Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, 2016. / Submitted by Camila Duarte (camiladias@bce.unb.br) on 2017-02-03T14:02:45Z No. of bitstreams: 1 2016_SusanIngridArayaSalas.pdf: 11865903 bytes, checksum: 486d83520fcf069206a484db04106a76 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-02-13T18:29:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_SusanIngridArayaSalas.pdf: 11865903 bytes, checksum: 486d83520fcf069206a484db04106a76 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-13T18:29:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_SusanIngridArayaSalas.pdf: 11865903 bytes, checksum: 486d83520fcf069206a484db04106a76 (MD5) / O gênero Passiflora compreende centenas de espécies silvestres e cultivadas de maracujá que possuem diversos usos na alimentação, na indústria, na medicina e também no paisagismo. Esforços para desenvolver ferramentas de análises genéticas em Passiflora edulis Sims, a espécie mais importante do gênero Passiflora, ainda são incipientes. Nessa pesquisa, é descrito o uso do Sequenciamento de Nova Geração para a montagem parcial do genoma de P. edulis com o intuito de desenvolver centenas de novos marcadores microssatélites. Um total de 14,11 Gpb de reads de sequências paired-end de Illumina foram analisadas para detectar sequências simples repetidas no genoma de maracujá. Uma amostra de 1.300 contigs que continham sequencias de microssatélites foram selecionadas para o desenvolvimento de primers para PCR. Os painéis para os marcadores di- e trinucleotídeos selecionados, foram testados em acessos de P. edulis para a sua validação. Polimorfismo foi detectado em 74% dos marcadores (PIC=0,16-0,77; número de alelos/loco=2-7). Os marcadores mais polimórficos (PIC=0,46-0,77) foram usados em análises de transferibilidade, modo de reprodução e confirmação de cruzamentos. Os marcadores foram testados em 78 espécies de Passiflora, onde aproximadamente 71% da combinação marcador/espécie foi positiva para a amplificação em todas as espécies testadas. No estudo do modo de reprodução da cultivar BRS Maracujá Jaboticaba de P. edulis, nas populações de polinização aberta, a taxa de cruzamento multiloco (tm) variou entre 0,409 e 0,566, evidenciando modo de reprodução misto por meio de autogamia e alogamia. Na confirmação de cruzamentos, foram analisados os genitores de quatro genealogias para a Inclusão ou Exclusão Categóricas para cada loco, e então calculados os Índice de Paternidade (PI) e a Probabilidade de Paternidade (W) para os verdadeiros genitores. Os marcadores microssatélites testados auxiliaram na exclusão de 7 supostos genitores de 6 cruzamentos em 4 genealogias, e confirmaram como genitores verdadeiros 5 dos supostos genitores, onde W variou entre 95,137 e 99,999%. Nossos estudos confirmaram a obtenção dos híbridos sexuais do cruzamentos interespecífico P. edulis GA2 x P. incarnata. Os marcadores moleculares microssatélites desenvolvidos, validados e utilizados nesse trabalho serão de grande utilidade para diferentes estudos genéticos das Passifloras por diferentes grupos de pesquisa no Brasil e no mundo. / The Passiflora genus comprises hundreds of wild and cultivated species of passion fruit used for food, industrial, ornamental and medicinal purposes. Efforts to develop genomic tools for genetic analysis of P. edulis, the most important of the Passiflora species, are still incipient. We describe the use of NGS technology to partially assemble the P. edulis genome in order to develop hundreds of new microsatellite markers. A total of 14.11 Mbp of Illumina pairedend sequence reads were analyzed to detect simple sequence repeat sites in the sour passion fruit genome. A sample of 1,300 contigs containing perfect repeat microsatellite sequences was selected for PCR primer development. A panel of di- and tri-nucleotide repeat markers selected were then tested in P. edulis germplasm accessions for validation. DNA polymorphism was detected in 74% of the markers (PIC= 0.16 to 0.77; number of alleles/locus= 2 to 7). A core panel of highly polymorphic markers (PIC= 0.46 to 0.77) was used in analysis of cross-amplify, matting system and confirmation crosses in Passiflora. The markers tested in 78 species of Passiflora resulted in 71% of the marker/species combinations for positive amplicons in all species tested. In the study of matting system in the cultivar BRS Maracujá Jaboticaba of P. edulis, in three of the offspring that comes from commercial orchards of P. edulis allogamy were confirmed with multilocus outcrossing rate (tm) 0,409 to 0,566, that is an evidence of the mixed mating system through autogamy and allogamy. For the confirmation of crosses we analyzed the genitors from crosses of four genealogies by Categorical Inclusion or Exclusion for each loci, and then, estimated the Paternity Index (PI) and the Probability of Paternity (W) for the true genitor. Microsatellite markers tested assist for the exclusion of 7 alleged genitors of 6 crossings in 4 genealogies, and confirmed as a true genitors 5 alleged genitors, where W was rated between 95.137 and 99.999%. Our research confirms the achievement of sexual hybrid for interspecific crossing of P. edulis GA2 x P. incarnata. The new microsatellite markers, validated and used in this research, will be useful for different genetic studies of Passiflora by different research groups in Brazil and worldwide.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, 2018. / Submitted by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-07-13T17:45:21Z No. of bitstreams: 1 2018_JamiledaSilvaOliveira.pdf: 3114392 bytes, checksum: 508d56fcfd4c7cf51fbae3f661ecffc7 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-07-14T19:46:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2018_JamiledaSilvaOliveira.pdf: 3114392 bytes, checksum: 508d56fcfd4c7cf51fbae3f661ecffc7 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-14T19:46:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2018_JamiledaSilvaOliveira.pdf: 3114392 bytes, checksum: 508d56fcfd4c7cf51fbae3f661ecffc7 (MD5) Previous issue date: 2018-07-13 / O gênero Passiflora é considerado o mais representativo da família Passifloraceae, com cerca de 500 espécies, a maioria das quais tem como centro de origem a América Tropical, das quais 139 estão dispersas no território brasileiro, colocando o Brasil, entre os principais centros de diversidade genética do gênero. Objetivou-se, neste trabalho, avaliar a diversidade genética e caracterizar germoplasma do gênero Passiflora com base em características qualitativas, quantitativas, marcadores moleculares, na germinação de sementes e na emergência de plântulas. O estudo foi realizado na Unidade de Apoio da Fruticultura, no Laboratório de Análises de Alimentos e no Laboratório de Biologia Molecular da Embrapa Cerrados. Nos cinco primeiros capítulos foram caracterizados 15 acessos de Passiflora spp. utilizando 58 descritores morfoagronômicos qualitativos multicategóricos (23 de folha, 25 de flor e 10 de fruto) e 14 descritores quantitativos (8 de flor e 6 de fruto). Na sexta etapa foram caracterizados 125 acessos de Passiflora spp. utilizando 48 descritores qualitativos multicategóricos (23 de folha e 25 de flor). Na etapa de germinação e emergência de plântulas foram avaliados 10 acessos de Passiflora spp. Matrizes de distâncias genéticas, com base nos descritores qualitativos multicategóricos, quantitativos, marcadores moleculares ISSR e RAPD foram calculadas e análises de agrupamento foram realizadas, utilizando o método do UPGMA como critério de agrupamento, a dispersão gráfica foi baseada em escalas multidimensionais usando o método das coordenadas principais. Foi realizada a análise descritiva (mínimo, média, máximo, variância e desvio padrão) das estimativas de distâncias genéticas obtidas com base nos diferentes grupos de características, bem como estimadas as correlações entre tais estimativas. No sétimo capítulo, características quantitativas foram analisadas com base na análise de variância, foram estimados parâmetros genéticos e as médias foram comparadas pelo teste de Tukey a 1% de probabilidade de erro. Houve uma clara diferenciação dos acessos a nível inter e intraespecífico com base na análise multivariada dos descritores de folhas, flores e frutos. E uma tendência de agrupamento dos acessos de P. alata. A caracterização morfoagronômica contribui para a diferenciação dos 15 acessos Passiflora spp. e para a quantificação da variabilidade existente dentro do gênero Passiflora. A caracterização baseada em descritores multicategóricos contribuiu para a diferenciação dos 125 acessos Passiflora spp., para quantificar a diversidade existente e diferenciar os acessos das espécies, sendo importante para estudos mais completos de caracterização e diversidade de recursos genéticos do gênero Passiflora. As sementes de P. alata e P. maliformis devem ser colocadas para germinar logo após a colheita sem necessidade do regulador vegetal. Sementes de P. suberosa podem ser armazenadas por até seis meses e deve-se utilizar regulador vegetal. Sementes de P. caerulea e P. hatschbachii podem ser armazenadas por até três meses e regulador vegetal deve ser usado. As sementes de P. sidifolia devem ser colocadas a germinar logo após a colheita, com uso do regulador. As sementes de P. cincinnata mostraram uma baixa porcentagem de germinação e uma baixa uniformidade no processo germinativo, típico de muitas passifloras. / The Passiflora genus is considered the most representative of the Passifloraceae family, with about 500 species. The majority of Passiflora species are originate from Tropical America and 139 are dispersed in Brazilian territory. Brazil is a main center of genetic diversity of the Passiflora genus. The objective of this work was to evaluate the genetic diversity and Passiflora germplasm characterization based on qualitative, quantitative, molecular traits. The viability and physiological quality of stored and freshly harvested seeds was also evaluated. The study was carried out in the Fruit Support Unit, Food Analysis Laboratory, Genetics and Molecular Biology Laboratory at the Embrapa Cerrados. In the five initial chapters, it were characterized 15 accessions of Passiflora spp. using 58 descriptive morphagronic descriptors (23 from leaves, 25 from flowers and 10 from fruits) and 14 quantitative descriptors (8 from flowers and 6 from fruits). In the sixth chapter, 125 accessions of Passiflora spp. were characterized using 48 multi-categorical descriptors (23 from leaves and 25 from flowers). Seeds germination and seedlings emergence of 10 accessions of Passiflora spp. were evaluated. Genetic distance matrices, based on the quantitative and quantitative traits, ISSR and RAPD molecular markers were calculated and clustering analyzes were performed using the UPGMA method as a clustering criterion. Graphic dispersion of the accessions was performed based on multidimensional scales using the method of principal coordinates. Descriptive statistical analysis (minimum, mean, maximum, variance and standard deviation) of the genetic distances estimates obtained from different characteristics groups were carried out, as well as the correlation between these estimates. In the seventh chapter, quantitative traits were analized by variance analysis, genetics paramters were estimated and the means compared by the Tukey test at 1% of probability. There was a clear differentiation among inter and intraspecific accessions based on multivariate analysis using leaves, flowers and fruits descriptors. A tendency of grouping of the P. alata accessions were verified The morphoagronomic characterization contributes to the differentiation of the 15 Passiflora spp. accessions and to quantify the variability within the Passiflora genus. The characterization based on multicategoric descriptors contributed to the differentiation of the 125 Passiflora spp. accessions. This characterization was important to quantify the existing diversity and to differentiate the accessions of the species. Seeds of P. alata and P. maliformis should be placed to germinate after harvested without plant regulator treatment. P. suberosa seeds can be stored for up to six months and plant regulator should be used. P. caerulea and P. hatschbachii seeds should be stored for up to three months and a regulator must be used. The seeds of P. sidifolia should be germinated after harvested, using the regulator treatment. P. cincinnata seeds showed a low percentage of germination and a low uniformity in the germination process without regulador treatment. The seed germination and storage are a challenge for many wild species of Passiflora.

Nas regiões de transição do clima temperado da Região Sul do Brasil para climas mais quentes, como em Telêmaco Borba (PR), as espécies tradicionalmente plantadas como P. taeda e P. elliottii não expressam todo o seu potencial produtivo. Nessas áreas é necessária a pesquisa por novas espécies visando melhor adaptabilidade, maior potencial de crescimento e qualidade da madeira. Este trabalho teve como objetivos avaliar as características de crescimento de P. maximinoi em Telêmaco Borba (PR), em comparação com P. taeda e P. elliottii, plantadas comercialmente, estudar as variabilidades genéticas para as características de crescimento, retidão do fuste e diâmetro dos ramos, para verificação da viabilidade da seleção precoce e avaliar o método de melhoramento mais eficiente em Pinus maximinoi H.E. Moore. Com essa finalidade, foi estabelecido um teste combinado de procedências e progênies com 53 progênies de cinco diferentes procedências, em Telêmaco Borba (PR), com delineamento de nove repetições e parcelas lineares de seis plantas, com espaçamento de 3 m x 3 m. As plantas foram avaliadas aos 1, 2, 3, 5 e 8 anos de idade para altura e sobrevivência, e aos 3, 5 e 8 anos para o DAP. A forma do fuste e o diâmetro dos ramos foram avaliados aos 8 anos de idade. Os resultados indicaram que as procedências de P. maximinoi apresentaram superioridade em relação às testemunhas comercialmente plantadas (P. taeda e P. elliottii) em Telêmaco Borba (PR), para as características de crescimento. P. maximinoi apresentou produção volumétrica de 0,2329 m3 sólidos com casca, aos oito anos de idade, porém apresentou árvores com fustes tortuosos. A média do volume das procedências de P. maximinoi foi 48,9% superior ao volume médio das plantações comerciais de P. taeda, na mesma idade e condições de sítio. Foram detectadas variações genéticas significativas entre e dentro de procedências e progênies para as características de crescimento, retidão do fuste e diâmetro dos ramos. Essas variações revelaram o potencial das populações em teste para melhoramento através de seleção, para todas as características estudadas. Retidão do fuste e diâmetro dos ramos apresentaram diferenças significativas entre progênies, o que permitirá ganhos para estas características pela seleção dos melhores indivíduos. As correlações genéticas entre idades e as estimativas de ganho por seleção precoce sugerem que a seleção pode ser feita aos 5 anos de idade com a mesma eficiência que aquela feita aos 8 anos de idade, principalmente para a característica DAP. Na transformação do teste de procedências e progênies de P.maximinoi em Telêmaco Borba (PR) em pomar de sementes por mudas, a estimativa de ganho genético em volume de madeira através de seleção por índice multi-efeitos (IME) foi de 24,07%, elevando a produção volumétrica de 0,2329 m3 sólidos com casca por árvore para 0,2863 m3 sólidos com casca por árvore. No pomar de sementes clonal, a estimativa de ganho genético em volume de madeira através do IME foi de 36,65%, com o volume médio passando a 0,31 82 m3 sólidos com casca por árvore.

Este trabalho é parte de um programa de pesquisa realizado no Departamento de Ciências Florestais da Escola Superior de Agricultura de Lavras - ESAL sobre espécies de cerrado, com o objetivo de obter informações básicas para o desenvolvimento de programas de manejo com rendimento sustentado, considerando o uso múltiplo do cerrado. A espécie estudada foi o jatobá do cerrado (Hymenaea stigonocarpa Mart. ex Hayne. ) uma espécie de ampla dispersão, fornecedora de madeira de boa qualidade, resina que pode ser utilizada como medicamento e na fabricação de verniz e ainda frutos com polpa de alto valor protéico utilizada na culinária regional. Para a realização do trabalho foram selecionadas cinco populações (Alpinópolis, Ibiá, Monte Alegre de Minas, Monte Carmelo e Uberaba) na região do Triângulo Mineiro, Alto Paranaíba e Sul de Minas na área de ocorrência da espécie. De cada população foram colhidos frutos de 6 a 25 árvores, que foram avaliados, quanto às dimensões (comprimento, largura e espessura) e número de sementes. As sementes de cada árvore foram avaliadas quanto ao comprimento, largura e espessura e a seguir semeadas em viveiro onde se avaliou a porcentagem de germinação, índice de velocidade de emergência e o crescimento das mudas (altura e diâmetro) aos 12 meses. Uma amostra das sementes de Ibiá foi usada para a realização de testes de quebra de dormência. No ano seguinte fez-se nova amostragem na população de Alpinópolis, onde foram coletados e analisados frutos de 30 árvores. As sementes separadas em função de sua posição dentro do fruto, foram medidas e avaliadas quanto à dormência e crescimento das mudas. Após as avaliações verificou-se que as características morfológicas dos frutos e sementes, a porcentagem de germinação e o crescimento das mudas variaram entre e dentro das procedências estudadas, embora somente as dimensões das sementes e mudas tenham apresentado padrão definido de variação em função da precipitação e temperatura. A variação genética para altura e para diâmetro de muda explicou mais de 80% da variação fenotípica, enquanto que o índice de velocidade de emergência foi fortemente influenciado pelo ambiente. A velocidade de emergência das sementes e o tamanho das mudas não foram influenciados pela sua posição no fruto, enquanto que o tamanho das sementes foi maior nas sementes da porção mediana dos frutos

Orientador: Luiz Doni Filho / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Agrárias / Foram conduzidos experimentos com genótipos de cana-de-açúcar das séries RB84, RB85 e RB89, em 17 locais do Estado do Paraná, que pelas características climáticas apresentam uma região apta, com temperatura favorável ao crescimento da cana-de-açúcar e outra com restrições variadas ao cultivo, ao sul do Estado. Os experimentos utilizados são da Fase Experimental (FE) do processo de obtenção de novas variedades do Programa Cana-de-açúcar da RIDESA -PR. Com o objetivo de validar o método usado na avaliação de novos genótipos de cana-de-açúcar, foram identificados aqueles com bom potencial de produção, determinada a adaptabilidade e estabilidade dos mesmos e comparadas as três séries RB. Para a adaptabilidade e estabilidade usou-se o método de Eberhat e Russel e a identificação e comparação dos genótipos foi feita por teste de médias, coeficiente de variação entre as médias dos diferentes locais, freqüência de superioridade aos padrões, apresentados histogramas por faixa de freqüência para cada série. Usou-se as características de TCH (toneladas de colmos de cana-de-açúcar por hectare) e TPH (toneladas de POL por hectare) como indicativo para a escolha dos melhores genótipos. Pelo método usado, é possível a identificação de genótipos superiores nas três séries. A heterogeneidade dos resultados mostra a necessidade da avaliação ser feita no maior número de locais possível. A interação dos genótipos com o ambiente apresenta aumento de produção com a melhoria de ambiente, com magnitude diversa entre eles, pela variação na resposta dos genótipos a esta interação. Quando comparadas as três séries, embora alguns genótipos de séries diferentes tenham os mesmos progenitores, mostram comportamento diferentes e a RB89 foi a que apresentou valores médios de TCH e TPH menores, porém, como as outras séries, esta possui genótipos promissores, isto é, superiores aos padrões, com potencial para serem cultivados no Estado do Paraná, demonstrando a validade da metodologia usada no processo de seleção de variedades de cana-de-açúcar RB / Experiments were done with genotypes of sugar-cane of the series RB84, RB85 and RB89, in 17 places of the State of Paraná, that is bordering area because the climatic characteristics, to the South, for the cultivation of the sugar-cane. The appraised experiments are of the Experimental Phase (FE) of the process of obtaining new varieties of the Programa Cana-de-açúcar of RIDESA -PR. With the objective of validating the method used in the evaluation of new sugar-cane genotype, they were identified those with good production potential, appraised the adaptability and stability of them and compared with the series three RB. For the adaptability and stability was used the method of Eberhat and Russel and the identification and comparison of the genotype was made by test of averages, coefficient of variation among the averages of the different places, superiority frequency from the patterns, as well as histograms for frequency strip for each series. It was used the characteristics of TCH (tons of sugar-cane culm by hectare) and TPH (tons of POL for hectare) as indicative for the choice of the best genotype. For the used method, it is possible the identification of superior genotype in the three series, The heterogeneity of the results exhibit the need of the evaluation to be done in the largest number of possible locality. The interaction of the genotype with the ambient presents production increase with the ambient improvement, with different intensity among them, by the variation in the response of the genotype to this interaction. When compared the three series, although some genotype of different series have the same progenitors, they show different behavior and for RB89 presented medium values of TCH and smaller TPH, even so, as the other series possesses promising genotype, that is superiors to the patterns, with cultivation potential in the State of Paraná, demonstrating the validity of the methodology used in its improvement

Resumo: Conhecer a variabilidade genética aditiva de características com importância econômica é fundamental para a elaboração de programas de melhoramento genético nas espécies domésticas. Assim sendo, utilizou-se 4.757 lactações completas de búfalas da raça Murrah, obtidas no período de 1985 a 2005 para estimação de parâmetros genéticos das produções acumuladas até os 305 dias de leite (PL305), gordura (PG305), proteína (PP305) e sólidos totais (PST305), e das produções no dia do controle PLDC, PGDC, PPDC e PSTDC, respectivamente, além das porcentagens de gordura (%G) e proteína (%P). Utilizando-se o método de máxima verossimilhança restrita foram realizadas análises tricaracterísticas envolvendo PL305, %G e %P. Considerando as informações no dia do controle, analisaram-se as produções mensais de leite, gordura, proteína e sólidos totais. Os modelos matemáticos incluíram como aleatórios os efeitos genético aditivo, de ambiente permanente e o residual e, como efeitos fixos, o grupo de contemporâneos (rebanho-ano-estação de parto), número de ordenhas e idade da búfala ao parto como covariável (linear e quadrático). Os mesmos efeitos foram incluídos no modelo para ajustes da produção no dia de controle de leite, gordura, proteína e sólidos totais, sendo o efeito de grupo de contemporâneos definido por rebanho-ano-mês de controle. Nas análises tricaracterísticas, observaram-se estimativas de herdabilidade moderadas e as correlações genéticas entre a produção de leite e as porcentagens de gordura e proteína foram baixas e negativas, indicando dificuldade de seleção simultânea para estas características. / Abstract: Know the variability additive of characteristics with importance economic is fundamental for elaboration of programs of improvement genetic on the species domestic. Given this, uses 4.757 lactations completed of buffaloes from race Murrah, obtained into the period of 1985 and 2005, about to valuation of genetic parameters from the yield total the 305 days the milk (Y305), fat (YF305), protein (YP305) and solid totals (YST305), and the yield milk test day (YMTD), fat (YFTD), protein (YPTD) and solid total (YSTTD), there from the percentages of fat (%F) and (%P). Considering the information test day, analyzed productions month of milk, fat, protein and solid total. Variance components were estimated by restricted likelihood method, in analyzed three-trait for Y305, %F and %P. The model mathematicians included additive genetic, environmental permanent effects as random, the fixed effect of contemporary groups, number of to milk and age of the cow at calving as linear and quadratic covariável. Contemporary groups were defined by herd-year-month of test for test day month and by herd-year-season calving for yield total. For test day and yield total estimated by analyzed one and two-trait. / Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Milthon Honorio Muñoz Berrocal / Coorientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Lenira El Faro Zadra / Mestre

Orientador: Maurício Dutra Zanotto / Resumo: Com o objetivo de avaliar a variabilidade genética para as características produtividade de grãos, altura de plantas, ciclo das plantas, massa de 100 grãos e rendimento em grãos, foram testadas 180 progênies, obtidas por autofecundação, de plantas de mamona cultivar AL Guarany 2002. As progênies foram avaliadas em São Manuel-SP e Araçatuba-SP, entre dezembro/2001 e agosto/2002, utilizando-se o delineamento experimental em blocos ao acaso com 3 repetições e parcela experimental com área útil de 10m2. Para maior precisão experimental as 180 progênies foram divididas em quatro experimentos por local, com 45 progênies cada e com cinco parcelas testemunhas correspondentes a cultivar AL Guarany 2002. Foram realizadas as análises de variância individuais e conjuntas e obtidas as estimativas de parâmetros genéticos. Para a característica produtividade de grãos, as médias de progênies, amplitudes de variação de progênies e médias da testemunha AL Guarany 2002 foram 2.990kg/ha, 650 - 4.460kg/ha, 3.010kg/ha para São Manuel-SP e 1.920kg/ha, 30 - 6.740kg/ha e 1.970kg/ha para Araçatuba - SP, respectivamente. Detectou-se diferenças significativas, pelo teste F, em nível de 5% de probabilidade, para todos os experimentos, nos dois locais, com exceção do experimento II, em São Manuel-SP, indicando haver variabilidade entre progênies. As análises conjuntas apresentaram diferenças significativas, pelo teste F, em nível de 5% de probabilidade, para todos os experimentos para a interação progênies por locais, indicando a necessidade de seleção de plantas em nível regional. As estimativas de variância entre progênies, estimativas de variância ambientais e estimativas dos coeficientes de herdabilidade apresentaram valores médios de 0,1229, 0,2731 e 0,5071 em São Manuel-SP e 0,4428, 0,3181 e 0,7649 em Araçatuba-SP, indicando possibilidade.. (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The purpose of the present research was evaluate the genetic variability for 180 castor bean lines to grain yield, plant height and earliness obtained by selfed plants from cultivar AL Guarany 2002. Lines were divided in four sets and tested in two locations (Araçatuba and São Manuel, São Paulo, Brazil), utilizing randomized block designs with three replications, and plots with 10m2. Castor bean cultivar AL Guarany 2002 were included as a control. Joint analysis of variance were made for genetic parameters estimations. Mean grain yield of lines, in São Manuel-SP was 2.990 kg/ha, ranging from 650 to 4.460 kg/ha. In Araçatuba-SP grain yield ranged from 30 to 6.740 kg/ha with an average yield of 1.920 kg/ha. Significative differences among lines were observed in seven of eight experiments, including both places an indication of variability among lines. By the joint analysis of experiments an interaction lines x location was detected which leads to the conclusion of the necessity of selection in a regional level. Genetic variance and heritability coefficients were respectively 0,1299 and 0,5071 for São Manuel-SP and 0,4428 and 0,7649 for Araçatuba-SP. These values point out the possibility of success for increasing grain yield selecting in each place / Doutor

Orientador: Mauricio Dutra Zanotto / Resumo: O presente trabalho objetivou analisar os efeitos de onze ciclos de seleção massal nos componentes da média e da variância na cultivar de milho AL 25, utilizando-se para tanto, 200 progênies de meios irmãos, sendo 100 provenientes do 4º ciclo de seleção massal e outras 100 provenientes do 15º ciclo. A obtenção das progênies de meios irmãos foi efetuada em 1998 e foram conduzidos oito experimentos, em condições de safrinha, nos anos de 1999 e 2000. Em cada ano foram conduzidos quatro experimentos, contendo cada um deles, 25 progênies de meios irmãos de cada ciclo de seleção massal, bem como quatro híbridos simples, como testemunhas. Utilizou-se o esquema de blocos completos casualizados com três repetições, avaliando-se as características produção de grãos e altura de inserção de espigas. Foram realizadas análises de variância individuais e conjuntas, em relação aos dois anos de realização dos experimentos, para a comparação das médias e dos componentes de variância dos ciclos 4 e 15 de seleção massal. Observou-se que houve ligeira redução na variância genética das progênies conforme foram efetuados os ciclos de seleção, para ambas as características analisadas. Ocorreu também aumento pouco expressivo nas médias de produção de grãos e altura de inserção de espigas, com os ciclos de seleção. Os experimentos conduzidos no ano 2000 apresentaram valores superiores para produção de grãos e inferiores para altura de inserção de espigas, em relação aos experimentos conduzidos em 1999. Os resultados permitiram concluir que onze ciclos de seleção massal, a partir do ciclo 4, não promoveram alterações significativas nos componentes da média e da variância na cultivar de milho AL 25. / Abstract: The present research aimed to analyze the effects of eleven cycles of mass selection on the components of mean and variance in Brazilian maize cultivar AL 25, utilizing, one hundred half sib progenies from the 4th cycle of mass selection and a hundred from the 15th cycle. A set of eight experiments was conducted, under summer conditions, in two years (1999 and 2000), with half sibs progenies obtained in 1998. In each year, four experiments were conducted, containing each one of them, 25 half sibs progenies of each cycle of mass selection, utilizing four comercial simple hybrid as checks. Randomized complete blocks was used with three replications and the following characteristics were evaluated: grain yield and ear height. Individual and grouped variance analyses, for two years of experiments, were conducted to the comparation of mean and variance components of 4th and 15th cycles of mass selection. A quick reduction of the genetic variance among progeneis and inexpressive increasing of grain yield and ear height with selection cycles was observed. Higher grain yield and lower ear height was obtained in experiments conducted in 2000 when compared to those conducte in 1999. Through the results it is conclude that eleven cycles of mass selection did not promote significative alterations on the components of mean and variance in Brazilian maize cultivar AL 25. / Doutor

Orientador: Ivan G. Maia / Orientador: Diana Fernandez / Banca: Anne-Lise Haenni / Banca: Pierre Marraccini / Banca: Michel Vincentz / Banca: Luis Vieira / Resumo: A caracterização de promotores ubíquos, tecido-específicos ou induzidos sob determinada condição é importante para a produção e liberação comercial de plantas geneticamente modificadas. Este trabalho apresenta a identificação e caracterização de promotores de genes de café (Coffea arabica), uma cultura de grande importância sócio-econômica. Foram selecionados 41 genes candidatos com padrão de expressão constitutivo, fruto-específico ou relacionados com o mecanismo de defesa, através de dados da literatura e da análise in silico em bancos de ESTs disponíveis. A expressão constitutiva ou específica foi confirmada através de PCR quantitativa para somente 10 dos genes analizados. Os experimentos foram realizados em 5 diferentes tecidos/órgãos (raiz, caule, folha, flor e fruto) ou em plantas tratadas com o fungo biotrófico Hemileia vastatrix. Regiões promotoras de 4 genes foram isoladas através de genome walking: CaGAPDH (glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase como candidato constitutivo), CaAN2 (anthocyanin 2 específico de fruto), CaPR1b e CaNPR1 (basic form of Pathogenesis-Related protein type 1 e Nonexpressor of PR genes, correspondentes a genes induzidos mediante a presença de agentes patogênicos). As regiões cis-reguladoras foram caracterizadas in silico e a funcionalidade dos promotores foi avaliada in planta através da expressão do gene repórter uidA em experimentos de transformação transiente em plantas de tabaco ou tomate. Além do interesse fundamental para a compreensão dos mecanismos de regulação gênica em eucariotos, os resultados desta pesquisa são importantes para o desenvolvimento de plantas transgênicas, apresentando também potencial em programas de melhoramento genético do cafeeiro. Palavras-chaves: Coffea arabica, expressão gênica, promotores, genes ubíquos, frutos, resistência de plantas / Abstract: The choice of promoter, to confer constitutive, spatial and/or temporal transgene expression, is important in plant biotechnology applications. This study presents the identification and characterization of different gene promoters in coffee (Coffea arabica), a species of major socioeconomic characteristics. Forty one constitutive, fruit-specific or pathogen defense-related genes were identified following literature data or in silico analyses in available EST databases. The expression levels of these genes were verified by quantitative PCR and only 10 genes presented a constitutive or specific expression condition. The expression levels assays were carried out in 5 coffee organs/tissues (root, stem, leaves, flowers and fruits) or in coffee plants challenged with Hemileia vastatrix. The promoter region of 4 genes were isolated and characterized in silico: CaGAPDH (glyceraldehyde- 3-phosphate dehydrogenase as inner control), CaAN2 (anthocyanin 2 fruitspecific), CaPR1b and CaNPR1 (basic form of Pathogenesis-Related protein type 1 and Nonexpressor of PR genes, both pathogen-inducible). The functional analyses of the DNA sequence upstream of these genes were assessed with regard to the uidA reporter gene, via Agrobacterium-mediated transient expression assay in tobacco or tomato plants. The characterization of promoters is not only an approach towards coffee breeding programs, but also provides fundamental data for understanding the mechanisms regulating gene expression in perennial plants / Mestre

Resumo: Os búfalos possuem importância econômica como animais de produção no cenário agropecuário brasileiro e mundial. O conhecimento de polimorfismos em marcadores microssatélites mapeados em búfalos é imprescindível para auxiliar em questões evolutivas da espécie, variabilidade genética intra e inter-populacional, além de serem potencialmente úteis para os programas de melhoramento animal. Foram utilizadas três raças comerciais bubalinas, Mediterrâneo, Jafarabadi e Murrah de rebanhos brasileiros para análise de polimorfismos visando avaliar a diversidade genética existente dentro e entre as raças. Foram analisados 30 animais de cada raça pela amplificação do DNA genômico extraído do bulbo de pelos utilizando quatro locos microssatélites localizados em um cromossomo de interesse econômico. Os produtos de PCR foram separados por eletroforese vertical em gel de poliacrilamida desnaturante. O loco IDVGA-53 não obteve sucesso na amplificação e foi descartado das análises de polimorfismo. Os locos MB099 e BL41 foram monomórficos. Os parâmetros de diversidade foram gerados para o loco CSSM054, o único polimórfico, com média de 3,33 alelos por loco. A heterozigosidade observada com média de 0,503 foi maior que a esperada, indicando excesso de heterozigotos. As raças Mediterrâneo e Jafarabadi apresentaram desvio de equilíbrio de Hardy-Weinberg. O parâmetro Theta indicou evidências de que as três raças diferem entre si, e quando analisadas duas a duas foi possível verificar alta estruturação populacional entre elas. A maior distância genética foi verificada entre as raças Mediterrâneo e Murrah. O conteúdo de informação polimórfica revelou que o loco CSSM054 foi altamente informativo para a raça Mediterrâneo, portanto, considerando todos os resultados, essa raça apresentou maior variabilidade genética / Abstract: The buffalo water are economically important livestock in Brazilian global and agricultural scenario. The knowledge of polymorphisms in microsatellites markers mapped in buffaloes is essential to assist in evolutionary studies of species, genetic variability within and between populations, as well as being potentially useful for animal breeding programs. Three commercial breeds of buffalos (Mediterranean, Jaffarabadi and Murrah) of Brazilian herds were used for polymorphisms analysis to evaluate the genetic diversity within and among them. In each breed 30 animals were analysed by amplification of genomic DND extracted from the hair bulbs using four microsatellite loci located on a chromosome of economic interest. PCR products were separated by vertical electrophoresis in denaturing polyacrylamide gel. The IDVGA-53 locus was not successful in amplifying and was discarded from the analysis of polymorphism. The loci MB099 and CSSM054 were monomorphic. The parameters of diversity were generated for the locus CSSM054, the only polymorphic, with an average of 3.33 alleles per locus. With a mean value of 0.503, the observed heterozygosity was higher than the expected, indicating excess of heterozygotes. Mediterranean and Jaffarabadi breeds had deviation of Hardy-Weinberg equilibrium. The parameter Theta indicated evidence that the three breeds differ and when they were analyzed in pairs, it was observed high population differentiation among them. The largest genetic distance was found between the Mediterranean and Murrah breeds. The polymorphic information content revealed that the locus CSSM054 was highly informative to the Mediterranean breed, therefore considering all the results that race had a high genetic variability / Orientador: Vera Fernanda Martins Hossepian de Lima / Coorientador: Maria Elisabete Jorge Amaral / Banca: Sandra Aidar de Queiroz / Banca: Beatriz da Costa Aguiar Alves Reis / Mestre