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Développement d'outils moléculaires pour faciliter l'ingénierie des génomes

Raymond-Fleury, Alexandre 24 April 2018 (has links)
Malgré les progrès récents associés à l’utilisation des nucléases d’ingénierie du génome, certaines problématiques persistent. Par exemple, l’isolement des cellules génétiquement modifiées est un travail long et parfois laborieux. De plus, la spécificité des nucléases est aussi un point souvent mal caractérisé. Cette dernière peut avoir des conséquences importantes in vitro, mais particulièrement in vivo. Le but de mon projet de maitrise était de développer des techniques permettant d’adresser ces deux problématiques. Ici, nous avons créé une cassette de sélection auto-excisable qui exploite le processus de réparation par appariement simple brin (SSA) et qui permet une isolation simple de clones modifiés sans laisser de « cicatrices » dans l’ADN. Le procédé se base sur une sélection à la puromycine, une contre sélection au ganciclovir et une excision de la cassette de résistance via l’utilisation de nucléases thermosensibles. Nous avons démontré la faisabilité de cette approche en intégrant la protéine fluorescente EGFP au locus AAVS1 et en insérant une étiquette de purification au locus EZH2. Ce locus code la protéine Enhancer of Zeste Homolog 2 (EZH2). Dans un deuxième temps, nous avons évalué la possibilité d’utiliser deux paires de nickases pour créer deux cassures simple brin (SSB) et ainsi induire indirectement une cassure double brin dans l’ADN. Cette approche permet de diminuer de façon importante la possibilité de créer des mutations à des sites non-ciblés. Nous avons déterminé que deux SSBs doivent avoir lieu sur des brins opposés et à proximité afin de stimuler la modification génique voulue. Toutefois, ces paires de nickases ont une efficacité plus faible que les nucléases clivant au même endroit. Les nouveaux outils décrits dans ce mémoire permettront éventuellement de simplifier l’ingénierie du génome en diminuant la charge de travail nécessaire à l’enrichissement des cellules modifiées génétiquement et en augmentant la spécificité des nucléases, ce qui permet de réduire les probabilités de mutations à des loci hors cible. / Despite recent advances in the use of engineered nucleases, some issues remain. For example, isolation of genetically engineered cells is a long and sometimes laborious process. Moreover, the specificity of nucleases is often poorly characterized. The latter may have important consequences in vitro, but particularly in vivo. We aimed to develop techniques for addressing these two problems. Here we have created a self-excisable selection cassette that exploits the single-strand annealing (SSA) repair process and allows for simple isolation of modified clones and scarless genome editing. The method is based on puromycin selection, ganciclovir counter-selection and excision of the resistance cassette via the use of heat-sensitive nucleases. We demonstrate the feasibility of this approach by integrating the fluorescent protein EGFP at the AAVS1 locus and by inserting a purification tag at the EZH2 locus. This locus encodes the protein Enhancer of Zeste Homolog 2 (EZH2). Secondly, we evaluated the possibility of using two pairs of nickases to create two single-strand breaks that could be repaired as a double strand break. As a proof of concept, we created two single-strand breaks at a distance of 513 bp at the CCR5 locus. When they take place on opposite strands, the latter can recreate the effect of a double-strand break, but with a lower efficiency than the nucleases cleaving at the same site. We determined that the double-strand break effect created by two single-strand breaks increases as the distance between the two single-strand breaks decreases. The new tools described here make it possible to simplify genome engineering by reducing the workload necessary for the enrichment of genetically modified cells and by increasing the specificity of the nucleases by decreasing the potential for off-target mutagenesis.
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ISTOA, modèle notionnel de guidage macroscopique de l'apprentissage / IStoa, toward a modular approach for building non-domain dependent intelligent tutor system

Fernandes, Hilaire 01 July 2010 (has links)
Les EIAH sont souvent spécialisés à un domaine bien précis. Cela leur permet d’offrir des modélisations fines du domaine et de l’apprenant. L’analyse alors pro duite à partir des traces est didactiquement très fine et spécifique au domaine en question. Elle permet de guider l’apprenant en cas de difficulté et de lui proposer des activités de soutien. Cependant cette analyse est étroitement liée aux domaines didactiques, et différente d’un domaine à un autre. Dans la diversité des domaines enseignés, comment proposer un modèle tenant compte de cette multitude et permettant une analyse de l’activité de l’élève et son guidage ? Nous proposons une analyse de l’activité de l’élève hors du champ didactique pour un guidage que nous nommons macroscopique, par opposition à une analyse didactique fine. Le guidage proposé est paramétré selon le domaine afin d’être transposable. Notre approche s’appuie sur les réseaux notionnels, les étayages pédagogiques, les traces d’objets et l’inférence sur celles-ci. Leur utilisation conjointe permet la description du domaine, la modélisation de l’apprenant et son pilotage par l’EIAH. Nous présentons cette approche implantée dans iSTOA. / Intelligent Tutor Systems (ITS) are often dedicated to a specific domain. This allows them to offer accurate models of the domain and the learner. The analysis produced from traces left by the users is didactically very precise and specific to the domain in question. It allows one to guide the learner in case of difficulty and to offer her/him some support activities. However this analysis is linked to the didactic domains, and is different as a function of each domain. Faced with the diversity of teaching domains, how to propose a model taking into account this multitude and allowing an analysis of the learner activity and her/his guidance? We propose a model supporting an analysis of the learner activity outside the didactic field for guidance which we name macroscopic, as opposed to “a classic and accurate didactic analysis”. The proposed approach is generic but parameterized by a notional network to be applied to different domains of teaching. Our approach is based on notional networks, pedagogical scaffoldings, object traces and inferences from these traces. The joint use of all these concepts allows the description of the domain, the learner modellisation and his/her piloting by the system. We present this approach in a complete pedagogical platform called iSTOA.net, experimented in an ecological context.
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Étude de la persistance et du polymorphisme génétique des papillomavirus humains de type 31, 33 et 35

Gagnon, Simon January 2003 (has links)
Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.
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Les enjeux éthiques du clonage humain reproductif

Guillemette, Anne-Marie January 2005 (has links)
Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.
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Paléopathologie dentaire d'un groupe de victimes sacrifiées de Punta Lobos, vallée de Huarmey, côte nord du Pérou

Cortez Vilchez, Rosa January 2004 (has links)
Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.
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Assistance à la modélisation et à la contextualisation de dispositifs pédagogiques complexes / Assistance for modelling and contextualization of complex eLearning systems

Drira, Rim 16 December 2010 (has links)
Nos travaux s’intéressent à l’ingénierie des EIAH dans le cadre d’une approche dirigée par les modèles (MDA) et aux plateformes de formation à distance comme support à l’exécution des dispositifs pédagogiques. Ils visent à assister les concepteurs pédagogiques dans la modélisation de leurs intentions pédagogiques et dans leur concrétisation dans les termes d’une plateforme de formation tout en tenant compte de la complexité des dispositifs qui se manifeste lors de l’usage. Les aspects de la complexité étant nombreux, nous nous concentrons sur le contexte institutionnel qui est définit comme l’ensemble de règles organisationnelles et de pratiques contextuelles qui influencent la conception et l’exécution des dispositifs.Nous proposons dans cette thèse un cadre conceptuel définissant le contexte institutionnel et le catégorisant selon les étapes du MDA, explicitant les interdépendances entre le contexte et le dispositif et détaillant les besoins de contextualisation.Nous proposons une démarche assistée basée sur MDA et qui va de la modélisation des intentions pédagogiques à la spécification du modèle d’un dispositif pédagogique dans les termes d’une plateforme choisie tout en respectant le contexte institutionnel. L’approche proposée se base sur la réutilisation de templates formalisant des scénarios abstraits et sur leur contextualisation afin de les adapter aux spécificités du contexte institutionnel. Pour l’étape de la transformation, un processus de transformation contextualisée qui permet aux concepteurs d’exprimer eux-mêmes leurs règles de transformation est proposé et qui les guide par les pratiques et règles contextuelles d’usage de la plateforme cible. / We are interested in our work by Technology Enhanced Learning (TEL) systems design. We aim to assist instructional designers in modelling their intents and in their expression according to the Learning Management System (LMS) where they will be enrolled. We approach a TEL system as a complex system. In order to address, at design time, this complexity that manifests at run time, we focus on contextualization of TEL systems with regard to institutional context. We define institutional context as a set of rules and practices that influence design and run of TEL systems. First, we propose a framework defining interactions between institutional context and a TEL system and exploring contextualization needs. Then, we propose an assisted contextualization process based on Model Driven Approach (MDA) that starts by modelling intents and ends by the specification of a TEL system model specific to a chosen LMS with respect to institutional context features. At intents modelling step, we propose to assist the modelling of reusable pedagogic scenarios in pedagogic templates, the reuse of existent ones and the contextualisation of them. At the step of expression intents according to the chosen LMS, a contextualized transformation process is proposed. It allows to instructional designers to define their transformation rules and then to play an active role in this step which is usually affected to experts. Transformation process is called contextualized since instructional designers are guided by contextual rules and practices of use of LMS tools. A solution is proposed for the modelling of these rules and practices.
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Caractérisation fonctionnelle de la protéine précoce-immédiate 2 de l'herpèsvirus humain 6

Tomoiu, Andru. January 1900 (has links) (PDF)
Thèse (Ph. D.)--Université Laval, 2007. / Titre de l'écran-titre (visionné le 14 mai 2007). Bibliogr.
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Physiologie de l'auteur dramatique : « Histoires saisonnières autour du feu »

Régnier, Jean January 2010 (has links) (PDF)
Ce mémoire création a pour sujet l'utilisation de l'imagination matérielle en écriture dramatique. Il s'organise en trois scènes dramatiques qui ont été écrites en engageant, pour chaque scène, un organe du corps distinct, lié à un élément de la nature et à une saison. Chaque scène comporte trois trios: l'eau, les reins, l'hiver; le bois, le foie, le printemps; le feu, le coeur, l'été. Elles mettent en relation les deux mêmes personnages, devant un feu. Une lecture publique des scènes a été présentée lors d'une conférence démonstration où l'auteur a également exposé les caractéristiques de son expérimentation. Des réflexions théoriques inspirées de La psychanalyse du feu et de L'eau et les rêves de Gaston Bachelard appuient la recherche, ainsi que des travaux de Larry Tremblay, Louis Jouvet, Eugenio Barba, Jerzy Grotowski, Pol Pelletier et Bonnie Bainbridge Cohen. L'auteur de ce mémoire a aussi suivi un entraînement physique et énergétique, le qi gong de La mémoire du souffle, afin de favoriser une perception subtile des manifestations du corps. Cet entraînement a été supervisé par Marie-Claude Rodrigue. Il mobilise, à chaque saison, un organe corporel spécifique en correspondance avec un élément de la nature. La tenue d'un journal de bord complète la démarche en vue de témoigner de la manifestation de la dynamique corps objet -corps sujet chez l'auteur dramatique en action. L'utilisation de l'imagination matérielle a stimulé la pulsion créatrice de l'auteur dramatique. Des traces des éléments de la nature et de leurs dérivés sont perceptibles dans les trois scènes. La principale révélation de l'expérimentation est la reconnaissance de l'existence d'un mouvement énergétique particulier à chaque élément de la nature lorsque celui-ci est imaginé et senti, comme une matière, dans un organe du corps. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Théâtre, Écriture dramatique, Imagination matérielle, Corps, Entraînement.
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Écriture, ventre, maternité : "Le triangle", texte dramatique écrit pendant une grossesse

Fleury Labelle, Marie-Maude 09 1900 (has links) (PDF)
Le constat de la rareté des œuvres qui abordent le thème de la maternité dans l'espace théâtral actuel, et la quasi-inexistence du rapport entre la création théâtrale et la grossesse suscitent le désir de nous intéresser au lien entre la création et la procréation. Ce présent mémoire poursuit donc l'objectif de l'écriture d'une pièce de théâtre pendant une grossesse, d'une part pour établir un rapport expérimental entre la grossesse et la création théâtrale, et d'autre part pour étayer une réflexion au sujet de l'impact de la maternité sur les capacités artistiques. Des interrogations spécifiques se présentent par cette recherche-création : Quel lien s'établit entre la fécondité et la création artistique? Quel rapport s'installe pour la femme enceinte entre l'enfant et l'objet de la création? Est-ce que la création théâtrale peut s'observer comme un outil de création privilégié pendant la grossesse? Quelle histoire de la parole des femmes la grossesse fait-elle surgir? Nous répondons à ces questions à partir d'un corpus d'artistes et de théoriciens qui s'intéressent aux domaines de la création et de la maternité ainsi que de nos apprentissages de l’expérimentation. Notre hypothèse est que l'impact d'une grossesse sur le processus créateur provoque une implication profonde du corps, et l'émergence d'une part souvent « oubliée » de la parole des femmes. Pour vérifier notre proposition, nous expliquons en premier lieu les assises théoriques de notre réflexion à partir de certains ouvrages de Nancy Huston (Journal de la création) et d'Annie Leclerc (Parole de femme, Épousailles). Nous présentons ensuite notre méthode de création, l'approche de jeu de l'anatomie ludique élaborée par Larry Tremblay, que nous adaptons à l'écriture, ainsi que son application dans le contexte d'une grossesse. Nous partageons également nos observations au sujet de l'impact d'une grossesse lors d'une expérimentation d'écriture dramatique. Nous tentons finalement d'établir des applications possibles pour l’artiste enceinte qui désire nourrir la création d'une écoute particulière de son corps. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Théâtre, écriture, maternité, corps, femme, identité.
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Portrait d'homme ; suivi de, Cet homme blême qu'on porte en nous quand on est de la ville

Giasson-Dulude, Gabrielle 09 1900 (has links) (PDF)
Ce mémoire s'articule autour de la question suivante : comment le poème peut-il procéder à l'élaboration d'un langage dont le souffle, la voix et la présence dans l'espace non seulement s'ancrent dans le corps, mais se construisent à partir des arts du corps? Tout au long de mon travail d'écriture, j'approche cette question en la considérant au moyen de la pratique et de la théorie du mime corporel d'Étienne Decroux. En première partie du mémoire, le recueil Portrait d'homme met en scène une voix féminine. Dans un contexte urbain, celle-ci élabore le portrait d'un homme blessé, défait; sujet plus ou moins réduit au silence, et plus ou moins avalé par la ville qui l'englobe. C'est pourtant sur fond de mutisme que se dessine la relation de la femme à l'homme. Ce travail d'approche se lie pour elle et pour lui à l'expérience de la solitude devant l'autre, expérience d'où surgit la nécessité de la voix. Le mime, dans ce contexte, figure pour les sujets la possibilité de réapprendre à s'exprimer à partir de leur corps, tant en relation avec le corps de l'autre qu'avec la pluralité des corps que chacun porte en lui-même. De poème en poème, Portrait d'homme fait ainsi le récit de ce qui, par la souffrance et par l'amour (dévoilés dans leur clarté au travers du mime), rapproche les sujets à la fois de ce qui les constitue et les différencie. L'essai qui suit, intitulé Cet homme blême qu'on porte en nous quand on est de la ville, vise à présenter la trame de fond de mon écriture et la condition de la voix dans des contextes urbains saturés par la technologie, où le corps subit la pression des non-lieux reliés aux habitudes de la société de consommation. Je m'y intéresse avant tout à la perte de soi, et à la réappropriation de soi par le double biais d'une appartenance à la collectivité et d'une éthique du don, en prenant à témoin des œuvres telles l'essai de François Bon sur le travail de Edward Hopper, les livres de Kathy Acker, le travail de l'École de mime de Montréal et l'héritage d'Étienne Decroux. À l'intérieur de cette approche, le poème et le mime dévoilent un corps marqué par sa fragilité et par l'isolement, l'absence à soi-même, le retranchement ou l'effacement auxquels sans cesse on le reconduit. La reconstruction de la parole par l'écriture - recherche de la voix, de sa justesse et de sa subjectivité - conduit à reconnaître pourtant, au sein même de ces conditions difficiles, un lieu d'accueil pour le vivant. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : subjectivité, voix, mime, résistance, silence, mutisme, parole, écriture, engagement, corps.

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