Em muitas partes do mundo o aumento na demanda de água tem estimulado pesquisas relacionadas às práticas de reuso sustentáveis. Dentre as atividades humanas, a irrigação agrícola se revela como uma das práticas de maior consumo de recursos hídricos naturais. Uma alternativa para minimizar este problema é o reuso de efluentes gerados por sistemas biológicos de tratamento de esgotos. O objetivo desta pesquisa foi avaliar os efeitos da irrigação com esgoto tratado na dinâmica do carbono (C) e nitrogênio (N) e na atividade microbiana de um solo sob pastagem. O estudo foi conduzido em uma pastagem de capim-Bermuda Tifton 85 (Lins-SP), onde o delineamento experimental foi o de blocos completos com seis tratamentos: SI (sem irrigação e sem fertilização), A100 (água potável + 520 kg de N ha-1 ano-1); E0, E33, E66 e E100 (irrigação com esgoto tratado + 0, 33, 66 e 100% de 520 kg de N ha-1 ano-1). Os tratamentos receberam entre 420 a 1500 mm de esgoto tratado e água por ano, correspondendo a uma entrada pelo esgoto tratado de 640 a 2300 kg ha-1 ano-1 de C e de 135 a 480 kg ha-1 ano-1 de N. Utilizando como referência os estoques de C e N de SI, o menor decréscimo de C ocorreu em E33 (1,2 Mg ha-1) e o maior em A100 (7,9 Mg ha-1). Alterações no estoque de N do solo ocorreram após quatro anos de irrigação, onde A100 apresentou decréscimo de cerca de 450 kg de N ha-1. Os estoques de N dos tratamentos irrigados com esgoto tratado não foram afetados. A entrada de C e N orgânicos pelo esgoto tratado não afetaram a composição isotópica do C (\'delta\' 13C) e do N (\'delta\' 15N) da fração estável da matéria orgânica do solo (MOS) do solo. A alteração de \'delta\' 13C nos solos dos tratamentos irrigados (-0,7 a -1,2%o ), em relação a SI, foi resultante da mineralização do carbono orgânico remanescente do solo (plantas C3). Os valores de \'delta\' 15N do N da MOS (0 a 5 cm) foram significativamente maiores (+2,2%o) nos tratamentos irrigados com esgoto tratado do que em SI e A100, refletindo diferenciadas taxas e processos de ciclagem de N. A abundância natural de 15N nas folhas do capim-Bermuda refletiu a composição isotópica do N do solo, com enriquecimento de +2,5%o e +4,9%o em relação a A100 e SI, respectivamente. As taxas líquidas de mineralização e nitrificação negativas ou nulas nas épocas Seca-04, Chuvas-05 e Seca-05 indicaram predominância de processos de imobilização do N pela microbiota em virtude uma alta relação C:N da MOS. Nas épocas de Chuvas-06 e Seca-06 as taxas tornaramse positivas indicando a diminuição da relação C:N da MOS, término do efeito priming e, portanto, ciclagem interna de N. Os solos dos tratamentos apresentaram baixo consumo (-0,1kg de C ha-1 sem-1) ou pequena emissão média de CH4 (+0,8 kg de C ha-1 sem-1). A disponibilidade de N e a umidade do solo não representaram fatores limitantes nos tratamentos, assim as emissões de CO2 não diferiram entre si na maior parte das datas de coleta (médias de 14,7 e 12,2 Mg de C ha-1 para épocas de chuvas e seca, respectivamente). Os maiores fluxos de CO2 relacionaram-se com os períodos de maior precipitação e/ou irrigação do que com os tratamentos. Os maiores fluxos de N2O foram observados após a aplicação de N mineral nos tratamentos irrigados com esgoto tratado, sendo proporcionais as maiores quantidades de N adicionado. As relações médias entre o C da biomassa microbiana e o C orgânico total (Cmic:COT) dos tratamentos variaram de 2,3 a 3,8% ao longo das épocas, indicando boa resiliência do agroecossistema, onde os microrganismos apresentaram variações temporárias de biomassa. Interferências positivas do manejo (corte do capim e fertilização com N mineral) resultando em aumento de Cmic foram observadas no 1º ano hidrológico e Seca-06, como resultado da maior umidade do solo e com isso condições mais favoráveis para a disponibilização de C. Na Seca-04, com o aumento da atividade metabólica, e Chuvas-05, sem alteração deste parâmetro, ao longo do manejo, o quociente metabólico (qCO2) apresentou um cenário de eficiente conversão de C-CO2 em biomassa microbiana. No 2º ano hidrológico, com a diminuição das lâminas de irrigação os tratamentos irrigados e fertilizados apresentaram decréscimo de Cmic e respiração mantida (Seca-05) ou aumentada (Chuvas-06) após o manejo, os valores de qCO2 indicaram condições desfavoráveis a microbiota. Com a pouca interferência dos tratamentos, os indicadores eco-fisiológicos não foram suficientemente sensíveis para mostrar o manejo com menor impacto na qualidade do solo, revelando apenas cenários do metabolismo microbiano ao longo das práticas agrícolas. A quantidade de C exportada por E33, como biomassa (15,2 Mg de C ha-1 ano-1) não diferiu das maiores produções, a alteração em seu estoque de C foi inferior aos demais tratamentos irrigados, sugerindo ser o manejo mais sustentável, em termos de C, utilizando esgoto tratado como irrigação. Os tratamentos E100 (Seca-04) e E66 (Chuvas-05) representaram os manejos com as maiores exportações de N, respondendo linearmente até 940 ha-1 de N ano-1. De acordo com as variáveis avaliadas, o manejo com maior sustentabilidade produtiva e ambiental foi o tratamento E100, situação onde as saídas de N não superaram as entradas / In many parts of the world, the increasing demand and, especially in arid regions the natural scarcity of water has stimulated researches in terms of sustainable water reuse practices. Within human activities, common agricultural irrigation reveals one of the most consumptive practices of natural water resources. One alternative to minimize this problem represents the reuse of effluent generated by biological sewage treatment systems. The objective of this study was to investigate the impact of treated wastewater application in the dynamic of carbon (C) and nitrogen (N), and microbial metabolism of a soil under pasture. The study was carried out at Lins, São Paulo State, Brazil on a Tifton 85 bermudagrass pasture irrigated with secondary treated sewage effluent using a randomized complete block design with six treatments: SI (control, without irrigation and fertilization), W100 (potable water irrigation + 520 kg of N ha-1 year-1); E0, E33, E66 and E100 (treated wastewater irrigation + 0, 33, 66 and 100% of 520 kg of N ha-1 year-1). Samples of treated effluent/water, soil, plant (litter fall), and gases were taken from January 2004 through October 2007 and the treatments were kept under irrigation management receiving between 420 and 1,500 mm of water and treated sewage corresponding to an input of 640 to 2,300 kg ha-1 yr-1 of C and 135 to 480 kg ha-1 year-1 of N . Soil C stocks decreased slightly in the E33 treatment (-1.3 Mg ha-1) and a larger decrease was observed in W100 (-7.9 Mg ha-1). The inputs of organic C by the treated sewage did not affect the soil carbon isotopic composition (\'delta\' 13C), and in the irrigated treatments measured shifts in the isotopic signature (-0,7 a -1,2%o ) were caused by the mineralization of the remaining soil organic matter (SOC) (C3 plants). After 4 years of irrigation the only significant changes in soil N stocks were found in the W100 treatment (-450 kg de N ha-1). The \'deta\' 15N signature of the soil organic matter (0-5 cm depth) in the treatments irrigated with treated sewage was significantly higher (+2,2%o) than WI and W100, this suggests higher nitrogen cycling. The \'delta\' 15N signature of grass was enriched relative to the soil of W100 and WI +2,5%o and +4,9%o respectively). Negative or null rates of mineralization and nitrification occurred in the dry season of 2004, rainy and dry season of 2005 indicated an immobilization by the microorganisms, as a result of a high C:N ratio in the SOC. In the dry and wet seasons of 2006, mineralization and nitrification rates became positive suggesting a decrease of the C:N ratio, and the end of both priming effect and, thus the beginning of N cycling in the soil organic matter. Soils in the treatments showed low CH4 consumption rates (-0.1 kg de C ha-1 semester-1) and in some cases low emissions (+0.8 kg de C ha-1 emester-1). Nitrogen availability and soil moisture did not appear to be limiting factors for the treatments, thus CO2 emissions did not differ from each other over the collections (averages of 14.7 e 12.2 Mg of C ha-1 for wet and dry season, respectively). The highest CO2 fluxes were more related to periods of high precipitation and/or irrigation than to the applied treatments. The highest emissions of nitrous oxide were observed after the application of mineral N to the treatments irrigated with treated sewage, and the emissions were straightly related to the N addition. Values of Cmic:TOC (microbial C : Total Organic C) in the treatments averaged between 2.3 and 3.8 % through the seasons which means a significant resilience of the ecosystem, indicating that soil microbial community varied seasonally in their Cmic. Addition of mineral nitrogen and grass cutting practices influenced positively resulting in increase of Cmic in the first hydrological year and in the dry season in 2006, as well as an increase of soil moisture resulting in good conditions for C availability. With the increase metabolic activity in the dry season of 2004 and a continuous metabolic activity in the rainy season in 2005, the metabolic quotient (qCO2) resulted in an efficient scenario of conversion of C-CO2 into microbial biomass. In the second year, with a decrease of the irrigation depths and an increase in salts concentration after fertilization, the treatments irrigated with treated sewage and fertilizers presented decrease of Cmic with stable respiration (dry season 2005) or increase respiration (wet season 2006) after the management, and as a result qCO2 indicated inappropriate conditions for the microorganisms. In the dry season (2006) the physiological profile of the soil remained instable with no stress and Cmic increased and soil respiration remained inaltered. According to these results, the microbial indicators were not efficiently sensitive for revealing the more impacting management to the soil. The co-physiological indicators showed only the regular microbial metabolism along the agricultural practices. Carbon biomass exported by the grass in the E33 (15.2 Mg C ha-1 yr-1) did not differ from the biomass produced in the other treatments and the alterations in its C stocks were low compared to the other treatments. As a result, E33 seems to be the more sustainable and efficient practice for treated sewage use. Both the E66 and E100 treatments had high measured rates of N export, responding linearly up to 940 kg of N ha-1 yr-1. Thus, according to the variables studied, the management with highest sustainability was E100 where N outputs did not surpass the inputs

O Brasil é um dos países com a maior biodiversidade do mundo, embora existam ainda poucos estudos sobre a biodiversidade microbiana dulcícola, assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade e estrutura das comunidades bacterianas presentes no corpo e afluentes do Rio Tietê e relacioná-las às variáveis ambientais. Foram obtidos 385 fragmentos terminais de restrição representando a temporada de estiagem em 2013 e 217 TRFs representando a temporada de cheias em 2014. As análises de Redundância (RDA) apresentaram separação entre as amostras de acordo com o período de coleta seguida da qualidade da água de origem e a temporada 2013 apresentou maior riqueza e diversidade com relação à 2014. Já a técnica de sequenciamento por MiSeq Illumina, apresentou 2.130.122 sequências com boa qualidade e o parâmetro temperatura representou a principal variável ambiental agindo sobre a riqueza das comunidades avaliadas, além disso, a localização geográfica dos rios e suas conexões representaram fatores importantes para a distribuição dos gêneros observados. / Brazil is considered one of the countries with the highest biodiversity; however, there are few studies on microbial diversity in freshwaters. Thereby, the aim of present work was to evaluate the diversity and structure of bacterial community present in Tietê river and its tributaries, for that, 28 points along Tietê River Basin were evaluated by T-RFLP and 14 points were chosen based on these results for partial sequencing of rRNA 16S gene by MiSeq Illumina. 385 Terminal Restriction Fragments were obtained for season 2013 and 217 for 2014 and Redundancy Analysis presented separation between samples according to seasons followed by water quality group separation. Season 2013 presented higher richness and diversity compared to season 2014 and high throughput sequencing presented 2.130.122 sequences with good quality. Temperature parameter represented the main environmental variable acting on the richness of assessed communities, in addition, the geographic location of the rivers and their connections were important factors for the distribution of observed genera.

O objetivo deste trabalho foi analisar comparativamente alguns microrganismos que compõe a microbiota intestinal endógena de crianças eutróficas (30), com sobrepeso (24) e obesas (30) entre 3 a 11 anos, a partir de amostras fecais. Foi realizado o isolamento de espécies de Bacteroides, Parabacteroides e Clostridium; a identificação de B. fragilis e C. perfringens enterotoxigênicos; e a detecção quantitativa por PCR (SybrGreen) de B. fragilis, B.vulgatus, P. distasonis, C. perfringens, C. difficile, Bifidobacterium spp., Lactobacillus spp., Bacteroidales e Clostridium (cluster I). As espécies C. perfringens e B. vulgatus foram as mais isoladas; nenhum isolado B. fragilis foi enterotoxigênico; todos C. perfringens foram classificados como tipo A e destes 8,7% e 12,2% possuiam os genes tpeL e netB, respectivamente. C. perfringens, C. difficile e Bifidobacterium spp. estavam em maior quantidade em crianças eutróficas, enquanto obesos e com sobrepeso apresentaram maior número de Lactobacillus spp. e Bacteroidales. / The aim of this study was to evaluate some microorganism from endogenous intestinal microbiota of normal weight (30), overweight (24) and obese (30) children between 3 and 11 years, from fecal samples. It was performed the isolation of species of Bacteroides, Parabacteroides and Clostridium; the identification of B. fragilis and C. perfringens enterotoxigenic; and the quantitative detection by PCR (SybrGreen) B. fragilis, B. vulgatus, P. distasonis, C. perfringens, C. difficile, Bifidobacterium spp., Lactobacillus spp., Bacteroidales and Clostridium (cluster I). The species C. perfringens and B. vulgatus were the most isolated; no isolated B. fragilis was enterotoxigenic; all C. perfringens were classified as type A and these 8.7% and 12.2% harbored tpeL and netB genes, respectively. C. perfringens, C. difficile and Bifidobacterium spp. were in greater quantity in normal weight children while obese and overweight showed a higher number of Lactobacillus spp. and Bacteroidales.

Os médicos veterinários que trabalham com répteis frequentemente são indagados pelos proprietários sobre os tipos de doenças que estes animais podem transmitir, bem como sobre as medidas profiláticas que devem ser implementadas para prevenir a transmissão de doenças. Desta forma, o conhecimento sobre os patógenos que estes animais albergam passa a ser importante para orientação dos proprietários quanto aos cuidados adequados que devem ser adotados com estes animais. Os microrganismos que compõem a microbiota podem se tornar patogênicos para seus hospedeiros quando os mesmos encontram-se debilitados, bem como a eliminação contínua destes microrganismos (pelas fezes, por exemplo) por répteis aparentemente saudáveis ou mesmo doentes, pode representar um importante problema para pessoas que tenham contato com eles. Crianças, idosos e indivíduos imunossuprimidos ou imunocomprometidos são bastante suscetíveis às infecções após manipulação de répteis criados como pet. Considerando-se que os répteis participam de forma crescente do mercado de animais criados como pet, suas características microbiológicas devem ser pesquisadas, visando evitar que eles adoeçam ou venham a óbito devido à ocorrência de doenças infecciosas e não transmitam zoonoses para aqueles que os manipulam. Este trabalho teve como objetivos o estudo da microbiota bacteriana e fúngica presente na cloaca de jabutis (Geochelone carbonária) criados em domicílio e análise do potencial risco a saúde humana. Foram realizados exames microbiológicos de swabs de cloaca de 100 jabutis-piranga visando a pesquisa de bactérias aeróbias, anaeróbias facultativas e fungos filamentosos e leveduras. Foram isolados 18 gêneros de bactérias, 06 gêneros de leveduras e 03 gêneros de fungos filamentosos. Os gêneros de microrganismos isolados com maior freqüência foram: Escherichia sp. (67%), Klebsiella spp. (54%), Bacillus spp. (42%), Candida spp. (42%), Citrobacter spp. (33%), Staphylococcus spp. (29%), Corynebacterium spp. (15%) e Aeromonas spp. (15%), dentre outros com menor freqüência. A freqüência de isolamentos de E. coli (67%) foi semelhante à de Klebsiella spp. (54%) e maior (P<0,05) do que as frequências de isolamentos de todos os outros microrganismos. Todos os microrganismos isolados podem representar risco para a saúde humana, devendo-se atentar para os cuidados com répteis criados como animais pet, particularmente quanto aos aspectos de higiene relacionados aos mesmos, visando assim a prevenção destes riscos. / Veterinarians who work with reptiles are frequently asked by owners about diseases that these animals can transmit, as well about the preventative measures that should be taken to prevent the transmission of diseases. Therefore, knowledge about pathogens that inhabit these animals and represent a potential zoonotic risk are very important in order to allow veterinarians to give proper recommendations about husbandry and preventative methods. Children, elderly people, and imunocompromised individuals are increasingly susceptible to infections after reptile pet manipulation. The microorganisms which form the microbiota can become pathogenic for their host if the host is debilitated. Transmission of these microorganisms from healthy or sick reptiles can be hazardous for people that have contact with them. Considering that reptiles are increasing obtained as pet, their microbiota should be investigated in order to prevent transmission of disease to people who manipulate them. The purposes of this paper were to evaluate the bacterial and fungal microbiota in the companion tortoise (Geochelone carbonaria) and to analyze the potential public health risk. One hundred samples of feaces from cloaca were obtained from jabutis-piranga and microbiological examinations were made for the presence of aerobic and facultative anaerobic bacteria, filamentous fungi and yeasts. Eighteen genus of bacteria, six genus of yeasts, and three genus of fungi were identified. The most frequently isolated genus were: Escherichia sp. (67%), Klebsiella spp. (54%), Bacillus spp. (42%), Candida spp. (42%), Citrobacter spp. (33%), Staphylococcus spp. (29%), Corynebacterium spp. (15%) and Aeromonas spp. (15%). The number of isolated E. coli (67%) was similar to that of Klebsiella sp. (54%), and was greater than (P<0.05) the total number of other species isolated. All isolated microorganisms present a public health risk. Therefore, care should be taken when obtaining these reptiles as pets, especially with regards to husbandry and proper hygiene in order to prevent the risk of contamination with the microbiota.

Introdução: A microbiota intestinal possui grande diversidade de bactérias, predominantemente dos filos Bacteroidetes e Firmicutes, com múltiplas funções. A alimentação pode alterar sua composição e função. Alto teor de gordura saturada altera a permeabilidade intestinal, eleva os lipopolissacarídeos e predispõe à inflamação subclínica crônica. Dieta rica em fibras, como a vegetariana, induz elevação de ácidos graxos de cadeia curta e benefícios metabólicos. Objetivos: Para analisar a composição da microbiota intestinal de adventistas com diferentes hábitos alimentares e associá-los à inflamação subclínica e resistência à insulina, esta tese incluiu: 1) revisão dos mecanismos que associam a alimentação à microbiota intestinal e ao risco cardiometabólico; 2) verificação da composição da microbiota intestinal segundo diferentes hábitos alimentares e de associações com biomarcadores de doenças cardiometabólicas; 3) avaliação da associação entre a abundância de Akkermansia muciniphila e o metabolismo da glicose; 4) análise da presença de enterótipos e de associações com características clínicas. Métodos: Este estudo transversal incluiu 295 adventistas estratificados segundo hábitos alimentares (vegetariano estrito, ovo-lacto-vegetariano e onívoro). Foram avaliadas associações com dados clínicos, bioquímicos e inflamatórios. O perfil da microbiota foi obtido por sequenciamento do gene 16S rRNA (Illumina® Miseq). Resultados: 1) Há evidências de que as relações entre dieta, inflamação, resistência à insulina e risco cardiometabólico são em parte mediadas pela composição da microbiota intestinal. 2) Vegetarianos apresentaram melhor perfil clínico quando comparados aos onívoros. Confirmou-se maior abundância de Firmicutes e Bacteroidetes, que não diferiram segundo a adiposidade corporal. Entretanto, vegetarianos estritos apresentaram mais Bacteroidetes, menos Firmicutes e maior abundância do gênero Prevotella quando comparados aos outros dois grupos de hábitos alimentares. Entre os ovo-lactovegetarianos verificou-se maior proporção de Firmicutes especialmente do gênero Faecalibacterium. Nos onívoros, houve super-representação do filo Proteobacteria (Succinivibrio e Halomonas) comparados aos vegetarianos. 3) Indivíduos normoglicêmicos apresentaram maior abundância de Akkermansia muciniphila que aqueles com glicemia alterada. A abundância desta bactéria correlacionou-se inversamente à glicemia e hemoglobina glicosilada. 4) Foram identificados três enterótipos (Bacteroides, Prevotella e Ruminococcaceae), similares àqueles previamente descritos. As concentrações de LDL-C foram menores no enterótipo 2, no qual houve maior frequência de vegetarianos estritos. Discussão: 1) Conhecimentos sobre participação da microbiota na fisiopatologia de doenças poderão reverter em estratégias para manipulá-la para promover saúde. 2) Apoia-se a hipótese de que hábitos alimentares se associam favorável ou desfavoravelmente a características metabólicas e inflamatórias do hospedeiro via alterações na composição da microbiota intestinal. Sugerimos que a exposição a alimentos de origem animal possa impactar negativamente nas proporções de comunidades bacterianas. 3) Sugerimos que a abundância da Akkermansia muciniphila possa participar do metabolismo da glicose. 4) Reforçamos que a existência de três enterótipos não deva ser específica de certas populações/continentes. Apesar de desconhecido o significado biológico destes agrupamentos, as correlações com o perfil lipídico podem sugerir sua utilidade na avaliação do risco cardiometabólico. Conclusões: Nossos achados fortalecem a ideia de que a composição da microbiota intestinal se altera mediante diferentes hábitos alimentares, que, por sua vez, estão associados a alterações nos perfis metabólicos e inflamatórios. Estudos prospectivos deverão investigar o potencial da dieta na prevenção de distúrbios cardiometabólicos mediados pela microbiota. / Introduction: The gut microbiota has great bacterial diversity, predominantly of the phyla Bacteroidetes and Firmicutes, with multiple functions. Diet can alter their composition and function. High amount of saturated fat alters intestinal permeability, raises the lipopolysaccharides and predisposes to low-grade inflammation. High-fiber diet, such as the vegetarian, induces the elevation of short-chain fatty acids and metabolic benefits. Objectives: To analyze the composition of gut microbiota of Adventists with diverse dietary patterns and associate them to the low grade inflammation and insulin resistance this thesis included: 1) review of underlying mechanisms of the association of diet, gut microbiota composition and cardiometabolic risk; 2) analysis of the gut microbiota composition according to different dietary patterns and associations with biomarkers of cardiometabolic diseases; 3) evaluation of the association between the Akkermansia muciniphila abundance and glucose metabolism; 4) analysis of the presence of enterotypes and associations with clinical characteristics. Methods: This cross-sectional study included 295 Adventists stratified according to dietary patterns (strict vegetarian, lacto-ovo-vegetarian and omnivore). Their associations with clinical, biochemical and inflammatory data were evaluated. The microbiota profile was obtained by sequencing 16S rRNA genes (Illumina® Miseq). Results: 1) There are evidences that the relationship among diet, inflammation, insulin resistance and cardiometabolic risk are partly mediated by the gut microbiota. 2) Vegetarians showed better clinical profile when compared to omnivores. It was confirmed greater abundance of Firmicutes and Bacteroidetes, which did not differ according to adiposity. However, strict vegetarians had more Bacteroidetes, fewer Firmicutes and higher abundance of genus Prevotella when compared to the other two groups of dietary patterns. The lacto-ovo-vegetarians had higher proportion of Firmicutes especially the genus Faecalibacterium. In the omnivores, there was overrepresentation of the Gammaproteobacteria (Succinivibrio and Halomonas) compared to vegetarians. 3) Normoglycemic individuals had higher abundance of Akkermansia muciniphila compared to those with abnormal glycemic profile. The abundance of this bacterium was inversely correlated to fasting glucose and glycated hemoglobin. 4) Three enterotypes were identified (Bacteroides, Prevotella and Ruminococcaceae), similar to those previously described. LDL-C concentrations were lower in enterotype 2, in which a higher frequency of strict vegetarians was found. Discussion: 1) Knowledge on the involvement of the microbiota in the pathophysiology of diseases could reverse on strategies to manipulate it to promote health. 2) Our data support the hypothesis that dietary patterns could be favorably or unfavorably associated with metabolic and inflammatory processes, via changes in the gut microbiota composition. We suggest that exposure to animal food could negatively impact on the proportions of bacterial communities. 3) We also suggest that the abundance of Akkermansia muciniphila can participate in the glucose metabolism. 4) We reinforce that the existence of three enterotypes should not be specific to certain populations/continents. Although the biological significance of these clusters remains unknown, the correlations with lipid profile may suggest their usefulness in the assessment of the cardiometabolic risk. Conclusions: Our findings reinforce the idea that the gut microbiota composition is altered by different dietary patterns, which, in turn, are associated with changes in metabolic and inflammatory profiles. Prospective studies should investigate the potential of diet to prevent microbiota-mediated cardiometabolic disorders.

Submitted by Geandra Rodrigues (geandrar@gmail.com) on 2018-03-27T10:38:01Z No. of bitstreams: 0 / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2018-03-27T14:00:10Z (GMT) No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2018-03-27T14:00:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2018-03-01 / A microbiota vaginal é um ecossistema formado por bactérias aeróbias e anaeróbias, que vivem em equilíbrio dinâmico. Fatores como imunidade e variações hormonais podem provocar a perda do equilíbrio, ocasionando a proliferação de patógenos oportunistas. A vaginose bacteriana (VB) é uma doença de etiologia polimicrobiana, podendo ocorrer em associação com outros microrganismos, tais como o Papilomavirus humano (HPV). O HPV é mais prevalente na população feminina sexualmente ativa, sendo fator de risco para o desenvolvimento do câncer cervical. O objetivo do trabalho foi avaliar a diversidade microbiana do ecossistema vaginal de mulheres com e sem atipias celulares cervicais e relacionar com HPV. Fluido vaginal e raspado da cérvice uterina foram coletados (n= 33 sem lesão e n=41 com lesão) e DNA viral e bacteriano foi extraído. Lâminas foram coradas pelo método de Gram, a fim de estabelecer o escore de Nugent para avaliação da VB. Reação de PCR para genotipagem do HPV foi realizado. PCR-DGGE foi realizado para avaliação da estrutura da comunidade bacteriana. A média de idade das mulheres foi de 36 anos; compreendendo 87% (sem lesão) e 92% (com lesão). A análise do escore de Nugent revelou que 51% das mulheres com lesão não apresentavam VB e 29% eram portadoras de VB. O exame de Papanicolaou mostrou que 31% das mulheres apresentavam lesão com células escamosas atípicas de significado indeterminado (ASC-US), seguida de lesão epitelial escamosa de baixo grau (LSIL) e lesão epitelial escamosa de alto grau (HSIL), ambas com 26%, e 14% das mulheres apresentaram lesão com células escamosas atípicas que não permitem excluir lesão de alto grau (ASC-H). HPV foi detectado em 91% das pacientes, sendo identificados 5 tipos do grupo de alto risco oncogênico (16, 18, 31, 52 e 58). O HPV 16 foi o mais frequente (85%), seguido do HPV 18 (68%). No grupo sem lesão a prevalência da concomitância de HPV 16 e 18 foi de 58% e no grupo com lesão foi de 60%. Na faixa etária de 18 a 30 anos, 43% das mulheres apresentaram HPV 16, e 35% apresentaram coinfecção por HPV 16 e 18. A associação entre a genotipagem e o exame de Papanicolaou mostrou que 40% das pacientes ASC-US e 20% ASC-H apresentaram monoinfecção por HPV 16. Das mulheres com HPV 16 e coinfecção por HPV 16 e 18, VB foi encontrada em 25% das mulheres. Na análise do agrupamento obtido por PCR-DGGE observa-se, com algumas exceções, que os perfis de mulheres com as mesmas condições de saúde (normal, intermediário e com vaginose bacteriana) tenderam a se agrupar, embora em grupos separados. Na análise do agrupamento em relação às atipias, não foi observada a formação de um padrão. Dada a complexidade do ecossistema vaginal, sugere-se a necessidade de técnicas com maior poder de resolução para o entendimento da relação entre o HPV, microbiota vaginal e lesões celulares cervicais. / The vaginal microbiota is a complex ecosystem formed by aerobic and anaerobic bacteria, which live in dynamic equilibrium. Factors such as immunity and hormonal variations can cause loss of balance, leading to the proliferation of opportunistic pathogens and resulting in diseases. Bacterial vaginosis (BV) is a polymicrobial disease, and may occur in association with other microorganisms, such as Human Papillomavirus (HPV). HPV is the most prevalent in the female sexually active population, being a risk factor for the development of cervical intraepithelial lesions, which may progress to cervical cancer. The aim of this study was to evaluate the microbial diversity of the vaginal ecosystem of women with cervical cellular atypias and carrying HPV. Vaginal fluid and scraped uterine cervix were collected (n = 33 without lesion and n = 41 with lesion) and viral and bacterial DNA was extracted. Glass slides were stained by the Gram method in order to establish the Nugent score for BV evaluation. PCR reaction for HPV genotyping was performed. DGGE-PCR was performed to assess the structure of the bacterial community. The mean age of the women was 36 years; comprising 87% (without lesion) and 92% (with lesion). Analysis of the Nugent score revealed that 51% of the women with lesion did not present BV and 29% had BV. Pap smear test showed that 31% of the women had atypical squamous cells of undetermined significance (ASC-US), 26% had low grade squamous epithelial lesion (LSIL), 26% had high grade squamous epithelial lesion (HSIL) and 14% had with atypical squamous cells that do not allow the exclusion of high-grade lesion (ASC-H). HPV was detected in 91% of the patients, being identified 5 types of the high risk group (16, 18, 31, 52 and 58). HPV 16 was the most frequent (85%), followed by HPV 18 (68%). In the non-lesion group, the prevalence of HPV 16 and 18 concomitance was 58% and in the lesion group it was 60%. In the 18-30 age group, 43% of the women had HPV 16, and 35% had coinfection by HPV 16 and 18. The association between genotyping and the Pap smear showed that 40% of ASC- US patients and 20% ASC-H showed monoinfection by HPV 16. Besides, out of women with HPV 16 and coinfection by HPV 16 and 18, BV was found in 25%. In the analysis of the grouping obtained by PCR-DGGE it is observed with some exceptions, that the profiles of women with the same health conditions (healthy, intermediate and with bacterial vaginosis) tended to group, although in separate groups. Analysis of the cluster in relation to the atypia did not observe the formation of a pattern. Given the complexity of the vaginal ecosystem, it is suggested the need for higher resolution power techniques for understanding the relationship between HPV, vaginal microbiota and cervical cellular lesions.

Orientador: Anita Jocelyne Marsaioli / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química / Made available in DSpace on 2018-08-21T09:30:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Silva_CarlaPortoda_D.pdf: 8471917 bytes, checksum: 298adab03875869cd5d11c7dac0a7b90 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: Estima-se que o corpo humano que contém cerca de 10 trilhões de células seja portador de aproximadamente 100 trilhões de micro-organismos. Fatores ambientais como temperatura, umidade e exposição à luz, além de fatores do hospedeiro, como gênero, genótipo, status imune e uso de cosméticos, podem afetar a composição e a distribuição microbiana da pele. Inúmeras pesquisas indicam que a microbiota desempenha um papel importante no sistema imune da pele. Contudo, pouco é conhecido sobre os conjuntos de espécies presentes em amostras cutâneas bem como suas atividades enzimáticas. Esta tese visou realizar o estudo do potencial enzimático da microbiota da pele humana, vinculando este potencial às principais reações de degradação de formulações de cosméticos, mais especificamente, insumos de fragrâncias. O recrutamento dos voluntários levou em conta parâmetros como idade, sexo e fototipo de pele. As principais atividades enzimáticas das microbiotas coletadas foram avaliadas através de técnicas de triagem de alto desempenho, a fim de detectar proteases, lipases, amilases, esterases, epóxido hidrolases e mono-oxigenases, num total de 2.160 experimentos. Através dos resultados obtidos das triagens enzimáticas, algumas amostras foram selecionadas para a realização de ensaios de degradação de insumos de fragrâncias através de ensaios de multibiorreação. Todos os resultados obtidos foram avaliados com intuito de relacionar o tipo da microbiota coletada com reações de degradação de componentes de fragrância, levando em conta as diferenças intrínsecas de cada voluntário. Além disso, observou-se uma grande diversidade fúngica, ainda pouco descrita na literatura, onde diversos representantes foram isolados e identificados. Os dados obtidos demonstraram que os tipos de pele devem ser levados em consideração nas formulações de uso tópico a fim de atingir alvos específicos, tendo em vista que a pele humana não é um ambiente estéril, mas sim um microbioma complexo. Desta forma, o potencial de biotransformação de insumos cosméticos pela microbiota da pele é um fator relevante e poderá auxiliar na busca de produtos mais eficazes, seguros e versáteis / Abstract: The human body contains about 10 trillion cells and carries approximately 100 trillion microorganisms¿ cells. Environmental factors, such as temperature, humidity and light exposure and host factors such as gender, genotype, immune status and use of cosmetics, can affect the composition and distribution of skin microbes. Numerous studies indicate that skin microbiota plays an important role in the human skin immune system. However, little is known about the species present in skin samples and their enzymatic activities. Therefore, the aim of this thesis was to evaluate the enzymatic potential of the human skin microbiota, establishing a link between this potential and the main fragrance degradation of cosmetic formulations, more specifically, fragrance ingredients. The recruitment of volunteers (55) took into account some parameters such as age, gender and skin phototype. The main enzymatic activities of the collected microbiota were assessed by high throughput screening techniques in order to detect protease, lipase, amylase, esterase, epoxide hydrolase and monooxygenase, in a total of 2160 experiments. These enzymatic profiles were applied in the selection of microorganisms to probe the biodegradability of fragrance ingredients using the multibioreaction protocol. The results linking microbiota type and degradation reactions of fragrance ingredients took into consideration the intrinsic differences between volunteers. In addition, a great fungal diversity, still poorly described in the literature, was observed and several representative entities of this diversity were isolated and identified. The obtained data showed that skin types must be considered in topical formulations to achieve specific biological targets and , taking into consideration that the human skin is not a sterile environment, but rather consists of a complex microbiome. Consequently the biotransformation susceptibility of cosmetic ingredients to human skin microbiota is a relevant factor to consider in formulations / Doutorado / Quimica Organica / Doutor em Ciências

A microbiota intestinal humana desempenha papel essencial no organismo saudável, pois sintetiza vitaminas, influencia no desenvolvimento e maturação do sistema imune da mucosa intestinal, além de exercer importante função protetora, competindo por nutrientes e receptores com bactérias patogênicas. A colonização desta microbiota se inicia na criança recém-nascida e alcança estabilidade em torno do segundo ano de vida, com consequência para a saúde da criança e do adulto. As diferenças na composição da microbiota estão relacionadas a diferentes níveis de contaminação ambiental e de diferentes fatores endógenos. O objetivo do nosso estudo foi analisar a microbiota fecal de crianças com idade entre 2 dias a 1 ano de idade, que vivem em baixas condições socioeconômicas em São Paulo, Brasil. Foram coletadas amostras de fezes de crianças saudáveis, nos seguintes pontos pós-nascimento: 2º e 7º dias, 1 mês, 3 meses, 6 meses e 1 ano de vida. O DNA bacteriano foi extraído diretamente a partir das amostras de fezes e as bibliotecas 16S rRNA foram construídas utilizando 2 iniciadores bactéria-específicos. Os clones foram selecionados aleatoriamente, parcialmente sequenciados e analisados com base em bibliotecas de gene 16S rRNA. Os principais grupos filogenéticos identificados foram Escherichia, Clostridium, Streptococcus e Bacteroides, do 1º ao 30º dia de vida. A partir do 3º mês, Streptococcus e bactérias não cultiváveis, além do gênero Escherichia, ganharam relevância na microbiota. Estes dados, em conjunto com as informações nutricionais, intercorrências clínicas e ambientais, sugerem a influência da contaminação ambiental e interpessoal no aumento da complexidade na composição da microbiota fecal. Essa abordagem molecular permitiu a análise da microbiota fecal do grupo selecionado, encontrando perfil bacteriano diferente do que é descrito nos países desenvolvidos. / The human intestinal microbiota plays essential role in healthy body since it synthesizes vitamins, influences on the development and maturation of the immune system of the intestinal mucosa. Furthermore, it also plays an important protective function competing for nutrients and receptors with pathogenic bacteria. The colonization of this microbiota starts in the newborn child and achieves stability around the second year of life, with consequence for the health of children and adults. The differences in the microbiota composition are related to different levels of environmental contamination and different endogenous factors. The aim of our study was to analyze the fecal microbiota of children ranging from 2º days to 1º year old living in low socioeconomic status in São Paulo, Brazil. We collected fecal samples of healthy children at the following points after birth: 2º e 7º days, 1 month, 3 months, 6 months and one year of life. Bacterial DNA was extracted directly from stool samples, and the 16S rRNA libraries were made using 2 bacterium-specific primers. The clones were randomly selected, and partially sequenced and analyzed based on 16S rRNA libraries. The main phylogenetic groups identified were Escherichia, Clostridium, Streptococcus, Bacteroides ranging from the 1º to 30º days of life. From the third month Streptococcus and uncultured bacteria, and, besides, Escherichia gender gained relevance in the microbiota. These data together with nutritional information, environmental and clinical intercurrents suggest the influence of interpersonal and environmental contamination in the increase of complexity in fecal microbiota composition. This molecular approach allowed the fecal microbiota analysis. This bacterial profile is different from described in developed countries.

Objetivo do estudo foi estudar a participação dos adipócitos e do fígado na inflamação e o papel da microbiota ao longo da progressão da caquexia. Para verificar o comportamento dos adipócitos e do fígado utilizamos ratos Wistar macho de 8 semanas, divididos em dois grupos: i) controle; ii) tumor. Este último foi subdividido em 2 grupos: a) 7º. e b) 14º. dia após a inoculação das células tumorais. Para avaliar o comportamento da microbiota durante o quadro de caquexia utilizamos camundongos C57Bl/6 convencional e germ free de 8-10 semanas, divididos em quatro grupos: i) Convencional controle; ii) Germ Free controle; iii) Convencional tumor; iv) Germ Free tumor. A célula tumoral usada para esse modelo foi Lewis Lung Carcinoma. Adipócitos isolados dos TAB, mesentérico, mais o fígado, mostraram que a via do inflamassoma esta ativa na fase terminal da caquexia. No modelo Germ Free, observamos que a caquexia apresenta-se é acelerada no tecido adiposo epididimal comparado aos camundongos convencionais tumor. Em conclusão, os adipócitos e o fígado desempenha papel importante no estabelecimento da inflamação, enquanto que a simbiose da microbiota parece ser essencial para combater a redução do tecido adiposo. / The goal of this study the role of adipocytes and liver inflammation and the role of microbiota along the progression of cachexia. The main aspects evaluated were increased of the inflammation, alteration in both pathways NF-kB and the inflammasome, and importance of the microbiota during progression of cachexia. To verify the behavior of adipocytes and liver I used Eight weeks-old male rats, I divided into two main groups: i) control; ii) tumor. The latter was divided into 2 groups: a) 7º. and b) 14º. day after tumor cell. To assess the microbial behavior during the development of cachexia I used C57BL/6 conventional mice and Germ Free 8-10 weeks, they were divided into four groups: i) Conventional control; ii) Germ Free control; iii) Conventional tumor; iv) Germ Free tumor. The tumor cell used in this model was Lewis Lung Carcinoma. Adipocytes isolated from TAB, mesenteric further the liver, showed that the inflammasome pathway is active in the terminal phase of cachexia. In model of Germ free mice we observed that cachexia is accelerated in epididymal adipose tissue compared to conventional tumor. In conclusion, adipocytes and liver seem to play a relevant role in the establishment of inflammation, while the microbial symbiosis seems to be essential for combating the reduction of adipose tissue.

Orientador: Marcia Carneiro Valera / Banca: Cláudio Antonio Talge Carvalho / Banca: Flaviana Bombarda de Andrade / Resumo: Esta pesquisa clínica teve como objetivo comparar a carga e composição microbiana bem como as concentrações de LPS e LTA encontradas na infecção endodôntica primária (IEP) e na infecção endodôntica secundária (IES). Além disso, a correlação desses achados com características clínicas e tomográficas também foram investigadas. Sessenta dentes de pacientes com IEP (31) e IES (29) foram submetidos à avaliação clínica e tomográfica, seguido do tratamento endodôntico ou retratamento. Amostras foram coletadas de cada canal radicular utilizando cones de papel. Logo após a abertura coronária (IEP) ou após a desobturação dos canais (IES) o conteúdo coletado foi submetido à técnica de cultura microbiológica para determinar a carga microbiana de bactérias anaeróbias e ao método Checkerboard DNA-DNA hybridization para investigação de espécies bacterianas presentes. O teste de Lisado de Amebócito de Limulus e o Ensaio de Imunoabsorção Enzimática foram utilizados para quantificar os níveis de LPS e LTA. Os dados obtidos foram correlacionados com os achados clínicos e tomográficos. Maiores quantidades de bactérias cultiváveis e de LPS foram encontradas na IEP (p < 0,05). Não houve diferença nos níveis de LTA entre IEP e IES (p > 0,05). A mediana de espécies por canal radicular encontrada na IEP foi de 9 espécies e na IES foi de 22 (p < 0,05). As espécies bacterianas mais prevalentes detectadas na IEP foram P. gingivalis (14/31) e S. intermedius (14/31). Na IES, as espécies mais prevalentes f... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This clinical research aimed to compare the microbial load and composition as well as the LPS and LTA concentrations found in Primary Endodontic Infection (PEI) and Secondary Endodontic Infection (SEI). In addition, the correlation of these findings with clinical and tomographic features was also investigated. Sixty patients' teeth with PEI (31) and SEI (29) were submitted to clinical and tomographic assessment, followed by endodontic treatment or retreatment. Samples were taken from each root canal using paper points. After the coronary opening (PEI) or after the removal of root filling material (SEI), the collected samples were submitted to the microbiological culture technique to determine the microbial load of anaerobic bacteria and to the Checkerboard DNA-DNA hybridization method for investigation of present bacterial species. The Limulus amebocyte lysate assay and enzyme-linked immunosorbent assay were used to quantify LPS and LTA levels. The data obtained were correlated with clinical and tomographic findings. A higher number of cultivable bacteria and LPS was found in PEI (p < 0.05). There was no difference in LTA levels between PEI and SEI (p> 0.05).The median number of species per root canal found in PEI was 9 and 22 in SEI (p < 0.05). The most prevalent bacterial species detected in PEI were P. gingivalis (14/31) and S. intermedius (14/31). In SEI, the most prevalent species were P. gingivalis (21/29) and C. rectus (20/29). LPS was positively correlated with a larg... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre