Orientador: Mario Luiz Teixeira de Moraes / Resumo: A aroeira (Myracrodruon urundeuva) é uma espécie dioica e se encontra na lista de espécies ameaçadas de extinção, devido ao seu alto valor econômico e à destruição do seu habitat. Dessa forma, se faz necessária a adoção de estratégias para a conservação ex situ dessa espécie arbórea nativa, de tal modo que a variabilidade genética das populações seja mantida. O objetivo deste trabalho foi quantificar a proporção sexual, a sobrevivência e a variação genética do diâmetro à altura do peito (DAP), em seis testes de progênies de M. urundeuva provenientes de seis populações distintas originárias de três biomas (Caatinga, Cerrado e Mata Atlântica). O delineamento utilizado, em cada teste de progênies, foi o de bloco casualizado. As estimativas de componentes de variância e parâmetros genéticos, para os caracteres quantitativos para os caracteres quantitativos, DAP e sobrevivência, foram realizadas pelo método REML/BLUP (máxima verossimilhança restrita / melhor predição linear não viciada). O tamanho efetivo da população foi calculado com base no número de indivíduos com flores masculinas e femininas, em um modelo que não há controle de gametas (RS). Verificou-se com base nas estimativas dos parâmetros genéticos que as procedências de Itarumã e Seridó expressam maior variação genética para o caráter DAP, o que possibilita sua utilização na conservação e no melhoramento genético. Foram encontrados altos percentuais de sobrevivência o que caracteriza uma ótima adaptação da espécie no l... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aroeira (Myracrodruon urundeuva) is a dioecious species and is on the list of endangered species due to its high economic value and the destruction of its habitat. That way, becomes necessary the adoption of strategies for the ex situ conservation of native tree species, such that the genetic variability of populations is maintained. The objective of this work was to quantify the sex ratio, the survival and the genetic variation of the diameter at breast height (DBH), on six test progenies of Myracrodruon urundeuva from six distinct populations originating three biomes (Caatinga, Cerrado and Atlantic Forest). The design used, in each progeny test, was a randomized block design. Estimates of variance components and genetic parameters, for quantitative traits DBH and survival, were obtained by REML / BLUP method (restricted maximum likelihood / best linear prediction untainted). The effective population size was calculated based on the number of individuals with male and female flowers in the population, in a model that there is no control of gametes (RS). It was verified based on the estimates of the genetic parameters that the Itarumã and Seridó provenances express greater genetic variation for the DBH character, which allows their use in conservation and genetic improvement. High survival percentages were found, which characterizes an optimal adaptation of the species at the planting site. The sex ratio was biased, with predominance of male flowering plants (3♂:1♀), but ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Resumo: Os marcadores de microssatélites tem sido utilizados com grande freqüência como ferramenta efetiva para estudos de estrutura genética de populações, fluxo gênico, parentesco e para quantificar os efeitos da fragmentação de habitats e guiar estratégias de conservação e melhoramento genético. Este trabalho teve como objetivo avaliar a diversidade genética e o sistema reprodutivo em progênies de duas populações de Myracrodruon urundeuva, procedentes de Aramina-SP e Selvíria-MS, assim como verificar os efeitos da ação antrópica sobre estas populações. Foram avaliadas 25 progênies de cada população, cada uma com 17 a 20 indivíduos, sendo analisados oito locos polimórficos de regiões microssatélites. Observouse 118 alelos nas duas populações e o número efetivo por loco ( e A ∧ = 4,05) foi inferior ao número médio de alelos por loco ( ∧A= 14,75), indicando elevado número de alelos em baixa freqüência. O índice de fixação (F = 0,210 e 0,107, respectivamente para Aramina e Selvíria) foi positivo, relativamente alto e significativamente diferente de zero. A taxa de cruzamento multilocos ( ∧ m t = 1,000 e ∧ m t = 1,000) e unilocos ( ∧ s t = 0,989 e ∧ s t = 0,999) para as populações de Aramina e Selvíria, respectivamente, foram altos, confirmando que a espécie é obrigatoriamente de cruzamento. A diferença entre a taxa de cruzamento multilocos e unilocos indicam cruzamentos entre indivíduos aparentados na população de Aramina. 9 Entretanto, as duas populações apresentaram alta diversidade genética, o que as qualifica para utilização em programas de conservação e melhoramento genético da espécie. / Abstract: The microsatellite markers has been often employed as effective tool for studies of genetic structure of populations, gene flow, relationship and also for to quantify environmental fragmentation effects and to outline strategies for conservation and breeding. This study aimed to evaluate the genetic diversity and mating system in progenies of two Myracrodruon urundeuva populations from Aramina-SP and Selvíria-MS, as well as verify the effects of antropic action on these populations. From each population were evaluated 25 progenies, with 15-20 individuals each, using genetic data from 8 microsatellite loci. There was 118 alleles in both populations and the actual number per locus ( e A ∧ = 4.05) was lower than the average number of alleles per locus ( ∧A = 14.75), indicating high number of alleles in low frequency. The fixation index (F = 0,210 e 0,107, respectively for Aramina and Selvíria) was positive, relatively high and significantly different from zero. The multilocus outcrossing rate ( ∧ m t = 1,000 e ∧ m t = 1,000) single-locus ( ∧ s t = 0,989 e ∧ s t = 0,999) for the populations for Aramina and Selvíria, respectively, they were high, confirming that the species is obligatorily for outcrossing. The difference between the multilocus outcrossing rates and single-locus outcrossing rate indicates mating among relatives in the Aramina population. Meanwhile, the 11 two populations had high genetic diversity, which qualifies them for use in programs for conservation and breeding of this species. / Orientador: Mário Luiz Teixeira de Moraes / Coorientador: Cristina Lacerda Soares Petrarolha Silva / Banca: Alexandre Magno Sebbenn. / Banca: Karina Martins. / Mestre

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:26:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 OLIVEIRA_JUNIOR_Paulo_2012.pdf: 2558678 bytes, checksum: a031764ca6a58411f3a5fd0752aac91f (MD5) Previous issue date: 2012-06-28 / Financiadora de Estudos e Projetos / Several critically endangered species and subspecies have been saved from extinction in recent years by Ex Situ conservation strategies. However, captive populations are generally small and exposed to the effects of genetic drift, inbreeding and founder effects. Thus, a major challenge for long-term reproduction of these animals is to reduce the loss of heterozygosity and of allelic diversity. The genetic management can guide the matings to maintain the genetic variation as high as possible in the population. It can be achieved by calculating the genetic distance between the specimens, which is performed using molecular biology techniques. The Black-fronted Piping-Guan, Aburria jacutinga (Aves, Cracidae), is an endemic bird of the Atlantic Forest that is threatened of extinction due to the drastic destruction of this biome and the heavy hunting pressure. Among the suggested conservation actions for this species are the development of an Ex Situ conservation program with the goal of making reintroductions in areas where it has become extinct, as well as the maintenance of these captivity stocks controlled by a studbook. Here we have genotyped and analyzed 146 individuals from the five main breeding facilities. The results demonstrated five genetically differentiated populations of Black-fronted Piping-Guan, but their levels of genetic variability were very similar. However when these levels are compared with other species, the data suggest that the genetic variation is lower than desirable to reach the objectives proposed by the Ex Situ conservation programs. Pairing tables and genetic rankings were constructed and indicated kinship and levels of genetic variability of each bird. It was possible to identify the best pairs to be mated and individuals that were adequate for reintroductions. / Diversas espécies e subespécies criticamente ameaçadas foram salvas da extinção nos últimos anos por meio de estratégias de conservação Ex Situ. Porém, as populações de cativeiro são geralmente pequenas, e quanto menor uma população, mais exposta ela se torna aos efeitos da deriva genética, endocruzamento e efeitos fundadores. Assim, um dos grandes desafios para a reprodução em longo prazo desses animais é amenizar a perda de diversidade alélica e heterozigose. O manejo genético pode orientar os acasalamentos de maneira a manter na população a maior variação genética possível através do cálculo da distância genética entre os espécimes, que é realizado por técnicas de biologia molecular. A jacutinga, Aburria jacutinga (Aves, Cracidae), é uma ave endêmica da Mata Atlântica que está ameaçada de extinção devido à drástica destruição deste bioma e à forte pressão de caça. Dentre as ações de conservação sugeridas para esta espécie estão o desenvolvimento de um programa de conservação Ex Situ visando a reintrodução em áreas nas quais ela se tornou extinta e a manutenção desses estoques em cativeiro controlados por um studbook. Foram genotipados e analisados 146 indivíduos oriundos de cativeiro. Os resultados demonstram 5 populações diferenciadas geneticamente de jacutinga, mas seus níveis de variabilidade genética são bastante semelhantes. Entretanto quando esses níveis são comparados com outras espécies, os dados sugerem que a variação genética está abaixo do desejável para se alcançar os objetivos propostos pelos programas de conservação Ex Situ. Tabelas de pareamento e rankings genéticos foram construídos e indicam as relações de parentesco e níveis de variabilidade genética de cada ave. Com eles foi possível apontar os melhores pares a serem acasalados e os indivíduos que estão aptos a serem reintroduzidos.

Submitted by Caroline Periotto (carol@ufscar.br) on 2016-10-10T15:06:40Z No. of bitstreams: 1 DissGRF.pdf: 3437375 bytes, checksum: 6462dc22eaf7cf1e73ecf9875bbef4d9 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-20T19:50:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissGRF.pdf: 3437375 bytes, checksum: 6462dc22eaf7cf1e73ecf9875bbef4d9 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-20T19:50:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissGRF.pdf: 3437375 bytes, checksum: 6462dc22eaf7cf1e73ecf9875bbef4d9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-20T19:50:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissGRF.pdf: 3437375 bytes, checksum: 6462dc22eaf7cf1e73ecf9875bbef4d9 (MD5) Previous issue date: 2016-06-22 / Outra / The Lear's Macaw (Anodorhyncus leari) is an endemic parrot of northeastern Bahia state, classified as endangered mainly due to the destruction of their habitats and wildlife trade. It was recently discovered in the wild, and few studies are known for this species. Understanding behavioral patterns of species threatened by extinction is essential for developing effective conservation strategies. Here we describe the behavioral repertoire of a group of this species maintained by the São Paulo Zoological Park Foundation. We carried out observations between October 2014 and February 2015, totaling 348 hours of sampling effort through ad libitum continuous record, in two different environmental conditions, both in in pairs and in flock. We described 60 behavioral states, grouped in categories maintenance, locomotion, feeding, social, stereotyped, reproductive and alert. We also found five patterns of vocalization (alarm, contact, cohesion, reproduction and imitation). Most of the behaviors described for other species is also reported here to A. leari, more similar to A. hyacinthinus. We discuss the differences in order to contribute to the formulation of a behavioral profile for this species, and with information that may assist in maintaining normal behavior in captivity. / A arara-azul-de-lear (Anodorhyncus leari) é um psitacídeo endêmico da caatinga do nordeste do estado da Bahia, classificada como em perigo de extinção em decorrência principalmente da destruição do seu habitat e do tráfico de animais silvestres. Foi descoberta na natureza a relativamente pouco tempo, sendo escassos estudos sobre a espécie. A compreensão de padrões comportamentais de espécies ameaçadas é fundamental para a elaboração de estratégias conservacionistas eficientes. O presente trabalho teve como objetivo o levantamento do repertório comportamental de um grupo de indivíduos da espécie mantidos pela Fundação Parque Zoológico de São Paulo. As observações ocorreram entre outubro de 2014 e fevereiro de 2016, totalizando 348 horas de esforço amostral através de amostragem ad libitum de registro contínuo com caráter qualitativo em duas condições ambientais distintas, tanto na manutenção dos indivíduos em pares quanto em bando, resultando na descrição de 60 condutas comportamentais dentro das categorias manutenção, locomoção, alimentação, social, estereotipado, reprodutivo e alerta, além de cinco padrões de vocalização (alarme, contato, coesão, reprodução e imitação). A maioria dos comportamentos descritos para outras espécies é relatada para A. leari, com maior semelhança com A. hyacinthinus. Porém as diferenças são discutidas com o objetivo de contribuir com a formulação de um perfil comportamental para a espécie e com informações que possam auxiliar na manutenção de comportamentos naturais em cativeiro.

Submitted by Jose Cambuim null (jcambuim@adm.feis.unesp.br) on 2017-06-30T14:04:04Z No. of bitstreams: 1 Jose_Cambuim_2017_Doc_Agronomia_VF.pdf: 2793103 bytes, checksum: 1e3d9b4c1f86030fbfa1d8761130e797 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-06-30T14:29:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 cambuim_j_dr_ilha.pdf: 2793103 bytes, checksum: 1e3d9b4c1f86030fbfa1d8761130e797 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-30T14:29:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 cambuim_j_dr_ilha.pdf: 2793103 bytes, checksum: 1e3d9b4c1f86030fbfa1d8761130e797 (MD5) Previous issue date: 2017-05-02 / O fragmento florestal e os testes de progênies, com a função de auxiliar a conservação, reabilitação dos processos ecológicos e promover a conservação da biodiversidade, tem um papel importante nos processos de restauração de áreas degradadas e diminuir os efeitos negativos da destruição dos ambientes naturais. Este trabalho objetivou conhecer a estrutura populacional, distribuição espacial e tamanho efetivo de espécies arbóreas nativas presente em um fragmento florestal de cerrado, além de estimar a variabilidade genética num teste de progênies misto de Myracrodruon urundeuva; Terminalia argentea e Astronium fraxinifolium; a partir dos carácteres silviculturais em Selvíria – MS, com vistas de transformá-las em área para subsidiar coleta de sementes. No fragmento florestal foram mensurados e identificados 1187 indivíduos com DAP ≥ 10 cm, que compõem o dossel arbóreo da floresta. Em uma área de 0,89 ha foram amostrados, pertencentes a 60 espécies distribuídas em 31 famílias, com destaque para a família Fabaceae com 11 espécies. O índice de ShannonWeaver apresentou um H’ = 2,98 nats ind-1 , o que pode ser considerado como uma diversidade média. As espécies de maior Índice de Valor de Importância (IVI) foram Copaifera landesdorffii, Diptychandra aurantiaca, Parapiptadenia rigida, Qualea grandiflora, Qualea parviflora, Vochysia tucanorum, Tapirira guianensis, Astronium fraxinifolium, Xylopia aromatica, e Mabea fistulifera. Assim, dentre as espécies encontradas com o maior IVI podem ser classificadas como potenciais para a locação de árvores matrizes para subsidiar a coleta de sementes. Portanto, dispõem de tamanho efetivo que permite a formação de novas populações, a partir da coleta de sementes nessa área de Reserva legal. No teste de progênies misto aos 22 anos, os valores altos observados para o caráter SOB (M. urundeuva - 88,0%, A. fraxinifolium – 85,9% e T. argentea - 59,6%), indicam boa adaptação das espécies em estudo e potencial para uso em reflorestamentos. As estimativas do coeficiente de variação genética oscilaram de 3,03% a 49,50%, estimando o menor valor obtidos para a variável DAP nas três espécies. As herdabilidades individuais variaram de baixa (0,14) para T. argentea, e alta (>0,40) para M. urundeuva e A. fraxinifolium no caráter DAP. A proporção sexual para as duas espécies foi tendenciosa para sexo masculino, sendo que a proporção geral foi de 1,5 machos para 1 fêmea. O tamanho efetivo populacional variou conforme a proporção de machos e fêmeas, sendo que o que mais se aproximou do valor real de indivíduos reprodutivos foi Myracrodruon urundeuva. Portanto, a seleção dos indivíduos dentro dos testes de progênies não deve considerar apenas o caráter de crescimento (DAP), mas também com base na proporção sexual e no tamanho efetivo populacional para a sua futura transformação em um Pomar de Sementes por Mudas. As informações obtidas com este estudo são úteis para fins de conservação e melhoramento genético das espécies, como também para seleção de matrizes potenciais para recuperação ambiental, o que será fundamental para restauração ecológica em áreas do Bolsão Sul-Mato-Grossense. / The forest fragment and progeny tests, with the function of assisting conservation, rehabilitation of ecological processes and promoting biodiversity conservation, play an important role in the restoration of degraded areas and reduce the negative effects of the destruction of natural environments. This work aimed to know the population structure, spatial distribution and effective size of native tree species present in a cerrado forest fragment, besides estimating the genetic variability in a test of mixed progenies of Myracrodruon urundeuva; Terminalia argentea and Astronium fraxinifolium; from silvicultural characters in Selvíria - MS, with a view to transforming them into an area to subsidize seed collection. In the forest fragment were measured and identified 1187 individuals with DBH ≥ 10 cm, which make up the arboreal forest canopy. In an area of 0,89 ha were sampled, belonging to 60 species distributed in 31 families, with emphasis on the Fabaceae family with 11 species. The Shannon-Weaver index showed a H '= 2,98 nats ind-1, which can be considered as a mean diversity. The species with the highest Import Value Index (IVI) were Copaifera landesdorffii, Diptychandra aurantiaca, Parapiptadenia rigida, Qualea grandiflora, Qualea parviflora, Vochysia tucanorum, Tapirira guianensis, Astronium fraxinifolium, Xylopia aromatica, and Mabea fistulifera. Thus, among the species found with the highest IVI can be classified as potential for the lease of matrix trees to subsidize the collection of seeds. Therefore, they have an effective size that allows the formation of new populations, from the collection of seeds in this area of legal reserve. In the progenies test mixed at 22 years, the high values observed for SOB (M. urundeuva – 88,0%, A. fraxinifolium – 85,9% and T. argentea – 59,6%) indicated a good adaptation of the Species and potential for use in reforestation. Estimates of the coefficient of genetic variation ranged from 3,03% to 49,50%, estimating the lowest value obtained for the DAP variable in the three species. The individual heritabilities ranged from low (0,14) for T. argentea, and high (> 0,40) for M. urundeuva and A. fraxinifolium on the DAP character. The sex ratio for both species was biased for males, with the general proportion being 1,5 males for 1 female. The effective population size varied according to the proportion of males and females, and the one that most approached the real value of reproductive individuals was Myracrodruon urundeuva. Therefore, the selection of individuals within progeny tests should not only consider the growth character (DBH), but also on the basis of the sex ratio and the effective population size for its future transformation into a Seedling Seed Orchard. The information obtained from this study is useful for the conservation and genetic improvement of the species, as well as for the selection of potential matrices for environmental restoration, which will be fundamental for ecological restoration in areas of the Bolsão Sul-mato-grossense.

Submitted by Vanessa Zaffani Sant'Ana null (vanessazsbio@gmail.com) on 2017-10-10T19:00:01Z No. of bitstreams: 1 Vanessa Zaffani Sant'Ana..pdf: 1913553 bytes, checksum: a1dccd2bae0ad9102e270554ce3d6aee (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-10-11T18:12:04Z (GMT) No. of bitstreams: 1 santana_vz_me_ilha.pdf: 1913553 bytes, checksum: a1dccd2bae0ad9102e270554ce3d6aee (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-11T18:12:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 santana_vz_me_ilha.pdf: 1913553 bytes, checksum: a1dccd2bae0ad9102e270554ce3d6aee (MD5) Previous issue date: 2017-08-14 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A aroeira (Myracrodruon urundeuva) é uma espécie dioica e se encontra na lista de espécies ameaçadas de extinção, devido ao seu alto valor econômico e à destruição do seu habitat. Dessa forma, se faz necessária a adoção de estratégias para a conservação ex situ dessa espécie arbórea nativa, de tal modo que a variabilidade genética das populações seja mantida. O objetivo deste trabalho foi quantificar a proporção sexual, a sobrevivência e a variação genética do diâmetro à altura do peito (DAP), em seis testes de progênies de M. urundeuva provenientes de seis populações distintas originárias de três biomas (Caatinga, Cerrado e Mata Atlântica). O delineamento utilizado, em cada teste de progênies, foi o de bloco casualizado. As estimativas de componentes de variância e parâmetros genéticos, para os caracteres quantitativos para os caracteres quantitativos, DAP e sobrevivência, foram realizadas pelo método REML/BLUP (máxima verossimilhança restrita / melhor predição linear não viciada). O tamanho efetivo da população foi calculado com base no número de indivíduos com flores masculinas e femininas, em um modelo que não há controle de gametas (RS). Verificou-se com base nas estimativas dos parâmetros genéticos que as procedências de Itarumã e Seridó expressam maior variação genética para o caráter DAP, o que possibilita sua utilização na conservação e no melhoramento genético. Foram encontrados altos percentuais de sobrevivência o que caracteriza uma ótima adaptação da espécie no local de plantio. A proporção sexual foi tendenciosa, com predominância de plantas com florescimento masculino (3♂:1♀), porém a maior parte dos indivíduos de M. urundeuva, procedentes dos diferentes biomas, não floresceram em Selvíria-MS. O tamanho efetivo populacional variou conforme a razão sexual, sendo que os testes de progênies que se aproximaram mais do valor real de indivíduos reprodutivos foram aqueles originários de Seridó (RN), Itarumã (GO) e Petrolina (PE). As subpopulações dos testes de progênies de Itarumã e Selvíria são as mais próximas geneticamente da população de referência (T), ou seja, possuem a mesma representatividade genética. Portanto, a seleção dos indivíduos dentro dos testes de progênies não deve considerar apenas o caráter de crescimento (DAP), mas também basear-se na razão sexual e no tamanho efetivo populacional, para a sua futura transformação em um pomar de sementes por mudas. / The aroeira (Myracrodruon urundeuva) is a dioecious species and is on the list of endangered species due to its high economic value and the destruction of its habitat. That way, becomes necessary the adoption of strategies for the ex situ conservation of native tree species, such that the genetic variability of populations is maintained. The objective of this work was to quantify the sex ratio, the survival and the genetic variation of the diameter at breast height (DBH), on six test progenies of Myracrodruon urundeuva from six distinct populations originating three biomes (Caatinga, Cerrado and Atlantic Forest). The design used, in each progeny test, was a randomized block design. Estimates of variance components and genetic parameters, for quantitative traits DBH and survival, were obtained by REML / BLUP method (restricted maximum likelihood / best linear prediction untainted). The effective population size was calculated based on the number of individuals with male and female flowers in the population, in a model that there is no control of gametes (RS). It was verified based on the estimates of the genetic parameters that the Itarumã and Seridó provenances express greater genetic variation for the DBH character, which allows their use in conservation and genetic improvement. High survival percentages were found, which characterizes an optimal adaptation of the species at the planting site. The sex ratio was biased, with predominance of male flowering plants (3♂:1♀), but most of M. urundeuva individuals, from the different biomes, did not flower in Selvíria-MS. The effective population size varied according to the sex ratio, being that the progeny tests that approached more of the real value of reproductive individuals were those originating from Seridó (RN), Itarumã (GO) and Petrolina (PE). The subpopulations of the tests progenies of Itarumã and Selvíria are the closest genetically of the reference population (T), that is, they have the same genetic representativeness. Therefore, the selection of individuals within the progeny tests should not only consider the growth trait (DBH), but also be based on sex ratio and effective population size for its future transformation into a Seed Orchard. / FAPESP: 2015/15693-7

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-06Bitstream added on 2014-06-13T19:18:12Z : No. of bitstreams: 1 perezviegas_m_me_ilha.pdf: 402677 bytes, checksum: bbfc07fa77debb297881fa5d75487697 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os marcadores de microssatélites tem sido utilizados com grande freqüência como ferramenta efetiva para estudos de estrutura genética de populações, fluxo gênico, parentesco e para quantificar os efeitos da fragmentação de habitats e guiar estratégias de conservação e melhoramento genético. Este trabalho teve como objetivo avaliar a diversidade genética e o sistema reprodutivo em progênies de duas populações de Myracrodruon urundeuva, procedentes de Aramina-SP e Selvíria-MS, assim como verificar os efeitos da ação antrópica sobre estas populações. Foram avaliadas 25 progênies de cada população, cada uma com 17 a 20 indivíduos, sendo analisados oito locos polimórficos de regiões microssatélites. Observouse 118 alelos nas duas populações e o número efetivo por loco ( e A ∧ = 4,05) foi inferior ao número médio de alelos por loco ( ∧A= 14,75), indicando elevado número de alelos em baixa freqüência. O índice de fixação (F = 0,210 e 0,107, respectivamente para Aramina e Selvíria) foi positivo, relativamente alto e significativamente diferente de zero. A taxa de cruzamento multilocos ( ∧ m t = 1,000 e ∧ m t = 1,000) e unilocos ( ∧ s t = 0,989 e ∧ s t = 0,999) para as populações de Aramina e Selvíria, respectivamente, foram altos, confirmando que a espécie é obrigatoriamente de cruzamento. A diferença entre a taxa de cruzamento multilocos e unilocos indicam cruzamentos entre indivíduos aparentados na população de Aramina. 9 Entretanto, as duas populações apresentaram alta diversidade genética, o que as qualifica para utilização em programas de conservação e melhoramento genético da espécie. / The microsatellite markers has been often employed as effective tool for studies of genetic structure of populations, gene flow, relationship and also for to quantify environmental fragmentation effects and to outline strategies for conservation and breeding. This study aimed to evaluate the genetic diversity and mating system in progenies of two Myracrodruon urundeuva populations from Aramina-SP and Selvíria-MS, as well as verify the effects of antropic action on these populations. From each population were evaluated 25 progenies, with 15-20 individuals each, using genetic data from 8 microsatellite loci. There was 118 alleles in both populations and the actual number per locus ( e A ∧ = 4.05) was lower than the average number of alleles per locus ( ∧A = 14.75), indicating high number of alleles in low frequency. The fixation index (F = 0,210 e 0,107, respectively for Aramina and Selvíria) was positive, relatively high and significantly different from zero. The multilocus outcrossing rate ( ∧ m t = 1,000 e ∧ m t = 1,000) single-locus ( ∧ s t = 0,989 e ∧ s t = 0,999) for the populations for Aramina and Selvíria, respectively, they were high, confirming that the species is obligatorily for outcrossing. The difference between the multilocus outcrossing rates and single-locus outcrossing rate indicates mating among relatives in the Aramina population. Meanwhile, the 11 two populations had high genetic diversity, which qualifies them for use in programs for conservation and breeding of this species.

Submitted by JÚLIO HEBER SILVA (julioheber@yahoo.com.br) on 2016-12-07T16:22:53Z No. of bitstreams: 2 Tese - Rodrigo Soares de Castro - 2016.pdf: 5776299 bytes, checksum: 5c221af09289c691e9ae2d0146748a62 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2016-12-13T15:38:02Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Rodrigo Soares de Castro - 2016.pdf: 5776299 bytes, checksum: 5c221af09289c691e9ae2d0146748a62 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-13T15:38:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Rodrigo Soares de Castro - 2016.pdf: 5776299 bytes, checksum: 5c221af09289c691e9ae2d0146748a62 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-05-30 / This study aimed to analyze the quantitative genetic variation within and between natural subpopulations of Hymenaea stigonocarpa (Mart. Ex Hayne), fruit tree from the Cerrado region. Six mother trees were sampled in each of the 25 subpopulations from the states of Goiás, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Minas Gerais and Bahia, covering a large area of the Cerrado biome. In each tree they were collected twenty fruits, which served for evaluation of biometric data of fruits and seeds. Twenty seeds of each mother tree were sown in a nursery, with five seeds per plot in four randomized blocks, constituting a test of provenances and progenies of half sibs. Analysis of variance were performed using the hierarchical model for the characters of initial development. With the produced seedlings it was planted a germplasm collection in vivo in Escola de Agronomia of Universidade Federal de Goias.The major phenotypic variation coefficients in fruits and seeds were found in the characters number of seed (47,87%) weight of the pulp (47.74%) and fruit weight (44.06%). The analysis of variance of the physical characteristics of the fruits and seeds revealed the existence of significant variation for all characters in all levels analyzed: among subpopulations, between mother trees within subpopulations and between fruit within mother tree. Of the ten characters analyzed in six the greatest variation was found between fruit within mother tree. Significant variability was found between subpopulations and between progenies within subpopulations for most quantitative traits studied, showing a great genetic variability of the sampled material, which is important for sustainability of the species and future breeding program. The heritability estimates of traits were also high, indicating success in the selection of desirable traits in a breeding program for the species. The comparative analysis between the estimated value of the QST and FST index showed no significant difference for eight of ten characters analyzed, demonstrating that there is no evidence of the action of natural selection in the differentiation between the studied subpopulations and that the differentiation found can be explained by the action of genetic drift combined with gene flow restriction between subpopulations. The value of correlation coefficient between phenotypic and geographical matrix was 0.164 (p <0.05) by Mantel test, indicating a weak correlation between the phenotypic subpopulations means and the distances between them. / O trabalho teve o objetivo de analisar a variação genética quantitativa entre e dentro de subpopulações naturais de Hymenaea stigonocarpa (Mart. ex Hayne), árvore frutífera da região do Cerrado conhecida como jatobá, jatobá do cerrado ou jatobá do campo. Foram amostradas seis árvores matrizes em cada uma das 25 subpopulações distribuídas pelos estados de Goiás, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Minas Gerias e Bahia, abrangendo uma grande área do bioma Cerrado. Em cada árvore foram coletados vinte frutos, que serviram para avaliação dos dados biométricos de frutos e sementes. Vinte sementes de cada matriz foram semeadas em uma área telada, sendo cinco sementes por parcela em quatro blocos ao acaso, constituindo um teste de progênies de meio irmãos hierarquizado. Foram feitas análises de variância e seus componentes pelo modelo hierárquico para os caracteres de desenvolvimento inicial das plântulas. Com as mudas produzidas foi plantado um banco de germoplasma in vivo na Escola de Agronomia da Universidade Federal de Goiás. Os maiores coeficientes de variação fenotípica dos frutos e sementes foram encontrados nos caracteres número de sementes (47,87%), peso da polpa (47,74%) e peso do fruto (44,06%). A análise de variância dos caracteres físicos dos frutos e sementes revelou a existência de variação significativa para todos os caracteres em todos os níveis hierárquicos analisados: entre subpopulações, entre matrizes dentro de subpopulações e entre frutos dentro de matrizes. Dos dez caracteres analisados, em seis a maior variação foi encontrada entre frutos dentro de matrizes. Foram constatadas variabilidades significativas entre subpopulações e entre progênies dentro das subpopulações para a maioria dos caracteres quantitativos de desenvolvimento inicial de plântulas estudadas. Tal resultado denota variabilidade genética do material amostrado, que é importante para a preservação da espécie e também para um futuro programa de melhoramento visando o seu aproveitamento econômico. As estimativas de herdabilidade encontradas nos caracteres estudados também foram altas e adequadas para o sucesso na seleção de caracteres desejáveis em um programa de melhoramento para a espécie. A análise comparativa entre os valores estimados dos índices QST e FST não diferiram significativamente em oito dos dez caracteres analisados, demonstrando que não existe forte evidência da ação da seleção natural na diferenciação entre as subpopulações estudadas e que a diferenciação encontrada pode ser explicada pela ação da deriva genética combinado com a restrição de fluxo gênico entre as subpopulações. O valor encontrado no teste de mantel feito entre as matrizes fenotípica e geográfica foi de 0,164 (p<0,05), denotando uma fraca correlação entre os dados fenotípicos das subpopulações avaliadas e as distâncias entre elas. Pelo correlograma de mantel verificou-se que a correlação entre as matrizes embora fraca, ela diminui constantemente através das classes de distância, chegando a zero por volta dos 500 km. Tal diminuição constante da influência da distância na diferença fenotípica entre as subpopulações caracteriza um padrão clinal.

The genus Restrepia is well known to orchid enthusiasts but its micromorphology has not been described, and its pollination and breeding systems have not been investigated. The aim of this investigation was, therefore, to add to existing knowledge so that the resultant data could be used to facilitate ex situ conservation initiatives. A detailed electron microscopy study (SEM) of the floral organs was performed. This confirmed the structure of the dorsal sepal and lateral petal osmophores, their secretory nature together with that of the synsepal and the labellum. It was postulated how, by manipulating different labellar surface textures, the flower might use these ‘tactile guides’ to steer the insect (fly) through the flower. The cirrhi were postulated to help by destabilising the pollinator in flight, trapping it and bringing about pollination. The papillate structure of the calli was established and their optical properties investigated. Media comparison investigations established that Western medium supported the highest germination rates and, with the addition of banana supplement, the highest rates for seedling growth and development. This represented the first protocol for axenic germination of Restrepia in the literature (Millner et al., 2008) and provided a tested methodology for investigating breeding systems and producing Restrepia plant material for both scientific and horticultural purposes. Self-pollinations were found to produce fewer embryos compared to cross-pollinations. The operation of self-incompatibility (SI) was confirmed by the study of pollen tube growth which further confirmed the time interval between pollination and fertilisation. A time line from pollination/fertilisation to flowering was established. The type of SI in operation was best explained by gametophytic incompatibility. This demonstrated that it was possible to raise Restrepia hybrids and species from seed, by performing intraspecific crosses so helping to preserve them for posterity and relieve pressure on wild populations. Narrow endemic Restrepia species face combined threats from habitat loss, habitat degradation and problems of viable seed production due to the effects of SI and inbreeding depression (ID). Recently developed online resources, such as GeoCAT, were used to perform a Red List assessment in order to identify the degree of threat individual species faced, both globally and nationally. All species were classified as facing substantial levels of threat; although this was lessened for populations in protected habitats. Conservation is needed for cultivated collections as well as these wild populations by keeping alive existing knowledge and expertise in growing these species.

Modelos de ocorrência e abundância de espécies são importantes ferramentas para a elaboração de estrategias para a conservação da biodiversidade. Nestes artigos aplicamos, pela primeira vez, modelos de distribuição e abundância no entorno de uma Usina Hidroelétrica no Sul do Brasil, com o objetivo de mostrar possíveis aplicações destas técnicas no planejamento de ações de coleta e conservação, in situ e ex situ, destas espécies. Nossos objetivos secundários foram (i) modelar a ocorrência e abundância de plantas em um trecho da bacia do rio Pelotas e (ii) verificar o efeito da detectabilidade em modelos de ocorrência. Para tanto dividimos a tese em dois capítulos e cinco questões. No primeiro capítulo procuramos responder as seguintes questões: (1) existe relação entre a probabilidade de ocorrência e a abundância observada? (2) Modelos baseados na abundância são melhores para predizer a ocorrência de espécies do que modelos baseados apenas na ocorrência das espécies? No segundo capítulo, tentamos responder se (3) amostragens exaustivas, com presenças e ausências bem descritas, produzem modelos de ocorrência mais precisos? (4) Se a relação entre a ocorrência da espécie e as variáveis ambientais que descrevem sua distribuição é alterada de acordo com a detectabilidade? (5) Qual o impacto de falsos zeros na área ocupada estimada para a espécie? O trabalho foi realizado no entorno da UHE Barra Grande, erguida no rio Pelotas, entre os Estados de Santa Catarina e Rio Grande do Sul. Localizada na bacia do rio Pelotas, seu reservatório ocupa uma área de aproximadamente 90 km2 e seu entorno perfaz uma área aproximada de 4.600 km2, onde amostramos 388 parcelas georreferenciadas (10 x 50 m) distribuídas aleatoriamente. Em cada parcela contamos o número de indivíduos de nove espécies arborescente com altura ≥ 1,5 m. No primeiro artigo, modelamos, utilizando modelos lineares generalizados (GLM), a distribuição e abundância das nove espécies estudadas em relação a 15 variáveis ambientais, e demonstramos que modelos de ocorrência são mais precisos do que modelos de abundância. Demonstramos também que a probabilidade de ocorrência é positivamente correlacionada com a abundância observada, o que abre a possibilidade de utilizarmos a probabilidade de ocorrência como um indicador da abundância das espécies. No segundo capítulo, verificamos o impacto de falhas de detecção em modelos de distribuição de espécies, utilizando como espécie modelo A. angustifolia. Simulamos o impacto de falsos zeros na precisão dos modelos, na seleção das variáveis resposta (variáveis ambientais) e nas estimativas de área ocupada pela espécie. A redução da detectabilidade ocasionou alterações tanto na precisão dos modelos quanto na área estimada de ocorrência e nas variáveis ambientais que explicam a ocorrência de A. angustifolia. A área ocupada não apresentou padrão bem definido, porém mostrou tendência de elevação de acordo com a diminuição da detectabilidade, elevando com isso o erro de comissão dos modelos. A precisão dos modelos (AUC e correlação entre probabilidade de ocorrência e abundância observada), apresentou queda em relação ao redução da detectabilidade, enquanto apenas uma variável ambiental foi incluída em todos os modelos (pH do solo). Existe um grande possibilidade de uso destas técnicas como informação básica para planos de conservação, monitoramento e manejo da biodiversidade no entorno de empreendimentos hidroelétricos, porém, para que possamos tirar inferências fortes sobre as espécies e ecossistemas em questão, devemos observar sempre a necessidade de levar em conta os impactos da detecção imperfeita das espécies. / Species occurrence and abundance models are important tools in the development of biodiversity conservation strategies. This study presents, for the first time, the application of distribution and abundance models in the environment surrounding a hydropower dam in southern Brazil. The aim is to demonstrate the possible application of these techniques in planning collection and conservation strategies of the species inhabiting the area, in situ and ex situ. We also aimed at (i) modeling the occurrence and abundance of plants in a section of the Pelotas River basin and (ii) verifying the effect of detectability in occurrence models. This thesis was therefore divided into two chapters and five questions. The first chapter is an attempt to answer the following questions: (1) Is there a relationship between occurrence probability and abundance? (2) Are models based on abundance better to predict the occurrence of species as compared to models that utilize only species occurrence? The second chapter addresses the questions: (3) Do exhaustive sampling procedures, with well-sampled presences and absences, lead to more accurate occurrence models? (4) Does detectability influence the relationship between species occurrence and environmental variables? (5) What is the impact of false zeros in the estimated area occupied by one given species? This study was conducted in the area surrounding the hydropower plant “Barra Grande”, in the Pelotas River, on the border of the Rio Grande do Sul and Santa Catarina states. Located in the Pelotas River basin, the dam occupies an area of approximately 90 km². The surrounding area accounts for 4,600 km², where 388 plots with 10 x 50 m were randomly distributed and georeferenced. In each plot, individuals of nine selected tree species taller than 1.5 m were surveyed. In the first paper, we modeled the distribution and abundance of the species studied using generalized linear models (GLMs), utilizing 15 environmental variables. Occurrence models were proved to be more accurate than abundance models. The positive correlation between occurrence probability and observed abundance was also demonstrated, which opens the possibility to utilize occurrence probability as an indicator of species abundance. The second chapter reports the impact of failures in detection in species distribution models, using A. angustifolia as model species. We simulated the impact of false zeros in model accuracy, in the selection of response variables (environmental variables) and in estimates of the area occupied by A. angustifolia. The decrease in detectability caused changes in both model accuracy and in the environmental variables that explain the occurrence of A. angustifolia. The area occupied did not have a well-defined pattern, though it showed a trend towards elevation, in accordance with the decrease in detectability, thus raising the commission error in the model. The accuracy of models (AUC and correlation between occurrence probability and observed abundance) decreased with the decrease in detectability, while only one environmental variable was included in all models (soil pH). These techniques offer great potential in the collection of essential information in biodiversity conservation, monitoring and managements strategies in hydropower projects. However, robust inferences about species and ecosystems in question can only be drawn considering the need to evaluate the impact caused by defective species detection.