O tratamento das infecções do trato respiratório inferior – em especial as pneumonias adquiridas na comunidade – fundamenta-se em critérios clínico-radiológicos, de acordo com consensos e publicações sobre o assunto. A valorização diagnóstica do exame bacteriológico do escarro nessas infecções tem se mostrado controversa, esbarrando em diversos obstáculos, entre eles o fato de o material transitar pela orofaringe e boca, sofrendo a contaminação por microorganismos residentes nessas estruturas. No presente estudo procurou-se verificar se era possível identificar a flora bacteriana envolvida em infecções bronco-pulmonares de indivíduos adultos, diferenciando-a daquela presente nas estruturas supra-glóticas, particularmente na boca, examinando-se simultaneamente o escarro “dessalivado”, cuidadosamente obtido e processado, e a saliva. Nos períodos 1995-1997 e 2005-2007 foram estudados 164 pacientes adultos, 80 homens e 84 mulheres, com idades entre 22 e 92 anos (média de 57 anos), todos com escarro purulento, e evidências clínicas e radiográficas de infecção do trato respiratório inferior. Casos de tuberculose e de micose foram excluídos. De cada um desses 164 indivíduos, amostras de escarro foram cuidadosamente colhidas em frascos esterilizados. Com uma alça de platina, recolhia-se um grumo do material purulento, o qual, após ser arrastado pela margem de uma lâmina ou parede do frasco, onde o excesso de saliva ficava retido (“dessalivação” do material), ele era distendido no centro da mesma lâmina e corado (gram), e também cultivado em meio apropriado (ágarsangue). Com outra alça de platina buscava-se, no mesmo frasco, o material não purulento (saliva) que ficava em torno do grumo, o qual era distendido em outra lâmina, e também corado pelo método de gram, e cultivado no mesmo tipo de meio usado para a cultura do material purulento. Os germes identificados e a celularidade encontrada ao exame direto (gram), tanto do grumo de pus (escarro) como da saliva, e os resultados das culturas de ambos os materiais eram registrados. As lâminas foram inicialmente examinadas por algum dos diferentes microbiologistas do Serviço, e finalmente por um único deles (referência). Ao exame direto, os tipos de germes encontrados no escarro (grumo purulento) mostraram-se significativamente diferentes dos que foram vistos na saliva (p < 0,001). No grumo purulento observou-se, em geral, um único ou predominante tipo de bactéria, enquanto que na saliva, contendo células epiteliais, uma flora mista foi mais vezes identificada. A mesma diferenciação, entretanto, não foi observada nas culturas, mais freqüentemente crescendo um mesmo tipo de bactéria em ambos os materiais (Streptococcus sp.), comumente presente em orofaringe e boca. A presença de macrófagos e ausência de células epiteliais foram verificadas quase que exclusivamente no escarro (p < 0,0001), enquanto que polimorfonucleares foram igualmente observados em ambos os materiais. Em conclusão, em indivíduos com infecções pulmonares diversas, o exame direto do escarro adequadamente obtido e processado, “dessalivado”, corado pelo método de gram, e mostrando a presença de macrófagos, pareceu discriminar – de modo superior à cultura – os germes provenientes do trato respiratório inferior. / The treatment of the lower respiratory tract infections – in special community acquired pneumonias – is today based in clinical and radiographic criteria, according to guidelines and publications about the subject. The diagnostic value of the sputum examination in these infections have been considered controversial. Among the several obstacles for its natural acceptance is the fact of the material to transit through pharynx and mouth suffering contamination by resident microorganisms of these structures. The aim of this study was to verify the possibility to identify the bacteriological flora involved in adult pulmonary infections, and differentiate it from those of the upper structures, particularly the mouth, through the simultaneous examination of a valid sample of sputum and saliva. In two periods (1995-1997; 2005-2007), 164 adult patients – 80 males, 84 females; age 22 to 92 years (mean 57) – all with purulent sputum and clinical-radiographic features of a lower respiratory tract infection. Cases of tuberculosis and mycosis were excluded. In sterilized bottles sputum samples were carefully obtained from every of the 164 individuals. With a platinum wire, a bit of purulent portion of the material was token and dragged by the inner surface of the bottle or over the glass slide, until the excess of saliva was reduced (“de-salivation”). The material was then distended on the center of the slide and stained (gram) for microscopic examination, and also cultivated in an appropriate media. From the same sample, saliva near the purulent material was token, fixed, stained (gram), and cultivated. The germs and cell types found at the direct examination and the culture results of both materials (sputum and saliva) were registered. The smears were at first examined by one of different microbiologists of the service, and finally by one of them (reference) in each period of the study. At the bacterioscopy, the germs found in the sputum smears were significantly different of those found in saliva (p < 0.001). There were either one or a predominant type of bacteria in the sputum, whereas in saliva (containing epitelial cells) a mixed flora was often observed. In the cultures, however, the results were others, growing more frequently a type of microorganism in both materials, often Streptococcus sp, germ commonly present in mouth and pharynx. Presence of macrophages and absence of epitelial cells were found almost exclusively in the sputum (p < 0.0001), whereas the inverse were observed in saliva. Polymorphonuclear cells were identified in both materials of all patients. In conclusion, individuals with different pulmonary infections, the direct examination of the properly collected and processed (“dessalived”) purulent sputum , stained by gram method, and with presence of macrophages, seemed indicate – better than the culture – the germs from the lower respiratory tract.

The suggester functionality is an important feature of modern search engines. The aim of the thesis is to implement it for the OpenGrok project. The OpenGrok search engine is based on Apache Lucene and supports its query syntax. Presented suggester implementation supports this query syntax and provides suggestions not only for prefixes but also for wildcards, regular expressions, or phrases. The implementation also takes into account the possibility of grouping queries. That means, if one query is already specified and user is typing another query, then the first query will restrict the suggestions for the second query. The promotion of specific suggestions is based on the underlying Lucene index data structure and previous searches of the users.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-05-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Introdução: o paciente com leucemia, principalmente aquele sob quimioterapia está exposto a diferentes agravos a sua imunidade, sendo a neutropenia intercorrência comum e frequentemente relacionada a ICS. Nas últimas décadas a epidemiologia das infecções no paciente neutropênico tem passado por constante mudança. Não bastasse a associação com mortalidade, os BGN têm cada vez mais implicado em desafio terapêutico, devido ao aumento da resistência e dificuldade no manejo da terapia empírica. O conhecimento da epidemiologia das ICS e dos fatores de risco para aquisição de ICS por BGN e BGN-MR são fundamentos para o adequado tratamento das complicações infecciosas. Casuística e Método: estudo retrospectivo das ICS de pacientes com leucemia, entre 2002 a 2007, em hospital terciário universitário. Foi realizada descrição epidemiológica dos agentes das ICS, assim como o perfil de susceptibilidade e análise dos fatores de risco para aquisição de ICS por BGN e por BGN-MR através de estudo caso-controle, seguido de análise uni e multivariada. Resultados: identificados 148 agentes de ICS em 64 pacientes com leucemia, sendo 55,4% eram BGN, 39,2% CGP e 5,4% fungos. Os agentes mais prevalentes foram SCoN (22,3%), P. aeruginosa (17,6%) e K. pneumoniae (10,8%). Entre os SCoN a resistência à oxacilina foi de 66,7%. Entre os BGN, 34,3% foram multirresistentes. O óbito ocorreu em até sete dias em 20,0% dos pacientes com ICS por CGP e 47,0% entre os que faleceram após ICS por BGN. Na análise multivariada os fatores identificados como independentemente relacionados a essa infecção foram a neutropenia (p = 0,003, OR 14,060, IC 2,457-80,465) e a presença de sinais e sintomas localizatórios (p = 0,002, OR 20,907, IC 2,953-148,001) para BGN. Na análise multivariada o uso prévio de glicopeptídeo mostrou-se independentemente relacionado a ocorrência de ICS por BGN-MR (p = 0,0,15, OR = 7,530, IC 1,477-38,399). A letalidade atribuída as ICS por BGN foi semelhante à por BGN-MR (20,4% e 19,1%), porém nos pacientes com ICS por BGN-MR o óbito foi mais precoce. Conclusão: nos seis anos de estudo foram isolados 148 agentes em ICS, predominando os BGN. Entretanto, no último ano, ocorreu um “equilíbrio” entre esses agentes e os CGP. Mais de 30% dos agentes isolados eram multirresistentes. Os fatores de risco independentes para a aquisição de BGN foram a presença de neutropenia e de sinais e sintomas localizatórios. Já para a aquisição de BGN-MR o fator de risco encontrado foi o uso prévio de glicopeptídeo. A evolução para óbito ocorreu em 55% das vezes na internação do episódio de ICS, sendo mais precoce entre os pacientes com BGN-MR. / chemotherapy, are exposed to various damages against their immunity. Neutropenia is one of the most common and is often related to BSI. Recently, the epidemiology of infections in neutropenic patients experienced frequent changes. GNB bloodstream infections have been increasingly involved in therapeutic challenge, due to the increased resistance, difficulty in empirical therapy and mortality. Knowledge of the epidemiology of BSI and risk factors for acquisition of GNB and MDR-GNB BSI are fundamental for the appropriate treatment of infectious complications. Patients and methods: We conducted a retrospective study of BSI in patients with leukemia, admitted in an university tertiary hospital from 2002 to 2007. Epidemiological description of pathogens of BSI, as well as susceptibility and analysis of risk factors for the acquisition of GNB and MDR-GNB BSI were evaluated. Results: 148 agents were found in 64 patients with leukemia, being 55.4% GNB, 39.2% GPC and 5.4% fungus. The more prevalent agents were SCoN (22.3%), P. aeruginosa (17.6%) and K. pneumoniae (10.8%). Resistance to oxacillin was indentified in 66.7% of SCoN and 34.3% of GNB were multi-drug resistant. Seven day mortality occurred in 20.0% of patients with GPC BSI and in 47.0% of patients with GNB BSI. Neutropenia (p = 0.003, OR 14.060, IC 2.457-80.465) and presence of signs and symptoms of bacteremia (p = 0.002, OR 20.907, IC 2.953-148.001) were factors related to GNB BSI by multivariate analysis. The second multivariate analysis showed that previous use of glycopeptides was independently related to the occurrence of MDR-GNB BSI (p = 0,015, OR = 7,530). The GNB BSI lethality was similar to that found in MDR-GNB BSI (20.4% and 19.1%) but patients with the second one died earlier. Conclusions: in this study, GNB were the most prevalent BSI agents. More than 30% of agents were multi-drug resistant germs. Independent risk factors for the acquisition of BGN were the presence of neutropenia and signs and symptoms at the moment of bacteremia. Previous use of glycopeptide was an independent risk factor for the acquisition of MDR-GNB. Evolution to death occurred in 55% of patients with BSI, being more premature among patients with MDR-GNB. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2013. / Made available in DSpace on 2013-12-05T22:57:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 317789.pdf: 3083412 bytes, checksum: af3d617b38e38b2f316a81b4f8cfc2a2 (MD5) Previous issue date: 2013 / Azospirillum spp. são bactérias Gram-negativas de vida livre que foram isoladas na rizosfera de gramíneas e cereais tanto de climas tropicais como de climas temperados. Possuem comocaracterísticas principais a capacidade de fixar o nitrogêniogasoso e produzir fitormônios. Acredita-se que ambos osprocessos são responsáveis por favorecer o crescimento das plantas. Assim, com o intuito de avaliar como esta bactéria promotora de crescimento vegetal influencia o desenvolvimentodo milho e como a planta reage à presença da mesma, foramcomparados o número de raízes laterais, o comprimento de parteaérea e raízes e a massa fresca destas, e a expressão dos genes dos receptores de etileno, dos transportadores efluxo e influxo de auxina, dos genes envolvidos no burst oxidativo, nasíntese de giberelinas e da via de sinalização MAPK emplântulas de milho (Zea mays) inoculadas e não inoculadas coma bactéria. Para isso, foram avaliadas duas variedades de milho(DKB240 e Pioneer 30F53) 1, 4, 7 e 10 dias após a inoculação(D.A.I.) com A. brasilense FP2. Além disso, o DNA bacteriano foiquantificado em plântulas inoculadas nestes tempos de coleta.Quanto às variáveis de crescimento, dentre as variedades demilho estudadas (DKB240 e Pioneer 30F53) somente foram detectadas diferenças estatísticas entre as plântulas inoculadas e não inoculadas quanto ao comprimento da parte aérea navariedade Pioneer 30F53 10 D.A.I. . Dessa forma, a partir dasamostras de milho Pioneer 30F53, foi realizada a identificação ea quantificação de DNA de Azospirillum brasilense FP2 nas amostras de milho inoculado em todos os tempos de coleta. Foi identificada a presença de DNA de A. brasilense FP2 nas amostras de milho inoculado por PCR convencional e posterior quantificação do DNA bacteriano nas amostras inoculadas foi realizada por meio de PCR em tempo real. Os dados de quantificação indicaram um aumento na quantidade de bactérias até 7 D.A.I. e uma diminuição destas na amostra 10 D.A.I..Também foram realizadas as análises de expressão gênica e foi possível detectar diferenças entre as amostras de plântulas inoculadas e não inoculadas para os transcritos avaliados(Zmaux1, Zmrboh, Zmmpk5, Zmga20ox4, Zmko1). A expressão observada para os genes envolvidos no burst oxidativo (ZmrbohAe ZmrbohB) e para o gene envolvido na cadeia transdutora de sinal (Zmmpk5) indica que existe resposta da planta à presença da bactéria, uma vez que houve aumento dos níveis de transcrito de Zmmpk5 assim como da quantidade de DNA bacteriano nas raízes das plântulas inoculadas até 7 D.A.I e ocorreu diminuição dos níveis deste transcrito e de DNA bacteriano aos 10 D.A.I. nas amostras de plântulas inoculadas, indicando que a planta responde à interação com a bactéria.<br> / Abstract : Azospirillum spp. are Gram-negative bacteria of free-living that were isolated from the rhizosphere of grasses and cereals in both tropical and temperate climates. They have as main characteristic the ability to fix the nitrogen gas and produce phytohormones. It is believed that both processes are responsible for promoting plant growth. Thus, in order to evaluate how this plant growthpromoting bacterium influences the development of maize and how this plant reacts to the presence of the same, we compared the number of lateral roots, the length of roots and shoots and the fresh weight of them, and the expression of the ethylene gene receptor, of the genes of influx and efflux auxin transporters, of the genes involved in the oxidative burst, and in the synthesis of gibberellins, and in the MAPK signaling pathway in the maize plantlets (Zea mays) inoculated and non-inoculated with the bacteria. For this, were evaluated two maize varieties (Pioneer 30F53 and DKB240) with 1, 4, 7 and 10 days after inoculation (DAI) with A. brasilense FP2. In addition, bacterial DNA was quantified in inoculated plantlets at these times. As for the growth variables among the maize varieties studied (DKB240 and Pioneer 30F53), statistical differences were found between inoculated and non-inoculated plantlets on the shoot length for the variety Pioneer 30F53 10 DAI. From the samples of maize variety Pioneer 30F53, it was performed the identification and quantification of the DNA of Azospirillum brasilense FP2 from maize samples inoculated at all sampling times. We identified, by conventional PCR, the presence DNA of A. brasilense in corn samples inoculated with this bacterium and the quantification of DNA in the inoculated samples was performed by real time PCR. The data from the quantitation indicated an increase in amount of bacteria up to 7 DAI and a decrease at 10 DAI. Were also conducted analyzes of gene expression and it was possible to detect differences between the inoculated and non-inoculated plantlets for the transcripts analyzed (Zmaux1, Zmrboh, Zmmpk5, Zmga20ox4, Zmko1). The expression observed for the genes involved in the oxidative burst (ZmrbohA and ZmrbohB) and for the gene involved in the signal transduction chain (Zmmpk5) indicates that the plant responds to the presence of the bacterium, since there was a increasing both of the levels of transcripts of the gene Zmmpk5 as of the amount of bacterial DNA in the roots of the inoculated plantlets up to 7 DAI and, with 10 DAI, there was a decrease in the levels of this transcript and in the quantity of the bacterial DNA in the inoculated plantlets, indicating that the plant responds to the interaction with the bacterium.

Made available in DSpace on 2016-04-01T17:54:48Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-06-19. Added 1 bitstream(s) on 2016-04-01T18:00:29Z : No. of bitstreams: 1 000859888_20160801.pdf: 334978 bytes, checksum: 81a2861719bda9564d402ab39b8d3b8e (MD5) Bitstreams deleted on 2016-08-01T11:30:03Z: 000859888_20160801.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-08-01T11:30:59Z : No. of bitstreams: 1 000859888.pdf: 1448324 bytes, checksum: cf4beae2aa8b1123f4ae4731ec579d6c (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / As culturas selvagens ou autóctones isoladas de diversos alimentos podem produzir enzimas, vitaminas e compostos aromatizantes, ou ainda, compostos que apresentem efeitos fisiológicos em humanos. Estudos recentes realizados pelo nosso grupo de pesquisa mostraram que algumas cepas autóctones isoladas de muçarela de búfala são produtoras de bacteriocinas, e outras apresentam características probióticas. Neste contexto, o objetivo do trabalho foi avaliar as características de segurança e tecnológicas de treze cepas autóctones de bactérias acidoláticas (BAL) termófilas de Lactobacillus helveticus (SJRP56 e SJRP191), S. thermophilus (SJRP02, SJRP03, SJRP107 e SJRP109) e Lb. delbrueckii subsp. bulgaricus (SJRP49, SJRP50, SJRP51, SJRP57, SJRP76, SJRP149, SJRP181). Para a caracterização de segurança das culturas foram verificadas a susceptibilidade a antibióticos, a atividade hemolítica e das enzimas β-glucosidase, N-acetil-β-glucosaminidase e β-glucuronidase, e a presença de genes que caracterizam fatores de virulência, produção de aminas biogênicas e resistência a antibióticos. As propriedades tecnológicas: cinética de acidificação, produção de exopolissacarídeos e atividade enzimática, foram avaliadas para todas as cepas. Para as cepas consideradas seguras também foram realizadas as análises da hidrólise da caseína e a atividade de aminopeptidases. A partir da caracterização de segurança e tecnológica foram selecionadas quatro cepas: Lb. helveticus SJRP56 e SJRP191, Lb. delbrueckii subsp. bulgaricus SJRP57 e S. thermophilus SJRP107 para aplicação na produção de queijo Parmesão. Os queijos foram produzidos em escala industrial em dois processamentos independentes, utilizando-se leite pasteurizado e padronizado com 2,3% de gordura. Foi determinada a composição centesimal dos queijos após a produção, e durante o período de maturação foram avaliadas as características físico-químicas... / Autochthonous lactic acid bacteria (LAB) isolated from various food can produce enzymes, vitamins, and flavor compounds, or compounds that exhibit physiological effects. Recently, studies performed by our research group showed that some autochthonous strains isolated from water buffalo mozzarella cheese are capable of producing bacteriocin as well as some strains presented probiotic properties. In this context, the aim of this study was to evaluate the safety and technological characteristics of autochthonous thermophilic lactic acid bacteria (LAB) strains of Lactobacillus helveticus (SJRP56 and SJRP191), S. thermophilus (SJRP02, SJRP03, SJRP107 and SJRP109) and Lb. delbrueckii subsp. bulgaricus (SJRP49, SJRP50, SJRP51, SJRP57, SJRP76, SJRP149 and SJRP181). For the safety characterization of the cultures, the antibiotic resistance, the hemolytic, β-glucosidase, N-acetyl-β-glucosaminidase and β-glucuronidase activities, and the investigation of the presence of genes that characterize virulence factors, production of biogenic amines and antibiotic resistance were carried out. The technological properties: acidification kinetics, exopolysaccharide production and enzymatic activity were evaluated for all strains. For the safe strains the analyses of the casein hydrolysis and aminopeptidase activity were also performed. From the safety and technological characterization, four strains were selected: Lb. helveticus SJRP56 and SJRP191, Lb. delbrueckii subsp. bulgaricus SJRP57 and S. thermophilus SJRP107, and used in the production of Parmesan cheese. The cheese were produced in industrial scale in two independent processing using 2.3% fat pasteurized standardized milk. After cheese production, the chemical composition was determined, and during the ripening period, the physicochemical characteristics were evaluated (acidity, pH value and proteolysis). At the third month of ripening, the microbiological quality of cheese was carried out. During ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-11-05Bitstream added on 2014-06-13T19:13:03Z : No. of bitstreams: 1 horta_ab_me_jabo.pdf: 129365 bytes, checksum: a43ecf940bba3f7b21533be60728e859 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Bioinseticidas a base de Bacillus thuringiensis são utilizados há décadas no controle de Thyrinteina arnobia (Stoll, 1782) (Lepidoptera: Geometridae) em plantios de eucalipto no Brasil. No entanto, não há relatos de quais genes cry são eficientes para o controle desta praga. Neste sentido, 74 isolados de B. thuringiensis foram caracterizados por PCR para a detecção dos genes cry1, cry1Ab e cry1Ac e sua eficiência no controle de T. arnobia verificada por bioensaios. Os isolados Br9, Br69 Br74, Br81 e R26 apresentaram elevada mortalidade e sua CL50 foi determinada. Os genes cry1Ab e cry1Ac ocorreram isoladamente em 16% e 45% dos isolados, respectivamente, quando presentes em conjunto o controle das lagartas foi superior a 50%, e os valores de CL50 foram os mais elevados. Ambos os genes ocorreram em 11% dos isolados, os níveis de controle foram superiores a 80% e a CL50 era mais baixa, o que sugere que sua presença em conjunto confere maior toxicidade. É evidente que mais estudos em relação à detecção dos genes presentes em isolados de B. thuringiensis e sua contribuição no controle para T. arnobia são fundamentais para esclarecer quais genes conferem maior toxicidade e como eles atuam isoladamente ou em conjunto no controle dessas lagartas, visando a construção de plantas geneticamente modificadas, formulação de bioinseticidas ou desenvolvimento de programas de manejo de resistência destes insetos para a cultura do eucalipto no Brasil / Biopesticides based on Bacillus thuringiensis have been used for decades to control Thyrinteina arnobia (Stoll, 1782) (Lepidoptera: Geometridae) in eucalyptus plantations in Brazil. However, there are no reports of which cry genes are efficient to control this insect pest. In this study, 74 strains of B. thuringiensis were characterized by PCR for detection of cry1, cry1Ab and cry1Ac genes and its efficiency in controlling T. arnobia was verified by bioassays. The strains Br9, Br69, Br74, Br81 and R26 showed the highest mortality rates and their LC50 was determined. The cry1Ab and cry1Ac genes occurred separately in 16% and 45% of the isolates, respectively, and when present together the larvae control was above 50%, and the LC50 values were the highest. Both genes occured in 11% of the isolates, the control levels exceeded 80% and the LC50 was lower, suggesting that their presence together confers higher toxicity. It became evident that further studies regarding the detection of the genes present in isolates of B. thuringiensis, and its contribution to control T. arnobia are essential to clarify which genes confer higher toxicity and how they act individually or together to control these caterpillars, aiming the construction of genetically modified plants, biopesticides formulation or development of more effective resistance management programs for these insects for the cultivation of eucalyptus in Brazil

Acinetobacter baumannii é um patógeno oportunista envolvido em um amplo espectro de infecções hospitalares, incluindo bacteremia, meningite secundária e infecção do trato urinário, mas sua maior prevalência é como agente de pneumonia hospitalar, particularmente pneumonia associada à ventilação mecânica em pacientes internados em unidades de terapia intensiva. Os antimicrobianos carbapenêmicos são normalmente os tratamentos de escolha dessas infecções, principalmente a partir do advento da emergência de resistência a outros antimicrobianos -lactâmicos, aminoglicosídeos e fluoroquinolonas. A resistência específica aos carbapenêmicos pode estar relacionada à perda de porinas, mas de forma mais significativa, à produção de -lactamases da classe B (metalo--lactamases- MBL) e da classe D (OXA-carbapenemases) Em Porto Alegre, uma cidade com 1,4 milhões de habitantes e 7223 leitos situados em 25 hospitais, o primeiro caso de A. baumannii resistente aos carbapenêmicos (CRAb) foi identificado somente em 2004. A partir de julho de 2007 o Departamento de Saúde Local instituiu uma notificação obrigatória de casos de infecção/colonização. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar as características epidemiológicas e moleculares dos isolados de Acinetobacter baumannii resistentes aos carbapenêmicos coletados na cidade de Porto Alegre entre 2007 e 2008. Dezoito hospitais notificaram 1260 casos de colonização/infecção por CRAb entre julho de 2007 e dezembro de 2008, sendo 609 casos considerados como infecção. A maioria (61,8%) dos pacientes era do sexo masculino e tinha mais de 50 anos (66,5%). Foi constatado que 85,2%, 85,3% e 72,4% dos pacientes foram submetidos ao uso de cateter venoso central, sonda vesical e ventilação mecânica, respectivamente. Carbapenemases do tipo MBL e OXA foram pesquisadas em 584 isolados coletados entre julho de 2007 e julho de 2008 de pacientes infectados/colonizados em 5 diferentes hospitais. O gene blaOXA-23 foi identificado em 95% dos isolados e nenhum isolado foi positivo para MBL na reação de PCR com os primers utilizados (IMP-1, VIM-2 e SPM-1). Para avaliar a relação genética entre os isolados de CRAb dos diferentes hospitais, 240 isolados de pacientes admitidos nas UTIs de cinco hospitais entre julho de 2007 e julho de 2008 foram analisados através dos métodos de REP-PCR e PFGE. Oito grupos clonais majoritários foram obtidos e foi constatada a disseminação de 3 grupos clonais distintos em todos os hospitais, evidenciando a disseminação inter-institucional. Além disso, com o uso da técnica de PFGE foi possível constatar a similaridade genética entre isolados recuperados do ambiente, de equipamentos de RX, das mãos de profissionais da saúde e de materiais clínicos de pacientes, evidenciando a importância do ambiente na disseminação de CRAb. / The species of Acinetobacter, particularly Acinetobacter baumannii, are involved in a wide spectrum of infections, including bacteremia, secondary meningitis and urinary tract infection, nevertheless its prevalence is higher as an agent of nosocomial pneumonia, particularly pneumonia associated with mechanical ventilation in hospitalized patients in intensive care units. The carbapenem antibiotics are usually the treatment of choice for Acinetobacter infections, since the advent of the emergence of resistance to other antimicrobials -lactams, aminoglycosides and fluoroquinolones. The resistance to carbapenems may be related to the loss of porins, but more significantly, the production of -lactamases of class B (metallo--lactamase- MBL) and class D (OXA-type carbapenemases). In Porto Alegre, a city with 1,4 million and 7223 beds located in 25 hospitals, the first case of A. baumannii resistant to carbapenems (CRAb) was identified only in 2004. Since July 2007 the Department of Health Local determined that all cases of infection/colonization by CRAb shoud be informed. Thus, the objective of this study was to evaluate the epidemiological and molecular characteristics of isolates of Acinetobacter sp. resistant to carbapenems collected in the city of Porto Alegre in 2007 and 2008. Eighteen hospitals reported 1260 cases of colonization / infection by CRAb between July 2007 and December 2008, with 609 cases considered to infection. Most patients (61.8%) were men and (66.5%) were more 50 years old range. It was showed that 85.2%, 85.3% and 72.4% of patients used central venous catheter, urinary catheter and they were submitted to mechanical ventilation, respectively. MBL and OXA carbapenemases were investigated in 584 isolates from 7 different hospitals collected between July 2007 and July 2008 from patients infected / colonized. The blaOXA-23 gene was identified in 95% of the isolates but none isolate were positive for MBL by PCR with primers used (IMP-1, VIM-2 and SPM-1). To assess the genetic relationship among isolates of CRAb the different hospitals, 240 isolates from patients admitted to ICUs of five hospitals between July 2007 and July 2008 were analyzed using the methods of REP-PCR and PFGE. Eight majority clonal groups were obtained and it was found the spread of 3 clonal groups distinct in all hospitals, showing the spread of inter-institutional. Furthermore, using the technique of PFGE, we determined the genetic similarity among isolates recovered from the environment, equipment RX, the hands of health professionals and clinical materials of patients, indicating the importance of environment in the spread of CRAb.

O tratamento das infecções do trato respiratório inferior – em especial as pneumonias adquiridas na comunidade – fundamenta-se em critérios clínico-radiológicos, de acordo com consensos e publicações sobre o assunto. A valorização diagnóstica do exame bacteriológico do escarro nessas infecções tem se mostrado controversa, esbarrando em diversos obstáculos, entre eles o fato de o material transitar pela orofaringe e boca, sofrendo a contaminação por microorganismos residentes nessas estruturas. No presente estudo procurou-se verificar se era possível identificar a flora bacteriana envolvida em infecções bronco-pulmonares de indivíduos adultos, diferenciando-a daquela presente nas estruturas supra-glóticas, particularmente na boca, examinando-se simultaneamente o escarro “dessalivado”, cuidadosamente obtido e processado, e a saliva. Nos períodos 1995-1997 e 2005-2007 foram estudados 164 pacientes adultos, 80 homens e 84 mulheres, com idades entre 22 e 92 anos (média de 57 anos), todos com escarro purulento, e evidências clínicas e radiográficas de infecção do trato respiratório inferior. Casos de tuberculose e de micose foram excluídos. De cada um desses 164 indivíduos, amostras de escarro foram cuidadosamente colhidas em frascos esterilizados. Com uma alça de platina, recolhia-se um grumo do material purulento, o qual, após ser arrastado pela margem de uma lâmina ou parede do frasco, onde o excesso de saliva ficava retido (“dessalivação” do material), ele era distendido no centro da mesma lâmina e corado (gram), e também cultivado em meio apropriado (ágarsangue). Com outra alça de platina buscava-se, no mesmo frasco, o material não purulento (saliva) que ficava em torno do grumo, o qual era distendido em outra lâmina, e também corado pelo método de gram, e cultivado no mesmo tipo de meio usado para a cultura do material purulento. Os germes identificados e a celularidade encontrada ao exame direto (gram), tanto do grumo de pus (escarro) como da saliva, e os resultados das culturas de ambos os materiais eram registrados. As lâminas foram inicialmente examinadas por algum dos diferentes microbiologistas do Serviço, e finalmente por um único deles (referência). Ao exame direto, os tipos de germes encontrados no escarro (grumo purulento) mostraram-se significativamente diferentes dos que foram vistos na saliva (p < 0,001). No grumo purulento observou-se, em geral, um único ou predominante tipo de bactéria, enquanto que na saliva, contendo células epiteliais, uma flora mista foi mais vezes identificada. A mesma diferenciação, entretanto, não foi observada nas culturas, mais freqüentemente crescendo um mesmo tipo de bactéria em ambos os materiais (Streptococcus sp.), comumente presente em orofaringe e boca. A presença de macrófagos e ausência de células epiteliais foram verificadas quase que exclusivamente no escarro (p < 0,0001), enquanto que polimorfonucleares foram igualmente observados em ambos os materiais. Em conclusão, em indivíduos com infecções pulmonares diversas, o exame direto do escarro adequadamente obtido e processado, “dessalivado”, corado pelo método de gram, e mostrando a presença de macrófagos, pareceu discriminar – de modo superior à cultura – os germes provenientes do trato respiratório inferior. / The treatment of the lower respiratory tract infections – in special community acquired pneumonias – is today based in clinical and radiographic criteria, according to guidelines and publications about the subject. The diagnostic value of the sputum examination in these infections have been considered controversial. Among the several obstacles for its natural acceptance is the fact of the material to transit through pharynx and mouth suffering contamination by resident microorganisms of these structures. The aim of this study was to verify the possibility to identify the bacteriological flora involved in adult pulmonary infections, and differentiate it from those of the upper structures, particularly the mouth, through the simultaneous examination of a valid sample of sputum and saliva. In two periods (1995-1997; 2005-2007), 164 adult patients – 80 males, 84 females; age 22 to 92 years (mean 57) – all with purulent sputum and clinical-radiographic features of a lower respiratory tract infection. Cases of tuberculosis and mycosis were excluded. In sterilized bottles sputum samples were carefully obtained from every of the 164 individuals. With a platinum wire, a bit of purulent portion of the material was token and dragged by the inner surface of the bottle or over the glass slide, until the excess of saliva was reduced (“de-salivation”). The material was then distended on the center of the slide and stained (gram) for microscopic examination, and also cultivated in an appropriate media. From the same sample, saliva near the purulent material was token, fixed, stained (gram), and cultivated. The germs and cell types found at the direct examination and the culture results of both materials (sputum and saliva) were registered. The smears were at first examined by one of different microbiologists of the service, and finally by one of them (reference) in each period of the study. At the bacterioscopy, the germs found in the sputum smears were significantly different of those found in saliva (p < 0.001). There were either one or a predominant type of bacteria in the sputum, whereas in saliva (containing epitelial cells) a mixed flora was often observed. In the cultures, however, the results were others, growing more frequently a type of microorganism in both materials, often Streptococcus sp, germ commonly present in mouth and pharynx. Presence of macrophages and absence of epitelial cells were found almost exclusively in the sputum (p < 0.0001), whereas the inverse were observed in saliva. Polymorphonuclear cells were identified in both materials of all patients. In conclusion, individuals with different pulmonary infections, the direct examination of the properly collected and processed (“dessalived”) purulent sputum , stained by gram method, and with presence of macrophages, seemed indicate – better than the culture – the germs from the lower respiratory tract.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:01Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-06-26Bitstream added on 2014-06-13T19:28:47Z : No. of bitstreams: 1 oliveira_a_me_botib.pdf: 2150093 bytes, checksum: 919f378505685748f61cc9d4768d368e (MD5) / Os estafilococos coagulase-negativa (ECN) estão entre os microrganismos mais envolvidos em infecções nosocomiais, principalmente em recém-nascidos (RN) prematuros e de baixo peso. Entre os fatores de risco para infecções por esses agentes, a produção de um polissacarídeo extracelular e a conseqüente formação do biofilme, permitindo aderência às superfícies plásticas e lisas de cateteres e outros dispositivos médicos desempenham um papel importante. Uma coleção de 100 amostras de ECN, sendo 50 isoladas de pontas de cateteres e 30 de hemoculturas obtidas de RN da Unidade Neonatal do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu, UNESP e 20 obtidas de fossas nasais de portadores saudáveis foi analisada quanto à produção de biofilme pelos métodos do tubo (TM), ágar vermelho congo (CRA) e através do método quantitativo de aderência a placa de poliestireno (TCP). Esses métodos foram comparados com a pesquisa dos genes icaA, icaD e icaC envolvidos na produção de biofilme em ECN. Das 100 amostras de ECN estudadas, 82% foram positivas pela técnica de PCR, 82% pelo método do tubo, 81% pelo método da placa de poliestireno e 76% pelo CRA. O método de aderência ao tubo (TM) foi o teste que mostrou resultados mais confiáveis, com uma sensibilidade e especificidade de 100% e boa concordância quando comparado a técnica de PCR. Com o objetivo de determinar o papel do biofilme como fator de risco na ocorrência de infecções em RN, 130 amostras de estafilococos coagulasenegativa (ECN) isoladas de recém-nascidos (RN) internados na Unidade Neonatal do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu foram identificadas e classificadas em significativas e contaminantes, baseado em dados clínicos e laboratoriais obtidos dos prontuários dos RN. Foram pesquisados fatores perinatais de risco para infecção, evolução clínica dos RN e antibiotico... / Coagulase-negative staphylococci (CNS) are most often associated with nosocomial infections, especially in premature and under weight newborns. The most important pathogenic factor of these microorganisms is the production of extracellular polysaccharide and the consequent formation of biofilm which facilitates their adherence to the surfaces of catheters and other medical devices. A total of 100 clinical isolates of coagulase-negative staphylococci (CNS) isolated from infected medical devices received from the Neonatal Unit, University Hospital, Botucatu Medical Schooll, including 50 isolated from catheter tips, 30 from blood cultures, and 20 collected from the nasal cavity of healthy subjects were investigated in order to evaluate the efficiency of three phenotypic methods of detection of biofilm formation, and also analyze the icaA, icaD and icaC genes, using the PCR method. The clinical isolates were screened by tissue culture plate (TCP), Tube method (TM), and Congo Red Agar (CRA) method. Of the 100 tested isolates, 82% were positive in the PCR method; in the TM, 82%; in the TCP assay, 81%; and 76% in CRA method. The method of adherence to the test tube was shown that more reliable results, with a sensitivity and specificity of 100% and good agreement when compared with the PCR technique. In order to determine the role of biofilm as a risk factor in the occurrence of infections in newborns 130 clinical isolates of CNS were identified and classified as significant and contaminant, based on clinical data obtained from the patients’ reports. Perinatal risk factors for infection, clinical evolution and antibiotic therapy for the newborns were studied, as well as the detection of the genes responsible for the production of biofilm in CNS.Of the 130 clinical isolates of CNS, 66 (50.8%) were classified as clinically significant and 64 (49.2%) as contaminant... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Manoel Victor Franco Lemos / Coorientador: Arlindo Leal Boiça Junior / Banca: Lúcia Maria Carareto Alves / Banca: Fernando Hercos Valicente / Resumo: Bioinseticidas a base de Bacillus thuringiensis são utilizados há décadas no controle de Thyrinteina arnobia (Stoll, 1782) (Lepidoptera: Geometridae) em plantios de eucalipto no Brasil. No entanto, não há relatos de quais genes cry são eficientes para o controle desta praga. Neste sentido, 74 isolados de B. thuringiensis foram caracterizados por PCR para a detecção dos genes cry1, cry1Ab e cry1Ac e sua eficiência no controle de T. arnobia verificada por bioensaios. Os isolados Br9, Br69 Br74, Br81 e R26 apresentaram elevada mortalidade e sua CL50 foi determinada. Os genes cry1Ab e cry1Ac ocorreram isoladamente em 16% e 45% dos isolados, respectivamente, quando presentes em conjunto o controle das lagartas foi superior a 50%, e os valores de CL50 foram os mais elevados. Ambos os genes ocorreram em 11% dos isolados, os níveis de controle foram superiores a 80% e a CL50 era mais baixa, o que sugere que sua presença em conjunto confere maior toxicidade. É evidente que mais estudos em relação à detecção dos genes presentes em isolados de B. thuringiensis e sua contribuição no controle para T. arnobia são fundamentais para esclarecer quais genes conferem maior toxicidade e como eles atuam isoladamente ou em conjunto no controle dessas lagartas, visando a construção de plantas geneticamente modificadas, formulação de bioinseticidas ou desenvolvimento de programas de manejo de resistência destes insetos para a cultura do eucalipto no Brasil / Abstract: Biopesticides based on Bacillus thuringiensis have been used for decades to control Thyrinteina arnobia (Stoll, 1782) (Lepidoptera: Geometridae) in eucalyptus plantations in Brazil. However, there are no reports of which cry genes are efficient to control this insect pest. In this study, 74 strains of B. thuringiensis were characterized by PCR for detection of cry1, cry1Ab and cry1Ac genes and its efficiency in controlling T. arnobia was verified by bioassays. The strains Br9, Br69, Br74, Br81 and R26 showed the highest mortality rates and their LC50 was determined. The cry1Ab and cry1Ac genes occurred separately in 16% and 45% of the isolates, respectively, and when present together the larvae control was above 50%, and the LC50 values were the highest. Both genes occured in 11% of the isolates, the control levels exceeded 80% and the LC50 was lower, suggesting that their presence together confers higher toxicity. It became evident that further studies regarding the detection of the genes present in isolates of B. thuringiensis, and its contribution to control T. arnobia are essential to clarify which genes confer higher toxicity and how they act individually or together to control these caterpillars, aiming the construction of genetically modified plants, biopesticides formulation or development of more effective resistance management programs for these insects for the cultivation of eucalyptus in Brazil / Mestre