Orientador: Roberto de Oliveira Roça / Resumo: O objetivo deste estudo foi determinar a excreção de patógenos e inocuidade da carcaça de bovinos alimentados com diferentes níveis de silagem inoculada de grãos úmidos de destilaria desengordurados (WDG). Um total de 100 bovinos machos não castrados, 50% Angus e 50% Nelore, foram divididos aleatoriamente entre quatro dietas (N = 25) compostas por diferentes níveis de silagem de WDG (0, 15, 30 e 45% da matéria seca dietética). Amostras de fezes foram colhidas por meio de suabe da junção reto anal, 15 dias antes do abate, para determinar as ocorrências e quantificação de Escherichia coli produtora de toxina Shiga (STEC), E. coli enteropatogênica (EPEC) e Salmonella spp. por meio da técnica qPCR. Também foram colhidas, 52 dias antes do abate, amostras de fezes de cada animal do piso do curral, logo após defecação, as quais foram submetidas a análises físico-químicas. Logo após o abate, a ocorrência e a contagem de indicadores higiênicos e sanitários, E. coli não patogênica, coliformes totais e bactérias aeróbias mesófilas, assim como, a ocorrência de STEC, EPEC e Salmonella spp., foram determinados a partir de amostras colhidas por meio de esponja da superfície das carcaças das regiões do coxão, flanco, peito e pescoço. Os resultados quantitativos foram submetidos a análises de variância e os dados binários foram submetidos a análises logísticas com razão de chances. Todas as análises estatísticas foram realizadas no software estatístico SAS 9.4 considerando um nível de signifi... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this study was to determine the pathogen excretion and carcass safety of cattle fed different levels of inoculated silage from degreased wet distillery grains (WDG). A total of 100 male, 50% Angus and 50% Nelore male bulls were randomly divided into four diets (N = 25) composed of different levels of WDG silage (0, 15, 30 and 45% of dietary dry matter) . Stool specimens were collected by rectal anal junction swab 15 days prior to slaughter to determine the occurrences and quantification of Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC), E. coli enteropathogenic (EPEC) and Salmonella spp. by the qPCR technique. Samples of faeces from each animal on the corral floor were also collected, 52 days before slaughter, immediately after defecation, which were submitted to physical-chemical analysis. Immediately after slaughtering, the occurrence and counting of hygienic and sanitary indicators, non-pathogenic E. coli, total coliforms, and mesophilic aerobic bacteria, as well as the occurrence of STEC, EPEC and Salmonella spp., were determined from samples collected by medium of the surface of the carcasses of the regions of the tail, flank, chest and neck. The quantitative results were submitted to analysis of variance and the binary data were submitted to logistic analyzes with odds ratio. All statistical analyzes were performed in SAS 9.4 statistical software considering a significance level of 5%. The results showed that there was no difference between treatments fo... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

O número de animais terminados em sistema de confinamento cresce rapidamente no Brasil, concomitante com aumento no teor de amido das dietas utilizadas. A expansão da agricultura e custos mais baixos por unidade de energia digestível proveniente do grão em relação aos volumosos deve acelerar este processo. Os objetivos deste trabalho foram: a) avaliar as perdas de amido em confinamentos comerciais; b) calibrar a metodologia de NIRS para estimativa do teor de amido fecal; c) estudar as relações entre parâmetros fecais (% de amido, MS e pH) com desempenho e eficiência de bovinos Nelore e cruzados recebendo dietas de médio/alto concentrado; d) avaliar o efeito do horário de coleta e da raça dos animais no teor de amido fecal. Foram avaliados os teores de amido fecal de animais de experimentos controlados e de confinamentos comerciais. Resultados de 2.003 amostras para teor de amido fecal foram analisados. Foi observada diferença no teor de amido fecal em função do horário de coleta tanto em experimento quanto em confinamentos comerciais (P < 0,01). Os teores de amido fecal em animais 100% Nelores foram maiores em comparação com o de animais cruzados (P < 0,01). Há necessidade de padronização do horário da coleta e grupo genético para utilizar o teor de amido nas fezes como indicador do uso de amido. Para os dados de experimentos controlados houve efeito de experimento (P < 0,0001), sexo (P = 0,006) e grupo genético (P = 0,0466), sendo maior o teor de amido fecal para machos e animais Nelore, quando comparados com fêmeas e cruzados. A correlação com amido nas fezes foi baixa (r < 0,20) para as variáveis peso médio metabólico (kg0,75), consumo de matéria seca (kg/dia) e eficiência alimentar (kg/kg). Não houve correlação entre teor de amido fecal e consumo alimentar residual (CAR) para novilhas e touros Nelore, demonstrando que talvez o amido nas fezes não seja um boa ferramenta para selecionar os animais mais eficientes em dietas de baixo teor de amido. A correlação entre o teor de amido fecal com pH fecal para animais em confinamentos comerciais apresentou correlação negativa de r = -0,57 e -0,51 quando a fonte de amido foi milho e sorgo, respectivamente. Foi detectada diferença (P =0,0006) no teor de pH fecal em função da fonte de amido da dieta (milho ou sorgo), 6,55 para o milho e 6,04 para o sorgo, sugerindo um menor aproveitamento do amido para os grãos de sorgo, embora o teor de amido fecal para as diferentes fontes avaliadas não tenha sido diferente (P = 0,29). Já para a %MS fecal, houve efeito de fonte de amido (P = 0,06), sendo os teores para milho menores (20,5%) em relação ao sorgo (23,1%). As 1.985 análises de amido nas fezes tanto dos experimentos quanto dos confinamentos comerciais permitiram a obtenção e validação de uma equação de calibração do NIRS para teor de amido fecal. Uma parte dos dados coletados foram utilizados na calibração e outra parte na validação independente da equação. Foram feitas equações para três diferentes conjuntos de amostras: a) todas independente da fonte de amido; b) amostras contendo o milho como principal fonte de amido; c) amostras contendo o sorgo como principal fonte de amido. Todas as equações apresentaram boa habilidade preditiva (R2 > 0,92), alta acurácia (erros sistemático inferior a 2% do teor de amido fecal) sendo que uma única equação pode ser utilizada para estimar o teor de amido fecal independente da fonte de amido da dieta. / The number of animals finished in the feedlot system is rapidly growing in Brazil. At the same time there is an increase in the starch content of the diets. The expansion of grain production and lower costs of digestible energy from grain compared to roughages should accelerate this process. The objectives of this work were: a) evaluate starch losses in commercial feedlots; b) develop the NIRS methodology for fecal starch content; c) study the relationships between fecal parameters (%starch, dry matter and pH) with performance efficiency of Nellore and crossbreed cattle receiving diets of medium/high concentrate; d) evaluate the effect of time at fecal sample collection and animal breed on fecal starch content. The fecal starch content was determined on 2,003 samples. Fecal starch content was affected by time of fecal sample collection both in the controlled experiment and in commercial feedlots (P < 0.01). There was higher fecal starch content in animals 100% zebu compared to B. taurus crossbreds (P < 0.01). There is a need to standardize the time of collection and genetic group to use fecal starch as a management tool. There was an effect of experiment (P < 0.0001), sex (P = 0.006) and genetic group (P = 0.0466), with higher fecal starch content found for males, Nellore, when compared to females and crossbreds. The correlations between fecal starch and metabolic mid weight (kg0.75), dry matter intake (kg/day) and feed efficiency (kg/kg) were low (r < 0.20). There was no correlation between fecal starch content and residual feed intake for Nellore heifers or bulls, suggesting starch content is not a good tool to determine efficient animals fed medium concentrate diets. The correlation between the level of fecal starch and fecal pH for animals in commercial feedlots showed a negative correlation of r = -0.57 and -0.51 when corn and sorghum were the sources of starch. Fecal pH was different (P = 0.0006) depending on the source of the dietary starch, 6.55 and 6.04 for corn and sorghum respectively, suggesting lower efficiency of starch use with sorghum. However there was no difference in fecal starch percentage for the two starch sources evaluated (P = 0.29). For the fecal DM, there was an effect of source of starch (P = 0.06), lower for corn (20.5%) when compared to sorghum (23.1%). The database obtained with the 1,985 lab analysis of fecal starch from both controlled experiments and commercial feedlots were used to develop a NIRS calibration equation for fecal starch content. Part of the analysis was used to independently validate the equations. Equations were developed from three different sets of samples: a) all samples regardless the starch source; b) samples where corn was the main source of starch c) samples were sorghum was the main source of starch. All equations had good predictive ability, with high regression coefficients (R2 > 0.92) and low bias (< 2%) indicating high accuracy with independent data. Results suggest a single equation can be used to estimate the fecal starch regardless the source of starch in the diet.

Para o presente estudo, utilizaram-se amostras de excretas cloacais de 65 aves da família Psittacidae, previamente sexadas. Os andrógenos e estrógenos fecais foram extraídos com Tampão Fosfato Salino (PBS) e com uma solução PBS:Álcool Etílico (4:1) e a mensuração hormonal foi realizada em ?kits? comerciais para radioimunoensaio no Laboratório de Dosagens Hormonais (LDH) do Departamento de Reprodução Animal (VRA) da Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia (FMVZ) da Universidade de São Paulo (USP). O sexo de cada ave foi confirmado utilizando como parâmetro o intervalo de confiança (95%) da média dos valores transformados do fator Razão dos índices de Estrógenos e Andrógenos ou com o intervalo de confiança (95%) da média dos valores transformados dos índices do fator Andrógeno. As extrações de DNA de algumas amostras foram realizadas por meio de ?kits? comerciais e por meio de resinas no Laboratório de Biologia Molecular do Departamento de Patologia (VPT) - FMVZ/USP. O DNA foi amplificado pela técnica da PCR utilizando-se oligonucleotídeos iniciadores específicos para a região que determina o sexo das aves. Também se avaliou o efeito da adição de células sanguíneas nas amostras. Setenta por cento das aves tiveram o sexo confirmado pela técnica do radioimunoensaio. A amplificação do produto na PCR somente ocorreu em amostras onde células sanguíneas foram adicionadas e o DNA extraído com um determinado ?kit? comercial. Os resultados encontrados demonstram a necessidade da realização de mais estudos para a determinação do sexo de aves monomórficas por meio de técnicas não invasivas. Validaram-se dois kits comerciais para a mensuração de metabólitos de hormônios esteróides em excretas cloacais de aves por radioimunoensaio. / For the current study, it were used fecal samples from 65 birds of Psittacine Family, previously sexed by PCR from blood cells. The fecal androgens and estrogens metabolites were extracted with PBS (Phosfate Buffer Saline) or PBS :Ethil Alchool (4:1) and measured by comercial radioimunoassay kits at the Hormonal Measurement Laboratory of the Department of Animal Reproduction of the Faculty of Veterinary Medicine and Zootechny of the University of São Paulo. The sex determination of the birds were performed using the confidence interval (95%) for the mean of transformed values of estrogens/androgen rate or transformed androgens values. The fecal DNA extraction of some samples were performed using comercial kits or by resines at the Molecular Biology Laboratory of the Pathology Department of the Faculty of Veterinary Medicine and Zootechny of the University of São Paulo. The DNA were amplified by PCR using specific primers for the target region of bird gene that express sex. Evaluation of the effect of blood cells adding on samples also had been done. 70% of birds had the sex confirmed by radioimunoassay. The amplification of PCR products occured only in samples added with blood cells and extracted by a specific comercial kit. The results showed that further studies for sex determination on monomorphic birds by non-invasive techniques are necessary. Two comercial kits were validated for the measurement of fecal steroid metabolites by radioimunoassay.

Os gatos domésticos podem ser utilizados como modelo no estudo da Família Felidae, pois não atingem grandes proporções físicas, são encontrados em altas densidades populacionais por todo o mundo e compartilham com felinos selvagens grande variedade de marcações odoríferas. A transferência de odores entre os gatos e o meio ambiente ocorre por contatos corporais e eliminação de excretas, sendo urina e fezes importantes carreadores de informação química em quase todos os mamíferos terrestres, facilitando as interações sociais entre os indivíduos. O objetivo do presente estudo foi analisar aspectos do comportamento de gatos domésticos, com destaque para a comunicação química, via fezes e urina, entre estes animais, bem como para as relações entre estes aspectos e sua estrutura social intra-específica. Foram utilizados gatos domésticos (Felis silvestris catus), sem raça definida, de ambos os sexos, incluindo filhotes, juvenis e adultos, sendo estes castrados com um ano de idade, mantidos em alta (0,3 animais/m2) ou em baixa densidade populacional (0,04 animais/m2). A coleta dos dados comportamentais de eliminação de fezes e urina foi realizada utilizando-se o método amostral “animal focal". Foram registrados o número de movimentos e o tempo gasto para cavar um buraco no solo (antes do animal defecar ou urinar), o número de movimentos e o tempo gasto para enterrar as fezes ou urina, e se houve verificação olfativa dos excrementos. Foram registrados os locais onde os animais depositavam suas excretas e foram comparados os comportamentos destes longe ou perto dos locais de descanso e alimentação, na área de alta densidade populacional. Foram, também, comparados os comportamentos dos animais nas duas áreas de estudo. Quanto à organização social, foram registrados quais indivíduos estavam dormindo ou descansando em contato físico direto com outros indivíduos, nas duas áreas. Além disso, foram registrados os locais (caixas) ocupados pelos animais para descanso, em função da altura. Os resultados mostraram que os animais executam número maior de movimentos (com os membros anteriores) e gastam maior tempo para enterrar suas fezes, se comparados à urina. As fêmeas mostram esforço maior do que os machos, após a eliminação das fezes, o que pode indicar uma estratégia para a proteção dos filhotes. Em alta densidade populacional, os animais dedicam maior esforço para enterrar suas fezes, se comparados aos que vivem em baixa densidade. Quanto às verificações olfativas, as fezes são verificadas mais freqüentemente do que a urina, em machos e fêmeas, tanto em alta quanto em baixa densidade populacional. Em alta densidade, tanto os machos quanto as fêmeas depositam suas fezes longe, enquanto depositam sua urina perto dos locais utilizados para descanso e alimentação. Quanto à organização social, a alta densidade populacional parece propiciar maior número de contatos físicos direto entre os animais, do que a baixa densidade. Além disso, os animais preferem ocupar as caixas localizadas em posições mais altas do que as caixas mais baixas, e alguns animais restringem sua ocupação às caixas altas ou baixas, o que pode indicar uma estratificação social, de acordo com a posição hierárquica do animal no grupo. / Domestic cats may be used as a model for the study of the Felidae family, since they do not reach greater physical proportions, are found in high population densities all over the world and share with wild felids a variety of scent marks methods. Odor transference between cats and the environment occurs through corporal contacts and elimination of feces and urine, which seem to be important carriers of chemical information in almost all terrestrial mammals, thus facilitating social interactions between individuals. The aim of the present study was to analyze aspects of the behavior of domestic cats, with emphasis in chemical communication through feces and urine between animals, and the relationships between these aspects and their intraspecific social structure. The study was carried out in domestic cats (Felis silvestris catus) from both sexes, without defined race, including kittens, youthful and adults neutered with nearly one year old; animals were kept in high (0,3 animals/m2) or in low population density (0,04 animals/m2). The collection of the behavioral data for elimination of feces and urine was carried out using the “focal animal" method. The number of movements and the time spent to dig a hole in the ground (before the animals defecate or urinate), the number of movements and the time spent to bury their feces or urine, and whether olfative verification of the excrements was or not performed were carefully recorded. Recordings also involved the places where the animals deposited their excrements and the behavior patterns farther or closer to the places used for rest and feeding were compared, in the area of high population density. Also, the two areas of study were compared regarding animal behavior. As far as social organization is concerned, it was recorded which individuals were sleeping or resting in direct physical contact with other individuals, in both areas of study. Moreover, the places (boxes) used by the animals for resting, in function of their height, were also recorded. Results show that animals execute a greater number of forelimb movements and spend more time to bury feces, when compared to urine. Females show more effort after the elimination of feces than males, which may indicate a strategic behavior for the kitten protection. Animals dedicate more effort to bury feces in high population density, when compared to low population density. Regarding olfative verifications, feces are verified more frequently than urine, for both males and females, not only in high but also in low population density. In high population density, males and females deposit feces farther and urine closer to the places used for rest and feeding. As far as social organization is concerned, high population density seems to propitiate greater number of direct physical contacts between animals than low population density. Moreover, animals show predilection for occupying boxes located in higher positions, than the lower ones, and some animals restrict their occupation to either the high or the low boxes, which may indicate some degree of social stratification in the group, according to animal hierarchical position.

Este estudo teve como objetivo avaliar a utilização da enzima fitase e de minerais orgânicos (Cu e Zn) na dieta de suínos visando a redução do poder poluente dos dejetos. Foram utilizados 16 suínos com idade média de 68 dias, alocados na câmara climática, em gaiolas de metabolismo para coleta de fezes e urina. Os animais foram mantidos em duas faixas de temperaturas ambientais: conforto térmico e estresse térmico, e submetidos aos tratamentos: controle (T1); suplementação com minerais orgânicos (T2); suplementação com fitase (T3); suplementação com minerais orgânicos e fitase (T4). As fezes e a urina foram analisadas quanto à concentração de P, N, Na, K, Cu, Zn, Ca. Mensurou-se também temperatura retal e superficial dos animais, volume de fezes e urina excretadas, assim como o consumo de água e ração. Observou-se que o estresse térmico afetou a temperatura retal e superficial, além do volume de fezes excretadas (P<=0,05). A excreção de Zn e Ca foram reduzidas com a utilização da enzima fitase, enquanto que o Cu e Zn orgânicos beneficiaram o Zn, Ca e P (P<=0,05). O estresse térmico aumentou significativamente a excreção de Cu, enquanto a de Na foi reduzida (P<=0,05). Embora não tenha ocorrido interação na atuação da enzima fitase e dos minerais orgânicos, estes aditivos contribuíram com a redução da excreção de minerais. / This study aimed to evaluate the use of phytase and organic minerals (Cu and Zn) in pig diets in order to reduce the power of polluting waste. Sixteen pigs at the age of 68 days, were allocated in metabolism studies cages for collection of feces and urine, in a climatic chamber. The animals were kept in two tracks of ambient temperatures: thermal comfort and heat stress, and subjected to the treatments: control (T1); organic minerals supplementation (T2); phytase supplementation (T3); organic minerals and phytase supplementation (T4). Feces and urine were analyzed for P, N, Na, K, Cu, Zn and Ca concentrations. It was also measured rectal temperature, body surface temperature, feces and urine volume and the food and water consumption. The results had shown that heat stress affected the rectal and superficial temperature, and excreted feces volume (P<=0,05). The Zn and Ca excretion were reduced with the phytase use, whereas organic Cu and Zn benefited Zn, Ca and P (P<=0,05). The heat stress significantly increased Cu excretion, while Na was reduced (P<=0,05). Although there was no interaction on the activity of phytase and organic minerals, these additives contributed to the excretion reduction of minerals.

O objetivo deste trabalho foi desenhar primers, amplificar fragmentos de três loci que codificam antígenos de superfície de protozoários do gênero Sarcocystis spp. isolados do intestino de marsupiais do gênero Didelphis spp., sequenciar os fragmentos gênicos de todos isolados e compará-los entre si e com fragmentos de sequências homólogas disponíveis no GenBank. Trinta e duas amostras de Sarcocystis spp. de gambás do Estado do Rio Grande do Sul, Brasil, tiveram o DNA extraído e amplificado utilizando marcadores moleculares em genes codificadores de antígeno de superfície (SAG-2, SAG-3, e SAG-4). Entre essas amostras, 28 tiveram pelo menos um dos fragmentos gênicos sequenciados. Foi possível sequenciar os 3 fragmentos gênicos de 20 amostras. As análises das sequências dos genes renderam os seguintes resultados: SAG-2: 275 nucleotídeos e sete alelos para 26 amostras; SAG-3: 353 nucleotídeos e seis alelos para 21 amostras; SAG-4: 278 nucleotídeos e onze alelos para 25 amostras. Para cada marcador, análises filogenéticas foram realizadas empregando métodos de distância. As reconstruções filogenéticas permitiram verificar as relações de ancestralidade entre os diferentes alelos, que foram nomeados de acordo com o critério de evolução inferido na topologia das árvores. Para os três loci, diferentes alelos foram agrupados em três grupos ou genótipos, que foram nomeados com caracteres em números romanos I, II, III e IV. Diferenças intra-genótipo (sub-genótipos) foram representados por letras minúsculas (Ia, Ib, Ic, etc.). Cada alelo foi nomeado com numeração arábica (Ia1, Ia2, Ia3, etc.). Nas analises filogenéticas concatenadas baseada em dados de aminoácidos foi possível dividir as amostras dentro de três grupos. A filogenia baseada nas sequências de aminoácidos indica que três grupos de organismos devem existir dentro do complexo de indivíduos da população estudada (Sarcocystis-RS, Falcatula-like e Neurona-like). Embora o grupo designado como Sarcocystis-RS tenha um único alelo para o locus gênico SAG-3 (configuração do tipo III), táxons deste grupo compartilham alelos com indivíduos do grupo Falcatula-like. Assim, seria plausível assumir que exista uma troca gênica entre as duas populações. No que diz respeito ao grupo Neurona-like, nenhum dos indivíduos deste grupo compartilham alelos com indivíduos de outros grupos. No entanto, esta observação precisa ser confirmada, pois as análises foram baseadas em poucas sequências Neurona-like (duas sequências). Este relato revela uma notável diversidade genética entre os isolados de Sarcocystis spp de gambás do Brasil. / The present work aimed to design primers and amplify fragments of three loci that code for surface antigens of the protozoan genus Sarcocystis spp. isolated from intestine of marsupials of the genus Didelphis spp and to sequence the gene fragments of all isolates and compare them with each other and with fragments of homologous sequences available in GenBank. Thirty two samples of Sarcocystis spp. from opossums from the State of Rio Grande do Sul, had the nuclear DNA extracted and amplified using the molecular markers targeted to genes encoding surface antigens (SAG-2, SAG-3, and SAG-4). Among these samples, 28 had at least one of the gene fragments sequenced. It was possible to sequence the three gene fragments from 20 samples. The analysis of gene sequences yielded the following results: SAG-2: 275 nucleotides and seven alleles for 26 samples; SAG-3: 353 nucleotides and six alleles for 21 samples; SAG-4: 278 nucleotides and eleven alleles for 25 samples. For each marker phylogenetic analysis was performed employing distance methods. The phylogenetic reconstructions allowed us to verify the ancestry relationships between different alleles, which were named according to the criteria of evolution inferred from the tree topology. For the three loci, different alleles were grouped into three groups or genotypes, which were named with characters in Roman numerals I, II, III and IV. Intra-genotype differences (sub-genotypes) were represented by lowercase letters (Ia, Ib, Ic, etc.). Each allele was named with Arabic numerals (Ia1, Ia2, Ia3, etc.). With concatenated phylogenetic analysis based on amino acid dataset it was possible to divide the samples into three groups. The amino acid based phylogeny indicates that three groups of organisms must exist within the complex of individuals in the population studied (Sarcocystis-RS, Falcatula-like, and Neurona-like). Although the group designated as Sarcocystis-RS has a unique allele for the genetic locus SAG-3 (configuration type III), the taxa of this group share alleles with individuals in the Falcatula-like. Thus, it is plausible to assume that gene exchange occurs between these two populations. Regarding the Neurona-like group, none of the individuals in this group share alleles with individuals of the other groups. However, this observation remains to be confirmed, because this analysis was based on very few Neurona-like sequences (two sequences). This report reveals a striking genetic diversity among Sarcocystis spp isolated from opossums from Brazil.

Resumo: Avaliaram-se dietas formuladas com milho ou sorgo para suínos nas fases inicial, crescimento e terminação sobre o desempenho dos animais, digestibilidade dos nutrientes, produção e características de fezes e urina e biodigestão anaeróbia dos dejetos. No ensaio de desempenho não foram verificadas diferenças quanto ao consumo médio diário de ração, ganho médio diário de peso e conversão alimentar. Foi realizado um ensaio de digestibilidade em cada fase de crescimento dos animais utilizando o método de coleta total de fezes, não se observando diferenças para coeficientes de digestibilidade da matéria seca e da energia bruta, coeficiente de metabolizabilidade, energia digestível e metabolizável. Os maiores coeficientes de digestibilidade da proteína bruta e proteína digestível foram verificados nos animais alimentados com dietas à base de milho na fase terminação. Para animais alimentados com dietas formuladas com sorgo foram verificados maiores valores de matéria seca digestível nas fases crescimento e terminação. Verificou-se maior produção média de fezes para animais alimentados com dietas formuladas com sorgo, gerando maiores coeficientes de resíduo. Os maiores teores de sólidos totais e voláteis foram verificados nas fezes de animais alimentados com dieta à base de milho, em todas as fases de crescimento. As concentrações médias dos nutrientes nas fezes e na urina variaram entre os tratamentos e fases. O abastecimento de 20 biodigestores indicou maiores reduções nos teores de sólidos voláteis e maiores produções de biogás quando se utilizaram fezes de suínos alimentados com dietas formuladas à base de milho. As concentrações médias dos nutrientes no afluente e efluente dos biodigestores variaram entre os tratamentos e fases. / Abstract: There were evaluated diets formulated with corn or sorghum for pigs in the initial stages, growing and finishing on the growth performance of animals, digestibility of nutrients, production and characteristics of feces and urine and anaerobic digestion of pigs manure. In the test of growth performance were not found differences in the average daily consumption of feed, average daily weight gain and feed conversion. There was performed a test of digestibility at each stage of growth of animals using the total collection of feces, no difference was observed for digestibility coefficients of dry matter and gross energy, coefficient to metabolize, digestible and metabolizable energy. The highest rates of digestibility of crude protein and digestible protein were observed in animals fed with diets based on corn in the finishing stage. For animals fed diets formulated with sorghum there were observed higher values of digestible dry matter in growing and finishing phases. There was a greater average production of feces by animals fed with diets based on sorghum, generating higher coefficient of waste. The highest levels of total and volatile solids were found in the feces of animals fed with diets containing corn, in all the stages of growth. The average concentrations of minerals in feces and urine varied among treatments and stages. The supply of 20 anaerobic digesters indicated greater reductions in the volatile solids levels and greater production of biogas when using waste from pigs fed with diets based with corn. The average concentrations of minerals in the affluent and effluent in the anaerobic digesters varied among treatments and stages. / Orientador: Jorge de Lucas Junior / Coorientadora: Maria Cristina Thomaz / Banca: Mônica Sarolli Silva de Mendonça Costa / Banca: Roberto Alves de Oliveira / Banca: Antônio Carlos de Larentiz / Banca: Maria Benincasa Vidotti / Doutor

Para o presente estudo, utilizaram-se amostras de excretas cloacais de 65 aves da família Psittacidae, previamente sexadas. Os andrógenos e estrógenos fecais foram extraídos com Tampão Fosfato Salino (PBS) e com uma solução PBS:Álcool Etílico (4:1) e a mensuração hormonal foi realizada em ?kits? comerciais para radioimunoensaio no Laboratório de Dosagens Hormonais (LDH) do Departamento de Reprodução Animal (VRA) da Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia (FMVZ) da Universidade de São Paulo (USP). O sexo de cada ave foi confirmado utilizando como parâmetro o intervalo de confiança (95%) da média dos valores transformados do fator Razão dos índices de Estrógenos e Andrógenos ou com o intervalo de confiança (95%) da média dos valores transformados dos índices do fator Andrógeno. As extrações de DNA de algumas amostras foram realizadas por meio de ?kits? comerciais e por meio de resinas no Laboratório de Biologia Molecular do Departamento de Patologia (VPT) - FMVZ/USP. O DNA foi amplificado pela técnica da PCR utilizando-se oligonucleotídeos iniciadores específicos para a região que determina o sexo das aves. Também se avaliou o efeito da adição de células sanguíneas nas amostras. Setenta por cento das aves tiveram o sexo confirmado pela técnica do radioimunoensaio. A amplificação do produto na PCR somente ocorreu em amostras onde células sanguíneas foram adicionadas e o DNA extraído com um determinado ?kit? comercial. Os resultados encontrados demonstram a necessidade da realização de mais estudos para a determinação do sexo de aves monomórficas por meio de técnicas não invasivas. Validaram-se dois kits comerciais para a mensuração de metabólitos de hormônios esteróides em excretas cloacais de aves por radioimunoensaio. / For the current study, it were used fecal samples from 65 birds of Psittacine Family, previously sexed by PCR from blood cells. The fecal androgens and estrogens metabolites were extracted with PBS (Phosfate Buffer Saline) or PBS :Ethil Alchool (4:1) and measured by comercial radioimunoassay kits at the Hormonal Measurement Laboratory of the Department of Animal Reproduction of the Faculty of Veterinary Medicine and Zootechny of the University of São Paulo. The sex determination of the birds were performed using the confidence interval (95%) for the mean of transformed values of estrogens/androgen rate or transformed androgens values. The fecal DNA extraction of some samples were performed using comercial kits or by resines at the Molecular Biology Laboratory of the Pathology Department of the Faculty of Veterinary Medicine and Zootechny of the University of São Paulo. The DNA were amplified by PCR using specific primers for the target region of bird gene that express sex. Evaluation of the effect of blood cells adding on samples also had been done. 70% of birds had the sex confirmed by radioimunoassay. The amplification of PCR products occured only in samples added with blood cells and extracted by a specific comercial kit. The results showed that further studies for sex determination on monomorphic birds by non-invasive techniques are necessary. Two comercial kits were validated for the measurement of fecal steroid metabolites by radioimunoassay.

O número de animais terminados em sistema de confinamento cresce rapidamente no Brasil, concomitante com aumento no teor de amido das dietas utilizadas. A expansão da agricultura e custos mais baixos por unidade de energia digestível proveniente do grão em relação aos volumosos deve acelerar este processo. Os objetivos deste trabalho foram: a) avaliar as perdas de amido em confinamentos comerciais; b) calibrar a metodologia de NIRS para estimativa do teor de amido fecal; c) estudar as relações entre parâmetros fecais (% de amido, MS e pH) com desempenho e eficiência de bovinos Nelore e cruzados recebendo dietas de médio/alto concentrado; d) avaliar o efeito do horário de coleta e da raça dos animais no teor de amido fecal. Foram avaliados os teores de amido fecal de animais de experimentos controlados e de confinamentos comerciais. Resultados de 2.003 amostras para teor de amido fecal foram analisados. Foi observada diferença no teor de amido fecal em função do horário de coleta tanto em experimento quanto em confinamentos comerciais (P < 0,01). Os teores de amido fecal em animais 100% Nelores foram maiores em comparação com o de animais cruzados (P < 0,01). Há necessidade de padronização do horário da coleta e grupo genético para utilizar o teor de amido nas fezes como indicador do uso de amido. Para os dados de experimentos controlados houve efeito de experimento (P < 0,0001), sexo (P = 0,006) e grupo genético (P = 0,0466), sendo maior o teor de amido fecal para machos e animais Nelore, quando comparados com fêmeas e cruzados. A correlação com amido nas fezes foi baixa (r < 0,20) para as variáveis peso médio metabólico (kg0,75), consumo de matéria seca (kg/dia) e eficiência alimentar (kg/kg). Não houve correlação entre teor de amido fecal e consumo alimentar residual (CAR) para novilhas e touros Nelore, demonstrando que talvez o amido nas fezes não seja um boa ferramenta para selecionar os animais mais eficientes em dietas de baixo teor de amido. A correlação entre o teor de amido fecal com pH fecal para animais em confinamentos comerciais apresentou correlação negativa de r = -0,57 e -0,51 quando a fonte de amido foi milho e sorgo, respectivamente. Foi detectada diferença (P =0,0006) no teor de pH fecal em função da fonte de amido da dieta (milho ou sorgo), 6,55 para o milho e 6,04 para o sorgo, sugerindo um menor aproveitamento do amido para os grãos de sorgo, embora o teor de amido fecal para as diferentes fontes avaliadas não tenha sido diferente (P = 0,29). Já para a %MS fecal, houve efeito de fonte de amido (P = 0,06), sendo os teores para milho menores (20,5%) em relação ao sorgo (23,1%). As 1.985 análises de amido nas fezes tanto dos experimentos quanto dos confinamentos comerciais permitiram a obtenção e validação de uma equação de calibração do NIRS para teor de amido fecal. Uma parte dos dados coletados foram utilizados na calibração e outra parte na validação independente da equação. Foram feitas equações para três diferentes conjuntos de amostras: a) todas independente da fonte de amido; b) amostras contendo o milho como principal fonte de amido; c) amostras contendo o sorgo como principal fonte de amido. Todas as equações apresentaram boa habilidade preditiva (R2 > 0,92), alta acurácia (erros sistemático inferior a 2% do teor de amido fecal) sendo que uma única equação pode ser utilizada para estimar o teor de amido fecal independente da fonte de amido da dieta. / The number of animals finished in the feedlot system is rapidly growing in Brazil. At the same time there is an increase in the starch content of the diets. The expansion of grain production and lower costs of digestible energy from grain compared to roughages should accelerate this process. The objectives of this work were: a) evaluate starch losses in commercial feedlots; b) develop the NIRS methodology for fecal starch content; c) study the relationships between fecal parameters (%starch, dry matter and pH) with performance efficiency of Nellore and crossbreed cattle receiving diets of medium/high concentrate; d) evaluate the effect of time at fecal sample collection and animal breed on fecal starch content. The fecal starch content was determined on 2,003 samples. Fecal starch content was affected by time of fecal sample collection both in the controlled experiment and in commercial feedlots (P < 0.01). There was higher fecal starch content in animals 100% zebu compared to B. taurus crossbreds (P < 0.01). There is a need to standardize the time of collection and genetic group to use fecal starch as a management tool. There was an effect of experiment (P < 0.0001), sex (P = 0.006) and genetic group (P = 0.0466), with higher fecal starch content found for males, Nellore, when compared to females and crossbreds. The correlations between fecal starch and metabolic mid weight (kg0.75), dry matter intake (kg/day) and feed efficiency (kg/kg) were low (r < 0.20). There was no correlation between fecal starch content and residual feed intake for Nellore heifers or bulls, suggesting starch content is not a good tool to determine efficient animals fed medium concentrate diets. The correlation between the level of fecal starch and fecal pH for animals in commercial feedlots showed a negative correlation of r = -0.57 and -0.51 when corn and sorghum were the sources of starch. Fecal pH was different (P = 0.0006) depending on the source of the dietary starch, 6.55 and 6.04 for corn and sorghum respectively, suggesting lower efficiency of starch use with sorghum. However there was no difference in fecal starch percentage for the two starch sources evaluated (P = 0.29). For the fecal DM, there was an effect of source of starch (P = 0.06), lower for corn (20.5%) when compared to sorghum (23.1%). The database obtained with the 1,985 lab analysis of fecal starch from both controlled experiments and commercial feedlots were used to develop a NIRS calibration equation for fecal starch content. Part of the analysis was used to independently validate the equations. Equations were developed from three different sets of samples: a) all samples regardless the starch source; b) samples where corn was the main source of starch c) samples were sorghum was the main source of starch. All equations had good predictive ability, with high regression coefficients (R2 > 0.92) and low bias (< 2%) indicating high accuracy with independent data. Results suggest a single equation can be used to estimate the fecal starch regardless the source of starch in the diet.

Contamination of recreational and shellfish waters with fecal pollution is a major water quality issue with associated economic impacts and human health risks. Reliable fecal source identification and rapid, quantitative analyses are essential components of risk assessment. Enteric bacteria that are endemic to specific hosts have a potential role as public health indicators of fecal pollution. Building on previous work to discriminate ruminant and human fecal contamination, we cloned class Bacteroidetes 16S rRNA genes from pig, elk, dog, cat, and seagull fecal DNAs. Unique restriction patterns were identified among clones from each of the host species using Terminal Restriction Fragment Length Polymorphisms (T-RFLP). Clones exhibiting unique patterns were sequenced and analyzed phylogenetically, along with human, horse, and cattle sequences recovered from previous work. The analysis revealed both endemic and cosmopolitan (global) host distributions. The sequence data were used to identify host-specific genetic markers for pig and horse feces, and to design PCR primers that identify these sources of fecal pollution in water. There was a high degree of sequence overlap among the fecal Bacteroidetes of wild and domestic ruminants, and among human, domestic pet, and seagull Bacteroidetes. We compared fecal Bacteroidetes rRNA genes from these hosts using subtractive hybridization, a method that identifies differences between closely related genomes or gene sequences. A Bacteroidetes rDNA marker that distinguishes elk and cow feces was identified, as well as a host-specific marker for dog fecal Bacteroidetes. The four newly designed PCR primers were tested for specificity and sensitivity, and the dog primer was successfully used, along with the human and ruminant-specific primers, in a collaborative study comparing fecal source tracking methods. We also developed a real time Taq nuclease assay for quantification of fecal Bacteroidetes 16S rDNA, and compared it with an EPA-approved enumeration method for the current standard public health indicator, Escherichia coli, in serial dilutions of sewage primary influent. There was a strong, positive correlation between the methods, and the Taq nuclease assay was sensitive and much more rapid than the E. coli assay. PCR source identification and enumeration of fecal Bacteroidetes 16S rDNA show promise for application in a health risk-based analysis of fecal pollution. / Graduation date: 2005