Fin avril 2009, des cas de grippe causés par un nouveau virus grippal A/H1N1 d’origine porcine sont confirmés au Mexique et aux Etats-Unis. Rapidement, le virus est détecté aux quatre coins du globe causant la première pandémie du XXIème siècle. Les différents travaux présentés dans cette thèse retracent les moyens mis en œuvre pour obtenir des informations permettant d’estimer le taux d’attaque réel de ce nouveau virus et des informations sur les populations à risque. Durant les premiers mois, nous avons mis en place une plateforme de sérologies comprenant un laboratoire de réception et de traitement des échantillons pour l’exécution de notre technique d’IHA. Le traitement d’environ 40.000 sérums provenant de plusieurs endroits du globe : France, Bolivie, Djibouti, Mali, île de la Réunion et Laos a permis l’analyse de données sérologiques et leur comparaison. Nos études sérologiques de la grippe A(H1N1)pdm09 montrent que 10% à 40% des populations testées ont été infectées par ce nouveau virus après la première vague de 2009. Les plus forts taux d’attaque ont été observés chez les enfants et les jeunes adultes alors que les personnes âgées ont été relativement épargnées du fait qu’elles étaient déjà protégées contre des virus antigéniquements proches qui circulaient avant 1957 (virus pandémique et/ou saisonniers). L’analyse des données sérologiques ont également permis de tenter de définir les facteurs de risque à l’infection de A(H1N1)pdm09. / In late April 2009, news swine-origin A/H1N1 influenza virus cases were confirmed in Mexico and the United States. Quickly, it was spread worldwide causing the first flu pandemic of the 21st century. Different works presented in this thesis describe the means used to obtain information to estimate the actual attack rate of this new virus, and information on risk populations. During the first months, we have established a serology platform including a reception-processing samples laboratory for implementing our hémagglutination Inhibition technique (IHA). Processing of 40,000 sera from several parts of the world: France, Bolivia, Djibouti, Mali, Reunion and Laos, has allowed the analysis of serological data and their comparison. Our serological studies of influenza A(H1N1) pdm09 show that 10% to 40% of people tested were infected with this new virus after the first wave in 2009. The highest attack rates were observed in children and young adults, while the elderly were relatively spared because they were already protected again antigenic close viruses that circulated before 1957 (pandemic and / or seasonal). The analysis of serological data were also used to try to identify the risk factors for A(H1N1)pdm09 infection. It appears that infection with influenza A(H1N1)pdm09 was ubiquitous on the French territory, whatever the socio-demographic factors, and the Flu virus transmission can probably conditioned by the environmental and hygienic conditions in household.

L'administration nasale a un grand avantage pour stimuler l'immunité protectrice locale et systémique. Cependant, des systèmes d'administration et des adjuvants sont souvent nécessaires pour améliorer l'efficacité du vaccin intranasal. Nous avons appliqué la technologie des nanoparticules en tant que système universel de délivrance de vaccins contre la grippe dans le projet européen FP7 appelé UniVacFlu.Nous avons évalué différentes nanoparticules (NP) pour rechercher le meilleur nanovecteur. Pour cela, nous avons comparé 5 types de nanoparticules avec différentes charges de surface (anioniques ou cationiques) et diverses compositions internes comme vecteurs potentiels: des liposomes cationiques ou anioniques, des NP de PLGA cationique ou anionique (poly acide lactique co-glycolique) et une NP cationique composée de maltodextrine fonctionnalisée par un agent cationisant avec un coeur de lipides anioniques (NPL). Nous avons d'abord quantifié leur temps de résidence nasale après l'administration nasale chez la souris en utilisant l'imagerie in vivo et les NPL ont montré le plus long temps de résidence. L'endocytose in vitro sur des cellules muqueuses (cellules épithéliales des voies respiratoires, macrophages et cellules dendritiques) en utilisant des nanoparticules marquées a été réalisée par cytométrie de flux et microscopie confocale. Parmi les 5 nanoparticules, les NPL ont été majoritairement captées par 3 lignées cellulaires différentes représentatives d’un épithélium respiratoire et les mécanismes d'endocytose ont été caractérisés. Afin d’évaluer le meilleur vecteur en tant que véhicules, le chargement d'antigènes et la délivrance intracellulaire ont été évalués dans des cellules de la muqueuse des voies respiratoires (cellules épithéliales des voies aériennes, macrophages et cellules dendritiques) par cytométrie de flux. Nous montrons que les NPL sont les meilleurs candidats capables de délivrer la plus grande quantité de protéines dans les cellules. Pris ensemble, notre étude a révélé que parmi 5 nanoparticules, la NPL était le meilleur nanovecteur en termes de temps de résidence nasale, d'endocytose par les cellules et de délivrance de protéines dans l'épithélium des voies respiratoires. Les NPL ont donc été sélectionnées comme nanovecteurs pour le projet UniVac Flu.Les antigènes de la grippe CTA1-3M2e-DD et HA ont été formulés avec les NPL. Le CTA1-3M2e-DD est un antigène chimérique adjuvanté et ciblé. Il est composé de la sous-unité A1 de la toxine du choléra et un épitope conservé du virus grippal A (M2e), ainsi que le dimère de l'analogue synthétique de la protéine A de Staphylococcus aureus (DD) utilisé comme agent de ciblage des lyphocytes B. Pour améliorer l'effet antigénique, l’HA recombinant de H1N1 a été combinée avec CTA1-3M2e-DD. Ces formulations ont été évaluées chez la souris par le consortium UniVacFlu. Les résultats ont montré que CTA1-3M2e-DD et HA chargé dans les NPL formeraient un vaccin intranasal prometteur contre la grippe. Ce travail de thèse montre que les NPL sont des nanovecteurs d’intérêt pour le vaccin nasal. / Nasal administration has great advantage for stimulating the immune system, such as stimulating local and systemic protective immunity. However, delivery systems and adjuvants are often necessary to improve the efficacy of the intranasal vaccine. We applied nanoparticle technology to deliver a universal influenza vaccine via the nasal route in a European FP7 project called UniVacFlu.We evaluated different nanoparticles to search the best nanocarrier for an intranasal vaccine. Here we compared 5 types of nanoparticles with different surface charges (anionic or cationic) and various inner compositions as potential vectors: cationic and anionic liposomes, cationic and anionic PLGA (Poly Lactic co-Glycolic Acid) nanoparticles and zwitterionic maltodextrin nanoparticles (cationic surface with an anionic lipid core: NPL). We first quantified their nasal residence time after nasal administration in mice using in vivo live imaging and NPL showed the longest residence time. In vitro endocytosis on mucosal cells (airway epithelial cells, macrophages and dendritic cells) using labeled nanoparticles were performed by flow cytometry and confocal microscopy. Among the 5 nanoparticles, NPL were taken up to the greatest extent by the 3 different cell lines and the endocytosis mechanisms of NPL were characterized. In order to compare different nanoparticles as vaccine carriers, antigen loading and cell delivery were evaluated. In this study, we compared the loading and delivery of labeling ovalbumin with airway mucosa cells (airway epithelial cells, macrophages and dendritic cells) by flow cytometry. Our data showed that NPL were the best candidate that can payload with highest amount of protein and eventually the most efficient cellular protein delivery capacity. Taken together, our study revealed that among 5 nanoparticles, NPL were the best nanocarrier that own longer nasal residence time, efficiently uptake and deliver protein into airway epithelium. NPL were then selected as nanocarrier for the UniVac Flu project.The flu antigens CTA1-3M2e-DD and HA were formulated with NPL. The CTA1-3M2e-DD is an adjuvanted antigen composed of the A1 subunit of cholera toxin and a conserved epitope of influenza A virus (M2e), as well as the dimer of the synthetic analogue of Staphylococcus aureus protein A (DD) used to target B cells. To improve antigenic effect, recombinant HA from H1N1 was combined with CTA1-3M2e-DD. These formulations were evaluated in mice by the UniVacFlu consortium. We observed that CTA1-3M2e-DD and HA loaded into NPL could be a promising universal intranasal influenza vaccine.

Le virus de la grippe A est un virus à ARN négatif appartenant à la famille des Orthomyxoviriadea dont la réplication se produit dans le noyau des cellules infectées. L'organisation du génome est segmentée en huit segments d'ARNv de polarité négative, codant pour un minimum de 16 protéines virales différentes. Ces ARN viraux (ARNv) sont en complexe avec de nombreuses copies de nucléoprotéines et liés par leurs extrémités 5' et 3' au complexe hétérotrimérique de l'ARN-polymérase ARN-dépendante composé des sous unités PA, PB1 et PB2. Cet assemblage macromoléculaire (ARNv / polymérase / NP) nommée Ribonucléoprotéine (RNP) constitue une entité génomique indépendante. Dans le contexte de la RNP, l'ARN-polymérase assure à la fois la transcription et la réplication du génome ARNv. En assurant ces deux fonctions, l'ARN-polymérase joue un rôle majeur dans la réplication virale et constitue une cible antivirale privilégiée. Les travaux de recherche présentés dans cette thèse se concentrent sur les éléments structuraux participants à l'assemblage de l'ARN polymérase et son interaction avec les avec les ARNv. Pour atteindre ces objectifs, notre laboratoire, en collaboration avec d'autres groupes, a mis en place un système d'expression en polyprotéines permettant d'exprimer la polymérase. Plus encore, cette méthode a aussi permis de reconstituer des complexes entre l'ARN-polymérase et des partenaires cellulaires, notamment RanBP5 qui appartient à la famille des importines-β. / Influenza A virus is a negative-strand RNA virus belonging to the Orthomyxoviriadea family whose replication occurs in the nucleus of infected cells. The genome organisation of influenza virus is segmented in eight vRNA segments of negative polarity coding for at least 16 different viral proteins. Each vRNA is bound to multiple copies of nucleoprotein (NP) and to the heterotrimeric RNA-dependent RNA-polymerase complex (PA, PB1 and PB2) through its 5' and 3' extremities. This macromolecular assembly (vRNA/polymerase/NP) forms the ribonucleoprotein (RNP) particle, which acts as a separate genomic entity within the virion. The RNP complex is at the core of viral replication and in the context of RNPs, the polymerase performs both transcription and replication of the vRNA genome. As such, the polymerase constitutes a major antiviral drug target. The research work presented within this thesis focuses on the underlying determinants of the RNA polymerase assembly process and its interaction with its vRNA genome. To fulfill these goals, our lab, in collaboration with other groups, has set up a novel polyprotein expression system to express the polymerase but also to reconstitute polymerase and cellular partner complexes, notably RanBP5, which belongs to the importin-β family.

La gestion des maladies infectieuses est l'un des enjeux majeurs de santé publique, et d'autant plus important dans le contexte actuel de changements globaux (urbanisation, flux migratoires, changement climatique). Pour des maladies à dynamique cyclique comme beaucoup d'infections virales respiratoires (généralement communautaires et hivernales), une gestion adaptée requiert deux éléments fondamentaux : un réseau de surveillance dynamique de médecins de ville et hospitaliers permettant un suivi en temps réel de l'épidémie et une bonne compréhension des facteurs affectant sa diffusion dans le temps et dans l'espace. L'épidémie de grippe saisonnière sévissant en France est un système exemplaire d'infection respiratoire ayant un coût sociétal important. Les données (cliniques et virologiques) accumulées durant ces dernières années par le Réseau des GROG (Groupes Régionaux d'Observation de la Grippe) offrent une opportunité de mieux comprendre le déclenchement et la diffusion des épidémies, d'une part et de mettre en place une méthodologie transversale pouvant être rapidement transposée à d'autres infections respiratoires (émergentes) d'autre part. Mon travail de thèse a consisté dans un premier temps à évaluer l'impact de facteurs climatiques sur la propagation des épidémies de grippe et dans un second temps à estimer l'impact de facteurs de risque de la grippe (flux de mobilité de personnes, facteurs démographiques et climatiques) sur les déclenchements épidémiques. Les résultats obtenus suggèrent un impact significatif de la température et de l'humidité à la fois sur la diffusion globale et sur la variabilité intra-annuelle des déclenchements d'épidémies de grippe en France. Concernant la variabilité régionale des déclenchements épidémiques, elle serait expliquée en partie par des différences de taille de population et de proportions de jeunes (0-19 ans) ainsi que par des flux de mobilité. Ce travail a permis de confirmer et de quantifier, à l'aide de modèles mathématiques, l'impact de différents facteurs de risque de la grippe saisonnière en France. Ces conclusions offrent des opportunités intéressantes pour l'amélioration des mesures de prévention et de contrôle de la grippe en tenant en compte des facteurs mis en évidence / Infectious disease management is one of the major public health issues, and it becomes even more important in the current context of global changes (urbanization, migration flows, climate change). For periodic dynamic diseases like many respiratory viral infections (generally communal and in winter), a suitable management requires two fundamental elements : a dynamic sentinel surveillance network of general practitioners and hospital doctors allowing real-time monitoring of the epidemic; and a good understanding of factors affecting its spread in time and space. Seasonal influenza epidemic spreading in France is an exemplary system of respiratory infection having a significant social cost. Data (clinical and virological) accumulated during last years by the Réseau des GROG (Regional Influenza Surveillance Group) sentinel network offer an opportunity to better understand the onset and spread of epidemics, on the one hand and to set up a transverse methodology that can be rapidly transposed to other (emerging) respiratory infections on the other hand. My PhD work consisted firstly to assess the impact of climatic factors on the spread of influenza epidemics and secondly to estimate the impact of influenza risk factors (mobility flows, demographic and climatic factors) on epidemic onsets. Results suggest a significant impact of temperature and humidity both on the overall spread and on the intra-annual variability of epidemic onsets of influenza epidemics in France. Concerning regional variability of epidemic onsets, it might be explained partially by differences in population sizes and in young proportions (0-19 years old) as well as by mobility flows. This work confirmed and quantified, using mathematical models, the impact of various risk factors of seasonal influenza in France. These findings offer interesting opportunities to improve influenza preventing and controlling measures by taking into account the highlighted factors

La transmission des virus grippaux de type A s’effectue via l’eau, l’air ou les surfaces. Elle implique donc toujours une étape dans l’environnement, durant laquelle les virus sont inactivés plus ou moins rapidement en fonction du sous-type ou de la souche virale analysés. Cependant, à ce jour, les facteurs moléculaires déterminant la stabilité des particules virales en dehors de l’hôte restent largement méconnus. Dans le but d’identifier ces déterminants, nous avons généré différentes combinaisons de réassortiments entre deux virus grippaux de sous-types H1N1 possédant un phénotype de stabilité différent. Les stabilités respectives de ces virus réassortants ont été évaluées dans un environnement-modèle, puis comparées entre elles. Pour cela, nous avons utilisé un système d’analyse en temps réel des cultures cellulaires, permettant de calculer, pour chacun des virus testés, une pente d’inactivation moyenne et, in fine, de mesurer l’influence respective de chacun des segments viraux sur le phénotype de stabilité des virus. D’après nos résultats, le phénotype de stabilité des virus grippaux est majoritairement déterminé par l’hémagglutinine (HA) et la neuraminidase (NA), qui sont les principales glycoprotéines de surface de ces virus. De plus, nous avons identifié des changements d’acides aminés dans la HA et dans la NA, qui ont pour effet une diminution ou une augmentation de la stabilité des particules virales dans l’environnement. Nous avons également montré qu’un virus avec un gène de la HA codons-optimisés, et donc porteur de mutations synonymes, suffit pour augmenter significativement la stabilité des particules virales dans l’environnement. La stabilité de la HA à pH acide, le taux d’expression de la HA dans les cellules infectées, et le nombre de sites de fixation aux ions calcium dans la NA sont modifiés par les mutations décrites dans cette étude, et sont donc des facteurs de stabilité des particules virales. De plus, une analyse en microscopie a permis de montrer que les virus inactivés dans l’environnement peuvent fixer leurs récepteurs cellulaires, mais sont incompétents pour induire l’étape de fusion dans l’endosome nécessaire à l’entrée des virus dans la cellule. Ces deux étapes du cycle viral sont dépendantes de la HA. Dans l’ensemble, nos résultats montrent l’importance de la HA et de la NA des virus grippaux dans la détermination du phénotype de stabilité des virus grippaux dans l’environnement. Par conséquent, la diversité connue des HA et NA dans la nature laisse supposer des variations fréquentes du phénotype de stabilité de ces virus. Leur étude pourrait permettre de mieux décrire l’écologie et l’épidémiologie de ces virus. L’analyse des données épidémiologiques et climatiques des épidémies de grippe saisonnière, sur 5 ans et dans 13 pays, a ainsi révélé une différence de distribution des virus H1N1 et H3N2, en fonction de la température hebdomadaire dans ces pays. La comparaison de la stabilité de ces virus sur des surfaces, à 4 °C et à 20 °C, suggère que la distribution des sous-types viraux au début des épidémies est en partie régulée par leur stabilité en fonction de la température / The transmission of Influenza A viruses (IAV), either airborne in mammals or oro-faecal in aquatic birds, submits viral particle to a wide range of environmental conditions. These environmental conditions modulate IAV survival outside the host, which is also dependent on the viral subtype or strains. To date, the molecular drivers of IAV environmental persistence remain to be identified. In order to identify IAV molecular drivers of the environmental persistence, we generated different reassortant viruses between two H1N1 viruses that do not have the same stability outside the host. To this purpose, we performed survival kinetic and compared the inactivation slope of generated reassortant viruses in our controlledenvironment, using a real time cell analysis system. Our results demonstrate that the hemagglutinin (HA) and the neuraminidase (NA) are the main viral segments driving IAV environmental persistence. In addition, mutations driving viral stability in the environment were identified in the HA and NA amino-acid sequences. We also demonstrated that synonymous mutations introduced in the HA, using a codon-optimization strategy, drive the environmental persistence of IAV. The HA stability at low pH, HA surface expression levels in infected cells and the number of calcium binding sites of the NA were alternately changed by the mutations described in our study, indicating that these are stability determinants of IAV survival outside the host. Then, the sequential events of viral entry were analysed with fluorescence microscopy assays, showing that viral particles being exposed for a long period in saline water at 35°C are still able to bind their cellular receptor whereas the HA-mediated fusion within the endosome is not possible anymore. These two steps of the viral cycle are mainly mediated by the HA protein. Altogether, these result highlight the importance of the HA and the NA proteins, driving the environmental persistence of IAV. Given the known diversity of these two proteins in nature, this arouses interest in studying IAV environmental persistence at a more global scale. Such study could improve our knowledge on IAV ecology and epidemiology. Epidemiologic and climatic data analyse of human seasonal influenza viruses during 5 years and from 13 countries revealed that H1N1 virus and H3N2 virus distribution differs according to the mean weekly temperature in these countries. We then compared the H1N1 virus and H3N2 virus persistence on stainless steel surface at 4 °C and 20 °C, and the preliminary results suggest that IAV seasonal subtypes distribution might be partly regulated by their stability according to the temperature

Les épidémies de grippe, dont le caractère saisonnier est désormais admis et prouvé, sont majoritairement étudiées par des équipes de recherche en santé publique. La composante saisonnière de ces épidémies sous-tend l'influence de paramètres climatiques, préalablement isolés par la méthode dite des types de temps. Une analyse fine des conditions climato-météorologiques a aboutis à la mise en lumière de " types de temps à grippe ". Si le climat joue un rôle important, d'autres facteurs liés à la promiscuité ou les réseaux de transports expliqueraient certainement les disparités régionales observées en termes d'incidence grippale. Après une discussion des facteurs jouant potentiellement un rôle dans l'augmentation de la vulnérabilité, nous avons aboutis à une cartographie de cette vulnérabilité. Dans un second temps, nous avons intégré certains de ces facteurs dans le cadre d'un modèle afin de prédire le taux d'incidence grippale : cet essai de modélisation semble concluant. Finalement, en croisant la carte d'exposition aux types de temps à risque avec celle de la vulnérabilité globale, il devient possible de cartographier le risque grippal en France métropolitaine. La conception géographique du risque devient dès lors complémentaire de celle employée en épidémiologie.

Cette étude analyse l'opinion publique concernant les risques de crises sociales potentielles. Plus précisément, elle tente de connaître les interprétations d'une population, celle de la province de Québec, Canada, afin de savoir si le contenu médiatique influence les perceptions personnelles et émotives dans l'assimilation d'informations alarmistes, étant donné la tendance au catastrophisme que les médias communiquent quotidiennement. Afin de considérer ce phénomène de façon précise, un cas particulier a été étudié, celui de la grippe aviaire, événement des plus actuels au moment du choix de ce projet de recherche. Les hypothèses avançaient que les réactions face à l'annonce d'une éventualité de grippe aviaire seraient probablement relatives au niveau d'études atteint par le lecteur de journaux ou le consommateur médiatique, celui-ci déterminant également le choix des contenus médiatiques et la fréquence hebdomadaire. Un questionnaire Web rejoignant plus de 360 répondants a été créé, permettant d'observer une multitude d'impressions quant au risque possible de grippe aviaire. Nous avons découvert que l'impact de la communication médiatique propre à l'éventualité d'une grippe aviaire avait des conséquences spécifiques sur les émotions et les perceptions des individus, indépendamment de la fréquence hebdomadaire de leur consommation médiatique, du choix de l'information médiatique, du lieu de résidence, de l'âge et, surtout, du niveau de scolarité du consommateur. Globalement, il semble que le niveau scolaire détenu par les divers répondants ne soit pas le facteur déterminant de l'interprétation du contenu de risque de crise que nous transmettent les médias, mais que celle-ci proviendrait plutôt d'une source exclusivement personnelle basée sur des attributs du comportement, sur les valeurs morales et sur les expériences vécues. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Médias, Risque de crise, Psychose médiatique, Perceptions émotives, Grippe aviaire et santé publique.

La grippe chez le porc est due aux virus Influenza de type A dont plusieurs sous types sont devenus enzootiques dans cette population. Ces virus sont à l’origine d’épisodes grippaux répétés sur chaque bande successive et à âge fixe mais les déterminismes de leur persistance au sein de la population de l’élevage restaient mal connus. Un modèle stochastique de métapopulation représentant la co-circulation de deux sous-types de virus influenza de type A en élevage de type naisseur-engraisseur, alimenté par des données produites en conditions expérimentales, a permis d’identifier l’immunité maternelle, la transmission par voie aéroportée et la structuration de l’élevage (grande taille, conduite en bandes en flux tendu) comme facteurs déterminant la persistance des virus Influenza en élevage. Les mesures de maitrise évaluées à l’aide de ce modèle soulignent les limites des moyens actuels (vaccination notamment) et identifient l’export de bandes de porcelets au sevrage comme mesure permettant de rompre la répétition quasi-mécanique du processus infectieux. Des évènements de co-infections entre les deux sous-types viraux ont également été mis en évidence avec ce modèle, soulignant l’intérêt de poursuivre les investigations pour prendre en compte la génération de virus réassortants à partir de ces évènements et leur potentielle propagation puis maintien sur l’élevage, le porc étant considéré comme le vecteur de mélange des virus Influenza / Swine Influenza A Viruses (swIAVs) are known to persist in an endemic form in farrow-to-finish pig herds, leading to recurrent swine flu outbreaks in successive batches at a similar age. However, determinants for propagation and maintenance at the herd level were unknown. A stochastic metapopulation model, fed with experimental data, has been developed to represent the co-circulation of two distinct swIAVs subtypes within a typical farrow-to-finish pig herd in order (i) to understand the conditions for persistence and (ii) to evaluate the risk of reassortant viruses generation as well as the efficacy of control strategies. The passive immunity conferred to new-born piglets, the transmission by airborne route and the herd structure (herd size, intensive bath rearing systems) were found as determinants of swIAVs persistence. The currently used control strategies such as vaccination could hardly achieve swIAVs fade-out within the farrow-to-finish pig herds while the export of piglets batches at weaning evidenced the best ability to block the permanent transfer of infectious process from batch to batch. Co-infection events have been also evidenced highlighting the interest to account for reassortant viruses generation from these events and their further spread and persistence at the herd level from a veterinary and public health point of view, pigs being considered as a mixing vessel for influenza viruses

Notre objectif était de mesurer chez les adultes en Europe l’efficacité des vaccins (EV) anti-grippaux saisonniers contre l’hospitalisation avec une grippe confirmée en laboratoire. Nous avons coordonné une étude cas-témoins multicentrique dans 29 hôpitaux de 12 pays entre 2011 et 2017. Nous avons fait une analyse des données groupées lors de chaque saison grippale. Entre 2011-12 et 2016-17, nous avons recruté 3436 cas de grippe et 5969 témoins. L’EV tous virus confondus était de 26% ; elle était de 40% chez les 18-64 ans, 25% chez les 65-79 ans et 23% chez les 80 ans et plus. Par saison, l’EV variait entre 15% en 2016-17 et 44% en 2013-14. L’EV était particulièrement basse chez les seniors lors des saisons grippales dominées par le sous-type de grippe A(H3N2), atteignant 10% en 2011-12 et 2016-17 chez les personnes âgées de 80 ans et plus. Nos résultats suggèrent une EV faible à modérée contre la grippe hospitalisée chez l’adulte. Le renforcement et l’évaluation de modes de prévention complémentaires, tels que l’usage prophylactique d’antiviraux, la vaccination du personnel soignant et les approches non-pharmaceutiques (masque, hygiène des mains) devraient être une priorité. / Our objective was to measure seasonal influenza vaccine effectiveness (IVE) against hospitalisation with laboratory-confirmed influenza in Europe among adults. Between 2011 and 2017, we coordinated a multicenter case-control study in 29 hospitals in 12 countries. We pooled and analysed the data after every season. Between 2011-12 and 2016-17, we recruited 3436 influenza cases and 5969 controls. Pooled across seasons, IVE against any influenza was 26%; 40% patients aged 18-64 yeas, 25% among those aged 65-79 years, and 23% among those aged ≥80 years. Season specific IVE ranged between 15% in 2016-17 and 44% in 2013-14. IVE was particularly low among elderly in seasons dominated by the A(H3N2) viruses; it was 10% in 2011-12 and 2016-17 in people aged ≥80 years. Our results suggest a low to moderate IVE against influenza hospitalisation in adults. Evaluating complementary prevention options, such as prophylactic antiviral use, vaccination of health care workers and non-pharmaceutical interventions should be a priority.

Le virus de la grippe A (le H1N1) pdm09, généralement connu comme le virus de la grippe porcine, a causé la toute première pandémie du 21e siècle. Le virus de grippe est un virus enveloppé à ARN qui utilise la machinerie cellulaire de l’hôte pour s’assembler à la membrane plasmique de la cellule et être relargué à l’extérieur. Dans cette étude, nous nous sommes intéressés au rôle de la protéine virale de matrice M1 dans ce processus. M1 est la protéine la plus abondante et elle est extrêmement importante pour le virus de la grippe. Les 164 résidus de la protéine M1 situés en N-terminal comprennent deux domaines basiques qui sont : le triplet d’arginine (R76/77/78) sur l'hélice 5 et le signal de localisation nucléaire sur l'hélice 6. Ils sont très bien conservés parmi les sous types de la grippe. Premièrement, pour étudier l'interaction M1-membrane, nous avons développé et standardisé un système minimal regroupant M1+M2+NS1/NEP (±M) dans lequel nous pourrons aussi observer la production de VLPs incorporant M1. En utilisant ce système, nous avons créé des mutations dans le triplet d’arginine de M1 et avons regardé l'accrochage de M1 à la membrane ainsi que l'incorporation de M1 dans les VLPs. La conséquence de ces mutations est que la protéine M1 reste dans le cytosol et qu’il y a une réduction drastique du nombre de VLPs contenant M1 relargués. La mutation du triplet arginine par un triplet alanine inhibe complètement la production de VLPs. De plus, un virus mutant avec ce triplet d’alanine n’est plus capable de produire des virions infectieux. Ainsi nous avons mis en évidence l'importance du triplet arginine dans l'accrochage de M1 à la membrane et la production de virions. Par conséquent, pour étudier l’utilisation de l'actine et de ses cofacteurs par le virus, nous avons utilisé de petits ARN interférents pour inhiber l’expression de gènes dans un système minimal de production de VLPs. Nous avons observé une réduction de la production de VLPs contenant M1 en inhibant Rac1et une augmentation de la libération de VLPs contenant M1 en inhibant RhoA et Cdc42. En utilisant un virus IAV (H3N2)-nanoluciferase sur les cellules A549 pulmonaires, nous avons étudié l'effet de la déplétion des RhoGTPases et de leurs effecteurs sur la production virale. Nous avons observé qu'avec Rac1, l'inhibition de Wave2 et Arp3 réduit aussi le pouvoir infectieux du virus H3N2 au cours des étapes tardives de l'infection sans affecter la phase précoce de d'infection. Les protéines interagissant avec M1 ont été identifiées par LC-MS/MS et incluent la cofiline et l’annexine A2. La cofiline, déjà connue pour participer à la réorganisation de l’actine pendant la phase tardive de l’infection par le virus de la grippe, est aussi un effecteur activé par Rac1, Wave2, Pak1 et LIMK afin de former des lamellipodes. L’annexine A2 est aussi connue pour séquestrer la PS au niveau du feuillet interne de la membrane plasmique cellulaire. La reconnaissance de ces groupes de PS par la protéine virale M1 amorcera finalement le processus d’assemblage viral. Ainsi, nos résultats, en décrivant le mécanisme d'accrochage de M1 à la membrane, montrent aussi que Rac1, Wave2 et Arp3 sont probablement des facteurs pro-viraux de l’assemblage et de la libération des virus de la grippe A. / The influenza A(H1N1)pdm09 virus, commonly known as swine flu, caused the very first pandemic of 21st century. Influenza virus, an enveloped RNA virus, uses the host cellular machinery for its assembly and release from the host cell plasma membrane. In this study, we were interested in the role of the viral M1 matrix protein in this process. M1 is the most abundant and vitally important protein present in influenza virus. The N-terminal 164 residues of M1 protein comprise of two basic domains which are the arginine triplet (R76/77/78) on helix 5 and the nuclear localization signal on helix 6, which are very well conserved among the influenza A virus subtypes. Firstly, to study M1-membrane interaction, we developed and standardized a minimal system consisting of M1+M2+NS1/NEP(±M) in which we could also observe production of VLPs incorporating M1. Using this system, we performed mutations in the M1 arginine triplet and looked at changes in M1 membrane attachment and M1 incorporation in VLP. As a result of these mutations, the M1 protein remained cytosolic and there was a drastic reduction in M1 containing VLP release. Mutating the entire arginine triplet to an alanine triplet inhibited VLP production completely. Also, a mutant virus with this alanine triplet failed completely to produce infectious virions. Thus we established the importance of the arginine triplet in M1 membrane attachment and virion production. Consequently, to study manipulation of actin and its cofactors by the virus, we used siRNA mediated gene silencing in the VLP producing minimal system. We observed a reduction in M1 containing VLP production upon inhibition of Rac1 and enhancement of M1 containing VLPs released upon inhibition of RhoA and Cdc42. By using an IAV (H3N2)-nanoluciferase virus on pulmonary A549 cells, we studied effect of depletion of RhoGTPases and their effectors on virus production. We observed that along with Rac1, inhibition of Wave2 and Arp3 also reduces the infectivity of H3N2 virus at the late phase of infection without any effect on the early phase of infection. The proteins interacting with M1 were identified by LC-MS/MS and included cofilin and annexin A2. Cofilin, already known to take part in the actin reorganization during the late phase of influenza A virus infection, is also one of the downstream effector linked to Rac1, Wave2, Pak1 and LIMK, for lamellipodia formation. Annexin A2 is also known to sequester PS at the inner leaflet of the cell plasma membrane. The viral protein M1 is able to recognize these clusters of PS, which ultimately initiates the viral assembly process. Thus, our results, while defining the mechanism of M1 membrane attachment, also indicate the possible involvement of Rac1, Wave2 and Arp3 as pro-viral factors in IAV assembly and release.