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2 2D Model of Semi-molten Drop Impact for Thermal Spray ApplicationWu, Tommy 15 July 2009 (has links)
In thermal spraying, semi-molten (or partially-melted) particles are likely to form when the sprayed particles are insufficiently heated, or when a composite material is deposited. The present 2D model serves to begin to assess the spreading behavior of a semi-molten particle when impacting a solid substrate. An Immersed-Boundary (IB) scheme was implemented in an axisymmetric fluid model to simulate fluid flow in the presence of a solid core. The IB method calculates a forcing term, which is added to the momentum equation, to enforce the no-slip boundary condition at the core surface. Results are presented for the impact of a semi-molten tin droplet of radius R for a wide range of solid core radii r, varying the drop size ratio r/R, and the impact velocity Uo.
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Matematikundervisningen i IB, International Baccalaureate, programmet. En jämförelse med svenska programClaesens, Florentine January 2004 (has links)
Syftet med detta arbete är att jämföra International Baccalaureate Diploma Programme (IB), med svenska SP och NV program. Detta görs genom att besvara frågan hur innehållen i matematikkurserna på IB programmet skiljer sig från matematikkurser som ges i de svenska programmen. Inte enbart innehållet i kurserna jämförs utan även timplanen granskas för att undersöka om arbetsbördan i programmen skiljer sig åt. Den lättaste matematikkursen som undervisas i IB programmet, Mathematical Studies är mest lik de svenska Matematik A-C kurserna. Den andra IB kursen, Mathematical Methods täcker framförallt Matematik A-E kurserna medan den tredje kursen, Mathematics Higher Level stämmer bäst överens med Matematik kurserna A-F och Matematik-diskret. För alla IB kurser gäller att de täcker områden som inte tas upp i de svenska programmen. IB kurserna innehåller flera avsnitt och ger en djupare kunskap om ämnet matematik. De undervisas också i ett högre tempo än de motsvarande svenska kurserna. Detta gäller framförallt Mathematical Methods och Mathematics Higher Level.
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Role of Group 1B Phospholipase A2 in Diet-induced Hyperlipidemia and Selected Disorders of Lipid MetabolismHollie, Norris I., II 16 September 2013 (has links)
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Perfection, hybridity or shutting up? A cross-country study of how language ideologies shape participation in international businessBarner-Rasmussen, W., Gaibrois, C., Wilmot, Natalie V. 29 August 2023 (has links)
Yes / Employees’ participation in professional international business (IB) communication has important consequences for knowledge transfer and processing, a crucial function for multinational enterprises (MNEs). Research suggests that participation is shaped by language, but prior research has focused on firm-internal language dynamics, meaning that less is known about the influence of external context. We help redress this balance by drawing on the sociolinguistic concept of “language ideologies”. Language ideologies, or shared sets of beliefs about language(s) amongst social groups, are societal-level phenomena that employees bring with them to work. As such, they are part of the external social, political and historical context of IB activities. Our analysis of 82 interviews in three countries indicates that some language ideologies block participation and create friction, while others support participation. Implications for the conceptual understanding of language in IB and the management of internationally active firms are discussed. / - Add New Charity (Rest of World) Funder -
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ANÁLISE MOLECULAR DE RESISTÊNCIA A QUINOLONAS E FLUORQUINOLONAS EM Escherichia coli UROPATOGÊNICAFreitas, Denis Leandro de 27 March 2013 (has links)
Made available in DSpace on 2017-07-21T19:59:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2013-03-27 / Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico do Paraná / The urinary tract infections (UTI) have high incidence in the population, mainly affecting women, the elderly and pregnant women. In most cases an UTI is caused by Enterobacteriaceae, especially Escherichia coli. The main antimicrobials used in the treatment of UTIs, are the quinolones and fluoroquinolones. Since its discovery in the 60s, such antimicrobials were improved and increasing its spectrum of activity, but also the micro-organisms has evolved to develop resistance to these drugs. The resistance comes down to two mechanisms: changes in targets of quinolones or decreased concentration of the drug within the cell. Quinolones are antimicrobial agents that target two enzymes involved in transcription and replication of bacterial DNA, DNA Gyrase, consisting of two subunits GyrA and two GyrB products of the genes gyrA and gyrB respectively and Topoisomerase IV, also composed of two ParC and two ParE subunits, encoded from genes parC and parE. Mutations in these genes can confer high-level resistance to these antimicrobials. Other mechanisms involve genes carried in plasmids such as qnr's, responsible for the production of proteins that protect the target enzymes of quinolones. The gene aac (6 ')-Ib-cr also present in plasmids can alter the chemical structure of certain fluoroquinolones interfering efficiency. The association of resistance to quinolones and β-lactams due to the presence of Extended Spectrum β-lactamases (ESBL) has been widely reported in the literature. The main objective of this study was to evaluate the patterns of resistance to quinolones and fluoroquinolones in 55 samples of uropathogenic E. coli collected in Curitiba, PR, Brazil. The resistance to nalidixic acid, norfloxacin, ciprofloxacin and ofloxacin was observed in 69.1% of the samples. Molecular analysis of the resistant strains showed mutations in gyrA (codons 83 and 87) and parC (codon 80). Also investigated was the presence of genes qnr's and aac (6 ')-Ib-cr and their association with ESBLs. Two of the 55 samples were positive for aac (6 ')-Ib-cr. The presence of this gene in Brazil was first reported in 2012 in Belo Horizonte, MG. No samples were positive for the qnr's genes. These results show a high incidence of resistance to quinolones and the ability to horizontally spread of acquired resistance between the bacterial strains. / As infecções do trato urinário (ITU) apresentam grande ocorrência na população, afetando principalmente mulheres, idosos e gestantes. Na maioria dos casos uma
ITU é causada por enterobactérias, especialmente Escherichia coli. A principal escolha no tratamento das ITUs são as quinolonas e fluorquinolonas. Desde sua
descoberta na década de 60, tais antimicrobianos foram aperfeiçoados aumentando seu espectro de ação, porém os micro-organismos também evoluíram desenvolvendo resistência a tais fármacos. A resistência se resume a alterações nos alvos das quinolonas e ou a diminuição da concentração da droga no interior da célula. Quinolonas são antimicrobianos que têm como alvo duas enzimas envolvidas na replicação e transcrição do DNA bacteriano, a DNA Girase, formada por duas subunidades GyrA e duas GyrB, produtos dos genes gyrA e gyrB respectivamente e
a Topoisomerase IV, também composta de duas subunidades ParC e duas ParE, codificadas a partir dos genes parC e parE. Mutações nesses genes podem conferir alto nível de resistência a estes antimicrobianos. Outros mecanismos envolvem genes transportados em plasmídeos, como os qnr’s, responsáveis pela produção de
proteínas capazes de proteger as enzimas alvo das quinolonas. O gene aac(6’)-ib-cr, também presente em plasmídeos, é capaz de alterar a estrutura química de certas fluorquinolonas interferindo na sua eficiência. A associação de resistência a quinolonas e β-lactâmicos devido à presença de β-lactamases de espectro ampliado
(ESBLs), tem sido amplamente relatada na literatura. O principal objetivo desse trabalho foi avaliar os padrões de resistência a quinolonas e fluorquinolonas em 55
amostras de E. coli uropatogênica coletadas em Curitiba, PR. A resistência ao ácido nalidíxico, a norfloxacina, ciprofloxacina e ofloxacina, foi observada em 69,1% das
amostras. A análise molecular das cepas resistentes revelou mutações em gyrA (códons 83 e 87) e em parC (códon 80). Também foi pesquisada a presença dos
genes qnr’s e aac(6’)-ib-cr e a associação destes com ESBLs. Duas das 55 amostras foram positivas para aac(6’)-ib-cr. A presença desse gene no Brasil foi
relatada pela primeira vez em 2012, em Belo Horizonte, MG. Nenhuma amostra foi positiva para os genes qnr’s. Estes resultados mostram uma elevada incidência de
resistência às quinolonas e a capacidade de transferência horizontal de resistência adquirida entre as cepas bacterianas.
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Co-infecção Plasmodium falciparum e Schistosoma haematobium: papel dos genes HLA não-clássicos de classe I (HLA-G, -E e -F) na suscetibilidade à malária / Plasmodium falciparum and Schistosoma haematobium co-infection: role of non-classical HLA class I genes (HLA-G, -E and -F) in susceptibility to malariaPaulin Sonon 31 October 2018 (has links)
A malária causada pelo Plasmodium falciparum (P. falciparum) e a bilharzíase urogenital causada pelo Schistosoma haematobium (S. haematobium) constituem duas doenças infecciosas tropicais alarmantes, sendo ambas endêmicas no Benin. Considerando que a malária (Th1) e a esquistossomose (Th2) apresentem perfis de citocinas divergentes, na presença de co-infecção, o S. haematobium poderia modular as respostas especificamente dirigidas contra o P. falciparum. Uma vez que, os genes que codificam as moléculas nãoclássicas de histocompatibilidade (HLA-G/-E/-F) possuam propriedades imunomoduladoras, pouca atenção tem sido dedicada ao estudo desses genes em populações da África Subsaariana, que são as de maior diversidade genética. O objetivo deste estudo foi avaliar a variabilidade dos genes HLA-G/-E/-F na população Toffin do Benin, e identificar fatores genéticos de suscetibilidade/resistência à malária causada pelo P. falciparum e/ou bilharziose urogenital, usando uma coorte de crianças (de 4 a 8 anos de idade) não aparentadas. Foram avaliados os segmentos codificantes e reguladores, englobando aproximadamente 5.1 kb do HLA-G, 7.7 kb do HLA-E e 6.2 kb do HLA-F, usando sequenciamento da nova geração. As frequências alélicas e haplotípicas do HLA-G/-E/-F, a diversidade genética, a diversidade nucleotídica, o equilíbrio de Hardy-Weinberg (HW) e de Tajima\'s D foram realizados utilizando o software ARLEQUIN v3.5.2. O desequilíbrio de ligação (LD) entre sítios variáveis com frequência alélica mínima (MAF) acima de 1% foi avaliado calculando o coeficiente de correlação r2 e os gráficos de LD foram visualizados usando o software Haploview 4.2. O estudo de associação foi implementada nos softwares PLINK v1.90b4.6 e R v3.4.2, usando modelos de regressão linear ou logística múltipla. 96, 37 e 68 sítios variáveis foram detectados ao longo de HLA-G/-E- F, respectivamente. Foram identificados 16, 19 e 15 haplótipos da promotora, 19, 15 e 29 haplótipos da codificadora, 12, 7 e 2 haplótipos da região 3\' não traduzida (3\'UTR), respectivamente, e ainda, 33 , 31 e 32 haplótipos estendidos, respectivamente. Todos os haplótipos promotores/codificadores/3\'UTR respeitaram os padrões já descritos na população mundial. O HLA-E foi o mais conservado, exibindo principalmente duas proteinas (E*01:01 e E*01:03), seguido do HLA-F, três proteínas (F*01:01, F*01:02 e F*01:03) e HLA-G, quatro proteínas: três normais (G*01:01, G*01:03 eSONON, P. Resumo xi G*01:04) e uma truncada (G*01:05N). Embora os alelos do HLA-G-E/-F observados na população Toffin tenham sido os mais frequentemente observados em vários países do mundo, as frequências dos haplótipos da região codificadora foram semelhantes às descritas para outras populações africanas (Guiné-Conakry e Burkina-Faso), quando comparadas com os países não-Africanos (Brasileiros), indicando que as variações ao longo desses genes estavam presentes nos Africanos antes da dispersão humana. Foram analisados 105 polimorfismos (MAF> 5%, valor P de HW> 0.05 e qualidade de genótipos> 97%) e 56 haplótipos com frequência mínima de 5%. Consideramos significativos, apenas os resultados exibindo valores de P <0.01 para polimorfismos e valores de P <0.01 antes da correção e valores de P <0.05 após correção de Bonferroni, para haplótipos. Encontramos as seguintes associações: i) o alelo inserção de 14 pares de bases do HLA-G (14 pb Ins) (em modelo dominante) foi associado ao risco de ocorrência de infecção por P. falciparum (infecções totais como infecções sintomáticas) e ao número de episódios de infecção (número elevado de episódios de infecções totais como de infecções sintomáticas), ii) polimorfismos HLA-G (- 1155 A e +755 A, em completo LD) (em modelo recessivo), e iii) haplótipo E.01.03.05- compatível em sinergia com o alelo -1988 C do HLA-E (em modelo aditivo) foram associados à proteção contra malária (em níveis de infecção como de densidade parasitária), e iv) o haplótipo E.Promo.2 foi associado à protecção contra a co-infecção do P. falciparum em crianças infectadas por S. haematobium. Excetuando o 14 pb Ins, estudos funcionais adicionais são necessários para revelar o papel desses marcadores na expressão dos genes HLA-G, -E e -F, para entender melhor o mecanismo de associação com doenças. / Plasmodium falciparum (P. falciparum) malaria and the urogenital bilharziasis caused by Schistosoma haematobium (S. haematobium) infection constitute the two alarming tropical infectious diseases; and both are endemic in Benin. Considering that malaria (Th1) and schistosomiasis (Th2) have divergent cytokine profiles, the presence of co-infection could modulate the responses specifically directed against P. falciparum. We hypothesize that the non-classical genes and molecules (HLA-G, -E and -F) of major histocompatibility complex (MHC) could be involved in this immunomodulation. Although these molecules have well known immunomodulatory properties, little attention has been devoted to the study of these non-classical class I HLA genes in sub-Saharan African populations. This study aimed to evaluate the diversity of HLA-G, -E and -F gene variable sites in the Beninese Toffin population, and to identify susceptibility/resistance genetic factors associated with P. falciparum malaria and/or urogenital bilharziasis in a Beninese cohort of unrelated schoolaged children (4 to 8 years old). We evaluated the complete gene variability (5.1 kb for HLAG, 7.7 kb for HLA-E and 6.2 kb for HLA-F) in the Beninese Toffin population using massive parallel sequencing. HLA-G, -E and -F allele and haplotype frequencies, gene diversity, average nucleotide diversity, Tajima\'s D and Hardy-Weinberg (HW) equilibrium were performed using ARLEQUIN v3.5.2 software. The linkage disequilibrium (LD) pattern among variable sites with a minimum allele frequency (MAF) above 1% was evaluated computing the correlation coefficient r2 and the LD plots were visualized using Haploview 4.2 software. The genetic association study was implemented on PLINK v1.90b4.6 and R v3.4.2 softwares using multiple logistic or linear regression models. Overall, 96, 37 and 68 variable sites were detected along the entire HLA-G, -E and -F, respectively, arranged into regionspecific haplotypes; i.e., promoter haplotypes (16, 19, and 15, respectively), coding haplotypes (19, 15, and 29, respectively), 3\' untranslated region (3\' UTR) haplotypes (12, 7 and 2, respectively) and extended haplotypes (33, 31 and 32, respectively). All promoter/coding/3\'UTR haplotypes followed the patterns already described in worldwide populations. Among the three genes, HLA-E was the most conserved, exhibiting mainly two full-length encoded-molecules (E*01:01 and E*01:03), followed by HLA-F (three full-lengthSONON, P. Abstract xiii proteins; F*01:01, F*01:02 and F*01:03) and HLA-G (four proteins; three full-length (G*01:01, G*01:03 and G*01:04) and one truncated (G*01:05N)). Although HLA-G/E/F alleles in the Toffin population were the most frequently observed worldwide, the frequencies of the coding haplotypes were closely similar to those described for other West African populations (Guinea-Conakry and Burkina-Faso) than for non-African ones (Brazilian population), indicating that variable sites along these genes were present in Africa before human dispersion. A total of 105 polymorphisms and 56 haplotypes were analyzed in the genetic association study to malaria and schistosomiasis susceptibility. Only results exhibiting respectively P-values < 0.01 and P-values < 0.05 (after Bonferroni correction) for polymorphisms and for haplotypes were considered as significant. The following associations were observed: i) HLA-G 14 base pairs (14bp) insertion was associated (under dominant model) with the risk of the occurrence of P. falciparum infection (all infections and symptomatic infections) and with high number of infection episodes (all infections and symptomatic infections), ii) HLA-G -1155 A and +755 A alleles (under recessive model) and iii) E.01.03.05-compatible haplotype in synergy with HLA-E -1988 C allele (under additive model) were associated with protection against P. falciparum (at infection as well as parasitic levels), and finally iv) the E.Promo.2 haplotype was associated with protection against malaria-schistosomiasis co-infection. The functional role of the genetic markers (alleles or haplotypes) associated with malaria and schistosomiasis suceptibility/resistance need to be investigated to better understand the mechanism that may explain these associations.
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Co-infecção Plasmodium falciparum e Schistosoma haematobium: papel dos genes HLA não-clássicos de classe I (HLA-G, -E e -F) na suscetibilidade à malária / Plasmodium falciparum and Schistosoma haematobium co-infection: role of non-classical HLA class I genes (HLA-G, -E and -F) in susceptibility to malariaSonon, Paulin 31 October 2018 (has links)
A malária causada pelo Plasmodium falciparum (P. falciparum) e a bilharzíase urogenital causada pelo Schistosoma haematobium (S. haematobium) constituem duas doenças infecciosas tropicais alarmantes, sendo ambas endêmicas no Benin. Considerando que a malária (Th1) e a esquistossomose (Th2) apresentem perfis de citocinas divergentes, na presença de co-infecção, o S. haematobium poderia modular as respostas especificamente dirigidas contra o P. falciparum. Uma vez que, os genes que codificam as moléculas nãoclássicas de histocompatibilidade (HLA-G/-E/-F) possuam propriedades imunomoduladoras, pouca atenção tem sido dedicada ao estudo desses genes em populações da África Subsaariana, que são as de maior diversidade genética. O objetivo deste estudo foi avaliar a variabilidade dos genes HLA-G/-E/-F na população Toffin do Benin, e identificar fatores genéticos de suscetibilidade/resistência à malária causada pelo P. falciparum e/ou bilharziose urogenital, usando uma coorte de crianças (de 4 a 8 anos de idade) não aparentadas. Foram avaliados os segmentos codificantes e reguladores, englobando aproximadamente 5.1 kb do HLA-G, 7.7 kb do HLA-E e 6.2 kb do HLA-F, usando sequenciamento da nova geração. As frequências alélicas e haplotípicas do HLA-G/-E/-F, a diversidade genética, a diversidade nucleotídica, o equilíbrio de Hardy-Weinberg (HW) e de Tajima\'s D foram realizados utilizando o software ARLEQUIN v3.5.2. O desequilíbrio de ligação (LD) entre sítios variáveis com frequência alélica mínima (MAF) acima de 1% foi avaliado calculando o coeficiente de correlação r2 e os gráficos de LD foram visualizados usando o software Haploview 4.2. O estudo de associação foi implementada nos softwares PLINK v1.90b4.6 e R v3.4.2, usando modelos de regressão linear ou logística múltipla. 96, 37 e 68 sítios variáveis foram detectados ao longo de HLA-G/-E- F, respectivamente. Foram identificados 16, 19 e 15 haplótipos da promotora, 19, 15 e 29 haplótipos da codificadora, 12, 7 e 2 haplótipos da região 3\' não traduzida (3\'UTR), respectivamente, e ainda, 33 , 31 e 32 haplótipos estendidos, respectivamente. Todos os haplótipos promotores/codificadores/3\'UTR respeitaram os padrões já descritos na população mundial. O HLA-E foi o mais conservado, exibindo principalmente duas proteinas (E*01:01 e E*01:03), seguido do HLA-F, três proteínas (F*01:01, F*01:02 e F*01:03) e HLA-G, quatro proteínas: três normais (G*01:01, G*01:03 eSONON, P. Resumo xi G*01:04) e uma truncada (G*01:05N). Embora os alelos do HLA-G-E/-F observados na população Toffin tenham sido os mais frequentemente observados em vários países do mundo, as frequências dos haplótipos da região codificadora foram semelhantes às descritas para outras populações africanas (Guiné-Conakry e Burkina-Faso), quando comparadas com os países não-Africanos (Brasileiros), indicando que as variações ao longo desses genes estavam presentes nos Africanos antes da dispersão humana. Foram analisados 105 polimorfismos (MAF> 5%, valor P de HW> 0.05 e qualidade de genótipos> 97%) e 56 haplótipos com frequência mínima de 5%. Consideramos significativos, apenas os resultados exibindo valores de P <0.01 para polimorfismos e valores de P <0.01 antes da correção e valores de P <0.05 após correção de Bonferroni, para haplótipos. Encontramos as seguintes associações: i) o alelo inserção de 14 pares de bases do HLA-G (14 pb Ins) (em modelo dominante) foi associado ao risco de ocorrência de infecção por P. falciparum (infecções totais como infecções sintomáticas) e ao número de episódios de infecção (número elevado de episódios de infecções totais como de infecções sintomáticas), ii) polimorfismos HLA-G (- 1155 A e +755 A, em completo LD) (em modelo recessivo), e iii) haplótipo E.01.03.05- compatível em sinergia com o alelo -1988 C do HLA-E (em modelo aditivo) foram associados à proteção contra malária (em níveis de infecção como de densidade parasitária), e iv) o haplótipo E.Promo.2 foi associado à protecção contra a co-infecção do P. falciparum em crianças infectadas por S. haematobium. Excetuando o 14 pb Ins, estudos funcionais adicionais são necessários para revelar o papel desses marcadores na expressão dos genes HLA-G, -E e -F, para entender melhor o mecanismo de associação com doenças. / Plasmodium falciparum (P. falciparum) malaria and the urogenital bilharziasis caused by Schistosoma haematobium (S. haematobium) infection constitute the two alarming tropical infectious diseases; and both are endemic in Benin. Considering that malaria (Th1) and schistosomiasis (Th2) have divergent cytokine profiles, the presence of co-infection could modulate the responses specifically directed against P. falciparum. We hypothesize that the non-classical genes and molecules (HLA-G, -E and -F) of major histocompatibility complex (MHC) could be involved in this immunomodulation. Although these molecules have well known immunomodulatory properties, little attention has been devoted to the study of these non-classical class I HLA genes in sub-Saharan African populations. This study aimed to evaluate the diversity of HLA-G, -E and -F gene variable sites in the Beninese Toffin population, and to identify susceptibility/resistance genetic factors associated with P. falciparum malaria and/or urogenital bilharziasis in a Beninese cohort of unrelated schoolaged children (4 to 8 years old). We evaluated the complete gene variability (5.1 kb for HLAG, 7.7 kb for HLA-E and 6.2 kb for HLA-F) in the Beninese Toffin population using massive parallel sequencing. HLA-G, -E and -F allele and haplotype frequencies, gene diversity, average nucleotide diversity, Tajima\'s D and Hardy-Weinberg (HW) equilibrium were performed using ARLEQUIN v3.5.2 software. The linkage disequilibrium (LD) pattern among variable sites with a minimum allele frequency (MAF) above 1% was evaluated computing the correlation coefficient r2 and the LD plots were visualized using Haploview 4.2 software. The genetic association study was implemented on PLINK v1.90b4.6 and R v3.4.2 softwares using multiple logistic or linear regression models. Overall, 96, 37 and 68 variable sites were detected along the entire HLA-G, -E and -F, respectively, arranged into regionspecific haplotypes; i.e., promoter haplotypes (16, 19, and 15, respectively), coding haplotypes (19, 15, and 29, respectively), 3\' untranslated region (3\' UTR) haplotypes (12, 7 and 2, respectively) and extended haplotypes (33, 31 and 32, respectively). All promoter/coding/3\'UTR haplotypes followed the patterns already described in worldwide populations. Among the three genes, HLA-E was the most conserved, exhibiting mainly two full-length encoded-molecules (E*01:01 and E*01:03), followed by HLA-F (three full-lengthSONON, P. Abstract xiii proteins; F*01:01, F*01:02 and F*01:03) and HLA-G (four proteins; three full-length (G*01:01, G*01:03 and G*01:04) and one truncated (G*01:05N)). Although HLA-G/E/F alleles in the Toffin population were the most frequently observed worldwide, the frequencies of the coding haplotypes were closely similar to those described for other West African populations (Guinea-Conakry and Burkina-Faso) than for non-African ones (Brazilian population), indicating that variable sites along these genes were present in Africa before human dispersion. A total of 105 polymorphisms and 56 haplotypes were analyzed in the genetic association study to malaria and schistosomiasis susceptibility. Only results exhibiting respectively P-values < 0.01 and P-values < 0.05 (after Bonferroni correction) for polymorphisms and for haplotypes were considered as significant. The following associations were observed: i) HLA-G 14 base pairs (14bp) insertion was associated (under dominant model) with the risk of the occurrence of P. falciparum infection (all infections and symptomatic infections) and with high number of infection episodes (all infections and symptomatic infections), ii) HLA-G -1155 A and +755 A alleles (under recessive model) and iii) E.01.03.05-compatible haplotype in synergy with HLA-E -1988 C allele (under additive model) were associated with protection against P. falciparum (at infection as well as parasitic levels), and finally iv) the E.Promo.2 haplotype was associated with protection against malaria-schistosomiasis co-infection. The functional role of the genetic markers (alleles or haplotypes) associated with malaria and schistosomiasis suceptibility/resistance need to be investigated to better understand the mechanism that may explain these associations.
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O papel da proteína SET no perfil de metilação do miR-9 e no reparo de DNA em células humanas de carcinoma espinocelular oral / The role of SET protein in miR-9 methylation profile and DNA repair in human oral squamous cell carcinomaMaryna Aguilar Tannous 03 October 2014 (has links)
O início e a progressão do carcinoma espinocelular oral (CEO) são caracterizados pela aquisição de alterações genéticas e epigenéticas. A proteína SET é descrita como uma oncoproteína e, recentemente, o seu acúmulo foi mostrado em CEO. Diversas funções têm sido atribuídas à SET, tais como controle do ciclo celular, sobrevivência celular, migração celular, acetilação de histonas, e resposta ao estresse oxidativo. Este contexto sugere a SET como alvo terapêutico, mas primeiramente, é essencial entender a sua ação na tumorigênese e progressão em CEO. A hipótese central no presente estudo refere-se ao papel da SET na instabilidade genômica e reparo de DNA, bem como na regulação epigenética da expressão de miRNA, com impacto no desenvolvimento e progressão de CEO. O silenciamento estável de RNA foi realizado usando plasmídeo contendo short hairpin RNA contra SET (shSET) em linhagens de CEO in vitro (HN12 e Cal27) e in vivo (tumores xenoenxerto de HN12). Efeitos da redução da SET em CEO, in vitro e in vivo, foram avaliados no perfil de metilação (MSP, methylation specific PCR), expressão de miR-9 (qRT-PCR) e reparo de DNA (reparo mismatch e de quebra de fita dupla - DSB). A instabilidade genômica foi abordada por meio de cinco microssatélites (PCR convencional) para avaliar a instabilidade de microssatélites (MSI), e ensaio cometa para avaliar danos ao DNA (SSB, DSB, cross-link, etc.). O status de proteínas envolvidas em reparo de DSB (ATM, BRCA1 e MLH1) foi avaliado por imunofluorescência e Western blotting (WB). A resposta aos danos no DNA (DDR) induzidos por radioterapia (raios-X) foram analisados nas células HN12 por meio de ensaios clonogênico e de ciclo celular; proteínas associadas à apoptose, autofagia, ciclo celular e reparo foram avaliadas por WB. A redução da SET nas células HN12 modificou a transcrição dos loci codificantes do miR-9 por meio da reversão parcial de hipermetilação, tanto in vitro quanto in vivo, para o locus miR-9-1, e in vitro para o miR-9-3, com aumento nos níveis de miR-9 e miR-9*. A análise de 5 microssatélites mostrou alteração no perfil alélico de dois marcadores, D5S346 e D2S123, nas células HN12 shSET e nos tumores xenoenxerto da HN12 shSET (in vivo) em relação aos respectivos controles, o que sugere a presença de MSI e é um indício do papel da SET no reparo de DNA tipo mismatch. A linhagem HN12 shSET apresentou diminuição de danos no DNA e aumento das proteínas de reparo de DSB, MLH1, ATM, p-ATM e BRCA1 em relação a células HN12 shCTRL. Na DDR induzida por raios-X as células HN12 shSET apresentaram nas primeiras 48 horas uma menor perda de viabilidade (menor % em sub G0/G1), com parada em G2/M, maior nível de ATM ativa, aumento dos níveis de p21 e LC3B-II, além de menor clivagem de PARP e caspase-8 em relação as células HN12 shCTRL; isto sugere uma melhor resposta a danos de DSB e ativação de vias de sobrevivência nas células HN12 shSET. Entretanto, após 12 dias de radioterapia as células HN12 shSET mostraram uma tendência a menor sobrevivência. Portanto, os nossos resultados indicam o envolvimento da SET na regulação transcricional do miR-9, nas vias de reparo do tipo mismatch e de DSB em CEO, com potenciais implicações tanto na tumorigênese quanto na progressão da doença. / Oral squamous cell carcinoma (OSCC) onset and progression are characterized by acquisition of genetic and epigenetic alterations. SET protein is known as an oncoprotein and, recently, its accumulation was demonstrated in OSCC. Several functions have been attributed to SET, such as cell cycle control, cell survival, cell migration, histone acetylation, and response to oxidative stress. This context outstands SET as a therapeutic target, but first, it is essential to understand its role in tumorigenesis and progression in OSCC. The central hypothesis of this study refers to SET role in genomic instability and DNA repair, as well as miRNA epigenetic regulation, with impact in OSCC development and progression. Stable SET knockdown (shSET) was achieved using short hairpin RNA against SET mRNA in vitro (HN12 and Cal27, OSCC cell lines) and in vivo (HN12 xenografts tumors). Effects of SET knockdown were assessed in OSCC, in vitro e in vivo, regarding DNA methylation (MSP, methylation specific PCR) and expression of miR-9 (qRT-PCR), and DNA repair (mismatch and double-strand breaks/DSB repair). Genomic instability was addressed by means of five microsatellites (conventional PCR) to assess microsatellite instability (MSI), and comet assay to assess DNA damage (SSB, DSB, cross-link, etc.). The status of proteins involved in DSB repair (ATM, BRCA1 and MLH1) was assessed by immunofluorescence and Western blotting (WB). The DNA damage response (DDR) induced by ionizing radiation (X-rays) was assessed in HN12 cells through clonogenic and cell cycle assays; proteins associated with apoptosis, autophagy, cell cycle and repair were assessed by WB. SET knockdown in HN12 cells modified miR-9 transcription through hypermethylation partial reversal for miR-9-1 locus, both in vitro and in vivo, and for miR-9-3 in vitro, with increase of miR-9 and miR-9* levels. Analysis of 5 microsatellites showed changes in the allelic profile of two markers, D5S346 and D2S123, in HN12 shSET cells (in vitro) and HN12 shSET xenografts tumors (in vivo) compared to their controls, suggesting MSI and it\'s a clue of SET role in mismatch repair. HN12 shSET cells showed decreased DNA damage and increased DSB repair protein levels (MLH1, ATM, p-ATM and BRCA1) compared to HN12 shCTRL. In the first 48 hours, HN12 shSET X-rays-induced DDR showed lower loss of viability (lower % in subG0/G1), increased G2/M checkpoint, higher levels of active ATM, p21, LC3B-II, and less PARP and caspase-8 cleavage than HN12 shCTRL. These results suggest a higher efficiency of DSB damage response and activation of survival pathways in the presence of SET knockdown. However, 12 days after radiotherapy, HN12 shSET cells presented a tendency for higher intrinsic radiosensitivity in relation to control. Therefore, our findings indicate a SET involvement in miR-9 transcriptional regulation, and in mismatch and DSB repair, with potential implications in oral tumorigenesis and progression.
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O papel da proteína SET no perfil de metilação do miR-9 e no reparo de DNA em células humanas de carcinoma espinocelular oral / The role of SET protein in miR-9 methylation profile and DNA repair in human oral squamous cell carcinomaTannous, Maryna Aguilar 03 October 2014 (has links)
O início e a progressão do carcinoma espinocelular oral (CEO) são caracterizados pela aquisição de alterações genéticas e epigenéticas. A proteína SET é descrita como uma oncoproteína e, recentemente, o seu acúmulo foi mostrado em CEO. Diversas funções têm sido atribuídas à SET, tais como controle do ciclo celular, sobrevivência celular, migração celular, acetilação de histonas, e resposta ao estresse oxidativo. Este contexto sugere a SET como alvo terapêutico, mas primeiramente, é essencial entender a sua ação na tumorigênese e progressão em CEO. A hipótese central no presente estudo refere-se ao papel da SET na instabilidade genômica e reparo de DNA, bem como na regulação epigenética da expressão de miRNA, com impacto no desenvolvimento e progressão de CEO. O silenciamento estável de RNA foi realizado usando plasmídeo contendo short hairpin RNA contra SET (shSET) em linhagens de CEO in vitro (HN12 e Cal27) e in vivo (tumores xenoenxerto de HN12). Efeitos da redução da SET em CEO, in vitro e in vivo, foram avaliados no perfil de metilação (MSP, methylation specific PCR), expressão de miR-9 (qRT-PCR) e reparo de DNA (reparo mismatch e de quebra de fita dupla - DSB). A instabilidade genômica foi abordada por meio de cinco microssatélites (PCR convencional) para avaliar a instabilidade de microssatélites (MSI), e ensaio cometa para avaliar danos ao DNA (SSB, DSB, cross-link, etc.). O status de proteínas envolvidas em reparo de DSB (ATM, BRCA1 e MLH1) foi avaliado por imunofluorescência e Western blotting (WB). A resposta aos danos no DNA (DDR) induzidos por radioterapia (raios-X) foram analisados nas células HN12 por meio de ensaios clonogênico e de ciclo celular; proteínas associadas à apoptose, autofagia, ciclo celular e reparo foram avaliadas por WB. A redução da SET nas células HN12 modificou a transcrição dos loci codificantes do miR-9 por meio da reversão parcial de hipermetilação, tanto in vitro quanto in vivo, para o locus miR-9-1, e in vitro para o miR-9-3, com aumento nos níveis de miR-9 e miR-9*. A análise de 5 microssatélites mostrou alteração no perfil alélico de dois marcadores, D5S346 e D2S123, nas células HN12 shSET e nos tumores xenoenxerto da HN12 shSET (in vivo) em relação aos respectivos controles, o que sugere a presença de MSI e é um indício do papel da SET no reparo de DNA tipo mismatch. A linhagem HN12 shSET apresentou diminuição de danos no DNA e aumento das proteínas de reparo de DSB, MLH1, ATM, p-ATM e BRCA1 em relação a células HN12 shCTRL. Na DDR induzida por raios-X as células HN12 shSET apresentaram nas primeiras 48 horas uma menor perda de viabilidade (menor % em sub G0/G1), com parada em G2/M, maior nível de ATM ativa, aumento dos níveis de p21 e LC3B-II, além de menor clivagem de PARP e caspase-8 em relação as células HN12 shCTRL; isto sugere uma melhor resposta a danos de DSB e ativação de vias de sobrevivência nas células HN12 shSET. Entretanto, após 12 dias de radioterapia as células HN12 shSET mostraram uma tendência a menor sobrevivência. Portanto, os nossos resultados indicam o envolvimento da SET na regulação transcricional do miR-9, nas vias de reparo do tipo mismatch e de DSB em CEO, com potenciais implicações tanto na tumorigênese quanto na progressão da doença. / Oral squamous cell carcinoma (OSCC) onset and progression are characterized by acquisition of genetic and epigenetic alterations. SET protein is known as an oncoprotein and, recently, its accumulation was demonstrated in OSCC. Several functions have been attributed to SET, such as cell cycle control, cell survival, cell migration, histone acetylation, and response to oxidative stress. This context outstands SET as a therapeutic target, but first, it is essential to understand its role in tumorigenesis and progression in OSCC. The central hypothesis of this study refers to SET role in genomic instability and DNA repair, as well as miRNA epigenetic regulation, with impact in OSCC development and progression. Stable SET knockdown (shSET) was achieved using short hairpin RNA against SET mRNA in vitro (HN12 and Cal27, OSCC cell lines) and in vivo (HN12 xenografts tumors). Effects of SET knockdown were assessed in OSCC, in vitro e in vivo, regarding DNA methylation (MSP, methylation specific PCR) and expression of miR-9 (qRT-PCR), and DNA repair (mismatch and double-strand breaks/DSB repair). Genomic instability was addressed by means of five microsatellites (conventional PCR) to assess microsatellite instability (MSI), and comet assay to assess DNA damage (SSB, DSB, cross-link, etc.). The status of proteins involved in DSB repair (ATM, BRCA1 and MLH1) was assessed by immunofluorescence and Western blotting (WB). The DNA damage response (DDR) induced by ionizing radiation (X-rays) was assessed in HN12 cells through clonogenic and cell cycle assays; proteins associated with apoptosis, autophagy, cell cycle and repair were assessed by WB. SET knockdown in HN12 cells modified miR-9 transcription through hypermethylation partial reversal for miR-9-1 locus, both in vitro and in vivo, and for miR-9-3 in vitro, with increase of miR-9 and miR-9* levels. Analysis of 5 microsatellites showed changes in the allelic profile of two markers, D5S346 and D2S123, in HN12 shSET cells (in vitro) and HN12 shSET xenografts tumors (in vivo) compared to their controls, suggesting MSI and it\'s a clue of SET role in mismatch repair. HN12 shSET cells showed decreased DNA damage and increased DSB repair protein levels (MLH1, ATM, p-ATM and BRCA1) compared to HN12 shCTRL. In the first 48 hours, HN12 shSET X-rays-induced DDR showed lower loss of viability (lower % in subG0/G1), increased G2/M checkpoint, higher levels of active ATM, p21, LC3B-II, and less PARP and caspase-8 cleavage than HN12 shCTRL. These results suggest a higher efficiency of DSB damage response and activation of survival pathways in the presence of SET knockdown. However, 12 days after radiotherapy, HN12 shSET cells presented a tendency for higher intrinsic radiosensitivity in relation to control. Therefore, our findings indicate a SET involvement in miR-9 transcriptional regulation, and in mismatch and DSB repair, with potential implications in oral tumorigenesis and progression.
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Missa de Alca?us: aproxima??es mel?dicas com os romances medievais ib?ricosMedeiros, Ana Judite de Oliveira 26 February 2014 (has links)
Made available in DSpace on 2014-12-17T14:20:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2014-02-26 / Este trabalho tem como objetivo investigar a obra Missa de Alca?us a partir dos
romances medievais ib?ricos recolhidos do livro Romanceiro de Alca?us de De?filo Gurgel
(1992). Parte-se do interesse de buscar afinidades mel?dicas entre os romances com as partes
da Missa e de compreender como se deu o processo de inser??o dos romances ib?ricos, como
elementos da cultura popular na obra erudita. Para a an?lise musical da obra Missa de
Alca?us, o trabalho tem como refer?ncia o conceito de afinidade eletiva por Max Weber
(1995) atribu?do as possibilidades de inser??o de elementos da m?sica tradicional do Nordeste
? obra erudita. Quanto os romances ib?ricos recolhidos da tradi??o oral, tomamos o conceito
de mem?ria coletiva de Maurice Halbwachs (2006), a fim de esclarecer o processo de
constru??o da mem?ria coletiva contida nesses romances. A pergunta central deste trabalho
consiste em saber se h? afinidade mel?dica entre os romances e as partes da Missa de
Alca?us. Para a metodologia desta pesquisa, s?o expostos os romances ib?ricos e as partes da
Missa num quadro de cartografia simb?lica, segundo Boaventura Santos (2000), a fim de
identificar onde, como e quais os desdobramentos musicais da obra
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