L'intensification de l'agriculture a amélioré de façon considérable la production alimentaire ces dernières cinquante années mais elle s'est accompagnée d'un impact croissant sur l'environnement. En particulier, la modernisation de l'agriculture a impliqué une simplification de la structure des paysages agricoles rendant nos agro-ecosystèmes plus sensibles au risque épidémique. L'utilisation de la diversité génétique des cultures est une solution prometteuse pour réduire le risque d'occurrence et de propagation des maladies des cultures. Elle nécessite cependant une gestion collective des espaces agricoles. En conséquences, l'échelle d'étude ne doit plus se focaliser sur la parcelle mais sur le paysage. Dans cette thèse, nous nous interessons aux processus se déroulant à l'échelle du paysage et au rôle de la diversité des plantes cultivées pour le contrôle des épidémies. Nous avons identifié trois questions: comment les populations pathogènes se propagent-elles dans un paysage d'hôtes hétérogène ? Comment les différents génotypes composant la population pathogène entrent-ils en compétition au sein d'une population hôte diversifiée ? et, à plus long terme, comment les populations pathogènes évoluent-elles en réponse à la structure des populations hôtes ? Chacune de ces questions a été approfondie grâce à l'analyse de données obtenues en condition de production mais aussi par des approches théoriques. Nous avons montré que la composition et la structure spatiale des populations hôtes influence fortement la population pathogène. Cependant, les recommandations que peut fournir ce travail pour gérer la diversité génétique dépendent de l'objectif visé. / Agriculture intensification has improved food production impressively in the past 50 years but this came with an increasing impact on the environment. In particular, modern agriculture has led to the simplification of the environmental structure over vast areas. As a consequence, agro-ecosystems are particularly susceptible to epidemics. The increase of crop genetic diversity is a promising way for reducing the risk of occurrence and development of diseases in crops but the technical and organisational conditions required to manage the genetic resources at this scale have not been established yet. This will require shifting the scale of crop protection investigations from the field to the agricultural landscape. In this PhD thesis we focus on landscape-scale processes and on the potential role of functional diversity in cultivated landscapes to better control plant diseases. We identified three questions: how does a pathogen population spread over a heterogeneous host landscape? How do pathogen genotypes compete in a diversified host population? And, in a longer term, how do pathogen populations evolve in response to host landscape structure? Each of these questions is investigated through the analysis of real data and the development of theoretical approaches. We demonstrate that the composition and the spatial structure of the host landscape greatly influence the pathogen population dynamics and evolution. The recommendations that this work could provide in order to practically manage the genetic resources will depend on the desired aim and will request further collaborative work withthe professional operators.

Chez les vertébrés, la réponse immunitaire acquise représente un mécanisme sophistiqué de réponse face aux parasites dont l‟une des particularités est la possibilité qu‟il offre aux mères de transférer certains de ses effecteurs à leurs nouveau-nés. Pourtant, malgré un intérêt croissant pour les effets maternels, les déterminants écologiques et évolutifs du transfert d‟anticorps maternels n‟ont pas encore été beaucoup étudiés. L‟analyse d‟un cadre théorique spécialement développé pour inclure le transfert transgénérationnel d‟immunité montre que l‟évolution de la capacité à transférer une immunité temporaire aux jeunes dépend des caractéristiques de l‟hôte et du parasite. En particulier, l‟augmentation de l‟espérance de vie de l‟hôte favorise l‟évolution de réponses immunitaires acquises, et la protection conférée par ces réponses est aussi supposée durer plus longtemps chez les hôtes longévifs. En accord avec cette prédiction, une étude de vaccination transgénérationnelle chez une espèce d‟oiseau de mer longévive a permis de mettre en évidence une demi-vie des anticorps maternels particulièrement longue. Les conditions sociales sont aussi un élément clé, et chez une espèce de mammifère, j‟ai pu montrer qu‟elles permettent un élargissement du répertoire d‟anticorps maternels. Le transfert d‟anticorps maternels est aussi à même de modifier les dynamiques épidémiologiques et pourrait présenter un atout non négligeable si la vaccination était utilisée en conservation. Enfin, ce mécanisme pourrait être mis à profit pour estimer l‟exposition des mères, et ainsi inférer la dispersion entre différentes zones d‟habitat / In vertebrate species, acquired immune response represents a sophisticated protection mechanism against parasites that has the particularity of enabling mothers to transmit part of its effectors to their newborns. Yet, despite an increasing interest in maternal effects, ecological and evolutionary determinants of the transfer of maternal antibodies remain poorly studied. The analysis of a theoretical framework specially developed to include a transgenerational transfer of immunity show that the evolution of an ability to temporarily protect offspring depends on the characteristics of both the host and the parasite. In particular, increasing the life span of the host favors the evolution of acquired immune responses and increases the duration of the protection offered by these mechanisms. Accordingly, a transgenerational vaccination study in a long-lived seabird revealed a particularly long half-life of maternal antibodies. Social conditions also proved important in a mammal species as they can allow for the broadening of the repertoire covered by maternal antibodies. The transfer of maternal antibodies could also modify epidemiological dynamics and could bbe an interesting asset if vaccination was used as a conservation tool. Finally, this mechanism could be used to estimate the exposure of mother and thus infer the dispersal rate between different habitat patches.

La dermatose nodulaire contagieuse (DNC) est une des maladies virales les plus importantes économiquement chez les bovins en Ethiopie. Elle est causée par le virus LSD (Lympy skin disease virus) appartenant au groupe des Capripoxvirus. L'objectif de cette thèse est de mieux comprendre l'épidémiologie de cette maladie afin de proposer des méthodes de contrôle et de prévention efficaces et applicables sur le terrain. Cette thèse est construite en cinq chapitres. Le premier chapitre fait une description générale du système de production agricole en Ethiopie et présente nos connaissances actuelles sur ce virus et cette maladie. Le second chapitre est consacré à l'évaluation d'un test d'immunofluorescence indirecte (IFI) pour le diagnostic sérologique à l'aide de méthodes sans gold standard. Le test de séroneutralisation virale a été utilisé comme second test de comparaison. L'analyse à l'aide d'un modèle bayesien a montré que l'IFI présentait une bonne sensibilité (92%) et une bonne spécificité (88%) ce qui suggère que ce test peut être utilisé pour le diagnostic et le dépistage de masse de la Dermatose Nodulaire Contagieuse avec une relativement faible proportion d'erreurs. La possibilité de tester un grand nombre de sérums en IFI est un autre avantage de cette technique pour conduire des études épidémiologiques de grande envergure. La sensibilité et la spécificité de la séroneutralisation virale (SNV) étaient respectivement de 78% et de 97%. En conséquence, le test IFI sera préféré pour un dépistage de masse en raison de sa meilleure sensibilité tandis que le test SNV sera réservé à la confirmation. Une étude épidémiologique transversale a été menée pour estimer la prévalence de la Dermatose Nodulaire Contagieuse Bovine à l'échelle du troupeau et de l'individu et pour définir les facteurs de risque associés à cette maladie dans le contexte particulier de l'Ethiopie. C'est l'objet de la troisième partie de cette thèse. Un total de 330 questionnaires d'enquêtes a été collecté de 44 associations paysannes situées dans 15 districts. La prévalence moyenne de la DNC à l'échelle du troupeau était de 42,8% (IC à 95% : 37,5 – 48,3). Elle était significativement plus élevée dans les zones d'altitude moyenne 55,2% (IC à 95% : 47,5 – 62,6) que dans les zones de basse altitude (22,3%) ou les zones de haute altitude (43,5%). La prévalence de la DNC et la mortalité due à cette maladie, observées à l'échelle de l'animal, étaient de 8,1% et de 2,12% respectivement. A nouveau, elles étaient plus élevées dans les zones d'altitude moyenne (10,4% et 3,2% respectivement) que dans les zones de basse et haute altitude (P < 0,05). L'analyse de facteurs de risque a montré que trois variables étaient significativement associées avec la prévalence de la DNC : l'effet de la zone agroclimatique, la conduite de troupeaux différents sur les mêmes pâtures et les mêmes lieux d'abreuvement et l'introduction de nouveaux animaux. L'incidence maximale de la DNC était concomitante de l'augmentation des populations d'insectes hématophages : cette association dans le temps était significative (coefficient de Spearman de 0,88 ; 0,79 et 0,79 respectivement pour les zones de haute, moyenne et basse altitude). L'évaluation de la faisabilité financière et des bénéfices espérés de la vaccination ont constitué la quatrième partie de la thèse. / Lumpy skin disease (LSD) is one of economically important viral diseases of cattle in Ethiopia caused by Lumpy skin disease virus in the member of the genus Capripox viruses. The objective of this thesis is to better understand the epidemiological features of the disease in order to propose practical and applicable control and prevention options. The thesis is classified in five chapters. The first chapter describes the general agricultural production system in Ethiopia and relates the current knowledge on the virus and the disease as given by the literature.The second chapter deals with the performance of indirect fluorescence antibody test (IFAT) as a serological diagnostic and screening tool that was evaluated using methods without gold standard. Virus neutralization test (VNT) was used as the second test for comparison. The analysis of conditional dependent Bayesian model showed that the IFAT had good accuracy both in sensitivity (92%) and specificity (88%) parameters indicating that it could be used for LSD diagnosis and screening (epidemiological studies, epidemiosurveillance) with less misclassification. Its capacity to run large number of samples per plate just like ELISA could be also taken as an advantage for large epidemiological studies. The sensitivity and specificity of VNT was 78%, 97% respectively. The two tests IFAT and VNT were found conditionally independent on the disease status of the animal. Thus, higher sensitivity and throughput for IFAT would render the test being selected for screening purposes and higher specificity performance of VNT would qualify it to be used as a confirmation test. A cross sectional study was then conducted to estimate the prevalence of LSD at herd and animal-levels and to analyze the risk factors associated with the disease occurrence in Ethiopia. It is presented in the third chapter. A total of 330 questionnaire surveys were collected from 44 peasant associations (PA) distributed in 15 districts. The average herd level LSD prevalence was 42.8% (95% CI: 37.5–48.3) and it was significantly higher in the midland agro-climate 55.2% (95% CI: 47.5–62.6) than in lowland and highland agro-climate zones (22.3% and 43.5%, respectively). The observed LSD prevalence and mortality at animal level were 8.1% and 2.12% respectively which were still higher in the midland zone (10.4% and 3.2%, respectively) than in lowland and highland zones (P< 0.05). The risk factor analysis showed that three variables: the effect of agro-climates, communal grazing/watering management and introduction of new animals were significantly associated with LSD occurrence. The temporal association between LSD occurrence and increase in the biting-fly population was also positively correlated by Spearman rank correlation coefficient (0.88, 0.79 and 0.79 for highland, midland and lowland zones, respectively) and statistically significant. The need to evaluate the financial feasibility and benefit possibly expected of vaccination led us to the fourth component of the thesis.

La leptospirose, spirochetose tropicale négligée, est considérée comme la zoonose la plus répandue dans le monde. Selon l’Organisation Mondiale de la Santé, les formes sévères représentent 5 à 15% des infections humaines et le taux de létalité peut varier entre 5% et 30%. En Océanie et particulièrement en Nouvelle-Calédonie et à Futuna, la leptospirose est une préocupation majeure de santé publique: son incidence annuelle moyenne est de 45 pour 100 000 habitants et peut atteindre 150 pour 100 000 habitants pendant les saisons pluvieuses. Malgré les progrès considérables accomplis pour comprendre la physiopathologie de la maladie, plusieurs aspects de la leptospirose encore négligés méritent d’être exploré: les infections symptomatiques pédiatriques, la réaction de Jarisch-Herxheimer (JH) pourtant bien étudiée dans les autres spirochetoses, et les reinfections nécessitant une hospitalisation. Questions posées et objectifs: La pratique clinique suggère que les enfants hospitalisés pour leptosirose sont moins sévèrement atteints que les adultes. Les raisons susceptibles d’expiquer cette différence de présentation sont peu claires. L’obejctif de l’étude 1 était de décrire l’épidemiologie et le profil clinico-biologique des formes pédiatriques de leptospirose nécessitant une hospitalisation en Nouvelle Calédonie et d’identifier des différences en fonction des classes d’âge. La réalité de la réaction de Jarisch-Herxheimer – bien connue dans les autres spirochetoses – reste un sujet controversé dans la leptospirose. Afin d’effectuer une mise au point sur le sujet, une revue systématique de la littérature préalable à été réalisée (Etude 2) avant de préciser la prévalence, la sévérité, et les facteurs de risque des réactions de Jarisch-Herxheimer au cours des épisodes de leptospirose humaine traitée par antibiotiques en Nouvelle Calédonie et à Futuna (Etude 3). / Leptospirosis is an endemo-epidemic zoonotic disease associated with potentially fatal renal, cardiovascular or pulmonary failure. Several aspects of the disease are poorly explored, including infections in children, Jarisch-Herxheimer reactions (JHR) and symptomatic re-infections. The objectives of the studies were the following: to describe disease spectrum and outcome differences in children and adolescents admitted for leptospirosis in a large at-risk population; to quantify frequency of and risk factors for JHR in leptospirosis management; and to assess incidence and characteristics of reinfection by leptospirosis in the Pacific region. Using a retrospective data collection, clinical and laboratory data were obtained on hospitalized confirmed cases in New Caledonia and in Futuna. A case-control study was designed to identify risk factors using a logistic regression model. There are four principal findings from this series of studies with direct implications for clinical practice in those settings. First, leptospirosis in New Caledonia is responsible for a limited number of admissions among children due to milder symptomatic clinical presentation. Second, although generally assumed to be a rare event, the true prevalence of JHR in leptospirosis is unknown in most part of the world. The awareness of this event is probably insufficient considering the significantly high proportion of JHR observed in Futuna. Third, recurrent episodes of symptomatic leptospirosis appear to be non-severe. Finally, specific immunity resulting from a previous episode of leptospirosis with the serovar Copenhageni did not protect against subsequent infection against the same serovar. Future research based those results may provide insights into the still challenging pathogenesis of this complex infectious disease.

L'exposition médicale diagnostique aux rayonnements ionisants représente environ 40% de l'exposition totale aux radiations en France. L'utilisation du scanner, beaucoup plus irradiant que l'imagerie conventionnelle, ne cesse de progresser, y compris chez les enfants, dont la radiosensibilité est supérieure à celle des adultes. Plusieurs études récentes sont en faveur d'une augmentation du risque de leucémie et de tumeur cérébrale après exposition au scanner dans l'enfance. Une cohorte nationale multicentrique a été mise en place à l'IRSN depuis 2009 incluant plus de 108 137 enfants soumis à un ou plusieurs scanners avant l'âge de 10 ans sur la période 2000-2010 dans 23 services de radiologie pédiatriques de CHU, répartis sur l'ensemble du territoire. L'estimation des doses reçues au niveau des principaux organes a été faite en fonction des protocoles utilisés. La grande variabilité des doses selon les services témoigne de la nécessité d'optimisation des protocoles. Près de 3% des enfants de la cohorte présentaient un facteur de prédisposition aux cancers étudiés. Le croisement de la cohorte avec le registre national des cancers pédiatriques a identifié 106 cas incidents de cancer, dont 22 tumeurs cérébrales et 17 leucémies. Chez les enfants sans facteur de prédisposition, un excès de risque positif mais non significatif était observé pour la leucémie et les tumeurs cérébrales en fonction de la dose, similaire à celui observé pour la population d'étude dans son ensemble. Chez les enfants avec un facteur de prédisposition au cancer, le risque diminuait, possiblement en lien avec une mortalité précoce augmentée entrainant un déficit de risque de cancer radio-induit à plus long terme. Le projet européen EPI-CT inclut 9 cohortes nationales, dont la cohorte française et regroupera plus d’un million d’enfants exposés au scanner. L’analyse conjointe de ces données permettra d’apporter prochainement des résultats complémentaires sur ce sujet. / Medical diagnostic exposure to ionizing radiation represents about 40% of the total annual radiation exposure in France. The CT scans, which represent only 5% of the total number of X-rays examinations, account for half of the total collective dose associated with medical diagnostic exposure. However, its use continues to grow, including in children, for whom the radio sensitivity is known to be greater than in adults. Several recent studies support an increased risk of leukemia and brain tumors after exposure to CT scan in childhood. A national multicenter cohort was set up at the IRSN since 2009 including 108 137 children subjected to at least one CT scans before the age of 10 during the 2000 to 2013 period in 23 French University hospital’s pediatric radiology departments. Children's exposure was assessed based on radiological protocols. It was observed high variability of doses according to the participant departments, reflecting the need for protocol optimization. Moreover, children with predisposing factor for studied cancers represented 3% of the study population, a percentage well above that observed in the general population. The linkage of the cohort with the National Register of pediatric cancers identified 106 incident cases of cancer in the cohort, 22 brain tumors and 17 leukemias. For children without predisposing factor, it was observed a non-significant excess risk of cancer according to the received dose, similar to that observed for the whole study population. For children with predisposing factor to cancer, the risk decreased without reaching significance, possibly linked to earlier non-cancer mortality in this group and then to a lower risk to develop later radiation induced cancer. The European project EPI-CT, which includes 9 national cohorts (including the French cohort), will include more than one million children and then will bring further results on this topic.

Les épidémies de méningite sévissent depuis plusieurs décades dans la Ceinture Africaine de la méningite. En 2010, une vaccination de masse avec le vaccin conjugué MenAfriVac® a été entreprise dans la région afin d’éliminer les épidémies dues au méningocoque (Nm) A, principal sérogroupe en cause. L’objectif de cette thèse est de décrire l’épidémiologie des méningites au Niger avant et après l’introduction du vaccin MenAfriVac®; contribuer à une meilleure compréhension des dynamiques des épidémies en comparant les caractéristiques des foyers épidémiques selon le sérogroupe responsable; évaluer l’efficacité et l’efficience des stratégies de surveillance et de réponse vaccinale. Pour cela, nous avons utilisé pour la première fois des donnéesagrégées au niveau géographique de l’aire de santé concernant des cas suspects et des cas confirmés au laboratoire de 2002 à 2015. Nous avonsconsidéré la situation historique d’avant l’introduction du MenAfriVac®, la situation simulant l’élimination du NmA et la situation réelle de réémergence du NmC. La première partie de cette thèse a montré un changement de l’épidémiologie des méningites au Niger, avec l’élimination du NmA à partir de 2011 et la réémergence explosive du NmC en 2015. Les groupes d’âge et les aires du pays les plus affectés depuis 2002 sont également connus. Le pic épidémique était plus précocement détecté au niveau de l’aire de santé. Les incidences annuelles les plus élevées étaient retrouvées dans le sud-est du pays. Nous avons aussi trouvé que les épidémies à NmX présentaient un pic plus élevé que celles à NmA au niveau de l’aire de santé,pendant que le pic du NmW paraissait plus faible. Le sérogroupe C présentait une dynamique épidémique similaire à celle du NmA. Les incidences annuelles montraient des différences moins prononcées, probablement dues auxlongues durées des épidémies à NmA. En simulant l’élimination du NmA, l’efficacité de la réponse était plus importante pour une surveillance au niveau de l’aire de santé et une vaccination du district, alors que l’efficience était optimisée avec la vaccination au niveau de l’aire de santé. Pendant l’épidémie à NmC de 2015, l’efficacité et l’efficience étaient plus élevées pour la stratégie de surveillance au niveau de l’aire de santé et la vaccination du district que pour les autres stratégies. Les stratégies de prévention et de riposte aux épidémies de méningites nécessitent d’être adaptées selon les caractéristiques des sérogroupes de méningocoque prédominant. La surveillance de niveau subdistrict devrait être plus appropriée à la réponse aux épidémies suite à l’élimination des méningites de sérogroupe A et pour l’épidémie à NmC de 2015. / Meningitis epidemics strike since several decades in the African Meningitis Belt. In 2010, a mass vaccination with the conjugate vaccine MenAfriVac® was conducted in the region in order to eliminate epidemics due to meningococcal (Nm) A, the main serogroup in cause. The objective of this thesis is to describe the epidemiology of meningitis in Niger before and after MenAfriVac® introduction; to contribute to a better understanding of epidemics’ dynamics by comparing the characteristics of localized epidemics by serogroup responsible; to evaluate the effectiveness and the efficiency of surveillance and response strategies.For this, we used for the first time data aggregated at the geographical level of health area concerning suspected cases and laboratory confirmed cases from 2002 to 2015.We considered the historical situation of before MenAfriVac® introduction, the situation simulating NmA elimination and the real situation of NmC re-emergence. The first part of this thesis showed a change of meningitis epidemiologyin Niger, with the elimination of NmA from 2011 and the explosive re-emergence of NmC in 2015.The age groups and the country’s area the most affected since 2002 were also known. The epidemic peak was more early detected at the health area level. The highest annual incidences were found in the south eastern part of the country, bordering Nigeria. We also found that epidemics due to NmX tended to have higher peak force at health center level than those due to serogroup A, while the peak force of NmW appeared to be lower. The serogroup C appeared to have epidemic dynamic similar to NmA. Annual incidences showed less pronounced differences, possibly due to the trend for longer duration of NmA epidemics.Whensimulating NmA elimination, effectiveness of the response was highest for health area level surveillance and district level vaccination, while efficiency was optimized with health area level vaccination. For 2015 NmC epidemic, effectiveness and efficiency were higher for health area level surveillance and district level vaccination compared to other strategies. Strategies for prevention and response to meningitis epidemics need to be adapted according to the characteristics of predominant meningococcal serogroups.Subdistrict level surveillance may be most appropriate for meningitis epidemic response following elimination of serogroup A meningitis and for the 2015 NmC epidemic.

L’estimation de fréquence des maladies est nécessaire pour générer des hypothèses étiologiques et évaluer leur l’impact médico-économique. Cependant, il est possible que ces estimations ne reflètent pas uniquement les caractéristiques de fréquence intrinsèque d’une maladie mais aussi de variations dues à des choix méthodologiques qui diffèrent entre études. Cette hypothèse d’une variabilité des fréquences liée à des facteurs méthodologiques a été initialement soulevée par notre premier travail qui visait à estimer la prévalence du syndrome de Gougerot-Sjögren (SGS) primitif au sein de la population française de la Seine-Saint-Denis pendant la période 2007. Malgré une bonne exhaustivité d’identification des cas de 90 % calculée par la méthode de capture-recapture, notre estimation de prévalence de 1,02 cas pour 10 000 habitants est la plus faible estimation de fréquence du SGS primitif publiée dans la littérature à ce jour. En particulier, ce travail a souligné le possible impact des méthodologies de type « recensement » ou « échantillonnage » sur les estimations établies par des études de fréquence. Cette étude a montré aussi pour la première fois une prévalence 2 fois supérieure chez les patients non-européens par rapport aux européens avec des possibles phénotypes distincts. Pour explorer plus en détail l’hypothèse d’une variabilité entre les estimations générées par les approches de « recensement » ou de « échantillon », nous avons réalisé un deuxième travail qui consistait en une méta-analyse de la prévalence de la maladie de Behçet (MB) rapportée par 45 études internationales publiées dans la littérature. Des analyses en sous-groupes et par méta-régression ont montré des variations notables de la prévalence de MB entre zones géographiques mais aussi selon le type d’étude (recensement vs échantillonnage) utilisé. En analyse par méta-régression multivariée, seule la variable « type d’étude » était significativement associée aux valeurs de prévalence de la MB. En conclusion, ces travaux soulignent l’impact de la méthodologie utilisée pour conduire les études de fréquence des maladies. Les différences conceptuelles entre les études de recensement et les études échantillonnage soulevant la question sur la comparabilité des estimations obtenues par ces deux approches. / Estimating the frequency of diseases is of major importance for generating etiologic hypotheses and for assessing their global burden. Although such estimates may reflect the intrinsic frequency characteristics of a disease, they may also reflect variations due to methodological differences between studies. In our first study, we raised this assumption that the variability of disease frequency estimates is linked to methodological factors. This population-based survey aimed at estimating the prevalence of primary Sjögren's syndrome (pSS) in Seine-Saint-Denis, France, during 2007. Despite a high completeness of case-finding, 90%, assessed by capture-recapture analysis, the estimated prevalence of pSS of 1.02 cases per 10,000 adults was the lowest prevalence estimate published in the literature. Also, this study was the first to show a two-fold higher prevalence of pSS in people of non-European than European background and possible ethnicity-related differences in disease phenotypes. In addition, this study highlighted the possible effect of "census" or "sampling" designs on frequency estimates reported from population-based surveys. To explore in more detail the assumption that "census" or "sampling" approaches generate variability in frequency estimates of diseases, we performed a second study, involving a meta-analysis of the prevalence of Behçet's disease (BD) in published reports of 45 international studies. Subgroup and meta-regression analyses showed notable variations in BD prevalence estimates geographically but also by study design (census vs sampling). On multivariate meta-regression analysis, only study design significantly predicted BD prevalence estimates. In conclusion, this thesis highlights the importance of study design in population-based estimates of disease frequency. Conceptual differences between census and sample studies raise questions about the extent to which estimates obtained by either of these two approaches are comparable.

Le Staphylocoque aureus (S. aureus) est une bactérie pouvant causer des infections d’origine communautaire ou hospitalière. En plus des personnes pouvant être infectées par S. aureus, de nombreux individus environ 20-25% parmi les adultes en bonne santé, portent ce pathogène sur leurs corps (ils sont dits "colonisés"). Bien qu’asymptomatique et souvent bénigne, la colonisation à S. aureus peut rarement impliquer un risque d’infection secondaire grave mais représente un risque d’être transmise à une tierce personne. A l’hôpital, le risque d’infection et de transmission apparaît comme étant particulièrement haut pour la souche de S. aureus résistante à la méticilline (SARM). La prévention et la lutte contre le SARM est un problème de santé publique important. Les Nation Unis se sont récemment engagés dans cette lutte en créant le"Global Action Plan on Antimicrobial Resistance". Ce travail de thèse traite de trois différentes études dans la cadre de la prévention et du contrôle de ce pathogène. / Staphylococcus aureus is a bacterium that can cause blood infections that can have a community or hospital origin. Among people infected with S.aureus, about 20-25% is healthy adults that carry the pathogen on their bodies, without suffering any symptom (they are said "colonized"). Although asymptomatic and often benign, colonization with S. aureus involves a risk of secondary infection and represents a serious risk of transmission to a third party. In hospitals, the risk of infection and transmission appears to be unusually high for methicillinresistant S. aureus (MRSA) and complications can be very severe. Prevention and the fight against MRSA is a major public health concern. The United Nations recently engaged in this struggle by creating the "Global Action Plan on Antimicrobial Resistance". This work is about three different studies in the prevention and control of this pathogen.

Diet contributes to a large proportion of preventable deaths and diseases. Adolescence is a period during which diet may particularly evolve, and therefore represents an opportunity to develop long-lasting healthy dietary behaviours. However, dietary habits are particularly subject to social variations, which may lead to social inequalities in health. Tackling them requires public health actions based on a comprehensive approach of social determinants at this life stage. This doctoral thesis aimed to examine socioeconomic and sociocultural disparities in dietary habits among adolescents, using the repeated cross-sectional Health Behaviour in School-aged Children (HBSC) surveys conducted in French- and Dutch-speaking Belgian schools. The three specific objectives of this aim were: (i) to study the socioeconomic disparities in dietary habits of adolescents from different migration status; (ii) to determine trends in dietary disparities between 1990 and 2014; (iii) to estimate disparities in dietary habits according to the socioeconomic and migration status at both individual and contextual levels. Firstly, different socioeconomic disparity patterns according to the migration status were observed, with narrower disparities in 1st-generation immigrants than among natives, highlighting the major role of cultural influences in immigrant populations. Secondly, the long-term trend analyses emphasised increasing disparities for healthy foods and decreasing disparities for unhealthy foods. In addition, when the consumption of a food group increased overall, disparities decreased, and vice-versa. Finally, the multilevel analyses showed that individual and school disparities were independently associated with food consumption frequencies. Furthermore, this observational assessment revealed the weak relationships between nutrition policy in schools and dietary habits. Note that in the Brussels-Capital Region, native adolescents were at higher risk of unhealthy dietary behaviours than immigrants, but the risk of unhealthy behaviours tended to be higher when, in the school, the socioeconomic index decreased, and the proportion of immigrants increased. Overall, our analyses underlined the need to include, in addition to the socioeconomic factors, cultural components in public health actions aimed at addressing social inequalities in adolescent diet, in a multicultural context such as Belgium. Support to schools, with a greater emphasis on those disadvantaged in order to prevent increased inequalities, is needed to develop a consistent and effective nutrition policy. Finally, further studies are needed to better understand the mechanisms behind dietary disparities among adolescents, particularly those related to their migration status and broader socioeconomic environment. / Doctorat en Santé Publique / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Objectif : la principale théorie développée pour expliquer l’incontinence urinaire (IU) et le défaut de support urétral est la théorie du traumatisme obstétrical : l’accouchement par voie vaginale serait susceptible d’entraîner des lésions périnéales à l’origine de l’IU et la pratique de la césarienne constituerait un facteur protecteur. Notre objectif était de préciser la part des facteurs étiologiques non liés à l’accouchement qui participent à la genèse de l’IU reliée à la grossesse chez la femme.Matériel et Méthodes : nous avons d’abord étudié l’impact des facteurs de risque d’IU dans 2 populations distinctes : l’une à distance du premier accouchement (entre 4 et 12 ans), l’autre dans une cohorte de primipares suivies à 1 an du premier accouchement.Résultats : A long terme après le premier accouchement, nous avons retrouvé que la présence d’une IU au cours de la première grossesse augmentait le risque d’IU. Elle diminuait également les chances de rémission de l’IU entre 4 et 12 ans après le premier accouchement. Le mode d’accouchement et les grossesses supplémentaires n’étaient pas associés au risque d’IU à 12 ans. Par contre, un IMC élevé était associé à un risque plus élevé de développer une IU 12 ans après le premier accouchement, tandis que la perte de poids augmentait les chances de rémission. A 1 an après le premier accouchement, l’existence d’une IU lors de la grossesse était un facteur très fortement associé au risque d’IU dans le postpartum, indépendamment du mode d’accouchement. La mobilité cervico-urétrale prénatale, évaluée cliniquement ou à l’aide de l’échographie était associée significativement au risque d’IU 1 an après le premier accouchement. Nous n’avons pas retrouvé d’association significative avec le mode d’accouchement à 1 an du postpartum.Conclusion : Ces résultats montrent donc l’importance de la part des facteurs de risque « non traumatiques » sur le risque d’IU postnatale, en particulier les facteurs de susceptibilité individuelle et métaboliques. La lecture de la littérature pourtant abondante ne permet pas de conclure quant au réél impact du mode d’accouchement sur l’IU postnatale et la possibilité de prévention par la césarienne au sein de groupes à risque particulier. La seule façon d’y répondre serait de mettre en place un essai randomisé comparant la césarienne et l’accouchement vaginal. Dans la troisième partie de ce travail, nous présentons la méthodologie du protocole de recherche que nous souhaitons mettre en place pour répondre à la question. A une époque où la relation médecin-malade évolue, la difficulté réside essentiellement en l’acceptabilité de ce type d’essai, que ce soit auprès des patientes ou des obstétriciens. Une enquête préliminaire permettra d’évaluer la faisabilité d’un tel essai en France. / Objective: the most often cited hypothese to explain urinary incontinence (UI) is the theory of birth trauma: vaginal delivery would be likely to cause perineal tears leading to UI and caesarean section appears as a protective factor. The objective of our work was to clarify the importance of non-obstetric factors involved in the genesis of UI in women.Material and Methods: we first studied the impact of UI risk factors in two distinct populations: one away from the first delivery (between 4 and 12 years), the other at 1 year of the first delivery.Results: Twelve years after 1st delivery, we found that the presence of a UI during pregnancy increase the risk of UI. It also reduced the chance of UI remission between 4 and 12 years after the first delivery. Mode of delivery and additional pregnancies were associated with the risk of UI at 12 years. A higher BMI was associated with a higher risk of developing UI 12 years after the first delivery, while the weight loss increased the chances of remission. At 1 year after the 1st delivery, the existence of UI during pregnancy was a factor strongly associated with the risk of UI in the postpartum period, regardless of mode of delivery. Prenatal cervical-urethral mobility (evaluated clinically or by ultrasound) was significantly associated with the risk of UI 1 year after first delivery.Conclusion: These results show the importance of the "non-traumatic" risk factors on the postnatal UI risk, especially individual susceptibility factors. Yet reading the abundant literature does not conclude as to the real impact of mode of delivery on postnatal IU and the only way to respond would be to set up a randomized trial comparing cesarean and vaginal delivery. In the third part of this work, we present the methodology of the research protocol we wish to set up to answer the question. The problem lies for us in the acceptability of this type of trial. A preliminary investigation will assess the feasibility of such a trial in France.