Rationnel : La pandémie de grippe A(H1N1)pdm09 a induit un grand nombre d’hospitalisation d’enfants en soins intensifs pédiatriques (SIP). L’objectif de cette étude a été de comparer l’incidence et la mortalité des enfants admis en SIP durant l’automne 2009 entre le Canada et la France, deux pays qui diffèrent essentiellement par l’immunisation de la population contre ce virus (première vague en été et taux de couverture vaccinale supérieur à 50% au Canada ; pas de vague estivale et couverture vaccinale de 18% en France). Méthodes : Nous avons comparé deux cohortes nationales qui ont inclue tous les patients avec une infection A(H1N1)pdm09 documentée, admis en SIP au Canada et en France entre le 1er Octobre 2009 et le 31 janvier 2010. Résultats : Au Canada, 160 enfants (incidence=2,63/100000 enfants) en 6 semaines ont été hospitalisés en SIP comparé aux 125 enfants (incidence=1,15/100000 enfants) en 11 semaines en France (p<0,001). Le taux de vaccination avant l’admission était inférieur à 25% parmi les enfants en situation critique dans les deux pays. La gravité à l’admission en SIP et le taux de mortalité ont été similaires au Canada et en France (4,4% en France vs 6,5% au Canada, p=0,45, respectivement). Au Canada, la vaccination contre le virus H1N1pdm09 a été associée avec une diminution du recours à la ventilation invasive (Odd Ratio 0.30, intervalle de confiance à 95% [0,11-0,83], p=0,02). Au Canada comparé à la France, les durées médianes de séjour en SIP et de ventilation invasive ont été plus courtes (2,9 vs 3 jours, p=0,03 et 4 vs 6 jours, p=0,02, respectivement). Conclusion : Les enfants canadiens et français critiquement malades ont été beaucoup moins nombreux à recevoir le vaccin contre le virus influenza A (H1N1)pdm09 en comparaison avec l’ensemble des enfants dans ces deux populations. Au Canada, où la couverture vaccinale a été élevée, le risque d’avoir une détresse respiratoire sévère était moins important parmi les enfants en situation critique ayant été vaccinés avant l’admission. / Background: The pandemic influenza A (H1N1)pdm09 resulted in a large number of admissions to pediatric intensive care units (PICUs). The objective of the study was to compare the incidence and mortality rate of children admitted to PICU in autumn 2009 between France and Canada, two countries that essentially differed by their population immunization to this virus (first pandemic wave in summer and vaccine coverage >50% in Canada; no wave in summer and vaccine coverage of 18% in France). Methods: We compared two national cohorts that included all patients with documented H1N1pdm09 infection, admitted to a PICU in Canada and in France between October 1st 2009 and January 31st 2010. Results: In Canada, 160 children (incidence=2.63/100,000 children) in 6 weeks were hospitalized in PICU compared to 125 children (incidence=1.15/100,000) in 11 weeks in France (p<0.001). Prior vaccination was under 25% among critically ill children in both countries. Severity of illness at PICU admission and mortality rates were similar in Canada and France (6.5%, vs 4.4 p=0.45, respectively). In Canada, H1N1pdm09 vaccination was associated with a decreased risk of requiring invasive ventilation (Odd Ratio 0.30, 95%Confidence Interval 0.11-0.83, p=0.02). In Canada as compared to France, median PICU length of stay and invasive ventilation durations were shorter (2.9 vs 3 days, p=0.03 and 4 vs 6 days, p=0.02, respectively). Conclusion: Critically ill Canadian and French children were much less likely to have received prior vaccination against influenza A (H1N1) pdm09 in comparison to all children in the populations. In Canada, where vaccination rate was higher, the risk of severe respiratory failure was less among those critically ill children receiving prior vaccination.

Influenza A besitzt ein segmentiertes, achtsträngiges Genom in negativer Orientierung. Die einzelnen Segmente sind in virale Ribonukleoproteinkomplexe (vRNPs) verpackt. Genomische Segmentierung erlaubt es Influenza, zwischen verschiedenen Stämmen Reassortierung zu betreiben, was zur Entstehung von hochgradig virulenten und potentiell pandemischen neuen Stämmen führen kann. Die Existenz eines Packungsmechanismus wird vermutet, der sicherstellt dass exakt ein Segment jeden Typs in neu knospende Viren verpackt wird. Es gibt Indizien dafür, dass die vRNPs während ihres Wegs vom Nukleus zur Plasmamembran, wo die Knospung stattfindet, Multi-Segment-Komplexe ausbilden, die durch RNA-RNA-Interaktionen, sog. Packungssignale vermittelt werden. Dieser Prozess ist allerdings noch nicht hinreichend verstanden. In dieser Arbeit wurde eine neue RNA-FISH-Methode namens MuSeq-FISH entwickelt und angewendet, um die spektralen Limitierungen bisheriger Multiplexing-Ansätze zu überwinden und alle vRNA- und mRNA-Spezies vom humanen Stamm A/Panama des Influenza A Virus zu visualisieren. Außerdem wurde ein automatisierter Arbeitsablauf zur Registrierung/Ausrichtung, Punktdetektion, computergestützter Kolokalisationsanalyse und kombinatorischer Analyse der Mikroskopiebilder entwickelt, der auch große Datenmengen verarbeiten kann. Erstmalig wurde damit eine vollständige Kartographierung der Lokalisation und Häufigkeiten alle viralen RNAs in einzelnen Zellen vorgenommen. Aus diesen Daten konnten wir Erkenntnisse zu den Mechanismen und möglichen Hierarchien innerhalb des Packungsprozesses gewinnen. Dazu wurden Reaktionspfade und statistische Analysen von über 60 einzelnen Zellen und mehr als 105 einzelner vRNPs herangezogen. Es wurden auch Informationen über die vRNP-Häufigkeiten und deren Unterschiede zwischen Einzelzellen gewonnen, die zeigen dass sich Infektionsumgebungen auch in großer räumlicher Nähe stark unterscheiden und dadurch den Verpackungsmechanismus beeinflussen können. Weiterhin wurde eine Modellierung basierend auf bedingten Wahrscheinlichkeiten genutzt, um Reaktionskonstanten aus statischen FISH-Daten zu erhalten. Wir haben unsere Analysen zusätzlich auf den aviären Stamm A/Mallard und die reassortanten Stämme A/Pan-M, A/Pan-NS und A/Pan-NSM erweitert, die ein gemischtes Genom aus A/Panama und A/Mallard enthalten. Dabei konnte gezeigt werden, dass sich die Packungsdynamiken und -netzwerke auch zwischen nah verwandten Stämmen erheblich unterscheiden. Heterogene Verpackungsprozesse wurden für diese Stämme observiert, anhand welcher A/Pan-M und A/Pan-NS eher A/Mallard zugeordnet werden konnten. Ebenfalls wurden erste Schritte unternommen, um die Methode in verschiedener Hinsicht zu erweitern: es zeigte sich, dass MuSeq-FISH und STED-Mikroskopie im Prinzip kombinierbar sind, was auch durch gleichzeitige Detektion von drei vRNA-Segmenten gezeigt werden konnte. MuSeq-FISH wurde auch genutzt, um einzelne Virionen direkt nach deren Eintritt in die Zelle zu färben und auf deren genomischen Inhalt hin zu untersuchen. Dabei fiel auf, dass die Segmente 7 und 8 besonders häufig fehlten, wenn unvollständige Genome detektiert wurden. Außerdem wurde ein Plasmidsystem auf Basis des pHW2000-Vektors für fast alle Segmente von A/Panama umkloniert, welches nun die Expression von mRNA ohne die gleichzeitige Expression von vRNA ermöglicht. In einem ersten Experiment konnte die Funktionalität des Systems gezeigt werden, so dass es potentiell in Transfektionsexperimenten die Untersuchung vom Packungsmechanismus ermöglichen kann, und zwar unter infektionsähnlichen Bedingungen mit beliebig kombinierbaren vRNA-Sets. Wir erwarten, dass MuSeq-FISH zusammen mit dem automatisierten Arbeitsablauf auch eine nützliche Methode für andere biologische Fragestellungen darstellen wird, besonders wenn es um hochgradig kolokalisierte Untersuchungsobjekte geht. Fundiertes Wissen über den Packungsmechanismus von Influenzaviren kann helfen, die Entstehung von pandemischen Stämmen besser zu verstehen und kann Möglichkeiten aufzeigen, neue antivirale Medikamente zu entwickeln. / Influenza A has a segmented genome of eight single-stranded, negative-sense RNAs packed into ribonucleoproteins (vRNPs). This segmentation allows reassortment between different strains with the potential to create highly virulent, pandemic new strains. A packaging mechanism is supposed, ensuring the incorporation of one copy of each segment species into budding virions. En route from the nucleus to budding at the plasma membrane, the vRNPs are thought to form multisegment complexes via RNA-RNA and RNP-RNP interactions called packaging signals. This process is not yet completely understood. Here, a new RNA-FISH method (MuSeq-FISH) was introduced to overcome the spectral limits of multiplexing in order to visualize all IAV vRNA and mRNA targets of the human strain A/Panama. An image processing pipeline including image registration, spot detection, automated colocalization analysis and combinatorial analysis was developed, capable of high data throughput. For the first time, a complete map of the localization and abundance of all viral RNAs in individual cells has been generated. This data enabled detailed investigations about the mechanisms and potential hierarchies within the packaging process, which were inferred from pathways and statistical analysis of over 60 individual cells with more than 105 vRNP occurrences. We also gained information about the abundance and cell-to-cell heterogeneity of vRNPs among large sets of infected cells, unravelling that infection environments even in neighboring cells differ strongly in segment composition with an impact on packaging. In addition, conditional probability modelling was conducted to infer reaction constants from inherently static FISH data. We have extended this analysis to the avian strain A/Mallard and the reassortant strains A/Pan-M, A/Pan-NS and A/Pan-NSM, which contain reassorted genomes of A/Panama and A/Mallard. Here we have shown that packaging dynamics and networks differ widely, even among closely related strains. Packaging processes in these strains seemed to be very diverse, however we found A/Pan-M and A/Pan-NS to more closely resemble A/Mallard in terms of packaging. First steps have been taken to extend the method into different directions: combi- nation of MuSeq-FISH with STED imaging is in principle possible and has been applied for simultaneous detection of three vRNA species. MuSeq-FISH was also applied to single IAV virions directly after cell entry in order to study their genome content, where we found segments 7 and 8 to be lacking most frequently. In addition, a system of pHW2000-based plasmids expressing only mRNA has been created for almost all A/Panama segments. The functionality of this system was shown in a proof of concept, so that its use in transfection experiments can serve as a potential instrument to investigate vRNP packaging in artificial infection-like conditions with reduced vRNAs sets of choice. MuSeq-FISH together with its image analysis pipeline will be a useful tool also for other biological questions, especially concerning high-grade colocalization. Further understanding of the vRNP packaging in influenza can help us to understand the emergence of pandemic strains and open up paths to new antiviral medication.

Les cellules dendritiques (DCs) détectent les particules virales et présentent les antigènes viraux afin d’organiser la réponse immunitaire. La réplication virale dans les DCs induit une réponse immune cytosolique. Comment les DCs tolèrent les virus afin de maintenir leur intégrité fonctionnelle est inconnu. Les DCs sont organisées en sous-populations distinctes d’un point de vue ontogénique. Nous avons observé que le virus du VIH et de la grippe infectaient préférentiellement les DCs CD1c+ par rapport au DCs CD141+ et aux pDCs. La réplication de ces virus au sein des DCs CD1c+ est essentielle afin d’établir une activation efficace des lymphocytes T CD8+ et d’assurer une détection cytosolique. Les DCs CD141+ et les pDCs, quant à elles, répondent aux virus exogènes. L’étape de fusion virale virale est constitutivement réduite dans les DCs CD141+ et les pDCs en comparaison des DCs CD1c+. La petite GTPase RAB15 est exprimée sélectivement dans les DCs CD141+ et les pDCs et contribue à la résistance de ces deux sous-populations de DCs au VIH et à la grippe. La résistance sélective des sous-populations de DC à l’infection virale pourrait représenter un mécanisme de tolérance afin d’augmenter la réponse antivirale. / Dendritic cells (DCs) sense viral particles and present viral antigens to induce immune responses. Viruses also replicate in DCs, engaging cytosolic immune responses. How DCs tolerate viruses to ensure functional integrity is unknown. DCs are developmentally organized in distinct subsets. We find that HIV and influenza preferentially infect CD1c+ DCs over CD141+ DCs and pDCs. Replication in CD1c+ DCs was essential for efficient CD8+ T cell activation and cytosolic sensing, while CD141+ DCs and pDCs responded to exogenous virus. Viral fusion was constitutively reduced in CD141+ and pDCs compared to CD1c+ DCs. The small GTPase RAB15 expressed selectively in CD141+ and pDCs contributed to the resistance. Selective resistance of DC subset to viral infections may thus represent a tolerance mechanism to maximize antiviral responses.

La grippe est une infection respiratoire responsable de complications respiratoires ou neurologiques nécessitant une prise en charge rapide et adaptée. L’émergence des technologies de séquençage à haut débit (NGS) permet l’étude des communautés microbiennes résidentes ainsi qu’une étude approfondie du génome des pathogènes impliqués. Cette thèse a pour objectif de caractériser le microbiome respiratoire et la diversité génomique virale des patients infectés par les virus grippaux, en corrélant les données clinicobiologiques recueillies. Après recueil des prélèvements respiratoires d’enfants hospitalisés entre 2010 et 2014, le séquençage de leur microbiome respiratoire a mis en évidence une augmentation de la diversité microbienne ainsi qu’une signature microbienne différentielle entre formes cliniques. Une répartition différentielle de taxons (OTU) permet la prédiction de complications chez les enfants infectés. L’étude d’échantillons respiratoires de patients adultes permettra de compléter la signature prédictive. Après validation des processus analytiques et bioinformatiques par reconstitution artificielles de quasi espèces et recueil de 125 prélèvements cliniques respiratoires, le séquençage du génome entier par NGS des virus grippaux permet de différencier les diversités initiales en fonction de la nature du virus infectant et de la complication. En comparaison du prélèvement initial précoce les échantillons prélevés successivement mettent en évidence une diversification différentielle entre les différents segments des virus grippaux infectant les patients, que ce soit chez les patients immunocompétents ou chez un patient immunodéprimé à l’excrétion prolongé / Influenza is a respiratory infection responsible for respiratory or neurological complications and require rapid and adapted management. The emergence of next-generation sequencing (NGS) allows the study of resident microbial communities as well as an in-depth study of the genome of the pathogens. This thesis aimed to characterize the respiratory microbiome and the viral genomic diversity of influenza virus infected patients, correlating these data to the collected clinical data. After sampling of respiratory specimens from hospitalized children between 2010 and 2014, the sequencing of their respiratory microbiome revealed an increase in microbial diversity and a differential microbial signature between clinical forms. A differential taxon distribution (OTU) allows the prediction of complications in infected children. The study of adult respiratory samples will complete the predictive signature.After validation of the analytical and bioinformatic processes by artificial reconstitution of quasi-species and collection of 125 respiratory clinical specimens, the sequencing of the whole genome by NGS of the influenza viruses allow to differentiate the initial diversities according to the nature of the infecting virus and the complication. Compared to early samples, specimen sampled successively show a differential diversification between the different segments of influenza viruses, whether in immunocompetent patients or in an immunocompromised patient with prolonged excretion

Le virus de la grippe est un virus à ARN négatif appartenant à la famille des Orthomyxoviridae qui se compose de 7 membres dont les virus influenza A, B, C et D. Le génome viral comprend 7 à 8 particules ribonucléoprotéiques (RNP) au sein desquelles l’ARN viral (ARNv) est recouvert de multiples copies de nucléoprotéines (NP) et est associé à l’ARN polymérase virale via ses extrémités 3’ et 5’. Au cours de ce travail de thèse, nous nous sommes tout d’abord focalisés sur l’étude biochimique de NP A et NP B et avons pu mettre en évidence des comportements différents en ce qui concerne leurs propriétés d’oligomérisation en présence ou en absence d’ARN et en fonction de la concentration en sel. Pour la première fois nous avons pu observer une structure similaire aux RNP mais reconstituée uniquement à partir de NP A et d’un ARN de 12 nucléotides. Nous avons pu formuler l’hypothèse que 12 nucléotides de l’ARN serait fixés à la NP avec une forte affinité tandis que le reste de l’ARN fixerait la NP avec une affinité beaucoup plus faible. En parallèle nous avons résolu la structure cristallographique de la nucléoprotéine de la grippe de type D et réaliser la caractérisation de son interaction avec l’importine-α7 humaine. Enfin nous avons étudié la fixation de l’ARN sur NP D et mis en évidence l’importance de l’extrémité C-terminale dans le processus de fixation à l’ARN. Ces informations ont permis de formuler de nouvelles hypothèses quant au fonctionnement du virus de la grippe et permettre d’inscrire ce projet de thèse dans une dynamique globale de lutte contre ce virus. / Influenza virus is a negative RNA virus belongs to the Orthomyxoviridae family which consists of 7 members including influenza viruses A, B, C and D. The viral genome comprises 7 to 8 ribonucleoprotein particles (RNP) in which the viral RNA (vRNA) is coated with multiple copies of nucleoproteins (NP) and is associated with the viral RNA polymerase by its 3 'and 5' ends. In this thesis, we first focused on the biochemical study of NP A and NP B and we demonstrate that there are different behaviors with regard to their oligomerization properties in the presence or absence of RNA and as a function of the salt concentration. For the first time we were able to observe a structure very similar to RNP which was reconstituted only from NP A and a 12 nucleotide RNA. Thus, we formulate the hypothesis that 12 nucleotides of the RNA would bind NP with a very strong affinity while the rest of the RNA would bind NP with a lower affinity. In parallel, we solved the crystallographic structure of the nucleoprotein of influenza D virus and we characterized its interaction with human importin-α7. Finally, we studied the binding of RNA on NP D and we demonstrated the importance of the C-terminal end in the RNA binding process. This thesis project made it possible to formulate new hypotheses concerning the functioning of the influenza virus and to include this thesis project in a global dynamic of combating the influenza virus.

Longtemps décrit comme un simple tissu de réserve énergétique, le tissu adipeux blanc est, depuis l’identification de la leptine en 1994, considéré comme un véritable organe endocrine. En effet, ce tissu secrète de nombreuses hormones et cytokines agissant de manière paracrine et endocrine pour contrôler le métabolisme énergétique. Par ailleurs, en plus des préadipocytes et des adipocytes, le tissu adipeux blanc contient également des cellules immunes innées et adaptatives ; lui conférant ainsi un rôle important dans le développement et le contrôle de l’immunité. Cependant, le rôle joué par le tissu adipeux blanc dans les infections - notamment pulmonaires - reste encore peu étudié. C’est dans ce cadre général que s’est inscrit ce travail de Thèse. La susceptibilité accrue des individus obèses (expansion du tissu adipeux blanc) à l’infection par le virus de la grippe (influenza) est largement étayée dans la littérature. Nous avons évalué l’impact de l’infection par le virus influenza sur le tissu adipeux blanc, chez des souris minces et des souris obèses. Nos résultats montrent que, de manière inattendue, le virus est détecté dans les tissus adipeux, sous-cutané (inguinal) et viscéral (périgonadique), de souris infectées par voie intra-nasale (détection du génome viral par RT-qPCR). La présence de virus dans le tissu adipeux est associée à l’augmentation de la sécrétion de cytokines pro- et anti-inflammatoires, à la diminution de l’expression de gènes impliqués dans la lipolyse et la lipogénèse, et à l’augmentation de l’expression des gènes impliqués dans l’induction d’une réponse immune anti-virale. De manière intéressante, l’infection par le virus influenza est associée au brunissement du tissu adipeux sous-cutané chez les souris minces. Chez les souris obèses, l’infection par le virus de la grippe n’induit pas l’effet dépôt spécifique observé chez la souris mince et ne montre pas de brûnissement au niveau du tissu adipeux sous-cutané 7 jours p.i. In vitro, nous montrons que le virus influenza peut infecter les préadipocytes et les adipocytes (lignée murine et cellules primaires humaines). Cependant, alors que le virus effectue la totalité de son cycle dans l’adipocyte, le préadipocyte libère très peu, voire pas, de nouveaux virions infectieux (PCR, transcriptomique, technique de plages de lyse, microscopie confocale et électronique). Ainsi nos résultats, très originaux, identifient le tissu adipeux blanc comme un nouveau tissu cible de l’infection par le virus de la grippe, in vivo. Au sein de ce tissu, les préadipocytes et les adipocytes sont potentiellement infectés par le virus, comme le montrent nos données in vitro, les adipocytes seuls permettant la production de nouvelles particules infectieuses.Contrairement à l’infection grippale, les données épidémiologiques et/ou expérimentales concernant la susceptibilité des obèses à l’infection par la bactérie Streptococcus pneumoniae sont contradictoires, du fait de l’utilisation de différents modèles d’obésité d’origine génétique et de sérotypes de pneumocoques. Dans ce projet, nous avons utilisé un modèle d’obésité d’origine nutritionnelle ; le modèle de souris nourries par un régime enrichi en lipides. Nous montrons que les souris obèses infectées (sérotype Sp1) développent un syndrome de type méningite, mortel, tandis que les souris minces contrôlent l’infection. Si les réponses pulmonaires à l’infection sont comparables entre les souris minces et obèses (dénombrement des colonies bactériennes, histologie, PCR, ELISA, cytométrie en flux), le nombre de bactéries dans le cerveau est significativement plus élevé chez les souris obèses, associé à une altération de la perméabilité de la barrière hématoencéphalique [...] / Since the identification of leptin in 1994, the white adipose tissue (WAT) is no longer considered to solely be an inert tissue storing fat. As an endocrine organ, the adipose tissue synthesizes and secretes several hormones and cytokines involved in the control of whole-body metabolism. In addition, besides preadipocytes and adipocytes, WAT also contains innate and adaptive immune cells; thereby contributing to the development and control of immunity. However, the role played by the adipose tissue during infections - notably during pulmonary infections, such as those resulting from influenza virus or Streptococcus pneumoniae infections - has barely been investigated. This defines the general scope of this work. Epidemiological and experimental data convincingly report that obese individuals are more susceptible to influenza infection. During this project, we therefore questioned whether influenza infection may impact on adipose tissues, both subcutaneous (inguinal, SCAT) and visceral (perigonadal, EWAT) depots, in lean and high-fat diet-induced obese mice. We unexpectedly showed that influenza virus is detected in SCAT and EWAT (quantification of the viral genome by RtqPCR) and that this was associated with drastic changes in the tissue such as: increased secretion of pro- and anti-inflammatory cytokines, decreased expression of genes involved in lipogenesis and lipolysis, as well as increased expression of genes related to the induction of anti-viral immunity. Interestingly enough, influenza infection was associated with the development of brown-like adipocytes in the SCAT, only in lean animals. Moreover, we demonstrated in vitro that preadipocytes and adipocytes (murine cell-line and human primary cells) are permissive to infection, yet with different outcomes. Indeed, only adipocytes allowed the release of new infectious particles (RtqPCR, transcriptomics, quantification of infectious particules on MDCK cells, confocal and transmission electron microscopy). Altogether, our findings revealed, for the first time, that the white adipose tissue, an organ at the crossroads of metabolism and immunity, is deeply affected by influenza infection and might thus be undervalued in influenza pathophysiology.In opposite to influenza infection, the impact of obesity on the outcome of Streptococcus pneumoniae (S.p.) infection remains uncertain, due to the different models (genetically-based obesity, and bacterial strains) used. During this work, we investigated S. pneumoniae (Sp1 strain, sublethal dose) infection in lean and high-fat diet-induced obese mice. We showed that obese mice died from sublethal S. pneumoniae infection, compared to lean animals. The increased mortality induced by infection did not result from impaired pulmonary response but rather from the development of a meningitis-like syndrom likely resulting from an increased bacterial dissemination through the bloodbrain barrier into the brain. We propose that the model of dietary obesity induced by consumption of fat-enriched diet, may be envisaged as a novel and valuable experimental model of memingitis to study Streptococcus pneumoniae travel through the blood-brain barrier and the subsequent immune consequences.

Le virus de la grippe est un virus à ARN négatif de la famille des Orthomyxoviridae et représente l'un des rares virus à ARN à se répliquer dans le noyau. Les particules ribonucléoprotéiques (RNP) contiennent l'ARN viral protégé par les nucléoprotéines (NP) et associé à l'ARN polymérase virale (sous-unités PB1, PB2 et PA). Nous avons étudié, par des techniques de biochimie et de biophysique, l'interaction de la nucléoprotéine non seulement avec l'ARN viral mais aussi avec son transporteur nucléaire humain, l'importine alpha 5. D'autre part, nous avons résolu la structure cristallographique d'un domaine de la polymérase (PB2) en complexe avec l'importine alpha 5. L'ensemble des résultats obtenus nous permet de mieux comprendre les interactions mises en jeu entre protéines virales et protéines de l'hôte et ainsi de comprendre pourquoi certains acides aminés présents dans le virus aviaire augmentent la virulence de la grippe chez l'humain.

L'objectif principal de cette thèse était de définir un ensemble d'outils méhodologiques pour décrire et étudier la dynamique de la grippe et les paramètres de l'hitsoire naturelle. La cinétique virale (VK) de la grippe est utilisé pour représenter l'infectiosité, qui est la capacité à transmettre l'infection, alors que l'histoire naturele est décrite par la dynamique des symptômes (SD). Nous avons développé un modèle de cinétique virale/dynamique des symptômes (VKSD) basé sur approche de population. Notre modèle prolonge des travaux précédents en incluant la réponse immunitaire innée et en apportant des estimations réalistes des paramètres de l'infection et de la maladie, en prenant en compte la variabilité interindividuelle. Le choix d'un protocole d'étude est crucial pour estimer précisement les paramètres du modèle. Dans ce but nous avons optimisé un ensemble de protocoles afin qu'ils soient économiques et faciles à mettre en place pour aider à la mise en place de futures études. Enfin, nous avons réalisé une étude in silico pour étudier les effets des inhibiteurs de neuraminidases sur l'infection grippale et la maladie ainsi que sur l'émergence de virus résistants. Nous avons exploré l'efficacité de l'oseltamivir pour différentes posologies, chez des sujets sains ou immunodéficients et pour différentes dates de début de traitement. Nous avons identifié les situations pour lesquelles le traitement entraîne un équilibre efficacité/faible émergence de virus résistant. Cette thèse souligne l'importance d'acquérir des connaissance sur la dynamique de l'infection grippale afin de faire face aux épidémies/pandémies et d'en atténuer l'impact

Rationnel : La pandémie de grippe A(H1N1)pdm09 a induit un grand nombre d’hospitalisation d’enfants en soins intensifs pédiatriques (SIP). L’objectif de cette étude a été de comparer l’incidence et la mortalité des enfants admis en SIP durant l’automne 2009 entre le Canada et la France, deux pays qui diffèrent essentiellement par l’immunisation de la population contre ce virus (première vague en été et taux de couverture vaccinale supérieur à 50% au Canada ; pas de vague estivale et couverture vaccinale de 18% en France). Méthodes : Nous avons comparé deux cohortes nationales qui ont inclue tous les patients avec une infection A(H1N1)pdm09 documentée, admis en SIP au Canada et en France entre le 1er Octobre 2009 et le 31 janvier 2010. Résultats : Au Canada, 160 enfants (incidence=2,63/100000 enfants) en 6 semaines ont été hospitalisés en SIP comparé aux 125 enfants (incidence=1,15/100000 enfants) en 11 semaines en France (p<0,001). Le taux de vaccination avant l’admission était inférieur à 25% parmi les enfants en situation critique dans les deux pays. La gravité à l’admission en SIP et le taux de mortalité ont été similaires au Canada et en France (4,4% en France vs 6,5% au Canada, p=0,45, respectivement). Au Canada, la vaccination contre le virus H1N1pdm09 a été associée avec une diminution du recours à la ventilation invasive (Odd Ratio 0.30, intervalle de confiance à 95% [0,11-0,83], p=0,02). Au Canada comparé à la France, les durées médianes de séjour en SIP et de ventilation invasive ont été plus courtes (2,9 vs 3 jours, p=0,03 et 4 vs 6 jours, p=0,02, respectivement). Conclusion : Les enfants canadiens et français critiquement malades ont été beaucoup moins nombreux à recevoir le vaccin contre le virus influenza A (H1N1)pdm09 en comparaison avec l’ensemble des enfants dans ces deux populations. Au Canada, où la couverture vaccinale a été élevée, le risque d’avoir une détresse respiratoire sévère était moins important parmi les enfants en situation critique ayant été vaccinés avant l’admission. / Background: The pandemic influenza A (H1N1)pdm09 resulted in a large number of admissions to pediatric intensive care units (PICUs). The objective of the study was to compare the incidence and mortality rate of children admitted to PICU in autumn 2009 between France and Canada, two countries that essentially differed by their population immunization to this virus (first pandemic wave in summer and vaccine coverage >50% in Canada; no wave in summer and vaccine coverage of 18% in France). Methods: We compared two national cohorts that included all patients with documented H1N1pdm09 infection, admitted to a PICU in Canada and in France between October 1st 2009 and January 31st 2010. Results: In Canada, 160 children (incidence=2.63/100,000 children) in 6 weeks were hospitalized in PICU compared to 125 children (incidence=1.15/100,000) in 11 weeks in France (p<0.001). Prior vaccination was under 25% among critically ill children in both countries. Severity of illness at PICU admission and mortality rates were similar in Canada and France (6.5%, vs 4.4 p=0.45, respectively). In Canada, H1N1pdm09 vaccination was associated with a decreased risk of requiring invasive ventilation (Odd Ratio 0.30, 95%Confidence Interval 0.11-0.83, p=0.02). In Canada as compared to France, median PICU length of stay and invasive ventilation durations were shorter (2.9 vs 3 days, p=0.03 and 4 vs 6 days, p=0.02, respectively). Conclusion: Critically ill Canadian and French children were much less likely to have received prior vaccination against influenza A (H1N1) pdm09 in comparison to all children in the populations. In Canada, where vaccination rate was higher, the risk of severe respiratory failure was less among those critically ill children receiving prior vaccination.

Introduction En juin 2009, l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) a déclaré l’état de pandémie pour le nouveau virus influenza A(H1N1). Malgré les recommandations des autorités de santé publique, lors de la mise en place de la campagne de vaccination de masse au Québec contre ce virus pandémique, certains groupes de la population ont été plus enclins à être vaccinés que d’autres groupes. Ceci souligne l’importance des déterminants psychosociaux du comportement humain, sujet qui a donné cadre à notre étude. Objectifs Le but de cette étude a été de documenter les attitudes, les connaissances et les influences sociales des parents dont les enfants fréquentent des services de garde éducatifs (SGE) vis-à-vis la vaccination contre la pandémie ainsi que la couverture vaccinale. Méthodologie Un questionnaire auto-administré et anonyme basé sur la théorie des comportements interpersonnels de Triandis a été distribué aux parents d’enfants âgés de 0-59 mois de neuf centres de la petite enfance sur l’île de Montréal. Résultats Le taux de réponse de l’enquête a été de 32,0% (N=185). Le taux de vaccination des enfants s’est retrouvé à 83,4%; ceci représente une couverture plus élevée que la moyenne régionale et nationale. Toutefois, à une question sur l’intention des parents face à une autre pandémie, seuls 46% des parents feraient vacciner leur enfant. Les facteurs les plus significatifs associés à la vaccination de leur enfant ont été les croyances personnelles positives, de bonnes habitudes vaccinales et l’influence des média, tous mesurés par plusieurs indicateurs (RC respectifs de 7,7, 3,1 et 4,2, p<0,05). Conclusion Pour la grippe A(H1N1), plusieurs facteurs contextuels ont joué en faveur des taux de vaccination acceptables chez les enfants. Toutefois, la mise en place d’une campagne de la vaccination par les instances gouvernementales et de santé publique en utilisant divers média pourraient contribuer à un taux de vaccination encore plus élevé en cas d’épidémie ou de pandémie. / Background In June 2009, the World Health Organization (WHO) declared the 2009 A(H1N1) swine flu a pandemic. Despite the recommandations from public health authorities when setting up the mass immunization campaign in Quebec against the influenza A(H1N1), some population groups were more likely to be vaccinated than others. This underlines the importance of psychosocial determinants of human behaviour, which gave a framework for our study. Objectives The aim of this study was to document the attitudes, knowledge and social influences of parents whose children attend early childhood centers (ECC) regarding the vaccination against the pandemic and its coverage. Methods A self-administered and anonymous questionnaire based on the theory of reasoned action of Triandis was distributed to parents of children aged 0-59 months in nine childcare centers on the island of Montreal. Results The response rate of the survey was 32.0% (N=185). The vaccination uptake for children was 84%; this represents a higher coverage than the average regional and national levels. However, only 46% of the parents said that they would vaccinate their child again if a new flu pandemic was being declared by the World Health Organization. The most significant factors associated with vaccination uptake were positive personal beliefs, getting seasonal flu vaccines and the influence of media, all measured by several indicators (respective odds ratio 7,7, 3,1 and 4,2, p<0,05). Conclusion Several contextual factors played in favour of acceptable vaccination rates among children. However, the establishment of a campaign of vaccination by government authorities and public health agencies while using various media to spread information could contribute to higher vaccination rates in a future case of epidemic or pandemic.