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El presente proyecto de fin de carrera describe y analiza el estudio integral del efecto de las vibraciones producidas por voladuras superficiales realizadas en el proyecto del “Tercer Juego de Esclusas” ejecutado para la Expansión del Canal de Panamá. Se recopilan un total de 53 registros, data generada por el monitoreo de 7 sismógrafos en 10 voladuras de producción realizadas en el año 2010. El fenómeno vibratorio tiene dos parámetros fundamentales, la velocidad picopartícula (PPV) y la frecuencia dominante, los cuales caracterizan cuan dañino puede ser éste frente a su influencia sobre las estructuras civiles; por ello, se pretende caracterizarlas y fundamentalmente predecirlas, lo que permitirá su debido control. En función a lo expuesto, el estudio realizado consta de dos partes, la primera describe el comportamiento del terreno mediante la estimación de la ley de atenuación de la velocidad pico-partícula a través del uso de la regresión lineal por mínimos cuadrados; la segunda detalla un procedimiento validable para la predicción de la frecuencia dominante y del pseudo-espectro de respuesta de velocidad (PVRS) basada en la teoría de Newmark & Hall. Se ha obtenido: (i) la ley de atenuación del terreno para distintos grados de fiabilidad, (ii) herramientas de diseño de voladuras basadas en la relación de carga – distancia, (iii) la demostración que los valores de PPV se ajustan a una distribución log-normal, (iv) el mapa de isolíneas de PPV para el área de estudio, (v) una técnica detallada y válida para la predicción de la frecuencia dominante y del espectro de respuesta, (vi) formulaciones matemáticas de los factores de amplificación para el desplazamiento, velocidad y aceleración, (vii) mapa de isolíneas de amplificación para el área de estudio. A partir de los resultados obtenidos se proporciona información útil para su uso en el diseño y control de las voladuras posteriores del proyecto. / This project work describes and analyzes the comprehensive study of the effect of the vibrations produced by surface blasting carried out in the "Third Set of Locks" project executed for the expansion of the Panama Canal. A total of 53 records were collected, with the data generated by the monitoring of 7 seismographs in 10 production blasts carried out in 2010. The vibratory phenomenon has two fundamental parameters, the peak-particle velocity (PPV) and the dominant frequency, which characterize how damaging this can be compared to their influence on structures, which is why this is intended to characterize and predict fundamentally, that which allows proper control. Based on the above, the study consists of two parts; the first describes the behavior of the terrain by estimating the attenuation law for peak-particle velocity by using the ordinary least squares regression analysis, the second details a validable procedure for the prediction of the dominant frequency and pseudo-velocity response spectrum (PVRS) based on the theory of Newmark & Hall. The following have been obtained: (i) the attenuation law of the terrain for different degrees of reliability, (ii) blast design tools based on charge-distance ratio, (iii) the demonstration that the values of PPV conform to a log-normal distribution, (iv) the map of isolines of PPV for the area of study (v) detailed and valid technique for predicting the dominant frequency response spectrum, (vi) mathematical formulations of the amplification factors for displacement, velocity and acceleration, (vii) amplification of isolines map for the study area. From the results obtained, the study provides useful information for use in the design and control of blasting for subsequent projects. / Tesis

En esta tesis se desarrolla el diseño de un sistema de control basado en un predictor de Smith modificado mediante un compensador anticipatorio, para el control efectivo de plantas con retardos de tiempo dominante y sometidas al efecto de perturbaciones externas. En el capítulo 1 se expone el estado del arte de los sistemas de control de plantas con retardos de tiempo dominante, mostrando las principales contribuciones científicas realizadas en los últimos 30 años abordando la problemática actual. En el capítulo 2 se muestran algunos ejemplos de plantas típicas con retardos de tiempo inherentes, la caracterización de las mismas y los problemas asociados. Como objeto de estudio se seleccionó un horno siderúrgico de una industria de fabricación de planchones de acero. Mediante la aplicación de las herramientas de identificación de sistemas se obtiene un modelo matemático de dicha planta. En el capítulo 3, se diseña un controlador basado en un PS modificado mediante un compensador anticipatorio para el control de plantas con retardos de tiempo y sometidas al efecto de perturbaciones medibles, localizadas en la entrada de la planta, sobre la planta y a la salida de la planta. Se muestran resultados comparativos de simulación del sistema de control desarrollado. En el capítulo 4 se realiza un análisis de robustez del controlador diseñado considerando diferentes escenarios de perturbaciones externas. Para tal fin, se utilizaron los índices de desempeño IAE (integral del error absoluto) e ISE (integral del error cuadrático). Se realiza una propuesta de implementación práctica del controlador diseñado. Finalmente, se ofrecen las conclusiones generales y las recomendaciones. / Tesis

El objetivo principal de esta tesis es obtener un conjunto de implementaciones de un sistema especificado en alto nivel y bajarlo a diferentes plataformas arquitectónicas. Esto ha permitido realizar una comparación justa que incluye la cadena de diseño, metodología hacia las diversas plataformas de silicio. Esta comparación usa cuatro variables para su evaluación (el tiempo de ejecución, el área del chip, el consumo de energía y el tiempo de diseño) y produce un mapa de puntos de las diferentes implementaciones óptimas de acuerdo con un conjunto de requerimientos de operación. Se ha construido un completo IP un compresor MPEG-4 Main Profile. Este estándar de video codificación es un buen ejemplo de referencia, bastante popular en la literatura científica y es también un ejemplo adecuado de aplicación basada en flujo de datos. Por tanto, los resultados extraídos de esta tesis pueden ser extendidos a otras aplicaciones basadas en IPs con tratamiento de flujo de datos. He considerado necesario la computación de imágenes con restricciones de tiempo real. Y por tanto, se deseaba disponer del diseño más flexible posible para poder mapear las mismas especificaciones en las diferentes plataformas. Para este propósito, se ha elegido SystemC/C++ como lenguaje de descripción del sistema e idear los diferentes flujos de implementación para las diferentes arquitecturas y plataformas de silicio. Este poderoso marco de trabajo permite comparar implementaciones de una forma objetiva y razonada. Ya que nuestros resultados vienen de un αnico modelo y los diseños fueron mapeados en la misma tecnología de silicio (90nm CMOS). El resultado de este trabajo de investigación es un juego de criterios y un mapa de las soluciones disponibles sobre el espacio de funcionamiento más bien que una aserción que dice que una solución αnica es mejor que las otras. Mi intención ha sido desarrollar técnicas y formular los métodos que pueden permitir aumentar la productividad en el diseño. Este desarrollo puede ser extendido al nuevo paradigma de intercomunicación: Aquellos que usan técnicas DVFS y basadas en NoC para exploraciones e implementaciones MPSoC. Consideramos la contribución mas significativa es el desarrollo del modelo con el cual se han realizado los diversos experimentos: El compresor MPEG que se ha realizado en SystemC/C++. Se ha realizado de la forma que implementaciones mαltiples son posibles: que van desde una parte grande en HW hasta la que se carga en un VLIW. En el caso de la FPGA y el ASIC, se han realizado dos implementaciones. Hemos obtenido un conjunto de resultados para siete diferentes implementaciones con cuatro diferentes objetivos HW (FPGA, ASIC, DSP y ASIP) con diferentes arquitecturas internas, seleccionadas para obtener puntos óptimos. Esto nos da que un incremento en eficiencia del 56 % para velocidad versus 26 % en energía en la solución FSME (20% para velocidad y 57 % para energía en la solución FAST). En el caso de los ISPs, las mejoras en el código se han realizado de forma que se obtienen implementaciones mejores que las que se conseguirían con una implementación directa del código no solo mejoras en el código sino mejoras en las microarquitecturas de silicio que forman el VLIW en el caso del ASIP. Otra contribución ha sido la realización de una NoC a nivel funcional en SystemC. / The main goal of this thesis is to obtain a set of results for the implementation of a given system level application down to different architectural platforms. This allowed carrying out a fair comparison that includes to build the whole system and to complete the design chain to the diverse silicon targets. This comparison uses four variables for its evaluation (execution time, chip area, energy consumption and design time) and produces a map of different optimal implementation points according to a given set or operating requirements. I built a complete MPEG-4 MP. This standard is a well known reference example, pretty popular in the scientific literature and this compressor is also a fine example of data-flow application. Therefore, results extracted from this thesis can be extended to other data-flow applications. I considered necessary to compute image compression with real-time constraints. Hence, I would like to dispose of the most flexible design possible in order to map the same specification into the different platforms. For that purpose, I chose SystemC/C++ as description system level language and setup the different implementation flows for the different architectural and silicon platforms. This powerful framework allows comparing implementations in a reasonably objective way. Since our results come from a unique reference model and all designs were finally mapped in the same silicon technology (90nm CMOS). The result of this research work is a set of criteria and a map of the available solutions on the performance space rather than an assertion saying that a unique solution is better than others. My intention has been to develop techniques and formulate methods that increased design productivity. This development can be further applied to the new parading of implementations: those that use DVFS techniques and NoC-based MPSoc implementation explorations. We consider the most important contribution is the development of the model able to achieve the different experiments: the MPEG compressor that has been realized in SystemC/C ++. It is designed in a way that multiple implementations are possible, ranging from a large part in HW up to loaded in an accelerator as a VLIW. In case of the FPGA and ASIC, two implementations have been carried out. We obtained a set of values for seven different implementations targeting four different HW platforms (FPGA, ASIC, DSP and ASIP) with diverse internal architectures, selected to get optimal points. In the case of ASIC, we managed to end up with the layouts of the two solutions. This led to an increase in efficiency of 56 % for speed versus 26 % for energy (in FSME solution 20% for speed and 57% for energy in FAST solution). In case of the ISPs, code improvements have been accomplished to come up to more ideal solutions with regard to those who would be obtained by a direct implementation. In case of the ASIP the improvements have not only been realized in the code but also in the silicon micro architecture that form the VLIW. Other contribution is the accomplishment of a functional NoC in SystemC.

La retinosis pigmentària (RP) es una enfermedad hereditaria que provoca una degeneración progresiva de la retina y en la mayoría de los casos conduce a la ceguera.El trabajo realizado ha permitido clasificar genéticamente a los pacientes afectados de RP, atendiendo a su patrón de herencia.Uno de los objetivos ha sido la determinación del origen molecular de la RP en los casos de retinosis pigmentaria autosómico dominante (RPAD) en la población española así como en casos esporádicos o aislados de RP (SRP). Así, se ha realizado el estudio genético directo de los genes de expresión específica de retina asociados a retinosis pigmentària autosómica dominante (RHO, RDS-periferina, ROM-1, RP1, NRL y CRX) y la caracterización de las mutaciones detectadas. Se recogen también la expresión clínica de las mutaciones descritas y, en los casos que ha sido posible, se ha procurado establecer una co-relación genotipo-fenotipo.Así mismo, se han clonado los genes NRL y CRX, factores de transcripción de genes específicos de retina asociados a RPAD. A partir del gen NRL clonado y, mediante mutagénesis dirigida por PCR, se han obtenido in vitro dos mutantes del gen NRL detectados en la población estudiada. Estudios in vitro de expresión génica con estos mutantes muestran una regulación diferencial del promotor del gen de la rodopsina con respecto la proteína salvaje, produciendo una sobre expresión del gen regulado. Se postula que una sobre alteración de la dosis génica puede ser un mecanismo patológico que desencadene la enfermedad. / The retinosis pigmentària (RP) is a hereditary disease that provokes a progressive degeneracy of the retina and in the majority of the cases he(she) drives to the blindness.The realized work has allowed to classify genetically the affected patients of RP, attending to his(her,your) boss of inheritance(heredity).One of the aims(lenses) has been the determination of the molecular origin of the RP in the cases of retinosis pigmentaria autosómico dominant (RPAD) in the Spanish population as well as in cases sporadic or isolated of RP (SRP). This way, there has been realized the genetic direct study of the genes of specific expression of retina associated to retinosis pigmentària autosómica dominant (RHO, RDS-periferina, ROM-1, RP1, NRL and CRX) and the characterization of detected mutations.There is gathered also the clinical expression of the described mutations and, in the cases that it(he,she) has been possible, a co-relation has tried(got) to establish genotype - fenotipo.Likewise, there are clonado the genes NRL and CRX, factors of transcription of specific genes of retina associated with RPAD. From the gene NRL clonado and, by means of mutagénesis directed by PCR, there have been obtained in vitro two mutants of the gene NRL detected in the studied population. In vitro studies of gene expression with these mutants show a differential regulation of the promoter of the gene of the rodopsina with respect the wild protein, producing one on expression of the regular gene. There is postulated that one on alteration of the dose génica can be a pathological mechanism that unleashes the disease.

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Establece la variabilidad y extensión de las especies dominantes de diatomeas y explica a qué se debe su presencia en las unidades cenozoicas de la cuenca Pisco. Adicionalmente, esta tesis presenta sugerencias en inferir y/o predecir las extensiones de las facies sedimentarias que puedan contener esta flora, de modo que pueda establecerse una división entre las partes científica y económica de estos depósitos. / Tesis

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario. / La enfermedad de Chagas o Tripanosomiasis Americana es uno de los principales problemas de salud pública en América Latina. Dicha patología determina además severas consecuencias a nivel socioeconómico, tanto en la región endémica como en países no endémicos, debido a la globalización de la enfermedad. El agente causal es el protozoario hemoflagelado Trypanosoma cruzi el cual afecta diversas especies de mamíferos, incluido el humano. Este parásito unicelular presenta un ciclo de vida indirecto, precisando de un vector biológico para su transmisión (insectos hematófagos triatominos). T. cruzi se encuentra en tres formas celulares: epimastigote en insectos vectores; tripomastigote, tanto en vectores triatominos (tripomastigote metacíclico) como en hospederos mamíferos (tripomastigote sanguíneo) y amastigote, forma intracelular presente en hospederos mamíferos. Estas diversas formas parasitarias dan cuenta de la gran plasticidad del parásito para adaptarse a las diferentes condiciones del medio al que se enfrenta, lo que implica notables cambios de su forma, motilidad y características bioquímicas. T. cruzi sobrevive al daño del ADN por especies reactivas de oxígeno y nitrógeno generadas en ambos hospederos, probablemente por activación del mecanismo de escisión de bases (vía BER), proceso altamente conservado en el que las endonucleasas apurínicas/apirimidínicas (APEs) juegan un rol fundamental. APE1 es la principal AP endonucleasa de Homo sapiens encargada de reparar sitios abásicos en el DNA. Estudios demuestran que ratones carentes de APE1 mueren tempranamente en el desarrollo, poniendo de manifiesto su importancia en la reparación del DNA. Indagaciones destinadas a hacer más eficientes los tratamientos quimioterapéuticos contra el cáncer, desarrollaron una forma dominante negativa para APE1 que se une al sustrato con una mayor afinidad que la proteína nativa, pero que carece de actividad AP endonucleasa. De esta forma se impediría la reparación del DNA de células tumorales, incrementando su porcentaje de apoptosis por acción de anticancerígenos genotóxicos. En T. cruzi se ha descrito la secuencia del gen ortólogo de ape1 (tcap1) y se ha demostrado que la sobreexpresión de la proteína TcAP1 en epimastigotes de T. cruzi incrementa su viabilidad frente a H2O2 y NOO-. En esta Memoria de Título se desarrollaron vectores plasmidiales destinados a expresar la forma nativa de APE1 humana, así como del dominante negativo de APE1 (APE1DN) en epimastigotes de T. cruzi. Tanto APE1 como APE1DN presentaron una localización preferentemente nuclear; sin embargo también fue posible detectar ambas proteínas en el citoplasma de los parásitos transfectados. La expresión de la forma nativa de APE1 otorgó mayor resistencia a parásitos frente a la exposición de concentraciones crecientes de H2O2; por el contrario, la expresión de APE1DN incrementó la sensibilidad de los epimastigotes a dicho agente oxidante probablemente por la inhibición de la actividad endonucleasa apurínica/apirimidínica parasitaria. Finalmente se purificó en condiciones nativas la proteína APE1DN desde homogeneizados de epimastigotes transfectados; esta proteína recombínate será utilizada en ensayos bioquímicos posteriores. Sobre la base de estudios previos que demuestran un incremento de la resistencia a agentes oxidantes de epimastigotes que sobrexpresan TcAP1, los resultados de esta Memoria de Título sugieren un importante grado de conservación en la actividad endonucleasa apurínica/apirimidínica entre humano y parásito. Sin embargo, debido al escaso nivel de conservación aminoacídica entre TcAP1 parasitaria y APE1 humana (cercano al 30%) es factible el desarrollo de agentes químicos que permitan inhibir específicamente la endonucleasa parasitaria y, consecuentemente, la vía BER de T. cruzi, sin afectar a Homo sapiens. Estos inhibidores podrían potenciar el efecto citotóxico de daño oxidativo al DNA generado por cardiomiocitos y células del sistema inmune innato. / Chagas disease, also known as American Trypanosomiasis, is one of the most important public health problems in Latin America, with consequences in the economy and social wellness of endemics countries. Today this illness is taking a major impact due to its expansion to non endemic regions. The causative agent of this disease is Trypanosoma cruzi, a protozoan parasite which infects many mammals, including humans. Vectorial transmission of Chagas’ disease is produced by infected triatomine insects that upon feeding on mammal blood, deposits feces with infective parasites (trypomastigotes) that are ingested in vacuoles (parasitophorous vacuoles) in host cells. In the cytoplasm, trypomastigotes differentiate to round amastigotes that undergo 8-9 cycles of multiplication before transforming back to trypomastigotes that escape to circulation. Upon infection of target tissues trypomastigotes change to intracellular amastigotes (amastigote nests) that maintain T. cruzi infection for life. Eventually, blood trypomastigotes may be ingested by a triatomine and transformed to epimastigotes in the vector’s midgut. After multiplication, epimastigotes move to the insect hindgut where they differentiate into infective metacyclic trypomastigotes. Thus, this parasite presents an important plasticity, adapting to different media which implies changes in shape, motility and biochemical properties. In its life cycle, T. cruzi must overcome diverse oxygen and nitrogen reactive species (ROS and RNS, respectively) that induce DNA damage. For T. cruzi survival, resulting in the development of a chronic infection in mammal hosts, the parasite has to repair its DNA, most probably by activation of the base excision repair pathway (BER). This is a highly conserved mechanism, where apurinic/apyrimidinic endonucleases (APEs) play a key role. APE1 is the main AP endonuclease in Homo sapiens devoted to repair abasic sites in damaged DNA. The importance of this enzyme is demonstrated by studies in which mice depleted of APE1 dye early during development. Interestingly, studies directed to develop new drugs against cancer have shown that a dominant negative form of that enzyme (APE1DN) binds to an apurinic/apyrimidinic substrate with higher affinity than the native protein, but without AP endonuclease activity. Thus, APE1DN impedes DNA repair in tumor cells, increasing apoptosis induced by genotoxic anti-tumoral drugs. In T. cruzi the sequence of an orthologous ape1 gen (tcape1) has been described and it has been shown that over-expression of the TcAPE1 protein in epimastigotes increases the viability of parasites when chased with H2O2 or NOO-. In this work plasmidial vectors expressing human APE1 in T. cruzi epimastigotes, as well its negative dominant form (APE1DN), have been developed. Both, APE1 and APE1DN, are mostly located in the nucleus though a low signal was also present in the cytoplasm of transfected parasites. Expression of native human APE1 conferred resistance of transfected parasites to H2O2 exposition. Contrarily, expression of the APE1DN form increases the sensitivity of parasites when exposed to H2O2, probably by inhibition of the native apurinic/apyrimidinic enzyme activity. Additionally, APE1DN was purified in native conditions from transfected epimastigotes homogenates; this recombinant protein will be used in the future in biochemical assays. Considering that epimastigotes over-expressing TcAP1 show an increase in the resistance to ROS/RNS, results of the present work suggest an important conservation in the apurinic/apyrimidinic endonuclease activity among Homo sapiens and T. cruzi. However, considering the low level of amino acidic conservation between the parasite TcAPE1 and the human APE1 (approx. 30%), it may be possible to develop chemicals directed to inhibit the parasite endonuclease activity without affecting the human one. Those inhibitors could potentiate the parasite DNA damage induced by ROS/RNS generated in the parasitophorous vacuole and by the immune system. / Financiamiento: Proyecto Bicentenario Anillo ACT 112, Proyectos Fondecyt Nos. 1090124, 11100053 y 1130113.

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La armonía negativa es una teoría que ha sido ampliamente estudiada por medios académicos y no académicos debido a su gran complejidad dentro de la teoría musical. A pesar de ello, es poco lo investigado al respecto de su comportamiento al ser aplicada en escalas modales o artificiales, lo cual produciría relaciones e implicancias teóricas que darían mayores posibilidades armónicas a ser aplicadas en composiciones o producciones musicales. Tomando esto como base, se logró encontrar que existe una posibilidad de que al polarizar mediante la armonía negativa el quinto modo de la escala menor armónica, se generaría una polarización de dos acordes de séptima disminuida diferentes uno del otro, lo cual implicaría que sería posible evaluar la consideración de dos familias de dominantes dentro de un mismo contexto tonal. Si bien las teorías de la armonía negativa y la familia de dominantes fueron formuladas bajo contextos y propósitos distintos, es posible ver que autores como Marco Fiorini consideran que pueden existir puntos en común de estas dos teorías que merecen ser tomados en cuenta. Junto a esto, las dos familias de dominantes que se relacionan producto de la polarización mencionada, producen intercambios que sugerirían movimientos armónicos que se asemejan a los que Mark Levine recopiló y explicó bajo otro criterio de análisis. Finalmente, es posible concluir que la aplicación armónica presentada podría ser funcional bajo el criterio expuesto, aunque merecería un mayor estudio e indagación para una mejor comprobación