A coastal lagoon is a landform that is influenced by natural processes and human activities. All human activities at the upstream, particularly agriculture and cultivation bring soil, waste, and other materials to the downstream area through the river drains into the lagoon. Even though its position is inland of water bodies, the lagoon is still affected by waves and winds from the sea. Additionally, coastal lagoon will be the depository place for sedimentation from the upland area. Segara Anakan (SA), which is located in Indonesia, is an example of a coastal lagoon area, which has a unique biophysical characteristic. The region has a great natural ability to ensure the sustainability of the interrelationships between terrestrial, estuarine and marine ecosystems in harmony and balance as a habitat for flora and fauna. The region is an area of migration of various types of protected animals and it is a place of breeding for diverse species of the shrimp and fish, which have a highly economical value. Segara Anakan lagoon (SAL), currently experiencing acceleration narrowed on its area due to a very intensive sedimentation from the mainland. The research aims to answer the question of how ecological dynamic occurs in the SAL area due to sedimentation. Achieving the objectives of this study required examining the morphology and land use changes with multitemporal remote sensing approaches. While, to assess the role of community participation and planning management strategies is using qualitative descriptive methods and SWOT analyze. The using of multitemporal remote sensing Landsat images is possible to analyze the morphological and land use changes with different time and sensors. These Landsat has image accuracy about 92.66%. It can be used for image interpretations resulting 13 classes of land use. The morphodynamics of SAL indicated by the changes of area of lagoon and accreted land and also the distance of coastlines during the periods 1979-2013. In addition, the land use or land cover also changes during that time. The bigger portions of land use changes are in the tropical and mangrove\'s forests. There are distinctive forms of participation in conservation efforts. The upstream community involvement in conservation tends to be different participating in the way of ideas, money, materials, properties, skills and expertise or social activities. In addition, the community at downstream area has a sufficiently high level of participation in environmental conservation. There are also strong relationships between the level of education and level of income and basic knowledge in conservation with the participation of SA conservation. The ecological dynamics of the SAL area are described with a historical time line. It is divided into three time periods: the 1970s - 1980s, the 1990s and from 2000 onwards. Each of these has occurrences that can lead to changes in the environment. The implementation of appropriate conservation technique can reduce the sedimentation rate. Hence, the synergic coordination measures between upstream and downstream regions are necessary in the future. Increasing community awareness and participation in the conservation by improving educational sector, providing information, and applying sustainable development land use are the ways to match human activities with the temporal and spatial dynamics of the coastal resources.

Les rejets urbains par temps de pluie dégradent l’état écologique des écosystèmes aquatiques et peuvent induire une exposition des populations humaines aux contaminants chimiques et microbiens (bactéries, virus, parasites). L’objectif de ce travail de thèse était d’évaluer les effectifs et de prédire le devenir de bactéries pathogènes introduites dans les milieux aquatiques par une source majeure comme les eaux usées rejetées par des dispositifs tels que les déversoirs d’orage (DO) et les lagunes d’épuration (WWTL). La répartition d’un agent pathogène fortement liée aux milieux hydriques, Pseudomonas aeruginosa, a été comparée avec celles observées pour des indicateurs de contaminations fécales (E. coli et les entérocoques intestinaux), mais également avec celle de l’espèce pathogène Aeromonas caviae. La dangerosité des formes retrouvées dans ces milieux a été évaluée par approches moléculaires (PFGE et MLST). Les résultats obtenus montrent un fort apport en P. aeruginosa via les eaux usées, avec un effet significatif sur les effectifs observés en fonction de l’intensité des pluies et des périodes de temps sec, et les fluctuations du régime hydrologique et des paramètres physico-chimiques. Une grande diversité infra-spécifique des P. aeruginosa, et la capacité de certains génotypes à s’installer durablement dans ces milieux (macrophytes et périphyton) ont été observées. Certaines souches ont par ailleurs montré une parenté avec des lignées d’infections communautaires, ou encore des clones épidémiques majeurs (PA14 et C). Des études en microcosme ont été effectuées pour valider les interactions observées avec certains macrophytes, et identifier des propriétés d’adhérence bactérienne (dont les lectines) impliquées dans ces interactions. Ces travaux ont impliqué une analyse de la distribution des gènes lecA et lecB, codant des lectines chez P. aeruginosa, et une étude de leurs ligands. Le gène lecA a été localisé dans une zone de forte plasticité génomique. Ces travaux ont permis la description d’une nouvelle structure de l’adhésine LecB / Urban wet-weather discharges degrade the ecological status of aquatic ecosystems and may expose human populations to chemical and microbial contaminants (bacteria, viruses, parasites). The aim of this thesis was to evaluate the numbers and predict the fate of pathogenic bacteria introduced into aquatic ecosystems by a major source like wastewater from devices such as combined sewer overflows (CSO) and wastewater treatment lagoons (WWTL). The distribution of a human pathogen closely linked to hydric environments, Pseudomonas aeruginosa, was compared with those observed for fecal indicators (E. coli and intestinal enterococci), but also with that of Aeromonas caviae pathogenic species. Dangerousness of strains found in these environments was evaluated by molecular approaches (PFGE and MLST). Obtained results showed a high contribution of wastewater in P. aeruginosa release, with a significant effect of rainfall intensity and preceding dry periods, in addition to changes in hydrological regime and physico-chemical parameters on recorded data. A large infra-specific diversity was observed within P. aeruginosa and the ability of some genotypes to colonize permanently aquatic surfaces (macrophytes and periphyton) were observed. Some strains showed a kinship with lineages of community infections or major epidemic clones (PA14 and C). Microcosm studies were performed to validate observed interactions with macrophytes, and to identify bacterialadhesion properties (including lectins) involved in these interactions. These investigations involved analysis of the distribution of lectin encoding loci lecA and lecB within P. aeruginosa, and a study of their ligands. lecA was located in a highly unstable genomic region. This work allowed the description of a new structure of the adhesin LecB

La thèse étudie les modalités d’approvisionnement de la ville de Venise en produits de la mer (poissons, crustacés et coquillages) au XVIIIe siècle. Il s'agit de comprendre un système qui concerne à la fois des acteurs, des pratiques, des espaces et des modes de gouvernement. L’analyse prend comme point de départ les espèces, puis leur exploitation, faisant du poisson une ressource alimentaire pour la ville. À Venise, l’ensemble des habitants, des patriciens aux membres du popolo les plus fragiles, consomme du poisson sous toutes ces formes. Cette consommation quotidienne a entraîné chez les acteurs impliqués dans ce système, pêcheurs, marchands et gouvernants, d’intenses réflexions autour de la propriété, de la gestion, de l’exploitation et de la protection des espèces. L’étude se situe ainsi à la croisée de plusieurs champs historiques (histoire environnementale, histoire sociale et histoire des institutions) et emprunte certaines de ses approches à l’histoire économique et à l’histoire urbaine. L’enjeu est donc de comprendre comment se crée et se négocie un système de gestion et d’exploitation d’une ressource, impliquant des savoirs politiques, des savoirs techniques et des usages particuliers élaborés dans des milieux lagunaires et maritimes. Cette interaction est en pleine évolution au XVIIIe siècle, à une période où les mécanismes marchands et économiques sont soumis à des évolutions de conception profondes. Les ressources de la mer n’échappent pas à ces questionnements et la materia del pesce, expression utilisée par les magistrats vénitiens, devient un espace de négociation entre les acteurs du système et les gouvernants dans la seconde moitié du XVIIIe siècle. / This study analyses how the city of Venice managed to supply its fish markets in the 18th century, an organization system that involved actors, practices, spaces, and government strategies. The analyze focuses initially on the fish, which means to start by specifying the specimens that were captured to assess the production rhythms. All the mentioned aspects defined the exploitation system of this product, which became a crucial food resource for the city. In Venice, everybody ate seafood in their everyday life, from nobles to popolani. Such a remarkable place of the fish as basic food resulted in intensive reflections by the government and by the actors involved in the markets (merchants, fishermen, or fishmongers). They were particularly concerned about the management, the exploitation, and also the protection of these resources. Therefore, this study is related to historiography in several manners: Environmental history, Social history, and the History of the institutions; and it uses some approaches from Urban history and Economical history as well.The aim of this research is to determine how a management system of a capital resource for the city could be created and negotiated, a complex plan that involved political knowledge, technical skills, and particular uses of the exploitation of the lagoon. This interaction between politics and technique evolved during the 18th century, a period in which the economic life changed deeply. The materia del pesce, an expression used by the Venetian government, became a subject of negotiation between the authorities and the fish market actors.

Le milieu lagunaire formé par les étangs de Berre et de Caronte est né d'une ingression marine, vers 6000 av. J.-C. Si d'importants vestiges de l'Age de Fer et de l'Antiquité ont été mis à jour sur les rives de Caronte, aucun habitat n'a pu être identifié après l'époque romaine: Caronte n'est semble-t-il, au haut Moyen-Âge, qu'un lieu de passage et de pêche (présence de bourdigues, grandes nasses à poisson). Cet espace est néanmoins convoité par les divers pouvoirs locaux nés de l'effondrement de l'autorité publique, pour des motifs économiques (bourdigues), mais aussi militaires, Caronte et l'Ile formant la porte d'entrée de l'étang de Berre, et donc de la Basse Provence occidentale. La fondation de St-Geniès et du port de Bouc au XIIe s., de l'Ile-St-Geniès au XIIIe s., ainsi que de Ferrières et de Jonquières façonnent cette zone palustre : le centre-ville de la future ville de Martigues se dessine vers 1400. En 1581, la création de Martigues par l'union de l'Ile, Ferrières et Jonquières procure les bases d'un fort développement économique et démographique. La croissance de la cité s'effectue selon un modèle atypique, les phases de pression démographique induisant la création, par remblayage, de secteurs constructibles sur la lagune. Mais du fait de la faible profondeur de Caronte et de la concurrence du port de Marseille, Martigues ne peut suivre l'augmentation du tonnage des navires au XVIIIe s., et son économie connaît jusqu'à l'ère pétrochimique une longue atonie.

A coastal lagoon is a landform that is influenced by natural processes and human activities. All human activities at the upstream, particularly agriculture and cultivation bring soil, waste, and other materials to the downstream area through the river drains into the lagoon. Even though its position is inland of water bodies, the lagoon is still affected by waves and winds from the sea. Additionally, coastal lagoon will be the depository place for sedimentation from the upland area. Segara Anakan (SA), which is located in Indonesia, is an example of a coastal lagoon area, which has a unique biophysical characteristic. The region has a great natural ability to ensure the sustainability of the interrelationships between terrestrial, estuarine and marine ecosystems in harmony and balance as a habitat for flora and fauna. The region is an area of migration of various types of protected animals and it is a place of breeding for diverse species of the shrimp and fish, which have a highly economical value. Segara Anakan lagoon (SAL), currently experiencing acceleration narrowed on its area due to a very intensive sedimentation from the mainland. The research aims to answer the question of how ecological dynamic occurs in the SAL area due to sedimentation. Achieving the objectives of this study required examining the morphology and land use changes with multitemporal remote sensing approaches. While, to assess the role of community participation and planning management strategies is using qualitative descriptive methods and SWOT analyze. The using of multitemporal remote sensing Landsat images is possible to analyze the morphological and land use changes with different time and sensors. These Landsat has image accuracy about 92.66%. It can be used for image interpretations resulting 13 classes of land use. The morphodynamics of SAL indicated by the changes of area of lagoon and accreted land and also the distance of coastlines during the periods 1979-2013. In addition, the land use or land cover also changes during that time. The bigger portions of land use changes are in the tropical and mangrove\''s forests. There are distinctive forms of participation in conservation efforts. The upstream community involvement in conservation tends to be different participating in the way of ideas, money, materials, properties, skills and expertise or social activities. In addition, the community at downstream area has a sufficiently high level of participation in environmental conservation. There are also strong relationships between the level of education and level of income and basic knowledge in conservation with the participation of SA conservation. The ecological dynamics of the SAL area are described with a historical time line. It is divided into three time periods: the 1970s - 1980s, the 1990s and from 2000 onwards. Each of these has occurrences that can lead to changes in the environment. The implementation of appropriate conservation technique can reduce the sedimentation rate. Hence, the synergic coordination measures between upstream and downstream regions are necessary in the future. Increasing community awareness and participation in the conservation by improving educational sector, providing information, and applying sustainable development land use are the ways to match human activities with the temporal and spatial dynamics of the coastal resources.

Les zones côtières ne sont prises en compte dans les budgets globaux de CO2 atmosphérique que depuis peu. Il s’avère que bien qu’elles ne représentent globalement que de faibles superficies, les flux de carbone et de nutriments y sont très significatifs à l’échelle globale. On sait peu de chose sur le comportement des écosystèmes lagunaires vis-à-vis du CO2 et, encore moins des zones intertidales où les échanges avec l’atmosphère ont lieu alternativement avec l’eau et le sédiment. Les objectifs de cette étude ont été d’une part, d’établir le bilan de carbone échangé entre la lagune d’Arcachon, l’atmosphère et le milieu terrestre, et d’autre part de mettre en relation ces flux avec la production nette de l’écosystème (NEP) afin de mieux caractériser le statut métabolique de celle-ci ainsi que les facteurs environnementaux clés. Pour cela, nous avons mis en place pour la première fois et à différentes saisons et stations, des mesures directes de flux de CO2 par Eddy Corrélation, une méthode fonctionnant en continu pendant l’immersion et l’émersion. En parallèle, les apports de carbone terrestre sous ses différentes formes ont été quantifiés par un suivi annuel sur 9 rivières alimentant la lagune. L’export total de carbone par le bassin versant à travers les eaux de surface des rivières est estimé à 116 t C km-2 an-1 dont 39% est exporté à la lagune sous forme organique dissoute (DOC) du fait de la prédominance de podzols dans le bassin versant. La forte minéralisation de la matière organique terrestre dans les sols et eaux souterraines sursature largement les eaux en CO2 et l’export sous forme de carbone inorganique dissoute (DIC) représente environ 21%. La formulation d’un modèle mathématique, le « StreamCO2-DEGAS », basé sur les mesures de pCO2, de concentrations et de compositions isotopiques en DIC a permis de montrer que 43% de l’export total de carbone était dégazé sous forme de CO2 depuis les rivières vers l’atmosphère, réduisant alors le flux net entrant dans la lagune à 66 t C km-2 an-1. Concernant la mesure de flux verticaux, l’analyse cospectrale ainsi que les résultats obtenus en adéquation avec les contrôles physiques et biologiques aux différentes échelles tidale, diurne et saisonnières, ont permis de valider la méthode de l’Eddy Covariance en zone intertidale. Sur l’ensemble de la période de mesures, les flux de CO2 étaient faibles, variant entre -13 et 19 µmol m-2 s-1. Des puits de CO2 atmosphérique à marée basse le jour ont été systématiquement observés. Au contraire, pendant l’immersion et à marée basse la nuit, des flux positifs ou négatifs ou proche de zéro ont été observés suivant la saison et la station étudiées. L’analyse concomitante des flux de CO2 et des images satellites du platier à marée basse le jour a clairement permis de discriminer l’importance relative des deux cycles métaboliques distincts des principaux producteurs primaires avec (1) les herbiers de Zostera noltii à cycle annuel long, dominant la NEP en été et en automne à la station la plus centrale et (2) les communautés microphytobenthiques, dominant la production primaire brute (PPB) au printemps à la même station et en automne au fond du bassin. Un recyclage rapide de cette production durant l’immersion et l’émersion a aussi clairement été mis évidence. Au vue des différents résultats, la technique d’Eddy Covariance utilisée en zone intertidale laisse envisager d’intéressantes perspectives en termes de connaissances sur les budgets de carbone et les processus écologiques et biogéochimiques dans la zone côtière. / The coastal zone is only taken into account since recently in global carbon budgeting efforts. Although covering globally modest surface areas, carbon and nutrient fluxes in the coastal zone appear significant at the global scale. However, little is known about the CO2 behaviour in lagoons and even less in intertidal zones where exchanges with the atmosphere occur alternatively with the water and the sediment. The purposes of this work are, on one hand, to establish the carbon budget between the Arcachon lagoon, the atmosphere and the terrestrial watershed and on the other hand, to link these fluxes with the net ecosystem production (NEP) and better characterize its metabolic status along with the relevant environmental factors. For the first time, CO2 flux measurements by Eddy Correlation have been carried out at different seasons and stations in the tidal flat. In parallel, the total terrestrial carbon export from river waters has been quantified throughout a complete hydrological cycle in nine watercourses flowing into the lagoon. The total carbon export from the watershed through surface river waters is estimated at 116 t C km-2 yr-1 on which 39% is exported to the lagoon as dissolved organic carbon (DOC) owing to the predominance of podzols in the watershed. Intense organic matter mineralization in soils and groundwaters largely over-saturate river waters in CO2 on which export accounts for 21% as dissolved inorganic carbon (DIC). The mathematical “StreamCO2-DEGAS” model formulation based on water pCO2, DIC concentrations and isotopic composition measurements permits to show that 43% of the total carbon export was degassed as CO2 from the riverine surface waters to the atmosphere, lowering then this latter to 66 t C km-2 yr-1. With respect to the CO2 flux measurements in the lagoon, cospectral analysis and the well accordance of results with physical and biological controls at the tidal, diurnal and seasonal time scales permit to validate the Eddy Correlation technique over tidal coastal zone. CO2 fluxes with the atmosphere, during each period, were generally weak and ranged between -13 and 19 µmol m-2 s-1. Low tide and daytime conditions were always characterized by an uptake of atmospheric CO2. In contrast, during the immersion and during low tide at night, CO2 fluxes where either positive or negative, or close to zero, depending on the season and the site. The concomitant analysis of CO2 fluxes with satellite images of the lagoon at low tide during the day clearly discriminate the relative importance of the two distinct metabolic carbon cycling involving the main primary producers, i.e. (1) the Zostera noltii seagrass meadow predominance on the NEP in autumn and summer in the more central station, with an annual cycling and (2) the microphytobenthos community predominance on the gross primary production (GPP) in spring at the same station and in autumn in the inner part of the bay where a rapid carbon cycling during the immersion and the emersion was clearly highlighted. The different results obtained with the Eddy Correlation technique over tidal flats opens interesting perspectives on the knowledge of the carbon budget and the biogeochemical and ecological processes within the coastal zone.

D’un point de vue géographique, la lagune de Venise n’a que peu en commun avec les baies principales de la Bretagne septentrionale, si ce n’est son ouverture sur la mer. Les deux réalités étudiées ont pourtant en commun leur soumission à l’action des marées qui a poussé les populations littorales à développer des savoirs et des techniques de pêche traditionnelles d’une très grande richesse et qu’ils ont su faire évoluer au cours du temps pour mieux les adapter aux caractéristiques du milieu.Les différentes formes de récolte et de pêche, l’élevage des moules en particulier, ont entraîné une domestication et une anthropisation de ces zones. En Bretagne, tout comme à Venise, la valorisation de la moule en tant que ressource alimentaire et économique est assez tardive.Que ce soit dans les sources bibliographiques ou durant l’enquête réalisée sur le terrain, notre recherche nous a permis de repérer des allusions fréquentes à la toxicité présumée de ce mollusque, à Venise appelé « peòcio » c’est-à-dire « pou » et considéré non comestible. Quels mécanismes ont métamorphosé la moule en un aliment aujourd’hui apprécié et recherché ? Et comment des zones, autrefois très pauvres se sont transformées, en des lieux renommés pour la production de moules ? C’est pour répondre à ces questions que nous avons entrepris la reconstruction de l’histoire de la mytiliculture. / From a geographic perspective, the Venice Lagoon has almost nothing in common with the main northern bays of “Bretagne”; simply, both open on the sea. Therefore, the two studied realities have to share their submission to the action of tides that have pushed the coastal communities to develop fishing knowledge and techniques. They were able to evolve over time to better suit the characteristics of the environment. The different forms of harvesting and fishing, mussel farming in particular, led to domestication and human impacts in these areas. In “Bretagne”, as in Venice, is rather late the development of mussels as food and as economic resource.Whether in the literature sources or during the survey in the field, our research has led us to identify frequent allusions to the alleged toxicity of this mollusk in Venice called “peòcio” that mean “cootie” and considered inedible. What mechanisms have metamorphosed mussels into a regarded and sought food today? And how formerly very poor areas are transformed into places renowned for the production of mussels? It is to answer these questions that we undertook the reconstruction of the history of the mussel. / Da un punto di vista geografico la laguna di Venezia ha poco in comune con la Bretagna settentrionale se non il suo sbocco sul mare. Di conseguenza le due realtà condividono la dipendenza dall’azione delle maree, le quali hanno spinto le popolazioni litoranee a sviluppare dei saperi e delle particolari tecniche di pesca adattate alle caratteristiche dell’ambiente.Nel corso della nostra ricerca abbiamo incontrato delle frequenti allusioni alla presunta tossicità del mitilo, a Venezia chiamato “peòcio”, cioè pidocchio. Infatti a Venezia, come in Bretagna, la valorizzazione dei mitili quale risorsa alimentare ed economica è un fenomeno tardivo. Quali meccanismi hanno trasformato i mitili in un alimento che è oggi apprezzato e ricercato? E in che modo delle zone un tempo molto povere si sono trasformate in località rinomate per la produzione di questi molluschi? Per rispondere a queste domande abbiamo ricostruito la storia della mitilicoltura.