Foram incluídos no estudo 525 casos de fungemia causadas por Candida spp, Cryptocossus spp, Trichosporon spp, Rhodotorula spp, Histoplasma capsulatum, Saccharomyces cerevisiae e Pseudozyma aphidis, que constam nos arquivos do Laboratório de Micologia, Santa Casa-Complexo Hospitalar, Porto Alegre (RS) num período de 13 anos (1994-2007). Aspectos demográficos, doenças de base e fatores associadas aos episódios de fungemia foram estudados. Assim como, os agentes etiológicos e a mortalidade global entre os pacientes com fungemia. Os 525 casos foram classificados da seguinte maneira: candidemia (413/78,6%), subdivididos em: Candida albicans (151/36,5%), C. parapsilosis (91/22%), C. tropicalis (65/15,7%), C. glabrata (27/6,5%), C. pelliculosa (18/4,3%), C. guilliermondii (18/4,3%), C. humicola (7/1,7%), C. krusei (7/1,7%), C. famata (5/1,2%), C. lusitaniae (4/0,9%), C. sake (4/0,9%), C. lipolytica (3/0,7%), C. globosa (3/0,7%), C. intermedia (2/0,5%), C. kefyr (1/0,24%), C. colliculosa (1/0,24%) e Candida sp (8/1,9%); criptocococemia (77/14,6%), subdivididos em: Cryptococcus neoformans (72/93,5%), C. gattii (3/3,9%), C. laurentii (1/1,3%), Cryptococcus sp (1/1,3%); Histoplasma capsulatum (21/4%);Trichosporon spp (9/1,5%) subdivididos em: T. asahii (8/89%), T. mucoides (1/11%); Rhodotorula spp (5/0,9%) subdivididos, Rhodotorula sp (4/80%), R. mucilaginosa (1/20%); Saccharomyces cerevisiae (1/0,2%); Pseudozyma aphidis (1/0,2%)O sexo masculino foi o mais prevalente (288/55%), porém sem significância estatística, a idade variou de 12 dias à 97 anos, com uma mediana de 39,64 anos. A mortalidade nestes pacientes variou entre 22% e 52%. As doenças de base mais frequente foram câncer e Aids. Febre foi o sinal mais frequente. x Neste contexto, a fungemia deve ser incluída no diagnóstico diferencial destes pacientes com febre de origem desconhecida e prolongada. Utilizando-se de técnicas laboratoriais específicas para o diagnóstico etiológico. / We reviewd 525 cases of fungemia caused by Candida spp, Cryptocossus spp, Trichosporon spp, Rhodotorula spp, Histoplasma capsulatum, Saccharomyces cerevisiae and Pseudozyma aphidis. They have all been part of the files of the Mycology Laboratory at Santa Casa Hospital Complex in Porto Alegre (RS), during a thirteen-year period (1994 - 2007). Demographic aspects, underlying diseases and factors associated with the fungemia episodes were studied, as well as the etiologic agents and the global mortality among the patients having fungemia. The 525 cases included in the study were classified according to the following: candidemia (413/78,6%), subdivided in: Candida albicans (151/36,5%), C. parapsilosis (91/22%), C. tropicalis (65/15,7%), C glabrata (27/6,5%), C. pelliculosa (18/4,3%), C.guilliermondii (18/4,3%), C. humicola (7/1,7%), C. krusei (7/1,7%), C. famata (5/1,2%), C. lusitaniae (4/0,9%), C. sake (4/0,9%), C. lipolytica (3/0,7%), C. globosa (3/0,7%), C. intermedia (2/0,5%), C. kefyr (1/0,24%), C. colliculosa (1/0,24%) e Candida sp (8/1,9%); criptocococemia (77/14,6%), subdivided in: Cryptococcus neoformans (72/93,5%), C. gattii (3/3,9%), C. laurentii (1/1,3%), Cryptococcus sp (1/1,3%); Histoplasma capsulatum (21/4%);Trichosporon spp (9/1,5%) subdivided in: T. asahii (8/89%), T. mucoides (1/11%); Rhodotorula spp (5/0,9%) subdivided, Rhodotorula sp (4/80%), R. mucilaginosa (1/20%); Saccharomyces cerevisiae (1/0,2%); Pseudozyma aphidis (1/0,2%) The male gender was the most prevalent (288/55%), although no significance difference was observed. The age ranged from 12 days to 97 years old, with an average of 39,64 years. The mortality among these patients ranged between 22% and 52%. The most frequent underlying diseases were cancer and Aids. Fever was the most frequent sign. xii Within this context, fungemia must be included in the differential diagnosis of these patients presenting long-term fever with unknown cause. Making use of specific laboratorial techniques for the etiologic diagnosis.

Foram incluídos no estudo 525 casos de fungemia causadas por Candida spp, Cryptocossus spp, Trichosporon spp, Rhodotorula spp, Histoplasma capsulatum, Saccharomyces cerevisiae e Pseudozyma aphidis, que constam nos arquivos do Laboratório de Micologia, Santa Casa-Complexo Hospitalar, Porto Alegre (RS) num período de 13 anos (1994-2007). Aspectos demográficos, doenças de base e fatores associadas aos episódios de fungemia foram estudados. Assim como, os agentes etiológicos e a mortalidade global entre os pacientes com fungemia. Os 525 casos foram classificados da seguinte maneira: candidemia (413/78,6%), subdivididos em: Candida albicans (151/36,5%), C. parapsilosis (91/22%), C. tropicalis (65/15,7%), C. glabrata (27/6,5%), C. pelliculosa (18/4,3%), C. guilliermondii (18/4,3%), C. humicola (7/1,7%), C. krusei (7/1,7%), C. famata (5/1,2%), C. lusitaniae (4/0,9%), C. sake (4/0,9%), C. lipolytica (3/0,7%), C. globosa (3/0,7%), C. intermedia (2/0,5%), C. kefyr (1/0,24%), C. colliculosa (1/0,24%) e Candida sp (8/1,9%); criptocococemia (77/14,6%), subdivididos em: Cryptococcus neoformans (72/93,5%), C. gattii (3/3,9%), C. laurentii (1/1,3%), Cryptococcus sp (1/1,3%); Histoplasma capsulatum (21/4%);Trichosporon spp (9/1,5%) subdivididos em: T. asahii (8/89%), T. mucoides (1/11%); Rhodotorula spp (5/0,9%) subdivididos, Rhodotorula sp (4/80%), R. mucilaginosa (1/20%); Saccharomyces cerevisiae (1/0,2%); Pseudozyma aphidis (1/0,2%)O sexo masculino foi o mais prevalente (288/55%), porém sem significância estatística, a idade variou de 12 dias à 97 anos, com uma mediana de 39,64 anos. A mortalidade nestes pacientes variou entre 22% e 52%. As doenças de base mais frequente foram câncer e Aids. Febre foi o sinal mais frequente. x Neste contexto, a fungemia deve ser incluída no diagnóstico diferencial destes pacientes com febre de origem desconhecida e prolongada. Utilizando-se de técnicas laboratoriais específicas para o diagnóstico etiológico. / We reviewd 525 cases of fungemia caused by Candida spp, Cryptocossus spp, Trichosporon spp, Rhodotorula spp, Histoplasma capsulatum, Saccharomyces cerevisiae and Pseudozyma aphidis. They have all been part of the files of the Mycology Laboratory at Santa Casa Hospital Complex in Porto Alegre (RS), during a thirteen-year period (1994 - 2007). Demographic aspects, underlying diseases and factors associated with the fungemia episodes were studied, as well as the etiologic agents and the global mortality among the patients having fungemia. The 525 cases included in the study were classified according to the following: candidemia (413/78,6%), subdivided in: Candida albicans (151/36,5%), C. parapsilosis (91/22%), C. tropicalis (65/15,7%), C glabrata (27/6,5%), C. pelliculosa (18/4,3%), C.guilliermondii (18/4,3%), C. humicola (7/1,7%), C. krusei (7/1,7%), C. famata (5/1,2%), C. lusitaniae (4/0,9%), C. sake (4/0,9%), C. lipolytica (3/0,7%), C. globosa (3/0,7%), C. intermedia (2/0,5%), C. kefyr (1/0,24%), C. colliculosa (1/0,24%) e Candida sp (8/1,9%); criptocococemia (77/14,6%), subdivided in: Cryptococcus neoformans (72/93,5%), C. gattii (3/3,9%), C. laurentii (1/1,3%), Cryptococcus sp (1/1,3%); Histoplasma capsulatum (21/4%);Trichosporon spp (9/1,5%) subdivided in: T. asahii (8/89%), T. mucoides (1/11%); Rhodotorula spp (5/0,9%) subdivided, Rhodotorula sp (4/80%), R. mucilaginosa (1/20%); Saccharomyces cerevisiae (1/0,2%); Pseudozyma aphidis (1/0,2%) The male gender was the most prevalent (288/55%), although no significance difference was observed. The age ranged from 12 days to 97 years old, with an average of 39,64 years. The mortality among these patients ranged between 22% and 52%. The most frequent underlying diseases were cancer and Aids. Fever was the most frequent sign. xii Within this context, fungemia must be included in the differential diagnosis of these patients presenting long-term fever with unknown cause. Making use of specific laboratorial techniques for the etiologic diagnosis.

Foram incluídos no estudo 525 casos de fungemia causadas por Candida spp, Cryptocossus spp, Trichosporon spp, Rhodotorula spp, Histoplasma capsulatum, Saccharomyces cerevisiae e Pseudozyma aphidis, que constam nos arquivos do Laboratório de Micologia, Santa Casa-Complexo Hospitalar, Porto Alegre (RS) num período de 13 anos (1994-2007). Aspectos demográficos, doenças de base e fatores associadas aos episódios de fungemia foram estudados. Assim como, os agentes etiológicos e a mortalidade global entre os pacientes com fungemia. Os 525 casos foram classificados da seguinte maneira: candidemia (413/78,6%), subdivididos em: Candida albicans (151/36,5%), C. parapsilosis (91/22%), C. tropicalis (65/15,7%), C. glabrata (27/6,5%), C. pelliculosa (18/4,3%), C. guilliermondii (18/4,3%), C. humicola (7/1,7%), C. krusei (7/1,7%), C. famata (5/1,2%), C. lusitaniae (4/0,9%), C. sake (4/0,9%), C. lipolytica (3/0,7%), C. globosa (3/0,7%), C. intermedia (2/0,5%), C. kefyr (1/0,24%), C. colliculosa (1/0,24%) e Candida sp (8/1,9%); criptocococemia (77/14,6%), subdivididos em: Cryptococcus neoformans (72/93,5%), C. gattii (3/3,9%), C. laurentii (1/1,3%), Cryptococcus sp (1/1,3%); Histoplasma capsulatum (21/4%);Trichosporon spp (9/1,5%) subdivididos em: T. asahii (8/89%), T. mucoides (1/11%); Rhodotorula spp (5/0,9%) subdivididos, Rhodotorula sp (4/80%), R. mucilaginosa (1/20%); Saccharomyces cerevisiae (1/0,2%); Pseudozyma aphidis (1/0,2%)O sexo masculino foi o mais prevalente (288/55%), porém sem significância estatística, a idade variou de 12 dias à 97 anos, com uma mediana de 39,64 anos. A mortalidade nestes pacientes variou entre 22% e 52%. As doenças de base mais frequente foram câncer e Aids. Febre foi o sinal mais frequente. x Neste contexto, a fungemia deve ser incluída no diagnóstico diferencial destes pacientes com febre de origem desconhecida e prolongada. Utilizando-se de técnicas laboratoriais específicas para o diagnóstico etiológico. / We reviewd 525 cases of fungemia caused by Candida spp, Cryptocossus spp, Trichosporon spp, Rhodotorula spp, Histoplasma capsulatum, Saccharomyces cerevisiae and Pseudozyma aphidis. They have all been part of the files of the Mycology Laboratory at Santa Casa Hospital Complex in Porto Alegre (RS), during a thirteen-year period (1994 - 2007). Demographic aspects, underlying diseases and factors associated with the fungemia episodes were studied, as well as the etiologic agents and the global mortality among the patients having fungemia. The 525 cases included in the study were classified according to the following: candidemia (413/78,6%), subdivided in: Candida albicans (151/36,5%), C. parapsilosis (91/22%), C. tropicalis (65/15,7%), C glabrata (27/6,5%), C. pelliculosa (18/4,3%), C.guilliermondii (18/4,3%), C. humicola (7/1,7%), C. krusei (7/1,7%), C. famata (5/1,2%), C. lusitaniae (4/0,9%), C. sake (4/0,9%), C. lipolytica (3/0,7%), C. globosa (3/0,7%), C. intermedia (2/0,5%), C. kefyr (1/0,24%), C. colliculosa (1/0,24%) e Candida sp (8/1,9%); criptocococemia (77/14,6%), subdivided in: Cryptococcus neoformans (72/93,5%), C. gattii (3/3,9%), C. laurentii (1/1,3%), Cryptococcus sp (1/1,3%); Histoplasma capsulatum (21/4%);Trichosporon spp (9/1,5%) subdivided in: T. asahii (8/89%), T. mucoides (1/11%); Rhodotorula spp (5/0,9%) subdivided, Rhodotorula sp (4/80%), R. mucilaginosa (1/20%); Saccharomyces cerevisiae (1/0,2%); Pseudozyma aphidis (1/0,2%) The male gender was the most prevalent (288/55%), although no significance difference was observed. The age ranged from 12 days to 97 years old, with an average of 39,64 years. The mortality among these patients ranged between 22% and 52%. The most frequent underlying diseases were cancer and Aids. Fever was the most frequent sign. xii Within this context, fungemia must be included in the differential diagnosis of these patients presenting long-term fever with unknown cause. Making use of specific laboratorial techniques for the etiologic diagnosis.

Orientador: Maria de Lourdes Ribeiro de Souza da Cunha / Resumo: Introdução: o isolamento de estafilococos coagulase negativos (ECN) de pacientes em Unidades de Terapia Intensiva Neonatal (UTIN) pode representar, muitas vezes, uma contaminação ao invés de bacteremia. O padrão ouro para o diagnóstico de sepse neonatal é a positividade de duas hemoculturas coletadas num intervalo de 48 horas associada às manifestações clínicas sugestivas de sepse. A resistência aos antimicrobianos e a formação de biofilme são fatores seletivos na persistência de cepas de S. epidermidis e S. haemolyticus. A técnica de Eletroforese em Gel de Campo Pulsado (PFGE), altamente discriminatória, é frequentemente usada para a investigação de surtos. A tipagem por Multilocus Sequence Typing (MLST) se tornou o método de escolha no estudo epidemiológico em longo prazo. Objetivos: esse estudo teve como objetivos caracterizar o perfil das infecções de corrente sanguínea por Staphylococcus spp. em RNs internados na UTIN, os fatores de risco para infecção, perfil de virulência e resistência antimicrobiana dos estafilococos isolados, bem como a presença de clones prevalentes na unidade. Resultados: foram isolados 72 Staphylococcus spp. de hemoculturas de 54 recém-nascidos de Março de 2014 a Agosto de 2015. Foram confirmados 37 episódios de Infecção da Corrente Sanguínea (ICS) causados por Staphylococcus spp., sendo 27 associados a espécie S. epidemidis, 3 S. haemolyticus, 2 S. capitis e 5 S. aureus. A maioria dos Recém-nascidos (RNs) possuía extremo baixo peso, nasceu com me... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Abstract Introduction: The isolation of coagulase negative staphylococci (CoNS) of Neonatal Intensive Care Unit (NICU) patients can often represent contamination instead of bacteremia. The golden standard for the diagnosis of sepsis is the positivity of two blood cultures, collected within a 48-hour gap, associated to clinic manifestations suggestive of sepsis. Resistance to antimicrobials and biofilm formation are selective factors to S. epidermidis and S. haemoyticus strains to persist. Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE), a highly discriminatory technique, is often used in investigating outbreaks. Multilocus Sequence Typing (MLST) has become the preferred method when it comes long-term epidemiologic studies. Objectives: this research aimed to characterize the profile of infections caused by Staphylococcus spp. at NICU, the virulence profile and antimicrobial resistance of isolated staphylococci, as well as the presence of clusters prevalent in the unit. Results: 72 Staphyloccocus spp. have been isolated from blood cultures taken from 54 newborns from March 2014 to August 2015. Thirty-seven bloodstream infection (BSI) episodes caused by Staphylococcus spp. were confirmed, 27 of which are associated to S. epidemidis, 3 to S. haemolyticus, 2 to S. capitis and 5 to S. aureus. Most newborns presented extremely low weight, were born before the 31st week of pregnancy (72.2%), used catheter and mechanical ventilation. From the 72 samples of Staphylococcus spp. under analysis, ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-01-30. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:45Z : No. of bitstreams: 1 Publico-10789.pdf: 714723 bytes, checksum: 18fda82488f54ec67849c5ef6e1425d6 (MD5) / Pseudomonas aeruginosa é um importante patógeno oportunista em pacientes hospitalizados, particularmente em pacientes oncológicos e que apresentam neutropenia. Uma das principais características desta bactéria é o desenvolvimento de resistência a múltiplos antimicrobianos, incluindo os antibióticos carbapenêmicos. A primeira amostra produtora da metalo-betalactamase (MBL) blaSPM-1 reportada na literatura foi isolada de paciente hospitalizado no Instituto de Oncologia Pediátrica (IOP/GRAACC/UNIFESP) no ano 2000. Objetivo: Avaliar a prevalência de P. aeruginosa resistente aos carbapenêmicos e produtoras de metalo-beta-lactamase, isoladas de hemoculturas coletadas no período de 2000 à 2005 de pacientes admitidos no IOP; caracterizar essas MBLs e avaliar sua disseminação através de tipagem molecular e caracteristicas clínico/epidemiológicas dos pacientes. Métodos: Foram testadas 56 amostras de P. aeruginosa isoladas de 49 pacientes contra 10 antimicrobianos diferentes por disco difusão. As amostras que foram resistentes aos carbapenêmicos foram submetidas a testes fenotípicos (discoaproximação) e genotípicos (PCR) para a confirmação da presença de MBLs. As amostras produtoras de MBL foram submetidas a tipagem molecular através da técnica de PFGE. A análise clínica/epidemiológica foi realizada a partir de dados obtidos dos prontuários dos pacientes. Resultados: Durante o período entre 2000 e 2005, 32 das 56 amostras de P. aeruginosa, foram classificadas como resistentes aos carbapenêmicos pela técnica de disco difusão. Dezoito das 32 (56,2%) amostras avaliadas carreavam o gene blaSPM-1. Sendo que oito (44,4%) das 18 amostras produtoras de blaSPM-1, apresentaram o mesmo perfil genético. Não foi observada a presença de outras metalo enzimas blaIMP-1, blaVIM-1 e blaVIM-2 nas amostras de P. aeruginosa resistentes a carbapenêmicos. A terapêutica antimicrobiana foi adequada em apenas 27,7% dos pacientes com bacteremia por P. aeruginosa carreando o gene blaSPM-1. Foi observada uma maior letalidade, no período de até 30 dias após a bacteremia, em pacientes com infecção causada por P. aeruginosa carreando o gene blaSPM-1 em relação aos demais pacientes. Conclusões: Evidenciamos a presença de um clone de P. aeruginosa resistente aos carbapenêmicos carreando o gene blaSPM-1 que persistiu no período entre novembro/2000 a dezembro/2005 em hemoculturas de pacientes do IOP-GRAACC. Observamos uma maior letalidade dos pacientes com bacteremia por P. aeruginosa com essa característica de resistência a antimicrobianos e uma indaequação inicial dos esquemas antibióticos utilizados justificando uma vigilância epidemiológica rigorosa e uma readequação dos esquemas terapêuticos. / Pseudomonas aeruginosa is an important opportunist pathogen, particularly for oncologic and neutropenic hospitalized patients. One of the main characterisitic of this bacteria is the development of multiple antibiotic resistance, including the carbapenems. The first metallo-beta-lactamase (MBL) encoding the gene blaSPM-1 reported in the literature was isolated in the year 2000 from a patient admitted to the Instituto de Oncologia Pediatrica (IOP/GRAAC - UNIFESP). Objective: To evalute the prevalence of P. aeruginosa carbapenem resistant and MBL producers isolated from bloodstream samples collected from patients admitted to the IOP in the period 2000- 2005; to describe the dissemination of these enzymes by molecular typing and clinical/epidemiological data. Methods: 56 P. aeruginosa isolates from 49 patients were tested against 10 different antibiotics by disc diffusion. The isolates resistant to carbapenems were tested by disc-approximation method and submitted to PCR reaction for detection of MBLs genes. The isolates producers of blaSPM-1 were molecular typed by PFGE. The clinical and epidemiological data were obtained from the patiens charts. Results: From 2000 to 2005, 32 out of 56 P. aeruginosa isolates were classified as carbepenem reistant by disc diffusion. Eighteen out of 32 (56,2%) isolates carried blaSPM-1 and revealed the same molecular typing profile. We did not detected other MBL blaIMP-1, blaVIM-1 and blaVIM-2. The antibiotic therapy was considered adequate in only 17,7% of the patients with P. aeruginosa bacteremia encoding the gene blaSPM-1. We observed a higher letality rate, in the period of 30 days after bacteremia, in these patients compared with the letality of patients with P. aeruginosa bacteremia resistant to carbapenems but not carring MBL. Conclusion: We detected the presence of a P. aeruginosa clone resistant to carbapenems and carrying the gene blaSPM-1 that persisted in blood stream isolates of patients admitted to the IOP from 2000 to 2005. A high letality rate and inadequacy of initial antibiotic treatment was observed justifying a strict epidemiologic surveillance and re-evalutation of antibiotic treatment protocol. / TEDE

Submitted by AYDIR CECILIA MARINHO MONTEIRO null (aydircecilia@hotmail.com) on 2016-10-30T22:55:48Z No. of bitstreams: 1 Tese (versão final).pdf: 3741275 bytes, checksum: a56941e558bffd4fb2e51986a89824c4 (MD5) / Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-11-04T17:30:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 monteiro_acm_dr_bot.pdf: 3643091 bytes, checksum: 5dae4f73de940fc181da5d34fc678e3b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-04T17:30:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 monteiro_acm_dr_bot.pdf: 3643091 bytes, checksum: 5dae4f73de940fc181da5d34fc678e3b (MD5) Previous issue date: 2016-10-27 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A rápida e precisa identificação de micro-organismos causadores de infecções da corrente sanguínea é uma das funções mais importantes do laboratório de microbiologia clínica. Com o objetivo de diminuir o tempo gasto para se identificar esses micro-organismos, vários equipamentos foram desenvolvidos, entre eles o sistema VITEK® 2, usado na rotina de diversos laboratórios de microbiologia clínica para a identificação de isolados de amostras clínicas. Inúmeros micro-organismos são isolados de hemoculturas e as bactérias pertencentes ao grupo dos cocos Gram-positivos aeróbios são os principais agentes etiológicos das infecções de correntes sanguíneas, principalmente em pacientes mantidos em unidades de terapia intensiva (UTIs). Este trabalho comparou sistemas de identificação de espécies de micro-organismos isolados a partir de hemoculturas e acompanhou os pacientes com hemoculturas positivas para Estafilococos coagulase-negativa (ECN). A partir dessas hemoculturas positivas coletadas de 216 pacientes foram isolados e identificados 400 microorganismos, dentre eles 5 bacilos Gram-positivos, 15 leveduras, 165 bacilos Gram-negativos e 215 cocos Gram-positivos. Essa identificação foi realizada pelo sistema VITEK® 2 e os resultados foram comparados com os obtidos em provas fenotípicas convencionais e nos métodos genotípicos. Os pacientes com hemoculturas positivas para ECN foram acompanhados durante sua permanência no hospital com a coleta de seus dados clínicos dos prontuários. O sistema automatizado VITEK® 2 identificou corretamente 94,7% das amostras, os cartões YST e GN apresentaram 100% de identificações corretas das leveduras e dos bacilos Gram-negativos, respectivamente, ao passo que o GP identificou corretamente 92,6% dos cocos Gram-positivos. A sensibilidade apresentada pelo sistema VITEK® 2 e a análise estatística permitem concluir que esse equipamento é uma opção viável na rotina de laboratórios de microbiologia clínica para a identificação de micro-organismos. A análise multivariada para o desfecho óbito no estudo de coorte dos pacientes que apresentaram hemocultura positiva para ECN revelou associações positivas com AIDS e com hemocultura positiva para S. hominis, enquanto o uso de meropenem mostrou associação negativa. Na análise do desfecho múltiplas hemoculturas positivas para ECN, foi verificada associação positiva com pacientes em choque que necessitavam de droga vasoativa. Isso sugere que a gravidade da sepse (choque) é um preditor da significância clínica de ECN com o isolamento em mais de uma hemocultura, um dos critérios mais utilizados para valorização clínica desses micro-organismos quando isolados da corrente sanguínea. A análise da curva de sobrevida dos pacientes incluídos na coorte revelou que pacientes com hemocultura positiva para a espécie S. hominis apresentaram menor sobrevida quando comparados com pacientes com hemoculturas para outras espécies de ECN, indicando a importância dessa espécie na gravidade das infecções da corrente sanguínea. / The rapid and accurate identification of microorganisms which cause bloodstream infections is one of the major roles of the clinical microbiology laboratory. Aiming at reducing the time spent in identifying such microorganisms, several devices have been developed, including the VITEK® 2 system, which is routinely used in a number of clinical microbiology laboratories for identifying isolates from clinical specimens. A lot of microorganisms are isolated from blood cultures; bacteria belonging to the group of aerobic Gram-positive cocci are the main etiological agents of bloodstream infections, especially in patients kept in intensive care units (ICUs). The objectives of this study were to compare the performance of (manual and automated) species identification systems for microorganisms isolated from blood cultures by evaluating the performance of VITEK® 2 system and also to conduct a cohort study of patients who had blood cultures positive for Coagulase-negative staphylococci (CoNS) in order to address two outcomes: isolation of CoNS in more than one blood culture as opposed to a single blood culture and the factors associated with patient prognosis. Four hundred microorganisms isolated from blood cultures were identified: 5 Gram-positive bacilli, 15 yeasts, 165 Gram-negative bacilli, and 215 Gram-positive cocci. This identification was carried out by the VITEK® 2 system and the results were compared with those obtained from conventional phenotypic tests and genotypic methods. Patients with blood cultures positive for CoNS were followed during their stay in hospital with collecting the clinical data from their medical records. The automated VITEK® 2 system accurately identified 94.7% of the specimens. The YST and GN ID cards had 100% accurate identifications of the yeasts and the Gram-negative bacilli respectively, whereas the GP ID card accurately identified 92.6% of the Gram-positive cocci. The susceptibility of the VITEK® 2 system and the statistical analysis allow the conclusion that this instrument is a viable option in the routine of clinical microbiology laboratories for microorganism identification. The multivariate analysis for death as the outcome in the cohort study of patients with CoNS positive blood culture revealed positive associations with AIDS and with blood culture positive for S. hominis, while the use of meropenem showed a negative association. In analyzing the outcome of multiple blood cultures positive for CoNS, a positive association was observed in patients with shock (requiring vasoactive drugs). It suggests that the sepsis (shock) severity is a predictor of CoNS clinical significance with the isolation in more than one blood culture, which is one of the most commonly used criteria for clinical recovery of the microorganisms when isolated from the bloodstream. The analysis of the survival curve of patients included in the cohort revealed that patients with blood cultures positive for S. hominis species showed lower survival compared to patients with blood cultures for other species of CoNS, which indicates the importance of this species in the severity of bloodstream infections. / FAPESP: 2012/15366-8

Orientador: Maria de Lourdes Ribeiro de Souza Cunha / Resumo: A rápida e precisa identificação de micro-organismos causadores de infecções da corrente sanguínea é uma das funções mais importantes do laboratório de microbiologia clínica. Com o objetivo de diminuir o tempo gasto para se identificar esses micro-organismos, vários equipamentos foram desenvolvidos, entre eles o sistema VITEK® 2, usado na rotina de diversos laboratórios de microbiologia clínica para a identificação de isolados de amostras clínicas. Inúmeros micro-organismos são isolados de hemoculturas e as bactérias pertencentes ao grupo dos cocos Gram-positivos aeróbios são os principais agentes etiológicos das infecções de correntes sanguíneas, principalmente em pacientes mantidos em unidades de terapia intensiva (UTIs). Este trabalho comparou sistemas de identificação de espécies de micro-organismos isolados a partir de hemoculturas e acompanhou os pacientes com hemoculturas positivas para Estafilococos coagulase-negativa (ECN). A partir dessas hemoculturas positivas coletadas de 216 pacientes foram isolados e identificados 400 microorganismos, dentre eles 5 bacilos Gram-positivos, 15 leveduras, 165 bacilos Gram-negativos e 215 cocos Gram-positivos. Essa identificação foi realizada pelo sistema VITEK® 2 e os resultados foram comparados com os obtidos em provas fenotípicas convencionais e nos métodos genotípicos. Os pacientes com hemoculturas positivas para ECN foram acompanhados durante sua permanência no hospital com a coleta de seus dados clínicos dos prontuários. O sis... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-11-30T10:18:08Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Flávia Martins Nascente - 2010.pdf: 2391554 bytes, checksum: a7d1ec1134b4fca537c2e14ba5438b54 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-11-30T10:18:42Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Flávia Martins Nascente - 2010.pdf: 2391554 bytes, checksum: a7d1ec1134b4fca537c2e14ba5438b54 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-30T10:18:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Flávia Martins Nascente - 2010.pdf: 2391554 bytes, checksum: a7d1ec1134b4fca537c2e14ba5438b54 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2010-03-30 / Over a hundred years have passed since the discovery of Chagas disease and it is still a serious challenge to public health. Hemoculture has shown to be an important parasitological method aiming the isolation of Trypanosoma cruzi as well as in doubtful diagnosis and in the validation of the specific therapeutic efficacy. Its repetitive performance is another factor that increases its sensitivity. The aim of this study was to evaluate the parasitaemia profile through serial hemocultures from chronically T. cruzi infected individuals without previous treatment. 50 individuals from both genders (60% males) which had venous blood collected three fold with one month of minimum interval between the collections participated of this study. The technique used was of Chiari et al. & Luz et al. with LIT medium resulting in seven tubes per examination. Resulting in one performed hemoculture the sensitivity was of 32% in the first, 32% in the second sample and 34% in the third. When adding up the cumulative results of three samples the positivity increased to 58% (p=0,016). When we analyzed the parasitaemia profile of the positive hemocultures, 42% were of low parasitaemia (none of the three hemocultures were positive), 30% presented median parasitaemia (one hemoculture positive from the three performed), and 28% presented high parasitaemia (two or more positive hemocultures). When we related the parasitaemia level by hemoculture versus the number of positive tubes by hemocultures we found a direct relation between the parasitaemia and the number of positive tubes. Analyze the number of tubes positive blood culture proves to be sufficient to define the profile of individuals with parasitemia middle and high parasitemia, without the need for serial blood cultures. This can be expedited with the release of results when the clinician intends to make specific treatment. / A hemocultura tem demonstrado ser um importante método parasitológico, tanto de isolamento de Trypanosoma cruzi, quanto nos diagnósticos duvidosos e validação da eficácia terapêutica específica. Sua realização repetidas vezes é outro fator que aumenta sua sensibilidade. O objetivo deste trabalho foi avaliar o perfil de parasitemia por hemoculturas seriadas em indivíduos cronicamente infectados pelo T. cruzi, sem tratamento específico prévio. Participaram 50 indivíduos de ambos os sexos (60% sexo masculino), que realizaram três coletas de sangue venoso, com intervalo mínimo de um mês. A técnica foi de Chiari et al. & Luz et al. com meio LIT, semeando sete tubos por exame. Com uma hemocultura realizada a sensibilidade foi de 32% na primeira amostra, 32% na segunda e 34% na terceira. Com os resultados cumulativos das três amostras a positividade aumentou significativamente para 58% (p=0, 016). Analisando o perfil de parasitemia por hemoculturas positivas, 42% dospacientes foram de baixa parasitemia (nenhuma das três hemoculturas positivas), 30% média parasitemia (uma hemocultura positiva das três realizadas), e 28% elevada parasitemia (duas ou as três hemoculturas positivas). Quando relacionado nível de parasitemia por hemocultura versus número de tubos positivos por hemocultura, encontramos relação direta entre parasitemia e número de tubos positivos. Pacientes que apresentaram uma única hemocultura positiva (média parasitemia) tinham um ou dois tubos positivos; com duas ou três hemoculturas positivas (elevada parasitemia) de três a seis tubos positivos por hemocultura. Analisar o número de tubos positivos por hemocultura demonstra ser suficiente para definir o perfil de parasitemia dos indivíduos com média e elevada parasitemia, sem necessidade de proceder à hemocultura seriada. Com isto pode ser agilizada a liberação do resultado quando o clínico pretende fazer tratamento específico.

Submitted by JÚLIO HEBER SILVA (julioheber@yahoo.com.br) on 2017-05-02T18:25:08Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ana Carolina Vieira da Costa - 2017.pdf: 14344522 bytes, checksum: b31bb0d6ea37eec29c70d7d93855498f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-05-03T11:56:23Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ana Carolina Vieira da Costa - 2017.pdf: 14344522 bytes, checksum: b31bb0d6ea37eec29c70d7d93855498f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-03T11:56:23Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ana Carolina Vieira da Costa - 2017.pdf: 14344522 bytes, checksum: b31bb0d6ea37eec29c70d7d93855498f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-03-10 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / American Tegumentary Leishmaniasis (ATL) is caused by protozoa of the genus Leishmania. The parasite is hosted by macrophages in cutaneous or mucosal lesions. Monocytes are precursors of macrophages, but there is little information about monocyte activation during ATL. The present study aimed to evaluate cytokine profile of monocytes from patients with localized cutaneous leishmaniasis (LCL) in whole blood cultures stimulated with toll-like receptor (TLRs) and NOD2 receptor agonists. Peripheral blood from patients with active lesions and no treatment, and from healthy blood donors paired by sex and age, was diluted into culture medium and incubated with lipopolysaccharide (LPS), TLR4 agonist; lipopeptide Pam3Cys (Pam), TLR2 agonist; muramyldipeptide (MDP), NOD2 agonist or Leishmania (V.) braziliensis antigen (Ag). After incubation, supernatants were collected to measure IL-6 and TNF (6 h) and IL-10 (24 h) by ELISA. There was production of IL-6, TNF and IL-10 in cultures from patients and controls after stimulation with all agonists and Ag (p < 0.05, medium vs stimulus, n = 29). No differences were detected between concentrations of TNF and IL-10, but IL-6 was higher produced in non-stimulated cultures from patients than controls (p < 0.05, n = 29) or when the stimulus was MDP (p < 0.05, n = 19). The combination Pam/MDP increased the production of IL-6, TNF and IL-10 in cultures from patients and controls when compared with each stimulus isolated (p < 0.05, n = 13 - 14); similarly, Ag and MDP together induced higher concentrations of IL-6, TNF and IL-10 (IL-6 and IL-10, especially in cultures from patients) in comparison with each stimulus (p < 0.05, n = 11 - 14). There was no correlation between the number, size or time of lesions and levels of IL-6, TNF or IL-10. Patients with more than one cycle of treatment to obtain clinical cure showed higher levels of MDP-induced IL-6 than those cured with one cycle of treatment (p < 0.05, n = 17 cured with one cycle vs 8 cured with more than one cycle). Data suggest that LCL patient monocytes can be activated via TLR2, TLR4 or NOD2 to produce pro-inflammatory (IL-6, TNF) and anti-inflammatory (IL-10) cytokines and IL-6 can be associated with tissue lesion and delay of lesion healing indicating an immunopathogenic role in LCL. / A Leishmaniose Tegumentar Americana (LTA) é causada por protozoários do gênero Leishmania, que acomete a pele e/ou mucosas. Os monócitos são precursores de macrófagos, células hospedeiras do parasito, e pouco se sabe sobre seu nível de ativação durante a LTA. O presente estudo teve como objetivo avaliar o perfil de resposta de citocinas produzidas por monócitos de pacientes com leishmaniose cutânea localizada (LCL) em hemoculturas, após ativação com agonistas de receptores similares a toll (TLRs) e de receptor NOD2. O sangue periférico de pacientes com LCL, com lesões ativas e sem tratamento, e de indivíduos controles, pareados por sexo e idade, foi diluído em meio de cultura e incubado com lipopolissacarídeo (LPS), agonista de TLR4; lipopeptídeo Pam3Cys (Pam), agonista de TLR2; muramildipeptídeo (MDP), agonista de NOD2 ou antígenos de Leishmania (V.) braziliensis (Ag). Após incubação, os sobrenadantes foram colhidos para dosagem de IL6 e TNF (6 h) e IL-10 (24 h), por ELISA. Nas hemoculturas dos pacientes e dos controles, houve produção de IL-6, TNF e IL-10, após incubação com todos os estímulos (p < 0,05, Meio vs estímulos, n = 29). Ao comparar pacientes e controles, não houve diferença quanto à produção de TNF e IL-10, mas a produção de IL-6 foi maior nas hemoculturas não estimuladas dos pacientes (p < 0,05, n = 29) e na presença do MDP (p < 0,05, n = 19). A combinação Pam/MDP aumentou a produção de IL-6, TNF e IL-10 nas hemoculturas dos pacientes e controles, em relação a cada estímulo sozinho (p < 0,05, n = 13 - 14); de maneira similar, Ag e MDP juntos aumentaram a concentração de IL-6, TNF e IL-10 (IL-6 e IL-10, especialmente nas hemoculturas dos pacientes) (p < 0,05, n = 11 - 14). Não houve correlação significante entre o número, o tamanho e o tempo das lesões dos pacientes com LCL e as concentrações de IL-6, TNF e IL-10 nas hemoculturas dos mesmos. Quando comparados os pacientes clinicamente curados após um ciclo de medicamento e aqueles clinicamente curados após mais de um ciclo de medicamento em relação às concentrações de TNF e IL-10 não foram detectadas diferenças significantes entre os grupos, porém, em relação à produção de IL-6, foi observado que esta foi mais elevada nos pacientes curados com mais de um ciclo de medicamento, após o estímulo MDP (p < 0,05, n = 17 curados com 1 ciclo vs 8 xv curados com mais de 1 ciclo). Os dados sugerem que os monócitos de pacientes com LCL podem ser ativados via TLR2, TLR4 e NOD2, induzindo a produção de citocinas pró-inflamatórias (IL-6, TNF) e anti-inflamatória (IL-10) e a IL-6 pode estar associada ao dano tecidual e a demora na cura dos pacientes, possuindo um papel imunopatogênico na LCL humana.

A sepse é uma doença de alta mortalidade e o uso adequado de antimicrobianos no seu manuseio é essencial na obtenção de melhores resultados. O objetivo deste estudo foi avaliar o consumo de antimicrobianos em pacientes com sepse hospitalar com agente etiológico identificado no sangue, comparando a reação em cadeia da polimerase (PCR) - LightCycler® SeptiFast (SF) para a detecção rápida de microorganismos à hemocultura convencional nos primeiros 14 dias de tratamento. Os objetivos secundários incluíram descrever o percentual de positividade e a concordância entre o teste molecular e a hemocultura, o tempo de internação hospitalar, os custos diretos dos antimicrobianos utilizados e a letalidade em 10 e 28 dias. Entre outubro de 2012 e maio de 2016, foram incluídos 200 pacientes adultos com sepse hospitalar: 100 alocados no grupo intervenção onde a terapia antimicrobiana foi ajustada após a identificação do micro-organismo pelo SF (dentro de 6 a 12 horas) e 100 pacientes no grupo controle onde a terapia antimicrobiana foi ajustada após a identificação do microrganismo pela hemocultura (dentro de 48 a 72 horas). O consumo de antimicrobianos foi de 1429 (1071-2000) DOT por 1000 pacientes-dia no grupo intervenção versus 1889 (1357-2563) DOT por 1000 pacientes-dia no grupo controle (p = 0.017). O SF apresentou positividade de 25,9% enquanto a positividade da hemocultura foi de 22,9% (p = 0,452). O tempo de descalonamento antimicrobiano foi de 8 horas (7-14) versus 54 horas (38-75) (p < 0,001), enquanto a mortalidade em 10 e 28 dias foi de 21% e 36,8% no grupo de intervenção versus 37% e 44% no grupo controle, (p = 0,710 e p = 0,632), respectivamente. Não houve diferença no tempo de internação hospitalar e no custo direto dos antimicrobianos utilizados nos dois grupos. A duração média da terapia antimicrobiana em dias foi menor no grupo intervenção (12 ± 5 versus 15 ± 4, p = 0,039) em comparação com o grupo controle / Sepsis is a high mortality disease. Appropriate use of antimicrobials is essential to improve outcomes. The aim of the present study was to determine whether the use of the multiplex polymerase chain reaction LightCycler® SeptiFast (SF) assay reduces the antibiotic consumption through early de-escalation in patients with nosocomial sepsis compared with conventional blood cultures (BC) in the first 14 days of treatment. Secondary outcomes included the percentage of microorganisms identified through SF and BC (in both groups), timing of antimicrobial de-escalation, length of stay, direct costs of the antimicrobial drugs and mortality at 10 and 28 days. Between October 2012 and May 2016 adult patients with nosocomial sepsis were randomized in intervention group and control group: antimicrobial therapy was adjusted following the identification of microorganisms by SF (within 6 to 12 hours) or BCs (within 48 to 72 hours), respectively. A total of 200 patients were included (100 in each group). The median antimicrobial consumption was 1429 (1071-2000) DOT/1000 patients-day in the intervention group versus 1889 (1357-2563) DOT/1000 patients-day in the control (p = 0.017). Microorganism identification was 25.9% versus 22.9% (p = 0.452), timing of antimicrobial de-escalation was 8 hours (7-14) versus 54 hours (38-75) (p < 0.001) while the mortality rate at 10 and 28 days was 21% and 36.8% in the intervention group versus 37% and 44% in the control group, (p = 0.710 and p = 0.632), respectively. There was no difference in length of stay and antimicrobial costs between groups. The mean duration of antimicrobial therapy was lower in the SF group (12 ± 5 vs. 15 ± 4, p = 0.039) comparing to BC group. The use of a rapid molecular blood test resulted in a reduction in the antimicrobial consumption and a more rapid de-escalation in patients with nosocomial sepsis when compared to the standard management of blood culture