Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Ricardo Vieira Ventura / Banca: Lenira El Faro Zadra / Banca: Ana Fabrícia Braga Magalhães / Banca: Rodrigo Pelicioni Savegnago / Banca: João Ademir de Oliveira / Resumo: Dentre as informações fornecidas pelas metodologias que utilizam marcadores do tipo polimorfismo de nucleotídeo único (SNPs), as de segmentos de homozigose (ROH) e de desequilíbrio de ligação têm colaborado para estudos de aplicação direta da informação genômica em populações de bovinos de corte, como em estudos de associação com cobertura ampla do genoma, de seleção genômica e de estrutura da população, dentre outros. Atualmente a imputação vem sendo utilizada principalmente para reduzir custos com a genotipagem dos animais e pode ser utilizada combinando informações genômicas de diferentes painéis. Para que dados imputados sejam utilizados de forma eficiente, é necessário que a imputação tenha sido implementada de forma que todos os animais tenham seus genótipos inferidos com elevada acurácia. No entanto, esta é verificada apenas se houver o genótipo real para avaliar a confiabilidade do genótipo imputado. Dessa maneira, os objetivos deste trabalho foram: (1) estudar a imputação de painéis comercial e customizados de baixa densidade para painéis de alta densidade (Illumina e Affymetrix), assim como para um painel combinado (Illumina + Affymetrix) para bovinos da raça Nelore, e estudar o desequilíbrio de ligação e conformação de blocos de haplótipos antes e após a imputação; (2) estudar estratégias para predição da acurácia de imputação, utilizando redes neurais artificiais e regressão linear múltipla; (3) estudar os segmentos de homozigose e, com isso, a endogamia presente ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Among all the information provided by methodologies that use single nucleotide polymorphism (SNPs), the runs of homozygosity (ROH) and linkage disequilibrium have been used for studies that explore genomic information in beef cattle population, as the genome-wide association, genomic selection, the structure of population and others. Nowadays, the imputation is used in these studies to reduce genomic costs and this also can be used combining genomic information from different panels. The animals used to be imputed should present genotypes inferred with high accuracy to allow the use imputed genotypes in other studies. However, the accuracy is verified only if there is a real genotype to evaluate the imputed genotype. Therefore, this study aimed: (1) Evaluate imputation of commercial and customized low density panels to high density panels (Illumina and Affymetrix), as well as to a combined panel (Illumina + Affymetrix) in Nelore beef cattle, and estimating linkage disequilibrium and haplotype blocks conformation to high density panels individually and after imputation; (2) Study a strategy to predict imputation accuracy using artificial neural network and linear regression; (3) Study runs of homozygosity and inbreeding in a populations from Nelore beef cattle, as well as identify genes present in ROH with high frequency in population. For ROH studies were used 34 bulls from different lines and the progeny, totalizing 809 Nelore animals genotyped with information of 509.107 SN... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Roberto Carvalheiro / Coorientador: Haroldo Henrique de Rezende Neves / Coorientador: Herman Arend Mulder / Banca: Ricardo Vieira Ventura / Banca: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Gerson Antonio de Oliveira Júnior / Banca: Diercles Francisco Cardoso / Resumo: A existência de um controle genético sobre a variância residual torna possível a seleção para uniformidade de produção. Desta forma, os objetivos do presente estudo foram: i) investigar a presença deste componente genético na variância residual do peso ao sobreano (PS) em bovinos da raça Nelore (N = 194.628, touros = 625), usando duas abordagens: dois passos (two-step) e modelo linear generalizado hierárquico duplo (double hierarchical generalized linear model, DHGLM); e ii) identificar, através de estudo de associação genômica ampla (genome-wide association study, GWAS), regiões genômicas associadas com uniformidade do PS usando differentes variáveis respostas: EBV desregredido (dEBVv) obtido a partir de soluções de um DHGLM assumindo correlação genética não-nula entre média e variância residual (rmv ≠ 0); e dEBVv_r0 e variância dos resíduos log-transformada (ln_σ2ê) obtidos a partir de soluções de um DHGLM assumindo rmv = 0. Os resultados confirmam a presença de heterogeneidade genética de variância residual bem como oportunidade de seleção (coeficiente de variação genética da variância residual (GCVE) variando de 0,10 a 0,17). Porém, a seleção pode ser limitada devido à magnitude da variância genética da variância residual e à forte e positiva correlação genética entre a média e a variância (0,20 e 0,76 para a abordagem em dois passos e DHGLM, respectivamente). Além disso, foi possível observar que um grande número de progênies por touro é necessário para obter EBV com mai... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The existence of genetic control on residual variance makes possible the selection for uniformity. Thus, the objectives of the present study were: i) to investigate the presence of this genetic component on the residual variance of yearling weight (YW) in Nellore cattle (N = 194,628, sires = 625) using two approaches: two step approach and double hierarchical generalized linear model (DHGLM); and ii) to identify, through a genome-wide association study (GWAS), genomic regions associated with uniformity of YW using different response variables: deregressed EBV (dEBVv) obtained from solutions of a DHGLM assuming non-null genetic correlation between mean and residual variance (rmv ≠ 0); and dEBVv_r0 and log-transformed variance of estimated residuals (ln_σê 2) obtained from solutions of a DHGLM assuming rmv = 0. The results confirm the presence of genetic heterogeneity of residual variance as well as opportunity of selection (coefficient of genetic variance of residual variance (GCVE) ranging from 0.10 to 0.17). However, selection may be limited by the magnitude of the genetic variance of the residual variance and the strong and positive genetic correlation between mean and variance (0.20 and 0.76 for two-step approach and DHGLM, respectively). In addition, it was observed that large sire families are required to obtain higher EBVv accuracies (heritability of residual variance, hv 2 < 0.007). The mean-variance relationship was reduced by using Box-Cox transformation, which reduc... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Henrique Nunes de [UNESP] Oliveira / Coorientador: Rodrigo Giglioti / Coorientador: Fernando Flores Cardoso / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Ricardo da Fonseca / Banca: Guilherme Jordão de Magalhães Rosa / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Resumo: Babesiose bovina é uma doença transmitida pelo carrapato, sendo que a Babesia bovis é considerada a espécie mais patogênica. Ambos são considerados como um entrave na melhoria da produtividade da bovinocultura de corte nos trópicos, especialmente para animais de raças taurinas e suas cruzas. Esse estudo analisou uma população de bovinos Hereford e Braford e foi composto por quatro capítulos com os seguintes objetivos: Capítulo 1) Revisão de literatura; Capítulo 2) Estimação de parâmetros genéticos para contagem de carrapatos (TC) e B. bovis usando modelos lineares e modelos lineares generalizados; Capítulo 3) Avaliar a habilidade de predição e a possibilidade de aplicação da seleção genômica e conduzir estudos de associação genômica ampla (GWAS) para nível de infecção de B. bovis (IB); Capítulo 4) Procurar por estruturas causais entre TC, IB, ganho de peso do nascimento a desmama (WG) e ganho de peso da desmama ao sobreano (YG) usando a abordagem do modelo de equação estrutural (SEM). Os carrapatos foram contados manualmente em um lado do animal. A quantificação de B. bovis foi feita por meio de ensaios de qPCR. No Capítulo 2, os dados de contagem de carrapato e B. bovis estavam em escala logaritímica para as análises usando modelos lineares. O modelo de Poisson foi aplicado para contagem de carrapato sem tranformação logarítimica e para os modelos probit o fenótipo foi considerado como ausência (0) ou presença (1) de B. bovis baseado em três diferentes limiares (BBt1: IB usa... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Bovine babesiosis is a tick-borne disease, and the Babesia bovis is considered the most pathogenic species. Both parasites constitute major drawbacks for improvement of beef cattle productivity in the tropics, especially when purebred and crossbred taurine animals are used. This study analyzed a population of Hereford and Braford cattle and it was composed of four chapters with the following objectives: Chapter 1) Literature review; Chapter 2) Estimate genetic parameters for tick count (TC) and B. bovis using linear and generalized linear models; Chapter 3) Evaluate predictive ability and application of genomic selection and performed genome wide association studies (GWAS) for B. bovis infection level (IB) using single step GBLUP model; Chapter 4) Search for causal structures to investigate potential functional relationships among TC, IB, weight gain from birth to weaning (WG), and weight gain from weaning to yearling (YG) using structural equation modeling (SEM). Tick counts were performed by manually counting adult female ticks on one side of each animal. The B. bovis quantification was performed using a qPCR assay. In the Chapter 2, the tick count and B. bovis records were in log scale for analysis using linear model. A Poisson model was applied for tick count without log transformation and for probit model the phenotype was assessed by absence or presence of B. bovis based on three different thresholds (BBt1: IB using the threshold observed; BBt2: BB using threshold as a ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Oligoryzomys é o gênero mais especioso da tribo Oryzomyini e está amplamente distribuído na região Neotropical. O objetivo deste trabalho é contribuir para a citotaxonomia e investigar a evolução cromossômica no gênero. Foram analisados 117 exemplares pertencentes às espécies: O. flavescens (2n=64-66, NF=66), O. fornesi (2n=62, NF=64), O. microtis (2n=64, NF=64), O. moojeni (2n=70, NF=72), O. nigripes (2n=62, NF=78-82), O. stramineus (2n=52, NF=68) e Oligoryzomys sp. A (2n=70, NF=72). As seis primeiras possuem cariótipos espécie-específicos e, dessa forma, reiteramos a importância da informação citogenética para a citotaxonomia. A pintura cromossômica comparativa (Zoo-FISH) com sondas de O. moojeni revelou hibridação em 29 segmentos autossômicos em O. fornesi; 30 em O. microtis; 31 em O. nigripes; e 32 em O. rupestris e Oligoryzomys sp. 2. Os resultados mostraram uma extensa reorganização genômica na evolução cromossômica do gênero, decorrente de fissões, fusões em tandem, rearranjos Robertsonianos e perda/inativação, surgimento ou reposicionamento de centrômero. / Oligoryzomys is the most specious genus within the tribe Oryzomyini and it is distributed throughout Neotropical region. This work aims to contribute to citotaxonomy and to investigate the chromosomal evolution of the genus. A total of 117 individuals were cytogenetically analysed, and they belong to the species: O. flavescens (2n=64-66, FN=66), O. fornesi (2n=62, FN=64), O. microtis (2n=64, FN=64), O. moojeni (2n=70, FN=72), O. nigripes (2n=62, FN=78-82), O. stramineus (2n=52, FN=68), and Oligoryzomys sp. A (2n=70, FN=72). The first six species possess species-specific karyotypes, and therefore we emphasize the importance of cytogenetic studies for citotaxonomy. Comparative chromosome painting (Zoo-FISH) with O. moojeni probes hybridized to 29 segments on metaphases of O. fornesi, 30 on O. microtis, 31 on O. nigripes, and 32 on O. rupestris and Oligoryzomys sp. 2. The results showed an extensive genomic reshuffling, due to fissions, tandem and Robertsonian fusions, loss/inactivation or repositioning of centromeres.

El bovino criollo es el descendiente directo de los bovinos traídos por los españoles a partir de 1493. Por más de 400 años estuvo sometido a un proceso de selección natural. Se estudian 250 animales, por medio de seis sistemas de grupos sanguíneos, las frecuencias de 59 determinantes antigénicos y el locus de transferrina (TF). Los animales pertenecen al INTA-Leales y están agrupados en tres rodeos: Introducido; Seleccionado y Testigo. Se evidencia que los grupos Seleccionado y Testigo son muy semejantes (sólo difieren en un factor sanguíneo de los 59 analizados). El orígen común de ambas poblaciones, escaso número de fundadores y los pocos años de selección artificial parecieran ser los factores determinantes de esas similitudes. Por el contrario, la población Introducido, compuesta por animales de diversos orígenes difiere significativamente con ambos. En esta tesis se demuestra que el locus TF no presenta ninguna asociación con los caracteres de producción medidos (Indice de producción, Coeficiente de Fertilidad y Media Peso al destete), ratificándose lo hallado por Goenaga (1972). Sin embargo, los factores sanguíneos W+ y H del sistema B se encuentran en alta frecuencia en las vacas más productivas al igual que el factor X1 en las más fértiles, lo que estaría demostrando una asociación.

MAGALHÃES, Ana Fabrícia Braga. Estimativas de componentes de variâncias e de valores genéticos para características de crescimento, reprodução e habilidade materna em ovinos da raça Somalis Brasileira.2010.63f.Dissertação(Mestrado em Zootecnia)- Centro de Ciências Agrárias, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2010. / Submitted by Maria Naires Souza (marianaires@ufc.br) on 2011-11-18T22:36:18Z No. of bitstreams: 1 2010-dis-afbmagalhães.pdf: 823026 bytes, checksum: b35410bab9e670e33e57fb9a55c32861 (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Nascimento(vieiraaline@yahoo.com.br) on 2011-11-21T11:22:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010-dis-afbmagalhães.pdf: 823026 bytes, checksum: b35410bab9e670e33e57fb9a55c32861 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-11-21T11:22:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010-dis-afbmagalhães.pdf: 823026 bytes, checksum: b35410bab9e670e33e57fb9a55c32861 (MD5) Previous issue date: 2010-12-17 / The aims of this study were to estimate genetic parameters for growth, reproductive and maternal traits and assess the different adjustments of fixed effects in the prediction of breeding values for weight and weight gain at weaning of Brazilian Somali sheep, reared in semi-arid. Data from the Núcleo de Conservação da Embrapa Caprinos e Ovinos, located in the city of Sobral, north of Ceará state, suported by Programa de Melhoramento Genético de Caprinos e Ovinos de Corte (GENECOC). The analyzed growth traits were birth weight (PN), weaning weight (PD), weight gain from birth to weaning (GND), adjusted weight at 84 days (P84), weight gain from birth to 84 days (GN84) and adult weight (PA). The traits related to maternal ability were litter weight at birth (PTCN), litter weight at weaning (PTCD), mother's weight at weaning of the lambs (PW) and ratio of weaning (REL), which is represented by the rate between the total weight of lambs at weaning and the mother's metabolic weight. The analyzed reproductive traits were lambing interval (IP), lambing date (DP) and number of services per conception (NSC). The fixed models of analysis were defined by the MIXED procedure of SAS software, after checking the constraints and limitations of the data. (Co) variances and genetic parameters were estimated by Derivative Free Restricted Maximum Likelihood (DFREML) method using the MTDFREML software. Initially, univariate analyses were performed for each trait and then multivariate analyses were performed. An analysis of correlation of classification or "rank", using the Spearman coefficient, was performed to compare the rank of animals by PD, P84, GND and GN84, based on the additives genetic direct and maternal values. Heritabilities for growth traits estimated in univariate analysis were of low magnitude, ranging from 0.00 to 0.22. There was a trend of increasing of heritabilities in the multivariate analysis. In multivariate analysis for the growth traits, heritabilities for PN-PD-GND and PN-P84- GN84 ranged from 0.00 to 1.00. Genetic correlations also showed large variations, XVII from negative, zero to high and positive, ranging among PN-PD-GND from -1.00 to 0.94 and from -0.45 to 0 97 among PN-P84-GN84. The reproductive traits showed low heritabilities. The heritabilities for maternal traits were higher in the multivariate analysis, with moderates values and high correlation between PTCN and PTCD and unitary negative value between PW and REL. The weaning weight adjusted for the covariate age on the day of weighing and the weaning weight adjusted for standard age at weaning, in this study, 84 days, are traits of distinct natures under analyses. Using these criteria promotes different responses to selection, with different rank orders of animals. However, it was not possible to specify the criteria with better efficiency since the differences between the results were not fully understood / Os objetivos deste trabalho foram estimar parâmetros genéticos para características de crescimento, reprodutivas e de habilidade materna e avaliar diferentes ajustes de efeitos fixos na predição de valores genéticos para o peso e ganho de peso ao desmame de ovinos Somalis Brasileira, criados no semi-árido nordestino. Foram utilizados dados do Núcleo de Conservação da Embrapa Caprinos e Ovinos, localizado na cidade de Sobral, região norte do estado do Ceará, controlado dentro do Programa de Melhoramento Genético de Caprinos e Ovinos de Corte – GENECOC. As características de crescimento analisadas foram peso ao nascer (PN), peso ao desmame (PD), ganho de peso do nascimento ao desmame (GND), peso ajustado aos 84 dias (P84), ganho de peso do nascimento aos 84 dias (GN84) e peso adulto (PA). As características relacionadas à habilidade materna foram peso total das crias ao nascer (PTCN), peso total das crias ao desmame (PTCD), peso da mãe ao desmame das crias (PW) e relação de desmame (REL), que é representado pela divisão do peso total das crias ao desmame pelo peso metabólico da mãe. As características reprodutivas analisadas foram intervalo de partos (IP), dias para o parto (DP) e número de serviços por concepção (NSC). Os modelos fixos de análise foram definidos com auxílio do procedimento MIXED do pacote estatístico SAS, após a verificação das restrições e limitações dos dados. As estimativas dos componentes de (co)variâncias e os parâmetros genéticos foram obtidas pelo método da Máxima Verossimilhança Restrita não Derivativa (DFREML), utilizando o programa MTDFREML. Inicialmente foram realizadas análises unicaracterística e posteriormente foram feitas análises multicaracterísticas entre características relacionadas. Foi realizada análise de correlação de Spearman para comparar a ordem de classificação dos animais para PD, P84, GND e GN84, com base nos valores genéticos aditivos, direto e materno. As herdabilidades para as características de crescimento estimadas nas análises unicaracterísticas foram de baixa magnitude, variando de 0,00 a 0,22. Houve tendência de aumento da herdabilidade nas análises multicaracterísticas. Nas análises multicaracterísticas para as características de crescimento, as herdabilidades para PN-PD-GND e PN-P84-GN84 variaram de 0,00 a 1,00. As correlações genéticas também apresentaram grandes variações, desde negativas, nulas a altas e positivas, com uma variação entre PN-PD-GND de -1,00 a 0,94 e entre PN-P84-GN84 de -0,45 a 0,97. As características reprodutivas apresentaram baixa herdabilidade. As herdabilidades para as características de habilidade materna foram maiores nas análises multicaracterísticas, com valores moderados e correlação alta entre PTCN e PTCD e negativa e igual à unidade entre PW e REL. O peso ao desmame ajustado pela covariável idade no dia da pesagem e o peso ajustado para a idade padrão ao desmame, no caso deste estudo, 84 dias, são características com naturezas distintas sob análise. O uso destes critérios promove diferentes respostas à seleção, com diferentes ordens de classificação dos animais. Entretanto, não foi possível indicar o critério com melhor eficiência de uso, uma vez que as diferenças entre os resultados não foram totalmente esclarecidas.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-06-20T14:39:17Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 967613 bytes, checksum: 406de5c8fde5ef9910c417499ef37ffc (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-20T14:39:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 967613 bytes, checksum: 406de5c8fde5ef9910c417499ef37ffc (MD5) Previous issue date: 2016-02-22 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O entendimento dos mecanismos que controlam a permeabilidade, a angiogênese e a apoptose do corpo lúteo das fêmeas suínas gestantes é essencial para a compreensão do papel fisiológico destes processos na produção de progesterona e consequentemente no desenvolvimento do concepto, nas taxas de mortalidade pré-natal e na prolificidade dos animais. Assim, objetivou-se com este estudo avaliar a expressão de genes relacionados à angiogênese e a apoptose do corpo lúteo de fêmeas suínas gestantes da raça local Piau e linhagem Comercial, em diferentes idades gestacionais, além de relacionar os dados moleculares aos dados fenotípicos de morfologia do corpo lúteo gestacional. Para a análise histológica, as amostras foram incluídas em resina plástica e coradas em Azul de Toluidina. Já para a análise molecular do corpo lúteo, a extração do RNA total foi realizada com Trizol® e a expressão gênica avaliada mediante a técnica de PCR quantitativa em tempo real (RT-qPCR). Foram observadas diferenças entre as idades gestacionais (P=0,0043) na avaliação morfológica do corpo lúteo, onde aos 90 dias o número médio de vasos/capilares sanguíneos foi maior do que aos sete dias de gestação pelo teste de Tukey (P<0,05). A interação entre grupo genético e idade gestacional foi significativa ao se analisar a expressão dos genes angiogênicos MMP9 (P=0,0463), VEGFA (P=0,0078) e ANGPT1 (P<0,0001). A interação entre grupo genético e idade gestacional também foi significativa ao se analisar a expressão de todos os genes apóptoticos trabalhados: BAX (P<0,0001), BCL-2 (P<0,0001) e CASP3(P=0,0330). Os genes angiogênicos HIF1α, MMP2, VEGFR-2 apresentaram maior expressão em fêmeas de linhagem Comercial em relação à Piau (P=0,0495, P=0,0210 e P=0,0304, respectivamente). Já os genes ANGPT2 (P=0,3260 e P=0,0511) e o receptor TEK (P=0,5273 e P=0,8827) não apresentaram diferenças de expressão entre grupos genéticos e idades gestacionais. A razão entre ANGPT2 e ANGPT1, que competem pelo mesmo receptor (TEK), apresentou variação entre as idades gestacionais tanto em fêmeas da raça Piau (P=0,0001) quanto em fêmeas de linhagem Comercial (P=0,0106). O padrão de expressão tanto de alguns genes angiogênicos quanto apoptóticos, foi influenciado pelas diferentes concentrações de progesterona sintetizada pelo corpo lúteo nos diferentes momentos gestacionais, e também pelos diferentes processos decorrentes do reconhecimento gestacional e desenvolvimento pré-natal dos conceptos. Diferenças entre grupos genéticos possivelmente foram verificadas como resultado da seleção de características voltadas a prolificidade das matrizes suínas de linhagens comerciais, que levaram às alterações na expressão gênica e consequentemente na morfologia do corpo lúteo. / Understanding the mechanisms which control the permeability, angiogenesis and corpus luteum apoptosis of pregnant sows are essential to comprehend the physiological role of these processes in progesterone production and consequently in conceptus development, embryonic and fetal mortality rates and prolificacy of the animals. The aim of this study was to evaluate the expression of genes related to angiogenesis and corpus luteum apoptosis of pregnant local breed Piau and Commercial line sows at different gestational ages, and associate the molecular data to phenotypic data of gestational corpus luteum morphology. For histological analysis, samples were embedded in plastic resin and stained with Toluidine Blue. As for the molecular analysis of the corpus luteum, total RNA extraction was performed using Trizol and gene expression measured by quantitative real time PCR (RT-qPCR). Diferences were observed in corpus luteum morphology between gestational ages (P=0.0043), which at 90-day average of vessels/blood capillaries was greater than the seventh day of pregnancy by Tukey test (P<0.05). The interaction between genetic group and gestational age was significant when analyzing the expression of MMP9 (P=0.0463), VEGFA (P=0.0078) and ANGPT1 (P<0.0001) genes. The interaction between these factors was also significant while analyzing the expression of all used apoptotic genes: BAX (P<0.0001), BCL-2 (P <0.0001) and CASP3 (P=0.0330). The angiogenic genes HIF1α, MMP2, VEGFR-2 showed higher expression in Commercial line than in local breeed Piau (P=0.0495, P=0.0210 and P=0.0304, respectively). On the other hand, ANGPT2 gene (P=0.3260 and P=0.0511) and the TEK receptor (P=0.5273 and P=0.8827) did not show differences in expression between the different genetic groups and gestational age. The ratio of ANGPT2 and ANGPT1, which compete for the same receptor TEK, showed significant variation between gestational ages for both genetic group Piau (P=0.0001) and Commercial (P=0.0106). The expression pattern of both angiogenic and apoptotic genes was affected by different concentrations of progesterone synthesized by the corpus luteum in different gestational periods, and also by different events in the gestational recognition and prenatal development of fetuses. Differences between genetic groups were found, possibly as a result of traits selection aimed to prolificacy of Commercial lines sows, which led to changes in the pattern of gene expression, hence in corpus luteum morphology.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4442.pdf: 2821536 bytes, checksum: ea15d47fe66848e3d4486eab59656124 (MD5) Previous issue date: 2012-06-04 / Financiadora de Estudos e Projetos / Infestations caused by ectoparasites are among the main problems that affect stock raising in tropical countries, and in Brazil, the Rhipicephalus (Boophilus) tick is responsible for substantial losses in the animal production. The aim of this study was to evaluate the response of three genetic groups of cattle artificially infested with Rhipicephalus (Boophilus) microplus. For this, skin samples from Nellore (NX) and crossbreeds, Senepol x Nellore (SN) and Angus x Nellore (TA) heifers were collected before and 24 hours after the last artificial infestation with Rhipicephalus (Boophilus) microplus larvae for gene expression analysis and histology. We collected hair and performed behavioral analysis in order to relate them to the cattle parasite load. There were significant differences (P <0.01) for the tick count within three studied groups. TA animals (0.92 ± 0.07) had higher mean and the NX group (0.28 ± 0.07), the lowest mean. In the differential leukocyte count, TA animals had higher numbers of monocytes that NX (P <0.05), not differing from SN. No significant differences were evaluated for other leukocytes. However, the NX genetic group had higher mean for mast cells than SN and TA (P <0.01). NX had more CD4 cells that TA that did not differ from SN. Negative correlation was observed between the number of ticks and CD4 T cells. In the hair and haircoat analysis, TA showed the higher values of haircoat mean (CP) and mass density (MD) of hair than SN and NX (p <0.05), which did not differ from each other. For the number of hairs per sample and number of hair/cm2, NX had larger mean (p <0.05) than SN and TA, which did not differ. Results of Pearson correlations indicated that CP and DM have a positive correlation (p <0.05) with tick count. Regarding grooming behavior it has been observed that the total of self-grooming, as well as, allogrooming events influenced the tick count evaluated, and that there is a negative correlation with the tick number, helping to reduce this parasite, especially in Nellore. On 1, 4, 6 and 7 days after infestation and at the times 7:00, 9:00 and 12:00 h animals performed more grooming events when compared to other periods. According to the large scale gene expression results, there was no difference within genetic groups. The comparison between the groups before and after 24 hours infestation showed that 1,502 genes were differentially expressed. Of these, 851 were activated and 651 had reduced expression after challenge. The microarray experiment was validated by quantitative real time PCR. 12 Among the genes and pathways activated in response to tick, the chemokine genes, MAPK signaling pathways and Jak-Stat, cytokine receptors, complement and focal adhesion molecules as well as calcium channel genes stood out. Such genes and pathways can be identified as candidates to play the role of host protection at this time of bovine parasitic cycle. In this way, it was observed that mechanisms as grooming and increase of mast cells should confer resistance to tick. Furthermore, we found metabolic pathways that were not previously described in the literature may be novel targets for the development of strategies prevent tick infestation, as vaccines and drugs. / Entre os principais problemas da pecuária brasileira está o parasitismo por carrapatos da espécie Rhipicephalus (Boophilus) microplus. Assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar a resposta de bovinos de três grupos genéticos infestados com R. microplus. Para isso, amostras de pele de fêmeas Nelore (NX) e cruzadas, Senepol x Nelore (SN) e Angus x Nelore (TA), foram coletadas, antes e após a infestação artificial com larvas de R. microplus para análises de expressão gênica e de histologia. Foram também coletados pelos e realizada análise comportamental visando relacioná-los com a carga parasitária dos animais. Foi verificada diferença significativa (P<0,01) para a contagem de carrapatos entre os três grupos avaliados, sendo que os animais TA (0,92±0,07) apresentaram maiores médias e o grupo NX (0,28±0,07), a menor média. Na contagem diferencial de leucócitos, animais TA tiveram maiores (P<0,05) quantidades de monócitos que NX, não diferindo de SN. Não houve diferença significativa para os outros leucócitos avaliados. Entretanto, o grupo genético NX teve maiores médias (P<0,01) de mastócitos que SN e TA. NX apresentou mais células TCD4 que TA, não diferindo de SN. Foi observada correlação negativa entre o número de carrapatos e de células TCD4. Nas análises de pelo e pelame, o grupo genético TA apresentou maiores valores das características comprimento médio de pelo (CP) e densidade de massa (DM) dos pelos que SN e NX (p < 0,05), que não diferiram entre si. Já para as características de número de pelos por amostra e número de pelos/cm2, NX apresentou maiores médias (p < 0,05) que SN e TA, que não diferiram entre si. Os resultados da correlação de Pearson indicaram que CP e DM têm correlação positiva (P<0,05) com a contagem de carrapatos. Na análise de comportamento foi possível observar que o total dos eventos de auto-limpeza (grooming) avaliados influenciou a contagem de carrapatos e que há correlação negativa com o número de carrapatos, auxiliando a redução desse parasita, especialmente na raça Nelore e que nos dias 1, 4, 6 e 7 após a infestação e nos horários das 7:00, 9:00 e 12:00 h os animais realizaram mais eventos de grooming, quando comparados aos outros períodos. De acordo com os resultados de expressão gênica em larga escala das amostras de pele, não foi possível observar influência do grupo genético na expressão dos genes. A comparação entre os grupos antes e depois da infestação mostrou que 10 1502 genes foram diferencialmente expressos. Desses, 851 foram ativados e 651 tiveram sua expressão reduzida após o desafio. Os resultados encontrados no experimento de microarranjos foram validados por PCR quantitativo em tempo real. Entre os genes e vias metabólicas ativados na resposta ao carrapato destacaram-se as quimiocinas, os genes de sinalização das vias MAPK e Jak-Stat, os receptores de citocinas, do complemento e de moléculas de adesão focal. Tais vias e genes podem ser apontados como candidatos a desempenhar papel de proteção do hospedeiro bovino nesse período do ciclo parasitário. Dessa maneira, foi possível observar que mecanismos como, comportamento de auto-limpeza e aumento no número de mastócitos devem conferir resistência ao carrapato. Além disso, foram encontradas vias metabólicas ainda não descritas na literatura que podem ser novos alvos para o desenvolvimento de estratégias de combate ao carrapato, como vacinas e fármacos.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DoutLC.pdf: 1520700 bytes, checksum: 193ba10f325eff853b61452a9f53ad75 (MD5) Previous issue date: 2003-11-21 / Universidade Federal de Sao Carlos / The Serra da Mantiqueira is located in the southeastern region of Brazil, and is a landmark for the political division between the São Paulo and Minas Gerais States, serving as an effective water divisor for the Paraíba do Sul and Paraná Rivers. This way, the Serra da Mantiqueira may act as an expressive biogeographic barrier for the isolation of the ichthyofaunas of these hydrographic basins. The present work was carried out with ten fish species (Characidium gomesi, C. cf. zebra, C. lauroi, C. cf. alipioi, Parodon sp., P. tortuosus, Astyanax fasciatus, A. parahybae, Hyphessobrycon anisitsi e Rhamdia sp.), belonging to four distinct families, representing the ichthyofaunas of this limiting region between some tributaries of the Paraíba do Sul River and some drainage rivers of the Sapucaí River, Paraná basin. The cytogenetic studies aimed the chromosomal characterization and the comparative analysis between the species of these ichthyofaunas. Among the main results obtained in the present work, we highlight: the karyotypical descriptions of the ten species previously mentioned; the discovery of a new species for the genus Parodon; the description of three new ZZ/ZW sex chromosome systems; and the discovery of two new cases of natural triploidies, one of them being associated to the B chromosome. The studies also permitted the formulation of hypotheses on the possible causes of the origin of the chromosome diversity found in the species of this region, the verification of the role the Serra da Mantiqueira has in the isolation and biogeographic distribution of the ichthyofaunas involved, and also the correlations between the species of the two hydrographic basins. / A Serra da Mantiqueira está localizada na região sudeste do Brasil e é um marco na divisa política entre os estados de São Paulo e Minas Gerais, servindo como um efetivo divisor de águas entre as bacias formadas pelos rios Paraíba do Sul e Paraná. Assim, a Serra da Mantiqueira pode atuar como uma expressiva barreira de isolamento biogeográfico para as ictiofáunulas dessas bacias hidrográficas. O presente trabalho foi desenvolvido com dez espécies de peixes (Characidium gomesi, C. cf. zebra, C. lauroi, C. cf. alipioi, Parodon sp., P. tortuosus, Astyanax fasciatus, A. parahybae, Hyphessobrycon anisitsi e Rhamdia sp.), pertencentes a quatro distintas famílias, representantes das ictiofáunulas dessa região limítrofe entre alguns tributários do rio Paraíba do Sul e de alguns riachos da drenagem do rio Sapucaí, bacia do Paraná. Os estudos citogenéticos objetivaram a caracterização cromossômica e análise comparativa entre as espécies dessas ictiofáunulas. Como resultados principais obtidos no presente trabalho, destacam-se:descrições cariotípicas das dez espécies acima relacionadas, descoberta de uma nova espécie do gênero Parodon, descrições de três novos casos de sistema de cromossomos sexuais do tipo ZZ/ZW, descoberta de dois novos casos de triploidias naturais, sendo um deles associado ao cromossomo B. Os estudos realizados ainda permitiram a formulação de hipóteses sobre as possíveis causas da origem da diversidade cromossômica encontrada nas espécies dessa região, a verificação do papel da Serra da Mantiqueira no isolamento e na distribuição biogeográfica das ictiofáunulas envolvidas, bem como as correlações entre as espécies das duas bacias hidrográficas.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2014. / Submitted by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2015-10-29T16:48:27Z No. of bitstreams: 1 2014_RonyereOlegáriodeAraújo.pdf: 4270132 bytes, checksum: b8eb31c01bc20ef717b29e72f0b56d8e (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2015-11-03T16:38:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_RonyereOlegáriodeAraújo.pdf: 4270132 bytes, checksum: b8eb31c01bc20ef717b29e72f0b56d8e (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-03T16:38:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_RonyereOlegáriodeAraújo.pdf: 4270132 bytes, checksum: b8eb31c01bc20ef717b29e72f0b56d8e (MD5) / Desenvolvimento de um painel de marcadores snp de baixa densidade e análise de desequilíbrio de ligação de polimorfismos em genes candidatos em bovinos da raça Girolando. Ronyere Olegário de Araújo e Alexandre Rodrigues Caetano – Pesquisador PhD, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, Brasília/DF. A crescente evolução de tecnologias tornaram possível analisar o genoma de várias espécies, compreender suas funções dentro dos sistemas biológicos e, sobretudo, começar a entender os mecanismos que controlam as interações entre os genótipos e os efeitos ambientais que estão envolvidos com a expressão de características de interesse econômico. O objetivo deste trabalho foi desenvolver e validar um painel personalizado a partir de um ensaio de 384 marcadores SNP localizados em genes candidatos que afetam características de produção, doenças genéticas, e para controle de parentesco, em animais da raça Girolando. Um total de 576 animais foram testados com o painel de 384 SNPs. Os SNPs selecionados foram usados para construir um painel baseado na tecnologia GoldenGate®. Os dados brutos da genotipagem foram analisados com o Módulo de Genotipagem do programa GenomeStudio, V2010.1, utilizando parâmetros padrão para clusterização dos dados de cada SNP. Como critério de filtragem dos SNPs e das amostras foram adotados os parâmetros: Separação de Clusters, Frequência de Genotipagem e a Taxa de Genotipagem. Após aplicação destes critérios, o arquivo final ficou composto de 249 SNPs e 419 animais. Após aplicação dos critérios de filtragem, foi possível observar uma diminuição da proporção de SNPs polimórficos (53,4%). Deste painel, 72 e 47 SNPs, estavam localizados nos cromossomos BTA06 e BTA14, respectivamente, e foram utilizados para os estudos de desequilíbrio de ligação - DL (parâmetros D’ e r2) e construção de blocos de haplótipos. As estimativas dos valores de DL entre os SNPs variaram de moderada à baixa magnitude, entre si e entre os BTAs. Para o parâmetro D’, a menor estimativa foi obtida para o BTA15 (0,0954) e a maior para o BTA24 (0,5311). Por outro lado, o parâmetro r2 apresentou menor estimativa no BTA17 (0,0011) e a maior no BTA22 (0,0834). Observou-se na população estudada a existência de 32 haplótipos em seis regiões do BTA06, com frequências observadas variando de 0,011 a 0,970. O número de SNPs capturados (TagSNPs) no BTA6 variou de 2 a 4 entre as regiões estruturadas e a distância entre eles variou de 75 a 70.177 pb. Para o BTA14, a estimativa de DL revelou a existência de 13 haplótipos em 4 regiões deste cromossomo, com frequências observadas variando de 0,023 à 0,589. Em geral, o número de SNPs capturados entre as regiões estruturadas no BTA14 foi igual a 2 e a distância entre eles variou de 225 a 17.284 pb, o que reduz em 50% os esforços no processo de genotipagem para cada uma das regiões gênicas estruturadas. Os resultados deste trabalho permitiram a caracterização de estruturas de blocos de haplótipos, em regiões genômicas relacionados com características de interesse zootécnico em animais da raça Girolando e poderão ser utilizados em estudos de associação entre essas regiões com características produtivas. _______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Development of a low density SNP marker panel and analysis of linkage disequilibrium of polymorphisms in candidate genes in Girolando cattle. Ronyere Olegário de Araújo and Alexandre Rodrigues Caetano – Research PhD, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, Brasília/DF. Recent technological advances made it possible to analyze the genomes of several species, understand their function within biological systems, and above all allow for initial understanding of mechanisms that control interactions between genotypes and environmental effects that are involved in the expression of traits of economic interest. The objective of this study was to develop and validate a custom panel with 384 SNP markers located in candidate genes affecting production traits, genetic diseases, and that could be usef for paternity control in Girolando cattle. A total of 576 animals were tested with 384 SNP panel using GoldenGate® technology on a BeadExpress platform. Raw genotyping data were analyzed with the Genotyping Module in the GenomeStudio platform v2010.1 using standard parameters for clustering the data from each SNP. Data quality control and filtering was performed usingthe following parameters: Clusters separation, Genotyping Frequency and Genotyping Rate. After application of those criteria the final dataset was composed of 249 SNPs and 419 animals. After applying QC criteria, we observed a decrease in the proportion of polymorphic SNPs (53.4%). The panel contained 72 and 47 SNPs from chromosomes BTA06 and BTA14, respectively. Linkage disequilibrium studies - LD (parameter D' and r2) and construction of haplotype blocks were performed. Estimates of LD values between SNPs ranged from moderate to low magnitude among themselves and between BTAs. For the parameter D', the lowest estimate was obtained for the BTA15 (0.0954) and the highest estimated in BTA24 (0.5311). Conversely, r2 showed the lowest estimates in BTA17 (0.0011) and higher in BTA22 (0.0834). A total of 32 haplotypes in six regions of BTA06 with frequencies ranging from 0.011 to 0.970 were observed. The number of SNPs captured (TagSNPs) in BTA6 ranged from 2 to 4 between the structured regions and the distance between them ranged from 75 to 70177 pb. For BTA14, estimated LD revealed 13 haplotypes in four regions of the chromosome with observed frequencies ranging from 0.023 to 0.589. In general, the number of SNPs captured between the structured regions in BTA14 was equal to 2 (the own TagSNP and the adjacent SNP) and the distance between them ranged from 225 to 17284 pb, which could result in reductions of 50% in genotyping efforts for each gene structured regions. These results allowed the characterization of haplotype block structures in genomic regions related to traits of interest in Girolando cattle and will be useful for performing association studies between the characterized regions with production traits.