Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ecologia, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-10-30T19:40:48Z No. of bitstreams: 1 2017_SamiaGomesdaSilva.pdf: 3774452 bytes, checksum: dd2921461b8038b5b3cde478996423d8 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-02-07T19:18:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_SamiaGomesdaSilva.pdf: 3774452 bytes, checksum: dd2921461b8038b5b3cde478996423d8 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-07T19:18:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_SamiaGomesdaSilva.pdf: 3774452 bytes, checksum: dd2921461b8038b5b3cde478996423d8 (MD5) Previous issue date: 2018-02-07 / O Cerrado abriga uma grande diversidade vegetal, mas pouco se sabe sobre a sua influência na microbiota do solo e como esta interação pode agir sobre os processos ecossistêmicos. O objetivo deste trabalho foi investigar a influência de espécies de lenhosas sobre a estrutura da comunidade de fungos micorrízicos arbusculares (FMAs) e sobre a atividade microbiológica do solo em diferentes estações do ano em uma parcela de cerrado sentido restrito na Reserva Ecológica do IBGE, Distrito Federal. Foram escolhidas dez espécies lenhosas: Qualea grandiflora, Qualea multiflora, Dalbergia miscolobium, Pterodon pubescens, Tachigali vulgaris, Roupala montana, Caryocar brasiliense, Ouratea hexasperma, Blepharocalyx salicifolius e Myrsine guianensis; sendo amostrados dez indivíduos de cada uma, utilizando-se a área de sua copa como parâmetro para a determinação de sua zona de influência no solo. A serapilheira total acumulada e a concentração de macro e micronutrientes medidos nas folhas sob variou entre as espécies vegetais. As folhas da espécie alvo apresentaram menor contribuição do que as folhas de outras espécies vegetais para a composição do estoque de nutrientes nas zonas de influência. As concentrações de nutrientes no solo variam nas amostras sob cada espécie vegetal, em função das estações do ano. Os valores de C da biomassa microbiana e de atividade da enzima β-glicosidase diferiram sob a influência de espécie vegetais distintas. A atividade da enzima fosfatase ácida diferiu entre as estações com valores mais elevados na estação seca. As estruturas das comunidades de FMAs avaliadas a partir dos perfis DGGE indicaram uma diferenciação das comunidades entre as estações e, notadamente, entre as espécies vegetais em cada estação. Os resultados obtidos demonstram que as relações entre a vegetação e a microbiota no Cerrado são influenciadas pelos padrões sazonais da precipitação e que a identidade das espécies vegetais é preponderante na estruturação das comunidades de FMAs. / The Cerrado is home to a great plant diversity. However, we do not know much about its influence on the microbiota of the soil and how such an interaction can affect the ecological processes. The main objective of the present study was to investigate the influence of woody species on the structure of the community of arbuscular mychorrizal fungi (AMF) and on the microbiological activity of the soil in different seasons of the year in an area of Cerrado sensu stricto in the Ecological Reserve of the IBGE, Distrito Federal, Brazil. Ten woody species were chosen: Qualea grandiflora, Qualea multiflora, Dalbergia miscolobium, Plerotodon pubescens, Tachigali vulgaris, Roupala Montana, Caryocar brasiliense, Ouratea hexasperma, Blepharocalyx salicifolius and Myrsine guianensis. For each specie, ten trees were selected and their crown area was used as a parameter to determine their influence zone on the soil. The total standing litter and the concentration of macro and micronutrients measured in the leaves under the different tree individuals showed variation considering the vegetal species. The leaves of the target species contribute less to the composition of the stock of nutrients under its influence zone than the leaves of other plant species. The concentration of nutrients in soil samples collected under the canopy varied between seasons. The C of the microbial biomass and the activity of β-glucosidase enzyme were significantly different in samples collected under different plant species. The activity of acid phosphatase was higher in the dry season. The analysis of the structures of the communities of AMF, assessed based on DGGE profiles, revealed a seasonal differentiation as well as between the plant species in each season. The results showed that the relations between the vegetation and soil microbiota in the Cerrado are influenced by the seasonal pattern of rainfall. Moreover, the identity of the plant species also is a relevant factor determining the structuring of the AMF communities.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, 2016. / Texto liberado parcialmente pelo autor. Conteúdo restrito: Capítulos 1 e 2. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-09-12T17:06:46Z No. of bitstreams: 1 2016_LeandroMoraesdeSouza_Parcial.pdf: 741723 bytes, checksum: 99d90c538ef251c754e64b11ca8259e7 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-11-07T20:02:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_LeandroMoraesdeSouza_Parcial.pdf: 741723 bytes, checksum: 99d90c538ef251c754e64b11ca8259e7 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-07T20:02:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_LeandroMoraesdeSouza_Parcial.pdf: 741723 bytes, checksum: 99d90c538ef251c754e64b11ca8259e7 (MD5) / A interpretação dos valores individuais dos atributos microbiológicos tem sido um dos principais entraves encontrados por pesquisadores para se utilizar os bioindicadores, rotineiramente, em análises sobre o funcionamento da maquinaria biológica do solo. Aproveitando um gradiente de matéria orgânica do solo e rendimento acumulado de grãos de soja e de milho, estabelecidos em um experimento de longa duração, em função de diferentes doses e modos de aplicação de fósforo - P, esta tese de doutorado deu continuidade aos trabalhos de interpretação de bioindicadores, iniciados por Lopes et al., (2013), nos Latossolos argilosos de Cerrado. O principal objetivo foi o de ampliar as tabelas de interpretação dos bioindicadores, com amostras de solo coletadas não só na fase de floração das culturas, mas também, após a colheita das mesmas. Além disso, também foi avaliada, para diferentes atributos microbiológicos (carbono e nitrogênio na biomassa microbiana (CBM e NBM) e enzimas β-glicosidase, arilsulfatase, fosfatase ácida, desidrogenase, fosfatase alcalina, urease e FDA), a possibilidade de unificação da época de coleta de solo e dos processos de pré-tratamento das amostras de microbiologia e fertilidade de solo (peneiramento a 2 mm e secagem ao ar), gerando o conceito de amostragem FERTBIO. As avaliações foram conduzidas em 2013 e 2015, na fase de floração, com solo úmido, e na fase de pós-colheita, com solo seco ao ar. Além da boa adequação à amostragem realizada na póscolheita/solo seco, observou-se uma baixa variabilidade anual das enzimas arilsulfatase e β-glicosidase (capítulo 1) bem como do CBM e da desidrogenase (capítulo 2) nas duas épocas de amostragem. No caso específico das enzimas β-glicosidase e arilsulfatase, essas características, aliadas aos estudos que comprovam sua eficácia no monitoramento de áreas agrícolas, facilitam a adoção desses bioindicadores, em análises comerciais de solo, como parâmetros indicadores do seu biofuncionamento. O NBM e o ensaio de FDA não foram eficientes como bioindicadores capazes de diferenciar os tratamentos e não tiveram suas variações associadas ao rendimento acumulado de grãos e ao carbono orgânico do solo, impossibilitando a delimitação de classes de suficiência. Com exceção da enzima urease, a amostragem realizada na pós-colheita/solo seco promoveu reduções significativas na atividade de todos bioindicadores avaliados, tendo como consequência, o estreitamento na amplitude das classes de interpretação baixo/adequado. O ensaio de hidrólise de FDA foi o único parâmetro para o qual a amostragem pós-colheita/solo seco não foi representativa da amostragem floração/solo úmido. Em um outro estudo, observou-se relação linear positiva e significativa entre os teores de C orgânico da biomassa microbiana determinados pelos métodos de oxidação úmida e combustão a alta temperatura. O método de combustão a alta temperatura detectou, em média, 6,3% mais C orgânico do que o método por oxidação úmida. A equação y = 0,938(x) deve ser utilizada para conversão dos valores de CBM, determinados por combustão a alta temperatura (x), em valores determinados pelo método de oxidação úmida (y), para Latossolos argilosos de Cerrado. _______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The interpretation of individual values of microbiological attributes has been one of the main constraints limiting the use of bioindicators, in commercial soil analysis. Taking advantage of a soil organic matter gradient, established on a long-term experiment, due to the application of various doses and placement methods of P fertilizers, this doctoral thesis continued the research of interpretation of biological indicators, started by Lopes et al., (2013), in a clayey Cerrado Oxisol. The main objective was to generate interpretation tables for biological indicators with soil samples collected not only at the crop flowering stage, but also at the post-harvest stage. We also evaluated, for different microbiological attributes (carbon and nitrogen in the microbial biomass (MBC and MBN) and β-glucosidase, arylsulfatase, acid phosphatase, dehydrogenase, alkaline phosphatase, urease and FDA enzymes), the possibility of unifying the sampling procedures for microbiology and fertility, generating the FERTBIO samples (for soil fertility and biology). During a two-year period (2013 and 2015), soil samples (0 to 10 cm) were collected at the flowering and at the post-harvest stage, in 24 treatments from three long-term experiments. Samples were analyzed to determine their enzyme activities and soil organic carbon (SOC) content. In addition to good adequacy for post-harvest sampling with air-dried soil samples, arylsulfatase and β-glucosidase (chapter 1) and MBC and dehydrogenase (Chapter 2) also presented a low annual variability. These features facilitate their adoption in soil commercial analysis, as indicators of the soil biological functioning. MBN and FDA were not able to differentiate the treatments and did not have their variances associated with the RCY and SOC, preventing the delimitation of sufficiency classes. With the exception of urease, air-drying of soil samples at the post-harvest stage promoted significant reductions for all bioindicators evaluated. As a consequence a reduction in the range of low/adequate interpretation classes occurred. FDA was the only parameter for which the air-dried/post-harvest sampling did not represent the field-moist/flowering stage sampling. In a study presented in Chapter 3 we observed a significant positive linear relationship between the organic carbon content of the microbial biomass determined by wet oxidation and combustion at high temperature methods. The combustion at high temperature method detected on average 6.3% more organic C than the wet oxidation method. The equation y = 0.938 (x) must be used for conversion of MBC values determined by combustion at high temperature (x) in values determined by wet oxidation method (y) for the clayey Cerrado Oxisols.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2016. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2016-04-26T12:39:21Z No. of bitstreams: 1 2016_RafaellaSilveiraSousa.pdf: 2788761 bytes, checksum: 8b38afc8167c87aa341be9a9d56591bb (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-04-26T18:02:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_RafaellaSilveiraSousa.pdf: 2788761 bytes, checksum: 8b38afc8167c87aa341be9a9d56591bb (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-26T18:02:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_RafaellaSilveiraSousa.pdf: 2788761 bytes, checksum: 8b38afc8167c87aa341be9a9d56591bb (MD5) / Lagoas naturais rasas e oligotróficas do Cerrado abrigam elevada biodiversidade. No entanto, ainda não existem estudos sobre as comunidades microbianas presentes no sedimento desses ambientes aquáticos. O objetivo deste estudo foi caracterizar a diversidade dos domínios Bacteria e Archaea presentes no sedimento de duas lagoas naturais do Cerrado (Lagoa Bonita na Estação de Águas Emendadas - Planaltina/DF e Lagoa Cabocla no Campo de Instrução de Formosa - Formosa/GO). Água e sedimento (0-5 cm) foram coletados em diferentes estações (transição chuva-seca, seca, transição seca-chuva e chuva) entre maio de 2014 e março de 2015. As características físicas e químicas das amostras de água e sedimento foram avaliadas. O perfil das comunidades bacterianas foi analisado usando PCR/DGGE e a riqueza e diversidade de grupos do domínio Bacteria e Archaea por meio de pirosequenciamento do gene 16S rRNA. A água nas duas lagoas apresentou pH levemente ácido, baixa condutividade elétrica, concentrações de oxigênio dissolvido menores que 7,19 mg/L e temperatura entre 21 e 28ºC. O sedimento apresentou pH ácido, altos teores de matéria orgânica, baixa saturação por bases e elevada acidez potencial. As análises da estrutura da comunidade bacteriana avaliada (Dice/UPGMA) a partir dos perfis de géis DGGE indicaram alta similaridade entre as comunidades das duas lagoas com maior diferenciação em relação às estações. A partir da análise de sequências do gene 16S rRNA, foram identificados o total de 45 filos bacterianos e um grupo de bactérias não classificadas na hierarquia taxonômica inferior. Seis filos (Proteobacteria, Acidobacteria, Chloroflexi, Firmicutes, Planctomycetes e Nitrospirae) foram considerados abundantes, com frequência ≥ 1% em todas as estações, nas duas lagoas. Foram encontrados outros nove filos abundantes (Actinobacteria, Bacteroidetes, OP8, Chlamydiae, Chlorobi, Spirochaetae, TM6, Verrucomicrobia e WD272) e o grupo não classificado (unclassified Bacteria) em pelo menos uma estação nas duas lagoas. Foi observada ainda a presença de quatro filos bacterianos únicos (Caldiserica, KB1, e WS6 e Synergistetes) em menor abundância na Lagoa Bonita, enquanto na Lagoa Cabocla foi recuperado apenas um filo bacteriano único (BHI80-139). Quanto aos grupos pertencentes ao domínio Archaea, foram identificados três filos (Crenarchaeota, Euryarchaeota e Thaumarchaeota) e dois grupos de Archaea não classificadas (uncultured archaeon e unclassified Archaea). Apenas Euryarchaeota e Thaumarchaeota foram considerados abundantes nas duas lagoas e nos diferentes períodos. Relações dos filos de Bacteria e Archaea foram avaliadas em associação com as variáveis da água (temperatura, pH, condutividade elétrica, oxigênio dissolvido e profundidade da coluna d’água), bem como carbono e nitrogênio totais no sedimento, além da razão C:N. O pH da água, a condutividade elétrica e a profundidade foram as variáveis de maior importância relativa sobre a abundância da maioria dos filos testados. A riqueza de bactérias foi maior na Lagoa Cabocla, enquanto a riqueza e a diversidade de arqueias foram maiores na Lagoa Bonita. Nas duas lagoas, a sazonalidade influenciou a riqueza de arqueias e teve efeito sobre diversidade de bactérias, que foram maiores na estação seca em relação ao período de transição chuva-seca. A presença de microrganismos aeróbios e anaeróbios encontrados no sedimento destas lagoas pode ser um indicativo da ocorrência de interações entre o sedimento e corpo d’água gerando micro sítios heterogêneos para o estabelecimento de grupos com uma ecologia tão diferenciada. Os resultados deste estudo compreendem um conjunto de informações básicas e inéditas a respeito dos ambientes aquáticos prístinos no Cerrado contribuindo na ampliação dos conhecimentos sobre a diversidade e ecologia dos organismos que são importantes componentes das funções ecossistêmicas. Essa informação pode contribuir para a avaliação e planejamento de estratégias de conservação dos ecossistemas aquáticos no Cerrado. _______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Natural shallow and oligotrophic lakes of Cerrado harbor high biodiversity. However, there are no studies about the microbial communities present in the sediment of these aquatic environments. The objective of this work was to characterize the diversity of the Bacteria and Archaea domains in the sediment of two natural lakes of Cerrado (Lagoa Bonita located in Estação de Águas Emendadas – Planaltina/DF and Lagoa Cabocla located in Campo de Instrução de Formosa – Formosa/GO). Water and sediment (0-5 cm) samples were collected from different seasons (transition rainy-dry, dry, transition dry-rainy and rainy season) between May 2014 and March 2015. Physical and chemical characteristics of water and sediment samples were evaluated. Bacterial communities profile was analyzed using PCR/DGGE and the richness and diversity of Bacteria and Archaea domains by pyrosequencing of the 16S rRNA gene. The water in the both lakes showed lightly acidic pH, low electrical conductivity, dissolved oxygen concentrations less than 7.19 mg/L and temperature between 21 and 28ºC. The sediment showed acid pH, high organic matter content, low base saturation and high potential acidity. The analysis of the structure of the evaluated bacterial community (Dice/UPGMA) from profiles of DGGE gels showed high similarity between the communities of the two lakes with greater differentiation in relation to the seasons. From the sequence analyses of 16S rRNA gene, were identified a total of 45 phyla and a group of bacteria not classified in the lower taxonomic hierarchy. Six phyla (Proteobacteria, Acidobacteria, Chloroflexi, Firmicutes, Planctomycetes and Nitrospirae) were considered abundant, with frequency ≥ 1% in all seasons, in the two lakes. Nine abundant phyla (Actinobacteria, Bacteroidetes, OP8, Chlamydiae, Chlorobi, Spirochaetae, TM6, Verrucomicrobia and WD272) and the bacterial group not classified (Unclassified Bacteria) were found in the two lakes at least in one season. We observed the presence of four single bacterial phyla (Caldiserica, KB1, e WS6 and Synergistetes) in lower abundance in the Lagoa Bonita, while in Lagoa Cabocla only one single bacterial phyla (BHI80-139) was recovered. Regarding the groups belonging to the Archaea domain, were identified three phyla (Crenarchaeota, Euryarchaeota and Thaumarchaeota) and two archaeal groups not classified (uncultured archaeon and Unclassified Archaea). Only Euryarchaeota and Thaumarchaeota were considered abundant in the two lakes and in different periods. Relationship of the Bacteria and Archaea phyla were evaluated in combination with water variables (temperature, pH, electrical conductivity, dissolved oxygen and depth of water column) as well as carbon and total nitrogen in the sediment, besides the C:N ratio. The water pH, the electrical conductivity and the depth were the variables of greater relative importance on the abundance of most phyla tested. The bacterial richness was greater in the Lagoa Cabocla, while the archaeal richness and diversity were greater in the Lagoa Bonita. In the two lakes, the seasonality influenced the archaeal richness and had effect on the diversity of Bacteria, which was higher in the dry season compared to transition rain-dry period. The presence of aerobic and anaerobic microorganisms found in the sediment of these lakes, may be indicative the occurrence of interactions between sediment and water body generating heterogeneous microsites for the establishment of groups with such a differentiated ecology. The results of this study include a set of basic and novel information about pristine aquatic environments in the Cerrado, contributing to the expansion of knowledge about the diversity and ecology of the organisms that are important components of ecosystem functions. This information can contribute to the evaluation and planning of conservation strategies for aquatic environments in the Cerrado.

Culturas monozoospóricas de Phytophthora, num total de dezesseis, originárias do Estado de São Paulo, foram estudadas quanto as suas características morfológicas, culturais, moleculares e sensibilidade ao fungicida metalaxyl. Todos os isolados foram identificados como P. parasitica pelas suas características morfológicas, culturais e fisiológicas. Houve diferenças estatísticas entre os isolados quanto a suas dimensões no comprimento (c), largura (l) e relação c/l dos esporângios em meio cenoura-dextrose, incubados a 25ºC; assim como na capacidade de produção de clamidósporos no mesmo meio. Todos os isolados foram sensíveis ao metalaxul, todos crescendo na concentração de 1 ppm, a maioria na concentração de 10 ppm e alguns isolados a 100 ppm, apesar que no último caso ao redor do disco que continha micélio do patógeno. O qual vem a demonstrar que há genótipos com alguma tolerância ao produto no Estado de São Paulo. Essa tolerância teve uma distribuição independente do local de isolamento e a análise molecular com a técnica de RAPD não foi suficientemente sensível par detectar grupos com similaridade genética com essa característica. A técnica de RAPD conseguiu distinguir os isolados, mas observou-se uma baixa diversidade genética entre eles, apesar de terem sido isolados em diferentes pontos do Estado. Mesmo assim houve diferenças entre isolados provindos da mesma cultura original / not available

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:53Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-06-21Bitstream added on 2014-06-13T19:43:43Z : No. of bitstreams: 1 000737473.pdf: 4424353 bytes, checksum: 83d4de348d8c1081e547b22ff3eab4d2 (MD5) / Lipoxigenases são enzimas que catalizam a oxido-redução de ácidos graxos poliinsaturados que contém em sua estrutura um ou mais grupos cis 1,4- pentadieno, produzindo hidroperóxidos através da incorporação de um oxigênio molecular. Durante anos a presença de lipoxigenase foi considerada exclusivamente eucariótica, presente em mamíferos, plantas, pequenos invertebrados marinhos e fungos. A função biológica dessas enzimas tem sido amplamente estudada. Porém, pouco tem sido descrito em organismos procariotos. O presente estudo teve por objetivos clonar e caracterizar bioquimicamente duas lipoxigenases de Shewanella woodyi ATCC 51908, caracterizar os produtos de reação destas enzimas e realizar um estudo filogenético e estrutural, comparando-as com lipoxigenases de eucariotos e procariotos. Parâmetros enzimáticos dessas enzimas foram descritos. A influência do pH e temperatura na atividade catalítica foram estudadas. Também foi determinado a preferência por substrato e o efeito da adição de vários íons divalentes que podem interferir na atividade catalítica. A enzima SWPrecLox de S. woodyi apresentou temperatura e pH ótimos de 31ºC e 8,0, respectivamente. Demonstrou afinidade por ácido linoleico, com uma Km de 0,47 mM e Vmax de 2,78 mmols min-1 mg-1. A enzima SWAracLOX teve ácido araquidônico como substrato preferente, com valores de Km 0,20 mM e Vmax 1,6 mmols min-1 mg-1. Atividade ótima foi alcançada com 27ºC e pH 7,0. A partir das estruturas moleculares das lipoxigenases de Plexaura homomalla e Pseudomonas aeruginosa, foram criados hipotéticos modelos estruturais de SWPrecLOX e SWAracLOX. / Lipoxygenases are enzymes that catalyze the oxido-reduction of polyunsaturated fatty acids in their structure that contains one or more groups cis 1,4- pentadiene, producing hydroperoxides from the incorporation of molecular oxygen. For years, the presence of lipoxygenases was considered a eukaryotic feature, present in mammals, plants, small marine invertebrates and fungi. The present study aimed to clone and characterize biochemically two lipoxygenases from Shewanella woodyi ATCC 51908, characterize the reaction products of these enzymes and conduct a phylogenetic and structural analysis, comparing them with eukaryotes and prokaryotes lipoxygenases. The biological function of these lipoxygenases has been widely studied. However, only few have been described in prokaryotes. Enzymatic parameters of these enzymes have been described. The influence of the pH and the temperature on the catalytic activity has been studied. Also has been studied the substrate preference and the effect of the addition of several divalent cations that can enhance or eliminate the catalytic activity. The enzyme SWPrecLox of S. woodyi showed temperature and pH optimum were 31 ºC and 8,0, respectively. Demonstrated substrate affinity for linoleic acid, with Km 0,47 mM and Vmax 2,78 mmols min-1 mg-1. The enzyme SWAracLox has arachidonic acid as preferred substrate, with Km 0,20 mM and Vmax 1,6 mmols min-1 mg-1. Optimum activity was reached at 27 ºC and pH 7,0. From the molecular structures of lipoxygenase Plexaura homomalla and Pseudomonas aeruginosa, were created a hypothetical structural model of the SWPrecLox and SWAracLox.

MARQUES, Francisca Jakelyne de Farias. Efeito inibitório de drogas antituberculose frente à Histoplasma capsulatum var. capsulatum e Cryptococcus spp. : síntese de análogos químicos, atividade antifúngica in vitro e mecanismo de ação. 2013. 116 f. Tese (Doutorado em Microbiologia Médica) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2013. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2014-04-08T13:29:35Z No. of bitstreams: 1 2013_tese_fjfmarques.pdf: 1708517 bytes, checksum: 5f8bebad58291a654fe5aa6509b143fb (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2014-04-08T13:48:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_tese_fjfmarques.pdf: 1708517 bytes, checksum: 5f8bebad58291a654fe5aa6509b143fb (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-08T13:48:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_tese_fjfmarques.pdf: 1708517 bytes, checksum: 5f8bebad58291a654fe5aa6509b143fb (MD5) Previous issue date: 2013

CARVALHO, E. M. R. de. Detecção de integrons e genes cassetes relacionados com a resistência a antimicrobianos em Vibrio spp. isolados de hemolinfa de camarões Litopenaeus vannamei (BONNE, 1931). 2013. 136 f. Tese (doutorado) - Universidade Federal do Ceará, Instituto de Ciências do Mar, Programa de Pós-Graduação em Ciências Marinhas Tropicais, Fortaleza-CE, 2013. / Submitted by Nadsa Cid (nadsa@ufc.br) on 2014-07-21T16:54:31Z No. of bitstreams: 1 2013_tese_emrdecarvalho.pdf: 2633826 bytes, checksum: ba52c175c608828ed8d0b10b3f3bac09 (MD5) / Approved for entry into archive by Nadsa Cid(nadsa@ufc.br) on 2014-07-21T17:26:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_tese_emrdecarvalho.pdf: 2633826 bytes, checksum: ba52c175c608828ed8d0b10b3f3bac09 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-07-21T17:26:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_tese_emrdecarvalho.pdf: 2633826 bytes, checksum: ba52c175c608828ed8d0b10b3f3bac09 (MD5) Previous issue date: 2013 / The objective of this study was to evaluate the resistance profile and the presence of resistance gene cassettes in vibrios isolated from shrimp hemolymph. Shrimp (n=80) were collected from four farms in Acaraú (A and B) and Aracati (C and D), Northeastern Brazil. The hemolymph was evaluated quantitatively for vibrios by spread plating. In the samples from Farms A and B, vibrio counts ranged from <10 to 3.4 x 106 CFU/mL and from <10 to 3.5 x 10³ CFU/mL, respectively. The corresponding figures for Farms C and D were <10 to 8.5 x 10³ CFU/mL and <10 to 1.6 x 10³ CFU/mL. All but one of the isolates from Acaraú (81/82) were identified down to the species: V. alginolyticus, V. coralliilyticus, V. harveyi, V. parahaemolyticus and V. mimicus. In the samples from Aracati, 41 isolates were identified, predominantly V. coralliilyticus, V. cholerae, V. mimicus and V. parahaemolyticus. Approximately 28% of the strains were resistant to at least one of the antibiotics tested. The antibiotics GEN, NAL, NIT, SUT, CIP, CLO and FLF were efficient. The drugs to which resistance was observed included AMP, CFL, ERI, TET and OTC. A considerable number of strains (87.9%) displayed intermediate levels of resistance while multiresistance was observed for 52 strains (41.6%). The MAR index of strains resistant to two or more antibiotics ranged from 0.2 to 0.26. The minimum inhibitory concentration of the isolates was 80-160 µg/L (AMP), 32-512 µg/L (CFL), 64-512 µg/L, 64-256 µg/L (ERI) and 128 µg/L (OTC). Following plasmidial curing, 52% (n=13) of the isolates displayed unchanged resistance profiles, while 48% changed to intermediate levels. In 32%, the gene intI1 was detected, while the gene was present in 100% of the plasmids, along with the cassettes blaP1 and ereA2. The finding of resistance to clinical antibiotics (AMP and CFL) suggests such drugs may have been released into the environment. The high level of intermediate resistance may be the result of survival-driven mutagenic processes. The observed resistance was of chromosomal origin or related to stable mobile elements. The presence of class 1 integrons in the chromosome and plasmids of vibrios isolated from shrimp hemolymph may pose a threat to the aquatic environment since integrons can be transferred between microorganisms. / O objetivo da pesquisa foi estabelecer perfis de resistência a diferentes antimicrobianos e detectar integrons e genes cassetes em Vibrio spp. da hemolinfa de camarões. Foram realizadas duas coletas em quatro fazendas, localizadas nos municipios de Acaraú (A e B) e Aracati (C e D). Em cada coleta foram utilizados 10 exemplares, totalizando 80 camarões. Nas amostras de hemolinfa dos camarões originários de Acaraú, as contagens de Vibrio spp. variaram de <10 a 3,4 x 106 UFC/mL , em B foram de <10 a 3,5 x 10³ UFC/mL. Em Aracati, as contagens foram < 10 a 8,5 x 10³ UFC/mL (fazenda C) e de <10 a 1,6 x 10³ UFC/mL (fazenda D). As 82 estirpes isoladas das amostras originadas das fazendas A e B foram identificadas até espécie, sendo as mais frequentes: V. alginolyticus; V. coralliilyticus; V. harveyi; V. parahaemolyticus e V. mimicus. A partir das amostras das fazendas C e D, 41isolados foram identificados, sendo que as espécies de maior frequência foram: V. coralliilyticus; V. cholerae, V. mimicus; V. parahaemolyticus. Vinte e oito por cento dos isolados apresentaram resistência a pelo menos um dos antimicrobianos testados. Os fármacos para os quais os micro-organismos apresentaram resistência foram: AMP, CFL, ERI, TET e OTC. Os antimicrobianos GEN, NAL, NIT, SUT, CIP, CLO e FLF foram eficazes contra as estirpes testadas. Observou-se que 87,9% das estirpes foram resistentes intermediárias e constatou-se multirresistência em 41,6%. O índice MRA entre as resistentes, variou de 0,2 a 0,26. Os valores de CIM para os isolados foram: para AMP de 80 a 160 µg/L; para CFL de 64 a 512 µg/L; para ERI de 64 a 256 µg/L e para OTC, de 128 µg/L. Entre os isolados que não apresentaram alteração na resistência após a “cura” foram de 52%, porém, 48% passaram a ser intermediárias. As 25 estirpes de Vibrio com resistência múltipla foram selecionadas para testes de biologia molecular, sendo que 32% delas apresentaram o gene intI1. Nos plasmídios, esse percentual foi de 100%, com presença de genes cassetes blaP1 e ereA2. Conclui-se pela presença de estirpes resistentes a fármacos clínicos (AMP e CFL), que resíduos dessas drogas podem estar no ambiente. O alto percentual de intermediários pode estar relacionado a alguma mutação que os isolados estejam sofrendo para sobreviver no ambiente. A origem genética da resistência pode estar relacionada ao cromossomo ou a elementos móveis estáveis. Os integrons detectados no cromossomo e em plasmídios no genoma dos víbrios é uma variável importante para o entendimento da dinâmica de transferência de resistência no ambiente aquático.

SILVA, Natalya Fechine. Estratégias de estocagem de sporothrix spp. e análise da sensibilidade das cepas ante aos derivados terpênicos farnesol e terpinen-4-ol in vitro. 2014. 62 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Médica) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2014. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2015-04-29T13:40:44Z No. of bitstreams: 1 2014_dis_nfsilva.pdf: 1031976 bytes, checksum: f1b00a7bbed02907d8e918295451ee8e (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2015-04-29T13:45:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_dis_nfsilva.pdf: 1031976 bytes, checksum: f1b00a7bbed02907d8e918295451ee8e (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-29T13:45:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_dis_nfsilva.pdf: 1031976 bytes, checksum: f1b00a7bbed02907d8e918295451ee8e (MD5) Previous issue date: 2014 / Sporotrichosis is a subcutaneous mycosis that affects humans and animals caused by the dimorphic fungi of the genus Sporothrix. The storage of such microorganisms in culture collections is necessary to monitor the strains of Sporothrix spp. over the years. Despite the existence of effective antifungal therapies against this disease the search for new drugs for the treatment is necessary. Compounds such as farnesol and terpinen-4-ol have been tested against yeasts and filamentous fungi and have shown a broad antifungal spectrum. Thus, the present study aimed to seek new strategies for the preservation of biological and genetic patrimony of the genus Sporothrix, evaluate the in vitro inhibitory activity of farnesol and terpinen-4-ol against strains of Sporothrix spp., as well as evaluating the mechanisms of action of these compounds. Regarding the storage, 20 Sporothrix spp. strains were used and stocked under the following conditions: saline (0.9% NaCl) at 4 °C, 10% glycerol plus 10% lactose and 10% glycerol plus 10% sucrose maintained at -20 °C and -80 °C, stocked in intervals of 3, 6 and 9 months. The viability of the strains was evaluated by the macro and micromorphological aspects. For this purpose, the samples were subcultured in potato agar for seven days at 28 °C and evaluated for texture and pigmentation of the strains. For the micromorphological analysis, conidia count was performed using the ranges of 0-10, 10-50, 50-100 and >150 conidia as reference ranges. 40 Sporothrix spp. strains in the filamentous phase were used for the analysis of the inhibitory activity of the terpenes. The study was conducted using broth microdilution assay, described in M38-A2 document, standardized by CLSI. 16 Sporothrix spp. strains were used for the investigation of the mechanism of action of the terpenes in relation to the cell membrane permeability and readings were performed in a spectrophotometer at a wavelength of λ=260 nm, in order to verify the amount of nucleic acid and at λ=280 nm, in order to verify the amount of protein released into the medium. Sporothrix spp. strains showed 100% viability for growth on potato agar in all stock conditions tested, while in relation to the conidia count the stock methods that showed better results were saline at 4 °C, glycerol plus lactose and glycerol plus sucrose kept at -20 °C. The terpenes farnesol and terpinen-4-ol inhibited all Sporothrix spp. isolates tested with MIC values ranging from 0.015 to 1.0 mM for farnesol (geometric mean of 0.09) and 0.57 to 9.27 mM for terpinen-4-ol (geometric mean of 2.35). CFM values ranged between 0.125 to 4.0 mM and 1.15 to 37.1 mM for farnesol and terpinen-4-ol, respectively. Farnesol was the most active compound for all Sporothrix strains. There was no significant loss of intracellular material after treatment of fungal cells with concentrations of MIC and MIC/2 of terpenes tested when compared to the corresponding untreated samples. Therefore, it was observed that the terpenes showed no ability to lyse the Sporothrix cells, suggesting that its main mechanism of action is not associated with irreversible damage to the cell membrane structure. Thus, further studies are needed to better understand the mechanisms involved in the antifungal activity of the terpenes evaluated. / A esporotricose é uma micose subcutânea que acomete humanos e animais, causada pelos fungos dimórficos do gênero Sporothrix. A estocagem de tais micro-organismos em coleções de culturas se faz necessária para o monitoramento das cepas de Sporothrix spp. ao longo dos anos. Apesar da existência de terapias antifúngicas eficazes contra esta doença, a busca por novas drogas para o tratamento se faz necessária. Compostos como farnesol e terpinen-4-ol foram testados frente a leveduras e fungos filamentosos e têm demonstrado um amplo espectro antifúngico. Desta maneira, o presente trabalho teve por objetivo buscar novas estratégias de preservação do patrimônio biológico e genético de espécies do gênero Sporothrix, avaliar a atividade inibitória in vitro de farnesol e terpinen-4-ol frente a cepas de Sporothrix spp., bem como avaliar os mecanismos de ação desses compostos. Em relação à estocagem foram utilizadas 20 cepas de Sporothrix spp. nas seguintes condições: em solução salina (NaCl a 0,9%) à 4 °C, glicerol 10% acrescido de lactose 10% e glicerol 10% acrescido de sacarose 10% mantidas nas temperaturas de -20 °C e -80 °C, estocadas nos intervalos de tempo de 3, 6 e 9 meses. A viabilidade das cepas foi avaliada através dos aspectos macro e micromorfológicos. Para tanto, as amostras foram repicadas em ágar batata e, após sete dias de incubação a 28 °C foram avaliados quanto à textura e pigmentação das cepas. Para a análise micromorfológica foi feita a contagem de conídios, tendo como referência os seguintes intervalos de 0-10, 10-50, 50-100 e >150 conídios. Para a análise da atividade inibitória dos compostos foram utilizadas 40 cepas de Sporothrix spp. na fase filamentosa. O estudo foi desenvolvido utilizando ensaio de microdiluição em caldo, descrito no documento M38-A2, padronizado pelo CLSI. Para a investigação do mecanismo de ação das drogas em relação à permeabilidade da membrana celular, foram utilizadas 16 cepas de Sporothrix spp. e realizadas leituras em espectrofotômetro nos comprimentos de onda de λ = 260 nm, com intuito de verificar a quantidade de ácido nucleico e λ = 280 nm, com intuito de verificar a quantidade de proteína liberada no meio. As cepas de Sporothrix spp. apresentaram viabilidade de 100% para o crescimento em ágar batata em todas as condições de estoque testadas, enquanto que em relação à contagem de conídios os métodos de estoque que apresentaram melhor resultado foram a solução salina a 4°C, glicerol acrescido de lactose e glicerol acrescido de sacarose mantidos a -20°C. Os derivados terpênicos farnesol e terpinen-4-ol inibiram todos os isolados de Sporothrix spp. testados com valores de CIM variando de 0,015 a 1,0 μM para o farnesol (média geométrica de 0,09) e de 0,57 a 9,27 mM para terpinen-4-ol (média geométrica de 2,35). Os valores CFM variaram entre de 0,125 a 4,0 μM e de 1,15 a 37,1 mM para farnesol e terpinen-4-ol, respectivamente. Farnesol foi o composto mais ativo para as todas as cepas de Sporothrix. Não houve perda significativa de material intracelular após tratamento das células fúngicas com concentrações de CIM e CIM/2 dos terpenos testados quando comparados com as correspondentes amostras não tratadas. Dessa forma, foi possível observar que os terpenos não apresentaram capacidade de lise frente às células de Sporothrix, o que sugere que seu principal mecanismo de ação não está relacionado com danos irreversíveis na estrutura da membrana celular. Assim, novos estudos são necessários para melhor compreensão dos mecanismos envolvidos na atividade antifúngica dos terpenos avaliados.

FECHINE, Maria Auxiliadora Bezerra. Histoplasmose em indivíduos HIV positivos no estado do Ceará : estudo clínico epidemiológico e teste de sensibilidade antimicrobiana de cepas de Histoplasma capsulatum var. Capsulatum. 2011. 145 f. Tese (Doutorado em Ciências Médicas) – Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2011. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2015-05-18T16:39:36Z No. of bitstreams: 1 2011_tese_mabfechine.pdf: 2306536 bytes, checksum: 9a4341ab0036a97ed174ec65665bcd65 (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2015-05-18T16:40:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_tese_mabfechine.pdf: 2306536 bytes, checksum: 9a4341ab0036a97ed174ec65665bcd65 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-18T16:40:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_tese_mabfechine.pdf: 2306536 bytes, checksum: 9a4341ab0036a97ed174ec65665bcd65 (MD5) Previous issue date: 2011 / Histoplasmosis, caused by the fungus Histoplasma capsulatum, is the most prevalent of the systemic mycoses and a marker disease for acquired immune deficiency syndrome (AIDS). A descriptive analysis was carried out of 254 cases of patients suffering from histoplasmosis and AIDS between 2006 and 2010 in the state of Ceará, northeastern Brazil, noting the epidemiological, clinical, laboratory and therapeutic aspects. Additionally, the in vitro sensitivity profile of strains of H. capsulatum in the filamentous and yeast phases was tested by the microdilution method against the antifungals amphotericin B, fluconazole, itraconazole, voriconazole and caspofungin and the combined antimicrobial sulfametoxazol-trimetoprim, according to protocol M-27A2 from the CLSI. The results were compared with those of strains obtained from southeastern Brazil. In 39.37% of the cases, histoplasmosis was the first event indicating AIDS and in 80.4% of the patients the CD4 cell count was under 100 cells/ml. The levels of lactate dehydrogenase were high in all the patients evaluated, with impaired hepatic and renal function evolving to death being observed in 41.7% of the cases. The in vitro sensitivity profile demonstrated there was no antifungal resistance in the strains analyzed and all the strains were sensitive to sulfametoxazol-trimetoprim. The MFC levels of caspofungin, itraconazole, voriconazole and sulfametoxazol-trimetoprim were higher for the strains from the Northeast than those from the Southeast. In recent years there has been a significant increase in the number of histoplasmosis cases in HIV-positive individuals in the state of Ceará, but the results showed no resistance among the strains of H. capsulatum tested. These showed sensitivity of sulfametoxazol-trimetoprim, but there was a difference in sensitivity between the strains from the northeastern and southeastern regions of Brazil / A histoplasmose, causada pelo fungo Histoplasma capsulatum, é a mais prevalente das micoses sistêmicas e doença marcadora da síndrome de imunodeficiência adquirida (AIDS). Foi realizada análise descritiva de 254 casos de histoplasmose em pacientes com AIDS, no período de 2006 a 2010, no Estado do Ceará, Nordeste do Brasil, descrevendo os aspectos epidemiológicos, clínicos, laboratoriais e terapêuticos. Adicionalmente, buscou-se determinar o perfil de sensibilidade in vitro de cepas de H.capsulatum. O teste de sensibilidade in vitro foi realizado, pelo método da microdiluição, segundo protocolo M-27A2 do CLSI, em cepas de H. capsulatum nas fases filamentosa e leveduriforme, frente os antifúngicos anfotericina B, fluconazol, itraconazol, voriconazol e caspofungina, e o antimicrobiano sulfametoxazol-trimetoprim, comparando-se cepas obtidas dos casos do período analisado e cepas clínicas oriundas de pacientes do Sudeste do Brasil. Em 39,37% dos casos, a histoplasmose foi o primeiro evento definidor de SIDA e em 80,4% dos pacientes a contagem de células CD4 era menor do que 100 cells/ml. Os níveis de lactato desidrogenase estavam elevados em todos os pacientes avaliados, observando-se comprometimento da função hepática e renal, com evolução para óbito em 41,7% dos casos. O perfil de sensibilidade in vitro demonstrou que não há fenômeno de resistência antifúngica entre as cepas avaliadas, e todas as cepas foram sensíveis ao sulfametoxazol-trimetoprim. A CFM das drogas caspofungina, itraconazol, voriconazol e sulfametoxazol-trimetoprim foi mais elevada para as cepas oriundas do Nordeste em relação às cepas do Sudeste do Brasil. Existe aumento significativo no número de casos de histoplasmose em indivíduos HIV positivos no Estado do Ceará, Nordeste do Brasil, em relação a estudos anteriores, mas não há fenômeno de resistência entre as cepas de H. capsulatum, e estas demonstram sensibilidade ao sulfametoxazol-trimetoprim, com diferença no perfil de sensibilidade entre as cepas do Nordeste e Sudeste do Brasil.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Química, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-02-25T11:52:32Z No. of bitstreams: 1 2015_TamyrisBorgesSilva.pdf: 2351913 bytes, checksum: 54835ce8556c6d28b08c24e6c95d6951 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2016-04-29T16:15:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_TamyrisBorgesSilva.pdf: 2351913 bytes, checksum: 54835ce8556c6d28b08c24e6c95d6951 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-29T16:15:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_TamyrisBorgesSilva.pdf: 2351913 bytes, checksum: 54835ce8556c6d28b08c24e6c95d6951 (MD5) / Os combustíveis são substâncias que possuem como característica principal reagir com o oxigênio ou outro comburente resultando na produção de calor, gases e chamas; sendo amplamente utilizados como forma de energia elétrica ou para movimentar carros, caminhões, maquinários industriais, dentre outros. Um grave problema encontrado nos combustíveis, principalmente naqueles obtidos a partir da biomassa é sua degradação. Em relação a esse problema, pode-se destacar fatores determinantes como: a degradação físico-química e a contaminação microbiológica, sendo que estas situações comprometem o rendimento dos motores e, consequentemente, o funcionamento de veículos e máquinas. O trabalho possui o objetivo de identificar os microrganismos encontrados em maior evidência em combustíveis comercializados nos postos do Distrito Federal e, também, propor soluções para tal contaminação através do uso de biocidas. Todas as amostras apresentaram crescimento de microrganismos, com predominância dos gêneros Aspergillus, Bacillus, Candida, Flavobacterium e Micrococcus. Diante do problema de contaminação, principalmente pelas consequências causadas pela mesma, faz-se necessária a produção e utilização de biocidas e outros produtos que diminuam o crescimento microbiológico nos combustíveis sem alterar suas características. Substâncias nitrogenadas, bio-óleos, biodiesel a base de plantas, dentre outras moléculas demonstraram ser boas opções de aditivos para combater o problema de contaminação fúngica e bacteriana, sem alteração das propriedades físico-químicas dos combustíveis. Contudo, a solução mais adequada para essa realidade são os métodos de prevenção, a partir das boas práticas de manipulação, efetiva limpeza de tanques de armazenamento, descontaminação e drenagem constante da água de lastro. ______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The fuels are substances that have main characteristics of reacting with oxygen or another oxidizing agent resulting in the production of heat, gases and flames; being widely used as a form of energy that can be, electricity or to move cars, trucks, industrial machinery, among others. A major problem encountered in fuels, especially those derived from biomass, is the degradation of these fuels. Highlighting factors regarding this issue can be determined as: the physiochemical degradation and microbiological contamination, being that these situations are the ones that end up compromising the efficiency of the motors and thus consequently, the operation of vehicles and machinery. The study aimed to identify the microorganisms most evident in fuels sold at gas stations in the Federal District and propose solutions to such contamination through the use of biocides. All samples showed growth of microorganisms, with predominance of the genus Aspergillus, Bacillus, Candida, Flavobacterium, Micrococcus. Because of all this problem of contamination, especially for the consequences caused by the same, it is necessary the production and use of biocides and other products that reduce microbiological growth in fuel without changing its characteristics. Nitrogenous substances, bio-oils, plant-based biodiesel, among other molecules proved to be good choices additives to combat the problem of fungal and bacterial contamination without altering the physical and chemical properties of fuels. However, still the best solution to this reality remains prevention methods, from the good practices of handling, effective cleaning of storage tanks, decontamination and constant drainage of ballast water.