Le complexe Mycobacterium abscessus (MABSC) fait partie des mycobactéries non tuberculeuses. C’est un pathogène opportuniste environnemental pouvant causer des infections pulmonaires chroniques, en particulier chez les patients atteints de mucoviscidose, et extra-pulmonaires sévères. Il est également résistant à la plupart des antibiotiques, et ne connait pas de traitement efficace. Il se divise en trois sous-espèces : Mycobacterium abscessus subsp. abscessus, Mycobacterium subsp. massiliense et Mycobacterium subsp. bolletii, Ces trois sous espèces possèdent des différences cliniques et de résistance aux antibiotiques, une identification sûre et rapide est don essentielle. De plus, son épidémiologie reste peu connue, notamment au sein des patients atteints de mucoviscidose.Dans un premier temps, nous avons évalué la performance d’identification au sein du MABSC et la caractérisation des principales résistances du kit Genotype NTM-DR. Celui-ci s’est révélé extrêmement efficace, avec une réussite de 100% d’identification de la sous-espèce mais aussi pour la caractérisation des résistances à la clarithromycine et à l’amikacine, qui sont les antibiotiques recommandés pour le traitement d’une infection à MABSC. Ce kit est donc une alternative rapide et robuste aux principales méthodes d’identification et de caractérisation de la résistance chez MABSC.Dans un second temps, nous avons testé l’efficacité de deux molécules différentes, la clofazimine et la tigecycline, en synergie. Une synergie a pu être mise en évidence sur 42 % des isolats, et la présence de clofazimine a permis d’abaisser la concentration minimale inhibitoire de la tigecycline pour 52 % des isolats. Cette association pourrait constituer une alternative thérapeutique efficace et mieux supportable pour le patient.Enfin, nous avons réalisé deux études épidémiologiques : au Vietnam, chez des patients possédant une condition pulmonaire inflammatoire, et en France, chez des patients atteints de la mucoviscidose dans cinq centres hospitaliers différents. En France, un suivi longitudinal a pu être réalisé sur 7 patients de deux centres différents.Le Vietnam présentait un grand nombre de Sequence Type (ST) nouveaux (29/38) ainsi qu’une grande diversité génotypique (0.72 pour 53 isolats). Une majorité de M. massiliense a été mis en évidence. De plus, des ST responsables d’épidémies dans différents pays ont aussi été retrouvés (ST 23 et ST 117). Trois complexes clonaux ont été identifiés, reflétant la grande diversité du complexe M. abscessus dans ce pays. Deux de ces complexes clonaux étaient constitués de M. abscessus subsp. massiliense contenaient les ST 23 et 117. Le grand nombre de nouveaux génotype est dû au manque de données au Vietnam, il s’agit là de la première étude épidémiologique dans ce pays.En France, on retrouvait un plus grand nombre de sequence type connus (20/31), certainement dû au nombre d’études existantes dans cette région. Une majorité de M. abscessus subsp. abscessus a été retrouvé. Sept sequence type d’importance épidémiologique ont été retrouvés, dont le ST 23. Le suivi longitudinal montre que : le risque d’infection exogène est grand ; le pool de génotypes à Brest est plus important qu’à Montpellier, même si les ST persistent chez un même patient, on ne peut exclure le risque d’une infection exogène. Enfin, l’analyse VNTR des isolats des cinq centres suggère une possible transmission nosocomiale ainsi que la diffusion de génotypes en France.En conclusion, ce travail de thèse a permis d’améliorer l’approche de l’identification et du traitement des infections du complexe M. abscessus, en plus d’explorer et de comparer son épidémiologie dans deux populations différentes. Nous montrons la présence ubiquitaire de certains génotypes d’importance cliniques, une grande diversité génotypique, une variabilité du portage chez le patient mucoviscidose ainsi qu’un risque d’infections exogènes et de transmission chez cette population. / The Mycobacterium abscessus complex is a nontuberculous mycobacteria. It is an environmental opportunistic pathogen that can cause chronic lung infections, especially in patients with cystic fibrosis, and severe extra-pulmonary infections. It is also resistant to most antibiotics, and does not have an effective treatment. It is divided into three subspecies: Mycobacterium abscessus subsp. abscessus, Mycobacterium subsp. massiliense and Mycobacterium subsp. bolletii, These three subspecies have clinical and antibiotic resistance differences, Thus, a safe and rapid identification is essential. In addition, little is known about its epidemiology, particularly among patients with cystic fibrosis.First, we assessed the identification performance within the M. abscessus complex and the characterization of the main resistances of a commercial assay (Genotype NTM-DR). The kit was highly efficient, with 100% success in identifying the subspecies and also in characterizing resistance to clarithromycin and amikacin, which are the recommended antibiotics for the treatment of complex M. abscessus infection. This kit is therefore a fast and robust alternative to the main methods for identifying and characterizing resistance in the M. abscessus complex.Secondly, we tested the efficacy of two different molecules, clofazimine and tigecycline, in synergy. Synergy was demonstrated in 42% of the isolates, and the presence of clofazimine reduced the minimum inhibitory concentration of tigecycline in 52% of the isolates. This combination could be an effective and more tolerable therapeutic alternative for the patient.Finally, we carried out two epidemiological studies: in Vietnam, in patients with inflammatory lung disease, and in France, in patients with cystic fibrosis in five different hospitals. In France, longitudinal follow-up was carried out on 7 patients from two different centres, Brest and Montpellier. Two different typing tools were used: MLST and VNTR.Vietnam had a large number of new Sequence Type (ST) (29/38) and a high genotypic diversity (0.72 for 53 isolates). A majority of M. abscessus subsp. massiliense was found. In addition, STs responsible for epidemics in different countries have also been found (ST 23 and ST 117). Three clonal complexes have been identified, reflecting the great diversity of the M. abscessus complex in this country. Two of these clonal complexes were composed of M. abscessus subsp. massiliense containing ST 23 and 117. The large number of new genotypes is due to the lack of data in Vietnam, this is the first epidemiological study in this country.In France, there was a greater number of known sequence type (20/31), certainly due to the number of existing studies in this region. A majority of M. abscessus subsp. abscessus was found. Seven sequence type of epidemiological importance were found, including ST 23. Longitudinal monitoring shows a high variability of the ST in Brest compared to Montpellier, which is confirmed by the VNTR. This follow-up shows that: the risk of exogenous infection is high; the genotype pool in Brest is greater than in Montpellier, even if STs persist in the same patient, the risk of exogenous infection cannot be excluded. Finally, the VNTR analysis of isolates from the five centres suggests possible nosocomial transmission and the spread of genotypes in France.In conclusion, this thesis work has improved the approach to the identification and treatment of M. abscessus complex infections, as well as exploring and comparing its epidemiology in two different populations. We show the ubiquitous presence of certain clinically important genotypes, a high genotypic diversity, a variability in carrying in the cystic fibrosis patient as well as a risk of exogenous infections and transmission in this population

Le déclin physique et la dépendance sont deux composantes importantes du vieillissement. Dans cette thèse, à partir des études des Trois Cités-Dijon et Whitehall II, nous avons montré que le déclin physique, mesuré à travers le déclin de la vitesse de marche, était un bon marqueur du risque de dépendance ultérieure.Certaines personnes connaissent un déclin physique plus prononcé que d’autres ou deviennent dépendants. La deuxième partie de cette thèse s’emploie à identifier les comportements de santé pouvant expliquer cette hétérogénéité. L’inactivité physique, le tabagisme et une faible consommation de fruits et légumes chez les personnes âgées sont associés à un plus haut risque de dépendance. La diminution de l’activité physique, fumer ou arrêter de boire de l’alcool à l’âge adulte sont également associés à un risque plus élevé de dépendance à un âge plus avancé. Enfin, l’obésité et une prise ou une perte de poids importante sont associées chez les personnes âgées à un déclin plus prononcé des performances physiques.Ainsi, cette thèse a contribué à mettre en évidence les méfaits des habitudes de vie défavorables au cours du vieillissement. Il apparait donc primordial d’éduquer la population aux conséquences de leur mode de vie à tout âge sur leur qualité de vie une fois âgée / Physical decline and disability are two important components of ageing. In this thesis, based on the Trois Cités-Dijon et Whitehall II studies, we show that physical decline, measured through walking speed, is a good predictor of subsequent disability.Some people have a more pronounced physical decline than others or become disabled. The objective of the second part of this thesis was to identify health behaviours that could explain this heterogeneity. Physical inactivity, smoking, and low consumption of fruit and vegetables were associated in older people with a higher risk of disability. Moreover, decreasing physical activity, smoking, or stopping drinking alcohol in adulthood were also associated with a higher risk of disability in older people. Finally, obesity and increasing or decreasing weight are associated in older people with a faster decline of physical performances.This thesis has contributed to demonstrate the harmful effects of adverse lifestyle during ageing. It appears therefore important to educate people about the consequences of their lifestyle at any age on their quality of life once older

L'ostéoporose est une maladie qui fragilise la structure osseuse et provoque des fractures qui ont des conséquences individuelles et sociétales importantes. Certains traitements ont démontré leur efficacité dans la réduction du risque de fracture, mais il s'avère que les prises en charge diagnostiques et thérapeutiques, ainsi que l'adhésion thérapeutique des patients ne sont pas optimales, réduisant ainsi les bénéfices de ces thérapeutiques en pratique réelle. Nous nous sommes tout d'abord intéressés aux pratiques de prise en charge diagnostiques et thérapeutiques et avons (i) quantifié l'augmentation massive des dosages sériques de vitamine D entre 2008 et 2013 et montré qu'elle était essentiellement due à une augmentation du nombre de patients recevant un seul dosage et (ii) montré que la proportion de patientes initiant un traitement anti-ostéoporotique suite à une fracture du poignet ou de l'humérus entre 2009 et 2011 demeurait faible en France (9%). Suite à ce constat, nous nous sommes interrogés sur l'efficacité et l'efficience des interventions visant à améliorer la prise en charge des patients à risque de fracture ostéoporotique. Notre revue de la littérature a montré que ces interventions avaient une efficacité significative sur la prescription de densité minérale osseuse mais un impact plus limité sur la prescription de traitement. Les interventions de type « structurelles » et celles consistant en un envoi de matériel éducationnel aux patients et ou professionnels de santé étaient des stratégies dominantes d'un point de vue médico-économique et les interventions avec un échange éducationnel étaient coût-efficaces. Enfin, chez des patients initiant un traitement par bisphosphonate oral nous avons comparé l'adhésion thérapeutique entre le princeps et le générique. Contrairement à notre hypothèse de départ, le fait d'initier le traitement avec un médicament générique n'était pas associé à une baisse de l'adhésion thérapeutique / Osteoporosis is a silent disease that weakens the patient's bone structure and causes fractures that have significant individual and societal consequences in terms of health and dependence. Treatments have been shown to be effective in reducing the risk of fracture, but it appears that diagnostic and therapeutic management and medication adherence of patients at risk of osteoporotic fracture are not optimal, which may minimize the benefits of these therapies in real practice. Initially, we focused on diagnostic and therapeutic management practices and showed that (i) the massive increase in reimbursements for vitamin D dosages observed between 2008 and 2013 was essentially due to an increase in the number of patients receiving a single dosage and not to intensive follow-up of a restricted population particularly at risk of deficiency, and (ii) the proportion of patients initiating anti-osteoporotis treatment following a wrist or humerus fracture between 2009 and 2011 remained low in France (9%). Following this observation, we questioned the effectiveness and efficiency of interventions aimed at improving the management of patients at risk of osteoporotic fracture. Interventions to improve the management of patients who have had a fracture or at risk of fracture had significant efficacy on bone mineral density prescription but a more limited impact on treatment prescribing. We have shown that "structural" interventions and those consisting of sending educational materials (for patients, health professionals or both) were dominant strategies from a medico-economic point of view, and that interventions with educational exchange were cost-effective. Finally, we compared the therapeutic adherence (implementation and persistence) of patients initiating oral bisphosphonate therapy between those taking the brand drug and those taking the generic drug. Initiating treatment with a generic drug was not associated with a decrease in therapeutic adherence

Les êtres vivants sont confrontés à des parasites qui diminuent leur fitness et se répandent dans la population. En réponse, les hôtes ont développé de nombreuses défenses immunitaires qui sont souvent mises en défaut par l'évolution des parasites. Ces défenses sont de plus souvent extrêmement diversifiées génétiquement. Quel est donc l'apport de la diversité génétique des défenses contre l'évolution des parasites ? Répondre à cette question expérimentalement nécessite un système biologique pour lequel on peut étudier la diversité génétique de l'hôte et l'évolution et la propagation du parasite. Les systèmes bactéries/phages sont de bons candidats pour une telle étude : leur manipulation au laboratoire est aisée, leurs cycles de vie sont rapides et ils ont de forts taux de mutation. La découverte récente de l'immunité CRISPR--Cas a ouvert de nombreuses possibilités : cette dernière a la propriété unique de générer dans le même fond génétique que l'hôte sensible de nombreux allèles de résistance. De plus, son mécanisme de fonctionnement reposant sur une interférence à ARN, la cible d'une résistance est très précisément connue ainsi que les possibilités de la contourner. Ce système permet donc l'étude expérimentale de l'impact de la diversité génétique sur la propagation et l'évolution des parasites, et sur la co-évolution antagoniste. Dans cette thèse, nous cherchons à 1) déterminer l'impact de la composition de la population d'hôtes sur la probabilité qu'une épidémie créée par un virus mutant ait lieu (émergence évolutive), 2) expliciter les causes de l'hétérogénéité de durabilité des résistances et 3) étudier la dynamique co-évolutive entre population génétiquement diversifiée d'hôtes et de parasites. Nous montrons que la composition de la population d'hôtes module fortement la probabilité d'émergence évolutive : une faible diversité génétique associé à un taux intermédiaire d'hôtes sensibles maximisant la probabilité d'émergence évolutive. Dans un second temps, nous montrons que l'immunité CRISPR génère des résistances dont la durabilité est hétérogène et cette hétérogénéité ne peut pas être expliquée par une hétérogénéité des fitness des mutants contournant CRISPR. Enfin, nous montrons que la diversité des résistances est maintenue à court terme par l'hétérogénéité des populations de parasites et que la dynamique co-évolutive est accélérée en présence d'une population génétiquement diverse. Enfin, nous proposons des pistes de recherche qu'il nous parait intéressant d'étudier dans le futur. / Living organisms face parasites which decrease their fitness and spread into their population. In response, hosts have evolved countless immune defenses that are often circumvented by parasite evolution. These defenses are usually extremely diverse. What is the impact of such genetic diversity on the protection against the evolution of parasites? Answering this question experimentally requires an experimental system in which host genetic diversity and parasite evolution and spreading can be monitored. Phages and bacteria systems are ideal candidates for such studies as their handling is easy in the lab, their life cycle is short and their mutation rates is high. The recent discovery of CRISPR--Cas immunity has opened many possibilities. Indeed, this immunity has the unique property to generate in the same genetic background as the sensitive host, numerous resistant alleles. In addition, it relies on an interference--RNA-like pathway, which results in the precise understanding of phage bypassing and in the ability to predict the targeted sequence. This system hence allows the experimental study of the impact of host genetic diversity on the epidemiology and the evolution of parasites and on antagonist coevolution. In this PhD, we 1) study how the host population composition impacts the probability of an epidemic created by an escape mutant (evolutionary emergence), 2) try to understand the causes of the heterogeneity in durability of resistances and 3) monitor the coevolution dynamic between genetically diverse populations. We show that the composition of the host population impacts the probability of evolutionary emergence: a low resistances diversity with an intermediate proportion of sensitive hosts maximises the probability of evolutionary emergence. Second, we show that CRISPR--Cas resistances are heterogeneous in their durability and this is not explained by the heterogeneity of escape mutants fitness. Third, we show that resistances diversity is conserved in a short term by parasites genetic diversity and that the coevolutionary dynamic is fastened by parasite intra-specific genetic diversity. Finally, we discuss research questions that we find interesting to develop in the near future.

Face à la limite de la littérature sur l’impact de l’environnement notamment alimentaire dans le vieillissement oculaire liée en partie aux manques de données en population générale particulièrement la plus âgée en France, nous nous sommes intéressés dans un premier temps, aux relations entre l’alimentation, les xanthophylles plasmatiques et le pigment maculaire puis sa distribution spatiale et dans un second temps, au profil des acides gras et les signes de sécheresse oculaire chez les 1153 participants de l’étude Montrachet.Dans un premier temps, nous avons mis en évidence une augmentation de la concentration plasmatique de lutéine et zéaxanthine chez les personnes consommant fréquemment des courges et courgettes et ainsi, une augmentation de la densité optique du pigment maculaire chez les personnes âgées non-fumeurs ayant une concentration plasmatique élevée en lutéine. De plus, nous avons fourni des valeurs du pigment maculaires qui pourraient servir de référence en population générale pour des études épidémiologiques. Nos résultats sont très cohérents avec ceux des autres études épidémiologiques même si notre population est en moyenne plus âgée. Par ailleurs, nous avons montré que les signes de la sécheresse oculaire sont plus fréquents chez les personnes âgées ayant des concentrations plasmatiques faibles en acides gras polyinsaturés et saturés. Ainsi, nos résultats apportent des éléments nouveaux dans l’implication des acides gras dans le processus de la sécheresse oculaire.Enfin, ces travaux de thèse, viennent enrichir la littérature relative au pigment maculaire, sa densité, sa répartition spatiale et ses déterminants ainsi que les déterminants de la sécheresse oculaire. Cependant, compte tenu de caractère transversal de nos études, ces résultats permettent seulement d’émettre des hypothèses qui seront confirmées à l’aide d’études longitudinales et pourraient contribuer à conforter l’intérêt des interventions reposant sur des supplémentation en caroténoïdes xanthophylles. / Given the limits of the literature on the environmental nutritional impact in ocular aging witch is partially due to the lack of data in general population notably in French elderly, first, we were interested in the relationships of diet, plasma xanthophylls and macular pigment optical density as well as its spatial distribution and second of plasma fatty acids and dry eye disease signs in the 1153 Montrachet study participants.Firstly, we reported the high consumption of squash, the high plasma lutein and zeaxanthin levels and also the high plasma lutein level, the high macular pigment optical density level in nonsmokers subjects. In addition, the macular pigment values we provided in the study could be used as reference in population based study. Our results are very consistent with those found in other epidemiological studies even though our population is on average older. Secondly, we have shown that dry eye disease signs are more frequent in elderly subjects with low plasma polyunsaturated and saturated fatty acids level. Thus, our results provide new elements in the involvement of fatty acids in the process of dry eye disease.Finally, this work enriches the literature on macular pigment, its density, as well as its spatial distribution and its determinants as well as the determinants of dry eye disease. However, given the transversal nature of our studies, these results make only possible to formulate hypotheses that will be confirmed with longitudinal studies and could reinforce the interest of interventions based xanthophylls carotenoids supplementation in elderly.

Influenza aviaire est une maladie infectieuse contagieuse, due à des virus de la famille des Orthomyxoviridae, les virus Influenza A, touchant les oiseaux et susceptible d'entraîner une mortalité extrêmement élevée, notamment chez les volailles. Les souches hautement pathogènes des virus influenza aviaire provoquent une maladie sévère et mortelle chez les volailles et constituent un risque pour la santé publique. En février 2006, la France a été touchée par une épizootie d'influenza aviaire H5N1 hautement pathogène, qui s'est répandu dans l'avifaune sauvage de la zone humide la Dombes. La Dombes est une zone humide, mosaïque de plus de mille étangs, et une zone d'importance ornithologique internationale, abritant des milliers d'oiseaux d'eau. C'est une zone à risque pour la propagation de l'influenza aviaire de part à la fois la présence des populations d'oiseaux sauvages sur les étangs et de la proximité de ces populations aux élevages de volailles qui parsèment la région. L'objectif principal de ce travail est la modélisation du risque influenza aviaire dans la région de la Dombes. Ce travail est axé sur l'avifaune sauvage et sur le risque d'infection et de transmission de l'infection par les oiseaux sauvages. Nous avons, dans un premier temps, identifié les caractéristiques particulières à la Dombes, pouvant influer sur l'épidémiologie de l'influenza aviaire dans la région. Les trois acteurs principaux de l'écosystème de la Dombes sont les étangs, les populations d'oiseaux sauvages et les élevages de volailles. Ensuite, le risque influenza aviaire dans la Dombes a été décliné à deux niveaux : 1) dans l'écosystème d'un seul étang ; et 2) au sein d'un réseau d'étangs comme caractérisés en 1), où la propagation de l'infection peut se faire d'étang à étang. Au niveau étang, le risque influenza aviaire est modélisé, d'une part, par le temps de persistance des virus influenza aviaire dans l'eau de l'étang, et d'autre part, par la dynamique de l'infection au sein des populations d'oiseaux sauvages par transmission directe entre oiseaux et indirecte via l'eau de l'étang. Au niveau réseau d'étangs, l'analyse du risque permet d'identifier des groupements spatiaux d'étangs à risque élevé d'infection aux virus influenza aviaire. Quant au risque d'exposition des élevages aux virus influenza aviaire d'origine de l'avifaune sauvage, il est calculé en tenant compte à la fois de la proximité des élevages aux étangs susceptibles d'être infectés et de la probabilité de ces étangs à être infectés en cas d'épizootie. / Avian influenza is a contagious infectious disease caused by viruses of the family Orthomyxoviridae, influenza A viruses, affecting birds and known to cause extremely high mortality, especially in poultry. Highly pathogenic strains of avian influenza viruses cause severe and fatal disease in poultry and pose a risk to public health. In February 2006, France was hit by a highly pathogenic H5N1 avian influenza outbreak, affecting aquatic wildfowl in Dombes wetland. The Dombes is a wetland mosaic of more than a thousand ponds and an area of international ornithological importance, home to thousands of waterfowl. This is an area at risk for the spread of avian influenza viruses due to both the presence of wild birds on the ponds and the proximity of these populations to poultry farms that are present in the area. The main objective of this work is the modeling of the avian influenza risk in the Dombes region. This work is focused on the wildfowl and the risk of infection and transmission of infection by wild birds. As a first step, we have identified the specific characteristics of the Dombes area, which may affect the epidemiology of avian influenza in the region. The three main players in the Dombes ecosystem are the ponds, the wildfowl populations and the poultry farms. Secondly, the avian influenza risk in the Dombes was declined at two levels: 1) in the ecosystem of a single pond; and 2) within a network of ponds as characterized by 1), where the infection is spread from pond to pond. At the pond level, the avian influenza risk is modeled, on the one hand, by the persistence time of avian influenza viruses in the water of the pond, and, on the other hand, by the infection dynamics within wild bird populations by direct transmission between birds and indirectly through the water of the pond. At the ponds network, the risk analysis identifies spatial clusters of ponds at high risk of infection with avian influenza viruses. Concerning the risk of exposure of poultry farms to avian influenza viruses of wildfowl origin, it is calculated taking into account both the proximity of the farms to ponds likely to be infected and the probability of these ponds to become infected during an outbreak.

L’objectif de cette thèse était d’analyser les données épidémiologiques du cancer chez le sujet âgé, à partir des données du Registre Général des cancers de la Martinique. Ces travaux ont nécessité l’analyse de données d’incidence, de mortalité et de survie et ont permis une meilleure compréhension des déterminants de santé des populations âgées atteintes de cancer, et des inégalités selon l’âge au diagnostic.Les publications ont porté sur le panorama du cancer en Martinique, ainsi que sur deux pathologies traceuses que sont le cancer de la prostate et le cancer colorectal. Les perspectives de coopération dans la caraïbe ont été étudiées à la fois par l’établissement d’une cartographie des acteurs de la coopération via les équipes des Registres Généraux des cancers de la Caraïbe ainsi que par la création d’une plateforme numérique dont les modules permettront à termes, la réduction des disparités en santé au sein de la Caraïbe, grâce à la co-construction de programmes de santé publique fédérateurs pour les pays de la Caraïbe.Les perspectives sont nombreuses en termes de déclinaison d’actions associant les professionnels de santé et les autorités de santé dans le cadre du plan cancer 2014-2019.En 2040, les projections de populations indiquent que 40% de la population martiniquaise sera âgée de plus de 65 ans. Des actions de santé publique devront être déclinées dans les prochaines années, compte-tenu de l’impact prévisible du vieillissement sur le profil démographique et sanitaire. Ces travaux permettront de souligner l’importance d’une structuration de la prise en charge des patients atteints de cancer, dans une perspective de coopération avec la Caraïbe. / The objective of this thesis was to analyse epidemiological cancer data in elderly subjects based on the data from the Martinique Cancer Registry. These studies called for analysis of data on incidence, mortality and survival yielded an improved understand of the determinants of health among elderly subjects with cancer, and inequalities according to age at diagnosis.The publications presented in this work concern an overview of cancer in Martinique, as well as two benchmark conditions, namely prostate and colorectal cancer. Perspectives for cooperation in the Caribbean were investigated; firstly by mapping existing collaborations between teams in the General Cancer Registries of the Caribbean; and secondly by creating a digital platform whose modules will eventually make it possible to eliminate disparities in healthcare in the Caribbean thanks to the co-development of inclusive public health projects for Caribbean countries.There are numerous perspectives for developing joint activities bringing together healthcare professionals and health authorities within the framework of the national cancer action plan for the period 2014 – 2019.Projections suggest that by 2040, 40% of Martinique’s population will be aged over 65 years. Public health programmes will be necessary in the coming years, given the predictable impact of ageing on the demographic and sanitary profile. The work presented here underlines the importance of structuring management of cancer patients with a view to cooperation with the Caribbean.

L'ostréiculture, dominée par l'élevage de l'huître creuse Crassostrea gigas, représente plus de 70% du chiffre d'affaire réalisé par l'aquaculture française. Au sein des écosystèmes aquatiques, les bactéries appartenant au genre Vibrio forment l'un des groupes bactériens les plus abondamment représentés. Deux espèces, Vibrio splendidus et Vibrio aestuarianus, sont fréquemment associées et de façon récurrente, à des mortalités sévissant dans les élevages d'huître creuse Crassostrea gigas, le plus souvent en période estivale. Ce travail de thèse avait pour objectifs d'étudier des interactions Vibrio-huître et leurs modulations en fonction de la virulence des pathogènes et des paramètres génétiques et physiologiques de l'hôte. Le développement d'outils de détection et de quantification sensibles et spécifiques et la maîtrise de protocoles d'infection expérimentale à Vibrio ont permis d'explorer des mécanismes de virulence, d'étudier la variabilité de la sensibilité des huîtres à ces Vibrio et de caractériser la pathogenèse. L'étude de la diversité spécifique des souches bactériennes isolées dans un contexte de mortalité estivale sur une large échelle de temps et d'espace a permis de montrer la prédominance épidémiologique du groupe V. splendidus et de l'espèce V. aestuarianus associée aux épisodes de mortalité estivale de C. gigas en France. Une corrélation ayant été observée entre pouvoir pathogène et activité métalloprotéasique, un test phénotypique prédictif de la virulence des souches a été proposé. L'exploration du phénomène de synergie dans la pathogénicité des deux souches observé en co-injection expérimentale a conduit à la mise en évidence de l'existence d'un système de quorum sensing régulant aux niveaux intraspécifique (V. splendidus) et interspécifique (V. splendidus/V. aestuarianus) la production et l'expression au niveau transcriptionnel des gènes codant les métalloprotéases Vsm et Vam des deux souches étudiées. L'analyse statistique des cinétiques de mortalité obtenues chez des familles de demi-frères diploïdes et triploïdes soumises à un protocole de co-infection standardisée révèle une sensibilité accrue des huîtres à cette vibriose expérimentale, en période de gamétogenèse active. Les huîtres triploïdes soumises à cette même infection expérimentale n'ont présenté aucun avantage significatif. L'existence d'une base génétique de la sensibilité des huîtres aux vibrioses expérimentales a été illustrée par l'évaluation des sensibilités de quatorze familles de la cinquième génération (G5) issue du programme de sélection divergente réalisée dans le cadre de MOREST. Cette étude a également permis la description de co-infections à herpès virus OsHV-1 et V. aestuarianus suggérant une multi-étiologie des phénomènes de mortalité estivale. Une étude de pathogenèse à V. splendidus et V. aestuarianus réalisée par cohabitation a visé l'exploration des interactions liant l'huître creuse C. gigas et les Vibrio virulents, V. splendidus et V. aestuarianus, ou non virulents présents naturellement dans la flore endogène de l'hémolymphe ou dans l'eau des aquariums. Cette nouvelle approche a permis de mettre en évidence la rapidité de transmission des Vibrio virulents des huîtres infectées aux huîtres sentinelles en moins de deux heures, accompagnée d'une perturbation significative, précoce et transitoire de la réponse immunitaire de l'hôte au niveau transcriptionnel au cours des six premières heures de cohabitation. La prise en charge différentielle des Vibrio pathogènes et des Vibrio commensaux par l'huître suggère l'existence de mécanismes conduisant à une spécificité des réponses de l'huître visant l'élimination des Vibrio pathogènes et le maintien d'une flore vibrionacée endogène probablement bénéfique pour C. gigas.

Peu étudiée et méconnue, initialement décrite au début du XXème siècle, Helicobacter pylori fut redécouverte en 1982 par deux chercheurs australiens, JR Warren et BJ Marshall. Ils soutinrent que la plupart des ulcères gastro-duodénaux étaient causés par cette bactérie, et non par le stress ou la nourriture épicée, comme pensé auparavant. Cette découverte révolutionna le monde de la gastroentérologie et leur valut le prix Nobel de physiologie et de médecine 2005. Environ la moitié de la population mondiale est colonisée par H. pylori au niveau de l'estomac. Dans 10 à 20% des cas, l'infection peut évoluer vers un ulcère gastro-duodénal et dans certains cas vers une transformation maligne. Cette infection se soigne classiquement à l'aide d'une trithérapie associant 2 antibiotiques à un inhibiteur de la pompe à protons pour neutraliser l'acidité gastrique. Notre travail de recherche a consisté à analyser la proportion de patients infectés par H. pylori dans une cohorte de plus de 22.000 patients, issus de divers groupes ethniques, vivant en Belgique. Ces souches de H. pylori, isolées dans notre laboratoire, à partir des biopsies gastriques, ont aussi servi à une étude pour suivre l'évolution de la résistance aux antibiotiques ces 20 dernières années afin de proposer des améliorations de la prise en charge thérapeutique de l'infection à H. pylori en Belgique.

L'intensification de l'agriculture a amélioré de façon considérable la production alimentaire ces dernières cinquante années mais elle s'est accompagnée d'un impact croissant sur l'environnement. En particulier, la modernisation de l'agriculture a impliqué une simplification de la structure des paysages agricoles rendant nos agro-ecosystèmes plus sensibles au risque épidémique. L'utilisation de la diversité génétique des cultures est une solution prometteuse pour réduire le risque d'occurrence et de propagation des maladies des cultures. Elle nécessite cependant une gestion collective des espaces agricoles. En conséquences, l'échelle d'étude ne doit plus se focaliser sur la parcelle mais sur le paysage. Dans cette thèse, nous nous interessons aux processus se déroulant à l'échelle du paysage et au rôle de la diversité des plantes cultivées pour le contrôle des épidémies. Nous avons identifié trois questions: comment les populations pathogènes se propagent-elles dans un paysage d'hôtes hétérogène ? Comment les différents génotypes composant la population pathogène entrent-ils en compétition au sein d'une population hôte diversifiée ? et, à plus long terme, comment les populations pathogènes évoluent-elles en réponse à la structure des populations hôtes ? Chacune de ces questions a été approfondie grâce à l'analyse de données obtenues en condition de production mais aussi par des approches théoriques. Nous avons montré que la composition et la structure spatiale des populations hôtes influence fortement la population pathogène. Cependant, les recommandations que peut fournir ce travail pour gérer la diversité génétique dépendent de l'objectif visé.