec un asthme actif à l’inclusion, les analyses ont montré que différentes mesures élevées de la composition corporelle étaient associées à une activité persistante de l’asthme, avec un effet indirect très fort de la leptine dans ces associations. / The general aim of the thesis was to study the role of diet and obesity in asthma, while accounting for potential mediators in these analyses.The first part of the thesis aimed to investigate the role of dietary factors in asthma at a “macro-level”, considering body mass index (BMI) as a potential mediator, and to evaluate effect modification by smoking. We first focused on processed meat intake, a recent carcinogen. Among 971 participants from the Epidemiological study on the Genetics and Environment of Asthma, bronchial hyperresponsiveness and atopy (EGEA), analysis showed that high processed meat intake (at least 4 servings/week) was associated with worsening asthma symptoms over time, through a direct effect and to a lesser extent an effect mediated by BMI. We then focused on the overall diet quality assessed by the Alternate Healthy Eating Index 2010. Among 969 participants from the EGEA study, the analyses showed that a greater adherence to a better diet quality was associated with improved asthma symptoms over time in never smokers only and was not mediated through BMI. The second part of the thesis aimed to better understand the association between obesity and asthma at a “micro-level”, considering leptin, an inflammatory biological marker related to obesity, as a mediator. Including 331 participants from the EGEA study with current asthma at baseline, analysis showed that high body adiposity estimated by different measures was associated with persistent asthma activity, likely mediated by leptin.

Les résultats d’un nombre croissant d’études montrant l'effet préventif du traitement antirétroviral(TARV) sur la transmission du VIH ont jeté les bases de travaux de modélisation suggérant que ledépistage universel et répété du VIH, associé à l'initiation immédiate d’un TARV chez les personnesséropositives, pourraient infléchir l'épidémie de VIH, en particulier en Afrique sub-saharienne. On nesait pas encore si cette stratégie, qui consiste à Tester et Traiter Universellement (TTU), est réalisableau niveau populationnel, compte tenu des contraintes et du niveau requis de prise en charge du VIH quisont sans précédent.L'objectif de cette thèse était d'explorer les conditions de mise en oeuvre d’une stratégie TTU à largeéchelle. Sur la base des protocoles d'études communautaires menées en Afrique subsaharienne, nousavons caractérisé la diversité des approches TTU. Dans le cadre de l'une de ces études, l'essai ANRS12249 TasP mené dans une zone rurale d’Afrique du Sud, nous avons décrit les expériences etperceptions des travailleurs de la santé vis-à-vis de la stratégie TTU et étudié les trajectoires de soinsdes personnes vivant avec le VIH.Les résultats rapportés dans cette thèse mettent en évidence que les stratégies TTU englobent une variétéd'interventions de prise en charge du VIH, rendant complexe l'évaluation de leur impact sur l'épidémie.Les analyses des opinions des travailleurs de santé et des comportements des patients exposés à unestratégie TTU ont également permis de souligner le potentiel de la stratégie à faire évoluer les pratiquesprofessionnelles et l’accès aux soins des patients. L’ensemble de ce travail permet de mieux appréhenderles efforts nécessaires pour assurer un impact maximal d’une stratégie TTU sur la santé des populationsen Afrique subsaharienne. / Increasing evidence of the preventive effect of antiretroviral treatment (ART) on HIV transmission havelaid the foundations for mathematical models to suggest that universal and repeated HIV testing,combined with immediate initiation of ART among those diagnosed HIV-positive could curtail the HIVepidemic, especially in sub-Saharan Africa. It is still unknown if this strategy, labelled as “UniversalTest and Treat” (UTT), could be workable at population level, given the unprecedented HIV servicesuptake rates that it requires.The objective of this thesis was to explore the terms of large-scale UTT implementation. Based on theprotocols of community-based trials conducted in sub-Saharan Africa, we characterized the diversity ofUTT approaches. Within the framework of one of those studies, the ANRS 12249 TasP trial, conductedin rural South Africa, we described the perceptions of health care workers regarding UTT and studiedthe care trajectories of people living with HIV from care referral to viral suppression.The findings reported in this thesis highlight that UTT strategies encompass a variety of healthinterventions, challenging the assessment of their impact on the HIV epidemic. Analyses of health careworkers opinions and patients’ behaviours when exposed to UTT underlined the potential of the strategyto change professional practices and patients’ access to care. Overall this work provides some insightson the efforts needed to allow the maximal public health impact of UTT in sub-Saharan Africa.