O Transtorno de Déficit de Atenção e Hiperatividade (TDAH) está entre os transtornos mentais mais comuns na infância e na adolescência, afetando em torno de 5% das crianças em idade escolar no mundo. Esta patologia caracteriza-se por sintomas de desatenção, de hiperatividade e de impulsividade, causando significantes problemas sociais, educacionais e psicológicos. Embora sua etiologia ainda não esteja totalmente esclarecida, existem fortes evidências mostrando que fatores genéticos desempenham um papel importante na doença. Muitos genes são considerados como possíveis genes de suscetibilidade para este transtorno, principalmente aqueles do sistema dopaminérgico, que são alvos diretos dos agentes farmacológicos. Embora menos investigados, os genes do sistema serotoninérgico são potencialmente importantes na suscetibilidade ao TDAH devido à extensa relação que possui com o sistema dopaminérgico.Várias investigações sugerem que genes serotoninérgicos estão envolvidos em comportamentos impulsivos e hiperativos, que ocorrem no TDAH. No presente estudo foram analisados cinco genes do sistema serotoninérgico (HTR1B, 5HTT, HTR2A, TPH-2 e MAOA), dois genes do sistema dopaminérgico (DAT e DRD4) e um gene do sistema noradrenérgico (DBH). No gene HTR1B foram investigados três polimorfismos em uma amostra composta por 343 crianças com TDAH e seus pais biológicos. Destas, 143 eram exclusivamente do subtipo desatento. Na amostra total o haplótipo -261T/-161T/861G foi preferencialmente transmitido dos pais para as crianças com TDAH (p=0.014), nenhuma associação específica foi observada quando a análise foi restrita ao subtipo desatento de TDAH. Os resultados deste estudo sugerem um papel do gene HTR1B na neurobiologia do transtorno em crianças. Os genes 5HTT, HTR2A, TPH-2, DAT, DRD4 e DBH foram analisados em uma amostra composta de 128 pacientes do subtipo desatento. Nenhuma associação significante foi observada neste estudo. Esses resultados sugerem que estratificar as amostras de TDAH por subtipos clínicos da doença parecem não contribuir significantemente para a identificação de novos genes de suscetibilidade. Uma abordagem farmacogenética foi realizada utilizando o gene MAOA como marcador. Um polimorfismo na região promotora associado à atividade transcricional do gene (uVNTR) foi investigado em 85 meninos afetados com TDAH em uso de metilfenidato. Evidenciou-se uma interação significante entre o alelo de alta atividade do gene e melhora dos sintomas de oposição após três meses de tratamento com metilfenidato (p=0,009). Esses resultados demonstram que a melhora de sintomas observada, após os três meses de tratamento, é influenciada pelo genótipo do paciente. Os resultados obtidos no presente trabalho sugerem que futuramente esses estudos poderão auxiliar no diagnóstico, aprimoramento e desenvolvimento de fármacos e conseqüentemente na melhoria de vida dos pacientes afetados pelo transtorno. / Attention-Deficit/Hyperactivity Disorder (ADHD) is among the most common childhood and adolescence psychiatric disorder, affecting around 5% of school-age children worldwide. This disease is characterized by inattentive, impulsive and hyperactive behavior, causing significant social, educational and psychological difficulties. Although its etiology remains unclear, there is strong evidence supporting the role of genes in the disorder. Many genes are considered as susceptibility genes for this disease, especially those from the dopaminergic system, that are the main targets for pharmacological agents. Although less investigated, serotonergic genes are potentially important on ADHD susceptibility due to their extensive relation with the dopaminergic system. Many investigations suggest that serotoninergic genes are involved in ADHD impulsive and hyperactive behaviors. In the current study five genes from the serotoninergic system (HTR1B, 5HTT, HTR2A, TPH-2 e MAOA), two genes from dopaminergic system (DAT e DRD4) and one gene from the noradrenergic system (DBH) have been investigated. Three polymorphisms HTR1B gene have been investigated in a samples of 343 children diagnosed with ADHD and their biological parents. From these, 143 presented the inattentive subtype. In the total sample haplotype -261T/-161T/861G has been preferentially transmitted from the parents to the children with ADHD (p=0.014), no specific association has been observed when the analysis has been restricted to the inattentive subtype The results from this study suggest a role for HTR1B gene at the neurobiology disorder in children. The 5HTT, HTR2A, TPH-2, DAT, DRD4 and DBH genes have been studied in a sample composed by 128 patients with the inattentive subtype. No significant association has been observed at this study. These results suggest that the sample stratification by clinical disease subtype does not seem to significantly contribute to the identification of new susceptibility genes. A pharmacogenetic approach has been performed using the MAOA gene as a marker. A polymorphism at the promoter region associated with gene transcriptional activity (uVNTR) has been investigated in 85 boys affected with ADHD and submitted to treatment with Methylphenidate. A significant interaction between the gene high activity allele and an improvement on the opposition symptoms has been evidenced after three months of treatment with Methylphenidate (p=0.009). These results demonstrate that the improvement observed on the symptoms after three months of treatment is influenced by the patient genotype. The results obtained suggest that this study could assist in the diagnosis, improvement and development of drugs in the future, improving life quality from patients affected by the disorder.

Os híbridos são os principais materiais de milho cultivados no mundo e a oportunidade de introduzir variabilidade genética nesses materiais é muito limitada, devido às altas exigências do mercado em relação à produtividade. Por essa razão, os melhoristas, em geral, utilizam o próprio germoplasma elite como fonte de variabilidade, garantindo, dessa forma, a manutenção do padrão dos seus materiais. Entretanto, muitas vezes a variabilidade desses genótipos é insuficiente, tornando necessária a busca de alelos em materiais de locais distantes, que muitas vezes apresentam problemas de adaptação ambiental. As variedades crioulas, em contrapartida, além de serem ricas em variabilidade genética, são naturalmente adaptadas às regiões de origem. A desvantagem desses materiais é que eles são agronomicamente inferiores, limitando o seu uso direto como variedade comercial ou como fonte de germoplasma. Por essa razão, um dos grandes desafios do melhoramento genético tem sido determinar estratégias que permitam a rápida e eficiente incorporação de variabilidade em materiais elite. Em milho, os principais caracteres agronômicos têm natureza quantitativa. Dessa forma, a identificação de QTLs (Quantitative Trait Loci) e a introgressão de alelos superiores, a partir de gerações avançadas de retrocruzamentos (AB-QTL, Advanced Backcrosses- QTL) entre linhagens elite e variedades crioulas, poderia ser uma estratégia para a incorporação de variabilidade. Sendo assim, os objetivos desse trabalho foram selecionar variedades crioulas com caracteres agronômicos de interesse e linhagens elite, identificar QTLs associados a caracteres agronômicos e verificar o potencial da técnica de AB-QTL para a introgressão de alelos superiores da variedade crioula na linhagem elite. Após o cruzamento entre a linhagem elite LA67 e a variedade crioula Argentino Flint, foram realizados dois retrocruzamentos com a linhagem e dois ciclos de autofecundação. A progênie resultante foi genotipada com microssatélites e fenotipada para 25 caracteres agronômicos. Foram identificados 29 QTLs e pelo menos cinco alelos superiores da variedade crioula foram introgredidos na linhagem elite. Esses resultados indicaram que a técnica de AB-QTL foi eficiente tanto para a identificação de novos QTLs quanto para a introgressão de alelos superiores da variedade crioula na linhagem elite. / Most corn presently cultivated in the world are hybrids. The chances to introduce genetic variability in this material are small due to market requirements in terms of productivity. For this reason corn breeders in general use their own elite germoplasm as source of genetic variability, maintaining therefore the standard characteristics of their germoplasm. However, the variability of these genotypes might be insufficient, requiring the use of germoplasm from different locations that often do not have wide environment adaptation. The landraces, besides being rich in genetic variability, are naturally adapted to their sites of origin. The disadvantage of these materials is that they are agronomically inferior, limiting their direct use as commercial varieties or as germplasm source. For this reason one of the main challenges of genetic breeding has been to create strategies that allow a rapid and efficient incorporation of variability in elite materials. In corn the main agronomic characters are of quantitative nature. Therefore the QTLs (Quantitative Trait Loci) identification and the introgression of superior alleles from advanced generations of backcrosses (AB-QTL, Advanced Backcrosses QTL) between elite lines and landraces, could be a strategy to incorporate variability. The objectives of this work were: to select landraces with agronomic traits and elite lines, to identify QTLs associated with agronomic characters in corn, and to verify the potential of the AB-QTL technique for introgression of superior alleles from the landraces into elite lines. Two backcrosses and two self-fertilization cycles were done after crossing the elite line LA67 with the Argentino Flint landrace. The progeny was genotyped with microssatelites and phenotyped for 25 agronomic traits. Twenty nine QTLs were identified and at least five superior alleles of the landrace were introgressed into the elite line. The results indicated that the AB-QTL technique was efficient for the identification of new QTLs and for the introgression of superior alleles in the elite lines.

A endometriose atinge 10-15% das mulheres. Portadoras dessa patologia têm 20 vezes mais chances de serem inférteis e 30-60% das pacientes com endometriose apresentam infertilidade associada. Nosso grupo de pesquisa demonstrou que mulheres com endometriose e infertilidade apresentam diversas anormalidades hormonais tais como hiperprolactinemia, insuficiência lútea, diminuição de fatores de crescimento intra-folicular e, mais recentemente, a coorte folicular ovariana heterogênea com uma redução da reserva folicular. Portanto, estudaremos a prevalência do polimorfismo do gene do receptor do hormônio folículo estimulante (FSH) em pacientes com endometriose e infertilidade. Acreditamos que polimorfismos no gene que sintetiza o receptor do FSH são mais prevalentes nesse grupo de pacientes. Tal polimorfismo, que altera a transdução do sinal do receptor, pode ser o responsável por uma resposta ovariana inadequada ao FSH. Conduzimos, ao longo dessa dissertação, um estudo caso-controle. Os casos compreendem 50 pacientes com infertilidade e endometriose. Os controles, 51 pacientes férteis sem endometriose. Determinaremos a prevalência alélica da substituição da asparagina (N) pela serina (S) no códon 680 (N680S) e da treonina (T) pela alanina (A) no códon 307 (T307A), localizados no éxon 10, em ambos os alelos do gene que sintetiza o receptor do FSH. Para tal, utilizaremos técnicas de reação em cadeia da polimerase em ambos os alelos. Os dois grupos não diferiram em sua avaliação demográfica. No grupo de pacientes com endometriose e infertilidade foram encontradas 10 pacientes homozigotas S/S e 10 pacientes A/A, 23 pacientes heterozigotas N/S e 17 T/A. Além de 17 pacientes genotipicamente N/N e 23 T/T. No grupo controle, houve 9 pacientes com homozigose S/S e 15 A/A, 25 heterozigotas N/S e 22 T/A. Finalmente, 17 pacientes com genótipo N/N e 14 T/T . Não obtivemos diferença significativa entre os grupos (P>0,05). Esse estudo pioneiro rejeita a hipotética associação entre endometriose e os polimorfismos N680S e T307A no gene que sintetiza o receptor do FSH.

Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandar@gmail.com) on 2013-06-10T17:37:18Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_Elisabete Conceição.pdf: 567171 bytes, checksum: 1955730634dbe5b3fb43878595214d3b (MD5) / Made available in DSpace on 2013-06-10T17:37:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_Elisabete Conceição.pdf: 567171 bytes, checksum: 1955730634dbe5b3fb43878595214d3b (MD5) / FAPESB; CAPES / Introdução: O fato de apenas 10% das pessoas infectadas com M. tuberculosis desenvolverem a doença clínica sugere que fatores genéticos podem desempenhar um papel importante na patogênese da TB. Polimorfismos em genes de citocinas têm sido associados com susceptibilidade, gravidade e variação na resposta clínica em várias doenças, incluindo doenças infecciosas. Para combater a doença, a única vacina licenciada para uso contra a tuberculose é o Bacilo de Calmette-Guérin (BCG). A proteção induzida pela vacinação contra o M. tuberculosis é mediada pela geração de células T específicas e produção aumentada de IFN-γ. Objetivo: Avaliar a associação entre o polimorfismo de genes de citocinas e receptores em voluntários sadios revacinados com BCG ao perfil de resposta in vitro a antígenos micobacterianos. Metodologia: 25 voluntários com resultados negativos ao teste tuberculínico em dupla testagem (que fizeram parte de um estudo de revacinação com Bacilo de Calmette-Guérin, cepa Moreau), foram recrutados para o estudo. As citocinas IFN-γ, TNF, IL-10, IL-6 e IL-1β foram avaliadas no sobrenadante das culturas de sangue total estimuladas com antígenos do M. tuberculosis. Os polimorfismos de interesse IFNG +874T>A, IL10- 592C>A, IL1B-35C>T, TLR2 G753A (Arg753Gln) e TLR4 C399T (Thr399Ile) foram amplificadas por reação em cadeia da polimerase (PCR) e a análise dos polimorfismos foram identificados por tamanho dos fragmentos de restrição (PCR-RFLP) ou Amplificação pelo Sistema de Mutação Refratária (ARMS-PCR). Resultados: Não houve diferença significativa na produção das citocinas IFN-γ, IL-10, TNF, IL-6 e IL-1β antes ou após a revacinação com BCG entre os diferentes genótipos dos polimorfismos estudados. Discussão e Conclusão: No presente estudo, foi observado que o aumento da produção de IFN-γ (estudo de revacinação com Bacilo de Calmette-Guérin, cepa Moreau) após a revacinação de indivíduos saudáveis com BCG não foi influenciada por polimorfismos previamente associados com resistência e/ou susceptibilidade ao desenvolvimento da tuberculose em outras populações. / Salvador

Submitted by Alessandra Portugal (alessandradf@ioc.fiocruz.br) on 2013-09-17T00:45:49Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao Daiana Perce.pdf: 3555490 bytes, checksum: 2638dddd9374d377120b0e33dfb8169b (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-17T00:45:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Daiana Perce.pdf: 3555490 bytes, checksum: 2638dddd9374d377120b0e33dfb8169b (MD5) Previous issue date: 2011-04-19 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / O Antígeno de Ligação ao Eritrócito de 175kDa (EBA-175) é o ligante preferencial do P. falciparum no processo de penetração em eritrócitos sendo considerado, portanto, um importante antígeno candidato à vacina, O EBA-175 apresenta duas regiões bem caracterizadas: a região II - conservada, imunogênica e com 2 segmentos ricos em cisteína (F1 e F2) que estão envolvidos na ligação do parasito à glicoforina-A da superfície dos eritrócitos e, a região III – apresentando fragmentos C (cepa CAMP) e F (cepa FCR3), que são mutuamente exclusivos, que definem as famílias alélicas do EBA-175. Estudos realizados em áreas hiperendêmicas de malária na África mostraram uma forte associação entre a forma clínica da doença e o dimorfismo da região III do EBA-175. As diferenças observadas entre áreas endêmicas em relação aos parasitos circulantes são fatores importantes em termos de estratégias de desenvolvimento de uma vacina visto que sua eficácia pode variar em diferentes cenários epidemiológicos. Neste estudo avaliou-se a diversidade genética das regiões II e III do EBA-175 apresentada pelos isolados naturais de P. falciparum provenientes de Porto Velho (RO), área de transmissão instável como são as áreas brasileiras, associando-a as variáveis de morbidade e exposição à malaria. Os isolados, obtidos ao longo de 13 anos, foram divididos em grupos de acordo com o ano da coleta: PV94/1994 (n= 101), PV02/2002 (n= 57) e PV07/2007 (n=30). Após a extração do DNA o polimorfismo genético foi analisado por PCR e seqüenciamento. Observamos na região II apenas um tipo de fragmento, com 926 pb. Na região III, observamos o clássico dimorfismo com uma freqüência maior do fragmento-C (84.3%). A infecção mista foi observada em 1,6% dos isolados. O fragmento-C foi amplificado em maior freqüência nos isolados das três coletas realizadas. Não observamos diferenças nas frequências dos fragmentos C e F entre os 3 grupos estudados. A análise do seqüenciamento da região II revelou 5 alterações nucleotídicas em 3 dos 15 isolados. Essas alterações levaram a 2 trocas de aminoácidos. A análise do seqüenciamento da região III evidenciou: no fragmento-C, 8 trocas de nucleotídeos em 3 das 45 amostras. Essas alterações levaram a 7 mudanças de aminoácidos; no fragmento-F, 2 alterações nucleotídicas foram reveladas em 2 das 11 amostras. Estas alterações levaram a 4 trocas de aminoácidos. Esses dados sugerem que não há diferenças significantes nas porções gênicas que codificam as regiões II e III do EBA-175 entre os isolados de P. falciparum circulantes em Porto Velho. Além disso, observamos que a frequência do dimorfismo alélico do EBA-175 é temporalmente estável e ausência de associação entre o polimorfismo encontrado e as variáveis de morbidade e exposição à malária. / P. falciparum Erythrocyte Binding Antigen 175 (EBA-175) plays a central role in erythrocytes invasion being considered, therefore, a target for malaria vaccine development.This antigen present to well characterized regions: the region II - conserved and immunogenic, that contains two cysteine-rich segments (F1 and F2), which are involved in binding to glycophorin-A on the surface of erythrocytes and, the region III – that contains mutually exclusive C (strain CAMP) and F (strain FCR3) fragments, which defines the two allelic families of EBA-175. Several studies performed in high endemicity malaria area in Africa have shown the influence of this dimorphism on clinical disease and outcome. The differences observed between different endemic areas in relation to exposed individuals and the circulating parasites are important factors in terms of vaccine strategies since the efficacy of a potential vaccine may vary in different epidemiological scenarios. The goal of this study was to evaluate the genetic diversity of regions II and III of EBA-175 in P. falciparum isolates from Porto Velho (RO), a region of malaria unstable transmission, and the influence of this diversity on malaria morbidity and exposure variables. The blood samples were collected in three time points between 1994, 2002 and 2007 (PV94 group, n=101; PV02 group, n=57; PV07 group, n=30, respectively). The genetic polymorphism was analyzed by PCR and sequencing. We observed in the region II only one type of fragment with 926 bp. In the region III we observed the classic dimorphism with a higher frequency of the C-fragment (84.3%). The mixed infection was observed in 1.6% of isolates. There were no differences in the frequency of fragments C and F among the 3 groups. Sequencing of region II revealed 5 nucleotide changes in 3 of 15 isolates, leading to 2 amino acids replacements. Sequencing of region III revealed that: in the C-fragment there were 8 nucleotide changes in 3 of 45 samples, leading to 7 amino acids replacements; in the fragment-F there were 2 nucleotide changes , in 2 of 11 samples, leading to 2 amino acids replacements. Our results showed: reduced genetic diversity in P. falciparum EBA-175 isolates circulating in Porto Velho; predominance of C-fragment and temporal stability of allelic dimorphism of the EBA-175. Moreover, no association was observed between the EBA-175 dimorphism and malaria morbidity and exposure variables.

Made available in DSpace on 2014-05-29T12:01:35Z (GMT). No. of bitstreams: 4 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 0000012.pdf: 1138915 bytes, checksum: 4b472336f860a4aed2a7df264fa6da9e (MD5) 0000012.pdf.txt: 255613 bytes, checksum: e25a3bce5f0aa1fdddb0d8d14149e952 (MD5) 0000012.pdf.jpg: 1283 bytes, checksum: 14abd19a722e0375fea694f309c46380 (MD5) Previous issue date: 2013 / Introdução: Ainda são relativamente poucos os estudos realizados mundialmente para caracterizar a distribuição das taxas de incidência e mortalidade por câncer em jovens, bem como para a exploração dos aspectos biológicos desses tumores. Adicionalmente, em relação ao câncer de mama, têm sido publicados relatos sugerindo um aumento na incidência e na mortalidade em mulheres jovens em diferentes populações, sendo os polimorfismos genéticos associados ao câncer de mama nestas mulheres, ainda pouco estudados. Objetivo: caracterizar a distribuição epidemiológica do câncer em adultos jovens no Brasil com ênfase no câncer de mama feminino e determinar a magnitude de associação de polimorfismos nos genes CYP17, CYP19 e NQO1 e a ocorrência de câncer de mama em mulheres jovens. Métodos: Foram realizados dois estudos descritivos da incidência, da morbidade hospitalar e da mortalidade por câncer no Brasil. O primeiro analisou a distribuição epidemiológica do câncer em jovens de 20-24 anos e o segundo analisando o câncer de mama em mulheres menores de 50 anos. Adicionalmente, foi realizado um estudo epidemiológico-molecular explorando a associação dos polimorfismos dos genes CYP17, CYP19 e NQO1 com câncer de mama em mulheres jovens. Este estudo consiste em um braço de uma investigação caso-controle de base hospitalar realizada na cidade do Rio de Janeiro, com 270 casos de câncer de mama e 270 controles ambos entre 18-35 anos. Resultados: Nos jovens entre 20-24 anos, o câncer de testículo foi a principal localização anatômica em homens, as neoplasias da glândula tireoide, do colo de útero e a doença de Hodgkin nas mulheres e o câncer de encéfalo a principal causa de morte por câncer em ambos os sexos. Em mulheres menores de 50 anos, os resultados sugerem um aumento das taxas de incidência de câncer de mama na maior parte das capitais brasileiras analisadas. / Nosso estudo caso-controle não observou a presença de associação entre o polimorfismo MspA1 do gene CYP17 e Arg Cys do gene CYP19 e a ocorrência de câncer de mama em mulheres menores de 36 anos. Entretanto, um aumento estatisticamente significativo do risco estimado de câncer de mama foi identificado em mulheres que possuíam pelo menos um alelo polimórfico do gene NQO1 (OR 1,96; IC 95 por cento 1,13-3,40), quando ajustado por variáveis de confundimento selecionadas. Conclusão: Nossos resultados retratam o padrão epidemiológico do câncer em adultos jovens no Brasil e sugerem que o polimorfismo T da NQO1 possa ser um fator de risco para o câncer de mama em mulheres jovens.

Made available in DSpace on 2014-05-29T12:13:41Z (GMT). No. of bitstreams: 4 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 69483.pdf: 23322936 bytes, checksum: da546ea400de59d62ce689a1527ed801 (MD5) 69483.pdf.txt: 321680 bytes, checksum: 6370ce3e181189c675b71fee7ec4e25c (MD5) 69483.pdf.jpg: 1479 bytes, checksum: bb823fd956b9bef3d685e4e511e60e9a (MD5) Previous issue date: 2014-05-07 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / A tuberculose (TB) é a principal causa de morbi-mortalidade por doença infecciosa no mundo. A cada ano ocorrem cerca de 9 milhões de novos casos com aproximadamente 2 milhões de mortes, sendo que, somente 1 em cada 10 indivíduos desenvolvem a doença. Fatores genéticos do hospedeiro podem influenciar no controle da susceptibilidade à doença. Desta forma, este trabalho teve como objetivo a caracterização de polimorfismos genéticos associados à imunopatogênese da TB. Para tanto, foram incluídos 172 pacientes com TB pulmonar ativa e 173 indivíduos controle sadios. Foi realizada a extração de DNA em todos os participantes deste estudo e os polimorfismos foram caracterizados para: NOS2A (-954G\2192C), IFNG (+874T\2192A), receptor de vitamina D (VDR) (TaqI, FokI, BsmI e ApaI) e proteína transportadora da vitamina D (DBP) (HaeIII e StyI). Não foi possível determinar nenhuma associação com o desenvolvimento da TB em relação aos polimortismos genéticos descritos neste estudo No entanto, quando ajustamos a casuística em relação ao sexo e raça podemos verificar que o polimorfismo no gene VDR determinado pela enzima de restrição TaqI foi associado com o desenvolvimento da TB em nossa população. Apesar de não observarmos significância estatística em relação aos outros polimorfismos deste gene VDR (FokI, BsmI e ApaI), foi possível obervar que cinco das dezesseis possíveis combinações genéticas foram consideradas raras, sendo seis delas encontrados em cerca de 74,8%, tanto nos pacientes com TB quanto nos indivíduos controle. Apesar de não terem sido observadas diferenças estatísticas nos polimorfismos dos genes avaliados neste estudo, estes devem ser considerados de extrema importância na compreensão da ação do sistema imune bem como a expressão de seus produtos no desenvolvimento da TB, em células infectadas ou não pelo Mtb. Desta forma, análises funcionais em relação a estes genes e seus produtos estão em andamento para tentarmos esclarecer esta associação e possivelmente assegurar seu papel no desenvolvimento da tuberculose em nossa população / Tuberculosis (TB) is the main cause of morbid-mortality by an infection disease worldwide. Each year 9 million new cases occur with approximately 2 million deaths, and among them, only 1 in each 10 persons will develop the disease. Host genetic factors can influence the control of the disease susceptibility, thus, the objective of this study was to characterize the genetic polymorphisms associated with the immunopathogenesis of TB. We included 172 active TB patients and 173 health control individuals. The DNA extraction was carried out in all the participants of this study and the polymorphisms were characterized for: NOS2 (-954G→C), IFNG (+874T→A), vitamin D receptor (VDR) (TaqI, FokI, BsmI e ApaI) and vitamin D binding protein (DBP) (HaeIII and StyI). It was not possible to demonstrate any association with the development of the TB regarding the genetic polymorphisms described in this study. However, when we adjusted the cases and healthy controls by matching sex and race we could verify statistical significance in the TaqI restriction site in the VDR gene, meaning that this restriction site may be associated with TB susceptibility in our population. Besides the lack of association among the other polymorphisms sites in theVDR gene (FokI, BsmI e ApaI), we could observe that five of sixteen genotype combinations were rare, although, six of them were found in aproximatelly 74,8% of TB cases and control individuals. Regardless of statistical differences among the evaluated polymorphisms in this study not being observed, those genes must be considered of extreme importance to understand the immune system actions as well as its product expression on TB development, in cells infected or not by Mtb. Thereby, studies in our population are in progress to try to identify the functional role of IFNG, NOS2A, VDR e DBP SNPs since their secreted products are relevant to the innate and adaptive immune response against Mycobacterium tuberculosis.

PEREIRA, Eliane dos Santos. Helicobacter pylori : importância dos genes da ilha e de adesão no câncer gástrico (Intestinal e Difuso) e em estudos de risco. 2015. 109 f. Tese (Doutorado em Microbiologia Médica) – Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2015. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2015-11-19T12:51:50Z No. of bitstreams: 1 2015_tese_espereira.pdf: 9283891 bytes, checksum: a93370ba6b307228f91e2634a170e1b5 (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2015-11-19T13:05:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_tese_espereira.pdf: 9283891 bytes, checksum: a93370ba6b307228f91e2634a170e1b5 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-19T13:05:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_tese_espereira.pdf: 9283891 bytes, checksum: a93370ba6b307228f91e2634a170e1b5 (MD5) Previous issue date: 2015 / Gastric cancer (GC) is the third cause of cancer death worldwide. The etiology of gastric cancer is multifactorial and it i s being well established an association with infection by Helicobacter pylori . The genetic susceptibility to GC is postulated by exposure of a large proportion of the population to risk factors, but only part of this people develops the neoplasia. Furtherm ore, the H. pylori pathogenic character is given by the presence of cag - PAI pathogenicity island (cytotoxin associated gene pathogenicity island - cagPAI ) as well as allelic variation vacA s1m1 . About the host, genetic polymorphisms have been associated wi th the risk of GC, indicating these changes are potential genetic susceptibility markers in these tumors, however, few repair enzymes SNPs are studied. In the context of gastric carcinogenesis, it is necessary to consider the differences about histopatholo gy, age and gender. So, the aim of this study is to investigate the association of SNPs in DNA repair genes, APE1 2197 (T> G) and MLH1 - 93 (G>A), added to CDH1 - 160 (C>A) and - 347 (G>GA) SNPs. The CDH1 protein is associated with hereditary diffuse cancer an d genetic susceptibility. The histological subtypes, age and sex were importante data considered to the analyses. H. pylori genotype was determined by the presence of genes. cagA , cagE, cagG, cagT, virB11, vacA, oipA and hopQII. The H. pylori genotypes con sidered at risk study and individualized in the latest study. For this, it were included 285 patients with gastric cancer and 391 healthy controls matched for age and sex (1: 1 or 1: 2) from two different regions in Brazil: Ceará and Pará. The positivity f or H. pylori was observed in 87.71% of cases. In a risk study was observed a protection for intestinal tumors and it was associated with the G allele of APE1 (T> G) in women <55 years and GA allele CDH1 - 347 (G>GA) for men aged ≥ 55 years. In diffuse tumors, the group aged <55, the A allele of MLH1 - 93 (G>A) was associated with protection and the G allele of APE1 (T>G) was associated with risk in men in this age group. The G allele of APE1 (T>G) was also associated with the absence of distant metastases and the A allele of MLH1 (G>A) with absence of lymph nodes commitment. In the intestinal subtype, carriers patients G allele of APE1 (T>G were infected with significantly less virulent strains. In the stu dy with H. pylori strains, most cases had the full island regardless of histologic subtype. The cagA and cagE genes were present in most strains. According to the classification tree method analysis, some genes as cagG and cagE (in vacAs1 strains) proved f undamental in the separation of GC histological subtypes. The presence of cagG and cagE genes concomitantly or absence of cagG in H. pylori looks like classifies the intestinal tumor. While the presence of the cagG gene associated with the cagE absence cla ssifies the diffuse tumors. The cagM (+) cagG (+) genotype with the presence of the cagE gene classifies the intestinal tumor, since in the absence of cagE the tumors are classified by diffuse type. Regarding adhesion genes, there was a greater frequency o f oipA gene, followed by hopQI and hopQII . In summary, these data indicate that H. pylori genotype, histological subtype tumors, age and gender are important factors to be considered in polymorphisms analyzes. Despite the complexity to explain what are the factors that contribute to the separation of strains in intestinal and diffuse subtypes, it is clear that there are different pathways associated with these strains. And these genes may be potential markers of different histological subtypes. / O câncer gástrico (CG) é a terceira causa de morte por câncer no mundo. A etiologia do CG é multifatorial sendo bem estabelecida a associação com a infecção por Helicobacter pylori. A susceptibilidade genética ao CG é postulado pela exposição de uma grande proporção da população a fatores de risco, mas somente um grupo desenvolve essa neoplasia. Por outro lado, o caráter patogênico de H. pylori é dado pela presença da ilha de patogenicidade cag-PAI (cytotoxin associated gene pathogenicity island - cagPAI) bem como a variação alélica vacA s1m1. Pelo lado do hospedeiro, polimorfismos genéticos têm sido relacionados com o risco de CG, indicando que estas alterações são marcadores potenciais de susceptibilidade genética nestes tumores, entretanto, poucos SNPs de enzimas de reparo são estudadas. No contexto da carcinogenêse gástrica, há ainda que se considerar as diferenças com respeito a histopatologia, idade e gênero. Assim o objetivo deste trabalho é verificar a associação dos SNPs em genes de reparo do DNA, APE1 2197(T>G) e MLH1 -93(G>A), adicionadas aos SNPs de CDH1 -160 (C>A) e -347 (G>GA) por ser uma proteína associada ao câncer difuso hereditário, com a susceptibilidade genética. Os subtipos histológicos, idade e sexo foram dados importantes considerados para as análises. O genótipo de H. pylori, foi determinado pela presença dos genes cagA, cagE, cagG, cagT, virB11, vacA, oipA e hopQII sendo os genótipos de H. pylori considerado no estudo de risco e individualizada no último estudo. Para isso, foram incluídos 285 pacientes com câncer gástrico e 391 controles saudáveis pareados por idade e sexo (1:1ou 1:2) de duas regiões diferentes do Brasil: Ceará e Pará. Positividade para H. pylori em 87,71% dos casos. Foi observado no estudo de risco uma proteção para os tumores intestinais foi associado ao alelo G de APE1 (T>G) em mulheres com <55 anos e o alelo GA de CDH1 -347 (G>GA) para homens com ≥ 55 anos de idade. Nos tumores difusos, o grupo com < 55 anos, o alelo A de MLH1 -93 (G>A) foi associado à proteção e o alelo G de APE1 (T>G) foi associado com o risco em homens neste grupo de idade. O alelo G de APE1 (T>G) também foi associado à ausência de metástase a distância e o alelo A de MLH1 (G>A) com ausência de metástase em linfonodos regionais. No subtipo intestinal, pacientes portadores do alelo G de APE1(T>G) foram significativamente infectados por cepas menos virulentas. No estudo com as cepas de H. pylori a maioria dos casos possuiu a ilha completa independente do subtipo histológico. Os genes cagA e cagE estavam presentes na maioria das cepas. Segundo as análises através do método da árvore de classificação, alguns genes como cagG e cagE (em cepas vacAs1) se mostraram fundamentais na separação dos subtipos histológicos de CG. A presença dos genes cagG e cagE concomitantemente, ou ausência de cagG in H. pylori parece classificar o tumor em intestinal. Enquanto que a presença do gene cagG associado a ausência de cagE classifica os tumores em difusos. O genótipo cagM (+) cagG (+) com a presença do gene cagE classifica o tumor em intestinal , já na ausência de cagE, classifica os tumores em difusos. Em relação aos genes de adesão houve uma maior frequência do gene oipA, seguido de hopQI e hopQII. Em resumo, estes dados indicam que o genótipo de H. pylori , subtipo histológico, idade e gênero são importantes fatores a serem considerados em análises com polimorfismos. E apesar da complexidade de explicar quais são os fatores que contribuem para a separação das cepas nos subtipos intestinal e difuso, é notório que existem vias diferentes associadas a essas cepas. E que estes genes podem ser potenciais marcadores de diferentes subtipos histológicos.

HOLANDA, T. C. O Relacionamento do problema de sequenciamento clássico com o problema do caixeiro viajante e sua resolução numa abordagem evolutiva. 2015. 70 f. Dissertação (Mestrado em Logística e Pesquisa Operacional) – Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2015. / Submitted by Marlene Sousa (mmarlene@ufc.br) on 2015-12-09T11:34:16Z No. of bitstreams: 1 2015_dis_tcholanda.pdf: 1773276 bytes, checksum: 5f5c4ae36ad21589935018d6527fb303 (MD5) / Approved for entry into archive by Marlene Sousa(mmarlene@ufc.br) on 2015-12-18T18:30:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_dis_tcholanda.pdf: 1773276 bytes, checksum: 5f5c4ae36ad21589935018d6527fb303 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-18T18:30:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_dis_tcholanda.pdf: 1773276 bytes, checksum: 5f5c4ae36ad21589935018d6527fb303 (MD5) Previous issue date: 2015-09-21 / The resolution of a Flow Shop Problem is always an operation which requires great resources, due to the large volume of data inherent in the problem formulation. The successful use of Genetic Algorithm when applied to the Classic FSP took place through computational experiments found in the literature. The aim of this work is to relate the similarities of the Classic Scheduling Problem as a Traveling Salesman Problem (TSP) and solve it using the Genetic Algorithm metaheuristic. Computational experiments were performed using the OR - Library instances (Beasley, 1990), dataset of Taillard (1993). The analysis of the solutions obtained by genetic operators were carried out in order to show the progress of the search. The proposed method was compared with other discrete methods where there is evidence of the good performance of Genetic Algorithm / A resolução de um Problema de Sequenciamento sempre é uma operação que demanda grandes recursos, devido ao grande volume de dados inerentes a formulação do problema. O uso bem sucedido do Algoritmo Genético quando aplicado ao Problema de Sequenciamento Clássico deu-se através dos experimentos computacionais encontrados na literatura. O objetivo geral deste trabalho é relacionar as similaridades do Problema de Sequenciamento Clássico como um Problema do Caixeiro Viajante e resolvê-lo utilizando a metaheurística Algoritmo Genético. Foram realizados experimentos computacionais utilizando as instâncias da OR-Library (Beasley, 1990), conjunto de dados de Taillard (1993). A análise das soluções obtidas por operadores genéticos foram realizadas, com o intuito de mostrar a evolução da busca. O método proposto foi comparado com outros métodos discretos, onde constata-se o bom desempenho do Algoritmo Genético, apresentando melhores resultados em 69 das 90 instâncias testadas

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-02T18:56:00Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3307484 bytes, checksum: 4866807412176ce78c495b4aa9ee2ee1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T18:56:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3307484 bytes, checksum: 4866807412176ce78c495b4aa9ee2ee1 (MD5) Previous issue date: 2003-06-09 / Visando propiciar subsídios para o aperfeiçoamento dos processos voltados ao melhoramento do cacaueiro no Brasil, foram conduzidos estudos sobre a coleção de germoplasma do CEPEC – Centro de Pesquisa do Cacau, em Ilhéus, na Bahia, e ensaios de avaliação de progênies, que abordaram os caracteres de maior importância para a cultura: resistência à vassoura-de- bruxa e podridão parda, produtividade, características físicas de fruto e semente, teor e dureza da gordura e concentração de ácidos graxos e triglicerídeos. Nestes, foram definidas metodologias de maior adequação para a avaliação de germoplasma, e um antigo debate sobre a ocorrência ou não de relação entre a produção de clones e de suas progênies foi elucidado, alcançando-se esta associação pela correção dos valores computados por uma variável associada ao porte: área do caule; e a partir desta foram identificadas as séries e genótipos de melhor desempenho para o caráter. Por outro lado não foi identificada qualquer associação entre distância genética e capacidade específica de combinação. Também com correção para porte, e inclusão de correção para efeitos de posição na área da coleção, foram identificados os acessos e séries de acessos mais promissores em relação à resistência à vassoura-de-bruxa, constatando-se a ocorrência de um elevado número de genótipos com forte distinção, muitos dos quais de diferentes origens e com baixa similaridade genética entre si, conforme estudo com marcadores moleculares RAPD e Microssatélites; e genótipos introduzidos mais recentemente propiciaram uma expressiva ampliação da diversidade do conjunto de acessos resistentes da coleção. Há, então, fortes indicativos da existência da possibilidade de se alcançar a associação de diferentes genes de resistência e de se ampliar a diversidade em cultivo, aspecto premente, uma vez que foi identificada, na coleção, a redução do destaque de descendentes da fonte tradicional de resistência e base das variedades atualmente distribuídas, o Scavina 6, e foi captado um processo inicial de evolução do patógeno: isolados amostrados em materiais resistentes diferem genéticamente dos amostrados em genótipos susceptíveis, conforme marcadores RAPD. Foi observada a existência de correlação entre resistência à vassoura- de-bruxa, para almofadas, ramos e frutos, e à podridão parda, havendo destaque geral, em relação a estes caracteres, para séries Amazônicas, derivadas de populações selvagens, series estas que tendem, também, a apresentarem maiores teores de gordura. Este último caráter, por sua vez, é relacionado de forma negativa com produção, para a qual, assim como para o peso de uma semente e o peso de sementes por frutos, as séries de melhores desempenhos são derivadas de populações domesticadas. Para as características físicas de semente também se observou associação significativa entre desempenho ‘per se’ e capacidade geral de combinação, o que mostra a importância da avaliação de germoplasma quanto a estes caracteres, no que diz respeito a eficiência na escolha de genótipos a serem testados como progenitores. Isto também foi constatado para a dureza de manteiga, caráter predominantemente determinado pelas proporções dos ácidos graxos oleico (O), linoleico (L) e esteárico (S) e dos triglicerídeos SOS, SOO e PLO. Tais ácidos graxos e triglicerídeos são importantes como variáveis auxiliares para se alcançar uma melhor diferenciação entre séries, sendo o grau dureza destas, ora explicado pela proporção baixa ou elevada de um ou dois dos ácidos graxos insaturados citados, ora, principalmente, pela concentração de esteárico. Com diversos dos caracteres estudados foram observadas fortes associações entre fenótipo e marcas moleculares, marcas estas, de modo geral, distintas quando da consideração do tipo Amazônico e quando da de Trinitários-Criollos. Através de uma análise de fatores foi possível identificar um fator de peso de sementes e frutos, um de produção, havendo para estes destaque de séries da América Central e Caribe e séries derivadas de populações cultivadas, e um de resistência, para o qual se destacam séries selvagens Amazônicas; e, na busca de variedades com adequadas características gerais e portadoras de diferentes genes associados à resistência, a associação destes grupos e a atuação dentro de cada um deles, através de um processo de seleção recorrente recíproca, apresenta-se, claramente, como uma opção lógica para o melhoramento do cacaueiro. / Studies were carried out at CEPEC germplasm collection and progeny trials in Ilhéus-BA, considering the most important traits for cacao crop: resistance to witches’ broom and black pod diseases, productivity, physical characteristics of pod and seed, fat content and hardness, and concentration of fatty acids and triglycerides, aiming the development of the cacao breeding in Brazil. More adequate methods to evaluate cacao germplasm were defined, and an old discussion about the correlation between clone production and their progenies was settled correcting the assessed values by means of the stem area variable. Using this variable, series and genotypes with better performance for this character were identified. No association between genetic distance and specific combination capability was identified. Associating the correction of the stem area and the effect of plant position inside the collection area, the most promising assesses and series for witches’ broom resistance were identified and a high number of outstanding genotypes were noted, many from different origins and low genetic similarity as shown by RAPD and microsatellites markers. Genotypes recently introduced increased the genetic diversity of the available resistant clones. Therefore, there are strong indications of the possibility of the association of different resistance genes to amplify the crop diversity. This is very important since it was identified in the collection a decreasing in the superiority of the traditional source of resistance and ascendant of the nowadays varieties, the Scavina 6 clone, and a initial process of pathogen evolution was detected: RAPD markers showed genetic differences of isolates from susceptible and resistant materials. A correlation between resistance to witches’ broom and black pod diseases including floral cushions, branches and pods was observed and for these characters there is a general preeminence of Amazonian series from wild cacao population which showed, also, higher fat content in the seeds. Fat content is a character negatively related to production as happens to seed weight and seed weight per pod. Series from domesticated populations usually present better performances to these characters. The significant association between performance ‘per se’ and general combining ability for physical properties of seed showed the importance to evaluate these characters when choosing genotypes to be tested as parents. The same was observed in relation to butter hardness, character influenced primarily for the concentrations of the oleic (O), linoleic (L) and stearic fat acids and SOS, SOO and PLO triglycerides. The proportion of fatty acids and triglycerides responsible for butter hardness can be used also for better differentiation between series. Several characters studied presented strong associations between phenotype and molecular markers which are generally distinct between Amazon and Trinitary – Criollos. Through a factor analysis it was possible to identify a factor of seeds and pods weight, a factor of production and a factor of resistance. Series from Central America and Caribean Islands and series from cultivated populations show distinctive production and seeds and pods weigh factors and Amazonian wild series are noted for resistance factor. In the quest for better varieties showing resistance and good general characteristics, to associate these groups and actuate within each one through a process of reciprocal recurrent selection, is a logical and clear option for cacao breeding. / Tese importada do Alexandria