Thesis (Ph. D.)--University of Alabama at Birmingham, 2007. / Title from first page of PDF file (viewed June 23, 2008). Includes bibliographical references.

Thesis (Ph. D.)--University of Alabama at Birmingham, 2007. / Title from first page of PDF file (viewed June 23, 2008). Includes bibliographical references.

Thesis (Ph.D.)--University of Alabama at Birmingham, 2008. / Title from PDF title page (viewed on Sept. 17, 2009). Includes bibliographical references.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2014-09-18T13:33:05Z No. of bitstreams: 1 Márcio de Oliveira Silva. Avaliação da prevalência... 2014.pdf: 5895290 bytes, checksum: 23d36b43222147ccb7ea4d91986a1c34 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-09-18T13:33:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Márcio de Oliveira Silva. Avaliação da prevalência... 2014.pdf: 5895290 bytes, checksum: 23d36b43222147ccb7ea4d91986a1c34 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Avaliar a prevalência de resistência transmitida aos antirretrovirais em indivíduos infectados pelo HIV-1 em acompanhamento clínico e laboratorial na cidade de Salvador-Bahia. Estudo descritivo de corte transversal com amostragem de conveniência composto por 121 pacientes infectados pelo HIV-1, com 18 anos de idade ou mais, virgens de tratamento antirretrovial e que fazem coletas de exame para quantificação das Subpopulações Linfocitárias e da carga viral sérica do HIV-1 no Laboratório de Retrovírus do Hospital Universitário Professor Edgard Santos ou no Centro Especializado em Diagnóstico, Assistência e Pesquisa (CEDAP). Os pacientes foram entrevistados para preenchimento de um questionário epidémiologico e consentiram na utilização do excedente de sangue para realização do sequenciamento do gene pol do HIV-1 contendo parte da Transcriptase e da Protease para análise das mutações de resistência aos antirretrovirais e a caracterização genotípica, análise de recombinações e estudo da história evolutiva viral. Entre os 103 pacientes 66% são do sexo masculino, a mediana de idade e do tempo estimado do diagnóstico do HIV-1 são respectivamente de 35 anos e 29 meses. A principal categoria de exposição relatada foi a sexual com 88,3%, seguida por 3% com acidentes com perfurocortantes e 1% uso de drogas intravenosas. A mediana da contagem dos Linfócitos TCD4+ foi de 438 cel/mm3 e de 4,4 log10. Na análise de Mutação de Resistência à Fármacos (DRM) atráves da ferramenta de Calibração da População com Resistência (CPR) observamos uma prevalência global de 6,8%, 3 (2,9%) amostras com DRM aos Inibidores da Transcriptase nãoanálogos aos nucleos(t)ídeos (ITRNN), 2 (1,9%) aos Inibidores da Transcriptase análogos aos nucleos(t)ídeos (ITRN) e 2 (1,9%) aos IP. Entre as 104 sequências, cinco foram excluídas da análise de filogenética devido a problemas na qualidade. A prevalência dos subtipos seguiram as seguintes distribuições: 71,8% subtipo B, 15,1% F, 9,1% formas recombinantes e 4% C. Entre as amostras classificadas como recombinantes uma não foi possível classificar e todas as demais apresentaram padrões de recombinação do tipo BF sendo 5 semelhantes à CRF28/29_BF, 2 à CRF12_BF e 1 à CRF39_BF. O presente estudo evidencia valores intermédiarios de DRM na cidade de Salvador segundo a metodologia CPR. Os achados filogenéticos assemelham-se aos previamentes descritos na literatura em Salvador / To evaluate the prevalence of transmitted resistance to antiretroviral drugs in patients infected with HIV- 1 assisted in the city of Salvador, Bahia. A descriptive crosssectional study with 121 patients with 18 years of age or older, chronic or recent diagnosis of HIV -1, antirretrovial naïve and make collections for examination and quantification of lymphocyte subpopulations serum viral load of HIV -1 in the Retrovirus Laboratory, Hospital Universitário Professor Edgard Santos or in Centro Especializado em Diagnóstico, Assistência e Pesquisa (CEDAP). Patients were interviewed to fill an epidemiological questionnaire and consented to the use of drawed blood to be sequenced of the transcriptase and protease region of the pol gene of HIV - 1 for analysis of antiretroviral resistance mutations and subtype viral. Of the 121 patients, 104 sequences for phylogenetic analysis and transmitted resistance were obtained, 18 individuals were excluded due quality or amplification problems. Among 103 patients 66% were male, the median age and the estimated time of diagnosis of HIV -1 were respectively 35 and 29 months. The main category of reported exposure was sexual with 88.3%, followed by 3% with Occupational Exposure and 1% use of Intravenous Drugs. The median CD4 + lymphocyte count was 438 cells/mm3 and 4.4 log10. The analysis of Drug Resistance Mutation (DRM) by Calibrating Population Resistance tool (CPR) has a global prevalence of 6.8%, distributed: 2.9% for Non-nucleoside reverse-transcriptase inhibitors (NNRTIs), 1.9% Nucleoside analog reverse-transcriptase inhibitors (NRTIs) and 1.9% to Protease Inhibitors. Among the 104 sequences, five were excluded from the phylogenetic analysis due to quality problems. The prevalence of subtypes followed these distributions: 71.8% subtype B, 15.1% F, 9.1% recombinant forms and 4% C. Among the samples classified as recombinant, one was not possible to classify and all others showed the BF patterns of recombination, 5 CRF28/29_BF likes, 2 CRF12_BF likes and 1 CRF39_BF likes. The prevalence of subtypes was very similar from previously described in Salvador.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2016-04-04T18:19:56Z No. of bitstreams: 1 Filipe Ferreira de Almeida Rego Fatores....pdf: 6473179 bytes, checksum: 008855484cf612885a04f114f51214ba (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2016-04-04T18:20:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Filipe Ferreira de Almeida Rego Fatores....pdf: 6473179 bytes, checksum: 008855484cf612885a04f114f51214ba (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-04T18:20:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Filipe Ferreira de Almeida Rego Fatores....pdf: 6473179 bytes, checksum: 008855484cf612885a04f114f51214ba (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Ba, Brasil / Nesta tese foram realizados três trabalhos distintos sendo que todos envolvem identificar possíveis fatores genéticos ou clínicos relacionados com a infecção pelo HIV-1 ou pelo HTLV-1 ou por ambos. No primeiro trabalho nós objetivamos identificar mutações que poderiam estar relacionadas com o desenvolvimento da TSP/HAM ou carga proviral. Para isto sequenciamos a região LTR5’ do HTLV-1 por Ion Torrent para verificar mutações com baixa frequência. Nós encontramos mutações em 52 posições que estavam presentes em mais de um indivíduo, porém apenas 11 destas estavam presentes em TFBS previamente descritos. Três mutações que não estavam presentes em TFBS previamente descritos foram estatisticamente significantes quando comparadas entre os grupos," sendo" que" estes" sítios" podem" ser" importantes" para" a"mediação" da" transcrição" viral."No" segundo" estudo" nós" objetivamos determinar a prevalência do genótipo selvagem em Hlabisa, Kwazulu-Natal na África do Sul além de identificar possíveis fatores associados a presença deste genótipo em 220 pacientes submetidos a ART. O genótipo selvagem foi detectado em 28 amostras (12,7%). Selecionamos 11 pacientes para realizar o sequenciamento pelo Ion Torrent, nove confirmaram não ter mutações de resistência aos antirretrovirais em alta frequência. Foi encontrada uma alta contagem de CD4+ no início da terapia associado a falha terapêutica assim como uma alta carga viral antes da genotipagem e não foi encontrado associação entre aderência a terapia auto-reportada e a presença do genótipo selvagem. Aproximadamente um em cada oito adultos que falham a terapia possuem o genótipo selvagem sendo este dado confirmado através de sequenciamento de nova geração. Devido ao alto número de genótipos selvagem encontrados, o teste de resistência genotípica deve ser solicitado para se obter um melhor desfecho clinico em níveis individuais e populacionais. No terceiro estudo nós analisamos as diferenças na contagem de linfócitos T CD4+ entre indivíduos infectados apenas com o HIV-1 e indivíduos coinfectados HIV-1/HTLV-1 com falha terapêutica, além de analisarmos a soroprevalência do HTLV-1 em indivíduos infectados pelo HIV-1. Foram encontrados oito pacientes coinfectados (2,1%) dos 381 pacientes analisados. Nós não observamos nenhuma diferença estatística quando analisamos transversalmente os dados clínicos dos pacientes, exceto na primeira contagem de linfócitos T CD4+ após o início do tratamento que estava maior nos indivíduos coinfectados (p=0.03). A análise multivariada longitudinal mostrou que a media de linfócitos T CD4+ ao longo do tratamento, foi estatisticamente maior nos pacientes coinfectados levando em consideração características demográficas, carga viral, fatores relacionados a terapia, entre outros. Nos pacientes coinfectados também não foram encontrados marcadores de HLA relacionados com os supressores de elite do HIV-1. Os dados deste trabalho sugerem que os pacientes coinfectados em terapia antirretroviral deveriam ter um acompanhamento clínico diferenciado dos indivíduos apenas infectados pelo HIV-1, pois a coinfecção poderia estar levando ao aumento do número dos linfócitos T CD4+ sem um possível ganho de resposta imune. / We performed three studies to analyze risk factors associated with retroviruses infections. In the first study we attempted to analyze mutations related to TSP/HAM development or proviral load. For that purpose we have sequenced the LTR 5’ region of HTLV-1 by Ion Torrent. We found that mutations in 52 positions were present in more than one individual, but only 11 were present in the previously described TFBS. Three mutations that were not present in the previously described TFBS were statistically significant comparing groups. Despite the absence of previously described TFBS, these sites might be important for the viral transcription. In the second study we analyzed the prevalence of HIV-1 wild type genotype in adults failing first-line ART. A total of 220 adults were included. The wild type genotype was detected by population sequencing in 28 (12.7%). No major drug resistance mutations were detected by deep sequencing for 81.8% (9/11) of those sampled. Higher baseline CD4+ cell count was associated with a greater likelihood of wild type genotype as was a higher viral load prior to resistance testing but there was no evidence of an association between selfreported adherence and the presence of wild type genotype. Approximately one in eight adults failing first-line ART had wild type genotype and this result was confirmed trough deep sequencing in some samples. Access to genotypic resistance testing may be required in this region to achieve optimal individual-level and population-level outcomes. In the third study we proposed to verify the prevalence of HTLV-1 and to statistically assess differences in CD4+ counts between HTLV-1/HIV-1 co-infected and HIV-1 mono-infected patients living in rural KwaZulu-Natal. The HTLV-1 seroprevalence was 2.1% (8 out 381 patients). The patients were grouped by HTLV-1/HIV-1 co-infected and HIV-1 mono-infected status for the statistical analysis. There were no cross-sectional differences between the groups regarding CD4+ count before therapy, CD4+ count at genotype, age, gender, viral load, duration of ART, immunological failure, ART failure and first ART regimen. However, the first CD4+ count after treatment was higher in the co-infected group (p=0.03). A multivariate, longitudinal model showed that the mean CD4+ count over time for the HTLV-1/HIV-1 coinfected group was significantly higher than the HIV mono-infected group (p<0.05) when adjusting for demographic characteristics, viral load and ART treatment factors. This finding was independent of expression of HLA Class 1 genotypes previously associated with HIV-1 infected elite suppressors. This study suggests that the increase of CD4+ count after therapy suggests a differential clinical management for the HTLV-1/HIV-1 co-infected patients should be implemented.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A síndrome da imunodeficiência adquirida (AIDS), causada pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV), é uma das mais destrutivas epidemias do mundo, e a infecção pelo HIV em mulheres jovens vem aumentando rapidamente nos dias atuais. Esse fato tem um impacto importante na transmissão vertical do vírus. Apesar da grande maioria dos casos de aids pediátrica em todo mundo resultar da transmissão vertical, aproximadamente dois terços das crianças expostas ao HIV durante a vida fetal não são infectadas pelo vírus. Muitos trabalhos sugerem que durante a gestação doenças infecciosas maternas podem ter consequências complexas para o desenvolvimento do feto, e poucos trabalhos têm explorado o impacto da exposição ao HIV sobre a responsividade imunológica de crianças não infectadas a diferentes estímulos, particularmente na era das drogas antirretrovirais. Portanto, esse trabalho teve como objetivo avaliar eventos imunes em neonatos não-infectados expostos ao HIV-1 nascidos de gestantes que controlam (G1) ou não (G2) a carga viral plasmática, usando neonatos não expostos como controle. Para tanto, sangue do cordão umbilical de cada neonato foi coletado, plasma e células mononucleares foram separados e a linfoproliferação e o perfil de citocinas foram avaliados. Os resultados demonstraram que a linfoproliferação in vitro induzido por ativadores policlonais foi maior nos neonatos do G2. Entretanto, nenhuma cultura de célula respondeu a um conjunto de peptídeos sintéticos do envelope do HIV-1. A dosagem de citocinas no plasma e nos sobrenadantes das culturas ativadas policlonalmente demonstrou que, enquanto a IL-4 e IL-10 foram as citocinas dominantes produzidas nos grupos G1 e controle, a secreção de IFN-&#947;, IL-1&#61538;, Il-6, IL-17 e TNF-&#945; foi significativamente superior nos neonatos G2. Níveis sistêmicos de IL-10 observados dentre os neonatos G1 foram maiores naqueles nascidos de mães tratadas com drogas inibidoras da transcriptase reversa do vírus. Por outro lado, níveis superiores de citocinas inflamatórias foram observados dentre estes nascidos de gestantes tratadas com terapia antirretroviral de alta eficácia. Em resumo, nossos resultados indicam uma responsividade imune alterada em neonatos expostos in utero ao HIV-1 e reforça o papel do tratamento materno anti-viral com drogas menos potentes em atenuar tais distúrbios. / The acquired immunodeficiency syndrome (AIDS), caused by human immunodeficiency virus (HIV), is one the most destructive epidemic in the world, and the HIV-infection in young women has been increasing fast in the recent times. This fact has an important impact on vertical virus transmission. Although the great majority of the pediatric AIDS cases all over the world results from vertical transmission, approximately two thirds of the children exposed to the HIV during the fetal life are not infected by the virus. Many works suggest that during pregnancy, maternal infectious diseases could have complex consequences to the fetus development, and few works have explored the impact of HIV exposition on immunological responsiveness of uninfected children to different stimuli, particularly in the era of the anti-retroviral drugs. Therefore, this work aimed to evaluate immune events in HIV-1-exposed uninfected neonates born from pregnant women who controlled (G1) or not (G2) the plasma viral load, using unexposed neonates as control. Cord blood from each neonate was collected, plasma and mononuclear cells were separated and the lymphoproliferation and cytokine pattern were evaluated. The results demonstrated that the in vitro lymphoproliferation induced by polyclonal activators was higher in the G2 neonates. Nevertheless, no cell culture responded to poll synthetic HIV-1 envelope peptides. The cytokine dosage in the plasma and supernatants of polyclonally-activated cultures demonstrated that, while IL-4 and IL-10 were the dominant cytokines produced in G1 and control groups, the secretion of IFN-&#947;, IL-1&#61538;, Il-6, IL-17 and TNF-&#945; was significantly higher in G2 neonates. Systemic levels of IL-10 observed among the G1 neonates were higher in those born from mothers treated with viral transcriptase reverse inhibitors drugs. On the other hand, higher levels of inflammatory cytokines were observed among them born from pregnant women treated with highly active anti-retroviral therapy. In summary, our results indicate an altered immune responsiveness in neonates exposed in utero to HIV and support the role of maternal anti-viral treatment with less potent drugs to attenuate it.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A síndrome da imunodeficiência adquirida (AIDS), causada pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV), é uma das mais destrutivas epidemias do mundo, e a infecção pelo HIV em mulheres jovens vem aumentando rapidamente nos dias atuais. Esse fato tem um impacto importante na transmissão vertical do vírus. Apesar da grande maioria dos casos de aids pediátrica em todo mundo resultar da transmissão vertical, aproximadamente dois terços das crianças expostas ao HIV durante a vida fetal não são infectadas pelo vírus. Muitos trabalhos sugerem que durante a gestação doenças infecciosas maternas podem ter consequências complexas para o desenvolvimento do feto, e poucos trabalhos têm explorado o impacto da exposição ao HIV sobre a responsividade imunológica de crianças não infectadas a diferentes estímulos, particularmente na era das drogas antirretrovirais. Portanto, esse trabalho teve como objetivo avaliar eventos imunes em neonatos não-infectados expostos ao HIV-1 nascidos de gestantes que controlam (G1) ou não (G2) a carga viral plasmática, usando neonatos não expostos como controle. Para tanto, sangue do cordão umbilical de cada neonato foi coletado, plasma e células mononucleares foram separados e a linfoproliferação e o perfil de citocinas foram avaliados. Os resultados demonstraram que a linfoproliferação in vitro induzido por ativadores policlonais foi maior nos neonatos do G2. Entretanto, nenhuma cultura de célula respondeu a um conjunto de peptídeos sintéticos do envelope do HIV-1. A dosagem de citocinas no plasma e nos sobrenadantes das culturas ativadas policlonalmente demonstrou que, enquanto a IL-4 e IL-10 foram as citocinas dominantes produzidas nos grupos G1 e controle, a secreção de IFN-&#947;, IL-1&#61538;, Il-6, IL-17 e TNF-&#945; foi significativamente superior nos neonatos G2. Níveis sistêmicos de IL-10 observados dentre os neonatos G1 foram maiores naqueles nascidos de mães tratadas com drogas inibidoras da transcriptase reversa do vírus. Por outro lado, níveis superiores de citocinas inflamatórias foram observados dentre estes nascidos de gestantes tratadas com terapia antirretroviral de alta eficácia. Em resumo, nossos resultados indicam uma responsividade imune alterada em neonatos expostos in utero ao HIV-1 e reforça o papel do tratamento materno anti-viral com drogas menos potentes em atenuar tais distúrbios. / The acquired immunodeficiency syndrome (AIDS), caused by human immunodeficiency virus (HIV), is one the most destructive epidemic in the world, and the HIV-infection in young women has been increasing fast in the recent times. This fact has an important impact on vertical virus transmission. Although the great majority of the pediatric AIDS cases all over the world results from vertical transmission, approximately two thirds of the children exposed to the HIV during the fetal life are not infected by the virus. Many works suggest that during pregnancy, maternal infectious diseases could have complex consequences to the fetus development, and few works have explored the impact of HIV exposition on immunological responsiveness of uninfected children to different stimuli, particularly in the era of the anti-retroviral drugs. Therefore, this work aimed to evaluate immune events in HIV-1-exposed uninfected neonates born from pregnant women who controlled (G1) or not (G2) the plasma viral load, using unexposed neonates as control. Cord blood from each neonate was collected, plasma and mononuclear cells were separated and the lymphoproliferation and cytokine pattern were evaluated. The results demonstrated that the in vitro lymphoproliferation induced by polyclonal activators was higher in the G2 neonates. Nevertheless, no cell culture responded to poll synthetic HIV-1 envelope peptides. The cytokine dosage in the plasma and supernatants of polyclonally-activated cultures demonstrated that, while IL-4 and IL-10 were the dominant cytokines produced in G1 and control groups, the secretion of IFN-&#947;, IL-1&#61538;, Il-6, IL-17 and TNF-&#945; was significantly higher in G2 neonates. Systemic levels of IL-10 observed among the G1 neonates were higher in those born from mothers treated with viral transcriptase reverse inhibitors drugs. On the other hand, higher levels of inflammatory cytokines were observed among them born from pregnant women treated with highly active anti-retroviral therapy. In summary, our results indicate an altered immune responsiveness in neonates exposed in utero to HIV and support the role of maternal anti-viral treatment with less potent drugs to attenuate it.

Introdução: A AIDS (Síndrome da Imunodeficiência Adquirida) é caracterizada por uma disfunção grave no sistema imunológico causada por uma infecção por HIV (Human Immunodeficiency Virus). A quantificação da viremia (carga viral) é uma ferramenta muito útil no monitoramento dos pacientes infectados pelo HIV, sendo um marcador de progressão da doença e eficácia do tratamento. A estimativa incorreta da carga viral pode levar à decisão terapêutica equivocada, portanto métodos acurados de quantificação se fazem necessários. Diversas técnicas comerciais estão disponíveis para a quantificação da carga viral do HIV-1: a maioria destas se baseiam na detecção de ácidos nucléicos e outras na detecção de enzimas e antígenos. O grau de automação varia nas diferentes técnicas assim como os procedimentos de isolamento, amplificação e detecção. A correlação e a concordância entre estas técnicas têm sido estudadas e há relatos de discordância entre os valores de carga viral produzidos por diferentes métodos. O conhecimento sobre o efeito das variações entre as técnicas se faz necessário para assegurar a interpretação adequada dos resultados. A interpretação dos resultados correta é particularmente importante quando estes estão próximos a pontos de corte utilizados para definições de rebote viral e falha virológica. Objetivos: O objetivo deste estudo é comparar as técnicas de PCR (Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0) e b-DNA (Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0) para quantificação do HIV-1. Métodos: 1000 amostras recebidas no HIV/GUM Research Laboratory do Chelsea and Westminster Hospital para quantificação da carga viral do HIV-1 durante os meses de Dezembro de 2009 e Janeiro de 2010 foram testadas pelos métodos de PCR (Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0) e b-DNA (Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0). Resultados: Uma superquantificação sistemática foi observada nos resultados testados por PCR. Esta superquantificação ficou evidente nos resultados entre 50 e 250 cópias. Uma concordância elevada foi observada na análise dos pontos de corte de 500 e 1000 copias/mL. Uma correlação linear forte foi observada entre estas técnicas na análise das amostras que obtiveram resultados dentro do limite comum de detecção de ambas as técnicas, porém o nível de concordância foi insatisfatório. Conclusão: A superquantificação observada nos resultados obtidos pelo Cobas AmpliPrep TaqMan HIV- 1 v2.0 em relação ao bDNA Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0 é provavelmente o resultado de uma sensibilidade aumentada desta técnica. Nós recomendamos cautela quando resultados de duas metodologias diferentes são comparados, especialmente quando se comparam metodologias convencionais com aquelas baseadas em PCR em tempo real. / Introduction: AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome) is characterised by a severe immune dysfunction caused by the HIV (Human Immunodeficiency Virus). The HIV viral load quantification is an essential tool to monitor HIV-infected patients. The HIV quantification is a disease progression marker and it is a key indicator in treatment efficacy. Inaccurate viral RNA values may subsequently lead to inappropriate treatment decisions hence accurate quantification methods are necessary. Several different methodologies are available to quantify the HIV viral load: a number of them are based on nucleic acid detection and others in detection of enzymes and antigens. Automation is also variable among these methods in addition to differences in isolation, amplification and detection. Several studies have been carried out to evaluate their correlation and agreement and some have evidenced discordant viral load values assessed by different assays. The knowledge about these differences should be taken in to account when analysing viral load results, particularly when low-level viraemia is concerned or those close to endpoints employed for definition of virological failure. Objectives: In this study, two methods to quantify viral load are evaluated: one is based on real-time PCR (AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0) and the other is based on branched-DNA technology (Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0). Methods: 1000 plasma samples received at the HIV/GUM Research Laboratory within Chelsea and Westminster Hospital for HIV-1 viral load quantification between December 2009 and January 2010 were tested by both Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0 and Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0 methods. Results: Results obtained show that Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0 PCR systematically overquantifies the viral loads results when compared to bDNA Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0. Conclusion: The overquantification by Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0 over bDNA Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0 is likely to be a result of its increased sensitivity. We recommend caution when comparing results from different methodologies, especially when a conventional assay and a real-time PCR assay are concerned.

INTRODUÇÃO E OBJETIVOS: Uma fonte secundária e não convencional de peptídeos que se ligam as moléculas MHC de classe I tem sido descrita como responsável por produzir peptídeos crípticos. Esses peptídeos são imunogênicos e portanto, capazes de induzir uma resposta imunológica por células T e assim, contribuir com a resposta total exercida pelas células T CD8+, colaborando na pressão que leva HIV-1 ao processo de mutação, e consequentemente ao escape viral. Alguns pacientes, que correspondem a menos de 5% da população infectada, são capazes de naturalmente controlar a progressão da doença, mantendo a contagem de célula T CD4+ acima de 500 células/uL ou mantendo a carga viral abaixo de 2.000 cópias/mL, por ao menos 12 meses, sem ser submetido a tratamento com antirretrovirais ou esquema HAART. Avaliar a resposta imunológica destes pacientes, controladores da infecção, contra peptídeos crípticos pode nos fornecer informações importantes que colaborem com o desenvolvimento de novas estratégias preventivas. METODOLOGIA: A resposta imunológica contra peptídeos crípticos, estes derivados da transcrição da seqüência consenso e da seqüência inversa do gene do HIV-1, foram avaliados em vários conjuntos (pools), utilizando amostras coletadas de pacientes controladores, tanto avirêmicos, também conhecidos como controladores de elite (carga viral < limite de detecção), bem como virêmicos (carga viral < 2.000 cópias/mL) e, de pacientes progressores. Foi observada que a resposta imunológica contra peptídeos crípticos é mais freqüente, com maior amplitude e magnitude entre os pacientes controladores comparados ao que foi observado entre pacientes progressores. Esta resposta, entretanto, parece inverter ao longo da infecção, como observada utilizando as amostras coletadas em momento tardio da infecção, onde os controladores parecem perder sua capacidade de responder aos peptídeos crípticos, enquanto que os progressores desenvolveram resposta, ressaltando que os pools indutores de resposta nas duas fases foram diferentes. Sugerindo que a resposta imunológica contra peptídeos crípticos pode exercer papel importante de pressão sobre o vírus, levando-o ao processo de escape viral. CONCLUSÔES E IMPORTÂNCIA: Peptídeos crípticos são capazes de induzir resposta imunológica e colaborar para explicar como ocorre a seleção de alguns vírus, seja este devido à mudança na expressão das proteínas principais do HIV-1, seja diretamente gerando vírus defeituoso e não infectante. Os peptídeos crípticos podem ser incluídos em desenhos de vacina, com o intuito de aumentar a amplitude e a magnitude da resposta imunológica por células T e consequentemente, aumentar a proteção contra infecção ou progressão da infecção pelo HIV-1 / BACKGROUND: A second and unconventional source of peptides that bind to MHC class I molecule has been described to produce cryptic peptides, which are immunogenic and are able elicit T cell response, that contributes to total CD8+ T cell immune response and then exert mutation pressure on HIV-1, leading to virus escape. Some rare patients, less than 5% of infected population, are naturally able to control disease progression, either maintaining CD4+ T cells over 500 cells/uL or viral load under 2,000 copies/mL, without being treated with HAART, for at least 12 months. Understanding their immune response to cryptic peptides might be a great value to help on developing better prevention strategies. METHODOLOGY: Immune response to cryptic peptides, derived from sense and antisense transcription of HIV-1, was evaluated in pools using samples from Elite (aviremic) or HIV (viremic, < 2,000 copies/mL) controllers and progressors. Immune response to cryptic peptides are more frequent, with a larger breadth and of greater magnitude in controllers than in progressors, and this response is inversed seen in a later time point, when controllers seems to lose this response, while progressors developed it, showing cryptic peptides immune response to different pools, suggesting that immune response to cryptic peptides might play some role in pressuring the virus mutation escape. CONCLUSIONS AND SIGNIFICANCE: cryptic peptides can elicit immune response and help to explain how some virus selection happens, either by changing expression of crucial HIV-1 proteins or generating defective virus. They can be included in vaccine design for enhancing the magnitude and breadth of T cell immune response and consequently the protection against infection or progression of HIV-1 infection

Estudos atuais revelam que, mesmo na era da terapia antirretroviral (TARV), a infecção pelo HIV-1 é associada com quadros graves e frequentemente refratários de periodontite crônica (PC), despertando para a possibilidade da existência de outros fatores associados ao desenvolvimento da PC nesses pacientes. Acredita-se que fatores relacionados à população microbiana, incluindo as infecções por Candida spp, e a expressão de peptídeos microbianos possam estar envolvidos na patogênese da PC em pacientes infectados pelo HIV-1. O objetivo desse estudo foi determinar a influência do tratamento periodontal não-cirúrgico, na contagem oral de Candida spp, e nos níveis salivares de lactoferrina (Lf) e histatina, por meio de um estudo quase-experimental. Pacientes infectados (Grupo 1) e não infectados pelo HIV-1 (Grupo 2 - controle), todos com PC, foram submetidos à terapia periodontal não cirúrgica. Os pacientes do grupo 1 apresentaram contagem de linfócitos T CD4+ < 200cel/mm3, e estavam em TARV regular. Foi avaliada a contagem de unidades formadoras de colônias (UFC) de Candida spp por meio de enxaguado bucal e níveis salivares de Lf e histatina antes (Tempo 0-1) e após a terapia periodontal (Tempo 2 e 3; 30 e 90 dias após o tratamento, respectivamente). Pacientes do grupo 1 apresentaram contagem de UFC superiores à verificada nos pacientes do grupo 2 (p=0, 268; ANOVAF). Houve tendência a redução de UFC após o tratamento periodontal em ambos os grupos, mas sem diferenças estatisticamente significantes. Os níveis de Lf foram semelhantes entre os grupos, e reduziram 30 dias após o tratamento periodontal (p=0,0111; Mann Whitney). Os níveis salivares de histatina ao tempo 0 foram mais elevados no grupo 1 quando comparado ao grupo 2 (p= 0,6481; Tukey-kramer), mas tiveram comportamento distinto após o tratamento periodontal: foram mais elevados no grupo 1 e reduziram no grupo 2. Estes resultados sugerem a associação entre a presença de Candida spp e a PC, e também a importância da manutenção da higiene oral na prevenção da candidíase. Além disso, Lf salivar pode ser um marcador da PC, tanto em pacientes não-infectados, quanto infectados pelo HIV. / Current studies reveal that, even in the era of antiretroviral therapy (ART), HIV-1 infection is associated with severe and frequently refractory chronic periodontitis (CP), which leads to the possibility of other factors associated with the development of CP in these patients. It is believed that factors related to the microbial population, including Candida spp infections, and the expression of microbial peptides may be involved in the pathogenesis of CP in patients infected with HIV-1. The aim of this study was to determine the influence of non-surgical periodontal treatment on the oral count of Candida spp and on the salivary levels of lactoferrin (Lf) and histatin, by means of a quasi-experimental study. Patients infected (Group 1) and non-HIV-1 infected (Group 2 - control), all with CP, underwent non-surgical periodontal therapy. Patients in group 1 had a CD4 + T-cell count <200cel / mm³, and were on regular ART. The counts of colony forming units (CFU) of Candida spp were evaluated by oral rinsing and salivary levels of Lf and histatin before (Time 0-1) and after periodontal therapy (Time 2 and 3, 30 and 90 days after the treatment, respectively). Patients in group 1 had a higher CFU count than in patients in group 2 (p = 0.268; ANOVAF). There was a tendency to reduce CFU after periodontal treatment in both groups, but without statistically significant differences. Lf levels were similar between groups, and reduced 30 days after periodontal treatment (p = 0.0111; Mann Whitney). Salivary levels of histatin at time 0 were higher in group 1 when compared to group 2 (p = 0.6481; Tukey-Kramer), but had distinct behavior after periodontal treatment: they were higher in group 1 and reduced in group 2. These results suggest the association between the presence of Candida spp and CP, and also the importance of maintaining oral hygiene in the prevention of candidiasis. In addition, Lf salivary can be a marker of CP in both uninfected and HIV infected patients.