Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-02T13:51:26Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1349164 bytes, checksum: 9c19c3653448f602368f6e79a2562b38 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T13:51:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1349164 bytes, checksum: 9c19c3653448f602368f6e79a2562b38 (MD5) Previous issue date: 2004-02-11 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O nematóide de galhas, Meloidogyne exigua, parasita o cafeeiro (Coffea sp.) e sua erradicação das regiões infestadas é impraticável. Estudos anteriores mostraram que a resistência a M. exigua é controlada por um gene de herança simples, designado Mex-1, presente em C. canephora. Linhagens de café arábica apresentando resistência têm sido desenvolvidas em programas de melhoramento genético por meio da introgressão deste gene. Uma biblioteca BAC de café foi avaliada inicialmente utilizando-se três marcadores (Exi-2, Exi-3 e Exi-4) ligados a Mex-1, obtidos a partir de marcadores AFLP previamente clonados. Os clones positivos associados à região Mex-1 foram identificados e isolados. O DNA destes clones foi então analisado por hibridização e amplificação com marcadores SCAR (Exi-2 e Exi- 3) e 9 combinações de primers das extremidades BAC. Os clones BAC positivos, relativos aos marcadores Exi-2, Exi-3 e Exi-4, foram reunidos em 5 contigs. O primeiro contig apareceu composto de dois clones BAC identificados com o marcador Exi-4. Dos cinco clones BAC identificados com o marcador Exi-2, dois contigs designados Exi-2 I e Exi-2 II foram distintos. Os clones BAC Exi-3 foram organizados em dois contigs distintos chamados Exi-3 I e Exi-3 II. No total, nove sítios de restrição ou de PCR, correspondendo a sete marcadores físicos, foram localizados na região Exi-3. As três regiões cromossômicas correspondentes ao contig Exi-4, aos dois contigs Exi-2 e aos dois contigs Exi-3 não apresentaram sobreposição. A presença de clones BAC contendo análogos de gene de resistência (RGA) na região Mex-1 foi investigado por meio de amplificação com primers degenerados e hibridização com sondas RGA de café. Alguns clones BAC contendo RGAs foram identificados. Para confirmar a introgressão do gene Mex-1, vinte e uma linhagens de Icatu foram comparadas a três testemunhas resistentes, Iapar 59, Híbrido de Timor e Sarchimor e a uma testemunha susceptível, Catuaí. Foi avaliada, por meio de marcadores AFLP, a presença do fragmento introgredido associado ao locus Mex-1. Nove marcadores AFLP foram amplificados. Destes, os marcadores Exi-1, Exi-2, Exi-3, Exi-11 e Exi-13 confirmaram a presença do fragmento associado à resistência a M. exigua, mostrando que esta marca pode ser utilizada em programas de seleção assistida. Uma biblioteca de cDNA de Caturra foi utilizada para se isolar fragmentos de genes associados à resistência, através da hibridização com sondas RGA. Após a utilização das nove famílias RGA de café, 32 colônias foram isoladas e seqüenciadas. Destas, 25 seqüências não apresentaram similaridade com outras seqüências disponíveis na base de dados do NCBI ou não puderam ser seqüenciadas. Seis amostras continham seqüências muito pequenas e não confiáveis, e apenas uma amostra resultou em uma seqüência de 428 nucleotídeos (142 aminoácidos). Esta seqüência apresentou alta homologia a catalases de outras plantas como Nicotiana plumbaginifolia, Glycine max, Phaseolus vulgaris, entre outras. A esta catalase descoberta em café foi dado o nome de Cat-C. A catalase de ligação ao ácido salicílico (SR1) e a seqüência parcial de aminoácidos da proteína de ligação ao ácido salicílico (SABP), ambos de N. tabacum, apresentaram 82% e 77% de identidade, respectivamente, quando comparadas a Cat- C. Na região C-terminal desta catalase foi detectada a presença de uma seqüência peroxissomal. No entanto, ao invés de uma seqüência SRL (Serina-Arginina- Leucina), foi encontrada uma seqüência TRL (Treonina-Arginina-Leucina). Esta diferença é devido à troca de uma timina por uma adenina. Estes dados sugerem que Cat-C pode estar associado ao mecanismo de resistência em café. / The root-knot nematode Meloidogyne exigua parasites the arabica coffee tree (Coffea sp.) and its eradication of the infested areas is impracticable. Previous studies showed that the resistance to M. exigua is controlled by a simple inheritance gene, designated Mex-1, present in C. canephora. Lineages of resistant Arabica coffee have been developed in some genetic breeding programs through the introgression of this gene. The BAC library of coffee was initially evaluated by three markers (Exi-2, Exi-3 and Exi-4) linked to Mex-1, previously obtained from cloned AFLP markers. The positive clones associated with Mex-1 region were identified and isolated. DNA clones were then analyzed by hybridization and amplification with SCAR (Exi-2 and Exi-3) markers and 9 combinations of primers of the BAC-end. The positive BAC clones, relative to the Exi-2, Exi-3 and Exi-4 markers, were assembled in 5 contigs. The first contig identified with the Exi-4 marker is composed of two positive BAC clones. Of the five BAC clones identified with Exi-2 markers, two contigs designated Exi-2 I and Exi-2 II were different from each other. The BAC clones Exi-3 were organized in two different contigs called Exi-3 I and Exi-3 II. In the total, nine restriction sites or PCR, corresponding to seven physical markers were located in the Exi-3 region. The three chromosomal regions that corresponded to the Exi-4 contig, the two Exi-2 contigs and the two Exi-3 contigs did not present any superposition. The presence of BAC clones containing resistance gene analogs (RGA) in the Mex-1 region was investigated by both PCR amplification with degenerate primers, and hybridization with coffee RGA probes. Some BAC clones containing RGA were identified. To confirm the introgression of Mex-1 gene, twenty-one Icatu lineages xiiiwere compared to three resistant cultivars, Iapar 59, Hibrido de Timor and Sarchimor and to a susceptible cultivar Catuaí, through AFLP markers, evaluating the presence or not of the introgressed fragment associated with the Mex-1 locus. Nine AFLP markers were amplified. Among these, Exi-1, Exi-2, Exi-3, Exi-11 and Exi-13 markers confirmed the presence of the fragment associated to the resistance to Meloidogyne exigua, showing that this marker can be used in selected assistent programs. A cDNA library of Caturra was used to isolate fragments of genes associated with the resistance, through the hybridization using RGA probes. After the use of the nine coffee RGA families, 32 colonies were isolated and sequenciated. Among these, 25 sequences either did not present similarity with other available sequences in the NCBI data base or could not be sequenced. Six samples contained very small and not trustable sequences, and just one sample resulted in a sequence of 428 nucleotides (142 aminoacids). This sequence presented high homology to catalases of other plants such as Nicotiana plumbaginifolia, Glycine max, Phaseolus vulgaris, etc. To this discovered coffee catalase was given the name of Cat-C. The salicylic acid receptor (SR1) and the partial sequence of aminoacids of the salicylic acid binding protein (SABP), both in Nicotinana tabacum, showed 82% and 77% of identities, respectively, when compared with Cat-C. In the C-terminal region of this catalase was detected the presence of a peroxisomal sequence. However, instead of a SRL sequence (Serine-Arginine-Leucine), a TRL sequence was found (Treonine- Arginine-Leucine). This difference is due to the change of a timine by an adenine. These data suggest that Cat-C can be associated with resistance mecanism in coffee.

Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-07-07T16:36:33Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 356111 bytes, checksum: 463ffd65909a98e756f2e3865a90bc5e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-07T16:36:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 356111 bytes, checksum: 463ffd65909a98e756f2e3865a90bc5e (MD5) Previous issue date: 2001-10-09 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Aspectos da multiplicação ‘in vivo’ de Pasteuria penetrans foram estudados em condições de laboratório e casa de vegetação, utilizando-se uma população de Meloidogyne javanica parasitando tomateiro. Foram investigados os efeitos da matéria orgânica e da textura do solo sobre a reprodução da bactéria, sendo também realizado um estudo sobre alguns métodos utilizados no processo de produção massal, com o objetivo de otimizar a produção do antagonista. Por meio do estudo da adição do resíduo orgânico ao substrato, verificou-se que a incorporação de esterco de curral melhorou o desenvolvimento das plantas, resultando em maior peso de raiz seca; entretanto, o número de endósporos produzidos/fêmea e o número de endósporos/g de raiz foram menores quando comparados aos de plantas crescidas nos substratos sem adição do resíduo. O número de endósporos produzidos/planta foi equivalente em substratos com ou sem esterco. Embora não tenha sido detectada interação entre a concentração de inóculo do nematóide e o tipo de substrato para número de endósporos produzidos por planta, verificou-se que a inoculação de 2.000 J2/planta resultou em maior número de endósporos produzidos do que a inoculação com 1.000 J2/planta, independentemente do substrato utilizado. A produção de endósporos de P. penetrans em J2 de M. javanica parasitando tomateiro foi testada em solos com diferentes texturas e em areia. Observou-se maior número de endósporos da bactéria produzidos por planta nos solos com textura mais arenosa. Através de testes de adesão, 70 dias após a inoculação das plantas, pôde- se verificar maior número de endósporos da bactéria aderidos aos J2 de M. javanica nas amostras provenientes da camada superficial daqueles solos de textura mais leve do que os de textura mais pesada ou em areia pura. Por meio de um bioteste, observou-se que a maioria dos endósporos de P. penetrans foi carregada para o fundo dos vasos com areia, mas não em solos argilosos ou arenosos. Em um ensaio onde foi investigado o efeito de P. penetrans sobre a penetração de M. javanica em raízes de tomateiro, inocularam-se 1.000 J2 aderidos com 0, 10, 30, 60 ou 90 endósporos/J2/planta. Verificou-se que a média de 10 endósporos/J2 reduziu a penetração do nematóide nas raízes em 50%, quando comparados com J2 livres de bactérias, e que o aumento do número de endósporos aderidos aos J2 reduziu drasticamente a taxa de penetração. Para avaliar o efeito de variações da adesão da bactéria no J2, entre os J2 do inóculo, sobre a reprodução da bactéria, plantas de tomate mantidas em casa de vegetação foram inoculadas com 1.000 J2 de M. javanica contendo uma média de 10 endósporos/J2 aderidos pelo método de borbulhamento, centrifugação ou agitação. Observou-se grande variação do número de endósporos aderidos/J2 e maiores números de galhas e ovos/planta usando-se o método de borbulhamento. Apesar de o método de agitação ter proporcionado maior uniformidade na adesão, obteve-se menor número de endósporos produzidos por planta, comparado àquele obtido por centrifugação e borbulhamento (P<0,01). / Some factors affecting Pasteuria penetrans multiplication ‘in vivo’ were studied in laboratory and in greenhouse using a population of Meloidogyne javanica parasitizing tomato plants. The effects of organic amendment and soil texture on the bacterial reproduction as well as some techniques for the mass production of P. penetrans were evaluated. Cattle manure improved plant development, resulting in higher dry root weight, however, the number of endospore per female of M. javanica and the endospore/g dry root were lower than in the plants growing in the non-amended substrate. The endospore production per plant was similar in the amended and non-amended substrates. Although there was no interaction between inoculum level and organic matter content on bacterial production, the inoculation of 2000 J2/plant resulted in higher endospore production, independently of the substract, than inoculation of 1000 J2/plant. The P. penetrans endopore production in juveniles of M. javanica parasitizing tomato plants was evaluated in soils with different textures and in the river sand. Higher endospore numbers/plant were produced in sandy soils. Bioassays done seventy days after plant inoculation resulted in higher P. penetrans endospore attachment in samples from the upper layer of lighter than heavier texture soils or in the river sand. When the attachment was studied in soils from the bottom of the pots, many endospores were detected in the river sand but not in the sandy or clay soils. The effect of P. penetrans on the penetration of M. javanica J2 in tomato roots was studied inoculating 1000 J2 without endospores or with an average of 10, 30, 60 or 90 endospores attached per J2. The average of 10 endospores/J2 decreased the nematode penetration by 50% compared to penetration of bacterium-free J2, and the increase of endospore attached to J2 decreased exponentialy the penetration. The coefficient of variation (CV) of attachment among J2 was studied for the methods of air bubbling, centrifugation or shaking, and for the use of these nematodes as inoculum for the bacteria reproduction. The highest CV ocurred using the air bubbling method. Even though the shaking method gave better uniformity in the attachment, the number of endospores produced was lower than that obtained in the centrifugation and in the air bubbling methods (P<0,01).

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-09-21T11:29:40Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 414321 bytes, checksum: 1217b68cf39d80cb3ce2b85b1eae2eea (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-21T11:29:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 414321 bytes, checksum: 1217b68cf39d80cb3ce2b85b1eae2eea (MD5) Previous issue date: 1999-07-14 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Neste trabalho foram sintetizados a timoquinona [15] e os éteres derivados do timol, 2-benziloxi-1-isopropil-4-metilbenzeno [8; 35,8%], 2-etoxi- 1-isopropil-4-metilbenzeno [9; 18,8%], 1-isopropil-4-metil-2-octiloxibenzeno [10; 23,6%], 1-isopropil-4-metil-2-octadeciloxibenzeno [11; 33,0%], 2- (2’,3’,4’,5’,6’-pentafluorobenziloxi)-1-isopropil-4-metilbenzeno [12; 32,0%] e 1- isopropil-4-metil-2-metoxibenzeno [13; 75,8%]. Foram também sintetizados os sais derivados de piperazina: cloreto de piperazina [17], citrato de piperazina [18], fosfato de piperazina [19], oxalato de piperazina [20] e sulfato de piperazina [21]. Os éteres derivados do timol foram preparados através da síntese de Williamson, entre o timol e os compostos halogenados aromáticos e alifáticos. A timoquinona [15] foi obtida como produto da nitração do timol, utilizando ácido sulfúrico/nitrato de sódio. Os sais derivados da piperazina foram sintetizados mediante reação entre a piperazina e um ácido, apresentando rendimento quantitativo. Os ensaios biológicos dos produtos sintetizados e do timol foram realizados in vitro, com os nematóides Meloidogyne incognita raça 3 e Heterodera glycines, utilizando-se doses de 5 e 50 μg mL-1 dos compostos sintetizados. Nestes bioensaios, os índices de mortalidade para o Meloidogyne incognita variaram de 1,8 a 81,8% na concentração de 5 μg mL-1 e de 5,3 a 86,7% na concentração de 50 μg mL-1. Para Heterodera glycines estes índices variaram de 0 a 83% na concentração de 5 μg mL-1 e de 0 a 88% na concentração de 50 μg mL-1. Estes resultados permitiram observar a influência dos diferentes grupos substituintes, dos ânions e da concentração dos compostos sintetizados sobre sua atividade nematicida. Observou-se também diferença entre os mecanismos de ação destes compostos nas espécies Meloidogyne incognita e Heterodera glycines, sugerindo que uma abordagem diferente deve ser feita para a síntese de nematicidas que visam ao controle de Heterodera glycines. / In this work were synthesized the thymoquinone [15] and the derivatives ethers of the thymol, 2-benzyloxy-1-isopropyl-4-methylbenzene [8; 35.8%], 2- ethoxy-1-isopropyl-4-methylbenzene [9; 18.8%], 1-isopropyl-4-methyl-2- octyloxybenzene [10; 23.6%], 1-isopropyl-4-methyl-2-octadecyloxybenzene [11; 33.0%], 2-(2',3',4',5',6'-pentafluorobenzyloxy)-1-isopropyl-4-methylbenzene [12; 32.0%] and 1-isopropyl-4-methyl-2-methoxybenzene [13; 75.8%]. they were also synthesized the derived salts of piperazine: piperazine chloride [17], piperazine citrate [18], piperazine phosphate [19], piperazine oxalate [20] and piperazine sulphate [21]. The derived ethers of the thymol were prepared through the Williamson synthesis, between the thymol and the halogenates compounds aromatics and aliphatics. The thymoquinone [15] was obtained as product of the nitration of the thymol, using sulfuric acid/sodium nitrate. The derived salts of the piperazine were synthesized by means of reaction between the piperazine and an acid, presenting quantitative yeld. The biological assays of the synthesized products and of the thimol were carried in vitro, with the nematodes Meloidogyne incognita strain 3 and Heterodera glycines, using doses of 5 and 50 mg mL-1 of the synthesized compounds. In these bioassays, the mortality rate for Meloidogyne incognita varied from 1.8 to 81.8% at a 5 mg mL-1 concentration and of 5.3 to 86.7% at a 50 mg mL-1 concentration. For Heterodera glycines these rates varied from 0 to 83% at a 5 mg mL-1 concentration and from 0 to 88% at a 50 mg mL-1 concentration. These results allowed to observe the influence of the different substituents groups, of the anions and of the concentration of the synthesized compounds, on its nematicidal activity. It was also observed difference among the action mechanism of these compounds in Meloidogyne incognita and Heterodera glycines, suggesting that a different approach should be made for the synthesis of nematicides that seek the control of Heterodera glycines.

One of the most economically important pathogens of US soybeans is the Southern Root Knot Nematode [(Meloidogyne incognita) (Kofoid and White) Chitwood] (Mi). Evaluation and identification of resistance is highly important to the plant breeding program at SIUC. The main objective of this study was to screen within the greenhouse two F5:7 recombinant inbred line (RIL) (n=96) from crosses between LS90-1920 or LS97-1610 (resistant parents) with `Spencer' (susceptible parent) to identify sources of resistance for Mi. Additionally, the RILs were evaluated in two locations in southern Illinois (Harrisburg and Dowell) in 2011 for several agronomic characteristics including yield performance. The phenotypic data collected from field and greenhouse experiments was used to select for superior lines within the two populations. The screening data was also used to identify single nucleotide polymorphism (SNP) markers associated with Mi resistance. Initial screening of the 5,361 SNP markers indicated four SNP markers (ss247062763, ss247064854, ss247077423 and ss247067293) highly associated with resistance to Mi. The results will help accelerating selection practices, and have provided high yielding resistant lines for the creation of resistant commercial varieties.

ARAÚJO FILHO, J. H. Análise proteômica de raízes de feijão-de-corda (Vigna unguiculata), CV. CE-31, inoculadas com o nematóide das galhas (Meloydogine incognita). 2011. 131 f. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2011. / Submitted by Daniel Eduardo Alencar da Silva (dealencar.silva@gmail.com) on 2015-01-22T18:54:37Z No. of bitstreams: 1 2011_tese_jhafilho.pdf: 1794574 bytes, checksum: 567b646c33bcba77f1cf1ff55eec1829 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa(jairo@ufc.br) on 2015-12-08T21:46:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_tese_jhafilho.pdf: 1794574 bytes, checksum: 567b646c33bcba77f1cf1ff55eec1829 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-08T21:46:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_tese_jhafilho.pdf: 1794574 bytes, checksum: 567b646c33bcba77f1cf1ff55eec1829 (MD5) Previous issue date: 2011 / The cowpea [Vigna unguiculata (L.) Walp.] is an important leguminous used as food, being cultivated, mostly in arid African savannas , Asia and south of America, covering more over 12 millions of hectares, with annual production about 3 millions of tons. The cowpea it’s a culture greatly important in tropics zones characterized by low pluviometric precipitation, high temperature , gravely soils and poor fertility. Among the pathogenic organism that cause plant disease, the nematode, mainly Meloydogine sp. generate annual losses about several billions of dollars all over the world and the Meloidogyne incognita and Meloidogyne javanica species be the most damagers. One of the main cultures attacked by nematodes is the cowpea. Regard it, there is always needs to improve the knowledge about the relationship between host and pathogens aimed develop novels strategies to diminish eventual losses. The present work aimed identify the differential expression of proteins in Meloidogyne incognita resistant cowpea total roots and mitochondria roots cv Pitiúba (CE-31), inoculated and mock inoculated, using 2D electrophoresis assay associated with MS identification and gene expression analyses by semi-quantitative PCR. The results obtained showed at least 22 altered proteins in inoculated total roots and more 22 proteins of mitochondria roots, when compared with their respective controls and the top of alterations occurred next to 6° day after inoculation with pathogen. Mitochondria proteins cannot be identified reliability. Among the total roots proteins we can emphasize PR-1, 2 and 3, recognized as defense proteins, ascorbate peroxidase and superoxide dismutase (anti-oxidative brush enzymes) and a leghemoglobin, which can be the first report about this protein in this pathosystem. The gene expression analyses coincided with proteomics finds. / O feijão-de-corda [Vigna unguiculata (L.) Walp.] é uma importante leguminosa usada como alimento, sendo cultivada, primariamente, nas savanas secas do Continente Africano, na Ásia e na América do Sul, cobrindo mais de 12 milhões de hectares, com produção anual de cerca de 3 milhões de toneladas. O feijão-de-corda se constitui numa cultura de extrema importância em zonas semi-áridas dos trópicos, caracterizadas por baixa precipitação pluviométrica, altas temperaturas, solos arenosos e de baixa fertilidade. Dentre os organismos que causam doenças nos vegetais, os nematóides geram prejuízos anuais de, aproximadamente, vários bilhões de dólares na agricultura mundial e as espécies Meloidogyne incognita e Meloidogyne javanica são as mais danosas. Uma das principais culturas atacadas pelos nematóides é o feijão-de-corda. Em função disso, existe sempre demanda para se buscar melhorar a compreensão dessa relação entre hospedeiros e patógenos objetivando criar novas estratégias para minimizar eventuais perdas. O presente trabalho teve como objetivo identificar as proteínas que têm sua expressão diferenciada em raízes de feijão-de-corda resistente ao Meloidogyne incognita (inoculadas e não inoculadas) usando eletroforese bidimensional (2D) associada à espectrometria de massas de proteínas extraídas da raiz total e de mitocôndrias de raiz do cv Pitiúba (CE-31), resistente ao nematóide, inoculada com este patógeno, em comparação com plantas não-inoculadas (controle) em conjunto com análise de expressão gênica semi-quantitativa (PCR semi-quantitativa). Os resultados aqui obtidos demonstraram que houve alteração de pelo menos 22 proteínas nas amostras de raízes inoculadas e mais 22 proteínas de mitocôndrias de raízes, quando comparados com seus respectivos controles e que o ápice das suas alterações ocorriam por volta do 6° dia após a inoculação do patógeno. As proteínas de mitocôndrias não puderam ser identificadas com confiabilidade. Dentre as proteínas de raízes totais identificadas podemos destacar as PR-1, 2 e 3, que são reconhecidamente proteínas de defesa, ascorbato peroxidase e superóxido dismutase (enzimas anti-estresse oxidativo) e uma leghemoglobina, que pode ser o primeiro relato dessa proteína nesse patossistema. As análises de expressão gênica concordaram perfeitamente com os achados proteômicos.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-02-13Bitstream added on 2014-06-13T20:14:44Z : No. of bitstreams: 1 morales_amr_me_jabo.pdf: 2247542 bytes, checksum: 86246681e04ea55e109f11ef3ef48d68 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Este trabalho teve como objetivo analisar a expressão de genes de soja envolvidos na resistência ao nematóide de galhas, Meloidogyne javanica, utilizando a técnica de PCR em tempo real (RT-PCR). Foram avaliadas raízes de soja inoculadas e não inoculadas com o nematóide. Linhagens de soja resistentes (genótipo PI595099) e suscetíveis (cultivar BRS133) e indivíduos resultantes deste cruzamento foram inoculados com juvenis do nematóide. Raízes foram coletadas após um, três e seis dias de inoculação. O RNA total foi extraído e em seguida foi feita a síntese de cDNA, para ser utilizado nas reações de PCR em tempo real. As reações para quantificação do nível de expressão relativa foram preparadas em triplicatas, e um controle endógeno, o gene RNAr 18S também foi incluído. Os resultados mostraram que comparando os indivíduos resistentes com os suscetíveis, os resistentes apresentaram maior expressão dos genes, Chs, Xet, Hs1pro-1, Sth-2. / This work objective was to analyze the expression of soybean genes involved in the resistance to the root nematode, Meloidogyne javanica, using the Real Time PCR (RT-PCR) technique. Soybean roots inoculated and not inoculated with the nematode were evaluated. Resistant soybean lineages (genotype PI595099) and susceptible lineages (cultivate BRS133) and resulting individuals of this crossing were inoculated with juvenile of the nematode. Roots were collected after one, three and six days after inoculation. The Total RNA was extracted and, afterwards cDNA synthesis was made, to be used in the reactions of Real Time PCR. The reactions for quantification relative expression level were prepared in triplicate, and an endogenous control, gene rRNA 18S, was also included. The results showed that comparing the resistant individuals with the susceptible ones, resistants showed higher expression level of the genes, Chs, Xet, Hs1pro-1, Sth-2.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:39Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-03-12Bitstream added on 2014-06-13T21:06:46Z : No. of bitstreams: 1 silva_ar_dr_jabo.pdf: 1487847 bytes, checksum: 2afc8af98e0701cb3f7670e55d76e07d (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A reação de ‘HPC 7 B’, ‘Lady Rosetta’, ‘Ágata’, ‘Cupido’, ‘Monalisa’, ‘Panda’, ‘Itararé’, ‘Asterix’, ‘Capiro’, ‘Atlantic’, ‘Mayor’ e ‘Canchan’ a Meloidogyne incognita, M. javanica e M. mayaguensis foi avaliada em casa de vegetação. Um novo método in vitro para testar a reação de genótipos de batata à M. javanica foi desenvolvido utilizando mini-tubérculos enraizados. Avaliou-se a reação de ‘HPC 1 B’, ‘HPC 6 B’, ‘HPC 7 B’, ‘Ágata’ e ‘Cupido’ a M. javanica e a produção de inóculo em função da densidade do inóculo e do período de incubação. Coletaram-se 168 amostras de tubérculos nas principais regiões produtoras do País para levantar os fitonematóides associados e caracterizar os sintomas. Os genótipos avaliados hospedam M. incognita, M. javanica e M. mayaguensis. A reação in vitro confirma esses resultados. Minitubérculos suportam os fitonematóides por até 180 dias, com produção média máxima estimada em 15.990 ovos por frasco. Foram encontradas Meloidogyne arenaria no Sul de Minas e Rio Grande do Sul (3,5% das amostras), M. incognita em 10% (exceto no Sul do País) e M. javanica em todas as regiões amostradas (50%), causando como principal sintoma em tubérculo e raízes, caroços protuberantes, que dão a superfície aspecto áspero. Identificou-se também Pratylenchus brachyurus em 40% das amostras (exceto no Rio Grande do Sul), P. coffeae em 2,4% (Triângulo Mineiro, Sul de Minas e São Paulo) e P. penetrans (3%), em São Paulo, causando lesões em forma de pontos necróticos, deprimidos, na superfície do tubérculo. Encontrou-se Helicotylenchus dihystera em todas as regiões amostradas (49%). Conquanto esse fitonematóide seja um ectoparasito migrador, as amostras tenham sido constituídas de tubérculos lavados e nenhum sintoma específico foi observado, essa alta freqüência... / The reaction of ‘HPC 7 B’, ‘Lady Rosetta’, ‘Ágata’, ‘Cupido’, ‘Monalisa’, ‘Panda’, ‘Itararé’, ‘Asterix’, ‘Capiro’, ‘Atlantic’, ‘Mayor’ and ‘Canchan’ to Meloidogyne incognita, M. javanica and M. mayaguensis was evaluated at greenhouse. A new in vitro method to test the reaction of these genotypes to M. javanica was developed using rooted mini-tubers. Were evaluated the reaction of ‘HPC 1 B’, ‘HPC 6 B’, ‘HPC 7 B’, ‘Ágata’ and ‘Cupido’ to M. javanica and the inoculum production in terms of density of inoculum and the period of incubation. Were collected 168 samples from symptomatic tubers in the Brazil main producing regions (Goiás, Minas Gerais, Paraná, Rio Grande do Sul and São Paulo), to raise the species of plant parasitic nematodes associated with the crop and to characterize the symptoms. All the genotypes host M. incognita, M. javanica and M. mayaguensis. The in vitro reaction confirms these results. Mini-tubers support the plant parasitic nematodes for up to 180 days, with maximum production of 15,990 eggs per pot. Meloidogyne arenaria was found in Sul de Minas and Rio Grande do Sul (3.5% of samples), M. incognita by 10% (except in the Sul) and M. javanica in all regions sampled (50%), causing knot a major symptom in tuber and roots, giving the surface looks rough. It was also Pratylenchus brachyurus in 40% of the samples (except in Rio Grande do Sul), P. coffeae at 2.4% (Triângulo Mineiro, Sul de Minas and São Paulo) and P. penetrans (3%), in São Paulo, causing lesions in the form of pointed depressed necrotic on the surface of the tuber. Helicotylenchus dihystera was found in all regions sampled (49%). Since the samples consist of tubers have been washed, this plant parasitic nematode is a migratory ectoparasite and no specific symptom was observed, this high frequency requires a more accurate study... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-01-26T13:21:28Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-11-04Bitstream added on 2015-01-26T13:30:24Z : No. of bitstreams: 1 000806743.pdf: 976419 bytes, checksum: 57207beba031f1919a815228053210f8 (MD5) / A olericultura apresenta grande valor comercial no Estado de São Paulo, sendo a região centro-oeste uma das principais produtoras de olerícolas como pimentão, tomate, pepino, entre outras. Essas culturas passaram a ser conduzidas em ambiente protegido, entretanto, isso favoreceu o aumento de problemas com nematoides, principalmente os do gênero Meloidogyne, o mais importante em olerícolas. O objetivo dessa pesquisa foi realizar um levantamento nematológico em áreas cultivadas com olerícolas na região centro-oeste paulista, visando à detecção de espécies do gênero Meloidogyne spp., com ênfase na detecção de M. enterolobii; e avaliar a eficiência do fermentado de farelo de arroz e melaço como método alternativo no controle de nematoides. O levantamento nematológico foi realizado em 72 áreas produtoras de olerícolas de 29 propriedades na região centro-oeste paulista. Foram amostradas 47 casas de vegetação com pimentão, nove com tomate, nove com pepino, quatro com pimenta americana, uma com abóbora e uma com salsa. Uma área de cultivo aberto de feijão vagem e uma de tomateiro também foram amostradas. Para avaliar a eficiência do fermentado de arroz, foi quantificada previamente a população dos nematoides das galhas, amostrando 54 pontos, coletando solo ... / The vegetable crop has great commercial value in the state of São Paulo, and the midwest region a leading producer of vegetable crops such as peppers, tomatoes, cucumbers, among other. Their importance, these crops began to be conducted in a protected environment, however, it favored an increase in problems with nematodes, especially those of the genus Meloidogyne, the most important in vegetable crops. The aim of this research was to nematodes survey in areas cultivated with vegetable crops in the midwest region of São Paulo, focusing on the detection of species of the genus Meloidogyne spp. with emphasis on the detection of M. enterolobii; and evaluate the efficiency of fermented rice bran as an alternative method to control nematodes. The nematodes survey was conducted in 72 vegetable crops producing areas of 29 properties in the midwest of São Paulo. 47 greenhouses with chili, nine with tomato, nine with cucumber, four with American pepper, one with pumpkin and one with salsa were sampled. An area of open cultivation of bean pods and tomato were also sampled. To evaluate the efficiency of fermented rice was previously quantified the population of root-knot nematode, sampling 54 points, collecting soil and root in greenhouse cultivated with hybrid 'Sandy' (CV), and 51 points in greenhouse cultivated with 13 lines of hybrid 'Sandy' and four lines with hybrid 'Lucca' (CV B). The fermented rice bran was composed of 500 liters of water, 25 kg of rice bran and 15 kg of molasses. The CV A were made four applications fermented and CV B, 10 applications. The areas were sampled again seven days after the last application. In the survey, all samples showed nematode parasites of plants, namely, Meloidogyne incognita, M. enterolobii, Rotylenchulus reniformis, Pratylenchus brachyurus, Helicotylenchus sp., ...

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-06-27T13:48:46Z No. of bitstreams: 1 2016_AldemiroSousaJorgeJunior.pdf: 1506881 bytes, checksum: 919fe742e1c5abb4ffeea48589f9f43f (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-07-12T17:57:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_AldemiroSousaJorgeJunior.pdf: 1506881 bytes, checksum: 919fe742e1c5abb4ffeea48589f9f43f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-12T17:57:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_AldemiroSousaJorgeJunior.pdf: 1506881 bytes, checksum: 919fe742e1c5abb4ffeea48589f9f43f (MD5) / A urbanização tem contribuído para aumentar nos países em desenvolvimento, desta maneira, os sistemas periurbanos de produção de hortaliças se tornaram mais frequentes na África, levando a um aumento da ocorrência dos nematoides das galhas (NG), com mais danos e perdas. A limitada capacidade de identificar com precisão esses patógenos resulta na não utilização de medidas adequadas de controle, como resistência genética e rotação de culturas, levando à utilização de princípios químicos altamente tóxicos. Considerando a importância do NG na África, um estudo de identificação de populações, coletadas em hortaliças foi realizado nas culturas de tomate, berinjela, pimentão verde, mandioca, pimenta, quiabo, cenoura, repolho e amaranto, provenientes da Tanzânia, Uganda, Benin, Nigéria e Quênia. Cento e quarenta e duas populações de Meloidogyne spp. foram caracterizadas, bioquimicamente, usando os fenótipos de esterase (EST). Foram identificados nesses países: M. javanica (Est J3, Rm: 1,0, 1,25, 1.,4; Est J2a, Rm: 1,0, 1,4; Est J2b, Rm: 1,0, 1,25), M. incognita (Est I2, Rm: 1,0, 1,1), M. arenaria (Est A2, Rm: 1,2, 1,3), M. enterolobii (Est E2, Rm: 0,75, 0,95), M. izalcoensis (Est I4 Rm: 0,86, 0,96, 1,24, 1,30) e duas populações atípicas, uma identificada com M. incognita e outra como Meloidogyne sp., com a predominância das três primeiras. Várias populações mistas foram detectadas em diferentes combinações. A maioria das espécies teve sua identificação confirmada pelos marcadores SCAR. _______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Urbanization in developing countries has contributed to increase the production of vegetables in periurban areas, which have become more frequent in Africa, leading to an increase on root–knot nematodes (RKN) infestation, resulting in more damages and crop losses. Limited ability to accurately identify these pathogens, results in failure to use appropriate control measures, such as genetic resistance and crop rotation, leading to the use of highly toxic chemicals. Considering the importance of RKN in Africa, a study of species identification was carried out on nematode populations collected in fields of tomato, eggplant, green pepper, cassava, pepper, okra, carrots, cabbage and amaranth in Tanzania, Uganda, Benin, Nigéria and Kenya. one hundred forty-two populations of Meloidogyne spp. were characterized, biochemically, using phenotypes of esterase (EST). Five species have been identified in these countries: M. javanica (EST J3, Rm: 1.0, 1.25, 1.4, J 2a EST., Rm: 1.0, 1.4; EST J2b, Rm: 1.0, 1.25), M. incognita (EST I2, Rm: 1.0, 1.1), M. arenaria (EST A2, Rm: 1.2, 1.3), M. enterolobii (EST E2, Rm: 0.75, 0.95), M. izalcoensis (EST I4 Rm: 0.86, 0.96, 1.24, 1.30) and two atypical populations, one identified as M. incognita and another as Meloidogyne sp., with predominance of the first three first species. Various mixed populations were detected in different combinations. Several species had their identification confirmed by SCAR markers.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-01-14T16:24:56Z No. of bitstreams: 1 2015_ NancyEuniceNiñoCastañeda.pdf: 7740594 bytes, checksum: 31b928be0bd73c18fdd2d5a4ceb2eac9 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-01-21T20:53:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_ NancyEuniceNiñoCastañeda.pdf: 7740594 bytes, checksum: 31b928be0bd73c18fdd2d5a4ceb2eac9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-21T20:53:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_ NancyEuniceNiñoCastañeda.pdf: 7740594 bytes, checksum: 31b928be0bd73c18fdd2d5a4ceb2eac9 (MD5) / Na cultura da bananeira (Musa spp.) o nematoide das galhas Meloidogyne incognita é uma das espécies predominantes principalmente no subgrupo Cavendish, causando perdas consideráveis em algumas regiões do Brasil. Meloidogyne ncognita é também considerado um dos fitoparasitas de ampla importância na agricultura mundial por sua adaptabilidade ao ambiente e ampla gama de hospedeiras. Com as limitações do melhoramento convencional no desenvolvimento de variedades resistentes de bananeiras a nematoides, o uso da genômica é uma alternativa importante para entender os mecanismos moleculares envolvidos na resposta de defesa da planta ao parasitismo. O genótipo de Musa acuminata 4279-06 foi classificado em estudos anteriores como resistente ao nematoide das galhas, e foi selecionado para este estudo com o genótipo Cavendish Grande Naine (GN), utilizado como padrão de suscetibilidade. Assim o objetivo deste trabalho foi estudar a interação M. acuminata - M. incognita a fim de identificar genes associadas ao parasitismo do nematoide e genes de defesa da planta. Inicialmente verificou-se que o ciclo de vida de M. incognita em banana GN, desde a inoculação dos J2 até a formação de fêmeas com ovos, foi de 24 dias a 25º C. Na análise histológica dos genótipos GN e 4279-06, entre 2-7 dias após de inoculação (DAI) observaram se os J2 de M. incognita penetrando pelo ápice das raízes e migrando pelo córtex até o cilindro central e aos 9 DAI já haviam estabelecido sítios de alimentação. Utilizando microscopia de fluorescência não foi observada resposta hipersensível (RH) no genótipo 4279-06, sendo que o nematoide concluiu o ciclo de vida entre 27- 30 dias, com 3-6 dias de atraso em comparação ao genótipo GN (24 dias). Foi realizada análise de transcritoma aos 3, 7 e 10 DAI nos dois genótipos, com base nos dados histológicos, utilizando a tecnologia de sequenciamento massal de RNA por Illumina e análise de bioinformática para identificar genes diferencialmente expressos relacionados ao parasitismo do nematoide e a resposta de defesa. O sequenciamento gerou um total de 510.937.976 sequências paired-end. Na análise de gene ontology (GO), um total de 320.113 termos de GO foram encontrados e relacionados às 27.604 sequências anotadas distribuídos em três categorias principais: processos biológicos (27.551 sequências), função molecular (25.362 sequências) e componente celular (25.487 sequências). Na análise de expressão diferencial, 680 genes apresentaram expressão diferencial significante. Dentre estes, 474 genes foram modulados no genótipo 4279-06 e 235 genes no genótipo GN, evidenciando uma maior regulação da expressão gênica na interação em 4279-06. Os genótipos apresentaram 29 genes comumente regulados, 445 genes exclusivamente modulados em 4279-06 e 206 em GN. Na resposta de Musa acuminata à infecção por M. incognita, foi evidente o grande envolvimento de genes ligados a fatores de transcrição das famílias MYB e WRKY, e de hormônios. Pouca resposta de defesa relacionadas ao Ácido Salicílico (de resposta a parasitas biotróficos) foi encontrada, mas sim uma ampla resposta pela via do etileno. Também foram encontrados genes que aumentam os níveis de auxinas e citocininas e que estão associados à formação de células gigantes, assim como expansinas e proteínas de domínio NAC. Proteínas da família bHLH, calose e endotransglucosilase xiloglucano foram expressas exclusivamente no genótipo 4279-06. Os resultados deste trabalho contribuem para uma maior compreensão dessa complexa interação molecular. / In banana crop (Musa spp.), the root-knot nematode Meloidogyne incognita is one of the predominant species, mainly in Cavendish (GN), causing considerable losses in some regions of Brazil. Meloidogyne incognita, also considered one of the plant parasites of wide importance in world agriculture for their adaptability to the environment and wide host range. With the difficulties of the traditional breeding programs in search for resistant varieties of bananas to nematodes, the use of genomics is an important alternative to understand the molecular mechanisms involved in plant defense response to parasitism. The banana genotype 4279-06 was classified in previous studies as resistant to the root-knot nematode, and was selected for this study, with the Cavendish Grande Naine genotype (GN) used as susceptibility standard. So the aim of this work was to study the interaction Musa acuminata - Meloidogyne incognita in order to identify genes associated with parasitism of nematode and plant defense genes. Initially, the life cycle of M. incognita in banana (NG), from the inoculation of J2 to the formation of females with eggs was 24 days at 25oC. On histological analysis of both genotypes GN and 4279-06, between 2-7 days after inoculation (DAI) it was observed that J2 of M. incognita penetrated at the roots tips and moved through the cortex to the central cylinder, and that at 9 DAI had already feeding sites established. Using fluorescence microscopy, no hypersensitive response (HR) was observed in 4279-06 genotype, and its life cycle has completed between 27- 30 days after inoculation, with 3-6 days delay in comparison with the GN genotype (24 days). Transcriptome analysis was performed at 3, 7 and 10 DAI, based on histological data, using RNA mass sequencing technology by Ilumina and bioinformatics analysis to identify differentially expressed genes related to the banana defense response in nematode interaction with the two genotypes. Sequencing generated a total of 510,937,976 sequences paired-end. In ontology gene analysis (GO), a total of 320,113 terms of GO were found and related to 27,604 annotated sequences divided into three main categories: biological processes (27,551 sequences), molecular function (25,362 sequences) and cellular component (25,487 sequences). In the analysis of differential expression, 680 genes showed significant differential expression. Of these, 474 genes were modulated in genotype 4279-06 and 235 genes in GN genotype, showing greater regulation of gene expression in the interaction with 4279-06. The genotypes showed 29 commonly regulated genes, 445 genes uniquely modulated in 4279-06 and 206 in GN. In Musa acuminata response to infection with M. incognita, was evident the great involvement of genes linked to the MYB transcription factors and WRKY families, and hormones. Little defense response related to salicylic acid (response to biotróficos parasites) was observed, but a broad response for the ethylene pathway. They have also found genes that increase the levels of cytokinins and auxins and that are associated with the formation of giant cells, like expansins and NAC domain proteins. Proteins bHLH family, callose and xyloglucan endotransglucosilase were exclusively expressed in the genotype 4279-06. These results contribute to a better understanding of this complex molecular interaction.