Orientadora: Lara Durães Sette / Banca: Derlene Attili de Angelis / Banca: Maria Aparecida Marin Morales / Resumo: A alta atividade industrial e a utilização do petróleo como principal recurso energético atual são alguns dos fatores que colaboram com a frequente liberação dos produtos petroquímicos no ambiente. Ambientes marinhos são suscetíveis à contaminação por petróleo devido à sua estreita relação com as indústrias petrolíferas e micro-organismos derivados desses ambientes possuem potencial para atuar na biorremediação sob estas condições. Neste contexto, o objetivo deste trabalho foi analisar a detoxificação e degradação de amostras de petróleo bruto e óleo diesel, a partir da estruturação de dez consórcios microbianos compostos pelos seguintes micro-organismos em combinações variadas: quatro fungos ligninolíticos (basidiomicetos e não basidiomicetos) isolados de invertebrados marinhos, duas bactérias isoladas de reservatório de petróleo (off-shore), duas leveduras lipolíticas marinhas da Antártica e um fungo marinho lipolítico da costa brasileira. A avaliação da detoxificação dos compostos estudados foi realizada por meio da análise de toxicidade aguda em Microtox (Vibrio fischeri) e com o microcrustáceo Artemia sp. O consórcio constituído pelos micro-organismos Aspergillus sclerotiorum CBMAI 849, Cladosporium cladosporioides CBMAI 857, Bacillus sp. CBMAI 707 e Cryptococcus laurentii CRM 707, se destacou com 46% e 60% de sobreviventes de Artemia sp. quando incubado por 21 dias com óleo diesel e petróleo, respectivamente. Estes resultados corroboraram com os dados do microtox, que mostrou uma diminuição da toxicidade quando incubado com diesel, justificando a seleção deste consórcio para prosseguir nas etapas posteriores do trabalho. O planejamento experimental permitiu determinar condições ótimas de temperatura e agitação para o consórcio selecionado, o qual foi posteriormente submetido ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The high industrial activity and the use of petroleum as the current primary energy resource are some of the factors that contribute to the release of petrochemical products in the environment. Marine environments are susceptible to contamination by petroleum due to its close relationship with the oil industry. Micro-organisms derived from these environments have the potential to act in bioremediation under these conditions. Thus, the aim of this study was to analyze the detoxification and degradation of crude oil and diesel samples by ten microbial consortia composed with the following microorganisms in combinations: four ligninolytic fungi (basidiomycetes and not basidiomycetes) isolated from marine invertebrates, two isolated from oil reservoir (off-shore), two marine lipolytic yeast from Antarctic and a marine lypolitic fungus from the Brazilian coast. The evaluation of detoxification was performed by acute toxicity analysis with Microtox (Vibrio fisheri) and the microcrustacean Artemia sp. The consortium composed by Aspergillus sclerotiorum CBMAI 849, Cladosporium cladosporioides CBMAI 857, Bacillus sp. CBMAI 707 e Cryptococcus laurentii CRM 707, showed 46% and 60% of Artemia sp. survivors after incubation for 21 days with diesel oil and petroleum, respectively. These results corroborate the microtox data, which showed a decrease in toxicity when incubated with diesel, justifying the selection of this consortium to the next steps of the study. The experimental design allowed us to determine optimal conditions of temperature and agitation to the selected consortium. Two Plackett-Burman experiments were carried out and the best assays were validated experimentally. Validation tests confirmed the potential of the consortium to detoxifify the pollutants. The experimental design enabled the increasing in diesel concentration and the use of only ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

O processo de domesticação e posterior melhoramento das plantas cultivadas foram essenciais para o sustento do crescimento populacional observado na recente história da humanidade. Porém, no processo de melhoramento das culturas não foi considerado o importante papel que o microbioma rizosférico desempenha nas plantas. Neste contexto, esta pesquisa foi direcionada ao estudo do microbioma rizosférico do feijoeiro, considerando um genótipo selvagem e outro cultivado, a fim de determinar a composição e funcionalidade do microbioma em cada rizosfera. Assim, para testar a hipótese de que materiais ancestrais têm maior capacidade de hospedar micro-organismos benéficos na rizosfera quando comparados a cultivares modernas, os genótipos de feijão cultivado IAC Alvorada e selvagem Wild Mex foram cultivados em Terra Preta da Amazônia (TPA), solo caracterizado por abrigar uma grande diversidade microbiana. O DNA total do solo rizosférico de cada genótipo de feijão e do bulk soil foi extraído para realizar o sequenciamento metagenômico usando a plataforma Illumina MiSeq. O solo rizosférico também foi usado para isolar e selecionar bactérias antagonistas a fungos radiculares patógenos do feijoeiro, Rhizoctonia solani e Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli. A abordagem dependente de cultivo permitiu recuperar 11 bactérias que apresentaram atividade antagônica in vitro contra os patógenos avaliados, os isolados bacterianos foram identificados como pertencentes aos gêneros Streptomyces, Kitasatospora, Alcaligenes, Achromobacter, Pseudomonas, Stenotrophomonas, Brevibacillus e Paenibacillus. A abordagem independente de cultivo revelou que a composição da comunidade microbiana na rizosfera do feijão selvagem Wild Mex foi caracterizada pela maior abundância relativa dos filos bacterianos Acidobacteria, Verrucomicrobia, Gemmatimonadetes, e do filo fúngico Glomeromycota quando comparada com a composição da rizosfera do genótipo cultivado IAC Alvorada, a qual foi constituída em maior proporção pelos filos bacterianos Firmicutes, Planctomycetes, Deinococcus-Thermus e pelo filo fúngico Ascomycota. No nível taxonômico de gênero, a comunidade microbiana da rizosfera do feijão selvagem Wild Mex apresentou maior frequência relativa de gêneros fixadores do nitrogênio, nitrificadores, antagonistas e promotores do crescimento vegetal. A rizosfera do feijão selvagem Wild Mex apresentou maior abundância relativa de funções relacionadas à fixação do nitrogênio, produção de sideróforos e de ácido indol acético (AIA), quando comparada com o genótipo cultivado IAC Alvorada. O padrão de distribuição observado na análise de ordenação das funções no microbioma da rizosfera do feijão selvagem Wild Mex foi diferente do padrão encontrado no bulk soil e na rizosfera do feijão cultivado IAC Alvorada. Os resultados indicaram que o genótipo selvagem é mais seletivo no recrutamento de micro-organismos e funções na rizosfera quando comparado com o cultivar moderno. Em conclusão, os resultados revelaram que o processo de domesticação e melhoramento genético das plantas cultivadas potencialmente debilitou a capacidade do hospedeiro em selecionar e sustentar micro-organismos e funções benéficas na rizosfera. / The process of domestication and subsequent plant breeding were key to support human population growth over the last decades. However, plant breeding has neglected the important role of the rhizosphere microbiome on plant performance. In this context, this research aimed the study of common bean rhizosphere microbiome in a wild and in a cultivated genotype to determine the composition and functionality of their microbial community. We tested the hypothesis that ancestor materials have higher ability to host beneficial microorganisms in the rhizosphere when compared to modern cultivars. The common bean genotype IAC Alvorada and wild common bean Wild Mex were grown in highly biodiverse soil (Amazonian Dark Earth - ADE) and the total DNA from bulk soil and each common bean rhizosphere was extracted for sequencing by using Illumina MiSeq platform. In addition, rhizosphere soil was also used to isolate and select antagonistic bacteria against soil borne pathogens Rhizoctonia solani and Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli. Using cultivation-dependent approach, 11 bacteria were isolated and showed antagonistic in vitro activity against the evaluated pathogens. The bacterial isolates were identified belonging to Streptomyces, Kitasatospora, Alcaligenes, Achromobacter, Pseudomonas, Stenotrophomonas, Brevibacillus and Paenibacillus genus. The cultivation- independent approach revealed that microbial community composition in the Wild Mex bean rhizosphere was characterized by higher relative abundance of bacterial phyla Acidobacteria, Verrucomicrobia, Gemmatimonadetes and fungal phylum Glomeromycota when compared with IAC Alvorada cultivated bean, which showed a higher relative abundance of bacterial phyla Firmicutes, Planctomycetes, Deinococcus-Thermus and fungal phylum Ascomycota. Wild Mex rhizosphere microbiome showed higher relative frequency of nitrogenfixing, nitrifying, antagonists and plant growth promoting microorganisms. The wild bean also showed higher relative abundance of functions related to nitrogen fixation, siderophore and indole acetic acid (IAA) production, when compared with IAC Alvorada bean. The distribut ion pattern observed in the functions ordination analysis of Wild Mex was different from the bulk soil and IAC Alvorada patterns. The results showed that wild genotype is more selective for recruiting microorganisms and functions in the rhizosphere when compared with modern cultivar. In conclusion, the results revealed that domestication and plant breeding potentially undermined rhizosphere microbiome composition and functions debilitating the host\'s abilit y to select and support beneficial microbes.

Identifica la presencia de enterobacterias productoras de BLEE en muestras fecales con solicitud de coprocultivo en el Laboratorio de Microbiología del Instituto Nacional de Salud del Niño. Es un estudio observacional, descriptivo, prospectivo. Se realizó en el Instituto Nacional de Salud del Niño. Se analizaron 235 muestras de heces con solicitud de coprocultivos procedentes de emergencia y consultorio externo del INSN. En el estudio se trabajó con las colonias sospechosas de ser enterobacterias productoras de BLEE que desarrollaron en el agar Karmali que contiene 32 ug/mL de cefoperazona, 20 ug/mL de vancomicina y 10 ug/mL de anfotericina B, se realizó su identificación bioquímica por métodos convencionales y la confirmación del fenotipo BLEE mediante el test de sinergia del doble disco (método de Jarlier) con cefotaxima, ceftazidima, cefepime y amoxicilina/ácido clavulánico. También se incluyeron los discos de imipenem, meropenem, cefoxitina, amikacina, gentamicina, ácido nalidixico, ciprofloxacina, cloranfenicol y sulfametoxazol/trimetoprim para evaluar su sensibilidad. Además se utilizó la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para detectar el gen de -lactamasa de la familia CTX-M. Se aislaron 151 enterobacterias productoras de BLEE de las 235 muestras fecales analizadas, representando un 64,2% (151/235) del total: Escherichia coli 86,1% (130/151), Klebsiella pneumoniae 7,9% (12/151), Salmonella sp. 2,6% (4/151), Enterobacter cloacae 2,0% (3/151) y Proteus mirabilis 1,3% (2/151). Además el 89,1% de las enterobacterias productoras de BLEE presentaron el gen blaCTX-M. Respecto a la sensibilidad a otros antibióticos, se observa una alta resistencia al ácido nalidíxico (84,8%), ciprofloxacina (74,2%) y trimetoprim-sulfametoxazol (81,5%), una menor resistencia se observó para gentamicina y cloranfenicol con 57,6% y 45,0% respectivamente. La resistencia a la amikacina fue de 1,3% y todos los aislados fueron sensibles al imipenem y meropenem. Además se observó una corresistencia a los antibióticos en el 88,7% de los aislamientos. Se concluye que los resultados muestran la presencia de enterobacterias productoras de β-lactamasas de espectro extendido en muestras fecales de pacientes ambulatorios. La E.coli productora de BLEE fue la especie aislada con más frecuencia (86,1%). / Tesis

Burkholderia seminalis tem sido encontrada tanto em interações patogênicas, quanto não patogênicas. O gene wcbE codifica uma glicosiltransferase e pertence ao cluster wcb, que está relacionado à síntese de cápsula. O objetivo deste trabalho foi investigar o papel do gene wcbE e da temperatura nas interações microbianas de B. seminalis TC3.4.2R3. A produção de biofilme, EPS e compostos antifúngicos foi maior a 28 ºC. Por outro lado, a motilidade, virulência e respostas ao estresse foram maiores a 37 ºC. wcbE produziu menos biofilme que WT e foi atenuada em G. mellonella a 37 ºC, destacando a importância da glicosiltransferase na patogênese. Além disso, wcbE perdeu a habilidade de inibir fungos fitopatogênicos. Embora B. seminalis seja um membro do Bcc, é eficiente contra patógenos clínicos e ambientais, indicando que esta linhagem pode ter interações múltiplas no ambiente. A temperatura e o gene de glicosiltransferase desempenharam um papel crucial nas interações ambientais de B. seminalis TC3.4.2R3. / Burkholderia seminalis has been found in both pathogenic and nonpathogenic interactions. The wcbE gene encodes a glycosyltransferase and belongs to the wcb cluster, which is related to capsule synthesis. The aim of this work was to investigate the role of the wcbE gene and temperature in the microbial interactions of B. seminalis TC3.4.2R3. The production of biofilm, EPS and antifungal compounds was higher at 28 ºC. On the other hand, the motility, virulence and stress responses were higher at 37 ° C. wcbE produced less biofilm than WT and was attenuated in G. mellonella at 37 ° C, highlighting the importance of glycosyltransferase in the pathogenesis. Furthermore, wcbE lost the ability to inhibit phytopathogenic fungi. Although B. seminalis is a member of Bcc, it is effective against clinical and environmental pathogens, indicating that this strain may have multiple interactions in the environment. The temperature and the glycosyltransferase gene played a crucial role in the environmental interactions of B. seminalis TC3.4.2R3.

Orientador: Cintia Duarte de Freitas Milagre / Banca: Ian Castro Gamboa / Banca: Leandro Helgueira de Andrade / Resumo: As transaminases são enzimas dependentes de piridoxal-5-fosfato (PLP) que catalisam a transferência de grupos amino para aldeídos e/ou cetonas. Quando as cetonas utilizadas são pró-quirais, elas produzem aminas oticamente ativas por meio de síntese assimétrica. Nesse trabalho foram estudadas as sínteses assimétricas de aminas primárias, a partir de cetonas proquirais. Cinco diferentes substratos foram avaliados perante alguns biocatalisadores contendo transaminases, entre eles enzimas comercias, micro-organismos da Coleção Microbiana do Milagre Research Group e enzimas selvagens expressas heterologamente em E. coli. As enzimas comerciais foram empregadas na otimização das condições reacionais e avaliação dos substratos, com conversões e ee maiores que 99%, para dois dos substratos estudados. Os dois micro-organismos selvagens avaliados não foram capazes de realizar a reação de síntese assimétrica de aminas. Entretanto, observou-se a ação de enzimas ene-redutases no micro-organismo MLH 51, e de cetoredutases em ambos. As conversões, apesar de modestas, possuíram bons excessos enantioméricos (78-98%). Por fim, os as enzimas expressas heterologamente em E. coli apresentaram potencial para a aminação redutiva de substratos contendo anéis heterocíclicos e estruturas planares. Embora os valores de conversão observados não sejam ainda satisfatórios, os excessos enantioméricos obtidos quando usadas essas enzimas foram de bons a excelentes (84 a >99%). Com os substratos estudados ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Transaminases are pyridoxal-5-phosphate (PLP)-dependent enzymes that catalyse the transfer of an amino group from an amino donor to an aldehyde and/or ketone. When the starting ketones are prochiral, they produce optically active amines by asymmetric synthesis. In this work the asymmetric synthesis of primary amines was studied from prochiral ketones. Five different substrates were evaluated towards some biocatalysts containing transaminases, among them commercial enzymes, microorganisms from the Microbial Collection of the Milagre Research Group and wild enzymes expressed heterologously in E. coli. Commercial enzymes were employed in the optimization of the reaction conditions and evaluation of the substrates, with conversions and ee higher than 99%, for two of the evaluated substrates. The two wild-type microorganisms evaluated were not able to perform the reductive amination reaction. However, the action of ene-reductase enzymes in the microorganism MLH 51 and ketoredutases in both were observed. Conversions, although modest, had good enantiomeric excesses (78-98%). Finally, enzymes expressed heterologously in E. coli presented potential for reductive amination of substrates containing heterocyclic rings and planar structures. Although the observed conversion values are still not satisfactory, the enantiomeric excesses obtained when using these enzymes were great to excellent (84 to >99%). With the substrates studied, it was possible to evaluate the class of compounds suit... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-07-18T14:00:20Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 467546 bytes, checksum: 8a9e9751d375c92e0c2c98f9c1f9fc29 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-18T14:00:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 467546 bytes, checksum: 8a9e9751d375c92e0c2c98f9c1f9fc29 (MD5) Previous issue date: 2005-08-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Com a realização deste trabalho, objetivou-se: avaliar as estimativas de digestibilidade intestinal da fibra em detergente neutro obtidas por diferentes indicadores; o efeito das amostras coletadas no período diurno ou diário sobre a digestibilidade e os fluxos omasal e ileal da fibra em detergente neutro estimada por diferentes indicadores; comparar a digestibilidade total e parcial da matéria seca (MS), matéria orgânica (MO), proteína bruta (PB), extrato etéreo (EE), fibra em detergente neutro corrigida para cinzas e proteína (FDNcp), carboidratos totais (CT) e carboidratos não fibrosos (CNF) com utilização de fibra em detergente neutro indigestível (FDNi) e de fibra em detergente ácido indigestível (FDAi); comparar a produção microbiana estimada pela utilização de FDNi e da FDAi e comparar a produção microbiana estimada pelos métodos das bases purinas no omaso e da excreção urinária de derivados de purinas. Foram utilizadas quatro novilhas mestiças Holandês- Zebu, fistuladas no rúmen e no íleo, mantidas em regime de confinamento com dieta a base de feno de capim-tifton (Cynodon spp.) oferecido ad libitum e 1 kg de concentrado (27% PB). O experimento teve duração de 60 dias com três períodos experimentais de 15 dias cada. Antes do primeiro período experimental foi realizada a adaptação dos animais à dieta experimental por sete dias e entre os períodos, respeitou-se intervalo de quatro dias. Cada período experimental iniciou-se com um dia (1o) de coleta total de fezes, três dias (2o ao 4o) para coleta de digesta omasal, seguidos por dois dias (5o e 6o) de intervalo, novamente um dia (7o) de coleta total de fezes e depois três dias (8o ao 10o) de coleta de digesta ileal, seguidos novamente por dois dias (11o e 12o) de intervalo, um dia (13o) de coleta total de fezes, um dia (14o) para mensuração do pH ruminal e coleta de amostras de urina e líquido ruminal e, finalmente, um dia (15o) de coleta de líquido ruminal para isolamento de bactérias. Para a mensuração do fluxo de digesta omasal foram utilizados os sistemas de indicadores único e duplo. No sistema único foram comparados a fibra em detergente neutro indigestível (FDNi), a fibra em detergente ácido indigestível (FDAi) e o óxido crômico (Cr 2 O 3 ). No sistema duplo foram comparadas as associações entre o complexo de cobalto-ácido etilenodiaminotetracético (Co-EDTA) com a FDNi (Co-FDNi) e a FDAi (Co-FDAi). Para estimativa do fluxo ileal, foram utilizados apenas os indicadores únicos. As amostras spot de urina foram coletadas quatro horas após a alimentação. Os valores das estimativas (omasal e ileal) do fluxo e da digestibilidade intestinal da FDNcp, do período diurno correspondeu à amostra constituída neste período e o período de coleta diária, a média das estimativas dos períodos em questão. Não foi verificada diferença significativa entre as amostras de digesta coletada apenas no período diurno quando comparada às coletas no período diário, podendo a digestibilidade parcial ser estimada com coleta de amostra realizadas apenas no período diurno. Embora a FDNi, a FDAi e o Co-FDAi possam ser utilizados para estimativa de parâmetros de digestibilidade parcial na coleta de digesta omasal, recomenda-se o uso das fibras indigestíveis por serem menos onerosas e de melhor manipulação. Entretanto, dentre as fibras indigestíveis, a FDAi apresenta melhor recuperação e produz estimativas similares para a excreção fecal e a digestibilidade total, quando comparada com a coleta total de fezes. As condições ruminal foram favoráveis à produção microbiana com valores de pH variando de 6,7 a 6,9 e os valores de N-NH 3 , de 10,3 a 14,1 mg/dL. As estimativas da produção microbiana via quantificação de derivados de purinas em amostras spot de urina demonstram-se similares às obtidas por procedimentos invasivos via fluxo de matéria microbiana omasal. / Through the performance of this work it was aimed: to assess the estimative for intestinal digestion of fiber in neutral detergent obtained through different markers; the effect of collected samples during the morning or daily on digestion and omasum and ileum flow of fiber in neutral detergent estimated with different markers; to compare the total and partial digestion of dry matter (DM), organic matter (OM), crude protein (CP), ether extract (EE), neutral detergent fiber corrected for ashes and protein (NDFap), total carbohydrates (CT) and non fiber carbohydrates (NFC) using indigestible neutral detergent fiber (iNDF) and indigestible neutral acid fiber (iADF); to compare microbial production estimated by using iNDF and iADF and to compare microbial production estimated by methods of purine bases in the omasum and urinary secretion of purine derivative. It was used four mixed race young cows Holstein-Zebu, rumen and ileum fistulated, kept in a confinement diet based on Tifton (Cynodon spp.) bermudagrass hay offered ad libitum and 1kg of concentrated (27% CP). The experiment took 60 days, with three experimental periods of 15 days each. Before the first experimental period, animals were submitted to adaptation to the experimental diet for seven days; intervals of four days between periods were considered. Every experimental period started with one day (1 st ) of total fecal collection, three days (2 nd to 4 th ) for collection of omasum digestion, followed by two interval days (5 th and 6 th ), again one day of total fecal collection (7 th ) and then three days (8 th to 10 th ) for collection of ileum digestion, followed by two interval days (11 th and 12 th ), one day for total fecal collection (13 th ), one day (14 th ) for measurement of pH of rumen and collection of urine and rumen liquid, and finally one day of collection of rumen liquid to isolate bacteria. Single and double system markers were used to measure flow of omasum digestion. iNDF, iADF and chromium oxide (Cr 2 O 3 ) were compared in the single system. In the double system, it was compared association between cobalt-ethilenediaminotetracetic-acid (Co-EDTA) complex and iNDF (Co-iNDF) and iADF (Co-iADF). It was used only single markers ixto estimate ileum flow. Urine spot samples were collected four hours after feeding. Values of intestinal flow and digestion of NDFap estimatives (omasum and ileum) from daytime period matched the sample of this period and the period of daily collection matched the estimative average of the corresponding period. Significant difference was not detected between samples of digestion collected just during the daytime period, when compared to the collections of the daily period so, the partial digestion could be estimated based just on sample collection from the daytime period. Despite iNDF, iADF and Co-iADF can be used to estimate parameters of partial digestion on the collection of omasum digestion, it is recommended the use of non-digested fiber for being less expensive and easier to handle. On the other hand, among indigestible fiber, iADF shows better recovery and produce similar estimative for fecal excretion and total digestion, when compared to total fecal collection. Rumen conditions were favourable to microbial production with pH values between 6,7 and 6,9 and N-NH 3 values of 10,3 to 14,1 mg/dL. Estimative of microbial production through quantification of purine derivative in urine spot samples show to be similar to those obtained by means of invasive procedures via omasum microbial matter flow.

O lodo de esgoto é um sub-produto residuário das empresas de tratamento de águas, apresenta, é um dos principais fatores de remoção de microrganismos patogênicos que chegam com o esgoto ao solo, contaminando esse ambiente muitas vezes de forma irreversível. O processo de mineralização da matéria orgânica é catalisado por diferentes enzimas, em sua composição química uma alta concentração de componentes orgânicos e inorgânicos, que após tratamentos, pode ser utilizado na agricultura, porém a sua aplicação ao solo altera muitas vezes os parâmetros físicos, químicos e biológicos do solo. O solo é um sistema complexo que compreende uma variedade de microhabitats com diferentes gradientes físicos e químicos e condições ambientais descontínuas. A presença de metais pesados no lodo de esgoto, limita a sua utilização nos processos de fertilização do solo, devido ao alto grau de toxicidade através da absorção pelas plantas, que alimentarão os herbívoros, os metais podem entrar na cadeia alimentar, chegando aos consumidores de primeira ordem e ao homem, e o alto índice de patogenicidade proveniente de microrganismos patogênicos presentes. A ação da microbiota presente nos solos não estéreis e nas plantas produzidas na sua maioria por microrganismos presentes no solo. Foram realizados ensaios de isolamento, identificação e detecção enzimática em bactérias mesofílicas presentes no lodo de esgoto coletado na Estação Mangueira em diferentes temperaturas (28 e 37oC) e na presença e/ou ausência de NaCl. Foram detectados em ambas temperaturas testadas, bactérias patogênicas (Escherichia coli, Pseudomonas sp, Alcaligenes sp). No screening enzimático realizado, na detecção da amilase os melhores resultados foram obtidos nas amostras de bactérias mesofílias isoladas a 28 C e na detecção de urease os melhores resultados foram obtidos nas amostras a 37 C / The sewage sludge is a resultant residue of the system of residuary biological water treatment proceeding, presents in its chemical composition one high concentration of organic components and inorganic, that after treatments, can be used in agriculture, however its application to the ground modifies many times the physical parameters, chemical and biological of the ground. The ground is a complex system that a variety of microhabitats with different physical and chemical gradients understands and discontinues ambient conditions. The metal presence weighed in the sewer sludge, limits its use in the processes of fertilization of the ground, had to the high degree of toxicity through the absorption for the plants, that will feed the herbivorous, the metals can enter in the alimentary chain, arriving at the consumers first-class and the man, and the high index of pathogenicity proceeding from pathogenic microorganisms gifts. The action of microbiota present in not barren ground and the plants, is one of the main factors of removal of pathogenic microorganisms that arrive with the sewer at the ground, contaminating this environment many times of irreversible form. The process of mineralization of the organic substance is catalyzed by different enzymes, produced in its majority for microorganisms gifts in the ground. Assays of isolation, identification and enzymatic detention in mesophilic bacteria had been carried through gifts in the silt of sewer collected in the Station Hose in different temperatures (28 and 37oC) and in the presence and/or absence of NaCl. They had been detected in both tested temperatures, pathogenic bacteria (Escherichia coli, Pseudomonas sp, Alcaligenes sp). In screening enzymatic carried through, in the resulted detention of amylase the best ones had been gotten in the samples of the 28 C isolated mesophilic bacteria and in the resulted detention of urease the best ones had been gotten in the 37 C samples

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A biotecnologia microbiana tem evoluído muito nas últimas décadas, principalmente pela utilização de diferentes micro-organismos para produção de inúmeros bioprodutos utilizados nos diferentes setores industriais e ambientas. As enzimas desempenham um importante papel catalítico em inúmeras reações metabólicas existentes, e as de origem microbiana apresentam diversas vantagens em relação as de origem animal e vegetal. A reutilização de resíduos agroindustriais oriundos da indústria alimentícia na elaboração de meios de produção de produtos biotecnológicos, tem surgido como uma alternativa econômica viável, pois diversos nutrientes descartados, apresentam um elevado teor nutricional que pode ser reaproveitado pelos micro-organismos nos processos fermentativos. As proteases são enzimas que constituem um grande grupo de enzimas hidrolíticas que catalisam a hidrólise de proteínas e as degradam em pequenos peptídeos e aminoácidos. A relevância deste grupo de enzimas, ricas em diversidade e mecanismos de ação estrutural se reflete na importância de suas aplicações em processos industriais. Foram realizados ensaios de seleção de amostras de Aspergillus niger (SIS 18, SIS 19 e SIS 20) em diferentes temperaturas (28, 30, 40oC) e diferentes pH ( 6, 7, 8) para a obtenção da melhor amostra para a produção de protease. Após a seleção da melhor amostra, foram realizados ensaios de produção da enzima através de fermentação submersa utilizando 4 diferentes meios. Os ensaios ocorreram em câmara incubadora com agitação orbital, 150 rpm, 37oC, 96 horas, onde foram realizados a determinação do pH, da atividade enzimática e curva de crescimento. Em seguida, após a seleção do melhor meio de produção, foram realizados novos ensaios utilizando planejamento fatorial 22 completo com 4 repetições, utilizando os resíduos de soro de leite e de sorvete, nas mesmas condições cinéticas pré-estabelecidas. Os resultados obtidos indicaram que a amostra de A. niger (SIS 18) apresentou a formação do maior halo característico de 3,0 cm, com 96 h de crescimento. Os ensaios realizados com diferentes meios de produção em fermentação submersa, indicaram que o meio denominado 3, apresentou uma atividade proteolítica de 0,104 U/mL, após 96 horas de fermentação. No planejamento fatorial 22, utilizando meios contendo substratos agroindustriais, o melhor resultado obtido foi no ensaio 2, que apresentou uma atividade proteolítica de 0,118U/mL com o soro de leite e 0,093U/mL para o resíduo de sorvete.Esses resultados validam que a utilização de resíduos agroindustriais tem sido uma alternativa viável para produção de protease em fermentação submersa, e com isso pode reduzir os custos de produção e o descarte desses resíduos no meio ambiente. / Microbial biotechnology has evolved a lot in the last decades, mainly by the use of different microorganisms for the production of numerous bioproducts used in the different industrial and environmental sectors. Enzymes play an important catalytic role in numerous metabolic reactions, and those of microbial origin have several advantages over those of animal and plant origin. The reuse of agroindustrial residues from the food industry in the elaboration of means of production of biotechnological products has emerged as a viable economic alternative because several discarded nutrients present a high nutritional content that can be reused by the microorganisms in the fermentative processes. Proteases are enzymes that constitute a large group of hydrolytic enzymes that catalyze the hydrolysis of proteins and degrade them in small peptides and amino acids. The relevance of this group of enzymes, rich in diversity and mechanisms of structural action, is reflected in the importance of their applications in industrial processes. Sampling assays of Aspergillus niger (SIS 18, SIS 19 and SIS 20) were carried out at different temperatures (28, 30, 40C) and different pH (6, 7, 8) to obtain the best sample for the production of Protease. After the selection of the best sample, enzyme production assays were performed by submerged fermentation using 4 different media. The tests were carried out in an orbital shaker, 150 rpm, 37oC, 96 hours, where the pH, the enzymatic activity and growth curve were determined. Then, after the selection of the best production medium, new assays were performed using a 22 complete factorial design with four replicates using milk serum and ice cream residues, under the same pre-established kinetic conditions. The results indicated that the A. niger (SIS 18) sample showed the formation of the largest characteristic halo of 3.0 cm, with 96 h of growth. The assays performed with different production media in submerged fermentation indicated that the medium 3 was a proteolytic activity of 0.104 U/mL after 96 hours of fermentation. In factorial design 22, using media containing agroindustrial substrates, the best result obtained for test 2, which presented a proteolytic activity of 0.118 U/mL with serum of milk and 0.093 U/mL for ice cream residue.These results validate that the use of agroindustrial residues has been a viable alternative for the production of protease in submerged fermentation, and with this can reduce the costs of production and the discard of these residues in the environment.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:25Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-06-13Bitstream added on 2014-06-13T19:35:31Z : No. of bitstreams: 1 terrone_cc_me_rcla.pdf: 584857 bytes, checksum: 408998a4825fecaa42568d1c9e8cc2a3 (MD5) / Neste trabalho, uma linhagem de Penicillium chrysogenum foi utilizada para produzir xilanases utilizando um resíduo agroindustrial como substrato. O principal objetivo foi melhorar a produção da xilanase, verificando a influência de diferentes substratos, agitação, pH e temperatura de cultivo. A linhagem foi cultivada em meio líquido de Vogel suplementado com diversos substratos puros como a xilose, glicose, xilano de aveia, Avicel e carboximetilcelulose (CMC), e complexos como farelo de trigo, farelo de aveia, bagaço de cana-de-açúcar, bagaço de cevada, casca de laranja e sabugo de milho. Testes granulométricos com bagaço de cana-de-açúcar e bagaço de cevada foram realizados para avaliar a influência dessa característica sobre a produção de xilanase. A melhor produção foi obtida com bagaço de cana-de-açúcar a 1% (m/v) com granulometria entre 2-1 mm. Nos ensaios cinéticos a melhor produção foi obtida em cultivos estáticos, por 8 dias, sendo produzida quantidade duas vezes maior de enzima do que em cultivos agitados. O melhor pH de cultivo para a produção de xilanases foi de 5,0 e a temperatura de 20 ºC. A enzima foi purificada por uma estratégia de duas etapas, sendo uma cromatografia de troca iônica e outra de filtração em gel, apresentando ao final uma recuperação de 18,8% com um fator de purificação de 24,9. As propriedades da enzima bruta e da purificada foram pH ótimo de 6,0 e 6,5, respectivamente, e a temperatura ótima para ambas de foi a 45 ºC. As meias vidas a 40, 45, 50, 55 e 60 ºC, para a xilanase bruta foram de 37, 28, 16, 2, e 1 minuto e para a xilanase purificada foram de 35, 31, 10, 3 e 2 minutos, respectivamente. A maior estabilidade ao pH da enzima bruta ocorreu em pH 6,0 e também se mostrou estável na região alcalina, entre 8,0 e 10,0; já a enzima purificada apresentou maior estabilidade na... / In this work, a strain of Penicillium chrysogenum has been used to produce xylanases using agroindustrial waste as substrate. The main objective was to improve the production of xylanase, by checking the influence of substrate, agitation, pH and temperature of cultivation. The strain was cultivated in liquid Vogel’s medium supplemented with various substrates as pure xylose, glucose, oat xylan, Avicel and carboxymethylcelullose (CMC), and complexes such as wheat bran, oat bran, sugar cane bagasse, brewers spent grain, orange peel and corncob. Granulometric tests with crushed sugar cane bagasse and brewers spent grain were conducted to evaluate the influence of this characteristic on production of xylanase. The best production was obtained with crushed sugar cane bagasse to 1% (w/v) with particle size between 2-1 mm. In kinetic experiments, the best production was obtained in static cultivation for 8 days, which is produced twice as much enzyme in agitated cultures. The bets pH cultivation for the production of xylanase was pH 5.0 and temperature of 20 °C. The enzyme was purified by a two-step strategy, being a ion exchange chromatography and a gel filtration, presenting the ultimate recovery of 18,8% with a purification factor of 24,9. The properties of the crude enzyme and purified were optimum pH of 6,0 and pH 6.5, respectively, and the temperature was great for both of 45 ºC. The half of 40, 45, 50, 55 and 60 ° C for xylanase crude were 37, 28, 16, 2, 1 minutes and for the xylanase purified were 35, 31, 10, 3 and 2 minutes, respectively. The increased stability at the pH of the crude enzyme was at pH 6,0 and also stable in the alkaline region, between 8.0 and 10.0, whereas the purified enzyme was most stable in the range of 4.5 to 10.0. The xylanase activity present in crude filtrate and purified enzyme, suffered inhibition... (Complete abstract click electronic access below)

Submitted by JEFFERSON CERQUERA GALLEGO null (jffgallego@gmail.com) on 2017-01-11T18:32:35Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Final.pdf: 2374751 bytes, checksum: 4c444bb2f855ea07e3d575262a6ebc38 (MD5) / Rejected by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: O arquivo submetido não contém o certificado de aprovação. Corrija esta informação e realize uma nova submissão com o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2017-01-12T16:53:51Z (GMT) / Submitted by JEFFERSON CERQUERA GALLEGO null (jffgallego@gmail.com) on 2017-01-12T18:22:16Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Jefferson Cerquera Gallego.pdf: 2441699 bytes, checksum: 3fb5c0178315e1a59794457f28a8296d (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-01-17T12:06:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 gallego_jc_me_jabo.pdf: 2441699 bytes, checksum: 3fb5c0178315e1a59794457f28a8296d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-17T12:06:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 gallego_jc_me_jabo.pdf: 2441699 bytes, checksum: 3fb5c0178315e1a59794457f28a8296d (MD5) Previous issue date: 2016-12-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Devido ao grande número de antibióticos de uso veterinário que estão sendo liberados no solo através da urina e dejetos fecais dos animais de produção, algumas pesquisas têm verificado o impacto desses antibióticos na microbiota do solo. O presente estudo teve como objetivo avaliar o impacto dos antibióticos sobre a microbiota do solo em condições de microcosmos, de um solo de pastagem de bovinos e um solo de floresta, submetidos à presença de três antibióticos utilizados na produção animal, sendo estes, ampicilina, enrofloxacina e estreptomicina, nas concentrações de 0, 30 e 100 mg/kg de solo seco. A concentração de 0 mg/kg foi usada como controle. Os solos foram incubados em frascos de vidro de tampa rosca e mantidos a temperatura ambiente no escuro para reproduzir as condições reais encontradas na natureza. Foram avaliadas atividade respiratória microbiana, atividade da enzima desidrogenase e contagem de unidades formadoras de colônias (UFC) para estabelecer se existia ou não inibição do crescimento bacteriano nos dias 0, 1, 20 e 35. Os resultados mostram um aumento considerável nas UFC nos solos que receberam a ampicilina em ambas às concentrações durante o primeiro dia com relação ao controle. No dia 35 estas contagens se tornaram semelhantes ao controle ou menores. Os solos que receberam enrofloxacina e estreptomicina tiveram uma contagem menor que o controle inicialmente e com o tempo essas UFC aumentaram. A atividade respiratória microbiana e a atividade da enzima desidrogenase também confirmam esse achado. Esses resultados sugerem que os micro-organismos estão utilizando algum composto da ampicilina para o aumento das colônias e que os outros antibióticos diminuem a população microbiana do solo, especialmente a estreptomicina. Provavelmente alguns micro-organismos estejam sendo selecionados. / Due to the large number of veterinary antibiotics that are being released into the soil through urine and fecal waste of livestock, some research has linked the impact of those antibiotics in soil microflora. In the current study was evaluated the impact of antibiotics in the soil microbial community under microcosms conditions, cattle pasture soil and a forest soil under the presence of three antibiotics used in animal husbadry; ampicilin, enrofloxacyn and streptomycin, using a concentration of 0, 30 e 100 mg/kg dry soil. The concentration of 0mg/kg was used as control. The soils were incubated in screw cap glass jars and kept at room temperature in the dark to reproduce actual conditions found in nature. It was evaluated the microbial respiratory activity as well as the activity of dehydrogenase enzyme and colony forming units (CFU) to establish whether there was inhibition of bacterial growth or not at day 0, 1, 20 and 35. The results show a considerable increase in CFU in soils that received both concentrations of ampicillin during the first day compared with control. At day 35 these counting became similar to control or lower. The soils that received enrofloxacin and streptomycin, initially had lower countings than the control and over time these CFU increased. The microbial respiratory activity and the activity of dehydrogenase also confirmed these findings. These results suggest that some microorganisms are using a compound of ampicillin to grow. The other antibiotics decrease the soil microbial population, especially streptomycin. Probably some microorganisms are being selected.