Estudia las cepas de Escherichia coli productoras de BLEE asociadas a la infección de tracto urinario ITUs en el área de Lima metropolitana. Determina la prevalencia y los perfiles de resistencia antimicrobiana. Caracteriza genéticamente las cepas de Escherichia coli uropatogénicas productoras de betalactamasas de espectro extendido causantes de infecciones urinarias comunitarias.

Escherichia coli es el bacilo Gram negativo aislado con mayor frecuencia en las infecciones del tracto urinario en pacientes ambulatorios y hospitalizados. La gravedad de la infección dependerá de los factores de virulencia que tenga y de los mecanismos de resistencia a los antimicrobianos como las betalactamasa de espectro extendido (BLEE) que confieren un perfil de multirresistencia. Se desconocen referencias del perfil de virulencia de las cepas causantes de infecciones del tracto urinario en nuestro medio. Realiza un estudio transversal, prospectivo y descriptivo. La investigación determina la frecuencia de los genes de las adhesinas fimH y afa en cepas de Escherichia coli productoras de BLEE aisladas de urocultivos. Así mismo, describe la resistencia acompañante de las cepas de Escherichia coli productora de BLEE, su distribución por procedencia y grupo etario. Se estudiaron un total de 75 aislados de Escherichia coli productoras de BLEE pertenecientes al cepario obtenido del proyecto TO-06/09 realizado en el INSN durante el periodo octubre - diciembre del 2012 almacenadas en el Instituto de Medicina Tropical “Daniel Alcides Carrión” de la Facultad de Medicina de la UNMSM. A todos los aislados se les realizó la detección genotípica de los genes fimH y afa a través de una PCR convencional. Encuentra que para el gen fimH, se obtuvo una frecuencia de positivos del 98,6 % (74/75), para el gen afa una frecuencia del 8 % (6/75). No se observó una posible asociación entre los factores de virulencia y la edad, ni procedencia. El gen fimH tampoco tuvo asociación con respecto al perfil de resistencia, pero el gen afa si mostró una posible asociación con un antibiótico aminoglucósido. Se halló una alta frecuencia para el gen fimH y una baja frecuencia para el gen afa. No se observó una posible asociación entre los factores de virulencia con las demás variables (edad, procedencia, perfil de resistencia) con excepción de afa y su relación significativa con amikacina. / Tesis

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Detecta fenotípicamente la producción de betalactamasas en E. coli causante de infecciones urinarias en el Hospital Nacional Docente Madre Niño San Bartolomé, así como determinar los fenotipos tipo BLEE, AmpC y carbapenemasas, y sus respectivas prevalencias. Se realizó un estudio de tipo descriptivo de corte transversal sobre cepas de E. coli aisladas de muestras de orina en el Servicio de Microbiología durante los meses de marzo a septiembre de 2011, llevando a cabo los protocolos habituales de los urocultivos. Identificado el microorganismo se realizó la técnica Kirby Bauer para el antibiograma siguiendo los criterios de la CLSI para su realización e interpretación. Se tomaron en cuenta los antibióticos betalactámicos a estudiar así como los puntos de corte en la interpretación de los halos de inhibición de aztreonam (AZT), cefotaxima (CTX), ceftazidima (CAZ), cefoxitin (FOX), ceftriaxona (CRO), imipenem (IMI), meropenem (MEM) sirviendo éstos de screening para la posterior selección de las cepas de E. coli resistentes. Se realizó la prueba screening para BLEE según CLSI y prueba confirmatoria según SFM; para determinar AmpC se tomó en cuenta los criterios de la AAM y como pruebas confirmatorias el test de Hodge y sinergia de ác. borónico; para determinar carbapenemasas se tomó como screening la disminución en los carbapenems y como métodos confirmatorios el test de Hodge modificado con meropenem o ertapenem y sinergia con ác. borónico o EDTA según fue el caso. Durante el periodo de estudio se procesaron 3785 muestras de orina, de las cuales se obtuvo 495 muestras positivas a E. coli el uropatógeno de estudio. Del total de muestras positivas se obtuvieron 78 cepas productoras de BLEE, 8 cepas productoras de AmpC y ninguna cepa productora de carbapenemasa; con una prevalencia de 15.8 %, 1.6 % y 0 % respectivamente.Se obtuvo también la identificación presuntiva del tipo de enzima BLEE con el apoyo de reglas empíricas, encontrándose que 41 cepas tenían fenotipo CTX-M y 37 cepas fenotipo TEM o SHV, representando un 8.3 % y 7.5 % respectivamente del total de cepas positivas a la presencia de E. coli. Estos resultados corroboran los hallazgos obtenidos por publicaciones previas, que manifiestan una prevalencia del fenotipo BLEE como principal mecanismo de resistencia en E. coli, se encontró una baja prevalencia de AmpC y una nula prevalencia de carbapenemasas que corrobora con los reportes de nuestro medio. Esto evidencia el manejo y control ineficiente que se ha tenido con el uso de los antibióticos betalactámicos. / Tesis

Identifica la presencia de enterobacterias productoras de BLEE en muestras fecales con solicitud de coprocultivo en el Laboratorio de Microbiología del Instituto Nacional de Salud del Niño. Es un estudio observacional, descriptivo, prospectivo. Se realizó en el Instituto Nacional de Salud del Niño. Se analizaron 235 muestras de heces con solicitud de coprocultivos procedentes de emergencia y consultorio externo del INSN. En el estudio se trabajó con las colonias sospechosas de ser enterobacterias productoras de BLEE que desarrollaron en el agar Karmali que contiene 32 ug/mL de cefoperazona, 20 ug/mL de vancomicina y 10 ug/mL de anfotericina B, se realizó su identificación bioquímica por métodos convencionales y la confirmación del fenotipo BLEE mediante el test de sinergia del doble disco (método de Jarlier) con cefotaxima, ceftazidima, cefepime y amoxicilina/ácido clavulánico. También se incluyeron los discos de imipenem, meropenem, cefoxitina, amikacina, gentamicina, ácido nalidixico, ciprofloxacina, cloranfenicol y sulfametoxazol/trimetoprim para evaluar su sensibilidad. Además se utilizó la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para detectar el gen de -lactamasa de la familia CTX-M. Se aislaron 151 enterobacterias productoras de BLEE de las 235 muestras fecales analizadas, representando un 64,2% (151/235) del total: Escherichia coli 86,1% (130/151), Klebsiella pneumoniae 7,9% (12/151), Salmonella sp. 2,6% (4/151), Enterobacter cloacae 2,0% (3/151) y Proteus mirabilis 1,3% (2/151). Además el 89,1% de las enterobacterias productoras de BLEE presentaron el gen blaCTX-M. Respecto a la sensibilidad a otros antibióticos, se observa una alta resistencia al ácido nalidíxico (84,8%), ciprofloxacina (74,2%) y trimetoprim-sulfametoxazol (81,5%), una menor resistencia se observó para gentamicina y cloranfenicol con 57,6% y 45,0% respectivamente. La resistencia a la amikacina fue de 1,3% y todos los aislados fueron sensibles al imipenem y meropenem. Además se observó una corresistencia a los antibióticos en el 88,7% de los aislamientos. Se concluye que los resultados muestran la presencia de enterobacterias productoras de β-lactamasas de espectro extendido en muestras fecales de pacientes ambulatorios. La E.coli productora de BLEE fue la especie aislada con más frecuencia (86,1%). / Tesis

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Determina los genes qnr en aislamientos clínicos de enterobacterias productoras de betalactamasas de espectro extendido. El estudio es de tipo transversal, descriptivo y prospectivo. El presente trabajo se realizó en el Laboratorio de Epidemiologia Molecular y Genética (LEMYG) del Instituto de Medicina Tropical de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos (UNMSM) Lima- Perú. La población fue Aislamientos clínicos de enterobacterias productoras de BLEE del cepario obtenido del proyecto N° 3300066 anexo 3201, realizado en el Instituto Nacional de Salud del Niño (INSN) durante el 2012. Los aislamientos de enterobacterias fueron sembrados en medio Agar Tripticasa de Soya y Mac Conkey, para posteriormente realizar el estudio fenotípico de sensibilidad a quinolonas por el método de Kirby Bauer, también se obtuvo ADN bacteriano, el mismo que se almacenó a -20 °C para el estudio de PCR en el LEMYG. Los resultados obtenidos son que se trabajó con un total de 138 aislamientos que cumplían con los criterios de selección requeridos, se halló una frecuencia de qnrB de 44%, qnrS de 56% y ningún gen qnrA. Se concluye que la frecuencia de los genes qnr en enterobacterias que poseen betalactamasas de espectro extendido es de 62%. / Tesis

Evalúa la relación de la concentración de los marcadores inmunometabólicos del ambiente urinario con la distribución filogenética de Escherichia coli uropatógena en adultos mayores. El estudio es analítico correlacional, en el cual se enrolaron 24 pacientes con infección del tracto urinario y 17 sin infección del tracto urinario. Primero, se cuantificó el hierro en orina por espectrofotometría, segundo, el TNF – α, tercero, la IL - 1β por enzimoinmunoensayo, cuarto, la capacidad antioxidante en la orina por las metodologías de ABTS+* y FRAP y quinto, la determinación de la filogenia de E.coli por el método de Clermont. La concentración de hierro en la orina de los pacientes con ITU por E.coli - B2 positivo fue de 193,48 ug/L y en pacientes con infección por E.coli - B2 negativos de 160,12 ug/L (p = 0.316). La concentración de TNF – α en la orina de los pacientes con ITU por E.coli - B2 positivo fue de 84,26 ug/L y en pacientes con infección por E.coli - B2 negativos de 58,12 ug/L (p = 0.168). La concentración de IL - 1β en pacientes con ITU por E.coli - B2 positivo fue de 386,96 pg/mL y de pacientes con infección por E.coli - B2 negativos 294,79 pg/mL (p = 0.245). Finalmente, la capacidad antioxidante de la orina ensayada con la técnica ABTS.+ tuvo una tendencia positiva en los pacientes con ITU por E.coli - B2 positivo (p = 0.121) en comparación con la orina de los pacientes con ITU por E.coli –B2 negativos (1636,07 vs 885,94 ug/mL). Se evidencia una tendencia diferenciada en la respuesta inmunometabólica frente a los grupos clonales de Escherichia coli uropatógena estudiados. / Tesis

OBJETIVO: Establecer la contribución de los integrones de clase 1 a la resistencia antibiótica en aislados clínicos de enterobacterias de dos contextos epidemiológicos: zoonosis por Salmonella enterica e infección por Klebsiella pneumoniae resistente a amoxicilina/clavulánico (ACL) adquirida en un centro sociosanitario. AISLADOS: Se estudiaron (a) 92 aislados humanos de Salmonella enterica serotipo Typhimurium (ST) recuperados entre 2004 y 2006 en el laboratorio de microbiología del Hospital Verge de la Cinta de Tortosa (35 aislados adicionales de una colección de 2000-2001 para estudios de epidemiología molecular) y 382 aislados de S. enterica de otros serotipos (SNT) recuperados en ese laboratorio en 2001 y entre 2004 y 2009 (b) 45 aislados de K. pneumoniae resistentes a ACL y sensibles a cefazolina y dos resistentes a ACL con fenotipo sugestivo de AmpC plasmídica y resistencia transferible a quinolonas recuperados entre 2006 y 2008 de muestras clínicas de pacientes de un centro sociosanitario de la región sanitaria Terres de l’Ebre. RESULTADOS: (a) Salmonella enterica: El 77,2% de los aislados de ST y el 16,5% de los de SNT fueron resistentes a más de dos familias de antibióticos (MDR). El 3,3% de los aislados de ST y el 41% de los de SNT fueron resistentes a ácido nalidíxico y sólo se constató resistencia a ciprofloxacino en tres aislados de S. Kentucky. Las β-lactamasas presentes en los aislados de ST resistentes a amoxicilina (60,9%) fueron OXA-1 (52%), TEM-1 (32%) y PSE-1 (18,7%) y en los aislados resistentes de SNT (24,3%) TEM-1 (90,3%), CTX-M-9 (1 aislado de S. Virchow y 1 aislado de S. Grumpensis qnrA1 positivo), CTX-M-15 (1 aislado de S. Kapemba) y DHA-1 (1 aislado de S. Newport qnrB4 positivo); ésta es la primera descripción de β-lactamasas de espectro extendido en S. Kapemba y S. Grumpensis. 56 aislados de ST y 35 de SNT, todos excepto uno MDR, poseían integrones de clase 1. En ST los aislados predominantes fueron los que albergaban el integrón de región variable (RV) blaOXA-1-aadA1, cuya frecuencia superaba la registrada para el conjunto de España, seguidos de los aislados con el perfil de integrones aadA2 + blaPSE-1 típico de la presencia de SGI1; la mayoría de aislados con uno u otro perfil de integrones estaban relacionados clonalmente. En SNT se identificaron 11 tipos de integrones en 15 serotipos distintos (incluidos S. Kapemba, S. Mikawasima y S. ser [9,12:Iv:i:-] en los que no se habían descrito previamente), siendo los de RV dfrA1-aadA1, dfrA17-aadA5 y dfrA12-orf-aadA2 los presentes en mayor número de serotipos; en los dos aislados blaCTX-M-9 positivos, este gen estaba ubicado en un integrón complejo cuya RV 1 fue dfrA16-aadA2 en S. Virchow y aadB-aadA2 en S. Grumpnesis. Se detectaron dos variantes de integrones atípicos asociados a sul3: dfrA12-orF-aadA2-cmlA-aad1 (5 aislados de ST y 4 de S. Enteritidis) y estX-psp (2 S. Grumpensis). Este último integrón y el de RV aadA13-sat, también identificado en S. Grumpensis, no se habían descrito anteriormente en S. enterica. (b) Klebsiella pneumoniae centro socio-sanitario: Todos los aislados resistentes a ACL y sensibles a cefazolina producían una penicilinasa resistente a inhibidores, IRT-11 (n=19) u OXA-1 (n=26). Los aislados productores de IRT-11 se agrupaban en tres clones y sólo uno portaba un integrón de clase 1 (RV dfrA12-orf-aadA2); este es el segundo caso comunicado de brote nosocomial por producción de un enzima IRT. Todos los aislados productores de OXA-1 eran MDR y 23 de ellos acarreaban un integrón de clase 1, transferible por conjugación y asociado a qnrS2, de RV [aac (6’)-1b-cr- blaOXA1-catB3-arr3], que en tres aislados era defectivo en 3’. Los aislados se agrupaban en tres clones diferentes según poseyesen integrones de clase 1 convencionales, defectivos o no presentaran integrones. Un integrón de idéntica RV y vinculado a blaDHA-1 y qnrB4 en un integrón complejo de nueva estructura (Genbank GU906294) muy semejante a In37 y del que se diferenciaba por haber sufrido la deleción, por la inserción de IS26, de la región comprendida entre la primera copia de 3’CS y qnrB4, se detectó en otros dos aislados MDR de K. pneumoniae, indistinguibles genéticamente y qnrS2 positivos. / The aim of this work was to assess the contribution of class 1 integrons to antimicrobial resistance in clinical isolates of Enterobacteriaceae of human origin from two epidemiological settings: zoonosis caused by Salmonella enterica and infection due to amoxicillin-clavulanate(ACL)-resistant Klebsiella pneumoniae acquired in a chronic care center. RESULTS: (a) S. Typhimurium: 71 of the 92 isolates recovered from 2004 to 2006 at the microbiology laboratory of Hospital Verge de la Cinta (Tortosa. Catalonia. Spain) were multidrug-resistant (MDR), of which 56 carried class 1 integrons. Isolates bearing the blaOXA-1-aadA1 variable region integron were the commonest among this serovar, showing a higher frequency than that reported in other areas of Spain, followed by isolates exhibiting the integron profile typical of SGI1 (aadA2 + blaPSE-1); most isolates displaying any of these two integron profiles shared identical genotype. Five isolates possessed a sul3-associated class 1 integron whose structure was 5’CS–dfrA12–orfF–aadA2–cmlA1–aadA1–qacH–IS440–sul3. (b) Non-Typhimurium S. enterica: 16.5% of the 382 isolates recovered in 2001 and from 2004-2009 at the same laboratory were MDR and 35 carried class 1 integrons. Overall, 11 different class 1 integrons were identified in 15 distinct serotypes (including S. Kapemba, S. Mikawasima and S. ser [9,12:Iv:i:-], where they had not been previously described), being those with dfrA1-aadA1, dfrA17-aadA5 and dfrA12-orf-aadA2 variable regions the most widely distributed. Two isolates (one qnrA1 positive S. Grumpensis and one S. Virchow) bore a complex class 1 integron linked to blaCTX-M-9 and 4 S. Enteritidis and 2 S. Rissen carried atypical sul3-type integrons (5’CS–dfrA12–orfF–aadA2–cmlA1–aadA1–qacH–IS440–sul3 and 5’CS–estX-psp-IS440–sul3, respectively). The former integron and the aadA13-sat one, detected in S. Grumpensis, had never been reported before in S. enterica. (c) Klebsiella pneumoniae: 47 ACL-resistant (45 cefazolin-susceptible and 2 broad-spectrum-cephalosporin-resistant) isolates, recovered between 2006 and 2008 from patients attending a chronic care center, were investigated. All cefazolin-susceptible isolates produced an inhibitor-resistant penicillinase, IRT 11 (n= 19) or OXA-1 (n=26); 23 OXA-1-producing isolates harboured a class 1 integron, associated with qnrS2, with the aac(6’)- Ib-cr, blaOXA-1, catB3, arr3 cassette arrangement (in 3 cases the integron was defective in 3’ end). An integron with identical structure, linked to blaDHA-1 and qnrB4 within an In37-like complex class 1 integron of novel structure (Genbank GU906294), was found in two epidemiologically closely related qnrS2 positive isolates.