De todas as adaptações que as plantas sofreram durante a evolução, a aquisição do sistema vascular à 400 milhões de anos atrás, foi sem dúvida um evento decisivo para sua bem sucedida existência na terra. A madeira é considerada o mais importante recurso natural de energia renovável e o setor econômico baseado na produção florestal cresce a cada ano. Inúmeros fatores como rápida taxa de crescimento, grande produção de biomassa, adaptabilidade a diversos ambientes e solos, boa qualidade de madeira para produção de uma ampla gama de produtos e presença de celulose de fibra curta, ideal para a produção de papel e celulose, contribuíram para o grande sucesso das espécies de Eucalyptus e tornaram o Brasil o maior produtor mundial de celulose de fibra curta utilizando o eucalipto como matéria prima. Devido à reconhecida importância econômica e também ambiental das árvores, o desenvolvimento do sistema vascular se tornou um importante e fascinante processo biológico para se estudar. No entanto, existe ainda pouco conhecimento sobre os processos celulares, moleculares e bioquímicos envolvidos na formação da madeira. Dessa forma, no presente trabalho foi utilizada a técnica de SAGE (Serial Analysis of Gene Expression) para caracterizar o perfil transcricional do caule de plantas de E. grandis com 6 meses de idade. A partir do sequenciamento de 826 clones, foi possível analisar 2.274 tags/genes, sendo que 989 (43,5%) genes puderam ser identificados e ter uma possível função atribuída. Genes que codificam enzimas e proteínas muito importantes durante o processo de formação da madeira, como aqueles relacionados à biossíntese e deposição da parede celular e organização do citoesqueleto, apresentaram elevada expressão, sendo possível ainda sugerir a ocorrência de possíveis mecanismos comuns de controle transcricional para grupos de genes funcionalmente relacionados. A posterior comparação com as proteínas identificadas por espectrometria de massas através do sistema LC-MS/MS a partir do mesmo material biológico mostrou que muitos desses genes representam também as proteínas mais abundantes. Juntamente com outros projetos que vêm sendo desenvolvidos no laboratório, o presente trabalho contribuiu para a construção de um banco de dados local com informações do transcritoma e do proteoma de diferentes idades e tecidos, fornecendo uma visão global sobre os genes envolvidos no processo de formação da madeira e possivelmente responsáveis pelo rápido crescimento nas espécies de Eucalyptus, indicando importantes alvos para futuros programas de melhoramento. / From the numerous adaptations that plants have developed during evolution, the acquisition of the vascular system some 400 million years ago was been a decisive event for their successful existence on earth. Wood is considered the most important natural resource of renewable energy and the Forest-based economical sector grows every year. Several factors like the fast growth rate, large biomass production, adaptability to a wide range of environments and soils, good wood quality for the production of a wide range of products and the presence of short cellulose fiber, suitable for pulp and paper production, have contributed to the great success of Eucalyptus species making Brazil the main producer of short cellulose fiber using eucalypt as raw material. Due to the recognized economical and also environmental importance of trees, the development of the vascular system became an important and fascinating biological process to study. However, little is known about the cellular, molecular and biochemical processes involved in wood formation. In this way, in the current work SAGE (Serial Analysis of Gene Expression) technique was used to characterize the transcriptional profile in stems of 6 months old Eucalyptus grandis. From the sequencing of 826 clones, it was possible to analyse 2,274 tags/genes, and 989 (43,5%) genes could be identified and to have a possible function attributed. Genes that code for enzymes and proteins important for wood formation process, like those related to cell wall biosynthesis and deposition, and cytoskeleton organization had high expression, making it possible to suggest the occurrence of a common transcriptional control for a few functionally related genes. The posterior comparison with the set of proteins identified by LC ESI-MS/MS from the same biological material showed that some of these genes also represent the most abundant proteins. Taken together with other projects that are being developed in the laboratory, the present work contributed for the construction of a local data-base with transcriptome and proteome information from different ages and tissues, giving a global vision of the genes involved in the wood formation process and potentially responsible for the fast growth in the Eucalyptus species, indicating important targets for future breedings programs.

A partir da obra poética de Saint-Denys Garneau, em seu livro Regards et jeux dans lespace, faremos uma abordagem de sua poesia com o intuito de apresentar a tradução de alguns de seus poemas mais importantes. No decorrer desse trabalho, a presente dissertação visa introduzir o poeta e sua obra, mostrando os aspectos mais relevantes de seu fazer poético, além de dar vistas a tradução de alguns de seus poemas sob a ótica da abordagem tradutória de Mário Laranjeira. / Based on the poetry of Saint-Denys Garneau, in his book Regards et jeux dans l\'espace, we will approach the authors poetic specifically to present the translation of some os his most important poems. This dissertation aims to introducing the poet and his work to the reader, showing the most relevant aspects of his poetic, executing the translation of some of his poems from the perspective of Mario Laranjeiras translation theory.

Orientador: Sonia Marli Zingaretti / Banca: Tiago Antunes Paz / Banca: Janete Apparecida Desiderio / Resumo: A cana-de-açúcar é acometida por uma doença conhecida por "escaldadura das folhas" causada pela bactéria colonizadora do xilema Xanthomonas albilineans, considerada uma das principais doenças que atingem a cultura da canade-açúcar. A sintomatologia na fase crônica se caracteriza, principalmente, pelo aparecimento de uma faixa branca ao lado da nervura central da folha, a qual evolui para clorose total causando a morte da planta. Uma vez que o patógeno pode ser transmitido de várias maneiras, o seu controle demanda altos custos. Desta maneira, o desenvolvimento de cultivares tolerantes é uma boa opção para o controle efetivo da doença. A tolerância e sensibilidade das plantas aos fatores bióticos está relacionada com a expressão de genes, e dentre estes, os miRNAs (incluindo o miR397 e o miR319) têm sido relatados como importantes reguladores em vários mecanismos de resposta das plantas. O objetivo deste trabalho foi analisar a expressão de dois miRNAs (miR319 e miR397) em duas cultivares de cana-de-açúcar (RB86-7515 - tolerante e SP78-4467 - suscetível), infectadas por uma linhagem de X. albilineans (IACXa11), considerada a mais virulenta do Brasil. Para isto, as plantas foram cultivadas em vasos, inoculadas com X. albilineans e mantidas em casa de vegetação. Amostras de folhas e colmos foram coletadas em cinco períodos (24, 72, 144, 360 e 720 h) e a expressão dos miRNAs foi analisada pela técnica de Stem-loop RT-qPCR. Os miR397 e miR319 apresentaram-se diferencialmente expre... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Sugarcane is affected by a disease known as "leaf scald" caused by the bacterium Xanthomonas albilineans, which colonizes the xylem. This disease is one of the most important for sugarcane culture. The chronic phase is mainly characterized by the white band emergence along the central leaf vein, which causes total chlorosis of the leaf and plant death. Since the pathogen can be transmitted in many ways, his control demands high costs, and the development of tolerant cultivars is a good option for disease control. The plant tolerance and sensitivity to biotic factors is related to gene expression, and among these, the miRNAs (including miR397 and miR319), have been reported as important regulators in various plant response mechanisms. The aim of this work was to analyze the expression of two miRNAs (miR319 and miR397) in two sugarcane cultivars (RB86-7515 - tolerant, and SP78- 4467 - susceptible), infected by a strain of X. albilineans (IACXa11), the most virulent in Brazil. The plants were grown in vases, inoculated with X. albilineans and kept in a greenhouse. Samples of leaves and stems were collected in five periods (24, 72, 144, 360, and 720 h), and the miRNA expression was analyzed by Stem-loop RT-qPCR. The miR397 and miR319 expression were different between cultivars and tissues. In the susceptible cultivar (SP78-4467), during the first infection periods (24, 72 and 144 h), there was a late defense response when compared to the tolerant cultivar (RB86-7515). The miR319 presented the same expression profile in leaves and stems of the cultivar RB86-7515 (tolerant), suggesting that the pathogen recognition and defense mechanisms activation were modulated in both tissues. In general, miRNAs analyzes demonstrated that miR397 expression is lower when compared to miR319. The sa... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Questiona-se um possível papel deletério da endometriose sobre a qualidade oocitária (QO), que é, em grande parte, condicionada pelo papel das células do cumulus. A função dessas células envolve a expressão de diversas moléculas codificadas por genes específicos, regulada a nível de transcrição, pós-transcrição e tradução. Os microRNAs atuam como reguladores póstranscricionais da expressão gênica, de modo que qualquer alteração nesse mecanismo pode levar a anormalidades no desenvolvimento oocitário. Desta forma, propusemos um estudo inédito da análise de microRNAs em células do cumulus (CC) de mulheres inférteis com e sem endometriose com o objetivo de evidenciar processos biológicos e vias de atuação correlacionados com o papel da endometriose na infertilidade e seu possível impacto na aquisição da competência oocitária. Foram incluídas no estudo 15 pacientes inférteis (5 controles com fator tubário e/ou masculino, 5 com endometriose estágios I/II e 5 com endometriose estágios III/IV) submetidas à estimulação ovariana controlada (EOC) para injeção intracitoplasmática de espermatozoide (ICSI). Imediatamente após a captação oocitária, as CCs foram isoladas e armazenadas para extração dos miRNAs. O perfil de 754 miRNAs foi analisado por meio da técnica de TaqMan®Array Human MicroRNA Cards. Considerou-se significativo p<0,05. Os miRNAs hsa-let-7f-1#, hsa-miR-1291, hsa-miR-140-5p, hsa-miR-218, hsa-miR-30b e hsa-miR-629-5p foram identificados menos expressos nas pacientes com endometriose I/II comparadas às controles. Os miRNAs hsa-miR-1291, hsa-miR-187-3p, hsamiR-30b, hsa-miR-532-3p e hsa-miR-629-5p foram identificados menos expressos nas pacientes com endometriose III/IV em relação às controles. Ao comparar-se os grupos endometriose I/II e endometriose III/IV entre si, os miRNAs hsa-miR-187-3p e hsa-miR-532- 3p foram menos expressos e os miRNAs hsa-let-7f-1# e hsa-miR-362-3p mais expressos nas pacientes com endometriose III/IV. A análise de enriquecimento identificou os genes regulados pelos miRNAs e as respectivas vias metabólicas em que estão envolvidos, sugerindo aumento de apoptose, diminuição de proliferação celular, alterações no controle do ciclo celular e no metabolismo energético das CCs de mulheres com a doença inicial e avançada. Os dados apontam para alterações na regulação pós-transcricional em CCs de mulheres inférteis com endometriose inicial e avançada, o que pode afetar processos e vias essenciais à aquisição de competência oocitária e estar envolvido na infertilidade associada à doença. Este estudo contribui para o entendimento da etiopatogênese da infertilidade relacionada à endometriose identificando mecanismos pós-transcricionais relacionados à piora da qualidade gamética nestas mulheres. / It is questioned a possible deleterious role of endometriosis on oocyte quality (OQ), which is largely conditioned by the function of cumulus cells. The role of these cells involve the expression of several molecules encoded by specific genes, regulated at transcription level, post-transcription and translation. The microRNAs act as transcriptional regulators of gene expression, thus any alteration in this mechanism can lead to abnormalities in oocyte development. In this way, we proposed an unpublished study of the microRNAs analysis in cumulus cells (CC) of infertile women with and without endometriosis, aiming to evidence the biological processes and pathways of action correlated with the presence of endometriosis in infertility and its possible impact on the acquisition of oocyte competence. Fifteen infertile patients (5 controls with tubal factor and/or male, 5 with stage I/II of endometriosis and 5 with stages III/IV of endometriosis) submitted to the controlled ovarian stimulation (EOC) for intracytoplasmic sperm injection (ICSI) were included in the study. Immediately after oocyte uptake, CCs were isolated and stored for miRNA extraction. The 754 miRNAs profile was analyzed using the TaqMan®Array Human MicroRNA Cards technique. Significant values were considered when p <0.05. The hsa-miR-218, hsa-miR-301 and hsa-miR-629-5p miRNAs were identified as less expressed in the patients with endometriosis I/II compared to controls. The miRNAs hsa-miR-1291, hsa-miR-187-3p, hsa-miR-30b, hsa-miR-532-3p and hsa-miR- 629-5p were identified as less expressed in patients with endometriosis III/IV compared to controls. Comparing the groups with endometriosis I/II and endometriosis III/IV, hsa-miR-187- 3p and hsa-miR-532-3p miRNAs were less expressed and hsa-let-7f-1# and hsa-miR-362-3p more expressed in patients with endometriosis III/IV. The enrichment analysis identified the genes regulated by the miRNAs and the respective metabolic pathways in which they are involved, suggesting apoptosis increase, decreased cell proliferation, alterations in the cell cycle control and energetic metabolism of the CCs of women with initial and advanced disease. The data point to changes in post-transcriptional regulation in CCs of infertile women with early and advanced endometriosis, which may affect processes and pathways essential for acquiring oocyte competence and resulting in infertility associated with the disease. This study contributes to the understanding of the etiopathogenesis of infertility related to endometriosis by identifying post-transcriptional mechanisms related to the deterioration of quality of gametes in these women.

O retículo endoplasmático (RE) vem ganhando evidência quando se trata de morte celular. O acúmulo de proteínas mal formadas inicia a ativação da Unfolded Protein Response (UPR), com a finalidade de manter a homeostasia do RE. Porém, quando o estímulo do estresse perdura por muito tempo e não é resolvido, a UPR pode ativar genes que conduzem à morte celular. Hiperglicemia, presente no diabetes mellitus, induz estresse de RE em vários tipos celulares. Assim, este estudo teve como objetivo investigar o possível envolvimento do estresse do retículo no processo de morte celular em neutrófilos de ratos diabéticos. Nosso estudo revelou que os neutrófilos de ratos diabéticos quando estimulados com PMA apresentam uma maior suscetibilidade à morte devido à ativação de IRE1a e subsequente fosforilação de JNK, redução na interação mitocôndria-RE na MAM e aumento da atividade da caspase-3. Dentre os resultados apresentados, neutrófilos provenientes de animais controle parecem estar protegidos do estresse de RE por apresentar maior expressão de GRP78 e das proteínas da MAM. / Endoplasmic reticulum (ER) has been gaining evidence when it comes to cell death. The accumulation of unfolded proteins initiates the activation of the Unfolded Protein Response (UPR). The UPR may resolve the ER stress by upregulating genes responsible to maintain the ER homeostasis; or it can activate genes that lead to the cell death when the ER disbalance is not solved. Hyperglycemia, one of many symptoms observed is Diabetes, may cause ER stress in various types of cells. Thus, this study aims to investigate the possible involvement of the ER stress in the process of cell death in neutrophils from diabetic rats. In summary, our study found that neutrophils from diabetic rats when stimulated with PMA exhibit greater susceptibility to death due to activation of IRE1a and subsequent phosphorylation of JNK, reduced safety in mitochondria-ER interaction in the MAM compartment and increased caspase-3 activation. Control group seems to be protect against the ER stress by ROS production by higher expression of GRP78 and MAM proteins.

Processos biotecnológicos importantes dependem da eficiente fermentação de hidrolisados de amido, ricos em maltose e maltotriose, pela levedura i>Saccharomyces cerevisiae. Entretanto, algumas linhagens apresentam dificuldade para consumir a maltotriose, o que diminui a eficiência fermentativa nesses processos. Embora se acredite que o transporte desse açúcar através da membrana plasmática seja o passo limitante para sua fermentação, existem conflitos na literatura em relação às permeases capazes de transportar a maltotriose. No intuito de melhorar a compreensão do metabolismo desse açúcar em S. cerevisiae, correlacionamos o fenótipo de várias cepas em maltotriose com seus respectivos genótipos. Para isso, identificamos os genes de transportadores de <font face=\"Symbol\">&#945-glicosídeos presentes nas linhagens analisadas e avaliamos o crescimento celular, a produção de etanol e as atividades de transporte por cada cepa. Para confirmar se tais genes eram, de fato, expressos, analisamos a expressão dos mesmos em diferentes condições de cultivo. Após verificarmos que a presença de um regulador constitutivo aumenta a expressão do gene AGT1 e incrementa a fermentação de maltose e maltotriose, deletamos esse gene do genoma de três linhagens de laboratório para avaliar a contribuição da permease Agt1p para a utilização de maltotriose. Embora as linhagens selvagens tenham consumido e fermentado rapidamente esse açúcar, as agt1 <font face=\"Symbol\">&#916 foram incapazes de transportar a maltotriose e de utilizála durante 3-4 dias de incubação. Contudo, após um período de incubação maior (8 dias), apenas uma das linhagens agt1 <font face=\"Symbol\">&#916 continuou incapaz de crescer em maltotriose, enquanto as outras apresentaram crescimento tardio, após ~100 h de fase lag, porém sem produção de etanol. Essa mesma fase lag extensa foi também observada em cepas industriais incapazes de expressar o AGT1. Além disso, através de QRT-PCR vimos que os transportadores MPH2- MPH3 não estão relacionados a esse fenótipo. Ao buscarmos o que poderia promover esse novo fenótipo, análises de microarray indicaram expressão aumentada de <font face=\"Symbol\">&#945-glicosidases e transportadores de hexose durante esse crescimento tardio. Após inocularmos uma linhagem hxt-null agt1 <font face=\"Symbol\">&#916 em maltotriose, detectamos glicose no meio de cultura durante o seu crescimento tardio, indicando que cepas que não contam com o Agt1p na membrana só conseguem crescer tardiamente em maltotriose em virtude da hidrólise extracelular desse açúcar. Por fim, nós demonstramos ainda que a <font face=\"Symbol\">&#945-glicosidase codificada pela ORF YJL216C é responsável por essa hidrólise extracelular da maltotriose, uma vez que a sua deleção tornou as células incapazes de crescer em maltotriose mesmo durante longos períodos de incubação. Assim, nossos resultados indicam que o Agt1p é o único transportador de maltotriose em S. cerevisiae e que o mesmo é necessário para promover eficiente fermentação desse açúcar. Pudemos também concluir que, em sua ausência, as células podem crescer em maltotriose somente se forem capazes de hidrolisá-la extracelularmente. Neste trabalho, discutimos também o poder de indução dos genes MAL pela maltose e pela maltotriose. Analisados em conjunto, nossos resultados sugerem que, embora não haja um indutor mais forte dentre esses açúcares, a atividade de transporte é maior em células crescidas em maltotriose. / Important biotechnological processes depends on the efficient fermentation of starch hydrolysates rich in maltose and maltotriose by Saccharomyces cerevisiae. However, some strains have difficulty to consume maltotriose, which decreases their fermentation efficiency. Although it is believed that maltotriose transport across the plasma membrane is the rate-limiting step for its fermentation, there have been conflicting reports whether all the known <font face=\"Symbol\">&#945-glucoside transporters in S. cerevisiae allow efficient maltotriose utilization by yeast cells. In order to contribute for a better understanding of maltotriose metabolism in S. cerevisiae, we correlated the phenotype of several strains on maltotriose with their respective genotype. For such correlation, we identified which <font face=\"Symbol\">&#945-glucoside transporter genes were present in the strains analyzed and we determined the kinetics of cell growth and ethanol production by each strain on maltotriose, as well as their transport activities. To be sure that those genes were, indeed, expressed, we also evaluated their expression under different growth conditions. After verifying that a constitutive MAL regulator increases the expression of AGT1 gene and improves maltose and maltotriose fermentation, we decided to delete this gene from three laboratorial strains to evaluate the contribution of the Agt1p permease for maltotriose utilization. In spite that the wild-type cells rapidly consumed and efficiently fermented this sugar, the agt1 <font face=\"Symbol\">&#916 strains were unable to transport maltotriose and to utilize this sugar during 3-4 days of incubation. However, after a longer period of incubation (8 days), just one of the agt1 <font face=\"Symbol\">&#916 strains was still unable to grow on maltotriose, while the other two strains presented delayed growth, after an ~100 h lag phase, but did not ferment this sugar. The same long lag phase on maltotriose was also seen in industrial strains which were unable to express their AGT1 gene. Furthermore, QRT-PCR assays demonstrated that MPH2-MPH3 transporters are not related to this phenotype. Seeking for what could promote this novel phenotype, microarray analysis indicated upregulation of <font face=\"Symbol\">&#945-glucosidases and hexose transporters during this delayed growth on maltotriose. After inoculation of an hxt-null agt1 <font face=\"Symbol\">&#916 strain on maltotriose, we detected glucose on the medium during cellular growth, indicating that strains which do not have Agt1p in their plasma membrane are able to grow after a long lag phase on maltotriose only because of extracellular maltotriose hydrolysis. Finally, we also show that the <font face=\"Symbol\">&#945-glucosidase codified by YJL216C is responsible for this delayed extracellular hydrolysis of maltotriose, since after its deletion cells became unable to grow on maltotriose at all. Thus, our results indicate that Agt1p is the only effective maltotriose transporter in S. cerevisiae and that it is required to promote an efficient fermentation of this sugar by yeast cells. We can also conclude that in its absence cells can only grow on maltotriose if they are capable to hydrolyze this sugar outside the cells. In the present work, we also discussed which one, maltose or maltotriose, is the best inducer of MAL genes. Taking together, our results suggest that, although there is no best inducer, <font face=\"Symbol\">&#945-glucoside transport activity is higher in maltotriose grown cells.

A homeostase da mama normal depende das interações entre células epiteliais e o estroma a elas associado. Estudos anteriores mostraram que no carcinoma mamário o estroma é constituído por células com diferentes funções. Estes elementos do estroma incluem fibroblastos, os quais modulam o comportamento tumoral, fornecendo fatores de crescimento e componentes de matriz extracelular. Nosso objetivo foi investigar a expressão gênica diferencial entre fibroblastos derivados de tecido mamário neoplásico ou não neoplásico e analisar a influência de células epiteliais normais (MCF10A) no perfil de expressão gênica de fibroblastos obtidos de tecido mamário neoplásico. Culturas primárias de fibroblastos foram estabelecidas e a expressão de vimentina e actina de músculo liso foi positiva. Foi realizada a co-cultura destas células com separação por insertos, o que permite a passagem de fatores solúveis, e o RNA foi extraído. Após a amplificação do RNAm foram sintetizadas sondas de cDNA, as quais foram marcadas com fluorocromos conjugados a deoxinucleotídeo, hibridizadas competitivamente sobre lâminas de vidro contendo 4.608 ORESTES criadas no Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer/FAPESP e os sinais fluorescente gerados foram quantificados. Após a normalização destes dados, os genes diferencialmente expressos, com False Discovery Ratio (FDR) menor que 0,05, foram selecionados para análises posteriores. Encontramos 283 genes diferencialmente expressos em fibroblastos derivados de tecido mamário neoplásico quando comparados àqueles derivados de tecido mamário não-neoplásico. Dentre estes genes, 187 foram quantitativamente regulados negativamente (com variação de expressão de 1,05 a 4,14) contra 96 regulados positivamente (variação de expressão de 1,17 a 7,73). A maioria destas alterações foram relacionadas ao transporte entre membranas, transdução de sinal e biosíntese. Estes resultados podem sugerir uma redução na expressão gênica durante o processo de transformação. Após a co-cultura com células MCF10A, encontramos 566 genes diferencialmente expressos nos fibroblastos derivados de tecido mamário neoplásico, 323 foram regulados negativamente (expressão variando de 1,09 a 10,62) e 243 regulados positivamente (variação de expressão de 1,03 a 16,62). A influência das células MCF10A na expressão gênica destes fibroblastos pôde ser vista através da desregulação da expressão de genes relacionados com a proliferação celular, adesão, apoptose e sobrevivência. / The homeostasis of normal breast depends on interactions between epithelial cells and their associated stroma. Previous studies indicated that in breast cancer carcinoma, tumor associated stromal cells with different functions appear to be emerged. These stromal elements include fibroblasts which modulate tumor behavior providing various growth factors and extracellular matrix components. Our aim was to evaluate the differential gene expression between fibroblasts derived from mammary tissue neoplasic or not and to analyze the influence of normal epithelial cells (MCF10A) on gene expression profile of fibroblasts obtained from neoplasic mammary tissue. Fibroblast primary cultures were established and expression of vimentin and smooth cell actin was positive. Co-culture of these cell types separated by inserts, which allow the passage of soluble factors, was done and total RNA was extracted. After mRNA amplification using a template-switching prime, cDNA probes were synthesized, labeled with fluorochrome conjugated deoxynucleotide, a competitive hybridization was undertaken onto cDNA microarray glass slides in which 4,608 ORESTES (open reading frame expressed sequence tags) from Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer/FAPESP bank were spotted and fluorescent signals were quantified. After normalization, the differentially expressed genes, at a False Discovery Ratio (FDR) less then 0.05, were selected for further analysis. We found 283 differentially expressed genes in fibroblasts obtained from neoplasic mammary tissue when compared with non neoplasic derived fibroblasts. Among these genes, 187 were quantitatively down regulated (fold ranging from 1.05 to 4.14) against 96 up regulated (fold ranging from 1.17 to 7.73). The majority of alterations were related to membrane transport, signaling transduction and biosynthesis. Overall these results could suggest a reduced gene expression along transformation process After coculture with MCF10A cells, we found 566 differentially expressed genes in neoplasic mammary tissue derived fibroblasts, 323 were down regulated (fold ranging from 1.09 to 10.62) and 243 up regulated (fold ranging from 1.03 to 16.62). MCF10A influence in mammary tissue neoplasic derived fibroblasts gene expression could be seen trough the deregulation of expression of some genes possibly related cell proliferation, adhesion, apoptosis and survival.

Orientador: Ana Elizabete Silva / Banca: Lúcia Regina Martelli / Banca: Spencer Luiz Marques Payão / Banca: Dorotéia Rossi S. Souza / Banca: Debora Ap. Pires de C. Zuccari / Resumo: Helicobacter pylori (H. pylori) é o principal patógeno associado ao câncer, devido mudanças inflamatórias e atróficas na mucosa gástrica, que por meio de progressão pode culminar no adenocarcinoma gástrico. A erradicação da H. pylori é considerada um tratamento de primeira linha para reverter as lesões préneoplásicas e prevenir a progressão maligna. Poucos estudos avaliaram a ocorrência de alterações genéticas antes e após a erradicação da bactéria, que possam evidenciar mudanças importantes relacionadas à resposta a terapia. Portanto, os objetivos deste estudo foram: avaliar a expressão do RNAm de genes que atuam na resposta inflamatória e imune e processos biológicos como proliferação celular, migração, invasão, apoptose, regeneração e angiogênse (TLR2, TLR4, IL-8, TGF-β, REG3A, PLAT, PAI-1 e IFITM1) em pacientes com lesões gástricas antes e após a terapia de erradicação da H. pylori; investigar a expressão proteica dos respectivos genes; avaliar a influência dos genótipos bacterianos CagA e VacA na resposta à erradicação da bactéria e nos níveis de expressão gênica, e avaliar a cinética celular, como o índice de proliferação celular (PI) e o índice apoptótico (AI). Foram estudadas 38 biópsias gástricas de pacientes com gastrite crônica-Hp+ (GC-Hp+) antes do tratamento padrão de erradicação da bactéria e, 3 meses após a terapia. Como controle, foram obtidas quatro biópsias de mucosa gástrica normal-Hp- (MN-Hp). A quantificação relativa (RQ) do RNAm foi avaliada pelo ensaio TaqMan e a expressão proteica, proliferação celular e apoptose por imuno-histoquímica. Antes do tratamento foram observados níveis de expressão relativa aumentados do RNAm de TLR2, TLR4, IL-8, TGF-β, REG3A e IFITM1 em pacientes GC-Hp+ em relação a MNHp- (p< 0,0001), exceto para PLAT e PAI-1, que apresentaram expressão reduzida (p< 0,0001). Os receptores TLR2 e TLR4, assim como TGF-β e IFITM1 ... / Abstract: Helicobacter pylori is the main pathogen associated with cancer due inflammatory and atrophic changes in the gastric mucosa, which through of progression may result in gastric adenocarcinoma. The eradication of H. pylori is considered a first-line treatment to reverse precancerous lesions and prevent malignant progression, but a portion of patients has no effective response to therapy. Few studies have evaluated the occurrence of genetic changes before and after eradication of the bacteria, which can evidence important changes related to response to therapy. Therefore, the objectives of this study were to assess the mRNA expression of genes that participate in the inflammatory and immune response and biological processes such as cell proliferation, migration, invasion, apoptosis, regeneration and angiogenesis (TLR2, TLR4, IL-8, TGF-β, REG3A, PLAT, PAI-1 and IFITM1) in dyspeptic patients before and after eradication therapy of H. pylori; to investigate the protein expression of the respective genes; to evaluate the influence of bacterial CagA and VacA genotypes in response to H. pylori eradication and levels of gene expression, and assess cell kinetics, as cell proliferation index (PI) and apoptotic index (AI). 38 gastric biopsies from patients with chronic gastritis-Hp+ (CG-Hp+) before the standard treatment for eradication of the bacteria, and 3 months after therapy were studied. As control, four biopsies from normal gastric mucosa without infection (NM-Hp-) were obtained. Relative quantification (RQ) of mRNA was assessed by TaqMan assay and protein expression, cell proliferation and apoptosis by immunohistochemistry. Before treatment increased mRNA relative expression levels of TLR2, TLR4, IL-8, TGF-β, REG3A and IFITM1 were observed in CG-Hp+ compared to NM-Hp- (p <0.0001), except for PLAT and PAI-1, which showed reduced expression (p <0.0001). The TLR2 and TLR4 receptors, as well as TGF-β and IFITM1 showed increased expression of ... / Doutor

Orientador: Ana Elizabete Silva / Banca: Cláudia Aparecida Rainho / Banca: Marília de Freitas Calmon Saiki / Resumo: Infecção persistente pela Helicobacter pylori (H. pylori) promove inflamação crônica que resulta em danos na mucosa e o consequente desenvolvimento de lesões gástricas, como a gastrite crônica. Esta bactéria e seus fatores de virulência vacA e cagA influenciam na resposta imune do hospedeiro, desregulando a expressão de mediadores inflamatórios e microRNAs (miRNAs), assim ativando vias relacionadas ao processo carcinogênico. Portanto, a erradicação da H. pylori pode ter um papel importante para reverter lesões precursoras, prevenindo a transformação maligna. O presente estudo avaliou a influência da terapia de erradicação da bactéria na expressão do RNAm e da proteína de mediadores inflamatórios (TNFA, IL6, IL1B, IL12A, IL2 e TGFBRII) e de miRNAs (hsa-miR-103a-3p, hsa-miR-181c-5p, hsa-miR-370-3p, hsa-miR-375 e miR-223-3p) em pacientes com gastrite crônica H. pylori positivos (Hp+), em comparação com pacientes com gastrite não infectados (Hp-). Também avaliou a relação entre os níveis de expressão dos miRNAs e os dos RNAm e proteínas e a participação em redes de interação, assim como a influência dos fatores de virulência bacteriano cagA e vacA sobre estes mediadores. A quantificação relativa (RQ) do RNAm e dos miRNAs foi realizada por PCR quantitativa em tempo real (qPCR) usando ensaio TaqMan® em 20 pacientes Hp- e 31 Hp+, os quais foram também avaliados três meses após o tratamento de erradicação da bactéria. A genotipagem de cagA e vacA foi realizada pela técnica de PCR, enquanto que a expressão protéica foi avaliada por imuno-histoquímica. Pacientes Hp+ apresentaram níveis aumentados do RNAm de TNFA, IL6, IL1B e IL12A, enquanto que IL2 e TGFBRII bem como os miRNAs miR-103, miR-181c, miR-370 e miR- 375 mostraram expressão reduzida. Após o tratamento, o RNAm de TNFA e IL6 apresentouse significantemente reduzido e de TGFBRII aumentado em pacientes... / Abstract: Persistent infection by Helicobacter pylori (H. pylori) promotes chronic inflammation resulting in damage to the mucosa and the consequent development of gastric lesions as chronic gastritis. This bacterium and its virulence factors vacA and cagA influence the host immune response, deregulating the expression of inflammatory mediators and microRNAs (miRNAs), and activate pathways related to carcinogenic process. Thus, H. pylori eradication may have a key role to reverse precursor lesions, preventing malignant transformation. In the present study evaluated whether the eradication therapy of bacterium influences the mRNA and protein expression of inflammatory mediators (TNFA, IL6, IL1B, IL12A, IL2 and TGFBRII) and miRNAs (hsa-miR-103a-3p, hsa-miR-181c-5p, hsa-miR-370-3p, hsa-miR-375 and miR-223-3p) in H. pylori-positive chronic gastritis patients (Hp+) and compared with non-infected gastritis patients (Hp-). We also evaluated the relationship between the expression levels of miRNAs with of mRNA and protein and participation in interaction networks, as well as the influence of bacterial virulence factors cagA and vacA on these mediators. Relative quantification (RQ) of mRNA and miRNAs was performed by qPCR-real time using TaqMan® assay in 20 patients Hp- and 31 Hp+, which were also evaluated three months after eradication treatment of the bacterium. Genotyping of cagA and vacA was performed by PCR, while the protein expression was assessed by immunohistochemistry. Hp+ patients showed increased mRNA levels for TNFA, IL6, IL1B and IL12A, while for IL2 and TGFBRII as well as for the miRNAs miR-103, miR-181c, miR-370 and miR-375 it were decreased. After treatment, only TNFA and IL6 mRNA were significantly reduced and TGFBRII increased in eradicated patients (p<0.05). On the other hand, all miRNAs, except to miR-223, were significantly increased after bacterium eradication (p<0.05). In general, the... / Mestre

Orientador: Ana Elizabete Silva / Banca: Patrícia Matos Biselli Chicote / Banca: Marília de Freitas Calmon Saiki / Resumo: Introdução: A inflamação crônica desencadeada pela bactéria Helicobacter pylori (H. pylori), a qual é considerada o principal fator ambiental relacionado ao câncer gástrico, está associada ao desenvolvimento e progressão de lesões gástricas pré-cancerosas, desencadeando diversas modificações histológicas e moleculares que promovem a transformação maligna do estômago. Para isso, conta com fatores de virulência que promovem alterações superficiais e em vias de sinalização das células epiteliais gástricas. Consequentemente pode levar a alterações no padrão de expressão de genes supressores tumorais e da atividade de enzimas DNA metil transferases (DNMTs), responsáveis pela metilação do DNA e silenciamento gênico. Objetivos: O presente estudo avaliou se a infecção pela bactéria H. pylori, bem como sua erradicação, altera a expressão do RNAm dos genes supressores SOCS1, RPRM, RUNX3 e dos genes de DNMTs (DNMT1, DNMT3A e DNMT3B) em pacientes com gastrite crônica infectados (Hp+) em comparação com indivíduos com gastrite crônica sem infecção (Hp-). Além disso, investigou a ocorrência de correlação negativa entre a expressão do RNAm dos genes supressores tumorais com a dos genes das DNMTs, assim como a associação dos níveis de expressão gênica em relação aos fatores de risco idade, sexo, tabagismo, etilismo e genótipo bacteriano cagA. Material e Métodos: A quantificação relativa (RQ) do RNAm foi realizada por PCR (polymerase chain reaction) quantitativa em tempo real (qPCR) utilizando ensaios TaqMan® em 9 pacientes com gastrite crônica Hp- e 19 Hp+, sendo estes também avaliados três meses depois da terapia de erradicação bacteriana. O diagnóstico molecular e genotipagem do fator de virulência cagA foram realizados por PCR convencional. Resultados: Os resultados mostraram que a infecção pela H. pylori e sua erradicação... / Abstract: Introduction: Chronic inflammation caused by Helicobacter pylori (H. pylori), which is considered the main environmental factor related to gastric cancer, is associated with the development and progression of precancerous gastric lesions, triggering several histological and molecular changes that promote stomach malignant transformation. For this, it has virulence factors promoting superficial and signaling pathways of gastric epithelial cells changes. Consequently, it can lead to alterations in the expression of tumor suppressor genes and DNA enzyme activity methyl transferases (DNMTs), responsible for DNA methylation and gene silencing. Objectives: This study evaluated whether the infection by the bacterium H. pylori and its eradication change the mRNA expression of suppressor genes SOCS1, RPRM, RUNX3 and DNMTs (DNMT1, DNMT3A and DNMT3B) genes in patients with chronic gastritis infected (Hp+) compared to individuals with chronic gastritis without infection (Hp-). In addition, we investigated the occurrence of negative correlation between mRNA expression of tumor suppressor genes with the ones of DNMTs, as well as the association of gene expression levels in relation to the risk factors age, sex, smoking, drinking and bacterial genotype cagA. Methods: The relative quantification (RQ) mRNA was performed by PCR (polymerase chain reaction) quantitative real-time (qPCR) using TaqMan® assays in 9 patients with chronic gastritis Hp- and 19 Hp+, which are also evaluated three months after bacterial eradication therapy. The molecular diagnostics and genotyping of the virulence factors CagA were performed by standard PCR. Results: The results showed that the infection by H. pylori and eradication did not significantly alter the gene expression of SOCS1, RPRM, RUNX3 and DNMTs, which presented, in general, reduced expression (RQ <1.0); on the other hand, higher expression of SOCS1 and ... / Mestre