Orientadora: Maria Benincasa Vidotti / Co-orientadora: Angeles Manresa / Banca: Ana Claudia Barana / Banca: Vanildo Luiz Del Bianchi / Banca: Mariana Carina Frigieri / Banca: Janete Apparecida Desiderio / Resumo: Lipoxigenases são enzimas que catalizam a oxido-redução de ácidos graxos poliinsaturados que contém em sua estrutura um ou mais grupos cis 1,4- pentadieno, produzindo hidroperóxidos através da incorporação de um oxigênio molecular. Durante anos a presença de lipoxigenase foi considerada exclusivamente eucariótica, presente em mamíferos, plantas, pequenos invertebrados marinhos e fungos. A função biológica dessas enzimas tem sido amplamente estudada. Porém, pouco tem sido descrito em organismos procariotos. O presente estudo teve por objetivos clonar e caracterizar bioquimicamente duas lipoxigenases de Shewanella woodyi ATCC 51908, caracterizar os produtos de reação destas enzimas e realizar um estudo filogenético e estrutural, comparando-as com lipoxigenases de eucariotos e procariotos. Parâmetros enzimáticos dessas enzimas foram descritos. A influência do pH e temperatura na atividade catalítica foram estudadas. Também foi determinado a preferência por substrato e o efeito da adição de vários íons divalentes que podem interferir na atividade catalítica. A enzima SWPrecLox de S. woodyi apresentou temperatura e pH ótimos de 31ºC e 8,0, respectivamente. Demonstrou afinidade por ácido linoleico, com uma Km de 0,47 mM e Vmax de 2,78 mmols min-1 mg-1. A enzima SWAracLOX teve ácido araquidônico como substrato preferente, com valores de Km 0,20 mM e Vmax 1,6 mmols min-1 mg-1. Atividade ótima foi alcançada com 27ºC e pH 7,0. A partir das estruturas moleculares das lipoxigenases de Plexaura homomalla e Pseudomonas aeruginosa, foram criados hipotéticos modelos estruturais de SWPrecLOX e SWAracLOX. / Abstract: Lipoxygenases are enzymes that catalyze the oxido-reduction of polyunsaturated fatty acids in their structure that contains one or more groups cis 1,4- pentadiene, producing hydroperoxides from the incorporation of molecular oxygen. For years, the presence of lipoxygenases was considered a eukaryotic feature, present in mammals, plants, small marine invertebrates and fungi. The present study aimed to clone and characterize biochemically two lipoxygenases from Shewanella woodyi ATCC 51908, characterize the reaction products of these enzymes and conduct a phylogenetic and structural analysis, comparing them with eukaryotes and prokaryotes lipoxygenases. The biological function of these lipoxygenases has been widely studied. However, only few have been described in prokaryotes. Enzymatic parameters of these enzymes have been described. The influence of the pH and the temperature on the catalytic activity has been studied. Also has been studied the substrate preference and the effect of the addition of several divalent cations that can enhance or eliminate the catalytic activity. The enzyme SWPrecLox of S. woodyi showed temperature and pH optimum were 31 ºC and 8,0, respectively. Demonstrated substrate affinity for linoleic acid, with Km 0,47 mM and Vmax 2,78 mmols min-1 mg-1. The enzyme SWAracLox has arachidonic acid as preferred substrate, with Km 0,20 mM and Vmax 1,6 mmols min-1 mg-1. Optimum activity was reached at 27 ºC and pH 7,0. From the molecular structures of lipoxygenase Plexaura homomalla and Pseudomonas aeruginosa, were created a hypothetical structural model of the SWPrecLox and SWAracLox. / Doutor

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Departamento de Nutrição, Programa de Pós-Graduação em Nutrição Humana, 2014. / Submitted by Larissa Stefane Vieira Rodrigues (larissarodrigues@bce.unb.br) on 2014-10-20T19:41:58Z No. of bitstreams: 1 2014_AlessandraCedroDaSilvaSantos.pdf: 1145683 bytes, checksum: fbe7f6c1623418faf46c53b85953ceb7 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2014-10-22T15:47:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_AlessandraCedroDaSilvaSantos.pdf: 1145683 bytes, checksum: fbe7f6c1623418faf46c53b85953ceb7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-22T15:47:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_AlessandraCedroDaSilvaSantos.pdf: 1145683 bytes, checksum: fbe7f6c1623418faf46c53b85953ceb7 (MD5) / A contaminação microbiológica das dietas enterais e fórmulas infantis pode acarretar uma situação de risco de agravamento do quadro clínico dos pacientes, que já estão debilitados e susceptíveis a patógenos. O objetivo geral da pesquisa foi avaliar aspectos da gestão da qualidade higiênico-sanitária de dietas enterais e fórmulas infantis em ambiente hospitalar, com enfoque na estrutura, no processo e no resultado. Foi feito um estudo observacional, descritivo, prospectivo, com variáveis quantitativas e qualitativas. As amostras foram constituídas por produtos industrializados para Nutrição Enteral e Fórmula Infantil preparadas nos Serviços de Nutrição e Dietética da Secretaria de Estado de Saúde do Distrito Federal. A pesquisa foi realizada durante 12 meses e foram coletadas 227 amostras de dietas enterais e 176 de fórmulas infantis. As análises microbiológicas se basearam na Resolução RDC nº 63, de 06 de julho de 2000 e na Resolução RDC nº 12, de 02 de janeiro de 2001, ambas da Agência Nacional de Vigilância Sanitária (ANVISA). Na avaliação das condições operacionais foi aplicada a Ferramenta 2: Preparação da Nutrição Enteral. Os dados obtidos foram analisados a partir do modelo unificado de Donabedian para avaliação dos serviços de saúde. Os resultados obtidos com a Ferramenta 2 demonstraram que o Bloco Armazenamento atende aos requisitos legais. Por outro lado, o Bloco Vestiário é um fator de risco para a contaminação. Nesta pesquisa, limitou-se o item Processo a aspectos objetivos dos itens de verificação dos Blocos Manipulador, Limpeza, Higienização, Temperatura, Transporte, Tempo de Preparo, Controle de Qualidade e Garantia da Qualidade. Das 403 amostras, 56% corresponderam a amostras de Nutrição Enteral e 44% a amostras de Fórmulas Infantis. Os dados obtidos indicam que das 227 amostras de Nutrição Enteral, 6,2% apresentavam-se em desacordo com a legislação, enquanto que das 176 amostras de Fórmulas Infantis, 4,6% também estavam em desacordo com a legislação. A não aplicação efetiva dos pré-requisitos higiênico-sanitários durante o preparo resulta em um produto microbiologicamente inseguro para pacientes em estado de saúde debilitado, e a contagem de micro-organismos mesófilos totais pode ser um bom indicador da segurança microbiológica. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Microbial contamination of enteral feeding and infant formulas can result in a risk of worsening of the clinical condition of the patients, who are already weakened and susceptible to pathogens. The overall objective of the research was to evaluate aspects of the management of quality hygienic - sanitary of enteral feeding and infant formulas in hospitals, focusing on the structure, process and outcome. An observational, descriptive, prospective, with quantitative and qualitative variables study was done. The samples consisted of industrialized products for Enteral Nutrition and Infant Formula prepared in Nutrition and Dietetic Services of Health Secretary / Federal District. The survey was conducted for 12 months and 227 samples of enteral feeding and 176 of infant formula were collected. Microbiological analyzes were based on the Board Resolution No. 63, 06 July 2000 and on the Board Resolution No. 12, 02 January 2001, both from National Agency of Sanitary Surveillance (ANVISA). In evaluating the operating conditions, the Tool 2 was applied to: Enteral Nutrition Preparation. Data were analyzed from the unified Donabedian model for evaluation of health services. The results obtained with the Tool 2 demonstrated that the Storage Block complies with legal requirements. Moreover, Dressing Block is a risk factor for the contamination. In this research, the item Process was limited to objective aspects of verification items of Handler, Cleanliness, Hygiene, Temperature, Transport, Preparation Time, Quality Control and Quality Assurance Blocks. From the 403 samples, 56% corresponded to samples of Enteral Nutrition and 44% to samples of Infant Formulas. The data indicate that from 227 samples of Enteral Nutrition, 6.2% were in disagreement with the legislation, while from 176 samples of Infant Formulas, 4.6% were also in disagreement with the legislation. The ineffective implementation of the sanitary and hygienic requirements during the preparation results in a microbiologically unsafe product to patients in debilitated health state, and the count of mesophilic microorganisms can be a good indicator of microbiological safety.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Programa de Pós-Graduação em Ecologia, 2013. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2014-01-03T09:36:04Z No. of bitstreams: 1 2013_EloisaAparecidaBellezaFerreira_Parcial.pdf: 1273771 bytes, checksum: 682569786a092a3c60d13e5b49ba4da7 (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2014-01-03T13:30:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_EloisaAparecidaBellezaFerreira_Parcial.pdf: 1273771 bytes, checksum: 682569786a092a3c60d13e5b49ba4da7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-01-03T13:30:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_EloisaAparecidaBellezaFerreira_Parcial.pdf: 1273771 bytes, checksum: 682569786a092a3c60d13e5b49ba4da7 (MD5) / As alterações nos estoques de carbono (C) em diferentes compartimentos da matéria orgânica (MO) do solo em decorrência da substituição de vegetação nativa de cerrado sentido restrito (cerrado ss) por agroecossistemas foram avaliadas em três experimentos de longa duração após 31 anos de manejo. Os experimentos foram instalados em Latossolo Vermelho argiloso distrófico com teores de argila entre 47 e 62%, localizados na Embrapa Cerrados, Planaltina, DF. A fração >53 μm da MO foi considerada MO particulada: MOP. A MO <53 μm foi considerada fração silte-argila. Sob vegetação nativa de cerrado ss com 50% de argila foi estimado um estoque de C entre 164,5 e 166,5 Mg ha-1 no intervalo de 0-100 cm de profundidade do solo. Após 31 anos de manejo as alterações no armazenamento de C no solo devido à substituição da vegetação nativa de cerrado ss por cultivo anual/pastagem foram restritas aos primeiros 60 cm de profundidade. Metodologias para determinação da concentração de carbono orgânico no solo foram também comparadas. Em geral, menos carbono foi recuperado por metodologias analíticas de oxidação via úmida em relação à combustão a seco. As metodologias de determinação e correção dos estoques de C para consideração das alterações de densidade aparente do solo influenciam as comparações de diferentes formas de manejo. A desconsideração das diferenças resultantes de variações analíticas pode induzir a erros nas estimativas de emissão ou remoção de C do solo, sobretudo na comparação entre plantio direto e cerrado ss. Apenas o método de combustão a seco com correção pela massa de solo foi capaz de evidenciar diferenças entre os estoques de C do solo da pastagem e do cerrado ss. Até a profundidade de 100 cm, a substituição do cerrado ss por plantio direto em rotação soja-milho provocou a redução de pelo menos 11% dos estoques de C do solo em relação à vegetação nativa. No entanto, a adoção do plantio direto como alternativa ao manejo convencional com arado de aivecas mitigou até 12% das emissões de CO2. A avaliação da composição isotópica (δ13C) da MO foi realizada no intervalo de 0-40 cm de profundidade, após 15 anos de substituição de cerrado ss (uma mistura de plantas do ciclo fotossintético C3 e C4) por pastagem com gramíneas C4. As alterações no δ13C da MOP entre as amostras coletadas no cerrado ss em 1996 e 2010, após 16 anos de proteção contra fogo, sugerem enriquecimento de C derivado de plantas C3 na vegetação nativa. A porcentagem de substituição do C da matéria orgânica do cerrado ss pelo C derivado da Brachiaria brizantha foi mais acentuada na MOP (35,6%) do que no carbono total do solo (18%), i.e. praticamente o dobro. Houve também um decréscimo da razão C:N com o declínio do tamanho das partículas em todos os sistemas de manejo, indicando menor grau de humificação nas partículas >53 μm. Esses resultados sugerem que a MOP compreende um reservatório de C com tempo de residência menor que a MO total do solo e que, portanto, constitui um compartimento mais frágil de C no solo e também um bom indicador das mudanças causadas pelos diferentes tipos de manejo. De modo geral, as substâncias húmicas desse solo de cerrado ss são constituídas de C de polimetileno, carboidratos da celulose e peptídeos. O C aromático (que representa menos de 14%) pode ser associado à lignina modificada ou material carbonizado indistinto. Portanto, o material recalcitrante pode ser atribuído principalmente a compostos alifáticos, em especial cadeias polimetilênicas o que pode ser derivado da cutina ou suberina. Essa composição pode reforçar a hidrofobicidade da MO diminuindo o potencial de decomposição por microorganismos. Em relação à distribuição nos compartimentos de C no solo, observa-se que entre 13 e 18% do C está armazenado na MOP, e entre 1,2 e 1,7% no C presente na biomassa microbiana. Portanto, mais de 80% do C da MO foi encontrado na fração silte-argila (ou no carbono residual) que, a princípio, pode ser atribuído ao carbono associado a minerais. Isso sugere que na fração silte-argila (<53 μm) a alta energia de adsorção aos minerais da matriz do solo pode favorecer a estabilização em longo prazo. No entanto, após 31 anos de manejo, o aumento relativo de armazenamento da MO na fração organo-mineral e a aceleração da mineralização da MO da fração >53 μm proporcionaram a redução entre 30 e 50% no C da biomassa microbiana em sistemas de manejo convencionais e menos de 10% em plantio direto. Além disso, embora as frações organo-minerais tenham se mostrado mais resistentes à decomposição, os resultados apontam para reduções de C também nesse compartimento da MO. Isso destaca a importância de considerar alterações da ecologia microbiana nesses solos devido ao manejo. No que diz respeito ao nitrogênio (N), nesses 31 anos o balanço positivo de até 2,8 Mg N ha-1 no sistema solo-planta pode ser atribuído ao sinergismo entre um sistema simbiótico altamente eficiente na cultura da soja e a adição de C via biomassa residual de milho. No entanto, considera-se importante monitorar em longo prazo as consequências biogeoquímicas intrínsecas das formas de N disponíveis no solo e da dinâmica microbiana em resposta a esse acúmulo de N. Após 31 anos de cultivo, o acúmulo de C do sistema solo-planta em agroecossistemas não se confirmou nesse estudo, nem mesmo no plantio direto em relação ao sistema nativo. Foram estimadas saídas em torno de 48,5 (±1,2) Mg C ha-1 na forma de colheita de grãos e perdas médias de 68,1 (±8,4) Mg C ha-1. Esses cálculos de perdas de C compreendem 40,6 Mg C ha-1 derivados do desmatamento do cerrado ss (por remoção de galhos, troncos raízes grossas para combustível de biomassa e posterior decomposição de raízes finas e serapilheira de folhas e outros materiais finos em 31 anos de cultivo) e 18,6 a 38,5 Mg C ha-1 de perdas de C do solo ao longo desse período de estudo. Com relação à simulação dos estoques de C no solo pelo modelo Century Ecosystem - submodelo savanna (Century) houve convergência entre os valores simulados e medidos no cerrado ss, com erros menores que 4%. Quanto ao compartimento vegetal, as simulações de equilíbrio sob vegetação nativa de cerrado ss representaram satisfatoriamente a produtividade primária líquida (NPP) a produção e partição de biomassa aérea e radicular observados nesse ecossistema nativo. O modelo também se mostrou apto a retratar os efeitos de diferentes regimes de queimadas sobre a produção, produtividade e estoque de C no solo do cerrado ss. Esses resultados apontam para uma replicação adequada da realidade no equilíbrio dinâmico do ecossistema nativo. O modelo Century parametrizado para conversão do cerrado a cultivo também foi eficiente em simular tanto uma rápida queda nas taxas de perda de carbono com o revolvimento do solo como as taxas decrescentes de acúmulo de C após a instalação da pastagem na cronosequência cerrado-cultivo-pastagem (1995-2011). Nesse contexto, em termos de simulações futuras (1991-2030) realizadas pelo modelo Century, o estoque mínimo de C no intervalo de 0-20 cm de profundidade nas pastagens pouco produtivas ocorreu em torno de 2000/01. Após a simulação de uma sucessão de alterações tecnológicas que incluíram a adoção de espécies forrageiras mais produtivas e de Integração lavoura pecuária (ILP), as estabilizações dos estoques em valores máximos ocorreram em torno de 2020. Nestes cenários estimou-se que, em 20 anos, para cada milhão de hectares o potencial de acúmulo de C foi de 2,17 a 3,69 e 3,1 a 5,3 Gg C nos sistemas Pastagem e ILP, respectivamente. Nestes mesmos cenários, o ponto de partida definiu quanto vai ser acumulado de C no solo em função das alterações no manejo. Tanto na pastagem como no ILP, os sistemas de produção que partiram de cerrado queimado a cada 2,5 anos, acumularam, em termos relativos, 70% mais carbono do que aqueles estabelecidos em área de cerrado com regime de queimadas a cada cinco anos. Esse estudo contribuiu para destacar a importância de experimentos de longa duração nos estudos de balanço de carbono no solo e identificou algumas fragilidades nas estimativas da contabilidade de carbono em função da escolha das metodologias e dos sistemas de referência (linha de base). Sendo assim, ainda que tenham sido apontados com maior precisão a direção, o sentido e as taxas das alterações nos estoques de C em função do manejo, no que se refere à magnitude dos valores, ainda se faz necessário investir no aprimoramento de métodos e modelos, bem como na padronização de protocolos para a contabilização de variações de carbono no solo em termos regionais. ________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Changes in carbon stocks (C) in different compartments of soil organic matter (OM) were assessed 31 years after the replacement of native savanna vegetation of cerrado sensu stricto (cerrado ss) by agroecosystems. For this purpose, three long-term experiments were conducted on a Clayey Oxisol (Typic Haplustox) (clay content - 47 - 62%), of EMBRAPA Cerrados, Planaltina, Distrito Federal, Brazil. The OM > 53 μm was considered particulate OM (POM). The OM <53 μm was considered silt-clay fraction. Under native cerrado ss vegetation with 50% clay, a C stock between 164.5 and 166.5 Mg C ha-1 was estimated in the 0-100 cm depth range. After 31 years of cultivation, the changes in soil C pools caused by the replacement of native vegetation of cerrado ss by annual crops/pasture were restricted to a depth of 60 cm. Methodologies for determining the concentration of soil organic C concentration were also compared. In general, less carbon was recovered by analytical methodologies of wet oxidation than by dry combustion. The methodologies of determination and correction of the C stocks based on density influence the comparisons of the different management forms. Disregarding these differences can lead to errors in estimates of CO2 emissions or soil C sink, especially when comparing no-tillage and cerrado ss. Only the dry combustion method with correction for soil mass distinguished the differences between soil C stocks of pasture and cerrado ss. To a depth of 100 cm, the replacement of the cerrado ss by soybean-corn rotation in no-tillage caused a reduction of at least 11% in soil C stocks against native vegetation. However, the adoption of no-tillage instead of conventional tillage with moldboard plow reduced the CO2 emissions by up to 12%. The estimates of isotopic composition (δ13C- OM) were held at the depth range of 0-40 cm after 15 years of cerrado ss (C4 and C3 plants) substitution by pasture grasses. Changes in the δ13C of POM between samples collected in the cerrado ss in 1996 and 2010, after 16 years of fire protection, suggest enrichment of C derived from C3 plants in the native vegetation. The percentage of C substitution of the cerrado ss by C derived from Brachiaria Brizantha was more pronounced in the POM than in the total soil carbon, i.e., almost twice as high (TOC = 18%; POM = 35.6%). There was also a narrowing of the C: N ratio with the decline of particle size in all management systems, indicating a lower humification degree in POM. These results suggest that the POM comprises a C pool with shorter residence time than the total OM, thus representing a more fragile soil C compartment as well as a good indicator of the changes caused by the different management systems. In general, humic substances of this soil of cerrado ss can be attributed to polymethylene, cellulose carbohydrates and peptides C. Aromatic C may be associated with modified lignin or indistinct carbonized material. Therefore, the recalcitrant material may consist mainly of aliphatic compounds, especially polymethylene chains that can be derived from cutin or sobering. This composition can reinforce the hydrophobicity of OM, decreasing the microbial decomposition potential. Regarding the distribution in the soil C compartments, between 13 and 18% of the C fraction was stored in the POM (>53 μm) and between 1.2 and 1.7% in the C microbial biomass. Therefore, more than 80% of the C in the OM was found in the clay-silt fraction (or residual C), which can basically be attributed to the mineral- associated C. This allows the conclusion that the high adsorption energy to the minerals of the soil matrix may favor long term stabilization in the MO on silt-clay fraction. However, after 31 years of management, the relative increase in OM pools in the organo-mineral fraction and the acceleration of mineralization in the OM fraction> 53 μm reduced the microbial biomass in conventional tillage systems between 30 and 50% and by less than 10% under no-tillage. Furthermore, although the organo-mineral fractions have been shown to be more recalcitrant, our results indicate reductions in C in this OM compartment as well. This highlights the importance of research addressing management-induced changes in the microbial ecology of these soils. With regard to nitrogen (N), the positive balance of up to 2.8 Mg N ha-1 in the soil-plant system in these 31 years can be attributed to the synergism between a highly efficient symbiotic system in soybean and the addition of C by the maize residual biomass. However, the intrinsic biogeochemical consequences of the N forms available in the soil and the microbial dynamics in response to this N accumulation should be monitored in the long term. After 31 years of cultivation, the C accumulation in the soil-plant system in agroecosystems was not confirmed in this study, not even under no-tillage, compared to cerrado ss. Carbon exports were estimated at around 48.5 (± 1.2) Mg C ha-1, removed at grain harvest, and average losses of 68.1 (± 8.4) Mg C ha-1. Theses C losses comprises exports by deforestation of the cerrado ss (40.6 Mg C ha-1 by removing wood and coarse roots to biomass fuel and subsequente decomposition of fine roots and leaf litter after 31 years of cropping), and soil C losses in the study period (18.6 - 38.5 Mg C ha-1 ha). With regard to the simulation of soil C stocks by the Century Ecosystem model - sub model savanna (Century), the simulated and measured values of the cerrado ss were consistent, with errors below 4%. In terms of the plant compartment, the equilibrium simulations of native cerrado ss vegetation satisfactorily represented the net primary productivity (NPP), production and the partitioning of the shoot and root biomass observed in the native ecosystem. The model also reflected the effects of different fire regimes on C production, productivity and C storage in the soil of the cerrado ss adequately. These results indicate a truthful representation of the reality in the dynamic equilibrium of the native ecosystem. The Century model parameterized for cerrado ss conversion to cultivation was also efficient in simulating both a rapid decrease in the C loss rate caused by soil disturbance as well as the decreasing rates of C accumulation after setting-up pasture in the chronosequence cerrado-cultivation- pasture (1995-2011). In this context, in terms of future simulations (1991-2030) by the Century model, the lowest C stock in the 0-20 cm layer in low production pastures occurred around 2000/01. After the simulation of a series of technological changes that include the introduction of more productive forage species and the adoption of integrated crop-livestock (ICL) systems, the stabilization of C stocks in maximum values occurred around 2020. In these scenarios, it was estimated that in 20 years, for every million hectares, the potential of C accumulation was 2.17 to 3.69, and 3.1 to 5.3 Gg C in pasture and ICL systems, respectively. In these same scenarios, the starting point (baseline) defined how much C will be accumulated in the soil due to management changes. In the pasture as well as in ILP, the production systems planted after wild fire every 2.5 years in cerrado ss accumulated in relative terms, 70% more carbon than those established on cerrado ss under wildfire every 5 years. This research highlighted the significance of long-term experiments in matters of soil C balance and identified some fragilities in the estimates of C accounting, particularly due to the methods and reference systems (baseline) choices. Thus, although the direction and rates of changes in the C stocks caused by management were identified with greater accuracy, in terms of magnitude of values, the improvement of the methods and models still needs investment, as well as the standardization of protocols for soil C accounting on regional scales.

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2015-05-25T14:31:42Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação Marcela Sarmento Valencia.pdf: 755577 bytes, checksum: 88b72629fdced558555fabe51a225d5e (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-25T14:31:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação Marcela Sarmento Valencia.pdf: 755577 bytes, checksum: 88b72629fdced558555fabe51a225d5e (MD5) Previous issue date: 2015-02-26 / CAPES / Sobremesas lácteas de chocolate despertam a atenção do consumidor, sendo novas opções para adição de probióticos e prebióticos. O objetivo deste trabalho foi desenvolver sobremesa láctea cremosa, adicionada de Lactobacillus paracasei subsp. paracasei LBC 81 e fruto-oligossacarídeo (FOS). As sobremesas controle, probiótica, e simbiótica foram caracterizadas quanto ao pH, acidez, índice de sinerese, composição centesimal e análises microbiológicas de Bacillus cereus, coliformes termololerantes (45°), estafilococos coagulase positivo, Salmonella spp, bolores e leveduras. Durante 28 dias, foram avaliadas a aceitabilidade, intenção de compra, viabilidade e tolerância do L. paracasei ao pH ácido. As sobremesas apresentaram bons atributos sensoriais e qualidade higiênico sanitária, não apresentaram sinerese e foram consideradas fonte de fibras alimentares. Durante o armazenamento das sobremesas probiótica e simbiótica houve redução de pH e aumento da acidez, sem interferir na viabilidade do L. paracasei. A simulação in vitro das condições gástricas demonstrou tolerância do L. paracasei ao pH 2,5 e 3,5 mantendo-se viável ao longo do armazenamento e em quantidades superiores a 6 log UFC/g, satisfazendo, assim, o critério para ser considerado alimento probiótico.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:03:33Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3021_1.pdf: 370665 bytes, checksum: 767d05bee0118fd9958462aa98eef252 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A produtividade em viveiros de cultivo de camarão depende da qualidade dos sedimentos, importante para a manutenção dos ciclos biogeoquímicos e entre os métodos de manejo se destaca a adição de probióticos nos sistemas de produção. Objetivou-se avaliar o efeito do uso de probióticos na atividade microbiana em sedimentos de viveiros de camarão e a influência desse composto no desempenho dos cultivos. As coletas foram realizadas em Rio Formoso-PE, de setembro de 2007 a outubro de 2008, em três viveiros: V2 (sem probiótico), V3 e V4 (com probiótico), nos períodos de despesca do cultivo anterior (tempo zero-T0); após a secagem e tratamento dos viveiros (tempo inicial-TI) e despesca ao final do cultivo (tempo final-TF). Foram analisados C- biomassa, respiração, quociente metabólico (qCO2) e atividade enzimática. Houve grande variação nas respostas entre os viveiros, nos diversos períodos. No viveiro V3 foram verificadas maiores emissões de CO2 (TI, T0, TF), qCO2 (TF), e atividade enzimática geral - FDA (TI e TF). O C-biomassa foi maior nos viveiros V3 e V2 nos períodos de despesca (T0 e TF). Maior atividade da desidrogenase ocorreu nos períodos após despesca no V2 (T0 e TF), no tempo final em V3 e no tempo zero em V4, enquanto a atividade da fosfatase alcalina foi maior no tempo inicial (TI) nos viveiros com probiótico. Em geral, o uso de probióticos nos viveiros melhorou o equilíbrio microbiano, estabilizando a degradação da matéria orgânica. A atividade das enzimas - FDA e a biomassa microbiana apresentaram comportamentos semelhantes, quando os viveiros foram tratados com probióticos, aumentaram a sobrevivência dos camarões reduzindo a produtividade. O viveiro sem probiótico (V2) apresentou o melhor rendimento produtivo sendo considerado o melhor tratamento. Porém, os mecanismos envolvidos na relação probiótico/atividade microbiana ainda não estão devidamente esclarecidos, sendo recomendada a continuidade dos estudos para determinar a influência da microbiota no desempenho do cultivo

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-11-21T14:34:01Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-11-21T14:34:15Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-21T14:34:15Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) Previous issue date: 2017-09-15 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Oil has a non-renewable fossil origin, and still represents the largest source of energy today. Hydrocarbons constituting the complex petroleum blend, such as HPA's, pose a threat to human populations, animals and the environment as they are extremely toxic, mutagenic and carcinogenic xenobiotics. The process of removing oil and by-products from polluted environments requires speed, efficiency, low toxicity and low costs. In this sense, different approaches have been used with the purpose of recovering areas impacted with oil. The use of degrading microorganisms in the recovery of impacted environments has been shown to be an effective method, by aggregating ideal conditions. This work aimed to isolate, select and characterize, petroleum degrading microorganisms, natives from aquatic environments located near the Urucu Petroleum Base, Coari, Amazonas-Brazil. For isolation of the microorganisms, water samples were enriched in BH broth with petroleum, and then plated on BH agar plus 1% petroleum as the sole carbon source. The microbial isolates were submitted to the qualitative and quantitative biodegradation test with redox indicator 2,6 dichlorophenol indophenol - DCPIP. The characterization of the strains with degradation potential was performed by sequencing the 16S and 18S gene regions for bacteria and yeast, respectively. The rate of biodegradation was obtained by gas chromatography coupled to GC/MS mass spectrometry. The antimicrobial susceptibility test was performed. Three lines with potential to degrade oil were selected by means of the qualitative test with DCPIP, which discolored the medium plus oil in the maximum time of 16 hours. Two bacterial strains were identified as belonging to the species Serratia marcescens and Bacillus toyonensis, and a yeast strain as Candida mesorugosa. In the quantitative assay with DCPIP, the bacterial species S. marcescens AMS212 reduced the DCPIP concentration to 13.08 mg.L-1 in 48 hours and the B. toyonensis AM07 species was able to reduce the concentration of DCPIP to 7.23 mg.L-1 in 72 hours. In the susceptibility test, S. marcescens presented multiple resistance to four different antibiotics. The species C. mesorugosa AM15 degraded 79.4% of HPA's. The results obtained in the present study demonstrated the ability of the isolates to degrade oil and derivatives, suggesting their use in future projects aiming at the recovery of impacted areas with these xenobiotics. / O petróleo possui origem fóssil não renovável, e representa, ainda, a maior fonte de energia na atualidade. Os hidrocarbonetos constituintes da complexa mistura do petróleo, como os HPA‘s, representam uma ameaça às populações humanas, aos animais e ao meio ambiente por se tratar de xenobióticos extremamente tóxicos, mutagênicos e carcinogênicos. O processo de remoção do petróleo e derivados de ambientes poluídos, requer rapidez, eficiência, baixa toxicidade e custos reduzidos. Nesse sentido, diferentes abordagens têm sido utilizadas com a finalidade de recuperar áreas impactadas com petróleo. O uso de microrganimos degradadores na recuperação de ambientes impactados, tem se mostrado um método eficaz, por agregar condições ideais. Este trabalho teve como objetivo isolar, selecionar e caracterizar, microrganismos degradadores de petróleo, nativos de ambientes aquáticos localizados no entorno da Base Petrolífera de Urucu, Coari, Amazonas-Brasil. Para isolamento dos microrganismos, as amostras de água foram enriquecidas em caldo BH com petróleo, em seguida plaqueadas em ágar BH acrescido de 1% de petróleo como fonte única de carbono. Os isolados microbianos foram submetidos ao teste qualitativo e quantitativo de biodegradação com indicador redox 2,6 diclorofenol indofenol – DCPIP. A caracterização das linhagens com potencial degradador foi realizada por meio do sequenciamento das regiões gênicas 16S e 18S, para bactérias e levedura, respectivamente. A taxa de biodegradação foi obtida por meio da análise de cromatografia gasosa acoplada à espectrometria de massas – CG/MS. Foi realizado o teste de susceptibilidade a antimicrobianos. Foram selecionadas por meio do ensaio qualitativo com DCPIP, três linhagens com potencial para degradar petróleo, as quais descoloriram o meio acrescido de petróleo no tempo máximo de 16 horas. Duas linhagens bacterianas foram identificadas como pertencentes às espécies Serratia marcescens e Bacillus toyonensis, e uma linhagem leveduriforme como sendo da espécie Candida mesorugosa. No teste quantitativo com DCPIP, a espécie bacteriana S. marcescens AMS212 reduziu a concentração do DCPIP a 13.08 mg.L-1 em 48 horas e a espécie B. toyonensis AM07 foi capaz de reduzir a concentração do DCPIP a 7.23 mg.L-1 em 72 horas. No teste de susceptibilidade, S. marcescens apresentou resistência múltipla a quatro antibióticos diferentes. A espécie C. mesorugosa AM15 degradou 79.4% de HPA‘s. Os resultados obtidos no presente estudo demonstraram a capacidade dos isolados em degradar petróleo e derivados, sugerindo sua utilização em projetos futuros visando à recuperação de áreas impactadas com esses xenobióticos.

Culturas monozoospóricas de Phytophthora, num total de dezesseis, originárias do Estado de São Paulo, foram estudadas quanto as suas características morfológicas, culturais, moleculares e sensibilidade ao fungicida metalaxyl. Todos os isolados foram identificados como P. parasitica pelas suas características morfológicas, culturais e fisiológicas. Houve diferenças estatísticas entre os isolados quanto a suas dimensões no comprimento (c), largura (l) e relação c/l dos esporângios em meio cenoura-dextrose, incubados a 25ºC; assim como na capacidade de produção de clamidósporos no mesmo meio. Todos os isolados foram sensíveis ao metalaxul, todos crescendo na concentração de 1 ppm, a maioria na concentração de 10 ppm e alguns isolados a 100 ppm, apesar que no último caso ao redor do disco que continha micélio do patógeno. O qual vem a demonstrar que há genótipos com alguma tolerância ao produto no Estado de São Paulo. Essa tolerância teve uma distribuição independente do local de isolamento e a análise molecular com a técnica de RAPD não foi suficientemente sensível par detectar grupos com similaridade genética com essa característica. A técnica de RAPD conseguiu distinguir os isolados, mas observou-se uma baixa diversidade genética entre eles, apesar de terem sido isolados em diferentes pontos do Estado. Mesmo assim houve diferenças entre isolados provindos da mesma cultura original / not available

Made available in DSpace on 2014-06-12T23:17:13Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo9149_1.pdf: 356414 bytes, checksum: 5f0f160b1631ad6a518f053e22a249ac (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2007 / A biomassa microbiana do solo (BMS) é o principal componente do sistema de decompositores, que regula a ciclagem de nutrientes, o fluxo de energia, a produtividade das plantas e dos ecossistemas. Sendo assim, estudos voltados ao entendimento do funcionamento da microbiota do solo são importantes para a compreensão dos processos de ciclagem de nutrientes. Os métodos utilizados para estimar a BMS baseiam-se na esterilização do solo e posterior quantificação do carbono da biomassa microbiana (Cmic). O método mais utilizado consiste na fumigação do solo com clorofórmio em dessecador, mas outros métodos também são empregados, como a esterilização através da aplicação direta de clorofórmio no solo, por irradiação eletromagnética (microondas), ou através da radiação gama com o uso de uma fonte de 60Co. Muito ainda se discute sobre a adequação dos métodos comumente utilizados para a quantificação do carbono da biomassa microbiana em condições edafoecológicas diversas, seja pela confiabilidade dos resultados, seja pela pouca praticidade e viabilidade de alguns dos métodos. Os objetivos do presente estudo foram: 1) determinar a dose de radiação gama mais adequada para a esterilização de quatro solos do semi-árido com teores crescentes de carbono (5, 10, 15 e 30 g kg-1); e 2) comparar, nestes mesmos solos, os valores de carbono da biomassa microbiana e a eficiência de esterilização após a utilização de quatro métodos (radiação gama, fumigação com clorofórmio em dessecador, aplicação direta com clorofórmio e radiação por microondas). Para determinar a dose de radiação mais adequada foram testadas as doses de 15, 25, 35, 45 e 60 KGy. A quantificação do Cmic foi feita pelo método colorimétrico, após extração com sulfato de potássio. Posteriormente, foi feita a estimativa de microrganismos por método de contagem em placa para confirmar a eficiência das doses e métodos testados. Doses, iguais ou maiores que 25 KGy esterilizaram completamente os solos. O Cmic dos dois solos com teores mais baixos de carbono total não diferiram entre os métodos de esterilização. No solo com 15 g kg-1 de C, o Cmic foi maior após esterilização com radiação gama, enquanto no solo com 30 g kg-1 de C a aplicação direta extraiu mais Cmic. Todas as metodologias apresentadas obtiveram valores crescentes de Cmic com o aumento do carbono do solo. Doses acima de 25 KGy continuaram extraindo carbono de outras frações e, portanto, não são recomendadas pois podem superestimar o Cmic. As metodologias testadas mostraram que os métodos de fumigação com clorofórmio em dessecador e a aplicação direta de clorofórmio não são capazes de esterilizar completamente os solos. Apenas os métodos com utilização de microondas e radiação gama realizaram a esterilização completa das bactérias e fungos dos solos

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / La resistencia antimicrobiana es un fenómeno de gran importancia a nivel mundial, debido a sus consecuencias en la salud tanto humana como animal y también por las consecuencias económicas que genera. Entre las bacterias que presentan multirresistencia se encuentra Salmonella spp., patógeno distribuido mundialmente, generalmente transmitido por los alimentos, pero también por contacto directo o indirecto con su reservorios animales. Dentro de estos, adquieren relevancia los reptiles por ser portadores asintomáticos de la bacteria, constituyendo un reservorio que cada vez adquiere mayor importancia debido a la creciente popularidad que presentan como mascota en las familias actuales. En Chile existen escasos estudios sobre resistencia antimicrobiana en cepas de Salmonella spp. aisladas de reptiles que asocien genes a la resistencia fenotípica, razón por la cual, el objetivo del presente estudio apunta a la detección de genes de resistencia antimicrobiana en cepas de Salmonella spp. aisladas de reptiles en cautiverio, en la Región Metropolitana en Chile. Para ello, se realizó una prueba de susceptibilidad antimicrobiana por el método de Kirby-Bauer y posteriormente, mediante la técnica de PCR, se buscaron 11 genes de resistencia en las cepas en análisis, independiente de su fenotipo. Dentro de los genes a detectar, 3 de ellos están asociados a resistencia a beta-lactámicos (blaTEM, blaOXA y blaPSE-1), 4 a resistencia frente a estreptomicina (aadA1, aadA2, strA y strB), 3 para resistencia a tetraciclinas (tet(A), tet(B), tet(C)) y un gen que confiere resistencia a cloranfenicol (cmlA). Se observó una elevada sensibilidad fenotípica, donde el 23,5% de las cepas fue resistente a estreptomicina. De las 34 cepas analizadas, sólo se detectó el gen blaTEM en un 61,7%. El resto de las cepas resultaron negativas a la detección de los otros genes en análisis. La alta sensibilidad detectada puede deberse a fenómenos de curación plasmidial, mutaciones cromosomales, regulación de la expresión génica, entre otros, como mecanismo de restauración del fitness bacteriano en cepas conservadas en un medio carente de presión selectiva. Se concluye que las cepas analizadas presentan elevada sensibilidad fenotípica frente a beta-lactámicos, tetraciclinas, cloranfenicol y estreptomicina, encontrando sólo cepas portadoras del gen blaTEM. / Antimicrobial resistance is a phenomenon of great importance worldwide because of its impact on both human and animal health and the economic consequences it generates. Among resistant bacteria is Salmonella spp., worldwide distributed pathogen, usually transmitted by food, but also by direct or indirect contact with animal reservoirs. Within these, reptile become relevant because they are asymptomatic carriers of the bacteria, forming a reservoir that increasingly becomes more important due to the growing popularity as pets in today's families. In Chile there are few studies on antimicrobial resistance in strains of Salmonella spp. isolated from reptiles that associated genes to phenotypic resistance, reason why the aim of this study points to the detection of antimicrobial resistance genes in strains of Salmonella spp. isolated from reptiles in captivity, in Región Metropolitana in Chile. For this, an antimicrobial susceptibility test, by Kirby-Bauer method was performed and subsequently, by PCR, 11 resistance genes were searched in strains tested, regardless of their phenotype. Among genes to detect, 3 of them are associated with resistance to beta-lactam (blaTEM, blaOXA and blaPSE-1), 4 to resistance to streptomycin (aadA1, aadA2, strA and strB), 3 for tetracycline resistance (tet(A), tet(B), tet(C)) and a gene conferring chloramphenicol resistance (cmlA). High phenotypic susceptibility was observed, where 23,5% of the strains were streptomycin resistant. Of the 34 strains tested, only blaTEM gene was detected in 61,7%. The remaining strains were negative for detection of the other genes analyzed. High sensitivity detected may be due to a phenomenon of plasmidial healing, chromosomal mutations, gene expression regulation, among others, as a mechanism for restoring the bacterial fitness of strains preserved in a medium lacking of selective pressure. It is concluded that strains tested possess high phenotypic sensitivity to beta-lactams, tetracyclines, chloramphenicol and streptomycin, finding strains carrying only the blaTEM gene.

Orientador : Ivanhoe Rodrigues Baracho / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-19T13:35:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Carvalho_MarcosDavidFigueiredode_D.pdf: 4504200 bytes, checksum: 6c63e3979578763a4a20365d7aba11cd (MD5) Previous issue date: 1994 / Doutorado / Genetica / Doutor em Ciências Biológicas