Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2016-08-02T15:07:16Z No. of bitstreams: 1 Lucemberg de Araujo Pedrosa.pdf: 3265244 bytes, checksum: 674b5892ba98761c5fb9c4acb7dd8e2c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-02T15:07:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lucemberg de Araujo Pedrosa.pdf: 3265244 bytes, checksum: 674b5892ba98761c5fb9c4acb7dd8e2c (MD5) Previous issue date: 2013-07-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Due to the large amount of data that is generated in the area of molecular genetics the need of new fast and precise methods for data analysis is increasingly needed. In the present study we discuss the concept of entropy to analyse DNA sequences, where the notion of entropic distance is defined. In order to check its efficiency the Mantel test was performed, which makes the correlation between the two distances matrices, the entropic distance and the genetic distance in which the Jukes - Cantor (JC69) distance. Nine types of genetic sequences were analysed, first the gene BoLA, where was conducted a more detailed study, showing a descriptive statistics and performing the dendograms. Subsequently sequences of larger size were analyzed, the stingless bees Melipona quinquefasciata, and finaly a much larger sequence, the chromosome 5 of Homo Sapiens. 6 simulations were also conducted to verify the behavior of results, in each of these three analysis the alignment was performed before the JC69 distance. It was possible to obtain good results when used the conditional entropy, which was introduced the concept of entropy in blocks, the method proved to be more effective in very long sequences. / Diante da grande quantidade de dados que é gerada na área da genética molecular, sente-se cada vez mais a necessidade de novos métodos para análise dos dados de maneira rápida e precisa. Assim, no presente estudo abordamos o conceito de entropia para análise de sequências de DNA, onde utiliza-se a distância entrópica. Para verificar a sua eficiência foi realizado o teste de Mantel, que faz a correlação entre as duas matrizes de distâncias, a distância entrópica e a distância genética, na qual foi utilizada a distância de Jukes – Cantor (JC69). Foram analisadas nove tipos de sequências genéticas, primeiramente o gene BoLA, onde foi realizado um estudo mais detalhado, mostrando uma estatística descritiva e realizando os dendogramas. Posteriormente analisamos sequências de tamanho maiores, que foram as abelhas sem ferrão Melipona quinquefasciata, e em seguida analisamos sequências muito maiores, o cromossomo 5 do Homo Sapiens. Foram realizadas também 6 simulações para verificar o comportamento dos resultados, em cada uma dessas nove análises foi realizado o alinhamento antes da distância de JC69. Foi possível obter bons resultados quando utilizou-se entropia condicional, onde foi introduzido o conceito de entropia em blocos, o método mostrou ser mais eficiente em sequências de grande comprimento.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2016-08-10T13:59:35Z No. of bitstreams: 1 Rita de Cassia de Lima Idalino.pdf: 2600123 bytes, checksum: 41f878b68e3437742821d874a6955502 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-10T13:59:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rita de Cassia de Lima Idalino.pdf: 2600123 bytes, checksum: 41f878b68e3437742821d874a6955502 (MD5) Previous issue date: 2010-12-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Given the large amount of data that is generated in the field of molecular genetics, is of paramount importance that techniques which allow the organization and interpretation of such data be developed and widely disseminated. Initially, we carried out a composition analysis of three gene sequences of the species: ox (Bos taurus), goat (Capra hircus), and sheep (Ovis aries), then we applied alignment techniques for identification of similarities between them. Subsequently, we used the Markov Chain theory with hidden states, i.e. Hidden Markov Models (HMMs, hereafter), in the application of discrimination problem of homogeneous regions in DNA sequences. We used the Viterbi algorithm as an auxiliary tool to obtain homogeneous regions, and then the Baum-Eelch algorithm in order to maximize the probability of a sequence of observations. We analyzed portions of HSP70.1 and NRAMP-1 genes for three different species. / Diante da grande massa de dados que é gerada na área da genética molecular, é de suma importância que técnicas que possibilitem a organização e interpretação desses dados sejam desenvolvidas e amplamente divulgadas. Inicialmente, neste trabalho, foi realizada uma análise da composição de três sequências genéticas, das espécies Bovina (Bos taurus), Caprina (Capra hircus) e Ovina (Ovis aries), em seguida aplicamos técnicas de alinhamentos para identificação de similaridades entre estas. Posteriormente, utilizamos a teoria das cadeias de Markov com estados ocultos, HMM’s (Hidden Markov Models), na aplicação do problema de discriminação de regiões homogêneas em sequências de DNA. Utilizamos o algoritmo de Viterbi como uma ferramenta auxiliar para obtenção de regiões homogêneas e em seguida o algoritmo Baum-Welch para maximizar as probabilidades de uma sequência de observações. Foram analisados trechos dos genes HSP70.1 e NRAMP-1 para três espécies diferentes.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:07:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Final_Leticia de Castro.pdf: 529055 bytes, checksum: b285c0565af0c730f3734a65427c2422 (MD5) Previous issue date: 2012-03-01 / One of the features that detract Brazilian s beef quality is the lack of tenderness, and that happens because most of their meat comes from Bos indicus animals, known to be less tender than Bos taurus beef. This study was carried out to identify individuals which have higher probabilities to carry meat tenderness genes, as well as mating the progenitors to produce an experimental population to phenotype meat tenderness. The purpose of this study was to analyze the interrelationships among the variables and also to estimate the genetic correlations between meat tenderness feature (WBSF), and growth (PI, PF and GPD) and carcass (EG, P8 and AOL) features. The data were from Guaporé Agropecuária s OB Choice Program. Factor analysis and canonical correlations were used to analyze the phenotypic relationships. The covariance components and genetic parameters were estimated using Gibbs Sampling method. The heritability estimated for shear force trait was of a low magnitude (0.11). Thus, based on the principle of identical genes probability by ancestry to identify individuals which have higher probabilities to carry meat tenderness genes, two segregating populations were formed. A lack of phenotypical correlations between the WBSF trait and the other measured productive traits was also observed. The genetic correlations between WBSF and the other evaluated traits were of a low magnitude, with values of -0.15; -0.18; -0.13; 0.10; -0.12 and 0.18, between WBSF and PI, PF, GPD, EG, P8 and AOL, respectively. The results of this study support the conclusion that tenderness selection will not affect the selection of other economic traits and vice-versa. For a better knowledge of the genetic relationships between WBSF and other traits for Polled Nellore breed more studies are required. / O Brasil se apresenta como o maior exportador em volume de carne e não em valores financeiros, onde se destacam outros países, como EUA, Austrália e Argentina. Uma das características que depreciam a qualidade da carne bovina brasileira é a falta de maciez, isso porque a grande maioria dessa carne vem de animais com maior proporção genética zebuína, sabidamente menos macia do que as raças de corte taurinas. Objetivou-se com este estudo, identificar indivíduos que apresentem alta probabilidade de serem portadores de genes favoráveis à maciez, bem como acasalar os progenitores e produzir animais experimentais para fenotipagem de maciez da carne. Foi proposto também, analisar os inter-relacionamentos entre as variáveis, além de estimar as correlações genéticas entre as características de maciez (WBSF), crescimento (PI, PF e GPD) e carcaça (EG, P8 e AOL) dos animais avaliados. Foram utilizados dados do Programa OB Choice da Guaporé Agropecuária. Para análises de relacionamentos fenotípicos foram utilizadas análises de fatores e correlações canônicas. Os componentes de variância necessários à obtenção dos parâmetros genéticos foram estimados pelo método da Amostragem de Gibbs. A estimativa de herdabilidade para a característica de força de cisalhamento foi de baixa magnitude (0,11). Para identificar aqueles com alta probabilidade de carregar genes favoráveis à maciez, e, por meio de técnicas de acasalamento otimizado, formar as duas populações segregantes, baseou-se no princípio da probabilidade de genes idênticos por descendência. Observou-se ausência de correlações fenotípicas entre WBSF e as outras características produtivas avaliadas. As correlações genéticas entre WBSF e as outras características foram de baixa magnitude, com valores de -0,15; -0,18; -0,13; 0,10; -0,12 e 0,18, entre WBSF e PI, PF, GPD, EG, P8 e AOL, respectivamente. Os resultados desse estudo sugerem que, a seleção para a maciez não influenciará na seleção de outras características de interesse econômico e vice-versa. São necessários mais estudos para um melhor conhecimento sobre as relações genéticas de WBSF e outras características produtivas em bovinos da raça Nelore Mocho.

Made available in DSpace on 2015-09-25T12:18:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Francisco Pires de Castro Junior.pdf: 1073998 bytes, checksum: 0a983b393aefcf1ab9cbbfd9564a9389 (MD5) Previous issue date: 2010-02-04 / The efficiency of a program to control Aedes aegypti depends on the knowledge about the biological and genetic variations that occur between their populations. The present study addressed to compare the life cycles patterns and genetic variability among populations of A. aegypti collected in different regions of Paraiba semi-arid. Life cycles were studied at environmental temperature (26 ± 2ºC, relative humidity of 60 ± 10% and photophase of 12 hours), the period of development and viability of egg phases, larva and pupa, sex ratio, longevity, fecundity and size of adults were evaluated daily. Beyond these variables grouping analysis (Cluster Analysis), using a matrix of Euclidean distance by the method of unweighted average was used. The Analysis of gene structure of populations was carried out by total DNA extractions and RAPD-PCR analysis. Phase s durations of egg, larva and pupa varied from 3.79 to 4.79 days, 9.15 to 10.89 days and 2.18 to 2.59 days, respectively. Adults longevity of A. aegypti means variation from 37.82 to 58.29 days for males and from 40.03 to 73.07 days for females. Populations of A. aegypti from Serra Branca and Cuité cities presented major similarity in relation to the formed groupings. Genetic variability indexes showed highest diversity in Barra de Santana population (P = 93.33%, H = 0.373), however, it was lowest in Cuité population (P = 60.00%, H o o = 0.171). According to the results it was verified that there is a distinct pattern of development among populations of A. aegypti from different municipalities of Paraíba semi-arid. Genetic diversity heterozygosity H and polymorphisms indexes suggest a high intrapopulation genetic variation and low interpopulation variability. Such fact may indicate constant migration of the vectors to these locations with high number of individuals. / A eficiência de um programa de controle do Aedes aegypti depende do conhecimento sobre as variações biológicas e genéticas que ocorrem entre as suas populações. A presente pesquisa teve por objetivo comparar os padrões dos ciclos de vida e variabilidade genética entre populações de A. aegypti coletadas em diferentes regiões do semi-árido paraibano. Os ciclos de vida foram estudados a temperatura ambiente de 26 ± 2º C, umidade relativa de 60 + 10% e fotofase de 12 horas. Diariamente avaliou-se o período de desenvolvimento e a viabilidade das fases de ovo, larva e pupa, razão sexual e longevidade, fecundidade e comprimento de asas dos adultos. Alèm destas variáveis foi realizada, uma análise de agrupamento ( Cluster analyses ), utilizando-se uma matriz de distância euclidiana através do método da média nãoponderada. A análise da estrutura gênica das populações foi realizada através das Extrações de DNAs totais e análise por RAPD-PCR. As durações das fases de ovo, larva e pupa, variaram de 3,79 a 4,79 dias, 9,15 a 10,89 dias e de 2,18 a 2,59 dias, respectivamente. A longevidade dos adultos de A. aegypti apresentou uma variação de 37,82 a 58,29 dias para os machos e 40,03 a 73,07 dias para as fêmeas. As populações de A. aegypti de Serra Branca e Cuité apresentam maior similaridade, em relação aos agrupamentos formados. Os índices de variabilidade genética apresentaram maior diversidade na população de Barra de Santana (P = 93,33 %; H o = 0,373) e o menor na população de Cuité (P = 60,00%; H = 0,171). Em função dos resultados verificou-se que há um padrão diferenciado de desenvolvimento entre as populações de A. aegypti procedentes de diferentes municípios do semi-árido paraibano. Os índices de diversidade genética heterozigosidade H o o e polimorfismos sugerem elevada variação genética intrapopulacional e baixa variabilidade interpopulacional. Tal fato pode indicar constantes migrações de vetores para essas localidades com elevado número de indivíduos.

Polifosfato inorgânico (PPi) é um polímero linear formado por diversas moléculas de ortofosfato (Pi) unidas por ligações fosfoanidridas de alta energia. Bactérias da espécie Pseudomonas aeruginosa acumulam grandes quantidades de PPi. Moléculas de Pi são captadas do meio através de dois sistemas de transporte. O principal deles é o sistema Pst, que possui alta afinidade por seu substrato. Pst é codificado por um operon de mesmo nome, formado por cinco genes. Os quatro primeiro genes codificam para as proteínas envolvidas no transporte de Pi, sendo que o último gene do operon, phoU, codifica para uma proteína cuja exata função é desconhecida. Com o objetivo de elucidar o papel deste gene e avaliar a sua relação com o acúmulo de PPi, foi construída uma mutação phoU na cepa PA14 de P. aeruginosa. O mutante não só apresentou uma maior capacidade de acumular PPi mas também se mostrou mais sensível a estresses ambientais e a antibióticos. Os resultados obtidos indicam que o gene phoU possui uma função regulatória sobre o acúmulo de PPi. O mutante phoU também apresentou níveis mais altos da molécula de alarme guanosina tetrafosfato (ppGpp). Foi proposto um modelo que explica a relação entre o gene phoU, o acúmulo de polifosfato e ppGpp. O mutante phoU foi também cultivado em cultura contínua em um quimiostato limitado em Pi por 13 dias. Diversos ensaios fenotípicos foram realizados com bactérias isoladas do quimiostato. Estes apresentaram algumas características fisiológicas distintas da cepa ancestral. / Inorganic polyphosphate (PPi) is a linear polymer composed of several molecules of orthophosphate (Pi) linked by energy-rich phosphoanhydride bonds. Bacteria of the species Pseudomonas aeruginosa accumulate large amounts of PPi. Pi molecules are captured via two trasport systems. The main one is the Pst system, which has high affinity for its substrate. Pst is encoded by an operon of the same name, consisting of five gene. The first four genes encode proteins involved in the transport of Pi and the last gene of the operon, phoU, encodes a protein whose exact function is unknown. To elucidate the role of phoU and its relation to PPi accumulation, a phoU mutant was constructed in strain PA14 of P. aeruginosa. The mutant accumulated high levels of PPi but was more sensitive to environmental stresses and antibiotics. The results indicate that phoU plays a regulatory role in the accumulation of PPi. The phoU mutant also displays high levels of the alarmone guanosine tetraphosphate (ppGpp). A model that explains the relation between phoU, ppGpp and polyphosphate accumulation is proposed. The phoU mutant was grown under steady-state conditions in a chemostat limited Pi for 13 days. Phenotypic assays performed with the bacteria isolated from the chemostat showed they acquired some distinct physiological characteristics.

A síndrome de Kallmann (SK) é um distúrbio raro, caracterizado pela presença do Hipogonadismo Hipogonadotrófico Idiopático (HHI) associado à anosmia ou hiposmia (ausência ou déficit no sentido do olfato, respectivamente). O HHI tem como principal causa a deficiência do hormônio liberador de gonadotrofina (GnRH), com heterogeneidade genética significativa. Clinicamente é caracterizada por níveis plasmáticos baixos dos hormônios luteinizante (LH) e folículo-estimulante (FSH) associados com baixas concentrações de esteroides sexuais. O estabelecimento de um fenótipo cognitivo claro da SK pode ajudar na compreensão sobre o desenvolvimento das funções cognitivas humanas e a informar para um melhor manejo do paciente, com um acompanhamento mais apropriado. Neste estudo foi realizada uma bateria de avaliação neuropsicológica, caracterizando aspectos referentes aos quocientes intelectuais, atenção, funções executivas, memória, linguagem e habilidades visuoespaciais. Como resultados, o grupo de participantes diagnosticado de SK apresentou desempenho inferior em todas as áreas avaliadas, quando comparado ao grupo controle. Todavia, seu desempenho de maneira geral esteve dentro das faixas média e média-inferior, caracterizando assim um déficit leve das funções neuropsicológicas avaliadas. A memória declarativa de longa duração, no entanto, no grupo clínico esteve bastante prejudicada, com classificação dentro do espectro deficitário. Este resultado, aliado ao desempenho inferior em atividades que exigiam um julgamento de origem temporal e ao comprometimento da aprendizagem de associações condicionais arbitrárias (entre estímulos e respostas), sugere que a maior característica cognitiva presente no grupo clínico está na dificuldade de reter e selecionar informações apropriadas dentre os diversos estímulos e não apenas na recuperação destas informações. / The Kallmann syndrome (KS) is a rare disorder characterized by the presence of hypogonadotropic hypogonadism Idiopathic (IHH) associated with anosmia or hyposmia (absence or deficit in the sense of smell, respectively). The HHI\'s main causes deficiency of gonadotropin-releasing hormone (GnRH), with significant genetic heterogeneity. Clinically, it is characterized by low plasma levels of luteinizing hormone (LH) and follicle stimulating hormone (FSH) associated with low concentrations of sex steroids. The establishment of a clear cognitive phenotype of SK can help in understanding the development of human cognitive functions and to report to a better management of the patient with a more appropriate accompaniment. In this study a battery of neuropsychological evaluation was performed, featuring aspects of intellectual quotients, attention, executive functions, memory, language and visuospatial skills. As a result, the diagnosed group of participants of KS showed lower performance in all areas evaluated, when compared to the control group. However, its performance in general was in the middle and lower-middle ranges, characterizing a slight deficit of assessed neuropsychological functions. The declarative memory of long term, however, in the clinical group was significantly impaired classified within the spectrum deficit. This result, coupled with lower performance in activities requiring a judgment of temporal origin and impairment of learning arbitrary conditional associations (between stimuli and responses), suggests that higher cognitive feature present in the clinical group is the difficulty of retaining and select information appropriate from the various stimuli, not just the recovery of this information.

Este trabalho teve como objetivos a identificação de sequências 18S rDNA amplificadas de Cryptosporidium spp. de diversas espécies de hospedeiros e avaliar variabilidade em sequências gênicas deste lócus, com vistas ao desenho de sondas moleculares com melhor eficiência diagnóstica para detecção e identificação deste parasito. Foram coletadas 392 amostras de animais domésticos (bovinos, eqüinos, suínos, ovinos, cães e felinos) de 98 propriedades rurais do município de Teodoro Sampaio, Estado de São Paulo, 474 de aves silvestres de cativeiro de diversas famílias, provenientes de criadouros comerciais do Estado de São Paulo e criadas como estimação, 141 de sagüis de cativeiro do Estado de São Paulo, e 24 de humanos imunodeprimidos provenientes de hospital do município de São Paulo. As amostras foram submetidas a prova coproparasitológica e molecular para detecção e identificação de Cryptosporidium. Alinhamentos múltiplos obtidos de seqüências 18S rDNA de Cryptosporidium spp. determinadas neste estudo e de sequências recuperadas do Genbank foram analisados visualmente para a definição das regiões polimórficas. Após a definição das regiões polimórficas, foram realizadas análises filogenéticas empregando-se separadamente cada uma delas. Pelo exame coproparasitológico foi encontrado positividade em amostras de nove (4,57%) bovinos, três (11,11%) cães, 41 (8,64%) aves silvestres, 13 (9,20%) sagüis e todas as de humanos. As outras espécies de animais domésticos não apresentaram positividade para o parasita no exame coproparasitológico. Nos bovinos foi encontrado o Cryptosporidium Andersoni, em cães o Cryptosporidium canis, em sagüis o Cryptosporidium parvum e em humanos, C. parvum, Cryptosporidium hominis, Cryptosporidium felis e C. canis. Dentre as amostras de aves nenhuma foi identificada como Cryptosporidium meleagridis. As amostras de curiós (Oryzoborus angolensis) foram classificadas como Cryptosporidium galli, com exceção de uma, identificada como Cryptosporidium baileyi. C. galli foi encontrado também em um Sabiá Laranjeira (Turdus rufiventris), um Picharro (Saltator similis), dois canários e um Pintassilgo (C. carduelis). C. baileyi foi encontrado em um pintassilgo (Carduelis carduelis) um Pichochó (Sporophila frontalis), um Galo da Campina (Paroaria dominicana) e dois Canários (Sicalis flaveola). Pelos resultados, duas regiões polimórficas em sequência 18S rDNA de Cryptosporidium spp. (denominadas regiões 1 e 3) permitiram discriminar as diferentes espécies neste gênero de parasita, podendo ser utilizadas isoladamente como marcadores moleculares para identificação molecular dentro deste gênero. Saguis (Chalitrix spp.) de cativeiro são espécies susceptíveis a infecção por Cryptosporidium parvum apresentando-se como um hospedeiro de importância epidemiológica para esta zoonose. Curiós (O. angolensis) de cativeiro são espécies susceptíveis a infecção por Cryptosporidium galli apresentando-se como hospedeiro de importância epidemiológica para esta espécie de parasito. A não detecção de Cryptosporidium parvum em animais domésticos na região de Teodoro Sampaio, Estado de São Paulo, mostra uma condição sanitária favorável, já que este agente é causador de importante zoonose. A presença de espécies de Cryptosporidium spp. adaptadas a animais domésticos (como o C. felis e o C. canis) em humanos na cidade de São Paulo mostra que estes animais podem desempenhar importante papel na cadeia epidemiológica da criptosporidiose humana. / The objectives of this study were to identify 18S rDNA sequences of Cryptosporidium spp. From various species of hosts and to avaluate the variability in gene sequences of this locus, aiming the design of molecular probes with better diagnostic efficiency for the detection and identification of this parasite. It was collected 392 samples of domestic animals (cattle, horses, pigs, sheeps, dogs and cats) of 98 rural properties of Teodoro Sampaio city, São Paulo State, 474 captive wild birds of various families, from pet and comercial breeding in São Paulo State, 141 captive marmosets, of São Paulo State, and 24 immunossupressed humans from a São Paulo city hospital. The samples were submitted to coproparasitological and molecular tests for the detection and identification of Cryptosporidium. Multiple alignment of Cryptosporidium 18S rDNA sequences, that was determinated in this study and other download from GenBank were visually inspected in order to define polymorphic regions. After the definition of polymorphic regions, phylogenetic trees were reconstructed using each polymorphic region. Cryptosporidium spp. Were found by using coproparasitological tests in nine (4,57%) samples of cattle, tree (11,11%) dogs, 41 (8,64%) wild birds, 13 (9,20%) marmosets and all human samples. The other animal species were negative by coproparasitological tests. In cattle it was found Cryptosporidium andersoni, in dogs Cryptosporidium canis, in marmosets Cryptosporidium parvum and in humans, C. parvum, Cryptosporidium hominis, Cryptosporidium felis e C. canis. Among the samples of birds Cryptosporidium meleagridis was not found. All the samples of lesser seed-finch (Oryzoborus angolensis) were classified as Cryptosporidium galli, except for that from one individual with was identified as Cryptosporidium baileyi. Cryptosporidium galli was also found in one rufous-bellied thrush (Turdus rufiventris), one green-winged saltator (Saltator similis), two saffron finch (Sicalis flaveola) and one eurasian goldfinch (Carduelis carduelis). C. baileyi was found in one eurasian goldfinch (C. carduelis), one buffy-fronted seedeater (Sporophila Frontalis), one red-cowled cardinal (Paroaria dominicana) and two saffron finch (S. flaveola). From the results two polymorphic regions within 18S rDNA sequences of Cryptosporidium spp. (named as regions 1 and 3) enabled the discrimination of the different species in this genera, and then could be used alone as molecular markers for identification within this genera. Captive marmosets (Chalitrix spp.) are susceptible species for Cryptosporidium infection, presenting itself as an important source of infection for this zoonosis. Captive lesser seed-finch (Oryzoborus angolensis) are susceptible species for Cryptosporidium galli infection presenting itself as an epidemologic important host for this parasite. The absence of Cryptosporidium parvum in domestic animals of Teodoro Sampaio, São Paulo State, is indicative of a favorable health condition, as C. parvum is an agent causative of an important zoonosis. The presence of Cryptosporidium spp. species adapted to domestic animals (as C. felis and C. canis) in humans at São Paulo State indicate that these animals could play an important role in the epidemiology of human cryptosporidiosis.

Orientador: Egle Cristina Couto de Carvalho / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-21T14:08:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Simoni_RenataZaccaria_D.pdf: 2332845 bytes, checksum: fc29ed8709fbdf31408d1968e76a01a0 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: Contexto e objetivo: Algumas malformações congênitas têm origem vascular, e a trombose durante a organogênese já foi aventada como possível mecanismo para esta ocorrência. O objetivo deste estudo foi avaliar a associação entre trombofilia fetal e malformações de origem vascular. Tipo de estudo e local: Foi realizado um estudo caso-controle, desenvolvido no ambulatório de Medicina Fetal do CAISM UNICAMP, de 2005 a 2010. Métodos: Foram incluídos no estudo 100 fetos com malformações de sistema nervoso central (SNC), gastrosquise, limb body wall e redução de membros (casos), submetidos a cordocentese como rotina do serviço, cujos resultados de cariótipo foram normais. Como controles, foram incluídos 100 fetos sem malformações cujo sangue de cordão fora previamente doado para o Banco de Sangue de Cordão do HEMOCENTRO UNICAMP. A pesquisa das mutações Fator V de Leiden, G20210A-FII e C677T-MTHFR foi realizada no sangue fetal dos dois grupos, e os resultados foram comparados. A análise descritiva foi feita utilizando Qui-quadrado e Teste Exato de Fisher. Para avaliar a associaçãoo entre as variáveis, foram utilizados o teste de Wilcoxon e a regressão logística. Resultados: Foram incluídos 78 fetos com malformações de SNC, 14 com gastrosquise, 3 com redução de membros e 2 com limb body wall. As mutações fator V de Leiden e G20210A-FII não foram encontradas nos casos e nos controles. A mutação C677T-MTHFR foi encontrada na forma heterozigota (CT) em 24 casos (24,8%) e em 6 controles. A mutação homozigota (TT) foi encontrada em 7 casos (7,2%) e em 1 controle. Estas diferenças foram estatisticamente significativas (p<0,0001). Quando avaliados os fetos com malformações de SNC (Artigo 1), a mutação CT foi encontrada com frequência significativamente maior nos casos do que nos controles (OR 10.309 IC95% 3.344-32.258), e a mutação TT também mostrou diferença significativa (OR 12.346 IC95% 1.388-111.11). A avaliação dos 14 fetos com gastrosquise (Artigo 2) não mostrou diferenças significativas quanto à presença da mutação CT ou TT entre os casos e os controles. Conclusão: A presença da mutação C677T-MTHFR no sangue fetal mostrou associação com malformações de SNC, tanto na forma homozigota quanto heterozigota / Abstract: Context and objective: Some congenital malformations have vascular origin, and a thrombosis during organogenesis is a possible mechanism for them. The aim of this study was to evaluate the association between fetal thrombophilia and malformations of vascular origin. Study type and location: A case-control study was performed at the Fetal Medicine Outpatient Clinic of CAISM UNICAMP, from 2005 to 2010. Methods: Ninety-seven fetuses with central nervous system malformations, gastroschisis, limb body wall and limb reduction were included in the study (cases), after routine cordocentesis showed normal karyotype results. A hundred fetuses without malformations were included as controls. These fetuses' cord blood had been donated to the Cord Blood Bank of HEMOCENTRO UNICAMP. DNA was extracted from fetal cord blood to study the mutations Factor V Leiden, G20210A-FII and MTHFR-C677T in both groups. Descriptive analysis was realized using Chi-square and Fisher's Exact Test. Wilcoxon test and logistic regression were used to analise the associations among variables. Results: We found 78 fetuses with central nervous system malformations, 14 with gastroschisis, 3 with member reduction and 2 with limb body wall. The mutations Factor V Leiden and G20210A-FII were not detected in cases nor in controls. The mutation MTHFR-C677T was encountered in 24 cases (24.8%) and in 6 controls its heterozygous form (CT). The homozygous mutation (TT) was found in 7 cases (7.2%) and in one control. These differences were statistically significant (p <0.0001). When the fetuses with central nervous system malformations were evaluated separately (Article 1), the frequency of the CT mutation was significantly higher in cases than in controls (OR 10.309 95% CI 3.344-32.258), as did the TT mutation (OR 12.346 95% CI 1.388-111.11). The 14 fetuses with gastroschisis were also evaluated separately (Article 2), and the results showed no statistically significant differences between cases and controls when concerning to the presence of the mutation MTHFR-C677T. Conclusion: The presence of the mutation MTHFR-C677T in fetal blood was associated with central nervous system malformations, both in homozygous and heterozygous form / Doutorado / Saúde Materna e Perinatal / Doutora em Ciências da Saúde

Os microRNAs são pequenos RNAs importantes na modulação da expressão gênica. O carcinoma papilífero de tireoide (CPT) é responsável pela maior parte dos casos de câncer de tireoide. Mutações somáticas ativam as vias de MAPK e PI3K/AKT e exercem papel importante no desenvolvimento do CPT. Acredita-se que miRNAs regulem genes associados a essas vias. A expressão de miRNAs foi avaliada em amostras parafinadas de CPT caracterizadas quanto à presença da mutação BRAFV600E. A expressão de miRNAs variou devido à heterogeneidade dos tecidos emblocados e entre pacientes, dados importantes quando microRNAs são avaliados como biomarcadores. Microarranjos de DNA mostraram diferenças na expressão de miR-16, miR-19a, miR-21, miR146a, miR-146b, miR-221 e miR-222 entre amostras positivas e negativas para BRAFV600E, indicando um possível papel na modulação de vias influenciadas por esta mutação. Quando amostras adicionais foram analisadas, apenas miR-146b apresentou expressão diferencial entre os dois grupos, ressaltando a variabilidade entre pacientes quanto à expressão de miRNAs. / MicroRNAs are small non-coding RNAs that regulate protein-coding genes. Papillary thyroid cancer (PTC) accounts for most of the thyroid cancer cases. Somatic mutations activate MAPK and PI3K/AKT pathways and play a leading role in PTC. MiRNAs may contribute to the regulation of these pathways. We studied the expression of miRNAs in formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) PTC samples submitted to mutation characterization. Our results show that miRNA expression varies due to embedded sample heterogeneity and that there is great variability in miRNA expression among patients, both important issues when miRNA expression is evaluated as a biomarker. DNA microarray experiments compared BRAFV600E positive and negative samples. MiR-16, miR-19a miR-21, miR146a, MiR-146b, miR-221 and miR-222 were deregulated, indicating a possible implication in BRAF-related pathways. When additional samples were evaluated, only miR-146b presented consistent variation in expression, highlighting variability among patients

O uso de inseticidas do grupo das espinosinas tem sido crescente no manejo de Spodoptera frugiperda (J.E. Smith) no Brasil. Sendo assim, o objetivo do presente trabalho foi fornecer subsídios para a implementação de estratégias de Manejo da Resistência de Insetos (MRI), mediante a condução de estudos de monitoramento e de padrão de herança da resistência de S. frugiperda a spinetoram. Inicialmente foram realizadas linhas-básica de suscetibilidade para definições de concentrações diagnósticas para o monitoramento da resistência, e posteriormente foram conduzidos estudos para estimar a frequência do alelo que confere resistência a este inseticida de S. frugiperda a spinetoram. A caracterização da suscetibilidade foi realizada por meio bioensaio de ingestão mediante tratamento superficial da dieta com o inseticida. Os valores de CL50 estimadas variaram de 0,97 a 2,98 &mu;g de spinetoram /mL (variação de 3 vezes) entre as populações de S. frugiperda testadas. A concentração diagnóstica baseada na CL99 foi de 5,6 &mu;g de spinetoram /mL. Foram verificadas diferenças significativas nas suscetibilidades das populações de S. frugiperda nas safras 2016/17 e 2017/18, com sobrevivência variando de 0 a 30,2% na concentração diagnóstica. Os resultados obtidos evidenciam o aumento da sobrevivência de S. frugiperda a spinetoram ao longo das safras, com maiores sobrevivências registradas em populações coletadas na região Oeste do estado da Bahia. As frequências do alelo que confere resistência a spinetoram, estimadas pelo método de F2 screen, variaram de 0,0107 a 0,1688 nas populações testadas. A linhagem de S. frugiperda resistente a spinetoram foi isolada a partir do método de F2 screen realizado em uma população proveniente da cultura do milho da região Oeste da Bahia coletada na safra de 2016. Os valores de CL50 (95% IC) obtidos pelos bioensaios de concentração-resposta foram de 0,635 (0,555 - 0,730) &mu;g de spinetoram /mL para a linhagem suscetível (SUS) e de 1170,96 (1041,61 - 1323,89) &mu;g de spinetoram/mL para a linhagem resistente a spinetoram (SPT-R), resultando em uma razão de resistência de 1844 vezes. A população SPT-R apresentou alta resistência cruzada com spinosad. Os cruzamentos recíprocos entre as linhagens SUS e SPT-R revelaram que a resistência de S. frugiperda a spinetoram é autossômica e incompletamente recessiva. Os retrocruzamentos da progênie F1 com a linhagem SPT-R evidenciaram que a resistência possui efeito poligênico. A estimativa do número efetivo de loci com contribuições iguais de efeito para a resistência foi de 1,18 a 1,76, sugerindo que a resistência de S. frugiperda a spinetoram está associada a poucos genes. Os resultados apresentados nesse estudo fornecem subsídios para elaboração de programas de MRI para preservar a vida útil de spinetoram para o manejo de S. frugiperda no Brasil. / The use of spynosin insecticides has increased to manage Spodoptera frugiperda (J.E. Smith) in Brazil. Then, the objective of this study was to provide information to implement Insect Resistance Management (IRM) by conducting studies to characterize the baseline susceptibility to spinetoram in Brazilian populations of S. frugiperda, to conduct resistance monitoring and to understand the inheritance of the resistance. Initially, baseline susceptibility studies were conducted to define diagnostic concentration for resistance monitoring, and then we conducted to estimate the frequency of alleles conferring resistance to this insecticide in S. frugiperda. The baseline susceptibility was performed by feeding bioassays using diet-overly treatment with the insecticide. The LC50 values ranged from 0.97 to 2.98 &mu;g spinetoram / mL (3-fold variation). The diagnostic concentration based on LC99 was 5.6 &mu;g spinetoram / mL. There were significant differences in the susceptibilities of S. frugiperda populations in the 2016/17 and 2017/18 growing seasons, with survival rates varying from 0 to 30.2%. These results showed the increase in survival of S. frugiperda to spinetoram across the growing seasons, with highest survival rates in populations of S. frugiperda collected in the Western region of Bahia state. The frequency of alleles conferring resistance to spinetoram, estimated by F2 screen, varied from 0.0107 to 0.1688 in tested S. frugiperda populations. The spinetoram-resistant strain was selected using F2 screen method in a maize field-collected population from Western Bahia region during 2016 growing season. LC50 values (95% CI) obtained from concentration-response bioassays were 0.63 (0.55-0.73) &mu;g spinetoram/mL for the susceptible strain (SUS) and 1170.96 (1041,61 - 1323.89) &mu;g spinetoram/mL for the SPT-R strain, resulting in a resistance ratio of 1,844-fold. The SPT-R strain showed high cross-resistance to spinosad. The reciprocal crosses between SUS and SPT-R showed that the S. frugiperda resistance to spinetoram is autosomal and incompletely recessive. The backcrossing of the progeny F1 with the SPT-R strain showed that the resistance has a polygenic effect. The estimation of the effective number of loci with equal resistance effect contributions was from 1.18 to 1.76, suggesting that the resistance of S. frugiperda to spinetoram is associated to few genes. The results obtained in this study provide information to implement IRM strategies to preserve the lifetime of spinetoram for managing S. frugiperda in Brazil.