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Genoma mitocondrial no estudo filogenético de carrapatos pertencentes às famílias Ixodidae e Argasidae / Mitochondrial genome in the phylogenetic study of ticks belonging to the Ixodidae and Argasidae familiesLima, Paulo Henrique Costa de 20 October 2016 (has links)
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Previous issue date: 2016-10-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Dentro da família Ixodidae, relatos recentes descreveram que o cruzamento de carrapatos de populações do táxon Amblyomma cajennense provenientes de diferentes regiões geográficas, apresentavam desempenho reprodutivo com taxa de fertilidade reduzida, podendo este táxon englobar um complexo de espécies diferentes, com subtipos determinados pela distribuição biogeográfica. Por estudos morfológicos, filogenéticos e de biogeografia, concluiu-se que este carrapato deveria ser diferenciado em seis clados definidos por regiões geográficas, todos pertencentes ao Complexo A. cajennense. Considerando este contexto, buscou-se neste estudo ampliar a base de conhecimentos acerca do genoma mitocondrial completo do carrapato Amblyomma sculptum, e diferenciá-lo do Amblyomma cajennense, ambos subtipos e pertencentes ao Complexo A. cajennense. Dentre os achados, destacam-se o gene ND5 e as regiões controle 1 e 2 com características que os credenciam a atuarem como marcadores moleculares evolutivos para a diferenciação destes dois subtipos de carrapatos. Análises comparativas futuras fazem-se necessárias com sequências mitogenômicas dos demais membros do Complexo A. cajennense. Na família Argasidae existem indivíduos que são morfologicamente de difícil identificação. Esta dificuldade ocorre tanto com espécimes adultos, quanto em estádios imaturos, constituindo assim, um importante obstáculo para o estabelecimento de arranjos taxonômicos mais precisos para esta família de carrapatos, sendo um ponto negativo para estudos filogenéticos e epidemiológicos. Desta forma, para o estudo referente à família Argasidae, realizou-se análises comparativa e filogenética do mitogenoma de Nothoaspis amazoniensis para com outros membros desta família, com o objetivo de promover uma melhor compreensão das inter- relações evolutivas entre os carrapatos argasídeos. Como conclusão, evidenciou-se que a abordagem filogenômica posicionou o mitogenoma de N. amazoniensis em um clado monofilético característico do arranjo taxonômico Cladísta, englobado por representantes das regiões Afrotropical e Neotropical, com parasitismo específico em morcegos, o que pode ser um indicativo de um processo evolutivo de coevolução entre vetor e seu hospedeiro. Paralelamente, também se investigou para o N. amazoniensis, a interação parasita-hospedeiro baseando-se na presença de material genético proveniente da ação hematófaga realizado por este argasídeo em seus hospedeiros. O mitogenoma completo referente ao hospedeiro de N. amazoniensis foi sequenciado, montado e anotado, caracterizando-o como oriundo de animal membro da ordem Chiroptera. Por análise filogenética comparando esta sequência contra outras de representantes da Ordem Chiroptera, depositadas em bancos de dados biológicos, obteve-se a identificação desta em nível de gênero, denominando-a como Pteronotus sp. PV-RO-BRA. Considerando os dados referentes à coleta do argasídeo N. amazoniensis, e aos resultados apresentados para este morcego, neste estudo, conclui-se que o N. amazoniensis apresenta uma dependência evolutiva, não somente ao seu provável hospedeiro do gênero Pteronotus, mas de uma forma geral, ao conjunto de condições específicas ecológicas bióticas e abióticas encontradas em seu ecossistema. No atual estudo, a abordagem filogenômica e o estabelecimento de genomas mitocondriais completos, como estratégias moleculares, foram de fundamental importância na inferência filogenética de carrapatos pertencentes às famílias Ixodidae e Argasidae, como também, no estudo sobre a associação evolutiva entre o N. amazoniensis, seu hospedeiro e o ecossistema habitado. / Within the Ixodidae family, recent reports have described that the crossing of populations of ticks Amblyomma cajennense taxon from different geographical regions, had reproductive performance with reduced fertility rate, which taxon may comprise a complex of different species, with subtypes determined by biogeographical distribution. Per morphologic, phylogenetic and biogeography studies have concluded that this tick should be differentiated into six clades defined by geographic regions, all belonging to the compound A. cajennense. In this context, this study targeted to expand the knowledge base about the complete mitochondrial genome of the tick Amblyomma sculptum, and differentiate it from Amblyomma cajennense, both subtypes and belonging to Complex A. cajennense. Among the findings, we can highlight the ND5 gene and control regions 1 and 2 which characteristics qualify them to act as evolutionary molecular markers for differentiation of these two subtypes of ticks. In the future is necessary more comparative analyzes with mitogenomics sequences of other members of the complex A. cajennense. In Argasidae family there are individuals who are morphologically difficult to identify. This difficulty occur in both, adult specimens and immature stages, then creating a major obstacle to the establishment of more precise taxonomic arrangements for this family of ticks, with a negative point for phylogenetic and epidemiological studies. Therefore, in the study relating to Argasidae family, it was carried comparative and phylogenetic analyzes of mitogenome of Nothoaspis amazoniensis to other members of this family, targeting a better understanding of the evolutionary interrelationships between ticks argasids. In conclusion, it was shown that the phylogenomic approach placed the mitogenome N. amazoniensis in a monophyletic clade typical of a taxonomic arrangement Cladist comprised by representatives of Afrotropical and Neotropical regions, with specific parasitism in bats, which may indicate an evolutionary process of coevolution between vector and its host. At the same time, it was also investigated for N. amazoniensis, the parasite-host interaction taking in account the presence of genetic material from hematophagous action performed by this argasid in their hosts. The complete mitogenome referring to the host of N. amazoniensis was sequenced, assembled and annotated, characterizing it as originated from an animal member of the order Chiroptera. Through phylogenetic analysis, comparing this sequence against other sequences of representatives of Chiroptera order, placed in biological databases, it was obtained an identification of this sequence in the genus level, terming it as Pteronotus sp. PV-RO-BRA. Considering the data regarding the collection of argasid N. amazoniensis, and the results presented for this bat in this study it was concluded that N. amazoniensis presents an evolutionary dependence, not only to the probable host Pteronotus gender, but in general, to the set of ecological specific conditions, biotic and abiotic, found in its ecosystem. In the current study, the phylogenomic approach and the establishment of complete mitochondrial genomes, as molecular strategies, have been of fundamental importance in the phylogenetic inference of ticks belonging to the Ixodidae and Argasidae families, as well as in the study of the evolutionary association between N. amazoniensis, its host and the ecosystem inhabited.
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Myxozoa parasitos de Pseudoplatystoma corruscans (pintado), Salminus franciscanus (dourado) e Brycon orthotaenia (matrinxã) oriundos da bacia do rio São Francisco, MG / Myxozoa parasites of Pseudoplatystoma corruscans (pintado), Salminus franciscanus (dourado) and Brycon orthotaenia (matrinxã) from the São Francisco river basin, MGNaldoni, Juliana, 1986- 12 October 2014 (has links)
Orientador: Edson Aparecido Adriano / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-26T12:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2014 / Resumo: Mixosporídeos são cosmopolitas e infectam peixes em diversas regiões do mundo. Atualmente são conhecidas cerca de 2.400 espécies, das quais a grande maioria é parasito de peixes, tanto de ambiente natural como de sistemas de criação, sendo algumas espécies responsáveis por altas taxas de mortalidade em várias partes do mundo. Este trabalho teve como objetivo o estudo da diversidade de mixosporídeos parasitos de Pseudoplatystoma corruscans (pintado), Salminus franciscanus (dourado) e Brycon orthotaenia (matrinxã) da bacia do rio são Francisco, município de Pirapora, MG, Brasil. Foram realizados estudos morfológicos, ultraestruturais, histotológicos e moleculares de cinco novas espécies de mixosporídeos, sendo uma do gênero Henneguya em pintado, duas do gênero Myxobolus infectando dourado e duas infectando matrinxã. Henneguya sp. n. 1 apresentou plasmódios brancos e alongados no tecido conjuntivo das brânquias de pintado. A análise ultraestrutual revelou a parede plasmodial com delicadas projeções em direção aos tecidos do hospedeiro e a presença de uma fina camada de material finamente granular isolando o parasito do contato com o tecido do hospedeiro. A análise histológica revelou que o desenvolvimento do plasmódio causou a compressão no tecido conjuntivo e epitelial, deformação dos filamentos e a fusão lamelar. A análise filogenética, baseada no gene 18S rDNA e utilizando somente espécies dos gêneros Henneguya e Myxobolus parasitos de siluriformes, revelou o agrupamento de acordo com a família dos peixes hospedeiros. Myxobolus sp. n. 1 apresentou plasmódios brancos e arredondados entre os raios da nadadeira de dourado. A análise ultraestrutural revelou uma camada de fibroblastos circundando o plasmódio, impedindo o contato com as células do hospedeiro. Myxobolus sp. n. 2 apresentou plasmódios brancos e arredondados no fígado de dourado. Myxobolus sp. n. 3 e Myxobolus sp. n. 4 apresentaram plasmódios brancos e arredondados, sendo que a primeira ocorreu no baço e a segunda no rim de matrinxã. A análise ultraestrutural de Myxobolus sp. n. 2, Myxobolus sp. n. 3 e Myxobolus sp. n. 4 revelou o contato direto entre a parede do plasmódio do parasito e o tecido dos hospedeiros. As paredes dos plasmódios das cinco espécies aqui estudadas foram compostas por membrana simples. O processo de esporogênese das cinco espécies foi assincrônico, com células germinativas e jovens estágios de desenvolvimento dos esporos ocorrendo na periferia do plasmódio e esporos imaturos e maduros foram observados na região central. A análise filogenética, baseado no gene 18S rDNA e usando somente espécies dos gêneros Henneguya e Myxobolus parasitos de peixes da América do Sul mais as quatro novas espécies de Myxobolus parasitas de briconídeos, mostrou a especificidade de hospedeiro e a afinidade de órgão/tecido, como um importante sinal evolutivo para Myxobolus/Henneguya / Abstract: Myxosporeans are cosmopolitan parasites and infect fish in various regions of the world. So far, are known about 2,400 species, of which the vast majority are parasites of fishes, from natural environment and fish farms, and some species responsible for high mortality rates in various parts of the world. This work aimed to study the diversity of myxosporeans of Pseudoplatystoma corruscans (pintado), Salminus franciscanus (dourado) and Brycon orthotaenia (matrinxã) from the São Francisco River, municipality of Pirapora, MG, Brazil. Morphological, ultrastructural, histological and molecular studies of five new species of myxosporeans were performed, being one species of the genus Henneguya infecting pintado, two of the genus Myxobolus infecting dourado and two infecting matrinxã. Henneguya sp. n. 1 had white and elongated plasmodia in the connective tissue of the gill filaments. The ultrastructural analysis revealed the plasmodial wall with delicate projections towards the tissues of the host, and the presence of a thin layer of fibrous material isolating the parasite of the contact with the host tissue. Histological analysis revealed that the development of the plasmodium caused compression of the connective and epithelial tissue, deformation of the filament and lamellar fusion. Phylogenetic analysis, based on 18S rDNA gene, and using only Henneguya and Myxobolus parasites of siluriformes revealed clustering according to the family of the host fish. Myxobolus sp. n. 1 had white and rounded plasmodia that developed between the fin rays of dourado. The ultrastructural analysis showed a fibroblast layer surrounding the plasmodium, preventing contact of the parasite with the host tissues. Myxobolus sp. n. 2 had white and rounded plasmodia that developed in the liver also of dourado. Myxobolus sp. n. 3 and Myxobolus sp. n. 4 infected matrinxã, being that the first had white and rounded plasmodia in the spleen and the second in the kidney. The ultrastructural analyses of Myxobolus sp. n. 2, Myxobolus sp. n. 3 and Myxobolus sp. n. 4 revealed direct contact between the plasmodial wall and the host tissue. The plasmodial wall of the five myxosporeans species subject of this study was composed by single membrane. The process of sporogenesis in these five species was asynchronous, with germ cells and young development stages of spores occurring in the periphery of the plasmodia and immature and mature spores in the central region. Phylogenetic analysis based on 18S rDNA gene and using only Henneguya and Myxobolus parasites of fish from South America plus the four new Myxobolus species parasites of bryconids, shows host specificity and organs/tissue affinity as important evolutionary signs to Myxobolus/Henneguya / Doutorado / Parasitologia / Doutora em Parasitologia
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Caracterização fenotípica e molecular de linhagens atenuadas de Salmonella enterica Typhimurium = Phenotipic and molecular characterization of attenuated strains of Salmonella enterica Typhimurium / Phenotipic and molecular characterization of attenuated strains of Salmonella enterica TyphimuriumNeves, Meiriele da Silva das, 1990- 27 August 2018 (has links)
Orientador: Marcelo Brocchi / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-27T16:38:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2015 / Resumo: O gênero Salmonella pertence à família Enterobacteriaceae que agrupa bacilos Gram-negativos, anaeróbios facultativos, fermentadores e geralmente flagelados. S. enterica é um dos patógenos de origem alimentar mais prevalente, sendo que infecções causadas por essa bactéria podem estar relacionadas a praticamente todos os tipos de alimentos. O trabalho foi proposto com o intuito de realizar a caracterização fenotípica e molecular de linhagens atenuadas de Salmonella enterica Typhimurium para genes codificadores de proteínas associadas ao nucleóide (NAPs Nucleoid associated Proteins). As características fenótipicas dos mutantes nulos de Salmonella enterica para os genes ihfA ou ihfB, codificadores das subunidades A e B de IHF, foram avaliadas através de crescimento in vitro, motilidade, sobrevivência frente ao estresse nutricional (sobrevivência em fase estacionária), sob condições ácidas, na presença de sais biliares e quanto à capacidade de invasão e sobrevivência em macrófagos (linhagem J774A.1). Testes de confirmação da atenuação e avaliação da capacidade de induzir proteção em caso de infecção por S. enterica foram realizados utilizando o modelo murino. Os mutantes não apresentaram diferença no crescimento in vitro e na capacidade de sobreviver na presença de sais biliares em comparação com a linhagem selvagem. As linhagens mutantes para os genes ihfA ou ihf ihf ihfB) apresentaram uma menor capacidade de sobrevivência sob condições ácidas quando comparadas com a linhagem selvagem. A motilidade dos mutantes simples também foi reduzida. Os mutantes simples e duplo apresentaram maior capacidade de sobreviver sob estresse nutricional quando comparados com a linhagem selvagem. O mutante para o gene ihfA e o duplo mutante apresentaram um aumento na capacidade de invadir macrófagos. ihf ihfB mostraram uma capacidade aumentada em sobreviver no interior de macrófagos quando comparadas com a linhagem selvagem. Os mutantes nulos viii de Salmonella enterica para os genes ihfA ou ihfB apresentam atenuação, em diferentes graus, quanto à virulência e apresentaram capacidade de induzir proteção no modelo murino de infecção por S. enterica. Esses resultados demonstram que essa proteína apresenta função relacionada com a virulência bacteriana, sendo um importante alvo de estudo na busca de linhagens atenuadas / Abstract: The genus Salmonella belongs to the Enterobacteriaceae family that comprises Gram-negative bacillus, facultative anaerobe, fermenting and generally flagellate. S. enterica is one of the most prevalent food-borne pathogen, and infections caused by this bacterium can be associated to almost all types of food. The work was proposed with the purpose of performing phenotypic and molecular characterization of attenuated strains of Salmonella enterica Typhimurium for genes encoding proteins associated with the nucleoid (NAPs - Nucleoid associated Proteins). The phenotypic characteristics of the null mutants of Salmonella enterica for genes ihfA or ihfB, encoding the A and B subunits of IHF, were evaluated by in vitro growth, motility, survival under nutritional stress (survival in the stationary phase), under acidic conditions, in the presence of bile salts and for the ability of invasion and survival in macrophages (J774A.1 strain). Attenuation tests and evaluation of the capacity to induce protection in case of infection by S. enterica were performed using the murine model. The mutants showed no difference in the in vitro growth and the ability to survive in the presence of bile salts in comparison with the wild type strain. The single mutant for ihfA or ihf ihf ihfB) showed decreased survival under acidic conditions when compared to the wild type strain. Motility of single mutants was also reduced. Single and double mutants showed higher ability to survive under nutritional stress when compared with the wild type strain. The mutant gene for ihfA and the double mutant showed an increased ability to invade ihf ihfB mutants showed an increased ability to survive within macrophages when compared with the wild type strain. Null mutants of Salmonella enterica for ihfA or ihfB genes exhibited attenuation, to varying degrees, for virulence and showed ability to induce protection in a murine model of infection by S. enterica. x These results demonstrate that this protein has function associated to bacterial virulence and is an important subject of study in search for attenuated strains / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestra em Genética e Biologia Molecular
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Análise computacional da expressão gênica no parasita protostomado Schistosoma mansoni. / Computational analysis of gene expression in the parasite protostome Schistosoma mansoniThiago Motta Venancio 14 February 2008 (has links)
Schistosoma mansoni é um dos agentes causadores da esquistossomose, doença infecciosa negligenciada que afeta milhões de pessoas no mundo. É um platelminto parasitário dióico, com um complexo ciclo de vida, composto de seis estágios. Nos últimos cinco anos, projetos de seqüenciamento em larga escala de etiquetas de genes expressos (ESTs) de Schistosoma geraram uma quantidade razoável de dados que ainda pode ser mais bem explorada. O objetivo central deste trabalho é analisar computacionalmente a expressão gênica de S. mansoni, sob três focos distintos: (i) micro-arranjos de DNA, para os quais descrevemos o desenho e análise de dados de uma plataforma de cDNA (4,600 elementos) e outra de oligonucleotídeos (44,000 elementos). Estão também descritas diversas ferramentas de análise que implementamos e são amplamente usadas em nosso grupo. Os micro-arranjos têm servido de base para vários projetos, como o estudo da resposta do parasita a hormônios e drogas e expressão gênica durante o ciclo de vida. (ii) Identificação in silico de pares de transcritos senso- antisenso com possível ação em trans, potencialmente importantes na regulação gênica. (iii) Análises da coleção de ESTs existentes sob uma perspectiva evolutiva. Através dessa abordagem encontramos genes importantes como um possível inibidor de angiogênese e um regulador da via do mevalonato, conhecido como essencial para a produção de ovos; estes constituem a principal causa de morbidez da esquistossomose. Os resultados aqui apresentados contribuem para o entendimento da complexa biologia inerente ao ciclo de vida de S. mansoni e para acelerar a busca de futuras possibilidades de tratamento. / Schistosoma mansoni is one of the causative agents of schistosomiasis, a neglected infectious disease which affects millions of people worldwide. It is a dioecious parasitic platyhelminth, with a complex life cycle composed of six stages. In the past five years, large scale sequencing projects have generated a reasonable amount of expressed sequence tag (EST) data that can still be better explored. The goal of this thesis is to computationally analyze the S. mansoni gene expression, under three different focuses: (i) DNA microarrays, for which we describe the design and data analyses of a cDNA (4,600 elements) and an oligonucleotide (44,000 elements) platform. We also describe the implementation of several analysis tools which are widely used in our group. Our microarrays are being used in several projects, such as the study of parasite response to drugs and hormones, as well as its gene expression pattern during the life cycle. (ii) In silico identification of possible trans acting natural sense-antisense pairs, potentially important in gene regulation. (iii) Analyses of the available EST dataset under an evolutionary perspective. We have found interesting genes such as a possible angiogenesis inhibitor and a regulator of the mevalonate pathway, known to be essential for egg production; eggs are the main cause of morbidity of schistosomiasis. The results reported here contribute to the understanding of the complex biology underlying the S. mansoni life cycle and to accelerate the search for future possibilities of treatment.
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Prospecção de genes de Burkholderia seminalis TC3.4.2R3 com potencial para biocontrole. / Prospection for genes of Burkholderia seminalis TC3.4.2R3 with potential for biocontrol.Emy Tiyo Mano 03 September 2015 (has links)
O gênero Burkholderia é composto por bactérias de elevada diversidade fisiológica e genética, sendo alvo para uma série de aplicações biotecnológicas. A linhagem Burkholderia seminalis TC3.4.2R3 foi capaz de controlar fungos e bactérias patogênicas, bem como produzir antibióticos. A análise de perfil fisiológico da planta hospedeira indica que não há a elicitação de respostas de defesa no controle dos sintomas da podridão mole por B. seminalis. Foi observado que o sucesso do controle depende do contato direto do agente de biocontrole e o patógeno B. gladioli, e que B. seminalis possui atividade antimicrobiana in vitro contra com a formação de um halo de inibição e redução de 40% da densidade de B. gladioli em co-cultura líquida com B. seminalis. A análise do mutante M01 defectivo no controle da podridão mole, que apresenta a região intergênica da patatina-ferritina nocauteada pelo transposon, não mostrou diferenças significativas comparado ao isolado selvagem para os mesmos ensaios. / The genus Burkholderia is composed of bacteria with high physiological and genetic diversity, and it is being goal for a number of biotechnological applications. The Burkholderia seminalis TC3.4.2R3 strain was able to control fungal and bacterial pathogens as well as produce antibiotics. The physiological profile analysis of the host plant indicates that there is no defense responses elicitation induced by B. seminalis involved in controlling symptoms of soft rot. It was observed that the success of control depends on the full contact of the biocontrol agent and the pathogen B. gladioli. B. seminalis has an antimicrobial activity in vitro showing a inhibition halo and reducing the density of B. gladioli in co-culture with B. seminalis by 40%. The M01 mutant, wich is defective in control of soft rot and showing a insertion of transposon in a intergenic region between patatin-ferritin, presented no significant differences compared to the wild strain for the same assays.
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Genetic characterization of resistance to Haemonchus contortus in Morada Nova sheep /Haehling, Marei Borsch von January 2020 (has links)
Orientador: Ana Carolina de Souza Chagas / Resumo: Nematódeos gastrintestinais são um grande obstáculo na produção de ovinos. A seleção para resistência tem sido uma abordagem eficiente e factível para lidar com esse problema. A utilização e investigação de marcadores genéticos para características de resistência poderiam acelerar o melhoramento genético e levar ao melhor entendimento dos mecanismos moleculares de resistência. O objetivo desse estudo foi verificar a possibilidade de seleção para características de resistência e resiliência em cordeiros da raça Morada Nova, estimar as potenciais respostas correlacionadas e avaliar se cinco polimorfismos de base única (SNPs, OAR2_14765360, OAR6_81718546, OAR11_62887032, OAR12_69606944 and OAR15_59871543) estão associados às características de resistência e resiliência. Um total de 287 cordeiros e 131 matrizes foram submetidas a dois desafios parasitários consecutivos e independentes por infecção oral com 4.000 larvas infectantes (L3) de Haemonchus contortus. Contagem de ovos por grama de fezes (OPG), volume globular (VG) e peso corporal vivo (PV) foram monitorados a cada uma ou duas semanas para 42 dias em cada desafio. Amostras de DNA de 287 cordeiros, 131 matrizes e 4 reprodutores machos foram amplificados por ARMS-PCR ou PCR-RFLP e os genótipos foram determinados. Estimativas de parâmetros genéticos foram obtidas para dias individuais de coleta, e para a característica como um todo com medidas repetidas, utilizando modelos animais mistos. A análise de variância (ANOVA) foi u... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Gastrointestinal nematodes are a major constraint in sheep production. Breeding for resistance has proven to be an effective and feasible approach to address this problem. The use and investigation of genetic markers for resistance traits could accelerate genetic progress and lead to a better understanding of underlying molecular mechanisms. The aim of this study was to verify the possibility of selection for resistance and resilience traits in Morada Nova lambs, to estimate potential correlated responses and to evaluate if five single nucleotide polymorphisms (SNPs) (OAR2_14765360, OAR6_81718546, OAR11_62887032, OAR12_69606944 and OAR15_59871543) are associated with resistance and resilience traits. A total of 287 lambs and 131 ewes were submitted to two consecutive independent parasite challenges by oral infection with 4,000 infective larvae (L3) of Haemonchus contortus. Faecal egg counts (FEC), packed cell volume (PVC) and body weight were measured every one or two weeks for 42 days in each trial. DNA samples from 287 lambs, 131 ewes and 4 rams were amplified by ARMS-PCR or PCR-RFLP and genotypes were determined. Estimates of genetic parameters were obtained for individual records as well as for overall traits with repeated measures, using mixed animal models. Analysis of variance (ANOVA) was used for association analyses between SNP genotypes and phenotypes. In case of significant association, the allele substitution effect was calculated based on a linear model. Heritabi... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Viabilidade ecológica na troca de plantas hospedeiras e metagenômica de endossimbiontes em Drosophila suzukii (Diptera: Drosophilidae) / Ecological viability in host shift and metagenomics of endosymbionts in Drosophila suzukii (Diptera: Drosophilidae)Silva, Isabelle Bueno 09 April 2019 (has links)
O interesse de compreender comportamento de insetos envolvidos em processos de invasão biológica, sobretudo em relação a seus hospedeiros tem aumentado em razão da relevância do assunto para introdução de pragas exóticas em novas áreas. Dentre as espécies de drosofilídeos, Drosophila suzukii (Matsumura, 1931) (Diptera: Drosophilidae), de origem asiática, tornou-se praga em diversos países por atacar pequenos frutos de tegumento fino, já que dispõe de ovipositor adaptado para essa ação. Por ser inseto polífago, vários estudos têm investigado preferência, atratividade, e atributos que levam a destacar os potenciais hospedeiros da espécie. A despeito de estudos já desenvolvidos, ainda não havia sido verificado se a viabilidade ecológica dessa espécie poderia ser influenciada em condições de troca de frutos hospedeiros. Assim, no presente estudo foram avaliadas variáveis biológicas como fecundidade e período de oviposição, associados ao tempo de sobrevivência quando submetidos à troca de frutos hospedeiros, em particular de framboesa para o morango, bem como os fisiológicos, como a concentração de nutrientes em indivíduos de D. suzukii. Analisou-se também a microbiota associada aos indivíduos utilizados no experimento de troca de frutos, através de metagenômica. Os resultados encontrados indicam que a fecundidade foi significativamente maior na framboesa do que no morango, e entre as gerações que estavam no morango. O período de oviposição foi maior para os insetos que continuaram na framboesa, e a proporção de prole viável foi maior no morango. Além disso, foi visto que a quantidade de ovos está associada ao tempo de sobrevivência no fruto. Os resultados sobre a metagenômica mostraram que apesar de não haver diferença significativa em relação à comunidade de simbiontes nos diferentes tratamentos, ambas as populações e as gerações tiveram alta diversidade e equitabilidade. As populações do sul e sudeste diferem quanto a presença de Wolbachia, indicando que o simbionte está presente apenas nos indivíduos do sudeste. / Understanding the behaviour of insects in a biological invasion context, mainly in relation to their hosts, has become very important, because of the multitude of effects in the community that arise from the introduction of exotic pests in new areas. Within the species of drosofilids, Drosophila suzukii (Matsumura, 1931) (Diptera: Drosophilidae), became a pest in several countries, attacking small fruits and berries. As it is considered polyphagous, many studies have investigated the preference, attractiveness, and attributes of potential hosts. Thus far, no study has verified if the ecological viability was driven by fruit-host shift. In the present study, we analyse fecundity and oviposition period jointly with survival times of D. suzukii when submitted to fruit shift, in particular from raspberry to strawberry. We also study the effects on physiological attributes, such as the concentration of nutrients in individuals of D. suzukii. It was also analyzed the microbiota associated to these individuals that were used in the host shift experiment, through metagenomics. Our results showed that fecundity was significantly higher in raspberry than in strawberry. The oviposition period was higher for insects that continued in the raspberry, and the proportion of viable offspring was higher in the strawberry. Furthermore, we found that the number of eggs is related to the survival time in the fruit. No significant difference was observed in the macronutrient concentration, indicating that changes in host do not affect this physiological aspect. The metagenomic data showed that although there is no significant difference in relation to the symbiont community in the different treatments, both populations and generations had high diversity and equitability. The Southeast population has Wolbachia symbiont, differing from the south population.
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Caracterização da resposta inflamatória induzida por Escherichia coli enteroinvasora (EIEC) e Shigella flexneri em células epiteliais intestinais da linhagem Caco-2 / Characterization of the inflammatory response induced by Escherichia coli enteroinvasive (EIEC) and Shigella flexneri in intestinal epithelial cells of the Caco-2 lineageFerreira, Lucas Gonçalves 05 September 2008 (has links)
Escherichia coli enteroinvasora (EIEC) e Shigella sp causam disenteria bacilar que é caracterizada pela invasão e destruição da mucosa do cólon humano. Amostras de EIEC possuem características bioquímicas, genéticas patogênicas semelhantes às espécies de Shigella, porém a doença causada por EIEC se apresenta numa forma mais branda e autolimitante. As células do epitélio intestinal participam ativamente da imunidade da mucosa, expressando e secretando uma série de mediad ores inflamatórios como citocinas, quimiocinas, moléculas de adesão e óxido nítrico. Para melhor entendimento da patogênese de EIEC, estudamos a resposta inflamatória modulada por este microrganismo em células epiteliais intestinais da linhagem Caco-2, comparando-a com Shigella flexneri. Células Caco-2 foram infectadas com EIEC ou S. flexneri por diferentes intervalos de tempo, para posterior analise da capacidade de invasão e disseminação bacterianas (UFC, PLAQUE ASSA Y), indução de morte celular (FACS), analise relativa de genes envolvidos no reconhecimento bacteriano e na resposta inflamatória (RT-PCR, RPA), dosagem de citocinas e quimiocinas pró-inflamatórias (ELISA) e óxido nítrico (GRIESS). Neste trabalho foi possível observar que: (i) a capacidade de disseminação e (ii) a indução da morte celular em células Caco-2 foi significativamente maior na infecção por S. flexneri do que EIEC; (iii) há diferenças em relação à expressão relativa de genes das células Caco-2 envolvidos no reconhecimento das duas cepas bacterianas. Foi evidenciado o papel essencial dos receptores intracelulares no reconhecimento bacteriano das células Caco-2, sendo a expressão relativa do mRNA do receptor intracelular Nod1 foi maior para EIEC quando comparado com S. flexneri; (iv) há diferenças significativas na cinética de produção de NO pelas células Caco¬2 infectadas, em que EIEC induziu mais precocemente a produção de NO quando comparado com S. flexneri. Estes dados sinalizam que as células epiteliais intestinais reconhecem e respondem de forma diferente frente a essas duas espécies bacterianas, apresentando uma resposta inflamatória mais eficiente no controle da infecção induzida por EIEC. / Escherichia coli enteroinvasive (EIEC) and Shigella sp cause bacillary dysentery which is characterized by the invasion and destruction of the human colon mucosa. Samples of EIEC have characteristics biochemical, genetic and pathogenic similar to those of Shigella species, however the disease caused by EIEC is more lenient. The cells of the intestinal epithelium actively participate in the mucosal immunity by expression and production of several inflammatory mediators such as cytokines, chemokines, adhesion molecules and nitric oxide. For better understanding of the EIEC pathogenesis, we studied the inflammatory response modulated by this microorganism in intestinal epithelial cells Caco-2, comparing it with Shigella flexneri. Caco-2 cells were infected with EIEC or S. flexneri during different intervals of time and analyzed the invasiveness and spread bacteria capacity (CFU, PLAQUE ASSAY), induction of cell death (FACS), analysis of genes involved in the recognition of bacterial and inflammatory response (RT-PCR, RPA), production of pro-inflammatory cytokines and chemokines (ELISA) and nitric oxide (NO) (GRIESS). In this work was possible to observe that: (i) the ability to spread and (ii) the induction of cell death in Caco-2 cells was significantly higher in S. flexneri infection than EIEC, (iii) there are differences regarding the relative expression of genes of Caco-2 cells involved in the recognition of two bacterial strains. It was highlighted the essential role of intracellular receptors in recognition of bacterial by Caco-2 cells, and the expression of mRNA of the intracellular receptor Nod 1 was higher for EIEC when compared with S. flexneri, (iv) there are significant differences in the kinetics of NO production by Caco-2 infected cells, EIEC induced a early NO production when compared with S. flexneri. These data indicate that the intestinal epithelial cells recognize and respond in a different way to these bacterial species and induce an inflammatory response more efficient in control of the infection induced by EIEC.
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Diversidade genética de isolados polispóricos de Crinipellis perniciosa (Stahel) Singer / Genetic diversity of polisporics isolates of Crinipellis perniciosa (Stahel) SingerFerreira, Luiz Fernando Romanholo 11 July 2005 (has links)
A diversidade genética de Crinipellis perniciosa foi avaliada quanto à capacidade adaptativa de diferentes genótipos à dispersão geográfica e à associação preferencial ou diferencial com hospedeiros. Isolados polispóricos de C. perniciosa provenientes de diferentes Estados brasileiros (AM, RO, MG, BA, SP, MT e PA) e diferentes hospedeiros (Theobroma cacao L., Solanum cernuum, Solanum paniculatum, Solanum grandiflorum L., Solanum e lianas), foram analisados pelas técnicas de compatibilidade somática (SCG - Somatic Compatibility Group), através de reações de compatibilidade e/ou incompatibilidade, o uso de gel de eletroforese de proteínas totais, velocidade de crescimento, ELISA e Western Blot. Os diversos isolados foram agrupados com base em conjuntos de dados sobre suas características genéticas, identificando-se agrupamentos de acordo com a dispersão geográfica e hospedeiros de onde foram isolados. Foram construídos dois dendogramas pelo teste de compatibilidade permitindo classificar os isolados em três grupos: i)grupo formado pelos isolados de Rondônia e Pará e ii) grupo formado pelos isolados de Rondônia, Pará e Amazonas e o iii) grupo formado pelo isolado de Mato Grosso; o segundo teste separou os isolados em dois grandes grupos: i) grupo formado pelos isolados da Bahia, Minas Gerais, São Paulo, Mato Grosso e Rondônia e ii) grupo formado pelo isolado do Pará. O dendograma criado pelo perfil protéico permitiu agrupar os isolados em três grupos, de acordo com o hospedeiro e região de origem: (1) grupo formado pelo isolado de Theobroma cacao de Ouro Preto DOeste; (2) grupo constituído pelos isolados de Theobroma cacao da Bahia e os diversos isolados de Solanaceae do Estado de Minas Gerais, Bahia e São Paulo e grupo (3) formado pelo isolado de Lianas (cipós). De forma geral, conclui-se que há ampla diversidade genética entre os isolados de C. perniciosa provenientes das diferentes regiões brasileiras e em relação aos hospedeiros, comprovando-se haver elevada capacidade adaptativa caracterizada pela prevalência em ambientes diversos e pela disseminação a longas distâncias geográficas. Há também indicativos de que a velocidade de crescimento do fungo pode ser um dos fatores importantes para assegurar a colonização, já que é correlacionada com a dispersão geográfica, e também, para a seleção de biótipos patogênicos e para a variabilidade genética do fungo. / The genetic diversity of Crinipellis perniciosa was evaluated how much to the capacity of adaptation of different genotypes to the geographic dispersion and the preferential or distinguishing association with hosts. Polisporics isolated of C. perniciosa proceeding from different Brazilian States (AM, RO, MG, BA, SP, MT e PA) and different hosts (Theobroma cacao L., Solanum cernuum, Solanum paniculatum, Solanum grandiflorum L., Solanum and lianas), had been analyzed by the techniques of somatic compatibility (SCG - Somatic Compatibility Group), through reactions of compatibility and/or incompatibility, the gel use of proteins electrophoresis, speed of growth, ELISA and Western Blot. Diverse the isolated ones had been grouped on the basis of different data on its genetic characteristics, identifying to groupings in accordance with the geographic dispersion and hosts of where they had been isolated. Two dendrogramas for the compatibility test had been constructed allowing to classify the isolated ones in three groups: i)group formed by isolated of Rondônia and Pará and ii) group formed for the isolated ones of Rondônia, Pará and Amazonas and iii) group formed for the isolated one of Mato Grosso; as the test separated the isolated ones in two great groups: i) group formed for isolated of the Bahia, the Minas Gerais, São Paulo, Mato Grosso and Rondônia and ii) group formed for the isolated one of Pará. The dendrograma created by the protein profile allowed to group the isolated ones in three groups, in accordance with the host and region of origin: (1) group formed for isolated of Theobroma cacao of Ouro Preto D'Oeste; (2) group consisting of isolated of Theobroma cacao of the Bahia and diverse the isolated ones of Solanaceae of the State of Minas Gerais, Bahia and São Paulo and group (3) formed by the isolated one of Liana. Of general form, it is concluded that it has ample genetic diversity enters the isolated ones of C. perniciosa proceeding from the different Brazilian regions and in relation to the hosts, proving to have high capacity of adaptation characterized by the prevalence in diverse environments and the dissemination the long geographic distances. It has also indicative of that the growth speed can be one of the factors important to assure the correlated settling since with the geographic dispersion, favors new biotypes, important factor for the genetic variability of fungus.
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Expressão da proteína imunomodulatória CD200 em macrófagos murinos infectados com Leishmania (Leishmania) infantum chagasi. / Expression of the CD200 immunomodulatory protein in murine macrophages infected with Leishmania (Leishmania) infantum chagasi.Bressan, Albert da Silva 29 May 2015 (has links)
A leishmaniose é um termo global para doenças causadas por parasitos do gênero Leishmania, sendo a Leishmaniose Visceral (LV) a forma mais grave da doença. No Brasil é causada pelo parasita Leishmania (Leishmania) infantum chagasi. Para garantir a sua sobrevivência, alguns parasitas são capazes de manipular respostas de defesa das células do sistema imune. Recentes estudos demonstraram a participação da proteína imunomodulatória CD200 durante o processo de infecção de L. (L.) amazonenses. O presente estudo teve como objetivo investigar se os parasitos L. (L.) infantum chagasi são capazes de induzir a expressão da proteína CD200 durante o processo infeccioso. Em ensaios de infecção ex vivo, não foi observado proliferação de parasitas intracelulares. Apesar disso, L. (L.) infantum chagasi foi capaz de induzir a expressão do gene CD200. De maneira interessante, diferente de infecções por L. (L.) amazonenses, a indução de CD200 nessas células foi observada em tempos mais tardios de infecção. Ensaios de imunoprecipitação e Western blot indicaram a síntese da proteína, que atingiu os seus maiores níveis a 120 horas pós-infecção. A presença de CD200 sugere o envolvimento dessa molécula em tempos mais tardios de infecção por L. (L.) infantum chagasi. / Leishmaniasis is a global term for diseases caused by parasites of the genus Leishmania, and Visceral Leishmaniasis (VL) are the most severe form of the disease. In Brazil is caused by the parasite Leishmania (Leishmania) infantum chagasi. To ensure their survival, some parasites can handle defensive responses of the cells of the immune system. Recent studies have demonstrated the participation of immunomodulatory protein CD200 during the infection process of L. (L.) amazonenses. This study aimed to investigate whether the parasites L. (L.) infantum chagasi are capable of inducing the expression of CD200 protein during the infectious process. In trials of ex vivo infection, there was no proliferation of intracellular parasites. Nevertheless, L. (L.) infantum chagasi was able to induce the expression of CD200 gene. Interestingly, unlike infection by L. (L.) amazonenses, CD200 induction of these cells was observed at later times in infection. Immunoprecipitation assays and Western blot indicated protein synthesis, which reached their highest levels at 120 hours post-infection. The presence of CD200 suggests the involvement of this molecule at later times of infection with L. (L.) infantum chagasi.
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