Os microRNAs são pequenos RNAs importantes na modulação da expressão gênica. O carcinoma papilífero de tireoide (CPT) é responsável pela maior parte dos casos de câncer de tireoide. Mutações somáticas ativam as vias de MAPK e PI3K/AKT e exercem papel importante no desenvolvimento do CPT. Acredita-se que miRNAs regulem genes associados a essas vias. A expressão de miRNAs foi avaliada em amostras parafinadas de CPT caracterizadas quanto à presença da mutação BRAFV600E. A expressão de miRNAs variou devido à heterogeneidade dos tecidos emblocados e entre pacientes, dados importantes quando microRNAs são avaliados como biomarcadores. Microarranjos de DNA mostraram diferenças na expressão de miR-16, miR-19a, miR-21, miR146a, miR-146b, miR-221 e miR-222 entre amostras positivas e negativas para BRAFV600E, indicando um possível papel na modulação de vias influenciadas por esta mutação. Quando amostras adicionais foram analisadas, apenas miR-146b apresentou expressão diferencial entre os dois grupos, ressaltando a variabilidade entre pacientes quanto à expressão de miRNAs. / MicroRNAs are small non-coding RNAs that regulate protein-coding genes. Papillary thyroid cancer (PTC) accounts for most of the thyroid cancer cases. Somatic mutations activate MAPK and PI3K/AKT pathways and play a leading role in PTC. MiRNAs may contribute to the regulation of these pathways. We studied the expression of miRNAs in formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) PTC samples submitted to mutation characterization. Our results show that miRNA expression varies due to embedded sample heterogeneity and that there is great variability in miRNA expression among patients, both important issues when miRNA expression is evaluated as a biomarker. DNA microarray experiments compared BRAFV600E positive and negative samples. MiR-16, miR-19a miR-21, miR146a, MiR-146b, miR-221 and miR-222 were deregulated, indicating a possible implication in BRAF-related pathways. When additional samples were evaluated, only miR-146b presented consistent variation in expression, highlighting variability among patients

Submitted by JACIARA CRISTINA ALMEIDA DO AMARAL (jaciaramaral@ufpa.br) on 2018-06-11T17:22:36Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) TESE_CLEBSON_FINAL_03_05_2018.pdf: 1299978 bytes, checksum: 3654c1ea7f0b431f1314e0212e4024ee (MD5) / Approved for entry into archive by JACIARA CRISTINA ALMEIDA DO AMARAL (jaciaramaral@ufpa.br) on 2018-06-11T17:23:51Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) TESE_CLEBSON_FINAL_03_05_2018.pdf: 1299978 bytes, checksum: 3654c1ea7f0b431f1314e0212e4024ee (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-11T17:23:51Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) TESE_CLEBSON_FINAL_03_05_2018.pdf: 1299978 bytes, checksum: 3654c1ea7f0b431f1314e0212e4024ee (MD5) Previous issue date: 2018-01-25 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O tipo mais comum de câncer de tireoide é o Carcinoma Papilífero (PTC), que representa 80% de todos os casos de neoplasias que acometem essa glândula. O PTC é um tumor maligno, de evolução lenta, que ocorre em qualquer idade, com maior frequência entre 30 a 40 anos. A via metabólica MAPK é a via mais associada ao PTC. Dentre as muitas proteínas que atuam nessa via e que se encontram alteradas nos casos de PTC, destacam-se aquelas codificadas por genes pertencentes às famílias RAS e BRAF. Considerando que na Amazônia brasileira, os estudos genéticos e clínicos sobre o câncer de tireoide são raros, o presente trabalho teve como objetivo investigar possíveis alterações nos genes HRAS, NRAS, KRAS e BRAF em pacientes portadores de PTC oriundos de um hospital público da cidade de Belém (PA), e fazer a associação entre a mutação encontrada e os achados bioquímicos e clínicos. Para isso, foram utilizadas como ferramentas a Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) e a técnica de sequenciamento automático direto. A análise estatística foi realizada pelo pacote de software SPSS versão 21.0. Os dados contínuos foram expressos em média e desvio padrão e os dados categóricos foram expressos em porcentagem. O teste t de Student foi utilizado para avaliar as variáveis contínuas e os testes exato de Fisher e Qui-quadrado foram usados para analisar as variáveis categóricas. Foi considerado p<0,05 como significativo em todas as análises. Como resultados, a análise por sequenciamento do gene BRAF revelou a presença da mutação BRAFV600E em 21 de 53 pacientes (16 mulheres e 5 homens, 39,6%), assim como uma mutação nova no códon 38 no gene K-RAS (p.D38E). Em relação aos dados clínicos, houve uma associação significativa entre a mutação BRAFV600E e rouquidão, assim como entre a mutação BRAFV600E e metástase linfonodal. Adicionalmente, a observação de uma nova mutação no gene K-RAS indica que o número de alterações gênicas envolvendo a via metabólica MAPK encontra-se ainda incompleto. Os dados obtidos podem ser utilizados para uma melhor avaliação pré-cirúrgica de tumores tireoidianos, com o objetivo de aumentar a sensibilidade para a detecção do câncer e evitar cirurgias desnecessárias de lesões erroneamente identificadas como malignas. / The most common cancer of the thyroid is the papillary carcinoma (PTC), which represents 80% of the cases of cancer affecting this gland. PTC is a malignant tumor, with slow evolution, found in any age, but with a higher occurrence in patients between 30-40 years old. The metabolic pathway MAPK is the most associated with PTC. Among the several proteins which have a role in this pathway, we highlight the ones encoded by the genes belonging to families RAS and BRAF. Considering that there are few clinical and genetic studies focusing on thyroid cancer from Brazilian Amazonian region, the aim of this study was to investigate the occurrence of alterations in genes HRAS, NRAS, KRAS and BRAF in patients with PTC treated in a public hospitals, from Belém (PA), seeking to make an association between the mutations found and the biochemical and clinical findings. To achieve this goal, polymerase chain reaction (PCR) and direct automatic sequencing were used. Statistical analyses were performed using the software SPSS version 21.0. Continuous data were expressed as means and standard deviation and categorical data were described in terms of percentages. Student t Test was used to evaluate the continuous variables, while Fisher exact test and Chi-square were used to analyze categorical variables. We considered p<0.05 as significant value in all the analyses. Our results showed that, among the analyzed genes, only BRAF showed a mutation, BRAFV600E, in 21 out of the 53 patients (16 female and 5 males, 39.6%). Additionally, a new mutation in codon 38 of gene K-RAS was found (p.D38E). Considering clinical data, we found a significant association between the BRAFV600E mutation and hoarseness, as well as between this mutation and lymph node metastasis. In addition, the observation of a new mutation in the K-RAS gene indicates that the number of gene changes involving the MAPK pathway is still incomplete. The data obtained can be used for a better pre-surgical evaluation of thyroid tumors, in order to increase the sensitivity for the detection of cancer and avoid unnecessary surgeries of lesions erroneously identified as malignant.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-03-27T13:33:17Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnaliseGenesTP53.pdf: 906769 bytes, checksum: 868736765e91f437e42d5aca6b356441 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-03-30T12:15:36Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnaliseGenesTP53.pdf: 906769 bytes, checksum: 868736765e91f437e42d5aca6b356441 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-30T12:15:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnaliseGenesTP53.pdf: 906769 bytes, checksum: 868736765e91f437e42d5aca6b356441 (MD5) Previous issue date: 2016-06-17 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Apesar da considerável incidência, estudos de alterações genéticas nos genes TP53, PTEN, IDH1 e IDH2, em tumores não gliais, são raros e, em alguns casos, inexistentes. Os tumores não gliais são classificados geralmente como benignos e raramente evoluem à malignidade, apresentando diferentes classificações, incidências e localizações. Os genes supressores tumorais e de resposta a danos ao DNA, TP53 e PTEN, estão entre os genes mais frequentemente mutados em tumores humanos. Os genes IDH1 e IDH2 estão envolvidos no metabolismo celular e, também, foram encontrados frequentemente mutados em gliomas, melanomas e leucemias, sendo atualmente considerados como bons marcadores em gliomas. Foram realizadas análises de alterações genéticas nos genes citados, a fim de verificar se estão associados à etiologia e/ou progressão de tumores não gliais do Sistema Nervoso Humano (SNH). Foram utilizadas as técnicas de PCR-SSCP para amplificação da região de interesse e triagem mutacional das amostras para posterior sequenciamento. Foram analisadas 37 amostras de tumores não gliais (14 schwannomas, 3 Meningiomas, 4 Meduloblastomas, 2 Neurocitomas e 14 Metástases do Sistema Nervoso Central (SNC). Somente o gene IDH1 apresentou polimorfismos na SSCP em 12 (32,4%) amostras, sendo, então, submetidas ao sequenciamento. No entanto, as reações de sequenciamento foram satisfatórias em apenas em 5 amostras, entre as polimórficas, (1 metástase, 1 meningioma e 3 schwanomas,). Análises dessas 5 amostras identificaram diferentes mutações, uma delas, presente em todas, uma transversão T→A no éxon 4 do códon 106 do gene IDH1, resultando na substituição do aminoácido treonina por serina. Foram, também, identificadas outras mutações em regiões não codificantes (íntron 4) do gene IDH1 em duas dessas amostras. As mutações encontradas em nosso estudo ainda não haviam sido relatadas na literatura. Nossos resultados indicam a participação do gene IDH1 na patogênese desses tumores. / Despite the considerable incidence, studies of genetic changes in gene TP53, PTEN, IDH2 and IDH1, in not glial tumors are rare and, in some cases, nonexistent. Glial tumors are usually not classified as benign and rarely evolve to malignancy, with different classifications, effects and locations. The tumor suppressor genes and response to DNA damage, TP53 and PTEN are among the most commonly mutated gene in human tumors. The genes IDH1 and IDH2 are involved in cell metabolism and also were frequently found mutated in gliomas, melanomas and leukemias, currently being considered as good markers for gliomas. Genetic analyzes were performed in those genes, in order to verify that are associated with the etiology and/or progression of non-glial tumors of Human Nervous System (HNS). SSCPPCR techniques for the amplification of the region of interest and mutational screening of samples for subsequent sequencing were used. We analyzed 37 samples of non-glial tumors (14 schwannomas, meningiomas 3, 4 Medulloblastomas, 2 neurocytomas and 14 metastases of Central Nervous System (CNS). Only the gene IDH1 polymorphisms presented on the SSCP 12 (32.4%) samples, and then subjected to sequencing. However, sequencing reactions were satisfactory in only 5 samples, of the polymorphic, (1 metastasis, meningioma 1 and 3 schwannomas). Analysis of these samples have identified 5 different mutations, one present in all, one transversion T → A in codon 106 of exon 4 of the IDH1 gene resulting in amino acid substitution of threonine by serine. Were also identified other mutations in noncoding regions (intron 4) of gene IDH1 in two of these samples. The mutations found in our study had not yet been reported in the literature. Our results indicate the participation the gene IDH1 in the pathogenesis of these tumors.

A suscetibilidade ao câncer se apresenta com diferentes freqüências em diferentes populações. Dentre muitas das estudadas está a população judaica Ashkenazi, que vêm sendo alvo de muitos trabalhos por apresentarem doenças genéticas em proporção maior do que seria esperado para outra população qualquer. Tal incidência provavelmente advém do fato de terem sofrido dois grandes bottlenecks ao longo de sua história, gerando um efeito fundador que seria responsável pela alta incidência de doenças genéticas. O gene TP53 tem papel importante em um grande número de processos celulares e o polimorfismo Arg72Pro (R72P) deste gene leva a diferenças funcionais em atividades biológicas e bioquímicas, o que parece estar intimamente ligado ao câncer de mama. Da mesma forma, acredita-se que a variação genética de genes para metilenotetrahidrofolato redutase (MTHFR), enzima essencial no metabolismo um-carbono, pode alterar os níveis de metilação do DNA e influenciar a carcinogênese. Buscou-se então verificar qual a prevalência do polimorfismo R72P e dos polimorfismos de MTHFR (A1298C e C677T) em mulheres judias Ashkenazi de Porto Alegre. Para isto, foi utilizado material biológico proveniente de 255 mulheres Ashkenazi residentes na cidade de Porto Alegre e 255 amostras de um grupo controle de doadores saudáveis do hospital de clínicas de Porto Alegre, para amplificação das regiões de interesse através da técnica de PCR seguida por digestão com enzimas de restrição específicas. O polimorfismo R72P mostrou uma freqüência genotípica de ~61% Arg/Arg, ~37% Arg/Pro e ~2% Pro/Pro nas mulheres judaicas Ashkenazi; em comparação com a amostra controle que mostrou uma freqüência genotípica de ~43% Arg/Arg, ~44% Arg/Pro e 13% Pro/Pro. Com relação aos polimorfismos de MTHFR, obteve-se os seguintes resultados para judias e controles, respectivamente: 677CC (31 e 42%), 677CT (47 e 48%), 677TT (22 e 10%), 1298AA (49,4 e 60%), 1298AC (43,1 e 35%) e 1298CC (7,5 e 5%). Os resultados estatísticos mostraram-se significativos para as freqüências alélicas e genotípicas (P<0,001 para R72P; P=0,000 para C677T e P=0,041 para A1298C). Ampliar e diversificar as amostras se faz necessário para avaliar consistentemente como a influência das diferenças étnicas e raciais podem afetar os resultados dos estudos, além de aspectos como alimentação, fumo, hábito de beber, casamentos consangüíneos, entre outros, devem ser considerados nas análises de dados, buscando uma melhor resposta em relação às hipóteses levantadas e assim eliminando da análise possíveis fatores de confusão. / Cancer susceptibility is presented with different frequencies in different populations. Among the many populations studied, the Ashkenazi Jewish have been the subject of several scientific publications due to the greater proportion of genetic diseases observed than would be expected for any other population. This effect probably stands from the fact that they had suffered two major bottlenecks throughout its history, resulting in a founder effect that would be responsible for high incidence of genetic diseases. TP53 gene has an important role in many cellular processes and the Arg72Pro (R72P) polymorphism of this gene leads to functional differences in biochemical and biological activities, which seems to be closely linked to breast cancer. It is also believed that the genetic variation of genes for methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR), an essential enzyme of the one-carbon metabolism, can alter levels of DNA methylation and influence carcinogenesis. We sought to determine how prevalent are R72P and MTHFR (C677T; A1298C) polymorphisms in a group of Ashkenazi Jewish women from Porto Alegre. For this, we used biological material from 255 Ashkenazi women living in Porto Alegre and 255 samples from a control group of healthy donors of Hospital de Clinicas de Porto Alegre, for amplification of interest regions by PCR followed by digestion with specific restriction enzymes. The R72P polymorphism showed a genotype frequency of ~ 61% Arg / Arg, ~ 37% Arg / Pro and ~ 2% Pro / Pro in the Ashkenazi Jewish, compared to the control sample which showed a genotype frequency of ~ 43% Arg /Arg, Arg ~ 44% / 13% Pro and Pro / Pro. Regarding the MTHFR polymorphisms we obtained the following results for Jewish and controls, respectively: 677CC (31 and 42%), 677CT (47 and 48%), 677TT (22 and 10%), 1298AA (49.4 and 60%), 1298AC (43.1 and 35%) and 1298CC (7.5 and 5%). The statistical results were significant for allele and genotype frequencies (P <0.001 for R72P, P = 0.000 for C677T and A1298C to P = 0.041). Increasing the sample number and studying several worldwide populations is needed to consistently evaluate the influence of ethnic and racial differences which may affect the results obtained. In addition to that, aspects such as diet, smoking, drinking, consanguineous marriages, among others, should be considered in the data analysis in order to seek for a better response to the hypotheses raised, thus eliminating possible confounding factors.

A suscetibilidade ao câncer se apresenta com diferentes freqüências em diferentes populações. Dentre muitas das estudadas está a população judaica Ashkenazi, que vêm sendo alvo de muitos trabalhos por apresentarem doenças genéticas em proporção maior do que seria esperado para outra população qualquer. Tal incidência provavelmente advém do fato de terem sofrido dois grandes bottlenecks ao longo de sua história, gerando um efeito fundador que seria responsável pela alta incidência de doenças genéticas. O gene TP53 tem papel importante em um grande número de processos celulares e o polimorfismo Arg72Pro (R72P) deste gene leva a diferenças funcionais em atividades biológicas e bioquímicas, o que parece estar intimamente ligado ao câncer de mama. Da mesma forma, acredita-se que a variação genética de genes para metilenotetrahidrofolato redutase (MTHFR), enzima essencial no metabolismo um-carbono, pode alterar os níveis de metilação do DNA e influenciar a carcinogênese. Buscou-se então verificar qual a prevalência do polimorfismo R72P e dos polimorfismos de MTHFR (A1298C e C677T) em mulheres judias Ashkenazi de Porto Alegre. Para isto, foi utilizado material biológico proveniente de 255 mulheres Ashkenazi residentes na cidade de Porto Alegre e 255 amostras de um grupo controle de doadores saudáveis do hospital de clínicas de Porto Alegre, para amplificação das regiões de interesse através da técnica de PCR seguida por digestão com enzimas de restrição específicas. O polimorfismo R72P mostrou uma freqüência genotípica de ~61% Arg/Arg, ~37% Arg/Pro e ~2% Pro/Pro nas mulheres judaicas Ashkenazi; em comparação com a amostra controle que mostrou uma freqüência genotípica de ~43% Arg/Arg, ~44% Arg/Pro e 13% Pro/Pro. Com relação aos polimorfismos de MTHFR, obteve-se os seguintes resultados para judias e controles, respectivamente: 677CC (31 e 42%), 677CT (47 e 48%), 677TT (22 e 10%), 1298AA (49,4 e 60%), 1298AC (43,1 e 35%) e 1298CC (7,5 e 5%). Os resultados estatísticos mostraram-se significativos para as freqüências alélicas e genotípicas (P<0,001 para R72P; P=0,000 para C677T e P=0,041 para A1298C). Ampliar e diversificar as amostras se faz necessário para avaliar consistentemente como a influência das diferenças étnicas e raciais podem afetar os resultados dos estudos, além de aspectos como alimentação, fumo, hábito de beber, casamentos consangüíneos, entre outros, devem ser considerados nas análises de dados, buscando uma melhor resposta em relação às hipóteses levantadas e assim eliminando da análise possíveis fatores de confusão. / Cancer susceptibility is presented with different frequencies in different populations. Among the many populations studied, the Ashkenazi Jewish have been the subject of several scientific publications due to the greater proportion of genetic diseases observed than would be expected for any other population. This effect probably stands from the fact that they had suffered two major bottlenecks throughout its history, resulting in a founder effect that would be responsible for high incidence of genetic diseases. TP53 gene has an important role in many cellular processes and the Arg72Pro (R72P) polymorphism of this gene leads to functional differences in biochemical and biological activities, which seems to be closely linked to breast cancer. It is also believed that the genetic variation of genes for methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR), an essential enzyme of the one-carbon metabolism, can alter levels of DNA methylation and influence carcinogenesis. We sought to determine how prevalent are R72P and MTHFR (C677T; A1298C) polymorphisms in a group of Ashkenazi Jewish women from Porto Alegre. For this, we used biological material from 255 Ashkenazi women living in Porto Alegre and 255 samples from a control group of healthy donors of Hospital de Clinicas de Porto Alegre, for amplification of interest regions by PCR followed by digestion with specific restriction enzymes. The R72P polymorphism showed a genotype frequency of ~ 61% Arg / Arg, ~ 37% Arg / Pro and ~ 2% Pro / Pro in the Ashkenazi Jewish, compared to the control sample which showed a genotype frequency of ~ 43% Arg /Arg, Arg ~ 44% / 13% Pro and Pro / Pro. Regarding the MTHFR polymorphisms we obtained the following results for Jewish and controls, respectively: 677CC (31 and 42%), 677CT (47 and 48%), 677TT (22 and 10%), 1298AA (49.4 and 60%), 1298AC (43.1 and 35%) and 1298CC (7.5 and 5%). The statistical results were significant for allele and genotype frequencies (P <0.001 for R72P, P = 0.000 for C677T and A1298C to P = 0.041). Increasing the sample number and studying several worldwide populations is needed to consistently evaluate the influence of ethnic and racial differences which may affect the results obtained. In addition to that, aspects such as diet, smoking, drinking, consanguineous marriages, among others, should be considered in the data analysis in order to seek for a better response to the hypotheses raised, thus eliminating possible confounding factors.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-07-20Bitstream added on 2014-06-13T18:29:29Z : No. of bitstreams: 1 alves_dnm_me_jabo.pdf: 283323 bytes, checksum: ee31eb0fac2fd6cd06f249038ec9709e (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Para estimar parâmetros genéticos para o número total de leitões nascidos (NLNT) e nascidos vivos (NLNV), empregaram-se modelos de repetibilidade, uni-características, bi-características, e de regressão aleatória (MRA). Os grupos de contemporâneos (GC) empregados nos três primeiros modelos foram: GC1 (granja-anoépoca) GC2 (granja-ano-mês) e GC3 (granja-ano-semana) relacionados com local e data em que ocorreu a parição. Para NLNT e NLNV, a herdabilidade (h2) estimada pelo modelo de repetibilidade foi de 0,09 ± 0,02. Nos modelos uni-características, a definição GC3 levou à estimativas mais elevadas nas ultimas parições. O modelo de repetibilidade com três classes de variâncias residuais foi o que apresentou melhor ajuste segundo o Teste da Razão de Verossimilhança (LRT) e o Critério de Informação de Akaike (AIC), para ambas as características. Dois MRA adicionais também foram ajustados para ambas as características. Para NLNT, um MRA linear e um quadrático de rank 2, ambos com três classes de variâncias residuais. Para NLNV, o primeiro foi um MRA linear, o segundo foi um MRA linear (genética) e quadrática com rank 2 (ambiente permanente). As estimativas de herdabilidade obtidas pelos MRA foram menores que as para o modelo multi-característica. As correlações genéticas obtidas pelos MRA tenderam a diminuir com o decorrer das parições, para ambas características. As correlações genéticas entre ordens de parição, de maneira geral foram altas, indicando que ao selecionar-se para primeira ganhos genéticos podem ser obtidos nas parições subseqüentes. / Repeatability, single-trait, multiple-trait (MTM) and random regression models (RRM) were used with the objective to estimate genetic parameters for the number of piglets born in total (NOBT) and the number of piglets born alive (NOBA). Three different structures of cotemporary groups were applied: CG1 (herdyear- season), CG2 (herd-year-monthly) e CG3 (herd-year-weekly). For NOBT and NOBA, the estimates of heritability by repeatability model, were 0.09 ± 0.02. The estimates of heritability by single-trait model with CG3 definition were higher in 5th and 6th parities. The repeatability model with three classes of residual variances presented best fit. Two additional RRM were adjusted for both traits. For NOBT a linear and a quadratic RRM with rank 2, and three classes of residual variances, were utilized and for NOBA a linear RRM and Linear, for genetics effects, and quadratic with rank 2, for permanent environmental. The heritability estimates by RRM model were lower than MTM. The genetic correlations estimated by RRM tended to decrease over parities, for both traits. The genetics correlations were high among the most parities, indicating that the selection in the first parity will result in genetic gains in later parities.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-07-30Bitstream added on 2014-06-13T18:54:08Z : No. of bitstreams: 1 sordi_d_me_jabo.pdf: 1556944 bytes, checksum: 276e45c56ee2b5db2a921fe5c600f370 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A variabilidade genética é um dos fatores mais importantes para o melhoramento de plantas, a partir do qual será conduzido todo o processo seletivo. Essa variabilidade pode ser ampliada através da utilização de cruzamentos múltiplos e melhor explorada sob diferentes métodos de condução das populações segregantes. O objetivo do presente trabalho foi detectar variabilidade através de estimativas de parâmetros genéticos em genótipos derivados do avanço de gerações por três diferentes métodos de condução: Single Seed Descent (SSD), Single Pod Descent (SPD) e Genealógico (Pedigree). O experimento foi conduzido em casa de vegetação climatizada e na área experimental do Departamento de Produção Vegetal da Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Unesp-Jaboticabal. O delineamento utilizado foi o de blocos aumentados, onde foram avaliados 324 genótipos de soja na geração F7 previamente desenvolvidos no Programa de Melhoramento de Soja da FCAV/UNESP, oriundos de cruzamentos biparentais, quádruplos e óctuplos. Foram obtidas estimativas de variâncias, herdabilidades e ganhos genéticos para os três tipos de cruzamentos nos três métodos. Pela análise de divergência foram agrupados os genótipos mais similares para cada método. Os métodos SSD e SPD foram os mais promissores para aumentos de variabilidade nos três tipos de cruzamentos. O método genealógico promoveu as maiores estimativas de herdabilidade e os maiores ganhos genéticos. Os genótipos de cruzamentos quádruplos foram os que mais se agruparam / Genetic variability is one of the most important factors for plant breeding, which lead the selective process. This variability can be enlarged by multiple crosses and explored under different breeding methods on segregate populations. Thus, the aim of this work was to detect variability using genetic parameters estimates in genotypes obtained by different methods: Single Seed Descent (SSD), Single Pod Descent (SPD) e Pedigree. The experiment was conducted in a greenhouse, under controlled conditions, and in the experimental field of Crop Production Department at Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Unesp-Jaboticabal. Augmented blocks was used as the experimental design. 324 soybean genotypes in generation F7 from FCAV Soybean Breeding Program, derived from 2-way, 4-way and 8-way crosses, were evaluated. Variance, heritability and genetic gains estimates were obtained for the three types of crosses on three methods. By divergence analysis, most similar genotypes were grouped for each method. SSD and SPD methods were the most promising for variability increases. Pedigree method has promoted the higher estimates for heritability and genetic gains. Genotypes from four-way crosses were highly grouped

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The determination of the causes and origins of a given disease is a complex undertaking, considering that there is a large number of genes engaged that interact with each other (Watson, 2006). Bioinformatics experts working in the search for a perfect integration between biology and information, in order to understand the likely factors that trigger certain diseases (Pevzner, 2000). To achieve this, the revolutionary methodology of Microarrays (LOCKHART et al., 1996) based on the gene expression of patients, it has been widely used to simultaneously measuring changes and regulation of the genes of the genome under certain biological conditions, resulting in a list of genes that may be considered interesting from a biological point of view for a particular disease. In this thesis, we present a multi-statistic method to detect differentially expressed genetic pathways in DNA microarray data. Many statistical methods of analysis are based on the use of a single statistical test. It is believed that the use of multiple tests decreases the number of false positive discoveries. Our method can be applied to transcriptome data to investigate which pathways have changes in expression when subjected to some type of disturbance. The method determines the activity of pathways evaluated, and verifies if the changes found are statistically significant through the bootstrap, Fisher exact and Wilcoxon tests. Implemented in R language and available for download from the Comprehensive R Archive Network (CRAN) as a package called PATHChange, our method showed consistency in its results with those predicted in the literature when tested for microarray of cancer and pre-cancer colon public data. The PATHChange method offers an alternative type of analysis of differentially expressed genes pathways for researchers seeking to determine phenotypes of diseases such as cancer. / A determinação das causas e origens de uma determinada doença é uma tarefa complexa, considerando que existe um grande número de genes comprometidos que interagem entre si (WATSON, 2006). Especialistas em Bioinformática trabalham na busca de uma perfeita integração entre a biologia e a informação, com o intuito de compreender os prováveis fatores que desencadeiam determinadas doenças (PEVZNER, 2000). Para tal, a metodologia revolucionária de Microarranjos (LOCKHART et al., 1996), baseada na expressão gênica de pacientes, tem sido amplamente utilizada para medir simultaneamente as mudanças e regulação dos genes do genoma sob certas condições biológicas, resultando em uma lista de genes que podem ser considerados interessantes do ponto de vista biológico para uma determinada doença. Na presente tese, nós apresentamos um método multiestatístico destinado à detectar vias genéticas diferencialmente expressas em dados de microarranjos de DNA. Grande parte dos métodos de análise estatística são baseados no uso de apenas um teste estatístico. Acredita-se que associar métodos estatísticos baseados em testes diferentes diminui o número de falsos positivos. O método que nós desenvolvemos determina a atividade das vias avaliadas, e verifica se as alterações encontradas são estatisticamente significativas através dos testes de bootstrap, exato de Fisher e Wilcoxon. Este método pode ser aplicado à dados de transcriptoma para investigar quais vias apresentam mudanças na expressão de seus genes quando submetidos à algum tipo de perturbação. Implementado em linguagem R e disponibilizado para download no CRAN (do inglês, Comprehensive R Archive Network) como um pacote denominado PATHChange, nosso método demonstrou consistência entre os seus resultados com os previstos na literatura quando testado para dados públicos de microarranjos de câncer e pré-câncer de cólon. O método do PATHChange oferece um tipo alternativo de análise de vias de genes diferencialmente expressas para os pesquisadores que buscam apurar fenótipos de doenças, tais como o câncer.

O efeito placebo caracteriza-se pela redução de um sintoma ou melhora de um quadro clínico que se obtém após a administração de uma substância farmacologicamente inerte (placebo) ou um procedimento sabidamente ineficaz. O efeito placebo tem sido observado em diferentes doenças e sintomas e a magnitude de resposta varia entre 30% a 70%. Alguns fatores que estão associados ao efeito placebo são conhecidos e diversas teorias tentam elucidar os mecanismos psicobiológicos envolvidos na resposta a placebo. No entanto, o entendimento ainda é limitado. Objetivos: a) Verificar se há característica de personalidades associadas à resposta a placebo em estudos com antidepressivos; b) Verificar se há associação de polimorfismos em genes do sistema serotonérgico com resposta a placebo. Métodos: Foram incluídos no estudo pacientes que participaram de ensaios clínicos com antidepressivos e placebo conduzidos no Instituto de Psiquiatria do Hospital de Clínicas da Faculdade de Medicina da USP (IPQ-HCFMUSP), entre 2000 e 2005. Os sujeitos (n=57) [pacientes deprimidos (n=14), pacientes fóbicos (n=22) e voluntários saudáveis (n=21)] foram considerados respondedores a placebo, de acordo com os critérios estabelecidos pelo estudo de origem. Para a análise das variáveis de personalidade os sujeitos responderam o Inventário de Temperamento e Caráter (ITC) e para a análise das variáveis genéticas foram escolhidos três genes polimórficos do sistema serotonérgico: do transportador de serotonina (SLC6A4), do receptor de serotonina subtipo 2A (HTR2A) e do receptor de serotonina subtipo 1B (HTR1B). Análise estatística: foi utilizado o modelo de análise discriminante para avaliar o comportamento das variáveis [idade, escolaridade, gênero e diagnóstico] e uma regressão logística para verificar quais destas variáveis explicavam as diferenças observadas entre os respondedores e não respondedores, bem como seu grau de importância. Resultados: Não houve diferenças estatisticamente significativas entre os respondedores e não respondedores a placebo, em relação à idade, escolaridade e gênero. Os respondedores a placebo apresentaram escores significativamente maiores nos fatores de personalidade busca de novidade e autotranscendência quando comparados aos não respondedores. Os resultados da análise genética mostraram uma sugestiva associação entre dois genes polimórficos [o 5HTTLPR (SLC6A4) e o gene 5HTR1B (G861C)] e a resposta a placebo. Conclusões: Os resultados sugerem que a resposta a placebo é influenciada por características de personalidade em sujeitos sadios e pacientes com diagnóstico de fobia social e depressão e por polimorfismos genéticos em sujeitos sadios. / The placebo effect is characterized by symptom reduction or the improvement of a clinical picture after the administration of a pharmacological inert substance (placebo) to be ineffective or a procedure already known to be ineffective. The placebo effect has been observed in different illnesses and symptoms and the magnitude of this response varies from 30% to 70%. Some factors associated with the placebo effect are known and various theories aid to elucidate the psychobiological mechanisms involved in the placebo response; however, the knowledge is still limited. Objectives: a) To verify if personality characteristics are associated with placebo response in studies with antidepressants, b) To verify if polymorphisms in serotonergic system genes are associated with placebo response. Methods: Patients that participates in clinical trials of antidepressants and placebo realized at the Instituto de Psiquiatria do Hospital de Clínicas da Faculdade de Medicina da USP (IPQ-HCFMUSP), among 2000 to 2005 were included. Subjects (n=57) [depressed patients (n=14), phobia social patients (n=22) and healthy volunteers (n=21)] were classified as placebo respondents following criteria established criteria by the origin study. For the personality analysis, subjects answered the Inventory of Temperament and Character (ITC) and for the genetic analysis, were chosen three polymorphic genes: the serotonin transporter (SLC6A4), the serotonin receptor subtype 2A (HTR2A) and the serotonin receptor subtype 1B (HTR1B). Analysis statistics: A discriminate analysis model was used to evaluate the variables behavior [age, education, gender and diagnostic] and a logistic regression to verify, which of these variables explained the differences observed between placebo respondents and no respondents, as well as its degree of importance. Results: There were no significant statistical differences between placebo respondents and non respondents regarding age, education, and gender Placebo respondents presented a significantly higher score´s for personality factors novelty seeking and self-transcendence in comparison to non respondents. The results of the genetic analysis suggest an association between two polymorphic genes [the 5HTTLPR (SLC6A4) gene and 5HTR1B (G861C)] and placebo response. Conclusions: The results suggest that placebo response in healthy volunteers and depressed and phobia social patients is influenced by personality characteristics and by genetic polymorphisms in healthy subjects.

A suscetibilidade ao câncer se apresenta com diferentes freqüências em diferentes populações. Dentre muitas das estudadas está a população judaica Ashkenazi, que vêm sendo alvo de muitos trabalhos por apresentarem doenças genéticas em proporção maior do que seria esperado para outra população qualquer. Tal incidência provavelmente advém do fato de terem sofrido dois grandes bottlenecks ao longo de sua história, gerando um efeito fundador que seria responsável pela alta incidência de doenças genéticas. O gene TP53 tem papel importante em um grande número de processos celulares e o polimorfismo Arg72Pro (R72P) deste gene leva a diferenças funcionais em atividades biológicas e bioquímicas, o que parece estar intimamente ligado ao câncer de mama. Da mesma forma, acredita-se que a variação genética de genes para metilenotetrahidrofolato redutase (MTHFR), enzima essencial no metabolismo um-carbono, pode alterar os níveis de metilação do DNA e influenciar a carcinogênese. Buscou-se então verificar qual a prevalência do polimorfismo R72P e dos polimorfismos de MTHFR (A1298C e C677T) em mulheres judias Ashkenazi de Porto Alegre. Para isto, foi utilizado material biológico proveniente de 255 mulheres Ashkenazi residentes na cidade de Porto Alegre e 255 amostras de um grupo controle de doadores saudáveis do hospital de clínicas de Porto Alegre, para amplificação das regiões de interesse através da técnica de PCR seguida por digestão com enzimas de restrição específicas. O polimorfismo R72P mostrou uma freqüência genotípica de ~61% Arg/Arg, ~37% Arg/Pro e ~2% Pro/Pro nas mulheres judaicas Ashkenazi; em comparação com a amostra controle que mostrou uma freqüência genotípica de ~43% Arg/Arg, ~44% Arg/Pro e 13% Pro/Pro. Com relação aos polimorfismos de MTHFR, obteve-se os seguintes resultados para judias e controles, respectivamente: 677CC (31 e 42%), 677CT (47 e 48%), 677TT (22 e 10%), 1298AA (49,4 e 60%), 1298AC (43,1 e 35%) e 1298CC (7,5 e 5%). Os resultados estatísticos mostraram-se significativos para as freqüências alélicas e genotípicas (P<0,001 para R72P; P=0,000 para C677T e P=0,041 para A1298C). Ampliar e diversificar as amostras se faz necessário para avaliar consistentemente como a influência das diferenças étnicas e raciais podem afetar os resultados dos estudos, além de aspectos como alimentação, fumo, hábito de beber, casamentos consangüíneos, entre outros, devem ser considerados nas análises de dados, buscando uma melhor resposta em relação às hipóteses levantadas e assim eliminando da análise possíveis fatores de confusão. / Cancer susceptibility is presented with different frequencies in different populations. Among the many populations studied, the Ashkenazi Jewish have been the subject of several scientific publications due to the greater proportion of genetic diseases observed than would be expected for any other population. This effect probably stands from the fact that they had suffered two major bottlenecks throughout its history, resulting in a founder effect that would be responsible for high incidence of genetic diseases. TP53 gene has an important role in many cellular processes and the Arg72Pro (R72P) polymorphism of this gene leads to functional differences in biochemical and biological activities, which seems to be closely linked to breast cancer. It is also believed that the genetic variation of genes for methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR), an essential enzyme of the one-carbon metabolism, can alter levels of DNA methylation and influence carcinogenesis. We sought to determine how prevalent are R72P and MTHFR (C677T; A1298C) polymorphisms in a group of Ashkenazi Jewish women from Porto Alegre. For this, we used biological material from 255 Ashkenazi women living in Porto Alegre and 255 samples from a control group of healthy donors of Hospital de Clinicas de Porto Alegre, for amplification of interest regions by PCR followed by digestion with specific restriction enzymes. The R72P polymorphism showed a genotype frequency of ~ 61% Arg / Arg, ~ 37% Arg / Pro and ~ 2% Pro / Pro in the Ashkenazi Jewish, compared to the control sample which showed a genotype frequency of ~ 43% Arg /Arg, Arg ~ 44% / 13% Pro and Pro / Pro. Regarding the MTHFR polymorphisms we obtained the following results for Jewish and controls, respectively: 677CC (31 and 42%), 677CT (47 and 48%), 677TT (22 and 10%), 1298AA (49.4 and 60%), 1298AC (43.1 and 35%) and 1298CC (7.5 and 5%). The statistical results were significant for allele and genotype frequencies (P <0.001 for R72P, P = 0.000 for C677T and A1298C to P = 0.041). Increasing the sample number and studying several worldwide populations is needed to consistently evaluate the influence of ethnic and racial differences which may affect the results obtained. In addition to that, aspects such as diet, smoking, drinking, consanguineous marriages, among others, should be considered in the data analysis in order to seek for a better response to the hypotheses raised, thus eliminating possible confounding factors.