Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:23Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2003-02-24Bitstream added on 2014-06-13T20:37:14Z : No. of bitstreams: 1 bernardes_tf_me_jabo.pdf: 295882 bytes, checksum: 67a5956e2725ed962ef9fe61ed6edae8 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / With the goal to evaluate chemical composition, fermentative and microbiological profiles, and losses during ensilage process and after silos opening of Marandu-grass (Brachiaria brizantha (Hochst ex. A. Rich) Stapf cv. Marandu) silages, three experiments were carried out at FCAV/UNESP - Jaboticabal. In experiment 1, the objective was to know the fermentative, chemical and microbiological profile of Marandu-grass silage plus pelleted citrus pulp (PCP). In experiment 2, the goal was to quantify the losses caused by effluent production and to analyze the PCP potential for its production reduction. In experiment 3, the microbial population was characterized and the aerobic steady was analyzed in Marandu-grass silage plus PCP. In experiment 1, PCP addition increased soluble carbohydrate levels and, instead of its low concentration in the studied treatments, PCP provided silages with satisfactory quality. The pH decreased with the increasing in additive proportion and stabilized quickly from fourth day of ensilage. N-NH3 levels (% of total N) were affected by PCP, but when it was not added these levels were low too, and it did not prejudice the silage quality. In relation to chemical composition, the additive utilization increased CP, NDF-N, ADF-N and B3 fraction levels, and it reduced cellular wall components which increased DMIVD coefficients. Considering microbiological profile, results showed increase in enterobacteria population only at the first day of fermentation because of the high density and acid conditions. There was a small development of clostridium and dominance of homofermentative in relation to heterofermentative bacteria. Additive utilization improved chemical composition, fermentative and microbial profile of Marandu-grass silages... (Complete abstract, access undermentioned eletronic address)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-04Bitstream added on 2014-06-13T18:50:18Z : No. of bitstreams: 1 firmino_sm_me_araiq_parcial.pdf: 378159 bytes, checksum: 17d002ace9e2ff9f3bbdf6a3ee603f14 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-06-03T11:42:41Z: firmino_sm_me_araiq_parcial.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-03T11:44:08Z : No. of bitstreams: 1 000721809_20150801.pdf: 111456 bytes, checksum: b72089c1dd1d7cd2eb8953648b06cfc1 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-08-03T12:21:11Z: 000721809_20150801.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-03T12:22:23Z : No. of bitstreams: 1 000721809.pdf: 1294061 bytes, checksum: dfd6f1cb5cb714a5f9bc3f1a2ff0eacc (MD5) / A recuperação de cobre a partir de calcopirita usando bactérias é o grande desafio da indústria mineradora atualmente. A biohidrometalurgia é um processo de exploração mineral bem estabelecido para a recuperação de cobre, no entanto não existe ainda um processo sendo aplicado comercialmente no mundo para a extração de cobre a partir de mineral calcopirítico. São inúmeras as alternativas que vem sendo estudada para o aumento da recuperação de cobre neste processo, a adição de cloreto é uma destas alternativas. No entanto, uma das limitações é a reconhecida inibição dos organismos acidofilicos em meio contendo cloreto. A principal bactéria envolvida neste processo é o Acidithiobacillus ferrooxidans. Esta espécie é acidofilica, mesofilica e obtém energia a partir da oxidação de íons ferrosos e compostos reduzidos de enxofre, incluindo os sulfetos metálicos, como por exemplo, calcopirita. Neste contexto, o objetivo deste trabalho foi estudar as linhagens da coleção do laboratório de Biohidrometalurgia na presença de íons cloreto. Para tanto as linhagens foram avaliadas quanto à capacidade de oxidarem Fe2+, enxofre elementar e calcopirita na presença de íons cloreto. Foi observada uma variação grande quanto à cinética de oxidação de íons ferrosos na presença de diferentes concentrações de cloreto. Uma ordem crescente de halotolerância foi proposta: S < SSP < V3 < LR < PCE < ATCC < SJ22 < CMV < PCEL < AMF. Quando enxofre foi utilizado como fonte de energia, todas as linhagens foram inibidas quando a produção de ácido, com exceção da linhagem PCEL. A capacidade de oxidação de calcopirita pelas linhagens também foi verificada através de ensaios respirométricos na presença de íons cloreto. Foi possível estabelecer uma ordem crescente de porcentagem de inibição das linhagens na... / Nowadays, the biggest challenge for mineral companies is recover copper from chalcopyrite. Biohydrometallurgy is a well-established mineral process for copper recovery, however there is no commercial process been applied for copper recovery from chalcopyrite ore. A number of alternatives have been studied; the addition of chloride is one of them. Nevertheless, one of the restrictions is the recognized chloride inhibition of acidophilic organisms. The main bacterium involved in this process is Acidithiobacillus ferrooxidans. This specie is acidophilic, mesophilic and obtains energy from oxidation of ferrous ions and reduced sulphur compounds, including metal sulphides, like chalcopyrite. This work studied the strains of Biohydrometallurgy laboratory’s collection in the presence of chloride ions. The strains were evaluated for their ability to oxidize ferrous ions, elemental sulphur and chalcopyrite in the presence of chloride ions. It was observed a wide discrepancy in the kinetics of ferrous ions oxidation in the presence of different chloride concentrations. A crescent order of halotolerance was proposed: S < SSP < V3 < LR < PCE < ATCC < SJ22 < CMV < PCEL < AMF. When sulphur was utilized as energy source, all strains were inhibiting regarding acid production, with exception for PCEL strain. The capacity of chalcopyrite oxidation was evaluated in respirometric assays in the presence of chloride ions. It was possible to establish a crescent order of percentage of inhibition in the presence of 50 mmol L-1 of chloride and chalcopyrite: (AMF ≈ LR ≈ V3) < ATCC < PCEL < SJ22 < S < SSP < CMV < PCE. The exception were the strains AMF, LR and V3, the others one presented some degree of inhibition. Copper recovery, pH, Eh, Fe2+ and Fe3+ were monitored in shake flasks experiments in two different sets: in the presence of 50 mmol L-1 and with successive... (Complete abstract click electronic access below)

As mudanças climáticas, aliadas às necessidades estratégicas de produção de energia, têm motivado uma corrida sem precedentes à produção de combustíveis alternativos, preferencialmente de fontes renováveis. Em vista disso, o presente trabalho visou avaliar a biodiversidade e realizar a bioprospecção de micro-organismos provenientes de diversos ambientes florestais brasileiros e selecionar micro-organismos capazes de produção de enzimas do complexo celulolítico e sua capacidade para a produção de bioetanol. Duzentos e trinta e sete micro-organismos silvestres foram utilizados para os testes de atividade enzimática, quatro linhagens de leveduras e 10 isolados de solo de alambique apresentaram notável índice enzimático de atividade (IAE) em meio sólido. Dentre os isolados pré-selecionados, as leveduras apresentaram menor atividade celulásica em meio líquido, enquanto que dos isolados de solo de alambique, destacaram-se TE13 e T8a, por apresentarem maior atividade hidrolítica em cultivo líquido, contendo carboximetilcelulose. O TE13 foi o único micro-organismo a apresentar atividade na degradação da celobiose. No entanto, nenhum micro-organismo testado apresentou atividade FPase. A identificação molecular desses micro-organismos revelou que o isolado TE13 é pertencente ao gênero Aspergillus, enquanto que T8a foi identificado como pertencente ao gênero Penicillium. No estudo para avaliar a capacidade de produção de xilanases, nenhum dos micro-organismos testados mostrou resultados satisfatórios. Setenta micro-organismos foram selecionados por sua capacidade de assimilação da xilose, porém, apenas três mostraram capacidade de produção de etanol em níveis moderados. / Climate changes and the growing demand for energy have motivated an unprecedent number of studies for the production of fuels, particularly those from biorenewable sources. The work described herein is focused in the evaluation of biodiversity and bioprospection of Brazilian microorganisms able to produce cellulolytic enzymes and for the production of bioethanol. Two hundred thirty seven wild microorganisms were used for enzymatic studies, and four yeasts and 10 alambique soil isolates have shown significant levels of enzymatic activity in solid medium. Among the pre-selected strains, yeasts have shown lower levels of cellulosic activity in liquid medium, while the TE13 and T8a alambique soil isolates have shown good hydrolytic activity in liquid medium containing carboxymethylcellulose. TE13 was the only microorganism to present cellobiase activity. However, none of the microorganisms tested have displayed FPase activity. Molecular characterization of the microorganisms revealed that TE13 belongs to Aspergillus sp., while T8a was identified as Penicillium sp. In the xylanase activity studies, we were not able to achieve significant results with any of the microorganisms evaluated. Seventy microorganisms were selected by their ability to assimilate xylose, however, only three of them were able to produce ethanol in moderate levels.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2014. / Submitted by Larissa Stefane Vieira Rodrigues (larissarodrigues@bce.unb.br) on 2014-11-18T14:54:16Z No. of bitstreams: 1 2014_JulianaCapellaDeOrem.pdf: 1268500 bytes, checksum: 6af9f521d386911ca6747d4af1af37d7 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2014-11-25T17:10:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_JulianaCapellaDeOrem.pdf: 1268500 bytes, checksum: 6af9f521d386911ca6747d4af1af37d7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-11-25T17:10:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_JulianaCapellaDeOrem.pdf: 1268500 bytes, checksum: 6af9f521d386911ca6747d4af1af37d7 (MD5) / A endoesporulação constitui uma estratégia bacteriana de sobrevivência extremamente eficiente. Bactérias aeróbias formadoras de endósporo (Bafes) são isoladas dos mais diversos ambientes e acredita-se que essas tenham papel fundamental na ecologia destes sítios. As Bafes estão distribuídas em mais de 25 famílias e 200 gêneros dentro do filo Firmicutes que abriga bactérias em maioria Gram positivas, com baixo conteúdo G+C e parede celular muito rígida. A formação de endósporos é a característica mais marcante do filo, porém nem todas as linhagens possuem habilidade de esporular. As Bafes apresentam grande potencial biotecnológico e sua importância abrange diversas áreas como, por exemplo, médica, agrícola, ecológica e de biodefesa. Apesar da importância, as Bafes, coletivamente, são pouco estudadas. O conhecimento que existe hoje sobre esses microrganismos é extrapolado a partir do estudo de espécies individuais, notadamente o Bacillus subtilis e B. cereus e espécies relacionadas. Neste trabalho, foi avaliada a diversidade de Bafes isoladas de solo do Distrito Federal, por meio de filogenia baseada na comparação de sequências de genes rRNA 16S e do perfil plasmidial. O trabalho foi realizado com 45 linhagens denominadas SDF que fazem parte do acervo da coleção CBafes do Laboratório de Microbiologia/ LaBafes da UnB. Os dados obtidos durante a realização deste trabalho indicam uma grande diversidade entre as linhagens ambientais. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The endosporulation process is an extremely efficient strategy for bacterial survival. Aerobic endospore forming bacteria are isolated from the most diverse environments and it is likely that they play a major role in the ecology of those sites. These bacteria are allocated in more than 25 families and 200 genera within the Phylum Firmicutes. Most of the bacteria allocated in this Phylum stain Gram positive, have low G+C content and a very thick cell wall. The endosporulation is the main feature of the Phylum, but the ability to form spores is not present in all lineages. The aerobic endospore forming bacteria have great biotechnological potential and are of great importance to medical, agricultural, ecological and biodefense fields. Despite of their importance, there is little investigation on aerobic endospore forming bacteria. The present knowledge about them is extrapolated from studies on individual species, like Bacillus subtilis, B. cereus and related species. In this work it was assessed the diversity of aerobic endospore forming bacteria, isolated from Distrito Federal soil, by phylogeny based on comparison of 16S rRNA genes sequences and also by plasmid pattern. This study was performed with 45 lineages called SDF that belong to the collection of the Microbiology Laboratory/LaBafes of UnB. The data obtained in this work indicate a great diversity among the environmental lineages.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2013. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2013-05-14T12:14:28Z No. of bitstreams: 1 2013_LoianeMayraJacoSouza.pdf: 949233 bytes, checksum: 3bb2b57e28e62e2465daf45a9bc7a6cf (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-05-15T11:25:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_LoianeMayraJacoSouza.pdf: 949233 bytes, checksum: 3bb2b57e28e62e2465daf45a9bc7a6cf (MD5) / Made available in DSpace on 2013-05-15T11:25:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_LoianeMayraJacoSouza.pdf: 949233 bytes, checksum: 3bb2b57e28e62e2465daf45a9bc7a6cf (MD5) / O objetivo deste trabalho foi avaliar a aplicabilidade do sistema Petrifilm™ na enumeração de micro-organismos indicadores da qualidade higiênica e sanitária (aeróbios mesófilos, coliformes totais e bactérias ácido-láticas) e patogênicos (Staphylococcus aureus e Escherichia coli) no leite de origem ovina. As amostras de leite de ovelha (n=30) foram semeadas simultaneamente, de acordo com as TMmetodologias convencionais (ICMSF; AOAC) e em sistema Petrifilm . Os resultados foram comparados utilizando os testes de McNemar e Regressão Linear. Os resultados demosntraram boa correlação entre as metodologias convencionais e o sistema Petrifilm™. Ainda, o Petrifim™ STX para contagem de S. aureus apresentou maior capacidade de recuperação de bactérias quando comparado com a metodologia convencional. Com base nos resultados obtidos e tendo em vista a maior facilidade nos procedimentos e rapidez nos resultados, o sistema Petrifim™ pode ser utilizado para as análises microbiológicas em leite de ovelha. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The objective of this study was to evaluate the applicability of the system Petrifilm™ in the enumeration of microorganisms indicators of quality health and hygiene (mesophilic aerobes, coliforms and lactic acid bacteria) and pathogens (Staphylococcus aureus and Escherichia coli) in milk source sheep. Samples of milk from sheep (n = 30) were sown simultaneously, according to conventional methodologies (ICMSF; AOAC) and PetrifilmTM system. The results were compared using McNemar's test and linear regression. The results demosntrated good correlation between conventional methodologies and Petrifilm™ system. Further, the Petrifim™ STX for counting S. aureus had higher resilience of bacteria compared with the conventional methodology. Based on the results obtained and in view of the ease and rapidity procedures results, Petrifim ™ System may be used for microbiological testing in sheep milk.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Biologia, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2013. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2013-06-18T14:26:43Z No. of bitstreams: 1 2013_ThiagoRodriguesdeOliveira.pdf: 2410520 bytes, checksum: 221bc54b5d81ce06a0e95ba2fa2d105d (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-06-18T15:21:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_ThiagoRodriguesdeOliveira.pdf: 2410520 bytes, checksum: 221bc54b5d81ce06a0e95ba2fa2d105d (MD5) / Made available in DSpace on 2013-06-18T15:21:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_ThiagoRodriguesdeOliveira.pdf: 2410520 bytes, checksum: 221bc54b5d81ce06a0e95ba2fa2d105d (MD5) / O domínio Archaea possui características em comum com os domínios Bacteria e Eukarya, e ao mesmo tempo apresenta características próprias. Até o momento, são raros os estudos sobre a filogenia e diversidade de archaeas de ambientes naturais do Brasil e, por esta razão, este trabalho tem como objetivo avaliar a diversidade de Archaea em sedimentos de lagoas do cerrado em diferentes estações, por meio da caracterização de genes de rRNA 16S. Amostras de sedimentos lacustres, coletadas em diferentes lagoas do Parque Nacional das Sempre Vivas, foram submetidas à extração de DNA total e o DNA foi utilizado em experimentos de PCR empregando os pares de iniciadores 340f/1000r ou 21f/958r, específicos para o domínio Archaea. Os fragmentos amplificados foram clonados em um vetor plasmidial e transformados em E. coli. O DNA plasmidial de clones recombinantes foi extraído, quantificado e submetido ao sequenciamento automático. Em uma das amostras, proveniente da Lagoa Rio Preto Alto (LRPA), observamos um grande predomínio de membros do filo Euryarchaeota, especialmente metanogênicos. Nos demais sedimentos, coletados na bacia Baixo Inhancica (RIB4 e RIB5) foi observado um predomínio de sequências do filo Thaumarchaeota sobre os filos Euryarchaeota e Crenarchaeota na estação seca, mas ainda foi possível observar sequências do filo Euryarchaeota. Na estação de transição seca/chuvosa, não foram encontradas sequências do filo Euryarchaeota e houve quase exclusivamente sequências do filo Thaumarchaeota. As estimativas de alfa-diversidade mostraram uma maior riqueza da comunidade de Archaea nos sedimentos coletados na estação seca e as curvas de rarefação indicaram que a amostragem dos ambientes foi adequada. As amostras de estações diferentes apresentaram diferenças significativas pelas técnicas de beta-diversidade ∫-Libshuff e gráfico de Análise de Componentes Principais (PCA). _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The Archaea domain has characteristics in common with the Bacteria and Eukarya domains, while presenting unique traits. Currently there are few studies on the phylogeny and diversity of Archaea in Brazilian environments; therefore, this study’s objective is to estimate the diversity of Archaea communities in lake sediments of the Brazilian Savannah, Cerrado, in different seasons by rRNA 16S analysis. Lake sediment samples, obtained from different lakes in the park “Parque Nacional das Sempre Vivas”, were submitted to DNA extraction, which was used in PCR assays using archaea-specific primers 340f/1000r or 21f/958r. The amplified fragments were cloned into E. coli. Plasmid DNA was extracted, quantified and submitted to standard sequencing procedures. In one of the samples, collected in the lake “Lagoa Rio Preto Alto” (LRPA), we were able to observe a high number of sequences affiliated to Euryarchaeota, especially methanogens. In the sediments collected in the Baixo Inhancica bay (RIB4 and RIB5), in the dry season members of the Thaumarchaeota phylum predominated over the other phyla. It was still possible to detect members of the Euryarchaeota phylum though. In the sediments collected in the transition period between the dry and rainy seasons we were not able to detect sequences affiliated to Euryarchaeota and there were almost exclusively sequences of the Thaumarchaeota phylum. The α-diversity estimates showed that the communities of Archaea in sediments collected in the dry season had higher richness and the non-parametric estimates showed that both the environments have been well sampled. There is a significant difference between the sediment samples collected in different seasons, shown by the statistical test ∫-Libshuff and by the Principal Component Analysis graphic (PCA).

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Departamento de Ciências Fisiológicas, Brasília, 2007. / Texto parcialmente liberado pelo autor. Conteúdo: Sumário, Resumo, Abstract, Capítulo 1 parte 1, Capítulo 1 parte 2, Referências Bibliográficas. / Submitted by Mariana Fonseca Xavier Nunes (nanarteira@hotmail.com) on 2010-09-17T03:32:11Z No. of bitstreams: 1 2006-Leandro Ambrósio Campos.pdf: 13500044 bytes, checksum: 2b811b8643641fc0f1a5a23bae067e9a (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2011-02-03T14:06:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006-Leandro Ambrósio Campos.pdf: 13500044 bytes, checksum: 2b811b8643641fc0f1a5a23bae067e9a (MD5) / Made available in DSpace on 2011-02-03T14:06:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006-Leandro Ambrósio Campos.pdf: 13500044 bytes, checksum: 2b811b8643641fc0f1a5a23bae067e9a (MD5) Previous issue date: 2007-02 / O surgimento de novidades morfológicas e o aumento de tamanho e de complexidade são eventos evolutivos raros. Por outro lado, a redução de tamanho e a perda de estruturas e de complexidade talvez sejam os eventos mais comuns no processo evolutivo. No gênero Brachycephalus, encontramos um mosaico dessas duas tendências: simplificação e novidades morfológicas. Na diagnose de todas as espécies deste gênero, menciona-se a presença e ausência de ossificações dérmicas. No entanto, nem todos os trabalhos de descrição usam métodos apropriados para a descrição de dados osteológicos. As placas ósseas associadas às vértebras e ao crânio de Brachycephalus ephippium foram classificadas como osteoderme. Contudo, o desenvolvimento ontogenético dessas estruturas não foi estudado. O recente trabalho de Frost et al. (2006), propões várias mudanças na taxonomia e sistemática na maioria das grandes famílias de anfíbios. De acordo com este trabalho, não existem caracteres morfológicos que suportem a monofiletismo do gênero Brachycephalus. Adicionalmente, este trabalho sugere a proximidade filogenética entre os gêneros Brachycephalus, Euparkerella e Adelophryne, baseada em padrões supostamente homólogos de redução e perda de falanges. Entretanto, essas hipóteses foram baseadas apenas em Brachycephalus ephippium, que por décadas foi a única espécie do gênero. Consequentemente, muito da diversidade osteológica do gênero Brachycephalus não foi considera nestes estudos prévios. Os objetivos desta dissertação foram: 1) a descrição da ontogenia das placas ósseas associadas ao crânio e vértebras de Brachycephalus ephippium; 2) a descrição da diversidade morfológica das placas ósseas entre espécies do gênero Brachycephalus e 3) avaliar a importância da osteologia do aparato auditivo de Brachycephalus para o monofiletismo do gênero. Adicionalmente, reavaliamos os dados da literatura sobre redução de falanges no grupo e as conseqüências taxonômicas envolvidas. Exemplares de Brachycephalus ephippium foram coletados em Atibaia, Cotia, Mogi das Cruzes e Itamonte. Incluímos também espécimes de B. brunneus, B. hermogenesi, B. nodoterga, B. pernix, B. cf. vertebralis, B. vertebralis, e duas espécies não descritas aqui referidas como Brachycephalus sp1 (de Nova Friburgo e Petrópolis) e B. sp2 (Faz. Capricórnio, Ubatuba). Os espécimes foram mortos por injeção de cloridrato de bupivicaína 0,2% e então submetidos às seguintes preparações: maceração e microscopia eletrônica de varredura; diafanização e coloração com alizarina e azul de alcian e microscopia de luz. Nossos resultados indicam que as placas ósseas de B. ephippium são estruturas independentes aqui classificadas como ossos ordinários e não como osteoderme. Existem três tipos de placas ósseas: 1) a placa parótica, localizada na porção postero-lateral do crânio; 2) as placas espinhais, fusionadas aos processos espinhais de todas as vértebras e 3) as placas para-vertebrais, associadas aos processos transversos das vértebras IV e V. O tipo de ossificação das placas ósseas é intermembranoso (também conhecido como ossificação dérmica). Entretanto, a formação das placas não ocorre no tegumento, como mencionado em trabalhos anteriores. Adicionalmente, encontramos evidências histológicas de que o pericôndrio das vértebras em crescimento contribui com células que formam a membrana perióstea das placas paravertebrais e espinhais. A possibilidade de participação de células da derme na formação do periósteo das placas ósseas não foi descartada. No entanto, estas estruturas não cabem no termo osteoderme, que até o momento, está definido de forma confusa, agrupando uma série de estruturas possivelmente não homólogas. Não existem precedentes na literatura de registro de estruturas semelhantes às placas paróticas. As placas associadas às vértebras, entretanto, estruturas possivelmente análogas são encontradas em outros gêneros como Dendrobates, Ceratophrys e Lepdobatrachus. Todavia, serão necessários estudos osteológicos. ____________________________________________________________________________ ABSTRACT / The rising of morphological novelties, growth of body size and structural complexity are uncommon evolutionary events. On the order hand, the miniaturization of body size and morphological simplification may be the most usual tendencies in the evolutionary process. Incredibly, both morphological novelties and morphological simplification could be observed in species of Brachycephalus. In the genus Brachycephalus, in all species diagnosis, the presence and absence of dermal ossifications is mentioned. Nevertheless, not all descriptions use appropriate methods for osteological studies. The plates associated with vertebrae and skull of B. ephippium were, previously, identified as osteoderm. Though, there are not any studies on ontogens and development of these structures in Brachycephalus. The recent work of Frost et al. (2006) proposes taxonomic and systematic changes in most amphibians family clades. According to this article, there are no currently known morphological characters that support the monophyly of the genus Brachycephalus. In addition, Frost et al (2006) corroborate the hypothesis of a close relationship among geni Brachycephalus, Euparkerella and Adellophryne, based on digital reduction and loss patterns. Though, these considerations were made using only B. ephippium, and thus, too much osteological diversity among Brachycephalus species were not evaluated in previous works. The goals of this dissertation are:1) ontogenetic description of the bony plates present in vertebrae and skull of B. ephippium; 2) description of morphological variations in this plates in species of the genus Brachycephalus; 3) evaluate the importance of the auditory region osteology and falangeal formulae to the monophyly of the genus Brachycephalus. We also reevaluate the available information on digital reduction and its importance to the systematics of the taxa involved. Units of B. ephippium were collected in Atibaia, Cotia, Mogi das Cruzes, Teresópolis and Itamonte. In addition, we included units of B. brunneus, B. hermogenesi, B. nodoterga, B. pernix, B. cf. vertebralis, B. vertebralis, and two undescribed species: Brachycephalus sp1 (from Nova Friburgo and Petrópolis, RJ Brazil) and Brachycephalus sp2 (from Faz. Capricórnio, in Ubatuba, SP Brazil). The specimens were killed with bupivicaine chloridrate (0.2%) and submitted at scanning electronic microscopy. Other specimens were fixed in formalin solution (10%), cleared and double stained with alizarin red and alcian blue Juvenile xi specimens of B. ephippium were submitted to histological techniques for ontogenetic description of the bony plates. We report that the bony plates are new, independent, and ordinary bone structures, that arise in early development stages. There are three types of bony plates, where named: 1) parotic plates, found in the postero-lateral portion of skull; 2) spinal plates, fused with spinal processes of all vertebrae and 3) paravertebral plates, associated with transverse processes of IV and V vertebrae.The bony plates type of ossification is intermembranous (named also as dermal ossification). However, its rising does not take place in integument, like proposed previously in literature. In addition, we found histological evidences that the perichondrial membrane of the growing vertebrae, releases cells to form a periosteal membrane of the paravertebral and spinal plates. The possibility of participation of dermal cells in the formation of precursor tissue of bony plates was not discarded. However, we decided that these structures are not osteoderms. This term is confused, and possibly enclose many non homologous structures. That is the first time that a structure like the parotic plate is being reported in literature. However, the spinal and paravertebral plates may have analogous structures in other genus, as Ceratophrys, Lepidobatrachus and Dendrobates. Nevertheless, a complementary comparative osteological studies will be necessary to analyzed the semblance among the bony plates in other geni. The morphological variations of the bony plates in the genus Brachycephalus suggest that there are monophyletic groups in the genus, that may be recognized by following patterns:1- absence of bony plates (occurring in B. brunneus, B. didactylus, B. ferruginus, B. hermogenesi, B. izecksohni, B. pernix and B. pombali); 2- presence of parotical plates and spinal and paravertebral plates of variable size and degree of ossification and ornamentation (occurring in B. ephippium, B. nodoterga, B. vertebralis, B. sp1 and B. sp2). Nevertheless, the monophyly of these groups remind to be tested in a phylogenetic analysis, using data from different sources. The auditory apparatus of most anurans is composed of a tympanic membrane, connected to the stapes. It is connected to the operculum, which conduces the sound vibrations to the inner ear. In Brachycephalus species the tympanic membrane and the stapes are absent. In addition, we discovered a new set of characters that may corroborate the monophyly of the genus: 1) the posterior orientation of the fenestra ovalis; 2) the enlarged operculum that nearly xii fills the fenestra ovalis; 3) bears a large process for the attachment of the m. opercularis and 4) absence of one phalange in digit V. Analyzing the osteology of species that were recently included in Brachycephalidae, and other miniaturized species among other groups, we conclude that these characters are unique to Brachycephalus genus, and support its monophyly. Other important conclusion is that the digital morphology does not corroborate a close relationship between Brachycephalus and Euparkerella or either Adeloprhyne, as suggested by Frost et al. (2006). The position of Brachycephalus in the Brachycephalidae remains to be analyzed in further investigations.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Biologia, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2013. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2014-04-07T10:43:19Z No. of bitstreams: 1 2013_JuliannaBarbosaPeixoto.pdf: 5949476 bytes, checksum: a144c844b976d023eac918b6ad3b5aac (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-04-08T15:16:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_JuliannaBarbosaPeixoto.pdf: 5949476 bytes, checksum: a144c844b976d023eac918b6ad3b5aac (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-08T15:16:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_JuliannaBarbosaPeixoto.pdf: 5949476 bytes, checksum: a144c844b976d023eac918b6ad3b5aac (MD5) / O polietileno é o polímero sintético mais largamente produzido e utilizado, de modo que sua produção mundial corresponde a aproximadamente 50 milhões de toneladas/ano, mais de um terço da produção total de polímeros sintéticos. Essa elevada produção é justificada pela alta versatilidade, resistência e durabilidade desses materiais, características promissoras para atender à alta demanda da sociedade. No entanto, essas aparentes qualidades consistem em uma dualidade de proporções catastróficas, visto que esses materiais, resistentes e duráveis, levam cerca de 100 a 500 anos para se decompor em ambientes naturais. Diante desse panorama, a sociedade enfrenta crescentes problemas conseqüentes da poluição gerada pela ineficiência das atuais técnicas de gestão desses materiais após seu descarte. Nesse contexto, a biodegradação emerge como alternativa sustentável, pois consiste na mineralização desses materiais mediante submissão ao metabolismo microbiano. Empregando-se técnicas de cultivo, embasadas na utilização de diferentes meios restritivos, foi possível isolar 647 microorganismos a partir de debris plásticos descartados em ambientes naturais. Esses isolados foram pré-selecionados com base em suas capacidades de degradar óleo mineral, alcano assimilável quimicamente semelhante ao polietileno. Os microorganismos que apresentaram esse fenótipo foram submetidos a culturas contendo o polietileno como única fonte de carbono. A fim de detectar indiretamente a ocorrência de biodegradação desse polímero, mensurou-se a viabilidade celular após diferentes períodos de cultivo. A atividade metabólica foi estimada por meio da quantificação do RNA total após o cultivo, além da visualização de microorganismos aderidos ao polietileno previamente corados com os fluoróforos SYTO9® e iodeto de propídio, repórteres de viabilidade celular. Ao todo, três diferentes gêneros de bactérias, Comamonas sp., Deftia sp. e Stenotrophomonas sp., compreendem os nove isolados que se apresentaram como potenciais biodegradadores de polietileno. Em virtude dos resultados encontrados, depreende-se que o presente estudo contribuirá a longo prazo para fornecer um manejo adequado, sustentável e lucrativo a esses materiais pós-consumo. ______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Polyethylene is the most consumed synthetic polymer with a current global prodution of 50 million tons per year. This significant production is due to it’s versatility, resistance and durability, promising features in relation to the increasing demand for polyethylene materials. However, these qualities imply an increasing ecological threat to natural environments, since they take from 100 to 500 years to deteriorate under environmental conditions. Consequently, all living organisms increasingly face the severe impact of disposed plastic materials accumulated all over the world. In this context, biodegradation rises as a sustainable alternative to manage these residues, proposing the submittion of these materials to mineralization by microbial metabolisms. By using different cultivation techniques, including cultivation under restrictive conditions, it was possible to isolate 647 microorganisms from plastic debris disposed on natural environments. These isolates were pre-selected based on their capabilities of degrading mineral oil, a relatively short-chain alkane chemically similar to polyethylene. The microorganisms presenting that phenotype were cultivated in restrictive culture medium containing a polyethylene film as the sole carbon source. In order to indirectly detect the polymer degradation, microbial viability was assessed through different periods of cultivation. In addition, metabolic activity was estimated through total RNA quantification, and the cells adhered to the films were visualized by fluorescence microscopy after staining following a fluorescence-based assay for bacterial viability. As a result, three novel bacterial genera, Comamonas sp., Delftia sp. and Stenotrophomonas sp., comprising nine different isolates, were shown to biodegrade polyethylene. Due to these findings, the present study will contribute to a future appropriate, sustainable and profitable management of the post-consume plastic materials.

CoordenaÃÃo de AperfeÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / O cÃncer gÃstrico (CG) à a terceira causa de morte por cÃncer no mundo. A etiologia do CG à multifatorial sendo bem estabelecida a associaÃÃo com a infecÃÃo por Helicobacter pylori. A susceptibilidade genÃtica ao CG à postulado pela exposiÃÃo de uma grande proporÃÃo da populaÃÃo a fatores de risco, mas somente um grupo desenvolve essa neoplasia. Por outro lado, o carÃter patogÃnico de H. pylori à dado pela presenÃa da ilha de patogenicidade cag-PAI (cytotoxin associated gene pathogenicity island - cagPAI) bem como a variaÃÃo alÃlica vacA s1m1. Pelo lado do hospedeiro, polimorfismos genÃticos tÃm sido relacionados com o risco de CG, indicando que estas alteraÃÃes sÃo marcadores potenciais de susceptibilidade genÃtica nestes tumores, entretanto, poucos SNPs de enzimas de reparo sÃo estudadas. No contexto da carcinogenÃse gÃstrica, hà ainda que se considerar as diferenÃas com respeito a histopatologia, idade e gÃnero. Assim o objetivo deste trabalho à verificar a associaÃÃo dos SNPs em genes de reparo do DNA, APE1 2197(T>G) e MLH1 -93(G>A), adicionadas aos SNPs de CDH1 -160 (C>A) e -347 (G>GA) por ser uma proteÃna associada ao cÃncer difuso hereditÃrio, com a susceptibilidade genÃtica. Os subtipos histolÃgicos, idade e sexo foram dados importantes considerados para as anÃlises. O genÃtipo de H. pylori, foi determinado pela presenÃa dos genes cagA, cagE, cagG, cagT, virB11, vacA, oipA e hopQII sendo os genÃtipos de H. pylori considerado no estudo de risco e individualizada no Ãltimo estudo. Para isso, foram incluÃdos 285 pacientes com cÃncer gÃstrico e 391 controles saudÃveis pareados por idade e sexo (1:1ou 1:2) de duas regiÃes diferentes do Brasil: Cearà e ParÃ. Positividade para H. pylori em 87,71% dos casos. Foi observado no estudo de risco uma proteÃÃo para os tumores intestinais foi associado ao alelo G de APE1 (T>G) em mulheres com <55 anos e o alelo GA de CDH1 -347 (G>GA) para homens com &#8805; 55 anos de idade. Nos tumores difusos, o grupo com < 55 anos, o alelo A de MLH1 -93 (G>A) foi associado à proteÃÃo e o alelo G de APE1 (T>G) foi associado com o risco em homens neste grupo de idade. O alelo G de APE1 (T>G) tambÃm foi associado à ausÃncia de metÃstase a distÃncia e o alelo A de MLH1 (G>A) com ausÃncia de metÃstase em linfonodos regionais. No subtipo intestinal, pacientes portadores do alelo G de APE1(T>G) foram significativamente infectados por cepas menos virulentas. No estudo com as cepas de H. pylori a maioria dos casos possuiu a ilha completa independente do subtipo histolÃgico. Os genes cagA e cagE estavam presentes na maioria das cepas. Segundo as anÃlises atravÃs do mÃtodo da Ãrvore de classificaÃÃo, alguns genes como cagG e cagE (em cepas vacAs1) se mostraram fundamentais na separaÃÃo dos subtipos histolÃgicos de CG. A presenÃa dos genes cagG e cagE concomitantemente, ou ausÃncia de cagG in H. pylori parece classificar o tumor em intestinal. Enquanto que a presenÃa do gene cagG associado a ausÃncia de cagE classifica os tumores em difusos. O genÃtipo cagM (+) cagG (+) com a presenÃa do gene cagE classifica o tumor em intestinal , jà na ausÃncia de cagE, classifica os tumores em difusos. Em relaÃÃo aos genes de adesÃo houve uma maior frequÃncia do gene oipA, seguido de hopQI e hopQII. Em resumo, estes dados indicam que o genÃtipo de H. pylori , subtipo histolÃgico, idade e gÃnero sÃo importantes fatores a serem considerados em anÃlises com polimorfismos. E apesar da complexidade de explicar quais sÃo os fatores que contribuem para a separaÃÃo das cepas nos subtipos intestinal e difuso, à notÃrio que existem vias diferentes associadas a essas cepas. E que estes genes podem ser potenciais marcadores de diferentes subtipos histolÃgicos.

As mudanças climáticas, aliadas às necessidades estratégicas de produção de energia, têm motivado uma corrida sem precedentes à produção de combustíveis alternativos, preferencialmente de fontes renováveis. Em vista disso, o presente trabalho visou avaliar a biodiversidade e realizar a bioprospecção de micro-organismos provenientes de diversos ambientes florestais brasileiros e selecionar micro-organismos capazes de produção de enzimas do complexo celulolítico e sua capacidade para a produção de bioetanol. Duzentos e trinta e sete micro-organismos silvestres foram utilizados para os testes de atividade enzimática, quatro linhagens de leveduras e 10 isolados de solo de alambique apresentaram notável índice enzimático de atividade (IAE) em meio sólido. Dentre os isolados pré-selecionados, as leveduras apresentaram menor atividade celulásica em meio líquido, enquanto que dos isolados de solo de alambique, destacaram-se TE13 e T8a, por apresentarem maior atividade hidrolítica em cultivo líquido, contendo carboximetilcelulose. O TE13 foi o único micro-organismo a apresentar atividade na degradação da celobiose. No entanto, nenhum micro-organismo testado apresentou atividade FPase. A identificação molecular desses micro-organismos revelou que o isolado TE13 é pertencente ao gênero Aspergillus, enquanto que T8a foi identificado como pertencente ao gênero Penicillium. No estudo para avaliar a capacidade de produção de xilanases, nenhum dos micro-organismos testados mostrou resultados satisfatórios. Setenta micro-organismos foram selecionados por sua capacidade de assimilação da xilose, porém, apenas três mostraram capacidade de produção de etanol em níveis moderados. / Climate changes and the growing demand for energy have motivated an unprecedent number of studies for the production of fuels, particularly those from biorenewable sources. The work described herein is focused in the evaluation of biodiversity and bioprospection of Brazilian microorganisms able to produce cellulolytic enzymes and for the production of bioethanol. Two hundred thirty seven wild microorganisms were used for enzymatic studies, and four yeasts and 10 alambique soil isolates have shown significant levels of enzymatic activity in solid medium. Among the pre-selected strains, yeasts have shown lower levels of cellulosic activity in liquid medium, while the TE13 and T8a alambique soil isolates have shown good hydrolytic activity in liquid medium containing carboxymethylcellulose. TE13 was the only microorganism to present cellobiase activity. However, none of the microorganisms tested have displayed FPase activity. Molecular characterization of the microorganisms revealed that TE13 belongs to Aspergillus sp., while T8a was identified as Penicillium sp. In the xylanase activity studies, we were not able to achieve significant results with any of the microorganisms evaluated. Seventy microorganisms were selected by their ability to assimilate xylose, however, only three of them were able to produce ethanol in moderate levels.