Submitted by Rodrigo Martins Cruz (rodrigo.cruz@ufvjm.edu.br) on 2016-01-12T17:40:07Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) lucio_flavio_macedo_mota.pdf: 1719975 bytes, checksum: 3893bff470fc397394ef7bd5048cfde3 (MD5) / Approved for entry into archive by Rodrigo Martins Cruz (rodrigo.cruz@ufvjm.edu.br) on 2016-01-12T17:40:32Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) lucio_flavio_macedo_mota.pdf: 1719975 bytes, checksum: 3893bff470fc397394ef7bd5048cfde3 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-12T17:40:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) lucio_flavio_macedo_mota.pdf: 1719975 bytes, checksum: 3893bff470fc397394ef7bd5048cfde3 (MD5) Previous issue date: 2014 / Funda??o de Amparo ? Pesquisa do estado de S?o Paulo (FAPESP) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico (CNPq) / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / Objetivou-se avaliar a influ?ncia da express?o da leptina e relacionar as concentra??es de leptina plasm?tica com as caracter?sticas de desenvolvimento corporal, mudan?as no proteoma do m?sculo Longissumus dorsi e o impacto o modelo na estima??o de equa??es de predi??o de consumo de alimentos em bovinos Nelore e no ranking de desempenho alimentar, utilizando diferentes modelos para a estimativa do consumo alimentar residual (CAR). Foi utilizado um total de 97 animais classificados para alto e baixo CAR, medidos para caracter?sticas de ingest?o, crescimento, efici?ncia alimentar, concentra??o plasm?tica de leptina e caracter?sticas de carca?a. Foram abatidos 20 animais classificados para alto e baixo CAR e coletadas amostras do m?sculo Longissimus dorsi, para an?lise da express?o do gene leptina e prote?mica. Os modelos utilizados para estima??o do CAR foram o modelo atualmente em uso e modelos que inclu?ram medidas de ultrassom de m?sculo e espessura de gordura. As amostras de prote?nas extra?das do m?sculo Longissimus dorsi foram separadas em duas etapas: a primeira etapa de separa??o das prote?nas foi realizada por migra??o eletrofor?tica em tira de IPG (Immobilized pH Gel) at? o ponto isoel?trico; a segunda, realizada pela migra??o eletrofor?tica das prote?nas focalizadas na tira de IPG (primeira dimens?o) e em seguida, em gel de acrilamida de acordo com o peso molecular (segunda dimens?o). Ap?s as an?lises dos g?is 2-D, os spots diferencialmente expressos nos grupos de CAR foram excisados para an?lise por dessor??o a laser, assistida por matriz MALDI TOF/TOF. As an?lises estat?sticas foram realizadas utilizando o procedimento MIXED do SAS, as estimativas de correla??o fenot?pica, utilizando o procedimento CORR e a compara??o dos valores de express?o entre as classes de CAR,utilizando o procedimentoCONTRAST do procedimento MIXED. Animais classificados para baixo CAR apresentaram maior express?o do gene leptina (2,80) e maior concentra??o plasm?tica (11,48) deste gene em bovinos Nelore. Os n?veis mais elevados de leptina podem estar envolvidos na redu??o da ingest?o de alimentos em animais classificados para baixo CAR, indicando ser um regulador na diferen?a de consumo de alimentos pelos animais. Embora os modelos de CAR tenham apresentado diferen?as na estima??o, as correla??es entre cada um dos modelos indicaram que estes n?o foram diferentes uns dos outros na classifica??o dos animais para efici?ncia alimentar. A maior express?o de fibras de contra??o lenta em bovinos mais eficientes ocorre devido a uma redu??o preferencial das fibras musculares de contra??o r?pida, como uma adapta??o para melhor lidar com a redu??o da exig?ncia nutricional, por apresentar diferen?as no perfil metab?lico da contra??o muscular. No entanto, a varia??o na efici?ncia do modelo que inclui os par?metros de composi??o corporal ? muito importante, sugerindo que a composi??o corporal pode ser fundamental para explicar a varia??o no consumo de alimentos e que ele precisa ser inclu?do no modelo de c?lculo do CAR. / Disserta??o (Mestrado) ? Programa de P?s-Gradua??o em Zootecnia, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, 2014. / ABSTRACT The objectives were to evaluate the effects of leptin expression and to correlate plasma leptin concentrations with corporal development traits, changes in proteomics of the Longissumus dorsi muscle, and the impact of the model approach in estimating predicting equations for feed intake in Nellore animals and in feed performance ranking using different models for the estimation of residual feed intake (RFI). A total of 97 animals, classified for high and low RFI, measured for intake, growth, feed efficiency, plasma leptin concentration, and carcass traits, was utilized. Twenty animals classified for high and low RFI were slaughtered, and Longissimus dorsi muscle was sampled to analyze leptin gene expression and proteomics. Models utilized for RFI estimation were the current model used, and models which included muscle ultrasound and fat thickness measurement. Protein samples of Longissimus dorsi muscle were separated into two stages: the first stage of proteins separation was performed by electrophoretic migration in IPG (Immobilized pH Gel) strip until the isoelectric point; the second, performed by electrophoretic migration of the proteins in the focused IPG strip (first dimension) and then, in acrylamide gel according to the molecular weight (second dimension). After analysis of 2-D gels, spots differentially expressed in RFI groups were excised for analysis by laser desorption assisted by MALDI TOF / TOF matrix. Statistical analyzes were achieved by using the MIXED procedure of SAS, estimation of phenotypic correlation, using the CORR procedure, and comparison of expression values ??among RFI classes, using the CONTRAST procedure of the MIXED procedure. Low RFI animals had greater expression of leptin gene (2.80) and greater plasma concentration (11.48) in Nellore animals. Greater levels of leptin can be involved in the reduction of feed intake in low RFI animals, indicating to be a regulator on feed intake. Although RFI models were different in estimating values, correlations among each model indicate that they were not different in classifying animals for feed efficiency. The greater expression of slow-twitch fibers in more efficient cattle is due to preferential reduction of the fast twitch muscle fibers, as an adaptation to better deal with reduced nutritional requirement because it shows differences in the metabolic profile of muscle contraction. Nonetheless, variation in efficiency of the model that includes body composition parameters is important, suggesting that body composition can be critical to explain variations in feed intake and it must be included in the RFI model.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2016-02-22T22:31:06Z No. of bitstreams: 1 KarlaSimoneCostaDeSouza_DISSERT.pdf: 1692324 bytes, checksum: 32db20c2cd32ce7a1804cd2222c5fe93 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2016-02-25T21:59:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 KarlaSimoneCostaDeSouza_DISSERT.pdf: 1692324 bytes, checksum: 32db20c2cd32ce7a1804cd2222c5fe93 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-25T21:59:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 KarlaSimoneCostaDeSouza_DISSERT.pdf: 1692324 bytes, checksum: 32db20c2cd32ce7a1804cd2222c5fe93 (MD5) Previous issue date: 2013-07-31 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / A osteopatia ? uma complica??o cr?nica do diabetes tipo 1 (DM1). Alguns mecanismosv?m sendo propostos como principais fatores que desencadeiam altera??es no tecido ?sseo, dentreeles: a idade ao diagn?stico, tempo de doen?a, a presen?a de nefropatia e o controle glic?micoinsatisfat?rio. Neste sentido, o objetivo do presente estudo foi avaliar a express?o de RNAm dosgenes TGFB1, IGF1 e IGF1R e polimorfismos nos genes LRP5, TGFB1 e IGF1 de pacientes comDM1, e associ?-los com a presen?a de altera??es no metabolismo ?sseo. Foram estudados 100indiv?duos normoglic?micos (NG) e 101 pacientes com DM1, entre 6 e 20 anos. Os pacientesdiab?ticos foram analisados em sua totalidade (grupo DM1), e subdivididos em dois grupos, deacordo com o controle glic?mico: diab?ticos compensados (grupo DM1C) e diab?ticos n?ocompensados (grupo DM1NC). Avaliou-se o controle glic?mico (glicemia de jejum ehemoglobina glicada); a fun??o renal (ureia e creatinina s?ricas, e rela??o albumina/creatinina -RAC urin?ria); e o metabolismo ?sseo (c?lcio total e ionizado, f?sforo, atividade da fosfatasealcalina total - FAL e densidade mineral ?ssea - DMO) dos indiv?duos estudados. Tamb?m foideterminada a express?o do RNAm dos genes TGFB1, IGF1 e IGF1R e polimorfismos nos genesLRP5, TGFB1 e IGF1. A maioria dos indiv?duos com DM1 (65,3%) apresentou controleglic?mico insatisfat?rio (hemoglobina glicada >8%). Em rela??o ? fun??o renal, observou-se umaumento significativo nas concentra??es de ureia s?rica nos grupos DM1, DM1C e DM1NC e umaumento da RAC no grupo DM1NC em rela??o ao NG. No tocante aos marcadores bioqu?micosdo metabolismo ?sseo houve uma diminui??o das concentra??es s?ricas de c?lcio total nos gruposDM1, DM1C e DM1NC, e das concentra??es de c?lcio ionizado no grupo DM1 quandocomparados ao grupo NG. Tamb?m, houve um aumento significativo da atividade da FAL nogrupo DM1 em rela??o ao NG. A DMO estava significativamente diminu?da no grupo DM1quando comparado ao NG, sendo observada uma preval?ncia de 16,7% de indiv?duos diab?ticostipo 1 com baixa DMO. Na an?lise molecular, foram observadas diminui??es significativas naexpress?o dos genes TGFB1 e IGF1, e aumento significativo da express?o do gene IGF1R para ogrupo DM1 quando comparados ao NG. As frequ?ncias genot?picas e al?licas dos polimorfismosestudados foram significativas apenas para o polimorfismo do gene LRP5, demonstrando umaassocia??o deste polimorfismo com a susceptibilidade ao DM1. Por?m, n?o foram observadasassocia??es entre os polimorfismos e a osteopatia diab?tica. Estes resultados sugerem que ocontrole glic?mico insatisfat?rio, em conjunto com a presen?a de fatores de risco e altera??es emgenes envolvidos intimamente no metabolismo ?sseo, interfere na forma??o deste tecido,contribuindo para uma redu??o da DMO.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-10-04T21:05:45Z No. of bitstreams: 1 ClelioDiogoSoares_DISSERT.pdf: 3089611 bytes, checksum: d4a3b5a01c7dc8a828197d92e650d07e (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2017-10-11T22:38:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ClelioDiogoSoares_DISSERT.pdf: 3089611 bytes, checksum: d4a3b5a01c7dc8a828197d92e650d07e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-11T22:38:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ClelioDiogoSoares_DISSERT.pdf: 3089611 bytes, checksum: d4a3b5a01c7dc8a828197d92e650d07e (MD5) Previous issue date: 2012-08-30 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico (CNPq) / Introdu??o: H? evidencias consider?veis sugerindo que genes relacionados ao metabolismo do folato possuem um papel importante na etiologia das fendas orofaciais. A express?o de genes que possam estar ligados ?s fendas orais requer a presen?a de apropriadas causas ambientais em combina??o com fatores gen?ticos que culminam com a falha na fus?o dos processos faciais. Objetivo: Realizar estudo de associa??o da express?o dos genes da via do metabolismo do acido f?lico - MTHFR, MTR, RFC1, MTRR, com a ocorr?ncia das fendas orais. Metodologia: Foram estudados 50 filhos casos e suas respectivas m?es, e 50 indiv?duos controles e suas respectivas m?es. Inicialmente foram realizadas as an?lises bioqu?micas (Glicose, ALT, AST, Creatinina, Folato, Vitamina B12, Homociste?na), hematol?gicas (hemoglobina, hemat?crito, contagem de hem?cias, os ?ndices hematol?gicos, VCM, HCM e CHCM) e estudo de suas caracter?sticas cl?nicas. Para a realiza??o do estudo de express?o g?nica foi extra?do o RNA total a partir das c?lulas do sangue perif?rico, o qual foi quantificado e analisado quanto a sua pureza e integridade e encaminhado para a obten??o do cDNA a ser utilizado para o estudo de express?o utilizando ensaios pr?-desenhados. Finalmente foi avaliada a influ?ncia de determinados gen?tipos (MTRR A66G; MTHFR C677T; MTHFR A1298C; MTR A2756G; RFC1 A80G) sobre a express?o de RNAm dos respectivos genes estudados. A an?lise estat?stica dos dados foi realizada considerando o n?vel de signific?ncia de 95% (P<0,050) Resultados: Foi evidenciada a presen?a do consumo de ?lcool como fator de risco significativo presente para as m?es caso (P=0,001). Em rela??o as dosagens bioqu?micas n?o foram observadas diferen?as significativas entre os casos e respectivos controles os quais apresentaram valores de AST, ALT e creatinina dentro dos valores de refer?ncia. A dosagem de ?cido f?lico apresentou-se reduzida significativamente para o grupo dos filhos caso (P=0,010) e para suas m?es (P=0,001). Na an?lise hemat?logica n?o foram observadas altera??es em nenhum dos par?metros avaliados como hemoglobina, hemat?crito, contagem de hem?cias, os ?ndices hematol?gicos, VCM, HCM e CHCM dentre os grupos avaliados. A avalia??o da express?o g?nica para o grupo das m?es caso mostrou uma redu??o significativa na express?o do RNAm em todos os genes avaliados: para o gene da metionina sintase (MTR, p=0,008), da metionina sintase redutase (MTRR, p=0,015), do RFC1 (P=0,004) e da MTHFR (P=0,017) comparados com o grupo de m?es controle. No grupo de filhos fissurados, houve uma redu??o significativa na express?o do RNAm para os genes da metionina sintase (MTR, p=0,010) e da metionina sintase redutase (MTRR, p=0,034). Para a an?lise da influencia dos gen?tipos na express?o observou-se que o gen?tipo recessivo (CC) para o polimorfismo A1298C do gene MTHFR poderia estar associada a uma redu??o da express?o de seu RNAm. Conclus?o: Genes do metabolismo de folato relacionados s?o reduzidamente expressos em ambos os grupos caso deste estudo, uma vez que todos os quatro genes (RFC1, MTHFR, MTR, MTR), estavam reduzidos nas m?es e dois genes (MTR, MTRR) em seus filhos. A redu??o da express?o desses genes representa um aumento do risco associado com a presen?a de fendas orais nestes indiv?duos. / Introduction: There is considerable evidence suggesting that folate-related genes play a role in the etiology of oral facial clefts. Clefts are known to have a strong genetic component. The expression profile of genes involved on the pathway and folic acid metabolism which is linked to oral clefts requires appropriate environmental causes in combination with genetic factors that culminate in the failure of fusion of facial processes. Objective: The objective is to perform the association of differential gene expression of folate metabolism genes (MTHFR, MTR, RFC1, MTRR) with the occurrence of oral clefts. Methods: We studied 50 subjects with oral clefts and their mothers, and 50 individuals absent of oral clefts and their mothers, totaling 100 individuals referred cases and 100 controls respectively. For gene expression study, total RNA was extracted from peripheral blood cells, then it was quantified and analyzed for purity by absorbance relation and integrity in MOPS gel. The mRNA samples with good purity and integrity were transcribed to cDNA using reverse transcription kit. The cDNA was used in pre-designed gene expression assays. In a previous study performed by our group were evaluated by PCR-RFLP the MTRR A66G, MTHFR C677T, MTHFR A1298G, MTR A2756G, RFC1 A80G polymorphisms, in this study we evaluated the influence of these polymorphisms on gene expression. It was also performed biochemical, hematological analyzes and a clinical characteristics study of these individuals. We performed statistical analysis considering the significance level of 95% (P <0.050) Results: The consumption of Alcohol was reported as a significant risk factor for the present case mothers (p = 0.001). Regarding the biochemical there were no significant differences between children cases group and their controls which had values of AST, ALT and creatinine within the reference values. The folic acid dosage presented significantly reduced in case mothers group (P = 0.011). In haematological analysis was not observed significant changes in any of the evaluated parameters such as hemoglobin, hematocrit, erythrocyte count, and hematological indices, MCV, MCH and MCHC among the groups. The assessment of gene expression for case mother group showed a significant reduction in mRNA expression in all evaluated genes; for the methionine synthase gene (MTR, p = 0.008), the methionine synthase reductase (MTRR, p = 0.015), the reduced folate carrier 1 (RFC1, P= 0.004) and methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR, P= 0.017) compared with the control group mothers. In the case children group, similar results were obtained, with a significant reduction in mRNA expression of methionine synthase gene (MTR, p = 0.010) and methionine synthase reductase (MTRR, p = 0.034) analysis of genotypes in relation to expression was found that the recessive genotype (CC) for the MTHFR gene A1298C polymorphism is associated with reduced expression of its mRNA. Conclusion: Folate metabolism related genes are low expressed on both case groups of this study, since all four genes (RFC1,MTHFR, MTR, MTR,) were reduced on mothers and two genes (MTR, MTRR) in their children. These down regulated genes represent an increased risk associated with the presence of oral clefts in these individuals.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:51:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 424470.pdf: 1933848 bytes, checksum: 8ff49b9ceaa68691d9de882c207c447c (MD5) Previous issue date: 2010-03-08 / Descobertas inicialmente em Saccharomyces cerevisie como reguladoras de silenciamento de informa??o (SIRs), as sirtu?nas (SIRTs) est?o amplamente distribu?das em todos os dom?nios de vida. Esta grande e diversa fam?lia de histonas desacetilases da classe III (HDACs) s?o dependentes de nicotinamida adenina dinucleot?deo (NAD+) para exercer suas fun??es de desacetila??o e/ou transfer?ncia de mono-ADP-ribosil. S?o consideradas uma fam?lia de enzimas bastante conservada n?o apenas entre eucariotos, nos quais s?o encontradas m?ltiplas sirtu?nas, mas tamb?m em procariotos. O zebrafish (Danio rerio) ? um tele?steo de ?gua doce amplamente utilizado como animal modelo em diferentes ?reas de pesquisa. Caracter?sticas como manuten??o em pequenos espa?os e com baixos custos, f?cil administra??o de drogas sol?veis em ?gua e r?pida aclimata??o a novos ambientes, tornaram o zebrafish modelo de estudo para v?rias doen?as humanas; entre elas as relacionadas ao envelhecimento. Apesar do uso crescente do zebrafish como sistema modelo, e das sirtu?nas serem importantes alvos de pesquisa nos ?ltimos anos principalmente devido seu potencial terap?utico, pouco ? conhecido sobre sirtu?nas e zebrafish. Portanto, identificar genes relacionados ?s sirtu?nas e caracterizar o padr?o de express?o g?nica de cada membro em diferentes tecidos do zebrafish foi o objetivo deste trabalho. Para tanto, amostras de diferentes tecidos foram retiradas de animais adultos de ambos sexos e diretamente congeladas em nitrog?nio l?quido. Ap?s a extra??o de RNA total de cada amostra, rea??es de RT-PCR, j? padronizadas, foram realizadas para an?lise do padr?o de express?o dos genes relacionados ?s sirtu?nas, identificados previamente atrav?s de buscas no NCBI-Blast. Nossa investiga??o identificou oito genes relacionados ?s sirtu?nas, incluindo dois par?logos. Cada um dos oito genes identificados apresentou um padr?o de express?o ?nico, ilustrando ampla distribui??o tecidual dos membros da fam?lia das sirtu?nas. Com o objetivo de testar a modula??o na express?o destes genes, realizamos um experimento de exposi??o ao resveratrol que alterou os n?veis de express?o g?nica de algumas das sirtu?nas. Neste sentido, propomos que novas drogas potencialmente moduladoras de sirtu?nas sejam testadas usando o sistema aqui descrito com o objetivo de, no futuro, desenvolver terapias mais seletivas para as doen?as associadas ao envelhecimento.

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2017-05-26T20:35:35Z No. of bitstreams: 1 2012 - Renata Aparecida Costa Silva.pdf: 1687897 bytes, checksum: 4d1af8e117daa1842ae1766319ddf8d6 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-26T20:35:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012 - Renata Aparecida Costa Silva.pdf: 1687897 bytes, checksum: 4d1af8e117daa1842ae1766319ddf8d6 (MD5) Previous issue date: 2012-02-15 / CAPES / Nitrogen is one of the nutrient elements most limiting for plant growth. Thus, increasing plant nitrogen usage efficiency (NUE) is an essential factor for sustainable agriculture, leading to an increased food production with less fertilizer input and less environment impact. The aim of this study was to evaluate the effect of OsDof25 overexpression on N-NO3- and N-NH4+ uptake. In transgenic rice plants, OsDof25 was expressed under control of maize ubiquitin promoter (UBIL:OsDof25:3xHA). Two experiments were conducted: one to evaluate the kinetic parameters Vm?x and KM, and another to analyze the expression level of nitrate (NRT2.1~2.2 and NAR) and ammonium transporters (AMT1.1~1.3), both under high and low NO3- and NH4+ supply. The untransformed plants showed higher growth that transformed lineages. The L1 and L2 showed a lower value of the KM in the resupply treatment of 0.2 mM N-NO3-. In the resupply with 0.2 mM N-NH4 + the L4 showed higher Vmax and L1 lower KM. There were no large variations in uptake kinetics between the transformed and untransformed plants. At the root the NRT2 showed low expression in lineages L1 and L4, when under constant supply of N-NO3-, in contrast, in the treatment under resupply with 0.2 mM N-NO3-was increased expression of OsNTR2.1 ~ 2.2, and NAR in both transformed lineages, but in the root the concentration of NO3- was opposed to the expression of NRT2 and NAR, in both conditions. In the leaves, the line L4 showed high expression of the transporter OsNRT2.1 with the resupply of 0.2 and 2.0 mM N-NO3-. In plants grown under constant supply of N-NH4+, L1 showed lower expression of AMT1 in the root compared to L4 and untransformed plants. When subjected to nitrogen deficiency, there was an increased expression of the OsAMT1.2. However, there was no correlation between N transporter expression levels and NO3- and NH4+ content in the transformed plants, indicating a possible change in enzyme activity and reduction or assimilation of N in these plants. The transformed plants when subjected to resupply with low levels of nitrate and ammonium showed better response parameters Vmax and KM compared to the untransformed. In the plants transformed the resupply with nitrate at low concentration resulted in increasing the gene expression of the transporters (OsNTR2.1 ~ 2.2 and protein OsNAR2.1), and the treatment with constant supply provided greatest nitrate accumulation in these plants. The results of both kinetic parameters and accumulation of fresh matter suggest that plants transformed for the expression of the OsDof25 presented highest tolerance to nutritional stress. / O nitrog?nio ? um dos elementos minerais que mais limita o desenvolvimento das plantas. Assim, aumentar a efici?ncia de uso de nitrog?nio (EUN) ? um fator ? essencial para uma agricultura sustent?vel, levando a um aumento da produ??o de alimentos com menor uso de insumos e menos impactos ao ambiente. Este trabalho teve por objetivo avaliar o efeito da superexpress?o do fator de transcri??o OsDof25 sobre a absor??o de nitrog?nio em duas linhagens transformadas de arroz (L1 e L4) da variedade Nipponbare comparando-as com plantas n?o transformadas (WT). Nas plantas transformadas, o OsDof25 foi expresso sob o controle do promotor da ubiquitina 1 de milho (UBIL:OsDof25:3xHA). For feitos dois experimentos: um para avaliar os par?metros cin?ticos Vm?x e KM, sob condi??es de alto e baixo suprimento de N-NO3- e N-NH4+, e outro para analisar a express?o dos transportadores de NO3- (NRT2.1~2.2 e NAR) e NH4+ (AMT1.1~1.3) tamb?m sob alto e baixo suprimento desses ?ons. As plantas n?o transformadas apresentaram maior crescimento do que as linhagens transformadas. As L1 e a L2 mostraram menor valor de KM no tratamento com ressuprimento de 0,2 mM de N-NO3-. No ressuprimento com 0,2 mM de N-NH4+ a L4 apresentou maior Vm?x e L1 menor KM, mas, n?o houve grandes varia??es nos par?metros cin?ticos de absor??o entre as plantas transformadas e n?o transformadas. Na raiz os NRT2 mostraram baixa express?o nas linhagens L1 e L4 quando submetidas ao suprimento constante de N-NO3-, em contrapartida, no tratamento sob ressuprimento com 0,2 mM de N-NO3- ocorreu aumento de express?o dos OsNTR2.1~2.2 e NAR nas duas linhagens transformadas, por?m na raiz a concentra??o de N-NO3- foi oposta a express?o dos NRT2 e NAR, em ambas as situa??es. Nas folhas, a linhagem L4 apresentou alta express?o do transportador OsNRT2.1 com o ressuprimento de 0,2 e 2,0 mM de N-NO3-. Nas plantas submetidas ao suprimento constante de N-NH4+, a L1 apresentou menor express?o dos AMT1 na raiz quando comparada a L4 e a planta n?o transformada. Quando submetida a defici?ncia de N-NH4+, a express?o do OsAMT1.2 aumentou nas ra?zes de todas as plantas. Entretanto, n?o houve correla??o positiva entre a express?o dos transportadores de N e os teores de NO3- e NH4+ nas linhagens transformadas, indicando uma poss?vel altera??o na atividade das enzimas de redu??o e ou assimila??o de N. As plantas transformadas quando submetidas ao ressuprimento com baixos teores de nitrato e am?nio apresentaram melhor resposta dos par?metros Vm?x e KM em rela??o a n?o transformadas. Nas plantas transformadas o ressuprimento com nitrato em baixa concentra??o resultou em maior express?o dos genes dos transportadores OsNTR2.1~2.2 e da prote?na OsNAR2.1 e o tratamento com suprimento constante proporcionou maior ac?mulo de nitrato nestas plantas. Os resultados tanto dos par?metros cin?ticos quanto do ac?mulo de mat?ria fresca sugerem que as plantas transformadas para express?o do OsDof25 apresentaram maior toler?ncia ao estresse nutricional.

Submitted by Kelson Anthony de Menezes (kelson@ucb.br) on 2016-12-19T17:43:43Z No. of bitstreams: 1 PhilippedeCastroLinsDissertacao2015.pdf: 2365075 bytes, checksum: c5628aa72f1ff54c00d7f8617a9d41dd (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-19T17:43:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PhilippedeCastroLinsDissertacao2015.pdf: 2365075 bytes, checksum: c5628aa72f1ff54c00d7f8617a9d41dd (MD5) Previous issue date: 2015-04-10 / Gene promoters regulate gene expression quantitatively and qualitatively. The regulatory sequences have cis elements and with trans acting that will direct and correctly position the RNA polymerase which is the process of DNA transcription. Genetic engineering of plants by transforming plants expressing genes of interest, use in most studies, constitutive CaMV35S promoter character. A new promoter isolated from soybeans, which is called uceS8.3 showing a constitutive promoter driving expression in different plant tissues. The analysis of the expression of the uidA gene, GUS, demonstrated that the expression profile uceS8.3 controlled by the promoter is comparable or superior to the CaMV35S promoter in plant tissues such as flower buds and roots. Were identified following the uceS8.3 promoter cis regulatory elements that may be responsible for gene expression profile controlled by this promoter. Modules of this promoter, when compared with the CaMV35S promoter and the uceS8.3 itself demonstrated a difference in expression in plant tissues. Cis regulatory elements as ROOTMOTIFPABOX1, POLLEN1LELAT52, MRE, Sp1 and Ibox. The set of specific cis elements located in the promoter uceS8.3 modules may be the minimum necessary elements to control expression in leaf and flower bud tissues. The quantitative expression analysis and fluorometric GUS assays leaf and root tissues have demonstrated a correlation between transcript levels and the specific activity levels of a ??-glucuronidase enzyme in module 2 (720pb), but there is a difference in the balance of these levels between uceS8.3 promoter and Module 4 (170pb). The studies presented here demonstrated that the promoter and its modules has high ability to drive expression in flower tissues and roots, may be used and applied to different types of biotechnologically biotic stresses, including insect pests and nematodes. / Promotores g??nicos regulam a express??o de genes, quantitativamente e qualitativamente. As sequ??ncias regulat??rias possuem elementos cis e trans atuantes que v??o direcionar e posicionar corretamente a RNA polimerase para que haja o processo de transcri????o do DNA. A engenharia gen??tica de plantas, por meio da transforma????o de plantas, expressando genes de interesse, vem utilizando, na maioria dos estudos, o promotor CaMV35S de car??ter constitutivo. Um novo promotor isolado de soja, denominado uceS8.3 ?? tamb??m um promotor constitutivo demonstrando conduzir a express??o em diferentes tecidos vegetais. A an??lise da express??o do gene uidA, GUS, demonstrou que o perfil de express??o controlada pelo promotor uceS8.3 ?? compar??vel ou superior ao promotor CaMV35S em tecidos vegetais, como bot??o floral e raiz. Foram identificados, na sequ??ncia do promotor uceS8.3, elementos cis regulat??rios que podem ser respons??veis pelo perfil de express??o g??nica controlada por esse promotor. Os m??dulos desse promotor, quando comparados com o promotor CaMV35S, e o pr??prio uceS8.3 demonstraram uma diferen??a de express??o nos tecidos vegetais. Elementos cis regulat??rios como ROOTMOTIFPABOX1, POLLEN1LELAT52, MRE, Sp1 e I-box. O conjunto de elementos cis espec??ficos, localizados nos m??dulos do promotor uceS8.3, podem ser os elementos m??nimos necess??rios para controlar a express??o em tecidos de folha e bot??o floral. A an??lise de express??o quantitativa e de ensaios fluorim??tricos de GUS nos tecidos folha e raiz, demonstraram uma correla????o entre os n??veis de transcrito e os n??veis de atividade espec??fica da enzima ??-glucuronidase no m??dulo 2 (720pb), por??m h?? uma diferen??a na correla????o destes n??veis entre o promotor uceS8.3 e o m??dulo 4 (170pb). Os estudos aqui apresentados demonstraram que o promotor uceS8.3 e seus m??dulos possuem alta capacidade de conduzir express??o em tecidos florais e ra??zes, podendo ser utilizado e aplicado biotecnologicamente para diferentes tipos de estresses bi??ticos, incluindo insetos-praga e nemat??ides.

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:47:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ShirllyCMS.pdf: 557194 bytes, checksum: 9adadd98c97ef1f0b498b06d2051e869 (MD5) Previous issue date: 2006-01-20 / The main goal of this work is to investigate the suitability of applying cluster ensemble techniques (ensembles or committees) to gene expression data. More speci&#64257;cally, we will develop experiments with three diferent cluster ensembles methods, which have been used in many works in literature: coassociation matrix, relabeling and voting, and ensembles based on graph partitioning. The inputs for these methods will be the partitions generated by three clustering algorithms, representing diferent paradigms: kmeans, ExpectationMaximization (EM), and hierarchical method with average linkage. These algorithms have been widely applied to gene expression data. In general, the results obtained with our experiments indicate that the cluster ensemble methods present a better performance when compared to the individual techniques. This happens mainly for the heterogeneous ensembles, that is, ensembles built with base partitions generated with diferent clustering algorithms / O principal objetivo deste trabalho ? investigar a viabilidade da aplica??o de t?cnicas de combina??o de agrupamentos (comit?s de agrupamento) a dados de express?o g?nica. Mais especi&#64257;camente, ser?o realizados experimentos com tr?s m?todos diferentes de comit?s de agrupamentos que v?m sendo bastante usados na literatura: matriz de coassocia??o, rerotulagem e vota?ao, e comit?s baseados em particiona mento de grafo. A entrada para esses m?todos de combina??o ser?o as parti??es geradas por tr?s algoritmos de agrupamento, os quais representam diferentes paradigmas: arquico com liga??o k m?dias, ExpectationMaximization (EM), e o algoritmo hier?rquico com liga??o m?dia. Todos esse algoritmos v?m sendo amplamente utilizados no contexto de dados de express?o g?nica. De forma geral, os resultados obtidos indicam um desempenho superior das t?cnicas de comit?s em rela??o as t?cnicas de agrupamento individuais, principalmente no contexto de comit?s heterog?neos, isto ?, comit?s formados por parti??es base geradas por diferentes algoritmos de agrupamentos

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:16:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DianaQCF_DISSERT.pdf: 1652131 bytes, checksum: 3725280f12290a694c1544f741074448 (MD5) Previous issue date: 2010-05-24 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico / The aim of this study was to determine the effects of the use of rosuvastatin in patients with atherosclerosis, in relation to blood parameters of selenium and selenoproteins, and also observe possible changes in gene expression of selenoproteins in these patients. The sample consisted of 27 adult and elderly patients with a clinical diagnosis of coronary artery disease undergoing angioplasty, treated at Natal Hospital Center hospital, Natal, RN. Patients were treated with rosuvastatin 10 mg/day during four months. Anthropometric variables such as body mass index (BMI) and Waist circumference (WC) were measured before and after treatment, as well as lipid profile, blood glucose and liver enzymes (AST and ALT). The diet of the patients was also analyzed using 24-hour diet recall. We analyzed the concentrations of selenium in plasma and erythrocytes, and also the activity of Glutathione Peroxidase and gene expression by Real Time PCR of selenoproteins GPx1, SelP1 and SelN1. Patients had mean age of 61.0 ? 9.4 years, 59.3% were men and 40.7% were women. After four months of treatment there was significant reduction of CA and, according to BMI, most were overweight. The intake of macronutrients, cholesterol, polyunsaturated fatty acids, monounsaturated and saturated was adequate, but the energy and fiber intake was below the recommendations. Regarding the selenium intake was observed a high prevalence of inadequacy. As expected, after treatment with rosuvastatin, a significant reduction in total cholesterol, LDL and glucose, which was not observed for HDL. Selenium concentrations in plasma and erythrocytes showed no changes, keeping within the established cutoffs. We observed a significant increase in GPx enzyme activity and mRNA expression of GPX1 and SEPN1, but not for gene SEPP1. Thus, it was found that treatment with rosuvastatin did not reduce the expression of selenoproteins. More studies are needed to clarify the effects of rosuvastatin on gene expression of selenoproteins in patients with atherosclerosis / Este trabalho tem como objetivo verificar os efeitos do uso da rosuvastatina em pacientes com aterosclerose, em rela??o aos par?metros sangu?neos de sel?nio e selenoprote?nas, bem como observar poss?veis altera??es na express?o g?nica de selenoprote?nas nesses pacientes. A amostra foi constitu?da de 27 pacientes adultos e idosos com o diagn?stico cl?nico de doen?a arterial coronariana submetidos ? angioplastia, atendidos no Natal Hospital Center, Natal, RN. Os pacientes foram tratados com 10mg/dia de rosuvastatina durante 4 meses. Vari?veis antropom?tricas, como ?ndice de Massa Corporal (IMC) e Circunfer?ncia Abdominal (CA), foram medidas antes e ap?s o tratamento, bem como o perfil lip?dico, glicemia e enzimas hep?ticas (AST e ALT). A dieta dos pacientes tamb?m foi analisada utilizando o Recordat?rio alimentar de 24 horas. Foram analisadas as concentra??es do sel?nio no plasma e nos eritr?citos, e tamb?m a atividade da enzima Glutationa Peroxidase e a express?o g?nica por PCR em Tempo Real das selenoprote?nas GPx1, SelP1 e SelN1. Os pacientes apresentaram idade m?dia de 61,0?9,4 anos, sendo 59,3% homens e 40,7% mulheres. Ap?s os quatro meses de tratamento observou-se redu??o significativa da CA e, de acordo com o IMC, a maior parte estava com sobrepeso. A ingest?o dos macronutrientes, colesterol, ?cidos graxos polinsaturados, monoinsaturados e saturados foi adequada, por?m a de energia e fibras estava abaixo das recomenda??es. Com rela??o a ingest?o de sel?nio foi observada uma alta preval?ncia de inadequa??o. Como esperado, ap?s o tratamento com a rosuvastatina, houve redu??o significativa do colesterol total e LDL, bem como da glicemia, o que n?o foi observado para o HDL. As concentra??es de sel?nio no plasma e eritr?citos n?o apresentaram altera??es, se mantendo dentro dos pontos de corte estabelecidos. Foi observado um aumento significante na atividade enzim?tica da GPx e na express?o de mRNA do GPX1 e SEPN1, mas n?o para o gene SEPP1. Dessa forma, foi verificado que o tratamento com a rosuvastatina n?o diminuiu a express?o das selenoprote?nas. Mais estudos s?o necess?rios para esclarecer os efeitos da rosuvastatina sobre a express?o g?nica de selenoprote?nas em pacientes com aterosclerose

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2015-12-02T00:27:28Z No. of bitstreams: 1 MelinaBezerraLoureiro_TESE.pdf: 1135185 bytes, checksum: e5cac7360be06d23b952396e9adfcb1d (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2015-12-08T23:49:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 MelinaBezerraLoureiro_TESE.pdf: 1135185 bytes, checksum: e5cac7360be06d23b952396e9adfcb1d (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-08T23:49:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MelinaBezerraLoureiro_TESE.pdf: 1135185 bytes, checksum: e5cac7360be06d23b952396e9adfcb1d (MD5) Previous issue date: 2014-03-31 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / O objetivo do presente trabalho foi avaliar a express?o de RNAm e os polimorfismos dos genes RANK, RANKL e OPG de crian?as, adolescentes e adultos jovens com DM1, bem como estudar a associa??o dos mesmos com o desenvolvimento de altera??es no metabolismo ?sseo.No total, foram inclu?dos no estudo 119 crian?as e adolescentes com DM1 e 161 indiv?duos normoglic?micos (NG) da mesma faixa et?ria. Foram pesquisados os polimorfismos dos genes OPG (1181 G>C e 163 A>G), RANK (575 C>T e 3'UTR C>A) e RANKL (?ntron A>G) e determinadas as express?es g?nicas de OPG, RANK e RANKL. Al?m disso, foram avaliados o controle glic?mico e par?metros laboratoriais de fun??o ?ssea, al?m da densitometria ?ssea. Os indiv?duos com DM1 apresentaram um controle glic?mico insatisfat?rio e valores diminuidos de c?lcio total, propept?deo do col?geno tipo 1 (CTX), como tamb?m baixa densidade mineral ?ssea, quando comparados com os NG (p<0,05). O polimorfismo OPG 1181 G>C pode estar associado com susceptibilidade ao DM1 (p=0,054). Estudando apenas os indiv?duos com DM1, foi observado que os carreadores do gen?tipo OPG 1181 GG apresentaram maiores concentra??es de c?lcio ionizado no modelo recessivo (p<0,05). Esses resultados sugerem que o polimorfismo OPG 1181 G>C pode contribuir para o desenvolvimento do DM1 e da osteopatia diab?tica.

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2017-07-26T18:47:21Z No. of bitstreams: 1 2014 - Marcela Jacques de Lemos Neves.pdf: 434472 bytes, checksum: c9817e97c5d136299acb936ad4b87b6f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-26T18:47:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014 - Marcela Jacques de Lemos Neves.pdf: 434472 bytes, checksum: c9817e97c5d136299acb936ad4b87b6f (MD5) Previous issue date: 2014-05-30 / FAPERJ / The main goal of this study was evaluate the effect of downregulation of the ammonium transporter OsAMT1.3 in the ammonium uptake through the high affinity system, as well as the effects on nitrogen metabolism. To perform the OsAMT1.3 gene silencing, it was used the artificial micro RNA (amiRNA) technology. In this system, the OsAMT1.3 coding region sequence (cds) is inserted in W marcelaMD3 website and putatives amiRNAs to silencing OsAMT1.3 were made. The amiRNA was inserted by PCR using the pNW55 vector as template. The amiRNA was inserted in the IRS154 vector using the T4 DNA ligase. The IRS154 plus amiRNA was cloned in the E. coli by electroporation. After rice transformation of Nipponbare variety through Agrobacterium and Hygromycin selection, 14 lineages were obtained. Six lineages showed high seed production and only one lineage with abnormal growth. After seed production in a greenhouse, the lineages L1, L2 and L6 were selected to further experiments evaluating the effects of OsAMT1.3 downregulation. First, the lineages selected were evaluated about the levels of OsAMT1.3 downregulation. The rice lineages transformed with amiRNA showed lower level of OsAMT1.3 expression compared to control plants, however, different levels of OsAMT1.3 downregulation was observed. The lineage L1 showed lower levels of OsAMT1.3 downregulation, L2 and L6 showed higher levels of OsAMT1.3 downregulation. The lineages L1, L2 and L6 as well as IRS control plant (transformed with empty vector) were grown in growth chamber at 30 days after germination, and the treatments used were: N starvation for three days, resupply with 0.15 mM of NH4+-N (low level) and 2.0 mM of NH4+-N (high level). The lineages L1, L2 and L6 showed lower NH4+ uptake with 0.15 mM of NH4+-N compared to control plants (IRS), on the other hand, the plants grown with 2.0 mM of of NH4+-N did not show NH4+ uptake differences, except L1. The expression of OsAMT1.1, OsAMT1.2 and OsAMT1.3 ammonium transporters were upregulated with 0.15 mM of NH4+-N in the control plants (IRS); in the lineages L1, L2 and L6 showed downregulation of the OsAMT1.1, OsAMT1.2 and OsAMT1.3 genes. The lower NH4+ uptake with 0.15 mM of NH4+-N resulted in lower levels of NH4+-N and Amino-N in the roots in the lineages, while the NH4+-N and Amino-N in the plants grown with 2.0 mM of NH4+-N was minimally changed. The results indicate that OsAMT1.3 downregulation leads to OsAMT1.1 and OsAMT1.2 downregulation as well, decreasing the NH4+ uptake. Despite the OsAMT1.3 lower expression compared to OsAMT1.1 and OsAMT1.2, the OsAMT1.3 transporter may be involved in the nitrogen uptake efficiency in low levels of NH4+. / O objetivo deste trabalho foi estudar o efeito do silenciamento do gene do transportador OsAMT1.3 em arroz sobre a habilidade das plantas em absorver o N-NH4+ atrav?s do sistema de alta afinidade, bem como os reflexos sobre o metabolismo de nitrog?nio. Para o silenciamento do gene OsAMT1.3 foi usada a tecnologia do miRNA artificial (amiRNA). Para tanto, a sequ?ncia codante do gene (cds) OsAMT1.3 ? inserida no sistema WMD3 que indica sequ?ncias de amiRNA?s para silenciar o pr?prio OsAMT1.3. A inser??o do amiRNA foi feita por PCR usando o vetor pNW55 como molde. O miRNA foi inserido no vetor IRS154 por corte e liga??o usando a enzima T4 DNA ligase. O produto da liga??o foi introduzido em E. coli por eletropora??o. Ap?s a transforma??o de arroz da variedade Nipponbare mediada por Agrobacterium. A sele??o das plantas transformadas foi feita com o antibi?tico Higromicina. No total foram obtidas 14 linhagens transformadas. Para confirmar que as plantas mutantes possuiam a constru??o, foi realizado o teste com a folha bandeira em solu??o de higromicina. Seis linhagens apresentaram boa produ??o de sementes e houve uma linhagem com crescimento anormal. Ap?s a multiplica??o das linhagens em casa de vegeta??o, foram selecionadas as linhagens L1, L2 e L6 para os experimentos de an?lise dos efeitos do silenciamento do gene OsAMT1.3. Primeiramente, as linhagens selecionadas foram avaliadas quanto ao n?vel de silenciamento do gene OsAMT1.3. As linhagens de arroz transformadas apresentaram maior n?vel de silenciamento do gene OsAMT1.3 quando comparadas ?s plantas controle, no entanto, diferentes n?veis de silenciamento foram observados. A linhagem L1 apresentou menor n?vel de silenciamento do gene OsAMT1.3, enquanto L2 e L6 apresentaram maior silenciamento. As linhagens L1, L2 e L6 e a planta controle IRS (transformada com o vetor vazio) foram cultivadas em c?mara de crescimento at? os 30 dias ap?s a germina??o, com a aplica??o dos seguintes tratamentos: sem N por tr?s dias, ressuprimento com 0,15 mM de N-NH4+ ap?s tr?s dias de priva??o de N (baixa dose) e 2,0 mM de N-NH4+ constante (alta dose). As linhagens L1, L2 e L6 apresentaram menor absor??o de NH4+ com 0,15 mM de N-NH4+ quando comparadas com as plantas controle (IRS), enquanto as plantas cultivadas com 2,0 mM de N-NH4+ n?o apresentaram diferen?as na absor??o de NH4+. A express?o dos genes dos transportadores de NH4+ OsAMT1.1, OsAMT1.2 e OsAMT1.3 foi induzido pelo tratamento com 0,15 mM de N-NH4+ nas plantas controle (IRS), enquanto as linhagens transformadas apresentaram repress?o dos genes OsAMT1.1, OsAMT1.2 e OsAMT1.3. A menor absor??o de NH4+ com 0,15 mM de N-NH4+ causou menor n?vel de N-NH4+ e N-amino nas ra?zes das linhagens transformadas, enquanto nas plantas com 2,0 mM de N-NH4+ houve pouca altera??o nos conte?dos de N-NH4+ e N-amino. Os resultados indicam que o silenciamento do gene OsAMT1.3 provoca regula??o negativa dos transportadores OsAMT1.1 e OsAMT1.2, alterando a absor??o de NH4+. Apesar do gene OsAMT1.3 ser menos expresso que os genes OsAMT1.1 e OsAMT1.2, o transportador OsAMT1.3 pode estar envolvido na efici?ncia de absor??o em baixas doses de NH4+.