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Predição in silico de Proteínas Extracelulares de Kluyveromyces lactis e suas relações com fatores transcricionais / Computational analysis of the interaction between the transcriptional factors and the predicted secreted proteome of the yeast Kluyveromyces lactis

Brustolini, Otávio José Bernardes 31 July 2008 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:52:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 587076 bytes, checksum: d1ad8af5f243dc621caec98155378354 (MD5) Previous issue date: 2008-07-31 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / In this work we have created an in silico system to address secretion of a desired protein among the genome data of Kluyveromyces lactis. The completed K. lactis genome sequencing has provided a tool to construct such a system. In order to explore a potential K. lactis extracellular secretome, four computational prediction algorithms have been applied: SignalP (presence or absence of an N-terminal signal peptide and clivage site), Phobius (transmembrane topology), big-PI Predictor (GPI modification site) and WolfPsort (subcellular addressing, including extracellular prediction). These algorithms have correctly predicted 95 yeast secreted proteins sought in public databases (NCBI, UNIProt and MIPS). They have also predicted as intracellular the same number (i.e. 95) of random sequences found in K. lactis database. The K. lactis database consists of 5327 sequences (http://cbi.labri.fr/Genolevures). When analyzed by SignalP 3.0, it has pointed out 698 putative proteins with N-terminal signal peptides. In this group, 260 were predicted by Phobius to have no transmembrane domains and 236 were found by the big-PI Predictor to have no GPI modifications site. Finally, the predicted K. lactis secretome was estimated to consist of up to 101 sequences by WolfPSORT which eliminates proteins with subcellular targeting. In order to validate theses analysis, both groups of predicted and annotated extracellular proteins were compared by Hotelling s T2 test. The analysis has shown no differences between the mean values of these two groups. The physiological significance of those potential extracellular proteins was similarly investigated by analyzing the relationship between the S. cerevisiae transcriptional regulators ortologues in K. lactis and the putative promoters (i.e. 1 KB upstream) of those extracellular proteins. It was applied the methodology proposed by Yeastract which search for elements such as binding sites that indicates associations between transcriptional factor and target genes. The physiological condition favoring protein expression in extracellular medium was obtained by searching Gene Ontology (http://www.geneontology.org). It has been shown that most of the transcriptional regulators of K. lactis extracellular proteins are related to stress response, especially presence of drugs into the medium. Also pH stress and limiting nitrogen can induce the extracellular proteins. / O banco de dados da Kluyveromyces lactis constituído de 5327 seqüências de proteínas (http://cbi.labri.fr/Genolevures) foi submetido a quatro algoritmos de predição para identificar o potencial secretome extracelular. O primeiro,SignalP v3 (http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP-3.0), que identifica a presença de peptideo sinal na porção N-terminal e o sítio de clivagem da peptidase sinalagrupou 698 proteínas.Deste grupo, o Phobius(http://phobius.sbc.su.se), que prevê a topologia de domínios transmembranas a partir das sequencias primárias, indicou 260 sem domínios transmembranas.Outros dois algoritmos, big-PI predictor(http://mendel.imp.ac.at/gpi/gpi_server.html),capaz reconhecer marcas de de ancoras GPI (Glicosilfosfatidilinositol) e WoLF PSORT(http://www.genscript.com/psort/wolf_psort.html)capaz de identificar assinaturas para a localização em compartimentos subcelulares apontaram 236 proteínas sem ancoras GPI e 101 endereçadas ao meio extracelular. Como controle positivo, os mesmos algoritmos foram testados e predisseram corretamente 95 proteínas de leveduras Saccharomycetes encontradas nos bancos de dados públicos (NCBI e UNIProt) e anotadas como extracelulares. Como controle negativo foram preditas como intracelular 95 seqüências aleatórias do banco de dados da K. lactis. O grupo controle positivo e o grupo predito foram comparados pelo teste estatístico T2 de Hotelling. Não foram evidenciadas diferenças significativas entre os valores das médias dos grupos.A condição fisiológicana qual estas proteínas extracelulares são expressas foi analisada relacionando suas seqüências promotoras com os fatores transcricionais ortólogos da Saccharomyces cerevisiae. A metodologia aplicada foi o "Yeastract" (http://www.yeastract.com) que localiza sítios de ligação ao DNA dos fatores transcricionais de S. cerevisiaenas seqüências promotoras dos ORFs das proteínas preditas como extracelulares. A condição fisiológica que favorece a expressão para o meio extracelular foi obtida pela pesquisa dos termos descritos pelo "Gene Ontology"(http://www.geneontology.org). Os fatores transcricionais que mais se relacionam com as seqüências preditas foram aqueles associados com resposta a estresse. Também foi indicado que o estresse ácido e limitação de nitrogênio (aminoácidos) exercem influência na expressão das proteínas extracelulares.
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Purificação, carcterização físico-química e termodinâmica de ß-glicosidases produzidas pelos microrganismos Aureobasidium pullulans e Thermoascus aurantiacus : aplicação em isoflavonas e terpenos glicosilados /

Leite, Rodrigo Simões Ribeiro. January 2007 (has links)
Orientador: Roberto da Silva / Banca: Maria de Lourdes T.M. Polizeli / Banca: Adalberto Pessoa Júnior / Banca: Rubens Monti / Banca: Mauricio Boscolo / Resumo: Neste trabalho as ß-glicosidases produzidas pelos microrganismos Thermoascus aurantiacus e Aureobasidium pullulans foram purificadas, caracterizadas termodinamicamente, físico-quimicamente e aplicadas em terpenos e isoflavonas. O processo de purificação da enzima do T. aurantiacus apresentou rendimento final de 63,6% e fator de purificação de 46,3 vezes. Após a purificação da enzima do A. pullulans, esta apresentou fator de purificação de 35,5 vezes e rendimento de 19%. A ß-glicosidase do T. aurantiacus apresentou atividade ótima em pH 4,5 a temperatura de 75ºC. Esta manteve-se estável na faixa de pH 4,5 a 6,5 e reteve sua atividade original após 1 hora a 70ºC. A enzima purificada do A. pullulans apresentou maior atividade catalítica nos valores de pH 4,0-4,5 a temperatura de 80ºC. A mesma foi estável em ampla faixa de pH 4,0 a 9,5, e, reteve sua atividade original após 1 hora a 75ºC. A maior termoestabilidade, da enzima produzida pelo microrganismo mesofílico, A. pullulans, foi comprovada pela análise dos parâmetros termodinâmicos. A ß-glicosidase do T. aurantiacus apresentou valores menores de t(1/2), ∆G, ∆H e Ea em todas as temperaturas analisadas. As duas enzimas foram fortemente inibidas por Hg+2 e Ag+, sugerindo que o grupo tiol (SH) é essencial para atividade das mesmas. O pNPßG foi utilizado para a determinação dos parâmetros cinéticos, os valores de Km e Vmax obtidos foram 0,53 mM e 590,8 μmol/ min/mg de proteína para a enzima do T. aurantiacus, e, 0,93 mM e 29,9 μmol/ min/mg de proteína para a enzima do A. pullulans. A presença de etanol no meio de reação ativou a ß-glicosidase do T. aurantiacus, indicando atividade glicosil transferase, o mesmo não foi observado para enzima do A. pullulans. As duas ß-glicosidases atuaram em diferentes substratos glicosídicos, inclusive sobre terpenos e isoflavonas, o que confirma a ampla especificidade das enzimas. / Abstract: In this work, ß-glucosidases produced by the microorganisms Thermoascus aurantiacus and Aureobasidium pullulans were purified, thermodynamically and physical-chemically characterized and applied on terpenes and isoflavones. Purification process of the enzyme from T. aurantiacus exhibited final yield of 63.6% and purification factor of 46.3 -fold. Purification process of the enzyme from A. pullulans resulted in 19% yield and purification factor of 35.5-fold. ßglucosidase from T. aurantiacus exhibited optimum activity at pH 4.5 and at temperature of 75ºC. It remained stable at pH range of 4.5 to 6.5 and maintained its original activity after 1 hour at 70ºC. Purified enzyme from A. pullulans exhibited a higher catalytic activity in pH values of 4.0-4.5 at an optimum temperature of 80ºC. It was stable over a wide pH range, from 4.0 to 9.5, and, maintained its original activity after 1 hour at 75ºC. The higher thermal stability of the enzyme produced by the mesophilic microorganism, A. pullulans, was confirmed by analysis of the thermodynamic parameters. ß-glucosidase from T. aurantiacus exhibited lower values for t(1/2), ∆G, ∆H and Ea in all temperatures tested. Both enzymes were strongly inhibited by Hg+2 and Ag+, suggesting that a thiol group (SH) is essential for their activities. pNPßG was used for the kinetic parameters determination and the values for Km and Vmax were 0.53 mM and 590.8 μmol/ min/mg of protein for the enzyme from T. aurantiacus, and, 0.93 mM and 29.9 μmol/ min/mg of protein for the enzyme from A. pullulans. The presence of ethanol in the reaction mixture activated the ß-glucosidase from T. aurantiacus, indicating glucosil transferase activity, which was not observed for the enzyme from A. pullulans. Both ß-glucosidases exhibited activity on different glucosidic substrates, including terpenes and isoflavones, confirming the broad specificity of the enzymes. / Doutor
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Isolamento e seleção de micro-organismos produtores de xilanase

Santos, Erica Aparecida de Oliveira [UNESP] 31 July 2012 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-07-31Bitstream added on 2014-06-13T20:19:51Z : No. of bitstreams: 1 santos_eao_me_ilha.pdf: 4044422 bytes, checksum: c62efee73c7a71e03187bde6c4a67542 (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Celulose e hemicelulose são os polissacarídeos mais encontrados em todo o mundo. Em plantas, a celulose e a hemicelulose estão situados entre a lignina formando as fibras de celulose. As enzimas hemicelulolíticas produzidas por micro-organismos têm atraído uma grande atenção desde a década passada, particularidade devida as suas características biotecnológicas em vários processos industriais como indústrias de alimentos, ração animal, etanol e papel e celulose. Assim neste trabalho foram isoladas linhagens fungicas de duas regiões de Cerrado, na qual oito linhagens fúngicas foram analisadas quanto ao perfil de produção enzimática sob fermentação em estado sólido, utilizando resíduo agroindustrial como substrato. Foram determinadas atividade enzimática para xilanase e CMCase. A melhor atividade enzimática para xilanase obteve-se a partir do fungo mesofílico Neosartorya spinosa P2D19 com 20,6 U ml-1 (133,0 U/g), após 72 horas de cultivo sob fermentação em estado sólido. A enzima mostrou-se mais ativa em pH 5,0, porém cerca de 85% da atividade foi mantida em pH 7,5. A temperatura ótima dessa xilanase foi em 60° C / Cellulose and hemicellulose are polysaccharides found all over the world. In plants, the cellulose and hemicellulose are localed between the lignin forming the cellulose fibers. Hemicellulolytic enzymes produced by microorganisms has attracted great attention over the past decade due to its special features in several biotechnological industrial processes such as food industries, animal feed, ethanol and pulp and paper. In this study, fungal strains were isolated from two Cerrado areas, from which eight fungal strains were analyzed for enzyme production profile in solid fermentation state using agro industrial residue as substrate. Enzyme activity was determined for xylanase and CMCase. The highest xylanase enzyme activity was obtained with fungi mesophilic Neosartorya spinosa strain P2D16 with 20.6 U.ml-1 (133 U/g) after 72 hours of cultivation under solid fermentation state. The enzyme was more active at pH 5.0, although of its 85% activit was maintained at pH 7.5. The optimum temperature for xylanase activity was 60° C
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Purificação, carcterização físico-química e termodinâmica de ß-glicosidases produzidas pelos microrganismos Aureobasidium pullulans e Thermoascus aurantiacus: aplicação em isoflavonas e terpenos glicosilados

Leite, Rodrigo Simões Ribeiro [UNESP] 07 December 2007 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-12-07Bitstream added on 2014-06-13T18:44:32Z : No. of bitstreams: 1 leite_rsr_dr_rcla.pdf: 371019 bytes, checksum: 830cbb582aca2919cbcad799c2e9420b (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Neste trabalho as ß-glicosidases produzidas pelos microrganismos Thermoascus aurantiacus e Aureobasidium pullulans foram purificadas, caracterizadas termodinamicamente, físico-quimicamente e aplicadas em terpenos e isoflavonas. O processo de purificação da enzima do T. aurantiacus apresentou rendimento final de 63,6% e fator de purificação de 46,3 vezes. Após a purificação da enzima do A. pullulans, esta apresentou fator de purificação de 35,5 vezes e rendimento de 19%. A ß-glicosidase do T. aurantiacus apresentou atividade ótima em pH 4,5 a temperatura de 75ºC. Esta manteve-se estável na faixa de pH 4,5 a 6,5 e reteve sua atividade original após 1 hora a 70ºC. A enzima purificada do A. pullulans apresentou maior atividade catalítica nos valores de pH 4,0-4,5 a temperatura de 80ºC. A mesma foi estável em ampla faixa de pH 4,0 a 9,5, e, reteve sua atividade original após 1 hora a 75ºC. A maior termoestabilidade, da enzima produzida pelo microrganismo mesofílico, A. pullulans, foi comprovada pela análise dos parâmetros termodinâmicos. A ß-glicosidase do T. aurantiacus apresentou valores menores de t(1/2), ∆G, ∆H e Ea em todas as temperaturas analisadas. As duas enzimas foram fortemente inibidas por Hg+2 e Ag+, sugerindo que o grupo tiol (SH) é essencial para atividade das mesmas. O pNPßG foi utilizado para a determinação dos parâmetros cinéticos, os valores de Km e Vmax obtidos foram 0,53 mM e 590,8 μmol/ min/mg de proteína para a enzima do T. aurantiacus, e, 0,93 mM e 29,9 μmol/ min/mg de proteína para a enzima do A. pullulans. A presença de etanol no meio de reação ativou a ß-glicosidase do T. aurantiacus, indicando atividade glicosil transferase, o mesmo não foi observado para enzima do A. pullulans. As duas ß-glicosidases atuaram em diferentes substratos glicosídicos, inclusive sobre terpenos e isoflavonas, o que confirma a ampla especificidade das enzimas. / In this work, ß-glucosidases produced by the microorganisms Thermoascus aurantiacus and Aureobasidium pullulans were purified, thermodynamically and physical-chemically characterized and applied on terpenes and isoflavones. Purification process of the enzyme from T. aurantiacus exhibited final yield of 63.6% and purification factor of 46.3 -fold. Purification process of the enzyme from A. pullulans resulted in 19% yield and purification factor of 35.5-fold. ßglucosidase from T. aurantiacus exhibited optimum activity at pH 4.5 and at temperature of 75ºC. It remained stable at pH range of 4.5 to 6.5 and maintained its original activity after 1 hour at 70ºC. Purified enzyme from A. pullulans exhibited a higher catalytic activity in pH values of 4.0-4.5 at an optimum temperature of 80ºC. It was stable over a wide pH range, from 4.0 to 9.5, and, maintained its original activity after 1 hour at 75ºC. The higher thermal stability of the enzyme produced by the mesophilic microorganism, A. pullulans, was confirmed by analysis of the thermodynamic parameters. ß-glucosidase from T. aurantiacus exhibited lower values for t(1/2), ∆G, ∆H and Ea in all temperatures tested. Both enzymes were strongly inhibited by Hg+2 and Ag+, suggesting that a thiol group (SH) is essential for their activities. pNPßG was used for the kinetic parameters determination and the values for Km and Vmax were 0.53 mM and 590.8 μmol/ min/mg of protein for the enzyme from T. aurantiacus, and, 0.93 mM and 29.9 μmol/ min/mg of protein for the enzyme from A. pullulans. The presence of ethanol in the reaction mixture activated the ß-glucosidase from T. aurantiacus, indicating glucosil transferase activity, which was not observed for the enzyme from A. pullulans. Both ß-glucosidases exhibited activity on different glucosidic substrates, including terpenes and isoflavones, confirming the broad specificity of the enzymes.
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Estudo da produção de proteína microbiana a partir do bagaço de maçã

Albuquerque, Patrícia Melchionna January 2003 (has links)
Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Alimentos. / Made available in DSpace on 2012-10-20T16:21:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 195419.pdf: 611692 bytes, checksum: ca614a1257950e7d1bb9824322eba6e0 (MD5) / O Estado de Santa Catarina destaca-se como o maior produtor nacional de maçãs, produzindo anualmente cerca de 400 mil toneladas. Destas, cerca de 60 mil são processadas para a obtenção de suco. Durante o processamento das frutas até 30 % da matéria-prima transforma-se num resíduo rico em carboidratos, com grande potencial para bioconversões. O bagaço de maçã. Neste trabalho buscou-se aproveitar o bagaço de maçã como substrato para a produção de proteína unicelular em dois tipos de cultivo: fermentação submersa, onde a levedura Candida utilis CCT 3469 foi cultivada no extrato obtido da prensagem do bagaço em biorreator de bancada e fermentação em estado sólido (FES), onde o fungo Rhizopus oligosporus CCT 4134 foi empregado no enriquecimento protéico deste resíduo em reatores de coluna. O bagaço de maçã mostrou-se rico em açúcares redutores e fibras, servindo como uma excelente fonte de carbono para bioprocessos. C. utilis apresentou parâmetros cinéticos discretos quando cultivada no extrato de bagaço de maçã, alcançando uma produtividade em biomassa de 0,192 g.L-1.h-1. As células produzidas apresentaram cerca de 48 % de proteína bruta em peso seco, confirmando o elevado teor protéico da biomassa desta levedura. Na fermentação em estado sólido, após estudar a influência da adição de fontes de nitrogênio e de soluções tampão sobre a produção de proteína e sobre a manutenção do pH do substrato, obteve-se um enriquecimento protéico de mais de 5 vezes sobre o teor protéico inicial do bagaço, em cultivo realizado dentro da faixa de pH considerada ótima para o fungo. R. oligosporus colonizou o substrato em pouco tempo, mostrando grande potencial na bioconversão do bagaço de maçã, chegando a produzir 30 % de proteína na melhor condição verificada.
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Atividade de enzimas lignocelulolíticas no crescimento de Lentinula edodes em subprodutos energéticos

Regina, Magali [UNESP] 27 October 2004 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:31:34Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2004-10-27Bitstream added on 2014-06-13T20:22:25Z : No. of bitstreams: 1 regina_m_dr_botfca.pdf: 906659 bytes, checksum: 2703d887158a2588e3476685424857a3 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / O cultivo de cogumelos comestíveis, em subprodutos energéticos, representa o principal exemplo da conversão direta de resíduos lignocelulósicos em um artigo com alto valor agregado, com benefício para o gênero humano e uma fonte de energia biosintética comercialmente importante. O objetivo do trabalho foi verificar a atividade de enzimas lignocelulolíticas do Lentinula edodes crescendo em resíduos agrícolas, utilizando-se três tipos de incubação: meio líquido, sistema estacionário e bioreator. As linhagens LE 95/17, LE 96/22 e Leax foram incubadas em substratos compostos de casca de arroz (CA), serragem de eucalipto (SE), bagaço de mandioca (BM) e bagaço de cana-de-açúcar (BC), suplementado com 20% de farelo de arroz e 1% de CaCO3. Foram avaliados a velocidade de crescimento miceliano e a atividade de enzimas oxidativas e hidrolíticas. As linhagens em meio de cultura líquido não apresentam atividades expressivas de manganês peroxidase e lacase. SE e BC, utilizados no sistema estacionário, mostraram ser os mais eficientes para as atividades de MnP, enquanto que para a atividade da lacase apenas SE. O sistema estacionário, em SE, foi melhor que o bioreator para atividade de enzimas hidrolíticas. O bagaço de mandioca pode ser uma alternativa viável como substrato, ou na forma de complemento à outros substratos, por propiciar um rápido crescimento miceliano. A lignina peroxidase não foi detectada em nenhum dos experimentos. / The cultivation of mushrooms in by-products represents the main example of the direct conversion of lignocellulosic residues in an article with high attached value with benefit for the mankind and source of commercially important biosynthetic energy. The aim of this work was verify the activity of the Lentinula edodes lignocellulolitic enzymes growing in agricultural residues utilizing three kinds of incubation: liquid culture medium, solid static state and bioreactor. The LE 17/95, LE 22/96 and Leax strains were incubated in substrates composed of peel of rice (PR), eucalyptus sawdust (ES), cassava bagasse (CB) and sugar cane bagasse (SB), supplemented with 20% of rice brans and 1% of CaCO3. The mycelium growth velocity, the oxidative and hydrolytic enzymes activity were evaluated. The strains in liquid culture medium don't presented expressive activities of manganese peroxidase (MnP) and laccase. SE and BC utilized in solid static state system showed to be more efficient to MnP activity while laccase only SE. The solid static state system was better than bioreactor to hydrolytic enzymes activity in SE. The cassava bagasse can be a substrate alternative for having a fast mycelium growth. The lignin peroxidase was not detected in the experiments.
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Otimização das condições de cultivo do fungo endofítico Phomopsis sp. extraído da Bauhinia variegata para produção de metabólitos secundários com atividade antioxidante / Culture conditions optimization for the production of secondary metabolites with antioxidant activity by the endophytic fungi Phomopsis sp. extracted from Bauhinia variegata

Costa, Karina Oliveira da 29 January 2016 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências Farmacêuticas, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-04-01T18:31:54Z No. of bitstreams: 1 2016_KarinaOliveiradaCosta.pdf: 2735810 bytes, checksum: 2755a4d40bbd144db37c37b9740ac24e (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-04-26T21:44:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_KarinaOliveiradaCosta.pdf: 2735810 bytes, checksum: 2755a4d40bbd144db37c37b9740ac24e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-26T21:44:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_KarinaOliveiradaCosta.pdf: 2735810 bytes, checksum: 2755a4d40bbd144db37c37b9740ac24e (MD5) / Variações no ambiente de crescimento de microrganismos podem ter impactos consideráveis sobre a quantidade e diversidade de metabólitos secundários produzidos por esses. Assim, a otimização de culturas microbianas, pode ter efeitos significativos quando se quer aumentar o rendimento de um determinado metabólito. Este trabalho foi realizado para avaliar a influência de alguns fatores nutricionais e ambientais sobre a produção de compostos fenólicos (flavonoides e polifenóis), assim como foi conduzida a otimização das condições experimentais que resultassem em uma atividade antioxidante mais elevada dos extratos dos metabólitos produzidos pelo fungo Phomopsis sp., isolado a partir de folhas da Bauhinia variegata. Para a otimização da produção de polifenóis totais, flavonoides e da atividade antioxidante dos extratos (variáveis dependentes – respostas preditas), foi realizado um delineamento experimental fatorial 23 no modelo de faces centradas (DFC), com três variáveis independentes denominadas pH inicial do meio, temperatura de incubação (°C) e concentração de peptona no meio (g/L). As variáveis independentes foram codificadas em três níveis (-1, 0, +1). Utilizando-se a ferramenta de planejamento experimental com a metodologia de superfície de resposta (MSR) foi possível investigar a influência das variáveis independentes, assim como a forma de interação entre elas. O comportamento da produção de flavonoides e polifenóis, assim como da atividade antioxidante quando em diferentes condições ambientais foi eficientemente compreendido através de métodos estatísticos. Modelos polinomiais de segunda ordem foram utilizados para prever cada uma das três respostas. A análise de regressão da resposta atividade antioxidante mostrou que 93,9% da variação foi explicada pelo modelo. Estes resultados indicam que fatores nutricionais e ambientais desempenham um papel importante na produção de metabólitos secundários com atividade antioxidante pelo fungo Phomopsis sp. _______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Variations in microbial growth environment can have significant impacts on the quantity and diversity of secondary metabolites produced. Thus, the optimization of microbial cultures may have significant effects when one wants to increase throughput of a particular metabolite. This study was conducted to evaluate the influence of nutrition and environmental factors on the production of phenolic compounds (polyphenols and flavonoids), as well as optimization of the experimental conditions that would result in a higher antioxidant activity on the extracts of the metabolites produced by the fungus Phomopsis sp. isolated from Bauhinia variegata leaves. For optimization of the production of total polyphenols, flavonoids as well as extracts with high antioxidant activity (dependent variables - predicted responses) a factorial experimental design 23 was performed using a face-centered cubic design (FCD) of experiments, with three independent variables, namely initial pH, incubation temperature (°C) and concentration of peptone (g/L). The independent variable were coded at three levels (-1, 0, +1). Using the experimental design tool with the response surface methodology (RSM) was possible to investigate the influence of the independent variables, as well as the form of interaction between them. Second order polynomial models were used to predict each of the three answers. The regression analysis of the antioxidant activity response showed that 93.9% of the variation was explained by the model. These results indicate that nutritional and environmental factors play an important role in production of secondary metabolites with antioxidant activity, which can be better understood and studied using mathematical and statistical methods. The production profile of flavonoids and polyphenols, as well as antioxidant activity of the extracts produced by Phomopsis sp. in different environmental conditions were efficiently predicted using statistical methods.
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Enzimas degradadoras de parede celular de plantas produzidas por Rhizoctonia solani AG-1 IA : estudo da produção extracelular, purificação e caracterização /

Bistratini, Erica Aparecida Santos. January 2016 (has links)
Orientador: Heloiza Ferreira Alves-Prado / Banca: Fabiana da Fonseca Zanoelo / Banca: Ana Maria Cassiolato / Banca: Paulo César Ceresini / Banca: Gustavo Orlando Bonilla Rodriguez / Resumo: O presente trabalho configura-se no estudo da produção de enzimas degradadoras de parede celular de plantas (EDPCP), produzida por Rhizoctonia solani AG-1 IA obtido de culturas de arroz, braquiária e soja. As enzimas inicialmente estudadas foram celulases, β-glucosidase, xilanase, pectinases, amilase, lípases e proteases excretadas extracelularmente para o meio de cultivo. Foram avaliados 87 isolados de Rhizoctonia solani AG-1 IA, e adotado o cultivo em estado sólido utilizando farelo de trigo como fonte de carbono inicial para indução da produção extracelular das enzimas e avaliar o potencial dos isolados. O estudo do efeito da fonte de carbono foi realizado com cinco isolados de cada tipo de cultura, os quais foram cultivados em farelo de trigo, braquiária triturada, palha de soja, palha de milho, sabugo de milho e palha de arroz. Os melhores resultados para atividade xilanase foi do isolado PA_B1F6 obtido de culturas de braquiária quando cultivado em farelo de trigo (15,82 U mL-1 ), para CMCase e Avicelase os melhores resultados foram obtidos com os isolados MA_217 e TO_064 obtidos de culturas de soja quando cultivado em palha de milho (3,24 U mL-1 ) e palha de soja (2,91 U mL-1 ), respectivamente, e para β-glucosidase os melhores resultados foram obtidos com o isolado TO_022 (2,75 U mL-1 ) obtido de cultura de soja cultivado em braquiária. A atividade de amilase foi superior no cultivo em farelo de trigo para o isolado ROB4D7 (142,88 U mL-1 ) obtido da cultura de braquiária e a pectinase do isolado PA_B1F6 (17,69 U mL-1 ) obtido da cultura de braquiária quando cultivado em substrato braquiária. O isolado MT_S085 obtido da cultura de soja apresentou melhor atividade de protease (1154,52 UAP mL-1 ) no cultivo com farelo de trigo e melhor atividade lípase (30,57 U mL-1 ) quando cultivado em substrato de braquiária. Os cinco isolados de cada tipo de cultura foram... / Abstract: The Present work covers the study of the production of degradative enzymes from plant cell wall (EDPCP) produced by Rhizoctonia solani AG-1 IA isolated from rice, signalgrass and soybean. The enzymes studied initially were cellulases, β-glucosidase, xylanase, pectinase, amylase, lipase and proteases extracellularly secreted into the culture medium. It was evaluated 87 isolates of Rhizoctonia solani AG-1 IA and adopted cultivation in the solid state using wheat bran as the initial carbon source for inducing the production of extracellular enzymes and assess the potential isolates. The study of the effect of carbon source was performed with five isolates of each type of culture which were cultured on wheat bran, comminuted signalgrass, soybean straw, corn stover, corn cobs and rice straw. The best result results for xylanase activity was the isolated PA_B1F6 from cultures of signalgrass grown in wheat bran (15.82 U mL- 1 ) to Avicelase and CMCase and the best results were obtained for the isolated of soybean MA_217 and TO_064 when grown corn straw (3.24 U ml-1 ) and soybean straw (2.91 U ml-1 ), respectively. For β-glucosidase the best results were obtained for the isolated of soybean TO_022 (2.75 U ml-1 ) grown in signalgrass. The amylase activity was higher in culture with wheat bran for isolated ROB4D7 from the signalgrass culture (142.88 U mL-1 ). The best pectinase activity was by the PA_B1F6 isolated signalgrass culture (17.69 U mL-1 ) when grown in signalgrass as substrate. The MT_S085 isolated from soybean showed better protease activity (UAP 1154.52 ml-1 ) in culture with wheat bran. For this same isolated, but when grown in signalgrass substrate was observed the best lipase activity (30.57 U mL-1 ). The five isolates of each type were grown in culture substrates that indicated better xylanase activity to evaluate the activity profile over time. Isolates obtained from ... / Doutor
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Isolamento e seleção de micro-organismos produtores de xilanase /

Santos, Erica Aparecida de Oliveira. January 2012 (has links)
Orientador: Heloiza Ferreira Alves do Prado / Coorientador: Miguel Luiz Menezes Freitas / Banca: Paulo Cezar Ceresini / Banca: Rodrigo Simões Ribeiro Leite / Resumo: Celulose e hemicelulose são os polissacarídeos mais encontrados em todo o mundo. Em plantas, a celulose e a hemicelulose estão situados entre a lignina formando as fibras de celulose. As enzimas hemicelulolíticas produzidas por micro-organismos têm atraído uma grande atenção desde a década passada, particularidade devida as suas características biotecnológicas em vários processos industriais como indústrias de alimentos, ração animal, etanol e papel e celulose. Assim neste trabalho foram isoladas linhagens fungicas de duas regiões de Cerrado, na qual oito linhagens fúngicas foram analisadas quanto ao perfil de produção enzimática sob fermentação em estado sólido, utilizando resíduo agroindustrial como substrato. Foram determinadas atividade enzimática para xilanase e CMCase. A melhor atividade enzimática para xilanase obteve-se a partir do fungo mesofílico Neosartorya spinosa P2D19 com 20,6 U ml-1 (133,0 U/g), após 72 horas de cultivo sob fermentação em estado sólido. A enzima mostrou-se mais ativa em pH 5,0, porém cerca de 85% da atividade foi mantida em pH 7,5. A temperatura ótima dessa xilanase foi em 60° C / Abstract: Cellulose and hemicellulose are polysaccharides found all over the world. In plants, the cellulose and hemicellulose are localed between the lignin forming the cellulose fibers. Hemicellulolytic enzymes produced by microorganisms has attracted great attention over the past decade due to its special features in several biotechnological industrial processes such as food industries, animal feed, ethanol and pulp and paper. In this study, fungal strains were isolated from two Cerrado areas, from which eight fungal strains were analyzed for enzyme production profile in solid fermentation state using agro industrial residue as substrate. Enzyme activity was determined for xylanase and CMCase. The highest xylanase enzyme activity was obtained with fungi mesophilic Neosartorya spinosa strain P2D16 with 20.6 U.ml-1 (133 U/g) after 72 hours of cultivation under solid fermentation state. The enzyme was more active at pH 5.0, although of its 85% activit was maintained at pH 7.5. The optimum temperature for xylanase activity was 60° C / Mestre
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Síntese enantiosseletiva de β-aminoésteres quirais através de sistemas enzimáticos envolvendo transaminases /

Cruz, Raquel Sabará da. January 2016 (has links)
Orientador: Cintia Duarte de Freitas Milagre / Banca: Maysa Furlan / Banca: Leandro Helgueira Andrade / Resumo:  - aminoésteres/ácidos quirais enantiomericamente puros são blocos construtores quirais economicamente importantes para a indústria farmacêutica, de química fina, e agroquímica. As transaminases, também conhecidas como aminotransferases têm emergido como uma importante classe de enzimas com grande potencial na síntese enantiosseletiva de sses compostos. Neste trabalho foi avaliada a reatividade de  - transaminases frente a  - cet oésteres arílicos (benzoilacetato de etila) e alquílicos (acetoacetato de etila) visando à síntese enantiosseletiva de  - aminoésteres/ácidos . As enzimas utilizadas neste trabalho foram produzidas no laboratório a partir de plasmídeos contendo genes que cod ificam  - transaminases ( R ) e ( S ) - seletivas provenientes de diferentes micro - organismos. Essas enzimas juntamente com uma enzima comercial ( S ) - seletiva foram empregadas em reações de aminação assimétrica utilizando substratos  - cetoésteres, e na resolução c inética da ( R,S ) - feniletilamina. Parâmetros como concentração de enzima:substrato, com postos doadores de grupo amino, temperatura e pH foram avaliados visando à otimização dos rendimentos e enantiosseletividade. As enzimas produzidas apresentaram excel entes conversões (> 99 %) na s reações de síntese assimétrica e elevados excessos enantioméricos (> 99 %) em praticamente todas as reações de resolução cinética nas quais o acetoacetato de etila foi empregado como substrato. Por outro lado, nas reações onde o benzoilacetato de etila foi empregado como aceptor de amina, não se observou a f ormação do produto de interesse. / Abstract: Optically pure  - amino esters/ acids constitute economically important chiral building blocks for the pharmaceutical, fine chemical and agrochemical industries. T ransaminase s, also known as aminotransferases have emerged as an important class of enzymes with great potential in the enantioselective synth esis of these compounds. In this work, was evaluated the reactivity of  - transaminase against aryl ( ethyl benzoylacetate) and alkyl (ethyl acetoacetate)  - keto esters for the enantioselective synthesis of  - amino esters/ acids . The enzymes used in this work were produced in the lab oratory from pla smids containing genes encoding ( R ) and ( S ) - selective  - transaminases from different micro - organisms. These e nzyme s along with a ( S ) - selective commercial enzyme were employed in the asymmetric amination reactio ns using  - keto esters substrates and kinetic resolution of ( R, S ) - phenylethylamine. Parameters s uch as concentration of enzyme:substrate, amino group donors, temperature and pH were evaluated aiming to optimize yields and enantioselectivity. The e nzymes produced showed excellent conversion (> 99%) in the asymmetric synthesis reactions and high enantiomeric excess (> 99%) in practically all kinetic resolution reactions in which ethyl acetoacetate was used as substrate. On the other hand, in reaction s where the ethyl benzoylacetate was used as amino acceptor, was not observed the formation of the product of interest. / Mestre

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