Flora de macrófitas marinhas do Arquipélago de Abrolhos e do Recife Sebastião Gomes (BA). Apesar dos avanços crescentes ao conhecimento da flora de macrófitas marinhas (algas e gramas marinhas) da costa brasileira, desde os trabalhos seminais de A. B. Joly a partir da década de 1950, existem ainda regiões que não foram adequadamente amostradas. Este é o caso das formações recifais mais afastadas da costa. Do sul da Bahia ao norte do Espírito Santo, um grande alargamento da plataforma, conhecido como banco de Abrolhos, abriga a maior formação recifal do Atlântico Sul. Duas regiões dessa extensa área foram escolhidas como foco deste trabalho: i. o recife Sebastião Gomes, a 16 km da foz do rio Caravelas, emerso nas marés-baixas e sujeito a uma maior interferência de sedimentos terrígenos e impactos antrópicos de naturezas diversas e ii. o arquipélago de Abrolhos, a 70 km da costa, caracterizado por formações sedimentares soerguidas, rodeadas por sedimento carbonático de origem biogênica e águas com baixa turbidez e pouco afetadas pela ação do homem. Além destes dois ambientes incluímos em nossas amostragens algumas visitas a chapeirões gigantes típicos da região do bordo do parcel de Abrolhos. Complementarmente, sintetizamos o conhecimento taxonômico existente para esta região do litoral baiano. Não foram estudadas as formas calcárias não articuladas. Como resultado de nossa pesquisa identificamos 103 espécies de macrófitas no recife Sebastião Gomes, sendo 48% Rhodophyta, 26% Phaeophyceae, 25% Chlorophyta e 1% Magnoliophyta. Este resultado, somado aos dados da literatura totaliza 110 táxons para esta região. Nossos estudos adicionam 74 táxons para a flora deste recife, sendo 43 Rhodophyta, 13 Phaeophyceae, 18 Chlorophyta. Para o arquipélago de Abrolhos encontramos 149 espécies, sendo 59% Rhodophyta, 22% Phaeophyceae, 18% Chlorophyta e 1% Magnoliophyta. Somados aos dados da literatura chega-se a um total de 164 táxons para o arquipélago. Nossos estudos adicionaram 59 táxons à flora do arquipélago, sendo 33 Rhodophyta, 11 Phaeophyceae, 14 Chlorophyta e 1 Magnoliophyta. A flora marinha do arquipélago de Abrolhos se mostrou mais diversa do que a do recife Sebastião Gomes, possivelmente devido a uma maior diversidade de hábitats e, talvez, por ser uma área menos impactada e com menor turbidez. Em comparação com o conhecimento da flora marinha das principais formações oceânicas da costa brasileira observa-se, em ordem decrescente de riqueza específica: o arquipélago de Fernando de Noronha, o arquipélago de Abrolhos, o recife Sebastião Gomes, o atol das Rocas, a ilha de Trindade e os penedos de São Pedro e São Paulo. O trabalho descreve e ilustra os atributos mais importantes das espécies encontradas. / The Marine Macroflora of the Abrolhos Archipelago and Sebastião Gomes reef (Brazil). Despite the considerable endeavor and advances in the knowledge of the macrophyte flora (seaweeds and seagrasses) on the Brazilian coast since the seminal works of A. B. Joly in the 1950s, there are still areas that have not been adequately sampled. This is the case of the reef formations along the coast. On the southern coast of Bahia there is a pronounced enlargement of the continental shelf known as the Abrolhos bank, which comprises the largest reef formation in the southern Atlantic. We selected two regions within the Abrolhos bank to focus our surveys: i. the Sebastião Gomes reef, 16 km off the mouth of the Caravelas river, and ii. the Abrolhos archipelago, a group of five small islands, 70 km off the coast. Sebastião Gomes reef is subjected to a larger anthropic impact and turbid water due to terrigenous sediments; the Abrolhos archipelago is surrounded by calcareous biogenic sediments, bathed by clear water and protected from human activities. Besides those two nuclear sampling sites we also got samples from some giant chapeirões, a unique reef formation, on the border of the archipelago. The nonarticulated calcareous red algae were not included in our surveys. As a result of our surveys we identified 103 species on Sebastião Gomes reef (48% Rhodophyta, 26% Phaeophyceae, 25% Chlorophyta and 1% Magnoliophyta). This, added to what was already known for this reef totalizes 110 species. Of those, 74 species correspond to first citations for this reef, being 43 Rhodophyta, 13 Phaeophyceae and 18 Chlorophyta. For the archipelago we found 149 spp. (59% Rhodophyta, 22% Phaeophyceae, 18% Chlorophyta and 1% Magnoliophyta). If we include the species that were reported to the archipelago by others, the flora amounts to 164 spp.. Our studies reported, for the first time to the archipelago, 59 taxa: 33 Rhodophyta, 11 Phaeophyceae, 14 Chlorophyta and 1 Magnoliophyta. The higher species diversity at the archipelago may be due to a higher ecological diversity and lower turbidity, but, perhaps also, to a lower human impact, what remains to be investigated. In comparison with other offshore islands and reefs along the Brazilian coast we have the following situation, in a decreasing order of species richness: archipelago Fernando de Noronha, Abrolhos archipelago, Sebastião Gomes reef, Rocas atoll, Trindade island and São Pedro & São Paulo islands. The work describes and illustrates the more relevant aspects of each species studied.

Os vírus da influenza A (IA) provocam epidemias e pandemias em humanos. As aves selvagens são os reservatórios naturais desses vírus, dentre essas, as migratórias possuem um importante papel como transmissores da doença. A região subantártica abriga populações de aves marinhas, as quais reproduzem-se no verão austral formando colônias com milhares de aves, o que potencializa a importância do estudo do vírus IA em aves marinhas neste ambiente. Os objetivos deste trabalho foram analisar a presença do vírus IA em swabs orotraqueal e cloacal, e de anticorpos anti-IA em soro de aves marinhas da região subantártica, caracterizar molecularmente as amostras positivas, e conhecer mais a ecologia deste vírus. Foram coletadas amostras biológicas de pinguim-papua, pinguim-de-barbicha, pinguim-de-adelie, skua-subantártica, pomba-do-cabo, e petrel-gigante-do-sul, entre 2010-13, nas ilhas Elefante e Rei George. Das 615 amostras de swab, 13 foram positivas por One Step Real Time RT-PCR, e uma foi caracterizada como H6N8. Das 673 amostras de soro, 108 foram positivas por Ensaio Imonoenzimático competitivo (cELISA). O estudo contribuiu para o conhecimento do vírus IA na região e foram feitas recomendações para a prevenção a introdução de patógenos na Antártica. / Influenza A (IA) viruses cause epidemics and pandemics in humans. Wild birds are the natural reservoir of these viruses, among these, migratory ones have an important role as transmitters of disease. The subantarctic region is home to seabird populations, which breed in the austral summer forming colonies with thousands of birds, which enhances the importance of the study of AI viruses in waterfowl in this environment. The objectives of this study were to analyze the presence of IA virus in tracheal and cloacal swabs, and anti-IA antibodies in serum of seabirds from subantarctic region, molecular characterization of positive samples, and learn more about this virus ecology. Biological samples were collected of gentoo penguin, chinstrap penguin, adelie penguin, brown skua, cape petrel, and southern giant petrel, from Elephant and King George islands, between 2010-13.Of the 615 swab samples, 13 were positive by Real Time One Step RT-PCR, and one was characterized as H6N8. Of the 673 serum samples, 108 were positive by competitive enzyme-linked immunosorbent assay (cELISA). The study contributed to AI virus knowledge in the region and recommendations for preventing the introduction of pathogens in Antarctica were made.

Neste trabalho, foi estudado o potencial biotecnológico, com ênfase na produção de biodiesel, de 25 espécies de macroalgas marinhas pertencentes às divisões Rhodophyta, Chlorophyta e Heterokontophyta coletadas no litoral brasileiro, avaliando-se a sua composição bioquímica e a sua taxa de fotossíntese. Também foram realizados estudos com 6 espécies de macroalgas coletadas na Baía do Almirantado, na Península Antártica, para comparar os resultados apresentados por esses organismos, que habitam um ambiente de condições extremas e adversas. Para a análise bioquímica, foram quantificados os pigmentos (clorofila a, para todos os grupos de macroalgas, e ficobiliproteínas -aloficocianina, ficocianina e ficoeritrina-, para as algas vermelhas), as proteínas e carboidratos solúveis totais e os lipídeos totais e ácidos graxos. As espécies Dictyota menstrualis e Ulva lactuca apresentaram os maiores valores de fotossíntese máxima. Foram observadas diferenças no conteúdo de clorofila a entre as espécies de macroalgas estudadas, sendo que os valores variaram de 0,20 ± 0,01 mg/g massa seca (Gigartina skottsbergii) a 6,82 ± 0,46 mg/g massa seca (Spatoglossum schroederi). Também houve grande variação no conteúdo de lipídeos, carboidratos e proteínas, sendo que os maiores valores foram encontrados em D. menstrualis (98,8 + 4,9 mg/g massa seca de lipídeos), Gracilaria mammillaris, Laurencia dendroidea e Plocamium cartilagineum (742,0 ± 31,9, 675,3 ± 11,0 e 660,2 ± 27,2 mg/g massa seca de carboidratos, respectivamente) e Palmaria decipiens e Aglaothamnion uruguayense (21,7 ± 1,7 e 18,0 ± 0,4 mg/g massa seca de proteínas, respectivamente). Houve grande variação na concentração e no perfil de ácidos graxos das espécies estudadas, sendo que D. menstrualis e S. schroederi foram as espécies que apresentaram os maiores valores. Além disso, D. menstrualis exibiu a maior proporção de ácidos graxos monoinsaturados. A partir dos resultados obtidos com as algas coletadas em campo, concluímos que D. menstrualis foi a espécie que apresentou as melhores características para ser utilizada como fonte para produção de biodiesel, devido a sua alta taxa fotossintetizante, alto teor de lipídeos e ácidos graxos e alto teor de ácidos graxos monoinsaturados. Dessa forma, D. menstrualis foi utilizada na segunda etapa do trabalho, sendo estabelecido o seu cultivo em laboratório, com uma taxa de crescimento (TC) de 11,1 % d-1. Foram realizados experimentos para avaliar os efeitos do aumento da concentração de dióxido de carbono (CO2), em condições de limitação e saturação de nitrogênio (na forma de nitrato, NO3-), sobre a TC, a fotossíntese, a atividade das enzimas nitrato redutase (NR), Anidrase Carbonica (AC) e Rubisco e sobre a composição bioquímica de D. menstrualis cultivada em biorreatores e sobre a captação do CO2 por D. menstrualis cultivada em laboratório. A TC, o conteúdo de proteínas e de N total no tecido de D. menstrualis foram maiores nos tratamentos contendo NO3-, independente da adição de CO2. Entretanto, houve um aumento nos valores de fotossíntese máxima, na atividade da Rubisco e NR, e no teor de carboidratos e lipídeos totais quando D. menstrualis foi cultivada em meio com adição de CO2, com saturação de NO3-. Houve pouca variação na atividade da AC entre os diferentes tratamentos testados. O perfil de ácidos graxos de D. menstrualis cultivada nos biorreatores foi caracterizado por um alto conteúdo de ácidos graxos poliinsaturados, com destaque para os omegas-3. Não houve diferença significativa na taxa de remoção de CO2 entre os tratamentos com e sem adição NO3-. A remoção de CO2 nos meios com e sem adição de CO2 foi alta, variando de 71,5% a 34,8%, respectivamente. Os resultados evidenciam que quando essa espécie foi cultivada em biorreatores, houve um aumento no seu teor de ácidos graxos poliinsaturados e ω-3, o que a torna mais interessante para ser utilizada como nutracêutico do que como matéria-prima para a produção de biodiesel. Apesar disso, a sua aplicação como fonte de biodiesel não deve ser desconsiderada, uma vez que alterações nas condições de cultivo acarretam em modificações no perfil de ácidos graxos. Com base nos resultados obtidos, as perspectivas para a produção de biodiesel a partir de macroalgas marinhas deverão contemplar estudos para encontrar as melhores condições de cultivo para que ocorra o aumento na biossíntese de ácidos graxos monoinsaturados. / The Biotehcnological potential, with biodiesel producing emphasis, on 25 species of marine benthic algae from the phylum Rhodophyta, Chlorophyta and Heterokontophyta collected along the Brazilian coast, were evaluated assessing their biochemical composition and their photosynthetic rate. Studies have also been performed with 6 seaweed species collected in Admiralty Bay, Antarctic Peninsula, to compare the results presented by these organisms inhabiting an environment of extreme and adverse conditions. For biochemical analysis, pigments (chlorophyll a, for all groups of macroalgae, and phycobiliproteins, allophycocyanin, phycocyanin and phycoerythrin, for the red algae), total soluble protein, total soluble carbohydrates and total lipids and fatty acids were quantified. The species Dictyota menstrualis and Ulva lactuca showed the highest values of maximum photosynthesis. There were differences in chlorophyll a content between the seaweeds studied, and the values ranged from 0.20 ± 0.01 mg / g dry mass (Gigartina skottsbergii) to 6.82 ± 0.46 mg / g dry weight (Spatoglossum schroederi). There was also wide variation in the content of lipids, carbohydrates and proteins, and the highest values were found in the species Dictyota menstrualis (98.8 ± 4.9 mg / g dry weight of lipids), Gracilaria mammillaris, Laurencia dendroidea and Plocamium cartilagineum (742, O ± 31.9, 675.3 ± 11.0 and 660.2 ± 27.2 mg / g dry weight of carbohydrates, respectively) and Palmaria decipiens and Aglaothamnion uruguayense (21.7 ± 1.7 and 18.0 ± 0, 4 mg / g dry weight of proteins, respectively). There was a wide variation on fatty acids contents and profile of the species studied; D. menstrualis and Spatoglossum schroederi showed the highest lipids values. In addition, D. menstrualis exhibited the highest proportion of monounsaturated fatty acids. From the results obtained with algae collected in the field, D. menstrualis is the species with the best characteristics to be used as a source for biodiesel production due to their high photosynthetic rate, high content of lipids and fatty acids and a high content of monounsaturated fatty acids. Thus, D. menstrualis was used in the second stage of this study, being established it\'s cultivation in the laboratory, with a growth rate (GR) of 11.1% d-1. Experiments to evaluate the effect of increasing carbon dioxide (CO2) concentration, under nitrogen (NO3-) limiting and saturation conditions, on the GR, photosynthesis, the activity of nitrate reductase (NR), carbonic anhydrase (CA) and Rubisco and on the biochemical composition of D. menstrualis grown in bioreactors and on the CO2 capture by D. menstrualis grown in the laboratory were performed. The GR, protein content and N content in the tissue of D. menstrualis were higher in treatments containing NO3-, regardless of the addition of CO2. However, there was an increase in the values of maximum photosynthesis, of Rubisco and NR activity, and of total soluble carbohydrates and total lipids when D. menstrualis was grown in medium with addition of CO2, with NO3- saturation. There was little variation in the AC activity among different treatments. The fatty acid profile of D. menstrualis cultivated in bioreactors was characterized by a high content of polyunsaturated fatty acids, especially the omegas-3. There was no significant difference in the rate of CO2 removal between treatments with and without NO3-. CO2 removal in medium with and without addition of CO2 was high, ranging from 71.5% to 34.8%, respectively. The results show that when this species was cultivated in bioreactors, there was an increase in its content of polyunsaturated fatty acids and ω-3, which makes it interesting for use as a nutraceutical than as raw material for biodiesel production. Nevertheless, its application as a source of biodiesel can not be disregarded, since changes in culture conditions lead to changes in fatty acid profile. Based on these results, the prospects for the production of biodiesel from marine macroalgae should include studies to find the best growing conditions to occur the increase in the monounsaturated fatty acids biosynthesis.

As atividades humanas nos últimos dois séculos vêm provocando um aumento na concentração de dióxido de carbono (CO2) atmosférico. Um dos efeitos desse aumento é um incremento na produtividade primária de algumas espécies vegetais terrestres, que dessa maneira atuam como sequestradoras de carbono. Nos oceanos, o CO2 é armazenado principalmente na forma de carbonato de cálcio (CaCO3), e o aumento na sua concentração leva a uma acidificação da água do mar e a uma menor disponibilidade de íons carbonato. Os animais que precipitam CaCO3 não serviriam como sequestradores de carbono porque o processo de calcificação produz CO2. Porém, a maioria das medidas de balanço de CO2 em comunidades calcárias marinhas negligenciam as formações de algas. Nas algas calcárias o CO2 produzido pela calcificação é aproveitado pela fotossíntese. Além disso, aumentos na concentração de CO2 podem levar a aumentos na taxa de crescimento, embora essas taxas possam ser afetadas por uma queda na disponibilidade de íons carbonato. O objetivo deste trabalho foi verificar se o aumento na concentração de CO2, e a acidificação da água do mar por ela causada, afetam o crescimento de algas calcárias. Tendo em vista a ausência de referências sobre trabalhos desse tipo com algas calcárias e considerando que as coralináceas não-articuladas, grupo de algas com maior calcificação, são difíceis de trabalhar em laboratório, a primeira etapa do projeto foi dedicada ao estabelecimento de cultivos e de metodologias de trabalho. Foram analisadas algas calcárias de diversos grupos, sendo escolhidas as coralináceas não-articuladas pois sua calcificação, além de constante em relação ao crescimento, é bastante alta, o que compensa seu lento crescimento. Para os experimentos de injeção de CO2 estabeleceu-se o uso de frascos de 50 mL com 35 mL de meio artificial MCM, irradiância de 42 μmol.m-2.s-1, temperatura de 25°C e período de incubação de uma semana. Os experimentos de enriquecimento com CO2 foram feitos com nódulos de Lithophyllum sp. incubados após borbulhamento com diferentes volumes desse gás. Para isolar o efeito da acidificação foram feitas injeções de CO2 em meio com e sem adição de CaCO3 como tampão. Também foram feitas incubações em meio acidificado com HCl de modo a verificar o efeito da acidificação independente de um aumento de CO2. O crescimento foi estimado pela calcificação, medida através da técnica de anomalia de alcalinidade. Para os grupos experimentais em meio tamponado, a injeção de quantidades cada vez maiores de CO2 levou a um aumento proporcional nas taxas de crescimentos para volumes até 0,2 L, acima dos quais essas taxas permanecem as mesmas independente do aumento de CO2; esse limite é provavelmente devido à saturação do meio e não da alga, uma vez que o borbulhamento foi feito apenas no início do período de incubação. Nos grupos sem tamponamento, pequenos volumes de CO2 (0,06 L) provocam um aumento na taxa de calcificação; volumes um pouco maiores (0,2 L) provocam queda na taxa de crescimento; acima desse valor ocorre a morte das algas após algumas semanas. Os resultados das injeções em meio sem adição de tampão são consistentes com os valores obtidos com a acidificação do meio sem enriquecimento com CO2. Lithophyllum sp. não apresenta variação na taxa de crescimento entre pH 8,0 e 7,5. Em pH 7,0 ocorre queda da taxa de crescimento e morte em pH abaixo de 6,5. Os resultados, embora não sejam conclusivos devido à limitações metodológicas, indicam que Lithophyllum sp., e provavelmente as demais algas coralináceas, podem sequestrar carbono dentro de certos valores de pH. Devido à utilização de meio de cultura artificial rico em carbonatos, o limite obtido de pH 7,0 para crescimento deve ser maior em ambiente natural. Este estudo mostrou ser necessária a realização de trabalhos mais extensos, para os quais as técnicas e procedimentos aqui descritos trabalho podem ser utilizados. / Human activities over the last two centuries provoked an increase in the concentration of carbon dioxide (CO2) in the atmosphere. One of the effects of this increase is an increment in the primary production of some terrestrial plants which in this way act carbon sinks. In the oceans the CO2 is stored mainly as calcium carbonate (CaCO3). An increase in the concentration of CO2 leads to seawater acidification and to a decrease in carbonate ions availability. Calcareous organisms, in principle, does not act as carbon sinks because the calcification process produces CO2. However, the majority of CO2 measurements in marine communities neglect the calcareous seaweed formations. In calcareous seaweeds the CO2 produced during the calcification process is utilized by photosynthesis. Moreover, increases in the CO2 concentration can lead to an increase in growth rates, although these rates can be negatively affected by a decrease in the availability of carbonate ions. The objective of this work is to test if an increase in the CO2 concentration, and seawater acidification, affects the growth rate of marine calcareous seaweeds. Information on seaweed calcification is scarce, specially on the non-articulated coralline algae, which are the main group of calcareous seaweeds. This group is difficult to work with in laboratory, and therefore the first stage of the project was dedicated to establish seaweed cultures and work methodologies. We tested different calcareous seaweeds including non Corallinaceae, articulated and non articulated coralline algae. Calcification presents a constant relation with growth and is higher on non articulated corallines, what compensates their slow growth. For the experiments of CO2 injection we utilizes vials of 50 mL with 35 mL of MCM artificial medium, irradiance of 42 μmol.m-2·s-1, temperature of 25°C and one week incubation time. The experiments of CO2 enrichment were made with nodules of Lithophyllum sp. incubated after bubbling different volumes of CO2. To isolate the acidification effect from the effect of CO2, injections were made in media with, and without, addition of CaCO3 as buffer. Incubations in medium acidified with HCl were also performed to verify the effect of acidification independent of CO2 increment. The growth was estimated by calcification, measured trough the alkalinity anomaly technique. For the buffered medium, injections of gradually higher volumes of CO2 led to a proportional increase in growth rates until the limit of 0.2 L; above this limit the growth rates remained the same, regardless the increase of CO2. This limit is probably due to saturation of the medium and not of the seaweed, once the bubbling was limited only to the beginning of the incubation time. In the groups without buffering, small volumes of CO2 (0.06 L) resulted in an increase in the growth rate. Volumes slightly higher (0.2 L) resulted in a decrease in the growth rate. In higher volumes seaweed began to die. These results are consistent with those obtained by acidifying with HCl. Lithophyllum sp. presented no variation in growth rate between pH 8.0 and 7.5. A decrease in growth rates occurred at pH 7.0, and death occurred at pH below 6.5. The results are not conclusive due to methodological limitations, but indicate that Lithophyllum sp., and probably other coralline algae, can act as carbon sinks under certain pH values. Due to the utilization of a carbonate rich artificial culture medium the observed pH 7.0 limit for growth must be higher in natural environment. More extensive work is necessary to understand the role of these seaweeds on the global atmospheric CO2 increase, for which the techniques and procedures described in this work can be utilized.

O objetivo deste trabalho foi estudar a composição da avifauna aquática, a diversidade, suas abundâncias, a variação mensal e sazonal das populações e entender a relação desses fatores com a variação de maré na Laguna da Ilha Comprida. Ocorreram 6193 indivíduos referentes a 54 espécies, a diversidade de acordo com o Índice de Shannon foi 2,7036. Não houve diferença estatística no número total de indivíduos entre os meses e estações. Já a riqueza variou, sendo o maior valor na primavera, explicada pela ocorrência de espécies visitantes do hemisfério norte durante a migração para o sul. Houve correlação negativa entre a riqueza de espécies, número de indivíduos e diversidade, com a oscilação da maré, pois conforme a maré diminuía, aumentava a área disponível para descanso e forrageio. A Família Ardeidae apresentou correlação negativa mais forte em relação à amplitude de maré ao ser comparada as Famílias Scolopacidae e Charadriidae. Este fato ocorreu pela presença de Egreta caerulea que depende da maré baixa para forragear. A Laguna é uma importante área para avifauna aquática utilizada para alimentação e descanso, principalmente na maré baixa, além de ponto de parada para aves costeiras na migração para o sul durante a primavera. / The objectives of this work was to study the composition of aquatic bird, its diversity, abundance, monthly and seasonal variation of the bird populations and understand the relation of these factors with tidal variation at Laguna da Ilha Comprida Island. We registered 6193 individuals of bird referring to 54 species, being that the Shannon diversity index was 2,7036. There were not statistics difference between total number of individuals, the months and seasons. However there was variation of the species richness, being the biggest valor in the spring, explained for the occurrence of visiting species of north hemisphere during the migration for the south. There were negative correlation enters the species richness, individual number and diversity with the tidal oscillation. Because when the tide was low, increase the area available for rest and foraging. The Ardeidae family presented stronger negative correlation in relation of tidal variation when comparative being the Families Scolopacidae and Charadriidae. This fact occurred for the presence of Egreta caerulea that depends on the low tide to foraging. The Laguna is an important aquatic area for bird, used for feeding and rest, during the low tide and stopover for coastal birds in the migration for the south during the spring

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 440888.pdf: 1750102 bytes, checksum: 2d4b0ddd911b604f135c53931233d8f2 (MD5) Previous issue date: 2011-12-20 / The first chapter of this thesis is the first study about the olive ridley turtle s (Lepidochelys olivacea) genetic diversity and population structure in Brazil. The olive ridley is the most abundant species of marine turtle and is listed as vulnerable by the IUCN. Olive ridleys had a strong history of harvest in the Atlantic Ocean, with some populations being severely depleted; in Brazil the egg exploitation was intense until before 1982. However, a single study with a very low sample size so far investigated the species? mtDNA diversity in the region. Herein we characterize the genetic diversity and population structure of the olive ridley nesting populations in the Brazilian coast based on 92 samples sequenced for the mtDNA control region and 67 samples genotyped for fifteen microsatellite loci. Although three mtDNA haplotypes were found, two previously unknown but very rare, the Brazilian nesting population presented one of the lowest mtDNA diversity known for the species. Contrary, our newly described microsatellite data showed moderate to high genetic diversity for olive ridleys from Brazilian nesting sites, similar to the few other nesting populations studied so far, suggesting that the high level of egg harvest in Brazil did not result in a recent genetic bottleneck. mtDNA data indicated a population expansion following a population decline in the past while microsatellite data suggested a scenario of demographic stability, supporting the scenario of colonization of Atlantic Ocean via a founder effect. Since results from both markers present no evidence of significant genetic differences between the studied olive ridleys nesting areas in the Brazilian coast, conservation strategies should consider the Brazilian olive ridleys as a single interbreeding population. The second chapter is a global phylogeographic study of the olive ridley. It was proposed that the ridley turtles diverged after the closure of the Isthmus of Panama during the Pliocene, and then L. olivacea has spread from the Pacific Ocean into the Indo-Pacific, Indian and only recently to the Atlantic Ocean. Genetic analyses have been consistent with this scenario although some authors have proposed the Indo-Pacific region as the center of origin for the ridley turtles instead. To address this and other questions on the population structure patterns and demographic changes through time, we used mtDNA sequence and the STRs for 300 samples of ridley turtles across their range. The olive ridley nesting sites are well structured for the mtDNA, while for STRs the population divergences are lower for regional rookeries but highly significant among oceans, suggesting male-mediated gene flow within oceans. Beyond a kemp s clade, we corroborated the existence of four geographic mtDNA clades for the olive ridleys: the K clade only found in Indian Ocean, and the East Pacific, Indo- Pacific and Atlantic clades. The K clade originated around 1.6 Mya, the East Pacific clade about 0.61 Mya, and the split between the Indo-Pacific and Atlantic lineages around 0.36 Mya. These results are mostly consistent with the recent colonization of East Pacific and the Atlantic and suggest a model of recurrent extinction/colonization for most ridley nesting sites that may be explained by the climatic changes, especially during the Pleistocene. Diversification times within all five clades are very similar, ranging between 221 Kya and 342 Kya, suggesting the most recent demographic events for most oceanic regions may have been concurrent. Significant statistics for the STR data and similarly shaped star trees in each of the four major olive ridley clades suggested a population expansion, a scenario partially corroborated by the Bayesian Skyline Plot analysis which is indicating a population expansion for L. olivacea after the last glacial maximum. / O cap?tulo inicial desta tese ? o primeiro estudo sobre a diversidade gen?tica e estrutura populacional de Lepidochelys olivacea (tartaruga oliva) no Brasil. O litoral de Sergipe e do norte da Bahia correspondem as principais ?reas de desova da tartaruga oliva no Brasil. Desde 1992, o n?mero de desovas de tartaruga oliva vem crescendo nestas ?reas, indicando um aumento populacional; por?m, a esp?cie continua amea?ada, principalmente devido ?s atividades de pesca e ao desenvolvimento costeiro desordenado. Neste estudo foram utilizadas sequ?ncias do DNA mitocondrial (mtDNA), al?m de 15 loci de microssat?lites (STRs) para avaliar a diversidade gen?tica e a estrutura populacional da tartaruga oliva em s?tios de desova no Brasil. Al?m disso, utilizaram-se sequ?ncias previamente publicadas do mtDNA do Suriname para compara??es populacionais. Identificou-se baixa diversidade gen?tica no mtDNA da tartaruga oliva, com registro de apenas tr?s hapl?tipos (F, F1 e F2), sendo o mais comum deles (F) encontrado em quase 95% dos indiv?duos amostrados. Por outro lado, os loci de STRs mostraram maior diversidade gen?tica. Os resultados tamb?m evidenciaram a falta de diferencia??o gen?tica entre as praias de desova na costa do Brasil, tanto para o mtDNA quanto para os STRs, sugerindo assim, a exist?ncia de uma ?nica popula??o de desova da tartaruga oliva no Brasil. As an?lises de diferencia??o populacional entre Brasil e Suriname indicaram baixa distin??o gen?tica entre estas duas ?reas, por?m caracter?sticas biol?gicas sugerem que as duas popula??es atualmente estejam isoladas. O segundo cap?tulo estuda a filogeografia global de L. olivacea, utilizando um segmento do mtDNA e 15 loci de STRs em 330 e 291 indiv?duos amostrados, respectivamente. Foram encontradas quatro clados mitocondriais correspondentes aos oceanos ?ndico, Indo-Pac?fico, Pac?fico leste e Atl?ntico. As idades de separa??o foram 1,6, 0,6 e 0, 32 milh?o de anos atr?s para o clado exclusivo do oceano ?ndico, do Pac?fico leste e do Indo-Pac?fico e Atl?ntico, respectivamente, ou ainda, mais recente que isto. Nossos resultados corroboram um modelo de extin??o/coloniza??o recorrentes para a maioria dos s?tios de desova da esp?cie. A estrutura??o gen?tica entre os oceanos foi altamente significativa, bem como entre a maior parte dos diferentes s?tios de desova intra-oce?nicos. Da mesma forma, a an?lise dos STRs demonstrou que a diferencia??o entre os oceanos ? alta, no entanto, dentro dos oceanos esta diferencia??o ? consideravelmente menor e n?o significativa entre a maior parte das ?reas de desova, indicando os machos como importantes ve?culos para o fluxo g?nico. Nossos resultados indicam que as linhagens atuais se diversificaram h? aproximadamente 200 mil anos atr?s com uma expans?o populacional para a esp?cie h? aproximadamente 15 mil anos, sendo que, este cen?rio ? parcialmente corroborado quando analisamos as linhagens separadamente. Os resultados com STRs indicaram crescimento populacional quando as an?lises foram realizadas agrupando as popula??es dentro dos oceanos. Os resultados obtidos neste estudo indicam que as popula??es de desova de L. olivacea dos oceanos ?ndico, Indo-Pac?fico, Pac?fico leste e Atl?ntico s?o distintas e devem ser manejadas separadamente.

Orientador: Eduardo Maffud Cilli / Banca: Antonio de Miranda / Banca: Hosana Maria Debonsi Navickiene / Resumo: A Stichodactyla helianthus é uma anêmona relativamente abundante nos mares de Cuba apresentando grande potencialidade como fonte de peptídeos biologicamente ativos. Dentre estes peptídeos, estão duas citolisinas: as esticolisinas I (St I) e II (St II). Essas duas toxinas possuem como principal característica a capacidade de formação de poros em eritrócitos, ou seja, alta atividade hemolítica (AH), no entanto a St II é mais hemolítica que a St I. Tendo em vista que as principais alterações que diferenciam estas citolisinas (St I e St II) estão na região amino-terminal (primeiros 30 resíduos), este trabalho teve como um dos objetivos sintetizar e comparar fragmentos amino-terminais destes polipeptídeos, visando entender a diferença de atividade hemolítica. Os resultados obtidos mostraram que os peptídeos St I 12-31 e St II 11-30 possuem a mesma atividade hemolítica. Esse dado mostra que a alteração de Glu por Gly e de Gln por Glu não afeta a atividade hemolítica dos mesmos. Já os peptídeos St I 1-31 e St II 1-30, respectivamente, mostraram diferenças em suas atividades hemolíticas, estas diferenças de atividade podem estar relacionadas à região dos resíduos de 1 a 10 da seqüência peptídica. Outro resultado interessante foi que o peptídeo St I 2-31 (sem o resíduo de serina N-terminal) apresentou AH intermediária entre os St I 1-31 e St II 1-30, mostrando que a adição da serina à St I é responsável por parte da perda da atividade desta citolisina. Outro objetivo deste trabalho foi avaliar a importância da polaridade da extremidade amino-terminal da esticolisina II. Para isto, fragmentos peptídicos contendo a região amino-terminal da St II, marcado com Trp na posição 2, foi sintetizado alterando-se a carga desta extremidade (acetilado, acrescido de Ser, Asp ou Lys) / Abstract: Stichodactyla helianthus is a relatively abundant sea anemone found in the seas of Cuba, presenting a largely potent source of biologically active peptides. Among these peptides, are two citolysins: the sticholysins I (St I) and II (St II). These two toxins possess as main characteristic the capacity of forming pores in erythrocytes, in other words, high hemolytic activity (HA), however, the St II is more hemolytic than the St I. As far as we know that the main alterations that differentiate the proteins St I and St II are in the region amino-terminal (first 30 residues), this study has as one of the objectives the synthesizing and comparing of amino-terminal fragments of those polypeptides aiming to understand the difference of hemolytic activities. The results obtained had shown that the peptides St I 12-31 and St II 11-30 possess the same hemolytic activity. This data sample shows that the alteration of Glu for Gly and Gln for Glu does not affect the hemolytic degree of the same ones. Even then the peptides St I 1-31 and St II 1-30, respectively, had sample differences in its hemolytic activity, indicating that the different activities can be related within the region of 1 the 10 of the sequence. Another interesting result was that the peptides St I 2-31 (without the serine residue N-terminal) presented intermediary AH between St I 1-31 and St II 1-30, showing that the addition of the serine to St I is responsible for part of the losing activity in this citolysin. Another objective of this study is to evaluate the importance of polarity of the extremity amino-terminal of sticholysin II. To do this, the peptides containing the region amino-terminal of St II, marked with Trp in position 2, was synthesized changing the load of this extremity (acetylated, increased of Ser, Asp or Lys) / Mestre

Os estudos de ecologia descritiva de comunidades marinhas bentônicas, tanto as de substratos consolidados (costões rochosos, recifes de corais, recifes de arenitos e bancos de algas calcárias) como as de substratos inconsolidados (areia, silte e sedimentos de baixa granulação), apontam para uma busca, ainda não finalizada, por padrões de distribuição que possam apresentar-se como modelo recorrente, sendo capazes de predizer sobre a composição de uma comunidade local. Como exemplos bem sucedidos, na busca de padrões, sendo marcos históricos no desenvolvimento da ecologia descritiva de comunidades marinhas bentônicas, temos as abordagens da zonação e de níveis de fundo, que buscaram encontrar um meio prático para descrições generalistas em larga escala que se apresentassem universais. No Brasil são caracterizados 3 momentos históricos sobre ecologia descritiva de comunidades marinhas bentônicas de substrato consolidado, que se caracterizam pelo uso de espécies como unidade operacional, recorrendo pouco a abordagens alternativas para ganho de conhecimento sobre grandes áreas. Neste estudo foi utilizado o método alternativo Caracterização fisionômica de comunidades marinhas de substrato consolidado para descrição dessas comunidades no infralitoral e busca por padrões de estruturação gerais visualmente evidentes. Este estudo foi realizado no Parque Estadual da Ilha Anchieta, Ubatuba SP, no infralitoral do costão oeste da Enseada das Palmas, compreendido entre as coordenadas 23°31\'44.37\"S / 045° 3\'38.07\"O e 23°32\'1.62\"S / 045° 3\'39.17\"O. Como principais resultados foram encontrados 24 povoamentos descritos na Abordagem 1, 20 povoamentos no inverno e 23 no verão . Na Abordagem 2, 19, povoamentos no inverno e, na Abordagem 3., 22 no verão. Os resultados quantitativos mostram, discriminados no costão estudado, a formação de 2 grupos gerais, que se mantiveram os mesmos no inverno e no verão, permitindo a conclusão de que há um padrão geral de estruturação da comunidade visualizada. Os povoamentos determinantes na divisão dos 2 grupos foram: Colônia de Palythoa, Tapete de Amphiroa e Jania, Banco de Dichotomaria e Região de Substrato Inconsolidado. Constata-se o mundo natural como um lugar desigual, que se manifesta em manchas ou remendos distintos, apresentando-se de muitas formas e com uma ampla gama de escalas. Os resultados foram vistos sob uma perspectiva exploratória, uma vez que se buscou encontrar padrões de distribuição das comunidades apenas a partir da unidade visual povoamento, sem o registro de dados de condições ambientais. Nessa busca, visualizando tal mosaico de distribuição de formas, cores, estrutura e composição em diferentes escalas encontramos padrões gerais de distribuição da comunidade, aqui representados por 2 grandes grupos, caracterizados por estarem em um nível acima de povoamentos ou supra povoamentos / The studies on descriptive ecology of marine benthic communities, hard bottom (Rocky Shores, Coral Reefs, Sandstone Rock Reefs and Rodolith Beds) as much as soft bottom communities (sand, silt and soft substrate of low granular material), lead to a non finished search for distribution patterns that may present it as a model able to predict about the local communities composition. As successful examples on searching for patterns as historical reference on the developing of descriptive ecology of marine benthic communities we have the zonation and bottom level approaches, that seek for a practical way to describe on a general and large scale universal patterns of distribution. In Brazil we found 3 historical moments about studies dealing with descriptive ecology of hard bottom marine benthic communities, which are characterized by the use of species as an operational unit, taking advantage of few alternative approaches to acquire knowledge about the communities in large areas. In this study the alternative methodology Physiognomic characterization of hard bottom marine benthic communities was applied, to describe such communities in infra-littoral regions and to search for general structural patterns visually evident. This study was made in Anchieta Island State Park, Ubatuba SP, Brazil, on the west rocky shore of Palmas Bay, located between the geographical positions 23°31\'44.37\"S / 045° 3\'38.07\"W and 23°32\'1.62\"S / 045° 3\'39.17\"W. As main results, 24 settlements described by the first approach were found; 20 settlements in winter season and 23 in summer season by the second approach ; 19 settlements in winter season e 22 in summer season by the third approach. The quantitative results show 2 general groups found on the studied rocky shore that were the same both in winter and summer seasons, allowing that we come to the conclusion that there is a general structural pattern visualized in the communities. The determinant settlements to the formation of the 2 groups were Palythoa Colony, Amphiroa and Jania Turf, Dichotomaria Bed and Soft Bottom Region. We face the fact that nature is an unequal place, which manifests this visual difference on patches of different sizes, showing many forms and colors on a huge range of scales. The results were reviewed under an exploratory perspective, searching first for structural patterns of these communities only from the visual unit called settlement, without the data of environmental conditions. On this search, visualizing the distribution of forms, colors, structure and composition mosaic on different scales we found general patterns of communities distribution that here are represented by 2 large groups, characterized by being on a higher level than the one of the settlement

InstituÃdas como uma reaÃÃo limitante ao crescimento desmedido do homem sobre o ambiente natural, as Ãreas protegidas apresentam-se presentemente como um relevante componente nas estratÃgias de conservaÃÃo ambiental mundial. MÃltiplos tipos de ecossistemas ameaÃados pela utilizaÃÃo predatÃria de suas extensÃes beneficiam-se diretamente da instituiÃÃo de regras de condutas impostas pela criaÃÃo de unidades de conservaÃÃo, dentre estes, encontram-se as Ãreas marÃtimas. No entanto, assim como espaÃos terrestres, a mera implantaÃÃo de uma Ãrea marinha protegida nÃo garante a preservaÃÃo do ambiente indicado. Deve-se primar pelo exercÃcio de atividades administrativas eficientes que permitam que os objetivos de conservaÃÃo do espaÃo sejam atingidos, de forma a beneficiar o maior nÃmero possÃvel de setores da sociedade local. Visando analisar o grau de efetividade do manejo do Parque Estadual Marinho da Pedra da Risca do Meio, Ãnica unidade de conservaÃÃo marinha do Estado do CearÃ, construiu-se um instrumental metodolÃgico baseado na anÃlise de 24 variÃveis, distribuÃdas entre 7 Ãmbitos. Para cada Ãmbito, foram elaboradas matrizes de avaliaÃÃo que permitiram a classificaÃÃo da efetividade do manejo de cada um destes e, ao integrÃ-los, da unidade de conservaÃÃo em si. A contribuiÃÃo inovadora deste estudo foi o desenvolvimento de uma metodologia que, embora apresente pontos em comum com metodologias anteriormente utilizadas, seja aplicada Ãs Ãreas marinhas protegidas, unidades de conservaÃÃo ainda carentes de estudos sobre eficiÃncia de manejo. Desta forma, a anÃlise do manejo do Parque Estadual Marinho da Pedra da Risca do Meio resultou em 61,46% do seu nÃvel Ãtimo, classificando-o como possuidor de um manejo medianamente satisfatÃrio. Inferiu-se, portanto, que apesar de possuir requisitos bÃsicos de manejo de uma unidade de conservaÃÃo essa Ãrea ainda apresenta lacunas estruturais e administrativas que dificultam o estabelecimento de aÃÃes eficazes na conservaÃÃo dos recursos naturais locais. / Created as a reaction to unlimited growth of modern society over environment, protected areas are nowadays distinctive components in a world-wide conservation strategy. Many kinds of threatened ecosystems are directly benefited by them, avoiding predatory uses of its extensions due to restrictions of behaviors imposed by their establishment. Amongst these, there are maritime areas. However, as well as terrestrial spaces, the mere creation of a marine protected area does not guarantee the environment preservation. The development of efficient administrative activities is really necessary, allowing the reach of its conservation objectives, whilst benefiting the largest possible number of society sectors. Aiming to analyze the effectiveness degree of Pedra da Risca do Meio Marine State Park handling, the only marine protected area of CearÃ, it was established a methodology that analysis 24 variables distributed between 7 ambits. For each ambit, it was elaborated an evaluation matrix that allows a qualification of its handling effectiveness. Integrating all evaluated sector, it was possible to measure the marine protected areaâs handling effectiveness. The analysis of Pedra da Risca do Meio Marine State Park handling effectiveness resulted in a 61.46% of its excellent level, being classified as a medium satisfactory handling. It was inferred, therefore, that although it possess the basic requirement of handling, this marine protected area still have structural and administrative gaps that make it difficult to establish efficient actions in local natural resources conservation.

Doenças infecciosas emergentes se caracterizam como enfermidades cujos patógenos evoluíram para uma nova cepa ou genótipo capaz de infectar tanto o mesmo hospedeiro quanto uma nova espécie. A ocorrência de doenças emergentes tem sido correlacionada à destruição de habitats e à perda de biodiversidade. As aves marinhas têm sido consideradas bons indicadores e sentinelas do ecossistema aquático, e uma ampla variedade de enfermidades virais têm sido investigadas e descritas em aves no mundo todo. A caracterização e o entendimento das enfermidades virais que acometem as aves marinhas que habitam a costa brasileira são de fundamental importância para a compreensão de possíveis surtos de mortalidade dentre outros fatores que interferem na conservação das aves em geral. O objetivo desta pesquisa foi investigar a ocorrência de herpesvírus, avipoxvírus e coronavírus nas espécies de aves marinhas que foram reabilitadas em três centros localizados ao longo da costa brasileira e nas colônias reprodutivas de Sula sp. e Phaeton sp. localizadas no arquipélago de Abrolhos, Bahia, Brasil, e em quatro colônias de Spheniscus magellanicus localizadas na Patagônia argentina. As análises virais foram realizadas pela técnica de PCR e RT-PCR e confirmadas pela reação de sequenciamento do amplicon identificado. Nos casos de óbito, as alterações histopatológicas foram identificadas por meio de análise microscópica. O estudo revelou a ocorrência dos três agentes virais identificados em centros de reabilitação no Brasil, além da ocorrência de herpesvírus nas populações de vida livre e ativas em seus sítios reprodutivos. Foram identificados quatro novos herpesvírus denominados: Magellanic penguin herpesvirus 1 (MagHV -1) causador de um surto de mortalidade associado a traqueíte necrótico-hemorrágica em pinguins de Magalhães em reabilitação; Magellanic penguin herpesvirus 2 (MagHV-2), identificado em pinguins de Magalhães aparentemente saudáveis nas colônias reprodutivas da Patagônia argentina; Sulid herpesvirus 1 (SuHV -1), identificado em atobás (Sula sp.) e grazinas (Phaeton sp.) nas colônias reprodutivas de Abrolhos e Thalassarchid herpesvirus 1 (ThHV -1), identificados em um albatroz de nariz amarelo (Thalassarche chlororhynchos) nas praias de Rio Grande, RS, Brasil. Também foram identificados: um novo avipox, denominado Brazilian penguinpox, causador de lesões cutâneas, esofágicas e respiratórias nos pinguins de Magalhães cutâneas, esofágicas e respiratórias nos pinguins de Magalhães em reabilitação em Santa Catarina e a identificação de dois Gammacoronavirus em três diferentes espécies assintomáticas que estavam em reabilitação em Santa Catarina e no Rio Grande do Sul. Os dados obtidos constituem uma base de informação útil para estudos futuros no campo da patologia, virologia, epidemiologia e dos impactos antrópicos na saúde das aves marinhas do cone sul. / Emerging infectious diseases are characterized as disease whose pathogens progressed to a new strain ar genotype capable of infecting the same host or a new species. The occurrence of emerging diseases has been correlated to the destruction of habitats and loss of biodiversity. Seabirds have been considered as good indicators and sentinels of aquatic ecosystem, and a wide variety of viral diseases have been investigated and described in birds worldwide. The characterization and understanding of viral diseases that affect seabirds that inhabit the Brazilian coast are of fundamental importance for the understanding of possible mortality outbreaks among other factors that influence the conservation of birds in general. The objective of this research was to investigate the occurrence of herpesvirus, coronavirus and avipoxvirus in seabird species that were rehabilitated in three centres located along the Brazilian coast and in breeding colonies of Sula sp. and Phaeton sp. located at the Abrolhos’s archipelago, Bahia, Brazil and four Spheniscus magellanicus's colonies located at Argentina's Patagonia. Viral analyzes were performed by PCR and RT-PCR and confirmed by sequencing the identified amplicon. In cases of death, the histopathological alterations were identified through optical microscopic analysis. The study revealed the occurrence of the three investigated viral agents in the Brazilian rehabilitation centres, besides the occurrence of herpesvirus in the freeliving and reproductive active seabird’s populations. Four new herpesvirus were identified and called: Magellanic penguin herpesvirus 1 (MagHV -I), causing a mortality outbreak associated with necrotic-hemorrhagic tracheitis in Magellanic penguins in rehabilitation process; Magellanic penguin herpesvirus 2 (MagHV-2), identified in apparently healthy breeding Magellanic penguins at the Argentinean Patagonia’s colonies; Sulid herpesvirus 1 (SuHV-l), identified in boobies (Sula sp.) and tropicalseabirds (Phaeton sp.) breeding colonies at Abrolhos Archipelago, and Thalassarchid herpesvirus 1 (ThHV -1), identified in a yellow nose albatross (Thalassarche chlororhynchos) that appeared on the beaches of Rio Grande, RS, Brazil. Were. also identified: a new avipox named Brazilian penguinpox causing cutaneous, esophagus and respiratory lesions in rehabilitation penguins at Santa Catarina and the identification of two Santa Catarina and the identification of two Gammacoronavirus in three different asymptomatic seabirds species that were undergoing rehabilitation in Santa Catarina and Rio Grande do Sul. The data provi de a useful information basis for further studies related to pathology, virology, epidemiology and human impacts on southern hemispheres seabirds’ health.