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Substratos de desenvolvimento larval de Drosophilidae (Diptera) na reserva florestal do Instituto de Biociências da USP / Breeding sites of Drosophilidae (Diptera) at the forest reserve of the Instituto de Biociências of USP

Rampasso, Augusto Santos 22 May 2019 (has links)
A falta de conhecimento sobre os recursos utilizados no desenvolvimento larval das moscas da família Drosophilidae é um dos principais entraves aos estudos evolutivos relacionados à diferenciação de suas populações e aumento da sua biodiversidade, visto que mudanças no tipo de substrato utilizado costumam acompanhar, ou mesmo desencadear, o processo de especiação. O objetivo do presente projeto foi investigar potenciais substratos da Reserva Florestal do IB-USP que pudessem estar sendo utilizados por drosofilídeos durante seu desenvolvimento larval. 12 substratos (principalmente flores, frutos e fungos) foram coletados, um por mês, ao longo de 12 meses sucessivos, sem que fossem selecionados a priori, ou seja, foram coletados de acordo com a sua disponibilidade em cada visita à reserva, desde que estivessem presentes em uma quantidade razoável e fossem úmidos o suficiente para comportarem microrganismos decompositores e larvas de drosofilídeos. Os substratos coletados foram transportados até o laboratório, onde foram colocados em frascos de vidro contendo uma camada de ca. 2 cm de vermiculita úmida e mantidos em uma câmara de temperatura (22±1 ºC) e fotoperíodo (13 h: 11 h, C: E) controlados. Os indivíduos emergidos dos substratos foram retirados a cada 24 horas, e transferidos para frascos contendo meio de cultura de banana-ágar, nos quais, quando possível, foram mantidos vivos por pelo menos uma semana e mortos com vapor de éter sulfúrico. A partir desses substratos emergiram 3.095 Drosophilidae pertencentes a 38 espécies de sete gêneros (Cladochaeta, Diathoneura, Drosophila, Hirtodrosophila, Mycodrosophila, Stegana e Zygothrica) e 2.000 outros insetos pertencentes às ordens Hymenoptera, Lepidoptera e a outras famílias de Diptera. Dentre os drosofilídeos, 16 espécies de seis gêneros foram registradas na reserva florestal pela primeira vez: Cladochaeta sp. (gr. simplex), Diathoneura bicolor, Diathoneura dudai, Diathoneura nana, Diathoneura nigrifrons, Drosophila nasuta, Drosophila penispina, Drosophila suzukii, Mycodrosophila projectans, Stegana sp., Zygothrica parapoeyi, Zygothrica prodispar, Zygothrica sp. aff. spiculirostris, Zygothrica virgatinigra, Zygothrica virgatalba e Zygothrica vittisecta / The lack of knowledge regarding the resources utilized as breeding sites by Drosophilidae flies is one of the major obstacles to studies designed to assess their populations differentiation and biodiversity production, since breeding site shifts usually accompanies, or even starts, the process of speciation. The goal of the present study is to investigate what kinds of substrates located within the Forest Reserve of the Instituto de Biociências, Universidade de São Paulo may be being used by Drosophilidae as breeding sites. 12 substrates (mainly flowers, fruits, and fungi) were collected each month, along 12 successive months. The substrates were not previously selected, thus, in each incursion to the forest reserve we searched for resources that were not only available in a reasonable amount but also moist, which could support the growth of decomposing microorganisms and drosophilid larvae. The substrates were transported to the laboratory, placed in glass vials containing ca. 2 cm layer of humid vermiculite, and kept at a constant temperature of 22±1 °C and photoperiod (13 h: 11 h, L:D). The emerged insects were daily aspirated, and transferred to vials containing banana-agar culture medium, in which they were kept alive for at least one week, whenever it was possible. A total of 3.095 Drosophilidae belonging to 38 species of seven genera (Cladochaeta, Diathoneura, Drosophila, Hirtodrosophila, Mycodrosophila, Stegana, and Zygothrica), in addition to 2.000 other insects belonging to other Diptera families, and to the order Hymenoptera, and Lepidoptera, emerged from the sampled substrates. Among drosophilids, 16 species belonging to six genera were recorded for the first time at the forest reserve: Cladochaeta sp. (gr. simplex), Diathoneura bicolor, Diathoneura dudai, Diathoneura nana, Diathoneura nigrifrons, Drosophila nasuta, Drosophila penispina, Drosophila suzukii, Mycodrosophila projectans, Stegana sp., Zygothrica parapoeyi, Zygothrica prodispar, Zygothrica sp. aff. spiculirostris, Zygothrica virgatinigra, Zygothrica virgatalba, and Zygothrica vittisecta
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Aves das montanhas do Brasil: histórico geral e padrões altitudinais de riqueza, composição e deslocamentos sazonais em uma região da Serra do Mar / Birds of the mountains of Brazil: general history and altitudinal patterns of richness, composition and seasonal movements in a region of Serra do Mar

Schunck , Fabio 29 May 2019 (has links)
O conhecimento científico produzido sobre padrões altitudinais de riqueza, composição e deslocamentos sazonais das aves das montanhas do Brasil encontra-se desorganizado, sendo ignorado ou subestimado pelas compilações globais. Isso faz com que informações produzidas por estudos antigos e com pouca preocupação metodológica sejam esquecidas ou consideradas como as referências únicas válidas, impedindo o avanço do conhecimento e prejudicando ações efetivas de conservação. Os principais exemplos de interpretações enviesadas são regiões montanhosas tidas como carentes de dados ornitológicos básicos; a ampla divulgação do padrão de riqueza altitudinal \"Declínio monotônico\" como o único existente, e a presença de migrantes altitudinais. Com base neste contexto, realizamos uma ampla revisão sobre os estudos ornitológicos produzidos em regiões montanhosas do Brasil, incluindo abordagens altitudinais sobre riqueza, composição e deslocamentos sazonais, juntamente com um estudo de campo de longo prazo (16 anos) em uma região da Serra do Mar do sudeste do Brasil, com o propósito de testar parte das hipóteses disponíveis na literatura. Os resultados obtidos mostram que a região estudada (Curucutu) foi subestimada quanto ao seu conhecimento ornitológico básico em decorrência da falta de divulgação apropriada dos dados históricos existentes, que quando somados aos dados atuais de campo, mostram que essa região é uma das mais ricas em espécies de aves da Serra do Mar. O resgate histórico-científico da literatura, mostrou a existência de número significativo de estudos ornitológicos realizados nas regiões montanhosas do Brasil e que mencionam indícios de possíveis deslocamentos altitudinais sazonais das aves no país, demonstrando que as compilações globais não consideraram este conhecimento. No entanto, as revisões deixam claro que a maior parte do conhecimento existente sobre estas áreas é baseada em estudos com desenhos amostrais inadequados, gerando informações pouco confiáveis, como a ocorrência de migrações altitudinais no país. Um dos resultados mais surpreendentes revelou que a Serra do Mar não apresenta exclusivamente o padrão \"Declínio monotônico\" para riqueza altitudinal total de espécies, mas padrões variados como \"Uniforme\" e \"Aumento monotônico\", contrariando toda a literatura existente. Isso é possível pelo fato da Serra do Mar ser uma encosta e não apresentar redução de área com a altitude (tal como acontece com montanhas típicas), proporcionando a presença de diferentes perfis altitudinais e ambientes variados, que vão influenciar principalmente os padrões altitudinais de riqueza das espécies endêmicas e ameaçadas de extinção. Outro resultado importante obtido em campo foi a ausência de deslocamentos altitudinais sazonais realizados por parte da comunidade de aves da região do Curucutu, questão investigada através de recapturas altitudinais de aves marcadas, mostrando que a ocorrência deste fenômeno biológico não parece ser tão comum como relatada historicamente, sendo necessário novas abordagens baseadas no uso de métodos tecnológicos de rastreamento das aves, gerando dados mais confiáveis. Estes resultados mostram a importância das revisões temáticas e dos estudos de campo de longo prazo no avanço de diferentes áreas do conhecimento ornitológico, sendo ações que devem ser constantemente incentivadas, ainda mais em tempos de mudanças climáticas. O estudo de longo prazo realizado na região do Curucutu é um dos poucos deste tipo existentes na Serra do Mar, contribuindo com a produção de dados básicos sobre as aves da Mata Atlântica, ações efetivas de conservação e a capacitação de pesquisadores com anilhamento de aves silvestres / The scientific knowledge produced on altitudinal patterns of bird species richness, composition and seasonal movements in Brazilian mountains is disorganized, being ignored or underestimated in global compilations. This causes information produced by old studies and with little concern on the sampling methods to be forgotten or else considered as the only valid references, hampering the advance of knowledge and impairing effective conservation actions. The main examples of the biased interpretations on the theme are: mountain regions mistaken as lacking basic ornithological data; the widespread dissemination of the altitudinal richness pattern \"Monotonic decrease\" as the only existing one; and the ocurrence of altitudinal migrant birds. Based on this context, we have conducted a broad review of ornithological studies in mountain regions of Brazil, including approaches on altitudinal richness, composition and seasonal movements, together with a long-term field study (16 years) in a region of the Serra do Mar, southeastern Brazil, aiming to test some of the hypotheses available in the literature. Our results show that the study area (Curucutu) was underestimated as to its basic ornithological knowledge due to the lack of proper publication of the existing historical data, which, when added to the current field data, show that this region is one of the most species-rich in the Serra do Mar. The historical-scientific review of the literature showed a significant number of ornithological studies carried out in the mountain regions of Brazil and which mention evidence of possible seasonal altitudinal movements of birds, therefore demonstrating that global compilations have overlooked this knowledge. However, the review also makes clear that most of the existing knowledge about these areas is based on studies with inadequate sampling design, generating unreliable information, such as the occurrence of altitudinal migration of birds in the country. One of the most surprising results revealed that Serra do Mar does not exclusively present the \"monotonic decrease\" pattern for altitudinal richness of species, but showed also patterns such as \"uniform\" and \"monotonic increase\", contrary to the existing literature. These different patterns may be due to the Serra do Mar being a slope, without a reduction in the area with an increase of altitude (as with typical mountains), thus providing different altitudinal profiles and varied habitats, which will influence mainly the altitudinal patterns of species richness for endemic and endangered bird species. Another important result from the field study was the absence of seasonal altitudinal movements by the bird community of the Curucutu region, an issue investigated through recaptures of banded birds, showing that the occurrence of this biological phenomenon does not seem to be as common as reported historically, and requiring new approaches such as tracking methods for birds to generate more reliable data. These results show the importance of thematic reviews and long-term field studies for the advance of different areas of ornithological knowledge, an approach that should be constantly encouraged, even more in a time of climate change. The long-term study conducted in the Curucutu region is one of the few of this kind in the Serra do Mar, contributing to the production of basic data on Atlantic Forest birds, effective conservation actions, and training researchers to work with banding of wild birds
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Trajetória de regeneração em fragmento de Floresta Estacional Semidecidual degradado submetido ao corte de trepadeiras e a plantios de restauração ecológica / Regeneration trajectory in a degraded semideciduous seasonal forest fragment submitted to lianas cutting and ecological restoration plantations

Assis, Laís Santos de 09 May 2019 (has links)
Apesar da importância, a restauração dos remanescentes florestais degradados em paisagens fragmentadas ainda carece de avanços técnico-científicos para que seja incluída na agenda da restauração ecológica. Atualmente, não existem métodos de restauração comprovados, e nem protocolos de avaliação e monitoramento da regeneração natural e da restauração ecológica em fragmentos florestais degradados. Na Floresta Estacional Semidecidual degradada é comum, em áreas de clareiras e com efeito de borda, a hiperabundância de algumas espécies de trepadeiras, que sufocam árvores, inibindo a regeneração de outras espécies. Nessas áreas, o corte de trepadeiras e o plantio de mudas de espécies arbóreas têm sido propostos como técnicas de restauração, entretanto, carecem de investigação quanto à sua eficácia ao longo do tempo. Do mesmo modo, pouco sabemos se de fato essa restauração se faz necessária, pois pouco sabemos se e como as áreas degradadas e sem cobertura de dossel se recuperam ao longo do tempo. A fim de analisar a efetividade do corte de trepadeiras e de plantios de árvores nativas sobre a regeneração da comunidade arbórea em fragmentos florestais degradados, avaliamos a trajetória de cobertura de dossel em um período de 22 anos, e de indicadores ecológicos de restauração florestal em uma cronossequência de 16 anos, em um remanescente de Floresta Estacional Semidecidual localizado na Mata de Santa Genebra, Campinas-SP. Para a avaliação da trajetória de cobertura de dossel, fotografias aéreas de 1994, 2005 e 2016 foram analisadas visualmente e suas clareiras vetorizadas manualmente, permitindo inferir se áreas de clareira se recuperaram ao logo do tempo e se a recuperação do dossel se deu de modo mais efetivo em áreas de borda submetidas a práticas de restauração. O percentual de áreas sem dossel arbóreo (clareiras e áreas cobertas por trepadeiras) aumentou ao longo dos anos, indo de 2,95% em 1994 a 10,71% em 2016. Boa parte das áreas se recupera naturalmente ao longo do tempo, sem interferência, mas outras clareiras surgem, em área maior, elevando as áreas sem dossel arbóreo. Nas bordas, o dossel se restabeleceu em 58,3% das áreas abandonadas e em 85,6% das áreas submetidas à restauração florestal, sugerindo que as práticas de restauração aceleram o restabelecimento do dossel. O corte de trepadeiras e o plantio de mudas de espécies arbóreas reduziram a infestação da copa das árvores por trepadeiras e aumentaram a riqueza e a área basal de árvores nativas ao longo do tempo. Além disso, todas as áreas submetidas às práticas de restauração florestal, independentemente da idade, apresentaram menor densidade e área basal de trepadeiras do que bordas degradadas. Por outro lado, a densidade de regenerantes arbóreos nativos é bastante inferior à densidade encontrada nas bordas conservadas usadas como referências, mesmo na restauração com 16 anos, sugerindo que embora as práticas de restauração florestal melhorem aspectos da estrutura e riqueza das bordas florestais degradadas, para alguns indicadores as áreas em restauração ainda não se equivalem às bordas conservadas. / Despite its importance, the restoration of degraded forest remnants in fragmented landscapes still lacks technical and scientific advances to be included in the agenda of ecological restoration. Currently, there are no consolidated restoration methods, nor protocols for evaluation and monitoring of natural regeneration and ecological restoration in degraded forest fragments. In the degraded Seasonal Semideciduous Forest of the Brazilian Atlantic Forest, some lianas became dominant, especially in treefall gaps and forest edges, suffocating trees and inhibiting the regeneration of other species. In these areas, lianas cutting and tree seedling plantings have been proposed as restoration techniques. However, we lack investigation on the effectiveness over time of those techniques. Besides, we even do not know if the restoration of degraded forest areas is indeed necessary, as we know little if and how degraded areas without canopy cover recover over time. Thus, in order to analyze the effectiveness of lianas cutting and tree seedling plantings on the regeneration of the tree community in degraded forest fragments, we evaluated the canopy cover trajectory over a period of 22 years. In addition, we evaluated ecological indicators in a 16-year chronosequence of forest restoration, in a degraded Semidecidual Seasonal Forest located in Campinas-SP, southeastern Brazil. For the assessment of the canopy cover trajectory, aerial photographs of 1994, 2005 and 2016 were visually analyzed and their canopy gaps manually vectored, allowing inferring if gaps areas recovered over time and if the canopy recovery occurred more effective in edge submitted to forest restoration practices. The percentage of areas without tree canopy (gaps and areas covered by lianas) has increased over the years, going from 2.95% in 1994 to 10.71% in 2016. Most of the areas recover naturally over time without human interference, but other gaps arised, and in a larger area, raising the areas without tree canopy. At the edges, tree canopy was reestablished in 58.3% of the abandoned areas and in 85.6% of the areas undergoing forest restoration, suggesting that restoration practices accelerate tree canopy restoration. Cutting tree and planting tree seedlings reduced treetop infestation by lianas, and increased tree richness and basal area over time. In addition, all areas submitted to forest restoration practices, regardless of age, presented lower lianas density and basal area than degraded forest edges. On the other hand, the density of trees in the natural regeneration is well below the density found on conserved edges used as references, even in the 16-year-old restoration. Our results suggest that although forest restoration practices improve the structure and richness of degraded forest edges, some indicators in the restoration areas are still far from being similar to the levels found in conserved edges.
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Influência da paisagem na estrutura e diversidade genética de uma espécie pioneira em fragmentos da Mata Atlântica /

Gonçalves, Renata Fabrega. January 2017 (has links)
Orientador: Marina Corrêa Côrtes / Coorientador: Milton Cezar Ribeiro / Banca: Karina Martins / Banca: Rodolfo Jaffé Ribbi / Resumo: Florestas secundárias são produtos da degradação de vegetação primária e subsequente regeneração natural e se destacam como um componente florestal dominante em paisagens tropicais, contribuindo para o restabelecimento das funções ecológicas e com o fornecimento de serviços ecossistêmicos. Porém, a capacidade de restauração depende primariamente da chegada e estabelecimento de plantas pioneiras, enquanto a manutenção das populações florestais depende de condições ambientais propícias, como a ocorrência de dispersão de sementes e fluxo gênico entre os fragmentos florestais e regenerantes. Com o intuito de avaliar como espécies vegetais pioneiras abundantes respondem à composição da paisagem o presente estudo analisou a variação espacial genética de Cecropia hololeuca Miq. (Urticaceae) ao longo de uma região heterogênea e com diferentes graus de fragmentação. O estudo foi realizado em 18 paisagens ao longo de um gradiente de cobertura florestal de 21% a 90% dentro da região do Corredor Cantareira-Mantiqueira. A partir de oito marcadores microssatélites, foi possível identificar três grandes agrupamentos genéticos, indicando fraca estruturação genética de C. hololeuca ao longo da região estudada. Os atributos da paisagem que mais contribuíram à diferenciação genética entre os grupos de indivíduos (populações espaciais) foram distância geográfica, proporção de área urbana e presença de rodovias e, também contribuindo de forma positiva, mas em menor intensidade, o eucalipto. Embor... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Secondary forests are products of primary vegetation degradation and subsequent natural regeneration and stand out as a dominant forest component in tropical landscapes, contributing to the restoration of ecological functions and the provision of ecosystem services. Restauration depends first on the arrival and establishment of pioneer trees and second on favorable environmental conditions and maintenance of ecological processes such as pollen and seed dispersal from within and across forest patches. In order to evaluate how abundant pioneer species respond to the landscape composition, the present study analyzed the genetic spatial variation of Cecropia hololeuca Miq. (Urticaceae) along the heterogeneous region of the Cantareira-Mantiqueira Corridor, in Northeast São Paulo. The study was conducted in 18 landscapes, with forest cover varying from 21% to 90%. Using data on eight microsatellites markers we identified three genetic clusters, indicating weak genetic structure of C. hololeuca throughout the studied region. The landscape attributes that had the greatest contribution to genetic differentiation between groups of individuals (spatial populations) were geographic distance, proportion of urban area and presence of highways and, with a positive but with weaker effect, proportion of eucalyptus plantations. Contrary to our expectations, forest cover was considered less important to both genetic diversity and genetic differentiation between spatial populations. Recent anthr... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Modelo hidrológico SWAT na bacia hidrográfica do rio Paraibuna, região da Mata Atlântica - São Paulo, Brasil /

Marmontel, Caio Vinicius Ferreira, 1988. January 2018 (has links)
Orientador: Valdemir Antonio Rodrigues / Coorientador: Teresa Cristina Tarlé Pissarra / Banca: Lincoln Gehring Cardoso / Banca: Marcelo Zanata / Banca: Maurício Ranzini / Banca: Sérgio Campos / Resumo: A água disponível para o consumo humano vem se tornando cada vez mais escassa, um exemplo, foi a crise hídrica iniciada em 2014 na Região Metropolitana de São Paulo. Diante desse problema, uma possibilidade de melhorar a compreensão do comportamento hidrológico, é a utilização de tecnologias, ou seja, as bases computacionais, em especial a integração do SIG com a modelagem hidrológica, por possuir um grande potencial de estimar quantitativamente a vazão. O presente estudo teve como objetivo testar a aplicabilidade do modelo hidrológico SWAT para estimação de vazões em um trecho da bacia hidrográfica do rio Paraibuna - Vale do Paraíba, região da Mata Atlântica, no estado de São Paulo. O rio Paraibuna utiliza suas águas para gerar energia elétrica e é um dos formadores do rio Paraíba do Sul, importante corpo d'água da região sudeste do Brasil. Os dados climáticos e fluviométricos foram coletados no LHFWE/PESM-NC com uma série histórica de 22 anos. O trecho da bacia hidrográfica estudada tem elevação de 974 a 1662 metros, cinco tipos de solos e três tipos de usos da terra. As avaliações dos dados observados e simulados na calibração e validação foram feitas por meio da avaliação dos gráficos-visuais de dispersão, hidrogramas e índices estatísticos pelo SWAT-CUP. Os dados gerados do balanço hídrico pelo SWAT, após a calibração foram valores próximos com a realidade. Na calibração e validação foi verificado boa aderência entre os dados simulados e observados, ou seja, os valores s... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The water available for human consumption is becoming increasingly scarce, an example was the water crisis started in 2014 in the Metropolitan Region of São Paulo. Faced with this problem, one possibility to improve the understanding of hydrological behavior, is the use of technologies, that is, the computational bases, especially the integration of GIS with hydrological modeling, because it has a great potential of quantitatively estimate the flow rate. The present study had as objective to test the applicability of the SWAT hydrological model for flow estimation in the stretch of the Paraibuna river basin - Paraiba Valley, in the Atlantic Forest region, in the state of São Paulo. The Paraibuna River uses its waters to generate electricity and is one of the creators of the river South Paraiba, an important body of water in the southeastern region of Brazil. Climatic and fluviometric data were collected at the LHFWE/PESM-NC with a historical series of 22 years. The stretch of the studied basin has elevation of 974 to 1662 meters, five types of soils and three types of land use. The evaluations of the data observed and simulated in the calibration and validation were done by means of the evaluation of the visual graphics of dispersion, hydrograms and statistical indexes by SWAT-CUP. The data generated from the SWAT water balance after calibration, were close to reality. In the calibration and validation, in good adherence was observed between the simulated and observed data, that is, the simulated values recognized the peaks and recessions of the observed values. The statistical indices (NS, PBIAS, RSR and R²) calculated for SWAT calibration and validation were qualified as "very good" for the estimation of flows. The results confirmed the applicability of the model, so it can serve as a tool for planning and management of water resources public policies in watersheds, in the Atlantic Forest ... / Doutor
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Modelagem hierárquica Bayesiana de comunidades de anfíbios e de seu fungo patogênico (Batrachochytrium dendrobatidis) em riachos da Mata Atlântica /

Ribeiro Júnior, José Wagner. January 2018 (has links)
Orientador: Tadeu de Siqueira Barros / Banca: Fernando Rodrigues da Silva / Banca: Priscila Lemes de Azevedo Silva / Banca: Victor Satoru Saito / Banca: Luis Cesar Schiesari / Resumo: A Mata Atlântica brasileira se encontra altamente fragmentada e conta com menos de 15% da sua cobertura original, todavia, essas florestas ainda abrigam uma das maiores diversidades de anfíbios com alta proporção de espécies endêmicas e raras. As espécies enfrentam diversas ameaças como perda de habitat e doenças infecciosas nesse bioma. Dessa forma, é alto o interesse para entender como os anfíbios estão distribuídos na paisagem e respondem aos gradientes ambientais. Neste trabalho, nós usamos modelagem hierárquica bayesiana para investigar a probabilidade de ocorrência das espécies e comunidades de anfíbios e de seu fungo patogênico (Batrachochytrium dendrobatidis, Bd) em riachos da Mata Atlântica. No primeiro capítulo, nós investigamos como as espécies e comunidades de anfíbios respondem as covariáveis da paisagem (i.e., cobertura florestal nativa, agricultura, área da microbacia, densidade de riachos e inclinação do terreno), enquanto consideramos a detecção imperfeita das espécies. Nossos resultados demonstraram que a probabilidade de ocupação ao nível de comunidade foi positivamente relacionada com a cobertura florestal ao redor dos riachos (buffer 200 m), enquanto a agricultura teve um efeito negativo. Além disso, nossos resultados enfatizaram que a probabilidade de ocorrência ao nível de comunidade é maior em zonas ripárias de riachos menores com topografia mais plana, embora algumas espécies mostraram uma associação com riachos maiores. No segundo capítulo, nós avali... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Atlantic Forest is highly fragmented with less than 15% of its original cover remaining, however these fragmented forests harbour one of the most diverse amphibian communities with high proportion of endemic and rare species. The amphibians face many threats in this biome, such as habitat loss and infectious diseases. Thus, there is a high interested on understanding how the amphibians respond to the environmental gradients and how they are distributed on the landscape. Here, we used Bayesian hierarchical model to study the occurrence probability of amphibian species and communities and its pathogenic fungus (Batrachochytrium dendrobatidis, Bd) on Atlantic Forest streams. On the first chapter we assessed both species- and community-level responses of amphibians to important landscape-scale characteristics (i.e., forest cover, agriculture, catchment area, stream density, and slope). Our results showed that mean occupancy probability at the community level was positively related with the forest cover around the streams (buffer 200 m), while the agriculture had a negative effect. Furthermore, our results emphasized that many amphibian species have the highest occurrence probabilities in riparian zones with small catchment area within flat landscapes, although some species were associated with wider streams. On the second chapter, we evaluate the relative contribution of both stream and watershed-level characteristics, and the spatial component on the occurrence of stream-dwe... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Ecologia de Cebus flavius (Schreber, 1774) em remanescentes de Mata Atlântica no estado da Paraíba / Ecology of Cebus flavius (Schreber, 1774) in an Atlantic Forest remnant from state of Paraíba

Montenegro, Mônica Mafra Valença 05 December 2011 (has links)
Apesar de tratar-se de uma espécie recentemente redescoberta, o macaco-prego-galego, Cebus flavius (Schreber, 1774), já figura na lista Vermelha da IUCN como criticamente ameaçado de extinção, principalmente em virtude do reduzido tamanho populacional, da fragmentação e perda de habitat das populações remanescentes e da caça. Sendo assim, e por conta da escassez de dados sobre a espécie, o objetivo deste trabalho foi descrever aspectos da ecologia das populações de C. flavius em dois fragmentos de Mata Atlântica no estado da Paraíba: Estação Experimental de Camaratuba (EE Camaratuba) e Reserva do Patrimônio Natural Engenho Gargaú (RPPN Gargaú). Além disso, foi feito um diagnóstico do status sanitário da população presente na RPPN Gargaú e realizadas análises de viabilidade populacional (AVPs) de ambas. Em cada área, um grupo de C. flavius foi monitorado quanto ao seu tamanho e composição sexoetária, sua dieta, área de uso e indicadores reprodutivos. Na RPPN Gargaú 17% dos indivíduos foram capturados, submetidos a exame clínico e coleta de material biológico para análises clínicas (hemograma, parasitológico de fezes, pesquisa de hematozoários) e sorológicas (Leishmania, Trypanosoma cruzi, Toxoplasma gondii, Leptospira spp., Brucella abortus), além de coleta de ectoparasitas para identificação. Para realização das AVPs foi utilizado o software VORTEX 9.99b a partir dos dados coletados no presente estudo e/ou de informações da literatura. Os resultados obtidos mostraram que C. flavius é primordialmente frugívoroinsetívoro, pode viver em grandes grupos (os maiores dentre as espécies do gênero Cebus) e é capaz de se adaptar a ambientes sob forte pressão antrópica. A população da RPPN Gargaú, de maneira geral, apresenta boas condições de saúde, apesar de alguns indivíduos encontrarem-se parasitados (microfilárias, Strongyloides sp., Ancylostoma sp., Entamoeba coli, Ascaris lumbricoides, Hymenolepis sp., Amblyomma sp.) e serem sorologicamente positivos para Leishmania, Trypanosoma cruzi e Toxoplasma gondii. As AVPs indicaram que, para os próximos 100 anos, a população de C. flavius da RPPN Gargaú se mantém viável em termos demográficos e genéticos, enquanto que a população da EE Camaratuba tem 50% de chances de ser extinta. / In spite of being recently rediscovered, blonde capuchin monkey Cebus flavius (Schreber, 1774) is already listed in IUCN Red List of Threatened Species as Critically Endangered, due to an extremely small population size, habitat loss and fragmentation and hunting pressure. In this work we aimed to describe ecological aspects of Cebus flavius populations from two Atlantic Forest remnants from state of Paraíba: Estação Experimental de Camaratuba (EE Camaratuba) and Reserva do Patrimônio Natural Engenho Gargaú (RPPN Gargaú). We also conducted a health status survey in the population from RPPN Gargaú and performed population viability analysis (PVA) of both populations. In each of the two study areas we monitored a group of C. flavius and recorded data on its size, age-sex composition, diet, home range and reproduction. In RPPN Gargaú 17% of the animals were captured, clinically assessed and sampled for clinical (hemogram, coproparasitology, hematozoa screening) and serological (Leishmania, Trypanosoma cruzi, Toxoplasma gondii, Leptospira spp., Brucella abortus) analysis. Ectoparasites were also collected for identification. PVA was performed using VORTEX 9.99b software with data obtained in this study and in the literature. Our results show that C. flavius is mainly frugivoreinsectivore, may live in large groups (the largest ones among species of Cebus genus) and is adaptable to areas under strong anthropic pressure. The population from RPPN Gargaú shows good health status, although some individuals were parasitezed (microphilaria, Strongyloides sp., Ancylostoma sp., Entamoeba coli, Ascaris lumbricoides, Hymenolepis sp., Amblyomma sp.) and showed positive reaction for Leishmania, Trypanosoma cruzi and Toxoplasma gondii. PVA analysis indicated that the C. flavius population from RPPN Gargaú will remain demographically and genetically stable within the next 100 years, while the population from EE Camaratuba has a 50% risk of extinction.
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Detecção dos agentes etiológicos da malária em símios resgatados em regiões de Mata Atlântica de São Paulo / Detection of etiological agents of malaria in monkeys rescued in Atlantic Forest regions of São Paulo

Yamasaki, Tasciane 28 April 2011 (has links)
Foram analisadas, para a detecção de plasmódios, 50 amostras de sangue de bugios (Alouatta guariba clamitans) resgatados de várias áreas circundadas pela Mata Atlântica, pertencentes à região metropolitana da cidade de São Paulo. Para tanto, 20 e 30 amostras das regiões de resgate norte e sul respectivamente, foram analisadas pelas técnicas de microscopia, análise molecular e sorologia. Apenas uma lâmina de animal proveniente da região sul foi positiva para Plasmodium sp. A fim de encontrar um consenso molecular (dois ou mais resultados idênticos em PCR), utilizamos três protocolos de PCR. A porcentagem de infecções por plasmódios, detectada por PCR foi de 13,3% (04/30) e 6.6% (02/30) para Plasmodium vivax e P. malariae respectivamente nos animais resgatados na região sul, enquanto que na região norte 25% (05/20) das amostras foram positivas apenas para Plasmodium vivax. As médias geométricas em imunofluorescência indireta (IFI) foram maiores para Plasmodium vivax, seguidas das médias para P. malariae e P. falciparum nas duas regiões. As porcentagens de positividade para anticorpos contra a proteína circumsporozoíta (CSP) foram 30% (9/30), 13,6% (3/22), 3,84% (1/26), 23% (7/30), 27,6% para Plasmodium vivax VK210, P. vivax VK247, P. vivax like, P. malariae/P. brasilianum e P. falciparum respectivamente em regiões ao sul e 10% (2/20), 30,8% (4/13), 11,1% (2/18), 15% (3/20), 33,3% (6/18) para P. vivax VK210, P. vivax VK247, P. vivax like, P. malariae/P. brasilianum e P. falciparum respectivamente em regiões ao norte. Com relação a positividade de anticorpos contra a proteína MSP-119, estas foram de 30% (9/30) para o sul e 10% (2/20) para o norte. Nenhuma amostra foi positiva para Pf- MSP119 / In order to detect Plasmodium, fifty blood samples of holler monkeys (Alouatta guariba clamitans), collected in areas surrounded by the Atlantic Forest and located in the metropolitan region of São Paulo city, were analysed. Thus, 20 and 30 samples from the northern and southern areas, respectivelly, were examined by microscopy techniques, molecular analysis and sorology. Only one animal slide from the Southern area was positive for Plasmodium sp. In order to achieve a molecular agreement (two or more identic results on PCR), three PCR protocols were applied. The percentage of Plasmodium infections detected by PCR was 13.3% (04/30) and 6.6% (02/30) for Plasmodium vivax and P. malariae, respectivelly, in animals collected in the Southern area. Meanwhile, in the Northern area, 25% (05/20) of the samples were exclusively positive for Plasmodium vivax. The geometric means titles in indirect immunofluorescence were higher for Plasmodium vivax followed by P. malariae and P. falciparum in both areas. Percentages of positive results for antibodies against circumsporozoite protein (CSP) were of 30% (9/30); 13.6% (3/22); 3.84% (1/26); 23% (7/30); 27.6% for Plasmodium vivax VK210, P.vivax VK247, P. vivax like, P.malariae/P.brasilianum and P. falciparum, respectively in Southern areas and 10% (2/20), 30.8% (4/13), 11.1% (2/18), 15% (3/20), 33.3% (6/18) for P. vivax VK210, P.vivax VK247, P. vivax like, P. malariae/P.brasilianum and P. falciparum, respectivelly, in Northern areas. Antibodies with positive results against MSP-119 protein were 30% (9/30) in the South and 10% (2/20) in the North. None of the samples were positive for Pf-MSP119
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Variabilidade dos óleos voláteis de espécies de Myrtaceae nativas da Mata Atlântica / Volatile oil variability in Myrtaceae species native to the Atlantic Rain Forest

Souza, Amanda de 17 April 2009 (has links)
A conservação das áreas remanescentes de Mata Atlântica envolve o desenvolvimento de programas de uso sustentável que requerem um amplo conhecimento da fauna e da flora. Myrtaceae é uma família de grande importância no bioma, sendo dominante em muitos fragmentos, e destaca-se pela produção de óleos voláteis, substâncias com grande potencial de utilização pelas indústrias alimentícia, cosmética e farmacêutica. Considerando-se que a variabilidade de óleos essenciais é pouco conhecida para espécies brasileiras de Myrtaceae, este trabalho teve por objetivo avaliar as alterações destes metabólitos nas folhas algumas destas espécies, em função de aspectos diuturnos, sazonais e de localização geográfica, bem como investigar algumas atividades biológicas. Os óleos foram obtidos por hidrodestlilação e analisados por CG-EM. Os resultados demonstraram uma predominância de compostos sesquiterpênicos para sete das nove espécies estudadas, especialmente espatulenol, β-cariofileno, α-cadinol e ς-elemeno. Entretanto, não foram verificados padrões de variabilidade diuturna ou de sazonalidade para os óleos em nenhuma das espécies alvo, observando-se, porém, alterações na composição entre os diferentes anos de coleta para as espécies Campomanesia guaviroba (DC.) Kiaersk., Myrcia splendens (Sw.) DC., e Myrcia macrocarpa DC. Alterações na composição dos óleos de espécimes coletados em fragmentos distintos foram verificadas em Eugenia cuprea (O. Berg) Nied. e Calyptranthes lucida Mart. Ex DC., porém com inversão, entre as duas espécies, da rota biossintética de sesquiterpenos mais ativa em cada localidade, sugerindo que as variações não são decorrentes de diferenças ambientais. A análise das atividades biológicas demonstrou que os óleos voláteis investigados não apresentam potencial anticolinesterásico, mas possuem potencial para a utilização como antimicrobianos, destacando-se a atividade antifúngica dos óleos de C. guaviroba, M. splendens e M. macrocarpa frente a Cladosporium cladosporioides e C. sphaerospermum. Os resultados obtidos neste trabalho sugerem que os fatores endógenos são mais importantes para a variabilidade dos óleos voláteis nas espécies de Myrtaceae estudadas do que os aspectos ambientais. A ampla variabilidade individual verificada sugere grande diversidade genética para estas espécies, informação fundamental a ser considerada para a definição de estratégias de conservação da Mata Atlântica. / The conservation of the Atlantic Rain Forest remnants involves the development of sustainable use programs that require an extensive knowledge of its flora and fauna. Myrtaceae is an important family in this biome, being dominant in many fragments, and is also recognized by the production of volatile oils, substances with great potential for food, cosmetic and pharmaceutical industries. Considering that there is a lack of scientific information on essential oil variability for Brazilian Myrtaceae species, this work aimed to evaluate the changes of these metabolites in the leaves of some species, considering diurnal and seasonal aspects, and geographical location, as well as to investigate some biological activities. The oils were obtained by hydrodistlillation and analyzed by GC-MS. The results showed a predominance of sesquiterpenes compounds for seven of the nine species studied, especially espatulenol, β-caryophyllene, α-cadinol and ς-elemene. However, no diurnal or seasonal patterns of variability were observed for all target species, but changes in the composition among the analyzed years were found for Campomanesia guaviroba (DC.) Kiaersk., Myrcia splendens (Sw.) DC. and Myrcia macrocarpa DC. Differences in volatile oil composition for specimens collected in different locations were observed for Eugenia cuprea (O. Berg) Nied. and Calyptranthes lucida Mart. Ex DC., but with an inversion, between the two species, of the main sesquiterpene biosynthetic routes acting in each area, suggesting that the variations are not due to environmental differences. The analysis of the biological activities showed that the investigated volatile oils do not exhibit an important anticholinesterasic potential, but rather an antimicrobial one, particularly the antifungal activity of C. guaviroba, M. splendens and M. macrocarpa oils against Cladosporium cladosporioides and C. sphaerospermum. The obtained results suggested that endogenous factors are more important for the volatile oil variability in the studied Myrtaceae species than the environmental aspects. The wide individual variability observed suggests a high genetic diversity for these species, which is an important issue for the establishment of strategies for Atlantic Rain Forest conservation programs.
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Demografia de árvores em floresta pluvial tropical atlântica, Ilha do Cardoso, SP, Brasil.

Melo, Maria Margarida da Rocha Fiuza de 03 May 2000 (has links)
O estudo de demografia de árvores foi realizado em uma parcela permanente de 1ha, em trecho de Floresta Pluvial Tropical Atlântica na Ilha do Cardoso, São Paulo, Brasil (25º03'05'-25º18'18'S e 47º53'48'-48º05'42'W). As árvores foram medidas em dois levantamentos (1987-89 e 1995), num intervalo de tempo médio de 6,8 anos. A análise da estrutura da floresta foi realizada considerando, no primeiro levantamento, 727 árvores de 108 espécies, para o componente dominante (DAP > 9,9cm), e 402 árvores de 64 espécies no sub-bosque (2,5 < DAP < 9,9cm). No segundo levantamento, de 756 árvores de 109 espécies foram medidas no componente dominante e 377 de 60 espécies no sub-bosque. As mudanças observadas em relação ao número absoluto dos indivíduos e das espécies foram relativamente pequenas. Concomitantemente a estas mudanças, houve aumento na área total dos caules do componente dominante (de 43,48 para 45,57m2/ha) e redução na do sub-bosque (1,03 para 0,97m2/ha). Para os cálculos das taxas médias anuais de crescimento, recrutamento e mortalidade, consideraram-se 716 árvores em 1ha do componente dominante (DAP > 9,9cm), no primeiro levantamento, e 844, no segundo, envolvendo um total de 111 espécies; e 368 árvores em 0,25ha do sub-bosque (2,5 < DAP < 9,9cm), no primeiro levantamento, e 430, no segundo, envolvendo 65 espécies. As espécies foram classificadas como raras, ocasionais, ou abundantes de acordo com o número de árvores presentes no primeiro levantamento, classes de diâmetro das árvores, síndromes de dispersão, e características sucessionais. As taxas médias anuais de crescimento, de recrutamento e de mortalidade, incluindo todas as espécies, foram de 0,19cm, de 2,43% e de 2,05%, respectivamente, para o componente dominante, e de 0,10cm, de 2,30% e de 2,38%, respectivamente, para o sub-bosque. Excluindo as palmeiras, as taxas médias anuais de crescimento, de recrutamento e de mortalidade, para o componente dominante, foram de 0,23cm, de 1,95% e de 1,45%, respectivamente, e para o sub-bosque, de 0,08cm, de 1,68% e de 2,08%, respectivamente. Estes valores aproximam-se daqueles obtidos em outros estudos de demografia de árvores realizados em parcelas permanentes em trechos preservados de Florestas Pluviais Tropicais. O trecho estudado é de floresta natural, que possui uma dinâmica própria, com mudanças em pequena escala; que está sujeita às perturbações de origem natural, que ocorrem de maneira esporádica, com impacto de certa forma moderado, e que pode ser considerada como uma floresta climácica, cuja dinâmica interna responde às mudanças observadas. / Demography of trees studies were carried out in a permanent plot of 1 ha, in the Atlantic rain forest of Cardoso Island, São Paulo, Brazil (25º03'05'-25º18'18'S and 47º53'48'-48º05'42'W). The trees were measured in two inventories (1987-89 and 1995), in a 6.8-year mean period. The forest structure was analyzed considering, in the first inventory, 727 trees with DBH > 9.9 cm (dominant component) of 108 species, and 402 trees with 2.5 < DBH < 9.9 cm ('sub-bosque') of 64 species. In the second inventory, 756 trees of 109 species of the dominant component, and 377 trees of 60 species of the 'sub-bosque' were analyzed. The changes observed in relation to absolute number of trees and species were relatively small. Concomitantly to these changes, there was an increase in total basal area of trees with DBH > 9.9 cm (from 43.48 to 45.57 m2/ha) and reduction in trees with 2.5 < DBH < 9.9 cm (1.03 to 0.97 m2/ha). To calculate the annual growth, recruitment and mortality rates, 716 trees of the dominant component were considered in the first inventory, and 844 trees in the second one, involving 111 species; 368 trees of the 'sub-bosque' in the first inventory, and 430 trees in the second one, involving 65 species. The species were classified as rare, occasional, or abundant according to the number of trees present in the first inventory, diameter classes of the trees, dispersal syndromes, and successional characteristics. The annual growth, recruitment and mortality rates for the community, considering all species and all trees with DBH > 9.9 cm (dominant component) were 0.19 cmy-1, 2.43 %, and 2.05 %, respectively; considering all species and all trees with 2.5 < DBH < 9.9 cm ('sub-bosque') were 0.10 cmy-1, 2.30 %, and 2.38 %, respectively. Excluding the palms, the annual growth, recruitment and mortality rates for the dominant component were 0.23 cmy-1, 1.95 %, and 1.45 %; for the 'sub-bosque', 0.08 cmy-1, 1.68 %, and 2.08 %, respectively. These values are approximately the same as those obtained in other studies of demography of trees carried out in permanent plots in preserved tropical rain forest. The area studied is a natural forest with its own dynamics, with changes in small scale, under moderate and sporadical natural disturbances; this area could be considered as a climactical forest, whose internal dynamics answer to changes observed.

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