Made available in DSpace on 2014-10-11T02:01:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000461948-Texto+Completo-0.pdf: 880021 bytes, checksum: ce672d6d727438aab02fda6bd05d22c4 (MD5) Previous issue date: 2014 / Introduction: acute viral bronchiolitis (AVB) is a respiratory infection of high incidence in infants. The mechanisms associated with the severity of the disease are poorly understood. Its severity may be associated with genetic and immunological factors. Some mediators of the immune response appear to influence the response to the virus, especially interleukins (IL). IL-17 is a pro-inflammatory cytokine present in the tracheal aspirates from patients with AVB. This interleukin induces the expression of other pro-inflammatory cytokines, and migration of neutrophils. The objective of the study was to determine if IL-17 gene variations are associated with the severity of AVB.Methods: in the present study we recruited infants admitted in the pediatric emergency in the Hospital São Lucas (HSL) PUCRS diagnosed with AVB and younger than 12 months of age, from September 2009 to September 2011; and infants without hospitalization selected at the primary health care center (CSBJ) in Porto Alegre. Capillary blood samples were collected and DNA was extracted for genotyping of single nucleotide polymorphism (SNP rs2275913 of the IL -17 gene).Results: participated in the final analysis of this genetic association study 121 cases and 71 controls. The rare allele of SNP rs2275913 of IL -17 showed a protective effect for severe AVB, with higher frequency of homozygous AA (14. 1% vs 5. 8%; p = 0. 047) in the control group (without hospitalization). The risk of G carriers for severe bronchiolitis was 2. 7 times greater.Conclusion: the study suggests that the polymorphism rs2275913 of IL -17 is associated with protection of AVB and can directly influence the severity of AVB these children. This variation may be a marker to identify high risk patients. / Introdução: a bronquiolite viral aguda (BVA) é uma infecção respiratória de elevada incidência em lactentes. Os mecanismos associados à severidade da doença são ainda pouco conhecidos. Sua gravidade pode estar associada a fatores genéticos e imunológicos. Alguns mediadores da reposta imune parecem influenciar a resposta aos vírus, especialmente as interleucinas (ILs). A IL-17 é uma citocina pró-inflamatória presente no aspirado traqueal de pacientes com BVA. Esta interleucina induz a expressão de outras citocinas pró-inflamatórias e a migração de neutrófilos. O objetivo deste estudo foi avaliar se variações de IL-17 estão associadas à severidade da BVA.Métodos: no estudo foram incluídos lactentes internados na emergência pediátrica do SUS do Hospital São Lucas (HSL) da PUCRS com diagnóstico de BVA, com idade inferior a 12 meses, entre setembro de 2009 a setembro de 2011, e lactentes que não apresentaram BVA, recrutados junto ao Centro de Saúde Bom Jesus (CSBJ). Foram coletadas amostras de sangue capilar e deste material foi extraído o DNA utilizado para genotipagem do polimorfismo de nucleotídeo único, SNP rs2275913 do gene IL-17.Resultados: participaram da análise final deste estudo de associação genética 121 casos e 71 controles. O alelo raro do SNP rs2275913 de IL-17 mostrou um efeito de proteção para BVA grave, apresentando frequência maior de homozigotos AA (14,1% vs 5,8%, p = 0,047) em pacientes do grupo controle (sem hospitalização por BVA). O risco dos pacientes portadores do alelo G apresentarem bronquiolite com hospitalização foi 2,7 vezes maior.Conclusão: o estudo sugere que o alelo A do polimorfismo rs2275913, no gene IL-17, está associado à proteção da BVA e pode influenciar diretamente a gravidade da BVA em lactentes. Este polimorfismo pode ser um importante marcador para identificação de pacientes de alto risco para bronquiolite grave.

Made available in DSpace on 2013-08-07T18:41:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000399228-Texto+Completo-0.pdf: 1067053 bytes, checksum: 25702bbc452a7012a85f0e772b8f3567 (MD5) Previous issue date: 2007 / The aim of this study was to determine if the polymorphism I/D of the angiotensin converting enzyme (ACE) gene is associated with susceptibility for and mortality related to acute respiratory distress syndrome (ARDS) in a population of critically ill patients in South Brazil. A cross-sectional study was conducted of consecutive, critically ill patients, admitted to the General ICU in Porto Alegre, Brazil, between January, 2004 and June, 2006. Four hundred consecutive, critically ill patients were enrolled. A patient was considered having ARDS if he/she had criteria according the American-European Consensus Conference, anytime during the ICU stay. Interventions: A blood sample (5 ml) was drawn for genotyping I/D ACE gene polymorphism. The incidence of ARDS was 11. 8%. Patients with ARDS were younger than non- ARDS patients (p<0. 0001). The APACHE II score was similar in both groups, and the level of organ dysfunction determined by the SOFA score was higher in non-ARDS patients on the first day (p=0. 007), and thereafter, higher in the ARDS group (day 2 to day 7, p=0. 009; p=0. 003; p=0. 003; p=0. 001; p=0. 004; p=0. 04, respectively). We were unable to find any association between the I/D polymorphism of ACE gene and susceptibility or mortality in ARDS and non-ARDS patients. ICU and hospital mortality in ARDS patients was 42. 5% and 48. 9%, respectively. / O presente estudo tem como objetivo estudar a associação entre o polimorfismo I/D do gene ECA com a susceptibilidade e mortalidade relacionada à SARA, em uma população de pacientes críticos no sul do Brasil. Todos os pacientes críticos admitidos na UTI Geral do Hospital São Lucas da PUCRS entre janeiro de 2004 e junho de 2006 foram candidatos à pesquisa, dos quais foram arrolados 400 indivíduos. O paciente foi considerado como tendo síndrome da angústia respiratória aguda (SARA) ao preencher os critérios do Consenso Americano- Europeu em qualquer momento da internação na UTI. De cada paciente foram retirados 5mL de sangue para obtenção de DNA e genotipagem do polimorfismo I/D do gene ECA. A incidência de SARA foi de 11,8%. Os pacientes com SARA foram mais jovens do que os sem SARA (p=0,0001). O escore APACHE II da admissão foi semelhante nos grupos de pacientes com (19,3±6,85) e sem SARA (19,4±8,14), e o grau de disfunção orgânica determinado pelo escore SOFA foi maior entre os pacientes sem SARA no primeiro dia (p=0,007) e depois, durante a primeira semana, entre os pacientes com SARA (dia 2 até dia 7, p=0,009; p=0,003; p=0,003; p=0,001; p=0,004; p=0,04, respectivamente). Este estudo não encontrou nenhuma associação entre o polimorfismo I/D do gene ECA e a susceptibilidade à SARA ou à mortalidade. A mortalidade na UTI e na internação hospitalar foi de 42,5% e de 48,9%, respectivamente.

O diabetes mellitus tipo 1 (DM1) é uma doença multifatorial resultante da destruição autoimune das células-beta pancreáticas por linfócitos T e macrófagos. A autoimunidade contra as células-beta é causada pela complexa interação entre fatores de risco ambientais e genéticos. Entre os fatores genéticos, o locus HLA apresenta o maior impacto na suscetibilidade para o DM1. Polimorfismos de troca única (SNPs) em outros 50 genes apresentam um efeito menor no risco para o DM1; entretanto, a combinação de genótipos do locus HLA de classe II (DR/DQ) com SNPs nestes outros genes parece melhorar a predição da doença. Dessa forma, a identificação de novos SNPs associados ao DM1 poderá melhorar ainda mais a predição do DM1. O fator de transcrição GLI-similar 3 (GLIS3) pertence à subfamília das proteínas de dedo de zinco do tipo Kruppel (Kruppel-like zinc finger proteins) e é altamente expresso nas células-beta. Diversos estudos demonstram que GLIS3 tem um papel importante no desenvolvimento das células-beta e também na regulação da expressão do gene da insulina. Recentemente, estudos de varredura do genoma identificaram que o locus do gene GLIS3 está associado com DM1 e marcadores de função das células-beta. No entanto, poucos estudos avaliaram a associação de SNPs neste gene e o DM1 em diferentes populações. Considerando que estudos adicionais são necessários para replicar a associação de variantes no gene GLIS3 e o DM1, o objetivo do presente estudo foi investigar a associação entre os SNPs rs10758593 (A/G) e rs7020673 (G/C) no gene GLIS3 e o DM1 em uma população brasileira, ajustando para haplótipos HLA DR/DQ de alto risco para esta doença. As frequências dos polimorfismos rs7020673 e rs10758593 no gene GLIS3 foram analisadas em 503 pacientes com DM1 (casos) e 442 indivíduos não diabéticos (controles). Os haplótipos construídos a partir da combinação dos 2 SNPs de interesse no gene GLIS3 foram inferidos utilizando o programa Phase 2.1, o qual implementa uma estatística Bayesiana. Os haplótipos HLA DR/DQ de alto risco para o DM1 foram estimados a partir da combinação de 3 SNPs neste locus (rs3104413, rs2854275 e rs9273363), conforme validado em um estudo recente. SNPs no gene GLIS3 e do locus HLA DR/DQ foram genotipados usando-se a técnica de PCR em tempo real. As frequências genotípicas dos SNPs rs7020673 (G/C) e rs10758593 (A/G) estão em equilíbrio de Hardy-Weinberg nos controles e não diferiram significativamente entre os grupos de estudo. A frequência do alelo C do SNP rs7020673 foi 47,3% em pacientes com DM1 e 45,1% nos indivíduos não diabéticos (p= 0,365), enquanto o alelo A do SNP rs10758593 foi observado em 43,3% dos casos e 41,1% dos controles (p= 0,341). Foram observados 4 haplótipos formados pelos 2 SNPs avaliados nas amostras estudadas. Interessantemente, a presença de 3 alelos raros dos SNPs rs7020673 e rs10758593 nos haplótipos foi maior em casos do que controles (6,2% vs. 1,6%; p= 0,0001). Essa associação com risco para DM1 manteve-se após ajuste para os haplótipos HLA-DR/DQ de alto risco, idade e etnia (RC= 3,684, IC 95% 1,220 – 11,124). Além disso, níveis de hemoglobina glicada foram maiores em pacientes com DM1 com o genótipo A/A do SNP rs10758593 comparado a pacientes portadores do alelo G (p= 0,038). Em conclusão, os SNPs rs7020673 e rs10758593 no gene GLIS3 não parecem estar isoladamente associados ao DM1; porém, haplótipos contendo 3 alelos raros desses polimorfismos foram associados com risco para DM1, sugerindo que esses polimorfismos interagem na suscetibilidade para a doença. Além disso, o SNP rs10758593 parece estar associado a um pior controle glicêmico em pacientes com DM1 da nossa população. / Type 1 diabetes mellitus (T1DM) is a multifactorial disease resulting from an autoimmune destruction of pancreatic beta-cells by T lymphocytes and macrophages. Autoimmunity against beta-cells is caused by a complex interaction between environmental and genetic risk factors. Among genetic factors, HLA locus has shown to improve the greatest impact on susceptibility for T1DM. Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in other 50 genes have minor effects on the risk for T1DM; however, the combination of HLA class II (DR/DQ) genotypes and SNPs in these other genes has been show to improve disease prediction. Therefore, the discovery of new SNPs associated with T1DM might improve T1DM prediction. The transcription factor Gli-similar 3 (GLIS3) is a member of the Krüppel-like zinc finger family, and is highly expressed in beta-cells. Several studies have demonstrated that GLIS3 has a key role in the development of beta-cells and also in the regulation of insulin gene expression. Recently, genome wide association studies identified GLIS3 as being associated with T1DM and markers of beta-cell function. Nevertheless, few studies evaluated the association of SNPs in this gene and T1DM in different populations. Taking into account that additional studies are needed to replicate the association of GLIS3 variants and T1DM, the aim of this study was to investigate the association of GLIS3 rs10758593 (A/G) and rs7020673 (G/C) SNPs in a Brazilian population, adjusting for T1DM high-risk HLA DR/DQ haplotypes. Frequencies of GLIS3 rs7020673 and rs10758593 SNPs were analyzed in 503 T1DM patients (cases) and 442 non-diabetic subjects (controls). Haplotypes constructed from the combination of these SNPs were inferred using Phase 2.1 program, which implements a Bayesian statistical method. T1DM high-risk HLA DR/DQ haplotypes were estimated from a combination of 3 SNPs in this locus (rs3104413, rs2854275 and rs9273363), as validated in a recent study. SNPs in GLIS3 gene and HLA DR/DQ locus were genotyped using Real-Time PCR. Genotype frequencies of rs7020673 (G/C) and rs10758593 (A/G) SNPs are in Hardy-Weinberg equilibrium in the control sample, and they did not differ significantly between analyzed groups. GLIS3 rs7020673C allele frequency was 47.3% in T1DM patients and 45.1% in non-diabetic subjects (P= 0.365), while the rs10758593A allele was observed in 43.3% of cases and 41.1% of controls (P= 0.341). Four haplotypes constituted by combination of the 2 analyzed SNPs were inferred in both samples. Interestingly, frequency of 3 minor alleles of rs7020673 and rs10758593 SNPs in haplotypes was higher in cases than controls (6.2% vs. 1.6%; P= 0.001). This association with T1DM risk remained after adjustment for high-risk HLA DR/DQ haplotypes, age, and ethnicity (OR= 3.684 95% CI 1.220 – 11.124). In addition, glycated hemoglobin levels were higher in T1DM patients with the rs10758593 A/A genotype compared with patients carrying the G allele (P= 0.038). In conclusion, the rs7020673 and rs10758593 SNPs in GLIS3 gene do not appear to be individually associated with T1DM; however, presence of 3 minor alleles of both SNPs was associated with T1DM risk, suggesting that these SNPs interact in the susceptibility to the disease. Moreover, the GLIS3 rs10758593 SNP seems to be associated with a worse glycemic control in T1DM patients from our population.

A dependência de cocaína ou crack (DCC) é atualmente um grande problema de saúde pública, estando associada à violência urbana e marginalização social. A DCC é um transtorno psiquiátrico altamente influenciado pela genética, com uma herdabilidade estimada em 70%. Dessa forma, a identificação de fatores possivelmente envolvidos no curso desse transtorno é uma demanda de saúde pública emergente. Dentre os fatores biológicos, um grande número de evidências sugere o estresse, a partir da ação do eixo hipotálamo-pituitária-adrenal (HPA), como um mecanismo biológico envolvido na DCC. Mudanças na liberação de cortisol geradas por alterações do eixo HPA parecem ter um papel tanto na iniciação, quanto na manutenção e recaída ao uso de cocaína e crack. Além disso, o funcionamento do eixo HPA é individualmente heterogêneo e influenciado pelo alto grau de variabilidade nos genes que codificam as proteínas desse sistema. Dessa forma, a presente Tese de Doutorado teve como objetivo principal avaliar os efeitos de variações em genes que codificam proteínas do eixo HPA, marcas moleculares do estresse, eventos traumáticos sofridos na infância e suas potenciais interações e correlações na dependência de crack. A partir de duas amostras, uma de mulheres (n = 288) e outra de homens (n = 280) dependentes de crack, essa Tese pôde mostrar que variantes nos genes que codificam os receptores de mineralocorticoide (NR3C2), de glicocorticoide (NR3C1) e do hormônio liberador de corticotrofina (CRHR1) estão envolvidas em diversos aspectos da DCC, incluindo susceptibilidade, resposta ao tratamento de desintoxicação e gravidade dos sintomas de depressão. Variantes nesses genes também foram associadas com o histórico de adversidades sofridas na infância, incluindo relatos de abuso e negligência. Além disso, os efeitos de variantes genéticas do sistema de estresse nos níveis séricos do fator neurotrófico derivado do cérebro (BDNF) não foram detectados nos dependentes de crack, possivelmente devido à grande influência da DCC nos níveis dessa neurotrofina. No caso de marcas moleculares, como o encurtamento dos telômeros, nossos dados também sugerem que a DCC torna indetectável a bem conhecida associação entre envelhecimento celular precoce e transtorno depressivo maior, e isso pode estar relacionado ao grande tamanho de efeito que a DCC apresenta sobre essa marca molecular do estresse. Assim, os dados da presente Tese de Doutorado corroboram a hipótese inicial de que a variabilidade genética do sistema de estresse está associada à DCC. A partir de esforços gerados durante o desenvolvimento desse trabalho, uma nova perspectiva envolvendo análises de varredura genômica e epigenômica resultará, no futuro próximo, em uma maior compreensão dos mecanismos biológicos envolvidos no desenvolvimento e curso clínico da DCC. / Cocaine or crack addiction is currently a major public health problem, associated with urban violence, social marginalization, and early death. It is a psychiatric disorder highly influenced by genetics, presenting a heritability estimated at 70%. Thus, the identification of sociodemographic and biological factors possibly involved in the course of this disorder is an emerging public health demand, mainly in Brazil, the # 1 consumer of crack. Among the possible factors, a bulk of evidence suggests that stress, related to the action of the hypothalamicpituitary- adrenal (HPA) axis, is a biological mechanism involved in cocaine or crack addiction. Dysregulations in cortisol release generated by altered response of the HPA axis appear to play an important role on several aspects of this addiction, including initiation, maintenance, and relapse. Furthermore, the functioning of the HPA axis is individually heterogeneous and influenced by the high degree of variability in the genes coding the proteins of that system. Therefore, this Doctoral thesis aimed to evaluate the role of stress-related polymorphisms, childhood adversities, molecular signatures of stress, and their potential interactions and correlations on crack addiction. Using two clinical samples, one composed by crack addicted women (n = 288) and another by crack addicted men (n = 280), this thesis suggested that variants in genes coding the mineralocorticoid receptor (NR3C2), the glucocorticoid receptor (NR3C1) and the corticotropin releasing hormone receptor 1 (CRHR1) are involved in many aspects of crack addiction, including susceptibility, response to detoxification treatment, and severity of depression symptoms. Variants in these genes were also associated with a history of childhood adversities, including reports of abuse and neglect. Additionally, the effects of stress-related genetic variants on brain-derived neurotrophic factor (BDNF) serum levels were not detected in crack addicted patients, possibly due to the large influence of crack addiction on this neurotrophin levels. Regarding molecular signatures of stress, such as accelerated shortening of telomeres, our findings also suggest that crack addiction renders undetectable the well-known association between accelerated cellular aging and major depressive disorder, and this may be related to the large effect size that crack addition has on this molecular signature. Therefore, data from the present Doctoral thesis corroborates the initial hypothesis that the genetic variability in stress system-related genes is associated with crack addiction. The efforts employed in the development of this work also led to a new perspective involving genome and epigenome wide analyses, which will soon contribute to a better comprehension of the biological underpinnings involved in the development and clinical course of cocaine or crack addiction.

O cultivo da soja (Glycine max (L.) Merr.) em áreas de várzea surgiu como alternativa à monocultura de arroz, uma vez que cultivares com diferentes níveis de tolerância ao alagamento do solo foram identificadas. As tecnologias de sequenciamento de nova geração apresentam como vantagens o elevado volume de informações obtidas e uma visão direta na variação do DNA. Assim, é possível identificar polimorfismos e diferenciar genótipos quanto à característica de interesse. O objetivo deste trabalho foi ressequenciar e montar o genoma de duas cultivares de soja contrastantes para o caráter tolerância ao alagamento do solo, avaliar a expressão de genes candidatos e identificar alterações não sinônimas nas sequências gênicas. O DNA total das cultivares Introdução 27 (tolerante) e BRS 154 (sensível) foi extraído de folhas jovens. Ao DNA fragmentado e purificado foram adicionados indexadores e adaptadores conhecidos. Fragmentos com ~300pb foram selecionados e então realizado o sequenciamento pareado. As leituras de sequenciamento foram submetidas à verificação de qualidade das bases e a montagem foi realizada com os montadores ABySS, SOAPdenovo e a combinação Velvet e SSPACE. Para análise de RTqPCR foram escolhidos como candidatos à tolerância ao encharcamento do solo genes relacionados a rotas de captação de energia (ENO, ADH1, ALAT2 e GLB1), formação de estruturas associadas ao estresse (XETP e LBD41) e detoxificação celular (APX2). O alinhamento dos scaffolds gerados pelo montador AbySS e o genoma de referência da cv. Williams 82 foi realizado para reconstruir a sequência destes genes e as alterações não sinônimas foram identificadas. O sequenciamento gerou em média 111 milhões de leituras pareadas. A distribuição da qualidade das bases nas leituras foi elevada (e≥28) e adaptadores residuais não foram identificados. O programa ABySS mostrou maior eficiência na montagem dos genomas das cultivares Introdução 27 e BRS 154, gerando scaffolds maiores, com tamanho total de 1,024Gb e 1,020Gb, respectivamente. A taxa de alinhamento global das leituras com o genoma de referência foi de 97%. De maneira geral, a cultivar Introdução 27 apresentou maior expressão relativa de todos os genes avaliados. Alteração não sinônima entre os genótipos estudados foi constatada apenas no gene APX2 e diferenças na região promotora associada ao estresse foi constatada apenas no gene ALAT2. Dessa forma, não foi possível explicar as diferenças de expressão observadas, sugerindo uma maior complexidade do caráter estudado. / Soybean (Glycine max (L.) Merr.) in lowland areas emerged as alternative to rice monoculture, since cultivars with different levels of soil flooding tolerance have been identified. The next generation sequencing technologies generates high volume of data and a direct view of DNA variation. So, it is possible to identify polymorphisms and differentiate genotypes for traits of interest. The objective of this work was to resequence and assemble the genome of two contrasting soybean cultivars to soil flooding, to evaluate the expression of candidate genes and to identify non-synonymous changes in these gene sequences. Whole DNA of Introduction 27 and BRS 154 cultivars was extracted from young leaves. Indexers and adapters were added to fragmented and purified DNA. Fragments with ~300bp were selected and then pair-end sequencing was performed. Reads of sequencing were submitted to bases quality check and the assembly was performed with the ABySS, SOAPdenovo assemblers and the combination of Velvet and SSPACE. Candidate genes to soil flooding tolerance were submitted to RT-qPCR analysis. These genes were related to energy uptake routes (ENO, ADH1, ALAT2 and GLB1), formation of stress-associated structures (XETP and LBD41) and cell detoxification (APX2). The alignment of the scaffolds generated by the AbySS assembler and the cv. Williams 82 was performed to reconstruct the sequence of these genes and the non-synonymous changes were identified. Sequencing generated on average 111 million pair-end reads. The distribution of base quality in the reads was high (e≥28) and residual adapters were not identified. The ABySS program showed higher efficiency in assembling the genomes of Introduction 27 and BRS 154 cultivars, generating larger scaffolds, with a total size of 1.024Gb and 1.020Gb, respectively. The overall rate of alignment to reads with reference genome was 97%. In general, Introduction 27 cultivar presented the highest relative expression of all evaluated genes. Non-synonym alteration among the studied genotypes was observed only in the APX2 gene and differences in the promoter region associated with stress were found only in the ALAT2 gene. This way, was not possible to explain the differences in expression observed, suggesting a larger complexity in the studied trait.

Resumo não disponível

A beta glicana, [(1→3)(1→4)‑β‑D‑glicana] é um dos componentes das paredes celulares dos cereais, sendo o principal constituinte da fibra solúvel em aveia branca (Avena sativa L.). Suas características funcionais trazem benefícios para pessoas que realizam uma dieta rica em beta-glicanas, como redução do colesterol, diminuição do teor de glicose e insulina no sangue, prevenção de câncer do cólon do intestino e prevenção de doenças cardíacas. Desta forma, o melhoramento genético tem buscado selecionar genótipos de aveia com maior conteúdo de beta-glicana e com expressão estável nos ambientes de cultivo. Este trabalho teve como objetivo caracterizar genótipos brasileiros de aveia branca quanto ao conteúdo de beta-glicana nos grãos e quanto à estabilidade deste em diferentes ambientes. Em 2010 e 2011 15 genótipos de aveia, desenvolvidos pelo Programa de Melhoramento de Aveia da Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), foram avaliados em seis ambientes, constituídos por locais e épocas de cultivo diferentes, a fim de caracterizar o conteúdo de beta-glicanas e outras características químicas e físicas dos grãos. Os resultados mostraram que a o conteúdo de beta-glicana é muito semelhante entre os genótipos da UFRGS analisados, porém sofrendo influência do ambiente de cultivo. Correlações positivas foram encontradas entre o teor de beta-glicana e características como o conteúdo de carboidratos e o comprimento do grão. Correlações negativas foram verificadas com características como peso do hectolitro, dias da emergência ao florescimento, conteúdo de proteínas, conteúdo de lipídios e circularidade dos grãos. As associações entre conteúdo de beta-glicanas e os diferentes caracteres agronômicos e de grão avaliados variaram de acordo com o ambiente de teste. A análise da interação genótipo x ambiente indicou que a maioria dos genótipos aumentam o conteúdo de betaglicanas quando o ambiente favorece a expressão de maior conteúdo destas fibras, embora tenham sido observados genótipos em que essa característica é pouco influenciada pelas mudanças do ambiente. / The beta glucan, [(1 → 3) (1 → 4)-β-D-glucan] is a component of cell walls of cereals and the main constituent of the soluble fiber in oats (Avena sativa L.). Beta glucans have functional proprieties, associated with health benefits in human under a diet rich in this dietary fiber, such as reduction of serum cholesterol levels, decrease in glucose and insulin levels, prevention of colon cancer and heart diseases prevention. Therefore, nowadays several oat breeding programs, in the world, are seeking to select oat genotypes expressing higher beta-glucan content in their grains, stably across environments. This study aimed to characterize Brazilian oat genotypes for the content of beta-glucan in the grains and the stability of this trait under different environments. In 2010 and 2011 15 oat genotypes, developed by the Federal University of Rio Grande do Sul (UFRGS) Oat Breeding Program, were evaluated in six environments, consisting of different locations and sowing dates, in order to characterize their grain beta-glucan content of and other chemical and physical characteristics of the grains. The results showed that the content of beta-glucan is very similar in genotypes evaluated, although under environmental influence. Positive correlations were found between grain betaglucan content and grain carbohydrate content, as well as to grain length. Negative correlations were found with traits such as test weight, days from emergence to flowering, grain protein content, grain lipid content and roundness of the grains. The associations found between grain beta-glucan content and other grain and agronomic characteristics varied according to the test environment. Analysis of genotype x environment interaction indicated that, for most of the genotypes evaluated, an improvement of the environment, i.e. environments more conducive for higher betaglucan content, resulted in an increasing of the beta-glucan content in their grains, even though there were a few genotypes in which this characteristic was less influenced by environmental changes.

A formação de espiguetas multiflora é uma característica complexa devido à sua expressividade variável. Os mecanismos genéticos e moleculares que controlam o caráter espiguetas multiflora ainda não são completamente compreendidos em aveia. Os objetivos deste estudo foram: i) caracterizar duas populações de linhagens recombinantes de aveia para o caráter espiguetas multiflora; ii) determinar o número de genes que controla o caráter espiguetas multiflora em aveia e, iii) identificar, clonar, sequenciar e caracterizar sequências codificantes associadas a genes candidatos ao controle da formação de espiguetas multiflora em aveia. As populações de aveia “UFRGS 01B7114-1-3 x UFRGS 006013-1” e “URS Taura x UFRGS 017004-2” foram avaliadas para o caráter espiguetas multiflora, em duas épocas de semeadura, no ano de 2014. A formação de espiguetas normais, multiflora e mosaico, em cada um dos terços da panícula e na panícula inteira foi analisada. Pares de primers específicos para o gene AP2 foram desenvolvidos a partir do alinhamento de sequências homólogas de diferentes espécies de gramíneas Pares de primers para os genes Vrn1 e AGL6 também foram utilizados para amplificar e clonar sequências de aveia. A expressão das espiguetas multiflora ao longo da panícula foi alterada nas populações avaliadas em função da época de semeadura. A semeadura tardia aumentou a formação de espiguetas multiflora e reduziu o número de espiguetas mosaico, nas duas populações. A análise genética indicou a presença de um gene maior controlando o caráter espiguetas multiflora em aveia hexaploide. A análise molecular revelou a presença de duas variações alélicas dos genes Vrn1 e AP2 nos genótipos URS Taura e UFRGS 017004-2, indicando que o gene AP2 deve estar conservado em aveia. Uma sequência do gene AGL6 também foi isolada nestes genitores. A existência de polimorfismos moleculares nos genes Vrn1, AP2 e AGL6 pode ser determinante para a expressão do caráter espiguetas multiflora. Estudos complementares poderão confirmar a associação destes genes com a formação de espiguetas multiflora em aveia. / The formation of multiflorous spikelet is a complex character due to its variable expressivity. Genetic and molecular mechanisms that control the character multiflorous spikelet are not fully understood in oats. The objectives of this study were: i) to characterize two populations of recombinants oat lines to the character multiflorous spikelet; ii) to determine the number of genes controlling the character multiflorous spikelet in oats; and iii) to identify, clone, sequence and characterize coding sequences associated with candidate genes to control the formation of multiflorous spikelet in oats. The character multiflorous spikelet was evaluated in the oat populations “UFRGS 01B7114-1-3 x UFRGS 006013-1” and “URS Taura x UFRGS 017004-2”, in two sowing dates, in the year of 2014. The formation of normal, multiflorous and mosaic spikelets was analyzed in each third of the panicle and in the whole panicle. Specific primer pairs for the gene AP2 were developed from the alignment of homologous sequences from different grass species. Specific primer pairs for the genes Vrn1 and AGL6 were also utilized for amplifying and cloning oat sequences. The expression of multiflorous spikelets along the panicle was dependent on the sowing date in each evaluated population. The late sowing increased the formation of multiflorous spikelet and decreased the number of mosaic spikelets, in both populations. Genetic analysis indicated the presence of one major gene controlling the character multiflorous spikelet in hexaploid oat. Molecular analysis revealed the presence of two allelic variants of the genes Vrn1 and AP2 in the genotypes URS Taura and UFRGS 017004-2, indicating that AP2 might be conserved in oats. One sequence of the gene AGL6 was also isolated in these genotypes. The existence of molecular polymorphisms in the genes Vrn1, AP2 and AGL6 can be crucial for the expression of the character multiflorous spikelet. Further studies may confirm the association of these genes with the formation of multiflorous spikelets in oats.

Introdução: Obesidade é um dos principais problemas de saúde do século XXI, sendo ela um dos maiores preditores no desenvolvimento de doenças como diabetes melitos tipo 2, doenças cardiovasculares e alguns tipos de câncer. “Fat mass and obesity associated” (FTO) tem mostrado variações fortemente associadas com a obesidade e diabetes e obesidade. Entre as pessoas com obesidade grave, existe uma subpopulação que apresenta um tipo de transtorno alimentar conhecido como Transtorno da Compulsão Alimentar Periódica. Devido à sua expressão no hipotálamo, o FTO poderia estar associado com a modulação da saciedade e, consequentemente, desempenham um papel na gênese do TCAP, contribuindo para a obesidade grave e suas complicações. Métodos: Foi realizada uma busca no Pubmed (National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine) com os seguintes termos relacionados no MESH: Obesity Morbid AND FTO, Satiety Response AND FTO. Não foi feita nenhuma restrição quanto a data de publicação, idioma ou tipo de delineamento. O método de busca e análise foi de revisão estruturada. Resultados: Foram encontrados 15 artigos; destes, 12 eram relacionados ao FTO e obesidade grau III e 3, ao FTO e saciedade. Dos estudos que relacionam o FTO à obesidade, 7 foram excluídos pois os indivíduos já haviam realizado cirurgia bariátrica, e dois por serem estudos experimentais com modelo animal. Sendo assim, seis artigos foram avaliados nesta revisão. Discussão: Todos os estudos incluídos nesta revisão encontraram associações positivas entre o FTO (e seus diversos SNPs) e saciedade e obesidade. Infelizmente, a escassa literatura limita conclusões maiores; sabemos da associação, mas ainda não está clara qual real importância ela pode trazer para o tratamento da obesidade. Infelizmente, a escassa literatura limita conclusões maiores; sabemos da associação, mas ainda não está clara qual real importância ela pode trazer para o tratamento da obesidade. Portanto, ressalta-se a necessidade de mais estudos nessa área, especialmente em relação ao rs9939609, pois tudo indica que esse seja o SNP de maior impacto na obesidade. / Introduction: Obesity is a major health problem of the twenty-first century and one of the biggest predictors in the development of diseases like diabetes, cardiovascular disease and some cancers. Fat mass and obesity associated (FTO) has shown strongly variations associated with obesity, diabetes and obesity. In people with severe obesity, there is a subpopulation that presents a type of eating disorder known as Binge Eating Disorder. Because of its expression in the hypothalamus, FTO could be associated with modulation of satiety and, therefore, play a role in the genesis of BED, contributing to severe obesity and its complications. Methods: We performed a search in PubMed (National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine) with the following terms related to MESH: Morbid Obesity AND FTO, FTO AND Satiety Response. There has been no restriction on the date of publication, language and type of design. The search method and analysis was structured review. Results: 15 articles were found. Of these, 12 were related to the FTO and obesity grade III and 3, to FTO and satiety. Studies relating the FTO obesity, 7 were excluded because the subjects had already undergone bariatric surgery, and two for being experimental studies with animal models. Thus, six articles were evaluated in this review. Discussion: All studies included in this review found positive associations between the FTO (and its various SNPs) and satiety and obesity. Unfortunately, the few reports limited more conclusions; we know the association, but it is not clear what real value it can bring to the treatment of obesity. Therefore, it emphasizes the need of more studies in this area, especially in relation to rs9939609, because everything indicates that this is one of the SNP with the greatest impact on obesity.

Diferentes mecanismos envolvidos no controle da infecção pelo HIV-1 dependem, além de fatores virais, da variabilidade genética do hospedeiro. Assim, foi observado que os receptores tipo Toll (TLRs) endossomais, tais como TLR7, 8 e 9, estão envolvidos no reconhecimento de ácidos nucleicos derivados de vírus, como o HIV-1. Sendo que TLR7/8 reconhecem RNA simples fita (ssRNA) e TLR9 reconhece DNA dupla ou simples fita (ssDNA/dsDNA). Observou-se que o ssRNA derivado de HIV-1 é reconhecido pelos TLR7/8, os quais estimulam células dendríticas (DCs) e macrófagos à produção de interferons (IFNs) e citocinas pró-inflamatórias. Também foi observado que a proteína gp120 do HIV inibe a ativação das DCs plasmocitóides (pDCs), que expressam TLR9, consequentemente inibindo produção de IFN-α. Variantes nos genes TLR7/8/9 já foram associadas com a infecção ao HIV-1 e outras doenças inflamatórias, autoimunes e infecciosas. O objetivo deste estudo foi avaliar a influência dos polimorfismos genéticos potencialmente funcionais: rs179008 no TLR7, rs3764880 no TLR8, rs5743836 e rs352140 no TLR9 em 366 pacientes adultos HIV+ e 415 indivíduos adultos saudáveis provenientes do sul do Brasil. O polimorfismo rs5743836 do TLR9 foi genotipado através da técnica de PCR alelo específico BIPASA enquanto que os demais polimorfismos por PCR-RFLP. As frequências genotípicas e haplotípicas foram comparadas usando o teste de Qui-quadrado e as frequências alélicas usando o teste Exato de Fisher. As comparações foram realizadas subdividindo os indivíduos de acordo com a origem étnica e o sexo. Quando comparamos indivíduos HIV+ eurodescendentes com o grupo controle, observamos diferenças nas frequências alélicas e genotípicas para o polimorfismo rs5743836 no TLR9 (P=0,011 e P=0,028, respectivamente), sendo que a frequência do genótipo CC foi maior nos pacientes quando comparado com os controles (residual P=0,040) conferindo susceptibilidade à infecção (OR=1,53; 95% IC: 1,05-2,23; P=0,030, modelo dominante). Na comparação dos indivíduos HIV+ afrodescendentes com o grupo controle, houve uma menor frequência do genótipo TC nos pacientes (residual P=0,006), sendo que esse genótipo foi associado com proteção à infecção (OR=0,60; 95% IC: 0,36-0,99; P=0,049, modelo dominante). Na análise de haplótipos dos polimorfismos rs5743836 e rs352140 do TLR9, as frequências haplotípicas estimadas não foram diferentes na comparação entre pacientes e controles. Em relação aos polimorfismos do TLR7 e TLR8 também não observamos diferenças nas frequências alélicas e genotípicas quando comparamos pacientes e controles. Nossos resultados demonstram o papel fundamental do polimorfismo rs5743836 na infecção do HIV e a importância do background genético entre os grupos étnicos que influenciam na susceptibilidade frente ao vírus. / Different mechanisms are involved in the control of HIV infection, as viral factors and genetic variability on the host. Thus, intracellular Toll-like receptors (TLRs), such as TLR7/8/9, are involved in the recognition of nucleic acids derived from viruses. TLR7/8 recognizes simple RNA strand (ssRNA) and TLR9 recognizes simple or double DNA strand (ss/dsDNA). It was showed that the ssRNA derived from HIV is recognized by TLR7/8 and stimulates DCs and macrophages to secrete IFN-α and proinflammatory cytokines. Also, a direct interaction of HIV gp120 with pDCs inhibits TLR9-mediated responses, including pDC activation and IFN-α secretion. TLR7/8/9 polymorphisms have been associated with HIV infection and other inflammatory autoimmune and infectious diseases. The aim of this study was to evaluate the influence of the rs179008 TLR7, rs3764880 TLR8 and rs5743836/rs352140 TLR9 polymorphisms, potentially functional, in 366 HIV+ adults patients and 415 healthy adults subjects from the Southern Brazil. The rs5743836 polymorphism was genotyped by allele specific PCR-BIPASA while the other variants by PCR-RFLP. Genotypic and haplotypic frequencies were compared using the Chi-square test and allele frequencies using the Fisher's exact test. The comparisons were made by subdividing the sample according to ethnicity and gender. In European-derived individuals, differences in genotypic and allelic frequencies was observed for the rs5743836 as compared patients with controls (P=0.028 and P=0.011, respectively). Also, a higher frequency for the CC genotype in patients as compared with controls (residual P=0.040), this genotype conferring susceptibility to HIV-1 infection (OR=1,53; 95% CI: 1,05-2,23; P=0,030, dominant model). In African-derived individuals, was observed that the rs5743836 TC genotype frequency was lower in patients as compared to controls (residual P=0,006) being associated with protection against to HIV infection (OR=0,60; 95% CI: 0,36-0,99; P=0,049). No differences in allelic and genotypic frequencies were observed for the TLR7/8 polymorphisms or haplotypic frequencies of TLR9 variants, comparing patients and controls. Our results suggest that the rs5743836 TLR9 polymorphism has an important role in HIV-1 infection since it was associated with susceptibility in Euro-derived and Afro-derived individuals. Keywords: TLRs, HIV-1, ethnicity, polymorphisms.