Resumo não disponível

O carcinoma medular de tireóide (CMT) é uma neoplasia maligna rara, ocorrendo na forma esporádica ou hereditária. Mutações germinativas no protooncogene RET são responsáveis pelo CMT hereditário. No entanto, a maioria dos casos de CMT ocorre em indivíduos sem história familiar, na qual a patogênese da doença ainda é pouco compreendida. Os polimorfismos do gene RET são descritos na população geral assim como em pacientes com CMT. Embora, estas variações alélicas aparentemente não confiram qualquer atividade transformadora no receptor RET, estudos sugerem que essas alterações genéticas podem modificar a suscetibilidade à doença e o fenótipo clínico em pacientes com CMT esporádico ou hereditário. Uma maior freqüência dos polimorfismos localizados nos exons 11 (G691S), 13 (L769L), 14 (S836S) e 15 (S904) é descrita em pacientes com CMT provenientes de países Americanos e Europeus. Na presente revisão, analisamos criticamente os resultados obtidos nos diferentes estudos e descrevemos a freqüência dos polimorfismos do RET em pacientes Brasileiros com CMT esporádico. / Medullary thyroid carcinoma (MTC) is a rare malignant neoplasia, which may occur on sporadic form or on a hereditary basis. Germ line mutations in the RET proto-oncogene is responsible for hereditary MTC. However, most MTC occur in individuals without family history where the pathogenesis is still unclear. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) of the RET gene have been described in the general population as well as in patients with MTC. Even though these allelic variants do not seem to confer any transforming activity to the tyrosine kinase domain of the RET protein, cumulative studies suggest that they could modify disease susceptibility and clinical phenotype in patients with sporadic or hereditary MTC. Polymorphisms located in exon 11 (G691S) 13 (L769L), 14 (S836S) and 15 (S904S) seem to be over-represented in sporadic MTC patients from American and European countries. Here, we discuss the results obtained in different studies as well as describe the frequency of RET polymorphisms in Brazilian patients with sporadic MTC.

A ferrugem da folha, causada por Puccinia coronata Corda. f. sp. avenae Eriksson, é a moléstia mais danosa para a cultura da aveia (Avena sativa L.). O uso de cultivares resistentes tem sido limitado devido à extrema diversidade genética presente nas populações de P. coronata. Geralmente a superação dos genes de resistência acaba ocorrendo em um curto intervalo de tempo. Desta forma a busca por uma resistência eficiente e durável é o objetivo dos programas de melhoramento deste cereal. Com o objetivo de compreender alguns aspectos da resistência genética a Puccinia coronata em aveia, este trabalho abordou dois aspectos distintos. No ano de 2005, o experimento avaliou o comportamento da resistência quantitativa em uma população F6:11 resultante do cruzamento entre as cultivares UFRGS910906 e UFRGS7. Este ano caracterizou-se por ser extremamente favorável à doença, sendo que a maioria das linhagens apresentou uma ASCPD maior que o genitor suscetível. Uma análise avaliando os valores de ASCPD do período de 1998 a 2005 demonstrou que este tipo de resistência é altamente influenciado pelo ambiente, portanto em condições muito favoráveis ao fungo não é indicado selecionar genótipos com resistência parcial. Em 2006, as análises realizadas focaram na resistência do tipo qualitativa, buscando a identificação de marcadores do tipo AFLP para o gene de resistência Pc68, e ampliação do mapa genético da população de linhagens recombinantes em F6 oriundas do cruzamento entre os genótipos Pc68/5*Starter e UFRGS8, contrastantes quanto à presença deste gene. Um total de 78 marcadores polimórficos que segregaram na taxa esperada, formaram um mapa composto por 12 grupos de ligação, totalizando 409,4 cM do genoma de Avena sativa. Quanto às análises de ligação entre o gene Pc68 e os marcadores AFLP, foram detectados dois marcadores em repulsão: U8PM22 e U8PM25, os quais encontram-se flanqueando o gene a uma distância de 18,60 e 18,83 cM respectivamente. / Crown rust, caused by Puccinia coronata Corda. f. sp. avenae Eriksson, is the most damaging disease of cultivated oat (Avena sativa L.). Use of resistant genotypes is limited by P. coronata extremely high genetic diversity. In general, the pathogen races overcome single resistance genes in a short period of time. Oat breeding programs are continuously in searching for an efficient and durable host resistance. This work involved two distinct studies on oat crown rust resistance. In the first study quantitative resistance was evaluated in a F6:11 inbred line population derived from the cross UFRGS910906 X UFRGS7. Expression of host resistance was very dependent of environmental conditions as demonstrated by the comparison among AUDPC values from 1998 to 2005. The environment in 2005 was very favorable for disease development, and a large number of lines showed an AUDPC higher than the susceptible genitor one’s. Under conditions that favor disease, genetic selection for partial host resistance is not recommended. The second study was related to qualitative host resistance aiming to identify AFLP markers linked to the resistance gene Pc68, and amplify the F6 genetic map from Pc68/5*Starter X UFRGS8. Seventy-eight markers with normal segregation were discovered and distributed in 12 linkage groups. The map covered 409.4 cM of the Avena sativa genome. Two AFLP markers were linked in repulsion to Pc68: U8PM22 and U8PM25, which are flanking the gene at 18.60 and 18.83 cM respectively.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2013. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2014-12-03T11:43:26Z No. of bitstreams: 1 2013_DioneMendesTeixeiraAlvesFreitas.pdf: 7338695 bytes, checksum: 43f94bef491c6194ec28ca46af457d96 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-12-03T13:58:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_DioneMendesTeixeiraAlvesFreitas.pdf: 7338695 bytes, checksum: 43f94bef491c6194ec28ca46af457d96 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-12-03T13:58:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_DioneMendesTeixeiraAlvesFreitas.pdf: 7338695 bytes, checksum: 43f94bef491c6194ec28ca46af457d96 (MD5) / Métodos de genotipagem de polimorfismos no DNA em larga escala a baixos custos são fundamentais para ampliar a resolução de estudos filogenéticos e populacionais, viabilizar a integração das tecnologias genômicas na prática do melhoramento genético e auxiliar a montagem de genomas. Neste trabalho, tendo Pinus (Pinus teada L. - Pinaceae) como espécie de interesse, foram desenvolvidos: (1) um estudo filogenético de espécies americanas de Pinus baseado no desenvolvimento de um microarranjo de marcadores moleculares DArT; (2) um mapa genético de alta densidade para P. taeda com base em microssatélites e marcadores genotipados via redução de complexidade genômica e sequenciamento pela metodologia DArT-seq. Para o desenvolvimento da tecnologia DArT, amostras de 16 espécies de Pinus, oito procedências de P. taeda e cinco árvores-elite de P. taeda foram utilizadas para a construção de um microarranjo com 7680 sondas de DNA derivadas de uma fração do genoma com complexidade reduzida via enzimas de restrição. Um total de 4.171 marcadores polimórficos foi identificado entre as espécies de Pinus e 1.211 marcadores entre procedências de P. taeda. Uma análise filogenética de 12 espécies de Pinus da América com 3.273 marcadores DArT, revelou importantes diferenças em relação à proposta mais recente de classificação taxonômica baseada na análise de sequências de DNA cloroplastidial. Nossos resultados sugerem a possibilidade de que P. taeda e demais espécies do norte da América venham a ser classificadas em outra subseção. Um mapa genético com base na análise de 288 megagametófitos haploides da árvore 7-56 de P. taeda foi construído com microssatélites e marcadores DArT-seq (sequências de 69 bases) desenvolvidos a partir da redução da complexidade genômica via enzimas de restrição (PstI-HhaI), e sequenciamento das representações genômicas reduzidas. De um total de 4.367 marcadores DArT-seq de alta qualidade, 2.469 e 32 microssatélites foram mapeados e ordenados em 12 grupos de ligação (n=12 cromossomos em P. taeda) cobrindo 1.226,47 cM, com média de 203 marcadores por grupo de ligação e densidade de 0,62 cM por marcador. O mapa genético foi em seguida utilizado para ancorar 75 clones de BACs (cromossomos artificiais de bactéria) de Pinus taeda disponíveis no NCBI, demonstrando sua potencial utilidade para fins de montagem do genoma, porém corroborando também a natureza repetitiva do genoma ao ancorar múltiplos BACs em diferentes grupos de ligação. O mapa genético aumentou em cerca de 20 vezes a densidade de marcadores dos mapas existentes para a espécie, fornecendo uma ferramenta adicional para estudos de mapeamento genético e montagem do genoma de P. taeda. __________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Genome-wide, high-throughput and cost-efficient DNA genotyping methods are key to increase the resolution and speed of phylogenetic and populational studies, allow the integration of genomics into breeding and support the assembly of genomes. In this work having loblolly pine (Pinus taeda L. - Pinaceae) as model species we developed: (1) a phylogenetic study of American Pinus species based on the development of a microarray of DArT markers for species of the genus and (2) a high density genetic map for Pinus taeda using microsatellite markers and sequence based genotyping carried out by the DArT (DArT-seq) method using next-generation sequencing. For DArT microarray probe development, DNA samples of 16 species of Pinus, eight provenances of P. taeda and five elite trees of P. taeda were used to build an array of 7,680 probes derived from a restriction enzyme complexity reduced fraction of the pine genome. A total of 4,171 markers were found polymorphic across samples of Pinus species and 1,211 markers across provenances of P. taeda. A phylogenetic study involving 12 American Pinus species using 3,273 DArT markers revealed important differences from the most recent classification proposed based on chloroplast DNA amplified sequences, additionally suggesting the possibility that P. taeda and its close species from North America could be classified into a new subsection. A genetic map, based on a set of 288 haploid megagametophytes of P. taeda tree 7-56 was built with microsatallites and DArT-seq (69 bases tags) markers developed from complexity reduction with double digest (PstI-HhaI) and sequencing. From a total of 4,367 high quality DArT-seq markers, 2,469 and 32 microsatallites were mapped and ordered into 12 linkage groups (n=12 chromosomes in Pinus taeda), covering 1,226.47 cM with an average of 203 markers per linkage group and marker density of 0.62 cM. This genetic map was subsequently used to anchor 75 BAC clones (bacterial artificial chromosomes) of Pinus taeda available in NCBI, demonstrating its potential utility to aid genome assembly, although also corroborating the repetitive nature of the genome as several BAC clones were anchored in multiple positions in different linkage groups. The genetic map presented in this study increased marker density by approximately 20 times the current density of the existing microsatellite maps providing an additional tool for genetic mapping studies and assembly of the P. taeda genome.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Botânica, Programa de Pós-Graduação em Botânica, 2014. / Submitted by Ana Cristina Barbosa da Silva (annabds@hotmail.com) on 2015-01-16T15:27:47Z No. of bitstreams: 1 2014_DanieleCristinaWondracekLudke.pdf: 81245787 bytes, checksum: 7db97591c73e9c039c598d308967b4e1 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2015-02-03T18:16:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_DanieleCristinaWondracekLudke.pdf: 81245787 bytes, checksum: 7db97591c73e9c039c598d308967b4e1 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-02-03T18:16:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_DanieleCristinaWondracekLudke.pdf: 81245787 bytes, checksum: 7db97591c73e9c039c598d308967b4e1 (MD5) / Neste estudo foram investigadas as relações de cruzabilidade de Arachis valida com as espécies que representam os genomas A, AB, B, D, F, G, K e com as espécies A. aff. hoehnei e A. vallsii da secção Arachis. Foram feitas 44 combinações de cruzamento entre os acessos K 30147 e V 13514 de A. valida e 28 espécies da secção Arachis. Foram feitas 1283 polinizações e obtidas 179 plantas híbridas em 37 combinações de cruzamento. Arachis valida formou híbridos com todos os genomas encontrados na secção Arachis, com exceção de A. glandulifera, que possui genoma D, sendo obtidos segmentos de frutos com embriões abortados. Arachis valida faz parte do grupo de espécies caracterizadas como possuidoras do genoma B, pois foram obtidos híbridos entre A. valida e todas as espécies possuidoras desse genoma: A. gregoryi, A. ipaënsis, A. magna e A. williamsii que pertencem ao mesmo pool gênico. A obtenção de híbridos entre A. valida (2n=2x=20) e A. hypogaea (2n=4x=40), confirma a premissa que para pertencer à secção Arachis a espécie deve cruzar com A. hypogaea. Foram obtidos híbridos com 2n=2x=19, a partir da combinação de cruzamento A. valida V 13514 (2n=2x=20) x A. praecox (2n=2x=18). Arachis valida formou híbridos com espécies possuidoras do genoma A e abre-se a possibilidade da criação de novos anfidiplóides sintéticos AABB. A menor viabilidade de pólen foi do híbrido de A. valida V 13514 x A. cardenasii G 10017 (genoma B x genoma A chiquitano) com 0,2% de viabilidade de pólen. A maior viabilidade de pólen foi do híbrido de A. valida V 13514 x A. valida V 15096 (genoma B x genoma B) com 98,4% de viabilidade de pólen. As porcentagens de viabilidade de pólen mais altas foram encontradas nos híbridos resultantes de cruzamentos entre espécies com genoma B indicando que essas espécies são mais próximas geneticamente. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / In this study the relationships of crossability of Arachis valida with species that represent A, AB, B, D, F, G and K genomes and A. aff. hoehnei and A. vallsii of Arachis section were investigated. Forty-four crossing combinations were made between K 30147 and V 13514 accessions of A. valida and 28 Arachis section species. One thousand two hundred eighty three pollinations were made and 179 hybrid plants were obtained in 37 crossing combinations. Arachis valida formed hybrids with all genomes found in the Arachis section, except A. glandulifera, which has the D genome. In this cross only segments of fruits with aborted embryos were obtained. Arachis valida is in the group of species characterized as B genome because hybrids between A. valida and all species with that genome were obtained: A. gregoryi, ipaënsis, A. magna and A. williamsii that belong to the same gene pool. The obtaining hybrids between A. valida (2n=2x=20) and A. hypogaea (2n=4x=40) confirms the premise that to belong to Arachis section, species must cross with A. hypogaea. Hybrids with 2n=2x=19 were obtained from the A. valida V 13514 (2n=2x=20) x A. praecox (2n=2x=18) crossing combination. Arachis valida formed hybrids with A genome species which opens the possibility of creation new synthetic amphidiploids, AABB. In the hybrids, the lowest pollen viability was A. valida V 13514 x A. cardenasii G 13514 10017 hybrid (B genome x A “chiquitano” genome) with 0.2% pollen viability. The highest pollen viability was A. valida V 13514 X A. valida V 15096 hybrid (BB genome) with 98.4% of pollen viability. The higher percentage of pollen viability was observed in the hybrids resulting from crosses between B genome species indicating that these species are genetically closely related.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2012. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2012-09-28T14:01:03Z No. of bitstreams: 1 2012_FernandaYuriBorgesNaito.pdf: 1236026 bytes, checksum: 1fddb0bc80ffbb301e99989aa9156af6 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2012-10-02T12:34:37Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_FernandaYuriBorgesNaito.pdf: 1236026 bytes, checksum: 1fddb0bc80ffbb301e99989aa9156af6 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-02T12:34:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_FernandaYuriBorgesNaito.pdf: 1236026 bytes, checksum: 1fddb0bc80ffbb301e99989aa9156af6 (MD5) / Ao longo de muitos anos, a produção de tomate sofreu grandes perdas, chegando a até 100% em algumas áreas no Nordeste brasileiro. Esses problemas resultaram na transferência do centro de produção de tomate destinado à indústria ao Centro-Oeste do país, onde se encontra a maioria das fábricas processadoras atualmente. Um dos fatores que contribuiu fortemente para o desastre econômico na produção de tomate do Nordeste foi a ocorrência da begomovirose, causada por vírus transmitidos por moscas-brancas. Tais vírus foram caracterizados pela primeira vez (em tomateiro) em meados da década de 70 e começaram a causar grandes danos a partir da década de 90, coincidindo com a introdução do biótipo B de Bemisia tabaci. Desde então, diversos trabalhos têm sido publicados tratando de assuntos como diversidade, caracterização, determinação da gama de hospedeiros, interações entre planta e patógeno assim como patógeno e vetor, evolução, predominância, epidemiologia, dentre outros. O presente trabalho teve por objetivo analisar a diversidade de begomovírus presentes em tomateiros destinados ao processamento industrial em três regiões produtoras do Brasil: Luziânia (GO), Morrinhos (GO) e Ribeirão Preto (SP). As amostras foram coletadas no ano de 2008 de plantas que apresentavam sintomas como mosaico, deformação foliar e clorose internerval. O DNA total foi extraído das amostras e a presença de begomovírus foi detectada por PCR utilizando-se os primers universais pAL1v1978 e pAR1c496. Após a confirmação, uma análise do perfil de RCA-RFLP foi realizada para a avaliação preliminar da diversidade através da observação dos padrões de restrição. Houve uma maior diversidade de perfis em São Paulo, seguido de Morrinhos e Luziânia. Os diferentes padrões foram selecionados e os fragmentos de DNA-A viral foram clonados, totalizando 104 clones do componente A genômico sendo, 33 de Ribeirão Preto, 35 de Luziânia e 36 de Morrinhos. Todas as sequências obtidas apresentaram elevada identidade com o Tomato severe rugose virus (ToSRV), indicando sua prevalência em todas as regiões estudadas. A identidade entre isolados coletados na mesma região variou de 99,2 a 100% para as três regiões. A maior diferença, embora pequena, foi observada entre isolados de Luziânia quando comparada com isolados de Morrinhos e Ribeirão Preto. Na análise filogenética, os isolados de São Paulo ficaram fortemente agrupados, enquanto os de Luziânia e Morrinhos formaram sub-grupos menores misturados entre si. Os resultados indicam que os vírus molecularmente identificados como isolados de ToSRV apresentam alta semelhança entre si, sendo que os isolados de SP aparentemente evoluem independentemente dos isolados de GO, provavelmente desencadeado pela distância que separa as regiões produtoras dos dois estados. Apesar disso, pôde-se observar diferenças entre os isolados caracterizados nesse trabalho com aqueles caracterizados em anos anteriores, mostrando que ocorreram mutações específicas que foram preservadas em novos isolados, já que as sequências cadastradas em bancos de dados públicos permaneceram agrupadas entre si e com alguns isolados de Ribeirão Preto, enquanto os isolados desse estudo agruparam-se entre si. A maioria das mutações nucleotídicas que ocorreram foram de purina para purina e de pirimidina para pirimidina e a maior parte delas ocorreu na rep e na cp, indicando que tais ORFs possam ser hotspots de mutação no ToSRV. O presente estudo mostra que o ToSRV é um dos principais begomovírus a ser enfocado em programas de melhoramento genético de tomateiros para fins de processamento. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Over many years, tomato production had suffered huge losses, sometimes reaching up to 100% losses in some areas in northeastern Brazil. These problems promoted the transference of the processing tomato production center to the midwest region of Brazil, where the majority of the processing industries is present nowadays. One of the factors that strongly contributed to this economic disaster on the northeast tomato production was the occurrence of begomoviruses, caused by whitefly-transmitted viruses. Such viruses were characterized for the first time (in tomato) in the mid 70’s and they began to cause considerable damage from the 90’s on, coinciding with the introduction of the B biotype of Bemisia tabaci. Since then, several studies have been published addressing issues such as diversity, characterization, determination of the host range, plant-pathogen and pathogen-vector interactions, evolution, prevalence, epidemiology, among others. The present work aimed at the analysis of the begomovirus diversity present in tomato plants destined to processing from three production areas of Brazil: Luziânia (GO), Morrinhos (GO) and Ribeirão Preto (SP). The samples were collected in 2008 from plants with symptoms such as mosaic, leaf distortion and interveinal chlorosis. The DNA was extracted from the samples and the presence of begomoviruses was detected by PCR using the universal primers pAL1v1978 and pAR1c496. After the confirmation, RCA-RFLP was carried out to enable a preliminary analyzes of the diversity through the comparison of their digestion patterns. The diversity was higher in São Paulo, followed by Morrinhos and Luziânia. The different patterns were selected and the begomoviruses cloned, in a total of 104 DNA-A clones (33 from Ribeirão Preto, 35 from Luziânia and 36 from Morrinhos). All the obtained sequences shared a high identity with Tomato severe rugose virus (ToSRV), indicating its prevalence in all studied regions. The identity of the isolates collected in the same region ranged from 99.2 to 100% in all three regions. The major difference, although small, was observed among Luziânia’s isolates when compared with Morrinhos’ and Ribeirão Preto’s isolates. Furthermore, the phylogenetic tree showed a grouping of the São Paulo’s samples, while Luziânia’s and Morrinho’s samples were clustered together. The results indicate that the viruses molecularly identified as ToSRV share high similarity between each other, and that the isolates from SP apparently evolved independently from the GO isolates, probably due to the distance that separates the production areas of both states. Nevertheless, it could be observed some differences when they were compared with viruses from the same species that were characterized previously, showing that there was some particular mutations that were preserved, since the sequences from the databases were clustered with some Ribeirão Preto’s isolates, while the others formed another group. The majority of the nucleotide mutations was observed from purine to purine and from pyrimidine to pyrimidine bases and mostly were in the rep and cp regions, indicating that those ORFs may be hotspots of mutation in the ToSRV genome. The present study shows that the ToSRV is one of the major begomoviruses to be focused in breeding programs of tomatoes for processing.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2012. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2012-10-03T14:09:05Z No. of bitstreams: 1 2012_AnaLuizaMachadoLacerda.pdf: 17117931 bytes, checksum: 280bd75580fa926c91ca5fcb02fd6f2a (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2012-10-04T10:43:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_AnaLuizaMachadoLacerda.pdf: 17117931 bytes, checksum: 280bd75580fa926c91ca5fcb02fd6f2a (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-04T10:43:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_AnaLuizaMachadoLacerda.pdf: 17117931 bytes, checksum: 280bd75580fa926c91ca5fcb02fd6f2a (MD5) / Brachiaria brizantha é uma gramínea forrageira da família Poaceae, introduzida da África, e amplamente utilizada no Brasil. Brachiaria se reproduz de modo sexual ou assexual por apomixia, clonagem de plantas por sementes. O desenvolvimento de ferramentas biotecnológicas para transferência de genes é de grande interesse para os programas de melhoramento desse gênero. As bases moleculares da reprodução ainda não estão bem elucidadas, a formação do gametófito e os principais eventos reprodutivos ocorrem dentro das anteras e ovários, sendo de grande interesse a identificação de genes expressos nesses órgãos e suas regiões regulatórias. Neste trabalho foram escolhidas sete sequências de cDNA de alta expressão em ovários de Brachiaria, na megasporogênese e megagametogênese com objetivo de isolar as sequências promotoras desses genes. As regiões codificadoras dos cDNA foram amplificadas de modo a ter essa região completa e conhecer a função inferida em bancos de dados. As sete sequências estudadas tiveram maior expressão em órgãos reprodutivos (ovários e anteras) e raízes quando comparada a folhas. Transcritos desses genes foram localizados em diferentes tecidos de ovários e anteras. A região codificadora completa e a região promotora putativa foram obtidas para BbrizRPS8, BbrizRPS15a e BbrizRPL41, nomeados neste trabalho em função da similaridade com os genes codificadores de proteínas ribossomais correspondentes. A expressão de BbrizRPS8, BbrizRPS15a e BbrizRPL41 foi observada em células mitoticamente ativas, em tecidos em crescimento do óvulos, anteras e raízes, consistente com a expressão de genes que codificam proteínas ribossomais em outras plantas, sugerindo envolvimento desses genes em atividades gerais de regulação do crescimento e desenvolvimento de órgãos reprodutivos e raízes, independentemente do modo de reprodução. As regiões promotoras putativas de BbrizRPS8, BbrizRPS15a e BbrizRPL41 foram capazes de dirigir a expressão transiente do gene repórter GUS em unidades embriogênicas de arroz e flores de Arabidopsis thaliana e poderão ser utilizadas em futuras análises de expressão de genes de interesse em órgãos reprodutivos. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Brachiaria brizantha is a forage grass of the Poaceae family, introduced from Africa and largely used in Brazil. Brachiaria reproduces sexually or asexually by apomixis, an asexual mode of reproduction through seeds. The development of biotechnological tools for gene transfer is being researched to support the breeding programs on this genus. The molecular bases of reproduction have not yet been fully elucidated, however it is known that gametophyte formation and main reproductive events occur inside the anthers and ovaries. There is therefore much interest in identifying expressed genes and their corresponding upstream regulatory sequences in these organs. In this work seven cDNA sequences with higher expression in ovaries of Brachiaria at megasporogenesis and megagametogenesis were chosen in order to isolate the corresponding promoter sequences. The open read frame (ORF) of cDNAs were amplified and their function inferred in databases. The seven sequences studied had higher expression in reproductive organs (ovaries and anthers) and roots compared to leaves. Transcripts of these genes were located in different tissues of ovaries and anthers. The complete coding region and putative promoter region were obtained for clones BbrizRPS8, and BbrizRPS15a BbrizRPL41 as nominated in this work due to their similarities with corresponding genes encoding ribosomal proteins. The expression of BbrizRPS8, BbrizRPS15a and BbrizRPL41 was observed in mitotically active cells, in growing ovule, anthers and roots, consistent with the expression of genes encoding ribosomal proteins in other plants, suggesting that these genes could be involved in general activities regulating growth and development of reproductive organs and roots, irrespective of the mode of reproduction. The putative promoter regions of BbrizRPS8, BbrizRPS15a and BbrizRPL41 were able to drive transient expression of the reporter gene GUS in the embryogenic units of rice and Arabidopsis thaliana flowers and may be used for future analysis of expression of genes in reproductive organs.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2013. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2013-04-26T12:29:23Z No. of bitstreams: 1 2013_Cristiane Andrea de Lima.pdf: 1979689 bytes, checksum: 7872907ceb2698c4d8a72022d6427175 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-04-26T14:17:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_Cristiane Andrea de Lima.pdf: 1979689 bytes, checksum: 7872907ceb2698c4d8a72022d6427175 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-04-26T14:17:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_Cristiane Andrea de Lima.pdf: 1979689 bytes, checksum: 7872907ceb2698c4d8a72022d6427175 (MD5) / As pitayas são consideradas uma novidade promissora no Brasil. Ainda não existe uma cultivar lançada no mercado que tenha alta produtividade e atenda as exigências do consumidor brasileiro. O presente trabalho teve como objetivo avaliar características físicas e químicas de frutos e a variabilidade genética de acessos de pitaya com grande potencial comercial, avaliar o hábito de florescimento e frutificação nas condições do Cerrado do Planalto Central, otimizar a metodologia de propagação vegetativa, subsidiar trabalhos de seleção de genótipos superiores e melhoramento genético com a obtenção e avaliação de híbridos interespecíficos. Os experimentos foram realizados na Embrapa Cerrados, localizada em Planaltina, DF. Para avaliar as características físico-químicas, foram analisados o comprimento, diâmetro, pH, sólidos solúveis, massa total da casca e da polpa. A espécie Selenicereus setaceus apresenta maior teor de sólidos solúveis, diferenciando significativamente da espécie Hylocereus undatus. Os resultados das correlações indicam que quanto maior o tamanho e massa dos frutos menor é o teor de sólidos solúveis na polpa dos frutos de pitaya, considerando os genótipos e espécies analisados. A análise de agrupamento permitiu subdividir os vinte e um genótipos das duas espécies de pitaya em dois grupos de similaridade genética. As características físico-químicas dos frutos evidenciam alta diversidade genética entre os acessos das espécies H. undatus e S. setaceus. Foi realizada também a caracterização química e de compostos fenólicos de frutos de espécies de pitaya Hylocereus costaricensis, H. undatus, Selenicereus setaceus e S. megalanthus. As análises físico-químicas foram baseadas na porcentagem de sólidos solúveis, pH e acidez total titulável expresso em porcentagem de ácido cítrico. A determinação dos compostos fenólicos foi feita com base nas análises de polifenóis extraíveis totais e flavonóides amarelos. Foram observadas diferenças significativas entre as espécies de pitaya e entre as partes basal, mediana e apical dos frutos quanto às características químicas e a quantidade de compostos fenólicos. A espécie H. costaricensis merece destaque pela presença de maior quantidade de compostos fenólicos, diferenciando significativamente das demais espécies. Em relação ao hábito de florescimento e frutificação das espécies H. undatus e S. setaceus, verificou-se que a floração e frutificação da espécie S. setaceus começa e termina cerca de dois meses antes que a espécie H. undatus. O período da antese até a maturação dos frutos da espécie S. setaceus dura cerca de 18-27 dias a mais, quando comparada com a espécie H. undatus. Visando a otimização da metodologia de propagação utilizou-se diferentes tamanhos de cladódios e substratos da pitaya (H. undatus). Verificou-se que mudas oriundas de cladódios com 9 gemas permitiram a obtenção de maior número e comprimento de brotos, maior massa fresca e seca de brotos e raízes. De um modo geral, o substrato com vermiculita permitiu a obtenção de mudas com maior quantidade de brotos e massa de raízes. Híbridos interespecíficos foram desenvolvidos e confirmados utilizando-se marcadores moleculares RAPD. Constatou-se a existência de compatibilidade genética entre as espécies H. costaricencis e H. undatus. Para verificar características de vigor e desempenho agronômico de dez genótipos de pitayas da espécie H. undatus, as seguintes características foram analisadas: número de cladódios, comprimento total de cladódios, diâmetro médio dos cladódios, número médio de flores, número médio de frutos, porcentagem de vingamento por planta e número total de frutos produzido por planta durante 3 anos. Efeitos significativos dos genótipos de pitaya foram verificados para todas as características agronômicas avaliadas. Os genótipos 01 (CPAC PY-01(3)) e 05 (CPAC PY-01(4)) proporcionaram melhor desenvolvimento vegetativo e maior produtividade, demonstrando características promissoras para o processo de seleção e melhoramento genético para as condições do Cerrado. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The pitayas are considered a promising novelty in Brazil. Still there is not a cultivar released in the market that has high productivity and meets the Brazilian consumer requirements. This study aimed to evaluate physical and chemical fruit characteristics and to analyze the genetic variability of pitaya accessions with great commercial potential. Others objectives of this work included to evaluate the flowering and fruiting habit in Brazilian Savanna conditions, optimizing the methodology of vegetative propagation, subsidizing the selection of superior genotypes, the obtaining and evaluation of interspecific hybrids and genetic breeding. The experiments were conducted at Embrapa Cerrados, located in Planaltina, DF. The physico-chemical fruit characteristics evaluated were the length, diameter, pH, soluble solids, total mass of skin and pulp. The species Selenicereus setaceus has higher soluble solids, differing significantly from the species Hylocereus undatus. The correlations results indicate that the accessions with larger size and mass of the fruits have less soluble solid content in fruit pulp, considering the genotypes and species analyzed. Cluster analysis allowed subdivide the twenty-one genotypes of two pitaya species in two genetic similarity groups. The physico-chemical fruit characteristics showed high genetic diversity among accessions of the H. undatus and S. setaceus species. Chemical characterization and phenolic compounds were also analyzed in fruits of Hylocereus costaricensis, H. undatus, Selenicereus setaceus and S. megalanthus. The physico-chemical analyzes were based on the percentage of soluble solids, pH and titratable acidity expressed as percentage of citric acid. The determination of phenolic compounds were based on analyzes of total extractable polyphenols and yellow flavonoids. Significant differences of the physico-chemical characteristics and amount of phenolic compounds were observed among pitaya species and basal, middle and apical fruit position. The H. costaricens species is noteworthy for the higher amount of phenolic compounds, differing significantly from the other species. Regarding the flowering and fruiting habit of pitaya species, and species, it was found that S. setaceus flowering and fruiting begins and ends about two months before the H. undatus species. S. setaceus period from anthesis to fruit maturity takes about 18-27 days longer than H. undatus. In order to optimize the vegetative propagation methodology, we used different substrates and cladodes sizes of H. undatus. It was found that cladodes with 9 gems allowed to obtain seedlings with the largest number and length of shoots, higher fresh and dry shoots and roots weight. Generally, the substrate with vermiculite afforded seedlings with greater amounts of buds and root mass. Interspecific hybrids were developed and confirmed, using RAPD markers. It was found the genetic compatibility between H. costaricencis and H. undatus pitaya species. Vigor characteristics and agronomic performance of ten genotypes of H. undatus species were analyzed based on the number, total length and diameter of the cladodes, number of flowers, number of fruits, percentage of ripening per plant and total number of fruits produced per plant in three years. Significant effects of pitaya genotypes were observed for all traits evaluated. Genotype 01 (CPAC PY-01(3)) e 05 (CPAC PY-01(4)) showed better vegetative growth and high yield, showing promising characteristics for the selection process and genetic breeding for Brazilian Savanna conditions.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Departamento de Biologia Celular, 2013. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2013-06-24T11:20:19Z No. of bitstreams: 1 2013_CesarDanielPetroli.pdf: 6307337 bytes, checksum: 650ed813622f95d1dfc5d7a15fa7fa9f (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-06-24T11:51:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_CesarDanielPetroli.pdf: 6307337 bytes, checksum: 650ed813622f95d1dfc5d7a15fa7fa9f (MD5) / Made available in DSpace on 2013-06-24T11:51:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_CesarDanielPetroli.pdf: 6307337 bytes, checksum: 650ed813622f95d1dfc5d7a15fa7fa9f (MD5) / Diversity Arrays Technology (DArT) fornece um sistema robusto, de alto rendimento e baixo custo para a identificação de milhares de polimorfismos na sequência do DNA de indivíduos. Apesar da extensa utilização desta plataforma de genotipagem para diversas espécies de plantas, pouco se conhece sobre os atributos dos marcadores DArT do ponto de vista do conteúdo das sequências e sua distribuição em genomas de plantas. Neste trabalho foram investigadas as propriedades genômicas das 7.680 sondas do microarranjo DArT desenvolvido para Eucalyptus, por meio do seu sequenciamento e mapeamento genético e físico no genoma de referência de Eucalyptus grandis. Em seguida, o mapa genético construído foi utilizado para o mapeamento de QTLs (Quantitative Trait Loci) para sete características quantitativas de crescimento e qualidade da madeira em Eucalyptus. Finalmente, para cada QTL identificado foi realizada uma análise preliminar do número de genes anotados na sequência do genoma de Eucalyptus incluídos no intervalo genômico correspondente. Um mapa consenso com 2.274 marcadores DArT ancorado a 210 microssatélites com uma média de distância entre marcadores consecutivos na ordem de sub-centimorgan e um mapa genético framework com 1.029 marcadores ordenados com maior suporte estatístico foram construídos. Ambos exibiram uma extensa colinearidade com a sequência do genoma quando mapeados fisicamente. O número de sequências únicas observadas para as sondas DArT foi consistente com o número de sequências DArT alinhadas em uma posição única no genoma de Euaclyptus. Com uma cobertura do 97% do genoma físico, estes marcadores demonstraram uma ampla e uniforme distribuição ao longo do genoma. Apenas 1,4 Mpb dos 85,4 Mpb das sequências de scaffolds ainda não ancorados no atual genoma de Eucalyptus foi capturado por 45 marcadores DArT geneticamente mapeados mas fisicamente não alinhados nos 11 pseudo-cromossomos de Eucalyptus, fornecendo evidência sobre a qualidade e a completude da montagem atual do genoma de Eucalyptus. A maioria das 89 sondas do microarranjo DArT que não mapearam fisicamente no genoma correspondem a sequências provavelmente ausentes em E. grandis, o que sugere um caráter pangenômico do microarranjo DArT de Eucalyptus. Uma sobreposição significativa foi encontrada entre o posicionamento dos marcadores DArT e o espaço gênico, com 69% das sondas DArT mapeando dentro de modelos gênicos preditos. Uma correlação significativa foi identificada entre o número de modelos gênicos preditos e o número total de sondas DArT encontradas em todo o genoma (índice de Spearman ρ = 0,682, ρ = 3,79e-18). O mapeamento de QTLs detectou 35 QTLs para as características avaliadas, sendo que vários deles sugestivos de sintenia em nível cromossômico com QTLs detectados em estudos anteriores. Um total de 8.036 modelos gênicos preditos foi observado nos intervalos genômicos compreendidos pelos marcadores flanqueantes aos 18 QTLs mapeados no parental materno e 6.678 nos intervalos dos 17 QTLs identificados no parental paterno. Centenas desses genes poderiam ser sugeridos tentativamente como genes candidatos para as características fenotípicas avaliadas, cuja validação demandaria um esforço considerável. Em conclusão, as propriedades genômicas dos marcadores DArT levantadas neste estudo são particularmente interessantes para os investigadores que trabalham com culturas as quais já contam com microarranjos DArT mas para as quais não existe ainda um genoma de referência que permita uma caracterização detalhada. Estas propriedades são potencialmente úteis para a realização de estudos filogenéticos, de genética de populações e predição de fenótipos via seleção genômica, explorando a proximidade destes marcadores a genes. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Diversity Arrays Technology (DArT) provides a robust, high throughput, costeffective method to query thousands of sequence polymorphisms in a single assay. Despite the extensive use of this genotyping platform for numerous plant species, little is known regarding the sequence attributes and genome-wide distribution of DArT markers. We investigated the genomic properties of the 7,680 DArT marker probes of a Eucalyptus array, by sequencing them, constructing a high density linkage map and carrying out detailed physical mapping analyses to the Eucalyptus grandis reference genome sequence. The genetic map was used for QTL (Quantitative trait loci) mapping for seven complex growth and wood quality traits in Eucalyptus. Finally, for each QTL we preliminarily assessed the number of annotated gene models in the Eucalyptus genome found in its corresponding genomic interval delimited by flanking markers. A consensus linkage map with 2,274 DArT markers anchored to 210 microsatellites and a framework map, with 1,029 markers ordered with high support, displayed extensive collinearity with the genome sequence. Only 1.4 Mbp of the 75 Mbp of still unplaced scaffold sequence was captured by 45 linkage mapped but physically unaligned markers to the 11 Eucalyptus pseudochromosomes, providing compelling evidence for the quality and completeness of the current Eucalyptus genome assembly. A highly significant correspondence was found between the locations of DArT markers and predicted gene models, while most of the 89 DArT probes unaligned to the genome correspond to sequences likely absent in E. grandis, consistent with the pan-genomic feature of this multi-Eucalyptus species DArT array. DArT markers preferentially target the gene space and display a largely homogeneous distribution across the genome, thereby providing superb coverage for mapping and genome-wide applications in breeding and diversity studies. QTL mapping detected 35 QTLs, several of them syntenic to QTLs in previous studies. A total of 8,036 annotated gene models were found within the genomic interval comprised by the 18 QTLs detected in the maternal parent and 6,678 in the 17 QTLs identified in the paternal parent. Hundreds of such predicted genes could be tentatively suggested as candidates involved in trait variation, whose testing and validation would require a gigantic effort. In conclusion, the comprehensive linkage-to-physical mapping analyses reported herein, provide novel data regarding the genomic attributes of DArT markers in plant genomes in general and for Eucalyptus in particular. These results should be valuable to other species for which DArT arrays are available but not yet reference genomes. Based on the genomic characterization of the DArT probe sequences reported, phylogenies, population genetic surveys and phenotype prediction by genomic selection can now be further explored according to the gene proximity or gene content of particular markers sets.

Tese (doutorado)-Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, 2013. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2013-07-03T10:38:20Z No. of bitstreams: 1 2013_AndreaRachelRamosCruzSousa.pdf: 2391353 bytes, checksum: f365e3ff1bb9b770b9d24960c68272a9 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-07-03T11:48:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_AndreaRachelRamosCruzSousa.pdf: 2391353 bytes, checksum: f365e3ff1bb9b770b9d24960c68272a9 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-07-03T11:48:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_AndreaRachelRamosCruzSousa.pdf: 2391353 bytes, checksum: f365e3ff1bb9b770b9d24960c68272a9 (MD5) / O feijão-caupi (Vigna unguiculata L. Walp.) é conhecido nas regiões Norte e Nordeste do Brasil como feijão-de-corda, feijão-verde, feijão macassar ou feijão-de-praia. É uma planta muito importante na alimentação humana por ser fonte natural de proteínas, calorias, vitaminas e minerais. Dentre as doenças que mais causam perdas para a cultura destacam-se as viroses, e dentre elas o mosaico severo (Cowpea severe mosaic virus- CPSMV) que pode levar a perdas de até 100% da produção nas áreas afetadas, e a virose causada pelo Cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV), que tem importância devido à sua ampla ocorrência. O presente trabalho teve como objetivo a obtenção de plantas de feijão-caupi geneticamente modificadas (GM) resistentes ao CPSMV e ao CABMV, por meio da estratégia RNA interferente. Nesse trabalho foram obtidas 15 linhagens GM, sendo testadas 14 delas para avaliar a resistência aos vírus. Algumas linhagens apresentaram alta resistência para as condições de inoculação severa sem alteração na produção de vagens e sementes viáveis, enquanto que para as plantas controle a inoculação severa resultou na morte de todas as plantas. As linhagens GM também apresentaram tolerância ao herbicida imazapyr na concentração de 200 g.ha-1, o que foi considerado um resultado promissor, tendo em vista que a cultura do feijão-caupi atualmente encontra-se em expansão no cenário agrícola nacional. Nos testes de Southern blot, northern blot e dot blot foi confirmada a integração dos transgenes no genoma das linhagens, assim como a presença dos pequenos RNA interferentes, o que tem relação direta com a alta tolerância apresentada para os vírus. A análise da progênie realizada pelo teste qui-quadrado não demonstrou padrão de segregação Mendeliana na geração F1. Isso pode ser explicado devido à ocorrência de quimerismos nos transformantes primários (F0). Os resultados obtidos sugerem a possibilidade de utilização das melhores linhagens GM em experimentos em nível de campo visando selecionar genotipos promissores que possam fazer parte de programas de melhoramento da cultura. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Cowpea (Vigna unguiculata L. Walp.), known as feijão-de-corda, feijão-verde, or feijão macassar and feijão-de-praia in the North and Northeastern regions of Brazil, is an important crop for human nutrition. Besides serving as a natural source of protein and energy, it is rich in vitamins and minerals. Although it is a widespread crop which can be grown in areas of extreme climatic and environmental conditions, it is confronted with certain problems like pests and diseases among others. Among diseases that devastate the crop are those caused by Cowpea severe mosaic virus (CPSMV) and Cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV), which together may cause 100% losses in production. This work sought to develop a strategy using RNA interference to generate genetically modified (GM) cowpea plants which are resistant to CSMV and CABMV. Fifteen (15) GM lines were obtained, of which 14 were tested for resistance against the viruses. While some of the lines showed high degree of resistance without any alteration in seed pod development and seed germination, control plants died soon after inoculation with the viruses. The GM lines were also tolerant to the herbicide imazapyr at a concentration of up to 200 g/ha, showing potential in the production system of cowpea given the continuous nationwide expansion of the crop. Southern blot analysis confirmed the integration of the transgenes inserted in the genome of the lines. We also detected small interfering RNAs (siRNAs) responsible for gene silencing of the viruses and thus conferring resistance to the plant. Progeny analysis using chi-square test did not show Mendelian segregation in F1 generation. This may be attributable to the possible existence of chimeras in the primary transformants (F0). These results may be applied in field experiments using superior lines developed here for breeding programs involving the crop.