Orientador: Cesar Martins / Coorientador: Guilherme Targino Valente / Banca: Marcelo Ricardo Vicari / Banca: Danilo Pinhal / Resumo: Cromossomos B, também conhecidos como supernumerários, são considerados elementos dispensáveis ao organismo. Porém, alguns estudos têm apresentado evidências de uma possível funcionalidade destes cromossomos extras. São encontrados em muitas espécies de eucariotos, entre elas, Astatotilapia latifasciata, ciclídeo africano que possui de 1 a 2 cromossomos B. Os ciclídeos têm sido muito utilizados como organismos modelo para estudos genéticos e genômicos. Análises genômicas em larga escala prévias envolveram sequenciamento por next generation (Illumina HiSeq sequencing) de genomas sem cromossomo B (B-) e com cromossomo B (B+) de A. latifasciata e uma forma variante do gene hnRNP Q-like (Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q-like) foi identificada. Esta sequência apresenta um alto número de cópias e características de retrogene no cromossomo B. Diante disso, foi objetivo do presente trabalho compreender a organização genômica, identificar os mecanismos de retro-inserção e fazer análises de expressão desta sequência, possibilitando um melhor entendimento da origem, evolução e possíveis efeitos deste cromossomo na espécie estudada. A partir de análises de bioinformática foram identificadas cópias variantes do gene hnRNP Q-like no genoma B+ e as regiões mais representativas foram selecionadas, de acordo com o grau de mutações, para demais estudos. Análises de fragmentos sequenciados e qPCR confirmaram que o gene possui maior número de cópias e ausência de íntrons no cromossomo B. Evidências de resquícios de domínios da transcriptase reversa de elementos transponíveis sugerem que o gene foi retroinserido no cromossomo B. Dados de qPCR em cDNA mostraram que, apesar de possuir mais cópias no genoma B+, o gene hnRNP Q-like não é diferencialmente expresso nos genomas B+ e B- / Abstract: B chromosomes, also known as supernumerary, are considered dispensable elements to organisms. However, some studies have presented evidences of a possible functionality of this extras chromosomes. They are observed in many eukaryote species, such as in the African cichlid, Astatotilapia latifasciata, which might have one or two B chromosomes. Cichlids have been used as model organisms to genetics and genomics studies. Previous genomic analyses based on next generation sequencing (Illumina HiSeq sequencing) were realized in the whole genome without B chromosome (B-) and with B chromosomes (B+) of A. latifasciata and a variant form of hnRNP Q-like (Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q-like) gene was identified. This sequence presented a high copy number and characteristics of a retrogene in B chromosomes. Thus, the aim of this study consists in comprehend genomic organization, identify retroinsertion mechanisms and perform expression analyses of the hnRNP Q-like gene, making it possible a better understanding of origin, evolution and possible effects of this chromosomes in the studied species. Bioinformatics analyses identified variant copies of hnRNP Q-like gene in B+ genome and the higher and lower variable regions of the gene were selected, based in mutation rates, for further analysis. Analyses from sequenced fragments and qPCR confirmed gene has a higher number of copies and do not present introns in B chromosome. Evidences of transposable element relics with reverse transcriptase domains suggest gene was retroinserted in B chromosome. The data of qPCR in cDNA showed that the hnRNP Q-like gene is not differentially expressed in both genomes (with and without B chromosome) / Mestre

Orientador: Adriana Camargo Ferrasi / Coorientador: Maria Inês de Moura Campos Pardini / Banca: Patrícia Pintor dos Reis / Banca: Marcelo Lima Ribeiro / Resumo: O câncer gástrico é mundialmente a segunda causa de morte por câncer. No Brasil está entre os cinco neoplasias mais incidentes, mostrando-se como um grave problema de saúde pública. O conhecimento do padrão de expressão gênica de genes supressores tumorais e protooncogenes é fundamental para o esclarecimento dos mecanismos desta carcinogênese. O gene FOXE1 (forkhead box E1) pertence a uma grande família de fatores de transcrição envolvidos em processos de crescimento e diferenciação celular. Pesquisas recentes têm demonstrado o papel determinante de FOXE1 na gênese de certos tipos de neoplasias. Assim, a análise da expressão gênica de FOXE1 em amostras de tumores gástricos faz-se necessária para esclarecer seu possível envolvimento neste carcinogênese. O DNA foi extraído de 89 amostras de tumores gástricos, com seus respectivos tecidos normais adjacentes. Após o tratamento com bissulfito de sódio, o padrão de metilação foi determinado por PCR específica para metilação (MSP-PCR) com a visualização dos resultados em poliacrilamida 6% corado com nitrato de prata. 86,5% das amostras apresentaram metilação em FOXE1, sendo o mesmo padrão encontrado em tecidos normais adjacentes 74,2%. Não houve significância estatística quando os resultados foram agrupados de acordo com o sexo, tipo histológico e estadiamento. A expressão gênica foi avaliada através de qPCR para 13 dos 89 pacientes incluídos no estudo. Obteve-se para cada paciente a razão (T/N) comparando a expressão gênica da amostra de tecido tumoral (T) em relação à expressão do tecido normal adjacente ao tumor (N). 8 amostras (61,5%) apresentaram um aumento da expressão do FOXE1, com uma média de 1,6. Dentre as 5 (38,5%) amostras com QR abaixo de 1, isto é, com expressão do FOXE1 abaixo do tecido normal, a média foi de 0,7. Quanto à concordância entre o estado de metilação em FOXE1 e a sua expressão ... / Abstract: Not available / Mestre

Orientador: Maeli Dal Pai / Banca: Luís Fernando Marins / Banca: Ian Porto Gurgel Amaral / Banca: Robson Francisco Carvalho / Banca: Danilo Pinhal / Resumo: O pacu (Piaractus mesopotamicus) apresenta excelentes características zootécnicas como rápido crescimento, parâmetro que está diretamente relacionado com o aumento da musculatura estriada esquelética. Pesquisas envolvendo a caracterização de genes musculares têm sido realizadas utilizando-se tecnologias moleculares, em espécies de peixes modelo como o Zebrafish que possui o genoma sequenciado. No pacu, espécie que não possui o genoma sequenciado, esta falta de informação genética dificulta a realização de pesquisas relacionadas com a identificação das vias de sinalização que regulam o desenvolvimento, o crescimento e a manutenção do fenótipo muscular. Além disso, a falta de informação promove uma limitação para o desenvolvimento de programas de melhoramento para esta espécie. Os principais objetivos do presente estudo foram: 1) aumentar os recursos genéticos disponíveis para a espécie, 2) comparar os transcriptomas dos tipos de músculo, vermelho e branco explorando as vias de sinalização que controlam os tipos de fibras musculares 3) investigar a expressão de deubiquitinas pertencente a família do sistema de Proteases ubiquitinas-específicas (USP) no músculo branco em resposta ao jejum e realimentação. Com o sequenciamento, obteve-se aproximadamente 0.6Tb de leituras a partir de bibliotecas do músculo esquelético vermelho e branco. Aproximadamente, 665 milhões de leituras foram utilizadas para a realização da montagem, resultando em 504.065 contigs com um comprimento médio de 1,334bp e N50 = 2,772bp; 47% do transcriptoma foi anotado com êxito, onde pode-se identificar cerca de 15.000 genes considerados únicos e aproximadamente 8000 sequências com região codificante completas. Dentre os genes identificados destacam-se 319 genes de vias metabólicas e 380 microssatélites. Novecentos e ciquenta e seis e 604 genes foram diferencialmente expressos entre o músculo vermelho e branco, respectivamente. / Abstract: Pacu (Piaractus mesopotamicus) has excellent husbandry features like rapid growth. This parameter is directly related to the increase of skeletal muscle. Researches involving the characterization of muscle genes have been performed using molecular technologies, in species of fish such as zebrafish model that has sequenced the genome. In pacu, a species that does not have the sequenced genome, this lack of genetic information makes it difficult to conduct research related to the identification of signaling pathways that regulate development, growth and maintenance of muscle phenotype. Moreover, the lack of information promotes a limitation for the development of breeding programs for this species. The main objectives of this study were: 1) to increase the available genetic resources for the species, 2) compare the transcriptomes of red and white muscle types, exploring the signaling pathways that control the types of muscle fibers 3) to investigate the expression of deubiquitins belonging to the family of ubiquitin-specific proteases system (USP) in muscle in response to fasting and feedback. With the sequencing, it was obtained approximately 0.6Tb readings from red skeletal muscle and white libraries. Approximately 665 million readings were used to perform the assembly, resulting in 504 065 contigs with an average length of N50 = 1,334bp and 2,772bp; 47% of the transcriptome was noted successfully, which can be identified about 15,000 genes considered as unique and approximately 8000 sequences coding complete region. Among the identified genes, we could observe 319 metabolic pathways genes and 380 microsatellite. Nine hundred fifty six and 604 genes were differentially expressed between red and white muscle, respectively. We identified 442 pairs of paralogs genes resulting from genomic duplication at the base source of teleost fish. It was possible to identify differential expression of paralogous genes include the types of fibers... / Doutor

Orientador: Ana Elizabete Silva / Coorientador: Eny Maria Goloni Bertollo / Banca: Patricia Pintor dos Reis / Banca: Cristiane Damas Gil / Resumo: Alterações nos níveis de expressão de moduladores da resposta inflamatória, como a Anexina-A1 (AnxA1/ANXA1) e a Galectina-1 (Gal-1/LGALS1) têm sido observadas em diversos tipos de câncer. O câncer colorretal, um dos modelos da associação inflamação-câncer progride, na sequência, do epitélio normal para adenoma (AD) e adenocarcinoma (ADC). Objetivos: Avaliar a expressão gênica e proteica da AnxA1 e Gal-1 e o índice de proliferação celular (IP) em amostras de AD, ADC esporádico e das mucosas normais adjacentes, assim como investigar a ocorrência de correlação entre os níveis de expressão de ambos os mRNA e de associação com fatores de risco (idade, gênero, tabagismo e etilismo) e sítio anatômico de origem da lesão. Materiais e Métodos: As análises foram realizadas pelas técnicas de PCR quantitativa em tempo real (qPCR), para quantificar os níveis de mRNA de ANXA1 e LGALS1 em 70 biópsias de lesão (27AD e 43ADC) e 58 de mucosa normal adjacente (19 e 39 respectivamente), e de imuno-histoquímica, para caracterizar a expressão proteica da AnxA1 e Gal-1 em 25 biópsias de lesão (10AD e 15ADC) e 16 de mucosa normal adjacente (6 e 10 respectivamente), como também investigar o IP pela detecção do antígeno Ki-67 em 44 biópsias de lesão (19AD e 25ADC) e 16 de mucosa normal adjacente (8 em ambas). Resultados: A expressão relativa de ANXA1 apresentou-se elevada em comparação à mucosa normal tanto no AD (RQ=1,11; P=0,040), como no ADC (RQ=2,33; P<0,001). Contudo, LGALS1 apresentou expressão relativa aumentada apenas no ADC em comparação à mucosa normal (RQ=1,85; P<0,001), enquanto no grupo AD foi observada expressão basal (RQ=0,90; P=0,319). A comparação entre as lesões mostrou que ambos os genes apresentam-se significantemente mais expressos no ADC em comparação... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Changes in expression levels of inflammatory response modulators, such as Annexin-A1 (AnxA1/ANXA1) and Galectin-1 (Gal-1/LGALS1) have been observed in several types of cancer. Colorectal cancer, one of the models of inflammation-cancer association, progresses, in sequence, from normal epithelium to adenoma (AD) and adenocarcinoma (ADC). Objectives: To evaluate the gene and protein expression of AnxA1 and Gal-1 and the cell proliferation index (IP) in samples of AD, sporadic ADC and adjacent normal mucosa, as well as to investigate the occurrence of correlation between the mRNA expression levels and association with risk factors (age, gender, smoking and drinking habits) and anatomic site of lesion origin. Materials and Methods: The analyzes were performed by quantitative real-time PCR (qPCR) technique to quantify the levels of ANXA1 and LGALS1 mRNA in 70 biopsies of lesions (27AD and 43ADC) and 58 adjacent normal mucosa (19 and 39 respectively), and immunohistochemistry technique to characterize the protein expression of AnxA1 and Gal-1 in 25 biopsies of lesions (10AD and 15ADC) and 16 adjacent normal mucosa (6 and 10 respectively), and also to investigate the IP by detection of Ki-67 antigen in 44 biopsies of lesions (19AD and 25ADC) and 16 adjacent normal mucosa (8 in both). Results: The relative expression of ANXA1 showed higher compared to adjacent normal mucosa in both AD (RQ=1.11; P=0.040) and ADC (RQ=2.33; P<0.001). However, LGALS1 mRNA showed overexpression only in ADC compared to normal mucosa (RQ=1.85; P<0.001), while in AD group it was observed basal expression (RQ=0.90; P=0.319). The comparison between lesions showed that both genes were significantly more expressed in ADC compared to AD (ANXA1: P=0.039; LGALS1: P=0.019). In both lesion groups it was observed positive correlation between the mRNA expression of these genes... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

O controle da contaminação de alimentos por Listeria monocytogenes é um desafio para a indústria, pois a bactéria é tolerante a muitas condições adversas que são empregadas para conservação de alimentos. L. monocytogenes é uma bactéria patogênica e pode causar doença de natureza não entérica grave, em pessoas imunocomprometidas, idosas e durante a gestação. No presente estudo foi avaliada a expressão gênica de duas linhagens L. monocytogenes IAL 633 sorotipo 1/2a mais comumente isoladas de alimentos e L. monocytogenes ATCC 19115 sorotipo 4b mais comumente encontradas em surtos hospitalares, utilizando caldos modelos formulados a partir de extratos de carne e peptona de peixe, suplementados ou não com glicose, cloreto de sódio, orégano, pimenta do reino e uma mistura desses ingredientes. Os caldos modelos formulados e suplementados ou não com os ingredientes foram incubados por 1 hora a 25ºC e em seguida, foi realizada extração de RNA e síntese de DNA complementar (cDNA). O cDNA foi amplificado e quantificado por PCR em tempo real, com primers para os genes alvos prfA, inlA, actA e hly, que codificam respectivamente o fator regulador positivo, internalina A, actina e hemolisina, relacionados à virulência desta bactéria. L. monocytogenes IAL 633 sorotipo 1/2a cultivada em caldo de carne acrescido de glicose diminuiu a expressão de prfA, actA e hly, enquanto que em caldo de peixe acrescido do mesmo ingrediente, foi observada maior expressão para os genes inlA, actA e hly. Nos caldos de carne acrescidos de cloreto de sódio houve aumento da expressão de hly em L. monocytogenes ATCC 19115 sorotipo 4b, mas o mesmo ingrediente causou redução da expressão dos genes inlA, actA e hly em L. monocytogenes IAL 633. Em caldo de peixe adicionado de cloreto de sódio, houve concordância no efeito observado para as duas culturas de L. monocytogenes avaliadas, com menor expressão dos genes inlA e prfA. Com pimenta do reino em caldo carne foi observado aumento da expressão de actA para L. monocytogenes ATCC 19115 e redução dos genes prfA, inlA, actA e hly para L. monocytogenes IAL 633. Já em caldo de peixe acrescido de pimenta do reino, a modulação gênica ocorreu somente para L. monocytogenes ATCC 19115, com redução do gene prfA e aumento inlA e actA. O orégano foi o ingrediente que mais afetou a expressão gênica de L. monocytogenes nas condições estudadas, com aumento da expressão de actA em caldo de carne e redução de hly, para L. monocytogenes ATCC 19115. Em contrapartida, para L. monocytogenes IAL 633 ocorreu a repressão dos mesmos genes e também de inlA e prfA, enquanto que em caldo de peixe ocorreu redução somente para o gene prfA. Ainda, em caldo de peixe acrescido de orégano foi observado redução da expressão dos genes prfA e inlA, porém aumento na expressão de actA e hly para L. monocytogenes ATC 19115. A combinação de todos os condimentos também afetou a expressão gênica, sendo que em caldo de carne houve aumento da expressão dos genes prfA e inlA, porém foi reduzida a expressão de actA para L. monocytogenes ATCC 19115. Para a mesma linhagem (ATCC 19115), em caldo de peixe ocorreu a redução da expressão dos genes prfA, inlA e actA. L. monocytogenes IAL 633 em caldo de carne com a mistura de ingredientes teve reduzida a expressão dos genes inlA e actA, essa redução também foi detectada em caldo de peixe para o gene prfA. No presente estudo foi possível observar uma repressão de todos os genes alvos estudados para L. monocytogenes IAL 633 sorotipo 1/2a quando incubada em caldo de carne suplementado com os diferentes ingredientes, mas o mesmo padrão não foi observado para L. monocytogenes ATCC 19115 sorotipo 4b, indicando a complexidade da expressão gênica em função dos componentes de alimentos. / The control of food contamination by Listeria monocytogenes is a challenge for the industry because the bacterium is tolerant to many adverse conditions applied in food preservation. L. monocytogenes can cause serious non-enteric disease in immunocompromised persons, in the elderly and during pregnancy. In the present study it was evaluated the gene expression of two strains, L. monocytogenes IAL 633 serotype 1/2a (most commonly isolated from food) and Listeria monocytogenes ATCC 19115 serotype 4b (more common in clinical cases). Model broths were prepared with meat extract and fish peptone, supplemented or not with glucose, sodium chloride, oregano, black pepper and a mixture of these ingredients. The formulated model broths supplemented or not with the ingredients were incubated for 1 hour at 25° C and next, RNA extraction was performed and complementary DNA (cDNA) was synthesized. The cDNA was amplified and quantified by Real Time PCR with primers for the target genes: positive regulatory factor (prfA), internalin A (inlA), actin (actA) and hemolysin (hly). L. monocytogenes IAL 633 serotype 1/2a grown in meat broth plus glucose decreased expression prfA, actA and hly, while in fish broth, increased expression was observed for inlA, hly, and actA genes. In meat broth added sodium chloride, increased hly expression was observed for L. monocytogenes ATCC 19115 serotype 4b but the same ingredient caused a decrease of the expression of genes inlA and hly in L. monocytogenes IAL 633. In fish broth added sodium chloride, for the two cultures of L. monocytogenes evaluated there was a lower expression of inlA and prfA gene in comparison with the control. With meat broth containing black pepper, it was observed an increased actA expression for L. monocytogenes ATCC 19115 and lower expression of prfA, inlA, actA gene; for L. monocytogenes IAL 633 lower expression of hly was observed in this broth formulation. In fish gravy plus black pepper, modulation of gene expression occurred only in L. monocytogenes ATCC 19115 that showed decrease for prfA and increase for inlA and actA. Oregano was the ingredient that affected most the gene expression of L. monocytogenes under the conditions studied, with increased actA expression in broth and hly reduction for L. monocytogenes ATCC 19115. However, for L. monocytogenes IAL 633 there was repression of the inlA and prfA genes, in fish stock was reduced only for prfA gene. Also in fish stock plus oregano was observed reduction of prfA and inlA genes, but increased expression of the actA and hly for L. monocytogenes ATC 19115. The combination of all the condiments also caused different effects on gene expression, and in broth increased the expression of genes prfA and inlA, but reduced the actA expression for L. monocytogenes ATCC 19115, for the same strain (ATCC 19115) broth fish was a reduction of prfA, inlA and actA genes. L. monocytogenes IAL 633 in broth with the mixture of ingredients reduced the expression of inlA and actA genes, this reduction were also seen in fish broth for the prfA gene. L. monocytogenes has complexity of the modulation of the expression of virulence factors in food, but in the present study it was possible to observe a repression in the modulation pattern of all target genes studied L. monocytogenes IAL 633 serotype 1/2a when incubated in broth supplemented with different ingredients, which did not occur for L. monocytogenes ATCC 19115 serotype 4b.

Gramíneas do gênero Brachiaria apresenta importância econômica como forrageiras no Brasil. O melhoramento genético, entretanto, é restrito devido a diferenças de ploidia entre os genótipos e a reprodução por apomixia. A indução de haplóides e duplo-haploides pelo cultivo in vitro de anteras ou de micrósporos isolados é relatada em diversas espécies. Além da criação de novos genótipos linhagens duplo-haplóides podem ser utilizadas como ferramentas para o estudo de marcadores moleculares. Dentre os fatores essenciais para o sucesso da técnica está o estádio do desenvolvimento do micrósporo, sendo o estádio uninucleado, geralmente, o mais responsivo. Um dos objetivos deste trabalho foi contribuir para a definição de parâmetros para a cultura de haplóides em Brachiaria. Flores e anteras isoladas de B. brizantha (B105) em diferentes estádios de desenvolvimento foram processadas para microscopia de luz. Os eventos observados foram associados a marcadores morfologicos. Experimentos de cultura de anteras foram estabelecidos e estruturas semelhantes a calos ocorreram em pouco explantes. Secções histológicas revelaram a ocorrência de micrósporos com divisão simétrica, indicando um possível desvio da rota do micrósporo para a rota esporofítica. Genes definidos como marcadores de embriogênese como SERK (SOMATIC EMBRYOGENESIS RECEPTOR-LIKE KINASE), podem ser utilizados para identificar o potencial embriogênico de células ou grupo de células, possibilitando monitorar a resposta in vitro. Duas seqüências parciais de cDNA isoladas de B. brizantha apresentaram alta identidade com homólogos de SERK1 e SERK2 de monocotiledôneas. Análise filogenética confirmou a alta similaridade sugerindo serem os possíveis ortólogos de SERK em Brachiaria, sendo nomeados como BbrizSERK1 e BbrizSERK2. Clones parciais da seqüência genômica foram obtidos. Análise de Southern blot identificou duas cópias deste gene tanto na planta apomítica como na sexual. A análise da expressão de BbrizSERK2 por RT-qPCR na planta apomítica e sexual e durante a embriogênese somática revelou que este gene não é específico de tecidos reprodutivos. Expressão diferencial de BbrizSERK entre ovários apomíticos e sexuais, especialmente durante a megasporogênese, foi observada por hibridização in situ. Detectou-se forte sinal na célula-mãe do megásporo em ovários sexuais e ausência de sinal em ovários apomíticos. Após a antese, a expressão na planta apomítica foi observada apenas na região micropilar e proembriões. Na sexual, foi observada nas antípodas e aparato da oosfera. Em anteras o mesmo padrão de expressão foi observado entre a planta apomítica e sexual, com forte expressão no tapete e nas células-mãe do grão de pólen, o que sugere um importante papel deste gene na esporogênese em Brachiaria. Em calos embriogênicos forte sinal foi observado em massas proembriogênicas, em embriões globulares e também em embriões somáticos mais desenvolvidos, confirmando a função de SERK como marcador de embriogênese em Brachiaria. Em anteras cultivadas in vitro, forte sinal foi observado em micrósporos binucleados com divisão simétrica e em alguns micrósporos vacuolados. Experimentos futuros com genes desta família poderão contribuir para monitorar processos in vitro em Brachiaria, indicando células ou grupos de células com potencial embriogênico, ajudando na definição das melhores condições de cultivo para a embriogênese e também para o estudo da reprodução neste gênero / Brachiaria, gramineae present economic importance as forage in Brazil. The genetic breeding, however, is restricted by differences in ploidy among the genotypes and the apomixis. The development of a haploid and double haploid production has been reported for several species. Besides the production of new genotypes the development of double haploid lineages may be used for studies with molecular markers. Among important factors for the success of haploid plant development relies on the microspore developmental stage, with the uninucleate stage being usually the most responsive. One of the objectives of this work was to contribute for the definition of parameters for the development of haploid cultures in Brachiaria. B. brizantha (B105) flowers and isolated anthers were collected in different stages of development and processed for light microscopy. The events observed were associated to morphological markers. Anther culture experiments were established and calli formation ocurred to a few explants. Histological sections of anthers cultivated in vitro, however, revealled the occurrence of microspores with symmetrical divisions, indicating a possible alternative to the sporophytic route. Genes defined as markers of embryogenesis, such as SERK (SOMATIC EMBRYOGENESIS RECEPTOR-LIKE KINASE), may be utilized to identify the embryogenic potential of cells, or cell clusters, in an attempt to monitor the in vitro response. Two partial sequences of cDna isolated from B. brizantha (B30) showed high identity of these two sequences to SERK1 and SERK2 homologs from monocots. The phylogenetic analysis confirmed high similarity with these genes, indicating that these sequences are possible orthologs of SERK in Brachiaria, hence these were named BbrizSERK1 and BbrizSERK2. Partial clones of genomic sequences were obtained. Southern blot analysis suggested two copies of this gene in both apomictic and sexual B. brizantha. The expression analysis of BbrizSERK2 by RT-qPCR revealed that this gene is not specific to reproductive tissues. Differential expression of BbrizSERK between apomictic and sexual ovaries, especially during megasporogenesis, was observed by in situ hybridization. A strong signal was detected in the megaspore mother cell in sexual ovaries, with absence in apomictic ovaries. After anthesis, the expression in the apomictic plant was observed only in the micropylar region and proembryos, however, in the sexual plant, the expression was observed in the antipodals and egg apparatus. In anthers, the same in situ pattern was observed in the apomictic and the sexual plant, with a strong expression in the tapetum and the pollen grain mother cell, suggesting an important role of this gene in the sporogenesis in Brachiaria. In embryogenic calli, strong signal was observed in proembryogenic masses, globular embryos and somatic embryos in later stages of development, confirming the role of SERK as an embryogenic marker in Brachiaria. In cultivated anthers, a strong signal was observed in binuclear microspores with symmetric division and vacuolated microspores. Further studies with this gene family may contribute to monitoring the in vitro processes in vitro in Brachiaria, defining cells or cell clusters with an embryogenic potential, helping for the definition of culture conditions for embryogenesis and also for reproductive studies in this genus

A gravidez humana é permeada por diversos mecanismos de adaptação para evitar a rejeição do feto, que, por se tratar de um tecido semialogênico, deveria ser rejeitado pelo sistema imunológico materno. A molécula HLA-G, presente na interface materno-fetal, apresenta uma característica imunossupressora que age proporcionando inibição contra a citotoxidade das células NK e linfócitos T citotóxicos, conferindo efeito modulador benéfico à gestação. Entretanto, devido a suas propriedades imunossupressoras, essa molécula pode estar envolvida na persistência e progressão da infecção pelo HIV-1. Nosso objetivo foi avaliar a expressão das moléculas HLA-G em tecidos placentários de mulheres infectadas ou não pelo HIV-1. Trata-se de um estudo transversal e descritivo, para o qual foram coletadas biópsias placentárias de 100 mulheres infectadas pelo HIV-1 e 100 mulheres não infectadas. Ao realizar a análise dos dados sócio-demográficos, pudemos observar que o perfil das mulheres atendidas num hospital de referência no município de Ribeirão Preto assemelha-se ao encontrado nacionalmente. A faixa etária prevalente foi de 20 a 29 anos (48%); em relação à cor da pele, a grande maioria (71%) era branca; quanto à escolaridade, a população estudada apresentou maior frequência de ensino fundamental (61%); e a maioria (68%) não desempenhava atividade remunerada. Quanto à via de parto, 56,7% das mulheres foram submetidas a cesárea eletiva e 100% fizeram uso de antirretroviral injetável no momento do parto, conforme preconização do Ministério da Saúde. A técnica laboratorial utilizada foi imunoistoquímica, cuja análise foi realizada por um patologista. Os resultados obtidos não mostraram associação entre a expressão das moléculas HLA-G e os biomarcadores da infecção pelo HIV-1, como carga viral (cópias/mL) e células CD4+ (células/mm³), nem em relação ao uso de terapia antirretroviral (TARV). Contudo, observamos que as placentas das mulheres infectadas pelo HIV-1 apresentaram redução na expressão de HLA-G em comparação com as mulheres que não apresentam a infecção (p<0,01), sugerindo que essa redução possa ser um mecanismo de escape viral, que acarreta a redução da apresentação de peptídeos virais para os linfócitos T CD8+. Para melhor compreensão do padrão de expressão das moléculas HLA-G em placentas de mulheres infectadas pelo HIV-1, faz-se necessária a realização de outros estudos utilizando metodologias distintas / In order to prevent the rejection of the semiallogenic tissue of the fetus by the maternal immune system, human pregnancy presents a variety of adaptation mechanisms. The HLA-G molecule in the maternal-fetal interface, presents an immunosuppressant feature that inhibits the cytotoxicity of NK cells and T lymphocytes, with a positive modulating effect over the pregnancy. Nevertheless, due to its immunosuppressive properties, the HLA-G molecule might be related to the continuance and the progression of the HIV- 1 infection. Our objective was to analyse the expression of HLA-G in placental tissues of both HIV-1 infected and uninfected women. As a descriptive and cross-sectional study, placental biopsies were collected from 100 HIV-1 infected women and 100 from uninfected ones. When socio- demographic data were analysed, it was observed that the profile of women taken care at the referential hospital in Ribeirão Preto resembled the ones found nationwide: the most prevalent age group was the 20-29 years (48%); the vast majority was of white people (71%); there was a higher frequency of primary education in this group (61%); and most of them did not perform any paid activity (68%); 56.7% of them underwent elective cesarean; and 100 % of them made use of injectable antiretroviral at the delivery, as prescribed by the Ministry of Health. The laboratorial technique used was immunohistochemical, which was performed by a pathologist. Final results showed no association between the expression of HLA-G and the biomarkers of the HIV-1, such as viral load (copies/mL) and CD4+ cell counting (cells/mm³) or even the use of antiretroviral therapy (ART). Nevertheless, in the placenta of women infected with HIV-1, the expression of the HLA-G proved to be reduced in comparison to women who did not have the infection (p <0.01 ), suggesting that this reduction could be a mechanism for viral escape which entails the reduction of viral peptides to CD8+ T lymphocytes. To understand the full extension of the expression pattern of the HLA-G in HIV-1 infected women, it is necessary to perform further studies using different methodologies

CoordenaÃÃo de AperfeÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / Diversos estudos tÃm evidenciado que a principal funÃÃo da proteÃna desacopladora mitocondrial de plantas (pUCP) està relacionada a regulaÃÃo de espÃcies reativas de oxigÃnio (EROs). AnÃlises in silico sugerem a existÃncia de famÃlias multigÃnicas para a codificaÃÃo de pUCPs, porÃm novos estudos ainda sÃo necessÃrios para estabelecer o perfil de expressÃo gÃnica das pUCPs, assim como a quantidade de genes em cada espÃcie e suas relaÃÃes filogenÃticas. O presente trabalho teve como objetivo caracterizar, analisar filogeneticamente e avaliar o perfil de expressÃo da famÃlia multigÃnica da pUCP em diferentes tecidos durante o desenvolvimento da soja [Glycine max (L.) MERR.] e em condiÃÃes de estresse. Foi realizada uma anÃlise in silico no genoma da soja e de outras leguminosas disponÃveis no banco de dados WGS, revelando uma famÃlia multigÃnica codificadora da pUCP, UCP1 e 2 com nove Ãxons, UCP 3 com 2 Ãxons, e UCP 4 e 5 com apenas um Ãxon. Dentre as leguminosas analisadas a soja se destacou com o maior nÃmero de genes, 10 genes no total, sendo quatro genes GmUCP1, uma GmUCP2, uma GmUCP3, dois GmUCP4 e dois GmUCP5, alÃm da presenÃa de um splicing alternativo no gene GmUCP1b1. Primers especÃficos foram desenhados para cada membro da GmUCP a fim de analisar os perfis de expressÃo em diferentes tecidos (semente seca e embebida, flores, vagens, cotilÃdones, folhas unifolioladas e trifolioladas, raÃzes, hipocÃtilos e epicÃtilos) durante o desenvolvimento da soja. Para os ensaios em condiÃÃes de estresse foram utilizadas folhas e raÃzes de soja com treze dias apÃs a semeadura (DAS) que foram submetidas a estresse osmÃtico promovido pela aplicaÃÃo de polietileno glicol (PEG) e estresse biÃtico atravÃs de Ãcido salicÃlico (AS). O RNA total de cada amostra foi extraÃdo para a realizaÃÃo de RT-qPCR. Os valores de ct foram obtidos pelo programa realplex e analisados pelo programa GeNorm. O perfil de expressÃo gÃnica mostrou que todos os genes GmUCP foram expressos em todos os tecidos/ÃrgÃos analisados durante o desenvolvimento da soja, com exceÃÃo de alguns genes em semente seca e epicÃtilo. Os diferentes perfis de expressÃo de cada gene durante o desenvolvimento de cada tecido/ÃrgÃo sugerem que ocorra uma regulaÃÃo gÃnica espacial/temporal entre os membros da GmUCP. Os perfis de expressÃo dos genes GmUCP em soja durante as condiÃÃes de estresses foi diversificado, visto que 2 genes apresentaram expressÃo estÃvel em ambos tecidos/estresse, 7 genes apresentaram queda do perfil de expressÃo, enquanto apenas 4 genes apresentaram aumento dos nÃveis de transcritos. / Several studies have evidenced that the main function of the mitochondrial uncoupling protein in plants (pUCP) is related to reactive oxygen species (ROS) regulation. In silico analysis suggests the existence of multigenic families to pUCPs codification, however further studies are yet needed to establish the pUCPs genetic expression profile, just like the gene amount in each species and their phylogenetic relations. The current work had as objective to characterize, analyze phylogeneticly and evaluate the expression profile of the pUCP multigenic family in different tissues during the soybean development [Glycine max (L.) MERR.] and in stress conditions. It has been performed an in silico analysis on the soybean genome and on other legumes available in the database WGS, revealing a codifier multigenic family for pUCP, UCP1 and 2 with 9 exons, UCP3 with 2 exons, and UCP4 and 5 with only 1 exon. Amongst the legumes analyzed, the soybean stood out with the greater number of genes, 10 genes in total, giving four GmUCP1 genes, one GmUCP2, one GmUCP3, two GmUCP4 and two GmUCP5, along with the presence of an alternative splicing on GmUCP1b1 gene. Specific primers have been designed for each GmUCP member in order to analize the expression profiles in different tissues (dry and doused seed, flowers, pods, cotyledons, unifoliate and trifoliate leaves, roots, hypocotyl and epicotyl) during the soybean development. For the assays in stress conditions have been used soybean leaves and roots with thirteen days after sowing (DAS) which have been subjected to osmotic stress caused by the application of polyethylene glycol (PEG) and biotic stress caused by salicylic acid (SA). The total RNA from each sample has been extracted in order to perform the RT-qPCR. The ct values have been obtained through the realplex program and analyzed through the GeNorm program. The genetic expression profile has shown that all genes were expressed in every tissue/organ analyzed during the soybean development, with the exception on some genes in dry seeds and epicotyl. The different expression profiles of each gene during the development of each tissue/organ suggest that occurs a spatial/temporal gene regulation among the GmUCP members. The expression profiles of the GmUCP genes in soybean during the stress conditions have varied, once 2 genes have shown steady expression in both tissues/ stress, 7 genes have shown a drop in the expression profile, while only 4 genes have shown an increase of the transcript levels.

FundaÃÃo Cearense de Apoio ao Desenvolvimento Cientifico e TecnolÃgico / A expressÃo convencional cabra à uma expressÃo polissÃmica tanto do ponto de vista da SemÃntica Lexical como do ponto de vista da SemÃntica Cognitiva. Com efeito, tanto os dicionÃrios gerais como todos os demais dados por nÃs analisados, oriundos de fontes documentais â romances regionais, cordeis, dicionÃrio de cearÃs e dicionÃrio geral â e, de dados de campo - coletados a partir da aplicaÃÃo de cinco questionÃrios junto a 153 participantes - apontaram para uma compreensÃo de cabra ora como homem, sujeito, ora como homem de origem rural e mestiÃa, viril, valente, bom carÃter e atà mesmo violento. Dessa forma, investigamos a polissemia da expressÃo convencional cabra à luz dos postulados da SemÃntica Cognitiva, especialmente, à luz da Teoria da MetÃfora Conceptual, formulada por Lakoff e Johnson (1980) e da Teoria dos Modelos Cognitivos Idealizados, formulada por Lakoff (1987), de acordo com os quais a polissemia pode ser abordada com base no MCI Proposicional do tipo Categoria Radial. Nessa perspectiva e a partir da anÃlise empreendida em consonÃncia com nosso objetivo principal em examinar as correspondÃncias entre pensamento metafÃrico/conceitual, linguagem e cultura a partir da polissemia da mencionada expressÃo, verificamos que o MCI Proposicional HOMEM forma, por meio de mapeamentos metonÃmicos e metafÃricos, um agrupamento de modelos (ou agrupamento radial) com os demais MCIs CABRA e HOMEM CABRA, estruturando, assim, a relaÃÃo polissÃmica entre o significado nÃo metafÃrico animal e os significados metafÃricos homem, cabra da peste, cabra macho, morador de zona rural, mestiÃo e cangaceiro a partir de dois esquemas. Ou seja, de acordo com o resultado de nossa pesquisa, o MCI Proposicional HOMEM estrutura a polissemia da expressÃo convencional cabra ao organizar: de um lado, os entendimentos compartilhados por parte dos falantes fortalezenses na contemporaneidade com base nos quais o significado prototÃpico animal estabelece extensÃes metafÃricas com os significados mais representativos homem (sujeito), cabra macho e cabra da peste e extensÃes metafÃricas com os significados menos representaivos mestiÃo, morador de zona rural, capanga e cangaceiro; de outro lado, os entendimentos compartilhados por parte dos membros da comunidade nordestina rural em dado momento com base nos quais o significado prototÃpico animal estabelece extensÃes metafÃricas com os significados mais representativos morador da zona rural, mestiÃo e cangaceiro e extensÃes metafÃricas com os significados menos representativos cabra da peste, cabra macho e cabra bom. / The conventional expression cabra (goat) is a polysemic expression both from the point of view of Lexical Semantics and from the point of view of Cognitive Semantics. This is so because as well as dictionaries and all data we analyzed originated from documentary sources - novels regional, cordel literature, urban dictionaries and specialized publications - and field data collected from the application of five surveys, pointed to an understanding of a cabra (goat) as an ordinary man, a manly and courageous man; as a good character man, and even as violent man. Thus, our research investigated the polysemic aspect of the conventional expression cabra (goat) based on the tenets of Cognitive Semantics, especially based on the Theory of Conceptual Metaphor formulated by Lakoff and Johnson (1980) and the Theory of Idealized Cognitive Models (ICM theory), formulated by Lakoff (1987), according to these postulates, polysemy can be addressed with basis on the Propositional ICM of Radial Category. In this perspective and from the analyzes undertaken with our main objective to examine the correspondences between metaphorical / conceptual thinking, language and culture of the polysemy of that expression, we found that based on metonymic and metaphorical mappings the Propositional ICM MAN forms a cluster of models (or radial cluster) with other ICMs CABRA (GOAT) and HOMEM CABRA (GOAT MAN), structuring the relationship between the non metaphorical meaning animal and metaphorical meanings, cabra macho (male goat), cabra da peste (plague goat), resident of rural area, mestizo and cangaceiro (bandit) from two schemes. In the others words, according to the results of our research, the Propositional ICM MAN structures a polysemy of the conventional expression cabra (goat) to organize: on one hand, understandings shared by the speakers from Fortaleza in contemporary society, based on which the prototypical meaning animal establishing metaphorical extensions to the meanings more representatives man (subject), cabra macho (male goat) and cabra da peste (goat plague) and metaphorical extensions to the meanings less representatives mestizo, a resident of rural area, hired killer, cangaceiro (bandit) ; on the other hand, understandings shared by members of the rural community in northeastern of Brazil in a given time based in which the prototypical meaning animal establishing metaphorical extensions to the meanings more representatives resident of rural area, mestizo, and cangaceiro (bandit) and metaphorical extensions to the meanings less representatives cabra da peste (goat plague), cabra macho (goat male) and cabra bom (good goat).

Submitted by Wendell Amoedo (wendell.amoedo@hotmail.com) on 2018-11-26T14:35:47Z No. of bitstreams: 1 dissertação.kerollen.runa.pinto2017.pdf: 1354749 bytes, checksum: 47321c0e5d660481ffc33d9d3204b2f0 (MD5) / Submitted by Wendell Amoedo (wendell.amoedo@hotmail.com) on 2018-11-28T13:01:00Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) dissertação.kerollen.runa.pinto2017.pdf: 1354749 bytes, checksum: 47321c0e5d660481ffc33d9d3204b2f0 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-11-28T13:20:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) dissertação.kerollen.runa.pinto2017.pdf: 1354749 bytes, checksum: 47321c0e5d660481ffc33d9d3204b2f0 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-28T13:20:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) dissertação.kerollen.runa.pinto2017.pdf: 1354749 bytes, checksum: 47321c0e5d660481ffc33d9d3204b2f0 (MD5) Previous issue date: 2017-02-27 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Enterokinase (EC 3.4.21.9) is a heterodimer serine protease, a natural activator of trypsinogen, capable of cleaving specifically the sequence Asp-Asp-Asp-Asp-Lys. Due to the high specificity of the recognition site, it became a great tool of biotechnological interest. It is usually used to remove affinity tags in vitro, of recombinant proteins. In this work, the molecular cloning strategy resulted in the construction of the pDMK06, capable of programming the regulated expression of a heterologous gene ETK-Trx in E. coli. Through the cleavage process with restriction enzymes NdeI and BamHI, it was possible to obtain the coding sequence of the fusion protein between enterokinase and thioredoxin (ETK-Trx) of approximately 1259 bp from pENTK plasmid. Then, this sequence was subcloned at NdeI and BamHI sites of the expression vector pDM02, originating the recombinant plasmid pDMK06. This vector contains the TH2 promoter, which is efficiently regulated by Lac operator/repressor. E. coli JM110 cells transformed with the recombinant plasmid showed smaller growth in a solid medium when the expression of the heterologous protein was induced by IPTG in comparison with the control; however, this effect was not detected in the liquid medium. Furthermore, the E. coli cells morphology was analyzed through optical microscopy containing the recombinant plasmid pDMK06, when it was observed, all through the growth time, modifications on cell morphology, characterized by the formation of filaments in those induced with IPTG, in comparison with the control. For expression analysis of the recombinant protein ETKTrx, polyacrylamide gel electrophoresis SDS-PAGE was performed with the samples that grew with IPTG induction for eight hours. The results showed that the protein ETK-Trx is about 47 kDa with a high level of expression at the insoluble fraction, probably as an inclusion corpuscle. The high levels of expression of ETK-Trx protein occurred in a perfectly regulated way, showing the functionality of the pDM02 plasmid expression/regulation system. / A enteroquinase (EC 3.4.21.9) é uma serino protease heterodimérica, ativadora natural do tripsinogênio, capaz de clivar especificamente a sequência Asp-Asp-Asp- Asp-Lys. Devido à alta especificidade do sítio de reconhecimento tornou-se uma ferramenta de grande interesse biotecnológico. É comumente utilizada para a remoção in vitro de marcas de afinidade, como etiquetas de fusão (tags) de proteínas recombinantes. No presente trabalho, a estratégia de clonagem molecular resultou na construção do plasmídeo pDMK06, que é capaz de programar a expressão heteróloga regulada do gene ETK-Trx em E.coli. Por meio do processo de clivagem com as enzimas de restrição NdeI e BamHI foi possível obter a sequência codificadora da proteína de fusão entre enteroquinase e tiorredoxina (ETK-Trx) de aproximadamente 1259 pb partir do plasmídeo pENTK, a seguir essa sequência foi subclonada nos sítios de NdeI e BamHI do vetor de expressão pDM02, originando o plasmídeo recombinante pDMK06. Esse vetor contém o promotor TH2 que é regulado eficientemente pelo sistema operador/repressor Lac. Células de E.coliJM110 transformadas com o plasmídeo recombinante mostram menor crescimento em meio sólido quando a expressão da proteína heteróloga era induzida por IPTG em relação ao controle, porém esse efeito não foi detectado em meio líquido. Além disto foi analisado por microscopia ótica a morfologia das células de E.colicom o plasmídeo recombinante pDMK06, onde observou-se no decorrer do tempo de crescimento e indução, alterações na morfologia celular caracterizada de filamentação das células induzidas com IPTG quando comparadas com o controle. Para análise da expressão da proteína recombinante ETK-Trx utilizou-se a eletroforese em gel de poliacrilamida SDS-PAGE das amostras referentes a 8 horas de crescimento e indução com IPTG. Os resultados obtidos apresentaram a proteína ETK-Trx com tamanho aproximado de 47kDa com alto nível de expressão na fração insolúvel, provavelmente em forma de corpúsculo de inclusão. A expressão em altos níveis das proteínas ETK-Trx ocorreu de forma perfeitamente regulada mostrando a funcionalidade do sistema de expressão/regulação do plasmídeo pDM02.