La capacité du virus de la grippe aviaire à traverser la barrière des espèces et à devenir fortement pathogène chez les mammifères est un problème majeur de santé publique. Chez les oiseaux, la réplication a lieu dans l'intestin, à 4C, tandis que chez les humains elle a lieu dans l'appareil respiratoire, plus froid, à 33C. Il a été montré que l'adaptation à la température du virus de la grippe a lieu par de nombreuses mutations de la polymérase virale, notamment dans le domaine 627-NLS situé en C-terminal de la protéine PB2. Ce domaine est impliqué dans l'adaptation à l'hôte et interagit avec la protéine de l'hôte, importine alpha, étant donc indispensable pour l'entrée de la polymérase virale dans le noyau de la cellule [Tarendeau et al., 2008]. Les structures cristallographiques du 627-NLS et du complexe importine alpha/NLS existent. Cependant, lors de la superposition de ces structures via leur domaine NLS commun, un important choc stérique entre le domaine 627 et l'importine alpha devient évident. Ceci indique qu'une autre conformation du 627-NLS est requise pour l'interaction avec l'importine alpha [Boivin and Hart, 2011]. Dans cette étude, nous avons examiné les bases moléculaires de l'adaptation inter-espèces du virus à travers l'étude de la structure et de la dynamique du 627-NLS aviaire et humain. Nous avons identifié deux conformations du 627-NLS en échange lent (10-100 s-1), correspondant apparemment à une conformation ouverte et une conformation fermée des deux domaines. Nous proposons que la conformation ouverte du 627-NLS est la seule conformation compatible avec l'interaction avec l'importine alpha, et que l'équilibre entre conformation ouverte et fermée pourrait jouer le rôle de thermostat moléculaire, contrôlant l'efficacité de la réplication virale chez différents hôtes. La cinétique et la dynamique de ce comportement conformationnel important ainsi que de l'interaction entre le 627-NLS et l'importine alpha ont été caractérisées par résonance magnétique nucléaire (déplacements chimique, augmentation paramagnétique de la relaxation, relaxation de spin, transfert de saturation par l'échange chimique), combinée à la diffusion des rayons X et des neutrons aux petits angles ainsi qu'au transfert d'énergie par résonance de type Förster. Aussi, nous avons déterminé les affinités d'une série de mutants évolutifs du 627-NLS pour l'importine alpha et du 627-NLS aviaire ou humain pour différents isoformes de l'importine alpha, montrant que les affinités observées sont cohérentes avec les préférences d'interactions vues in vivo. / The ability of avian influenza viruses to cross the species barrier and become dangerously pathogenic to mammalian hosts represents a major threat for human health. In birds the viral replication is carried out in the intestine at 40°C, while in humans it occurs in the cooler respiratory tract at 33°C. It has been shown that temperature adaption of the influenza virus occurs through numerous mutations in the viral polymerase, in particular in the C-terminal domain 627-NLS of the PB2 protein. This domain has already been shown to participate in host adaptation and is involved in importin alpha binding and therefore is required for entry of the viral polymerase into the nucleus [Tarendeau et al., 2008]. Crystallographic structures are available for 627-NLS and the complex importin alpha/NLS, however, a steric clash between importin alpha and the 627 domain becomes apparent when superimposing the NLS domain of the two structures, indicating that another conformation of 627-NLS is required for binding to importin alpha [Boivin and Hart, 2011]. Here we investigate the molecular basis of inter-species adaptation by studying the structure and dynamics of human and avian 627-NLS. We have identified two conformations of 627-NLS in slow exchange (10-100 s-1), corresponding to an apparently open and closed conformation of the two domains. We show that the equilibrium between closed and open conformations is strongly temperature dependent. We propose that the open conformation of 627-NLS is the only conformation compatible with binding to importin alpha and that the equilibrium between closed and open conformations may play a role as a molecular thermostat, controlling the efficiency of viral replication in the different species. The kinetics and domain dynamics of this important conformational behaviour and of the interaction between 627-NLS and importin alpha have been characterized using nuclear magnetic resonance chemical shifts, paramagnetic relaxation enhancement, spin relaxation and chemical exchange saturation transfer, in combination with X-ray and neutron small angle scattering and Förster resonance energy transfer. Also, we have determined the affinities of various evolutionnary mutants of 627-NLS to importin alpha and of avian and human 627-NLS to different isoforms of importin alpha, showing that the observed affinities are coherent with the preferred interactions seen in vivo.

Made available in DSpace on 2016-08-18T18:55:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Hayleno Santos Hossoe.pdf: 1576603 bytes, checksum: 60c6a3883010aca17d23a469e91a34bb (MD5) Previous issue date: 2007-03-22 / This research has as main objective to evaluate the reception and the adequacy of the advertising of the Campanha Nacional de Vacinação do Idoso Contra a Gripe of the district of São Luís do Maranhão in the year of 2006, considering its goals and its proposal of communication. Therefore, an ex-post evaluation of the implementation of the program of vaccination, classified as process of evaluation, was carried through aiming to relating the adequacy of the advertising campaign to the objectives and goals of this program, using an exploratory and qualitative approach. Documentary research, direct observation and focal group were used as techniques for data collection. Six participants of third age focal groups were carried through after the propagation of the 2006 campaign, in order to apprehend the generated effect of the communicative process in its target public. The accomplishment of each focal group was segmented in two stages. The first one was guided by a halfstructuralized script in order to motivate the quarrel of the participants on the campaign without showing its parts. The second stage was based on the exposition of the advertising parts of the campaign in order to stimulate the memory of the participants and to make possible the apprehension of the reception of the message without the interference of any imperfection in the distribution of the communication. The data collected through direct observation and the focal group participants` comments made possible the constitution of a research corpus on which an Analysis of Content was carried through by techniques of Thematic Analysis, with the purpose to compose an index which makes possible to extract, to classify and to regroup the speech of the subjects, in order to allow the identification of the elements that constituted the reception of the advertising campaign from the point of view of the integrants of its target public. Through the Thematic Analysis and the evaluation of the implementation process, it was possible to conclude that imperfections occurred in the process of distribution of parts of the advertising campaign, but they did not harm the positive results and reached number of vaccine covering in the year of 2006. / Esta pesquisa tem como principal objetivo avaliar a recepção e a adequação da publicidade da Campanha Nacional de Vacinação do Idoso Contra a Gripe do ano de 2006, no município de São Luís do Maranhão, frente a suas metas e a sua proposta de comunicação. Dessa forma, foi realizada uma avaliação ex post, classificada como avaliação de processo, no que se refere à implementação do programa, com o propósito de relacionar a adequação da campanha publicitária aos objetivos e metas do programa, utilizando uma abordagem exploratória e qualitativa. Como técnicas para coleta de dados foram utilizadas a pesquisa documental, a observação direta e o grupo focal. Foram realizados seis grupos focais com integrantes de grupos da terceira idade, após a veiculação da campanha de 2006, a fim de apreender os efeitos do processo comunicativo gerados em seu público-alvo. A realização de cada grupo focal foi segmentada em duas etapas, sendo a primeira orientada por um roteiro semiestruturado, de modo a motivar a discussão dos participantes sobre a campanha sem que fossem exibidas peças da mesma. A segunda etapa foi baseada na exposição das peças publicitárias da campanha como forma de estimular a lembrança dos participantes e possibilitar a apreensão da recepção da mensagem sem a interferência de possíveis falhas na distribuição da comunicação. Os dados coletados através da observação direta e do grupo focal possibilitaram a constituição de um corpus de pesquisa sobre o qual foi realizada uma Análise de Conteúdo, através das técnicas de Análise Temática, com a finalidade de compor um índex como forma de extrair, classificar e reagrupar as falas dos sujeitos, de modo a permitir a identificação dos elementos que constituíram a recepção da campanha publicitária do ponto de vista de integrantes de seu público-alvo. Através da Análise Temática e da avaliação do processo de implementação, foi possível concluir que ocorreram falhas no processo de distribuição das peças publicitárias da campanha, mas que não chegaram a prejudicar os bons resultados e índices de cobertura vacinal alcançados no ano de 2006.

La grippe porcine est une infection enzootique touchant 50% du cheptel français. Elle passe parfois inaperçue, mais peut également induire une forte morbidité au sein des lots d’animaux touchés, entraînant une baisse des performances zootechniques et des pertes économiques importantes. La sévérité de l’infection à virus influenza A chez le porc peut dépendre de divers facteurs, comme les virus eux-mêmes, les pratiques d’élevage, le statut immunitaire des animaux, les infections concomitantes par d’autres pathogènes respiratoires, etc. De la même manière, diverses formes épidémiologiques de la grippe existent en élevage. Ainsi, des infections peuvent se répéter à un âge déterminé, sur toutes les bandes successives d’un élevage, notamment chez des jeunes présentant une immunité passive. Afin de mieux comprendre cette diversité clinique et épidémiologique de la grippe porcine, et aider à l’élaboration de stratégies d’intervention adéquates pour le contrôle de la maladie, nous avons cherché à apporter de nouvelles connaissances quant à certains facteurs pouvant favoriser l’exacerbation du syndrome grippal et/ou son caractère récurrent, et plus généralement aux mécanismes sous-jacents à la pathogenèse des virus influenza A chez le porc, en relation avec les réponses de l’hôte infecté. Nous avons d’abord comparé, suite à inoculations expérimentales de porcs exempts d’organismes pathogènes spécifiés, la pathogénicité des deux virus influenza porcins les plus fréquemment rencontrés chez le porc en France, l’un du lignage européen « avian-like swine H1N1 » (H1avN1), l’autre du lignage européen « human-like reassortant swine H1N2 » (H1huN2), seuls ou en association avec Mycoplasma hyopneumoniae (Mhp), autre pathogène respiratoire répandu en élevage. Nous avons montré que l’infection H1huN2 induit une pathologie plus marquée que l’infection H1avN1, et que la pré-infection des porcs par Mhp induit une exacerbation de l’infection H1avN1, mais pas H1huN2. Nous avons utilisé le modèle de co-infection Mhp/H1avN1 pour évaluer deux approches alternatives qui permettraient de diminuer l’impact des infections grippales et de leurs complications : l’apport de composés aux propriétés antioxydantes via l’alimentation ; et la restriction alimentaire de courte durée. Dans ces deux cas nous avons montré des effets bénéfiques sur les paramètres zootechniques pendant les jours suivant l’infection grippale. Ce travail a également apporté de nouvelles connaissances quant aux modifications des marqueurs plasmatiques de stress oxydant, ainsi que sur les modifications métaboliques faisant suite à la co-infection Mhp/H1avN1. La sévérité des manifestations cliniques de la grippe étant liée à la qualité de la réponse immunitaire mise en place chez l’hôte infecté, nous avons entrepris d‘étudier les réponses immunitaires du porc touché par la grippe et d’évaluer l’impact de facteurs tels que la présence de Mhp ou d’anticorps d’origine maternelle sur ces réponses. Nous avons ainsi montré que l’infection virale induit une inflammation et une réponse interféron. La pré-infection par Mhp exercerait un effet additif sur cette inflammation et pourrait favoriser la persistance du virus dans le poumon. Nous avons également montré que la présence d’immunité passive protège cliniquement le porcelet mais n’empêche pas l’excrétion du virus, retarde la réponse lymphocytaire T et inhibe la réponse humorale post-infectieuse. Malgré la réponse immunitaire humorale défaillante, les animaux étaient totalement protégés d’une seconde infection homologue lorsque les anticorps maternels avaient disparus. Ces travaux ont permis d’apporter de nouvelles connaissances sur les facteurs influençant l’infection grippale en élevage porcin ainsi que sur les mécanismes sous-jacents, ce qui est une prérequis pour l’amélioration des mesures de lutte et de maitrise de la maladie. Ils permettent, d’envisager d’améliorer la santé des animaux en agissant sur leur régime alimentaire. / Swine influenza is an enzootic infection affecting 50% of the French livestock. The infection can be unnoticed but can also induce high morbidity among batches of affected animals, resulting in lower production performance and significant economic losses. The severity of influenza A virus in pig is influenced by many factors such as the virus strain, husbandry practices, the immune status of animals, concomitant infections with other respiratory pathogens, etc. In the same way, various epidemiological forms of influenza exist in farms. Thus, infections can be repeated in all successive batches within a farm, especially among young animals with passive immunity. In order to better understand the clinical and epidemiological diversity of the swine flu, and help develop appropriate strategies to control the disease, we tried to bring new knowledge about factors that promote the exacerbation of the flu syndrome and/or its recurrence, and more generally to give new information about the mechanisms underlying the pathogenesis of influenza viruses in pigs, in relation to the response of the infected host. Firstly, we compared, through experimental infections of specific pathogen free pigs, the pathogenicity of the two swine influenza viruses mostly detected in pigs in France, i.e. one from the European “avian-like swine H1N1” lineage (H1avN1) and the other one from the European “human-like reassortant swine H1N2” lineage (H1huN2), each one alone or in co-infection with Mycoplasma hyopneumoniae (Mhp), another respiratory pathogen widespread in French farms. We showed that the H1huN2 infection induced a more marked pathology than the H1avN1 infection, and that Mhp pre-infection induced the exacerbation of the H1avN1, but not the H1huN2, infection. Then, we used the Mhp/H1avN1 co-infection model to evaluate alternative approaches that could reduce the impact of influenza infections and their complications: firstly, a supply of compounds with antioxidant properties in food; and secondly, a feed restriction of short duration. In both cases, we showed beneficial effects on zootechnical parameters the days following influenza infection. This work has also brought new knowledge on modulation of oxidative stress markers in plasma, as well as metabolic changes following the co-infection with Mhp and H1avN1 in pigs. The severity of flu clinical manifestations being related, among other, to the quality of the immune responses developed by the infected host, we studied these responses in pigs experimentally infected by H1avN1 and assessed the impact of factors such as the presence of Mhp or maternal derived antibodies on these responses. We showed that the viral infection induced inflammation and interferon response. The Mhp pre-infection exerted an additive effect on inflammation of lung tissue and may promote the virus persistence in the lung. Finally, we have shown that the presence of maternally-derived immunity protected the piglets clinically but did not prevent viral shedding, delayed the T cell response and strongly inhibited the post-infectious humoral response. However, despite the failed humoral immune response, animals were completely protected from a second infection occurring when maternal antibodies had disappeared. Therefore, this work have brought new knowledge on factors influencing influenza infection in pig as well as the underlying mechanisms, which is a prerequisite for improving disease control. They allow, between-other, to consider improving the health and welfare of animals by acting on their diet.

L'évaluation médico-économique (EME) joue un rôle de plus en plus important dans le développement des recommandations cliniques et les décisions de prix et remboursement des produits de santé, notamment des vaccins. L'EME des vaccins fait l'objet de procédures et de recommandations méthodologiques spécifiques, distinctes des médicaments, dans de nombreux pays. Cette thèse illustre et répertorie les différentes questions méthodologiques concernant l'EME des programmes de vaccination sur la base de six études : estimation de la morbidité, mortalité et coûts liés aux infections à cytomégalovirus chez les receveurs de greffe d'organe solide ; description de l'état de santé subjectif et qualité de vie liée à la santé chez les femmes atteintes de candidose vulvovaginale récurrente (CVVR) ; revue critique des EME de la vaccination de rappel contre la coqueluche ; revue critique des EME de la vaccination contre le rotavirus ; analyse coût-efficacité de la vaccination antigrippale chez les personnes de 50 à 64 ans ; analyse coût-efficacité d'un vaccin antigrippal quadrivalent en Ontario. L'EME des programmes de vaccination nécessite de prédire l'effet d'un vaccin dans la vie réelle à partir d'essais cliniques, ce qui est particulièrement difficile pour plusieurs raisons : l'épidémiologie d'une infection peut varier dans le temps et l'espace, la réduction du risque d'infection après vaccination est différente de celle du risque de maladie, et la vaccination peut conduire à une augmentation ou diminution du risque chez les personnes non-vaccinées. De plus, la mesure et la valorisation des effets sur la qualité de vie soulèvent des questions méthodologiques et requièrent des choix normatifs liés aux faits que de nombreux vaccins ciblent les enfants, et que la réduction du risque peut améliorer la qualité de vie en dehors des périodes de maladie. Nous établissons finalement des recommandations pour les futures EME de programmes de vaccination, concernant la définition des stratégies à comparer, le choix de structure de modèle, l'estimation des paramètres cliniques et épidémiologiques, et la mesure et la valorisation de la qualité de vie et des coûts / Economic evaluation plays an increasingly important role in the development of clinical recommendations and pricing and reimbursement decisions for healthcare interventions, and particularly for vaccination. Specific processes and methodological recommendations have been developed for the economic evaluation of vaccines in many countries. This thesis identifies and illustrates different methodological questions about the economic evaluation of vaccination programs based on six studies: estimation of morbidity, mortality and costs associated with cytomegalovirus infections among receivers of solid organ transplant; description of subjective health state and quality of life among women with recurrent vulvovaginal candidosis; critical review of economic evaluations of pertussis booster vaccination; critical review of economic evaluations of rotavirus vaccination; cost-effectiveness analysis of influenza vaccination for people aged 50 to 64 years; cost-effectiveness analysis of a quadrivalent influenza vaccine in Ontario. The economic evaluation of vaccines requires predicting the effectiveness of vaccination based on clinical trial data, which is particularly difficult for several reasons: the epidemiology of an infection may vary over time and space, the effectiveness against infection may differ from effectiveness against disease, and vaccination may lead to an increase or decrease in the burden of disease among non-vaccinated persons. In addition, the measurement and valuation of effects of vaccination on quality of life raises methodological questions and requires normative choices related to the facts that many vaccines target children and that the reduction in risk may improve quality of life outside illness periods. We finally establish recommendations for future economic evaluations of vaccination programs, related to the definition of vaccination strategies to compare, the choice of model structure, the estimation of clinical and epidemiological parameters, and the measure and valuation of quality of life and costs

Les gens infectés par la rougeole subissent une suppression immunitaire. Ce mémoire porte sur l’influence de cette caractéristique de la rougeole sur un autre pathogène, ici la grippe. Il s’agit donc de modéliser la réponse immunitaire d’une interaction virus-virus, problème d’une grande pertinence durant la pandémie causée par le SRAS-CoV-2 alors que les interactions de celui-ci avec le virus de l’influenza demeurent à déterminer. Nous avons également que la grippe augmente la production d’autres pathogènes. Un modèle de chaque pathogène va être développé et analysé. On cherchera les points fixes, leurs conditions de stabilité et on observera quelques résultats numériques pour constater leurs évolutions dans le temps. Ensuite un modèle suivant l’évolution des deux pathogènes ayant infecté un individu au même moment sera conçu. Dans ce modèle nous inclurons les interactions d’un pathogène l’un sur l’autre pour déterminer théoriquement les effets chez les individus infectés à la fois par la grippe et la rougeole. On pourra par la suite comparer entre les différentes populations lorsqu’il n’y a aucune interaction et avec les différentes interactions entre les deux pathogènes. / People infected with measles experience immune suppression. This work focuses on the influence of this characteristic of measles on another pathogen, here the flu. We also have that the flu will increase the production of other pathogens in a co-infection model. Modeling the immune response to such virus-virus interaction is currently of signficant relevance, given the limited knowledge on SARS-CoV-2/influenza interactions. A model of each pathogen will be developed and analysed. We will look for the fixed points, conditions for their stability and we will observe some numerical results of their evolution over time. Then a model following the evolution of the two pathogens having simultaneously infected an individual will be designed. In this model we will include the interactions of the pathogens on each other to theoretically determine the effects in individuals infected with both influenza and measles. Then we can compare between the different populations when there is no interaction and with the different interactions between the two pathogens.

Bien qu’elle soit évitable par la vaccination, la grippe saisonnière est responsable annuellement de taux de morbidité et de mortalité élevés. Plusieurs études ont démontré que les facteurs sexuels (gènes et hormones) affectent la susceptibilité des individus aux maladies infectieuses et leur réponse aux vaccins. Toutefois, le sexe est souvent considéré comme une variable de confusion dans les études épidémiologiques, les résultats sont ainsi ajustés pour cette variable, ce qui rend la comparaison entre les deux sexes impossible. Le but de mon mémoire est de synthétiser les preuves existantes sur les différences liées au sexe dans la réponse au vaccin antigrippal. Ceci permettrait d’orienter les recommandations vaccinales qui tiendraient compte du sexe. Par conséquent, nous avons procédé à une revue systématique de la littérature afin d’analyser les données disponibles concernant les différences liées au sexe dans l’immunogénicité, l’efficacité potentielle, l’efficacité réelle et l’innocuité du vaccin contre la grippe saisonnière. Les résultats n’indiquent aucune différence dans l’immunogénicité et l’efficacité réelle du vaccin antigrippal saisonnier entre les sexes. Tandis que les taux de manifestations cliniques inhabituelles (MCI) étaient plus élevés chez les femmes. Enfin, il est nécessaire de disposer de données probantes afin de mieux comprendre les différences liées au sexe dans la réponse au vaccin antigrippal. / Every year, seasonal influenza is an important cause of morbidity and mortality, despite being vaccine-preventable. Several studies have demonstrated that sex factors (genes and hormones) impact individuals’ susceptibility and response to infectious diseases and vaccines. However, most studies do not explicitly assess sex differences in vaccine response despite collecting this data, but rather adjust for sex. The purpose of my dissertation is to synthesize the current evidence on sex differences in response to seasonal influenza vaccine in an attempt to guide sex-specific recommendations in influenza vaccines administration. Therefore, we conducted a systematic review to analyze available evidence on sex differences in immunogenicity, efficacy, effectiveness and/or safety of the seasonal influenza vaccine. Available data show no sex differences in the immunogenicity and effectiveness of seasonal influenza vaccine, while higher rates of adverse events following immunization (AEFIs) seem to occur in females. However, evidence of higher quality is needed to better understand sex differences in response to influenza vaccine.

Bien qu'il s'agisse d'une maladie évitable par la vaccination, la grippe cause annuellement environ 3 à 5 millions de cas de maladie grave et environ 290 000 à 650 000 décès dans le monde. Pour prévenir l'infection et ses complications, la vaccination antigrippale est généralement recommandée pour toutes les personnes de 6 mois et plus. La vaccination annuelle est nécessaire en raison des perpétuels changements antigéniques des virus de la grippe; par conséquent, les souches incluses dans les vaccins antigrippaux sont régulièrement mises à jour. Ainsi, l'efficacité de terrain des vaccins antigrippaux (EV) varie d'une saison à l'autre, ce qui nécessite une surveillance constante pour évaluer l'impact des programmes de vaccination contre la grippe saisonnière au fil du temps. Les données médico-administratives sont une riche source d'informations qui pourraient être exploitées pour estimer l'efficacité réelle des vaccins antigrippaux. De plus, des études récentes ont rapporté que la réponse immunitaire à l'infection grippale et à la vaccination peut être altérée par des expositions antérieures, ce qui pourrait affecter l’efficacité de terrain des vaccins antigrippaux. Cette thèse visait à déterminer si les données médico-administratives fournissent des estimations valables de l'EV et à évaluer l'impact de la vaccination répétée et d’une infection antérieure par les virus de la grippe sur l'EV contre le syndrome d’allure grippale (SAG). Nous avons d'abord effectué une revue systématique de la littérature pour évaluer l'impact de la vaccination antigrippale sur la réduction des visites médicales pour un SAG, des hospitalisations pour un SAG, des hospitalisations pour la grippe confirmée en laboratoire (LCI) et des hospitalisations toutes causes confondues. Nous avons identifié que la spécificité des résultats joue un rôle crucial dans l'estimation de l'EV et que la propension à utiliser des soins de santé peut introduire un biais dans les études d'EV si la propension à consulter pour un SAG est influencée par le statut vaccinal, mais également si la capacité à capturer le statut vaccinal et l’issue (SAG) est tributaire de la propension à consulter. Par la suite, nous avons constaté que les courbes d'incidence des consultations médicales liées à un SAG spécifique, dérivées des codes de diagnostic clinique spécifiques à l'infection grippale, étaient très similaires aux données de surveillance des Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis pour le LCI, suggérant ainsi qu'il est plus approprié d'utiliser la définition de SAG spécifique à l’infection grippale pour une surveillance des cas de grippe plutôt qu'une définition large du SAG, lorsque seuls les codes de diagnostic clinique sont disponibles pour l'évaluation de l’infection grippale. Ensuite, l'efficacité de terrain des vaccins antigrippaux de 2018-2019 à prévenir les consultations médicales pour un SAG (spécifique à l’infection grippale) a été évaluée dans une cohorte d'individus américains ayant au moins un enregistrement pertinent par année, entre 2015 et 2019, dans leur dossier de santé électronique (DSE). Les rapports de cotes ajustés (aOR) ont été dérivés de modèles de régression logistique multivariés et les EVs ajustées ont été calculées à l'aide de 100x(1-aOR). Les estimations d’EVs dérivées des données médico-administratives étaient toutes plus petites que celles rapportées par les CDC américains, suggérant ainsi que l’utilisation secondaire de ces données médico-administratives a mené à une sous-estimation de l’EV probablement due à des biais de détection et de mauvaise classification corrélés avec la propension à utiliser des soins de santé. Lorsque les EVs sont stratifiées sur le nombre de visites médicales, les estimations d'EVs et la couverture vaccinale augmentent avec le nombre de visites médicales, atteignant des estimations similaires à celles obtenues par les CDC américains et la couverture vaccinale nationale des États-Unis pour les personnes ayant au moins 6 visites médicales lors des 12 mois précédents. Les résultats suggèrent ainsi que l'utilisation secondaire des données médico-administratives ne permet pas de produire des estimations valables de l’efficacité de terrain des vaccins antigrippaux, et ce, en l’absence de données complètes sur la vaccination et l'infection grippale. Cependant, ces données médico-administratives ont le potentiel d'évaluer l'efficacité de terrain des vaccins antigrippaux dans les populations considérées à haut risque de complications à la suite de l'infection, ce qui est difficile à faire avec une surveillance active, ainsi que dans les populations ayant des conditions de santé nécessitant un suivi médical soutenu; car la probabilité que le statut vaccinal et/ou l’infection grippale soient déclarés dans les données médico-administratives augmente avec le nombre de contacts avec le système de santé. Enfin, l'efficacité de terrain des vaccins antigrippaux de 2018-2019 à prévenir le SAG a été estimée en fonction de l’historique de la vaccination antigrippale et des antécédents de SAG chez les utilisateurs fréquents de soins de santé. Bien que l'EV semble diminuer avec l’augmentation du nombre de vaccinations précédentes, la vaccination antigrippale lors de la saison en cours offre probablement une protection contre le SAG, quels que soient les antécédents de vaccination, en particulier chez les enfants. Néanmoins, les antécédents de SAG pourraient atténuer l'effet négatif d'une vaccination antérieure sur l'EV, probablement en raison d’une immunité naturelle liée à l’infection grippale. Même si une vaccination antérieure peut atténuer l'EV de la saison en cours dans certaines circonstances, cet effet d'interférence est imprévisible et les antécédents de vaccination ou d'infection ne devraient pas influencer la décision de se faire vacciner contre la grippe. Jusqu'à ce que des vaccins antigrippaux universels efficaces soient disponibles et éliminent la nécessité d'une vaccination annuelle, la recommandation actuelle de la vaccination annuelle contre la grippe reste un bon moyen de se protéger et ainsi protéger les autres de l’infection et de ses complications, principalement pour les personnes à haut risque de complications. / Although a vaccine-preventable disease, influenza causes annually approximately 3 to 5 million cases of severe illness and about 290 000 to 650 000 deaths worldwide. To prevent the infection and its complications, influenza vaccination is recommended for all individuals 6 months and older. Annual vaccination is necessary because of continual antigenic changes of influenza viruses; hence, vaccine compositions are regularly updated. Consequently, vaccine effectiveness (VE) varies between seasons requiring ongoing measurement to assess the impact of seasonal influenza vaccination programs over time. Administrative healthcare databases are a rich source of information that could be leveraged to estimate real-world influenza VE. Recent studies have reported that immunologic response to influenza infection and vaccination may be altered by previous exposures. This thesis aimed to determine if administrative healthcare data provide accurate VE estimates and to evaluate the impact of repeated vaccination and previous infection on VE against medically attended influenza-like illness (MA-ILI). We first performed a systematic review of the literature to evaluate the impact of influenza vaccination to reduce outpatient visits for influenza-like illness (ILI), hospitalization for ILI, hospitalization for lab-confirmed influenza (LCI) and all-cause hospitalization. We identified that outcome specificity plays a crucial role in VE estimate and healthcare seeking behaviour can bias VE estimates if the propensity to seek care for ILI is influenced by vaccination status, but also if the ability to capture patients’ vaccination status and/or ILI is dependent on their propensity to seek care. Subsequently, we found that the incidence curves of influenza-related medical encounters, derived from clinical diagnostic codesspecific to influenza infection, were very similar to the United States (U.S.) Centers for Disease Control and Prevention (CDC) surveillance data for LCI; suggesting that it is more appropriate to use influenza case definition for specific surveillance rather than a broad ILI definition, when only clinical diagnostic codes are available for the evaluation of influenza. Then, the 2018-2019 influenza vaccine effectiveness against medically attended influenza-like illness (MA-ILI) was evaluated in a cohort of U.S. individuals who had at least one relevant record per year between 2015 and 2019 in their electronic medical record (EMR). Adjusted odds ratios (aORs) were derived from multivariate logistic regression models and adjusted VE (aVEs) were calculated using 100x(1-aORs). Estimated aVEs derived from administrative healthcare data were all lower than CDC-reported VE; results suggested that the secondary use of these administrative healthcare data led to an underestimation of influenza VE, likely due to detection and misclassification biases, correlated with healthcare seeking behaviour. When stratified by the number of primary care visits, aVE estimates and vaccine coverage increased with the number of primary care visits, reaching estimates similar to those obtained by the U.S. CDC and U.S. national vaccination coverage among those with at least 6 primary care visits in the previous 12 months. Results suggested that the secondary use of these administrative healthcare data cannot produce accurate influenza VE without comprehensive influenza vaccination and infection data. However, these databases have the potential to assess influenza VE in populations considered at high risk of complications following the infection, which is not easily achievable with active surveillance, as well as in populations with health conditions requiring constant medical follow-up since probabilities that vaccination and/or infection status are reported in administrative healthcare data increase with the number of contacts with the healthcare system. Finally, the 2018-2019 aVE against MA-ILI was estimated by previous vaccination status and previous history of MA-ILI in frequent healthcare users. Although VE appeared to decrease in relation to increasing numbers of previous influenza vaccinations, current season vaccination likely provides protection against MA-ILI regardless of vaccination history, especially in children. Nevertheless, previous MA-ILI could mitigate the negative effect of prior influenza vaccination on VE likely via infection-induced immunity. Even if prior influenza vaccination may attenuate current season VE in some circumstances, this interference effect is unpredictable and previous vaccination or infection history should not influence the decision to get vaccinated against influenza. Until effective universal influenza vaccines are available and eliminate the need for annual vaccination, the current recommendation for annual influenza vaccination remains important to protect ourselves and others from influenza infection and its complications, particularly in at-risk populations.

Problématique : La grippe est une maladie infectieuse virale survenant chaque année. Elle impose une énorme charge financière aux systèmes de santé et à la société dans son ensemble. L'estimation du coût associé au séjour à l'urgence est un processus complexe donnant des résultats incertains et imprécis. Objectif : Le but de cette étude est d'évaluer le coût moyen d'un séjour à l'urgence de patients ambulatoires (c.-à-d. ne requérant pas d'observation sur une civière d'urgence) présentant un syndrome d'allure grippale (SAG). Méthodologie : L'analyse de coûts que j'ai entrepris dans ce projet est basée sur une cohorte rétrospective de patients. Cette étude a été réalisée à partir des données du coût par parcours de soins et de services (CPSS) qui m'ont été fournies par la Direction de la performance clinique et organisationnelle du CHU de Québec - Université Laval. J'ai utilisé deux méthodes pour estimer les coûts des urgences : la méthode du CPSS et la méthode du coût des activités de soins en fonction de leur durée (CASD). L'analyse de coûts a suivi les recommandations de l'Agence canadienne des médicaments et des technologies de la santé. J'ai appliqué le test des rangs signés de Wilcoxon pour étudier la différence de la médiane des coûts du CASD et du CPSS. J'ai aussi tracé le graphique de Bland-Altman pour représenter et décrire visuellement la concordance entre les deux méthodes. Résultats : Le coût moyen d'une visite à l'urgence est de 103,03 $ selon la méthode CPSS alors que le coût moyen selon le CASD est de 31,54 $. La différence de coût entre le CPSS et le CASD varie entre 64,55 $ et 245,32 $, avec une différence moyenne de 71,49 $ et une différence médiane de 64,93 $ (valeur p du test des rangs signés de Wilcoxon < 0,0001). Le graphique de Bland-Altman montre que le coût moyen du CPSS est systématiquement supérieur au coût moyen du CASD. Conclusion : Nos résultats démontrent que le coût moyen de la visite aux urgences varie considérablement en fonction de la méthode de calcul des coûts utilisée. / Background: Influenza is an infectious viral disease that occurs every year. It imposes an enormous financial burden on health care systems and society as a whole. Estimating the cost associated with an emergency department (ED) visit is a complex process with uncertain and imprecise results. Objective: The purpose of this study is to estimate the average cost of an ED visit for ambulatory patients (i.e., not requiring observation on an emergency stretcher) with influenza-like illness. Methodology: The cost analysis that we undertook in this project is based on a retrospective cohort of patients. This study was conducted using cost per care and service pathway (CCSP) data provided to us by the Clinical and Organizational Performance Department of the CHU de Québec - Université Laval. We used two methods to estimate emergency department costs: the CCSP method and the Time-Driven Activity-Based Costing (TDABC) method. All costs were aggregated per patient and per resource as recommended by the Canadian Agency for Drugs and Technologies in Health. We applied the Wilcoxon signed-rank test to examine the difference in median TDABC and CCSP costs. The Bland-Altman plot was also used to visually represent and describe the concordance between the two methods. Results: The average cost of an ED visit was $103.03 using the CCSP method, and $31.54 using the TDABC. The cost difference between CCSP and TDABC varies between $64.55 and $245.32 with an average difference of $71.49 and a median difference of $64.93 (p-value for Wilcoxon signed-rank test <0.0001). The Bland-Altman plot shows that the average cost of the CCSP was systematically higher than the average cost of the TDABC. Conclusion: The average cost of an ED visit varied considerably depending on the costing method used.

Les travaux de recherche effectués dans le cadre de cette thèse ont été guidés par le manque d’information et une compréhension limitée des mécanismes épidémiologiques à l’origine de l’émergence et de la diffusion de la grippe aviaire hautement pathogène, souche H5N1 en Chine du Sud, aussi reconnue comme l’épicentre potentiel de l’émergence des virus influenza aviaires à caractères pandémiques. <p>Dans ce cadre, des données spatio-temporelles relatives aux foyers de la maladie ainsi que des données de surveillance virologiques (isolement du virus effectué dans le cadre du système de surveillance nationale) ont été collectées sur une période de quatre ans et analysées afin d’éxplorer les facteurs de risque relatifs à l’émergence et persistence de la maladie dans certaine zones de production du sud de la Chine. Les analyses ainsi effectuées ont permis d’identifier, à travers l’utilisation de méthodes statistiques robustes ayant fait leur preuve dans le domaine de la santé ou de l’écologie (la régression logistique classique et les arbres de regression logistique), des facteurs de risque liés à certains types de production de volailles (canards élevés en plein air, zones riches en eau et par extension associées à la riziculture) ou des facteurs associés à l’activité humaine. A travers une représentation cartographique des facteurs ainsi identifiés, des cartes de risque ont été produites permettant ainsi de visualiser d’une part les zones à haut risque de persistence de l’infection virale et d’autre part les zones vulnérables à l’apparition de foyers de la maladie, donnant aux autorités nationales la possibilité de mieux cibler leurs politiques de surveillance et de contrôle. <p>Dans un second temps, notre étude s’est portée sur les marchés à volailles traditionnels du sud de la Chine qui représentent un risque permanent de persistence, d’évolution et de diffusion des virus influenza aviaires, ainsi qu’un risque important en matière de santé publique. La dynamique de ces marchés et les liens qui les unissent ont été étudiés à travers des outils d’analyse empruntés à la sociologie tels que l’Analyse des Réseaux Sociaux (Social Network Analysis). Grace à cette approche, l’importance de l’hygiène de ces marchés et notamment du nettoyage et de la désinfection des cages dans la persistence du virus a été mise en évidence. Enfin, des enquêtes effectuées auprès des vendeurs de volailles ont permis d’identifier l’origine et la destination des animaux vendus et de reconstruire des réseaux plus ou moins intriqués de liens commerciaux qui unissent ces marchés entre eux dans trois provinces du sud de la Chine. L’analyse de ces réseaux et de leurs configurations ont permis d’identifier des marchés à plus haut risque de persistence de l’infection du fait de leur position centrale au sein de ces réseaux. De même qu’il est indispensable de cibler la surveillance et le contrôle de la maladie dans des zones écologiquement favorables à la persistence des virus influenza aviaires, cette étude révèle l’importance de certaines pratiques hygiéniques et commerciales dans la persistence de la maladie et la nécessité de cibler la surveillance et le contrôle au niveau de certains de ces marchés situés au centre d’un réseau dense et connecté, pour pouvoir in fine mieux contrôler la maladie au niveau national.<p> / Doctorat en Sciences agronomiques et ingénierie biologique / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Avant propos L'objectif de cette thèse est d'explorer l'inflammation et l'infection au niveau du transcriptome, à l'aide de la technologie des puces à ADN. Pour cela, nous avons dans un premier temps travaillé sur des données publiques. Nous avons construit une base de données de signatures transcriptionnelles annotées, et développé un logiciel modulaire d'analyse. Ce logiciel permet d'explorer aisément les données publiques en effectuant des recherches par nom de gène ou par mots-clés. Nous avons ensuite exploré la modulation temporelle de l'expression des gènes du parenchyme pulmonaire dans un modèle murin d'inflammation aiguë par injection d'acide oléique. Dans un second modèle murin d'infection par Coxiella burnetii, nous avons analysé le rôle du sexe dans la modulation de la réponse transcriptionnelle hépatique, et identifié des voies métaboliques impliquées dans le contrôle de l'infection. Dans un troisième modèle in-vitro d'infection par différentes souches du virus de la grippe, nous avons identifié une signature transcriptionnelle commune de réponse à l'infection. Par une approche bio-informatique originale, cette signature a conduit à l'identification de nouveaux anti-viraux à large spectre, dont l'efficacité a été démontrée in-vitro sur les souches utilisées pour l'analyse, et sur la souche H1N1, responsable de la dernière pandémie grippale. Enfin, nous avons analysé les modulations du transcriptome lors de pneumonies associées à la ventilation mécanique compliquant l'évolution de sujets traumatisés graves admis en réanimation.