Lower-grade glioma (LGG) is a group of tumors arising from the cells of the central nervous system. Although various therapy interventions are used, the prognosis remains different. Novel biomarkers are needed for the prognosis of disease and novel therapeutic strategies in LGG. The procollagen-lysine, 2-oxoglutarate 5-dioxygenase (PLOD) family contains three members and is related to multiple cancers, yet it was not investigated in LGG. Data from the Chinese Glioma Genome Atlas (CGGA) and The Cancer Genome Atlas (TCGA) cohorts were used to analyze the role of PLOD in LGG. As the PLOD family is involved in processes, such as tumor formation and cancer metastasis, we focused on its relationship to the tumor microenvironment (TME) in LGG. A high expression of the PLOD family relates to poor prognosis and high infiltration of immune cells within the TME. The expression level of the PLOD family might become a novel biomarker for prognosis and is a potential target for individual treatment decisions in LGG.

Pituitary tumor-transforming gene 1 (PTTG1) encodes a multifunctional protein that is involved in many cellular processes. However, the potential role of PTTG1 in tumor formation and its prognostic function in human pan-cancer is still unknown. The analysis of gene alteration, PTTG1 expression, prognostic function, and PTTG1-related immune analysis in 33 types of tumors was performed based on various databases such as The Cancer Genome Atlas database, the Genotype-Tissue Expression database, and the Human Protein Atlas database. Additionally, PTTG1-related gene enrichment analysis was performed to investigate the potential relationship and possible molecular mechanisms between PTTG1 and tumors. Overexpression of PTTG1 may lead to tumor formation and poor prognosis in various tumors. Consequently, PTTG1 acts as a potential oncogene in most tumors. Additionally, PTTG1 is related to immune infiltration, immune checkpoints, tumor mutational burden, and microsatellite instability. Thus, PTTG1 could be potential biomarker for both prognosis and outcomes of tumor treatment and it could also be a promising target in tumor therapy.

As the world’s population is migrating more into urban areas, landcover changes follow. Natural pervious areas are being converted to impervious areas, which when subjected to rain generates more stormwater runoff. Stormwater management is a problem that cities today are challenged with, infrastructure is getting older and precipitation patterns are changing due to climate change. Due to climate change extreme precipitation events are likely to increase and therefore increase the probability of urban flooding. Urban flooding can be caused by extreme precipitation events with a short duration, or so-called flash floods. These flash floods can overwhelm the drainage system in place which therefore can cause flooding. This problem has inspired engineers to rethink stormwater management, moving from traditional grey drainage systems to more green and sustainable drainage systems. Sustainable Urban Drainage System (SuDS) are drainage systems that aim to regain the properties of non-urbanised areas, retain the natural hydrological cycle, and have recreational values for the surrounding societies. This study investigated how different SuDS behave when subjected to flash floods. A model of a synthetic case study was built in the Storm Water Management Model (SWMM) and sustainable urban drainage systems implemented. The solutions investigated were bioretention cells, rain gardens, infiltration trenches, green roofs, and permeable pavements. Three different rain events were analysed, all with different precipitation depth but with the same duration of 1 hour. Results showed that bioretention cells could reduce runoff volumes to the highest extent while green roofs could reduce the peak runoff the most. Other results were analysed like efficiency and cost. Bioretention cell came out on top in efficiency but had the highest cost. Overall, all the solutions showed promise in reducing runoff during flash floods, but the reduction capacity goes down with increased precipitation. / När en större del av världens befolkning flyttar in till tätortsområden så medföljer en ändring av markytans beskaffenhet. Vanligtvis genomträngliga ytor omvandlas till hårdgjorda ytor vilket generar mer dagvattenavrinning när de utsätts för regn. Dagvattenhanteringen är en utmaning för många städer idag eftersom infrastrukturen blir äldre och nederbördsmönstren förändras på grund av klimatförändringar. Extrema nederbördshändelser väntas öka med anledning av dessa klimatförändringar och ökar därigenom sannolikheten för översvämningar i städer. Översvämningar i städer kan orsakas av korta nederbördshändelser med hög intensitet, så kallade Skyfall, vilket kan överbelasta dagvattensystemets kapacitet. Det har lett till att ingenjörer ändrat sitt tankesätt på hur dagvatten ska hanteras och börjat gå från konventionella till mer gröna och hållbara dräneringssystem. Hållbar dagvattenhantering är dräneringssystem som syftar till att använda egenskaperna hos naturliga områden, behålla det naturliga hydrologiska kretsloppet och skapa rekreationsvärden för de omkringliggande samhällena. Denna studie har undersökt hur olika hållbara dräneringssystem beter sig när de utsätts för översvämningar. En modell på en syntetisk fallstudie byggdes i Storm Water Management Model (SWMM) där hållbara dräneringssystem implementerades i en urban miljö. Lösningarna som undersöktes var biofilterbäddar, regnträdgårdar, infiltrationsbäddar, gröna tak och permeabla trottoarer. Tre olika nederbördshändelser analyserades, alla med olika nederbördsmängder men med samma varaktighet på en timme. Resultaten visade att biofilterbäddar kunde minska avrinningsvolymerna i största grad medan gröna tak minskade ytavrinningen mest. Effektivitet och kostnad analyserades också. Där visade biofilterbäddarna högst effektivitet men hade den högsta kostnaden. Sammantaget visade det sig att alla lösningar var lovande vad gäller minskning av avrinning under översvämningar, men reduktionskapaciteten minskar med ökad nederbörd.

I världen idag pågår en urbanisering, vilket innebär att fler människor flyttar in till städerna. Det innebär att fler bostäder måste byggas för att uppfylla de nya behoven, och detta görs ofta genom förtätning av redan exploaterade områden. Vid förtätning av bostadsområden ökar ofta andelen hårdgjorda ytor. En hårdgjord yta är en icke permeabel yta där dagvatten inte kan infiltrera ner i marken utan istället bildar ytavrinning. Vattnet som avrinner färdas mot lågpunkter i terrängen vilka riskerar att översvämmas. Klimatförändringar väntas leda till häftigare väder, bland annat i form av skyfall. Kraftigare regn i kombination med större andel hårdgjorda ytor väntas öka risken för pluviala översvämningar. För att undvika pluviala översvämningar krävs strategier för att hantera städers dagvatten. Det existerande ledningsnätet är högt belastat och kombineras med hållbara dagvattenlösningar för att minska avrinningen. Grönytor ses ofta som goda infiltrationsytor, men en osäkerhet råder kring hur effektiva olika typer av grönytor är. Det är därför av intresse att undersöka hur goda infiltrationsytor urbana grönområden är och hur stor betydelse de har vid skyfall för att minimera pluviala översvämningar. Syftet med examensarbetet är att undersöka infiltrationskapaciteten för grönytor på ett antal olika platser i Stockholm. Syftet är vidare att undersöka hur resultaten från fältförsöken kan användas i det hydrauliska modelleringsprogrammet MIKE 21 för att återspegla det verkliga infiltrationsförloppet och därmed få en god bild av hur stora översvämningsriskerna är för olika områden. Totalt utfördes 13 separata mätningar i två grönområden i Stockholm. Vid 11 av mätningarna användes en dubbelringsinfiltrometer och vid två av mätningarna användes en enkelringsinfiltrometer. Mätningarna utfördes under 0,5-2 timmar beroende på vattentillgång. Infiltrationsförsöken visade att det finns en stor variation i infiltrationskapacitet, även inom mycket små områden. De visade också att det finns en tendens till högre infiltrationskapacitet för mindre kompakterade grönytor. Kornstorleksfördelningen och vattenhalten skiljde sig inte nämnvärt mellan de två områdena och dessa två parametrar kunde inte kopplas till någon skillnad i infiltrationskapacitet för de två undersökta områdena. Resultaten från simuleringarna i MIKE 21 visade att vilka värden som anges för infiltrationskapaciteten är av större betydelse än på vilket sätt dessa anges. Resultaten visade också att parametrar såsom vattenhalt och porositet hade en inverkan på infiltrationsförloppet men infiltrationszonens mäktighet hade liten inverkan på resultaten. Sammanfattningsvis kan sägas att det finns en stor variation i infiltrationskapacitet för grönytor och den osäkerheten påverkar resultaten vid modellering av översvämningsrisker i MIKE 21. / The ongoing urbanization in the world today means that more people are moving into the cities and therefore more housing is required. When building in cities there is a tendency for an increase in impermeable surfaces. An impermeable surface is defined as a surface where no water can infiltrate into the subsurface soil and instead there is an increase in surface runoff. The water flows through the terrain towards low-lying areas, which are at risk for flooding. Climate changes are expected to result in more extreme weather such as extreme rain. An increase in extreme rain in combination with more impermeable surfaces will increase the risk for pluvial flooding. To avoid pluvial flooding different strategies is required to cope with the urban stormwater. The traditional stormwater systems are usually put under high stress and sustainable stormwater management needs to be implemented to decrease the surface runoff in urban areas. Green areas are often thought to be good infiltration surfaces but there is a big uncertainty in regards to exactly how effective different green areas is for infiltration purposes. There is an interest to investigate how good the infiltration capacity is for urban green areas to map and to mitigate pluvial flooding. The aim for this master thesis is to investigate the infiltration capacity through field measurements for two different green areas in the city of Stockholm, Sweden. Furthermore, the aim is to investigate how the results from the field measurements can be implemented in the hydraulic modelling software MIKE 21 to represent the real infiltration pattern in order to map the risk for pluvial flooding for different areas. A total of 13 measurements were conducted in two green areas around Stockholm, using a double ring infiltrometer. For two of the measurements a single ring infiltrometer was used. The measurements were conducted during 0.5-2 h depending on the water accessibility. The field measurements showed that there is a large variability in infiltration capacity, even within very small areas. The measurement showed that there was a tendency for higher infiltration rates for less compacted soil. The grain size distribution showed little impact on the infiltration rate, and so did the water content. The simulations in MIKE 21 showed that the magnitude of the infiltration rate is of greater importance than the way it is implemented in MIKE 21. The results also showed that parameters such as water content and porosity had an effect on the infiltrated volume, but the depth of the infiltration zone had little impact on the results. In conclusion, there is a large variability in infiltration capacity for green areas and this uncertainty does affect the results when modelling the risk for pluvial flooding in MIKE 21.

The role of homologous recombination deficiency (HRD) in lower grade glioma (LGG) has not been elucidated, and accurate prognostic prediction is also important for the treatment and management of LGG. The aim of this study was to construct an HRD-based risk model and to explore the immunological and molecular characteristics of this risk model. The HRD score threshold = 10 was determined from 506 LGG samples in The Cancer Genome Atlas cohort using the best cut-off value, and patients with highHRDscores had worse overall survival. A total of 251 HRD-related genes were identified by analyzing differentially expressed genes, 182 of which were associated with survival. A risk score model based on HRD-related genes was constructed using univariate Cox regression, least absolute shrinkage and selection operator regression, and stepwise regression, and patients were divided into high- and low-risk groups using the median risk score. High-risk patients had significantly worse overall survival than lowrisk patients. The risk model had excellent predictive performance for overall survival in LGG and was found to be an independent risk factor. The prognostic value of the riskmodel was validated using an independent cohort. In addition, the risk score was associated with tumor mutation burden and immune cell infiltration in LGG. High-risk patients had higher HRD scores and “hot” tumor immune microenvironment, which could benefit from poly-ADP-ribose polymerase inhibitors and immune checkpoint inhibitors. Overall, this big data study determined the threshold of HRD score in LGG, identified HRD-related genes, developed a risk model based on HRD-related genes, and determined the molecular and immunological characteristics of the risk model. This provides potential new targets for future targeted therapies and facilitates the development of individualized immunotherapy to improve prognosis.

Regulator of Chromatin Condensation 1 (RCC1) is the only known guanine nucleotide exchange factor that acts on the Ras-like G protein Ran and plays a key role in cell cycle regulation. Although there is growing evidence to support the relationship between RCC1 and cancer, detailed pancancer analyses have not yet been performed. In this genome database study, based on The Cancer Genome Atlas, Genotype-Tissue Expression and Gene Expression Omnibus databases, the potential role of RCC1 in 33 tumors’ entities was explored. The results show that RCC1 is highly expressed in most human malignant neoplasms in contrast to healthy tissues. RCC1 expression is closely related to the prognosis of a broad variety of tumor patients. Enrichment analysis showed that some tumor-related pathways such as “cell cycle” and “RNA transport” were involved in the functional mechanism of RCC1. In particular, the conducted analysis reveals the relation of RCC1 to multiple immune checkpoint genes and suggests that the regulation of RCC1 is closely related to tumor infiltration of cancer-associated fibroblasts and CD8+ T cells. Coherent data demonstrate the association of RCC1 with the tumor mutation burden and microsatellite instability in various tumors. These findings provide new insights into the role of RCC1 in oncogenesis and tumor immunology in various tumors and indicate its potential as marker for therapy prognosis and targeted treatment strategies.

The overexpression of the enzymes involved in the degradation of procollagen lysine is correlated with various tumor entities. Procollagen-lysine, 2-oxoglutarate 5-dioxygenase 3 (PLOD3) expression was found to be correlated to the progression and migration of cancer cells in gastric, lung and prostate cancer. Here, we analyzed the gene expression, protein expression, and the clinical parameters of survival across 33 cancers based on the Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium (CPTAC), function annotation of the mammalian genome 5 (FANTOM5), Gene Expression Omnibus (GEO), Genotype-Tissue Expression (GTEx), Human Protein Atlas (HPA) and The Cancer Genome Atlas (TCGA) databases. Genetic alteration, immune infiltration and relevant cellular pathways were analyzed in detail. PLOD3 expression negatively correlated with survival periods and the infiltration level of CD8+ T cells, but positively correlated to the infiltration of cancer associated fibroblasts in diverse cancers. Immunohistochemistry in colon carcinomas, glioblastomas, and soft tissue sarcomas further confirm PLOD 3 expression in human cancer tissue. Moreover, amplification and mutation accounted for the largest proportion in esophageal adenocarcinoma and uterine corpus endometrial carcinoma, respectively; the copy number alteration of PLOD3 appeared in all cancers from TCGA; and molecular mechanisms further proved the effect of PLOD3 on tumorigenesis. In particular, PLOD3 expression appears to have a tumor immunological effect, and is related to multiple immune cells. Furthermore, it is also associated with tumor mutation burden and microsatellite instability in various tumors. PLOD3 acts as an inducer of various cancers, and it could be a potential biomarker for prognosis and targeted treatment.

No description available.

Infiltration and inflow (I/I) are common problems in the foul sewer system. A method to detect I/I that is not commonly used in Sweden is DTS, Distributed Temperature Sensing. DTS is based on continuous measurements of temperature over a predetermined distance in the sewer system. The I/I is detected as temperature differences in the temperature data that is registered in the sewer system. The measurements often take place over a couple of weeks or months in the sewer system. The aim of this project was to review previous studies where DTS was used to detect I/I in foul sewers.  Data from a wastewater treatment plant in Umeå together with meteorological data were analysed to be able to visualize the problem of I/I and then suggest how DTS can be applied in Sweden. Both automated and visual analyses was performed to find if there were any relationships between wastewater temperature, wastewater flow and precipitation.   The outcome was that it is possible to apply DTS in the foul sewages to detect I/I. DTS seemed to be able to detect I/I in all types of sewage material, however it is dependent on that the I/I temperature differs from the temperature of the foul sewage water. It is an expensive technique but if it is meant to be used many times to analyse bigger areas it can be worth the costs. If larger areas are to be investigated, the costs for DTS and current methods are approximately the same.  At the wastewater treatment plant in Umeå, a slight relationship between wastewater temperature, wastewater flow and precipitation could be detected. The degree of dilution was calculated to 1,34 which means that about 25% of the sewage water is I/I. The conclusion from this was that I/I exists in the foul sewers in Umeå. The leakage points could not be located with this analysis. DTS could be a possible method to detect the leakage points of I/I in foul sewers. Unlike smoke tests, colouring and video-inspection of the sewers, DTS might be able to detect smaller leakage points. / Tillskottsvatten är ett vanligt problem i spillvattenledningsnätet. DTS, Distributed Temperature Sensing är en metod som inte är vanlig i Sverige för kontroll av spillvattenledningar. Tekniken bygger på kontinuerliga temperaturmätningar under en tidsperiod över en förutbestämd sträcka och registrerar temperaturavvikelser som kan uppstå i samband med inläckage av tillskottsvatten. Syftet med projektet var att granska tidigare utförda studier med DTS för att ta reda på hur tekniken kan användas för att lokalisera inläckage i spillvattenledningar. För att vidare illustrera problematiken med tillskottsvatten i spillvattennätet samt föreslå hur DTS kan appliceras i Sverige genomfördes en analys av mätdata på inkommande vatten till reningsverket på Ön, Umeå. Både visuella och automatiserade analyser genomfördes där tolkningar gjordes utifrån mätdata från reningsverket tillsammans med nederbörds- och lufttemperaturdata. En regressionsanalys genomfördes som automatiserad analys för att undersöka eventuella samband mellan spillvattentemperatur, spillvattenflöde och nederbörd. Projektet inleddes med en litteraturstudie där det utreddes hur DTS fungerar teoretiskt och praktiskt. Litteraturstudien visade att DTS är praktiskt möjligt att applicera i spillvattenledningsnätet för att leta inläckagepunkter för tillskottsvatten. Inläckage kan registreras som ökningar eller sänkningar i spillvattentemperaturen beroende på lufttemperaturen. Den är inte beroende av material på ledningarna men däremot är DTS beroende av att tillskottsvattnet är av annan temperatur än spillvattnet. Det är en dyr teknik men kan vara värt investeringskostnaderna om mätningar tänkt ske många gånger under längre perioder. Vid kontroll av större områden med hjälp av röktest kombinerat med färgning av vatten och filmning är kostnaderna ungefär de samma. Utifrån mätdatan från reningsverket och nederbördsdatan från Umeå universitet kunde vissa samband påvisas mellan spillvattentemperatur, spillvattenflöde och nederbörd. Ett visst samband kunde även urskiljas mellan spillvattentemperatur och spillvattenflöde. Utspädningsgraden av spillvattnet beräknades till 1,34 vilket innebär att cirka 25% av vattnet i spillvattenledningarna är tillskottsvatten. Slutsatsen som kunde dras utifrån detta var att tillskottsvatten existerar i spillvattenledningsnätet som leder till reningsverket på Ön i Umeå. Däremot kunde inga slutsatser dras för att säga var inläckage av tillskottsvatten sker. DTS skulle kunna appliceras i ledningsnäten för att undersöka närmare var inläckagepunkterna är och tillskillnad från rökning, färgning av vatten och filmning som används idag kan DTS sannolikt upptäcka fler typer av inläckage.

Syftet: Syftet med föreliggande studie var att undersöka färgstabiliteten hos manuellt infärgad hög-translucent zirkonia efter åldring i drycker med lågt pH-värde (vin och Coca Cola) och vatten. Material och metod: I studien användes 30 provkroppar i hög-translucent zirkonia. Provkropparna frästes fram i runda diskar med måtten 6 mm i diameter och 3 mm i tjocklek och färgades in manuellt med infiltreringsvätska genom doppteknik och därefter skedde sintring. Provkropparna förvarades i rött vin, Coca Cola eller destillerat vatten i 12 dagar. Färgkoordinaterna L*a*b* mättes genom spektrofotometer före (kontrollgrupp) och efter förvaring i respektive vätska. Medelvärdet av L*a*b* registrerades och färgskillnaderna (ΔEab, NBS) beräknades. Resultatet analyserades med Fisher՚s exact test samt One-way ANOVA, Tukey’s test med signifikansnivån α=0,05. Resultat: I jämförelse mellan grupperna hade gruppen som vinförvarats högst medelvärde i färgskillnad följt av vatten och Coca Cola. Färgskillnaden för gruppen som vinförvarats var kliniskt icke-acceptabel och visade en statistiskt signifikant skillnad jämfört med vatten och Coca Cola. Ingen statistisk signifikant skillnad observerades mellan de resterande grupperna vatten och Coca Cola. Signifikanta skillnader för färgskillnaden, ΔEab, observerades mellan kontrollgruppen mot övriga grupper för samtliga parametrar L* a* b* med p-värde<0,001 efter åldring i de olika dryckerna. Slutsats: Färgstabilitet hos manuellt infärgad hög-translucent zirkonia påverkas av åldring i drycker med lågt pH-värde såsom vin och Coca Cola, där vin påverkar mer än Coca Cola och vatten. Hög-translucent zirkonia som förvarats i vin uppvisar en rödare ton medan förvaring i Coca Cola uppvisar en gulare ton. / Purpose: This study investigated the color stability of manually infiltrated high translucent zirconia after immersion in beverages with low pH-value (wine and Coca Cola) and water.  Material and method: 30 specimens of high translucent zirconia were prepared. The specimens were milled into round discs and colored manually with infiltration liquid before sintering and were stored in red wine, Coca Cola, or distilled water for 12 days. The color coordinates L*a*b* were measured by spectrophotometer before and after storage in the specific beverage. The mean value of L*a*b* was recorded and the color differences (ΔEab, NBS) were calculated. The results were analyzed with Fisher's exact test and One-way ANOVA, Tukey's test with the significance level α=0.05. Results: In comparison between the groups, the wine group had the highest mean value in color difference followed by water and Coca Cola. Results from wine storage showed a statistically significant difference compared to water and Coca Cola which was clinically non-acceptable. No statistical significant difference was observed between the remaining groups.  Conclusion: Color stability of manually colored high translucent zirconia is affected by aging in beverages with a low pH-value such as wine and Coca Cola, where wine affected more as compared to Coca Cola and water. High translucent zirconia stored in wine exhibited a redder tone, while storage in Coca Cola exhibited a yellower tone.