The objective of this research is double: <p>1) to study the factors associated with the problems of quality with drinking water on the physicochemical and biological level in the municipality of Abomey-Calavi in Benin ;<p>2)to study its relationships with public health. <p>The goal is to bring on one hand, the tools of improvement to the quality of water and public health in this commune. In addition, to contribute to the reduction of the rate of morbidity and mortality generated by the diseases related to drinking water contamination in this locality<p><p>Methods:<p>For the purpase of this study, we made a preliminary investigation in the municipality (households 55898 and almost all the households have the traditional wells). In the same way the information provided by the National Society of Water in Benin gave the indications on the level koverage of drinkable water conveyance of the commune. This study carried out within a general logical framework of the durable development based on an DPSIR analysis in the municipality of Abomey-Calavi of the Atlantic district in Benin made it possible to provide information on the main sources of contamination of the drinking water. We also carried out a random sampling of 110 wells and 110 households by taking account into the geographical distribution of the households in the commune. We selected 60 taps and 60 households by random sampling for those using water drink distributed by the national Society of Water in Benin. In each zone or district, three households consuming either well water or tap water were drawn randomly. A retrospective study on the number of cases of the hydrous diseases and other symptoms of hydrous diseases was carried out by consultation of medical registers of the commune from 2007 to 2009. Cases of diarrhoeas used as basic variable of health were compared with the other cases of hydrous diseases available in the files. <p><p>Results:<p>The results show that: the most al the well water taken in the households has temperatures beyond the recommendation of the World Health Organization (25 °C) and 98.2 % have a pH below the normal which is 6.5 to 8.5. We note a strong mercury and cadmium, complete iron, aluminum, nitrate nitrite pollution of the sampled wells (n=110) which is respectively 32.73%, 11.82%,10%, 43.64%, 6.36% and 14.55%. The results of the bacteriological analysis of water revealed that the totality of the wells is contaminated. The germs identified during the analysis of the well water are: Escherichia coli, fecal streptococcus species, bacterial salmonella ,Shigella ,Clostridium perfringens, staphylococcus species,<p> Klebsiella pneumoniae and Pseudomonas aeruginosa Most frequent among these germs are: Escherichia coli (100%), Klebsiella pneumoniae (97.27%), bacterial salmonella and Shigella (96,36%) with regard to the coliformes and enterobacteries. As for the cocci with Gram (+) they are staphylococcus species (97.27%) and the fecal streptococcus (88.18%). It is useful to stress that all the wells are strongly contaminated by Clostridium perfringens (95.45%).<p> The differences between the respective prevalence of parasitic coprology, uroculture, diarrhoeas, pains abdominal and saddles bloody for exposed (45.4%, 71.8%, 76.4% and 59.1%) :those who consume the water of wells not exposed (8.3%, 1.7%,13.3%, 16.7): those who consume tap water, are statistically significant (p<0.001). For diarrhoeas according to the characteristics of the people reached of hydrous diseases and other symptoms of hydrous diseases we have: <p>•\ / Doctorat en Sciences de la santé publique / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Abstract Mutations in the currently known breast cancer susceptibility genes account for only 25–30% of all familial cases. Novel susceptibility genes can be identified by several methods, including candidate gene re-sequencing and genome-wide microarrays. We have applied microarrays for the detection of a new genomic variation class, copy number variants (CNVs), which potentially could disrupt genes in multiple pathways related to breast cancer susceptibility. The aim of the current study was to evaluate the role of the RNF8, UBC13, MMS2 and RAD51C DNA damage response genes in breast cancer susceptibility as well as to study if rare CNVs are associated with the predisposition to this disease. The analysis of 123 familial breast cancer cases revealed altogether nine different changes in the RNF8 and UBC13 candidate genes. However, none of the observed alterations were considered pathogenic. No alterations were observed in MMS2. The obtained results suggest that breast cancer predisposing alterations in RNF8, UBC13 and MMS2 are rare, or even absent. The RAD51C mutation screening of 147 familial breast cancer cases and 232 unselected ovarian cancer cases revealed two deleterious mutations: c.-13_14del27 was observed in a breast cancer case with familial history of ovarian cancer and c.774delT in an ovarian cancer case. Both mutations were absent in the control cohort. The results of the study support the hypothesis that rare variants of RAD51C predispose predominantly to ovarian cancer. A genome-wide scan of CNVs was performed for 103 familial breast cancer cases and 128 controls. The biological networks of the genes disrupted by CNVs were different between the two groups. In familial breast cancer cases, the observed mutations disrupted genes, which were significantly overrepresented in cellular functions related to maintenance of genomic integrity (P=0.0211). Biological network analysis showed that the disrupted genes were closely related to estrogen signaling and TP53-centered tumor suppressor network, and this result was confirmed by the analysis of an independent young breast cancer cohort of 75 cases. These results suggest that rare CNVs represent an alternative source of genetic variation contributing to hereditary risk for breast cancer. / Tiivistelmä Tunnetut rintasyöpäalttiusgeenien mutaatiot selittävät vain 25–30 prosenttia kaikista perinnöllisistä rintasyöpätapauksista. Uusia alttiusgeenejä voidaan tunnistaa useilla eri menetelmillä, kuten kandidaattigeenien mutaatiokartoituksella ja genomin-laajuisilla mikrosirutekniikoilla. Tässä tutkimuksessa sovelsimme mikrosirutekniikkaa uuden geneettisen variaatioluokan, kopiolukuvariaation (CNV), tutkimiseen. CNV:t voivat vaurioittaa lukuisia rintasyöpäalttiuteen liittyviä biokemiallisia reittejä. Tämän tutkimuksen tarkoitus oli arvioida RNF8-, UBC13-, MMS2- ja RAD51C -DNA- vauriovastegeenien sekä harvinaisten CNV:iden yhteyttä rintasyöpä-alttiuteen. 123 familiaalisen rintasyöpätapauksen analyysissä löytyi yhteensä yhdeksän muutosta RNF8- ja UBC13-geeneistä, joista yksikään ei osoittautunut patogeeniseksi. MMS2-geenissä ei havaittu muutoksia. Tulosten perusteella rintasyövälle altistavat muutokset RNF8-, UBC13- ja MMS2- geeneissä ovat joko erittäin harvinaisia tai niitä ei esiinny lainkaan. RAD51C-geenin mutaatiokartoitus 147 familiaalisesta rintasyöpätapauksesta sekä 232 valikoimattomasta munasarjasyöpätapauksesta paljasti kaksi haitallista mutaatiota. c.-13_14del27 havaittiin rintasyöpäpotilaalla, jonka suvussa esiintyi munasarjasyöpää, ja c.774delT todettiin munasarjasyöpäpotilaalta. Kumpaakaan mutaatiota ei havaittu verrokkiaineistossa. Tulokset vahvistavat hypoteesia RAD51C-geenin harvinaisten varianttien yhteydestä pääasiassa munasarjasyöpäriskiin. CNV:iden genomin-laajuinen skannaaminen suoritettiin 103 familiaaliselle rintasyöpätapaukselle ja 128 verrokille. CNV:iden häiritsemien geenien muodostamat biologiset verkostot olivat erilaiset näiden kahden ryhmän välillä. Familiaalisilla rintasyöpätapauksilla havaitut CNV:t vaikuttivat geeneihin, jotka olivat voimakkaasti korostuneita genomin eheyttä ylläpitävissä tehtävissä (P=0.0211). Biologisten verkostojen analyysi paljasti, että CNV:iden vahingoittamat geenit liittyivät läheisesti estrogeenisignalointiin sekä TP53-tuumorisupressoriverkostoon, ja tämä tulos vahvistettiin analysoimalla riippumatonta nuorista rintasyöpäpotilaista koostuvaa kohorttia (N=75). Tutkimuksen tulosten mukaan harvinaiset CNV:t ovat vaihtoehtoinen geneettisen variaation lähde perinnölliseen rintasyöpäalttiuteen.

Abstract The embryonic urogenital system generates the metanephric kidneys, the gonads and the adrenal glands, and its development is based on sequential and reciprocal cell and tissue interactions. The mechanisms which regulate urogenital ontogeny are still poorly understood. In this thesis, the roles of Wnt-4 and ErbB4 functions in gonad and kidney development were analysed by using in vivo functional genomic technologies. Wnt-4 is crucial in female development since its absence leads to a partial female to male sex reversal. We found that Wnt-4 mediated the interactions between the somatic and the germ cells and played a role in meiosis which is regulated in part by the secreted signal retinoic acid (RA). Expression of certain meiosis-controlling genes (Stra8, Spo11) was inhibited in the Wnt-4 deficient germ cells, while certain pluripotency genes (Oct4, Fgf9, Sox2 and Dnmt3l) were activated similarly as in the wild-type male gonad. In addition to this, we noted that a gene encoding for a Cyp26b1 enzyme, which degrades RA in the embryonic testis, was ectopically expressed in the Wnt-4 deficient ovary. Microarray analysis was used to identify candidate Wnt-4 target genes by using the Wnt-4 knock-out mouse. Of these genes, Runx-1 may represent a novel signalling target to mediate Wnt-4 activity in the control female development The role of receptor-tyrosine kinase ErbB4 in kidney development was studied by using both in vivo gain and loss of function approaches. In the gain-of-function situation, we found that certain markers for the epithelial tubules and collecting ducts lost their polarized expression pattern. At the same time, the orientation of the cells in the kidney tubules was deregulated and an increase in cell proliferation was noticed. We suggest that the observed defects gave rise to an increase in the tubule diameter and to cyst formation in the kidney cortex. In the loss-of-function mouse, the lack of ErbB4 expression led to a similar phenotype as with the gain of function, and the renal functions of the mutant adult kidneys were compromised. In conclusion, the results point to specific roles for Wnt-4 and ErbB4 in the control of urogenital development. Wnt-4 appears to be crucial in sustaining proper female somatic cell and germ cell differentiation, and maintenance of gonad development during and after the sex determination event, while ErbB4 activity is critical for the regulation of tubular growth in embryonic kidney development. / Tiivistelmä Sekä nisäkkään jälkimunuainen, lisämunuainen että sukurauhanen kehittyvät alkion urogenitaalialueen järjestelmästä ja solu- ja kudosvuorovaikutukset ohjaavat elinkehitysprosessia. Tapahtuman molekyylitason mekanismit ovat kuitenkin huonosti tunnettuja. Tässä väitöskirjatyössä tutkittiin Wnt-4 signaalin tehtäviä sukurauhasen ja ErbB4- proteiinin munuaisen kehityksessä. Wnt-4 signaali on keskeinen naisen sukupuolisuuden kehityksessä, koska signaalin puutos aiheuttaa alkion sukupuolen osittaisen kääntymisen naaraasta koiraaksi. Tarkastelimme aluksi sitä, välittääkö Wnt-4 itusolujen ja sukurauhasen somaattisten solujen vuorovaikutuksia ohjaten itusolujen meioosia, jota mm. A-vitamiini säätelee. Havaitsimme, että Wnt-4 geeni puuttuessa tietyt meioosia säätelevät geenit kuten Stra8 ja Spo11 olivat heikentyneet, kun taas solujen monikykyisyyteen liittyvät geenit kuten Oct4, Fgf9, Sox2 ja Dnmt3l aktivoituivat vastaavalla tavalla kuin havaitaan normaalisti koirasalkion kivesaiheessa. Tämän lisäksi havaitsimme, että Cyp26b1-geeni, joka johtaa A-vitamiinin hajoamiseen alkiossa ja estää normaalisti meioosin koirasalkion kivesaiheessa oli aktivoitunut munuaisrauhasaiheessa, jolta puuttuu Wnt-4 aktiivisuus. Tuloksemme osoittavat, että Wnt-4 säätelee osaltaan naarasalkion itusolujen meioosia. Tarkastelimme myös mikrosirututkimusten avulla niitä geenejä, joita Wnt-4 säätelee sukuelinaiheessa. Identifioimme useissa Wnt ja β-catenin signaalireittiin liittyvissä geeneissa muutoksia. Muuntuneet geenit voivat olla Wnt-4 signaalireitin kohdegeenejä. Näistä Runx-1 saattaa olla keskeinen Wnt signaalitien kohdegeeni, joka säätelee merkittävällä tavalla naaraan munarauhasen kehitystä. Väitöskirjan toisessa osassa tarkastelimme ErbB4-reseptorityrosiinikinaasin tehtäviä munuaisen kehityksen säätelyssä. ErbB4-geenin tehtäviä tutkittiin käyttäen hyväksi siirtogeenisiä malliorganismeja, joissa ErbB4-geenin määrä oli joko koholla tai ajastetusti inaktivoitu. ErbB4- geenin kokeellinen yliaktiivisuus muutti spesifisti tekijöitä, jotka säätelevät osaltaan jälkimunuaisen epiteeliputkien solujen orientaatiota ja solun jakautumista. Solujen orientaatiomuutoksen yhteydessä myös solujen jakautuminen häiriintyi. Oletuksemme on, että nämä epiteelikudoksessa tapahtuneet muutokset ovat syy, miksi kohotettu ErbB4-aktiviteetti muuttaa epiteeliputkien paksuutta ja pituutta erityisesti munuaisen pintakerroksissa. Havaitsimme myös, että ErbB4-geenin ajastettu poistaminen munuaisen epiteelikudoksessa johti hyvin samankaltaisiin, mutta vastakkaisiin muutoksiin kuin ErbB4-aktiviteetin kohottaminen. Muutokset johtivat myös muutoksiin munuaisen toiminnassa. Yhteenvetona toteamme, että näillä Wnt-4 ja ErbB4 solusignallointiin liittyvillä molekyyleillä on keskeinen tehtävä alkion munarauhasen ja munuaisen aiheen kehityksen säätelyssä. Wnt-4 ohjaa sekä itusolujen että somaattisten solujen erilaistumista ja samalla sukupuolen määräytymistä ja jatkokehitystä, kun taas ErbB4-signallointireseptorin tehtävä on avainasemassa munuaisen epiteeliputken kasvun säätelyssä.

Although the etiology and pathogenesis of inflammatory bowel disease (IBD) is not fully understood, it is generally accepted that the inflammation results from aberrant immune responses to antigens of gut microbiota in genetically susceptible individuals (Sartor et al., 2006). Alteration in intestinal microbiota has been found in IBD patients with increased abundance of certain bacteria and decreased abundance of others. Due to the complexity of the disease, multifaceted interactions between genetic factors, host immune response, gut microbiota and environment factors need to be taken into account. In this thesis, the pathogenesis of IBD was first reviewed in respect with the four factors mentioned above. Then we concentrated on the interaction between IBD-associated bacteria and mucosal immune system. We investigated the ability of mucosal-associated bacteria (MAB) from IBD patients to induce spontaneous colitis in germ-free (GF) mice and the impact of those bacteria on the development of dextran sulfate sodium (DSS)-colitis. Together with the analysis of the composition of gut microbiota of MAB colonized mice, we demonstrated the potential deleterious microbes were able to increase the susceptibility to DSS-colitis once they found a suitable niche. We revealed the mechanism of an E.coli strain...

Anxiety disorders are the most prevalent psychiatric conditions within primary care, affecting up to 29% of people across their lifetime. Generalized Anxiety disorder (GAD) is frequently comorbid with Major Depressive Disorder (MDD), resulting in greater functional impairment. Gut microbiota have been shown to modulate brain chemistry and function, possibly also playing a role in the genesis of anxiety. Bacteria are also able to produce, or interact with the host metabolism of neuroactive substances, including classical neurotransmitters and trace amines, like octopamine, which although found in trace concentrations in the mammalian brain, can affect CNS function. Specifically, trace amines can affect catecholamine release, reuptake and biosynthesis, and modulate dopamine and serotonin metabolism. We investigated whether microbiota from patients with GAD with no signs of immune activation can alter behaviour in gnotobiotic mice and whether this is accompanied by changes in metabolites within the gastrointestinal tract. Germ-free NIH Swiss mice (n=35) were colonized with microbiota from either a GAD patient (n=18) with severe anxiety, comorbid depression, and low serum and fecal octopamine, or an age and sex-matched healthy control (HC) (n=17). Three weeks post- colonization, mouse behaviour was assessed by standard psychometric tests. Emotionality z-scores were calculated to provide a robust integrated behavioural assessment. Microbiota profiles were assessed by 16S rRNA based Illumina, fecal β-defensin-3 level was measured by ELISA. After sacrifice, mouse brain BDNF and GDNF expression was assessed by immunofluorescence, and gene expression in the hippocampus, amygdala, and olfactory bulbs was assessed by Nanostring. Stool and cecum metabolites were measured in all colonized mice by multisegment injection-capillary electrophoresis-mass spectrometry (MSI-CE-MS). There were no differences in fecal β-defensin levels between mice colonized with GAD microbiota as compared to mice colonized with HC microbiota. However, GAD mice exhibited greater anxiety and depressive-like behavior compared to HC mice in the digging and tail suspensions tests. Behavioural z-scoring across all six standard psychometric tests showed a significant increase in group emotionality score means of GAD-colonized mice compared to HC-colonized mice. Mice colonized with microbiota from a GAD patient had distinct bacterial profiles from mice colonized with HC microbiota. Compared to HC mice, GAD mice had lower levels of dopamine, octopamine and acetylcholine in cecum contents. Furthermore, GAD mice had higher expression of BDNF in the amygdala, lower expression of BDNF in the hippocampus, and lower expression of GDNF in the midbrain. GAD mice also had lower expression of CCR2 in the hippocampus, higher Cnlp/CAMP in the amygdala and olfactory bulb, and higher Nfkb1 in the olfactory bulb compared to HC mice. Our results suggest that microbiota from a selected patient with GAD has the ability to induce anxiety and depressive-like behavior, by mechanisms independent of immune system, likely by altered production of biogenic amines and neurotransmitters. / Thesis / Master of Science (MSc)

Welche Ursachen führen bei Keimzelltumoren zu Spätrezidiven? Sind es ungünstige Tumorkonstellationen, Behandlungsfehler oder individuelle Faktoren, die zu Spätrezidiven von Keimzelltumoren (KZT) führen? Ziel der Untersuchung war es, diese Fragen zu beantworten, um Patienten zu identifizieren, für die sich daraus Konsequenzen in der Therapie und Verlaufskontrolle ergeben. Indem wir Spätrezidive nach 4 Jahren auswerteten, wollten wir die besonderen Merkmale dieser Patientengruppe herausarbeiten. Unter 759 erfassten Patienten sahen wir 165 Frührezidive (< 2 Jahre), 92 Rezidive nach 2 Jahren und 73 Spätrezidive mehr als 4 Jahre nach der Initialdiagnose. Unsere statistische Auswertung bezieht sich auf die Spätrezidive mit einer mittleren Beobachtungszeit von 143 Monaten. Die initiale Konstellation der Tumormarker spielt eine bedeutende Rolle. 66% der Patienten hatten sowohl AFP als auch ß-HCG erhöht (gegenüber 47% bei den Frührezidiven und 33% im Gesamtkollektiv). Das gonadal reine Embryonalzellkarzinom (EZK) führt häufiger zu Spätrezidiven als andere Keimzelltumoren. Risikobehaftet sind höhere Stadien, von denen sich unter den Spätrezidiven 85% fanden; initial aber nur 57%. Demgegenüber ist poor-prognosis nach IGCCCG kein Risikofaktor. Mehr als die Hälfte der spätrezidivierten Patienten hatte bereits vorher mindestens ein Rezidiv gehabt. Eine initial von der heutigen Leitlinie abweichende Behandlung war bei 40% der Spätrezidive zu finden. Gründe hierfür waren eine falsche Histologie, die ungenaue Stadienzuordnung oder eine fehlende bzw. inkomplette Residualtumorresektion. Eine günstige Prognose haben die Patienten, bei denen eine Metastasenresektion vorgenommen werden kann. Die Heilungsrate (NED) war bei den operierten Spätrezidiven (70%) deutlich hoher als denjenigen, die zusätzlich chemotherapiert (46%) oder lediglich mit Chemotherapie behandelt worden waren (36%). Als Grund hierfür, ist die Früherkennung und noch vorhandene Operabilität des Befundes anzunehmen. Alle Seminom-Spätrezidive mit initialer Radiatio haben von der Chemotherapie profitiert. Bis auf einen Todesfall in der Chemotherapie wurden alle geheilt. Spätrezidive von KZT sollten als besondere Entität definiert werden. Krankheitsverlauf, Behandlung und Nachsorge weichen von dem üblichen Muster ab. Nur Seminome oder chemonaive Patienten sind zytostatisch zu behandeln. Bei den Nichtseminomen, die bereits initial oder im Frührezidiv eine Chemotherapie erhalten haben, sollte wenn möglich, eine operative Behandlung erwogen werden. Patienten mit initial erhöhten Tumormarkern (AFP + ß-HCG), reinem gonadalem EZK, höheren Krankheitsstadien oder einem Rezidiv innerhalb der ersten 4 Jahre haben eine ungünstige Prognose und erfordern eine jährliche lebenslange spezielle Nachsorge. Die Nachsorge sollte neben der klinischen Untersuchung und AFP-Bestimmung ein Schnittbildverfahren des Thorax und Retroperitoneums beinhalten. / What are the reasons for late relapse of testicular germ cell tumor? Do unfavourable tumor constellations, mismanaged treatment or individual factors; lead to the late relapse of testicular germ cell tumor? The aim of this investigation was to find an answer to this question and to identify the patients, who would benefit from modified treatments and follow-up modalities. By researching the late relapses diagnosed at least 4 years later, we wanted to identify the special characteristics of this group of patients. Among the 759 patients with testis cancer we found 165 early relapses (